Views
4 years ago

MLVA: een waardevolle epidemiologische tool ? - Favv

MLVA: een waardevolle epidemiologische tool ? - Favv

Praktisch gezien wordt

Praktisch gezien wordt eerst een multiplex PCR uitgevoerd, waarbij het DNA van een vijf à zes loci geamplificeerd wordt. Vervolgens wordt de lengte van de verschillende fragmenten in het PCR product heel precies bepaald via capillaire electroforese. Wanneer men de lengte van zo een herhalend element kent, kan men het aantal herhalingen berekenen. Dit wordt automatisch gedaan via gespecialiseerde software zoals BioNumerics. Het grootste voordeel van deze techniek is het goede discriminerende vermogen. Het is vaak ongeveer even discriminerend als pulsed field-gel electroforese (PFGE), die over het algemeen als de gouden standaard wordt beschouwd om isolaten van elkaar te gaan onderscheiden. Bovendien is de techniek sneller en minder arbeidsintensief dan PFGE. Men kan de bekomen data, net zoals de klassieke typeringsmethoden, visualiseren met dendrogrammen maar ook met ‘minimum spanning trees’ (MST) die gebruikt worden om evolutionaire verwantschappen te visualiseren. Nadelen van deze techniek zijn dat het voor elk species, serotype, …. opnieuw geoptimaliseerd moet worden, wat vrij veel tijd in beslag neemt. Zo moeten de juiste primers gekozen worden, de multiplex PCR moet geoptimaliseerd worden, de capillaire electroforese moet op punt gesteld worden. Voor bepaalde bacteriën zoals E. coli O157, Salmonella Typhimurium, Salmonella Enteritidis bestaan er echter reeds internationale protocols en kan men zijn bekomen resultaten vergelijken met online databanken. Op het Instituut voor Landbouw en Visserij Onderzoek (ILVO), eenheid Technologie en Voeding is voor zowel MRSA ST398 als voor Salmonella Enteritidis een MLVA ontwikkeld en succesvol toegepast. MRSA ST398, de zogenaamde landbouw-geassocieerde MRSA, wordt sinds een aantal jaar vaak bij varkens geïsoleerd. Het doctoraatsonderzoek van M. Verhegghe had o.a. als doelstelling om de variatie van MRSA ST398 op een bedrijf te onderzoeken, om na te gaan of biggen gekoloniseerd worden door hun moeder en of een varken heel zijn leven drager blijft van hetzelfde MRSA ST398 type. Hiervoor werden op een aantal bedrijven zeugen in de kraamstal en hun biggen vanaf geboorte tot slachtleeftijd op regelmatige basis bemonsterd en werden de bekomen MRSA ST398 isolaten getypeerd a.d.h.v. MLVA. Hieruit bleek dat binnen elk bedrijf een grote variëteit aan MRSA ST398 types kon teruggevonden worden, dat de biggen slechts zelden gekoloniseerd waren met hetzelfde MRSA ST398 type als hun moeder en dat ze drager konden zijn van verschillende types doorheen hun leven. In het dendrogram (Figuur 2) wordt de MLVA types getoond van een zeug (sow3) en drie van haar biggen (pig 23, pig 24, en pig 26). De zeug was op dag 3, dag 6 en dag 20 na werpen telkens gekoloniseerd met een ander MLVA type en haar biggen waren op geen enkel moment gekoloniseerd met een MLVA type afkomstig van de moederzeug. 5

VNTR_vals VNTR_vals 50 50 100 VNTR_vals VNTR_vals 100 ClfA ClfA ClfB ClfB sdrC Figuur 2: Dendrogram van de MRSA ST398 MLVA types van één zeug (sow 3) bemonsterd op regelmatige tijdstippen in de Figuur kraamstal 2: Dendrogram en drie van haar van biggen de MRSA (pig 23, ST398 pig 24, MLVA pig 26) types bemonsterd van één vanaf zeug drie (sow dagen 3) bemonsterd na geboorte tot op regelmatige tijdstippen in de kraamstal en drie van haar biggen (pig 23, pig 24, pig 26) slachtleeftijd bemonsterd waarbij d vanaf slaat op drie aantal dagen dagen na na geboorte het werpen. tot slachtleeftijd waarbij d slaat op aantal dagen na het werpen. In het doctoraat van I. Dewaele over Salmonella Enteritidis op persisterende Salmonella positieve leghennen In bedrijven het doctoraat werd een van MLVA I. Dewaele geoptimaliseerd over Salmonella ten einde contaminatiebronnen Enteritidis op persisterende en –routes Salmonella op dergelijke positieve bedrijven in leghennen bedrijven werd een MLVA geoptimaliseerd ten einde contaminatiebronnen en –routes op kaart te brengen. Er werden een vijftal probleembedrijven gedurende drie opeenvolgende legrondes opgevolgd. dergelijke bedrijven in kaart te brengen. Er werden een vijftal probleembedrijven gedurende drie opeenvolgende In tegenstelling tot legrondes bovenstaand opgevolgd. voorbeeld, In bleek tegenstelling het aantal tot verschillende bovenstaand MLVA voorbeeld, types op de bleek meeste het bedrijven aantal verschillende vrij beperkt en MLVA dat vooral types in het op eierlokaal de meeste andere bedrijven types circuleerden vrij beperkt dan en dat in de vooral legstallen. in het Dit eierlokaal wordt gevisualiseerd andere types in Figuur circuleerden 3 aan de hand dan van in de een legstallen. minimum spanning Dit wordt tree. gevisualiseerd Hier stelt elke in cirkel Figuur één 3 MLVA aan type de hand voor, van hoe een groter de minimum cirkel hoe meer spanning isolaten tree. behoren Hier stelt tot dit elke MLVA cirkel type. één De MLVA grootste type cirkel voor, stelt hoe het ancestrale groter de type cirkel voor, hoe waarvan meer de isolaten behoren tot dit MLVA type. De grootste cirkel stelt het ancestrale type voor, waarvan de andere types afgeleid zijn. De lengte van de ‘takken’ stelt de evolutionaire afstand t.o.v. de andere MLVA types voor. andere types afgeleid zijn. De lengte van de ‘takken’ stelt de evolutionaire afstand t.o.v. de andere MLVA De kleuren types zijn voor. in dit De voorbeeld kleuren gekozen zijn in dit in voorbeeld functie van de gekozen verschillende in functie bemonsterde van de verschillende plaatsen. bemonsterde plaatsen. 6 sdrC sdrE 33.0 33.0 55.0 55.0 36.0 36.0 6.0 6.0 3.0 . pig 3.0 23, d27 . pig 23, d27 . 34.0 34.0 58.0 58.0 36.0 36.0 6.0 6.0 3.0 . pig 3.0 24, d27 . pig 24, d27 . 32.0 32.0 54.0 54.0 34.0 34.0 6.0 6.0 3.0 . pig 3.0 23, d3 . pig 23, d3 . 33.0 33.0 57.0 57.0 37.0 37.0 1.0 1.0 3.0 . sow 3.03, d3 . sow 3, d3 . 33.0 33.0 57.0 57.0 37.0 37.0 6.0 6.0 3.0 . sow 3.03, d6 . sow 3, d6 . 33.0 33.0 57.0 57.0 37.0 37.0 7.0 7.0 3.0 . pig 3.0 24, d35 . pig 24, d35 . 33.0 33.0 57.0 57.0 37.0 37.0 7.0 7.0 3.0 . pig 3.0 26, d35 . pig 26, d35 . 33.0 33.0 57.0 57.0 37.0 37.0 7.0 7.0 3.0 . pig 3.0 24, d48 . pig 24, d48 . 33.0 33.0 57.0 57.0 37.0 37.0 7.0 7.0 3.0 . pig 3.0 26, d48 . pig 26, d48 . 33.0 33.0 57.0 57.0 37.0 37.0 7.0 7.0 3.0 . pig 3.0 24, d62 . pig 24, d62 . 33.0 33.0 57.0 57.0 37.0 37.0 7.0 7.0 3.0 . pig 3.0 23, d77 . pig 23, d77 . 33.0 33.0 57.0 57.0 37.0 37.0 7.0 7.0 3.0 . pig 3.0 23, d108 . pig 23, d108 . 33.0 33.0 57.0 57.0 37.0 37.0 7.0 7.0 3.0 . pig 3.0 23, d159 . pig 23, d159 . 33.0 33.0 57.0 57.0 37.0 37.0 7.0 7.0 3.0 . pig 3.0 26, d159 . pig 26, d159 . 33.0 33.0 57.0 57.0 36.0 36.0 7.0 7.0 3.0 . pig 3.0 23, d6 . pig 23, d6 . 33.0 33.0 57.0 57.0 36.0 36.0 7.0 7.0 3.0 . pig 3.0 26, d27 . pig 26, d27 . 33.0 33.0 57.0 57.0 36.0 36.0 4.0 4.0 3.0 . sow 3.03, d20 . sow 3, d20 . 33.0 33.0 58.0 58.0 36.0 36.0 7.0 7.0 3.0 . pig 3.0 24, d77 . pig 24, d77 . 34.0 34.0 59.0 59.0 38.0 38.0 8.0 8.0 4.0 . pig 4.0 24, d3 . pig 24, d3 . 34.0 34.0 59.0 59.0 38.0 38.0 8.0 8.0 4.0 . pig 4.0 24, d6 . pig 24, d6 . 34.0 34.0 59.0 59.0 38.0 38.0 8.0 8.0 4.0 . pig 4.0 26, d6 . pig 26, d6 . 34.0 34.0 59.0 59.0 38.0 38.0 8.0 8.0 4.0 . pig 4.0 23, d20 . pig 23, d20 . 34.0 34.0 59.0 59.0 38.0 38.0 8.0 8.0 4.0 . pig 4.0 24, d20 . pig 24, d20 . 34.0 34.0 59.0 59.0 38.0 38.0 8.0 8.0 4.0 . pig 4.0 26, d20 . pig 26, d20 . 34.0 34.0 59.0 59.0 38.0 38.0 8.0 8.0 4.0 . pig 4.0 23, d35 . pig 23, d35 . 34.0 34.0 59.0 59.0 38.0 38.0 8.0 8.0 4.0 . pig 4.0 23, d48 . pig 23, d48 . 34.0 34.0 59.0 59.0 38.0 38.0 8.0 8.0 4.0 . pig 4.0 23, d62 . pig 23, d62 . 34.0 34.0 59.0 59.0 38.0 38.0 8.0 8.0 4.0 . pig 4.0 26, d77 . pig 26, d77 . 34.0 34.0 59.0 59.0 38.0 38.0 8.0 8.0 4.0 . pig 4.0 24, d108 . pig 24, d108 . 34.0 34.0 59.0 59.0 38.0 38.0 8.0 8.0 4.0 . pig 4.0 26, d108 . pig 26, d108 . 34.0 34.0 59.0 59.0 38.0 38.0 8.0 8.0 4.0 . pig 4.0 24, d159 . pig 24, d159 . 34.0 34.0 58.0 58.0 38.0 38.0 8.0 8.0 4.0 . pig 4.0 26, d62 . pig 26, d62 . 34.0 34.0 58.0 58.0 38.0 38.0 8.0 8.0 3.0 . pig 3.0 26, d3 . pig 26, d3 . sdrE SIRU SIRU . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Businessplan 2005-2008 - Favv
Toepassing van risico-evaluatie in de voedselketen - Favv
Deel LNE-MI - Favv
ADVIES 10-2009 Samenvatting - Favv
cfr. bijlage 1 - Favv
fiche 1.2 Benzeen - Favv
Labinfo Nr.7 - Favv
Nieuwsbrief Nr.34 - Favv
Advies 25-2012 van het Wetenschappelijk comité van het FAVV
Activiteitenverslag 2012 - Favv
PCE Limburg - Favv
Nieuwsbrief Nr.14 - Favv
Nieuwsbrief Nr.6 - Favv
ANALYSETECHNIEKEN IN HET LABORATORIUM. - Favv
ADVIES 20-2012 van het Wetenschappelijk Comité van het FAVV
Advies 11-2013 van het Wetenschappelijk Comité van het FAVV
1 1. Referentietermen 2. Raadgeving - Favv
Advies 14-2013 van het Wetenschappelijk Comité van het FAVV
ADVIES 34-2009 van het Wetenschappelijk Comité van het FAVV
Persvoorstelling van het activiteitenverslag 2010 12/07/2011 - Favv
Aantoonbaarheid (of LOD) = 3 * (sres/B) - Favv