Vertiefungsrichtung Genetik - Mathematisch-Naturwissenschaftliche ...

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Vertiefungsrichtung Genetik - Mathematisch-Naturwissenschaftliche ...

Vertiefungsrichtung Genetik

Willkommen zur

Informationsveranstaltung

über Studieninhalte

der Vertiefungsrichtung Genetik

(B. Sc. Biologie)


Vertiefungsrichtung Genetik

(Interfakultäres) Institut für Genetik und Funktionelle Genomforschung

Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät:

Abt. Genetik der Mikroorganismen

• Prof. Dr. Sven Hammerschmidt

• Prof. Dr. Hans-Joachim Schüller

Medizinische Fakultät:

Abt. Funktionelle Genomforschung

• Prof. Dr. Uwe Völker

Abt. Humangenetik

• Prof. Dr. Ute Felbor

• Prof. Dr. Andreas Kuß


Vertiefungsmodule Genetik

Vertiefungsrichtung Genetik

Genetik 1 (VC1), 12 LP Genetik 2 (VC2), 12 LP Genetik 3 (VC3), 12 LP

Vorlesungen:

Molekulargenetik der

Prokaryoten (2 LP)

Methoden der molekularen

Genetik (2 LP)

Praktikum:

Großpraktikum

Genetik I (6 LP)

Seminar:

Genetik (2 LP)

Vorlesungen:

Molekulargenetik der

Eukaryoten (2 LP)

Einführung in die

funktionelle Genomforschung

(2 LP)

Molekulare

Biotechnologie der

Eukaryoten (2 LP)

Praktikum:

Großpraktikum

Genetik II (6 LP)

Wahlobligatorische

Vorlesungen:

Molekulare

Physiologie der

Mikroorganismen

(2 LP)

Medizinische

Mikrobiologie (2 LP)

Molekulare

Biotechnologie der

Prokaryoten (1 LP)

Funktionelle

Zellbiologie (1 LP)

Die Großpraktika Genetik I und II finden

zusammen mit dem Seminar im Block statt

(Teilnahmevoraussetzung: Fachmodul F5)

Praktikum:

Projektpraktikum

Genetik II (8 LP)


Stundenplan Wintersemester 2011/12

Vertiefungsrichtung Genetik

Mo Di Mi Do Fr

8

9

10

11

12

13

14

Molekulargenetik

der Prokaryoten

(S. Hammerschmidt)

Mol. Bt. der Prok.

(T. Schweder)

Mol. Physiologie

der Mikroorg.

(M. Hecker)

Methoden der

molek. Genetik

(G. Burchhardt)

Mol. Biotechnologie

der Eukaryoten

(H.-J. Schüller)

Medizinische

Mikrobiologie

(I. Steinmetz u. a.)

Einf. Funktionelle

Genomforschung

(U. Völker)

Molekulargenetik

der Eukaryoten

(H.-J. Schüller)

15

März 2012: Großpraktikum Genetik I, II sowie Seminar Genetik

obligatorisch

wahlobligatorisch

Ev. Einbau von Vorlesungen wahlobligatorischer Spezialmodule


Vertiefungsrichtung Genetik

Experimentelle Arbeiten in den genetischen Großpraktika

Großpraktikum I (VC1), II (VC2)

im Anschluss an das 5. Semester (4 Wochen, 5. – 30. März 2012)

Praktische Inhalte VC1:

Transfektion eukaryotischer Zellen

Gezielte Mutagenese von S. pneumoniae und Hämolysetest

Southern Hybridisierung zur Mutationsanalyse

DNA Klonierung und Restriktionsanalyse

Heterologe Genexpression und Detektion rekombinanter Proteine

Seminare

Protokolle

Praktische Inhalte VC2:

Transformation und funktionelle Mutantenkomplementation bei S. cerevisiae

Charakterisierung konditionaler Mutanten

Analyse regulierter Genexpression in S. cerevisiae

Versuche zur funktionellen Genomforschung


Vertiefungsrichtung Genetik

Weitere Planung für das Sommersemester 2012:

• Projektpraktikum in einer genetischen Arbeitsgruppe;

• Nahtloser Übergang zur Bachelorarbeit in der gleichen Gruppe;

• Mündliche Abschlussprüfung zu umfassenden genetischen Inhalten.

Betreuungskapazität genetischer Arbeitsgruppen:

• AG Hammerschmidt:

• AG Schüller:

• AG Völker:

4-5 Plätze

2-3 Plätze

2-3 Plätze


Fragestellungen in der AG Hammerschmidt

Infektionsforschung: Pathogen – Mensch- Interaktion

Bergmann et al., J Cell Science (2009) 122: 256-267.

Vertiefungsrichtung Genetik

Erreger

Wirt

Pneumokokken

Pneumokokken – Wirtszell - “Kommunikation“

Pneumokokken

im CSF

Signal Transduction

und Bioimaging


Molekulare Analyse der Pathogenitätsmechanismen

Molekulare Arbeiten: Mutanten, PCR, qRT-PCR etc.

Biacore: Protein-Protein Interaktionen

Infektionen in der Zellkultur

In vivo Infektion und Bioimaging


AG Hammerschmidt: Infektionsforschung in der Genetik

Molekularbiologie Biochemie Zelluläre Mikrobiologie Mausinfektionen

PCR

Southern

Northern

Expressionsklone

Real-time PCR

EMSA

siRNA

Proteinreinigung

Protein-Protein

Interaktionen

BIAcore

ELISA

Bindungsstudien

Immunblots

Peptide Arrays

Adhärenz –Invasion

Studien

Elektronenmikroskopie

Fluoreszenzmikroskopie

incl. CLSM

Signaltransduktion in

eukaryot. Zellen

Infektionsmodelle

Bioimaging

Transgene und

Knockout Mäuse

Proteomanalyse

Metabolom

FACS

(Durchflusszytometrie)

Cytokine Profile

(Luminex Technologie)

Zellen:

Epithel, Endothel,

Primäre

APC (DC, Macrophagen)


Fragestellungen der AG Schüller

Vertiefungsrichtung Genetik

Interaktion zwischen Regulationsfaktoren

der Transkriptionskontrolle in Hefe:

Interaktion spezifischer Regulatoren mit

pleiotropen Faktoren;

Rolle von Chromatinremodellierungsfaktoren

Systeme der kovalenten Histonmodifizierung

Cofaktoren der transkriptionalen Aktivierung

Interaktionen zwischen metabolischen

Regulationssystemen

Faktoren der metabolischen Signalauslösung

Genetik der Coenzym A-Biosynthese

in Hefe:

Charakterisierung konditionaler

Mutanten des Syntheseweges

Konstruktion allosterisch deregulierter

Biosyntheseenzyme

Charakterisierung des CoA-SPC

(Enzymkomplex der Biosynthese)

„Metabolic engineering“ des CoA-

Syntheseweges

Verwendete Methoden:

Protein-DNA-Interaktionen

Proteinüberproduktion

Protein-Protein-Interaktionen

Gerichtete Mutagenese

Genexpressionsstudien (Reportergene, RT-PCR)

Chromatin-Immunopräzipitation (ChIP)

Optimierung von Vektorsystemen


Vertiefungsrichtung Genetik

Sin3

PAH

4

Pho23 Sap30 Sds3

PAH

3

PAH

2

PAH

1

PA-regulated

nuclear import

Interaktionsnetzwerk

regulatorischer Faktoren

der Phospholipid-Biosynthese

in Hefe

recruitment

of HDACs

(Rpd3, Hda1,

Hos1, Hos2)

Cyc8

WD-

40

Tup1

TPR

SID

bZIP

AID

Opi1

Ino2

TAD

(mediator complex,

Snf1 kinase complex)

execution of

gene repression

RID

RNA Pol. II

holoenzyme-complex

nucleosomes

Ino4

bHLH bHLH

ICRE

TF

IIB

TBP

TATA

structural gene

(WYTTCAYRTG)

phospholipid

biosynthesis:

chromatin

remodelling

Complexes

(SWI/SNF, Ino80)

Set2

histone methyltransferase

INO1 CHO1

ACS2 ACC1

FAS1 FAS2...


Interfakultäres Institut für Genetik und

Funktionelle Genomforschung

1. Abteilung für Genetik der

Mikroorganismen

(Hammerschmidt, Schüller) -

Mat.-Nat.-Fakultät

2. Abteilung für Humangenetik

(Felbor, Kuss, Wehnert) – Med.

Fakultät

3. Abteilung für Funktionelle

Genomforschung (Völker) –

Med. Fakultät


Abteilung für Funktionelle Genomforschung

Genomics

Transcriptomics Proteomics Metabolomics

bioinformatics

in vivo OMICs-approaches - Analysis of host-pathogen interactions (SFBTRR34)

Contact person: Frank Schmidt (frank.schmidt@uni-greifswald.de), Ref.: Schmidt et al., Proteomics 10, 2801, 2010.

OMICs-approaches in the analysis of cardiovascular diseases (SFBTRR19)

Contact person: Elke Hammer (elke.hammer@uni-greifswald.de), Ref.: Hammer et al., J Proteome Res, Mar 18, 2011.


Abteilung für Funktionelle Genomforschung

Genomics characterization of the Study of Health in Pomerania (SHIP, Siemens)

www.affymetrix.com

Contact person: Georg Homuth (georg.homuth@uni-greifswald.de), Ref.: Newton-Cheh et al., Nat. Genet. 41, 666, 2009.

Proteomics screens for biomarkers in case/ control studies (GANI_MED)


Vertiefungsrichtung Genetik

Ausblick zum Masterstudiengang „Molekularbiologie und Physiologie“

In diesem Studiengang müssen drei Fortgeschrittenenmodule zu je 12 LP

gewählt werden:

Genetische Fortgeschrittenenmodule:

Fortgeschrittenenmodul „Funktionelle Genomforschung“ (FO2):

u. a. Anwendung von Techniken der funktionellen Genomforschung (V)

Modellorganismen in der Funktionellen Genomanalyse (V)

Methoden der Funktionellen Genomanalyse (V)

Fortgeschrittenenmodul „Molekulare Infektionsgenetik“ (FO4):

u. a. Molekulare Grundlagen der Pathogenität von Mikroorganismen (V)

Molekulare Grundlagen der zellulären Mikrobiologie (V)

Molekulare Wirkungsmechanismen von Toxinen (V)

Fortgeschrittenenmodul „Molekulargenetik der Eukaryoten“ (FO8):

u. a. Mechanismen der eukaryotischen Genregulation (V)

Jeweils Großpraktika im Umfang von 6 LP und Seminare (1 LP)

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