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4. AKIM‐Info, September 2009
4. AKIM‐Info
Wissenschaftsplattformen
Um Sie künftig über den Entwicklungsstand der Wissenschaftsplattformen noch besser
informieren zu können, gibt es ab sofort eine Homepage mit Informationen rund um die
AKIM‐Wissenschaftsplattformen. Darunter fallen Informationen über aktuelle News und
Termine sowie Beschreibungen der Pilotprojekte und ein Überblick über die einzelnen
Wissenschaftsplattformen.
Die Homepage ist unter folgender Adresse zu finden: www.meduniwien.ac.at/msi/akim
Im Folgenden möchte Sie die Medizinische Statistik und Informatik (MSI) wieder über den
aktuellen Entwicklungsstand der einzelnen AKIM‐Wissenschaftsplattformen informieren:
− Wissenschaftliche Bilddatenplattform
− Bioinformatik‐Plattform
− Expertensystemplattform
− Klinisches Studiensystem
− RDA‐Plattform (Research Documentation and Analysis)
− Lehrplattform
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4. AKIM‐Info, September 2009
Wissenschaftliche Bilddatenplattform
Pilotprojekt Dermatologie
Die Implementierungsarbeiten zur Überleitung der Daten aus dem Melanomdokumentationssystem
MoleMax der Univ.‐Klinik für Dermatologie sind soweit gediehen,
dass mit Oktober die initiale Überleitung auf die AKIM‐Bilddatenplattform erfolgen wird. Ziel
dabei ist nicht die Ablöse des MoleMax‐Systems und dessen Funktionalität, sondern die
Zurverfügungstellung der Daten für die wissenschaftliche Weiterverwendung und die
Verwendung in der Lehre. In Abbildung 1 sind die mikroskopischen Auflichtaufnahmen eines
Patienten im Viewer der AKIM‐Bilddatenplattform zu sehen. Auf dem rechten Bildteil ist die
Lokalisierung der Aufnahmen auf einer „Dummy“‐Figur dargestellt.
Abbildung 1: MoleMax‐Daten in der AKIM‐Bilddatenplattform
Pilotprojekt Pathologie
Die Arbeiten zur Überleitung von Bilddaten aus iPhoto‐Archiven für den Aufbau einer
prototypischen Falldatensammlung sind in vollem Gange. Dabei werden analog dem
Pilotprojekt der Dermatologie nicht nur die reinen Bilddaten in die AKIM‐Bilddatenplattform
übernommen, sondern auch die Beschlagwortung zu den Bildern. Die Beschlagwortung wird
hier u.a. eingesetzt, um die Kategorisierung (auch Mehrfachkategorisierung) der Fälle
durchzuführen und die Suche nach Bilddaten in gesuchten Fallkategorien zu unterstützen.
Projektleiter: Dipl.‐Ing. Dr. Michael Prinz, michael.prinz@meduniwien.ac.at
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4. AKIM‐Info, September 2009
Bioinformatik‐Plattform
Die Bioinformatikplattform in AKIM hat als zentrales Ziel, die gemeinsame Auswertung von
Genom‐ und klinischen Daten zu ermöglichen. Letztlich soll eine komfortable Analyse der
Genom‐ Phänotypbeziehungen ermöglicht werden, siehe Abbildung 2.
Data integration 4
Genome ↔ Phenotype Analysis
(Derma)
2 Bio-Pilots
in AKIM
IT 4 MolMed 5
(Patho, Nephro, TxChir)
© W. Schreiner, July 2009
Abbildung 2: Genom‐ Phänotypbeziehungen
Zentrale Datendrehscheibe ist dabei die RDA‐Plattform: Sie erhält automatisch die
Patientendaten und medizinische Daten aus der Routineversorgung und wird zusätzlich
Spezialregister des Hauses und weitere Forschungsdaten beherbergen.
Jede einzelne Art von Genomdaten (Expressionsdaten, Proteomics, SNPs) soll gemeinsam
mit sämtlichen Daten aus der RDA analysierbar sein. Dazu wird generell die Strategie
verfolgt, benötigte Daten aus der RDA in jene Softwarepakete zu transferieren, die speziell
für die Analyse der jeweiligen Genomdaten zugeschnitten sind.
Die RDA‐Plattform ist zum gegenwärtigen Zeitpunkt in einer Vorabversion (ArchiMed)
verfügbar und wird in einem Entwicklungsprojekt des MSI mit Unterstützung der Firma
Siemens erstellt. Die Verfügbarkeit der tatsächlichen Datenintegration wird sich daher
parallel mit der Komplettierung der RDA schrittweise erweitern.
Für eine Darstellung des Gesamtzusammenhanges sehen Sie bitte das Video:
Mediaplayer:
http://www.meduniwien.ac.at/msi/biosim/linkc.php?to=http://www.meduniwien.ac.at/msi
/biosim/akim/datenintegration03.wmv
Quicktimeplayer:
http://www.meduniwien.ac.at/msi/biosim/linkc.php?to=http://www.meduniwien.ac.at/msi
/biosim/akim/datenintegration03_32_q55.mov
Projektleiter: o.Univ.‐Prof.Dr. Wolfgang Schreiner, wolfgang.schreiner@meduniwien.ac.at
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4. AKIM‐Info, September 2009
Expertensystemplattform
Als erster Implementierungsschritt für die wissenschaftliche Expertensystemplattform wurde
ein Zugang aus dem Wissenschaftsnetz zur i.s.h.med Entwicklungsumgebung der Routine
geschaffen.
Eine Verbindung von dem i.s.h.med Routineteil zu dem Server der wissenschaftlichen
Expertensystemplattform, welcher am ITSC angesiedelt ist, wurde im Zuge dieser Tätigkeit
ebenso eingerichtet.
Durch diese Maßnahmen stehen der wissenschaftlichen Expertensystemplattform vorerst
zwei Arbeitsplätze zur Verfügung, mit denen die einzelnen Komponenten der Plattform
einem Echt‐Test zugeführt werden können. Diese beiden Arbeitsplätze dienen im weiteren
Verlauf dazu, die als Pilotprojekte an den AKIM‐Pilotkliniken für Dermatologie und
Nephrologie vorgesehenen wissensbasierten Systeme (WBS‐Prototypen) zu realisieren und
auch dementsprechend testen zu können. Dadurch ist auch die Basis geschaffen, dass nach
erfolgter Finalisierung diese wissensbasierten Systeme in den Routinebetrieb integriert
werden können, um dort dann an aktuellen Patienten angewandt, das klinischen Personal
dementsprechend zu unterstützen.
Die schon vor einiger Zeit initiierten Startprojekte, Melanom‐Vorhersage und
Immunsuppressiva‐Therapie, an den Pilotkliniken für Dermatologie und Nephrologie,
befinden sich noch in der Phase des Wissenserwerbs. Dies bedeutet, dass von vorhandenen
Patientendaten in der Vergangenheit, und aus dem zur Verfügung stehenden aktuellen
medizinischen Wissen Wissensbasen erstellt werden.
Die ersten Ergebnisse dieses Wissenserwerbs werden derzeit umgesetzt und diversen Tests
(proof of concept) unterzogen.
Projektleiter: Dipl.‐Ing. Dr. Christian Schuh, christian.schuh@meduniwien.ac.at
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4. AKIM‐Info, September 2009
Klinisches Studiensystem
Wie bereits berichtet wurde die AKIM‐Wissenschaftsplattform für die Unterstützung
klinischer Studien Anfang Juli in Betrieb genommen. Bei der im Rahmen des ersten
Pilotprojektes umgesetzten TIP Studie (eine Phase II Arzneimittelstudie) der Klinischen
Abteilung Nephrologie und Dialyse wurden bereits mehr als die Hälfte der zu rekrutierenden
PatientInnen über das Data Entry Module des Studiensystems MACRO erfasst. Daher werden
noch in diesem Jahr weitere Studienumsetzungen folgen.
Im September wurde die Train‐the‐Trainer Schulung für IT‐MitarbeiterInnen und
KlinikerInnen der AKIM Pilotprojekte erfolgreich abgehalten ‐ weitere Schulungen werden
angeboten.
Abbildung 3: Auflistung TIP Subjects im Web Data Entry von MACRO
Projektleiter: Dipl.‐Ing. Dr. Thomas Wrba, thomas.wrba@meduniwien.ac.at
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RDA‐Plattform (Research Documentation and Analysis)
4. AKIM‐Info, September 2009
In der RDA‐Plattform werden zukünftig wissenschaftsrelevanten Daten in hoch strukturierter
Form zentral zur Verfügung stehen und damit eine verbesserte, wissenschaftliche Nutzung
der medizinischen Daten an der MUW sicherstellen.
Durch das Anlegen von Beobachtungsstudien, Fallkontrollstudien oder Wissenschaftsregistern
und der Zuordnung der entsprechenden Formulare soll der Kliniker selbst rasch ein
individuelles „Dokumentationssystem“ aufbauen können, das die sofortige Nutzung der so
erhobenen Daten gemeinsam mit den bereits vorhandenen Datenbestand ermöglicht.
Dieser Datenbestand wird laufend auch mit den im AKIM‐KIS dokumentierten Daten, den
Labordaten etc. ergänzt, sodass die aus den unterschiedlichen Quellen stammenden Daten
verknüpfbar nutzbar sind.
Derzeit wird an den neuen Schnittstellen zum Austausch der Patientenstammdaten, Fall‐ und
Aufenthaltsdaten gearbeitet. Um auch zukünftig Kompatibilität und besonders semantische
Interoperabilität sicherzustellen wird hier auf den HL7/ISO Standard gesetzt. Derzeit laufen
bereits erfolgreich Testüberleitungen.
Die Dokumentenschnittstelle wird auf Basis der HL7 Clinical Document Architecture (CDA)
konzipiert und folgt damit der österreichweit gültigen Grundlagen für die Elektronische
Gesundheitsakte ELGA. Noch in diesem Jahr sollen als erste CDA‐Dokumente die
Laborbefunden für den Datenaustausch im Rahmen von AKIM für das AKIM‐KIS und der RDA
zur Verfügung stehen. Die dafür notwendigen Spezifikationen werden in einer Kooperation
zwischen dem Institut für Medizinische Informations‐ und Auswertesysteme, der AKH‐EDV
und der Firma Siemens durchgeführt.
Projektleiter: Dipl.‐Ing. Dr. Thomas Wrba, thomas.wrba@meduniwien.ac.at
Lehrplattform
Dieser Projektteil ist erst für Phase 4 geplant, welche voraussichtlich 2010 starten wird.
Projektleiter: Dipl.‐Ing. Peter Grösser, peter.groesser@meduniwien.ac.at
Allgemeine Informationen
Allgemeine Fragen zum Projekt richten Sie bitte an:
AKIM Teilprojektleiter Wissenschaft:
Univ.‐Prof. Wolfgang Dorda, wolfgang.dorda@meduniwien.ac.at
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