Molekulare Phylogenie und freie Software
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Woher kommen die zu bewertenden Bäume?<br />
Beste, weil gründlichste Methode:<br />
Berechnung aller potentiell möglichen Verzweigungsmuster<br />
= erschöpfende Suche (exhaustive search)<br />
Seq1<br />
Seq2<br />
Seq1 Seq3<br />
Seq2<br />
Seq3<br />
Seq4<br />
Seq4<br />
Seq1<br />
Seq2<br />
Seq3<br />
Seq4<br />
Seq1 Seq4<br />
Seq2<br />
4 OTUs: 4 Bäume sind potentiell möglich:<br />
Seq3<br />
Alle 4 Bäume werden berechnet <strong>und</strong> der beste Baum wird gewählt.<br />
Parsimony: Baum mit der geringsten Anzahl an Mutationen<br />
Likelihood: Baum mit der höchsten Wahrscheinlichkeit
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