Handleiding ISIS-AR - ISISweb

isis.web.nl

Handleiding ISIS-AR - ISISweb

Handleiding ISIS-AR

Bilthoven, januari 2010


Handleiding ISIS-AR

Inhoudsopgave

Hoofdstuk 1 Lijst met afkortingen en acroniemen ..................................................................... 3

Hoofdstuk 2 Introductie.............................................................................................................. 4

2.1 Doelstellingen ISIS-AR .................................................................................................... 4

2.2 Voorwaarden bij start ISIS-AR april 2007........................................................................ 5

2.3 Organisatie van het ISIS-AR netwerk.............................................................................. 5

Hoofdstuk 3 Standaardisatie: NVMM semantische standaard en EUCAST richtlijnen........... 10

Hoofdstuk 4 Borging van kwaliteit ........................................................................................... 11

Hoofdstuk 5 Proces van dataverzameling............................................................................... 12

5.1 Benoeming laboratorium vertegenwoordiger en datamanager ..................................... 12

5.2 Schrijven van export module (query)............................................................................. 12

5.3 Vertaaltabellen............................................................................................................... 14

5.4 Testen van query........................................................................................................... 15

5.5 Routinematig toesturen van data................................................................................... 15

5.6 Stappen plan voor aansluiten lab .................................................................................. 15

5.7 Werkzaamheden van een aangesloten laboratorium.................................................... 16

5.8 Spiegelrapportages via website..................................................................................... 17

5.9 Extra data t.b.v. spiegeldata en epidemiologie.............................................................. 17

Hoofdstuk 6 Gegevensverstrekking vanuit ISIS-AR................................................................ 18

6.1 Verzoek gegevensverstrekking ..................................................................................... 18

6.2 Werkwijze gegevensverstrekking .................................................................................. 18

Hoofdstuk 7 Juridische aspecten ISIS-AR .............................................................................. 20

7.1 Samenwerkingsovereenkomst en Gebruiksreglement ISIS-AR.................................... 20

7.2 Eigendom en verantwoordelijkheid voor gegevens....................................................... 20

7.3 Vertrouwelijkheid van gegevens.................................................................................... 20

Annex 1 Uitgebreide toelichting op de velden ......................................................................... 23

Annex 2 Codelijsten op lab locatie .......................................................................................... 26

Annex 3 Codelijsten op RIVM locatie ...................................................................................... 28

A3.1 Afdeling ....................................................................................................................... 28

A3.2 Specialismen............................................................................................................... 30

A3.3 Materiaal...................................................................................................................... 30

A3.4 Bepalingen .................................................................................................................. 32

A3.5 Organismen................................................................................................................. 32

A3.6 Antibioticum................................................................................................................. 34

Annex 4 Versleuteling van patiëntnummer.............................................................................. 36

A4.1 Algemeen .................................................................................................................... 36

A4.2 Achtergrond MD5 algoritme ........................................................................................ 36

A4.3 Werking van het programma....................................................................................... 36

Annex 5 Exporteren van data uit LIMS.................................................................................... 37

A5.1 Algemene informatie ................................................................................................... 37

A5.2 Specifieke informatie voor MICROS query ................................................................. 38

A5.3 Specifieke informatie voor GLIMS query .................................................................... 38

Annex 6 Veilig verzenden van databestanden ........................................................................ 39

A6.1 Secure FTP (SFTP) .................................................................................................... 39

A6.2 Scripting met WinCSP................................................................................................. 40

A6.3 Account en wachtwoord .............................................................................................. 40

A6.4 Achtergrondinformatie SFTP....................................................................................... 40

Annex 7 Maandelijkse terugrapportage................................................................................... 41

januari 2010 2


Handleiding ISIS-AR

Hoofdstuk 1 Lijst met afkortingen en acroniemen

Code

ISIS-AR

BRMO

BSN

CIb

CLSI

COM

CRG

CSEM

CSV

EARSS

ECDC

EPI

ESBL

EUCAST

GLIMS

HL7

IGZ

IT

LIMS

LIS

MICROS

MOLIS

MML

Nethmap

NVMM

RIVM

SERIMBA

SWAB

TD-Synergy

WINLIMS

WOGIZ

WOB

WBP

ZIS

Omschrijving

Infectieziekten surveillance Informatie systeem – Antibiotica resistentie

bijzonder-resistente micro-organismen

burger service nummer

Centrum Infectieziektebestrijding

Clinical and Laboratory Standards Institute

Coördinator Regionaal Consulenten

Commissie richtlijnen gevoeligheidsbepalingen

Code semantische standaard NVMM

Comma Separated Values (Bestandformaat)

European Antimicrobial Resistance Surveillance System

European Centre for Disease Control

Epidemiologie en Surveillance (afdeling binnen CIb, RIVM)

Extended Spectrum Bèta-Lactamase

European Commission for Antimicrobial Susceptibility Testing

LIMS geproduceerd door MIPS

Health Industry Level 7 (communicatie standaard)

Inspectie Gezondheidszorg

Informatietechnologie

Laboratory Information Management System

Laboratorium voor Infectieziekten en Screening (van het RIVM)

LIMS geproduceerd door Philips Medical Systems

LIMS geproduceerd door Sysmex

Medisch Microbiologisch Laboratorium

jaarlijks rapport over antibioticagebruik en -resistentie in Nederland

Nederlands Vereniging voor Medische Microbiologie

Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu

LIMS in beheer van twee maatschappen (Arnhem en Nieuwegein)

Stichting Werkgroep Antibiotica Beleid

LIMS geproduceerd door Technidata Medical Software

LIMS geproduceerd door Quality Systems International

Werkgroep Openbare Gezondheidszorg en InfectieZiekten van de NVMM

Wet openbaarheid bestuur

Wet bescherming persoonsgegevens

Ziekenhuis Informatie Systeem

januari 2010 3


Handleiding ISIS-AR

Hoofdstuk 2 Introductie

Dit document is opgesteld door het ISIS-AR team (Tabel 2.1), in samenwerking met de ISIS-

AR werkgroep korte termijn en is geaccordeerd door de ISIS-AR deelnemers tijdens de ISIS-

AR deelnemersdagen. Het uitgangspunt van ISIS-AR is om eind 2009 een “ongoing

resistentie surveillance” te hebben gerealiseerd van S. aureus en de bijzonder-resistente

micro-organismen (BRMO) zoals gedefinieerd in de WIP richtlijn “Maatregelen tegen

overdracht van bijzonder-resistente micro-organismen (BRMO)”, met die beperking dat

binnen de groep van Enterobacteriaceae alleen de klinisch meest voorkomende genera

zullen worden gemonitord. Binnen deze groep van micro-organismen vallen ook de

pathogenen die worden beschreven in Nethmap en EARSS. Deze handleiding is ook digitaal

beschikbaar op de nieuwe ISIS-AR website (http://www.rivm.nl/cib/themas/isis-ar). Op deze

website is daarnaast ook informatie te vinden over geplande bijeenkomsten, en zijn de ISIS-

AR nieuwsbrieven, notulen, en overige ISIS-AR gerelateerde documenten te downloaden.

2.1 Doelstellingen ISIS-AR

Het algemene doel van ISIS-AR is een database van in de routinediagnostiek verzamelde

microbiologische data aan te leggen aan de hand waarvan:

a. het RIVM in staat is om adequate maatregelen te nemen c.q. te adviseren aan

de verantwoordelijke besturen, ter bescherming van de volksgezondheid

b. en om wetenschappelijk onderzoek te faciliteren ter bevordering van de

volksgezondheid, waarbij antimicrobiële middelen en/of micro-organismen

een rol spelen.

De operationele doelstellingen van ISIS-AR zijn:

a. Het monitoren van gevoeligheidspatronen van klinisch relevante pathogenen ten

behoeve van het volksgezondheidsbeleid en ten behoeve van professionele

richtlijnen voor de patiëntenzorg.

b. Het detecteren van multi-institutionele verheffingen (endemisch en epidemisch) van

pathogenen en/of resistentie patronen.

c. Het detecteren van nieuwe resistentieproblematiek.

d. Het faciliteren van wetenschappelijk onderzoek ten dienste van de volksgezondheid.

e. Het leveren van spiegelgegevens met het oog op de kwaliteitsverbetering van de

deelnemende microbiologische laboratoria.

f. Het verschaffen van informatie over resistentie bij ziekteverwekkers aan de Inspectie

voor de Gezondheidszorg (IGZ), in het kader van haar toezichthoudende taak.

Afgeleid van het Gebruiksreglement ISIS-AR (http://www.rivm.nl/cib/themas/isis-ar).

januari 2010 4


Handleiding ISIS-AR

2.2 Voorwaarden bij start ISIS-AR april 2007

Een aantal voorwaarden werd gesteld om aan deze doelstellingen te kunnen voldoen tijdens

de ISIS-AR gebruikersdag (april 2007) en het ISIS evaluatierapport van het CIb.

• Breed gedragen plan van aanpak:

Het plan van aanpak ISIS-AR korte termijn met een voorstel voor een nieuwe opzet van

ISIS-AR is medio 2007 rondgestuurd aan alle betrokkene en de ISIS laboratoria waarna

een unaniem akkoord is gegeven aan dit voorstel.

• Actieve samenwerking tussen ISIS-AR team en MML (zowel inhoudelijk als IT):

Een werkgroep is opgesteld “ISIS-AR doorstart korte termijn” waarin de deelnemende

laboratoria, verschillende werkgroepen van de NVMM en SWAB vertegenwoordigd zijn .

• Doorstart dient als uitgangspunt te hebben eenvoudig en met een beperkt aantal microorganismen

en andere variabelen te beginnen, rekening houdend met uitbreidingen in de

toekomst.

• Binnen ISIS-AR wordt de surveillance beperkt tot een aantal species in combinatie met

de gevoeligheidspatronen voor klinisch relevante antibiotica. De mogelijkheid bestaat om

in de toekomst dit uit te breiden met andere micro-organismen en/of antibiotica.

• Medisch microbiologische kennis aanwezig in ISIS-AR team:

Als projectleider van het ISIS-AR team is een ervaren arts-microbioloog aangesteld tot

ten minste 1 januari 2010.

2.3 Organisatie van het ISIS-AR netwerk

ISIS-AR team

De opdracht van het ISIS-AR korte termijn is om eind 2009 een “ongoing resistentie

surveillance” te hebben gerealiseerd van S. aureus en de bijzonder-resistente microorganismen

(BRMO) zoals gedefinieerd in de WIP richtlijn “Maatregelen tegen overdracht van

bijzonder-resistente micro-organismen (BRMO)”, waarbij aan de voorwaarden zoals

hierboven geformuleerd wordt voldaan. In tabel 2.1 staat de leden van het ISIS-AR team

weergegeven (Tabel 2.1).

Deelnemende laboratoria

Elk deelnemend laboratorium benoemt tenminste 1 MML vertegenwoordiger (bij voorkeur een

arts-microbioloog) als aanspreekpunt voor het ISIS-AR team en een datamanager (Tabel

2.2). De MML vertegenwoordiger is verantwoordelijk voor de ISIS-AR activiteiten binnen zijn

MML (data collectie, rapportage, en vragenlijsten) en voor tijdige autorisatie van de data

aanwezig in de ISIS-AR database zoals beschreven in deze handleiding. De taak van de

datamanager is het verzamelen en het maandelijks doorsturen van de data en het zo nodig

aanpassen van de queries indien er wijzigingen worden doorgevoerd in het LIMS systeem die

van invloed zijn op de te versturen data.

ISIS-AR Stuurgroep

Er is een Stuurgroep ISIS-AR waarin op voordracht van de NVMM een van haar

bestuursleden en een vertegenwoordiger van de in ISIS-AR deelnemende MML’s

zitting hebben. Het RIVM wijst eveneens twee vertegenwoordigers aan, waaronder

qualitate qua de projectleider ISIS-AR (Tabel 2.3).

De taak van de Stuurgroep is:

a. Het RIVM/CIb en de MML’s te informeren over de voortgang en gevraagd en

ongevraagd te adviseren over het beleid ten aanzien van de Registratie ISIS-AR.

b. De wijzigingen in de Handleiding ISIS-AR vast te stellen, waaronder de specificaties

van de in te brengen gegevens door het MML.

c. De directeur van het RIVM/CIb en het MML te adviseren in die gevallen waarin deze

overeenkomst of het Gebruiksreglement niet voorzien.

Verdere details over de werkwijzevan de stuurgroep staan beschreven in het

gebruiksreglement ISIS-AR. Het gebruiksreglement is op te vragen bij het ISIS-AR

secretariaat (vivian.reeskamp@rivm.nl) en te vinden op http://www.rivm.nl/cib/themas/isis-ar.

januari 2010 5


Handleiding ISIS-AR

ISIS-AR werkgroep korte termijn (tot maart 2008)

De opdracht van deze werkgroep was de deelnemende laboratoria bij de opbouw van ISIS-

AR te vertegenwoordigen binnen het ISIS-AR project en namens hen advies te geven aan het

ISIS-AR team bij te nemen beslissingen en het opstellen van protocollen. Deze werkgroep

heeft in maart 2008 verantwoording afgelegd van zijn activiteiten aan het NVMM bestuur en

haar activiteiten gerapporteerd tijdens de deelnemersbijeenkomsten najaar 2007 en voorjaar

2008. In de werkgroep zaten 5 vertegenwoordigers van de deelnemende laboratoria die de

NVMM vertegenwoordigen en de leden van het ISIS-AR team die tevens de SWAB

vertegenwoordigen.

ISIS-AR ad hoc commissie lange termijn (tot maart 2008)

Onder auspiciën van de COM en WOGIZ in opdracht van de NVMM is deze werkgroep

(opgericht juni 2007) ingesteld om advies te geven over de doelstelling, inhoud en inrichting

van ISIS-MML nieuwe stijl (op de lange termijn). Binnen dit advies dienen de specifieke

wensen/belangen van individuele MML’s en de specifieke wensen/belangen van CIb/overheid

te worden weergegeven, rekening houdend met de uitvoerbaarheid en financiële aspecten.

Deze werkgroep is verantwoording verschuldigd aan het bestuur van de NVMM en de

directeur van het CIb middels een geschreven advies dat maart 2008 overhandigd dient te

worden. In de werkgroep zitten vertegenwoordigers van verschillende werkgroepen van de

NVMM, het LIS/RIVM, het EPI/RIVM en het ISIS-team. De werkgroep heeft 12 maart haar

advies gerapporteerd aan de NVMM en het CIb (www.rivm.nl/CIb/themas/ISIS-AR).

ISIS-AR Deelnemersdagen en ISIS-AR nieuwsbrief

Jaarlijks wordt door het ISIS-AR team op het RIVM tenminste 1 bijeenkomst georganiseerd

voor de deelnemende laboratoria en andere belangstellenden om de stand van zaken en

resultaten van het project te bespreken. In aansluiting op de deelnemersvergaderingen wordt

door het ISIS-AR team een ISIS-AR nieuwsbrief geschreven en verstuurd aan alle

betrokkenen. Op indicatie vinden er ook bijeenkomsten plaats voor de datamanagers om

zaken betreffende de dataverzameling te bespreken.

Registratie-commissie

De Registratiecommissie bestaat uit drie vertegenwoordigers van de deelnemende

laboratoria en een vertegenwoordiger van het RIVM, tevens secretaris. De leden van de

Registratiecommissie worden benoemd door de directeur van het CIb, als houder van de

Registratie. Deze wijst tevens de voorzitter aan, niet zijnde de secretaris. De

vertegenwoordigers van de deelnemende laboratoria worden benoemd op voordracht van het

bestuur van de NVMM. De leden worden benoemd voor een periode van 3 jaar en zijn

herbenoembaar (Tabel 2.4).

De taken van de Registratiecommissie zijn:

a. Het nemen van besluiten over het verstrekken van gegevens, met inachtneming van

het bepaalde in artikel 10 en 11 van het gebruiksreglement.

b. Het toezicht in algemene zin op de vertrouwelijke omgang met de gegevens, meer

bijzonder de waarborging van de privacy van patiënten, beroepsbeoefenaren en

deelnemers in de Registratie.

c. Het adviseren van de Stuurgroep ISIS-AR in geval van verlening of wijziging van een

bijzonder gebruiksrecht, zoals bedoeld in artikel 9 van het gebruikreglement.

d. Het adviseren aan de houder in die gevallen waarin het reglement niet voorziet.

De Registratiecommissie vergadert tenminste een maal per jaar en voorts indien de

voorzitter of twee leden van de commissie dit nodig achten.De secretaris is belast met de

verwerking van verzoeken tot gegevensverstrekking, de voorbereiding en de verslaglegging

van vergaderingen en met de uitvoering van de door de commissie genomen besluiten. De

secretaris beheert het register van gegevensverstrekkingen. De Registratiecommissie doet

jaarlijks schriftelijk verslag van haar werkzaamheden aan het CIb/RIVM, de NVMM, de

Stuurgroep en via deze aan vergadering van deelnemers. Zij geeft daarbij een overzicht van

de verstrekkingen.

januari 2010 6


Handleiding ISIS-AR

Verdere details over de werkwijze en besluitvorming van de registratie commissie, het

verstrekken van gegevens en het bijzonder gebruiksrecht staan beschreven in het

gebruiksreglement ISIS-AR. Het gebruiksreglement is op te vragen bij het ISIS-AR team.

In Hoofdstuk 6 ‘Gegevensverstrekking vanuit ISIS-AR’ van deze handleiding vindt u

tevens verdere uitleg over het verstrekken van ISIS-AR gegevens en de rol van de registratie

commissie hierin.

Het postadres van de Registratiecommissie is:

RIVM Centrum Infectieziektebestrijding

Afdeling Epidemiologie en Surveillance (EPI)

t.a.v. de Secretaris Registratiecommissie ISIS-AR

Postbus 1, 3720 BA Bilthoven.

Werkgroep ISISweb

De opdracht van deze werkgroep (opgericht februari 2008) is om een interactieve website te

ontwikkelen waarmee de ISIS-AR database toegankelijk wordt voor het publiek en de

deelnemende laboratoria en waarmee spiegeldata kunnen worden gegenereerd ten behoeve

van de kwaliteitsverbetering van de deelnemende laboratoria. In de werkgroep zitten

vertegenwoordigers van verschillende werkgroepen van de NVMM, het EPI/RIVM en het

ISIS-AR team (Tabel 2.5).

Tabel 2.1: ISIS-AR team CIb

Naam Functie E-mail

Maurine Leverstein-van Hall Project leider M.LeversteinvHall@umcutrecht.nl

Nienke van de Sande-Bruinsma Project coördinator Nienke.van.de.Sande@rivm.nl

Jan Muilwijk

Epidemioloog Jan.Muilwijk@rivm.nl

Ineke Roede

Ineke.Roede@rivm.nl

Jos Monen

Datamanagement Jos.Monen@rivm.nl

Jeroen Alblas

030 274 4050 Jeroen.Alblas@rivm.nl

Vivian Reeskamp Secretaresse Vivian.Reeskamp@rivm.nl

Adres

Telefoon

Fax

URL

Rijks Instituut Volksgezondheid en Milieu (RIVM)

Centrum Infectiebestrijding (CIb)

Antonie van Leeuwenhoeklaan 9

Postbus 1

3720 BA Bilthoven

030 274 2445

030 274 4409

www.rivm.nl/CIb/themas/ISIS-AR

januari 2010 7


Handleiding ISIS-AR

Tabel 2.2: Deelnemende laboratoria, MML vertegenwoordiger en applicatiebeheerder

Plaats Organisatie Vertegenwoordiger MM Applicatiebeheer

Amsterdam Academisch Medisch Centrum Dr. C.E.Visser F. Schöler

Amsterdam Onze Lieve Vrouwe Gasthuis Dr. M.L. van Ogtrop D. van Boeijen

Amsterdam Streeklaboratorium GGD Amsterdam Dr. A.P. van Dam R. de Bree

Dr. M. Damen

C. Pfrommer

Dr. A. Speksnijder

I. Linde

Amsterdam VUmc Prof. Dr. C.M.J.E.

J. Algra

Vandenbroucke-Grauls

Drs. A.M. Kaiser

Alkmaar Medisch Centrum Alkmaar Dr. J.H. Sloos D. Groot

Apeldoorn Gelreziekenhuizen Dr. B.C. van Hees P. van Es

Arnhem Alysis Zorggroep Dr. A. van Griethuysen C. van Meerendonk

M. Stappershoef

Bergen op Zoom Lievensberg Ziekenhuis Drs. R.G.F. Wintermans I.H. Richardson

Breda Amphia ziekenhuis, Dr. G. Andriesse R. Punselie

Delft Diagnostisch Centrum SSDZ Dr. R.W. Vreede F. ten Bokkel

Huinink

H. Klein

Den Bosch Jeroen Bosch Ziekenhuis, lokatie Groot Dr. N.H.M. Renders

K. van Elst

Ziekengasthuis

Den Haag Medisch Centrum Haaglanden Dr. C.L. Jansen

Den Haag HagaZiekenhuis Dr. R. Brimicombe S. Chan

Deventer Deventer Ziekenhuis Drs. F.W. Sebens M. Thelosen-Arts

Dordrecht RLM Dordrecht / Gorinchem Dr. J. Keijman S. Zegers

Enschede

Streeklaboratorium voor Medische

Microbiologie

Dr. B. Mulder

E. van Gemert

A. Hanstede

Goes Admiraal De Ruyter Ziekenhuis Dr. L.J.M. Sabbe A. Roovers

Groningen Laboratorium voor Infectieziekten Dr. J.F.P. Schellekens R.E. Breukelman

Dr. B.P. Overbeek

Groningen Universitair Medisch Centrum Groningen Drs. J.P. Arends

Haarlem Streeklaboratorium voor de Volksgezondheid Dr. D. Veenendaal A.J. Lucas

Heerlen Atrium Medisch Centrum Parkstad Dr. J.H.T. Wagenvoort J. Bus

Dr. F. Stals

Hilversum

Centraal Bacteriologisch en Serologisch

Laboratorium

Dr. L.J. Bakker

C. Hemmers

Dr. J.W. Dorigo-Zetsma

Leeuwarden Izore, Centrum Infectieziekten Friesland Dr. J.H. van Zeijl G. Kraak

A. de Jong

Leiden Leids Universitair Medisch Centrum Dr. A.T. Bernards E. Straathof

S. Passchier

Maastricht Academisch Ziekenhuis Maastricht Dr. E.E. Stobberingh P. Terporten

Nieuwegein St. Antonius Ziekenhuis Dr. B.M. de Jongh I.M. Schreijnders

Nijmegen Canisius Wilhelmina Ziekenhuis Dr. A.M. Horrevorts T. van Heumen

M. Tönissen

T. Simons

Nijmegen UMC St. Radboud Dr. P.D. Sturm T. Klaassen

Roermond Laurentins Ziekenhuis Roermond Dr. T. van Dijke H. Dahmen

Roosendaal St. Franciscus Ziekenhuis Drs. R.G.F. Wintermans I.H. Richardson

Rotterdam Erasmus Medisch Centrum Dr. R. Verkooijen M. Vogel

Dr. W.H.F. Goessens

Schiedam Vlietland Ziekenhuis Dr. B. Moffie A. Lammers

J. de Boer

Terneuzen St. Streeklaboratorium Zeeland, locatie Dr. B.G.A. Hendrickx

Terneuzen

Tilburg Streeklaboratorium voor de Volksgezondheid Dr. J.H. Marcelis I.H. Richardson

Dr. A. Buiting

Utrecht Diakonessenhuis Utrecht Drs. J.A. Kaan A. Luypers

Dr. S. Thijsen

Utrecht SALTRO Dr. L. Verhoef R. Maarseveen

Utrecht UMC Utrecht Dr. A. Weersink L. Bogaards

Dr. C.H.E. Boel

Veldhoven Stichting PAMM Dr. H.T. Tjhie M. de Vries

Woerden Zuwe Hofpoort Ziekenhuis Dr. P. Voorn C. To

Zaandam Ziekenhuis de Heel Dr. C.A.P.M.J. Fijen L. Rutten

Zwolle ISALA Klinieken Dr. M.J.H.M. Wolfhagen T. Groenendijk

Dr. G.J.H.M. Ruijs

januari 2010 8


Handleiding ISIS-AR

Tabel 2.3: ISIS-AR Stuurgroep

Naam

Instelling

G. Ruijs (vertegenwoordiger MMLs) Isala Kliniek, Zwolle

E. Boel (vertegenwoordiger NVMM bestuur) UMCU, Utrecht

M. Leverstein- van Hall CIb-RIVM, Bilthoven

N. van de Sande-Bruinsma CIb-RIVM, Bilthoven

Tabel 2.4: Registratie-commissie

Naam

Instelling

C.M.J.E. Vandenbroucke –Grauls (voorzitter) VUmc Amsterdam

J.H. van der Zeijl

Izore, Centrum Infectieziekten Friesland

A. Troelstra UMC Utrecht

N. van de Sande (secretaris) ISIS-AR coördinator (CIb-RIVM)

Tabel 2.5: Werkgroep ISISweb

Naam

Instelling

S.F.T. Thijsen (voorzitter) Diakonessen ziekenhuis, Utrecht

G.J.H.M. Ruijs

ISALA klinieken, Zwolle, voorzitter NVMM

J.P. Arends

UMC Groningen

A.G.M. Buiting

Streeklaboratorium voor de Volksgezondheid, Tilburg, voorzitter

Cie Kwaliteit NVMM

C.H.E. Boel

UMCU/ICT-cie NVMM

ISIS-AR team

CIb-RIVM, Bilthoven

januari 2010 9


Handleiding ISIS-AR

Hoofdstuk 3 Standaardisatie: NVMM semantische

standaard en EUCAST richtlijnen

3.1 Semantische standaard

De NVMM heeft in 2000 de semantische standaard opgesteld als nationale standaard voor de

medisch microbiologische laboratoria in Nederland. Het doel van de standaardisatie van

microbiologische laboratorium uitslagen is om communicatie tussen de verschillende

laboratoria en externe partijen te faciliteren en geproduceerde data te kunnen vergelijken

t.b.v.

1. Verbetering van de kwaliteit

2. Surveillance

3. Wetenschappelijk onderzoek

Het CIb en NVMM hebben als gezamenlijk streven dat de semantische standaard door de

Nederlandse MML’s in gebruik zal worden genomen. Daartoe hebben NVMM en het CIb een

samenwerkingsovereenkomst opgesteld om het opstellen van de standaard, de

beschikbaarheid (http://www.rivm.nl/cib/themas/isis-ar) en het onderhoud van de standaard te

kunnen garanderen. Binnen de ISIS-database zal deze standaard waar mogelijk gebruikt

worden.

3.2 EUCAST richtlijnen

EUCAST (European Committee on Antimicrobial Suscpetiblity Testing) is een gezamenlijk

initiatief van ESCMID, ECDC en de Nationale Commissies voor AST Richtlijnen in Europa.

EUCAST heeft als doel de harmonisatie van breekpunten binnen Europa te bewerkstelligen.

Inmiddels zijn er voor de meeste pathogeen-antibioticum combinaties Europese breekpunten

beschikbaar (www.eucast.org). Harmonisatie van methodieken en breekpunten is essentieel

voor een adequaat surveillancesysteem en daarom is het ISIS-AR project een sterke

promotor van de implementatie van de EUCAST richtlijnen in Nederland.

Door het bestuur van de NVMM is de positie ingenomen dat de EUCAST-systematiek breed

in de Nederlandse laboratoria moet worden geïmplementeerd. Dit standpunt wordt gedeeld

door het nationale Centrum voor Infectieziekten bestrijding (CIb/RIVM ). De EUCAST

richtlijnen kunt u downloaden van www.eucast.org.

januari 2010 10


Handleiding ISIS-AR

Hoofdstuk 4 Borging van kwaliteit

De kwaliteit van de data binnen de ISIS-AR database wordt gewaarborgd door:

• Alleen records van geautoriseerde isolaten te versturen naar het RIVM,

• zoveel mogelijk automatiseren (technische controle) van de beheer processen gericht op

kwaliteit (inhoud en structuur ) om menselijke fouten te voorkomen,

• voor elk laboratorium een eigen vertaaltabel voor conversie van ruwe data naar de ISIS

standaard formuleren in nauw overleg met de verantwoordelijke microbioloog op locatie.

Deze vertaaltabel wordt gearchiveerd door zowel applicatie beheerder als het ISIS team.

• terugkoppeling tot een vast onderdeel van het proces te maken. Het verslag van de

controle op de structuur en inhoud wordt elke maand teruggekoppeld naar het insturende

laboratorium (vorm: voorlopig zal dit via de mail gaan (incl. verwerkingsrapportage).

• Aan het einde van het kalender jaar de data (jaaroverzichten) laten autoriseren door de

arts-microbioloog van elk deelnemend laboratorium (voorafgaand aan publicatie in

Nethmap en EARSS).

januari 2010 11


Handleiding ISIS-AR

Hoofdstuk 5 Proces van dataverzameling

De ISIS-AR database bevat in de routine diagnostiek verzamelde microbiologische data

betreffende identificatie, gevoeligheidsbepalingen en de epidemiologische data beschikbaar

in het LIMS. Uit de ervaringen met het oude ISIS is gebleken dat het exporteren van ruwe

data van MML naar het CIb grote voordelen heeft boven het doorsturen van reeds op locatie

bewerkte data. De ruwe data zullen m.b.v. een relatief eenvoudige “query” op de LIMS

database worden omgezet in een volgens een standaard formaat ingerichte csv-file. Deze file

wordt maandelijks verstuurd naar het RIVM. De ruwe data wordt vervolgens opgeslagen in

het ISIS datawarehouse. Na vertaling naar de ISIS standaard worden de data opgeslagen in

de ISIS-AR database.

Het proces van dataverzameling is onder te verdelen in de volgende stappen:

1. benoemen van laboratorium vertegenwoordiger en datamanager

2. schrijven van een export query

3. maken van vertaaltabellen

4. testen van query

5. finaliseren aansluiting en start routinematig versturen

5.1 Benoeming laboratorium vertegenwoordiger en datamanager

Elk laboratorium dient een MML contactpersoon (arts-microbioloog) en een

applicatiebeheerder aan te stellen om de ISIS werkzaamheden op het lab aan te sturen en

als aanspreekpunt te fungeren voor het ISIS-team. Deze vertegenwoordiger is tevens

verantwoordelijk voor het laten tekenen van de samenwerkingsovereenkomsten door de raad

van bestuur (zie ook paragraaf 7.1). De namen en contactgegevens van deze mensen dienen

bij het ISIS team bekend te zijn en wijzigingen van personen dienen zo spoedig mogelijk te

worden doorgegeven.

5.2 Schrijven van export module (query)

De wijze van data export vanuit het laboratorium is afhankelijk van het LIMS systeem. Per

LIMS systeem wordt er een template query voor data export opgesteld, maar bij elk

laboratorium zullen individuele aanpassingen nodig zijn.

De eerste pilot die heeft plaatsgevonden was met een MICROS laboratorium (Hilversum) en

een GLIMS laboratorium (Utrecht). De export modules die zijn ontwikkeld tijdens deze pilot

worden aan de andere MICROS en GLIMS labs aangeboden om als template te dienen voor

eigen te schrijven export modules. Belangrijke punten die tijdens de pilot naar voren zijn

gekomen staan beschreven in Annex 5. De applicatiebeheerder van de participerende

laboratoria worden bij het schrijven van de export modules zo nodig ondersteund door

medewerkers uit het EMI/ISIS team, en de producenten van GLIMS, MOLIS en MICROS. Zo

staan er ook pilots gepland voor de overige LIMS systemen (Serimba, TD-Synergy, Winlims).

In Tabel 5.1 staan de velden omschreven waarvan de inhoud wordt gemonitord binnen ISIS-

AR. In Annex 1 worden de velden nader toegelicht. Onder de kolom ‘verplichting’ in Tabel

5.1 staat aangegeven of het veld verplicht of optioneel is. Met ‘verplicht’ wordt bedoeld dat dit

veld absoluut noodzakelijk is voor het opnemen van de data in de surveillance database. Met

‘optioneel’ wordt bedoeld dat dit veld nodig is voor een adequate en volledige surveillance,

maar missende optionele velden zijn geen belemmering voor opname in de database. De

verwachting is dat de meeste velden kunnen worden gevuld met data reeds aanwezig in

gestandaardiseerde velden in uw LIMS. Het is echter mogelijk dat een aantal datavelden in

LIMS niet aanwezig zijn of gevuld worden met vrije tekst. Vrije tekst velden zijn niet bruikbaar

voor surveillance.

januari 2010 12


Handleiding ISIS-AR

Tabel 5.1: Overzicht velden met korte omschrijving (zie ook annex 1)

Nr. Veldnaam Omschrijving Type Verplichting

1 Labcode Code die het laboratorium bij ISIS Tekst

verplicht

heeft of krijgt bij deelname

2 Aanvraagdatum Aanvraagdatum Datum (dd-mm-yyyy) afname of

aanvraagdatu

m verplicht

3 Afnamedatum Afname datum Datum (dd-mm-yyyy)

4 Patiëntcode Geanonimiseerde patiëntcode bij Tekst

verplicht

lab

5 Geboortejaar Geboortejaar van de patiënt Numeriek waar bekend

6 Geboortemaand Geboortemaand van de patiënt Numeriek waar bekend

7 Postcodecijfers Postcode van de patiënt Numeriek waar bekend

8 Sexe Geslacht Volgens codelijst waar bekend

Annex 2 Tabel A2.1

9 Opnamedatum Datum meest recente opname in Datum (dd-mm-yyyy) waar bekend

ziekenhuis

10 Instellingstype instelling waar de patiënt verbleef

op het moment dat de kweek werd

afgenomen (kliniek, polikliniek,

dagbehandeling, huisarts,

verpleeghuis, openbare

gezondheidszorg)

Volgens codelijst

Annex 2 Tabel A2.2

verplicht

11 Instelling De (gecodeerde) naam van de

instelling

12 Afdeling Afdeling binnen de kliniek waar de

patiënt verblijft/ligt

Tekst

Tekst

alleen voor

ZH en VPH

waar bekend

Verplicht voor

IC’s; overig

waar bekend

13 Specialisme Specialisme van aanvrager Tekst verplicht

14 Materiaal_r Materiaal Tekst

15 Verkrijgwijze_r Verkrijgwijze materiaal Tekst

16 Herkomst_r Herkomst materiaal Tekst

verplicht

optioneel

waar bekend

17 Vraagstelling Reden aanvraag Tekst waar bekend

18 Bepaling Testmethode (altijd “kwealg”) Tekst verplicht

19 Monsternummer Monsternummer Tekst verplicht

20 Isolaatnummer Volgnummer van isolaat Numeriek verplicht

21 Screening Indicatie of het gaat om een

klinische kweek of een screening

kweek

Volgens codelijst

Annex 2 Tabel A2.3

verplicht

22 Organisme Geïdentificeerd micro-organisme Tekst verplicht

23 Type organisme Subtypering micro-organisme Tekst optioneel

24 Ingevroren Ja/Nee Tekst (J/N) optioneel

25 Opgestuurd Ja/Nee Tekst (J/N) optioneel

26 ESBL-confirmatie De uitslag van de test wordt hier

ingevuld of de confirmatie-test

wordt vermeld in veld 30 als

‘Antibioticum’ ESBL en de uitslag in

veld 36: Einduitslag

27 Carbapenemaseconfirmatie

De uitslag van de test wordt hier

ingevuld of de confirmatie-test

wordt vermeld in veld 30 als

‘Antibioticum’ Carbapenemase en

de uitslag in veld 36: Einduitslag

28 MecA De uitslag van de test wordt hier

ingevuld of de confirmatie-test

wordt vermeld in veld 30 als

‘Antibioticum’ MecA en de uitslag in

veld 36: Einduitslag

zeer

wenselijk

optioneel

zeer

wenselijk

indien van

toepassing

januari 2010 13


Handleiding ISIS-AR

29 PBP2 agglutinatie De uitslag van de test wordt hier

ingevuld of de confirmatie-test

wordt vermeld in veld 30 als

‘Antibioticum’ PBP2 en de uitslag in

veld 36: Einduitslag

zeer

wenselijk

indien van

toepassing

30 Antibioticum Antibioticum Tekst verplicht

31 MIC

geautomatiseerd

Gemeten MIC Vitek/Phoenix etc.

(ruwe data). Wanneer een

laboratorium in het LIMS geen

onderscheid maakt tussen de MIC

uitslagen afkomstig van een Vitek,

Dilutie of Etest, dan wordt de

‘algemene MIC waarde’ in dit veld

opgeslagen.

Tekst

zeer

wenselijk

32 MIC Etest Gemeten MIC (ruwe data) Tekst zeer

wenselijk

33 MIC agar dilutie Gemeten MIC (ruwe data) Tekst zeer

wenselijk

34 Diameter agar

diffusie

35 Disk/Rosco

tabletconcentratie

Gemeten diameter in mm (ruwe

data)

Concentratie van disk of Rosco

tabletten

36 Einduitslag Resistentie interpretatie / uitslag

confirmatie test

37 Uitslag kliniek Resistentie interpretatie zoals

doorgegeven aan kliniek

Tekst

Tekst

Volgens codelijst

Annex 2 TabelA2.4

Idem.

optioneel

optioneel

verplicht

optioneel

5.3 Vertaaltabellen

Voor elk laboratorium worden specifieke vertaaltabellen opgevoerd in ISIS-AR voor conversie

van ruwe data naar de ISIS standaard.

Er zijn 2 typen codelijsten:

Code lijsten op lab locatie : Bij een aantal velden vragen we de laboratoria de data aan te

leveren volgens standaard code lijsten. Dit geldt voor de velden: sexe (nr8), instelling (nr11),

instellingstype (nr10), einduitslag SIR (nr36) en uitslag kliniek SIR (nr37), screening (nr21), en

de confirmatie velden (ESBL, Carbapenemase, MecA, PBP2A) (nr26-29). De coderingen voor

deze velden staan in Annex 2 Tabel A2.1 t/m A2.5, met uitzondering van het veld instelling.

De laboratoria worden verzocht een codering te geven aan de instellingen, die alleen bij hen

bekend is en niet bij het RIVM.

Code lijsten op RIVM locatie: Voor een aantal velden zal er op het RIVM een vertaling

plaatsvinden. Standaard gaat hier om de velden: afdeling (nr12), specialisme (nr13),

materiaal (nr14), vraagstelling/aanvraagcode (nr17), bepaling (nr18), organisme (nr22), en

antibioticum (nr30). De laboratoria sturen via de export voor deze velden hun lokaal

gestandaardiseerde data (bij voorkeur de semantische standaard) die vervolgens op het

RIVM vertaald worden naar de waardes zoals aangegeven in de tabellen A3.1t/m3.5 van

Annex 3. Indien het veld screening (nr21) niet direct kan worden geleverd door het lab, willen

we de informatie (screening/inventarisatie of klinisch) afleiden van het veld vraagstelling

(bijvoorbeeld: keel MRSA swab) en/of de afdeling (bv. afdeling Ziekenhuishygiëne).

Het is de bedoeling dat de labs hun standaard codes en omschrijving van deze codes (bv. bij

afdeling) eenmalig aan het RIVM aanleveren. Het RIVM vult aan de hand hiervan de

vertaaltabellen in ISIS-AR. Deze vertalingen zullen vervolgens door de arts-microbioloog van

het ISIS-team worden gecontroleerd. Bij vragen en/of onduidelijkheden zal contact worden

opgenomen met de arts-microbioloog van het deelnemend laboratorium. De uiteindelijke

vertaaltabellen dienen te worden geautoriseerd door de arts-microbioloog van het betreffende

laboratorium. Deze vertaaltabel wordt m.u.v. veld 11 (vertaling van naam instelling naar code)

januari 2010 14


Handleiding ISIS-AR

gearchiveerd door het ISIS team waarvan een kopie naar het deelnemend laboratorium wordt

gestuurd.

5.4 Testen van query

Zodra de query geschreven en de vertaaltabellen zijn opgenomen in de ISIS-AR database bij

het RIVM, zal er een testfase zijn om de query te optimaliseren. De applicatiebeheerder van

het lab en de datamanager van het ISIS-AR team zullen in nauwe samenwerking de

aansluiting klaar maken voor het maandelijks exporteren van de data (Error! Reference

source not found.).

5.5 Routinematig toesturen van data

Zodra de terugrapportage en de vertaaltabellen zijn geaccordeerd, kan worden overgegaan

tot het routinematig maandelijks versturen van data. Het laboratorium kan hierbij kiezen op

welke wijze hij de bestanden will versturen naar het RIVM, via de mail of secure-FTP.

Duidelijke afspraken dienen verder gemaakt te worden over wanneer de data precies

verstuurd zullen worden. Vaak zullen laboratoria deze procedure ook willen automatiseren. In

Annex 6 staat in meer detail uitgelegd hoe de S-FTP transportmogelijkheid geïmplementeerd

kan worden.

5.6 Stappen plan voor aansluiten lab

In onderstaande tabel staat een overzicht weergegeven van de te nemen stappen voor het

aansluiten van een lab. De beoogde periode waarbinnen de activiteiten plaatsvinden worden

geschat op 3 maanden.

Tabel 5.2: Stappenplan aansluiten MML

Activiteit

Actie

1 Eerste afspraak op het MML voor het doorspreken van de aansluiting. ISIS

2 Indien nodig contract opsturen. ISIS

3 Templates en handleiding aansluiting toesturen. ISIS

4 MML stuurt tabellen met code / omschrijving naar ISIS (zie 5.3). MML

5 ISIS stuurt gemaakte vertaaltabellen ter validatie aan MML. ISIS

6 MML schrijft exportquery LIMS. MML

7 MML en ISIS testen a.d.h.v. test exportbestanden. MML/ISIS

8 Analyse van uitvoer a.d.h.v. terugrapportages door arts-microbioloog ISIS. ISIS

9 Eenmalig toesturen exportbestanden vanaf 1-1-2008. MML

10 Start routinematige maandelijkse aanleveringen. MML/ISIS

11 Afsluitend bezoek op MML met arts-microbioloog en epidemioloog vanuit

ISIS.

MML/ISIS

januari 2010 15


Handleiding ISIS-AR

5.7 Werkzaamheden van een aangesloten laboratorium

Nadat het proces van aansluiting is afgerond zal het laboratorium een maandelijkse

gestandaardiseerde terugrapportage (samenvatting van gestuurde data) ontvangen ter

beoordelen en goedkeuring van de data. Dit overzicht bevat informatie over de pathogenen

met opvallende resistentiepatronen en informatie over de correctheid en compleetheid van de

data. De applicatiebeheerder wordt gevraagd dit feedbackoverzicht te controleren en per e-

mail te accorderen indien dat specifiek wordt gevraagd door de datamanager van ISIS. Dit

laatste zal alleen gebeuren bij twijfel over de kwaliteit van de data of problemen met het

ontvangen van de data. Van de vertegenwoordigers van het deelnemende laboratorium

verwacht dat zij actief en tijdig participeren in het oplossen van eventuele problemen. Jaarlijks

dienen de data door de arts-microbioloog te worden geautoriseerd voorafgaand aan

publicatie in Nethmap en EARSS.

Het proces van verwerking van een maandelijks bestand ziet er als volgt uit:

Samenstellen

exportbestand op

MML

Maandelijks

exportbestand

uit LIMS

Bestand laden

m.b.v. ISIS-AR

ETL

Corrigeren bestand. Zo

nodig opnieuw aanvragen

bij MML.

Nee

Laden

gelukt

Ja

Nee

Genereren

Terugrapportage

Onbekende

coderingen

Nee

Ja

Toevoegen onbekende /

nieuwe labcodes in

vertaaltabellen ISIS-AR.

Zonodig navragen bij MML.

Gedeeltelijk geautomatiseerde, interne

kwaliteitscontrole terugrapportage op

volledigheid, juistheid, etc.

MML Akkoord

Terugrapportage

verzenden aan

MML, eventueel

met opmerkingen /

vragen.

Indien probleemloos

bestand, dan verzenden van

de TR naar het MML binnen

10 werkdagen na

binnenkomst.

Ja

Data als valide

markeren voor

ISISweb

Ja

Wekelijkse routine

laadt data naar

ISISweb

Commentaar of akkoord van

het MML binnen 10

werkdagen. Bij geen reactie

na 10 werkdagen naar

ISISweb.

januari 2010 16


Handleiding ISIS-AR

Van groot belang is ook het ISIS team op de hoogte te stellen van wijzigingen in werkwijze

die zijn opgetreden bij de productie van data of als er wijzigingen zijn opgetreden in LIMS

systeem. Indien dit het geval is dient de applicatiebeheerder per mail aan de ISIS

datamanager door te geven welke wijziging is opgetreden en met welke ingangsdatum. Dit

wordt doorgevoerd in de ISIS database en daarop ontvangt de applicatiebeheerder een

uitdraai van een aangepaste vertaaltabel van zijn laboratorium.

5.8 Spiegelrapportages via website

In 2008 is een werkgroep met vertegenwoordiging van de NVMM en het ISIS-AR team

opgericht om een website te realiseren en een feedback module te definiëren. De bouw van

de website is onder verantwoordelijkheid van het ISIS-AR team uitgevoerd en mede

gefinancierd met de kwaliteitsgelden, die op basis van een subsidieaanvraag (december

2007) door VWS aan de NVMM zijn toegewezen.

De data zullen op verschillende niveaus voor verschillende belanghebbenden beschikbaar

komen:

i) Een deel zal publiek beschikbaar zijn (vergelijkbaar met de EARSS website),

ii) een deel alleen voor de deelnemers met als doel hun eigen data op

gestandaardiseerde wijze te kunnen analyseren en te kunnen vergelijken met

data van andere (geanonimiseerde) laboratoria,

iii) en een deel zal alleen inzichtelijk zijn voor het aanleverende laboratorium zelf

voor gebruik op lokaal niveau bijvoorbeeld t.b.v. ziekenhuishygiëne of

jaarverslagen.

Daarnaast zal er door het ISIS-AR team binnen de database actief worden gezocht naar het

voorkomen van multi-institutionele verheffingen (endemisch en epidemisch) van pathogenen

en/of resistentie patronen, en het optreden van nieuwe resistentie problematiek.

5.9 Extra data t.b.v. spiegeldata en epidemiologie

Om optimale spiegeldata te kunnen genereren is het wenselijk referentie c.q.

achtergrondinformatie te verzamelen van de deelnemende laboratoria en ziekenhuizen (o.a.

gebruikte laboratorium methodieken en ziekenhuis karakteristieken voor noemer in incidentie

cijfers). Dit zal echter alleen plaatsvinden nadat daartoe toestemming zal worden verleend

door de deelnemende laboratoria.

januari 2010 17


Handleiding ISIS-AR

Hoofdstuk 6 Gegevensverstrekking vanuit ISIS-AR

6.1 Verzoek gegevensverstrekking

Een verzoek tot gegevensverstrekking uit de registratie dient schriftelijk bij de

Registratiecommissie te worden ingediend. Hiervoor is een standaard

aanvraagformulier verkrijgbaar bij de secretaris van de Registratiecommissie (Annex 8).

Tevens kunt u dit formulier downloaden van de ISIS-AR website. De aanvraag bevat

tenminste de naam van degene die zich voor de gevraagde gegevens verantwoordelijk stelt,

het doel dat met de gevraagde gegevens wordt beoogd, een omschrijving van die gegevens

die gevraagd worden en het tijdvak waarop deze betrekking hebben.

6.2 Werkwijze gegevensverstrekking

Over een verzoek tot gegevensverstrekking wordt door de Registratiecommissie binnen

6 weken beslist. Voor verstrekking van gegevens die direct of indirect herleidbaar kunnen zijn

tot een deelnemer, is de schriftelijke toestemming van de betrokken deelnemer vereist.

De Registratie-Commissie weigert de gevraagde gegevens te verstrekken indien:

a. Het doel waarvoor de aanvrager een verstrekking vraagt niet in overeenstemming

b. is met het doel van de registratie, zoals geformuleerd in Hoofdstuk 2 Introductie

c. De aanvragende partij geen organisatie met rechtspersoonlijkheid is;

d. De aanvragende partij gezien haar doelstelling en feitelijke werking niet beschikt over

tenminste basiskwalificaties voor wetenschappelijk onderzoek, welke in het

maatschappelijke verkeer algemeen aanvaard zijn, op het terrein van de medische,

biomedische, of biologische wetenschappen;

e. Er gegronde vrees bestaat dat te verstrekken gegevens, direct of indirect, herleidbaar

zijn tot individuele deelnemers of zorgverleners, tenzij van de betreffende deelnemers

of zorgverleners hiervoor schriftelijke toestemming is verkregen;

f. Er gegronde vrees bestaat dat de verstrekking de continuïteit van de registratie in

gevaar brengt.

g. Er een reëel gevaar bestaat op materiële of immateriële schade voor de houder, een

der deelnemers, of voor het beheer van de registratie, als gevolg van de verstrekking

en/of het voorgenomen gebruik van de gegevens.

h. De aanvragende, of een aan haar gelieerde partij bij een eerdere verstrekking niet

heeft voldaan aan de Algemene Voorwaarden voor verstrekking en gebruik van

gegevens (zie bijlage II van het Gebruiksreglement).

Voor beoordeling van een aanvraag gegevensverzoek gebruikt de Registratiecommissie

onderstaande tabel met daarin de beschikbare velden van de ISIS-AR database als richtlijn.

De Stuurgroep ISIS-AR heeft hierin per item (dataveld) vastgesteld of dit item kan worden

vrijgegeven door de registratie- commissie of dat tevens toestemming nodig is van de

deelnemende laboratoria (Tabel 6.1).

Voor elke gegevensverstrekking gelden de Algemene Voorwaarden Gegevensverstrekking,

welke zijn opgenomen in bijlage II van het Gebruiksreglement.

Op basis van een door de Registratiecommissie genomen besluit dat gegevens mogen

worden verstrekt, verstrekt het ISIS-AR team de gevraagde gegevens. In praktijk zal een

medewerker van het ISIS-AR team contact met u opnemen om verdere details te bespreken

en tot verstrekking van de data over te gaan.

Voor verdere details over het verstrekken van gegevens, zie artikel 10 en 11 van het

gebruikreglement. In het gebruiksreglement artikel 8 en 9 staan de rechten van de

deelnemers en de bijzondere gebruiksrechten van de NVMM en het RIVM beschreven

(http://www.rivm.nl/cib/themas/isis-ar).

januari 2010 18


Handleiding ISIS-AR

Tabel 6.1: Beschikbaarheid van ISIS-AR datavelden

na toestemming van:

registratiecommissie

deelnemend

MML 2

1. Patiëntengegevens

Patiëntcode Nee Ja

Patiëntcode geanonimiseerd voor deze aanvraag Ja Nvt

Geboortejaar en –maand Ja Nvt

Leeftijdscategorieën (5 jr) Ja Nvt

Postcodecijfers Nee Ja

Gemeente Nee Ja

Provincie Ja Nvt

Geslacht Ja Nvt

Opnamedatum Nee Ja

2. Gegevens aanvrager

Labcode 3 Ja Ja

Instellingstype Ja Nvt

Instelling 3 Ja Ja

Afdelingstype Ja Nvt

Specialisme aanvrager Ja Nvt

3. Aanvraag gegevens

Aanvraagdatum en/of afnamedatum Ja Nvt

Materiaal Ja Nvt

Reden van kweek (screening, inventarisatie of

klinische indicatie)

Ja

Nvt

Monsternummer Nee Ja

Monsternummer geanonimiseerd voor deze aanvraag Ja Nvt

Isolaatvolgnummer Ja Ja

4. Isolaatgegevens

Organisme Ja Nvt

n.l. de volgende species:

Ingevroren Nee Ja

Opgestuurd Nee Ja

5. Resultaten gevoeligheidsbepalingen

Antimicrobiele middelen Ja Nvt

n.l. de volgende:

MIC resultaten Nee 4 Ja 4

Diameter agar diffusie Nee 4 Ja 4

Confirmatie testen (ESBL/MBL/MecA/PBP2a/..) Ja Nvt

Einduitslag Ja Nvt

Uitslag kliniek Nee Ja

Periode waar de gegevens betrekking op dienen te hebben (dag/mnd/jaar):

vanaf (mogelijk vanaf 01/01/2008)

t/m

Eventuele verdere toelichting/specificering van uw data verzoek:

Toelichting Tabel:

1

Data die op basis van de algemene voorwaarden in principe beschikbaar zijn via de registratie

commissie.

2

Data die alleen beschikbaar zijn na toestemming van de MML(s) waarvan de data afkomstig zijn.

3

MMLs en zorginstellingen zijn geanonimiseerd met behulp van niet herleidbare codes

4

In ontwikkeling in verband met EUCAST standaardisatie (levering data vindt plaats in overleg met

deelnemend MML en epidemioloog ISIS-AR)

januari 2010 19


Handleiding ISIS-AR

Hoofdstuk 7 Juridische aspecten ISIS-AR

7.1 Samenwerkingsovereenkomst en Gebruiksreglement ISIS-AR

In samenwerking met de NVMM en de deelnemende laboratoria is er een nieuw

samenwerkingsovereenkomst en gebruiksreglement opgesteld. De samenwerkingsovereenkomst

wordt aangegaan tussen het deelnemende laboratorium en het Cib/RIVM. In

de samenwerkingsovereenkomst is tevens een mandaat opgenomen (artikel 3) dat de NVMM

namens de deelnemende laboratoria:

a. In de Stuurgroep ISIS-AR met het RIVM/CIb de operationele afspraken te maken over de

inrichtingswijze en uitvoering van de afspraken voortkomend uit deze overeenkomst. In

het bijzonder betreft dit de bevoegdheid om in overleg het RIVM/CIb vast te stellen welke

gegevens worden aangeleverd, verwerkt en aan derden verstrekt.

b. Uitvoering te geven namens het MML aan alle artikelen in deze overeenkomst waar de

NVMM als mandataris genoemd wordt.

Ter acceptatie van de verantwoordelijkheden voortvloeiend uit dit mandaatbesluit wordt de

overeenkomst mede ondertekend door het bestuur van de NVMM.

Het gebruiksreglement is een bijlage van de samenwerkingsovereenkomst.

7.2 Eigendom en verantwoordelijkheid voor gegevens

Het eigendom en de verantwoordelijkheid voor gegevens is vastgelegd in de

samenwerkingsovereenkomst. Samengevat komt dit neer op het volgende:

a. De door het MML aan het RIVM/CIb verstrekte ruwe gestandaardiseerde gegevens

zijn en blijven eigendom van het MML.

b. Het RIVM is verantwoordelijke in de zin van de Wet bescherming persoonsgegevens

en eigenaar van de ISIS-AR database; dat wil zeggen van alle daarin opgenomen

door haar bewerkte c.q. geaggregeerde gegevens.

c. Het RIVM is verantwoordelijk voor het beheer van de database, hetgeen onder meer

betekent dat zij verplicht is er zorg voor te dragen dat de database voldoet aan alle

relevante wet -en regelgeving.

d. Het RIVM is niet verantwoordelijk of aansprakelijk voor de juistheid, volledigheid en

actualiteit van de gegevens uit de ISIS-AR database, die van het MML en de overige

Medisch Microbiologische Laboratoria werden ontvangen.

e. Buiten de afspraken in de samenwerkingsovereenkomst en in het daarbij behorende

Gebruiksreglement is, het zonder de voorafgaande schriftelijke toestemming van de

andere partij, partijen niet toegestaan derden een licentie te verstrekken, inzage te

geven of op andere wijze kennis te laten nemen van voornoemde intellectuele

eigendomsrechten.

7.3 Vertrouwelijkheid van gegevens

Wet Openbaar Bestuur (WOB)

George Haringhuizen, jurist bij het CIb/RIVM heeft een handleiding opgesteld, geaccordeerd

door VWS, hoe om te gaan met verzoeken op grond van de Wet openbaarheid van bestuur

om resultaten of brongegevens van wetenschappelijk onderzoek openbaar te maken.

Hieronder een aantal citaten uit deze handleiding. Het gehele document kunt u downloaden

van de ISIS-AR website (http://www.rivm.nl/cib/themas/isis-ar).

“Introductie

….Bij sommige onderzoekspartners is de vrees ontstaan, dat door hen aan het RIVM/CIb

aangereikte data bij een Wob-verzoek aan derden zouden moeten worden afgestaan. Ten

dele is deze opvatting niet juist, gezien de uitzonderingsgronden die de Wob kent. Niettemin

heeft dit in de praktijk er wel toe geleid dat openlijk twijfel is geuit, of het wel voldoende

vertrouwd is om medewerking aan onderzoek te verlenen. Het directe gevolg hiervan is de

onwenselijke situatie dat onderzoek in gevaar komt, dat noodzakelijk is voor de bescherming

januari 2010 20


Handleiding ISIS-AR

van de volksgezondheid. In de meeste gevallen kan aan verzoeken op grond van de Wob

zonder probleem tegemoet worden gekomen. In sommige gevallen echter worden ruwe

brongegevens opgevraagd, wordt informatie opgevraagd uit onderzoek dat nog niet is

afgesloten, of wordt bijvoorbeeld de naam van betrokken partijen of organisaties opgevraagd

die dat niet wenselijk vinden. Daarnaast komt het voor dat er data gevraagd worden die

afgestaan zijn aan het RIVM door organisaties in het vertrouwen dat deze niet aan anderen

ter beschikking worden gesteld, omdat het naar hun mening bedrijfs- of concurrentiegevoelige

informatie betreft. De Wob verlangt van het bestuursorgaan een afweging van betrokken

belangen, voordat het overgaat tot verstrekking van de gevraagde informatie. In het geval van

aangelegenheden die het onderzoek naar infectieziekten betreffen zijn dit soms complexe

afwegingen, die personen of organisaties diep kunnen raken. Deze handleiding wil daarom

vooraf helderheid verschaffen over de wijze waarop de minister van VWS, als formeel

verantwoordelijke, de uitzonderingsgronden uit de Wob toepast, bij een verzoek om

verstrekking van wetenschappelijke gegevens van het RIVM/CIb. Er worden de motieven en

uitgangspunten in geformuleerd, van waaruit het ministerie van VWS en het RIVM/CIb een

verzoek om informatie op grond van de Wet openbaarheid van bestuur zullen beoordelen,

wanneer dit raakt aan (lopend) wetenschappelijk onderzoek of aan de

gegevensverzamelingen die het RIVM/CIb daarvoor aanlegt….”

“Samenvattende conclusies van deze handleiding.

a. In alle gevallen waarin uit gevraagde informatie een persoon, bedrijf of instelling

herkenbaar herleid zou kunnen worden of een belang van hen geraakt wordt, zal het

ministerie van VWS deze persoon of organisatie vragen een zienswijze

(bedenkingen) te geven over de eventuele verstrekking.

b. Alle facetten van wetenschappelijk onderzoek waarbij het RIVM/CIb is betrokken,

vinden direct of indirect hun grondslag in de publiekrechtelijke taak van het RIVM/CIb.

Alle documenten vallen binnen de reikwijdte van de Wob.

c. De vraag of toepassing van de Wob op deze informatie moet leiden tot

openbaarmaking of tot geheimhouding kan niet in het algemeen worden beantwoord,

maar vergt een concrete afweging per document of onderdeel daarvan. Daarbij

worden de volgende beleidsregels als uitgangpunt genomen:

d. Beleidsregels, niet-ambtelijke adviezen, convenanten en gegevens van belang voor

consumenten zoals aangewezen door Europese of nationale wet- of regelgeving,

worden eigener beweging door het RIVM/CIb gepubliceerd.

e. Het CIb bevordert actief en op vele manieren dat in beginsel alle producten en

resultaten van onderzoek toegankelijk zijn voor onderzoekers en behandelaars, voor

de pers en voor het brede publiek.

f. Informatie over een aangelegenheid betreffende infectieziekten uit onderzoek dat nog

niet is afgesloten met een eindrapport aan de opdrachtgever of met een

wetenschappelijke publicatie, wordt in beginsel niet verstrekt.

g. Informatie uit conceptuele documenten die geproduceerd zijn voordat het onderzoek

werd afgesloten en gepubliceerd, wordt in beginsel niet verstrekt..

h. Direct of indirect op een persoon herleidbare gegevens betreffende infectieziekten

worden niet verstrekt.

i. Het RIVM/CIb zal bedrijven of instellingen waarvan zij gegevens ontvangt, vragen in

hoeverre die gegevens in vertrouwen zijn afgestaan. Voor de openbaarmakingsplicht

onder de Wob voldoet het om gegevens in geaggregeerde vorm te verstrekken,

zodanig dat de informatie niet meer tot instellingen of bedrijven herleidbaar is.

j. Het eventuele recht op inzage of verkrijging van documenten onder de Wob

impliceert niet een recht op hergebruik voor nieuwe producten of publicaties. De

auteursrechten en databankenrechten zijn voorbehouden.

k. Het CIb bevordert – los van Wob-verzoeken - een optimaal gebruik van bestaande

gegevensverzamelingen voor wetenschappelijk onderzoek ten behoeve van de

volksgezondheid. Welke gegevens vrijgegeven kunnen worden voor hergebruik,

wordt per geval bekeken, waarbij het volksgezondheidbelang en maatschappelijke

factoren tegen eventuele private belangen afgewogen dienen te worden.”

januari 2010 21


Handleiding ISIS-AR

Wet Bescherming Persoonsgegevens (WBP)

Vanwege de Wet Bescherming Persoonsgegevens (WBP) mag het RIVM maar over een

beperkt aantal persoonsgegevens beschikken. Via de exportmodule zal het RIVM dan ook

alleen de geboorte maand en jaar, de postcode nummers (geen letters) en het geslacht

ontvangen. Als patiëntnummer wordt een uniek nummer gebruikt dat binnen het LIM systeem

aanwezig is waarmee de patiënt buiten het LIMs systeem niet is te identificeren. Indien dit

niet aanwezig is kan het ziekenhuis-informatiesysteem (ZIS) nummer worden gebruikt.

Zonder ziekenhuis is de patiënt niet te identificeren, dus dit is toegestaan. Ziekenhuizen

kunnen echter besluiten ook het ZIS nummer niet ter beschikking van derden te stellen,

omdat het binnen het ziekenhuis identificatie wel mogelijk maakt. De laboratoria kunnen er

daarom voor kiezen een “one-way” versleuteling uit te voeren. Hierbij wordt de data file

voorafgaand aan verzending op locatie door de applicatiebeheerder bewerkt m.b.v. een

programma dat beschikbaar is bij het ISIS-AR team. Dat kweekuitslagen van patiënten die

meerdere ziekenhuizen bezoeken (en daarmee in verschillende LIMS voorkomen) in dat

geval niet tot dezelfde persoon kunnen worden herleid, geeft slechts een kleine fout in het

kader van surveillance. Deze fout is alleen te voorkomen indien bij de “one-way” versleuteling

gebuikt kan worden gemaakt van een uniek patiënten nummer (zoals het Burger Service

Nummer). Voor meer informatie over het versleuteling programma zie Annex 4.

januari 2010 22


Handleiding ISIS-AR

Annex 1 Uitgebreide toelichting op de velden

NO Veldnaam

1 Labcode Toekenning van labcode door ISIS; bijvoorbeeld “ISIS456”

2 Aanvraagdatum

3 Afnamedatum

Voor de bewerking en analyse van de gegevens moet duidelijk

zijn wanneer het monster afgenomen is. Bij voorkeur wordt

daarvoor de afnamedatum in de analyses gebruikt, echter in

sommige laboratoriasystemen wordt alleen de aanvraagdatum

bijgehouden. Deze zal niet veel verschillen van de

afnamedatum. Eén van de twee data moet vermeld moet.

4 Patiëntcode Dit is een unieke code, gebruikt om de patiënt te herkennen.

Indien dit een code is die niet naar derden mag worden

gestuurd, moet deze versleuteld worden. In ISIS mogen geen

gegevens worden opgeslagen die direct naar de patiënt

herleidbaar zijn. Het is wel van belang dat voor elke patiënt

telkens dezelfde code wordt gebruikt, ook als het gaat over

meerdere aanleveringen. Een patiënt x die wordt opgenomen in

januari 2008 mag dus geen patiënt y heten in augustus 2008.

5 Geboortejaar In de export query wordt uit de geboortedatum het geboortejaar

geëxtraheerd (volledige datum is niet toegestaan)

6 Geboortemaand In de export query wordt uit de geboortedatum de

geboortemaand geëxtraheerd (volledige datum is niet

toegestaan)

7 Postcodecijfers In de export query worden uit de postcode de postcodecijfers

geëxtraheerd. Zo is de geografische locatie ongeveer bekend,

zonder dat te gedetailleerde gegevens worden verzameld.

8 Sexe Geslacht, volgens codelijst: Tabel A 2.1

9 Opnamedatum De meest recente opnamedatum is van belang als een patiënt

meer keer binnen een jaar opgenomen is. Met de opnamedatum

kunnen ziekenhuisinfecties herkend worden. Infecties die

ontstaan in het ziekenhuis na 24 uur na binnenkomst worden als

ziekenhuisinfectie aangemerkt.

Ook wanneer de patiënt meerdere malen per maand wordt

opgenomen, moet de opnamedatum van de patiënt betrekking

hebben op de opname waarin het betreffende monster is

afgenomen.

10 Instellingstype Volgens codelijst: Tabel A 2.2

11 Instelling Laboratorium specifieke codering van instelling. De naam van

de instelling wordt niet aan het RIVM gestuurd. Wanneer uit de

code eenvoudig is af te leiden welke instelling het betreft, wordt

aangeraden deze in de exportquery te hercoderen. Hierbij geldt

wel dat ten behoeve van analyse elke instelling altijd naar

eenzelfde code moet worden vertaald.

12 Afdeling Ziekenhuis specifieke vertaling naar ISIS-codes: Op RIVM

vertaald naar Tabel A 3.1

13 Specialisme Zoals vermeld in het LIMS. Op RIVM vertaald naar Tabel A 3.2

14 Materiaal _r Semantische standaard “materiaal”

Laboratorium specifieke vertaling op het RIVM naar ISIS-codes:

Tabel A 3.3

15 Verkrijgwijze_r Semantische standaard “verkrijgwijze”

16 Herkomst _r Semantische standaard “herkomst”

Er zijn drie velden voor materiaal omdat dit zo in de

semantische standaard is gedefinieerd. Materiaal 1 wordt

vertaald op het RIVM naar de ISIS codes (Tabel A 3.3).

Materiaal 1, 2 en 3 worden rechtstreeks in de DWH opgenomen

ter referentie.

januari 2010 23


Handleiding ISIS-AR

17 Vraagstelling Betreft de onderzoeksvraag. Gaat het bijvoorbeeld om een

pathogene micro-organisme of screening MRSA

Aangezien laboratoria meestel geen screeningsveld (no21)

hebben, willen we aan de hand van de vraagstelling

(bijvoorbeeld: keel MRSA swab) en/of de aanvrager (bv.

afdeling Ziekenhuishygiëne) herleiden of het een

screening/inventarisatie of klinisch isolaat betreft. Indien een lab

geen screening veld (no21) beschikbaar heeft, wordt in overleg

met het laboratorium deze vertaling op het RIVM uitgevoerd.

18 Bepaling De indentificatiemethode: kweek, PCR, etc. Tabel A 3.4

19 Monsternummer Zoals vermeld in het LIMS. Unieke code voor een monster.

Indien dit een code is die niet naar derden mag worden

gestuurd, moet deze versleuteld worden.

20 Isolaatnummer Zoals vermeld in het LIMS. Volgnummer van het isolaat per

monster, meestal 1, maar soms een hoger nummer (als meer

isolaten uit het monster gekweekt/getest worden).

21 Screening Inclusie van screenings-isolaten en inventarisatie kweken in

surveillance overzichten kunnen de resistentiepercentages in

hoge mate beïnvloeden. Onder screening verstaan we kweken

waarbij antibiotica zijn toegevoegd aan de media om selectief te

kweken op resistente micro-organismen (bv VRE en MRSA

kweken).

Onder inventarisatie kweken verstaan we niet-selectieve

kweken die erop gericht zijn de flora van de patiënt in kaart te

brengen (onafhankelijk van het resistentiepatroon) (bv SDD

kweken).

Zie codelijst Tabel A 2.3

22 Organisme Laboratorium specifieke vertaling op het RIVM naar

semantische standaard codes: Tabel A 3.5

23 Type organisme In dit veld kan extra informatie over een organisme ingevoegd

worden over onder meer identificatie of resistentie; bijvoorbeeld

de (sero)groep bij Salmonella of het type O157 bij E.coli

24 Ingevroren ja/nee (of leeg) Is het isolaat / de stam bewaard

25 Opgestuurd ja/nee (of leeg) Is het monster opgestuurd naar een

referentielaboratorium

26 ESBL-confirmatie ESBL wordt hier, of als antibioticum in veld 30 vermeld, de

uitkomst staat dan vermeld in veld 36: Einduitslag volgens

codelijst: Tabel A 2.4. Toelichting: als de datavelden 1-29 van

een isolaat een herhalend identiek blok en de antibiotica

gegevens van 30-37 een variabel blok vormen en de uitslag van

de ESBL-test slechts 1 keer in het herhalend blok staat vermeld,

wordt deze uitslag bij het inlezen van de data door de volgende

regel. De oplossing: ESBL als antibioticum toevoegen.

27 Carbapenemaseconfirmatie

Carbapenemase wordt hier of als antibioticum in veld 30

vermeld, de uitkomst staat dan vermeld in veld 36: Einduitslag

volgens codelijst: Tabel A 2.4. Zie toelichting veld 26.

28 MecA MecA wordt hier of als antibioticum in veld 30 vermeld, de

uitkomst staat dan vermeld in veld 36: Einduitslag volgens

codelijst: Tabel A 2.4. Zie toelichting veld 26

29 PBP2 agglutinatie PBP2 wordt hier of als antibioticum in veld 30 vermeld, de

uitkomst staat dan vermeld in veld 36: Einduitslag volgens

codelijst: Tabel A 2.4; Annex 2. Zie toelichting veld 26

30 Antibioticum Laboratorium specifieke vertaling naar semantische standaard

codes: Tabel A 3.6.

31 MIC

Zoals vermeld in het LIMS

geautomatiseerd

32 MIC Etest Zoals vermeld in het LIMS

33 MIC agar dilutie Zoals vermeld in het LIMS

januari 2010 24


Handleiding ISIS-AR

34 Diameter agar Zoals vermeld in het LIMS (in mm.)

diffusie

35 Disk Roscoconcentratie

Concentratie van disk of Rosco tabletten zoals vermeld in het LIMS

36 Einduitslag De definitieve interpretatie van de microbioloog. Volgens

codelijst: Tabel A 2.4

37 Uitslag kliniek In dit veld staan de uitslagen die aan de kliniek worden

gerapporteerd. Dit is vaak slechts een deel van de uitslagen van

36. Volgens codelijst: Tabel A 2.4

januari 2010 25


Handleiding ISIS-AR

Annex 2 Codelijsten op lab locatie

Tabel A 2.1: Laboratorium codelijst sexe (no 8)

Sexe

man

vrouw

overig / anoniem / anders

Code

M

V

O

Tabel A 2.2: Laboratorium codelijst Instellingstype (no 10)

Instellingstype

Opmerking

Dagbehandeling

D

Kliniek

K

Dagbehandeling en Kliniek DK Indien onderscheid D en K niet mogelijk is

Polikliniek

P

Huisarts HA Incl. andere eerstelijns gezondheidszorg- en

centra; wordt niet gecodeerd bij instelling.

Dialysecentrum

DIA

Brandwondencentrum

BRA

Openbare Gezondheidszorg** OG Aanvragen via GGD’s

Verpleeghuis

PL

Verzorgingshuis/ Woonzorgcombinatie VH

Verpleeghuis/verzorgingshuis/

Woonzorgcombinatie*

PLVH Indien onderscheid VH en PL niet mogelijk dan

indelen bij PLVH

Revalidatiecentra

REV

Ander Ziekenhuis AZ Ziekenhuizen die normaal gesproken een eigen

of ander lab hebben waar de diagnostiek wordt

gedaan. Hiervan is namelijk niet altijd bekend of

het monster afkomstig is uit de kliniek, poli of

dagbehandeling. De code voor de instelling (veld

11) mag in dit geval ook AZ zijn.

Overige OV o.a. Instellingen en woongroepen voor

verstandelijk- lichamelijk gehandicapten /

psychiatrische inst. / zorghotel/

penitentiaire instelling/ Instellingen voor

gehandicapten/ asylzoekerscentrum/

zorgboerderij/ verslavingskliniek

*inclusief revalidatie als dit in een verpleeghuis plaats vindt.

**Volgens ‘Volksgezondheid Toekomst Verkenning, Nationaal Kompas Volksgezondheid’ valt

hieronder: GGD, Verslavingszorg, Forensische geneeskunde, Jeugdgezondheidszorg,

Technische hygiënezorg (Prostitutiebedrijven, Tatoe- en piercingstudio’s e.d.)

Tabel A 2.3: Laboratorium codelijst Screening (no 21)

Screening

Inventarisatie

Inventarisatie/klinisch

Klinisch

Onbekend

Screening

Niet menselijk materiaal/overige

Code

I

IK

K

O

S

N

januari 2010 26


Handleiding ISIS-AR

Tabel A 2.4: Lab codelijst einduitslag, uitslag kliniek, uitslag confirmatietesten (no 26-

29, 36, 37)

Uitslag

Code

Intermediair

I

Resistent

R

Gevoelig

S

Niet af te lezen/ Niet te bepalen ntbe

Negatief

nega

Positief

posi

Niet van toepassing

nvt

Niet uitgevoerd < kolom leeg laten >

januari 2010 27


Handleiding ISIS-AR

Annex 3 Codelijsten op RIVM locatie

De coderingen in deze Annex worden gemaakt door het ISIS-AR team in overleg met het

laboratorium.

A3.1 Afdeling

In de onderstaande indeling van afdelingen wordt rekening gehouden met verschillen tussen

ziekenhuizen. Dit veld wordt alleen ingevuld bij kliniek en dagbehandeling. De kolom

ISIScode (niveau 2) is de meest specifieke codering en dus ook de codering die in het

exportbestand vermeld moet worden.

Tabel A 3.1: ISIS codelijst Afdeling (no 12)

Niveau 1 Code Niveau 2 ISIScode

Interne Geneeskunde A Interne Geneeskunde niet gespecificeerd A

Interne Geneeskunde A Interne Geneeskunde INT

Interne Geneeskunde A Geriatrie GER

Interne Geneeskunde A Oncologie ONC

Interne Geneeskunde A Allergologie ALL

Interne Geneeskunde A Reumatologie REU

Interne Geneeskunde A Endocrinologie END

Interne Geneeskunde A Haematologie HAE

Interne Geneeskunde A Infectieziekten INF

Interne Geneeskunde A Nefrologie NEF

Interne Geneeskunde A Diabetologie DBM

Interne Geneeskunde A Gastroenterologie GAS

Interne Geneeskunde A Scopie Afdelingen SCO

Interne Geneeskunde A Longziekten LNG

Interne Geneeskunde A Cardiologie CAR

Interne Geneeskunde A Coronary care unit CCU

Interne Geneeskunde A Cardiologie/ Coronary care unit CAC

Interne Geneeskunde A Dialysecentrum DIA

Chirurgie B Chirurgie niet gespecificeerd B

Chirurgie B Chirurgie CHI

Chirurgie B Traumatologie TRA

Chirurgie B Vaatchirurgie VCH

Chirurgie B Plastische chirurgie PCH

Chirurgie B Orthopaedie ORT

Chirurgie B Urologie URO

KNO C KNO niet gespecificeerd C

KNO C KNO KNO

KNO C Kaakchirurgie KCH

KNO C Orthodontie ORD

KNO C Tandheelkunde TAN

Thorax Chirurgie D Thoraxchirurgie niet gespecificeerd D

Thorax Chirurgie D Thoraxchirurgie TCH

Thorax Chirurgie D Cardio (pulmonale) chirurgie CPC

ICU E ICU niet gespecificeerd ICU

ICU E ICU Hart/Long ICH

ICU E ICU Chirurgie ICC

ICU E ICU Intern ICI

MCU F Medium care unit MCU

Gynaecologie G Gynaecologie niet gespecificeerd G

Gynaecologie G Gynaecologie GYN

Gynaecologie G Fertiliteitsonderzoek FER

Gynaecologie G Verloskunde/Obstetrie VLK

Neurologie wet. H Neurochirurgie NCH

januari 2010 28


Handleiding ISIS-AR

Neurologie wet. H Neurologie NEU

Dermatologie I Dermatologie DER

Dermatologie I Geslachtsziekten SOA

Kindergeneeskunde J Kindergeneeskunde niet gespecificeerd J

Kindergeneeskunde J Kindergeneeskunde PED

Kindergeneeskunde J Neonatologie/Wiegen NEO

Oogheelkunde K Oogheelkunde OOG

EHBO/Emergency L EHBO/Emergency EHB

Ziekenhuishygiene M Ziekenhuishygiene ZHH

Overig Ziekenhuis O Anaesthesie ANE

Overig Ziekenhuis O Verpleegafdeling VER

Overig Ziekenhuis O Pathologie PAT

Overig Ziekenhuis O Nucleaire geneeskunde NUC

Overig Ziekenhuis O Radiotherapie RAT

Overig Ziekenhuis O Sportgeneeskunde SPO

Overig Ziekenhuis O Rontgenologie RON

Overig Ziekenhuis O Apotheek APO

Overig Ziekenhuis O (Moleculair) microbiologie MIC

Overig Ziekenhuis O Revalidatie REV

Psychiatrie P Psychiatrie PSY

Algemene Afdeling Z Algemene Afdeling Z

januari 2010 29


Handleiding ISIS-AR

A3.2 Specialismen

In onderstaande tabel worden de ISIS-AR

codes voor specialismen weergegeven.

Tabel A 3.2: ISIS codelijst specialismen

(nr13)

Specialisme

Allergologie

Anaesthesie

Anesthesiologie

Anesthesie

Apotheek

Artsen voor Verstandelijk

Gehandicapten

Cardiologie

Cardiochirurgie

Algemene Heelkunde

Chirurgie

Heelkunde

Cardio pulmonale chirurgie

Diabetologie

Dermatologie

Echografie

EHBO/emergency Arts

Endocrinologie

Gastro-enterologie

Geriatrie

Gynaecologie

Obstetrie

Haematologie

Huisarts

Hygiëne

Intensive care unit Arts

IC geneeskunde

Intensivist

Infectieziekten

Interne geneeskunde

Kaakchirurgie

Klinische chemie

Klinische genetica

Code

ALL

ANE

ANE

ANE

APO

AVG

CAR

CCH

CHI

CHI

CHI

CPC

DBM

DER

ECH

EHB

END

GAS

GER

GYN

GYN

HAE

HA

HYG

ICU

ICU

ICU

INF

INT

KCH

KLC

KLG

Keel-, neus- en oorheelkunde

Oto-rhino-laryngologie (KNOheelkunde)

Longziekten

Logopaedie

MCU

Medische Microbiologie

Microbiologie

Neurochirurgie

Nefrologie

Neonatologie

Neurologie

Nucleaire geneeskunde

Oncologie

Oogheelkunde

Orthodontie

Orthopaedie

Pathologie

Plastische chirurgie

Kindergeneeskunde

Phlebologie

Psychiatrie

Radiologie

Radiotherapie

Reumatologie

Revalidatiegeneeskunde

Rontgenologie

Sexuologie

Geslachtsziekten

Sociale geneeskunde

Sportgeneeskunde

Tandheelkunde

Thoraxchirurgie

Traumatologie

Tropische geneeskunde

Urologie

Vaatchirurgie

Verloskunde

Verpleeghuisarts

Overig/ Onbekend

Ziekenhuishygiëne

KNO

KNO

LNG

LOG

MCU

MIC

MIC

NCH

NEF

NEO

NEU

NUC

ONC

OOG

ORD

ORT

PAT

PCH

PED

PHL

PSY

RAT

RAT

REU

REV

RON

SEX

SOA

SOG

SPO

TAN

TCH

TRA

TRO

URO

VCH

VLK

VHA

XXX

ZHH

A3.3 Materiaal

In ISIS-AR worden de gegevens van materiaal, verkrijgwijze en herkomst uit het LIS

verzameld en rechtstreeks opgeslagen in het DWH. Gezien de ervaring van het oude ISIS,

hebben we op deze manier de ruw aangeleverde data in het DWH staan ter controle van de

vertalingen die plaatsvinden op het RIVM. Daarbij zal het detail niet verloren gaan. Indien een

laboratorium de semantische standaard gebruikt komt dit detail rechtstreeks in het

Datawarehouse terecht en is zodoende beschikbaar voor analyse.

Over het algemeen is in laboratoria echter alleen het veld materiaal op lokaal

gestandaardiseerde wijze aanwezig. Voor de nationale basis surveillance kunnen daarom

(voorlopig) alleen de gegevens uit dit veld vertaald worden naar Nethmap en indien mogelijk

naar het gedetailleerdere niveau Nethmap +. Deze vertaling zal op het RIVM plaatsvinden in

overleg met het laboratorium.

januari 2010 30


Handleiding ISIS-AR

Nethmap: berust op een globale indeling van het type materiaal; 1 = bloed, 2 =

liquor, 3 = urine, 4= genitaal, 5 = respitatoir, 6= faeces, 7 =

wond/huid, 8 = pus, 9 =overig

Nethmap2:

Specificering van Nethmap die berust op prevalentie van voorkomen

van standaardcodes voor deze materialen in oude ISIS database.

Aanduiding steriel/niet steriel geeft een indicatie over of het een

“infectie” (steriel) danwel een “infectie of kolonisatie” (niet steriel)

betreft.

Tabel A 3.3: ISIS codelijst materiaal (no 14)

Materiaal_r

Code Code “steriel” Opm.

Nethmap Nethmap2

Bloed 1 (bloed) 1 Ja

Liquor 2 (liquor) 2 Ja

Urine (niet gespecificeerd) 3 (urine) 3

Urine (anders dan catheter) 3 (urine) 3a

Catheter urine 3 (urine) 3b

Genitaal 4 (genitaal) 4

Respiratoir (niet gespecificeerd) 5 (respiratoir) 5

Respiratoir: Lage Luchtweg 5 (respiratoir) 5a Onder

de glottis

Respiratoir: Hoge Luchtweg 5 (respiratoir) 5b

Faeces 6 (faeces) 6

Wond/huid (niet gespecificeerd) 7 (wond/huid) 7

Wond/ulcus 7 (wond/huid) 7a

Huid 7 (wond/huid) 7b

Haar/nagel/huidschilfer 7 (wond/huid) 7c

Pus (niet gespecificeerd) 8 (pus) 8

Pus (anders dan 8b t/m 8g) 8 (pus) 8a Ja

Ascites 8 (pus) 8b Ja

Steriel weefsel of vocht 8 (pus) 8c Ja

C.A.P.D.-vloeistof 8 (pus) 8d Ja

Oog (niet gespecificeerd) 8 (pus) 8e

Oog steriel 8 (pus) 8f Ja

Oog niet steriel 8 (pus) 8g

Vruchtwater 8 (pus) 8h Ja

Onbekende origine/overig 9 (overig) 9a

Bloedprodukt/plasma/serum 9 (overig) 9b

Catheter punt (vasc) 9 (overig) 9c

Drain punt (chir) 9 (overig) 9d

Drain punt (neurochir) 9 (overig) 9e

Maaginhoud 9 (overig) 9f

Urinewegcatheter 9 (overig) 9g

Niet humaan implantatie-materiaal 9 (overig) 9h Ja

n.n.o.

C.A.P.D.-catheter 9 (overig) 9i

Slijmvlies tractus digestivus (was

7d)

9 (overig) 9j Incl.

biopten

Niet klinisch 9 (overig) 9x

januari 2010 31


Handleiding ISIS-AR

A3.4 Bepalingen

Onderstaande tabel toont de codering voor het veld bepaling.

Tabel A 3.4: Codelijst Bepaling (no18)

Bepaling

Code

Pcr

pcr

Kweek

kwealg

antigeen-detectie overig agglov

A3.5 Organismen

In ISIS-AR worden alleen de gegevens van onderstaande pathogenen verzameld. Echter, om

de query te vereenvoudigen kunnen wel gegevens van alle bacteriën toegestuurd worden.

Binnen de ISIS-AR database vindt filtering plaats van de soorten. In de query is het de

bedoeling dat de labs de bacteriesoorten volgens hun lokale standaard of semantische

standaard exporteren en niet Shigella dysenteriae al op het lab. in Shigella spp omzettten. Op

het RIVM vindt dan de vertaling (en in sommige gevallen groepering) plaats. Binnen ISIS

wordt indien aanwezig de csem (code semantische standaard) gebruikt.

januari 2010 32


Handleiding ISIS-AR

Onderstaande tabel bevat de codering

voor het veld organisme.

Tabel A 3.5: Codelijst Organismen (no

22)

Bacterie

Escherichia coli

Klebsiella pneumoniae

Klebsiella oxytoca

Enterobacter cloacae

Enterobacter hormaechei

Citrobacter freundii

Citrobacter braakii

Citrobacter sedlakii

Citrobacter werkmanii

Citrobacter youngae

Serratia marcescens

Morganella morganii

Proteus mirabilis

Salmonella enteritidis

Salmonella paratyphi type C

Salmonella paratyphi type A

Salmonella paratyphi type B

Salmonella typhi

Salmonella typhimurium

Salmonella spp*

Salmonella groep A*

Salmonella groep B*

Salmonella groep C1*

Salmonella groep D*

Shigella boydii

Shigella dysenteriae

Shigella flexneri

Shigella sonnei

Shigella species

Yersinia aldovae

Yersinia bercovieri

Yersinia enterocolitica

Yersinia frederiksenii

Yersinia intermedia

Yersinia kristensenii

Yersinia mollaretti

Yersinia pestis

Yersinia pseudotuberculosis

Yersinia rohdei

Yersinia ruckeri

Yersinia species

Acinetobacter alcaligenes

Acinetobacter anitratus

Acinetobacter baumannii

Acinetobacter calcoaceticus

Acinetobacter haemolyticus

Acinetobacter johnsonii

Acinetobacter lwoffii

Acinetobacter species

Pseudomonas aeruginosa

Staphylococcus aureus

Staphylococcus arlettae

csem

esccol

klepne

kleoxy

enbclo

enbhor

citfre

citbra

citsed

citwer

cityou

sermar

mrgmor

promir

salent

salpac

salpaa

salpab

saltyp

saltym

salspp

salgrA

salgrB

salgrC1

salgrD

shiboy

shidys

shifle

shison

shispp

yerald

yerber

yerent

yerfer

yerint

yerkri

yermol

yerpes

yerpse

yerroh

yerruc

yerspp

acialc

aciani

acibau

acical

acihae

acijoh

acilwo

acispp

pseaer

staaur

staarl

Staphylococcus auricularis

Staphylococcus capitis

Staphylococcus caprae

Staphylococcus carnosus

Staphylococcus caseolyticus

Staphylococcus chromogenes

Staphylococcus cohnii

Staphylococcus delphini

Staphylococcus epidermidis

Staphylococcus equorum

Staphylococcus felis

Staphylococcus gallinarum

Staphylococcus haemolyticus

Staphylococcus hominis

Staphylococcus hyicus

Staphylococcus intermedius

Staphylococcus kloosii

Staphylococcus lentus

Staphylococcus lugdunensis

Staphylococcus muscae

Staphylococcus pasteuri

Staphylococcus piscifermentans

Staphylococcus pneumoniae

Staphylococcus pyogenes

Staphylococcus saccharolyticus

Staphylococcus saprophyticus

Staphylococcus schleiferi

Staphylococcus sciuri

Staphylococcus simulans

Staphylococcus vitulus

Staphylococcus warneri

Staphylococcus xylosus

Enterococcus faecalis

Enterococcus faecium

Enterococcus gallinarum

Enterococcus spp

Enterococcus avium

Enterococcus casseliflavus

Enterococcus cecorum

Enterococcus columbae

Enterococcus dispar

Enterococcus flavescens

Enterococcus sulfureus

Enterococcus hirae

Enterococcus malodoratus

Enterococcus mundtii

Enterococcus pseudoavium

Enterococcus raffinosus

Enterococcus saccharolyticus

Enterococcus seriolicida

Enterococcus solitarius

Enterococcus durans

Streptococcus agalactiae

Streptococcus pneumoniae

Streptococcus pyogenes

Streptococcus dysgalactiae

equisimilis

ß-haemolytische streptokokken

groep A

staarc

stacap

stacpr

stacar

stacas

stachr

stacoh

stadel

staepi

staequ

stafel

stagal

stahae

stahom

stahyi

staint

staklo

stalen

stalug

stamus

stapas

stapis

stapne

stapyo

stasac

stasap

stasch

stasci

stasim

stavit

stawar

staxyl

encfcl

encfcm

encgal

encspp

encavi

enccas

enccec

enccol

encdis

encfla

encsul

enchir

encmal

encmun

encpse

encraf

encsac

encser

encsol

encdur

straga

strpne

strpyo

streqs

bstrgrA

januari 2010 33


Handleiding ISIS-AR

ß-haemolytische streptokokken

groep B

ß-haemolytische streptokokken

groep G

Listeria monocytogenes

Neisseria meningitidis

Campylobacter jejuni

Campylobacter lari

Haemophilus influenzae

Moraxella catarrhalis

Branhamella catarrhalis

Helicobacter pylori

Mycobacterium tuberculosis

Mycobacterium tuberculosis

complex*

Stenotrophomonas

(Xanthomonas) maltophilia

bstrgrB

bstrgrG

lismon

neimen

camjej

camlar

haeinf

morcat

helpyl

myctub

myctuc

stemal

* gebruiken indien niet verder tot species

niveau gedetermineerd.

Schimmels/gisten

Aspergillus flavus

Aspergillus fumigatus

Aspergillus terreus

Aspergillus spp

Candida albicans

Candida glabrata

Candida krusei

Candida parapsilosis

Candida tropicalis

Candida spp

csem

aspfla

aspfum

aspter

aspspp

canalb

cangla

cankru

canpar

cantro

canspp

A3.6 Antibioticum

In ISIS-AR wordt alleen de gegevens van de klinische en epidemiologisch relevante

antibiotica verzameld, echter om de query te vereenvoudigen kunnen wel gegevens van alle

antibiotica toegestuurd worden. Binnen het datawarehouse vindt filtering plaats van

antibiotica. Antibiotica worden als ze niet met de semantische standaard in het LIMS

gecodeerd zijn op het RIVM vertaald. Binnen ISIS wordt indien aanwezig de semantische

standaard codering gebruikt.

Tabel A 3.6: Codelijst Antibioticum (no

30)

Antibioticum

amikacine

amoxicilline

amoxicilline/clavulaanzuur

ampicilline

ampicilline/sulbactam

azitromycine

aztreonam

bacitracine

benzylpenicilline

capreomycine

carbenicilline

cefaclor

cefalexine

cefalotine

cefamandol

cefazoline

cefepime

cefotaxim

cefotaxim/clavulaanzuur

cefotetan

cefoxitine

cefpirom

cefpodoxim

cefpodoxim/clavulaanzuur

cefradine

ceftazidim

ceftazidim/clavulaanzuur

ceftibuten

csem

amik

amox

amcl

ampi

apsu

azit

aztr

baci

bepe

capr

carb

cfcl

cflx

cflt

cfmn

cfzl

cfpi

cftx

cxcl

cftt

cfxt

cfpr

cfpd

cecl

cfrd

cftz

czcl

cfbu

ceftriaxon

cefuroxim

cefuroximaxetil

chlooramfenicol

ciprofloxacine

claritromycine

clindamycine

cloxacilline

colistine

cycloserine

daptomycine

doxycycline

ertapenem

erytromycine

ethambutol

feneticilline

fenoxymethylpenicilline

flucloxacilline

fosfomycine

fusidinezuur

gatifloxacin

gentamicine

gentamicine High Level Res

imipenem

isoniazide

kanamycine

kanamycine High Level Res

levofloxacin

linezolid

meropenem

meticilline

metronidazol

cftr

cfrx

cfax

chlo

cipr

clar

clin

clox

coli

cycl

dapt

doxy

erta

eryt

etha

fene

fepe

flux

fosf

fusi

gati

gent

gehl

imip

ison

kana

kahl

levo

line

mero

meti

metr

januari 2010 34


Handleiding ISIS-AR

minocycline

mino

moxifloxacin

moxi

mupirocine

mupi

mupirocine high level

muhl

nalidixinezuur

nali

neomycine

neom

netilmicine

neti

nitrofurantoïne

nitr

norfloxacine

norf

ofloxacine

oflo

oxacilline

oxal

p-Aminosalicylzuur

amin

penicilline

peni

pipemidinezuur

pipz

piperacilline

pipc

piperacilline/tazobactam

pita

polymyxine B

polb

propamidine

prop

protionamide

prot

pyrazinamide

pyra

quinupristine/dalfopristine

quda

rifabutine

rifb

rifampicine

rifa

roxitromycine

roxi

sparfloxacine

spar

spectinomycine

spec

streptomycine

stre

streptomycine high level res

sthl

sulfamethoxazol

sfmx

sulfonamide

sfna

teicoplanine

teic

temafloxacin

tema

temocilline

temo

tetracycline

tetr

thiacetazone

thia

ticarcilline

tica

ticarcilline/clavulaanzuur

ticl

tigecycline

tige

tinidazol

tini

tobramycine

tobr

trimethoprim

trim

trimethoprim/sulfamethoxazol

trsx

trimethoprim/sulfametrol

trsm

trovafloxacine

trov

vancomycine

vanc

ESBL-confirmatietest

esbl

Carbapenemase-confirmatie

caco

MecA

meca

PBP2 agglutinatie

pbp2

Antimyoticum

csem

amfotericine B

amfb

caspofungin

casp

fluconazol

fluc

itraconazol

itra

voriconazol

vori

januari 2010 35


Handleiding ISIS-AR

Annex 4 Versleuteling van patiëntnummer

A4.1 Algemeen

Het versleutelen van patiëntnummer dient op locatie te gebeuren. Om de patiëntnummers te

versleutelen, is op het RIVM een Windows programma ontwikkeld. Dit programma gebruikt

voor de versleuteling het MD5 algoritme. Dit levert een tekstreeks op van 32 tekens. Meer

informatie over dit algoritme kan worden gevonden op http://nl.wikipedia.org/wiki/MD5 . Het

programma is op te vragen bij Jos Monen (jos.monen@rivm.nl) of te vinden op

www.rivm.nl/cib/themas/isis-ar.

A4.2 Achtergrond MD5 algoritme

Oorspronkelijk was dit algoritme bedoeld als integriteit controle. Dat wil zeggen dat naast een

tekst de hash waarde van die tekst wordt meegestuurd. Is er iets in de tekst veranderd, zal er

niet meer dezelfde waarde uit de hash functie komen, waarmee de tekst manipulatie

aangetoond is. Voor dit doel is de MD5 functie niet meer geschikt, omdat het met een

computer mogelijk is om in een beperkte tijd een tekst te produceren die dezelfde hash

oplevert. Voor ons doel is dit niet van belang, ons interesseert alleen de kans dat

verschillende patiëntnummers dezelfde letterreeks opleveren. Deze kans blijkt

verwaarloosbaar klein te zijn ( < 10-38 ).

A4.3 Werking van het programma

Na opstarten wordt er een scherm getoond waar het te converteren bestand kan worden

gekozen.

De naam van het resultaat bestand kan worden ingevuld (het programma stelt zelf de naam

out- voor). Druk op “Converteer bestand”, en na enkele

seconden is het bestand geconverteerd. In een venster wordt aangegeven hoeveel regels er

zijn geconverteerd. Het programma kan nu worden gesloten.

januari 2010 36


Handleiding ISIS-AR

Annex 5 Exporteren van data uit LIMS

A5.1 Algemene informatie

• Applicatiebeheerders kunnen met betrekking tot de aansluiting van een participerend lab

contact opnemen met het datamanagement van ISIS-AR (zie Tabel 2.1: ISIS-AR team

CIb).

• Voor de versleuteling van patiëntnummers is een one-way versleuteling tool beschikbaar

bij het ISIS-team (Annex 4).

ISIS houdt zich zoveel mogelijk aan de semantische standaard. Als laboratoria ook de

semantische standaard hanteren, beperkt dit de hoeveelheid lab specifieke vertaling die

plaats moet vinden op het RIVM. Het STUF veld, dat oorspronkelijk voor het oude ISIS

aan sommige LIMS systemen is toegevoegd kan worden gebruikt voor het invoeren van

de semantische standaard.

• Gebruik in de CSV files de pipe ‘|’ als scheidingsteken en geen komma of puntkomma

omdat deze tekens soms in tekst gebruikt worden.

• Het uitgangspunt van de database is het micro-organisme, waarbij informatie over

gevoeligheids bepalingen, demografische (niet herleidbare) patiëntgegevens en

instellingsinformatie worden gevraagd. Verplichte velden zijn absoluut noodzakelijk voor

opname van de data in de database. Optionele velden zijn noodzakelijk voor een goed

resistentie surveillance.

• Screening veld: Onderverdeling of de kweek om klinische, inventarisatie of screening

reden is ingezet. Bij weinig laboratoria is deze informatie direct uit een veld af te leiden.

Daarom vragen we ook om het veld ‘vraagstelling’. De vraagstelling bepaalt hoe de

kweek wordt ingezet en hieruit is vaak af te leiden of het om een klinische (K),

inventarisatie (I) of screenings (S) kweek gaat.

• Bepaling veld: Bij het veld bepaling wordt gevraagd om de identificatiemethode; kweek,

PCR, etc. Discussiepunt bij dit veld is dat de PCR gegevens niet bij alle laboratoria

onderdeel zijn van de bacteriologie database, maar uit een andere database komen.

Oplossing is hier een aparte kleine query voor te schrijven.

• De VITEK slaat confirmatie testen (ESBL, BELA) als ‘antibiotica’ uit, en komt zodoende

ook in het antibioticaveld terecht.,de ETL van ISIS kan overweg met zowel de invulling

van de confirmatietesten in het veld antibioticum en natuurlijk ook met de invulling van de

confirmatietesten in de hiervoor bedoelde velden.

• De ETL vereist dat of alle confirmatietesten in het antibioticumveld of alle

confirmatietesten in de confirmatietestvelden vermeld wordt .

• Waar ook op gelet dient te worden is dat bijvoorbeeld Cefoxitin zowel screening +/- als

SIR kan zijn. De uitslag screening +/- wordt niet als gevoeligheidsbepaling opgenomen in

de ISIS-AR database.

• Tijdens de pilot is aanvraag categorie van Instelling type en instelling afgeleid, maar

wellicht is dit niet bij alle laboratoria mogelijk.

• Wanneer een lab data heeft ingestuurd wordt er een automatische feedback gegenereerd

die wordt terug gekoppeld aan het lab voor controle. De terugkoppeling geeft een

samenvatting van de opgestuurde data en een lijst van bijzondere resistenties, die ook

kunnen dienen als een handig overzicht van de stand van zaken in een lab.

januari 2010 37


Handleiding ISIS-AR

A5.2 Specifieke informatie voor MICROS query

• One-way versleuteling tool is voor MICROS waarschijnlijk niet nodig aangezien er in de

MICROS database een additionele ID patiënt nr aanwezig is dat gebruikt kan worden.

Deze code is uniek wanneer hij gekoppeld wordt aan de Labcode. Dit betekent dat een

extra versleuteling handeling niet nodig is.

• In MICROS kan een veld worden toegevoegd waar default vanuit de ‘vraagstelling’ een

indeling naar K/I/S gemaakt kan worden.

• Bij het MICROS systeem wordt achter elke test die gedaan is (Etest, VITEK, disk diffusie)

een SIR wordt uitgeslagen. In de ISIS database is het juist van belang dat er 1 einduitslag

(op basis van de gedane testen) beschikbaar is. Verschillende oplossingen zijn hiervoor

geopperd. Uiteindelijk is besloten dat de laboratoria alle testwaardes inclusief SIR

interpretatie opsturen. In de DWH wordt een rangorde van de testmethode

geimplementeerd om tot 1 einduitslag SIR te komen. Het resultaat van een Etest

prefereert. Als een Etest gedaan is, zal de SIR interpretatie van deze methode in de het

einduitslag veld terecht. De volgorde is

1- Etest;

2- Agar dilutie;

3- Disk diffusie;

4- Vitek of Phoenix.

• MICROS biedt de mogelijkheid taken te automatiseren met Windows scheduler. Dit

maakt het op termijn mogelijk de export te automatiseren.

• De definitieve rapportage dient uit de historie gehaald te worden. Zo is duidelijk dat de

kweken zijn afgerond en geautoriseerd.

• Tijdens de pilot is Labfocus gebruikt om de query te schrijven, dus het is handig als een

lab hierover beschikt. Zonder Labfocus is het ook mogelijk om een query te schrijven.

A5.3 Specifieke informatie voor GLIMS query

• Het principe van de export voor GLIMS is dat alle informatie van één monster op één

regel komt te staan met een eenduidig einduitslag S/I/R per getest antibiotica. Naast de

einduitslag S/I/R is er ook een veld om de einduitslag S/I/R aan te geven zoals hij is

doorgegeven aan de kliniek.

• Tijdens de pilot is de statistiek module gebruikt voor het schrijven van de query.

• Alternatieven voor het one-way versleuteling programma zijn; 1) Gebruik van de

technische sleutel vanuit GLIMS. Het probleem hierbij is dat deze uniek is totdat je de

database gaat converteren. Versleuteling kan nu nog niet intern in GLIMS. 2) Procedure

opnemen in de script taal.

• Het GLIMS systeem kan geen geautoriseerde kweken definiëren, dus moet bepaalt

worden hoeveel tijd het kost voordat een kweek resultaat definitief is afgerond. Voor het

merendeel van de kweken duurt dit maximaal 2 weken. Besloten kan worden om

daardoor 2 weken na het aflopen van een maand, de data van de kweken die die maand

zijn ingezet te versturen.

januari 2010 38


Handleiding ISIS-AR

Annex 6 Veilig verzenden van databestanden

A6.1 Secure FTP (SFTP)

SFTP is een protocol waarmee bestanden kunnen worden uitgewisseld, waarbij de data in de

bestanden wordt versleuteld met behulp van een certificaat voordat deze wordt verstuurd. Bij

ontvangst worden de gegevens weer terugvertaald naar het originele bericht.

Op locatie bij het RIVM staat de SFTP server met onderstaand adres:

sftp01-dmz.rivm.nl

Om bestanden te kunnen versturen vanuit het lab naar deze server is het volgende benodigd:

Gebruikersaccount en wachtwoord. Deze worden verstrekt door het datamanagement van

ISIS-AR wanneer u aangeeft gebruik te willen maken van SFTP.

Een SFTP client programma naar keuze. Een SFTP client is een programma waar verbinding

kan worden gemaakt met de SFTP server. Vervolgens kunt u met behulp van dit programma

bestanden naar de server uploaden. Er zijn programma’s die gebruik maken van een

gebruikersinterface (GUI). Om de maandelijkse verzending te automatiseren kunt u gebruik

maken van een SFTP client die een command line utility meelevert. Welke software voor een

betreffend lab het meest geschikt is hangt ook af van de netwerkarchitectuur en het

besturingssysteem van het lab.

Enkele voorbeelden van veel gebruikte SFTP client software:

Eigenschap

Productnaam

Licentiemodel

URL

Operating System

Type

Waarde

FileZilla

“FileZilla is open source software distributed under the terms of the GNU

General Public License. Basically this means that everyone, including

corporate entities, can use FileZilla, including but not limited to private,

educational and commercial use.”

http://wiki.filezilla-project.org

Windows, Linux, Max OS X

Gebruikersinterface

Eigenschap

Productnaam

Licentiemodel

URL

Operating System

Type

Waarde

WinCSP

GNU General Public License

http://winscp.net

Windows

Gebruikersinterface

Commandline / Scripting

januari 2010 39


Handleiding ISIS-AR

A6.2 Scripting met WinCSP

Met het programma WinCSP is het mogelijk met behulp van een script het verzenden van het

exportbestand te automatiseren. Hiertoe dienen twee tekstbestanden te worden gemaakt. Het

eerste bestand bevat het script met SFTP commando’s. Het tweede is een batch bestand, dat

het script aanroept.

Voorbeeldbestanden (specifiek voor WinCSP)

Voorbeeldscript "upload_to_isis.txt"

# Connect to ISIS-AR SFTP server

open sftp://accountname:password@sftp01-dmz.rivm.nl

put .\filename.csv

close

exit

Met het volgende batch bestand wordt het script gestart.

Voorbeeld batchbestand "go.bat"

winscp.exe /console /script=upload_to_isis.txt

Meer informatie over alle mogelijkheden over de scripts is te vinden op de website van de

leverancier van WinCSP.

A6.3 Account en wachtwoord

Gebruikersaccount en wachtwoord ontvangt u van de datamanager van ISIS-AR. Het is

momenteel nog niet mogelijk om zelf het wachtwoord te wijzigen. Wilt u het wachtwoord

wijzigen, stuur dan een e-mail naar jeroen.alblas@rivm.nl.

A6.4 Achtergrondinformatie SFTP

SFTP staat voor SSH 1 File Transfer Protocol (ook wel Secure File Transfer Protocol) en

maakt gebruik van het SSH protocol (TCP port 22) voor beveiligde bestandsoverdracht. SFTP

is iets anders dan FTP over SSH. SFTP is een nieuw protocol, ontwikkeld door de IETF 2

SECSH working group.

Het SFTP protocol zorgt zelf niet voor autenticatie en beveiliging. Dit wordt volledig gedaan

door het SSH protocol. Het protocol verzorgt een beveiligde, virtuele tunnel over het internet.

Alle gegevens, inclusief wachtwoorden, worden versleuteld verzonden.

1 Secure Shell

2 http://tools.ietf.org/wg/secsh/draft-ietf-secsh-filexfer/

januari 2010 40


Handleiding ISIS-AR

Annex 7 Maandelijkse terugrapportage

De maandelijkse terugrapportage heeft tot doel:

- De controle of de data in de database van ISIS-AR overeenkomt met de data in het

LIMS op de laboratoria. De terugrapportage is gebaseerd op de gegevens in een

specifieke aanlevering vanuit het lab.

- Het signaleren van bijzondere resistentie en BRMO’s.

Ad1. De controle van de data in de maandelijkse terugrapportage bestaat uit een aantal

stappen:

1. Bij het inlezen van een maandelijkse datafile wordt gecontroleerd of de verplichte velden

in elk veld ingevuld staan.

2. Bij het inlezen van de data wordt gecheckt of de waarden overeenkomen met de

gegevens uit de ‘vertaaltabellen’.

3. Van deze twee stappen wordt automatisch een log gemaakt. Dit log wordt naar het

laboratorium teruggekoppeld.

4. Tevens wordt een overzicht gemaakt van de data van de maand en vergeleken met het

gemiddelde van de voorafgaande maanden, ook deze gegevens staan in het

feedbackrapport.

5. Jaarlijks willen we in fasen de gegevens van elke bacterie die deel uitmaakt van de

surveillance terugkoppelen met het laboratorium, ook deze gegevens van de ‘bacterie

van de maand’ staan in het feedbackrapport.

januari 2010 41

More magazines by this user
Similar magazines