GelAnalyzer 3 ©: The first Arabic Bioinformatic software for gel ...

jcmb.halic.edu.tr

GelAnalyzer 3 ©: The first Arabic Bioinformatic software for gel ...

GelAnalyzer 3 ©: The first

Arabic Bioinformatic

software for gel analysis

Author: Nouh Eid Ahmed

(egynouh@yahoo.com)

License: Freeware

Gel Analyser at a glance

GelAnalyser3 is a software that contains useful

modules for gel analysis in Arabic language

created by a young Egyptian scientist and programmer.

Recently, this software has been used

extensively and developed through three different

versions. It supports Arabic and English languages

and have been cited in some articles in

peer-reviewed journals. The freeware license and

the Arabic language supported modules besides

the quick ability to produce results, make it a

popular program among Arab molecular biologists

nowadays.

Program history

The program was officially launched online in

2004 and developed dramatically since then. The

earlier versions (1.0 and 2.0) were created to aid

biologist in simple gel analysis applications for

both protein and DNA. For example band detection;

relative mobility (RF) calculation, molecular

weight calculation etc., and it can provide the

results in both notepad and excel format.

The latest version, GelAnalyser3, contains

many other new features. For example, it has

modules for marker test, indentifying the type of

every band and calculating its frequency, calculating

the polymorphism percentage, determining

semi-common bands and polymorphic bands, and

most importantly adding an English interface.

Contribution of Gel Analyzer to research

Many Arabic researchers in molecular biology

have used GelAnalyser modules in gel analysis.

In addition, analyses results can be exported to

excel sheets which could be useful for further

analysis with other software. The results output

format is compatible with many other programs.

Advantages and disadvantages of Gel Analyser3

Advantages

- Stand alone software under Windows and

does not depend on internet.

- Fast enough to execute data in minimum time

compared to other programs.

- Contain different modules for Gel Analysis,

for both DNA and protein.

- The author was keen to explain the scientific

bases of every module.

- Simple interface in both Arabic and English.

Disadvantages

- The manual is too summarized and needs to be

improved.

- Does not work online to retrieve the data and

it exists on a personal home page.

- The program does not work properly under

some Windows versions ( it works under Arabic

enabled version only).

- Does not support other operating systems.

- Does not show the full gel image, although it

is said so in the manual.

Software design

Although the user interface is simple, it needs some

time for the first timers to get used to it, specially,

to know how to add the right size photo. The author

used Visual Basic as medium for designing the

program which is not a powerful programming

language in designing bioinformatics software. The

menus are designed in a logical and nice order.

Restrictions in use

The author did not impose any restrictions in using

the software. However, he urges the users to cite

the software in their articles.

Freeware availability

Software Review 79

A public version of the software "GelAnalyzer3" is

accessible under: the web site

http://www.geocities.com/egygene

Ahmed Mansour,

Genetic Department,

Faculty of Agriculture,

Zagazig University, Egypt.


80

GelAnalyzer3 ©:

Jel analizi için ilk Arapça

biyoinformatik yazılımı

Yazar: Nouh Eid Ahmed

(egynouh@yahoo.com)

Lisans: Ücretsiz yazılım

Bir bakışta GelAnalyzer

GelAnalyzer3, Mısırlı genç bilim adamları ve

programcıları tarafından yaratılan jel analizi için

yararlı modüller içeren Arapça bir yazılımdır.

Son zamanlarda bu yazılım yaygın olarak

kullanılmış ve üç farklı sürüm ile geliştirilmiştir.

Yazılım Arapça ve İngilizce olabilir. Yazılıma

hakemli dergilerde atıfta bulunulmuştur. Kısa

sürede sonuç üretmesinin yanında ücretsiz

yazılım ve Arapça modüllerin olması yazılımı

Arap moleküler biyologlar arasında popüler

yapmıştır.

Programın Tarihçesi

Bu program resmi olarak 2004 yılında internet

üzerinde başlatılmış ve o tarihten beri çarpıcı bir

şekilde geliştirilmiştir. İlk versiyonları (1.0 ve

2.0) protein ve DNA’nın basit jel analizi

uygulamalarında biyologlara yardımcı olmak için

yaratılmıştır. Örneğin bant tespiti, göreceli hareket

hesaplaması, moleküler ağırlık hesaplanması

ve bunun gibi analizlerin sonuçlarını notepad ve

excel formatında elde etmek mümkündür.

En son sürüm olan GelAnalyzer3’ün birçok

diğer özellikleri vardır. Örneğin, markör testi

için, her bandın tanımlanması ve frekansın

hesaplanması, polimorfizmin yüzdesinin

hesaplanması ve polimorfik bantların belirlenmesi

ve en önemlisi İngilizce arayüz eklenmesi için

modüllerinin bulunması.

Gel Analyzer’in araştırmaya katkısı

Bir çok Moleküler biyoloji alanında araştırma

yapan çoğu Arap araştırmacılar Gel analizinde

GenAnalyzer modüllerini kullanmaktadırlar.

Buna ek olarak, diğer yazılım programlarıyla

yapacakları ileriki analizler için kendi sonuçlarını

Excel sayfası olarak elde edebilmektedirler. Sonuç

çıktı formatı, birçok program ile uyumludur.

GelAnalyzer3’un avantaj ve dezavantajları

Avantajlar

Windows kullanımı için internet bağlantısına gerek

yoktur

Diğer programlara göre verimin incelenmesi

hızlı bir şekilde minumum sürede gerçekleşir

DNA ve protein için farklı jel Analizi modülleri

içerir

Yazar her modülün bilimsel esaslarını

açıklamıştır

Arapça ve İngilizcede basit interfas

Dezavantajlar

El kitabı çok özel hazırlanmış ve geliştirilmesi

gerekmektedir

Dataya erişmek için çevrimiçi çalışmıyor ve

kişisel ana sayfaya çıkar

Bazı Windows versiyonlarında program uygun

şekilde çalışmaz (yalnızca Arapça versiyonlarda

çalışır)

Diğer işletim sistemlerini desteklemez

El kitabında belirtilmiş olmasına rağmen, bütün

bir jel görüntülenemiyor

Yazılım Taslağı

Kullanıcı arayüzünün basit olmasına rağmen, ilk

defa kullananlar için, özellikle de doğru boyutta

resmin nasıl eklendiğini öğrenmek için zaman

gerekmektedir. Programın taslağı için yazar biyoinformatik

yazılım tasarlaması için kuvvetli bir program

dili olmayan Visual Basic kullanmıştır.

Menüler mantıklı ve hoş bir sırada tasarlanmıştır.

Kullanımda Kısıtlamalar

Yazar, yazılım kullanımında herhangi kısıtlama

yapmamıştır. Fakat kullanıcıların yazılımı makalelerinde

belirtmesi için ısrarla tavsiyede bulunur.

Ücretsiz kullanılabilirlik:

GelAnalyzer3yazılımının herkese açık versiyonuna

belirtilen internet adresinden ulaşılabilir:

http://www.geocities.com/egygene

Ahmed Mansour

Genetik Bölümü,

Tarım Fakültesi,

Zagazig Üniversitesi, Mısır

More magazines by this user
Similar magazines