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Identifikation von

Identifikation von phytopathogenen Bakterien mittels MALDI‐TOF MS: Einsatz einer neuen, auf Genomdaten basierten Referenzdatenbank Guido Vogel Mabritec AG, Riehen, Schweiz guido.vogel@mabritec.com Die Identifizierung von Bakterien und Pilzen mittels MALDI-TOF MS basiertem Protein Massen-Muster Vergleich hat sich in den letzten Jahren in einer grossen Zahl von mikrobiologischen Laboratorien als Standard- Methode durchgesetzt. Aufgrund der Einfachheit der Probenvorbereitung und der Geschwindigkeit der Analyse ist diese Identifizierungsmethode heute eine unverzichtbare Ergänzung zu biochemischen und genetischen Verfahren. Im Zuge eines KTI-Projektes hat die Mabritec AG unter anderen auch Datenbank-Module für die Identifizierung von phytopathogenen Bakterien entwickelt, welche in unserem Routinelabor regelmässig für die Identifizierung von unbekannten Bakterien eingesetzt werden. Seit einigen Jahren nimmt die Menge an öffentlich zugänglichen Genomsequenzen einer Vielzahl von Bakterienarten fast exponentiell zu. Wir haben daher ein Verfahren entwickelt, welches uns ermöglicht, aus diesen wertvollen Daten Referenzmassen für die Identifikation von unbekannten Bakterien zu errechnen. Unsere aktuelle Datenbank erlaubt es uns inzwischen über 8‘000 Bakterienarten zu bestimmen und beinhaltet die Informationen aus nahezu 100‘000 Genomsequenzen. Die Vorteile, aber auch die Grenzen des kombinierten Einsatzes von muster- und markerbasierten Datenbanken in der Diagnostik werden anhand von Beispielen erörtert. 12

Neues aus der Diagnostik im Feldgemüsebau Matthias Lutz Agroscope, 8820 Wädenswil, Matthias.lutz@agroscope.admin.ch Der Gemüsebau erwirtschaftet auf rund 1% der landwirtschaftlichen Nutzfläche etwa 14% der landwirtschaftlichen Wertschöpfung in der Schweiz. Aufgrund der hohen Qualitätsanforderung an das Gemüse können selbst kleine, durch Schaderreger verursachte Schäden zu grossen wirtschaftlichen Ausfällen führen. Da in der Schweiz mehr als 100 verschiedene Gemüsekulturen angebaut werden, ist auch eine entsprechend grosse Anzahl an unterschiedlichsten Krankheiten vorhanden. Grundlagenwissen zu spezifischen Krankheiten ist deshalb meist nur limitiert verfügbar. Ausserdem sind jedes Jahr neue Krankheiten oder neue Schaderreger/Kultur-Kombinationen oder Verschiebungen in der Zusammensetzung von Schaderregerkomplexen zu beobachten. Mit dem Ziel neue oder spezielle Probleme möglichst früh zu erkennen, werden im Gemüsebau im Rahmen eines nationalen Netzwerkes von kantonalen Fachstellen, Beratern und Produzenten Proben mit verdächtige Schadsymptome auf deren Schadursache untersucht. Dies beinhaltet in wichtigen Fällen nicht nur die Bestimmung des Schaderregers (oder Schaderregerkomplexes), sondern auch die Frage, weshalb dieser verstärkt aufgetreten ist. Diese Früherkennung ermöglicht es neue Probleme möglichst früh zu detektieren und im optimalen Falle zu eliminieren. Aus der Diagnostik kann nicht nur Wissen zum Auftreten von Schaderregern gewonnen werden, sondern auch wichtige Erkenntnisse zu Verbreitungswege, Fruchtfolgeproblemen, der Biologie von Krankheitserregern etc. gewonnen werden. Dieses Wissen ist fundamental für die Erarbeitung von neuen Bekämpfungsstrategien. 13

Puppets Beyond Borders_Brochure - Culture360
Ethnobotany of Mountain Cultures - Frostburg State University
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CLEAN COAL FACTSHEET
Wastewater Treatment: Remote Control and Monitoring
Kresge-Fdn-Community-Arts-and-College-Arts
University Structure - Staff and Departmental Development Unit
Concept Proposal for a Cultural Institution at the former Commissary Site.
Sudan Field Visit May 2015
Internationalization in Action
ARTS AND HUMANITIES RESEARCH 2015-2016
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