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TECAN Magellan

2009 - 04

Clare Kuo

ADVANCE BIOTECHNOLOGY


TECAN MAGELLAN 2009 04

TECAN 麥 哲 倫 軟 體 簡 易 操 作 步 驟

直 接 讀 取

OD 值

執 行 已 儲 存 好 的

測 量 方 法

點 選

Plate Definition

開 啟

Saved file (*wsp)

點 選 Part of Plate

圈 選 測 量 範 圍

選 擇 測 量 模 式

輸 入 檔 案

名 稱 (mth)

點 選 要 使 用

的 方 法

輸 入 測 量 波 長

與 條 件

點 選 Finish

點 選 Start

開 始 測 量

Excel 格 式

輸 出

列 印 報 告

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一 前 言

Magellan 麥 哲 倫 軟 體 為 一 套 可 支 援 以 下 TECAN 任 一 微 孔 盤 分 析 儀 之 數 據 運 算 操 作 工 具

軟 體 安 裝 支 電 腦 硬 體 規 格 如 下 :

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二 軟 體 編 輯 操 作

TECAN Magellan 麥 哲 倫 軟 體 設 計 概 念 , 為 一 套 以 工 作 流 程 為 導 向 之 精 靈 介 面 軟 體 。

軟 體 可 允 許 自 行 新 增 檔 案 放 置 位 置 ( 例 如 : 程 式 執 行 檔 mth, 結 果 數 據 檔 wsp, 標 準 曲 線 std,

樣 品 管 理 清 單 smp… 等 , 可 方 便 不 同 使 用 者 自 行 存 放 各 自 的 檔 案 位 置 )

麥 哲 倫 軟 體 主 要 檔 案 型 式 標 誌 及 縮 寫 如 下 :

Method 程 式 執 行 檔 mth

Workspace 結 果 數 據 檔 wsp

Standard curve 標 準 曲 線 std

Sample ID list 樣 品 管 理 清 單 smp

檔 案 型 式 說 明 如 下 :

Method 程 式 執 行 檔 mth

Method 用 來 定 義 所 有 參 數 來 計 算 結 果 , 從 軟 體 介 面 選 擇 Create/Edit 選 項 來 新 增 或 修 改 實

驗 所 需 之 測 量 參 數 ( 濾 鏡 波 長 、 震 盪 時 間 及 測 量 次 數 等 )、 樣 品 擺 放 位 置 、 數 量 和 形 式 , 細 項

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設 定 、 數 據 管 理 或 報 告 輸 出 格 式 …. 等 。 其 中 細 項 設 定 也 包 含 數 據 讀 值 運 算 等 。

Workspace 結 果 數 據 檔 wsp

Workspace 用 來 開 始 測 量 , 觀 看 和 儲 存 結 果 , 為 每 次 偵 測 判 讀 後 得 到 的 結 果 數 據 檔 , 裡 面

除 了 有 基 本 的 結 果 數 據 亦 包 含 實 驗 的 測 量 參 數 ; 得 到 的 wsp 可 再 進 一 步 做 數 字 或 圖 表 設 定 。

Standard curve 標 準 曲 線 std

可 預 先 將 做 好 之 標 準 曲 線 儲 存 以 方 便 後 續 濃 度 計 算 使 用 。

Sample ID list 樣 品 管 理 清清 單 smp

可 從 軟 體 介 面 選 擇 Sample ID list 選 項 來 管 理 樣 品 名 稱 清 單 , 可 讓 使 用 者 以 字 母 與 數 字 符 號

等 字 串 自 行 定 義 。

歸 納 整 理 在 TECAN Magellan 麥 哲 倫 軟 體 常 出 現 的 副 檔 名 如 下 表 :

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三 使 用 者 操 作 介 面

TECAN Magellan 麥 哲 倫 軟 體 設 計 概 念 , 為 一 套 以 工 作 流 程 為 導 向 之 精 靈 介 面 軟 體 , 依 據

實 驗 設 計 執 行 為 設 定 方 向 , 類 似 Windows 系 統 的 編 輯 概 念 。 軟 體 開 啟 後 即 進 入 精 靈 歡 迎 介

面 , 如 下 :

主 畫 面 由 以 下 操 作 清 單 所 組 成 , 可 依 據 使 用 者 想 要 執 行 的 程 式 項 目 個 別 做 選 擇 :

1. Start Measurement Wizard 開 始 測 量 模 式

可 讓 使 用 者 簡 單 快 速 的 執 行 測 量 參 數 , 開 始 進 行 測 量 Raw data 原 始 數 據 的 判 讀 , 或 者

是 透 過 以 編 輯 好 的 程 式 執 行 檔 來 做 判 讀 。

2. Evaluate Result Wizard 評 估 結 果 數 據

可 讓 使 用 者 針 對 數 據 做 評 估 或 修 改 , 觀 看 所 有 原 始 資 料 或 結 果 。

3. Attach Signature Wizard 附 加 簽 名 檔 ( 此 功 能 只 提 供 臨 床 單 位 使 用 )

4. Create/Edit a Sample ID List Wizard 新 增 或 編 輯 樣 品 清 單

可 讓 使 用 者 針 對 樣 品 做 清 單 管 理 , 適 合 臨 床 單 位 有 大 量 檢 體 來 源 的 清 單 管 理 。

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5. Create/Edit a Method Wizard 新 增 或 編 輯 程 式 執 行 檔

可 讓 使 用 者 選 擇 此 功 能 , 來 設 定 或 編 輯 包 含 測 量 參 數 等 程 式 執 行 檔

細 項 說 明 如 下 :

1. Start Measurement Wizard 開 始 測測 量 模 式

在 主 畫 面 點 取 Start Measurement 即 可 進 入 開 始 測 量 模 式 之 畫 面 如 下

其 中 可 出 現 以 下 之 主 要 選 項 :

1.1 Obtain Raw Data 開 始 判 讀 , 在 此 選 項 只 須 設 定 測 量 參 數 即 可 簡 單 快 速 執 行 原 始 數 據

之 判 讀 , 進 入 選 項 後 會 出 現 以 下 視 窗 :

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此 畫 面 可 先 依 據 測 量 模 式 選 擇 主 要 之 測 量 模 式 :

Endpoint 單 點 測 量 模 式 , 例 如 一 般 的 酵 素 免 疫 分 析 實 驗 。

Kinetic 酵 素 動 力 模 式 , 可 輸 入 測 量 次 數 及 測 量 間 的 時 間 差 。

選 擇 之 後 可 進 入 以 下 主 畫 面 進 行 測 量 參 數 設 定

左 手 邊 主 要 為 軟 體 的 控 制 列 , 分 成 5 個 部 分 , 每 個 部 分 都 由 各 自 的 要 素 及 獨 立 的 工 作

流 程 表 , 並 非 所 有 選 項 都 可 以 選 擇 , 必 須 藉 由 儀 器 的 模 組 規 格 而 定 。 可 利 用 按 鍵 移 動 下

拉 式 控 制 工 作 流 程 表 。


Lab Ware 實 驗 物 件 : 依 據 實 驗 微 孔 盤 格 式 做 選 擇


Measurements 測 量 模 式 : 選 擇 實 驗 所 需 的 偵 測 模 式 。 吸 光 、 螢 光 或 冷 光 等


Actions 選 項 : 可 選 擇 有 無 溫 控 、 震 盪 、 分 注 器 之 使 用


Kinetics 酵 素 動 力 學 : 設 定 酵 素 動 力 學 之 循 環 次 數 及 條 件


Miscellaneous 其 他 設 定 : 可 依 據 需 求 加 入 註 解 , 使 用 者 需 求 , 等 待 時 間 等 細 項

設 定 。

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詳 細 說 明 如 下 :

Plate 微 盤

可 利 用 下 拉 式 選 項 選 擇 微 盤 格 式 , 按 下 detail 鍵 可 看 更 多 詳 細 資 料 。

如 果 微 盤 有 利 用 蓋 子 覆 蓋 , 可 以 選 擇 Plate with cover 選 項 來 調 整 Z-position

位 置 , 確 保 微 盤 移 動 時 不 會 太 靠 近 儀 器 的 光 學 系 統 。 開 始 針 對 選 擇 的 位 置 進 行 判 讀 ,

Part of Plate 微 盤 位 置

可 在 單 一 位 置 或 滑 鼠 左 鍵 下 拉 圈 選 想 要 判 讀 的 區 域 , 即 可 依 據 微 盤 排 列 設 定 要 判 的

特 定 位 置 。

Well 模 式

Well 模 式 可 應 用 在 微 盤 位 置 之 後 , 須 搭 配 芬 注 器 模 式 使 用

Absorbance 吸 光

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可 藉 由 定 義 測 量 波 長 來 進 行 吸 光 模 式 , 也 可 選 擇 參 考 值 波 長 扣 除 背 景 值 進 行 雙 波 長 測

量 模 式 。 在 濾 鏡 模 組 的 儀 器 , 有 兩 個 下 拉 式 選 項 作 為 測 量 波 長 和 參 考 值 波 長 選 擇 , 如

果 沒 有 任 何 選 項 可 供 選 擇 , 表 示 裡 面 沒 有 濾 鏡 或 還 沒 被 定 義 。

測 量 參 數 如 下 :

Wavelength 鍵 入 測 量 所 需 波 長 , 可 依 據 實 驗 需 求 輸 入 參 考 值 波 長

Read Number of Read: 儀 器 氙 氣 燈 泡 閃 爍 次 數 (1~100)

Settle time: 從 微 盤 移 動 到 開 始 測 量 的 時 間 , 可 從 0~1000ms 設

定 , 建 議 在 96 微 盤 進 行 吸 光 實 驗 時 使 用 。

Label Name: 實 驗 的 標 定 名 稱

Absorbance Scan 吸 光 光 譜 掃 描

吸 光 光 譜 掃 描 只 適 用 於 全 波 長 模 組 。

測 量 參 數 如 下 :

Wavelength From: 開 始 測 量 的 波 長 範 圍

To: 終 止 測 量 的 波 長 範 圍

Step: 輸 入 波 長 間 隔

Read Number of Read: 儀 器 氙 氣 燈 泡 閃 爍 次 數 (1~100)

Settle time: 從 微 盤 移 動 到 開 始 測 量 的 時 間 , 可 從 0~1000ms 設

定 , 建 議 在 96 微 盤 進 行 吸 光 實 驗 時 使 用 。

Label Name: 實 驗 的 標 定 名 稱

Fluorescence Intensity 螢 光

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螢 光 測 量 可 用 來 測 量 大 量 螢 光 物 標 定 強 度 。

螢 光 測 量 參 數 如 下 :

Wavelength 濾 鏡 模 組 , 可 利 用 下 拉 式 選 項 可 設 定 特 定 的 激 發 光 和 散 射 光 波

長 , 如 果 沒 有 任 何 選 項 可 供 選 擇 , 表 示 裡 面 沒 有 濾 鏡 或 還 沒 被 定

義 。

全 波 長 模 組 可 在 一 定 範 圍 選 擇 所 需 波 長 。

Read 可 設 定 特 定 的 Number of Read 和 Settle time

Mode 選 擇 上 方 或 下 方 判 讀

Gain PMT 放 大 倍 數 , 可 選 擇 3 種 模 式 :

Manual Gain: 可 在 1~255 數 值 間 設 定

Optimal: 可 由 軟 體 自 行 定 義 Gain 值 , 避 免 數 據 過 高 , 如 果 是 未 知

的 螢 光 素 , 建 議 利 用 這 項 功 能

Calculated from well: 可 從 特 定 well 計 算 出 最 適 合 的 Gain 值 。

Integration 可 設 定 Lag time 和 Integration time, 一 般 螢 光 設 定 值 為 0(Lag

time time),40(Integration time), 如 果 是 TRF 實 驗 , 時 間 則 可 依 據

kit 推 薦 再 進 一 步 設 定 。

Lag time: 在 flash 和 Integration 間 的 時 間 ( 通 常 微 0~2000us),

TRF 實 驗 通 常 ≧40us

Integration time: 開 始 接 收 訊 息 的 時 間 ( 通 常 微 20~2000us)

Label Name: 實 驗 的 標 定 名 稱

Fluorescence Intensity Scan 螢 光 光 譜 掃 描

螢 光 譜 掃 描 只 適 用 於 全 波 長 模 組 。

螢 光 譜 掃 描 參 數 如 下 :

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Scan Selection 可 選 擇 掃 描 激 發 光 或 掃 描 散 射 光 兩 種 形 式

Excitation 只 能 輸 入 激 發 光 波 長

Wavelength

Emission 只 能 輸 入 散 射 光 波 長

Wavelength

Mode

選 擇 上 方 或 下 方 判 讀

Integration time 可 設 定 Lag time 和 Integration time, 一 般 螢 光 設 定 值 為

0(Lag time),40(Integration time), 如 果 是 TRF 實 驗 , 時 間

則 可 依 據 kit 推 薦 再 進 一 步 設 定 。

Lag time: 可 設 定 要 接 收 多 少 時 間 的 光 ( 通 常 為

0~2000us),TRF 實 驗 通 常 ≧40us

Integration time: 要 接 收 多 少 時 間 的 訊 號 ( 通 常 為

20~2000us)

Gain

PMT 放 大 倍 數

Manual Gain: 可 在 1~255 數 值 間 設 定

Calculated from well: 可 從 特 定 well 計 算 出 最 適 合 的 Gain

值 ,。

Read

可 設 定 特 定 的 Number of Read 和 Settle time

Label

Name: 實 驗 的 標 定 名 稱

Luminescence 冷 光

冷 光 模 式 可 用 來 測 量 酵 素 標 定 物 的 活 性 , 不 需 額 外 螢 光 filter

冷 光 測 量 參 數 如 下 :

Attenuation 冷 光 強 度 太 強 可 藉 由 低 密 度 filter 降 低 濃 度 , 可 由 OD1( 可 藉

由 1 decade 的 dynamic range) 或 None 選 項 來 調 整

Integration time 可 設 定 訊 號 接 收 時 間

Settle time 可 輸 入 下 次 要 開 始 測 量 的 時 間

Luminescence Dual Color 雙 色 冷 光

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雙 色 冷 光 可 用 來 測 量 在 同 一 時 間 內 , 光 束 有 2 個 不 同 的 波 長 , 可 利 用 下 拉 式 選 項 選

擇 波 長 (Green or Magenta)

雙 色 冷 光 測 量 參 數 如 下 :

Parameter

Label

選 擇 Green 或 Magenta filter 並 設 定 Integration time, 也 可 在

測 量 前 輸 入 Settle time

輸 入 實 驗 的 標 定 名 稱

Temperature 溫 控

溫 控 設 定 可 以 依 據 實 驗 需 求 調 整 溫 度 參 數 , 並 且 可 以 隨 時 顯 示 儀 器 的 溫 度 變 化 。

溫 控 設 定 參 數 如 下 :

On/ Off

Temperature

選 擇 on 開 始 升 溫 至 所 要 的 溫 度 範 圍

可 key in 所 需 之 溫 度 或 利 用 下 拉 式 選 擇

Shaking 震 盪 功 能

震 動 設 定 可 以 依 據 實 驗 需 求 調 整 震 盪 時 間 , 可 在 測 量 前 或 酵 素 動 力 不 同 次 數 間 。

震 動 設 定 參 數 如 下 :

Duration

可 從 1~600 秒 間 選 擇 所 需 之 震 盪 時 間

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Mode

Amplitude

利 用 下 拉 式 選 擇 Linear or Orbital

可 選 擇 所 需 之 振 幅

Injection 注 射 器

可 利 用 注 射 器 功 能 將 液 體 注 射 至 單 一 個 微 孔 內 , 只 能 使 用 於 well 模 式 下 。

注 射 器 設 定 參 數 如 下 :

Select Injector 可 選 擇 A 或 B

Volume: 選 擇 要 注 射 至 單 一 個 微 孔 內 之 體 積

Speed: 選 擇 液 體 注 射 之 速 度

Refill speed equal to injector speed: 如 果 注 射 速 度 很 慢 , 可 利 用

此 選 項 讓 注 射 器 補 充 速 度 變 快 。

Refill mode 每 次 分 注 後 可 利 用 標 準 或 再 填 滿 裝 置 。

Standard: 依 據 注 射 器 體 積 進 行 注 射 , 等 到 注 射 器 空 了 , 才 補 充 一


Refill: 每 次 注 射 後 都 要 將 注 射 器 填 滿 。

Dispense 分 注 器

可 利 用 分 注 器 功 能 將 液 體 分 注 至 整 個 微 孔 盤 部 分 位 置 , 不 適 用 於 單 一 well 模 式 。

注 射 器 設 定 參 數 如 下 :

Select Injector 可 選 擇 A 或 B

Volume: 選 擇 要 注 射 至 單 一 個 微 孔 內 之 體 積

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Speed: 選 擇 液 體 注 射 之 速 度

Refill speed equal to injector speed: 如 果 注 射 速 度 很 慢 , 可 利 用

此 選 項 讓 注 射 器 補 充 速 度 變 快 。

Refill mode 每 次 分 注 後 可 利 用 標 準 或 再 填 滿 裝 置 。

Standard: 依 據 注 射 器 體 積 進 行 注 射 , 等 到 注 射 器 空 了 , 才 再 補 充

一 次

Refill: 每 次 注 射 後 都 要 將 注 射 器 填 滿 。

Move Plate 移 動 微 盤

可 利 用 微 盤 移 動 控 制 微 盤 進 出 儀 器 , 如 果 是 在 工 作 流 程 中 需 要 移 動 微 盤 ( 例 如 : 分 注 試

劑 至 部 分 微 盤 ), 所 有 流 程 必 須 要 依 序 排 好 。

Kinetic Cycle 酵 素 動 力 循 環

可 在 特 定 時 間 差 做 單 次 測 量 。

酵 素 動 力 循 環 設 定 參 數 如 下 :

Cycles

Kinetic Interval

Number of cycles: 可 key in 或 下 拉 式 選 擇 所 需 之 次 數

Use of kinetic interval: 輸 入 每 次 測 量 的 時 間 差

Kinetic Condition 酵 素 動 力 條 件

可 決 定 在 哪 一 個 循 環 中 要 進 行 特 定 之 設 定 ,

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Comment 註 解

可 針 對 實 驗 測 量 寫 一 些 文 字 註 解 。

User Request 使 用 者 需 求 設 定

可 讓 使 用 者 在 實 驗 進 行 過 程 中 的 特 定 時 間 出 現 一 些 使 用 者 需 求 設 定 , 可 當 作 一 種 提

示 訊 號 。 例 如 : 在 一 個 實 驗 流 程 中 , 若 有 需 要 分 注 試 劑 , 可 提 醒 顯 示 需 要 讓 微 盤 移

動 , 可 一 步 驟 一 步 驟 完 成 實 驗 流 程 。

Wait for Temperature 等 待 溫 度

可 在 特 殊 到 達 特 定 溫 度 範 圍 時 , 提 醒 顯 示

Wait for Timer 等 待 時 間

可 在 進 行 下 一 步 驟 前 , 提 醒 顯 示 特 殊 時 間 點 到 達 , 可 輸 入 所 需 之 時 間

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畫 面 中 間 位 置 為 工 作 流 程 , 可 從 左 手 邊 的 控 制 列 拉 取 所 需 要 的 測 量 參 數 , 在 要 移 動 的 選

項 連 續 按 兩 下 按 鍵 即 可 自 動 放 到 工 作 流 程 的 的 最 底 部 ; 如 果 利 用 下 拉 式 選 項 , 即 可 移 動

至 要 放 置 的 位 置 。 所 有 的 工 作 流 程 都 是 有 次 序 的 依 序 工 作 流 程 排 列 。

如 果 工 作 流 程 有 發 生 錯 誤 或 設 定 錯 誤 , 就 會 出 現 錯 誤 訊 息 , 也 會 出 現 在 畫 面 右 手 邊 的

Info pane, 顯 示 錯 誤 訊 息 , 可 以 按 下 以 得 知 詳 細 的 錯 誤 訊 息 。 如 果 程 式 設 定 在 定 義 上

有 錯 誤 , 也 會 出 現 警 告 標 誌 及 Info pane 顯 示 錯 誤 訊 息 , 即 無 法 進 行 測 量 。

完 成 後 , 按 下 NEXT 鍵 即 可 進 入 以 下 畫 面 開 始 執 行 原 始 數 據 之 判 讀 。

1.2 Use Predefined Method 可 讓 操 作 者 從 已 編 輯 好 之 程 式 執 行 檔 選 擇 所 需 檔 案 名 稱 執

行 測 量 判 讀 , 進 入 選 項 後 會 出 現 以 下 視 窗 :

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可 自 行 點 選 所 需 執 行 檔 名 稱 , 開 始 進 行 判 讀 。

1.3 Start Favorite 可 讓 操 作 者 從 已 編 輯 好 之 程 式 執 行 檔 建 入 15 個 常 用 的 程 式 將 之 設 定 為

我 的 最 愛 來 開 啟 , 進 入 選 項 後 會 出 現 以 下 視 窗 :

可 自 行 點 選 所 需 執 行 檔 名 稱 , 開 始 進 行 判 讀 。

2. Evaluate Result Wizard 評 估 結 果 數 據

若 想 要 讀 取 已 判 讀 過 的 數 據 結 果 , 可 在 主 畫 面 點 取 Evaluate Result Wizard 開 始 針 對 結

果 數 據 做 評 估 。 選 擇 檔 案 後 ( 副 檔 名 為 wsp) 即 可 針 對 數 據 進 行 評 估 或 修 改 。

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Wsp Workspace 畫 面 瀏 覽 如 下 :

可 先 針 對 以 下 幾 點 做 修 改 :

2.1 Plate layout 樣 品 擺 放 位 置 、 數 量 和 形 式 。

2.2 Toolbar 可 用 來 編 輯 , 放 大 或 縮 小 , 切 換 不 同 動 力 學 次 數 間 的 數 據 。

2.3 Data information 視 窗 顯 示 測 量 參 數 , 統 計 分 析 等 訊 息 。

2.4 Control Bar of Evaluate Results 顯 示 所 有 可 供 參 考 的 數 據 資 料 , 其 中 包 含 以 下 資 訊 :

2.4.1 Instrument data 原 始 數 據

吸 光 值 , 螢 光 值 , 冷 光 讀 值 。

雙 波 長 測 量

統 計 數 據 ( 平 均 值 , 標 準 偏 差 , 誤 差 值 … 等 )

以 顏 色 深 淺 表 式 濃 度

酵 素 動 力 曲 線 圖

掃 描 結 果 的 波 峰 圖

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2.4.2 Reduced data 運 算 後 之 數 據

雙 波 長 測 量 結 果 相 減

螢 光 偏 極 光 實 驗 運 算

2.4.3 Transformed data 數 據 運 算

可 用 來 進 行 數 據 結 果 加 減 乘 除 之 運 算

可 提 供 運 算 結 果

運 算 統 計

以 顏 色 顯 示

顯 示 酵 素 動 力 學 圖 示

2.4.4 Kinetic parameter 酵 素 動 力 學 設 定 參 數

平 均 斜 率

適 合 度 檢 測

相 關 係 數

最 大 斜 率

時 間 最 大 斜 率

Onset OD

最 小 及 最 大 時 間 斜 率

曲 線 下 面 積

2.5 Control Bar of Edit Method 可 在 重 新 設 定 或 顯 示 載 入 之 測 量 參 數 。

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所 有 修 改 過 的 數 據 , 按 下 NEXT 鍵 , 即 可 線 上 即 時 修 改 數 據 結 果 。

3 Attach Signature Wizard 附 加 簽 名 檔 ( 此 功 能 只 提 供 臨 床 單 位 使 用 )

4 Create/Edit a Sample ID List Wizard 新 增 或 編 輯 樣 品 清清 單

可 利 用 此 功 能 來 針 對 各 種 樣 品 做 清 單 管 理 , 可 建 立 一 個 新 的 樣 品 清 單 管 理 或 是 用 已 編 輯

過 的 進 行 修 改 。

4.1 Create New Sample ID List 可 先 從 以 下 的 頁 面 選 擇 帶 測 微 孔 盤 格 式 進 入 開 始 建 立 新 的

樣 品 清 單 。

4.2 Edit a Sample ID List 編 輯 樣 品 清 單 管 理 , 一 個 樣 品 做 多 可 給 予 至 3 種 分 類 編 碼 ; 其 中

可 利 用 Autofill 自 動 填 滿 選 項 , 樣 品 清 單 會 依 序 流 水 號 以 垂 直 或 平 行 方 向 自 動 填 滿 。

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4.3 Import a Sample ID List 軟 體 可 允 許 從 以 下 已 建 立 好 之 檔 案 格 式 鍵 入 樣 品 清 單 管 理 。

4.3.1 Easy-Files.esy

4.3.2 Tecan-files.tpl

4.3.3 DD1-Files.dd1

4.3.4 Hamilton-Files.pro

4.3.5 APL-Files.apl

4.3.6 Gemini-Files.apl

4.3.7 Custom Format Files.txt

4.4 Saving the Sample ID List 編 輯 好 的 樣 品 清 單 可 儲 存 於 適 當 的 檔 案 夾 , 方 便 後 續 使 用 。

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5 Create/Edit a Method Wizard 新 增 或 編 輯 程 式 執 行 檔

可 利 用 此 功 能 選 擇 設 定 或 編 輯 已 存 在 之 程 式 執 行 檔 。 主 要 的 工 作 清 單 包 含 以 下 流 程 :

點 選 建 立 新 程 式 , 並 將 新 程 式 名 稱 輸 入

設 定 測 量 參 數 及

定 義 樣 品 擺 放 位 置 、 數 量 和 形 式

選 擇 報 告 列 印 格 式

設 定 自 動 資 料 處 理 , 選 擇 每 次 測 量 完 後 資 料 會 自 動 列 印 、 儲 存 或 輸 出 格 式 。

I. Define the Measurement Parameters 定 義 測測 量 參 數

測 量 參 數 主 要 包 含 待 測 的 微 孔 盤 格 式 、 濾 鏡 波 長 、 螢 光 細 項 設 定 值 。 進 入 以 下 畫 面 選

擇 測 量 種 類 :

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主 要 有 3 種 類 型 :

Endpoint 單 點 測 量 模 式 , 例 如 一 般 的 酵 素 免 疫 分 析 實 驗 ( 細 項 設 定 詳 見 第 8 頁 )。

Kinetic 酵 素 動 力 模 式 , 可 輸 入 測 量 次 數 及 測 量 間 的 時 間 差 。

Multilabel 多 點 測 量 判 讀 , 輸 入 1 種 以 上 之 測 量 參 數 已 針 對 微 孔 盤 進 行 多 點 判 讀 。

II.

Define Evaluation 定 義 計 算 結 果 所 需 參 數

進 入 以 下 畫 面 即 可 針 對 需 要 計 算 公 式 之 設 定

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主 要 設 定 流 程 包 含 以 下 流 程 及 概 念 :

設 立 樣 品 擺 放 位 置 、 數 量 和 形 式


定 義 濃 度 值 或 稀 釋 倍 數


數 據 之 加 減 乘 除 運 算


標 準 曲 線


定 義 臨 界 值


確 認 實 驗 標 準


數 據 管 理

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Define a Plate Layout

要 進 行 計 算 結 果 設 定 之 前 , 首 先 須 先 透 過 Plate Layout 選 項 裡 輸 入 樣 品 擺 放 位 置 、 數

量 和 形 式 。 介 面 視 窗 會 出 現 以 下 Well Assignment 圖 示 :

SM

BL

ST

PC

NC

LPC

HPC

BF

RF

Sample 樣 品

Blank 空 白 對 照 組

Standard 標 準 品 對 照 組

Positive Control 陽 性 對 照 組

Negative Control 陰 性 對 照 組

Low Positive Control 低 陽 性 對 照 組

High Positive Control 高 陽 性 對 照 組

Polarization Reference Buffer

Polarization Reference

Identifiers 位 置 名 稱 定 義 : 給 每 一 個 樣 品 位 置 定 義 名 稱 及 辨 識 符 號 。

Experimental Group 實 驗 群 組 : 如 果 實 驗 樣 品 有 超 過 1 種 類 別 就 可 使 用 此 功 能 來 區

分 不 同 的 實 驗 ( 需 要 相 同 的 測 量 波 長 , 震 盪 時 間 等 測 量 參 數 )。

ID Number 識 別 號 碼 : 用 來 辨 認 當 樣 品 有 二 重 複 以 上 之 群 組 。

Replicates 重 複 方 式 : 設 定 重 複 之 依 序 為 水 平 或 垂 直 的 排 列 組 合 方 式 。

Fix Number 重 複 數 量 : 設 定 重 複 數 量 。

設 定 之 範 例 如 下 : 在 辨 識 符 號 選 擇 所 需 符 號 , 之 後 在 重 複 選 項 中 點 選 數 量 及 排 列 順 序 ,

利 用 滑 鼠 在 視 窗 上 選 擇 所 要 設 定 範 圍 或 直 接 點 選 單 獨 位 置 , 選 取 好 之 後 , 按 下 Fill

Selection 按 鍵 及 完 成 設 定 。

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Define Conc., Dil. and Ref Values

確 認 樣 品 格 式 後 , 若 實 驗 中 有 放 置 ST 標 準 品 對 照 組 , 則 可 進 入 此 功 能 定 義 配 置 之 已 知

濃 度 的 標 準 品 對 照 組 。 或 是 亦 可 用 來 定 義 樣 品 稀 釋 倍 數 值 。

Identifiers 辨 識 符 號 : 選 擇 所 要 設 定 之 濃 度 之 辨 識 符 號 。

Conc 濃 度 值 : 鍵 入 已 知 濃 度

Unit 單 位 : 鍵 入 濃 度 單 位

Autofill 自 動 填 入 : 可 選 擇 等 級 差 數 或 等 比 級 數 方 式 自 動 增 加 數 值 。 選 取 好 之 後 , 按 下

Apply 按 鍵 及 完 成 設 定 。

Transformation Data

可 透 過 此 功 能 進 行 樣 品 加 減 乘 數 等 計 算 參 數 , 若 實 驗 中 有 放 置 BL 空 白 對 照 組 , 則 可 進

入 此 功 能 會 自 動 顯 示 Do You Want To Definite a Blank Reduction 選 項 , 進 行 空 白 對

照 組 之 扣 除 。

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Input Data 資 料 來 源 : 透 過 下 拉 式 功 能 選 擇 計 算 公 式 所 需 之 資 料 種 類

Fx 計 算 公 式 欄 : 類 似 excel 編 輯 概 念 , 包 含 公 式 所 需 之 計 算 符 號 , 函 數 及 變 數 名 稱 。

設 定 之 範 例 如 下 : 按 下 Transformation data 選 項 , 在 選 擇 Input Data 選 擇 Raw

data, 在 公 式 欄 中 輸 入 計 算 公 式 。 例 如 x-BL1 (x 代 表 所 有 選 取 的 位 置 ,BL1 代 表 空 白

對 照 組 第 1 支 , 表 示 所 選 取 的 位 置 減 去 空 白 對 照 組 的 讀 值 ), 利 用 滑 鼠 在 視 窗 上 選 擇 所

要 設 定 範 圍 或 直 接 點 選 單 獨 位 置 , 選 取 好 之 後 即 完 成 設 定 。

Transformation Data – Kinetic Data Reduction

可 透 過 此 功 能 進 行 酵 素 動 力 學 相 關 參 數 設 定 , 按 下 選 項 後 出 現 以 下 視 窗 :

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Slopes 斜 率 : 提 供 兩 種 斜 率 計 算 公 式 (Linear/Quadratic), 依 據 在 開 始 及 結 束 時 間 內 所

設 定 之 點 數 數 量 所 畫 出 來 的 斜 線 。

Onset OD: 設 定 計 算 OD 值 開 始 增 加 或 減 少 的 時 間 , 並 得 知 要 達 到 某 個 OD 值 需 時 間 。

Min/Max 最 小 及 最 大 表 : 依 據 所 設 定 之 點 數 數 量 得 知 最 小 及 最 大 OD 值 。

Area Under Curve 曲 線 下 面 積 : 可 計 算 曲 線 下 面 積 。

Available Data 可 提 供 輸 出 資 料 : 提 供 之 前 設 定 後 可 輸 出 之 資 料 。

Standard Curve

用 來 定 義 於 實 驗 中 有 配 置 定 量 實 驗 時 之 標 準 線 性 相 關 參 數 , 按 下 選 項 後 出 現 以 下 視 窗 :

設 定 包 含 資 料 、 分 析 形 式 、 座 標 等 選 項

Data 資 料 : 選 擇 線 性 資 料 來 源 。 也 可 套 用 之 前 已 儲 存 的 標 準 曲 線 檔 案 。

Analysis Type 分 析 形 式 : 軟 體 可 依 據 酵 素 免 疫 分 析 套 組 產 品 說 明 書 , 提 供 10 種 常 用

的 線 性 計 算 方 式 以 供 選 擇 ( 詳 見 第 36 頁 )。 也 可 點 選 Extrapolation 外 插 法 增 加 計 算 範

圍 , 以 算 出 超 出 標 準 線 性 之 樣 品 濃 度 值 , 鍵 入 1 代 表 可 增 加 10% 計 算 範 圍 。

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Axis 坐 標 軸 : 可 定 義 X 軸 及 Y 軸 的 名 稱 及 刻 度 。

Graph 圖 表 名 稱 : 定 義 圖 表 細 項 設 定 , 例 如 圖 表 名 稱 , 顏 色 及 字 型 大 小 等 。

Cuttoff Definition

若 實 驗 中 有 配 置 定 性 實 驗 時 之 臨 界 值 相 關 參 數 , 可 計 算 分 級 的 開 始 界 限 。 按 下 選 項 後 出

現 以 下 視 窗 :

Input Data 資 料 來 源 : 透 過 下 拉 式 功 能 選 擇 計 算 公 式 所 需 之 資 料 種 類

Color 顏 色 : 可 使 用 不 同 顏 色 來 做 分 級 區 分 。

Label: 定 義 臨 界 值 的 報 告 形 式 。

Limit 計 算 公 式 : 定 義 臨 界 值 的 計 算 公 式 。

Competitive 競 爭 型 試 驗 : 若 實 驗 設 定 為 競 爭 型 試 驗 , 就 會 將 讀 值 較 高 的 為 陰 性 讀 值 較

低 的 陽 性 。

QC Validation

可 讓 使 用 者 定 義 檢 查 實 驗 是 否 正 確 的 公 式 。 按 下 選 項 後 出 現 以 下 視 窗 :

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Input Data 資 料 來 源 : 透 過 下 拉 式 功 能 選 擇 計 算 公 式 所 需 之 資 料 種 類

Validation Group 確 認 標 準 號 碼 群 組 : 定 義 確 認 標 準 公 式 號 碼 , 用 以 區 分 輸 入 資 料 來

源 之 不 同 。

Validation Formula 確 認 標 準 公 式 : 可 設 定 多 達 10 個 公 式 , 如 果 經 計 算 後 與 確 認 標 準

不 同 , 螢 幕 會 以 TRUE 或 FALSE 顯 示 警 告 視 窗 。

Data Handling

可 讓 使 用 者 自 行 定 義 報 告 輸 出 , 列 印 或 存 檔 格 式

Data Export: 可 自 行 選 擇 輸 出 至 Excel 或 ASCII 檔 案 之 格 式 及 排 列 方 式 。 將 所 需 輸 出

之 數 據 按 雙 右 鍵 從 Available data 欄 位 拉 取 至 Selected data 欄 位 , 輸 出 之 格 式 可 依 據

需 求 以 平 行 (Horizontal) 或 垂 直 (Vertical) 方 向 並 以 條 列 式 (Table) 或 矩 陣 式 (Matrix)

做 排 列 。

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Printed Report: 可 自 行 編 輯 報 告 列 印 格 式

Data Selection: 設 定 報 告 設 定 資 料 表 , 先 設 定 以 條 列 式 (List) 或 矩 陣 式 (Matrix) 做 列

印 排 列 , 將 所 需 輸 出 之 數 據 從 Available data 欄 位 利 用 插 入 (Insert) 或 附 加 (Append)

至 Selected data 欄 位 。

Page Set Up/Header/Footer: 設 定 報 告 設 定 的 表 頭 / 頁 尾 , 間 隔 排 序 等 細 項 設 定 。

Automated Data Handling: 可 設 定 自 動 資 料 處 理 , 點 選 所 需 要 自 動 處 理 的 項 目 , 測

量 後 可 自 動 執 行 存 檔 、 列 印 或 輸 出 等 。

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III. Saving the Method 檔 案 儲 存

所 有 測 量 參 數 及 計 算 公 式 都 編 輯 完 成 後 , 即 可 按 下 NEXT 鍵 將 方 法 執 行 檔 進 行 存 取 動

作 。 軟 體 可 允 許 自 行 定 義 檔 案 放 置 位 置 及 檔 名 , 以 方 便 不 同 使 用 者 使 用 。 下 次 只 需 從

Start Measurement Wizard 裡 的 Use Predefined Method 裡 開 啟 存 檔 過 之 方 法 執 行

檔 即 可 進 行 判 讀 。

IV. Multiplate Methods 多 盤 測測 量 模 式

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若 TECAN 判 讀 儀 為 Infinite 系 列 或 Safire 2 等 級 可 支 援 多 盤 測 量 模 式 , 選 擇 方 式 為 編

及 參 數 的 左 下 方 , 鍵 入 所 需 之 待 測 微 孔 盤 數 量 。

開 始 測 量 後 會 在 每 個 微 孔 盤 測 定 間 隔 跳 出 提 醒 裝 置

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四 常 見 之 運 算 公 式

Magellan 麥 哲 倫 軟 體 為 一 套 具 有 數 據 運 算 操 作 功 能 的 軟 體 , 此 章 節 提 供 一 些 常 見 的 運 算 公

式 以 方 便 使 用 者 撰 寫 相 關 程 式 。

Transformation 工 具 欄 中 有 下 列 選 項 與 功 能 :

Number 每 一 個 計 算 公 式 都 會 有 一 個 程 式 編 號 , 再 新 增 公 式 時 , 首 先 要 給 予 它 一 個 號 碼 。

爾 後 選 擇 公 式 只 須 從 公 式 表 中 選 擇 其 號 碼 即 可 。

Input data 從 選 單 中 選 取 要 套 用 於 此 公 式 的 值 , 它 可 以 是 測 量 出 的 值 , 平 均 值 或 是 已 定 義

的 轉 換 程 式 (defined transformation)。

Output 代 表 此 計 算 公 式 結 果 的 名 稱 。

此 選 單 包 含 在 這 個 實 驗 中 應 用 的 公 式 。 使 用 者 可 從 選 單 中 選 擇 所 需 的 公 式 , 或 新 增 公 式 。 已

定 義 的 變 數 也 可 在 此 使 用 。

Variable 所 有 可 使 用 的 變 數 表 單 。〔x 代 表 目 前 well 的 值 〕

Operators 所 有 可 使 用 的 運 算 符 號 表 單 。

Functions 所 有 可 套 用 的 運 算 功 能 表 單 。

Set

將 公 式 設 定 於 選 取 的 區 域 中 。

Delete

將 選 取 區 域 中 的 公 式 刪 除 。

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1. 常 用 的 公 式 運 算 符 號 如 下 :

加 +


_

乘 *

除 /

次 方

^

小 於 <

小 於 等 於

大 於 等 於 >=

相 等 = =

不 等 於 !=

等 於 =

例 如 :

If (x = = 0.000), then x = 1.000, 如 x 的 值 是 0 時 , 則 把 x 的 數 據 設 為 1

x^y 設 x 的 次 方 為 y, 例 : 3^2 = 9

2. 標 準 曲 線 分 析 形 式

軟 體 可 依 據 酵 素 免 疫 分 析 套 組 產 品 說 明 書 , 提 供 10 種 常 用 的 線 性 計 算 方 式 以 供 選 擇 。

細 項 公 式 如 下 :

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2.1 Point to Point

2.2 Linear Regression

2.3 Non-Linear Regression

2.4 Polynomial

2.5 Cubic Spline

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2.6 Akima

2.7 LogitLog

2.8 Four Parameters

2.9 Five Parameters

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五 常 見 之 實 驗 範 例

以 下 以 一 個 常 見 的 定 量 ELISA 為 範 例 :

測 定 參 數 如 下 :

樣 品 擺 放 位 置 、 數 量 和 形 式 如 下 :

標 準 曲 線 配 置 如 下 :

臨 界 值 相 關 參 數 設 定 如 下 :

細 項 的 設 定 參 數 以 圖 像 顯 示 如 下 :

建 立 一 個 程 式 執 行 檔 :

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設 定 測 量 參 數 :

定 義 測 量 波 長 來 進 行 吸 光 模 式 , 也 可 選 擇 參 考 值 波 長 扣 除 背 景 值 進 行 雙 波 長 測 量 模 式 。

設 定 樣 品 擺 放 位 置 、 數 量 和 形 式 。 在 辨 識 符 號 選 擇 所 需 符 號 , 之 後 在 重 複 選 項 中 點 選 數 量 及

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排 列 順 序 , 利 用 滑 鼠 在 視 窗 上 選 擇 所 要 設 定 範 圍 或 直 接 點 選 單 獨 位 置 , 選 取 好 之 後 , 按 下

Fill Selection 按 鍵 及 完 成 設 定 。

進 行 空 白 對 照 組 之 扣 除 , 參 數 編 輯 為 x-BL1

所 有 空 格 內 都 多 了 x-BL1 的 運 算 公 式

接 著 依 序 鍵 入 標 準 品 對 照 組 濃 度

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之 後 依 據 kit 建 議 選 擇 標 準 曲 線 資 料 、 分 析 形 式 、 座 標 等 選 項

設 定 臨 界 值 相 關 參 數

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自 行 選 擇 報 告 列 印 格 式 :

最 後 選 擇 設 定 自 動 資 料 處 理 , 點 選 所 需 要 自 動 處 理 的 項 目

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