Views
4 years ago

MLVA: een waardevolle epidemiologische tool ? - Favv

MLVA: een waardevolle epidemiologische tool ? - Favv

MLVA: een waardevolle epidemiologische tool ? -

MLVA: een waardevolle epidemiologische tool ? Geertrui Rasschaert, Koen De Reu en Marc Heyndrickx ILVO-T&V, Instituut voor Landbouw en Visserij Onderzoek – Eenheid Technologie en Voeding, Brusselsesteenweg 370, B-9090 Melle Sinds enkele jaren is MLVA een nieuwe tool in epidemiologisch onderzoek. In dit artikel wordt ingegaan op het principe van MLVA, de voor- en nadelen van de techniek en enkele voorbeelden. MLVA staat voor ‘multi-locus variable number of tandem repeats assay’. De techniek is gebaseerd op de natuurlijke variatie in het aantal tandem herhaalde DNA sequenties dat voorkomt op vele verschillende plaatsen, de zg. loci, in het genoom van vele bacteriën. Tandem herhalingen zijn kop-aan-staart herhalingen van een DNA sequentiemotief. Een MLVA houdt in dat het aantal herhalingen voor een aantal loci bepaald wordt. Zo bekomt men een numerieke code, bv. 5-3-7-4, zoals weergegeven in Figuur 1. Het eerste cijfer slaat op het aantal herhalingen van het eerste DNA sequentie motief voor het eerste onderzochte locus, het tweede cijfer op het aantal herhalingen van het tweede DNA sequentiemotief voor het tweede onderzochte locus, enzovoort … Deze variatie in herhalingen wordt veroorzaakt doordat het Taq polymerase bepaalde segmenten foutief kopieert tijdens ‘slipped strand mispairing’. Het Taq polymerase blijft als het ware haperen in bepaalde regio’s van het genoom waardoor bepaalde sequenties gedupliceerd of verwijderd worden. Zulke fouten gebeuren heel snel, vandaar dat MLVA eerder snelle evoluties van een bacteriële populatie in kaart brengt. A. Stam A: 5-3-7-4 Stam B: 3-4-9-2 B. locus1 locus2 locus3 locus4 Figuur 1: (A) Een voorbeeld van het aantal tandem herhalingen van vier loci van twee bacteriële stammen, (B) de gel die men bekomt wanneer men MLVA gebruikt om deze twee stammen te typeren. 4

Businessplan 2005-2008 - Favv
Toepassing van risico-evaluatie in de voedselketen - Favv
Deel LNE-MI - Favv
ADVIES 10-2009 Samenvatting - Favv
cfr. bijlage 1 - Favv
fiche 1.2 Benzeen - Favv
Labinfo Nr.7 - Favv
Nieuwsbrief Nr.34 - Favv
ADVIES 20-2012 van het Wetenschappelijk Comité van het FAVV
Advies 25-2012 van het Wetenschappelijk comité van het FAVV
PCE Limburg - Favv
Activiteitenverslag 2012 - Favv
Nieuwsbrief Nr.14 - Favv
Nieuwsbrief Nr.6 - Favv
Advies 11-2013 van het Wetenschappelijk Comité van het FAVV
ANALYSETECHNIEKEN IN HET LABORATORIUM. - Favv
ADVIES 34-2009 van het Wetenschappelijk Comité van het FAVV
Persvoorstelling van het activiteitenverslag 2010 12/07/2011 - Favv
1 1. Referentietermen 2. Raadgeving - Favv
Advies 14-2013 van het Wetenschappelijk Comité van het FAVV
Aantoonbaarheid (of LOD) = 3 * (sres/B) - Favv