Manual general de usuario - Bienvenido al portal de la plataforma ...

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Plataforma de recepción, gestión y almacenamiento de imagen médica en formato digital DICOMSERVIDOR DE IMÁGENES DICOM DEL LABORATORIO DEIMAGEN MÉDICA (HGUGM)MANUAL GENERAL DE USUARIO(Versión 0.1 – 10 de octubre de 2009)Autor: Enrique Crespo Molera (diseñador y actual administrador de la plataforma)Índice1. Descripción general de la plataforma………………………………………………12. Uso de la plataforma………………………………………………………………..22.1. Pipeline general de proyectos (vía WEB) ……………………………….........22.2. Pipeline específico vía protocolo DICOM ……………………………………72.3. Herramienta de anonimizado, conversión y organización…………………….93. Base de datos de las imágenes……………………………………………………..114. Solicitar alta de un nuevo proyecto, nuevos usuarios y modificación de usuarios ..121. Descripción general de la plataformaEl servidor de imágenes DICOM del Laboratorio de Imagen Médica (LIM enadelante), es el resultado de una implementación de una plataforma de recepción,gestión y almacenamiento de imágenes médicas en formato DICOM, orientada aconseguir una infraestructura que facilite el manejo y posterior procesamiento dedatos de imagen utilizados en proyectos de investigación.Su arquitectura es abierta y consta de una serie de etapas independientes yconfigurables: recepción, anonimización, organización y conversión de los datos aformato Nifti-1. Estas etapas se interconectan entre sí para conformar ‘pipelines’ degestión, independientes y concurrentes en ejecución, que son personalizados segúnlas necesidades particulares de cada proyecto.En concreto, y por el momento, se han implementado cuatro pipelines, de los cualestres son de uso general para usuarios del LIM y se detalla su forma de uso en elapartado 2 de este manual. El otro pipeline es específico para el proyectomulticéntrico de Primeros Episodios Psicóticos, por lo que no será explicado en eleste manual de propósito general. Pero recordamos que si fuera necesaria unaadaptación a requerimientos específicos (como lo ha sido para este último proyectoLaboratorio de Imagen Médica. Unidad de Medicina y Cirugía Experimental. Hospital General Universitario Gregorio Marañón1


Plataforma de recepción, gestión y almacenamiento de imagen médica en formato digital DICOMantes mencionado), se contacte con el administrador de la plataforma de cara aestudiar la viabilidad y diseños de un pipeline concreto y dedicado para un proyectoo ensayo clínico en particular.Si se desea conocer más datos sobre la plataforma se recomienda leer lacomunicación al CASEIB 2009 que describe con más profundidad la plataforma (en\\data-server\docencia\CASEIB 2009\Plataforma DICOM.pdf).2. Uso de la plataformaA continuación se describe cómo hacer uso de los pipelines de uso general que sehan implementado. Existen otros pipelines específicos que en este manual generalno son descritos.2.1. Pipeline general de proyectos (vía WEB)El pipeline general de proyectos recibe, valida, anonimiza, convierte a Nifti-1 yorganiza imágenes DICOM. En los pasos siguientes se muestra cómo subircorrectamente imágenes DICOM al servidor, y en ellos encontrará informaciónacerca de todas esas etapas de procesado antes mencionadas.- El proyecto y los usuarios del mismo tienen que estar dados de alta en laplataforma. Si no es así, ver el apartado 4.- Para subir imágenes pinchar en el menú en “Subida de Imágenes DICOM”- Seleccionar el proyecto al que corresponden las imágenes e introducir usuario ycontraseñas permitidas para ese proyecto. Confirmar en la pantalla siguiente que elusuario identificado se corresponde con el centro de origen de las imágenes.- La figura 1 muestra la pantalla inicial de subida de imágenes:Laboratorio de Imagen Médica. Unidad de Medicina y Cirugía Experimental. Hospital General Universitario Gregorio Marañón2


Plataforma de recepción, gestión y almacenamiento de imagen médica en formato digital DICOMFig1. Pantalla de selección de imágenes para subir al servidor- Primero debe señalar si las imágenes corresponden a un paciente nuevo dentro delproyecto o son imágenes para añadir a un paciente que ya tiene imágenes en elproyecto en el servidor. Ver cuadro 2, en el que se explica cómo se asignan nuevosPatient IDs y Patient Names de cara a su anonimización.- Seleccione un archivo comprimido .zip con las imágenes que desea subir alservidor (Pulsando el botón “Browse…”). Ver cuadro 1, con información acerca delarchivo comprimido .zip con las imágenes.- Pulse “Subir”. Recuerde que tardará un tiempo en aparecer la siguiente pantalla,así pues no cierre esta ventana/pestaña de su navegador.El archivo comprimido con las imágenes- El archivo comprimido con las imágenes en formato DICOM ha de ser un archivo .ZIP. Si tienedudas acerca de cómo construir un archivo .zip pulse: http://dicomserver.hggm.es/faq_zip.php- El tamaño máximo del archivo es de aproximadamente 1,5 Gb.- En el archivo puede haber carpetas y subcarpetas, incluso archivos que no sean imágenes enDICOM. A la entrada de la plataforma el módulo “validador” se encarga de descartar cualquierarchivo que no sea una imagen DICOM y, al mismo tiempo, recorre las carpetas recursivamente.- El máximo número de pacientes diferentes que puede incluir en el mismo archivo es 20Cuadro 1 El archivo comprimido con las imágenesLaboratorio de Imagen Médica. Unidad de Medicina y Cirugía Experimental. Hospital General Universitario Gregorio Marañón3


Plataforma de recepción, gestión y almacenamiento de imagen médica en formato digital DICOM- A continuación aparecerá la pantalla de anonimización (figura 2 si se ha elegidosubir un paciente nuevo, figura 3 si se están añadiendo imágenes a pacientes que yaestán en el proyecto).Fig2. Pantalla de anonimización (pacientes nuevos en el proyecto)- En esta pantalla la plataforma le muestra información sobre las imágenes que haencontrado y validado en el archivo que ha subido. Hay información sobre losPatient IDs y Patient Names originales, número de estudios y número de imágenestotales por paciente y estudios. Compruebe que los datos presentados son correctosy coherentes a las imágenes que está subiendo.- Rellene el campo que queda libre en los patient IDs nuevos que van a serasignados, o escoja un Patient ID de la lista de pacientes que ya tienen imágenes enel proyecto. Ver cuadro 2, en el que se explica cómo se asignan nuevos Patient IDsy Patient Names de cara a su anonimización.Laboratorio de Imagen Médica. Unidad de Medicina y Cirugía Experimental. Hospital General Universitario Gregorio Marañón4


Plataforma de recepción, gestión y almacenamiento de imagen médica en formato digital DICOM- Pulse “Enviar” o “Cancelar el envio” según proceda.Fig3. Pantalla de anonimización (pacientes que ya están en el proyecto)Anonimización – Asignación de Patient IDs y Patient Names- Todas las imágenes serán anonimizadas sin quedar conexión en el servidor del LIM entre IDs yNames originales y nuevos.- El nuevo Patient ID se compone siempre de “Nemotécnico del proyecto_numero secuencial_textoque introduce el usuario”. La parte libre para el usuario NO ha de ser utilizada para replicarpatient IDs originales y SÓLO podrá contener caracteres alfanuméricos.- El nuevo Patient name se compone siempre de "proyecto_centro de origen_fecha desubida_numero de registro interno del servidor". No existen campos libres para el Patient Name enningún caso.Cuadro 2. Anonimización – Asignación de Patient IDs y Patient Names- Tras pulsar “Enviar, las imágenes serán anonimizadas acorde a la selección quehaya realizado. Serán convertidas a formato Nifti-1. Y, por último, seránorganizadas, tanto en DICOM como en Nifti-1, acorde a la estructura de la figura 4.Laboratorio de Imagen Médica. Unidad de Medicina y Cirugía Experimental. Hospital General Universitario Gregorio Marañón5


Plataforma de recepción, gestión y almacenamiento de imagen médica en formato digital DICOM- El final del proceso de subida no será ninguna pantalla de confirmación de éxito,sino que saltará una ventana en su navegador ofreciéndole descargar un archivo .pdfcon el resguardo de registro de subida de imágenes. Esto se hace de esta forma decara a “reforzar” que los usuarios descarguen este archivo. El cuadro 3 explica quécontiene y cuál es la utilidad de este archivo que es ofrecido al usuario. La subidaSÓLO habrá finalizado con éxito si se ofrece esta descarga.Fig4. Estructura de organización de imágenesEl archivo de registro de subida de imágenes- Toda subida de imágenes termina, si ha transcurrido con éxito, cuando se ofrece al usuariodescargar un archivo .pdf con el registro de la subida de imágenes que acaba de realizar.- Este documento contiene información diversa sobre la subida: fecha, hora, proyecto, Patient IDs yPatient Names, tanto originales como los nuevos asignados, etc.- Pretende ser un documento de utilidad para que el usuario que sube las imágenes pueda tener unseguimiento y control de calidad en el proceso. Además de poder ser de utilidad en caso de que hayahabido algún error al subir las imágenes (confusión de IDs por ejemplo)- En este documento, por tanto, queda constancia de la conexión entre IDs originales y los nuevos,por lo que, de cara a que se consideren las imágenes en el servidor del LIM totalmente anonimizadas,NO se guarda copia alguna de este documento en el servidor y, además, toda responsabilidadlegal por el uso de esta información recae entonces en el usuario que tiene el documento.Cuadro 3. El archivo de registro de subida de imágenesLaboratorio de Imagen Médica. Unidad de Medicina y Cirugía Experimental. Hospital General Universitario Gregorio Marañón6


Plataforma de recepción, gestión y almacenamiento de imagen médica en formato digital DICOM2.2. Pipeline específico vía protocolo DICOMSe ha implementado un Store Client Provider (SCP) para protocolo DICOM queconforma un pipeline de subida de imágenes independiente.Al igual que sucede con las imágenes que se suben via web, una anonimizaciónpersonalizada es requerida. A diferencia de la subida via web, el pipeline directo viaprotocolo DICOM no permite detener el procesado de las imágenes en sus fasesintermedias. Por lo tanto la anonimización que se va a realizar ha de ser indicada"a priori" , antes de que ejecute la comunicación DICOM para subir las imágenes.Pasos a seguir:- Pinchar en el menú en “Subida via Protocolo DICOM”.- Indique un nombre de usuario y contraseña válidos para el uso de este pipeline. (Adiferencia del pipeline genérico de subida de imágenes, en este pipeline no secontemplan proyectos y usuarios del proyecto, así pues consulte al Administrador dela plataforma para solicitar una contraseña).- Indique en la siguiente pantalla: el número de pacientes que va a subir, el centrodesde el que se suben o se han realizado las imágenes y el proyecto al quepertenecen las mismas.- En la figura 5 se muestra la pantalla de anonimización “a priori” que requiere estepipeline. Los Patient ID originales ha de conocerlos el usuario de antemano yrelacionarlos con nuevos Patient IDs. Una vez comenzada la comunicación víaprotocolo DICOM, el pipeline buscará en las imágenes que le van llegando esosPatient IDs indicados y los anomizará acorde al nuevo Patient ID indicado por elusuario. Los nuevos Patient Names siempre tendrán la forma: "centro o institución"- "proyecto" - "fecha de subida" - "patientID nuevo", acorde a los datos que yaintrodujo en la pantalla anterior. Pulse Continuar para terminar la configuración dela anonimización “a priori”.- La figura 6 muestra el final del interfaz web de este pipeline. A partir de este puntola anonimización ya está lista para ser empleada. Por tanto, puede comenzar laLaboratorio de Imagen Médica. Unidad de Medicina y Cirugía Experimental. Hospital General Universitario Gregorio Marañón7


Plataforma de recepción, gestión y almacenamiento de imagen médica en formato digital DICOMtransmisión vía DICOM conectándose con un SCU (Store Client Unit) al SCP(Store Client Provider) del servidor del LIM, cuyos parámetros vienen indicados enesta pantalla final. Actualmente cualquier SCU puede conectarse a este SCP, peropor evidentes motivos de seguridad, en un futuro próximo, los SCUs deberán serdados de alta para ser aceptados por el SCP del servidor.- Las imágenes serán recibidas en el servidor del LIM, validadas, anonimizadas yorganizadas por nuevo PatientID y por estudios dentro del paciente.- Las imágenes son guardadas en la carpeta local del servidor DICOM del LIM:“E:/dicomserver/storageDD”. Esta carpeta no puede ser consultada vía web oexterna, por tanto el acceso será vía LAN local del LIM. Le rogamos que extraigalas imágenes de los pacientes que acabe de subir, ya que esta carpeta local nopretende ser un repositorio organizado de imágenes.Fig5. Pantalla de anonimización “a priori”Laboratorio de Imagen Médica. Unidad de Medicina y Cirugía Experimental. Hospital General Universitario Gregorio Marañón8


Plataforma de recepción, gestión y almacenamiento de imagen médica en formato digital DICOMFig6. Pantalla final del pipeline de subida vía protocolo DICOM2.3. Herramienta de anonimizado, conversión y organizaciónEl servidor de imágenes pone a disposición del usuario el uso de los módulos deanonimización, conversión a Nifti-1 y organización de imágenes, conformando unaherramienta independiente de cualquier proyecto o repositorio de imágenes, ya quelas imágenes recibidas no son guardadas en el servidor, ni queda registro del uso dela herramienta..El usuario puede personalizar el uso de esta herramienta solicitandoel tratamiento que desee.Los pasos a seguir son los siguientes:- Pinchar en el menú “Anonimizado, conversión y organización”- Introduzca una contraseña y usuario válidos para poder usar la herramienta (Eneste pipeline no se contemplan proyectos y usuarios del proyecto, así pues consulteal Administrador de la plataforma para solicitar una contraseña).- La siguiente pantalla tras introducir contraseña y usuario válidos, es la pantalla deconfiguración de la herramienta (figura 7). En ella debe personalizar el tratamientoque será efectuado a las imágenes. Puede anonimizar o no, convertir a nifti-1 o no yordenar las imágenes acorde a la estructura de la figura 4, por patient ID o patientName como el “top” de la jerarquía, ya que no hay proyecto donde se engloben lasimágenes. La herramienta efectuará el procesado que ha configurado, que serácombinación de todos los tratamientos solicitados.Laboratorio de Imagen Médica. Unidad de Medicina y Cirugía Experimental. Hospital General Universitario Gregorio Marañón9


Plataforma de recepción, gestión y almacenamiento de imagen médica en formato digital DICOMFig7. Pantalla de configuración de la herramienta- La siguiente pantalla consiste en una confirmación del tratamiento completo queha solicitado. Verifique que es el correcto. Además, si eligió convertir a Nifti-1 lasimágenes, también aparecerá una selección acerca de si desea que le sean devueltassólo las imágenes en formato Nifti-1 o si desea que le sean devueltas en Dicom yNifti-1.- Tras pulsar continuar, le serán solicitadas las imágenes a enviar en un archivo .zip.Si tiene dudas acerca de este archivo .zip, consulte el cuadro 1.- Antes de procesar las imágenes, le será mostrada una pantalla informativa sobre lasimágenes que está enviando (semejante a la de la figura 2). Aparecerá informaciónsobre los Patient IDs y Patient Names originales, número de estudios y número deimágenes totales por paciente y estudios. Compruebe que los datos presentados soncorrectos y coherentes a las imágenes que está subiendo. Además, si ha solicitadoanonimizar las imágenes, rellene los campos patient ID y patient Name. Pulsécontinuar para proceder al tratamiento.- No cierre la ventana mientras se realiza el procesado. Si todo transcurre con éxito,saltará una ventana ofreciéndole guardar o abrir un archivo comprimido en .zipllamado “images.zip”. En ese archivo se encuentran sus imágenes procesadas segúnusted haya solicitado. Todo el proceso ya ha terminado en este momento. Volvemosa recordarle que no ha quedado registro de este uso en el servidor, ni se han quedadolas imágenes originales que envió en ningún repositorio del servidor.Laboratorio de Imagen Médica. Unidad de Medicina y Cirugía Experimental. Hospital General Universitario Gregorio Marañón10


Plataforma de recepción, gestión y almacenamiento de imagen médica en formato digital DICOM3. Base de datos de las imágenesLas imágenes que se suben a través del pipeline general de proyectos quedanguardadas, de acuerdo a la jerarquía de la figura 4, en el servidor del LIMconformando un repositorio organizado de imágenes DICOM y Nifti-1.El acceso a este repositorio de imágenes se puede hacer de dos formas:- Acceso directo a la estructura de directorios y archivos a través de la red local delLIM.Para poder realizar el acceso directo serán necesarios permisos particulares parapoder acceder al sistema de archivos de la plataforma.En el explorador de archivos de su sistema operativo escriba la dirección delservidor: “dicomserver.hggm.es”. Escriba usuario y contraseña válidos y naveguehasta la carpeta: “dicomserver\images\Dicom” o “dicomserver\images\Nifti”. Allícomienza la jerarquía de organización de la figura 4.- Acceso indexado vía portal web de la plataforma.Cada repositorio de imágenes asociado a un proyecto conforma una base de datosindexada a través de archivos .xml. Por tanto, acceder a las imágenes vía webincorpora funcionalidades extra respecto al acceso directo, como poder navegar ybuscar de forma coherente a través de la jerarquía de organización del proyecto,poder ver datos sobre los pacientes, estudios y series antes de descargar lasimágenes, etc.Pulsando en el botón “Base de datos de las imágenes” en el menú de inicio delportal web, se accede a una pantalla de selección de proyecto y la consecuentepetición de usuario y contraseña. Recuerde que sólo si es un usuario autorizado paraun proyecto podrá acceder al repositorio particular de ese proyecto.Una vez comprobados los datos, aparece la pantalla del repositorio particular deimágenes del proyecto accedido.Laboratorio de Imagen Médica. Unidad de Medicina y Cirugía Experimental. Hospital General Universitario Gregorio Marañón11


Plataforma de recepción, gestión y almacenamiento de imagen médica en formato digital DICOMDesde esta pantalla se pueden realizar búsquedas por campos concretos, mostrartodos los pacientes, descargar un archivo Excel con el sumario ordenado depacientes y datos sobre las imágenes que se han encontrado en el repositorio.Navegando a través de las pantallas de búsqueda y muestra de información sobrepacientes, estudios y series, podrá descargar, en archivos comprimidos en .zip, unpaciente concreto, un estudio concreto o una serie en particular (en DICOM o enNifti-1 si es que existen las imágenes en este formato).Las descargas de imágenes hechas a través de la Web quedan registradas en elservidor (nombre de usuario que descarga – fecha- qué ha descargado). Si es ustedcoordinador de un proyecto, esta funcionalidad puede ser de utilidad de cara a unseguimiento de trabajo o control de registros. Póngase en contacto con eladministrador para que le asesore en el acceso a ese registro de descargas.Este modo de acceso está en continúa mejora y actualización, de tal forma que enfuturo existirán nuevas posibilidades en las búsquedas, descargas, etc.4. Solicitar alta de un nuevo proyecto, nuevos usuarios y modificación de usuariosPara dar de alta un proyecto en el servidor debe contactar con el administrador de laplataforma en el Laboratorio de Imagen Médica.El administrador le solicitará los siguientes datos:- Un nombre del proyecto para el servidor, de un máximo de 15 caracteres sinespacios. El nombre del proyecto para el servidor servirá para identificar alproyecto dentro de la programación interna del servidor. A su vez, será elnombre del directorio raíz para este proyecto en el repositorio de imágenes. Lerecomendamos que sea en mayúsculas.- Un nemotécnico para el proyecto, de un máximo de 6 caracteres sin espacios. ElNemotécnico será utilizado como parte de los patient IDs de ese proyecto.También es utilizado en la creación y organización de los directorios delrepositorio de imágenes correspondiente al proyecto. Le recomendamos que loescriba en mayúsculas.- El nombre completo del proyecto, de un máximo de 150 caracteres.- Sólo debe haber caracteres alfanuméricos sin acentuar en todos estos datos.Laboratorio de Imagen Médica. Unidad de Medicina y Cirugía Experimental. Hospital General Universitario Gregorio Marañón12


Plataforma de recepción, gestión y almacenamiento de imagen médica en formato digital DICOMUna vez que el administrador haya dado de alta su proyecto, ya aparecerá en la listade selección de proyecto del pipeline general de subida de imágenes explicado en elapartado 2.1.Para dar de alta nuevos usuarios, modificar uno existente o eliminar un usuario,también deberá contactar con el administrador de la plataforma.Si va a dar de alta un nuevo usuario, el administrador le solicitará los siguientesdatos:- Nombre real del usuario.- Un nombre de usuario para la plataforma (sin espacios)- Una contraseña (sin espacios)- Un nemotécnico del centro al que pertenece, que será utilizado principalmenteen el control de registros y descargas y para la construcción de los patient Name.(sin espacios)- Cualquier comentario o nota que desee, que quedará registrada a este usuario,como por ejemplo el puesto laboral que ocupa o si es un usuario invitado otemporal, etc.En la modificación de un usuario, el administrador le solicitará los nuevos valoresde los datos que desee modificar.Para la eliminación de un usuario, el administrador le solicitará el nombre real delusuario.Laboratorio de Imagen Médica. Unidad de Medicina y Cirugía Experimental. Hospital General Universitario Gregorio Marañón13

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