PROJEKTKATALOG 20100125.pdf - Institut for Matematik og ...

N a t u r v i d e n s k a b e l i g t P r o j e k t 2 0 1 0
Projekt 3: Artsbestemmelse med proteomics
Vejleder: Peter Højrup, php@bmb.sdu.dk
Institut: Institut for Biokemi og Molekylær Biologi (BMB)
Praktisk del: PR-gruppens laboratorium ved BMB
Gruppeplacering: Biblioteket
Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 4 deltagere. Én gruppe kan arbejde med projektet.
Kommentarer: Vejledning og formidling foregår på dansk eller engelsk. Præsentationer, rapporter,
osv. fra studerende må foreligge enten på dansk eller på engelsk
Keywords:
Experimental project; proteiner; sekvensbestemmelse; bioinformatik; massespektrometri;
Abstract
Alt levende er bygget op af lipider, kulhydrater, nukleotider og proteiner. Da lipider og kulhydrater
syntetiseres af proteiner, kan man ikke være sikker på at de er artsspecifikke, mens proteiner
som er kodet af DNA vil være det. Den primære struktur af proteiner kan analyseres med en
række teknikker, men på grund af følsomhed og hastighed, er massespektrometri i dag den langt
overvejende analysemetode til ikke-specifik analyse af proteiner. Disse teknikker, som generelt
omtales som proteomics, kan bruges til både at identificere og kvantificere proteiner, selv i meget
komplekse blandinger.
Metoden går i korthed ud på at proteiner separeres, gerne ved hjælp af en kromatografisk teknik,
hvorefter de spaltes med et specifikt enzym, som vil generere en blanding af peptider. Ved hjælp
af massespektrometri kan den eksakte molekylevægt dernæst bestemmes (med få ppm‟s nøjagtighed)
og ved databasesøgninger kan man dernæst identificere proteinet, både med hensyn til
type og art. Hvis det ikke umiddelbart kan lade sig gøre at identificere proteinet, kan mere avancerede
teknikker som lc-ms/ms anvendes.
I den senere tid har der været en række opsigtsvækkende
historier i nyhedsmedierne,
hvor forretninger har behandlet kødvarer på
upassende vis. Et af tilfældene var bl.a. at
lammekød var blandet op med svinekød. Vi
vil opsætte en protokol til at analysere om
given art kød er iblandet andet kød og teste
for følsomheden af metoden. Metoden vil
tage udgangspunkt i de kendte metoder til
proteomics, bl.a. massespektrometri, gel
elektroforese, aminosyreanalyse. Yderligere
teknikker vil være tilgængelige i laboratoriet.
Minikurser
Obligatorisk: Projektarbejde (Microsoft,
Nat).
50
Intensity
0
1101.6
1365.7
1511.7
1877.0
2767.1
2033.1 2114.9
1209.6
1257.7
1163.6 1268.6 1718.3 1861.8 1995.9 2332.2
3435.6
756.38 864.46 878.49 939.48 994.57 1008.4 1017.5 1058.5 1137.5 1146.5 1176.6 1192.5 1542.7 1552.6 1561.8 1568.8 1577.8 1666.7 1681.8 1756.8 1795.9 1847.8 1934.0 2018.9 2366.12626.1
2750.1 2783.1 3451.6
1000 m/z
3500
C:\moverz\program\C9_MS_1.massml (19:48 11/29/09)
Description: Baxter 1
Massespektrum af en tryptisk fordøjelse af toxinet
fra Bordetella pertussis, bakterien som
forårsager stivkrampe.
Litteraturliste over metode artikler, som udleveres til de studerende
Øvelsesvejledning, bogkapitler og enkelte artikler.
5