METINIS PRANEŠIMAS 2011 - Biotechnologijos institutas

ibt.lt

METINIS PRANEŠIMAS 2011 - Biotechnologijos institutas

BIOTECHNOLOGIJOS INSTITUTAS

METINIS PRANEŠIMAS

2011

Vilnius – 2012-04-05


VU BIOTECHNOLOGIJOS INSTITUTAS

METINIS PRANEŠIMAS

Mokslininkų susirinkimui

2011

Turinys

© Biotechnologijos institutas 2

Metinis pranešimas – 2011

1. STATUSAS, STRUKTŪRA, ADMINISTRAVIMAS

1.1. Statusas 4

1.2. Struktūra 4

1.3. Valdymas

2. PERSONALAS

5

2.1. Darbuotojų skaičiaus kitimas 7

2.2. Mokslinių skyrių personalas 8

2.3. Doktorantūra 9

2.4. Personalo sveikatingumo rodikliai

3. MOKSLINĖ VEIKLA

11

3.1. Biudžeto tiesiogiai finansuojami moksliniai tyrimai 12

3.2. LMT subsidijuojami projektai 13

3.3. MITA subsidijuoti projektai 14

3.4. Ūkio subjektų užsakymu vykdomi projektai 15

3.5. Dalyvavimas tarptautinėse mokslo programose 15

3.6. Mokslinės sutartys kontraktai su užsienio partneriais 18

3.7. Mokslinio bendradarbiavimo partneriai 18

3.8. Disertacijų gynimas 22

3.9. Stažuotės ir trumpalaikiai vizitai į užsienio skyriuss 22

3.10. Mokslinės veiklos pripažinimo ženklai 24

4. MOKSLINĖ PRODUKCIJA

4.1. Straipsniai ISI žurnaluose su citavimo indeksu 25

4.2. Patentai ir patentinės paraiškos 27

4.3. Medžiaga knygose, enciklopedijose 27

4.4. Pranešimai konferencijose ir simpoziumose 28

4.5. 2011 m. mokslinė produkcija pateikta vertinimui kaip I lygmens 37

5. EDUKACINĖ IR VISUOMENINĖ VEIKLA

5.1. Paskaitos ir pratybos universitetuose 39

5.2. Studentų laboratorinės pratybos Institute 40

5.3. Studentų mokslinė praktika Institute 40

5.4. Studentų baigiamieji darbai 41

5.5. Parama kitoms įstaigoms, konsultacijos 41

5.6. Visuomeninė veikla 42

5.7. Mokslo populiarinimo ir publicistiniai straipsniai 43

5.8. Instituto svečių vizitai ir seminarai 44


© Biotechnologijos institutas 3

Metinis pranešimas – 2011

6. SKYRIŲ VEIKLA

6.1. Baltymų – nukleorūgščių sąveikos tyrimo skyrius (BNSTS) 46

6.2. DNR modifikacijos tyrimų skyrius (DMTS) 47

6.3. Eukariotų genų inžinerijos skyrius (EGIS) 49

6.4. Biotermodinamikos ir vaistų tyrimo skyrius (BVTS) 51

6.5. Imunologijos ir ląstelės biologijos skyrius (ILBS) 53

6.6. Bioinformatikos skyrius (BS) 56

7. FINANSAI

7.1. Pajamos 58

7.2. Skyrių iniciatyvinės lėšos 59

7.3. Ūkinės sutartys 60


1. STATUSAS, STRUKTŪRA, ADMINISTRAVIMAS

© Biotechnologijos institutas 4

Metinis pranešimas – 2011

1.1. Statusas

Iš Instituto nuostatų:

Vilniaus universiteto Biotechnologijos institutas (toliau– Institutas) yra Vilniaus universiteto

kamieninis akademinis padalinys, įsteigtas 1990–2010 m. veikusio valstybinio mokslo

instituto statusą turėjusio Biotechnologijos instituto pagrindu.

Institutas - tai mokslinių tyrimų įstaiga, įsteigta Lietuvos ūkiui ir tarptautiniam

bendradarbiavimui svarbiems ilgalaikiams tarptautinio lygio moksliniams tyrimams vykdyti.

Pagrindinė Instituto veikla yra moksliniai tyrimai ir eksperimentinė plėtra bei aukščiausių

studijų pakopų specialistų rengimas.

1.2. Struktūra

Instituto struktūra pateikta lentelėje 1.1.

Instituto taryba

1. Administracija

Direktorius prof. K. Sasnauskas

Direktoriaus pavaduotoja J. Makariūnaitė

Direktoriaus pavaduotojas L. Pašakarnis

Administratorė D.Noreikienė

Pirkimų vadybininkas L. Kanapienis

Sekretorė O. Mejerytė

2. Bendrųjų reikalų skyrius

Vyr specialistė J. Žiūkaitė (personalo vadovė)

Vyr. specialistas R.Markūnas (darbo sauga)

Vyr. spec. M.Sukackas (informacinės sistemos)

Telefonistas K.Endriuška

Vyr. specialistas V.Kosevičius

Vairuotojas J.Dirvanauskas

Vairuotojas V.Boldarev

Vairuotojas J.Aleksiukas

Vyr. spec. G.Kisieliūtė (med. punktas)

Vyr. spec. G.Markulis (proj. vadybininkas)

Vyr. spec. A.Dervinis (vandens paruošimas)

Lentelė 1.1.


Eil

Nr.

3. Mokslo darbuotojai

Kryptis: Struktūrinė biologija ir bioinformatika

© Biotechnologijos institutas 5

Skyrius Sutrumpintas

pavadinimas

Metinis pranešimas – 2011

Vedėjas

1. Baltymų-nukleorūgščių sąveikos tyrimų skyrius BNSTS prof. V. Šikšnys

2. DNR modifikacijos tyrimų skyrius DMTS prof.

S. Klimašauskas

3. Bioinformatikos skyrius BS dr. Č. Venclovas

Eil

Nr.

Kryptis: Biomedicininės paskirties baltymų ir cheminių junginių tyrimai

Skyrius Sutrumpintas

pavadinimas

Vedėjas

4. Biotermodinamikos ir vaistų tyrimų skyrius BVTS dr. D. Matulis

4.1. Taikomosios biokatalizės sektorius TBS dr. I.Matijošytė

5. Imunologijos ir ląstelės biologijos skyrius ILBS dr. A. Žvirblienė

6. Eukariotų genų inžinerijos skyrius EGIS dr. G. Žvirblis

1.3. Valdymas

Pagal Instituto Statutą, patvirtintą LR Vyriausybės 2003 m. gegužės 27 d. nutarimu

Nr. 669 “Dėl valstybės mokslo institutų statutų patvirtinimo”, aukščiausias Instituto savivaldos

organas yra 5 metams sudaryta taryba iš 12 narių. Instituto mokslininkai slaptu balsavimu renka

7 tarybos narius, Švietimo ir mokslo ministerija skiria 4 tarybos narius. Instituto direktorius yra

tarybos narys pagal pareigas.

2008 m. gegužės 22 d. Instituto mokslininkų susirinkime slaptu balsavimu buvo išrinkti

šie Instituto tarybos nariai:

1. dr. S. Gražulis

2. prof. S. Klimašauskas (2008-09-10 išrinktas Tarybos pirmininko pavaduotoju)

3. dr. D. Matulis

4. prof. V. Šikšnys (2008-09-10 išrinktas Tarybos pirmininku)

5. dr. Č. Venclovas

6. dr. A. Žvirblienė

7. dr. G. Žvirblis

LR Švietimo ir mokslo ministro 2008 m. rugpjūčio 29 d. įsakymu Nr. ISAK-2469 paskirti

šie tarybos nariai:


© Biotechnologijos institutas 6

Metinis pranešimas – 2011

1. prof. V. Butkus (UAB Fermentas valdybos pirmininkas)

2. L. Domarkienė (ŠMM ministerijos sekretorė) tarybos narė iki 2009/07/20

3. dr. G. Valinčius (Biochemijos instituto vyresnysis mokslo darbuotojas)

4. dr. S. Grigiškis (UAB Biocentras direktorius)

Instituto direktorius prof. Kęstutis Sasnauskas yra Tarybos narys pagal pareigas.

Naujos sudėties Instituto taryba 2008 m. rugsėjo 10 d. įvykusio tarybos posėdžio metu

pirmininku (slaptas balsavimas) išrinko prof. dr. V. Šikšnį, o tarybos pirmininko pavaduotoju

(atviras balsavimas) - prof. S. Klimašauską.

Tarybos sekretoriaus funkcijas vykdo Instituto direktoriaus pavaduotoja

dr. J. Makariūnaitė.

Nuo 2010 m. spalio 1 d. Biotechnologijos institutui prisijungus prie Vilniaus universiteto,

2008 m. išrinkta instituto taryba rektoriaus 2010 m. lapkričio mėn. 17 d. įsakymu Nr. D-1086,

buvo patvirtinta kaip „Laikina taryba“. Tarybos sudėtis nepasikeitė.


2. PERSONALAS

2.1. Darbuotojų skaičiaus kitimas

Instituto darbuotojų skaičiaus kitimas parodytas lentelėje 2.1.

Darbuotojų grupė

1. Mokslo darbuotojai*,

plius laborantai (įskaitant

studentus - laborantus)

2. Aptarnaujančios

tarnybos

© Biotechnologijos institutas 7

Metinis pranešimas – 2011

Lentelė 2.1.

2011 2010 Skirtumas 11-10

Iš viso Fakt.** Iš viso Fakt.** Iš viso Fakt.**

103,5 89 84,75 73,25 +18,75 +15,75

10 10 12,5 12,5 -2,5 -2,5

3. Administracija 5,5 5,5 6,5 5,5 -1 0

Iš viso 119 104,5 103,75 91,25 +15,25 +13,25

Mokslininkų***skaičius 55 43 44 40 +11 +3

*Mokslo darbuotojai – darbuotojai, užimantys pareigas, nurodytas lentelėje 2.4.

**Fakt.: faktiškai dirbančiųjų skaičius, t.y. neįskaitant išvykusių į ilgalaikes stažuotes ir

esančių ilgalaikėse atostogose.

***Mokslininkai - darbuotojai, turintys mokslinius laipsnius (dr., habil. dr.).

Lentelėje 2.2. pateiktas laboratorijų darbuotojų dalies kitimas per penkerius metus.

Lentelė 2.2.

Metai Darbuotojų

skaičius (fakt.)

Skyrių darbuotojų dalis,

% (fakt.)

2000 105 62,9

2001 107,5 63,7

2002 115,25 64,4

2003 110,75 62,1

2004 111,0 63,2

2005 118,0175 64,6

2006 123 69,1

2007 144,5 70,6

2008 146,25 69,6

2009 145,95 75,0

2010 91,25 80,3

2011 104,5 85,2


© Biotechnologijos institutas 8

Metinis pranešimas – 2011

Darbuotojų skaičiaus sumažėjimas 2010m. susijęs su instituto reorganizacija, kurios metu

BTI aptarnaujančių tarnybų darbuotojai buvo perkelti į VU atitinkamas tarnybas..

2.2. Mokslinių skyrių personalas

Mokslo darbuotojų skaičius skyriuose 2011 m. pateiktas lentelėse 2.3 ir 2.4.

Mokslinių skyrių įvairių kategorijų darbuotojų skaičius

Skyrius Iš viso

faktiškaidirbančių

Mokslo

darbuo-

tojų*

Faktiškai dirbančių Ilgalaikėse

stažuotėse

Tyrėjų Labo-

rantų

Studentų

laborantų

Lentelė 2.3.

Ilgalaikėse

atostogose

Mokslo darbuotojai

BNSTS 13 9,5 2 1 1 x 0,5 1 -

DMTS 14,75 11 2,25 1 1 x 05 3 -

EGIS 20,75 16,75 1,75 1,75 1 x 0,5 1 1

BVTS 20,25 11,5 6,75 1 2 x 0,5 - 1

ILBS 13,25 10 1,75 0,5 2 x 0,5 - 2

BS 7 4,75 2,25 - - - -

Iš viso: 89 63,5 16,75 4,25 3,5 5 4

*Žr. pastabą prie lentelės 2.1.

Lentelė 2.4.

Moksliniuose skyriuose faktiškai dirbančių mokslo darbuotojų statuso detalizavimas

Skyrius Iš

viso

Vyriaus.

m. d.

Vyresn.

m. d.

Pagal pareigas Pagal mokslo

laipsnį

Mokslo

darb.

Jaun. m.

darb.

Doktorantai

MoBiLi

habil.

dr.

hab.

proc.

BNSTS 9,5 1 3,5 1 2 2 - 1 6

DMTS 11 1 1 1 4 3 1 1 - 3

EGIS 16,75 1,25 3,75 3,75 3 3 2 1 1 12

BVTS 11,5 1 1 3,5 4 1 1 - - 9

ILBS 10 1 3 - 4 1 1 - 1 4

BS 4,75 1 1,75 - - 1 1 - - 4

Iš viso 63,5 6,26 14 9,25 17 11 6 2 3 38

dr.


© Biotechnologijos institutas 9

Metinis pranešimas – 2011

Institutui, kaip ir visam Lietuvos mokslui, yra svarbus mokslinio personalo atjauninimas.

Lentelėje 2.5 pateikti duomenys apie 2011 m. dirbusių mokslo darbuotojų amžių.

Lentelė 2.5.

Skyrius

Mokslo darbuotojų

amžiaus vidurkis, m.

Mokslo darbuotojų iki

35 m. dalis, %

Priimta jaunų mokslo

darbuotojų

2011 2010 2011 2010 2011 2010

1. BNSTS 34,9 34,2 61,5 57,1 1 -

2. DMTS 33,6 33,4 64,3 66,6 1 1

3. EGIS 38,3 35,8 45,4 51,8 1 2

4. BVTS 35,6 35,3 68,7 68,4 1 -

5. ILBS 38,9 40,4 50,0 33,3 2 1

6. BS 39,1 35,3 33,3 50,0 - -

Institutas 36,7 35,7 53,8 54,5 6 4

Iš pateiktų duomenų matyti, jog Institutas yra jaunas kolektyvas - mokslinio personalo

(įskaitant doktorantus) amžiaus vidurkis nesiekia 40 metų.

2.3. Doktorantūra

VU BTI 2011 m. buvo vykdomos doktorantūros studijos dvejose kryptyse:

Fizinių mokslų srities Biochemijos mokslo kryptyje (04 P) ir

Technologinių mokslų srities Cheminės inžinerijos mokslo krypties (05 T) šakoje

T 490 biotechnologija.

Instituto doktorantūroje 2011 m. studijavo 20 doktorantų; iš jų 4 doktorantai 2011 m.

užbaigė doktorantūros studijas. Nuo 2011-10-03 priimti 6 nauji doktorantai (lentelė 2.6.).

Lentelė 2.6.

Eil.

Nr.

Skyrius Doktorantai, doktorantūros

laikotarpis

1.

BNSTS

Tautvydas Karvelis,

2011-10-03-2015-09-30

2. Mindaugas Ukanis,

2011-10-03-2015-09-30

3. Georgij Kostiuk,

2010-10-01-2014-09-30

4.

Tomas Šinkūnas,

2009-10-01-2013-10-01

Mokslo

kryptis

Vadovas Pastabos

04P V. Šikšnys

04P M. Zaremba

04P V. Šikšnys

04P V. Šikšnys


Eil.

Nr.

Skyrius Doktorantai, doktorantūros

laikotarpis

5. Aurimas Baranauskas,

2008-10-01-2012-10-01

6. Sigitas Palikša,

2008-10-01-2012-10-01

7. Giedrius Gasiūnas,

2007-09-17-2011-09-17

8. Aleksandr Osipenko,

2011-10-03-2015-09-30

9. Lina Vasiliauskaitė,

2011-10-03-2015-09-30

10. DMTS Simona Jachimovičiūtė,

2008-10-01-2012-10-01

11. Zita Liutkevičiūtė,

2007-09-17-2011-09-17

12.

Tomas Radzvilavičius,

2007-09-17-2011-09-17

13. Gediminas Alzbutas,

2011-01-03-2014-12-31

14. Tadas Povilaitis,

2011-01-03-2014-12-31

15. Milda Žilinskaitė-Norkienė,

2011-01-03-2014-12-31

16. Erna Biveinytė,

EGIS 2010-10-01-2014-09-30

17. Paulius Lukas Tamošūnas,

2010-10-01-2014-09-30

18. Rita Vorobjovienė,

2008-10-01-2014-09-28

19.

Evaldas Čiplys,

2007-09-17-2011-09-17

20. Lina Baranauskienė,

BVTS 2006-09-01–2012-10-24

21. Egidijus Kazlauskas,

2007-09-17-2011-09-17

22. Veslava Matikevičienė,

2009-10-01-2015-11-03

23.

© Biotechnologijos institutas 10

Mokslo

kryptis

Metinis pranešimas – 2011

Vadovas Pastabos

04P G. Sasnauskas

04P G. Sasnauskas

04P V. Šikšnys

04P G. Vilkaitis

04P S. Klimašauskas

04P G. Vilkaitis

04P S. Klimašauskas

04P S. Klimašauskas

04P K. Sasnauskas/

A.Lagunavičius

04P K. Sasnauskas

04P A. Gedvilaitė

04P A. Ražanskienė

04P K. Sasnauskas

04P A. Ražanskienė motinystės

atostogos iki

2012-12-30

04P K. Sasnauskas

04P D. Matulis motinystės

atostogos iki

2012-04-02

04P D. Matulis

Indrė Gailiūtė, 05T G. Dienys

05T G. Dienys motinystės

atostogos iki 2013-

02-13


Eil.

Nr.

Skyrius Doktorantai, doktorantūros

laikotarpis

2009-10-01-2013-10-01

24. Romanas Chaleckis,

2009-10-01-2015-10-01

25. Milda Aštrauskaitė,

2011-10-03-2015-09-30

26. Indrė Kučinskaitė,

2005-10-01–2011-10-01

27. Vaida Žilaitytė-

ILBS Simanavičienė,

2011-10-03-2015-09-30

28.

Miglė Laime,

2008-10-01-2012-10-01

29. Jolita Višinskienė,

2007-09-17-2013-09-17

30. BS

Darius Kazlauskas,

2010-10-01-2014-09-30

© Biotechnologijos institutas 11

Mokslo

kryptis

Metinis pranešimas – 2011

Vadovas Pastabos

04P D. Matulis akademinės

atostogos iki 2013-

04-01

05T I.Matijošytė

05T A. Žvirblienė

05T A. Žvirblienė

04P A. Žvirblienė

04P Č. Venclovas

04P Č. Venclovas

2.4. Personalo sveikatingumo rodikliai

Instituto medicinos punktas pagal Sveikatos apsaugos ministerijos patvirtintą tarptautinę

ligų klasifikaciją vykdo laikinojo nedarbingumo priežasčių apskaitą (žr. lentelę 2.8.). Lentelėje

pateikti pastarųjų 5 metų duomenys.

Lentelė 2.8.

Rodiklis 2011 2010 2009 2008 2007

1. Nedarbingumo dėl ligų ir

traumų atvejų skaičius

100-ui darbuotojų

22,3 27,0 19,4 22,1 18,4

2. Nedarbo dėl ligų ir traumų

kalendorinių dienų skaičius

100-ui darbuotojų

375,9 419,6 299,3 395,7 225,4

2011 m. nedarbingumo atvejų dėl darbuotojų ligų ir traumų sumažėjo.


© Biotechnologijos institutas 12

3. MOKSLINĖ VEIKLA

Metinis pranešimas – 2011

3.1. Biudžeto tiesiogiai finansuojami moksliniai tyrimai

2011 m. iš valstybės biudžeto finansuojami moksliniai tyrimai VU Biotechnologijos

institute buvo vykdomi dviejose mokslo tyrimų kryptyse:

I kryptis: Struktūrinė biologija ir bioinformatika

II kryptis: Biomedicininės paskirties baltymų ir cheminių junginių tyrimai

Projekto

Nr.

2011 m. buvo vykdoma 10 mokslinių projektų (lentelė 3.1.).

Kryptis

Lentelė 3.1.

Pavadinimas Projekto vadovas (-ai)

1/11 I Fermentų ir jų kompleksų struktūros ir funkcijos

ryšys

2/11 I Nukleorūgščių modifikacijos fermentai:

struktūra, veikimo mechanizmai ir kryptinga

inžinerija

3/11 I Baltymų struktūros, funkcijos ir evoliucijos

tyrimai kompiuteriniais metodais

4/11 II Chimerinių ir natyvių virusinių baltymų sintezė

mielėse ir jų panaudojimas

5/11 II Rekombinantinių biomedicininės paskirties

baltymų sintezė augaluose ir jų panaudojimas

6/11 II

7/11 II

8/11 II

Monokloninių ir rekombinantinių antikūnų

kūrimas

Mutacijų aptinkamų CBL gene

mielomonocitinės leukemijos atveju

paauglystėje įtaka pre-iRNR splaisingui

Mycobacterium tuberculosis molekulinės

epidemiologijos tyrimai

9/11 II Aktyvių junginių paieška biotermodinaminiais

metodais

10/11 II Inovatyvių biokatalizatorių ir jų atliekamų

procesų kūrimas ir tyrimai

Prof.dr. V. Šikšnys

Prof.dr. S.Klimašauskas

Dr. Č.Venclovas

Dr. G. Žvirblis,

Prof.dr. K. Sasnauskas

Dr. A. Ražanskienė

Dr. A. Žvirblienė

Dr. A. Kanopka

Dr. P.Stakėnas

Dr. D. Matulis

Dr. I. Matijošytė


© Biotechnologijos institutas 13

Metinis pranešimas – 2011

3.2 LMT subsidijuojami projektai

3.2.1 Mokslininkų grupių projektai 2011-2012 m. m

Signalo perdavimo reguliacija A. thaliana augaluose. Vadovė dr. I. Meškienė, gauta 72,3 tūkst.

Lt.

Pažangus evoliucinių ryšių tarp baltymų nustatymo metodas CONDOR. Vadovas

dr. M. Margelevičius, lėšos 54,6 tūkst. Lt.

Naujų žmogaus Parvoviridea šeimos virusų tyrimai ir diagnostika. Vadovas habil. dr. K.

Sasnauskas 81,7 tūkst. Lt.

Proteominiai streso atsako tyrimai rekombinantinius baltymus sintetinančiose mielių ląstelėse.

Vadovas dr. R. Slibinskas, lėšos 71,0 tūkst. Lt.

Fluorintų benzensulfonamidų sintezė ir jų sąveikos su karboanhidrazėmis tyrimas. Vadovė

dr. V. Dudutienė, lėšos 87,7 tūkst. Lt.

Bakterijų C-šeimos DNR polimerazių struktūra, klasifikacija bei pasiskirstymo genomuose

dėsningumai. Vadovas dr. Č. Venclovas, lėšos 84,2 tūkst. Lt.

Baltymų ir nukleorūgščių tyrimai tirpale. Vadovė dr. E. Manakova, lėšos 87,9 tūkst. Lt.

Fago T4 praimosoma. Vadovė dr. G. Tamulaitienė, lėšos 74,0 tūkst. Lt.

Aukštos ozono koncentracijos įtaka viroido ir augalo šeimininko sąveikai. Vadovė dr. A.

Abraitienė, lėšos 15,9 tūkst. Lt.

3.2.2. Mokslininkų grupių projektai 2010 – 2011 m. m.

Bakterijos Gardnerella vaginalis kamienų patogeniškumo analizė. Vadovė dr. M. Plečkaitytė,

lėšos 79,7 tūkst. Lt.

Struktūrinės aplinkos ir funkcijos ryšys nukleazių evoliucijoje. Vadovas dr. G. Sasnauskas,

lėšos 80,0 tūkst. Lt.

Naujų metodų mažųjų RNR tyrimui kūrimas ir taikymas. Vadovas dr. G. Vilkaitis, lėšos

82,3 tūkst. Lt.

Nukleazių struktūros ir specifiškumo ryšys. Vadovas dr. M. Zaremba, lėšos 70,7 tūkst. Lt.

Nukleotido išsukimo vaidmuo baltymų specifiniame DNR atpažinime. Vadovas

dr. G. Tamulaitis, lėšos 67,2 tūkst. Lt.

Atviros prieigos mažų molekulių kristalografinė duomenų bazė COD. Vadovas dr. S. Gražulis,

lėšos 86,9 tūkst. Lt.

3.2.3. Nacionalinė programa: Lėtinės neinfekcinės ligos

Mutacijos, monoamino oksidazės B gene siejamos su Parkinsono liga, įtaka pre-iRNR

splaisingui. Vadovas dr. A. Kanopka, lėšos 68,3 tūkst. Lt.


© Biotechnologijos institutas 14

Metinis pranešimas – 2011

Karboanhidrazių, kaip vėžinių ląstelių žymenų, diagnostinio potencialo įvertinimas. Vadovas dr.

D. Matulis, lėšos 191,9 tūkst. Lt.

Alerginių ligų formavimosi genetiniai ir molekuliniai mechanizmai Lietuvos naujagimių

kohortoje. VU BTI projekto dalies vadovė dr. A. Žvirblienė, lėšos 139,7 tūkst.Lt.

3.2.4. Nacionalinė programa: Sveikas ir saugus maistas

Tarpūšiniai sodo augalų hibridai – nauajs antocianinų šaltinis“, Lietuvos agrarinių ir miškų

mokslo centro filialas Sodininkystės ir daržininkystės institutas“. Projekto partneris

dr. R. Ražanskas, 25,0 tūkst.Lt.

3.2.5. Visuotinės dotacijos projektai

Molekulinės įrankinės epigenomikai ir RNomikai. Vadovas prof. dr. S. Klimašauskas,

lėšos 273,5 tūkst. Lt.

Bakterijų antivirusinės apsaugos sistemų struktūra ir molekuliniai mechanizmai. Vadovas

prof. dr. V. Šikšnys, lėšos 385,7 tūkst. Lt.

3.3. MITA subsidijuoti projektai

3.3.3 Pramoninės biotechnologijos plėtros programa

Inovatyvios biotechnologijos sukūrimas bazinės alyvos gamybai. Vadovė dr. I. Matijošytė, lėšos

55,9 tūkst. Lt. (sutartis tarp Biocentro ir MITA).

3.3.4 Aukštųjų technologijų plėtros programa

Naujų diagnostikos sistemų, skirtų žmogaus papilomos viruso infekcijos ir jos sukelto vėžio

laboratorinei diagnostikai, kūrimas (ŽVP diagnostika). Vadovė dr. A. Žvirblienė,

lėšos 334,7, tūkst. Lt.

3.3.5 7BP programos projektų kofinansavimas

Vaistams atsparios tuberkuliozės tyrimų ir gydimo PAN Europinis tinklas. Vadovas

dr. P. Stakėnas, lėšos 8,8 tūkst. Lt.

Hipoksinės aplinkos įtaka metastatinių vėžinių auglių vystymuisi. Vadovas dr. A. Kanopka,

lėšos 12,8 tūkst. Lt.

Naujų antivirusinių vaistų prieš gripą kūrimas. Vadovas dr. G. Žvirblis, lėšos 10,1 tūkst. Lt.

3.3.6 Patentavimo išlaidų kompensavimas

1. išradimo „Tiadiazolai kaip šaperono Hsp90 slopikliai“ patentavimas“. Lėšos 3,4 tūkst. Lt.

2011/12/09. Dr. D.Matulis.

2. išradimo “Monokloninių antikūnų gavimo būdas” patentavimas. Lėšos 45,7 tūkst. Lt.

2011/12/09. Dr. A. Žvirblienė

3. išradimo „Alfa-hidroksalkilintų liekanų konversija biomolekulėse, naudojant

metiltransferazes“ patentavimas. Lėšos 25,9 tūkst. Lt. Prof. S. Klimašauskas

4. išradimo „Biomolekulių derivatizacija nekofaktoriniais junginiais esant metiltransferazėms“

patentavimas. Lėšos 25,7 tūkst. Lt. Prof. S.Klimašauskas


Eil.

Nr.

1.

© Biotechnologijos institutas 15

Metinis pranešimas – 2011

3.4 Ūkio subjektų užsakymu vykdomi projektai

Institutas kiekvienais metais sudaro sutartis su Lietuvos nebiudžetiniais ir biudžetiniais

subjektais moksliniams tyrimams ir/ar eksperimentinei plėtrai vykdyti. Duomenys apie

užsakovus ir sutarčių objektus pateikti lentelėje 3.2.

Lentelė 3.2.

Užsakovas Vykdytojas –

grupės vadovas

UAB

Fermentas

UAB

Biocentras

UAB

Nuostolių

valdymas

UAB PET

Group

Sutarties objektas Suma,

tūkst. Lt.

A. Žvirblienė Naujų diagnostikos sistemų,

skirtų žmogaus papilomos viruso

infekcijos ir jos sukelto vėžio

laboratorinei diagnostikai,

kūrimas.

I. Matijošytė Gamybinės 2-etilheksiloleato

sintezės fermentiniu būdu

pagrindinių reakcijos parametrų

kaitos tyrimai

I. Matijošytė Polimerinių gaminių lemiančių

termostabilumo savybes

komponentų tyrimai

21,3

17,0

I. Matijošytė PET dribsnių kokybės analizė 8,5

Pagal šias sutartis 2011 gautos lėšos 55,3 tūkst. Lt.

3.5 Dalyvavimas tarptautinėse mokslo programose

Duomenys apie 2011 m. Instituto mokslininkų užsienio grantus pateikiami (lentelėje 3.3.)

Lentelė 3.3.

Finansuojanti

organizacija

Europos

Komisija, CSA-

SA – 7BP-

REGPOT-

2009-1

Vykdytojas -

gr. vadovas

VU BTI

admin. dr.

R. Abraitis

8,5

Granto objektas Trukmė Suma 2011

tūkst. Lt.

Strengthening and

Sustaining the

European

Perspectives of

Molecular

Biotechnology in

Lithuania

(MoBiLi).

2009.12-

2013.05

0


Eil.

Nr.

2.

3.

4.

5.

6.

7.

8.

Finansuojanti

organizacija

FP7 COST

BM0703

„Cancer and

Control of

Genomic

Integrity”

FP7 COST

BM0703

„Cancer and

Control of

Genomic

Integrity”

FP7 COST

programos

veikla TD0905

„Epigenetics:

Bench to

Bedside”.

COST TD 0804

„Chemical

Biology with

Natural

Products“.

Vykdytojas -

gr. vadovas

Prof.

Klimašauskas ir

G. Vilkaitis

© Biotechnologijos institutas 16

Metinis pranešimas – 2011

Granto objektas Trukmė Suma 2011

tūkst. Lt.

Bendradarbiavimas 2008 – 2012 0

Dr. D. Matulis Bendradarbiavimas 2008 – 2012 0

Prof.

Klimašauskas

Bendradarbiavimas 2010–2014 0

Dr. D.Matulis Bendradarbiavimas 2009 – 2013 0

FP7 HEALTH Dr. Ar. Kanopka Metastatic tumours

facilitated by

hypoxic tumour

microenvironments

(METOXIA).

FP7P HEALTH Dr. P. Stakėnas Pan-European

Network For The

Study And Clinical

Management Of

Drug Resistant

Tuberculosis (TB

PAN-NET)

FP7 HEALTH Dr. G. Žvirblis Development of

novel antiviral

drugs against

Influenza

(FLUCURE)

2009-2013. 121,4,0

2008-2013 66,1

2010-2014 320,4


Eil.

Nr.

9.

10.

11.

12.

13.

Finansuojanti

organizacija

FP7 HEALTH-

2007-2.3.3-7:

Supporting

highly

innovative

interdisciplinary

research on

influenza

"Baltic Sea

Health Region

8 Business

acceleration

support and

training

bridging

innovative

SMEs and

health care

organisations to

strengthen BSR

health

economy".

Vykdytojas -

gr. vadovas

Dr. G. Žvirblis

© Biotechnologijos institutas 17

Metinis pranešimas – 2011

Granto objektas Trukmė Suma 2011

tūkst. Lt.

Small Molecule

Inhibitors of the

Trimeric Influenza

Virus Polymerase

Complex

(FLUINHIBIT)

Dr. D. Matulis Baltijos jūros

regiono strategija

7BP MC- CIG Dr. V. Smirnovas Towards

construction of a

comprehensive

map of amyloidligand

interactions:

(-)-

Epigallocatechin 3-

Gallate and insulin

amyloid

(EGCG+INSULIN

=). 2011-2015

National

Institute of

Health, USA

Prof. S.

Klimašauskass

Approaches for

genomic mapping

of 5hydroxymethylcyto

sine a novel

epigenetic mark in

mammalian DNA.

2010-2012.

EEE Dr. D.Matulis Priešvėžinių

junginių kūrimas

2008/04/01-

2010/04/01

127,90

2010 - 2013 0

2011-2013 155,4

2010 - 2012 441,6

2008-2010 127,4


Eil.

Nr.

Finansuojanti

organizacija

Vykdytojas -

gr. vadovas

© Biotechnologijos institutas 18

Metinis pranešimas – 2011

Granto objektas Trukmė Suma 2011

tūkst. Lt.

struktūrinės

biotermodinamikos

metodais

Pagal lentelėje pateiktus tarptautinius projektus Instituto mokslininkai 2011 m. gavo 1360,2

tūkst. Lt., 2010 m. pagal vykdytus tarptautinius projektus gauta - 947,8 tūkst. Lt.

3.6. Mokslinės sutartys (kontraktai) su užsienio partneriais

Sutartys su užsienio subjektais moksliniams tyrimams ir eksperimentinei plėtrai vykdyti

svarbus Instituto mokslininkų finansavimo šaltinis. Duomenys apie 2011 m. pasirašytas arba

galiojančias sutartis su užsienio subjektais pateikti lentelėje 3.4.

Eil.

Nr.

Užsakovas Vykdytojas –

grupės vadovas

1. Abcam Ltd., Cambridge

Science Park,

Cambridge, D. Britanija

2. Santa Cruz

Biotechnology, JAV

Lentelė 3.4.

Sutarties objektas Suma,

tūkst.Lt

A. Žvirblienė Distributorship agreement for

marketing and distribution of

products

A. Žvirblienė Monokloninių antikūnų

tiekimas

3. Thermo Fisher Sci. Inc. V. Šikšnys Hibridinės meganukleazės 50,0

4. Thermo Fisher Sci. Inc. S. Klimašauskas Licensinė sutartis

(2010.03.10)

5. RWTH Aachen ir

Qiagen GmbH

(Vokietija)

77,0

3,6

85,0

S. Klimašauskas Licensinė sutartis 17,3

Pagal 2011 sutartis su užsienio partneriais iš viso gauta 232,9 tūkst. Lt., 2010 gauta 235,8 tūkst.

Lt.

3.7. Mokslinio bendradarbiavimo partneriai

Instituto darbuotojai bendradarbiauja su Lietuvos ir užsienio mokslininkais. Tai atspindi

žemiau pateiktas bendradarbiavimo mokslinių partnerių sąrašas:

V. Šikšnys bendradarbiauja su Prof.Dr. S.E.Halford/ Prof. dr. M. Sczelkun, Bristolio

Universitetas Jungtinė Karalystė, restrikcijos fermentų mechanizmai.

Dr. P. Horvath, DANISCO, Prancūzija, CRISPR sistemų tyrimai.

Prof. Dr. S.E.Halford, Bristolio Universitetas, Jungtinė Karalystė;

Prof. Dr. B.A. Connolly, Newcastle universitetas;

Dr. M. Bochtler, Varšuvos IICMB, Lenkija.


© Biotechnologijos institutas 19

Metinis pranešimas – 2011

A .Gedvilaitė bendradarbiauja su Dr. Ulrike Blohm, Institute for Novel and Emerging

Infectious Diseases Greifswald - Insel Riems, Germany. [Ulrike.Blohm@fli.bund.de].

Priešvėžinių vakcinų kūrimas.

E.Shikova, Bulgarija, Sofija [evelinash@abv.bg]. The Institute of Experimental Pathology and

Parasitology. Poliomos ir papilomos virusų testavimas

Dr. Rainer G. Ulrich, Friedrich-Loeffler-InstitutBundesforschungsinstitut für Tiergesundheit,

Federal Research Institute for Animal Health OIE Collaborating Centre for Zoonoses in Europe [

Rainer.Ulrich@fli.bund.de ]; Poliomos virusų VP1 baltymų tyrimai.

Prof. I. Meškienė bendradarbiauja su Dr. Prof. Laszlo Bogre, RHUL, London, UK;

L.Bogre@rhul.ac.uk; cell cycle regulation and signalling in plants;

Dr. Salma Balazadeh, Max Planck Institute for Molecular Plant Physiology, Golm, Germany;

Balazadeh@mpimp-golm.mpg.de; Gene expression in Arabidopsis;

Dr. Wilfried Rozhon, Technische Universität München; Liesel-Beckmann-Str. 1, D-85354

Freising, wilfried.rozhon[at]wzw.tum.de; Analysis of SA production in plants.

Dr. G. Žvirblis bendradarbiauja su prof. M. Schwemmle, Dept. of Virology, University of

Freiburg, Freiburg, Vokietija. martin.schwemmle@uniklinik-freiburg.de; Gripo viruso baltymai.

Dr. Č. Venclovas bendradarbiauja su Dr. Penny Beuning, North Eastern University, Bostonas,

Masačiusetso valstija, JAV. Bendradarbiavimo sritis: DNR replikacijos ir reparacijos baltymų

tyrimai. El. paštas: p.beuning@neu.edu;

Prof. Valerie Mizrahi, University of Cape Town, Pietų Afrika. Bendradarbiavimo sritis:

tuberkuliozės sukėlėjo M. tuberculosis DNR replikacijos ir reparacijos mechanizmų tyrimai. El.

paštas: valerie.mizrahi@uct.ac.za;

Prof. Martin Kupiec, Tel Avivo universitetas, Izraelis. Bendradarbiavimo sritis: Genomo

stabilumą užtikrinančio baltymo Elg1 struktūros ir sąveikų tyrimai. El. paštas:

martin@post.tau.ac.il;

Prof. Maris Laan, Tartu universitetas, Estija. Moters nėštumą palaikančio hormono chorioninio

gonadotropino hCG mutacijų tyrimai. El. paštas: maris@ebc.ee .

Prof. S. Klimašauskas bendradarbiauja su:

Habil. dr. N. Čėnas, Biochemijos institutas, Vilnius; polifenolių oksidacijos reakcijų kinetika;

Dr. Solange Morera, LEBS, Gif sur Yvette, Prancūzija; Gliukoziltransferazių pritaikymas

epigenomo tyrimams. morera@lebs.cnrs-gif.fr;

Prof. Guoliang Xu, Institute of Biochemistry and Cell Biology, Chinese Academy of Sciences,

Shanghai, Kinijos LR; glxu@sibs.ac.cn;

Prof. Dr. Elmar Weinhold, Institut für Organische Chemie der RWTH; Aachen, Vokietija; nauji

fermentų kofaktoriai. elmar.weinhold@oc.rwth-aachen.de;

Dr. Yoshitaka Bessho, GSC RIKEN; Yokohama; Japonija; RNR metilazių tyrimai;

Dr. J. Bujnicki, International Institute of Cellular and Molecular Biology; Warsaw; Lenkija;

metilazių kompjuterinis modeliavimas. iamb@genesilico.pl;

Dr. Andrey Kulbachinkiy, Institute of Molecular Genetics, Moscow, Rusija. RNR polimerazės

mechanizmo tyrimai. akulb@img.ras.ru


© Biotechnologijos institutas 20

Metinis pranešimas – 2011

Dr. Petr Sergiev, Prof. Olga Dontsova, Moscow State University, Moscow, Rusija. Ribosomų

RNR žymėjimas;

Dr. Robert Neely, Katholieke Universiteit Leuven, Leuven; Belgija; DNR kovalentinė

modifikacija; Prof. Ya-Ming Hou, Thomas Jefferson University, Philadelphia; JAV. RNR

metilinimo tyrimai, Ya-Ming.Hou@jefferson.edu;

Dr. Sun-Chong Wang, Institute of Systems Biology and Bioinformatics, National Central

University, Chungli, Taiwan. Epigenomo tyrimai.

M. Gudeliauskaitė, prof. S. Klimašauskas bendradarbiauja su Dr. Beatrice Clouet-d‘Orval,

Université Paul Sabatier, CNRS-UMR 5100, Bat IBCG, Toulouse, Prancūzija; programuojamų

RNR metilazių tyrimai;

Dr. E. Kriukienė, prof. S. Klimašauskas bendradarbiauja su Prof. Artūras Petronis; Centre for

Addiction and Mental Health, University of Toronto; Toronto; Kanada; žmogaus epigenomo

tyrimai. [Arturas_Petronis@camh.net]

Dr. A. Kanopka bendradarbiauja su:

Prof. L.Poellinger, Karolinska Institute, Stockholm, Švedija, sritis - iRNR pokyčiai, susidarę

dioksino receptoriaus mRNA brendimo metu, bei ląstelių atsakas į stresą..

lorenz.poellinger@ki.se +46 8 52487330

Dr. J.Makino, Tsukuba University, Tsukuba, Japonija, sritis - ląstelių atsakas į stresą.

makino@asahikawa-med.ac.jp

Prof. E. Pettersen, Oslo University, Oslo, Norvegija, sritis - deguonies sensoriai.

erik.pettersen@fys.uio.no Tel: +47 2285 5644

Dr. Thomas Gorr, University Medical Center Freiburg, Vokietija -sritis pre-iRNR splaisingas.

thomas.gorr@uniklinik-freiburg.de Tel: +49 761 270-4467

Dr. P. Stakėnas bendradarbiauja su:

Dr. D. M Cirillo, Emerging Bacterial Pathogens Unit, San RaffaeleScientific Institute, Milan,

Italija, sritis – tuberkuliozės tyrimai; cirillo.daniela@hsr.it, +390226437947

Dr. Paolo Miotto, Emerging Bacterial Pathogens Unit, San RaffaeleScientific Institute, Milan,

Italija, sritis – tuberkuliozės tyrimai; miotto.paolo@hsr.it, +39 02 2643 5684

Dr. Jessica de Beer, National Mycobacteria Reference Unit, RIVM - National Institute of Public

Health and the Environment, Bilthoven, Olandija, jessica.de.beer@rivm.nl, +31 30 2742886.

Dr. E. Pimkina, Tuberkuliozės skyrius, Infekcinių ligų ir tuberkuliozės ligoninė, viešosios

įstaigos Vilniaus universiteto ligoninės Santariškių klinikų filialas, Lietuva, sritis – tuberkuliozės

tyrimai; Edita.pimkina@rtiul.lt, +370 5 2333900.

Dr. A. Žvirblienė bendradarbiauja su:

Dr. V. Gorboulev, Wurzburg University, Wurzburg, Vokietija, sritis – organinių katijonų

receptoriaus (hOCT) imunocheminiai tyrimai. valentin.gorboulev@uni-wuerzburg.de, +49 (0)

93132796;

Dr. R.Ulrich, Friedrich-Loeffler-Institute, Greifswald, Insel-Riems, Vokietija, sritis – virusinių

antigenų imunologiniai tyrimai. Rainer.Ulrich@fli.bund.de, +49 (0) 38351 71-159.


© Biotechnologijos institutas 21

Metinis pranešimas – 2011

Dr. E.Shikova-Lekova, Institute of Experimental Morphology, Pathology and Anthropology with

Muzeum of the Bulgarian Academy of Sciences (IEMPAM-BAS), Sofija, Bulgarija, sritis – ŽPV

tyrimai. evelina_sh@abv.bg, +359 2 979 2339 .

Dr. D. Matulis bendradarbiauja su:

Dr. R.Meškys, Biochemijos institutas, Vilnius. Extensive collaboration, he is highly experienced

in recombinant protein refolding, enzymatic assays.

Dr. Vida Časaitė, Biochemijos institutas, Vilnius.

Dr. Daiva Tauraitė, Biochemijos institutas, Vilnius.

Prof. S. Tumkevičius, Vilniaus universitetas, Chemijos fakultetas. Cheminė sintezė.

Prof. Seppo Parkila. Institute of Medical Technology, University of Tampere, Finland.

Prof. M. Zylicz, International Institute of Molecular and Cell Biology, Poland.He provided us

with some recombinant proteins and genes for protein expression.

Pawel Bieganowski, Polish Medical Research Centre, Polish Academy of Sciences, Dept.Exp.

Pharmacology, Poland.

Matthew Todd, Team Leader, Research Fellow, Lead Generation Biology at Johnson & Johnson

Pharmaceutical Research and Development. USA.

C.Royer, Centre for Structural Biochemistry, Montpellier, France.

Ted Hupp, Cancer Research Centre, University of Edinburgh, UK.

Prof. M. Maier, University of Tubingen, Germany. He is an experienced scientist in the field of

radicicol analog synthesis for Hsp90 inhibition.

Peter Vikegard, TA Instruments, Stockholm, Sweden.

Chrisostomos Prodromou, Genome Damage and Stability Centre, University of Sussex, Falmer,

Brighton BN1 9RQ, United Kingdom.

Dr. Peteris Trapencieris, Latvian Institute of Organic Synthesis. Naujų karboanhidrazių slopiklių

paieška.

Dr. Claudiu Supuran, University of Florence, Italy. Karboanhidrazių tyrimai.

Dr. Per Hammarstrom, Linköping Universitetas, Švedija. Biofizikiniai tyrimai.

Danas Tvarijonavičius, AB “Amilina”, Panevėžys, Lietuva.

Prof. Ričardas Rotomskis, Onkologijos institutas. Tyrimai su gyvūnais.

Prof. Gintaras Valinčius, Biochemijos institutas, Bioelektrochemijos ir biospektroskopijos

skyriaus vedėjas.

Rima Budvytytė, Biochemijos institutas, Bioelektrochemijos ir biospektroskopijos skyrius.

Dr. V. Petrikaitė bendradarbiauja su:

Dr. Virginija Bukelskienė, Biochemijos institutas, Vilnius. Bendradarbiaujama atliekant tyrimus

su gyvūnais.

Dr. Irena Jonauskienė, Imunologijos institutas, Vilnius. Bendradarbiaujama atliekant tyrimus su

gyvūnais.


© Biotechnologijos institutas 22

Metinis pranešimas – 2011

Prof. Liudas Ivanauskas, Lietuvos sveikatos mokslų universitetas, Kaunas. Bendradarbiaujama

atliekant junginių analizę ESC metodu.

Prof. Ričardas Rotomskis, Onkologijos institutas, Vilnius. Tyrimai su gyvūnais.

Dr. V. Smirnovas bendradarbiauja su:

Prof. Roland Winter, Dortmundo technikos universitetas, biofizikiniai tyrimai.

Prof. Wojciech Dzwolak, Aukšto slėgio fizikos institutas, Varšuva, Lenkija.

Prof. Witold Surewicz, Case Western Reserve University, Klivendas, JAV.

3.8. Disertacijų gynimas

Fizinių mokslų srities biochemijos krypties daktaro laipsniui gauti disertacijas apgynė:

Rūta Gerasimaitė. DNR metiltransferazės HhaI atpažįstamos sekos inžinerija ir konformacinių

virsmų kinetikos tyrimas. Mokslinis konsultantas prof. S.Klimašauskas. 2011-05-02. Vilniaus

universitetas, Vilnius.

Eglė Mažeikė. Modelinės priešvėžinės vakcinos konstravimas panaudojant į virusus panašias

daleles. Mokslinė vadovė dr. A. Gedvilaitė. 2011-06-17. Vilniaus universitetas, Vilnius.

Mindaugas Juozapaitis. Paramyxoviridea šeimos virusų nukleokapsidės baltymų sintezė

mielėse Saccharomyces cerevisiae ir jų panaudojimas diagnostikai. 2011-06-20. Mokslinis

vadovas prof. K. Sasnauskas. Vilniaus universitetas, Vilnius.

Evaldas Čiplys. Tymų viruso hemagliutinino baltymo brendimo procesų mielių ląstelių

sekreciniame kelyje tyrimas ir mielių humanizavimas. 2011-12-17. Mokslinis vadovas dr. R.

Slibinskas. Vilniaus universitetas, Vilnius.

Technologijos mokslų srities cheminės inžinerijos krypties daktaro laipsniui gauti

disertaciją apgynė:

Indrė Kučinskaitė-Kodzė. Naujų monokloninių antikūnų prieš virusų antigenus kūrimas,

charakterizavimas ir taikymas. Mokslinė vadovė dr. A. Žvirblienė. 2011-06-20. Vilniaus

Gedimino technikos universitetas, Vilnius.

3.9 Stažuotės ir trumpalaikiai vizitai užsienio laboratorijose

Didelė dalis mokslo darbuotojų ir kitų tyrėjų 2011 m. buvo stažuotėse užsienio

laboratorijose. Didelė dalis kelionių buvo finansuota iš 7BP programos projekto MOBILI lėšų.

Palyginimui, 2008 m., iki prasidedant MOBILI, BTI mokslininkai buvo 8 išvykose (ne

konferencijose), o 2011 m. – 36. Duomenys apie užsienio stažuotes ir trumpalaikes išvykas

pateikti žemiau:

1. Tamošiūnas P-L, Health Protection Agency (Sveikatos apsaugos agentūra), Londonas,

Jungtinė Karalystė. 2011-09-18/10-01.

2. Sasnauskas K. Institute MICALIS, INRA, Paris, France, 2011.10.10-14.

3. Meškienė I, Vienos Universitetas, Viena, Austrija, 2011.07.04-12 ir 2011.07.19-29.


© Biotechnologijos institutas 23

Metinis pranešimas – 2011

4. Kriukienė E; Centre for Addiction and Mental Health, Toronto, Kanada; 2011.05.01-

29.

5. Tomkuvienė M; Université Paul Sabatier, Laboratoire de Microbiologie et de

Génétique Moléculaires, Toulouse; Prancūzija. 2011.04.07-22.

6. Plotnikova; Max F. Perutz Laboratories, University of Vienna, Department of

Microbiology, Immunobiology and Genetics, Vienna, Austrija; 2011.11.03-12.31.

7. Jachimovičiūtė S; The Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research;

Gatersleben, Vokietija; 2011.06.06-18.

8. Plotnikova A; Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research;

Gatersleben; Vokietija; 2011.06.06-2011.06.18.

9. Rakauskaitė R.EMBL, Heidelberg, Vokietija, 2011.03.27–2011.04.03.

10. Klimašauskas S, LEBS/CNRS, Gif-sur-Yvette, Prancūzija; 2011.04.14-19.

11. Klimašauskas S, Institute of Biophysics CAS, Pekinas, Kinijos L.R.; 2011.06.15-18.

12. Klimašauskas S, Institute of Biochemistry and Cell Biology, Šanchajus, Kinijos L.R;

2011.06.25-28.

13. Pečiulienė I. stažavosi Karolinska Institute, Stokholmas, Švedija. 2012.11.14 - 12.05.

14. Šėžaitė I. dalyvavo tėkmės citometrijos praktiniame seminare Partec kompanijoje,

Miunsteris (Vokietija) 2011.04.18-21.

15. Dekaminavičiūtė D stažavosi Tampere Universitete (Tampere, Suomija), 2011.05.08

– 13.

16. Bakonytė D dalyvavo M. tuberculosis genotipavimo MIRU-VNTR metodų mokymosi

kursuose: Institut Pasteur de Lille, Lilis, Prancūzija, 2011.09.13-15.

17. Kanopka A. ir L.Vilys lankėsi Karolinska Institutet, Stokholm, Švedija 2011. 11. 26-

29.

18. Žvirblienė A. lankėsi Wurzburg University, Wurzburg, Vokietija, 2011.04.16-21.

19. Žvirblienė A. lankėsi Friedrich-Loeffler Institute, Greifsvaldas (Vokietija)

2011.05.08 – 13.

20. Kasiliauskaitė, Florencijos universitetas, Italija, 2011 m. lapkričio 13 – 2011 m.

gruodžio 3d.

21. Gylytė J, Florencijos Universitetas, Italija, 2011 m. lapkričio 13 – 2011 m. gruodžio

3d.

22. Morkūnaitė V, TA Instruments, Stokholmas, Švedija, 2011 m. lapkričio 13d. – 2011

m. lapkričio 20d. ; Linköping Universitetas, Linköping, Švedija, 2011 m. lapkričio 21

d. – 2011 m. lapkričio 26 d.

23. Maksimavičiūtė E. TA Instruments, Stokholmas, Švedija, 2011 m. lapkričio 13d. –

2011 m. lapkričio 20d. ; Linköping Universitetas, Linköping, Švedija, 2011 m.

lapkričio 21 d. – 2011 m. lapkričio 26 d.

24. Matulis D. Structural biothermodynamics of inhibitor binding to human

recombinant carbonic anhydrases and Hsp90. Johnson & Johnson Pharmaceutical

Research and Development. USA. 2011 03 10.


© Biotechnologijos institutas 24

Metinis pranešimas – 2011

25. Matulis D. Drug Binding Energetics by Titration Calorimetry, Thermal and

Pressure Shift Assay. Johns Hopkins university, Baltimore, USA. 2011 03 (Kviestinis

žodinis pranešimas).

26. Šližytė J, L.Grinius. Projekto “BSHR HealthPort” aptarimas. 2011 06 09 – 10.

Briuselis, Belgija.

27. Kostiuk G; TU Dresden, Biotechnologisches Zentrum, Research group DNA motors.

Drezdenas, Vokietija. 2011 08 22 – 2011 09 21.

28. Šinkūnas T; Bristol University, Bristol, United Kingdom; 2011.02.27-03.06.

29. Golovenko D, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Izraelis; nuo 2010.10.03 iki

2011.05.30.

30. Golovenko D, European Synchrotron Radiation Facility; nuo 2011.03.02 iki

2011.03.06 bei nuo 2011.12.03 iki 2011.12.06.

31. Gražulis S; Université de Caen Basse-Normandie ir Université du Maine, Caen ir Le

Mans, Prancūzija; nuo 2011-07-11 iki 2011-07-14.

32. Gražulis S; Granados universitetas, Granada, Ispanija; nuo 2011-05-11 iki 2011-05-

14.

33. Gražulis S, Elena Manakova, Andrius Merkys, Dmitrij Golovenko, Giedrė

34. Tamulaitienė; EMBL, DESY sinchrotronas, Hamburg, Vokietija, nuo 2011-11-12 iki

2011-11-22.

35. Šikšnys V, Ženevos Universitetas, Ženeva, Šveicarija, 2011.05.15-17.

36. Šikšnys V, Madrido Biotechnologijos centras, Madridas, Ispanija, 2011.02.06-11.

3.10. Mokslinės veiklos pripažinimo ženklai

Z. Liutkevičiūtei diplomas už geriausią pirmosios LMA Jaunųjų mokslininkų konferencijos

„Fizinių ir technologijos mokslų tarpdalykiniai tyrimai“ pranešimą „Netipinės DNR citozino

metiltransferazių reakcijos“.

S. Klimašauskui VU rektoriaus 2011 m. mokslo premija.

S. Klimašauskui Vilniaus miesto apdovanojimas „Už nuopelnus mokslui“ - Šv. Kristoforo

statulėlė.

V. Šikšnys 2011 spalio 18 d. išrinktas Lietuvos mokslų akademijos nariu.


4. MOKSLINĖ PRODUKCIJA

4.1. Straipsniai ISI žurnaluose su citavimo indeksu

© Biotechnologijos institutas 25

Metinis pranešimas – 2011

Baltymų nukleorūgščių sąveikos tyrimo skyrius

1. Sinkunas T., Gasiunas G., Fremaux C, Barrangou R, Horvath P, Siksnys V. Cas3 is a singlestranded

DNA nuclease and ATP-dependent helicase in the CRISPR/Cas immune system. EMBO

J. 2011, 30(7):1335-42.

IF 10,124/AIF 5,186±

2. Kostiuk G., Sasnauskas G., Tamulaitiene G., Siksnys V. Degenerate sequence recognition by

the monomeric restriction enzyme: single mutation converts BcnI into a strand-specific nicking

endonuclease. Nucleic Acids Res. 2011, 39(9):3744-53.

IF 7,836/AIF 4,346

3. Silanskas A, Foss M, Wende W, Urbanke C, Lagunavicius A, Pingoud A, Siksnys V.

Biochemistry. Photocaged Variants of the MunI and PvuII Restriction Enzymes. 2011,

50(14):2800-7.

IF 3,226/AIF 4,346

4. Sapranauskas R, Gasiunas G, Fremaux C, Barrangou R, Horvath P, Siksnys V. The

Streptococcus thermophilus CRISPR/Cas system provides immunity in Escherichia coli. Nucleic

Acids Res. 2011, 39 (21): 9275-9282

IF 7,836/AIF 4,346

5. Sasnauskas G., Kostiuk G., Tamulaitis G., Siksnys V. Target site cleavage by the monomeric

restriction enzyme BcnI requires translocation to a random DNA sequence and a switch in enzyme

orientation. Nucleic Acids Res. 2011, 39(20):8844-8856

IF 7,836/AIF 4,346.

DNR modifikacijos tyrimų skyrius

6. Liutkevičiūtė Z., Kriukienė E., Grigaitytė I., Masevičius V., Klimašauskas S.

Methyltransferase-directed derivatization of 5-hydroxymethylcytosine in DNA.

Angew Chem Int Edit. 2011, 50(9):2090-3.

Angew Chem. 2011, 123:2138-2141.

IF 12,73/AIF 4,308

7. Gerasimaite R., Merkiene E., Klimasauskas S. Direct observation of cytosine flipping and

covalent catalysis in a DNA methyltransferase. Nucleic Acids Res. 2011, 39(9):3771-80

IF 7,836/AIF 4,346

Eukariotų genų inžinerijos skyrius

8. Zielonka A., Verschoor E.J., Gedvilaite A., Roesler U., Müller H., Johne R. Detection of

chimpanzee polyomavirus-specific antibodies in captive and wild-caught chimpanzees using

yeast-expressed virus-like particles. Virus Res. 2011, 155(2):514-9.

IF 2,305/AIF 3,95

9. Ciplys E, Samuel D, Juozapaitis M, Sasnauskas K, Slibinskas R Overexpression of human

virus surface glycoprotein precursors induces cytosolic unfolded protein response in

Saccharomyces cerevisiae. Microb Cell Fact. 2011, 10(1):37

IF 4,544/AIF 3,111


© Biotechnologijos institutas 26

Metinis pranešimas – 2011

10. Ciplys E, Sasnauskas K, Slibinskas R. Over-expression of human calnexin in yeast improves

measles surface glycoprotein solubility. FEMS Yeast Res. 2011 11(6):514-23

IF 2,279/AIF 2,644±

11. Petraitytė-Burneikienė R, Nalivaiko K, Lasickienė R, Firantienė R, Emužytė R, Sasnauskas

K, Zvirblienė A. Generation of recombinant metapneumovirus nucleocapsid protein as

nucleocapsid-like particles and development of virus-specific monoclonal antibodies. Virus Res.

2011 161(2):131-9.

IF 2,905/AIF 3,95

12. Warrener L, Slibinskas R, Chua KB, Nigatu W, Brown KE, Sasnauskas K, Samuel D, Brown D.

A point-of-care test for measles diagnosis: detection of measles-specific IgM antibodies and viral

nucleic acid. Bull World Health Organ. 2011, 89(9):675-82.

IF 5,459/AIF 2,312

13. Mertens M, Hofmann J, Petraityte-Burneikiene R, Ziller M, Sasnauskas K, Friedrich R,

Niederstrasser O, Krüger DH, Groschup MH, Petri E, Werdermann S, Ulrich RG. Seroprevalence

study in forestry workers of a non-endemic region in eastern Germany reveals infections by Tula

and Dobrava-Belgrade hantaviruses. Med Microbiol Immunol. 2011, 200 (4):263-8.

IF 3,27/AIF 3,985±

14. Wunderlich K, Juozapaitis M, Ranadheera C, Kessler U, Martin A, Eisel J, Beutling U, Frank R,

Schwemmle M. Identification of high-affinity PB1-derivedpeptides with enhanced affinity to the

PA protein of the influenza A virus polymerase. Antimicrob Agents Chemother. 2011, 55(2):696-

702

IF 4,672/ AIF 3,2712±

Imunologijos ir ląstelės biologijos skyrius

15. Kucinskaite-Kodze I, Petraityte-Burneikiene R, Zvirbliene A, Hjelle B, Medina RA,

Gedvilaite A, Razanskiene A, Schmidt-Chanasit J, Mertens M, Padula P, Sasnauskas K, Ulrich

RG., 2010. Characterization of monoclonal antibodies against hantavirus nucleocapsid protein and

their use for immunohistochemistry on rodent and human samples. Arch Virol. 2011, 156(3):443-

56.

IF 2,209/3,95AIF

16. Chase GP, Rameix-Welti MA, Zvirbliene A, Zvirblis G, Götz V, Wolff T, Naffakh N,

Schwemmle M Influenza Virus Ribonucleoprotein Complexes Gain Preferential Access to

Cellular Export Machinery through Chromatin Targeting. PLoS Pathog. 2011, 7(9):e10002187

IF 9,079/AIF 2,998±

17. Mertens M, Kindler E, Emmerich P, Esser J, Wagner-Wiening C, Wölfel R, Petraityte-

Burneikiene R., Schmidt-Chanasit J, Zvirbliene A, Groschup MH, Dobler G, Pfeffer M, Heckel

G, Ulrich RG, Essbauer SS. Phylogenetic analysis of Puumala virus subtype Bavaria,

characterization and diagnostic use of its recombinant nucleocapsid protein. Virus Genes. 2011,

43(2):177-91

IF 1,693/AIF 4,312±.

18. Pleckaityte M., Mistiniene E., Lasickiene R., Zvirblis G., Zvirbliene A. Generation of

recombinant single-chain antibodies neutralizing the cytolytic activity of vaginolysin, the main

virulence factor of Gardnerella vaginalis. BMC Biotechnol. 2011, 11(1):100.

IF 2,859/AIF 3,111

19. Pleckaityte M, Zvirbliene A, Sezaite I, Gedvilaite A. Production in yeast of pseudotype viruslike

particles harboring functionally active antibody fragments neutralizing the cytolytic activity

of vaginolysin. Microb Cell Fact. 2011 10:109

IF 4,544/AIF 3,111


© Biotechnologijos institutas 27

Metinis pranešimas – 2011

20. Jakubauskas A, Valceckiene V, Andrekute K, Seinin D, Kanopka A, Griskevicius L. Discovery

of two novel EWSR1/ATF1 transcripts in four chimerical transcripts-expressing clear cell

sarcoma and their quantitative evaluation. Exp Mol Pathol. 2011, 90(2):194-200.

IF 2,986/AIF 2,612

21. Rocas M., Jakubauskiene E., Kanopka A. Polymorphism of the aryl-hydrocarbon receptor gene

in intron 10 of human cancers. Braz J Med Biol Res. 2011, 44(11):1112-7.

IF 1,15/AIF3,23±

Biotermodinamikos ir vaistų tyrimo skyrius

22. Toleikis Z., Cimmperman P., Petrauskas V., Matulis D. Determination of the Volume Changes

Induced by Ligand Binding to Hsp90 Using High Pressure Denaturation. Anal Biochem. 2011,

413(2):171-8.

IF 3,326/AIF 3,581±

23. Petrikaite V., Tarasevicius E., Pavilonis A. 2011. Synthesis and Antimicrobial Properties of

Naphthylamine Derivatives Having a Thiazolidinone Moiety. Medicina (Kaunas) 2011,

47(6):334-9

IF 0,446/AIF 3,985

24. Petrikaitė V, Matulis D. Natural and Synthetic Inhibitors Binding to Human Heat Shock

Protein 90 and Their. Clinical Application.Medicina (Kaunas). 2011, 47.413-420.

IF 0,446 /AIF3,985

25. Zubrienė A., Kazlauskas E., Baranauskienė L., Petrauskas V., Matulis D. 2011. Isothermal

Titration Calorimetry and Thermal Shift Assay in Drug Design. European Pharmaceutical

Review. 16 (3): 56 – 59 ne ISI

Bioinformatikos skyrius

26. Olechnovič K., Margelevičius M., Venclovas Č. Voroprot: an interactive tool for the analysis

and visualization of complex geometric features of protein structure. Bioinformatics 2011,

27(5):723-4

IF 4,877/ AIF 3,179 ±

27. Laganeckas M., Margelevicius M., Venclovas C. Identification of new homologs of PD-

(D/E)XK nucleases by support vector machines trained on data derived from profile-profile

alignments. Nucleic Acids Res. 2011, 39(4):1187-96.

IF 7,836 /AIF4,346

28. Kazlauskas D, Venclovas C. Computational analysis of DNA replicases in double-stranded DNA

viruses:relationship with the genome size. Nucleic Acids Res. 2011, 39(19):8291-305.

IF 7,836 /AIF4,346

29. Timinskas K., Venclovas C. The N-terminal region of the bacterial DNA polymerase PolC

features a pair of domains, both distantly related to domain V of the DNA polymerase III τ

subunit. FEBS J. 2011 278(17):3109-18.

IF3,129 /AIF4,346

4.2 Patentai, patentinės paraiškos

2011 m. buvo ypač derlingi patentais – Instituto mokslininkai gavo net tris tarptautinius

patentus, iš kurių du jau licencijuoti (dr.A. Žvirblienės ir prof. S.Klimašausko):

• Žvirblienė A., Gedvilaitė A., Ulrich R., Sasnauskas K. Process for the production of

monoclonal antibodies. US 7,919,314 B2, 2011. (lic. Thermo Fisher Sci)


© Biotechnologijos institutas 28

Metinis pranešimas – 2011

• Weinhold E, Dalhoff C., Klimašauskas S., Lukinavičius G. S-adenosyl-L-metionine

analogues with.. US 8,008,007, 2011. (lic. Qiagen GmbH)

• Matulis D., Dudutienė V., Matulienė J., Mištinaitė L. Benzimidazo[1,2-

C][1,2,3]thiadiazol-7-sulfonamides as inhibitors of carbonic anhydrase and the

intermediates for production thereof. EP2054420, 2011.

Instituto mokslininkai 2011 m. pateikė 3 tarptautines patentines paraiškas, vyksta derybos

dėl jų licensijavimo:

• Šilanskas A., Zaremba M., Sasnauskas G., Šikšnys V. Generation of restriction

endonuclease triplex forming oligonucleotide conjugates with switchable activity.

Provisional application for US patent 61522310, 2011.

• Klimašauskas S., Staševskij Z. Nucleic acid production and sequence analysis. Patento

paraiška GB1119903.1 (2011-11-17).

• Klimašauskas S., Kriukienė E., Urbanavičiūtė G., Petronis A., Khare T., Wang S.-C.

Analysis of methylation sites. Patento paraiška GB1119904.9 (2011-11-17)

Instituto mokslininkai 2011 m. paskelbė 2 Lietuvos patentus:

• Klimašauskas S., Liutkevičiūtė Z., Kriukienė E. Alfa-hidroksialkilintų liekanų konversija

biomolekulės, naudojant metiltransferazes. LT 5706 B, 2011/01/25.

• Klimašauskas S., Liutkevičiūtė Z. Biomolekulių derivatizacija nekofaktoriniais junginiais

esant metiltransferazėms. LT 5708 B, 2011/01/25.

4.3 Medžiaga knygose, enciklopedijose

1. Petrikaitė V. and Matulis D. 2011. Thermodynamics of Natural and Synthetic Inhibitor Binding

to Human Hsp90. In: "Application of Thermodynamics to Biological and Materials Science". Ed.

Mizutani Tadashi, 2011, 77-92

2. Cimmperman P. and Matulis D.. Protein Thermal Denaturation Measurements via a Fluorescent

Dye. In „Biophysical Approaches Determining Ligand Binding to Biomolecular Targets.

Detection, Measurement and Modeling“. Eds. Podjarny, A., Dejaegere, A. and Kiefer, B. RSC

Publishing. Chapter 8. 2011, 247-274.

3. Barsky Daniel, Laurence Ted A., Venclovas Č. How proteins slide on DNA. In “Biophysics of

DNA-protein interactions: from single molecules to biological systems”. Ed: Williams, Mark C.;

Maher, III, L. James. New York : Springer, 2011, p. 39-68.

4.4 Pranešimai konferencijose ir simpoziumuose

2011 m. Instituto darbuotojai pateikė įvairių konferencijų ar simpoziumų organizatoriams

pranešimų tezes (abstracts), kurios buvo atspausdintos konferencijų ar simpoziumų medžiagoje,

nepriklausomai nuo to ar autorius dalyvavo konferencijoje ar ne. 2011 m. skaityti 91pranešimai.

Palyginimui, iki MOBILI projekto pradžios, 2008 m. buvo skaityta 32 pranešimai.


© Biotechnologijos institutas 29

Metinis pranešimas – 2011

1. Čiplys E., Sasnauskas K., Slibinskas R. Overexpression of human calnexin in yeast

improves the surface glycoprotein solubility of the measles virus. 25th International

Cionference on Yeast Genetics and Molecular Biology. Olsztyn, Poland, 11-16 July,

2011, p.S38.

2. Čiplys E., Samuel D., Juozapaitis M., Sasnauskas K., Slibinskas R. Overexpression of

human virus surface glycoprotein precursors induces cytosolic unfolded protein response

in yeast. 25th International Cionference on Yeast Genetics and Molecular Biology.

Olsztyn, Poland, 11-16 July, 2011, p.S71.

3. Gedvilaite A. stendinis pranešimas: “Expression of functionally active single-chain

antibody fragment and major histocompatibility complex (HLA-A2 type) molecules

displayed on the surface of yeast-expressed virus like particles”, 36th FEBS Congress

Turin, Italy, June 25-30, 2011.

4. Zvirbliene A., M. Pleckaityte, R. Lasickiene, I Kucinskaite-Kodze, J. Alesiute, and G.

Zvirblis.“The use of neutralizing monoclonal antibodies for a functional characterization

of vaginolizin, the main virulence factor of G. vaginalis“ Abstracts of 36th FEBS

Congress, Torino, Italy June 25-30, 2011. FEBS J. v.278, suppl.1 2011, p. 173. ISN 1742-

464X.

5. Meškiene I; (stendinis) PP2C MAPK phosphatase controls stomata development

iArabidopsis. Keystone Symposium on Plant Abiotic Stress Tolerance Mechanisms,

Water and Global Agriculture (A7), Keystone Symposia, Colorado, USA, January 17 -

22, 2011.

6. Meškiene I; (stendinis) Localization of PP2C MAPK phosphatase controls

stomatadevelopment in Arabidopsis. Keystone Symposia on The Evolution of Protein

Phosphorylation (F1), Keystone Symposia, Colorado, January 23 - 28, 2011.

7. Meškiene I; (žodinis) Cooperative control of MAPK activities by PP2C- and DSP-type

MAPK phosphatases in Arabidopsis. Europhosphatases 2011: Protein Phosphatases From

Molecules to Networks. Baden near Vienna, Austria, EMBO conference series, July 18 –

23, 2011.

8. K. Kvederavičiutė; (stendinis) Linking protein phosphatases, cell signaling andevolution

in plants. EMBO conference series Europhosphatases 2011: Protein Phosphatases From

Molecules to Networks. Baden at Vienna, Austria, EMBO conference series, July 18 – 23,

2011.

9. Meskiene I; (stendinis) Stomata Development is Controlled by a PP2C Phosphatase in

Arabidopsis. Abstracts of 4th International Workshop - Plant Abiotic Stress - COST

ACTION FA0605. Limassol, Cyprus, 17-19.11.2011, p. 45.

10. Alois Schweighofer; (stendinis) Integration of abiotic and biotic stress signaling through

Arabidopsis PP2C-type MAPK-Phosphatases. 4th International Workshop - Plant Abiotic

Stress - Limassol, Cyprus, COST ACTION FA0605, 17-19.11.2011.

11. Meškiene I; (žodinis) MAPK Phosphatases in Cell Signaling Control. ERA Net PG

“PathoNet” meeting Leibniz-Institut für Pflanzenbiochemie, Halle, Wörlitz, Germany,

September 18-20, 2011.


© Biotechnologijos institutas 30

Metinis pranešimas – 2011

12. Meškiene I; (žodinis) Signal transduction in plant cells, Plant Biotechnology Advances in

Agriculture, Organized by Institute of Horticulture, Lithuanian Research Centre for

Agriculture and Forestry, Kaunas, October 27-28, 2011.

13. Schweighofer A; Plant Biotechnology Advances in Agriculture, Organized by Institute of

Horticulture, Lithuanian Research Centre for Agriculture and Forestry, Kaunas, October

27-28, 2011.

14. Meškiene I; Vienna Plant Network Meeting, Federal Research Centre for Forests –

Bundesforschungszentrum für Wald (BFW), 1140 Vienna, Austria, 11 November, 2011.

15. R.Slibinskas; Overexpression of human virus surface glycoprotein precursors induces

cytosolic unfolded protein response in yeast (stendinis); 25th International Conference on

Yeast Genetics and Molecular biology; Institute of Biochemistry and Biophysics Polish

Academy of Sciences; Olsztyn-Kortowo; Lenkija; 2011 liepos 11-16.

16. R. Slibinskas; Coexpression of human calnexin rescues measles virus hemagglutinin

glycoprotein from insolubility in the yeast expression system (žodinis ir stendinis); 9th

International Calreticulin Workshop; Statens Serum Institut; Copenhagen; Danija; 2011

rugpjūčio 29-31.

17. Aštrauskaitė M., Gruškienė R., Veteikytė A., Matijošytė I., Biotechnological route for the

synthesis of polyols // Konferencija „Chemistry 2011“, 2011, Spalio 14, p. 22, Vilnius,

Lietuva.

18. Aleksejūnaitė J., Šiekštelė R., Matijošytė I. Dviejų n-butanolio sintezės genų ruošimas

raiškai mielėse. Konferencija „Studentų moksliniai darbai“, 2011. p. 159-161, Vilnius,

Lietuva.

19. Edita Kleinaitė, R. Gruškienė, R. Beliūnas, I. Matijošytė, B. Tvaska, S. Grigiškis, E. V.

Baškys, M. Kavaliauskė, Enzymatic synthesis of 2-ethyl-1-hexyl oleate. „2011 Chemija“

10-oji Lietuvos chemikų tarptautinė konferencija, 2011. p. 71, Vilnius, Lietuva.

20. Kazlauskaitė I., Aleksejūnaitė J., Šiekštelė R., Matijošytė I. Metagenomic DNA as the

object for the new biocatalysts discovery. „2011 Chemija“ 10-oji Lietuvos chemikų

tarptautinė konferencija, 2011 spalio 14 d., p. 66, Vilnius, Lietuva.

21. Matijošytė I., Aštrauskaitė M., Veteikytė A., Gruškienė R., Kleinaitė E., A Novel

Biocatalyst for Oxidation of Secondary Alcohols // 10 th International Symposium on

Biocatalysis and Biotransformations (Biotrans2011) Spalio 2-6 d., 2010, Sicilija, Italija.

22. Č. Venclovas; „Physical interatomic contacts in the evaluation and analysis of protein

three-dimensional structure“, BioInformatics in Torun - BIT11; Polish Bioinformatics

Society and the Faculty of Physics, Astronomy and Informatics of N. Copernicus

University, Torun; Torunė; Lenkija; 2011 birželio 2-4 d.

23. Č. Venclovas; „Physical contacts-based score for evaluating protein and RNA structural

models against a reference structure“; Multi-Pole Approach to Structural Biology;

International Institute of Molecular and Cell Biology; Varšuva; Lenkija; 2011 lapkričio

16-19 d.


© Biotechnologijos institutas 31

Metinis pranešimas – 2011

24. Č. Venclovas; „Evaluation of protein three-dimensional models based on physical

contacts“; Protein and RNA Structure Prediction Conference 2011; Zing conferences;

Xcaret; Meksika; 2011 gruodžio 3-7 d.

25. D. Kazlauskas, Č. Venclovas; „Computational analysis of DNA replicases in doublestranded

DNA viruses: Relationship with the genome size“; ISMB/ECCB 2011;

International Society for Computational Biology; Vienna; Austrija; 2011 liepos 17-19d.

26. K. Olechnovič, E. Kulberkytė, Č. Venclovas; „Physical contacts-based score for the

evaluation of protein 3D models“; ISMB/ECCB 2011; International Society for

Computational Biology; Vienna; Austrija; 2011 liepos 17-19 d.

27. K. Timinskas, Č. Venclovas; „The N-terminal region of the bacterial DNA polymerase

PolC features a pair of domains, both distantly related to domain V of the DNA

polymerase III τ subunit“; Multi-Pole Approach to Structural Biology; International

Institute of Molecular and Cell Biology; Varšuva; Lenkija; 2011 lapkričio 16-19 d.

28. S. Klimašauskas; (žod.) Catalytic versatility of DNA methyltransferases; Nucleic Acid

Enzymes and Enzymes in Human Disease; Nankai University, Tianjin, Kinijos L.R.;

2011.06.19-24.

29. S. Klimašauskas; (žod.) Chemo-enzymatic approaches to genome-wide profiling of

cytosine modifications; Epigenetics - Bench to Bedside COST Action TD0905; Braga;

Portugalija; 2011.12.15-16.

30. S. Klimašauskas; (žod.) Exchange and derivatization of 5-hydroxymethyl groups

catalyzed by cytosine methyltransferases; 4th European Conference on Chemistry for Life

Sciences; Budapeštas, Vengrija; 2011.08.31-09.04.

31. S. Klimašauskas; (be pranešimo) 12th International Congress of Human Genetics,

Montreal, Kanada; 2011.10.11-16

32. S. Jachimovičiūtė; Substrate-Interacting Domains of the Small RNA Methyltransferase

HEN1; 7th Plant Science Student Conference (PSSC); Leibniz Institute of Plant

Biochemistry; Halle; Vokietija, June 14th - 17th, 2011.

33. S. Jachimovičiūtė; Functional Analysis of the Small RNA Methyltransferase; Epigenetics

- Bench to Bedside; COST Action TD0905; Split; Kroatija, 2011.04.28 – 2011.04.30.

34. S. Jachimovičiūtė; Mažųjų RNR metiltransferazės HEN1 domenų funkcinis tyrimas;

Mokslas - Lietuvos ateitis; Vilniaus Gedimino technikos universitetas; Vilnius, Lietuva,

2011.04.14.

35. E. Kriukienė; New approaches for genome-wide profiling of 5-hydroxymethylcytosine;

Chromatin and Epigenetics; EMBO; Heidelbergas, Vokietija; 2011.06.01-2011.06.05.

36. E. Kriukienė; be pranešimo; tarptautinė konferencija „Mokslas, inovacijos ir lytiškumas“;

BASNET, VU TFAI; Vilnius, Lietuva. 2011.11.24-25.

37. Z. Liutkevičiūtė; Netipinės DNR citozino metiltransferazių reakcijos; Fizinių ir

technologijos mokslų tarpdalykiniai tyrimai; Lietuvos Mokslo Akademija; Vilnius;

Lietuva; 2011.02.08.


© Biotechnologijos institutas 32

Metinis pranešimas – 2011

38. Z. Liutkevičiūtė; Atypical reactions of DNA cytosine-5 methyltransferase; COST action

TD0905 meeting „Epigenetics – Bench to Bedside“, Split; Croatia, 2011.04.28-

2011.05.30.

39. M. Tomkuvienė; be pranešimo; tarptautinė konferencija „Mokslas, inovacijos ir

lytiškumas“; BASNET, VU TFAI; Vilnius, Lietuva. 2011.11.24-25.

40. G. Vilkaitis; Enzymatic insights into the HEN1-mediated small RNA methylation

(stendinis pranešimas); 36th FEBS Congress “Biochemistry for tomorrow medicine”,

Torino, Italy, 2011.06.25-30.

41. Plotnikova A; The mechanism of microRNA modification by HEN1 methyltransferase

from Arabidopsis thaliana (stendinis pranešimas); „Plant Science Student Conference“

Leibniz Institute of Plant Biochemistry; Halle, Germany; 2011.06.14-17.

42. Plotnikova A & G. Vilkaitis; Enzymatic and functional analysis of the small RNA

methyltransferase HEN1 (stendinis pranešimas); „Non-Coding RNA, Epigenetic Memory,

and the Environment“; Abcam, London, UK, 2011.04.14-15.

43. Pleckaityte M. Analysis of Gardnerella vaginalis strains isolated from patients with

bacterial vaginosis. 4th Congress of the European Microbiologists FEMS 2011. Ženeva,

Šveicarija, 2011 m. birželio 26-30 d., stendinis pranešimas.

44. Pleckaityte M. Construction of mosaic virus-like particles harboring a functionally active

single-chain antibody fragment. . European Biotechnology Congress 2011. Stambulas,

Turkija, 2011 m. rugsėjo 28-spalio 1 d., stendinis pranešimas.

45. Plečkaitytė M Rekombinantinių antikūnų fragmentų raiškos galimybių tyrimas mielėse.

Lietuvos Mokslo Taryba, 2011 m. rugsėjo 28d., baigiamoji “postdoc” programos

konferencija, stendinis pranešimas.

46. Kanopka A. Role of 65 kDa protein in regulation of HIF-3 pre-mRNA slicing. OXYGEN

2011 Hypoxia sensing, signaling and adaptation. Davosas, Šveicarija, 2011.01.08-12,

stendinis pranešimas.

47. Kanopka A. Relation between MAO B intron 13 G/A polymorphism and pre-mRNA

splicing. 36 th FEBS Congress. Biochemistry for tomorrow medicine. Torino, Italija.

2011.06.25-30, stendinis pranešimas.

48. Kanopka A. MAO B gene intron 13 G/A polymorphism influence for pre-mrna splicing.

Eukaryotic mRNA processing. Cold Spring Harbor, JAV. 2011.08.23-27, stendinis

pranešimas.

49. V Zilaityte, Antigenic characterization of Lyssavirus nucleocapsid protein. 36 th FEBS

Congress. Biochemistry for tomorrow medicine. Torino, Italija. 2011.06.25-30, stendinis

pranešimas.

50. A Zvirbliene, The use of neutralizing monoclonal antibodies for a functional

characterization of vaginolysin, the main virulence factor of Gardnerella vaginalis. 36 th

FEBS Congress. Biochemistry for tomorrow medicine. Torino, Italija. 2011.06.25-30,

stendinis pranešimas.


© Biotechnologijos institutas 33

Metinis pranešimas – 2011

51. E.Pimkina (NRL-Lithuania), P.Stakenas (VU IBT). Molecular epidemiology of

M.tuberculosis in Baltic cities: update from Vilnius, TB PAN-NET Mid-term meeting,

Corte Franca, Brescia, Italija, 2011 m. gegužės 29-birželio 1 d., žodinis pranešimas.

52. P. Stakėnas. Third meeting of the ECDC/RIVM project Molecular surveillance of

multidrug resistant tuberculosis in the European Union, Chania (Crete), Graikija, 2011 m.

rugsėjo 28-30 d.

53. Matulis D., projekto “BSHR HealthPort” aptarimas. 2011 01 27. Kopenhaga, Danija.

54. Petrauskas V., Toleikis Z., Cimmperman P., Matulis D. Determination of the Volume

Changes Induced by Ligand Binding to Hsp90 Using High Pressure Denaturation.

“Biophysical Society 55th Annual Meeting”,2011 03 05 – 09. Baltimore, Maryland,

USA. (Stendinis pranešimas).

55. Petrikaitė V., Kazlauskas E., Zubriene A., Michailoviene V., Matuliene J., Matulis D.

Anticancer activity and ADME/Tox properties of resorcinol-bearing Hsp90 inhibitors.

ADMET Europe, 2011 03 28-29, Munich, Germany. (Stendinis pranešimas).

56. E. Čapkauskaitė, A. Zubrienė, L. Baranauskienė, S. Tumkevičius, D. Matulis.

PIRIMIDINO DARINIŲ, SLOPINANČIŲ KARBOANHIDRAZES, SINTEZĖ.

Konferencija “Chemija”. 2011 04 27. Kaunas. (Stendinis pranešimas).

57. Petrikaitė V., Matulis D. Determination of lead compound solubility by pH titration.

COST TD0905. 2011 04 29 - 30 Splitas, Kroatija. (Žodinis pranešimas).

58. Zubrienė A., Kazlauskas E., Baranauskienė L., Petrauskas V., and Matulis D. Towards the

intrinsic lead binding thermodynamics. COST TD0905. 2011 04 29 - 30 Splitas, Kroatija.

(Žodinis pranešimas).

59. Maksimavičiūtė E., Petrikaitė V., Matulis D. Thermodynamics of Ion Pair Formations in

Proteins. COST TD0905. 2011 04 29 - 30 Splitas, Kroatija. (Žodinis pranešimas).

60. Zubrienė A., Baranauskienė L., Kazlauskas E., Čapkauskaitė E., Dudutienė V., Toleikis

Z., Jogaitė V., Chaleckis R., Michailovienė V., Šližytė J., Torresan J., Petrikaitė V.,

Petrauskas V., Matulienė J., and Matulis D. THERMODYNAMIC-STRUCTURE

CORRELATIONS OF DRUG LEAD BINDING TO TARGET PROTEINS. The 66 th

Calorimetry Conference. 2011 06 12 – 17. Oahu, Hawaii, USA. (Kviestinis žodinis

pranešimas, iš dalies apmokėta organizatorių).

61. Smirnovas V. Structural organization of brain-derived mammalian prions: New insights

from hydrogen/deuterium exchange. „The Molecular & Cellular Origins & the

Biomedical Consequences of Protein Aggregation“. 2011 06 12 – 17. Snowmass Village,

Colorado, USA. (Žodinis pranešimas).

62. Petrauskas V., Zubrienė A., Kazlauskas E., Baranauskienė L., and Matulis D. Intrinsic

Binding Parameters as a Necessity to Correlate Energetics with Structure. 19th Biennial

Meeting of the International Society for Molecular Recognition. 2011 06 16 – 19. Tavira,

Portugal. (Stendinis pranešimas).


© Biotechnologijos institutas 34

Metinis pranešimas – 2011

63. Dudutienė V., Zubrienė A., Kairys V. and Matulis D. Probing of the Carbonic Anhydrase

Isozyme Active Center Cavities with Inhibitor Functional Groups. „Frontiers in Medicinal

Chemistry“ meeting. 2011 06 19 - 21, Stockholm, Sweden. (Stendinis pranešimas).

64. Petrikaite V., Kazlauskas E., Matuliene J., Matulis D. Pharmacokinetics and toxicity of

resorcinol-bearing lead compounds. “Frontiers in Medicinal Chemistry”, 2011 06 19-21,

Stockholm, Sweden.

65. Jogaitė V., Zubrienė A., Baranauskienė L., Dudutienė V., Čapkauskaitė E., Michailovienė

V., Gylytė J., Šebėka H., Matulis D. Inhibitor binding thermodynamics and stability

characterization of human carbonic anhydrases. FEBS satellite CA meeting. 2011 06 22 –

24. Montecatini, Italy. (Žodinis pranešimas).

66. Jogaitė V., Zubrienė A., Gylytė J., Michailovienė V. and Matulis D. Characterization of

Recombinant Human CA XII Inhibitor Binding. FEBS satellite CA meeting. 2011 06 22

– 24. Montecatini, Italy. (Stendinis pranešimas).

67. Petrikaite V. Anticancer activity and ADMET properties of resorcinol-bearing lead

compounds. “Smithy of Ideas 2011”, 2011 06 30 – 07 03, Trakai, Lithuania (Žodinis

pranešimas).

68. Petrikaitė V.,Kazlauskas E., Matulienė J., Matulis D. Rezorcinolio darinių priešvėžinis

aktyvumas ir farmakokinetinių savybių tyrimas. Pasaulio lietuvių mokslo ir kūrybos

simpoziumas. 2011 07 03 – 04. Kaunas, Vilnius. Lietuva. (Stendinis pranešimas).

69. Petrikaite V., Kazlauskas E., Matuliene J., Matulis D. Anticancer activity and ADMET

properties of resorcinol-bearing lead compounds. “Drug Discovery and Selection”, 2011

07 06-08, Lyon, France. (Stendinis pranešimas).

70. Petrauskas V. and Matulis D. Empirical Model of Macromolecule – ligand Interaction.

Ninth Triennial Congress of the WORLD ASSOCIATION OF THEORETICAL AND

COMPUTATIONAL CHEMISTS WATOC 2011. 2011 07 16 – 22. Santiago de

Compostela, Spain. (Stendinis pranešimas).

71. Čapkauskaitė E., Zubrienė A., Baranauskienė L., Tamulaitienė G., Manakova E., Gražulis

S., Tumkevičius S., Matulis D. Synthesis of Pyrimidine Derivatives as Inhibitors of

Carbonic Anhydrase. 23rd International Congress on Heterocyclic Chemistry (ICHC-23.

2011 07 31 – 08 04. Glasgow, Scotland. (Stendinis pranešimas).

72. Matulis D. “Chemijos grožis ir nauda kuriant vaistus”. „LJMS vasara 2011“. 2011 07 31

– 08 07. Molėtai, Lietuva. (Žodinis pranešimas).

73. Zubrienė A., Kazlauskas E., Michailovienė V., Matulis D. Towards intrinsic binding

thermodynamics. 8th European Biophysics Congress. 2011 08 23 – 27. Budapest,

Hungary. (Stendinis pranešimas).

74. Smirnovas V., Gerald S. Baron, Danielle K. Offerdahl, Gregory J. Raymond, Byron

Caughey and Witold K. Surewicz. Structural organization of brain-derived mammalian

prions:New insights from hydrogen/deuterium exchange. „Amyloid Fibrils, Prions and

Precursors: Molecules for Targeted Intervention“ 2011 08 24 – 29. Germany. (Stendinis

pranešimas).


© Biotechnologijos institutas 35

Metinis pranešimas – 2011

75. Zubrienė A., Baranauskienė L., Kazlauskas E., Toleikis Z., Matulis D. Drug Binding

Energetics by Titration Calorimetry, Thermal and Pressure Shift Assay. The 1st Central

and Eastern European Conference on Thermal Anglysis and Calorimetry.2011 09 07 –

10. Craiova. Romania. (Kviestinis žodinis pranešimas).

76. Čapkauskaitė E. Synthesis of Benzenesulfonamides containing azaheterocyclic moieties.

Paul Walden 7 th Symposium on Organic Chemistry. 2011 09 12 – 13. Ryga, Latvija.

(Stendinis pranešimas).

77. Petrikaite V., Kazlauskas E., Matuliene J., Matulis D. Development of Hsp90 inhibitors

as anticancer compounds. “Animal Models and Their Value in Predicting Efficacy and

Toxicity”, 2011 09 15-16, New York, USA. (Stendinis pranešimas).

78. Matulis D. Structural biothermodynamics of inhibitor binding to human recombinant

carbonic anhydrases. Carbonic Anhydrase meeting. 2011 09 16 – 18. Tallberg. Sweden.

(Kviestinis žodinis pranešimas, pilnas organizatorių apmokėjimas).

79. Matulis D., Grinius L., Revuckienė J., Budvytytė R., Černiauskaitė D. Projekto „BSHR

HealthPort“ aptarimas. 10th ScanBalt Forum. 2011 09 21 – 24. Heringsdorf, Germany.

80. Petrikaite V, Matulis D. Žmogaus Hsp90 šaperono slopiklių farmakokinetinių savybių,

toksiškumo bei priešvėžinio aktyvumo tyrimas. Podoktorantūros stažuotojų konferencija,

Vilnius, Lietuva, 2011 09 27 (Žodinis pranešimas).

81. Petrauskas V, Matulis D. Aktyvių vaistinių medžiagų dizainas. Podoktorantūros

stažuotojų konferencija, Vilnius, Lietuva, 2011 09 27. (Žodinis pranešimas).

82. Blank W., Matulis, D., Frank P. ScanBalt Health Region – Setting the Stage for Cross-

Sectorial Innovation in Health and Life Sciences. What is in for the regions? Baltic

Development Forum. 2011 10 25 – 27. Gdansk, Poland. (Žodinis pranešimas).

83. Matulis D. Projekto „BSHR HealthPort“ aptarimas. 2011 11 15. Ryga, Latvija.

84. Matulis D. Structural biothermodynamics of inhibitor binding to human recombinant

carbonic anhydrases and Hsp90. Nordic Biacore and MicroCal User Meeting. 2011 11 17

– 18. Copenhagen, Denmark. (Kviestinis žodinis pranešimas).

85. Matulis D., Petrikaitė V. Projekto COST TD0905 aptarimas. 2011 12 15 – 16, Braga,

Portugalija.

86. T. Šinkūnas. Bakterijų imuninės sistemos CRISPR/Cas baltymas Cas3: du viename.

Lietuvos jaunųjų mokslininkų konferencija. Bioateitis: gamtos ir gyvybės mokslų

perspektyvos. Lietuvos Mokslų Akademija, Vilnius 2011-12-07.

87. V. Siksnys, T. Sinkunas, G. Gasiunas, Philippe Horvath. Cas3 is a single-stranded DNA

nuclease and ATP-dependent helicase in the CRISPR/Cas immune system. FASEB

Summer Research Conference. Helicases & Nucleic Acid Translocases: Stucture,

Mechanism, Function, & Roles in Human Diseases. FASEB; Steamboat Springs,

Colorado, JAV. 2011.07.31-08.05.

88. V. Siksnys, Functional analysis of Streptococcus thermophilus CRISPR/Cas System

(žodinis pranešimas). 4th Annual CRISPR research meeting, Berkeley, Kalifornija, JAV. .

2011.07.12-13.


© Biotechnologijos institutas 36

Metinis pranešimas – 2011

89. Zaremba M., Toliušis P., Šikšnys V., „ATPase is an obligatory component of the putative

Type II restriction-modification system in Neisseria gonorrhoeae“; konferencijoje

„Helicases and Nucleic Acid Translocases: Structure, Mechanism Function, and Roles in

Human Diseases“, Steamboat Springs, Colorado valstija, JAV, liepos 30- rugpjūčio 7.

90. Saulius Gražulis: žodinis pranešimas „Obtaining and sharing crystallographic knowledge:

macromolecular crystallography, drug design and open access databases“ konferenciją

„2nd EAST-NMR regional meeting“ Latvijos organinės sintezės institutas, Ryga nuo

2011-06-15 iki 2011-06-18.

91. Saulius Gražulis: žodinis pranešimas: „Crystallography Open Database: plans, wishes,

perspectives“ kristalografinių skaičiavimų mokykloje (Crystallographic Computing

School) Oviedoje, Ispanijoje ir nuo 2011-08-22 iki 2011-08-31 į XXII IUCr (Tarptautinės

kristalografų draugijos) kongresą Madride, Ispanijoje.

4.5. 2011 m. mokslinė produkcija, pateikta vertinimui kaip I lygmens produkcija

1. Liutkevičiūtė Z., Kriukienė E., Grigaitytė I., Masevičius V., Klimašauskas S. Methyltransferasedirected

derivatization of 5-hydroxymethylcytosine in DNA.

Angew Chem Int Edit. 2011, 50(9):20

Angew Chem. 2011, 123:2138-2141. 90-3.

IF 12,73/AIF 4,308

2. Sinkunas T., Gasiunas G., Fremaux C, Barrangou R, Horvath P, Siksnys V. Cas3 is a singlestranded

DNA nuclease and ATP-dependent helicase in the CRISPR/Cas immune system. EMBO J.

2011, 30(7):1335-42.

IF 10,124/AIF 5,186±

3. Chase GP, Rameix-Welti MA, Zvirbliene A, Zvirblis G, Götz V, Wolff T, Naffakh N, Schwemmle

M Influenza Virus Ribonucleoprotein Complexes Gain Preferential Access to Cellular Export

Machinery through Chromatin Targeting. PLoS Pathog. 2011, 7(9):e10002187

IF 9,079/AIF 2,998±

4. Sapranauskas R, Gasiunas G, Fremaux C, Barrangou R, Horvath P, Siksnys V. The Streptococcus

thermophilus CRISPR/Cas system provides immunity in Escherichia coli. Nucleic Acids Res. 2011,

39 (21): 9275-9282

IF 7,836/AIF 4,346

5. Sasnauskas G., Kostiuk G., Tamulaitis G., Siksnys V. Target site cleavage by the monomeric

restriction enzyme BcnI requires translocation to a random DNA sequence and a switch in enzyme

orientation. Nucleic Acids Res. 2011, 39(20):8844-8856

IF 7,836/AIF 4,346.

6. Gerasimaite R., Merkiene E., Klimasauskas S. Direct observation of cytosine flipping and covalent

catalysis in a DNA methyltransferase. Nucleic Acids Res. 2011, 39(9):3771-80

IF 7,836/AIF 4,346

7. Ciplys E, Samuel D, Juozapaitis M, Sasnauskas K, Slibinskas R Overexpression of human virus

surface glycoprotein precursors induces cytosolic unfolded protein response in Saccharomyces

cerevisiae. Microb Cell Fact. 2011, 10(1):37

IF 4,544/AIF 3,111

8. Olechnovič K. ,Margelevičius M., Venclovas Č. Voroprot: an interactive tool for the analysis and

visualization of complex geometric features of protein structure. Bioinformatics 2011, 27(5):723-4

IF 4,877/ AIF 3,179 ±


© Biotechnologijos institutas 37

Metinis pranešimas – 2011

9. Zvirbliene A., Gedvilaite A, Ulrich R.; Sasnauskas K. Process for the production of monoclonal

antibodies. US 7919314 (B2). 2011/04/05. Lic. UAB Fermentas

10. E. Weinhold, C. Dalhoff, S. Klimašauskas, G. Lukinavičius. S-adenosyl-L-methionine analogues

with extended activated groups for transfer by methyltransferases. JAV patentas US 8,008,007.

Išdavimo data 2011-08-30. Lic. Qiagen GmbH.


5. EDUKACINĖ IR VISUOMENINĖ VEIKLA

© Biotechnologijos institutas 38

Metinis pranešimas – 2011

Vienas iš svarbiausių Lietuvos mokslo politikos elementų yra mokslo ir studijų

integracija, t.y. valstybinių mokslo institutų darbuotojų dalyvavimas universitetų edukacinėje

veikloje ir aktyvesnis universitetų dėstytojų dalyvavimas moksliniuose tyrimuose.

5.1. Paskaitos ir pratybos universitetuose

2011 m. 15 instituto darbuotojų skaitė paskaitas ar vedė laboratorinius darbus

universitetuose (iš viso 25 skirtingos disciplinos):

1. A.Žvirblienė, Imunologija, paskaitos VU Biochemijos specialybės bakalaurams (48 val.)

2. A.Kanopka, Biotechnologija, paskaitos Kauno Technologijos Universiteto Taikomosios

chemijos specialybės bakalaurams. (48 val.)

3. Dr. Gražulis, „Bioinformatinių programų kūrimo metodoligijos pagrindai“, Vilniaus

universitetas, bioinformatika, 64 val.

4. Dr. S.Gražulis, „Bioinformatika III“, Vilniaus universitetas, bioinformatika, 64 val.

5. Prof. V.Šikšnys, Baltymų-DNR sąveikos mechanizmai, Vilniaus Universitetas,

biochemija, magistrantai I k., 40 val.

6. Prof. K.Sasnauskas. Molekulinė biologija, paskaitų kursas, Vilniaus universiteto

magistratūros studentams, 64val.

7. Dr. A. Gedvilaitė.. Molekulinė biologija su molekulinės genetikos pagrindais. VGTU

Bioinžinerija ir Nanobiologija, magistratūros I kursas, 90 val.

8. Dr. G. Žvirblis, Genų inžinerijos pagrindai, VU bakalauro studijų Biologijos spec., III-IV

kursai, 32 val.

9. Dr. M. Zaveckas, Chromatografijos pagrindai, VGTU bakalauro studijų bioinžinerijos

spec., III kursas, 30 val.

10. Prof. I. Meškiene. Molekularbiologische Laborarbeiten, 300661 UE IIIA, ir Seminaras

300662 SE, Vienos Universitetas, Molekulines biologijos ir genetikos, 3-4 kursas, 4h

11. 300040 SE Seminaras, Specialioji literatūra Augalų Molekulinėje Biologijoje, Vienos

Universitetas, Magistrams, 1 h.

12. 300134 UE Metodų pratybos Molecular mechanism of cell signaling, II DK , Vienos

Universitetas, BIO-PhD, 0,1h.

13. 300158 SE Cell Signaling Work in progress IV, DK Molecular mechanism of cell

signaling, Vienos Universitetas, BIO-PhD, 0,1h

14. 300200 VO Advanced Lecture in Signal transduction DK Molecular mechanism of cell

signaling, Vienos Universitetas, BIO-PhD, 0,1h

15. Dr. A. Timinskas; Bioinformatika; VU, biochemija, IV k, 80 val. (6 ECTS kr.)

16. Dr. A. Timinskas; Bioinformatika; VGTU, bioinžinerija, II k. magistr., 45 val. (4 ECTS

kr.)

17. Dr. A. Timinskas s; Bioduomenų gavimas; VGTU, bioinžinerija, II k., 48 val. (5 ECTS

kr.)


© Biotechnologijos institutas 39

Metinis pranešimas – 2011

18. Dr. I. Mitašiūnaitė-Besson, Programavimas C, Vilniaus universitetas, Matematikos ir

informatikos fakultetas, studijų programa: Informatika, atšaka: Kompiuterių mokslas, I

kursas, 32 valandos paskaitų ir 32 valandos laboratorinių darbų.

19. Dr. I. Mitašiūnaitė-Besson, Objektinis programavimas C++, Vilniaus universitetas,

Matematikos ir informatikos fakultetas, studijų programa: Informatika, atšaka:

Kompiuterių mokslas, II kursas, 32 valandos paskaitų ir 32 valandos laboratorinių darbų.

20. D. Kazlauskas, Bioinformatika, Vilniaus Universitetas, Molekulinė biologija, III kursas,

64 val.

21. Prof. S. Klimašauskas; Nukleorūgščių chemija; VU, biochemija, 1M, 32.

22. Dr. D. Matulis, Baltymų biofizikinė chemija, VU biochemikai, magistrantų pirmas ir

antras kursas, 48 val. 2011 m. ruduo.

23. Dr. D.Matulis, Molekulinė biofizika. VU biofizikai. Bakalaurų 3 kursas. 2011m pavasaris.

24. Dr. V. Petrikaitė, Vaistų chemija (paskaitos ir praktikos darbai), LSMU, farmacija,

magistrantų 4 kursas, 100 val. Vaistų chemija (paskaitos ir praktikos darbai), LSMU,

farmacija, išlyginamosios studijos, magistrantų 3 kursas, 520 val.

25. Dr. V. Petrikaitė, Farmacinės analizės praktika, LSMU, farmacija, magistrantų 5 kursas,

840 val.

5.2. Studentų laboratorinės pratybos Institute

Instituto skyriuose yra geriau įrengtos negu universitetinės ir jis talkina universitetams,

organizuodamas kai kuriuos biocheminio ar biologinio profilio laboratorinius darbus Instituto

skyriuose (lentelė 5.2).

Lentelė 5.2

Eil.

Nr.

Laboratorinių darbų pavadinimas

(kuratorius)

Studentai:

universitetas,

specialybė;

kursas

1. Genų inžinerijos praktika VU,

genetika,

magistrai Ik.

Darbų

kuratorius (-ai);

skyrius

G. Žvirblis

kuratorius

EGIS

Val. sk.

90


Eil.

Nr.

2.

Laboratorinių darbų pavadinimas

(kuratorius)

Biotechnologija, laboratoriniai darbai

© Biotechnologijos institutas 40

Studentai:

universitetas,

specialybė;

kursas

Kauno

Technologijos

Universiteto

Taikomosios

chemijos

specialybės

bakalaurams.

5.3 Studentų mokslinė praktika Institute

Darbų

kuratorius (-ai);

skyrius

A.Kanopka,

E.Jakubauskiene

Metinis pranešimas – 2011

Val. sk.

32 val.

Instituto mokslo darbuotojai dalyvavo Lietuvos mokslo tarybos kartu su ŠMM Mokslo ir

studijų departamentu parengtame ESF projekte “Studentų mokslinės praktikos” (SMP) projekte,

kurio tikslas skatinti akademinį jaunimą domėtis moksliniais tyrinėjimais, atskleisti mokslininko

profesijos bei mokslininko karjeros perspektyvas, sudaryti galimybę įvairių Lietuvos regionų bei

aukštųjų mokylų studentams susipažinti su moksliniais tyrimais geriausiose Lietuvos

mokslininkų grupėse, kolektyvuose ir centruose. 2011-2012 m. m. VU BTI mokslinę praktiką

atliko 12 studentų. Tam LMT skyrė 30, 0 tūkst. Lt.


© Biotechnologijos institutas 41

Metinis pranešimas – 2011

5.4. Studentų baigiamieji darbai

Grupė universitetų studentų parengė baigiamuosius magistro arba bakalauro darbus

Institute (lentelė 5.4.). 2011 m. Institute parengta 39 baigiamieji darbai - 13 magistro ir

26 bakalauro, 2010 m. - 10 magistro ir 15 bakalauro, 2009 m. - 10 magistro ir 13 bakalauro.

5.5. Parama kitoms įstaigoms, konsultacijos

Instituto mokslininkai teikia metodinę paramą įvairių sričių darbuotojams, konsultuoja

juos, sudaro galimybes padirbėti Instituto skyriuose, susipažinti su naujausiais tyrimų metodais,

aparatūra ir t.t.

Žvirblienė A. Stresas ir imuninė sistema. Projektas “Mokinių jaunųjų tyrėjų atskleidimo ir

ugdymo sistemos sukūrimas”. http://www.jaunasistyrejas.lt/index.php?option=com_content&view=article&id=167:stresas-ir-imuninsistema&catid=18:mokslo-naujienos&Itemid=57.

Imunologijos paskaitos Nacionalinės moksleivių akademijos sesijoje (Nida, 2011-08-17)

A.Žvirblienė .

Paskaita apie 2011 m. apie Nobelio premiją medicinos srityje “Įgimtas imunitetas: Nobelio

premijos verti atradimai”, TSPMI, 2011.11.08,. A.Žvirblienė

M. Tomkuvienė „Gyvybės molekulių galerija“; mokslo populiarinimo tinklalapis moksleiviams

http:// www.jaunasis-tyrejas.lt.

M. Tomkuvienė „Ląstelės ekstremalės“; mokslo populiarinimo tinklalapis moksleiviams http://

www.jaunasis-tyrejas.lt.

M. Tomkuvienė „Molekulinė gastronomija, arba kas rytojaus pietums?“; mokslo populiarinimo

tinklalapis moksleiviams http:// www.jaunasis-tyrejas.lt.

K.Sasnauskas. Genų inžinerija – įrankis genomams keisti: jos taikymas moksle, medicinoje ir

pramonėje.DNR dienos moksleiviams, 2011-04-18m VU MF.

Projektas “Atsakingo buitinės chemijos vartojimo skatinimas” kompanija “Namų švara ≠gamtos

švara”, 6 palapinių akcijos Lietuvos miestuose, 10 paskaitų moksleiviams, dalyv. I. Matijošytė

Paskaitos “ Lietuvos biotechnologija” ir “Šiuolaikinė biotechnologija”, skaitė G. Dienys:

2011.03.08 Alytaus “Projektas “Atsakingo buitinės chemijos vartojimo skatinimas” kompanija

“Namų švara ≠gamtos švara”, 6 palapinių akcijos Lietuvos miestuose, 10 paskaitų moksleiviams,

dalyv. I. Matijošytė

Paskaitos “ Lietuvos biotechnologija” ir “Šiuolaikinė biotechnologija”, skaitė G. Dienys:

2011.03.08 Alytaus “Projektas “Atsakingo buitinės chemijos vartojimo skatinimas” kompanija

“Namų švara ≠gamtos švara”, 6 palapinių akcijos Lietuvos miestuose, 10 paskaitų moksleiviams,

dalyv. I. Matijošytė.

Paskaitos “ Lietuvos biotechnologija” ir “Šiuolaikinė biotechnologija”, skaitė G. Dienys:

2011.03.08 Alytaus “Vanago” gimnazijos moksleiviams ( apie 25 klausytojus)

2011.03.30 Panevėžio rajono mokytojams (apie 30 klausytojų)

2011.05.12 Panevėžio “Minties” gimazijos moksleiviams (apie 20 klausytojų)


© Biotechnologijos institutas 42

Metinis pranešimas – 2011

2011.11.30 VU Chemijos f-te, Biochemijos spec. I-II kurso studentams (apie 40 klausytojų)

Paskaita „ Paviršinio aktyvumo medžiagos“ ir dalyvavimas Drūkščių ekologinio ugdymo

mokyklos vasaros stovykloje „Pažinimas“ , apie 25 klausytojus), G. Dienys.

Seminaras “ Lietuvos biotechnologija” bioceheminės pakraipos moksleiviams (60 dalyvių iš

Vilniaus licėjaus, Panevėžio J. Balčikonio ir Šiaulių Didždvario gimnazijų). Seminaro

organizavimas (paskaitos, lab. Darbai, ekskursijos po skyriuss), G. Dienys

Dr. Č. Venclovas nuolat konsultuoja UAB „Fermentas“ darbuotojus baltymų sekų ir struktūrų

analizės bei jų modifikavimo klausimais.

5.6. Visuomeninė veikla

V. Šikšnys yra:

- Europos sąjungos 7-osios bendrosios mokslinių tyrimų programos ekspertas.

LR švietimo ir mokslo ministro įsakymas Nr. ISAK-2198, 2006-11-21.

- V. Šikšnys. Lietuvos mokslinių tyrimų infrastruktūrų plėtros strategijos darbo grupės

narys. LR Švietimo ir mokslo ministro 2008-06-19 įsakymas Nr. ISAK-1841.

- V. Šikšnys. Lietuvos mokslo premijų komisijos narys. LRV 2008-12-03 nutarimas

Nr. 1264.

S. Klimašauskas yra:

- Lietuvos mokslo premijų komiteto narys, Fizinių mokslų sekcija. LRV

2003-02-07 nutarimas Nr. 205.

- S.Klimašauskas yra Central European Journal of Biology redakcinės kolegijos narys.

- S.Klimašauskas yra Proceedings of the Estonian Academy of Sciences redakcinės

kolegijos narys.

A. Gedvilaitė yra:

- Genetiškai modifikuotų organizmų priežiūros komiteto narė. LR Aplinkos ministro

įsakymas 2003-03-20 Nr. 127.

A. Ražanskienė yra:

- Genetiškai modifikuotų organizmų ekspertų komiteto narė. LR Aplinkos ministro

įsakymas 2003-04-25 Nr. 198.

R. Abraitis yra:

- Lietuvos ŠMM atstovas Europos žinių bioekonomikos tinkle. LR švietimo ir mokslo

ministro įsakymai Nr.ISAK-313, 2006-02-21 ir Nr.ISAK-1379, 2006-06-29.

D. Matulis yra:

- Ūkio Ministerijos MTEP Lisabonos strategijos darbo grupės narys.

- Ūkio Ministerijos Verslo Lisabonos strategijos darbo grupės narys.

- URM Baltijos jūros strategijos kūrimo grupės ekspertas

K. Sasnauskas yra:

- MITA Pramoninės biotechnologijos plėtros programos komisijos pirmininkas


© Biotechnologijos institutas 43

Metinis pranešimas – 2011

- žurnalo Biologija redakcinės kolegijos narys.

G. Dienys yra:

- Lietuvos biotechnologijos asociacijos prezidentas

I. Matijošytė yra:

-Lietuvos biotechnologijos asociacijos prezidento pavaduotoja

Č. Venclovas yra:

- Darbo grupės, kurios tikslas - parengti Lietuvos mokslinių tyrimų infrastruktūrų plėtros

2008-2018 metų gairių projektą, narys; LR švietimo ir mokslo ministro įsakymas Nr. ISAK-

1841, 2008.06.19.

- Darbo grupės, kurios tikslas – pateikti vertinimus ir siūlymus Lietuvos mokslinių

skaičiavimų infrastruktūros plėtrai, narys; LR švietimo ir mokslo ministro įsakymas Nr. ISAK-

2470, 2008.08.29.

P-L. Tamošiūnas, prof. G. Dienys ir prof. K.Sasnauskas yra ŠMM darbo grupės „Dėl

biotechnologijų plėtros“, skirtos biotechnologijų disciplinos įtraukimui į moksleivių mokymosi

procesą mokyklose, nariai.

P-L. Tamošiūnas yra:

Moksleivių tarptautinių olimpiadų delegacijos vadovas:

9-oji ES gamtos mokslų olimpiada, Čekija, 2011-04-10/16;

8-oji tarptautinė jaunių gamtos mokslų olimpiada, PAR, 2011-12-01/10.

Organizavo parengiamąją praktinę molekulinės biologijos ir genų inžinerijos stovyklą

tarptautinės biologijos olimpiados dalyviams, 2011-06-19/21.

5.7. Mokslo populiarinimo ir publicistiniai straipsniai

Vienas mokslo ir technologijų populiarinimo kelių – mokslininkų skaitomos viešos

paskaitos ar skelbiami straipsniai šalies laikraščiuose ir žurnaluose, duodami interviu.

1. Mokslas ir technika, 2011, Mokslo rezultatų patentavimas

2. K.Sasnauskas. Interviu portalui www.balsas.lt. http://www.balsas.lt/naujiena/541731/kapraranda-lietuva-arba-kaip-sugrazinti-protus-namo.

3. Mindaugas Jackevičius. D.Matulis: liūdna, kai emigruojama dėl mados. www.delfi.lt.

2011 sausio 28 d.

4. Gražina Kriščiukaitienė. Lietuva laukia sugrįžtančių mokslininkų. Mokslas ir technika.

2011m. Nr. 5.

5. Viktorija Vitkauskaitė. Mokslui trūksta ne vien pinigų. IQ. 2011 m. Rugpjūtis

6. Birutė Žemaitytė. Kaip sugrąžinti protus namo. Balsas.lt 2011 m. birželio 20 - 26d. Nr.

24 (124)

7. Aušra Lėka. Protai „parteka“ kai turi kur. Veidas. 2011 m. Lapkričio 14 d.

8. Rūta Juknevičiūtė. Neturėdami optimizmo neuždegsime grįžtančiųjų. Respublika. Nr.144.


© Biotechnologijos institutas 44

Metinis pranešimas – 2011

9. Andrius Jovaiša. Namo „parskridę“ mokslininkai. (iš serijos 10 2011 metų sėkmės

istorijų) Veidas. 2011 gruodžio 26 d.

5.8 Instituto svečių vizitai ir seminarai

Kasmet institutą aplanko užsienio ir Lietuvos mokslininkai. Svečių paskaitos teikia

galimybių atnaujinti ir pagilinti žinias, pasikeisti moksline patirtimi.

Duomenys apie 2011 m. įvykusius seminarus, kuriuose užsienio mokslininkai skaitė

paskaitas ir informacinius pranešimus pateikti žemiau. 2011 metais vyko 17 seminarų, tuo tarpu

2008, iki MOBILI pradžios, 8 seminarai.

1. Dr. Theres Wollny, Friedrich-Loeffler-Federal Research Institute for Animal Health,

Greifswald, Germany, 2011.10.04-28.

2. Dr. Alois Schweighofer, mokslinis bendradarbis MFPL, Viena, Austrija nuo 2011.10.01.

iki 2011.12.31

3. Dr. Alois Schweighofer, vyr. mokslo darbuotojas, MPI MP, Golm, Germany, lankėsi nuo

2011.02.05. iki 2011.02.08

4. Prof. J. Bujnicki; Head of Bioinformatics laboratory; International Institute of Molecular

and Cell Biology; Varšuva; Lenkija; 2011 liepos 7-9d.

5. Ph.D. student M. Putku, Tartu University Institute of Molecular and Cell Biology, Tartu,

Estija; 2011 spalio 9-15d.

6. Dr. I. Rutkowska-Wlodarczyk; mokslininkė; International Institute of Molecular and Cell

Biology, IIMCB; Varšuva; Lenkija; 2011.05.02-07.29.

7. Dr. Natalya Miropolskaya; mokslo darbuotoja, Institute of Molecular Genetics, Russian

Academy of Sciences, Moscow, Rusija; 2011.09.19-10.10.

8. Daria Esyunina; doktorantė, Institute of Molecular Genetics, Russian Academy of

Sciences, Moscow, Rusija; 2011.09.26-10.17 ir 2011.12.07-17.

9. Dr. Evelina Shikova-Lekova, Institute of Experimental Morphology, Pathology and

Anthropology with Muzeum of the Bulgarian Academy of Sciences, Sofija, Bulgarija,

2011.04.01-12.

10. Dr. Vilmantas Giedraitis, Uppsala University, Department of Public Health/Geriatrics,

Uppsala, Švedija, 2011.04.20-26.

11. David Timm, University of Amsterdam, Olandija, 2011 08 08 – 2012 06 30.

12. Jorge David Bolanos Calvo, Tecnologico de Monterrey University, Meksika. 2011 08 08

– 2012 06 30.

13. Prof. John E.Ladbury. Department of Biochemistry and Molecular Biology, Division of

Basic Science Research, The University of Texas M. D. Anderson Cancer Center,

Houston, TX. 2011 03 18.

14. Prof. Christian Heinis. Laboratory of Therapeutic Proteins and Peptides, Institute of

Chemical Sciences and Engineering, Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL),

BCH 5305, 1015 Lausanne (Switzerland). 2011 05 26.


© Biotechnologijos institutas 45

Metinis pranešimas – 2011

15. Prof. Gerhard Klebe Institute of Pharmaceutical Chemis.

University of Marburg, Germany. 2011 05 26.

16. Prof. Seppo Parkkila. Institute of Biomedical Technology and School of Medicine,

University of Tampere, Finland. 2011 10 13.

17. Dr. Philippe Horvath, Danisco France SAS, Dangé-Saint-Romain, France, 2011.06.21-

2011.06.23


Eil.

Nr.

6. SKYRIŲ VEIKLA

6.1. Baltymų-nukleorūgščių sąveikos tyrimo skyrius (BNSTS)

Vardas, pavardė Mokslinis

laipsnis

1. Virginijus Šikšnys dr.,

prof.

© Biotechnologijos institutas 46

Metinis pranešimas – 2011

Pareigos Pastabos

vyriaus. mokslo darb.-

skyriaus vedėjas

2. Saulius Gražulis dr. vyresn. mokslo darb. 0,25

3. Giedrius Sasnauskas dr. vyresn. mokslo darb. 0,5

4. Mindaugas Zaremba dr. vyresn.mokslo darb. 0,5

5. Giedrė Tamulaitienė dr. vyresn.mokslo darb. 0,5

6. Gintautas Tamulaitis dr. vyresn. mokslo darb. 0,5

7. Elena Manakova dr. mokslo darb. 0,75

8. Arūnas Šilanskas jaun. mokslo darb. 0,75

9. Giedrius Gasiūnas jaun. mokslo darb. 0,75

10. Rasa Sukackaitė

11. Dmitrij Golovenko biologas tyrėjas

12. Grigorij Kostiuk

13. Tomas Šinkūnas

14. Tautvydas Karvelis

jaun. mokslo darb. stažuotė iki

2013.05.02

biologas tyrėjas,

doktorantas

biologas tyrėjas,

doktorantas

biologas tyrėjas,

doktorantas

15. Sigitas Palikša doktorantas

16. Aurimas Baranauskas doktorantas

17. Ana Tunevič laborantė

18. Artūras Kačiulis laborantas

doktorantas iki

2014.09.30

doktorantas iki

2013.09.30

doktorantas iki

2015.09.30

Lentelė 6.1.

Nuolatinis bakteriofagų puolimas yra pagrindinė bakterijų apsauginių sistemų evoliucijos

prieš svetimos DNR/RNR invaziją varomoji jėga. Dauguma antivirusinių apsaugos sistemų

kryptingai naikina svetimas nukleorūgštis. Evoliucijos eigoje atsirado neįtikėtina įvairovė

nukleazių, kurios dalyvauja bakterijų apsaugos sistemoje ir gali kirpti DNR/RNR skirtingose


© Biotechnologijos institutas 47

Metinis pranešimas – 2011

vietose bei panaudodamos įvairius mechanizmus. Nukleaziniai domenai, kurie veikia šeimininko

ląstelėje, turi naikinti tik svetimą DNR ir turi būti griežtai kontroliuojami, nes DNR trūkiai

šeimininko genome yra potencialiai letalūs ir gali arba nužudyti ląstelę, arba lemti genomo

persitvarkymus. Mes tyrėme dviejų antivirusinių apsaugos sistemų: i) naujai atrastos bakterijų

imuninės sistemos CRISPR/Cas, ii) restrikcijos-modifikacijos (R-M) sistemų, veikimo

mechanizmus. 2011 m. mes pirmieji parodėme, kad galima sukurti veiklią heterologinę

CRISPR/Cas sistemą bei apibudinomeCas3 baltymą. Mes taip pat pasiūlėme mechanizmą, kaip

monomerinės restrikcijos endonukleazės kerpa dvigrandę DNR, bei parodėme, kaip galima

reguliuoti restrikcijos endonukleazių katalitinį aktyvumą.

6.2. DNR modifikacijos tyrimų skyrius (DMTS)

Lentelė 6.2

Eil.

Nr.

Vardas, pavardė Mokslinis

laipsnis

1. Saulius Klimašauskas habil.

dr.,

prof.

Pareigos Pastabos

vyriaus. mokslo darb.,

laboratorijos vedėjas

2. Giedrius Vilkaitis dr vyresn. mokslo darb.

3. Edita Kriukienė dr. mokslo darb.

4. Viktoras Masevičius dr. vyresn. mokslo darb. 0,5 etato

5. Rasa Rakauskaitė dr. vyresn. mokslo darb.

6. Giedrė Urbanavičiūtė jaun. mokslo darb.

7. Zdislav Staševskij jaun. mokslo darb.

8. Zita Liutkevičiūtė jaun. mokslo darb.

9. Miglė Tomkuvienė jaun. mokslo darb.

10. Rūta Gerasimaitė dr. jaun. mokslo darb. stažuotė iki

2012.08.10

11. Aleksandra Plotnikova bioinžinierė stažuotė iki

2012.12.31

12. Simona Jachimovičiūtė biologė tyrėja, doktorantė doktorantė iki

2012.09.30

13. Aleksandr.Osipenko biologas tyrėjas,

doktorantas

14. Tomas Radzvilavičius doktorantas

doktorantas iki

2015.09.30

15. Lina Vasiliauskaitė biologė tyrėja, doktorantė doktorantė iki

2015.09.30

16. Daiva Gedgaudienė laborantė

17. Indrė Grigaitytė laborantė 0,5 etato


© Biotechnologijos institutas 48

Metinis pranešimas – 2011

Genomo DNR metilinimas vaidina svarbų vaidmenį reguliuojant genų raišką, ir yra

susijęs su daugeliu žmogaus kompleksinių ligų. Nors DNR metilinimo sąlygojami biologiniai

efektai susilaukia augančio susidomėjimo, platesnius tyrimus riboja esamų analizės technologijų

netobulumas. Todėl, tęsiant ankstesnių metų darbus, buvo kuriamos plataus masto genomo

metilinimo lygio tyrimo priemonės. Sprendžiant šį uždavinį, buvo išgrynintas ir charakterizuotas

pirmasis AdoMet sintetinis analogas turintis azido funkcinę grupę. DNR citozino-5

metiltransferazių tyrimai parodė, kad šie fermentai gali ne tik pernešti akyvuotas grupes nuo

kofaktoriaus AdoMet ar jo analogų, bet kad galima ir selektyvi 5-hidroksimetilcitozino (hmC)

derivatizacija alifatiniais tioliais ar selenoliais. Ši netipiška metiltransferazių katalizuojama

reakcija buvo pritaikyta hmC liekanų žinduolių genome tyrimui.

Pasikeitimai mažųjų RNR reguliacijos lygmenyje organizmo vystymuisi ir funkcionavimui ar

patologijos formavimuisi yra ne mažiau svarbūs už genetinius pokyčius. Eukariotiniuose

organizmuose randamos trijų tipų mažosios RNR: miRNR, siRNR ir piRNR, kurių 3‘-galiniai

nukleotidai gali būti metilinami. Atlikti kinetiniai tyrimai leido išsiaiškinti dvigrandžių miRNR ir

siRNR substratų modifikacijos augalų HEN1 metiltransferaze mechanizmą. Optimizavus

žmogaus ir vaisinės muselės piRNR metiltransferazių gryninimo ir reakcijos sąlygas, buvo

palyginti gyvūnų ir augalų mažąsias RNR modifikacijos fermentai bei ištirti jų metilinami

substratai.


Eil.

Nr.

6.3. Eukariotų genų inžinerijos skyrius (EGIS)

Vardas, pavardė Mokslinis

laipsnis

© Biotechnologijos institutas 49

Metinis pranešimas – 2011

Pareigos Pastabos

1. Kęstutis Sasnauskas prof.dr. vyriaus. mokslo darb. 0,25 etate

2. Irutė Meškienė prof.dr. vyriaus. mokslo darb. Mobili

3. Gintautas Žvirblis dr. vyresn. mokslo darb.,

skyriaus vedėjas

4. Alma Gedvilaitė dr. vyriaus. mokslo darb.

Lentelė6..3

5. Aušra Ražanskienė dr. vyresn. mokslo darb. 0,25 etato, nep.darb.

6. Edita Mištinienė dr. vyresn. mokslo darb. 0,5 etato

7. Linas Mažutis dr vyresn. mokslo darb. Mobili

8. Rimantas Slibinskas dr. vyresn. mokslo darb.

9. Rokas Abraitis dr. mokslo darb. 0,25

10. Asta Abraitienė dr. mokslo darb.

11. Vaiva Kazanavičiūtė dr. mokslo darb. 0,5 etato, nep.darb.

12. Rasa Petraitytė-

Burneikienė

13. Linas Antoniukas dr. mokslo darb.

14. Mindaugas Zaveckas dr. mokslo darb.

15. Aistė Bulavaitė dr. jaun. mokslo darb.

16. Raimundas Ražanskas dr. jaun. mokslo darb.

17. Evaldas Čiplys dr. jaun. mokslo darb.

dr. mokslo darb. vaiko priežiūros

atostogos iki

2012.08.06

18. Mindaugas Juozapaitis dr. jaun. mokslo darb. stažuotė iki

2013.02.01

19. Eglė Rudokienė chemikė tyrėja


20. Milda Norkienė biologė tyrėja, doktorantė,

© Biotechnologijos institutas 50

Metinis pranešimas – 2011

21. Rita Vorobjovienė bioinžinierė, doktorantė vaiko priežiūros

atostogos iki

2012.08.29

22. Paulius Lukas

Tamošiūnas

biologas tyrėjas,

doktorantas

23. Erna Biveinytė doktorantė

24. Gelena Kondratovič laborantė

doktorantas iki

2014.09.30

25. Elena Čeberakienė laborantė 0,75 etato

26. Justas Lazutka laborantas

2011 m. buvo vystoma tęstinė tema „Chimerinių ir natyvių virusinių baltymų sintezė

mielėse ir jų panaudojimas“, apimanti visus su virusais susijusius laboratorijos projektus.

Tęsiami EK 7-sios programos Flucure projekto tyrimai dėl gripo viruso RNR polimerazės

veikimo ir analizuojant potencialius šio fermento inhibitorius. Sėkmingai ekspresuoti mielėse

gripo viruso polimerazės subvienetai PA, PB1 ir PB2. Išgryninus PA subvienetą parodyta, kad jis

tinka inhibicijos eksperimentams ir susirišimo su PB1 testams. Projekto partneriams paruošti

baltymai skirti inhibitorių paieškos sistemai.

Plėtojama tema „Chimerinių ir natyvių virusinių baltymų sintezė mielėse ir jų panaudojimas“ Ši

tematika apima beveik visus su virusais susijusius EGIS projektus.

Konstruojant į virusus panašias daleles žiurkėno poliomos viruso VP1 ir VP2 baltymų įvairiose

pozicijose buvo įterpti pelių baltymų fragmentai Sukonstruoti baltymai buvo susintetinti mielėse

ir išgryninus buvo nustatyta, kad jie formuoja virusus primenančias daleles, kurios buvo toliau

naudojamos pelių imunizacijoms.

Mielių humanizacijos projekte be kita ko buvo nustatyta, kad eukariotiniai transliacijos

elongacijos faktoriai sąveikauja su ekspresuotais virusų paviršiaus baltymais mielių ląstelėse,

susidarant negrįžtamiems netirpiems agregatams. Tiriant sodo augalų ligų sukėlėjų viroidų ir

fitoplazmų paplitimą kartu su kolegomis iš Botanikos instituto ir LSDI buvo nustatyti

vaismedžiai infekuoti viroidais ir fitoplazmomis. Analizuojamas anksčiau rastas iki šiol Lietuvoje

nepasitaikęs fitoplazmos porūšis.

Bendradarbiaujant su LSDI ir LŽŪU konstruojami šalčiui atsparūs rapsai ir sodo augalai.

Analizuojami rapso Brassica napus CBF/DREB šalčio atsako kelio genai, panaudojant naujus

vektorius, pasižyminčius padidinta antocianų produkcija ir stabilumu vaisinių augalų bei ląstelių

kultūrose.


Eil.

dr.

6.4 Biotermodinamikos ir vaistų tyrimo skyrius (BVTS)

Vardas, pavardė Mokslinis

laipsnis

1. Daumantas Matulis dr. vyriaus. mokslo darb.,

skyriaus vedėjas

2. Vytautas Petrauskas dr vyresn. mokslo darb.

© Biotechnologijos institutas 51

Metinis pranešimas – 2011

Pareigos Pastabos

3. Vytautas Smirnovas dr vyresn. mokslo darb. Mobili

4. Asta Zubrienė dr. mokslo darb.

5. Virginija Dudutienė dr. mokslo darb.

6. Vilma Petrikaitė dr. mokslo darb. 0,5 etato, nep.darb.

7. Vilma

Michailovienė

jaun. mokslo darb.

8. Jelena Jachno jaun. mokslo darb. vaiko priežiūros

atostogos iki

2013.12.03

9. Vaida Jogaitė dr. bioinžinierė

10. Egidijus Kazlauskas biologas tyrėjas

11. Lina Baranauskienė bioinžinierė, doktorantė vaiko priežiūros

atostogos iki

2013.04.02

12. Romanas Chaleckis bioinžinierius, doktorantas stažuotė iki

2014.10.01

13. Darius Lingė informacinių sistemų

inžinierius

14. Jurgita Revuckienė bioinžinierė

15. Aistė Kasiliauskaitė bioinžinierė 0,5 etato

16. Vaida Morkūnaitė bioinžinierė 0,5 etato

17. Edita Čapkauskaitė bioinžinierė

18. Leokadija Davidian laborantė

19. Joana Gylytė laborantė 0,5 etato

20. Justina Kazokaitė laborantė 0,5 etato

TBS

1. Inga Matijošytė dr. mokslo darb.,

Lentelė 6.4


Eil.

dr.

Vardas, pavardė Mokslinis

laipsnis

2. Meilutė

Meizereitytė

sektoriaus vadovė

dr. jaun. mokslo darb.

© Biotechnologijos institutas 52

Metinis pranešimas – 2011

Pareigos Pastabos

3. Rūta Gruškienė dr. jaun. mokslo darb. vaiko priežiūros

atostogos iki

2013.11.11

4. Birutė Pudžiuvytė dr. jaun. mokslo darb.

5. Rimantas Šiekštelė jaun. mokslo darb.

6. Milda Aštrauskaitė biologė tyrėja, doktorantė doktorantė iki

2015.09.30

7. Edita Kleinaitė biologė tyrėja

Biotermodinamikos ir vaistų tyrimo skyriuje per 2011 metus buvo vykdomi tęstiniai bei pradėti

vykdyti nauji projektai.

Karboanhidrazių projekte klonuota, ekspresuota, išgryninta bei charakterizuota vėžio sukėlime

dalyvaujanti hCA XII. Pagaminti prieš ją antikūnai, kurie buvo panaudoti jos nustatymui

vėžiniuose audiniuose Suomijoje. Sukurtas RT-PGR raiškos tyrimo metodas. Ištirtas

laboratorijoje sintetintų slopiklių afiniškumas bei selektyvumas šiai karboanhidrazei. Buvo

susintetinta nauja klasė ypatingai stipriai besijungiančių slopiklių.

Buvo gauti Europos patentai anksčiau sintetintiems karboanhidrazių bei šaperonų slopikliams.

Laboratorijos rezultatai įvertinti kvietimais skaityti pranešimus pasaulinėse konferencijose,

tarp jų Kalorimetrijos konferencijoje JAV bei Karboanhidrazių konferencijoje Švedijoje.

TBS:

2010 m. baigėsi du Pramoninės biotechnologijos 2007-2010 m. plėtros programos projektai,

todėl 2011 m. Taikomosios biokatalizės sektoriaus (TBS) veikla koncentravosi daugiau į naujų

projektų rašymą ir naujų projektų pradžią. Apibendrinant, 2011 m. Taikomosios biokatalizės

sektoriaus moksliniai tyrimai apėmė keturias sritis:

• Biokatalizatorių paieška taikant genų inžinerijos metodus

• Fermentų gryninimas ir panaudojimas biokatalitinėse reakcijose

• Fermentų imobilizacijos tyrimas

• Analitinių metodų sudarymas bioplastikams

Genų inžinerijos tyrimai vykdyti dviem kryptimis: metagenominės DNR banko konstravimas

BAC tipo vektoriuje ir grybo Lactarius rufus bei bakterijų Xenorhabdus nematophilus DNR

bankų konstravimas BAC ir pUC tipo vektoriuose. Metagenominė DNR, gauta laboratorijoje

taikomu išskyrimo metodu, sėkmingai hidrolizuota kelių rūšių restriktazėmis. Klonuotų DNR

fragmentų ilgiai leidžia tikėtis tiesioginės ieškomų genų ekspresijos E. coli kamiene. Tolimesni


© Biotechnologijos institutas 53

Metinis pranešimas – 2011

grybo Lactarius rufus genų banko tyrimai turėtų parodyti ar PGR amplikonas, gautas pagal

išskirtos ir sekvenuotos lakazės amino rūgčių seką, yra „netradicinę“ lakazę koduojanti seka.

Rugsėjo mėn. 1 d. buvo pradėtas Pramoninės Biotechnologijos programos projektas, kurio esmė

yra lipolitinių fermentų tyrimai, siekiant juos efektyviai pritaikyti pramoninei 2-etilheksil oleato

sintezei. Per tris projekto mėnesius, pradiniame etape buvo bandyta gryninimui naudoti klasikinę

baltymų gryninimo schemą. Tačiau gautos labai mažos tikslinių baltymų (fermentų su lipolitiniu

aktyvumu) koncentracijos ir reikalinga atlikti daug gryninimo stadijų. Tai labai apsunkina tolesnį

projekto vystymą. Todėl buvo nuspręsta sukurti vienstadijinę gryninimo schemą, atsižvelgiant į

lipolitinių fermentų savybes. Šiuo metu yra atrenkamos sąlygos šiam gryninimo metodui. Iš

šešių atiduotų sekvenuoti baltymų, buvo sekvenuoti penki. Peptidų de novo sekvenavimas

parodė, kad pagal vieną sekvenuotą seką atrinktose sekose yra atrandami kitų sekvenuotų sekų

atitikmenys. Pagal sekvenuotų peptidų sekas duomenų bazėse buvo identifikuoti lipazių analogai.

Be to, atliktas sekvenuotų peptidų iš Enterobacter aerogenes (Xenorhabdus nematophilus) E13

kamieno ir komercinės lipazės Lyposyme TL IM sekų palyginimas parodė „santūrų“ sekų dalių

atitikimą. Pagal šią patikslintą informaciją bus sukurti DNR pradmenys, kuriais bus nuskenuota

Enterobacter aerogenes E13 genominės DNR biblioteka.

Taip pat buvo galutinai suformuota gryninimo schema lakazei iš Lactarius rufus ir fermentas

išgrynintas su 2,29 % išeiga, tačiau aukštu išgryninimo laipsniu 268 ir aukštu specifiniu

aktyvumu 133 U/mg. Nustatyta, kad fermento Mw 66 kDa, tačiau baltymo gauti pavyko labai

mažai, tik 200 μl su baltymo koncentracija 0,13 mg/ml. Gautas baltymas buvo sekvenuotas de

novo Proteomikos centre. Atlikus peptidų sekos analize, duomenys patvirtino anksčiau pastebėtus

skirtumus, kad mūsų tiriamas baltymas turi netradicinę seką. Toliau tyrimai bus nukreipti į

fermento kristalinės struktūros nustatymą, kadangi ši lakazė gali būti priskiriama geltonosios arba

baltosioms lakazėms.

Antrinės alkoholoksidazės išskirtos iš Pseudomonas putida 4 kamieno gryninimas buvo

optimizuotas. Atlikus 16 S RNR testą surasta, kad tiriamojo darbo metu naudotos bakterijos

priklauso Pseudomonas putida rūšiai. Nustatytos laukinio tipo P. putida 4 kamieno bakterijų

ląstelių kultivacijos sąlygos: ląstelių augimui palanki terpė, kurioje PVA koncentracija yra 5 g/L

ir 7,5 g/L; stipriausiai bakterijų ląstelių augimą indukuoja – glicerolis ir gliukozė; ląstelių

populiacijos kitimui palankiausia auginimo terpės pH vertė – 7,5; aeracija – ląstelių populiacijos

kitimui įtakos neturi; papildomas Fe (III) kiekis terpėje ląstelių prolifercijai įtakos neturi;

sintetinė terpė bakterijų kultivacijai netinkama. Surastos katalitiškai aktyvios antrinių alkoholių

oksidazės (2-AO) ekspresijos sąlygos P. putida 4 bakterijų kamiene: katalitiškai aktyviausia 2-

AO ekspresuojama, kai terpėje nėra PVA; 2-AO gaunama katalitiškai aktyvesnė, kai terpės pH

8,5; deguonies kiekis nelemia fermento aktyvumo; papildomas Fe (III) kiekis terpėje ląstelių

prolifercijai įtakos neturi; sintetinėje terpėje aktyvaus fermento nerasta. 2-AO išgryninta su 99,05

% išeiga naudojant du jonų mainų chromatografijos etapus (Q-Sepharose ir SP-Sepharose

kolonėles). Nustatyta, kad 2-AO yra monomeras ir fermento molekulinė masė – 52 kDa.

Numanoma, jog fermento katalitiniame centre yra Fe (II). Substratų savitumo tyrimas parodė, kad

fermentas ekspresuojamas Pseudomonas putida 4 genties bakterijose, išskirtose iš dirvožemio,

yra savita tik antriniams linijinės grandinės alkoholiams.

2011 m. sektoriuje buvo pradėti ir poliolių sintezės katalizuojamos fermentais tyrimai. Pradiniai

rezultatai naudojant komercinius fermentus parodė daug žadančių rezultatų. Šią tema pradėtas

doktorantūros darbas.

Imobilizacijos tyrimai buvo nukreipti į papildomos grandinės prikabinimą („linker“) tarp nešėjo

ir fermento. Buvo ištirtos temperatūros, buferio, pH ir laiko trukmės įtaka.

Taip pat 2011 m. TBS buvo sudaryta eilė metodikų bioplastikų savybių nustatymams, kurios

buvo panaudotos atliekant tiriamuosius darbus pagal tris Inovacinius čekius susijusius su

bioplastikų tyrimais.


Eil.

Nr.

6.5. Imunologijos ir ląstelės biologijos skyrius (ILBS)

Vardas, pavardė Mokslinis

laipsnis

1. Aurelija Žvirblienė dr. vyriaus. mokslo darb.,

skyriaus vedėja

© Biotechnologijos institutas 54

Metinis pranešimas – 2011

Pareigos Pastabos

2. Jurga Matulienė dr. vyresn. mokslo darb. vaiko priežiūros

atostogos iki

2012.02.15

3. Petras Stakėnas dr. vyresn. mokslo darb.

4. Arvydas Kanopka dr. vyresn. mokslo darb.

5. Simonas Laurinavičius dr vyresn. mokslo darb. Mobili

6. Milda Plečkaitytė dr. mokslo darb.

7. Daiva Bakonytė jaun. mokslo darb.

8. Indrė Šėžaitė jaun. mokslo darb.

9. Indrė Kučinskaitė-

Kodzė

10. Rita Lasickienė jaun. mokslo darb.

11. Eglė Jakubauskienė jaun. mokslo darb.

12. Inga Pečiulienė bioinžinierė

Lentelė 6.5

jaun. mokslo darb. vaiko priežiūros

atostogos 2013.08.05

13. Vaida Simanavičienė biologė tyrėja, doktorantė doktorantė iki

2015.09.30

14. Dovilė

Dekaminavičiūtė

laborantė 0,5 etato

15. Liodzia Diglienė laborantė 0,5 etato

16. Milda Zilnytė laborantė 0,5 etato

2011 metais ILBL vykdyti projektai:

Projektas: Mutacijų aptinkamų CBL gene mielomonocitines leukemijos atveju

paauglystėje įtaka pre-iRNR splaisingui. Vadovas A.Kanopka.

CBL (angl. Casitas B-Lineage limfoma) yra žinduolių ląstelių genas, koduojantis keletą baltymų,

dalyvaujančių ląstelių signaluose ir baltymų ubikvitinilinime. Nustatyta, kad mutacijos šiame

gene netiesiogiai įtakoja žmogaus vėžinius susirgimus. Mutacijos CBL gene dažniausiai stebimos

atskiruose mieloidiniuose sutrikimuose. JMML (angl. Juvenile myelomonocytic leukemia) –

juvenilinė mielomonocitinė leukemija - yra vienas iš šių sutrikimų. Tai retas, lėtinis

mieloproliferacinis sutrikimas, kuris paprastai pasireiškia mažiems vaikams. Daugiau kaip 95 %

atvejų diagnozuota vaikams iki 4 metų. Šios leukemijos atveju sutrinka normali hemopoezė kaulų


© Biotechnologijos institutas 55

Metinis pranešimas – 2011

čiulpuose. Tarp baltųjų kraujo kūnelių vyrauja nesubrendę monocitai, kurie gaminami kaulų

čiulpuose. Kaulų čiulpai ir toliau gamina šias nenormalias ląsteles, kurios išstumia kitas, sveikas

kraujo ląsteles.

Projekte buvo tiriamos mutacijos CBL genuose. Mutacijų įtakos iRNR susidarymui tyrimai yra

svarbūs, nustatant leukemijos vystymosi priežastis, atrandant naujus veiksnius, sąlygojančius šios

ligos progresavimą bei naujas diagnostines priemones.

2011 m. buvo paskelbtos 2 publikacijos.

Projektas: Tuberkuliozės molekulinės epidemiologijos tyrimai. Vadovas P. Stakėnas.

Tuberkuliozė išlieka svarbia sveikatos apsaugos problema Lietuvoje. Sergamumo, ir ypač

vaistams atsparia tuberkulioze, epidemiologiniai rodikliai yra vieni iš blogiausių Europos

Bendrijoje. Šio tęstinio projekto tikslas yra tuberkuliozės molekulinės epidemiologijos tyrimo

metodais charakterizuoti cirkuliuojančių tuberkuliozės sukėlėjo padermių populiaciją bei atlikti

M. tuberculosis atsparumo gydymui naudojamiems vaistams genetinių priežasčių paieškos ir

paplitimo tyrimus. Tyrimai atliekami glaudžiai bendradarbiaujant su Infekcinių ligų ir

tuberkuliozės ligonine (VŠI Vilniaus universiteto ligoninės Santariškių klinikų filialas).

M. tuberculosis genotipavimo tyrimai atliekami tarptautiname lygmenyje standartizuotais

metodais. Tas leidžia tyrimų rezultatus integruoti į atitinkamas tarptautines duomenų bazes ir

atkleisti infekcijos plitimo dėsningumus bei identifikuoti užkrato pernašos į kitas šalis grandines.

2011 metais buvo tęsiami Vilniaus mieste sergančiųjų tuberkulioze molekulinės epidemiologijos

tyrimai. Genotipavimo (MIRU-VNTR ir spoligotipavimo) metodais charakterizuota M.

tuberculosis padermių populiacija, apibūdinta jos filogenetinė struktūra, identifikuotos labiausiai

plitusios padermės. Šie tyrimai parodė, jog tuberkuliozės epidemiologinė situacija Vilniaus

mieste stabilizuojasi. Tačiau daugumos pavojingiausių infekcijos pernašos grandinių kol kas

nepavyko nutraukti. Atliekant M. tuberculosis atsparumo gydymui naudojamiems vaistams

genetinių priežasčių tyrimus respublikoje cirkuliuojančioje M. tuberculosis populiacijoje buvo

tiriami genų, koduojančių DNR girazę (gyrA, gyrB), ribosominę RNR (rrs) ir jos metiltransferazę

(Rv1694), transkripcijos faktorių (Rv3197A), GNAT superšeimos acetiltransferazes bei

fosfotransferazes (Rv2416c, Rv3225c, Rv0262c, Rv2775, Rv2867, Rv0428c, Rv0730, Rv2170)

polimorfizmai, įvertinamas jų sąryšis su genotipais bei kliniškai reikšmingu atsparumu

ofloksacinui, kanamicinui, amikacinui ir kapreomicinui.

Projektas: Monokloninių ir rekombinantinių antikūnų kūrimas. Vadovė A.Žvirblienė

Buvo kuriami nauji monokloniniai antikūnai, turintys mokslinę ir diagnostinę vertę. Naudojant

rekombinantinius mielėse susintetintus virusų baltymus, buvo sukurti 3 nauji IgG klasės

monokloniniai antikūnai prieš žmogaus Ki poliomos viruso (Ki-PyV) kapsidės baltymą VP1. Šis

žmogaus poliomos virusas buvo identifikuotas prieš keletą metų. Antikūnai prieš šį virusą iki šiol

nebuvo aprašyti. Todėl nebuvo galimybės nustatyti šį virusą imunocheminiais metodais. Naujai

sukurtųjų antikūnų prieš Ki-PyV VP1 baltymą specifiškumas buvo ištirtas įvairiais metodais ir

nustatyta, kad jie nerodo kryžminių reakcijų su kitų žmogaus poliomos virusų (BKV, JCV) VP1

baltymais. Todėl antikūnai galės būti taikomi Ki-PyV paplitimo tyrimams.

Tėkmės citometrijos metodu buvo ištirtas anksčiau sukurtų monokloninių antikūnų prieš vėžinių

ląstelių žymenį – baltymą16 INK4A - specifiškumas. Šis baltymas yra indukuojamas ląstelėse,

įvykus žmogaus papilomos viruso (ŽPV) sukeltai onkogeninei transformacijai. Tyrimams buvo

naudojama HeLa ląstelių linija, infekuota ŽPV-18. Nustatyta, kad antikūnai, sukurti prieš 16 INK4A

seką, prijungtą prie žiurkėno poliomos viruso kapsidės baltymo VP2, atpažįsta natyvų p16 INK4A


© Biotechnologijos institutas 56

Metinis pranešimas – 2011

antigeną HeLa ląstelėse. Šis tyrimas patvirtino, kad rekombinantiniai virusų baltymai,

formuojantys mozaikines (pseudotipines) į virusus panašias daleles (VPD), yra perspektyvūs

naujo tipo imunogenai, kuriant diagnostinės paskirties antikūnus (Lasickiene et al., 2011).

Buvo sukurti funkciškai aktyvūs rekombinantiniai antikūnai prieš bakterinį toksiną vaginoliziną

(VLY), naudojant kaip nešiklį mozaikines VPD. Tam tikslui buvo sukonstruotos VPD su

viengrandžiais antikūnų fragmentais (scFv), prijungtais prie žmogaus imunoglobulino Fc dalies.

Buvo nustatyta sukurtųjų mozaikinių VPD, turinčių paviršiuje anti-VLY molekules, afiniškumo

konstanta, ištirtas citolitinis aktyvumas. Tyrimas patvirtino, kad mozaikinės VPD gali būti

sėkmingai naudojamos natyvių, funkciškai aktyvių baltymų raiškai (Pleckaityte et al., 2011).

Eil.

Nr.

Vardas, pavardė Mokslinis

laipsnis

6.6. Bioinfomatikos skyrius (BS)

1. Česlovas Venclovas dr. vyriaus. mokslo darb.-

skyriaus vedėjas

2. Albertas Timinskas dr. vyresn. mokslo darb.

3. Mindaugas

Margelevičius

Pareigos Pastabos

dr. vyresn. mokslo darb. 0,75 etato

4. Visvaldas Kairys dr vyresn. mokslo darb. Mobili

5. Ieva Mitašiūnaitė-

Besson

dr vyresn. mokslo darb. Mobili

6. Darius Kazlauskas biologas tyrėjas,

doktorantas

7. Kliment Olechnovič inžinierius tyrėjas

8. Jolita Višinskienė doktorantė

9. Rytis Dičiūnas inžinierius informatikas

doktorantas iki

2014.09.30

Lentelė 6.6

Per ataskaitinius metus svarbiausi rezultatai buvo gauti taikant kompiuterinius metodus

virusų DNR replikazėms, bakterijų replikacinėms polimerazėms ir restrikcijos-modifikacijos

sistemoms tirti.

Virusų replikazių projekte buvo tiriami pagrindiniai DNR replikacijos baltymai - DNR

polimerazė, procesyvumo veiksnys ir žiedo užkėlimo kompleksas- bei jų pasiskirstymo virusų

genomuose dėsningumai. Šiame darbe pirmą kartą nustatyta DNR replikacijos procesyvumo

komponentų įvairovės ir jų pasiskirstymo priklausomybė nuo virusų genomo dydžio: (i) mažų

genomų virusai (iki ~40 kbp) neturi procesyvumo komponentų arba koduoja B šeimos

polimerazę, naudojančią pradmeniu baltymą, (ii) vidutinio dydžio genomą (~40-140 kbp) turintys

virusai dažnai koduoja nuosavą A, rečiau B ir kartais C šeimos polimerazę, (iii) didžiausi virusai

turi B šeimos DNR polimerazę, procesyvumo veiksnį bei kartais žiedo užkėlimo kompleksą. Ši

priklausomybė leidžia prognozuoti DNR replikacijos procesyvumo komponentų buvimo

tikimybę ir jų tipą naujai nuskaitytuose genomuose. Analizės rezultatai pristatyti tarptautinėje

konferencijoje bei publikuoti Oksfordo universiteto žurnale – „Nucleic Acids Research“.


© Biotechnologijos institutas 57

Metinis pranešimas – 2011

Bakterijų replikacinių polimerazių srityje buvo tirta PolC polimerazės N-galinės srities struktūra

ir galima funkcija. Nors PolC – viena iš dviejų Gram-teigiamų bakterijų replikacinių polimerazių,

jos N-galinės srities struktūra ir funkcija iki šiol nebuvo žinoma. Mes pirmą kartą parodėme, kad

PolC N-galinę sritį sudaro du atskiri domenai, kuriems taip pat sumodeliavome erdvines

struktūras. Analizuodami sudarytus modelius, parodėme, kad abu domenai yra giminingi

struktūriniam domenui, kuris yra aptiktas kituose dviejuose su replikacija susijusiuose

baltymuose (V domenas žiedo užkėlėjo komplekso τ subvienete ir N-galinis DnaA domenas). Be

to, remiantis domenų panašumu į τ subvieneto V domeną, padarėme prielaidą, kad bent vienas iš

šių domenų dalyvauja PolC-τ sąveikoje. Ištyrę abiejų domenų paviršiaus savybes, iškėlėme

hipotezę, kad vienas iš domenų gali sąveikauti su DNR ar RNR. Šio tyrimo rezultatai publikuoti

„FEBS Journal“

Įvairaus pobūdžio bioinformaciniais tyrimais parodyta, kad šalia jau žinomų A, B, C, D ir E I-o

tipo restrikcijos-modifikacijos (R-M) sistemų potipių egzistuoja dar bent trys nauji, F, G ir H

potipiai. Suformuota baltymų sekos požymių ir jų panaudojimo algoritmų visuma, įgalinanti

sukurti metodą/serverį, skirtą automatiniam I-o tipo R-M sistemų baltymų anotavimui.


7. FINANSAI

© Biotechnologijos institutas 58

Metinis pranešimas – 2011

7.1 Pajamos

Instituto pajamos, gautos 2011 m. parodytos. Bendra pajamų suma buvo 8545,7 tūkst. Lt.

Lyginant, 2010 m. buvo gauta 8440,5 tūkst. Lt.

Tiesioginė biudžeto subsidija sudarė 34.5 % Lt visų gautų pajamų. Biudžeto lėšos mokslui

sudarė 2494,0 tūkst. LMT ir MITA ir kt. konkursų keliu gautos lėšos sudarė 2620,73 tūkst.Lt.

Lėšos iš užsienio mokslo programų sudarė 1367,3 tūkst.Lt.

Metai

Pradinis

paskirstymas

Biudžeto subsidija, tūkst. Lt

Kitimai

metų bėgyje

Lentelė 7.1

Faktinis

finansavimas

2003 2052 +2,1 2054,1

2004 2664 +156,7 2820,7

2005 3043 +3 3046

2006 3715 +43,8 3758,8


Metai

Pradinis

paskirstymas

© Biotechnologijos institutas 59

Biudžeto subsidija, tūkst. Lt

Kitimai

metų bėgyje

Faktinis

finansavimas

2007 4233 +7,9 4240,9

2008 5282 +2,2 5284,2

2009 5242 -397 4845

2010 3868 3868

2011 3000,1 3000,1

Metinis pranešimas – 2011

7.2 Skyrių iniciatyvinės lėšos

Nepakankamo valstybinio finansavimo sąlygomis labai didelę reikšmę turi laboratorijų

iniciatyvinės lėšos, t.y. lėšos, gaunamos vykdant mokslines sutartis, programas, gaunant grantus

ir pan. Aktyvios laboratorijos šiais keliais gauna 30 – 100 tūkst. Lt/ vienam faktiškai dirbančiam

mokslo darbuotojui (lentelė 8.5). Šių lėšų praktiškai pakanka reagentams bei smulkiai

laboratorinei technikai ir dar lieka pelnytiems priedams prie darbo užmokesčio. Iniciatyvinės

lėšos praktiškai yra pagrindinis šaltinis būtinų moksliniams tyrimams priemonių įsigijimui.

Lentelė 7.2

Labora-

torija

Lėšų šaltiniai ir kiekiai, tūkst.. Lt

LMT ir

MITA

sutartys

Sutartys

su

Lietvos

partn.

Užsienio

gran

tai

Užsie-

nio kontraktai

Iš viso,

tūkst.

Lt.

Dar-

buo-

tojų

sk.*

Lėšos

vienam

darbuo-

tojui

2011

ILBS 588,8 21,2 187,5 80,7 878,2 13,25 66,3

EGIS 276,0 1,7 448,4 11,4 737,5 20,75 35,5

BVTS 356,3 34,0 305,1 0 695,4 20,25 34,3

DMTS 138,2 90,1 441,6 17,3 687,2 14,75 46,6

BNSTS 473,8 45,4 0 0 519,2 13 39,9

BS 138,9 0 0 0 138,9 7 19,8

Iš viso 11 1972,0 192,4 1382,6 109,4 3656,4 89 -

Iš viso 10 1940,1 441,0 633,7 288,3 3303,1 84,75 -

* Faktiškai dirbančių darbuotojų skaičius, žr. lentelę 2.3.


6.2 Ūkinės sutartys

© Biotechnologijos institutas 60

Metinis pranešimas – 2011

2011 m. buvo tęsiamos anksčiau sudarytos sutartys su Thermofisher Scientific Lietuvos

padaliniu UAB„Fermentas“, UAB BIOK, UAB „Militė“, UAB Profarma, UAB Nomads.

Sudaryta nauja sutartis su UAB „Baltymas“. Už patalpų nuomą institutas 2011 m. gavo 254,7

tūkst. Lt. (be atskaitymo 5% į VU BRF). Iš jų 238,9 tūkst. Lt. nuomos pajamų gauta iš UAB

„Fermentas“. Už suteiktas transporto paslaugas iš UAB „Fermentas“ gauta 88,5 tūkst. Lt.,

administravimo mokesčio – 206,3 tūkst. Lt. Iš viso iš UAB „Fermentas“ gauta 533,7 tūkst. Lt..

Be to UAB „Fermentas“ kompensavo 967,7 tūkst. Lt. komunalinių išlaidų. Kitos organizacijos

kompensavo 23,5 tūkst. Lt. komunalinių išlaidų.

More magazines by this user
Similar magazines