9-Identification ANA - Université Lille 2 Droit et Santé

BGN : fréquence d'isolement dans les
prélèvements
5,61%
32,71%
19,63%
42,06%
B. fragilis
Prevotella
Pigmentés
Fusobacterium

Classification des BGN anaérobies stricts
- Homologie ADN- ADN
- Séquençage : 16 S ARNr
- Acides gras de paroi : longueur des chaînes, nature des ramifications
- Electrophorèse des deshydrogénases
- Profils protéiques des PME
- CPG : acides volatils et fixes produits à partir du glucose :
Fusobacterium : butyrique, pas de succinique - Leptotrichia : lactique

Classification des BGN anaérobies stricts :
Etude des deshydrogénases
MDH GDH G6-PDH 6-PGDH
B. fragilis (groupe) + + + +
Porphyromonas + + - -
Prevotella + + - -
Rikenella + - - -
Tissierella - - - +
Anaerorhabdus - - + -
Malate , glutamate, glucose 6 P, 6 phosphoglutonate deshydrogénases

- Saccharolytiques
Classification des BGN anaérobies stricts
- Bile tolérant Bacteroides du groupe fragilis
- Bile sensible Prevotella
- mobiles et incurvés Campylobacter et Wolinella
-Asaccharolytiques
- pigmentés Porphyromonas
- non pigmentés Bilophila, B. ureolyticus, " ex Bacteroides"
- mobiles et incurvés Anaerospirillum, Selenomonas
Fusobacterium : ac butyrique, pas de succinique - Leptotrichia : ac lactique

Classification des Bacteroides
Années 1980
Depuis 1990 ( Shah & Collins)
B. fragilis (groupe) B. fragilis (groupe) : 10 espèces
Autres Bacteroides
Autres melaninogenicus
oralis
autres ou sp
Bacteroides spp ?
Porphyromonas
Prevotella

B. fragilis
Gélose CDC
Gélose BBE
Identification présomptive
sur gélose CDC

Test Kana-Vanco-Colistine
Porphyromonas
Fusobacterium

Test Kana-Vanco-Colistine
Veillonella
Clostridia

Identification des BGN anaérobies stricts : orientation
Vancomycin Kanamycine Colistine Bile
5µg 1mg 10 µg 20%
R R R +++ B.fragilis (groupe)
R R R 0 Prevotella
R R S 0 Prevotella*
R S S 0/+ Fusobacterium (NO3-)
R S S +++ Bilophila (NO3+)
R S S 0 B.ureolyticus (NO3+)
*P. buccae, P. buccalis, P. bivia, B. corporis, B. disiens,P. intermedia
Bile + : F. mortiferum, F. varium, F. ulcerans

Vancomycin
Identification des BGN anaérobies stricts : orientation
Kanamycine Colistine Bile
5µg 1mg 10 µg 20%
R S S ++ Suterella (NO3 +)
R S S +/0 Leptotrichia
R S S 0 Veillonella
S R R 0 Porphyromonas
S S/R R Clostridium
R S R 0 Selenomonas,
Campylobacter
Desulfovibrio

Bacteroides du groupe fragilis
Bacteroides du groupe fragilis
B. fragilis
B. thetaiotaomicron
B.distasonis
B. caccae
B. merdae
B. ovatus
B. vulgatus
B. uniformis
B. stercoris

Bacteroides sur BBE
B.fragilis
B.vulgatus

B.fragilis en immunofluorescence

Identification des Bacteroides fragilis indole +
Thréalose
+ 0
Rhamnose
saccharose
+ 0 + 0
Xylose salicine xylose
arabinose maltose
+ 0 cellobiose α fucosidase
B. ovatus B. thetaiotaomicron
(salicine +) (salicine -) + 0
(mannitol +) (coccobacille) B. splanchnicus
B. eggerthii
+ 0
B. uniformis B. stercoris
(thréalose V) (rhamnose +)

Identification des Bacteroides fragilis indole 0
Thréalose
+ 0
Groupe distasonis
arabinose et rhamnose
α fucosidase + 0
B. vulgatus B. fragilis
esculine 0 +
catalase 0 +
+ 0 α fucosidase + +
B. cacacae B.distasonis B. merdae
catalase -/+ +/-
cellobiose +/- -/+

Prevotella et Porphyromonas
Prevotella non pigmentées
P. oris, P. buccae, B. buccalis, P. veroralis
P. bivia, B. disiens
Prevotella pigmentées
P. melaninogenica, P. intermedia, P.corporis, P. denticola
Porphyromonas
P. gingivalis, P. endodontalis, P. asaccharolytica

Prevotella intermedia

Fluorescence brique de colonies de Prevotella pigmentées
(sous UV)

Prevotella corporis
Identification présomptive
sur gélose CDC
Isolement sur gélose
KVLB

Identification des bacilles à Gram négatif pigmentés
+ Indole 0
Saccharose
Saccharose et lactose
+ 0 + 0
Vanco-R Vanco-S α gal P. corporis
glucose + glucose 0
+ 0
Porphyromonas
P. tannerae
P. denticola P loescheii P. melaninogenica
cellobiose -/+ + -/+
hyd esculine +/- +/- -/+
Prevotella intermedia, nigrescens, pallens

Prevotella
P.catoniae
P.pallens

P. intermedia et P. nigrescens
analyse des protéines en electrophorèses SDS PAGE
polymorphisme allélique de restriction enzymatique de l’ADN
hybridation avec sonde oligonucléotidique spécifique de
P. nigrescens

Établissement des anaérobies buccaux
dans l’enfance précoce
0-2 mois 2-6 mois 6-12 mois 1-4 ans 4-7ans
Veillonella
Selenomonas
P. melaninogenica P. nigrescens
Actinomyces
F. nucleatum
Peptostreptococcus
Aa
P. catoniae
Prevotella (non-pig)
Leptotrichia
bacilles corrodants
Capnocytophaga
P. pallens
other fusobacteria Kononen 1999

Evolution de la taxonomie :
méthodologie
parodontite prébubertaire : Aa, Pg, Pi
infection endodontique : M. micros, F. nucleatum, P.
propionicum
Abcès péri-amygdalien : P. mel, E. lenta, Ps spp, F. nucleatum
Autres abcès : F. nucleatum, P. mel, P. assacharolytica, Pi
Otites chroniques : P. mel, P. assacharolytica, Pi, P. oralis
Sinusites chroniques : F. nucleatum, P. mel, Pi
Aspiratio pneumonia : F. nucleatum, P. mel, Pi, P. oris/ buccae
Concensus sur les infections parodontales : principaux
paropathogènes :
Aa, Pg, B. forsythus

Trois groupes
Identification des bacilles à Gram -
saccharolytique fermentant les pentoses : groupe P. oris-buccae
arabinose +/-,cellobiose+,glucose, +saccharose +/f
lactose + ONPG+, ß xylosidase +
saccharolytique ne fermentant pas les pentoses P. oralis-buccalis
protéolytiques
arabinose -, xylose -,glucose +, lactose +, ONPG +
glucose +, xylose -,
saccharose -, hydrolyse de l ’esculine - Prevotella
saccharose -, hydrolyse de l ’esculine + L. sanguinegens
saccharose + Capnocytophaga,Leptotrichia buccalis(bile +)

Prevotella pentoses +
saccharolytique fermentant les pentoses :
+ Bile 0
M. multiacida Indole
(NO3+) + 0
P. heparinolytica α fucosidase
+ 0
salicine + rhamnose NAG
+ P. oris + 0
Xylose +, colistine R P. dentalis P. buccae
0 α gal 0 NAG +, salicine 0, xylose 0 salicine xylose+
α gal + = P. salivae colonie gtte eau Colistine-S

Prevotella pentoses -
Arabinose, xylose et xylosidase - Glucose, lactose, ßgal, NAG +
+ Saccharose 0
salicine
P. enoeca
+ 0 (cellobiose 0)
P.oralis
cellobiose
+ 0
hydrolyse esculine et ß glu P. oulora
catalase, lipase +
0 P. multiformis + P.veroralis

Prevotella protéolytiques (gélatine +)
Glucose +,
cellobiose, salicine et hydolyse de l ’esculine 0
Indole et saccharose 0
+ Lactose 0
P. bivia P. disiens
saccharose 0, lactose 0, glucose 0/f
Bacteroides asaccharolytiques
saccharose 0, indole + : B. eggerthii ou B. splanchnicus

Prevotella protéolytiques
Glucose +,
cellobiose, salicine et hydolyse de l ’esculine 0
Indole et saccharose 0 Lactose +
ß gal
+ V
gélatine + gélatine 0
P. bivia P. tannerae P.oeneca
ß glu 0 ß glu +

Prevotella pigmentant mal et Porphyromonas
Prevotella Prevotella Porphyromonas
Pigment 0 + +
Saccharose + + (sauf corporis) 0
Glucose + + 0/f
Lactose + + 0/f
Si pigment lent P. loescheii 21j, denticola
Salicine + sauf 0 0
mais P. oulorum P.buccalis et P. dentalis α fuc 0
P. enoeca saccharose 0
P. veroralis arabinose et xylose 0 mais pig ? Alpha gal?

Identification présomptive de Porphyromonas

Porphyromonas

P. melaninogenica – coloration de Gram

Identification des Porphyromonas humains
catalase 0
a fucosidase trypsine a galactosidase
P asaccharolytica + 0 0
P;gingivalis 0 + 0
P. endodontalis 0 0 0
P. catoniae 0 0 0
mais indole 0, glucose et lactose f

Porphyromonas Identification
+ α-fucosidase 0
ß-NAG and ß-gal
ß-NAG
+ 0
0 + Trypsine Chemotrypsine
P. asaccharolytica P. catoniae
+ 0 + 0
P. cangingivalis
Chemotrypsine et α-gal indole
catalase
+ 0 + 0 + 0
P. macaccae P. gingivalis P.levii P. canoris P.endodontalis
P.gulae (ß gal+)
P. crevioricanis
AP-PCR to differentiate P. circumdentaria & P. cansulci P.uenonis

Bacilles à Gram négatif protéolytiques
Prevotella saccharose 0 hydrolyse esculine 0 salicine 0
L. sanguinegens saccharose 0, hydrolyse esculine + salicine +
Saccharose + colistine S
Capnocytophaga hydrolyse esculine +/0
Leptotrichia buccalis hydrolyse esculine +, Bile +/0
Selenomonas incurvé saccharose +/0, hydrolyse esculine V
salicine 0 Colistine-R

B. ureolyticus
Colonies sur
gélose CDC

B. ureolyticus

Bacilles à culture favorisée par
formate et fumarate
Droits et immobiles, Nitrates +, gélatine 0, colonies < 1mm
Urée et oxydase
+ 0
B. ureolyticus C. gracilis
« pitting »

Colonies :
petites, lisses et translucides
Bactéries corrodantes
B. gracilis
B. ureolyticus nécessitent formate et fumarate
Eikenella corrodens
pigment jaune, odeur d'eau de javel
oxydase +, catalase-, NO3 +, urée - assacharolytique,
clindamycine R, éventuellement ß lactamase.
B. ureolyticus pousse en présence de vert brillant.

Formate et fumarate 3 mg/ml
B. gracilis et B. ureolyticus
Milieu de Eley :
Acide nalidixique 10 mg/l et teicoplanine 20 mg/l
Milieu de Lee :
Trypticase soja + acide nalidixique 8 mg/l, teicoplanine 32 mg/l

Bilophila wadsworthia

Bilophila sur BBE

Bacilles asaccharolytiques
+ catalase 0
urée
Suterella =Nitrates+
urée , nitrates indole
+ 0 0 +
Bilophila wadsworthia indole et gélatine hydrol
B. coagulans
Bile +++, NO3+ esculine bile, gélatine+
Kana S, colistine S + 0
+ 0 bile+ glucose (bile+ glucose 0)
B. putredinis Desulfovibrio B. coagulans
+ D. penumosintes
Bacteroides sp 0
A. furcous B.tectus,B. capillosus Tannerella forsythia

Tannerella forsythia
NAM facteur de croissance pas toujours
inhibé par la bile
Colonies rose pale
Hydrolyse esculine
Caractères positifs API
Trypsine phosphatase acide, ß gal, ß glucuronidase α et ß
glucosidase, α fucosidase, arginine aminopeptidase et histidine
aminopeptidase
hydrolyse esculine +, indole V, catalase négatif

The forsythus story
Bacteroides forsythus orthographic error
Bacteroides forsythius
Tanerella forsythensis
The latin ending ensis /ense indicates coming from in the sense
of inhabiting. An institution Forsyth institute is rarely inhabited
(infected ) by microorganims
Tannerella forsythia Int J Syst Evol microbiol 2003

Classification des BGN saccharolytiques et mobiles
Glucose + Lactose
+ -
Mannitol Succinivibrio dextrinosolvens
bacille hélicoïdal
+ -
Anaerospirillum succiniciproducens
Gros bacille hélicoïdal, touffes de flagelles
bipolaires, microaérophile
Centipeda periodonti Selenomonas sputigena
bacille incurvé
Gros bacille
Droit ou incurvé, s'étalant sur la gélose

Selenomonas

Fusobacterium nucleatum

F. nucleatum
Coloration de Gram
Colonies sur gélose CDC

Identification des Fusobacterium indole +
Lipase
+ (10j) -
Bile Phosphatase
R S + -
F. varium F. necrophorum F. pseudonecrophorum bile
(phosphatase -) (phosphatase +) (hémolyse -)
Rifampicine R
R S
fusiforme
F. varium + -
(lipase V) galactose et fructose gaz et nitrates
+ - + F. gonadiaformans
F. nucleatum F. periodonticum - F. naviforme

Identification des Fusobacterium indole -
Esculine
+ -
lactose forme bacillaire
+ - + -
F. mortiferum F. necrogenes bile F. perfoetans
(phosphatase -) (phosphatase +)
(ONPG + (ONPG -)
rifampicine R R S
formes bizarres)
ou fructose F. rusii
F. prausnitzii + - F. alocis
(Rifampicine S) F. varium F. ulcerans F. sulci
lipase+ coccoïdes, bizarres
ulcères tropicaux

Milieux sélectifs de Fusobacterium
Milieu cristal violet ( 3,2 mg/l), érythromycine ( 5 mg/l)
Milieu de Brazier : FAA ( fastidious anaerobe agar) +
Josamycine 3mg/l, vancomycine 4 mg/l et norfloxacine 1mg/l.
Milieu de Morgenstein :
FAA + Erythromycine 100 mg/l, vancomycine 5 mg/l , josamycine 3 mg/l

Fusobacterium
Bile +
Nitrates +
ONPG+
Lactose +
F.mortiferum, F. varium, F. ulcerans
F. ulcerans
F. mortiferum
F.mortiferum

F. mortiferum
Coloration de Gram
Colonies sur gélose BBE

Coloration de Gram
Colonies sur gélose au jaune d’oeuf
Colonies sur gélose CDC
F.necrophorum

Gram-neg anaerobes new species
Fusobacterium praustnitzii = Faecalibacterium prausnitzii
Desulfomonas pigra = Desulfovibrio piger
Bacteroides putredinis =
Alistipes putredinis
Alistipes finegoldii présent dans 41% appendicites des enfants
(Vanco, kana et colsitine R)pigmente en noir comme
Porphyromonas, bile résistant
Mitsuokella jalaludinii rumen bétail en malaisie

Anaerobic new species
Alistipes finegoldii 41 % appenditis in chidren
Ali = other stipes =stick
BGN Vanco-kana-colistin R
brown pigment , bile resistant
Indole +, catalase 0, Nitrates 0 gélatine + hydrolyse esculine V
α gal, ß-gal, α glucosidase, NAG +
α fucosidase faible
Xylosidase 0

Le cru des BGN 2005
Prevotella shahii, P. salivae cavité buccale
Porphyromonas uenonis (selle) ex PELO
Leptotrichoa shahii (gingivite), L. wadei (salive), L. goddfellowii
(sang),
L. hofstadii (salive)
Dialister invisus (cavité buccale)
L. amonionii liquide amniotique,
L. trevisanii sang d’un patient LLC
Sneathia sanguinegens
Subdologranulum variabile (selles) proche de Faecalibacterium
prausnitzii
Tanerella forsythia

COCCI ANAÉROBIES A GRAM -
GLUCOSE NITRATES ACIDE
MAJEUR
Acidaminococcus - - B
Megasphera + - B, V, C
Veillonella - + P

Veillonella spp.
Coloration de Gram
Colonies sur gélose CDC

Bacilles à Gram + non sporulés :
Eubacterium et lactobacilles
Eubacterium def : glucidolytiques et produisent acide butyrique
Autres: (selles), Pseudoramibacter aerofaciens, Catenibacterium
mitsuokai, Coprobacillus catenaforme, Colinsella stercoris,
Solobacterium moreii (parodonte) Bulleida extructa et Holdemania
filiformis
Ex Eubacterium non glucidolytiques
E. lentum = Eggerthella lenta Cryptobacterium curtum
Slackia cocci et bacille (S. heliotrinreducens et S. exigua )
Mogibacterium timidum = E. tardum + E. minutum
Lactobacillus uli = Olsenella uli
Lactobacillus minutus = Atopobium (cocci et bacille) A. parvulus
A. minitum

Murdoch 1997
GLC pyrolyse
Cocci à Gram +
Ps 14 espèces B sauf XIII
P. ivorii IV XIII
P. octavius C XIII
Clostridium
CLUSTER
F. magna, M. micros, A XIII (Murdoch 2000)
P. anaerobius IC XI C. lituseburense
R. productus XIV (Ezaki 1994)
E. heliotroreducens A + Atopobium parvulum L + Pc niger
BC

Classification des cocci à Gram +
Genre
G+C% ac gras sucres peptides MOL
B C L
Peptostreptococcus 27-37 v v - v + S
Peptococcus 50-51 + + - - + S
Ruminococcus 39-46 - - v + - S
Coprococcus 39-44 + - v + - S
Sarcina 28-31 v - - + - S
Atopobium 35-46 - - + + - S
Streptococcus 30-46 - - + + + R
Gemella 30 - - + + + R
Staphylococcus 30-39 - - - + + R

Peptococcus niger
GPAC =gram positive anaerobic cocci
Peptostreptococcus anaerobius
Slackia heliotrinreducens
Ruminococcus productus
Sugar as nutrient
Anaerococcus
Finegoldia magna
Micromonas micros
Gallicola barnesae
Atopobium parvulum
other
peptones as nutrient
Peptoniphilus
A. lactolyticus, A. tetradius P .indolicus,P. harei,P.
ivorii
A. prevotii, A. octavius P.asaccharolyticus
A. hydrogenalis, A. vaginalis P. prevotii, P. lacrimalis

Anaeroglobus germinatus
Cocci à Gram négatif galactose et mannose + autres sucres 0
ces deux caractères sont négatifs chez Acidaminococcus,
Veillonella et Megasphaera
Vanco R kana et colistine S Catalase et indole 0
Gélatine 0 ß glucosidase +
Code API 0010000000
Geminatus en paire comme des jumeaux

Ruminococcus luti
Nitrates, indole gélatineuréase catalase 0
Sucres + : arabinosen cellobiose, ribose, galactose , thréalose,
raffinose, saccharose
Sucres 0 : rhamnose salicine mannitol
Enzymes + : α et ß gal, a glucosidase, ß NAG, ß glucosidase,
α fucosidase
Luti = faeces
Même origine et proche de R. obeum différencié ainsi
R. luti ß gal et α fucosidase +, thréalose+ et rhamnose 0

Anaerobes new species
B. inopinatum = Scardovia inopinata
B. denticolens = Parascardovia denticolens
Bifidobacterium scardovii
Mogibacterium diversum et M. neglectum
Eubacterium formicigenerans = Dorea formicigenerans
Dorea longicatena
Actinomyces canis, A.catuli, A. coleocanis, A. oricola, A. nasicola
Actinobaculum massiliae

Anaerobes ID32 codes
Turibacter sanguinis hémoculture chez patient ayant une
appendicite ANA strict identifié comme P. propionicum par Rapid
ANA II
Bulleida extructa Code ID32 A 2000 00120 00
Holdemania filiformis 0500 0041 20
Mogibacterium timidum 0000 0200 00
Olsenella uli 2012 0337 05
O . profusa 4516 0537 05
Actinomyces oricola 4516 4737 00
A. vaccimaxillae 0410 0737 25

Anaerobes ID32 codes
C. paraputrificum
API20A code 42346002, rapid ID32 2311400600

Clostridium boltae
C. boltae flore intestinale d'enfants autistes Ellen Bolte
Test C. boltae C. clostridioforme
Lactose 0 +
Mélézitose + 0
Salicine 0 +
Sorbitol + 0
ß-glucuronidase 0 +
Hydolyse de l'esculine 0 +

Le cru 2005 Gram +
C. bartletii
C. bolteae
Anaerofustis stercorihominis