MAP - Magazine Alumni Politecnico di Milano #9 - PRIMAVERA 2021

nel nostro sistema le mutazioni virali
più importanti, quelle delle sequenze
amino acide riferite alle proteine. Sono
quelle che oggi preoccupano per il loro
effetto sulla aumentata trasmissione
del virus e anche per possibili effetti
sulla efficacia dei vaccini». I centri di
ricerca depositano le sequenze virali su
queste piattaforme, magari anche su più
di una contemporaneamente. ViruSurf
raccoglie e integra i dati, le sue “pipeline”
informatiche caricano gli aggiornamenti
dalle varie fonti, allineano le sequenze e
individuano le varianti. «Avevamo detto
che avremmo riaggiornato il database
una volta al mese, ma l’interesse per le
varianti è molto cresciuto: ora cerchiamo
di aggiornare i dati ogni due settimane».
Il database c’è e viene aggiornato,
ora bisogna cominciare a usarlo. «In
Italia l’attenzione alla pubblicazione di
sequenze virali è ancora molto bassa.
Molte sequenze arrivano invece dal
Regno Unito, dove forse se ne fanno più
che in tutto il resto del mondo. La ben
nota variante inglese deve il suo nome al
fatto di essere stata individuata nel Regno
Unito: la sua genesi non è chiara, ma lì è
stata individuata proprio per le maggiori
ricerche di varianti».
Usando ViruSurf, un ricercatore che
voglia studiare una specifica variante può
confrontarla con le altre varianti e vedere
dove e quando si è diffusa. «Occorre solo
imparare a fare query sul nostro sistema».
E aggiunge: «la nostra è una battaglia
per l’open access, tutto il lavoro che noi
facciamo è pubblico, in modo tale che
tutti possano usare i dati e condividerli».
Per semplificare e rendere più efficace
l’interazione tra i ricercatori e ViruSurf, Ceri
e il suo gruppo stanno infatti lavorando a
un sistema di visualizzazione: «a partire
dai risultati, che prima si scaricavano in
tabelle, oggi si estraggono visualizzazioni
comparative, per capire intuitivamente
come cambiano le sequenze virali e come
si distribuiscono le mutazioni. Speriamo
che questo ulteriore strumento aiuti
ViruSurf a diffondersi: sarebbe un peccato
se restasse poco usato in Italia e nel
mondo in un momento in cui può essere
davvero utile».
La visualizzazione comparativa qui sotto mostra, dopo aver messo a confronto le mutazioni prima, durante e dopo l'estate, come si siano
diffuse molte mutazioni proprio a seguito del periodo estivo
Per approfondire:
Leggi l'articolo "ViruSurf: an integrated
database to investigate viral sequences"
pubblicato su Nucleid Acid Research
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