Freek Vonk en zijn slangen - Faculteit der Wiskunde en ...

Schadelijke bijwerkingen geneesmiddelen
in kaart gebracht
Onderzoek onder een Ultra
Hoog Vacuüm
LISF-prijs voor biologe
Barbara Vreede
Farmaceutische Wetenschappen | Biologie | LS&T | MST | Universiteit Leiden
Jaargang 4
januari 2009
Nummer 2
Freek Vonk en zijn slangen

Redactioneel Inhoud
Voor de buitenwereld is het niet altijd
duidelijk wat voor onderzoek er aan de
Universiteit plaatsvindt en vaak al helemaal
niet welke impact de resultaten ervan
op de maatschappij kunnen hebben. Neem
het onderzoek dat bij de afdeling Toxicologie
aan onze Faculteit gebeurd (zie verderop
in dit magazine). Daar wordt met geavanceerde
technieken geprobeerd de schadelijke bijwerkingen
van geneesmiddelen op te helderen.
Zonder dergelijk fundamenteel onderzoek dat
hier dagelijks in de farmaceutische, scheikundige
en biologische onderzoeksgroepen plaatsvindt,
hadden vele ontwikkelingen op het gebied van
medicijnen en technologie niet plaats kunnen
vinden. Wellicht dat we binnen een afzienbare
periode al veel profijt kunnen ondervinden van
bovengenoemd onderzoek.
Leve de wetenschap!
Chantal Stoffelsma
Colofon
2
, jaargang 4, nummer 2, januari 2009
Oplage: 6.200
Redactieadres: Origin Magazine
Einsteinweg 55
2333 CC Leiden
info@originmagazine.nl
www.originmagazine.nl
Redactie: Hoofdredactie: Gert Jan van Helden
Eindredactie: Chantal Stoffelsma
Johan Detollenaere
Origin - Universiteit Leiden
Nieuws 3
Functional genomics 4
Water aan platina: niet zo eenvoudig als het lijkt... 8
Buitenlandstage 12
LISF-prijs voor biologe Barbara Vreede 16
De week van Shashini Munshi 20
Een chloride vrije route naar epoxyhars 23
De Bèta Banenmarkt 24
LBC 26
Weapons of Venom: Snake Science 28
CDL 30
Agenda & promoties 31
4 12 20 30
Aan Origin werkten mee:
Erik Danen, John Meerman, Bob van de Water, Leo Price, Janneke
van der Niet, Sanne de Ridder, Mart van Meurs, Shashini Munshi,
Christiaan van Gorkum, Thijs Groenewegen, Evelien de Vries, Freek
Vonk en Johan Postema
Drukkerij: Drukkerij Groen, Leiden
Opmaak: teambart
Origin en al haar inhoud © Faculteit der Wiskunde en
Natuurwetenschappen, Universiteit Leiden.
Alle rechten voorbehouden.

Nieuws
Pre-University College vernoemt onderzoeksprijs naar
prof.dr. Jan Kijne
Het Pre-University College (PRE) heeft een onderzoeksprijs
ingesteld en die vernoemd naar prof.dr. Jan Kijne,
die tot oktober 2008 wetenschappelijk directeur van
het PRE was. Het gaat om een bokaal met oorring, een
knipoog naar Kijne die zelf een oorring draagt. De bokaal
wordt jaarlijks uitgereikt aan het duo PRE-studenten dat
het beste onderzoeksverslag schrijft.
Bron: www.nieuws.leidenuniv.nl
Topjaar voor Hortus Botanicus
Op dinsdagmiddag 19 november heeft de Leidse Hortus
Botanicus de grens van 90.000 bezoekers gepasseerd. Het
aantal bezoekers is dit jaar flink gestegen, mede dankzij
een succesvolle beeldententoonstelling en de bloei van
de Reuzenaronskelk. In 2009 wil de Hortus dit record
verbreken en 100.000 bezoekers ontvangen. Hiertoe
wordt een nieuw en verrassend programma opgezet, met
o.a. vanaf januari een kleurrijke Amaryllisshow in de
wintertuin.
Bron: www.nieuws.leidenuniv.nl
Nieuw in Leiden: Econophysics!
Econophysics zal aan de Faculteit der Wiskunde en
Natuurwetenschappen geïntroduceerd worden als
keuzevak. Het streven is het vakgebied uit te bouwen tot
een afstudeerrichting en tot een deeldiscipline binnen de
natuurkunde. Econophysics benadert het handelen op de
beurs op een wetenschappelijke manier, dit gebeurt op
basis van gedetailleerde rekenkundige analyse van kleine
koersbewegingen.
Bron: www.nieuws.leidenuniv.nl
Sascha Hoogendoorn winnaar Unilever Research
Nieuws
prijs
Sascha Hoogendoorn, studente Scheikunde, heeft voor
haar masteronderzoek bij het Leiden Institute of
Chemistry de Unilever Research Prijs gewonnen.
Ze ontving hiervoor een cheque van € 2500,-.
Donderdag 5 maart: PAC symposium
Op donderdag 5 maart 2009 zal de vijftiende editie van
het PAC symposium plaatsvinden. Dit is een jaarlijks
symposium voor chemiestudenten, georganiseerd door de
chemische studieverenigingen van de Universiteit Leiden,
Universiteit van Amsterdam, Universiteit Utrecht en de
Vrije Universiteit (CDL, ACD, U.S.S. Proton en VCSVU).
Op deze dag zullen lezingen over verschillende vakgebieden
gegeven worden door vooraanstaande sprekers uit
binnen- en buitenland, waaronder twee Nobelprijswinnaars
(Prof. Walker, Nobelprijs 1997 en Prof. Sharpless,
Nobelprijs 2001). De dag wordt afgesloten met een
borrel, driegangendiner en een spetterend feest.
Zie www.pacsymposium.nl voor meer informatie.
Barbara Vreede wint LISF prijs 2008
Studente biologie Barbara Vreede heeft de LUF International
Studiefonds prijs gewonnen voor het verslag van
haar buitenlandstage. Barbara deed in Ierland onderzoek
naar de evolutie van geleedpotigen, ze stak daarvoor
diverse grenzen over. Ze verzamelde in Schotland
embryo’s en reisde met een koelbox vol duizendpooteitjes
in petrischaaltjes terug naar Ierland. Barbara’s buitenlandervaring
verruimde haar blik en bezorgde haar een
PhD-positie Lissabon.
Een uitgebreid verslag is te vinden vanaf pagina 16.
Bron: www.nieuws.leidenuniv.nl
Origin - Universiteit Leiden 3

Danen, Meerman, Price, Van de Water
4
Origin - Universiteit Leiden
Functional genomics
Op de afdeling Toxicologie van het Leiden/Amsterdam Center for
Drug Research (LACDR) wordt sterk ingezet op het gebruik van
“functional genomics” technieken voor het in kaart brengen van de
cellulaire respons ten gevolge van de schadelijke bijwerking van
geneesmiddelen. Deze technologie wordt gecombineerd met “high
throughput” microscopische technieken om in hoog tempo nieuwe
genen te identificeren die van belang kunnen zijn voor de mate
van gevoeligheid voor zulke schadelijke bijwerkingen. Integratie
van deze mechanistische kennis en bestaande gegevens uit “gene
expression profiling” experimenten moet leiden tot opheldering
van de onderliggende signaleringsroutes in “adverse drug reactions”.
Op basis hiervan worden snelle, voorspellende in vitro
modellen gegenereerd die het proefdier gebruik in de “drug safety
sciences” zullen kunnen terugbrengen.
DOOR: DR. ERIK DANEN, DR. JOHN MEERMAN, DR. LEO PRICE EN PROF. BOB VAN DE WATER
Een belangrijke methode om snel veranderingen in
kaart te brengen van de expressie van alle ca 25.000
genen in een menselijke cel is het gebruik van DNA
microarrays. Hierbij worden DNA sequenties die
ieder uniek zijn voor een bepaald gen op een
microchip geplaatst. Wanneer vervolgens het mRNA
uit een cel wordt gelabeld en gehybridiseerd met de
microchip, kan er een signaal van de probe gemeten
worden ter plaatse van de specifieke gen-sequenties
op de chip. Uit de hoogte van het signaal kan dan
berekend worden hoeveel van een bepaald mRNA in
de cel aanwezig is. Wij hebben de complete pipeline
voor het uitvoeren van dit soort experimenten
in huis, inclusief de data-analyse van de enorme
hoeveelheid gegevens die uit dergelijke experimenten
komen.
Er is echter een belangrijk stuk informatie dat we niet
halen uit dit werk. Dit is of opgespoorde veranderingen
in genexpressie ook daadwerkelijk betrokken
zijn bij de ongewenste celbiologische gebeurtenissen
Figuur 1: Voorbeeld van een microarray chip met rechts een sterk uitvergroot
gebied na hybridisatie. Door mRNA van behandelde (groen)
en onbehandelde (rood) test samples te hybridiseren tegen DNA spots
voor elk gen in het genoom, krijgen we een indruk van veranderingen
in gen expressie bij behandeling met een geneesmiddel.

na blootstelling aan geneesmiddelen. De expressie
van een gen dat helemaal geen rol speelt in deze
respons kan toch veranderen bij behandeling met een
geneesmiddel. Vice versa, een gen waarvan de expressie
helemaal niet beïnvloed wordt door een bepaald
geneesmiddel kan wel degelijk van belang zijn voor
de ongewenste cellulaire respons veroorzaakt door
dit geneesmiddel. Om zulk functioneel inzicht te verkrijgen
is een andere aanpak nodig. Hiervoor maken
wij gebruik van functional genomics – wat inhoudt
dat we de expressie van afzonderlijke genen remmen
door gebruik te maken van kleine specifieke stukjes
RNA (siRNA). Wij hebben nu de beschikking over bibliotheken
waarin voor elk gen van een zogenaamde
gen-familie (bijvoorbeeld alle transcriptie factoren of
alle eiwit kinases) een siRNA aanwezig is. Doordat de
siRNAs allemaal afzonderlijk zijn uitgevuld in multiwell
plates kunnen we dus onderzoeken welke genen
binnen zo’n familie van belang zijn. Het gaat hierbij
in totaal om duizenden genen en dit werk moet dan
ook geautomatiseerd worden uitgevoerd.
Wij hebben daarom een robot aangeschaft voor het
uitvullen van de experimenten en we maken gebruik
van geautomatiseerde microscoopsystemen
die dag en
nacht opnames maken van
de verschillende experimentele
condities. Deze
systemen zijn gestationeerd
in het nieuwe Cell Observatory van de faculteit. Dit
onderzoek is inmiddels ingebed in het “Netherlands
Toxicogenomics Center” (NTC); een door het
Netherlands Genomics Initiative gefinancieerd
samenwerkingsverband met LUMC, andere academische
centra en bedrijven. Door integratie van de
gegevens van elk van de partners op het gebied
van genexpressie veranderingen, veranderingen in
eiwitten (proteomics) en onze functional genomics
aanpak krijgen we binnen het NTC een nauwkeurig
beeld van de signaleringsroutes die betrokken zijn bij
de cellulaire respons op geneesmiddelen. Uiteindelijk
zullen we deze informatie gebruiken om nieuwe “cellbased
assays” te ontwikkelen die kunnen voorspellen
of een geneesmiddel schadelijke bijwerkingen zal
De cel pleegt zelfmoord ook wel
apoptose genoemd
Figuur 2: Schematische weergave van de werking van siRNA.
hebben. Doordat deze assays snel en goedkoop zijn,
kunnen ze de industrie in staat stellen vroegtijdig
te bepalen of met een potentieel geneesmiddel het
lange ontwikkelingstraject moet worden afgelegd.
Daarnaast is de verwachting dat het gebruik van deze
assays voor pre-screening
het aantal stoffen dat uiteindelijk
in een proefdier getest
moet worden drastisch
kunnen verlagen. Hieronder
volgen een aantal voorbeelden
van de huidige projecten binnen het NTC.
Ontrafelen van de signaleringsroute bij DNA schade
Sommige chemicaliën kunnen schade aan het DNA
veroorzaken. Dit vormt zelfs de basis voor de werking
van veel chemotherapeutica zoals cisplatina. Cellen die
aan zulke stoffen zijn blootgesteld, activeren enzymen
die dit beschadigde DNA repareren. Als de schade
echter te groot is en niet gerepareerd kan worden,
zwengelt de cel een cascade van signaleringsroutes
aan die uiteindelijk tot geprogrammeerde celdood
leidt: de cel pleegt zelfmoord - ook wel “apoptose”
genoemd. Dit is belangrijk om cellen op te ruimen die
fouten in het DNA bevatten die mogelijk tot kanker
kunnen leiden. In eerder onderzoek hebben we al een
Origin - Universiteit Leiden 5

Figuur 3: DNA-schade na behandeling van muis embryonale stamcellen met het anti-kanker
geneesmiddel cisplatina, leidt tot geprogrammeerde celdood (apoptose). Hier zien we hoe
uitschakeling van het tumor-suppressor-gen p53, de apoptose remt.
6
Origin - Universiteit Leiden
goed beeld gekregen van de veranderingen in genex-
pressie die optreden tijdens dit proces in embryonale
stamcellen van de muis. Wij hebben een methode
ontwikkeld om met geautomatiseerde microscopie de
DNA-schade respons in cellen nauwkeurig te volgen
in de tijd. Hiervoor kleuren we een molecuul aan
dat alleen aan de buitenkant van de cel aanwezig is
wanneer de cel apoptose ondergaat (figuur 3). Door
gebruik te maken van bibliotheken van siRNA’s
gericht tegen een groot aantal genen die coderen voor
signaleringseiwitten willen we de moleculaire cascade
van de DNA-schade respons ontrafelen.
Hoe dit in zijn werk gaat, is te zien in figuur 1: de
uitschakeling van het p53 eiwit remt de apoptose
veroorzaakt door het DNA-beschadigende antikanker
geneesmiddel cisplatina. De microscoop
wordt inmiddels op een geautomatiseerde manier
gebruikt om grote hoeveelheden siRNA’s naast elkaar
te analyseren. We kunnen dan in hoog tempo
ophelderen welke signaal eiwitten van belang zijn.
Functional genomics in meer geavanceerde in vitro
modellen
In vitro celkweken hebben naast ethische aspecten
vele voordelen boven diermodellen wat betreft kosten,
reproduceerbaarheid, en flexibiliteit. Daar staat
tegenover dat de biologie in deze modellen natuurlijk
veel simpeler is, wat het moeilijk maakt effecten in
levende organismen te voorspellen op basis van deze
modellen. We kunnen de complexiteit van in vitro
modellen verhogen door 3-dimensionale kweeksystemen
van verschillende celtypen te gebruiken om
zo tot multicellulaire mini-organen te komen.
Wanneer cellen in een 3D omgeving worden gekweekt,
kunnen ze spontaan de karakteristieken gaan
vertonen van het orgaan waaruit ze oorspronkelijk
zijn geïsoleerd; niercellen kunnen tubuli vormen,
borstepitheelcellen kunnen melkklierstructuren
vormen, en bloedvatcellen kunnen vaatstructuren vormen.
Dus terwijl zulke kweken slechts enkele honderden
cellen bevatten en nauwelijks met het blote oog
waarneembaar zijn, brengen ze in vitro modellen een
stuk dichter bij een daadwerkelijk humaan orgaan.
Dit biedt grote perspectieven voor het testen van
geneesmiddelen. In deze “organoids” is het ook goed
mogelijk functional genomics toepassingen zoals
hierboven beschreven, toe te passen. Dit stelt ons in
staat de eiwitten die betrokken zijn bij (schadelijke)
reacties op geneesmiddelen niet alleen op het niveau
van 1 enkele cel, maar ook in hoger georganiseerde
multicellulaire structuren te onderzoeken. Wij pakken
dit op dit moment aan door met siRNA bibliotheken
genen uit te schakelen in alle cellen in zulke
organoids en met high throughput automatische
beeld analyse effecten op de multicellulaire architectuur
te bestuderen.
Epigenetica van stam cel proliferatie in
cytotoxiciteit en borstkanker
Stamcellen hebben zowel het vermogen om zichzelf
te vernieuwen - waarbij twee (ongedifferentieerde)

stamcellen ontstaan - als delingen uit te voeren
waarbij gedifferentieerde cel typen ontstaan. De
balans hiertussen wordt tijdens embryonale ontwikkeling
nauwkeurig geregeld, maar ook tijdens weefsel
regeneratie in volwassen individuen vindt zowel
stamcel ‘self-renewal’ als differentiatie plaats. Wanneer
deze processen ontregeld worden, heeft dit grote
nadelige gevolgen voor de embryonale ontwikkeling,
wat kan leiden tot aangeboren afwijkingen, maar het
kan ook leiden tot snelle veroudering en het ontstaan
van kanker. Op dit moment bestaan er geen goede
testen om effecten van geneesmiddelen op deze processen
snel in kaart te brengen. Wij hebben hiervoor
een systeem ontwikkeld waarbij embryonale muizenstamcellen
in kweek worden gehouden en vervolgens
worden blootgesteld aan geneesmiddelen en via een
geautomatiseerd microscoop systeem gedurende langere
tijd worden gevolgd. Hierbij kunnen d.m.v. fluorescente
probes eiwitten die kenmerkend zijn voor de
verschillende differentiatie stadia van de stamcellen
worden gemeten. Ook worden wiskundige modellen
ontwikkeld voor de geautomatiseerde beeldanalyse
van deze stamcellen waarbij het mogelijk wordt om
‘high-throughput’ morfologische veranderingen in
de tijd te meten. Deze gegevens koppelen we met informatie
uit genexpressie analyse om zo de meest belangrijke
signaleringsroutes die verantwoordelijk zijn
voor differentiatie te kunnen volgen. Omdat epigenetische
controle mechanismen een grote rol spelen bij
stamcel self-renewal en differentiatie, onderzoeken
we d.m.v. functional genomics de rol van de verschillende
componenten van de epigenetische controle
mechanismen bij de effecten van geneesmiddelen op
stamcellen. Het uiteindelijke doel van deze studies
is om moleculaire mechanismen te identificeren die
deze processen besturen en effecten van geneesmiddelen
hierop te kunnen identificeren. De resultaten
hiervan vergelijken we met resultaten die we
verkrijgen met borstkankercellen om zo uiteindelijk
nieuwe geneesmiddelen tegen kanker te kunnen ontwikkelen
en bestaande therapieën te optimaliseren.
De komende jaren zal een tiental enthousiaste
`xjonge wetenschappers zich gaan bezighouden met
bovenstaande en ook andere modelsystemen om de
mechanismen van schadelijke bijwerkingen beter te
leren te begrijpen en in vitro modellen te ontwikkelen
die een betere voorspelbaarheid hebben voor
in vivo geneesmiddel toxiciteit dan dat tot nu toe
Figuur 4: 3D kweek van niercellen (links) en een dwarsdoorsnede door een menselijke
niertubulus (rechts).
mogelijk is. We hopen jullie daar in de toekomst meer
over te kunnen berichten. Mocht je geïnteresseerd zijn
in dit type onderzoek en meer willen weten neem dan
gerust contact met ons op of kom eens langs op de 7de verdieping van de Gorlaeus hoogbouw of in het Cell
Observatory.
Origin - Universiteit Leiden 7

Leids Instituut voor Chemisch onderzoek, SURFCAT-groep
Water aan platina: niet zo eenvoudig
DOOR: JANNEKE VAN DER NIET
Figuur 1: Schematische
waargave van een waterstof
brandstofcel.
8
Origin - Universiteit Leiden
Figuur 1 toont schematisch de werking. Waterstofgas
reageert aan de anode via
H 2 –› 2H + + 2 e -
als het lijkt
Sinds de industriële revolutie vertrouwen we op fossiele brandstoffen
(steenkool, aardolie en aardgas) om in onze energiebehoefte te
voorzien. De afgelopen decennia is echter duidelijk geworden dat de
voorraad langzaam opraakt. Bovendien komt er bij de verbranding
van fossiele brandsto fen CO vrij: een broeikasgas. De wetenschap
2
en de industrie is dus naarstig op zoek naar nieuwe energiebronnen.
De waterstof brandstofcel vormt een aantrekkelijk alternatief voor
het gebruik van fossiele brandstoffen.
De gevormde protonen worden door een membraan
naar de cathode getransporteerd waar zuurstof reageert
via
O + 4H 2 + + 4 e- –› 2H 2O Het grote voordeel is dus dat er (naast energie) alleen
water geproduceerd wordt. Als katalysatormateriaal
voor zowel de kathode als de anode wordt vaak
platina gebruikt. Gezien de hoge prijs van platina
is het echter wenselijk een goedkoper materiaal te
gebruiken. Hiervoor is het van essentieel belang om
te begrijpen waaróm platina zo’n goede katalysator
is. Eén van de fundamentale vragen als het gaat
om platina katalysatoren in brandstofcellen is de
toestand van het water aan het platina oppervlak bij
verschillende potentialen. Hierover gaat mijn promotieonderzoek.
Een katalysator deeltje is zeer complex: de mogelijke
plaatsen waar een reactie plaats kan vinden hebben
allemaal een zeer verschillende geometrie. Daarom
is het erg lastig om een echt katalysator deeltje te
bestuderen als je fundamentele reactiestappen wilt
begrijpen: er zijn simpelweg teveel opties. In plaats
daarvan gebruiken we éénkristallen als model.
Hiervan weten we precies waar alle platina atomen
op het oppervlak zitten. Het eenvoudigste oppervlak
is het Pt(111) oppervlak (figuur 2a), wat een hexagonale
structuur heeft. Aan dit oppervlak is al zeer veel
onderzoek gedaan. Wij bestuderen echter gestapte
oppervlakken (figuur 2b). Het voordeel hiervan is dat
je op een gecontroleerde wijze defecten introduceert.
Hierdoor simuleer je een echt katalysator deeltje
dus beter, terwijl je de interpretatie van de data wel
behapbaar houdt.

Dé standaardtechniek in electrochemisch onderzoek
is cyclische voltammetrie. Hierbij wordt de spanning
tussen twee electroden gevarieert en de stroom
respons gemeten. De blauwe lijn in figuur 3 toont een
zogenaamd ‘blank’ voltammogram van een Pt(111)
oppervlak in een 0.1 M HClO oplossing. Het brede
4
plateau tussen 0 en 0.4 V wordt veroorzaakt door
de desorptie (postieve scan) en adsorptie (negatieve
scan) van H aan de (111) terassen. Tussen 0.6 en 0.9 V
vindt de ad- en desorptie van OH aan de terassen plaats.
[1] Het Pt(533) oppervlak (zie figuur 2b) bevat naast
(111) terassen om de vier terras atomen een stap.
Het corresponderende voltammogram is te zien als
de rode lijn in figuur 3b. De piek rond 0.25 V wordt
traditioneel toegewezen aan de ad- en desorptie van
H op de stappen, omdat hij in hetzelfde potentiaalgebied
valt als waarin dat proces plaatsvindt op de
terassen.
Figuur 3: Cyclisch voltammogram van een Pt(111) (blauw) en
Pt(533) (rood) oppervlak in een 0.1 M HClO oplossing.
4
Figuur 2: Schematische waargave van (a) de hexagonale structuur van
het Pt(111) oppervlak en (b) het Pt(533) oppervlak dat bestaat uit een
4 atomen breed terras met (111) geometrie en (100)stappen.
Er zijn echter een aantal inconsistenties verbonden
aan deze toewijzing van de piek: [2]
1. Het verschil in piekvorm voor H adsorptie op de
stappen (scherp) t.o.v. H adsorptie op de terrassen
(breed plateau) impliceert andere laterale interacties
tussen waterstofatomen op stappen dan op
terrassen (attractief i.t.t. repulsief).
2. Het aantal electronen dat er overgedragen wordt
per platina atoom varieert in basisch milieu met
de stapdichtheid.
3. De positie van de piek verschuift met 50 mV per
pH-eenheid t.o.v. de waterstof electrode
4. Waar is de piek is voor de ad- en desorptie van OH
op de stappen?
Een alternatieve verklaring voor de piek is dat hij niet
slechts veroorzaakt wordt door de ad- en desorptie
van waterstof aan de terrassen, maar dat het coadsorptie
met een ander molecuul betreft. In het
verleden is reeds aangetoond dat de co-adsorptie van
waterstof en bromide een scherpe piek geeft, terwijl
de individuele soorten een repulsieve interactie
hebben. Dit komt doordat de som van de interacties
dan wel attractief is. [3]
Een logische kanditaat voor deze co-adsorptie is OH.
Om aan te tonen dat deze piek inderdaad de coadsorptie
van H en OH is, is echter bewijs nodig. Een
voor de hand liggende techniek om dan te gebruiken
is infra rood spectroscopie (IR). Een probleem hierbij
is echter dat het erg lastig is om OH-banden zichtbaar
te krijgen in een waterige omgeving, doordat de pieken
grotendeels overlappen met de pieken van H O. 2
Om het probleem te vereenvoudigen bestuderen
we het systeem eerst in ultra hoog vacuum (UHV).
Origin - Universiteit Leiden 9

Figuur 4: POTVIS,
het ultra hoog vacuum
apparaat waarin de
experimenten gedaan
worden.
Figuur 6: Schematische weergave
van een TPD experiment.
10
Origin - Universiteit Leiden
Het apparaat dat we hiervoor gebruiken is te zien in
figuur 4. De kristalhouder met kristal is te zien in
figuur 5. In een UHV omgeving is het mogelijk een
platina kristal zo’n 2 à 3 uur schoon te houden. We
brengen een gecontroleerde hoeveelheid adsorbaat op
het oppervlak aan en kunnen dan met verschillende
technieken informatie verkrijgen over de toestand
van de geadsorbeerde stof. Wij gebruiken temperatuur
geprogrammeerde desorptie (TPD) in combinatie met
IR. Het principe van TPD wordt gedemonstreerd in
figuur 6. Een stof (bv. H O) wordt aan het oppervlak
2
geadsorbeerd. Daarna wordt de temperatuur langzaam
verhoogd, waarbij de desorberende gassen worden
gedetecteerd met een massaspectrometer. Als een
molecuul bij een hogere temperatuur desorbeert, was
het sterker aan het metaal oppervlak gebonden.
Figuur 5: Foto van
de kristalhouder met
kristal.
De manier om in UHV OH groepen op een Pt(111)
oppervlak te maken is door het oppervlak van tevoren
te bedekken met O-atomen. Deze veroorzaken
dissociatie van het water. De ontstane OH-groepen
worden geincorporeerd in een netwerk van waterstofbruggen
tussen de OH-groepen en water aan het
oppervlak. [4] Een soortgelijke tactiek op een gestapt
oppervlak zou dus kunnen leiden tot OH groepen op
de stapranden. Deze hypothese hebben we getest door
verschillende hoeveelheden 18O en H O aan het
2
oppervlak te adsorberen en daarna een TPD te
nemen. De paarse lijn in figuur 7 toont het H O TPD
2
spectrum als er één monolaag water aan het oppervlak
geadsorbeerd is. Er zijn twee pieken te zien. De
piek op 171 K zit op exact dezelfde temperatuur als
wanneer water van een kaal Pt(111) oppervlak desorbeert
[4] en is dus gerelateerd aan H O desorptie van
2
de (111) terassen. De piek op 188 K wordt veroorzaakt
door H O moleculen die van de staprand desorberen.
2
Water uit de multilaag (dus water dat bovenop andere
watermoleculen gebonden is, piek hier niet afgebeeld)
desorbeert rond 150 K. Wanneer het hele oppervlak
van tevoren bedekt wordt met 18O onstaat het blauwe
spectrum. Dit spectrum is verbreed t.o.v. de spectra
waarbij er geen O op de terassen aanwezig was. Dit
komt doordat er hier OH groepen gevormd worden
op de (111) terassen. Uit de isotoop uitwisselings data
16 tussen O and H O blijkt echter dat er veel minder
2
uitwisseling plaatsvindt dan op de oneindige (111)
terassen van Pt(111). Blijkbaar zijn de vier atomen
brede terassen van Pt(533) niet breed genoeg om een
stabiel netwerk op te vormen. Om alleen OH op de
stapranden te krijgen bedekken we alleen de stapranden
van tevoren met 18O. Het groene spectrum is
het gevolg. De verbreding van de piek is hier niet te
zien. Er is dus geen OH aanwezig op de terassen. De
inzet toont ditzelfde spectrum voor een veel kleinere
hoeveelheid water. Hierin is wel te zien dat er water
bij een veel hogere temperatuur (~ 300 K) van het

oppervlak afkomt. Vermoedelijk is dit OH op de
stapranden, maar spectroscopisch bewijs zal
uiteindelijk uitsluitsel moeten geven.
Een andere coadsorbant die interessant is om te
onderzoeken vanuit electrochemisch oogpunt is
waterstof. Zowel in de waterstof brandstofcel als in
de veelgebruikte reversibele waterstof electrode zijn
beide stoffen op de katalysator aanwezig. Dezelfde
experimenten als boven beschreven voor zuurstof
hebben we ook gedaan voor waterstof, maar dan
hebben we het oppervlak eerst bedekt met deuterium
atomen in plaats van zuurstof. In figuur 8 laat de
paarse lijn wederom het TPD spectrum voor water
desorberend van een kaal Pt(533) oppervlak zien. De
twee pieken voor H O desorberend van de stappen
2
en van de terassen zijn weer zichtbaar. In het groene
spectrum zijn de stappen van het Pt(533) oppervlak
eerst volledig bedekt met D , voordat er water op
ad
het oppervlak is aangebracht. We zien nu slechts één
piek rond 171 K: het oppervlak gedraagt zich als een
Pt(111) oppervlak. De integraal onder deze piek is
even groot als de som van de stap en terras pieken
van het kale Pt(533) oppervlak. Hieruit kunnen we
afleiden dat H O en D in ieder geval niet concureren
2
om dezelfde adsorptie positie. Vervolgens hebben we
het hele oppervlak bedekt met D atomen, voordat we
H O adsorbeerden. Het resulterende spectrum is de
2
blauwe lijn in figuur 8. Al het water komt er vanaf
als multilaag. Het geadsorbeerde deuterium maakt
een Pt(533) oppervlak dus hydrofoob. De IR spectra
tonen aan dat we ongestructureerde water clusters
maken. Uit de isotoop uitwisselings data kunnen
Figuur 7: TPD spectra van ~ 1 ML H 2 O desorberend van het
kale Pt(533) oppervlak (paars), het volledig geoxideerde Pt(533)
oppervlak (blauw), en een Pt(533) oppervlak waarvan slechts de
stapranden met zuurstof bedekt zijn (groen). De inzet toont het
laatste spectrum, maar dan voor slechts 0.05 ML H O. 2
we opmaken dat het H O vooral aan de stapranden
2
geadsorbeerd is. Hier vormen ze nano-sneeuwballen.
[5] Deze vondst is niet alleen relevant voor ons begrip
van de waterstof brandstofcel, maar er zijn ook talloze
vervolg experimenten te bedenken. Zo kunnen we
bijvoorbeeld hele kleine hoeveelheden moleculen oplossen
in deze sneeuwballen en hier dan metingen aan
doen. Op die manier kan je weer informatie krijgen
over de interactie tussen water en de opgeloste stof.
We kunnen dan onderzoeken of moleculen zich op
deze hele kleine schaal nog op dezelfde manier gedragen
als wanneer we alleen macroscopische processen
bestuderen.
Op deze manier kunnen ultra hoog vacuum experimenten
dus een belangrijke bijdrage leveren aan het
begrip van electrochemische reacties.
Figuur 8: TPD spectra van ~ 1 ML H O desorberend van het kale
2
Pt(533) oppervlak (paars), het volledig gehydrogeneerde Pt(533)
oppervlak (blauw), en een Pt(533) oppervlak waarvan slechts de
stapranden met waterstof bedekt zijn (groen).
[1] A. Bern a, V. Climent, and J. M. Feliu, Electro-
chem. Commun., 2007, 9(4), 2789{2794.
[2] M. J. T. C. van der Niet, N. Garc a-Araez, J. M.
Feliu, and M. T. M. Koper, in preparation.
[3] N. Garc a-Araez, J. J. Lukkien, M. T. Koper,
and J. M. Feliu, J. Electroanal. Chem., 2006,
588(1), 1{14.
[4] C. Clay, S. Haq, and A. Hodgson, Phys. Rev.
Lett., 2004, 92(4), 046102.
[5] M. J. T. C. van der Niet, I. Dominicus, M. T.
M. Koper, and L. B. F. Juurlink, Phys. Chem.
Chem. Phys., 2008, 10(47), 7169{7179.
Origin - Universiteit Leiden 11

Gedurende je studententijd worden je verschillende kansen aangeboden. Enkele van die kansen zijn: actief sporten, actief
studeren en actief het studentenleven ontdekken. Een keuze uit deze kansen maak je meestal in het begin van je studententijd.
Een andere keuze die zich vaak aan het einde van je studententijd voordoet, is de keuze voor een stage in het buitenland.
Bij de opleiding Bio-farmaceutische wetenschappen kan tijdens je Master een stage worden gevolgd in het buitenland.
DOOR: SANNE DE RIDDER
Mijn huis
12
Ziekenhuisstage in Cincinnati
Origin - Universiteit Leiden
Nadat ik de eerste jaren vooral had genoten van het
studentenleven in Leiden, heb ik altijd geroepen dat
ik mijn afstudeerstage in het buitenland wilde volgen.
‘En dan niet het laffe buitenland, maar het echte
buitenland.’ Ik wilde wel eens zien of ik het in mijn
eentje ruim een half jaar kon uithouden. En zo kwam
het dat ik in de herfst van 2007 op bezoek ging bij
een professor van het Leiden/Amsterdam Center for
Drug Research (die de opleiding BFW verzorgd), voor
een stage in de klinische farmacologie bij voorkeur in
Amerika. Het wereldje van de farmacie blijkt iedere
keer weer klein te zijn, dus deze professor kende nog
wel iemand die op de Clinical Pharmacology afdeling
werkte in een kinderziekenhuis in Cincinnati, Ohio.
Op deze afdeling bleken wel eerder Nederlandse
studenten een stage te hebben gedaan, en ik was er als
onderzoeksstudent van harte welkom.
Na de nodige voorbereidingen (het heen en weer
sturen van allerlei formulieren, een bezoekje aan het
Amerikaans consulaat voor een visum, het verzamelen
van centjes bij verschillende beurzen, en het regelen
van een kamer daar) ben ik, na een toch wel emotioneel
afscheid, in februari 2008 met mijn koffer die het
label ‘heavy’ kreeg, op het vliegtuig naar Cincinnati
gestapt. Cincinnati ligt ongeveer vijf uurtjes met de
auto onder Chicago, en het kan er in de winter dus
aardig spoken. De dag dat ik aankwam, zag alles er
nog goed uit. Maar toen ik de ochtend erna wakker
werd, bleek er in die ene nacht ongeveer 30 centimeter
aan sneeuw te zijn gevallen en waren de meeste kantoren,
scholen en andere instituten gesloten vanwege
deze sneeuw. Voor mij zat er niets anders op dan door
de sneeuw op zoek te gaan naar een supermarkt,
want de noodles die een huisgenoot me had gegeven
waren echt niet te eten; zoals wel meer Amerikaans
‘voedsel’. Toen ik nog in Nederland was, had ik me
Amerika voorgesteld als ‘een Nederland maar dan
velen malen groter’. Maar in de afstanden in Amerika
heb ik me vaak vergist. Zo was de dichtstbijzijnde
supermarkt ruim 40 minuten lopen (bergje op) en
moest je vanaf de bushalte vaak nog een heel eind
lopen naar je eindbestemming. Om deze afstanden
te overbruggen heb ik als echte Nederlander daarom
maar een fiets gekocht. Omdat een gemiddelde
Amerikaan niet sport en al helemaal geen fiets meer

Uitzicht Chicago vanaf Hancock Conservatory
heeft vanaf zijn of haar 16 de , werd ik daar dus wel raar
aangekeken. Maar mijn fietsje kon gewoon voorop de
bus, en zo kon ik dus toch overal komen.
Op 1 maart 2008, na ongeveer 2 weekjes wennen en
heel veel formulieren en andere poespas regelen, ben
ik begonnen met mijn stage in het kinderziekenhuis.
De afdeling was gespecialiseerd in ‘personalized
medicines’, en probeerde dus bepaalde kenmerken
of eigenschappen te vinden in een patiëntengroep
op basis waarvan ze de dosis per persoon kunnen
vaststellen. Vaak zijn zit soort kenmerken gewicht,
leeftijd, een bepaalde genetisch profiel, of de ernst van
een ziekte. De afdeling waar ik stage liep was bezig
met een onderzoek bij kinderen die een niertransplantatie
hadden gekregen. Het medicijn wat onderzocht
werd, was een stof die het immuunsysteem remt,
zodat de kans op afstoting verminderd wordt. Er
werd gekeken wat het lichaam doet met het medicijn
(pharmacokinetiek) en wat het medicijn doet met het
lichaam (pharmacodynamiek, of het effect). Kinderen
die in dat ziekenhuis kwamen voor een transplantatie
werden gevraagd mee te doen met deze studie. Er
werd dan op verschillende dagen na de transplantatie
een reeks bloed afgenomen en daarin werd de hoeveelheid
medicijn bepaald. Ook werden er gegevens
verzameld over de patiëntjes (leeftijd, gewicht, soort
nier donor, ras, tijd en soort voedselinname), en het
DNA werd getest op bepaalde polymorphismen. Deze
kleine verschillen in het DNA kan tot gevolg hebben
dat een medicijn sneller of minder snel wordt afgebroken
door het lichaam. Dit kan gevolgen hebben voor
het effect van het medicijn. Als een medicijn sneller
wordt afgebroken dan gemiddeld kan dit betekenen
dat het immuunsysteem niet genoeg wordt onderdrukt
en bestaat er kans op afstoting van de nier. Als
het medicijn minder snel dan gemiddeld wordt
afgebroken, kan dit betekenen dat er bijwerkingen
kunnen optreden, in dit geval vaak chronische
diarree. Mijn opdracht was om naar de concentratie
medicijn in de bloedsamples te kijken en daar een
model van te maken. Ook moest ik kijken of bepaalde
eigenschappen konden worden gevonden die de
concentratie van het medicijn konden voorspellen.
Dit model kan dan in de toekomst worden gebruikt
om een dosis bij een nieuw patientje te bepalen, om
zo het effect van het medicijn te optimaliseren. Dit is
best een pittige opdracht om op te lossen in 25 weken,
Met mijn vriend bij
het Witte Huis
Origin - Universiteit Leiden 13

Op Wall Street met
‘Wall Street Journal’
14
Origin - Universiteit Leiden
maar een goede uitdaging is nooit weg. Uiteindelijk
heb ik een grote stap in de goede richting gemaakt
met het ontwikkelen van het model. Maar zoals het
wel vaker is in het onderzoekswereldje: hoe meer
vragen je beantwoordt, des te meer vragen komen
er bij. De studie is nog steeds niet afgerond, maar ik
heb van deze stage een hoop geleerd over het maken
van modellen en ik heb gezien hoe de wereld van het
klinische onderzoek eruit ziet.
Als je voor een stage in een ver land zit, is dat uiteraard
een goede kans om een nieuwe cultuur te leren kennen
en veel van het land te zien. Cincinnati heeft
heel veel inwoners (2 miljoen), maar deze mensen
zijn verspreid over een enorm gebied. De stad zelf
is dus niet erg druk. Er zijn een hoop musea en er
zijn veel culturele dingen te doen. Maar ik ben niet
echt een “cultuur-mens” en moest dus iets creatiever
zijn met mijn activiteiten. Je kunt in Cincinnati leuk
shoppen, er zijn veel concerten en musicals, en er is
een gigantische bioscoop (met 20 zalen…). Verder
heeft de universiteit een werkelijk waar gigantisch
sportcomplex met een zwembad met 17 banen en een
fitnesszaal met wel 100 cardioapparaten. Ik heb me
daar dus prima kunnen vermaken.
Gedurende mijn verblijf in Amerika heb ik ook
een aantal reisjes ondernomen. Via de universiteit
in Cincinnati ben ik met een groep internationale
studenten (lees: allemaal Aziaten) een weekendje
naar Kentucky geweest. Ohio grenst ten zuiden aan
de staat Kentucky. Net als Ohio is Kentucky een echte
boerenstaat (farmerstate) en daar staan dus ook
veel huisjes zoals je ook in films ziet: grote huizen
met een mooi grasveld, en natuurlijk met zo’n mooi
wit hekje eromheen. Kentucky staat bekend om zijn
paardenraces en we hebben dan ook een grote paardenfokkerij
bezocht. Om je eigen paard te laten dekken
door zo’n wedstrijdpaard betaal je een slordige
$15 000 tot $150 000, waarvan 86% in een zwangerschap
eindigt. Mocht je mini-paardje opgroeien tot
een renpaard is de kans dat hij of zij een been breekt
voor de eerste wedstrijd zeer groot. Maar mocht je
paardje dus een wedstrijd winnen, kan je zelf $15 000
tot $150 000 vragen om een merrie te laten dekken.
Een erg indrukwekkend wereldje.
Met dezelfde groep was ook een trip geregeld die
naar het westen van Amerika ging (Las Vegas, Grand
Canyon, Yellowstone). Maar helaas kon dit niet doorgaan
omdat we op dag 1 onherstelbare problemen
met de bus kregen. Om hiervoor te compenseren heb
ik mezelf getrakteerd op een lang weekend Miami…
Miami is echt de leukste plaats waar ik ooit geweest
ben. Allemaal mooie stranden, mooie huizen, mooie
winkels, mooie mensen en mooie auto’s. Een ontzettend
ontspannen stad waar (in vergelijking met de rest van
Amerika) alles kan en heel veel mag.
Verder ben ik twee keer naar Chicago geweest. Een
keer toen mijn vriend langskwam in april en een
keertje met een studievriend die voor een business
meeting in Boston zat. Chicago is een prachtige stad
met mooie wolkenkrabbers (ik had daarvoor nog
nooit mooie wolkenkrabbers gezien) aan Lake Michigan.
Het is een echte business stad, maar ze hebben ook
een mooie winkelstraat, heel veel restaurantjes waar
je lekker kan eten, en ‘Chicago pizza’s’.
Aan het einde van mijn stage kwam mijn vriend me
ophalen en hebben we eerst nog twee weken vakantie
gevierd. We hebben een auto gehuurd en zijn via de
Niagara Falls, Adirondack National Park en Washington,
naar New York gereden. Vanaf daar hebben we
weer het vliegtuig richting Amsterdam gepakt. Even
de toerist uithangen dus. We hebben gekampeerd tussen
de beren (ook al heb ik er gelukkig geen gezien),

hebben de hotspots van Washington en New York
bekeken en er de laatste souvenirs gescoord. Deze
vakantie was echt een perfecte afsluiting van een
toch wel zwaar half jaar. Je bent toch erg op jezelf
aangewezen. Je leert uiteraard wel een hoop nieuwe
mensen kennen, maar omdat Amerikanen toch best
oppervlakkige mensen zijn, blijft dit erg lastig. Ook
ben ik mijn sociale netwerk in Leiden veel meer gaan
waarderen. Gewoon mensen die af en toe eens bellen
om ergens te gaan eten, of iets anders leuks te gaan
doen. Uiteraard heb ik geen spijt van mijn keuze om
mijn grote woorden gedurende mijn studie om te
zetten in daden. Ik heb veel geleerd tijdens mijn stage,
over mezelf en over anderen. Al met al een ervaring
die niemand me meer af kan pakken en het is een
kans waarvan ik vind dat iedereen die hem krijgt hem
met beide handen moet aanpakken.
Met mijn vriend bij de
Niagara Falls
Florida, Everglades
national park
Origin - Universiteit Leiden 15

LISF-prijs voor biologe Barbara Vreede
Sinds 1890 zet het Leids Universiteits Fonds (LUF) zich in om de
kwaliteit van het onderzoek en onderwijs hoog te houden en te
verbeteren. Subsidies worden verstrekt aan projecten van faculteiten
en wetenschappers en bijzondere leerstoelen worden gefinancierd.
Maar ook studenten doen een beroep op het LUF voor activiteiten die
hun studie meerwaarde geven. Daarnaast is het LUF actief om oudstudenten
betrokken te houden bij de universiteit.
16
Origin - Universiteit Leiden
Foto: Marc de Haan
Een van de fondsen van het LUF is het LUF Internationaal
Studie Fonds (LISF). Het LISF verstrekt
beurzen aan excellente studenten die voor onderzoek
en/of onderwijs naar het buitenland gaan. Er is een
groeiende belangstelling voor dit fonds. Biologie
studente Barbara Vreede ontving een LISF beurs voor
het onderzoek dat zij in Ierland deed. Als tegenprestatie
voor de beurs, dient een verslag over de
stage geschreven te worden. Barbara’s verslag werd
gekozen tot het beste persoonlijke verslag en ze
ontving daarvoor de LISF-prijs. De LISF-prijs 2008
bestaat uit € 500 en een reis inclusief verblijf naar
Parijs. Daar gaf Barbara Vreede op de Cleveringabijeenkomst
voor alumni van de Universiteit Leiden
een lezing over haar buitenlandse ervaringen.
Hieronder volgt het verslag van Barbara:
In de gangen van ‘block C’ van de National University
of Ireland in Galway, het Áras de Brún, bevinden zich
ontelbare opgezette dieren. Netjes geklassificeerd: de

eptielen bij de reptielen, vogels aan de andere kant
van de gang en op de eerste verdieping vind je voornamelijk
zoodieren – zelfs die éne, rare, de platypus.
Eigenaardig genoeg ontbreekt ieder spoor van kleiner
gespuis: wormen op sterk water? Spinnen of insecten
met een grote speld door hun lijf, gespiesd op een
stukje piepschuim? Nergens. Een fotolijstje gevuld
met inheemse vlinders is de enige representatie van
geleedpotigen in de gangen van Áras de Brún. En dit
is vreemd. Met name als je bedenkt dat in dit gebouw
het laboratorium is van professor Wallace Arthur, een
man die zijn leven heeft gewijd aan de evolutie van
een specifieke groep geleedpotigen: de duizendpoten.
Die bevinden zich dus ook in het gebouw, zij het niet
in de gangen. Ze zitten in kleine plastic doosjes in
een koelkast, in de kamer naast de twee meter hoge
zeeschildpad die, volgens ingewijden, nog wel eens
vreemde geuren verspreidt.
In dit lab heb ik zes maanden doorgebracht, in de
hoop iets wijzer te worden (en bij te dragen aan de
kennis) over de evolutie van segmentaantallen bij
geleedpotigen. Verder was de keus van het lab
gebaseerd op de aanwezigheid van professor Arthur,
een man wiens boeken me geïnspireerd hebben in de
richting van de evolutionaire ontwikkelingsbiologie
(evo-devo), en wiens
mening in het evo-devo debat
recht tegenover de wetenschappelijke
stellingname
van mijn Leidse professor
Paul Brakefield staat. Voor
mij was het kweken van een
‘breder perspectief’ een belangrijk doel van deze
stage. Als student ben je nog jong en beïnvloedbaar,
en ik wil de wetenschap in met een brede blik op
zowel wetenschappelijke interpretaties van onze
kennis als de methodes die we gebruiken om aan de
kennis te komen. Door te werken in een lab dat aan
andere vraagstukken werkt, aan andere organismen
en daardoor een andere kijk heeft op evo-devo heb ik
de ruimte gekregen om naast het leren van standaard
technieken in de biologie méér te zien dan alleen het
Leidse methoden- en interpretatieveld.
Zoals wel vaker gebeurt in (moleculair) biologisch
onderzoek liep niet alles gesmeerd. Om te beginnen
lukte het ons niet om uit het beschikbare materiaal
van de duizendpoten RNA te isoleren, waar we de
Helaas is het niet gelukt
de genen te kloneren waar ik het
meest geïnteresseerd in was
Foto: Marc de Haan
genen van onze interesse uit wilden kloneren. Om
dit toch voor elkaar te krijgen hebben we uiteindelijk
de hulp ingeroepen van een lab aan de Universiteit
van Cambridge, die in het bezit waren van (verwerkt)
embryonaal RNA. (Later hebben we zelf embryo’s
verzameld in het Schotse Brora – waar ik het twijfelachtige
genoegen kreeg met een koelbox vol
duizendpoot eitjes in petrischaaltjes door de douane
te gaan. De blik van het vliegtuigpersoneel zal ik niet
snel vergeten…) Helaas is het niet gelukt de genen te
kloneren waar ik het meest geïnteresseerd in was. Een
‘controlegen’ werkte echter
wel, en zo heb ik uiteindelijk
het hele proces vanaf RNA
isolatie tot het bekijken van
genexpressie in het embryo
kunnen voltooien. Het werk
(met name theoretisch) dat
ik aan ‘interessanter’ genen heb gedaan is inmiddels
opgepakt door een PhD student aldaar, die het gaat
gebruiken voor zijn thesis.
Hoewel het ‘controlegen’, genaamd Distal-less, niet een
interessant gen is in het centrale vraagstuk rondom
de duizendpoot (dit betreft de evolutie van segmentaantallen
binnen de geleedpotigen), bleek mijn werk
toch op enkele interessante resultaten te stuiten. Er
is namelijk binnen geleedpotigen veel bekend over
Distal-less, dat tot expressie komt in de vormende
ledematen. Over een andere functie van Distal-less
in de vorming van het zenuwstelsel is veel bekend in
gewervelde dieren, maar deze functie is nauwelijks
beschreven bij de geleedpotigen. In mijn onderzoek
heb ik echter duidelijk expressie van dit gen in het
Origin - Universiteit Leiden 17

18
Origin - Universiteit Leiden
vormende zenuwstelsel gezien! Resultaten van een
half jaar onderzoek zijn echter niet voldoende voor
publicatie, maar het lab in Galway zal dit waarschijnlijk
nog verder uitwerken, en eventueel zal ik er
komende zomer nog een paar maanden doorbrengen
om het werk af te maken en te kunnen publiceren.
Tijdens mijn stage in Ierland heb ik via zowel labs
in Leiden als het lab ik Galway contact gelegd met
wetenschappers in evo-devo waar ik een mogelijk
PhD project zou kunnen uitvoeren. Ik heb gemerkt
dat het, zoals ik al vermoedde, erg belangrijk is voor
toekomstige labs (zeker die buiten Nederland) om te
zien dat iemand zich kan redden in het buitenland,
en dat de staatsgrenzen geen beperking vormen. Ik
heb o.a. gesolliciteerd bij het Instituto Gulbenkian de
Ciência in Lissabon, Portugal, en ben daar aangenomen
en intussen begonnen aan mijn PhD. Op
meerdere punten merk ik nu al het profijt van mijn
stage in Ierland: mijn blik op de verschillende onderzoeken
in evo-devo is aanzienlijk verruimd (dit komt
buitengewoon goed van pas bij het schrijven van
mijn PhD project voorstel), maar meer dan dat: ik
heb vertrouwen in de komende vier jaar die ik buiten
Nederland door ga brengen. Mijn‘proeftijd’ in het
buitenland heeft me laten zien dat ik me prima kan
redden buiten de vertrouwde omgeving. Hiernaast
heb ik nog een heel belangrijke les geleerd, een die ik
niet verwacht had. Tijdens mijn studie in Leiden ben
ik erg actief geweest in zowel studenten- als studievereniging.
Vaak ging dit ten koste van nachtrust
en prestaties bij tentamens, presentaties en ander
studiegerelateerd werk, ik voelde dat ik niet genoeg
tijd had om alles dat ik wilde doen voor mijn studie
daadwerkelijk in een dag van 24 uur te krijgen. In
Galway was ik los van deze ‘verplichtingen’ en dacht
ik dus het grootste deel van mijn tij d te steken in studeren,
experimententen doen, en schrijfwerk. Hoewel
ik inderdaad het leeuwendeel van mijn tijd op het lab
heb doorgebracht merkte ik wat een averechts effect
dit had op mijn efficiëntie, en dus mijn prestaties. In
mijn PhD periode ben ik dus van plan om de
zogenaamde ‘verplichtingen’ niet zomaar los te laten!
Mijn viool is mee naar Portugal en ik ben naarstig
op zoek naar een muziekmaatje. Ook ben ik trots op
mijn ‘aanstelling’ als buitenlandse correspondent
voor ‘Het Kameleon’, het blad van de Leidse Biologen
Club, waar ik gedurende mijn hele studietijd voor
heb geschreven. Mijn ideaal, een brede kijk, bevindt
zich niet binnen het wetenschapsveld waar je passie
ligt, maar juist in een passievolle blik naar búiten.
Foto: Marc de Haan

Een chloride vrije route naar
epoxyhars
Mijn naam is Mart van Meurs, student Scheikunde. Ik ben de afgelopen
4 maanden bezig geweest met mijn bachelorstage. Daarvoor
heb ik meegelopen met Jimmy van Rijn, AiO bij de vakgroep
Coördinatie and Bioanorganische Chemie of kortweg CBAC.
schema 1
Mijn begeleider Jimmy is al zo’n twee jaar bezig met
zijn promotie onderzoek naar epoxyhars. Dit is een
stofje dat veel gebruikt wordt in verf, coatings en lijm.
Het probleem hiermee is dat deze harsen momenteel
in de industrie gemaakt zonder gebruik van een
katalysator. In plaats daarvan wordt er gebruik
gemaakt van zowel anorganische als organische
chloorverbindingen. Dit levert afvalproducten op
die slecht zijn voor het milieu.
Het zou dus een verbetering zijn om een manier te
vinden om epoxyhars te kunnen maken zonder dat
dit (vervuilende) bijproducten oplevert.
Tijdens mijn stage heb ik mij bezig gehouden met de
eerste stap. Jimmy heeft in zijn onderzoek al een heel
scala aan katalysatoren gemaakt en hij heeft in kaart
kunnen brengen welke het goed doen en welke niet.
Het was mijn taak om te onderzoeken of het toevoegen
van zuur tijdens de reactie invloed had op een aantal
van de betere katalysatoren. Dit deel van het onderzoek
is belangrijk om de werking van de katalysatoren
beter te kunnen begrijpen en eventueel stappen van
een reactiemechanisme te bewijzen. Om dit te kunnen
onderzoeken heb ik de reactie gevolgd van de
katalysator met de beginproducten en het zuur. Dit
heb ik gedaan door op verschillende tijdstippen de
samenstelling van het reactiemengsel te meten en de
resultaten te vergelijken. Uiteindelijk krijg je dan een
curve waarin je kunt zien welke producten je
katalysator op welk moment aan het maken is. Om
het compleet te maken, heb ik behalve de zuurgraad
ook temperatuur en oplosmiddel gevarieerd.
Ook heb ik tijdens mijn onderzoek geprobeerd het
epoxide te maken op een alternatieve manier. Deze is
te zien in Schema 2.
Voor het gemak hebben we het molecuul door midden
geknipt, chemisch gezien verandert er niet veel. Ik
ben begonnen om van een diol een cabonaat te maken
(eerste stap). De tweede stap was wat lastiger, ik
moest namelijk opzoek naar de juiste katalysator, dit
was een heel ander soort katalysator dan degene die
ik in het eerste deel van mijn onderzoek gebruikte.
Hiervoor heb ik niet alleen maar op het lab gestaan
maar moest ik ook een en ander uit de literatuur
halen. Uiteindelijk heb ik een redelijk resultaat
verkregen, het eindproduct kan nog zuiverder maar
toch ik ben tevreden.
Ondanks dat ik met mijn onderzoek slechts een
beetje heb bijgedragen aan een veel groter onderzoek,
heb ik veel plezier gehad in het onderzoeken. Ook heb
ik het op mijn vakgroep erg naar mijn zin gehad, ik
kijk uit naar mijn masterstage.
Origin - Universiteit Leiden 19

De week van...
20 Origin - Universiteit Leiden
Shashini Munshi
Mijn naam is Shashini Munshi en ik ben tweedejaars Life Science &
Technology studente. Vanaf mijn huisje in Schiedam waar ik al bijna
twintig jaar woon met mijn paps, mams en twee zusjes, reis ik elke
dag knus in de trein met hetzij een Metro of Spits naar Leiden of
Delft. Daar volg ik netjes mijn colleges en practica. Naast studeren
is er ook tijd voor plezier en daarom volg ik twee keer per week
danslessen in Bharata Natyam en Bollywooddans. De meeste
ontspanning vind ik daarentegen thuis op de bank met een kop
warme choco en slagroom wegkwijnend bij Mc Dreamy en Sawyer.
Maar… een studentenleven is druk, dus het is elke keer weer een
uitdaging om mijn studie, vriendje, werk, commissieactiviteiten en
andere sociale en familie gebeurtenissen in één week in te passen.
Maandag - Tat te ta ha dhiet te ta ha
De maandag is over het algemeen, niet de meest
opwindende dag. Ik was nog ietwat vermoeid van het
weekend door een late verjaardag en wat wijn. Maar
een goed begin is het halve werk en dus begin ik mijn
week altijd vol passie. Eerst was het tijd voor de colleges
Immunologie en Moleculaire celbiologie. Tijdens het
college Immunologie werd de humorale afweer en het
complement systeem behandeld. Erg fascinerend was
dat. Moleculaire celbiologie ging over de regulatie
van de celcyclus en was zoals gewoonlijk ook zeer
leerzaam.
Na de colleges te hebben gevolgd, haastte ik mij naar
de trein. De trein miste ik helaas aangezien het even
duurde voor ik een plekje vond tussen de wirwar van
verroeste fietsen. Ik probeerde het van de positieve
kant te bekijken: ik haalde de stoptrein, die er twee
keer zo lang overdeed, in ieder geval wel. In de trein
had ik even de tijd om wat voor me uit te staren, zo’n
moment waarop je met goede ideeën komt. Helaas
bleven die ditmaal uit en daarom heb ik lekker mijn
Harry Potter boek opengeslagen.
Toen ik thuis kwam heb ik even snel wat gegeten.
Het was namelijk alweer tijd om op weg te gaan naar
PostWest, de plek waar ik op de maandagavond altijd
te vinden ben. Het is een buurthuis waar de blauwe
glanzende vloer niet meer te zien is door de dikke
laag vuil die er ligt. Maar ik heb er dansles en het is
leuk. Als ik ergens even mijn zorgen vergeet dan is
het daar wel.

Op de maandag heb ik les in Bharata Natyam, een
Zuid-Indiase klassieke dans. Het leren van deze
dans wordt gezien als het volgen van een opleiding
en wordt daarom ook uiterst serieus genomen. In
de dans komen zowel verschillende technieken als
expressieve gedeeltes naar voren. De expressieve
gedeeltes bestaan grotendeels uit het uitbeelden van
met goden gerelateerde verhalen uit het Hindoeïsme.
Dansen is voor mij heel belangrijk. Ik heb het voor
zover ik mij kan herinneren altijd al gedaan en ik
vind het prachtig. Dus ik zeg tat te ta ha dhiet te ta
ha, voetjes van de vloer.
Dinsdag - Tik tak, tik tak
Vandaag stond er iets belangrijks op het schema, iets
wat niet kon wachten en ondanks goed plannen vaak
op het laatste moment moet gebeuren. Een keer in
de zoveel tijd moet een student een verslag inleveren,
waaruit blijkt dat hij of zij de handelingen die tijdens
een practicum zijn uitgevoerd
begrijpt. Uit zo’n verslag zal
blijken dat al die keren dat je de
centrifuge per ongeluk zonder
deksel hebt gebruikt allemaal de
moeite waard waren, dat een heel
team van docenten en studentassistenten
niet zonder reden veel
energie en tijd hebben besteed aan jou en dat de
dure enzymen niet zomaar waren aangeschaft. De
dinsdag stond dus in het teken van het maken van
een representatief verslag, het verslag ging ditmaal
over eiwitexpressie. Het bijbehorende practicum was
buitengewoon interessant. We mochten genetisch
Niet zomaar leuk,
maar hartstikke leuk
gemodificeerde organismen in elkaar knutselen en ze
vervolgens heel veel eiwitten laten produceren.
In de middaguren ging ik ook nog langs mijn werk. Ik
werk bij Applikon, een bedrijf dat analyse apparatuur
maakt. Daar heb ik een administratief baantje, waarbij
ik orders invoer in een database. Daarna tikten de
uren op de klok snel voorbij en met elk rondje van
de grote wijzer begon de spanning om mijn verslag
op een redelijk tijdstip af te hebben op te lopen. Om
kwart voor twee ’s nachts was ik klaar met typen en
de batterijen van mijn draadloze muis waren bijna
leeg. Een goed moment om te stoppen dus, welterusten.
Woensdag
Voor een LST’er is de woensdag het begin van drie
dagen practica. Een practicumdag is niet zomaar
een dag, ultieme alertheid en nadenken over alles
wat je uitvoert is noodzakelijk. Vanochtend stond ik
om kwart voor zeven met beide
benen naast mijn bed. Na het
dagelijkse ochtendritueel en de
rit naar Leiden in de trein, kwam
ik aan in het Gorleaus gebouw
waar de verwarming al heerlijk
hoog stond. Na een kort college
van onze magnifieke docente
Gentechnologie over de stier Herman, wiens genen
aan allerlei kanten waren gemodificeerd, was het
tijd om zelf aan de slag te gaan. Practica zit altijd vol
verassingen, onverwachte resultaten en wachten. Zo
ook deze dag. De sprankelde verassing waren de mooi
groen oplichtend kolonies die het beruchte GFP gen
Origin - Universiteit Leiden 21

22
Origin - Universiteit Leiden
veroorzaakten: experiment geslaagd. Daarna was het
tijd om een gel te maken en de kleine slotjes op die
fragiele gel goed te laden met monsters. Een handeling
die je op sommige dagen zo uit je mouw schut;
op andere dagen kun je schudden wat je wilt, maar er
komt gewoon niets uit. Uit de gelletjes kwam helaas
naar voren dat de zuivering niet goed was gegaan,
erg jammer. Gelukkig is er ooit een genie geweest die
een gratis thee- en koffieautomaat vlakbij de practica
zalen heeft neergezet, hier kon ik tijdens de wachttijd
mooi gebruik van maken.
Practicum kwam al sneller dan verwacht tot een
einde. Verrast over het feit dat het vandaag nog licht
was toen ik het Gorlaeus verliet, begaf ik mij naar
huis. Woensdag is over het algemeen vriendje-dag, en
daarom kwam mijn geliefde langs. Na wat bekvechten,
goedmaken, kroketten en Lays 70 % minder
vet Mediterraneanen herbes, was het alweer tijd om
afscheid te nemen. Die stevige warme knuffel liet
mij concluderen dat sommige mensen toch echt wel
bijzonder zijn.
Donderdag - Held in labjas, op blote voeten en op
sokken
De donderdag begon met practicum. Het practicum
gedeelte was vandaag redelijk kort, maar als wijze
student ga je dan denken. Misschien is het een idee
om alvast wat af te maken voor de practicumdag
erna, die wordt zo namelijk korter. Dit bleek een goed
idee te zijn en we verlieten het lab dan ook niet later
dan vijf uur exact.
Net als maandag nuttige ik ook op donderdag snel
een maaltijd, want er moest weer gedanst worden!
Vandaag is het tijd voor Bollywood dansles. Bij dansgroep
Tanushri te Rotterdam zijn we met ongeveer 12
meiden van rond de 17 die heel vaak de slappe lach
hebben, veel kletsen en pasjes verzinnen op de blije,
vrolijke Hindoestaanse nummers uit Bollywoodfilms.
Dansles is uiterst amusant en geregeld mogen
we op podia laten zien hoe erg wij het wel niet naar
ons zin hebben. Zo ook over ongeveer een week. Er
moest daarom hard worden getraind, diepe zuchten
en vermoeide gezichten waren dan ook typerend
voor deze les. Het kon de pret gelukkig niet drukken
en we verlieten de zaal van maandag dan ook
vrolijk nababbelend. Na thuis even een snelle douche
genomen te hebben, ging ik op weg naar Delft. In een
klein cafeetje in het centrum werd het eerste feest van
het nieuwe studiejaar, georganiseerd door studievereniging
LIFE, gehouden. Het thema: Held op
sokken. Velen hadden dan ook hun mooiste sokken
uit de kast getrokken om ze alles behalve charmant
op allerlei manieren over hun broek aan te trekken.
Niet zomaar leuk, maar hartstikke leuk. Het feest was
geslaagd. Hoewel de zaal niet geheel gevuld was, heeft
een iedereen zich prima vermaakt. Na een aantal
uurtjes gezellige muziek was het genoeg geweest.
Samen met een vriendin ging ik door de ijzige kou
naar haar kamer, want de volgende dag moesten we
weer op voor de laatste practicumdag van de week!

Vrijdag
De vrijdag: een dag met uitzicht op weekend. Dus
als je practicum hebt tot vijf uur, dan maakt het
niet uit want straks is het toch weekend. Meestal is
vrijdagavond dan de tijd om gezellig wat te gaan eten
met vrienden in de stad of lekker warm op de bank
een film te kijken met vriendje. Helaas konden we
ondanks het harde werk van gisteren, niet eerder het
practicum verlaten. Daarom was het ijd om aan
verslagen te werken, maar door de wat kortere nachtrust
dan normaal viel dit wat zwaarder dan gedacht.
Na practicum ben ik rustig naar huis gegaan, waar
ik lekker chocola heb gegeten en heerlijk dromerig
naar Dr Dreamy heb gekeken. Na een warme douche,
ben ik lekker in bed gekropen. Het weekend stond
voor de deur en ook morgen stond er weer veel op het
programma. Vandaag was eigenlijk ‘zo’n dag die je
meemaakt en niet meer aan terug denkt’ en met alle
drukte heb ik die minstens een keer per week.
Zaterdag
Voor vandaag was het de bedoeling om met wat dansgenootjes
op zoek te gaan naar nieuwe kerstgetinte
dansoutfits voor de performance volgend weekend.
Vanwege het maken van verslagen, heb ik besloten
maar niet mee te gaan. Ik begon de dag met notulen
lezen van mijn commissie, de Sympocie, die bezig is
met het organiseren van een buitengewoon fantastisch
Life Science Symposium in 2010. Mijn functie in de
commissie is lastig te omschrijven, maar ik houd
mij vooral bezig met de sprekers die gaan komen en
de samenstelling van het Comité van Aanbeveling.
Helaas kon ik afgelopen week niet bij de vergadering
zijn, maar na het lezen van de notulen was ik weer
helemaal bij. De zaterdag werd verder gevuld met wat
huiselijke bezigheden, zoals de was ophangen, kamert
opruimen, luieren, meezingen met Katy Perry en
soortgelijke verrichtingen. In de avond was er bezoek
en na wat geklets en gefrituurd voedsel vielen mijn
oogjes al snel dicht en was het tijd
voor dromenland.
Zondag - Sneeuw
De zondag is aan de ene kant een
zeer fijne dag: lekker uitslapen
terwijl de regendruppels tegen het
raam kletsen en de kerkklokken om
stipt kwart voor tien hevig beginnen
te luiden. Je hoeft nog niet op en
terwijl je uit je raam kijkt, zie je langzaam de grote
druppels veranderen in heldere sneeuwvlokken.
Heerlijk, die zondag. Desalniettemin moest ik
vandaag productief bezig zijn. Dus in plaats van naar
de witbesneeuwde daken te kijken, ga ik nu de laantjes
van alle practicum gelletjes benoemen. Ajuus!
Origin - Universiteit Leiden 23

Ten tijde van schrijven is het 9 december en zijn we halverwege.
In de afgelopen drie maanden zijn we als bestuur snel volwassen
geworden. Het grootste deel van de bedrijven is aangeschreven, de
eerste aanmeldingen zijn al binnen en deze maand zullen we de
deelnemende bedrijven rond krijgen. De advertenties voor de
verenigingsbladen zijn de deur uit en onderhandelingen over workshops
zijn in volle gang. Nu nog drie maanden tot woensdag
11 maart…
24
Een kijkje achter de schermen bij…
DOOR: CHRISTIAAN VAN GORKUM
Origin - Universiteit Leiden
De Bèta Banenmarkt
Soms is het even slikken, want per maand ben ik
zo’n 60 uur bezig met de Bèta Banenmarkt (BBM).
Gelukkig geen hele dagen, maar toch een flinke druk
op mijn vrije tijd naast de drukke studie. De andere
BBMers zijn druk aan het stagelopen (Ruud, Sarina),
tot over de oren in de practica (Lisanne) of druk
met andere besturen (Anton, Floris). Maar het is de
moeite zeker waard; de vergaderingen op maandagavond
zijn ook best gezellig, we leren veel en het gaat
ook goed met de BBM!
Maar we zijn er nog niet. Wanneer de lijst van deelnemende
bedrijven compleet is, zullen we snel aan
het promotiemateriaal beginnen om jullie op de
hoogte te brengen van het ‘Science Career Event’.
Welke bedrijven komen er? Op welke workshops
kan ik me inschrijven? Kunnen er mooie stages of
nog mooiere banen worden geregeld? Wat kan ik nu
eigenlijk met mijn studie? We hopen al deze vragen
te beantwoorden en aan eenieders verwachting te
voldoen.
De weg naar succes
Hoe goed ook de overdracht, je staat je toch achter
de oren te krabben als je alleen aan het roer staat. De
Faculteit verwacht veel, de studieverenigingen verwachten
veel en de studenten verwachten nog meer.
Dit is wat het leuk maakt om bestuur van de stichting
Bètabanenmarkt te zijn, na 24 jaar BBM werken we
tegenwoordig samen met alles en iedereen. Op het
snijvlak van de faculteit, de studieverenigingen en
de bedrijvenwereld. En zoals Harmen Jousma van
Science Based Business altijd zegt: je kunt een goed
idee hebben, maar het komt uiteindelijk neer op goed
managen van je idee. De ondersteuning is dus erg
prettig en er wordt flink vergaderd om alles in goede
banen te leiden.
Als LS&Ter ligt mijn focus bij het Bio Science Park
en probeer hier zoveel mogelijk bedrijven te regelen.
Maar met Life Sciences alleen zijn we er nog niet.
Scheikunde zonder medicijnen, macrobiologie en de
harde bètawetenschappen horen er ook bij. De IT is
vaak geen probleem, financiële instellingen willen
wiskundigen en natuurkundigen kunnen aan de slag

met nanofysica. Toch zullen sommigen zich afvragen:
waar is Shell, waar is het grote Philips? Helaas
kunnen we deze bedrijven niet overtuigen naar onze
markt te komen, zij promoten zich liever op andere
wijzen waaronder een specifieker contact met de
studieverenigingen. De Universiteit Leiden levert
geweldige academici, kritische individuen met eigenzinnige
meningen. Maar je zult wel jezelf moeten
verkopen. We zullen in ieder geval helpen met een
CV-check en sollicitatietraining. En als de bedrijven
eenmaal zijn overtuigd van de Bèta Banenmarkt, is
het voor jullie een inkoppertje.
Hét Science Career Event
En hoe verkopen wij het ‘Science Career Event’?
De Bèta Banenmarkt is uniek! Onze markt is op de
faculteit, dichter bij de student komt een bedrijf niet.
Hierdoor is de grootste drempel al genomen, want de
bedrijven zijn bij ons op bezoek, niet andersom. Een
babbeltje is snel gemaakt, de workshops snel gevonden
en het drankje met bedrijven snel gedronken.
Kredietcrisis of niet, we mogen in onze handjes knijpen
dat we bèta’s zijn, we zijn nog steeds gewild! In de
middag van woensdag 11 maart zullen 30 bedrijven
Sti chti ng Bèta Banenmarkt
presenteert het
Science Career Event
Key to Success
•
•
•
•
Infomarkt
Case Studies
CV Check
Sollicitati etraining
zich presenteren in het Gorlaeus. Met casestudies
van bedrijven, een workshop over ondernemen,
sollicitatietraining en CV check. Dit voor een ideale
oriëntatie en wellicht een stage of een baan. En we
zijn de kwaadste niet, de lunch en borrel zijn op onze
kosten. En zo hopen we het ook aan jullie te
verkopen: ruim een middag in voor vlotte contacten
met bedrijven.
Kom je oriënteren, scoor een stage of vind je perfecte
baan; een middag voor je toekomst. En dan begroeten
wij je op het ‘Science Career Event’, your ‘Key to
Success’!
Voorlopig programma
Infomarkt van 13.00 tot 17.00
12.30 - 13.30 Grati s lunch
14.00 - 17.00 Workshops
17.00 - 18.00 Borrel
woensdag 11 maart in het Gorlaeus
registreer nu op
www.betabanenmarkt.nl
Origin - Universiteit Leiden 25

26
Terugblik op het Lustrumjaar van de
Origin - Universiteit Leiden
Leidse Biologen Club
De Leidse Biologen Club vierde afgelopen jaar een groot feest, want
onze vereniging had de mooie leeftijd van 85 jaar bereikt! Om dat te
vieren heeft het bestuur ‘Yggdrasil’ een zevental lustrumactiviteiten
georganiseerd die zeer goed zijn ontvangen door onze leden.
De eerste activiteit was in februari, we zijn toen gaan
bowlen. Door de hoge opkomst van jonge leden, werd
dit een ultieme startactiviteit en menige strike werd
gegooid. In april hebben we een heerlijke cocktailavond
verzorgd onder het motto ‘LustRUM’,en mede
dankzij het guitige inschenkgedrag van de verzorgende
bestuursleden eindigde de voorzitter met een natte
en naar alcohol riekende zwembroek. In juli werd
een echt biologenweekend georganiseerd: een kampeerweekend
in de Biesbosch waar vol jolijt werd
geweerwolfd, gebarbecued, gekanood en door sommigen
zelfs gezwommen. Ondanks grote en immer
toenemende populaties aan muggen is iedereen er
toch nog zonder kleerscheuren vanaf gekomen en is
hier mogelijk een jaarlijks fenomeen geboren. In het
nieuwe academisch jaar zijn we verder gegaan met het
vieren van ons lustrum. Daartoe zijn we in november
gaan lasergamen, waar aanwezigen elkaar pijnloos af
konden schieten ten behoeve van hun eigen belang.
De lustrumdiescommissie verzorgde in november
een week vol mooi activiteiten. Naast de traditionele
activiteiten als boogschieten en wildwatervaren, werd
een bezoek aan het Esscher-museum gebracht en een
reünistendag georganiseerd. Als klap op de vuurpijl
hebben we dit lustrumjaar afgesloten met bier tijdens
de ‘Belgische bieren-borrel’, waar menig duveltje,
gulden draakje en deugnietje is verzwolgen.
Zo aan het einde van het jaar kijk ik met trots terug
op de vele leuke activiteiten, ze waren vooral dankzij
de komst van onze leden zo succesvol. Uiteindelijk
kan je als organisator wel een kleine hand spelen in
het creëeren van sfeer, maar het zijn de aanwezigen
die hier uiteindelijk de belangrijkste rol in spelen en
met die leden hadden wij het dit jaar wederom ontzettend
getroffen.
Thijs Groenewegen

Nieuw LBC bestuur: Aguara!
Eindelijk is het dan zover. Na weken van voorbereiding
is ons bestuursjaar aangebroken. Het belooft een jaar
vol activiteiten, drukte en gezelligheid te worden en
wij zijn er klaar voor om dit te gaan realiseren.
Wij zijn ‘Aguara’, het nieuwe bestuur van de Leidse
Biologen Club, gewisseld op 9 december 2008. Aguara
is de Fox god van het oude Amerika. Zij staat symbool
voor slimheid, snelheid, wijsheid en strategie, net
zoals wij als bestuur hiervoor staan. Ook staat de vos
symbool voor flexibiliteit, oftewel aanpassingsvermogen.
Een belangrijk kenmerk, waar in onze ogen geen
bestuur zonder kan. Dit weerspiegelt zich ook in ons
motto ‘Nil volentibus arduum’, niets is onmogelijk
voor hen die willen.
Voor komend jaar hebben wij al vele leuke activiteiten
op de planning staan. Wij als bestuur zullen zorgen
voor leuke feesten met spetterende thema’s. Ook een
after-lustrum activiteit mag komend jaar niet
ontbreken. Daarnaast zullen de commissies nog
diverse activiteiten verzorgen, waardoor de LBC als
vereniging een actief jaar tegemoet zal gaan.
Nu presenteer ik u met trots het 86ste bestuur der
Leidse Biologen Club, met een korte introductie ter
kennismaking:
V.l.n.r.
Pim Kuizenga Pim zal komend jaar onze Ab-actis
zijn en zorg dragen voor de notulen. Hij weet met zijn
pen net zo vlot te schrijven als dat hij praat, dus trek
maar alvast wat tijd uit voor het lezen van de notulen,
de gastenboeken en de brieven die komend jaar
namens ons bestuur geschreven zullen worden.
Nathalie Strookman Nathalie wordt de blonde
assessor Extern, met haar looks en vlotte babbel zal
zij geen moeite hebben de sponsoren om haar vinger
te winden. Nathalie en ik vormen met zijn tweeën het
vrouwenfront binnen het bestuur, maar daarom zal je
ons niet minder horen (zie de roze bestuurskleur).
Dwayne van der Klugt Dwayne houdt van feestjes
en heeft er al genoeg meegemaakt om te weten hoe
je ze moet organiseren; Dwayne en assessor Intern is
dus als twee handen op één buik. Nu al is hij met veel
leuke ideeën op de proppen gekomen en met zijn
vrolijke lach en rake grappen weet hij elke vergadering
weer tot een gezellige bijeenkomst te maken.
Louis Maas Komend jaar zal deze assessor Onderwijs
het druk krijgen, hij zal er op toezien dat de veranderingen
binnen het onderwijs goed zullen verlopen.
Maar vrees niet - met of zonder staartje - we hebben
de juiste man op de juiste plek.
Evelien de Vries Zoals Pim het zo goed verwoord
heeft: “Dit kleine meisje dat graag met de scepter
zwaait zal ervoor gaan zorgen dat het hele jaar onze
zeilen strak gespannen zullen zijn. Opdat wij optimaal
in de wind liggen en wij niet na afgelopen lustrumjaar
de mosterd na de maaltijd zullen zijn, maar het kersje
op de slagroomtaart!”
Erwin Zethof Vorig jaar heeft Erwin zich bewezen in
de Dies commissie. Samen met vijf anderen heeft hij
toen een Dies georganiseerd die de naam ‘Extreme’
waardig was. Komend jaar zal hij de Quaestor zijn en
onze financiën met veel liefde beheren, net als zijn
(vrouwelijke) fans.
Wij hopen u te zien op één van onze activiteiten!
Evelien de Vries
H.t. Praeses der Leidse Biologen Club
Origin - Universiteit Leiden 27

28
Weapons of Venom: Snake Science
I have had a dramatic life-changing experience when I was 14 years
old; for the first time in my life I touched a living snake. This was
a mind-blowing experience and I knew my life would never be the
same anymore. Now, eleven years (and a lot of snakes) later, I am
a PhD student in the lab of Prof. Dr. Michael Richardson in the
department of Integrative Zoology, Institute of Biology. My research
focuses on snake evolution and the medical properties of snake
venom. I travel the globe to exotic locations to catch snakes and
collect data for my research.
BY FREEK VONK, PHD STUDENT, NWO TOPTALENT GRANT LAUREATE, RICHARDSON LAB, INTEGRATIVE ZOOLOGY,
INSTITUTE OF BIOLOGY.
Origin - Universiteit Leiden
Snakes are not your everyday animal. They are
limbless, elongated, sometimes highly venomous
creatures with a profound power to influence human
imagination. They can hiss or rattle loudly, yet they
can be silent as the grave when they want to stay
undetected. These under appreciated animals have
successfully colonized the world and all of the ±3000
modern species are scattered over the continents.
Some snakes can fly from one rainforest treetop to
another, others can burry themselves deep into desert
sand, spit their venom into the eyes of an attacker, or
have heat seeking pits below their nostrils to locate
warm-blooded prey. The diversity
in the world of snakes is truly
immense.
Early origin
Snakes evolved from lizards
approximately 100 million years
ago. Whether snakes originated
in a marine or terrestrial
environment remains one of the
most controversial issues in snake
evolution. Surely, a lizard gone
swimming could benefit from
losing its limbs and a lizard gone
burrowing could benefit all the same. Either way, the
first snakes were not very different from the modern
ones. The largest snake fossils ever found belonged
to specimens of 11 and 13 meters that lived 40 and 60
million years ago respectively. Nowadays, anacondas
and reticulated pythons may still reach lengths of 9
meters or so, although sightings are rare.
Snake diversity got a real boost during the evolution
of ‘advanced snakes’ that probably started during the
Lower Eocene some 50 million years ago. Although
the ancestor of the advanced snakes already had
venom glands, it lacked a sophisticated mechanism to
inject venom into its prey and attackers. Venom just
dripped slowly from the labials, entering prey through
wounds caused by teeth that punctured the skin.
The early advanced snakes subsequently underwent
a remarkable adaptation, of which no parallel can
be found in the natural world. The rear part of their
dentition became developmentally uncoupled from
the rest, which allowed the rear teeth to evolve —
without constraints and in close association with the
venom gland — into venom-conducting teeth. The
basic fang-gland complex was formed. Because these
venomous snakes did not need to constrict their prey
anymore, a heavy body plan with lots of sheer muscle
power could be abandoned and these snakes evolved
to be more slender and agile — occupying niches that
where previously unavailable for snakes.
Venom
Snake venom is composed of hundreds of proteins
and peptides, all of which evolved in order to immobilize
prey items quickly and efficiently. The claim
that snake venom has evolved to digest, or partly
digest, prey outside the body, has never been proven
scientifically. On the contrary, recent research does
not support any role of digestion in snake venom
function. Snake venom proteins are not modified
salivary proteins, as often thought, but modified
body proteins, recruited into the venom by gene
duplication events followed by selective expression

in the venom gland and extensive evolutionary
‘tinkering’ of the proteins.
Immobilization can be achieved, for example, by
inhibiting the function of vital organs, or by blocking
the nervous system. A remarkable feature of snake
venom is the extreme specificity and potency of the
venom proteins; very little is needed to cause a large
effect. This makes them particularly interesting for
pharmaceutical companies and research into new
drugs. For example, a large ‘blockbuster’ drug called
ACE inhibitors — used to treat high blood pressure
and hart failure — is based on a venom protein found
in a large South-American pitviper.
Quests
Hardly anything is known about venom regulation
in snakes. Snakes may undergo ontogenetic change
in venom composition: a young snake might have a
different venom protein profile than an adult snake
of the same species — probably caused by ontogenetic
dietary changes. It would be very interesting
to examine the genetic basis for this regulation and
change. If we know how snakes regulate the expression
of their venom proteins throughout their lives,
we might be able to influence this artificially in living
snakes in the lab. Pharmaceutical companies and
biomedical researchers that use snake venom often
require large amounts of a certain venom protein,
which is obtained by ‘milking’ the venom from living
snakes, followed by purification of the protein of
interest from the venom. If we are able to influence
which venom proteins are expressed and which ones
not we can save tremendous time and cost.
Another way to obtain large amounts of certain
venom proteins is to establish snake venom gland cell
cultures. Although it is shown that this is feasible,
secretion of venom proteins drops after a few passages
and protocols need to be optimized. It might even
be possible to develop technologies for implanting
transgenic venom gland cells in host animals which
could then secrete customized proteins.
Together with my supervisor Prof. Dr. Michael
Richardson and his colleagues in the Smart Mix
consortium we are also currently screening a number
of snake venom samples on their medical properties
using a zebrafish screening assay. Using zebrafish
screens we overcome a major obstacle in bioprospecting
studies, that they are low throughput
and high cost.
The projects that I am currently involved with are
diverse, and involve both evolutionary studies as well
as bioprospecting studies. I consider myself extremely
lucky with my position as PhD student in the lab of
Prof. Dr. Michael Richardson, because I get the freedom
to explore my own creativity and idea’s but I also get
support and advice whenever I need it. Working in
science is not a job, it’s a lifestyle. Scientists are driven
by fascination with the natural world; they are
curious and ask questions. And new answers create
new questions. This is what I love about science. It’s
never boring, and never ending, as long as you keep
asking.
Origin - Universiteit Leiden 29

Chemisch Dispuut Leiden
30
CDL eerstejaarsexcursie naar Nolet in Schiedam
Origin - Universiteit Leiden
31 Oktober was het zo ver, de eerstejaars van het CDL
en het TG gingen voor het eerst op excursie met de
studievereniging van hun nieuwe opleiding MST. De
ging reis naar een fabriek in Schiedam, en wel één die
veel te maken heeft met het studentenleven, namelijk
de jeneverstokerij van Nolet.
Omdat er erg veel interesse was voor de excursie,
werd de groep opgedeeld in twee kleinere groepen
waarvan er één ‘s ochtends de stokerij zou bezoeken
en één ‘s middags. Na een treinrit en een enerverend
stuk met de bus, werden we mooi voor de deur van
de stokerij afgezet. En een opvallende deur was het
zeker, de hoofdingang bevond zich namelijk in een
molen. En wel de hoogste en meest moderne stellingmolen
ter wereld. Na een duidelijke uitleg over
het ontstaan van Nolet en haar huidige activiteiten
mochten we plaats nemen in de lift, welke ons schuin
omhoog bracht naar de 6e verdieping. Vanaf daar
daalden we weer af naar de filmzaal alwaar we een
productpresentatie kregen over Nolet Vodka. Dit
merk is vooral populair in de Verenigde Staten,
hierdoor is Nolet flink gegroeid. Na het bezoek in
de molen, gingen we de fabriek in. Daar zagen we de
beroemde Ketel 1, welke zijn naam heeft gegeven aan
de jenever producten van Nolet. Deze ketel wordt tot
op de dag van vandaag nog steeds gestookt met echte
kolen, dit om de vroegere traditie in stand te houden.
Na bezichtiging van de vele stookketels die Nolet rijk
is, hebben we een bezoekje aan de bar gebracht waar
barpersoneel regelmatig speciale cursussen kan volgen
over het brouwen van lekkere cocktails. Tijdens
ons verblijf in de bar werd er ook verteld over een
nieuw systeem dateen verbinding legt tussen de stokerij
en de opslag, welke aan de andere kant van een kanaal
staat. Dit systeem voorziet in een transportband
onder het kanaal waarlangs gebottelde producten en
lege flessen heen en weer worden gestuurd.
Na deze uitleg gingen we naar de ontvangstruimte.
Daar namen we afscheid van onze begeleiders en
gingen we naar huis. Maar natuurlijk niet voordat
we eerst nog een paar productsamples meegekregen
hadden. Al met al was het een zeer leuke en leerzame
excursie.
Johan Postema

Agenda
Vrijdag 23 januari
Bètadag
Dag georganiseerd voor middelbare scholieren met
experimenten en colleges rondom het thema ‘Lost’.
Vrijdag 6 februari
Bètagala
Het jaarlijkse gala van de Faculteit der Wiskunde en
Natuurwetenschappen.
Maandag 9 februari
Diesviering Universiteit Leiden
Viering vanwege de 434e Dies Natalis van de
Universiteit Leiden op 8 februari.
Donderdag 5 maart
PAC Symposium
Scheikundig syposium, georganiseerd door studievereniging
CDL. Onder de sprekers zullen twee Nobelprijswinnaars,
prof. Sharpless en prof. Walker, zijn.
Promoties
Woensdag 14 januari, 11.15 uur
Promotie: Hr. J. Soltani
Titel: Host genes involved in
Agrobacterium-mediated transformation
Promotor: Prof.Dr. P.J.J. Hooykaas
Donderdag 15 januari, 13.45 uur
Promotie: Mw. M. Bot
Titel: Bioactive Lipids as Key Regulators
In Atherosclerosis
Promotor: Prof.Dr. T.J.C. van Berkel,
Prof.Dr. E.A.L. Biessen
Woensdag 21 januari, 11.15 uur
Promotie: Mw. B. Drigo
Titel: The impact of increased atmospheric
carbondioxide on microbial community
dynamics in the rhizosphere
Promotor: Prof.Dr. J.A. van Veen,
Prof.Dr. G.A. Kowalchuk
Woensdag 11 maart
Science Career Event
De jaarlijkse carrière markt (voorheen BètaBanen-
Markt) van de Faculteit der Wiskunde en Natuurwetenschappen.
Zaterdag 14 maart
Oriëntatiedag
Kijk voor meer informatie op
www.studereninleiden.nl.
Vrijdag 17 april
Open Dag (Gorlaeus Laboratorium)
Woensdag 21 januari, 13.45 uur
Promotie: Hr. X. Xu
Titel: Transient interaction studied by NMR:
iron sulfur proteins and their interaction
partners
Promotor: Prof.Dr. G.W. Canters
Donderdag 29 januari, 16.15 uur
Promotie: Hr. T. van Es
Titel: Vaccination
Promotor: Prof.Dr. Th.J.C. van Berkel
Voor meer promoties, kijk op:
www.promoveren.leidenuniv.nl
Origin - Universiteit Leiden 31

Faculty of Science
Sylvius-gebouw
Nieuwe huisvesting voor Biologie
Het Instituut Biologie Leiden is gehuisvest in verschillende
gebouwen in Leiden. Daar gaat in 2009 verandering in komen
want dan zal het IBL het gerenoveerde Sylvius-gebouw aan de
Wassenaarseweg betrekken. Daarmee komen alle medewerkers
en studenten van het IBL samen te werken op een locatie.
Momenteel wordt hard gewerkt om het ontwerp van Hoek & de Wit
Architecten uit Delft voor het Sylvius gestalte te geven.
Als alles volgens plan verloopt, zal het collegejaar 2009 - 2010 van
start kunnen gaan op de nieuwe locatie.
Het Sylvius wordt voorzien van een aantal collegeruimtes met
moderne faciliteiten voor het onderwijs. Ook de labzalen worden
voorzien van nieuwe labtafels, zuurkasten en wat verder nodig is
voor het gevarieerde onderzoek op het gebied van lifesciences en
biodiversiteit te faciliteren.
Met de verhuizing naar het Sylvius komt het IBL in het hart van het
BioSciencepark Leiden te zitten en op loopafstand van het Gorlaeus
complex waar onderzoekers van het IBL samenwerken met andere
instituten in het Cell Observatory.
In 2009 kunnen medewerkers en studenten samen in het Sylviusgebouw
werken om van Leiden de biodiversiteitsstad van Nederland
te maken.
www.science.leidenuniv.nl
Universiteit Leiden. Universiteit om te ontdekken.