PDF-Mol-utv-bio-stamceller-Sigurd From-april-2004.pdf
PDF-Mol-utv-bio-stamceller-Sigurd From-april-2004.pdf
PDF-Mol-utv-bio-stamceller-Sigurd From-april-2004.pdf
You also want an ePaper? Increase the reach of your titles
YUMPU automatically turns print PDFs into web optimized ePapers that Google loves.
Momenter ved undervisningen i<br />
<strong>Mol</strong>ekylær r <strong>utv</strong>iklings<strong>bio</strong>logi<br />
og<br />
embryo- / stamcelle- relaterte<br />
teknologier<br />
ved<br />
<strong>Sigurd</strong> H. <strong>From</strong>
INNHOLDSFORTEGNELSE<br />
1 Innledning<br />
2 Generelle molekylære mekanismer / fenomener under ontogenesen.<br />
Basis for funksjonell genomikk<br />
3 <strong>Mol</strong>ekylære mekanismer for styring - og opprettholdelse - av<br />
ekspresjonsmønstre som basis for stabil celledifferensiering<br />
4 Endogene og eksogene signalsystemer som påvirker gen-ekspresjon.<br />
Morfogenetiske gradienter<br />
5 <strong>Mol</strong>ekylære mekanismer ved bestemte faser i embryogenesen<br />
6 Embryo - relaterte teknologier. Medisinske implikasjoner<br />
7 Kloning og <strong>stamceller</strong>. Ex vivo embryogenese<br />
Appendix 1:<br />
Appendix 2:<br />
Appendix 3:<br />
Appendix 4:<br />
Ordliste - Definisjoner<br />
Tidsinndelinger av fosterperioden hos mennesket<br />
Litteratur - referanser<br />
Web - referanser
1 INNLEDNING<br />
1<br />
Betegnelsen UTVIKLINGSBIOLOGI har tradisjonelt omhandlet det enkelte individs <strong>utv</strong>ikling fra éncelletrinnet<br />
gjennom fosterperioden, - og for mange arters vedkommende, også frem til voksen<br />
organisme og død (ontogenesen).<br />
EVOLUSJONSLÆREN på den annen side dreier seg om artenes <strong>utv</strong>ikling på jorden (fylogenesen).<br />
Bruk av molekylær<strong>bio</strong>logiske og molekylærgenetiske analysemetoder i <strong>utv</strong>iklings<strong>bio</strong>logien i de siste 20<br />
år har vist oss den nære sammenheng det er mellom disse disipliner. Det er utallige eksempler på at gener<br />
og proteiner som først er blitt identifisert i enklere arter, særlig bananflue, men også gjærceller og<br />
bakterier, er konservert opp gjennom dyrerekken. Til dels utfører de tilsvarende eller lignende funksjoner<br />
hos mus og menneske som i de enklere arter.<br />
De pågående genom- og proteom-prosjekter bekrefter i høy grad dette, og de vil ha en enorm innflytelse<br />
på fagområdet MOLEKYLÆR UTVIKLINGSBIOLOGI i tiden fremover. <strong>Mol</strong>ekylær<br />
<strong>utv</strong>iklings<strong>bio</strong>logi vil i stadig større grad omfatte både de fylogenetiske og ontogenetiske aspekter ved de<br />
forskjellige former for liv her på jorden.<br />
Man regner med at det idag finnes et sted mellom 10 og 100 millioner levende arter på jorden; de aller<br />
fleste er éncellede. Fundamentale fellestrekk for alle celler er:<br />
- De lagrer sin arveinformasjon i DNA<br />
- De replikerer sin arveinformasjon ved templat polymerisering<br />
- De transkriberer deler av sin arveinformasjon til samme type (intermediært) produkt: RNA<br />
- De translaterer RNA til proteiner på samme måte<br />
Alle arter plasseres nå i tre hovedgrupper som vist i følgende figur hentet fra ”<strong>Mol</strong>ecular Biology of The<br />
CELL”, 4. utgave, 2002: (=The CELL”)<br />
Figur 1 - 1
Følgende figur gir en oversikt over størrelsene til genomer for store grupper:<br />
2<br />
Figur 1 -2<br />
Det er antatt at det trengs minimum 200-300 forskjellige gener for å gi en proteinbefolkning som er<br />
nødvendig for de enkleste celleformer (”minimumsgenom”). Forsøk er i gang for in vitro å lage en<br />
”celle” med et slikt antall gener.<br />
Ut i fra hva vi idag vet om arveinformasjon for alt levende, så har alle arter ca 200 gen-familier felles.<br />
Neste illustrasjon fra The CELL-2002 gir en oversikt over disse:<br />
Table 1 - 1<br />
Gjennom evolusjonen har nye gener (og dermed arter) oppstått fra allerede eksisterende former. Vi<br />
kjenner i dag ingen måter som fører til at det i naturen kan dannes helt nye gener fra ”scratch”.
Neste figur viser fire vanlige veier for ”genetisk innovasjon” og som utgjør hovedmekanismer for<br />
molekylære evolusjon i de siste 2 – 4 milliarder år:<br />
3<br />
Figur 1 - 3<br />
Med ontogenesen forstår man det enkelte individs <strong>utv</strong>ikling fra fertilisasjonen til individets død.<br />
Tradisjonelt har <strong>utv</strong>iklings<strong>bio</strong>logi i denne sammenheng omfattet en omtale av individets <strong>utv</strong>ikling fra<br />
fertilisasjon til fødsel, ofte brukt synonymt med embryologi. I dag blir det mer og mer vanlig å<br />
anvende betegnelsen molekylær <strong>utv</strong>iklings<strong>bio</strong>logi om endringsprosessene under hele ontogenesen.<br />
I vår sammenheng vil omtalen av molekylær <strong>utv</strong>iklings<strong>bio</strong>logi stort sett være begrenset til<br />
menneskets <strong>utv</strong>ikling i de to første månemånedene etter fertilisasjonen, også kalt den egentlige<br />
embryonalperioden, samt tilsvarende periode hos enkelte modelorganismer som mus. Utviklingen av<br />
kjønnscellene, gametogenesen, vil også inngå da dette representerer en essentiell forutsetning for<br />
etablering av et nytt individ<br />
For mange kan det kanskje også være uklart hvorfor slike kunnskaper er nødvendige for fremtidig<br />
yrkesutøvelse. MOLEKYLÆR UTVIKLINGSBIOLOGI er ikke en samling teoretisk tankegods, men<br />
dreier seg om basale problemer som burde oppta oss alle. Og som i høy grad også har praktiskt relevans.<br />
Tidsskriftet ”Cell” er av de fleste regnet som det fremste av alle tidsskrift innen moderne <strong>bio</strong>medisin med<br />
en meget stor redaksjonsstab av de ypperste forskere fra hele verden på dette fagfeltet. Over halvparten av<br />
disse definerer seg selv som <strong>utv</strong>iklings<strong>bio</strong>loger, og de har i høy grad vært blant de fremste til å skape<br />
grunnlaget for molekylær <strong>bio</strong>logi, molekylær genetikk og molekylær medisin og molekylær cellemedisin.<br />
Teknologier for gen-diagnostikk, preimplantasjonsdiagnostikk, gen-terapi, in vitro<br />
fertilisasjon, transgene dyr som modeller for human-sykdommer, komparativ<br />
genomikk, ”knock-down” teknologier (som RNAi), kloning og <strong>stamceller</strong> osv. er i høy<br />
grad <strong>utv</strong>iklet av forskere som arbeider innen <strong>utv</strong>iklings<strong>bio</strong>logi. Dette er alle eksempler<br />
på områder som i tiden fremover vil få stadig større betydning for klinisk<br />
yrkesutøvelse. Dette heftet inneholder derfor et avsnitt om ”Embryo- og <strong>stamceller</strong>elaterte<br />
teknologier”.<br />
De mest dramatiske begivenheter i <strong>bio</strong>medisinen i de siste årene er knyttet til<br />
kloningen av sauen ”Dolly” og dens etterfølgere, - sammen med etableringen av<br />
embryonale <strong>stamceller</strong> (ES-celler) fra mennesket. Det er ikke lengre utenkelig at man<br />
kan ta en differensiert celle fra en pasient og omgjøre denne til en ES-celle gjennom<br />
det som kalles ”terapeutisk kloning” eller på annen måte. Slike ES-celler vil man så
differensiere og eventuelt gen-modifisere in vitro til den type behandlingscelle som<br />
pasienten trenger, enten som vehikler for gen-terapi eller som erstatningsceller ved<br />
degenerative tilstander eller for andre formål. Ved transplantasjon av slike celler vil<br />
man ikke vente forkastelsesreaksjoner siden cellene opprinnelig kom fra pasienten<br />
selv. Det er heller ikke urealistisk, - ut fra forsøk på mus - å anta at det i tiden<br />
fremover vil bli <strong>utv</strong>iklet stadig mere avansert teknologi for in vitro organogenese<br />
basert på slike ES-celler og kanskje <strong>stamceller</strong> fra fødte individer (adulte <strong>stamceller</strong>).<br />
For mange av oss er det nesten utrolig – ut fra vanlig tenkemåte i molekylær<br />
celle<strong>bio</strong>logi - at f. eks. en fibroblast som har vært dyrket i kultur i månedsvis og som<br />
stammer fra en 17 år gammel okse eller lignende (se følgende figur) kan<br />
”omprogrammeres” og resultere i dannelsen av en komplett organisme.<br />
4<br />
Figur 1 - 4<br />
Ved kloning, altså overføring til en kjernefri eggcelle, må fibroblastens kjerne ”lære<br />
seg” på noen timer det som spermier og oocytter bruker måneder og år på ! -<br />
innbefattet rekonfigurere sine telomerer og sitt epigenetiske mønster - pregningsbilde<br />
/ methyleringsbilde – histon kode.<br />
Det er vanskelig å tenke seg en mer fantastisk demonstrasjon av miljøets<br />
betydning for ”funksjonell genomikk”.<br />
MOLEKYLÆR UTVIKLINGSBIOLOGI er også et fag som stimulerer til undring<br />
over hva ”liv” er og over livets mangfoldighet.<br />
I 1965 fikk Francois Jacob Nobelprisen i ”fysiologi eller medisin” sammen med<br />
Jacques Monod for sitt grunnleggende pionerarbeid om gen-reguleringsmekanismer<br />
hos prokaryote. Disse to, sammen med Louis Pasteur og Madame Curie er vel<br />
Frankrikes mest kjente vitenskapspersoner gjennom tidene. Francois Jacob var i over<br />
50 år knyttet til Pasteur-instituttet i Paris. Etter Nobelpristildelingen skiftet han fra å<br />
studere prokaryote organismer til <strong>utv</strong>iklings<strong>bio</strong>logi med hovedvekt på studier av<br />
transkripsjonsmekanismer og med transgene mus som modellsystem. I sin siste bok<br />
(fra 1997 ”La souris, la mouche et l’homme”) skriver han bl.a.:<br />
” Det helt utrolige er at når befruktningen har funnet sted, begynner den første<br />
celle, den befruktede eggcelle, å dele seg. Det gir to celler, så fire. Så åtte.<br />
Deretter en liten klump av celler. At denne klump setter seg fast i livmorveggen,<br />
at den blir lengere, vokser og noen måneder senere er blitt til et barn som i 95 %<br />
av tilfellene er utstyrt med alt som skal til for reisen gjennom verden og til og<br />
med kan tenke, det er mirakelet.<br />
Det er det mest forbløffende fenomen som forekommer her i verden. Så<br />
forbløffende at det burde være gjenstand for forundring over hele jorden. At<br />
menneskene burde bruke sin tid på å spørre seg selv om hvilke<br />
mekanismer som ligger til grunn for et sådant under.”
I ”essential cell <strong>bio</strong>logy”, 2. utgave 2004, er lignende tanker formulert på<br />
denne måten:<br />
5<br />
”Fertlization marks the beginning of one of the most remarkable phenomena in<br />
all of <strong>bio</strong>logy - the process of embryogenesis, in which the zygote divides to<br />
produce large numbers of diploid cells that develop into a new individual.”<br />
<strong>Sigurd</strong> H. <strong>From</strong><br />
April 2004<br />
(s.h.fromm@basalmed.uio.no)
2 Generelle molekylære mekanismer /<br />
fenomener under ontogenesen.<br />
Basis for funksjonell genomikk<br />
2.1 Det nye individs genetiske konstitusjon bestemmes ved fertilisasjonen.<br />
Dette bestemmes av DNA-innholdet i kjernene til den sædcelle og eggcelle som fusjoner ved<br />
fertilisasjonen og derved danner startcellen, zygoten. I tillegg vil også DNA-innholdet i<br />
eggcellens mitochondrier være av betydning. Man antar at sædcellen ikke bidrar med<br />
mitochondrier ved zygotedannelse.<br />
2.2 Økning i celletallet ved mitotiske delinger (proliferasjon).<br />
Den første celledelingen finner sted ca 24 timer etter fertilisasjonen. Gjennom hele fosterperioden<br />
er det høy mitotisk aktivitet. Et nyfødt menneske består av ca 5000 milliarder celler<br />
og som voksen av opp mot 100.000 milliarder celler. Totalantallet celledelinger i løpet av et<br />
menneskeliv har vært angitt til 10 16 , noe som i gjennomsnitt svarer til 350 milliarder mitoser<br />
hvert døgn eller 3 millioner mitoser hvert sekund.<br />
Mus, som er det mest benyttede forsøksdyr, består av ca 2 milliarder celler ved fødselen (etter en<br />
19 døgns fosterperiode) og av ca 40 milliarder celler som voksen.<br />
Parallelt med nydannelsen foregår en programmert celledød.<br />
2.3 Essentielle prosseser under foster<strong>utv</strong>iklingen<br />
I tillegg til den uttalte celleproliferasjon er det tallrike andre kompliserte prosesser som finner<br />
sted under foster<strong>utv</strong>iklingen. Et svært viktig punkt er den fenotypiske forskjelliggjøring av<br />
cellene (spesialisering eller differensiering) som foregår, videre utstrakte cellevandringer<br />
(-migrasjoner) til bestemte destinasjoner i organismen, <strong>utv</strong>elgende samhold (adhesjon) mellom<br />
visse celletyper og avvisninger (repulsjoner) mellom andre. Videre evne til signaloppfangelse og<br />
-utsendelse, signalformidling og selektiv respons på myriader av påvirkninger og med et mønster<br />
som er et resultat av cellenes ”erfaringsbakgrunn” og tidsriktige (homokrone) kompetanse i<br />
påvirkningsøyeblikket slik at ugunstige / letale cellereaksjoner ikke oppstår. Cellene må hele<br />
tiden ha erkjennelse av sin posisjon i organismen og en ”forståelse” av organismens arkitektur og<br />
de relative størrelsesforhold. Etterhvert <strong>utv</strong>ikles også det molekylære grunnlag for kognitive<br />
reaksjoner. Tilsammen representerer foster<strong>utv</strong>iklingen (og hele ontogenesen) et uhyre komplekst<br />
system og med en logistikk som vi er langt fra å ha overblikk over. Allikevel er det så at i løpet<br />
av de siste 100 år og særlig de 20 siste årene har vi fått en ganske bra oversikt over mange<br />
fundamentale forhold i molekylær <strong>utv</strong>iklings<strong>bio</strong>logi.
2<br />
Noen av de mest sentrale ledd vil bli omtalt i denne fremstillingen.<br />
2.4 Genetisk ekvivalens<br />
Gjennom embryogenesen dannes det stadig flere forskjellige celler hva angår struktur og<br />
funksjon. Dette skyldes ikke endringer av DNA-sekvenser. Alle somatiske celler er DNA-messig<br />
lik zygoten (med unntak av visse immunkompetente celler og de kjønnsceller som individet<br />
lager). Man sier at alle individets celler er genetiske ekvivalente med zygoten hva angår DNAsammensetning.<br />
Denne fundamentale erkjennelse fremkom gjennom kloningseksperimenter utført av britiske<br />
forskere på 1950-og 1960-tallet, særlig av John Gurdon.<br />
Figur 2.1 viser slike forsøk.<br />
Fig. 2 - 1<br />
Senere kloningsforsøk har bekreftet at tesen om genetisk ekvivalens også er korrekt for pattedyr.
3<br />
2.5 Differensiell gen-ekspresjon er basis for dannelse de ulike celle-fenotyper.<br />
Man mener i dag (2004) at det er 30.000 - 35.000 gener i det humane genom. Det antas at hver<br />
enkelt celle i organismen uttrykkes omkring 15.000 gener som resulterer i dannelse av mange<br />
former for genprodukter Med uttrykket genprodukter har man tradisjonelt tenkt på proteiner,<br />
men i dag opererer man med en langt videre inndeling som her angitt:<br />
Primære gen-produkter er alltid RNA-molekyler.Disse kan igjen inndeles i translaterbare RNAenheter<br />
(exoner) som resulterer i proteinsyntese og ikke-translaterbare RNA-enheter (også kalt<br />
RNA fra non-protein-coding DNA). Eksempler på ikke-translaterbare RNAer er terminale<br />
(infrastrukturelle) RNA-molekyler som rRNA, tRNA, katalytiske RNA-varianter (ulike ribozymtyper)<br />
og riboregulatorer som miRNA, siRNA og (potensielt) prosesserte introner .<br />
Det er grunn til å tro at ca 10.000 av disse genene uttrykkes i alle celler og i hovedsak resulterer i<br />
dannelse av proteiner som cellene benytter i sitt intermediære stoffskifte og til andre generelle<br />
cellefunksjoner (såkalte ”husholdningsproteiner”) I tillegg uttrykkes flere tusen gener som gir de<br />
forskjellige grupper av celler sine spesielle fenotyper, morfologiske manifestert som epitelceller,<br />
bindevevsceller, blodceller, muskelceller, nerveceller osv. Slike ”differensieringsgener” befinner<br />
seg primært i den del av genomets ”gen-pool” (20.000 - 25.000 gener ?) som kommer i tillegg til<br />
nevnte ”husholdningsgener”.<br />
Med betegnelsen transkriptom forstås det komplette sett av gener som uttrykkes i en celle under<br />
gitte betingelser (alternativt i et organ eller en hel organisme). Det betyr samtlige RNA-molekyler<br />
som er tilstede,også inkludert mRNA-typer som er et resultat av alternativ spleising og multiple<br />
mRNAer dannet fra samme gen.<br />
<strong>Mol</strong>ekylær <strong>utv</strong>iklings<strong>bio</strong>logi dreier seg i betydelig grad om å forstå de mekanismer som bevirker<br />
<strong>utv</strong>elgelse og transkripsjon av de gener som er nødvendig for å etablere de ulike cellefenotyper<br />
som oppstår under embryogenesen og som muliggjør ko-operasjon mellom cellepopulasjonene.<br />
Dette kan kalles for funksjonell genomikk og omfatter nå viktige sektorer som:<br />
- konvensjonell transkripsjonsregulering (se del 3.2)<br />
- epigenetiske modifikasjoner (se del 3.3)<br />
av kromatinmaterialet som methylering-, acetylerings- og fosforyleringsforhold,<br />
inkludert histon-koder. Dette er essentielle komponenter i de prosesser som gjør at<br />
en gitt differensiert celle opprettholder sitt transkripsjonsmønster gjennom tallrike<br />
cellesykluser. (Normalt vil f. eks alle etterkommere av en fibroblast være fibroblaster.)<br />
- riboregulatorer (microRNA = miRNA, RNAi, se del 3.4)<br />
Når det blir mulig å gjøre transkriptom- og proteom-analyser på enkeltcellenivå, vil man ha et<br />
langt bedre grunnlag for å presisere hva som ligger i uttrykk som differensierte celler og<br />
differensieringsnivåer. Inndelingen på morfologisk grunnlag i 200 - 300 celletyper er inadekvat.<br />
Med utgangspunkt i et totalt celletall på 100.000 milliarder celler i en voksen<br />
menneskeorganisme er det mer sannsynlig at det foreligger 1000 milliarder ulike fenotyper (hvis
4<br />
man legger til grunn at 99% av cellene er klonale ekspansjoner av en gitt celletype i en gitt<br />
lokalisasjon og under gitte bestingelser (ref.: John S. Mattick. Nature Review of Genetics. April<br />
2004).<br />
2.6 Komparativ genomikk. Organiseringen av det humane genom<br />
Her nevnes bare noen få punkter:<br />
Hver somatisk celle har 1 meter DNA ( 3.2 . 10 9 np) fra sædcellen og 1 meter DNA ( 3.2 . 10 9 np)<br />
fra eggcellen, fordelt på de 46 paternale og maternale kromosomene.Hvis vi setter den haploide<br />
lengde (1 meter) lik 3000 km (Oslo - Napoli), svarer 1 np til 1 mm.<br />
De 2 meter med DNA sammen med de kromosomale proteiner og annet skal ha organisert plass<br />
en cellekjerne som gjennomsnittlig har en diameter på 6 µm. Dette tilsvarer å plassere en sytråd<br />
på 40 km i et bestemt mønster inne i en tennisball.<br />
Et gjennomsnitts gen i det humane genom er på 27.000 np. Nesten alle gener i det humane<br />
genom er delt i exoner og introner. Exonene utgjør i snitt ca 5% av hvert gen, intronene 95%. Et<br />
gjennomsnittsexon består av 145 np og det finnes ca 9 exoner i et snitt-gen (max. antall exoner i<br />
et gen er 178). I et snitt-gen er det 8 introner med en middelverdi på ca 3200 np, ialt pr. gen ca<br />
25600 np. Genene (exoner og introner) utgjør kun 25% av genomet. Bare ca 1% av det humane<br />
genom består av proteinkodende områder. Alle intronene utgjør 24% av genomet. Samtlige<br />
exoner i genomet utgjør ca 32 millioner np og ca 40 km av genomets 3000 km! Tilsvarende tall<br />
for alle introner er 800 millioner np og 720 km.<br />
Gener som koder for proteiner (gener som inneholder exoner) transkriberes til pre-mRNA.<br />
Pre-mRNA må som kjent prosseseres i kjernen på ulike måter (capping, polyA-hale m.m.) I<br />
tillegg må intronene kuttes ut og exonene ligeres, enten i samme sekvens som informasjonen<br />
finnes i genet, eller ved alternativ spleising. Man mener nå at transkriptene fra over 60% av<br />
humane gener blir gjenstand for alternativ spleising. Over 80% av slik spleising resulterer i<br />
proteiner med en endret aminosyresekvens. Dette er basis for at det humane genom antas å gi<br />
grunnlag for et proteom som omfatter mellom 50.000 og 60.000 proteiner til tross for et gen-tall<br />
på 30.000 - 35.000.<br />
Såvel sekvensielle som alternative kutte- og spleiseprosesseringer av pre-mRNA til mRNA<br />
forestås av meget store riboprotein-”maskiner”, kalt spliceosomer. Nyere data viser at slike<br />
”maskiner” består av fem snRNA - molekyler (sn = small nuclear) og opp til 300 forskjellige<br />
proteiner. Det har vært en utbredt oppfatning at utkuttede introner ikke har noen funksjoner og at<br />
de blir degradert i kjernen. Dette syn er i ferd med å endre seg i retning av at de kan ha viktige<br />
regulatoriske funksjoner (bl.a. som miRNA, se senere), og at de kan plasseres i den store gruppen<br />
som nå kalles ncDNA (non-codingDNA) eller bedre npcDNA (non-protein-coding-DNA).<br />
npcDNA omfatter betydelige deler av genomet i tillegg til intron-kodendeDNA.
5<br />
Figur 2 - 2<br />
Komparative genom-analyser viser at mengde npcDNA pr. genom har økt betydelig gjennom<br />
evolusjonen, illustrert i følgende figur (hentet fra John S. Mattick. Nature Review Genetics. April<br />
2004)
6<br />
Figur 2 - 3<br />
Disse genom-endringene i npcDNA viser et visst sammenfall med evolusjonsmessig<br />
kompleksitet til arter på jorden, særlig til overgangen mellom prokaryote og eukaryote<br />
som illustrert i neste figur hentet fra samme kilde:
7<br />
Figur 2 - 4<br />
2.7 Kvalitative og kvantitative vurderinger av translaterbare RNA - populasjoner<br />
(mRNA-populasjoner) pr. celle<br />
Det antas at en gjennomsnittlig somatisk celle totalt inneholder 10.000 - 15.000<br />
forskjellige mRNA-molekyler. Mange av dem (10.000 ?) er like for alle somatiske celler i<br />
kroppen. Det er antatt at cellene inneholder færre enn 10 eksemplarer av hver av disse<br />
mRNA former (”få-eksemplar gruppen” - gruppe 1). I en ”mellomgruppe” (gruppe 2)<br />
finnes omkring 10 mRNA typer som hver foreligger i ca. 1000 eksemplarer. Den<br />
”tallrikeste gruppen” omfatter bare noen ganske få mRNA-typer (1-5 ?), men disse kan<br />
finnes i opptil 100.000 eksemplarer pr. celle.<br />
2.8 Kvalitative og kvantitative vurderinger av ikke-translaterbare RNA - populasjoner<br />
(non-protein-coding) npcRNA - populasjoner pr. celle<br />
Dette omfatter typer av RNA nevnt under punkt 2.5. Dette er nå et forskningsfelt i<br />
rivende <strong>utv</strong>ikling. Kvantitative data kan ennå ikke angies.
8<br />
2.9 Kvalitative og kvantitative vurderinger av total protein-populasjon pr. celle<br />
(proteomet)<br />
Det er flere enn 10.000 forskjellige proteinmolekyler i en somatisk celle (som et resultat<br />
særlig av differensiert transkripsjon og alternativ spleising). I gjennomsnitt er det ca 1<br />
million av hvert proteinmolekyl (men med stor spredning). Følgelig inneholder en<br />
somatisk celle omkring 10 milliarder proteinmolekyler totalt (og antagelig ca 4 millioner<br />
ribosomer). Ved symmetriske celledelinger antar man at hver av de to nye celler får ca 5<br />
milliarder proteinmolekyler og 2 millioner ribosomer. I løpet av G 1 øker proteintallet på<br />
nytt til 10 milliarder. Transkripsjonshastighet ved dannelse av mRNA er ca 40 nt pr.<br />
sekund og ved proteinsyntese koples 15 aa sammen pr. sekund.<br />
Totalantall proteiner i en musezygote kan være opp til 1300 milliarder og i en human<br />
zygote opp til 4400 milliarder.<br />
Et gjennomsnittsprotein består av 300 aa. Teoretisk kan det lages 10 390 forskjellige<br />
proteiner som alle er på 300 aa ut i fra de 20 forskjellige aminosyrer som er til<br />
disposisjon. Dette tallet er så stort at det å lage et slikt antall proteiner vil kreve flere<br />
atomer enn hva hele universet er anslått til å inneholde.<br />
De 50.000 - 60.000 proteinene som skal til for å lage et menneske er derfor et lite og<br />
meget selektivt <strong>utv</strong>alg i forhold til de teoretiske muligheter. Dette er en proteinskatt som<br />
vi i stor grad har fått fra de andre artene på jorden, og som vi i betydelig utstrekning<br />
deler med dem. Et resultat av evolusjonsprosesser over 4 milliarder år.
3 <strong>Mol</strong>ekylære mekanismer for styring - og<br />
opprettholdelse - av gen-ekspresjonsmønstre som<br />
grunnlag for stabil celledifferensiering<br />
3.1 Nivåer for kontroll av gen-ekspresjon på veien til<br />
funksjonelle sluttprodukter.<br />
Figur 3 - 1<br />
3.2 ”Konvensjonell” transkripsjonsregulering.<br />
Transkripsjonsfaktorer. Gen-regulatoriske proteiner inkl.<br />
DNA-bindende proteiner og deres kognate<br />
nukleotidsekvenser<br />
Med ”konvensjonell” transkripsjonsregulering tenker man først og fremst på mekanismer som styrer ekspresjon fra<br />
proteinkodende gener. Den tradisjonelle modellen for dette er vist i figur 3 - 2, bestående av et promotorområde og<br />
enhancer regioner, begge plassert oppstrøms for det ”strukturelle gen”. En rekke gen-regulatoriske proteiner inngår i de<br />
komplekser som avgjør om påvirkningen leder til uttrykking av genet eller represjon av samme. Sentralt i styringskompleksene er<br />
DNA-bindende proteiner (hyppig kalt transkripsjonsfaktorer) som spesifikt kan interagere med <strong>utv</strong>algte, kognatenukleotidsekvenser,<br />
ofte bestående av 6-10 nukleotider og lokalisert i enhancer-område
2<br />
Figur 3 - 2<br />
Figur 3 - 3<br />
Ernhancer-områdene er ofte lokalisert flere tusen nucleotider fra promotorregionene. Det er en vanlig antagelse at de regulatoriske<br />
proteiner i begge regioner interagerer ved løkkedannelse av DNA til et stor funksjonelt styringskompleks.
Transkripsjonsfaktorers spesifisitet til kognate nucleotidsekvenser beror på utformningen av funksjonelle domener (”motifs”) i<br />
de DNA-bindende proteiner. En vanlig hovedinndeling av slike domener er som følger:<br />
3<br />
3.2.1 Helix - Turn - Helix utformning.<br />
Dette er en stor samling av DNA-bindende proteiner som bl.a. omfatter en meget viktig gruppe av<br />
transkripsjonsfaktorer av den største betydning under foster<strong>utv</strong>iklingen. Sistnevnte gruppe kalles homeotiske gener. En rekke av<br />
dem koder kun for ett DNA-bindende proteindomene. Slik informasjon finnes i gen-sekvenser på 180 nt (homeoboksen) som<br />
koder for helix-turn-helix domener i proteinuttrykkene. Disse er på 60 aa og kalles homeodomener. Slike homeotiske poteiner<br />
fungerer gjerne som homo-dimerer ved transkripsjonsregulering. Homeotiske gener som koder for proteiner som kun inneholder<br />
denne type DNA-bindende domene, kalles hox-gener. En rekke homeotiske proteiner inneholder også andre typer DNA-bindende<br />
domener i tillegg til homeodomenet. Gruppen homeotiske gener omfatter derfor mange flere <strong>utv</strong>iklingsgener enn hox-genene<br />
Neste figur viser strukturell organisasjon av et homeodomene protein<br />
Figur 3 - 4<br />
Figur 3 - 5
Bananfluer har 8 homeotiske gener, samlet i to klynger eller ”clustre”. Det er ca. 500 millioner år siden vi (mus og mennesker)<br />
var bananfluer. I løpet av denne <strong>utv</strong>iklingsperioden har de homeotiske gen-samlingene amplifisert seg og fordelt seg på fire av<br />
våre kromosomer (humankromosomer nr. 2, 7, 12 og 17). Neste figur viser et standardkart over de homeotiske gener hos<br />
bananflue og pattedyr inkludert mennesket. Hos vertebrater kalles disse genene Hox-gener.<br />
4<br />
Figur 3 - 6<br />
Legg merke til 3’ - 5’ orienteringen. 3’ –gener uttrykkes tidligere enn 5’ –gener og mere anteriort i organismen. Man sier at det er<br />
en form for ko-linearitet mellom gen-organiseringen i kromosomene og ekspresjonsmønsteret i kroppen.<br />
Hox-gener er avgjørende for identiteten til kroppsavsnitt spesielt langs den anterior –posteriore lengdeakse (hode-hale). Dette<br />
kommer til uttrykk bl.a. i utformningen av neuralrør og neurallister, somitter, ekstremiter m.m.<br />
(Derimot er det <strong>utv</strong>iklingsgener som koder for proteinligander som særlig preger spesifiseringen av dorso-ventral akser (eks. DVakse<br />
i neuralrør) og medial-lateralakser (ML-akser, høyre-venstre akser og organ asymmetrier.)<br />
NON-HOX HOMEOBOKS GENER (NB: Husk alle er TFer!):<br />
Spesifisiteten til homeoboksgener hva angår krav til målgener, øker hvis homeoboksgenet også inneholder nucleotidsekvenser<br />
som koder for andre DNA-bindingsdomener i transkripsjonsfaktorene enn homeodomenene..<br />
Neste figur er en illustrasjon på grupper av slike gener:
5<br />
Figur 3 - 7<br />
Av stor betydning under hele ontogenesen har den undergruppen som kalles Pax-gener .<br />
3.2.2 Transkripsjonsfaktorer med ”zink-finger - domener<br />
I slike proteiner utgjøres DNA-bindingsdomenene ikke bare av en gitt aminosyresekvens, men også av zink-atomer som<br />
strukturelle komponeneter. Et eksempel på strukturell organisasjon figur 3 - 8<br />
Figur 3 - 8<br />
Zink-finger konfigurasjonen benyttes i en rekke transkripsjonsfaktorer som er uttrykt fra <strong>utv</strong>iklingsgener.
3.2.3 Transkripsjonsfaktorer med ”leusin-glidelås-” (Leucine Zipper-) domener.<br />
Heterodimerer<br />
6<br />
Denne type proteiner danner ofte dimerer med proteiner med andre former for DNA-bindende domener, noe som i betydelig grad<br />
øker mulighetene for bindingsspesifisitet til kognate DNA-sekvenser. Mange transkripsjonsfaktorer, kodet for av <strong>utv</strong>iklingsgener,<br />
benytter slike mekanismer.<br />
Figur 3 - 9 illustrerer heterodimerers interaksjon med DNA.<br />
Figur 3 - 9<br />
3.3 Epigenetikk. Kjerne - territorier<br />
Dette fagområdet er for tiden gjenstand for intens forskning, ikke minst som følge av kloning basert på overføring av<br />
differensierte, somatiske celler til enucleerte oocytter. Dette innebærer en grad av reprogrammering av celledifferensiering som<br />
meget få trodde var mulig for få år siden. Her omtales kort visse gen-bruks mekanismer ved normal ontogenese.<br />
Reprogrammering og transdifferensiering omtales i kap. 7.<br />
Regulering av gen-ekspresjon gjennom de konvensjonelle transkripsjonsmekanismer nevnt foran, forutsetter at de involverte<br />
transkripsjonsfaktorer og andre komponenter kan komme i direkte fysisk kontakt med aktuelle cis-regulatoriske områder for et<br />
gitt gen. Dette krever at lokal topografi i kromatinmaterialet er slik at tilgang muliggjøres - ”aktivt kromatin eller ”eukromatin”,<br />
noe som igjen innebærer at det kromosomale målområdet er dekondensert i forhold til heterokromatin. Kromatinets<br />
kondenseringsgrad er også avgjørende for prosesser som DNA-replikasjon, rekombinasjon og DNA-reparasjon i tillegg til gentranskripsjon.<br />
Det er fortsatt mange uklarheter med hensyn til hva om styrer kromsomers kondenseringsgrad i interfase og dermd eukromatin- /<br />
heterokromatin-bildet. Det samme gjelder de enkelte kromosomers plassering i interfasekjerner, f.eks. hvorvidt et gitt kromosom<br />
primært er lokalisert til et bestemt delområde eller territorium innen kjernen.<br />
Vedvarende tilgjengelighet for transkripjonskomplekser til geners regulatoriske sekvenser forutsetter styring av kromosomkonfigurasjoner<br />
på en slik måte at etablerte transkripsjonmønstre kan opprettholdes og dermed være med på å danne basis for<br />
stabile celledifferensieringer og proliferasjonsforhold. Eksempelvis vil fibroblaster, selv etter tallrike mitoser, gi opphav til celler<br />
som fenotypisk er fibroblaster, det vil si transkriberer fibroblast-spesifikke gener. Embryogenesen er hovedfasen i livet for<br />
etablering av differensierte celleformer korrelert med celleproliferasjon. Samtidig legges grunnlaget for å bevare, - stabilisere -<br />
de etablerte transkripsjonsmønstre som er basis for celledifferensieringen.<br />
Hva er de molekylære mekanismer for slike former for celle-hukommelse? Som presisert foran skyldes det ikke endringer av<br />
DNA-sekvenser. Kloningseksperimentene har jo vist at så godt som alle differensierte celler i en organisme er genetisk<br />
ekvivalente.
I dag bruker man betegnelsen epigenetikk for å beskrive slike stabile endringer av genekspresjonspotensialet som særlig etableres<br />
i fosterperioden, men som også kan oppstå / videre<strong>utv</strong>ikles senere i livet og som ikke innebærer DNA-sekvens forandringer. Til<br />
tross for dette er de epigenetiske endringene arvelige, hereditære. De molekylære mekanismer for epigenetikk er spesielt knyttet<br />
til kovalente modifikasjoner som methylering av DNA (inkludert såkalt imprinting eller pregning), videre til det som nå kalles<br />
”histon-koden” (se senere), til non-histon proteiner i kromatin samt ATP-avhengige remodellerings-komplekser.<br />
7<br />
3.3.1 DNA-methylering<br />
Methylgrupper finnes på bestemte steder i DNA og knyttet til cytosin i CpG dubletter og i begge polynucleotidkjeder. Fra 2-7%<br />
av cytosin i DNA hos animalske celler er methylert. Prosessen katalyseres av bestemte methyltransferaser. Slike methylering kan<br />
direkte blokkere mulighetene for transkripsjon av et nærliggende gen (bl.a. ved å hindre enhancer - promotor interaksjon) eller<br />
ved at bestemte methyl-CpG-bindende proteiner bidrar til blokkeringen. I visse tilfeller kan også methylering fremme<br />
transkripsjon.<br />
Like etter fertilisasjonen, under furingsdelingene, foregår det en utstrakt demethylering av genomet (unntatt pregede områder, se<br />
under). Etter implantasjonen starter en global methyleringsbølge (basert på methyltransferase-aktivitet) som er særlig aktiv under<br />
gastrulasjonen hvoretter den avtar. Det er vel etablert at slik DNA-methylering er essentiell for embryogenesen hos vertebrater.<br />
Globalt er over 80% av CpG-sekvenser methylerte i ikke embryonale celler. Men det finnes umethylerte CpG øyer i dette<br />
”methylerte havet”. Slike CpG-øyer kan være 1000 - 2000 nukleotidpar lange. Det er antatt at genom hos pattedyr inneholder ca<br />
20.000 slike øyer, ofte lokalisert til promotor-områder knyttet til ”husholdningsgener”<br />
IMPRINTING (pregning)<br />
En viktig form for methylering av DNA inngår i fenomenet IMPRINTING. Med dette forstår geners hvis ekspresjon er beroende<br />
på om genet kommer fra far eller mor (paternalt eller maternalt allele).<br />
Imprinting ble oppdaget ved eksperimenter utført på mus tidlig på 1980-tallet. Man forsøkte da å få uniparentale, diploide<br />
musefostre til å <strong>utv</strong>ikle seg. (Haploide eggceller kan eksperimentelt diploidiseres og gir da gynogene fostre. Alternativt kan i en<br />
zygote eggcellers kjerne fjernes og sædcellens kjerne eksperimentelt diploidiseres. Dette gir androgene fostre). Ingen av disse to<br />
varianter <strong>utv</strong>iklet seg ut over de tidligste stadier, noe som indikerte epigenetiske forskjeller mellom de paternale og maternale<br />
gameter og at begge er nødvendige for normal foster<strong>utv</strong>ikling og placentadannelse. De epigenetiske forskjellene knyttet til<br />
imprinting beror særlig på det DNA-methyleringsmønster som etableres i cis-områder til visse gener under gametogenesen. Tallet<br />
på slike gener hos mus og menneske angis ofte til 60-80 stykker. Dette mønster av pregede gener forblir stabilt etter<br />
fertilisasjonen og gjennom den videre <strong>utv</strong>ikling.<br />
Det er visse likheter mellom imprinting som omtalt her og X-kromosom inaktivering hos hunnkjønn.<br />
3.3.2 Histon-koden<br />
Denne er basert på oppfatninger om at histoner, særlig i nucleosomene, kan kovalent modifiseres ved forskjellige former for<br />
enzymaktivitet som fører til methylering, acetylering og deacetylering, fosforylering og ubiquitinering. Videre at non-histon<br />
proteiner kan lese og interagere med slike konjungasjonsmønstre og derved modifisere kromatinstrukturen så f.eks. gener i aktuelt<br />
kromosomområde kan transkriberes.<br />
Sidekjeder til nucleosomale histoner er preferensielle modifikasjonsseter som vist i figur
Figur 3 - 10<br />
8
9<br />
Figur 3 - 11<br />
Det er også gode indikasjoner på at det er et samspill mellom de mekanismer som inngår i histon-kode komplekset og<br />
styringsregimer for DNA-methylering.<br />
Figur 3 - 12
10<br />
3.4 Riboregulatorer. RNAi, miRNA og siRNA.<br />
Translasjonskontroll<br />
RNAi står for RNA interferens. Dette er et forskningsfelt som har fått enorm oppmerksomhet i de siste årene. RNAi er i ferd med<br />
å revolusjonere molekylær <strong>bio</strong>medisin, både hva angår vår forståelse av mekanismer som fungerer under normal<br />
celledifferensiering, embryogenese / ontogenese og som årsaker til <strong>utv</strong>iklingsdefekter og en rekke sykdommer iberegnet cancer.<br />
Sammenfattet kan man si at RNAi særlig hemmer translasjon av mRNA molekyler og dermed blokkerer dannelsen av kognate<br />
proteinmolekyler. Visse former for RNAi synes også å kunne delta i transkripsjonskontroll og i prosesser som fører til strukturelle<br />
endringer av kromatin.<br />
I tillegg er RNAi også i ferd med å bli et av våre viktigste verktøy for eksperimentelle påvirkninger og analyser innen genomikk,<br />
genetikk og for fenotype-manifestasjoner. Eksperimentell bruk av RNAi vil bli omtalt i kap 6 og 7.<br />
Her vil vi ta for oss noen av de <strong>bio</strong>logiske funksjoner.<br />
Fenomener knyttet til det vi i dag kaller RNAi fikk sitt gjennombrudd i 1998 da Andrew Fire og medarbeidere publiserte en<br />
artikkel i Nature om at tilføring av dobbelt trådet RNA (dsRNA) til modellorganismen C. elegans (en rundorm) førte til sekvensspesifikk<br />
ned-regulering av gen-ekspresjon. (Dette var på en del måter en videreføring og presisering av eksperimenter gjort tidlig<br />
på 1990-tallet på petuniaer, hvor spesielle transgene modifikasjoner hadde gitt slike planter med endret pigmentasjon.) Fires<br />
forsøk hadde også nær relasjon til noe andre C.elegans forskere hadde registrert allerede i 1993 og som var knyttet til ekspresjon<br />
av visse endogene rundorm-gener). Det er en stor overraskelse for de fleste at observasjoner som disse - og særlig Fires arbeid -<br />
på få år skulle få en slik innflytelse på molekylær <strong>bio</strong>logi for planter og dyr og molekylær medisin som vi ser i dag. Man kjenner<br />
i dag en rekke gener knyttet til RNAi hos mange vertebrater, inkludert mus og mennesker.<br />
Det er nå enighet om at RNA-interferens fenomener skyldes effekter av dsRNA, enten dsRNA foreligger inne i celler som følge<br />
av transkripsjon av gener for spesielle (”non-coding”) ncRNA eller fra andre endogene kilder som former for heterokromatisk<br />
DNA, transposoner, visse virustyper eller er tilført fra eksogene kilder. Slikt dsRNA vil bli prosessert inne i cellene i hovedtrekk<br />
på samme måte enten dsRNA har en celleintern eller -ekstern opprindelse. Prosesseringen fører til dannelse av dsRNAer på (ca.)<br />
22 np.<br />
Slike RNA-molekyler kalle microRNA (miRNA) hvis opprindelsen er fra ncRNA-gener (nå også kalkt miRNA-gener). Det<br />
primære transkripsjonsprodukt fra disse gener er på opp til 1000 np og benevnes nå ofte pri-miRNA. Slike molekyler prosesseres<br />
inne i kjernen av et proteinkompleks (kalt Drosha) til pre-miRNA. Selektive eksportmediatorer (som eksportin5) bevirker<br />
transport av pre-miRNA fra kjernen til cytoplasma via kjerneporer. Her bindes pre-miRNA til et nytt proteinkompleks (kalt Dicer)<br />
som videredegraderer pre-miRNA til miRNA. Dette miRNA vil så koples til nok et proteinkompleks, kalt RISC (RNA-induced<br />
silencing complex). Gjennom denne bindingen blir miRNA gjort enkelttrådet (ss = single stranded) og brakt i kontakt med målmRNA<br />
(= mRNA for proteinsyntese) ut i fra nucleotid-komplementaritet mellom ss-miRNA og mål-mRNA. Dette leder til<br />
inaktivering / degradering av mål-mRNA og manglende syntese av det (kognate) protein som det inaktiverete mRNA inneholdt<br />
informasjon for. Man har nå identifisert ca 250 miRNA gener hos mus og menneske.<br />
Biogenesen av miRNA i planteceller følger de samme hovedlinjer som her angitt for animalsk miRNA, men med en del ulikheter i de enkelte ledd<br />
Også prosessering av eksogen RNA fører til dannels av molekyler på 22 np. Disse kalles hyppig small iinterfering RNA (siRNA)<br />
og koples til RISC-komplekser med samme effekter som for miRNA.<br />
Både miRNA og siRNA er derfor en viktige mekanismer for translasjonskontroll.<br />
Figur 3 - 13 (fra D.P.Bartel i tidsskriftet Cell for 23. jan. 2004) gir en sammenfattet fremstilling av disse prosesseringsveier:
11<br />
Figur 3 - 13<br />
RNAi systemet er mest kjent i relasjon til translasjonskontroll med hemming av manglende proteinsyntese som resultant. Det bør<br />
understrekes at slike dsRNA-molekyler også kan ha andre effekter, så som aktivering av transkripsjon av proteinkodende gener.:<br />
Et meget sentralt punkt i <strong>utv</strong>iklings<strong>bio</strong>logi er spørsmålet om hvordan de ulike vevstyper og cellelinjer innen disse, etableres. Slike<br />
spørsmål blir nærmere behandlet i kap.7. Her skal bare nevnes som et eksempel visse forhold hva angår multipotente, adulte,<br />
neurale <strong>stamceller</strong> i hippocampus. Slike celler kan proliferere, men transkripsjon av de gener som skal til for å gjøre dem til aktive<br />
neuroner er normalt hemmet. Hvordan kan denne hemmingen oppheves ved behov? Fred Gage og medarbeidere ved Salk<br />
instituttet har nylig (mars 2004) vist at en bestemt type dsRNA på ca 20 np er nødvendig og tilstrekkelig for å oppheve<br />
differensieringshemningen av slike <strong>stamceller</strong> og dirigere dem inn på en <strong>utv</strong>iklingsvei til å bli aktive neuroner.<br />
RNAi-systemet kan også bevirke forandringer av kromatin-konfigurasjoner, muligens ved å påvirke DNA-methyleringsforhold.<br />
Nylig (februar 2004) er det fremstilt transgene mus hvor et gen for et essensielt protein i Dicer-komplekset er satt ut av funksjon.<br />
Derved umuliggjøres også Dicer-funksjonen. Dette er letalt allerede i gastrulasjonsfasen for homozygote knockout-mus av denne<br />
typen, en klar indikasjon på betyningen av RNAi-prosesser i tidlige trinn av foster<strong>utv</strong>iklingen.<br />
Det er grunn til å tro at videre forskning i de nærmeste årene vil klarlegge mange sider ved RNAi-systemets betydning for<br />
foster<strong>utv</strong>ikling / ontogenese hos mus og mennesker
12<br />
3.5 Andre translasjonskontrollpunkter<br />
Disse fremgår av figur 3 - 14.<br />
Figur 3- 14
4 Endogene og eksogene signalsystemer som<br />
påvirker gen-funksjoner .<br />
Morfogenetiske gradienter.<br />
Funksjonell genomikk er først og fremt et spørmål om informasjon som ligger lagret i et gitt gen eller grupper av gener blir<br />
uttrykt (blir aktivert) i form av gen-produkter som RNA og proteiner eller om informasjonsuttrykking hindres, blokkeres.<br />
Slike aktiverings- / represjonsvalg er svært avhengig av hvilke signaler som når frem til aktuelle gener og deres regulatoriske<br />
områder noe som også i betydelig grad avhenger av kromatin-topografien (inkluderte de epigenetiske forhold) i aktuelle genregioner,<br />
se kap. 3.<br />
I denne del skal vi særlig befatte oss med visse sider av signalsystemene. Noen hovedfaktorer er vist i neste figur:<br />
Figur 4 - 1<br />
4.1 Endogene (interne) signaler<br />
er signaler fra cellen selv. De kan f.eks. ha sin opprinnelse i intracellulære forskjeller i molekylfordelinger i celler som har<br />
gjennomgått asymmetriske mitoser. Dattercellene etter asymmetriske mitoser vil nødvendigvis innbyrdes ha ulike<br />
molekylfordelingsmønstre. Man vet relativt lite om hvordan topografiske forskjeller av denne art kan lede til signaldannelse og<br />
hvilke signalveier som er operative for å formidle signalene til gen-regulatoriske områder. Forholdene kompliseres også ved at<br />
slike celler hele tiden påvirkes av eksogene signaler.
2<br />
4.2 Eksogene (eksterne) signaler<br />
Grunnlaget for ”ekstern” kommunikasjon er celle-celle- og celle-ECM-interaksjoner. Fra gammelt av (”klassisk embryologi”)<br />
ble slik kommunikasjon eller signalformidling - kalt embryonal induksjon.<br />
I dag vet vi at disse signalene (induksjonssubstansene) er definerte, kjemiske forbindelser, hyppigst protein-vekstfaktorer,<br />
produsert og utskilles av nettopp naboceller. Videre vet vi nå at potensielle målceller for en gitt ligand er de celler i området som<br />
er utstyrt med kognate receptorer for det aktuelle signalstoff. Celler uten slike receptorer er ikke målceller.<br />
Hvis signalstoffene er proteiner, vil kognate reseptorer befinne seg i målcellenes ytre cellemembran, og interaksjonen vil starte<br />
opp former for intracellulær signal- formidling.<br />
(Er signalstoffene derimot lipofile forbindelser, som retinsyre (et vitamin A – derivat), steroider, thyroxin e.l., vil substansene<br />
kunne passere målcellenes cellemembran for deretter å binde seg til intracellulære receptorer. Best kjent er de såkalte<br />
”kjernereceptorer” – som har vært omtalt i andre sammenhenger i molekylær celle<strong>bio</strong>logi. Dette vil ikke bli gjentatt her, men det<br />
er viktig å understreke at bl.a. retinsyre har en helt sentral plass i reguleringen av embryogenesen)<br />
Neste figur viser viktige ledd i slik intracellulær signalformidling:<br />
Figur 4 - 2
3<br />
Proteinligander – vekstfaktorer – som fungerer under embryogenesen - er til dels slike som allerede er omtalt under andre emner i<br />
molekylær celle<strong>bio</strong>logi med reseptorer som er G-protein koplet (7TM Seven pass transmembrane receptor) og reseptorer som er<br />
enzym-koplede (særlig<br />
RTK: Receptor Tyrosine Kinases og Receptor Serine/Threonine Kinases).<br />
I tillegg kommer signalveier hvor regulert proteolyse er et essensielt element.<br />
Signalveiene leder frem til gener som har kognate sekvenser i sine regulatoriske områder. Slike MÅLGENER kan være gener<br />
som koder for nye proteinligander som utskilles fra målcellene. Eller målgenene kan kode for transkripsjonsfaktorer som initierer<br />
eller hemmer transkripsjon fra et annet sett av målgener i de samme målcellene. Derved utløses kaskadeeffekter som ofte<br />
forsterker (amplifiserer) responsen fra de primære målceller i tillegg til hva som skyldes transduksjons-fenomener under<br />
signalledningen.<br />
4.2.1 Eksempler på tyrosin-kinase koplede reseptorer som er viktige under<br />
embryogenesen<br />
Figur 4 - 3<br />
Mest kjent i foster<strong>utv</strong>iklingssammenheng er Fibroblast Growth Factor (FGF) gruppen. Den omfatter (ca.) 12 ligandmedlemmer.<br />
4.2.2 Eksempel på Serin / Threonin Kinase koplede reseptorer:<br />
Transforming Growth Factor β− (TGFβ-) superfamilien omfatter flere enn 25 proteinligander som Bone Morphogenetic Proteins<br />
(BMPer) og activiner som er svært sentrale for embryogenese. Hovedpunkter i signalveiene er vist i neste figur:
4<br />
Figur 4 - 4<br />
4.2.3 Signalveier som avhenger av regulert proteolyse<br />
4.2.3.1 Notch - Delta systemet<br />
Signalisering via Notch reseptor og signalproteinet Delta er kanskje den hyppigst benyttede signalvei under foster<strong>utv</strong>iklingen hos<br />
dyr og mennesker. Hovedleddene er vist i neste figur:<br />
Figur 4 - 5
5<br />
4.2.3.2 Wnt og β-catenin systemet (Wingless)<br />
(Wnt uttales “vint”)<br />
Det er identifisert vel 10 Wnt-ligand medlemmer.<br />
Figur 4 - 6<br />
4.2.3.3 Hedgehog – systemet<br />
Hedgehog-proteinene kodes av minst 3 gener hos vertebrater. Mest kjent er genet som koder for protein-liganden Sonic<br />
Hedgehog og som har et utall sentrale funksjoner under foster<strong>utv</strong>iklingen og ellers. Dessuten finnes gener for protein-ligandene ”<br />
Desert Hedgehog” og ”Indian Hedgehog. ”Den aktive formen av hedgehog-proteinene er alle kovalent koplet til cholesterol i<br />
plasmamembraner hvilket er medbestemmende for deres ekstracellulære diffusjonsmuligheter. Disse poteinligandene må også<br />
binde til seg en bestemt fettsyrekjede for å bli funksjonelle. Hovedleddene i signalveiene er nå klarlagt og vises i neste figur:
6<br />
Figur 4 - 7<br />
4.3 MORFOGENETISKE GRADIENTER<br />
I alle disse situasjoner (og en rekke andre) er sentrale spørsmål: 1) hva som bestemmer rekkevidden til de utskilte ligander og 2)<br />
hvordan fordeles ligandmolekylene i forhold til produsentcellenes posisjoner. Settes det f. eks.opp gradienter slik at<br />
ligandkonsentrasjonen avtar med avstand fra produksjonssted (”morfogenetiske gradienter”)? I så fall hva er grunnlaget for<br />
gradientetableringen? Hva betyr binding til ECM? Videre, vil ulike ligandkonsentrasjoner kunne utløse forskjellige<br />
differensieringsprogrammer i målceller osv. Et sammendrag av forskjellige syn på dette presenteres i figur 4 - 8 og 4 - 9.
Figur 4 - 8<br />
7
8<br />
Figur 4 - 9<br />
(Fra: John Gurdon. Annual review of Cell and Developmental Biology. 2002)<br />
4.4 Interaksjoner mellom proteinligander<br />
Hvorvidt en celle i en multicellulær organisme kan respondere på en gitt ligand avhenger primært av om den har egnede<br />
reseptorer for liganden. Men i tillegg må cellen som helhet være i en kompetent status hva angår den videre intracellulære<br />
signalformidling. Videre er det viktig å være klar over at celler hele tiden blir utsatt for hundrevis av signalmolekyler fra<br />
omgivelsene. Ofte er det slik at bestemte kombinasjoner av signalpåvirkninger må foreligge for å gi en adekvat respons. En slik<br />
responsiv fase kan også være meget kortvarig. Påvirkningen må derfor finne sted innenfor bestemte tidsvinduer. Utenfor disse vil<br />
en gitt ligand eller ligandkombinasjon ikke ha noen effekt eller en helt annen påvirkningskarakter.<br />
Ligandenes halveringstid er også av stor betydning.
9<br />
Ut i fra slike vurderinger er det overraskende at det er mange eksempler på at eksperimentell eksponering for en del ligand-typer<br />
på en dramatisk måte kan påvirke embryogenesen. En forklaring er at noen ekstracellulære proteinligander kan ha inhibitoriske<br />
effekter på hverandre (chordin – noggin –BMPer) hva angår konsentrasjon eller distribusjon av funksjonelle signalkomplekser.<br />
Det har lenge vært kjent at dannelse av sekundær embryo kan utløses ved transplantasjon av den dorsale blastopor-leppe hos<br />
amfibier. Den primitive knute (Hensens knute) er en tilsvarende struktur.<br />
Lignende resultater kan idag oppnås ved bruk av definerte signalproteiner som appliseres på egnede steder i fosteret. Alternativt<br />
kan mRNA molekyler for denne type proteiner injiseres i celler. Translasjon av slike mRNAer kan føre til dannelse av sekundær<br />
embryoner. (Det er vanskelig å gjøre amfibier transgene, derfor benyttes teknikker som her angitt).<br />
Figur 4 - 10<br />
Figur 4 - 11
5 <strong>Mol</strong>ekylære mekanismer ved bestemte trinn i<br />
embryogenesen<br />
5.1 Gametogenese<br />
Kjønnscelle<strong>utv</strong>iklingen finner jo sted før fertilisasjonen og dermed før starten av embryogenesen. Men gametogenesen omfatter<br />
en rekke celluære og molekylære prosesser av avgjørende betydning for etableringen av et nytt individ. Det er derfor vanlig å<br />
medta dette emneområdet i en omtale av molekylær <strong>utv</strong>iklings<strong>bio</strong>logi. I vår sammenheng blir dog bare <strong>utv</strong>algte hovedpunkter<br />
omtalt.<br />
Dannelsen av kjønnsceller er en langvarig og krevende opplæringsprosess. Oocytter og spermier må sees på som høyt<br />
spesialiserte celler. Når en eggcelle og sædcelle fusjonerer ved fertilisasjonen, dannes en zygote som har informasjon for å<br />
<strong>utv</strong>ikle seg til et komplett nytt individ.<br />
På et meget tidlig fostertrinn, kanskje allerede på blastocysttrinnet, segregeres visse celler i forhold til de øvrige cellene i den<br />
indre cellemasse (ICM). Slike celler har dermed slått inn på en differensieringsvei som noe senere gjør dem til forstadieceller for<br />
kjønnsceller. Slike forstadieceller kalles primordiale kimceller,(” primordialer germ cells”, PGC). Hos mennesket kan<br />
primordiale kimceller med sikkerhet først påvises i slutten av 3. fosteruke i veggen av plommesekken (se Langman, fig. 1.7). Her<br />
deler de seg mitotisk og migrerer så mot slutten av 4. fosteruke og i første del av 5. fosteruke inn i selve fosteret og videre til<br />
gonadeanleggene. PCG i ovarieanlegg fortsetter med mitotiske celledelinger og differensieres etterhvert til oogonier. Også<br />
oogoniene deler seg mitotisk. Tallet på dem øker hos mennesket til antatt ca 7 millioner i 5. fostermåned. I tidsperioden frem til<br />
7. fostermåned vil en rekke oogonier differensieres til primære oocytter. Etter gjennomgått S-fase vil primære oocytter gå inn i 1.<br />
meiotiske profase Oogonier som ikke differensieres, vil bli borte som følge av programmert celledød. Nær fødselen er alle<br />
primære oocytter i meiotisk profase 1. Antallet på dette tidspunkt er anslått til 1 - 2 millioner. Den meiotiske celledeling stopper<br />
opp i profase 1 inntil individet når puberteten. På dette tidspunkt er tallet på primære oocytter redusert til ca 400.000. Fra<br />
puberteten av vil 5 - 15 primære oocytter med tilhørende hjelpeceller fortsette meiose-og modningsprosessene pr.<br />
menstruasjonscyclus. Vanligvis ovuleres kun én eggcelle pr. syklus. Meiosen fullføres kun hvis den ovulerte eggcellen blir<br />
fertilisert.. Totalt vil ikke over 500 eggceller bli ovulert i en kvinnes reproduktive periode.<br />
Hos menn begynner differensieringen av de primordiale kimceller til spermatogonier først ved puberteten. Disse cellene fungerer<br />
som <strong>stamceller</strong> som deler seg mitotisk resten av livet til nye <strong>stamceller</strong> og til primære spermatocytter som så gjennomgår meiose<br />
og den prosess som kalles spermiogenese., noe som tilsammen er angitt til å ta 64 døgn. Meiosen ved spermie<strong>utv</strong>ikling tar 24<br />
døgn Antall spermier i et ejakulat er ca 200 - 300 millioner, men bare omlag 200 av disse når frem til fertiliseringområdet som er<br />
den del av en eggleder som ligger nærmest et ovarium.<br />
Meiose er et avgjørende ledd i gametogenesen. Gjennom meiose I og II vil diploide celler med 46 to-kromatid kromosomer gi<br />
opphav til fire celler som hver har 23 én-kromatid kromosomer. Essensiell er den tilfeldige fordelingen av maternale og paternale<br />
to-kromatid kromosomer under meiose I (2 23 =8.6 x 10 6 varianter kan teoretisk dannes). I tillegg kommer overkrysningen mellom<br />
maternale og paternale kromatidene i homologe kromosompar under profase I. Begge disse forhold gjør meiosen til en genetisk<br />
forskjelliggjøringsprosess.<br />
Det er dessuten viktig å være klar over den epigenetiske reprogrammering som foregår under gametogenesen. Best kjent er<br />
endringene hva angår methylering av DNA. I tidlige stadier av gametogenesen skjer det en utstrakt demethylering av DNA.<br />
Denne etterfølges senere i kjønnscelle<strong>utv</strong>iklingen i dannelse av et nytt og omfattende mønster av methylert DNA., inkludert<br />
selektiv methylering av paternale og maternale alleler (imprinting, se kap. 3).
2<br />
Figur 5 - 1<br />
5.2 Fertilisasjon og preimplantasjons<strong>utv</strong>iklingen<br />
(furingsdelinger -”cleveage”- og blastocystdannelse)<br />
5.2.1 Fertilisasjon<br />
Fertilisasjonen finner normalt sted i ampulledelen av ovidukten.<br />
Hit må eggcellen transporteres etter ovulasjon til peritonealhulen, fortsatt omgitt av zona pellucida og<br />
corona radiata. Det er antatt at cilievirksomhet og kontraksjoner av glatte muskelceller i egglederveggen er<br />
viktig for transporten inn i ovidukten. Likeledes må spermier nå frem til ampulledelen fra deponeringssted<br />
i vagina. Normalt varierer ejakulatvolumet mellom 2 – 6 ml og spermietallet fra 40 – 250 millioner. Av<br />
disse antar man at bare ca 200 stykker når frem til ampulleområdet. Kontraksjon av glatte muskelceller i<br />
oviduktveggen samt spermienes flagellebaserte bevegelser utgjør transportmekanismen.<br />
Selve fertilisasjonen omfatter følgende hovedpunkter:<br />
Spermiens penetrasjon av corona radiata<br />
Feste til og penetrasjon av zona pellucida<br />
Adhesjon til eggcellen og fusjon mellom spermien og eggcellen (zygotedannelse)<br />
Umiddelbare reaksjoner i zygoten<br />
Spermiene baner seg vei mellom corona radiata celler ved svømmebevegelser og muligens ved frigjøring av<br />
hyaluronidase fra acrosomkappen.<br />
Hos mennesket er zona pellucida 13 µm tykk.<br />
Hos mus består zona pellucida særlig av 3 typer av glykoproteiner, kalt ZP1, ZP2 og ZP3. som kan<br />
interagere med hverandre og danne nettverksstrukturer. Zona pellucida hos mus inneholder over 1<br />
milliard ZP3 molekyler som kan fungere som reseptorer for molekyler som galaktosyl transferase i<br />
spermienes cellemembran. Dette leder til influx av Ca ++ i spermiehodet, noe som utløser acrosomal
3<br />
reaksjonen hvilket frigjør et stort antall enzymer som kan nedbryte zona pellucida lokalt. Av særlig stor<br />
betydning er en serin protease. Spermien kan deretter penetrere zona pellucida og komme inn i<br />
mellomrommet mellom denne og eggcellens cellemembran. Dette rommet kalles perivitellinrommet.<br />
Binding av en spermie til eggcellens cellemembran synes å være basert på molekylkomplekser som<br />
etableres i spermiens cellemembran svarende til ekvatorialområdet av spermiehodet som et resultat av<br />
acrosomal reaksjonen. Disse molekylkompleksene muliggjør binding av spermien til <strong>utv</strong>algte integriner i<br />
eggcellens cellemembran. På kontaktstedet vil det så skje en fusjon mellom eggcellens cellemembran og<br />
spermiens cellemembran og en zygote etableres. Denne kontinuiteten av de to cellers membraner fører til<br />
at spermiens hode, kropp og hale inkorporeres i eggcellens cytoplasma.<br />
Derved vil også spermiens mitochondrier bli opptatt, men disse synes ikke å bidra under dannelsen av det nye individ. I så fall er<br />
det nye individs mitochondrier alle av maternal opprinnelse.<br />
Man antar at disse fertilisasjonsmekanismene hos mus i hovedtrekk er tilsvarende hos mennesket.<br />
Figur 5 - 2<br />
Det nye individs genetiske kjønn bestemmes av om det er en spermie med X- eller Y-kromosom som fertiliserer eggcellen.<br />
Polyspermi-forebyggende reaksjoner<br />
Straks én spermie har fusjonert med eggcellen, sperres adgangen for andre spermier til eggcellen. To hovedmekanismer opererer<br />
hos mus. Den første består av en hurtig elektrisk depolarisering av zygotens plasmamembran. Hos flere arter endres<br />
hvilepotensialet fra –70 mV til + 10 mV på 2-3 sekunder etter fusjonen. Endringer varer noen ganske få minutter. Man antar nok<br />
en gang at lignende forhold gjør seg gjeldende også hos mennesket.<br />
Deretter trer neste mekanisme i funksjon. Denne starter med en influx-bølge av Ca ++ på fusjonsstedet. Ca ++ -økningen fordeles<br />
over hele zygoten og aktiverer sekvensielt cortical granula slik at disse sekretblærene fusjonerer med zygotens plasmalem og<br />
blæreinnholdet (polysakkarider og hydrolytiske enzymer) tømmes ut i perivitellinområdet. Dette bevirker hydrolyse av<br />
spermiereseptorene (ZP3) i zona pellucida og hindrer flere spermier i å binde seg til denne.
4<br />
Metabolsk aktivering av zygoten<br />
Dette skjer meget snart etter fertilisasjonen, sannsynligvis som et resultat av Ca ++ -influxen<br />
Dekondensering av spermiekjernen. Pronuclei<br />
Kort tid etter spermiens inntrengning i eggcellen erstattes protaminene i sædcellens kromosomer med histoner, noe som fører til et<br />
normalt kjernebilde, som også ligner på eggcellens kjerne. De to haploide kjerner i zygoten med slikt utseende, kalles pronuclei..<br />
Hver av disse pronuclei går så inn i en S-fase. De to pronuclei møtes og deres kjernemembraner oppløses. Snart vil zygoten gå inn<br />
i sin første mitose. Kromosomtallet er 46 to-kromatidkromosomer og 12 pg (picogram) DNA, dvs. det samme som forut for<br />
mitose for alle somatiske celler hos mennesket. Slik sett representerer fertilisasjonsprosessen en reversering av meiosen med<br />
nyetablering av en diploid celle, zygoten.<br />
Figur 5 - 3<br />
Det finnes tallmateriale fra Vest-Europa og USA som indikerer at bare ca 30% av etablerte kontaktforhold mellom en spermie og<br />
en eggcelle resulterer i fødte mennesker. Det betyr i så fall at omlag 70% av slike kontaktforhold resulterer i en eller annen form<br />
for spontan abort. I tillegg kommer tallet på provoserte aborter.<br />
5.2.2 Furingsdelinger. ”Cleavage”. Blastulasjon.<br />
Den første delingen av zygoten finner sted ca 24 timer etter fertilisasjonen Denne plus alle etterfølgende celledelinger er mitoser,<br />
altså<br />
konserverende hva angår genetisk informasjon. Følgelig kan det nye individ sees på som en celleklon med zygoten som
5<br />
utgangscelle. På 2-celletrinnet vil hver av cellene ha en masse som er svært lik halvparten av zygotens, på 4-celletrinnet<br />
har hver celle en masse som er lik en fjerdepart av zygotens masse osv. De enkelte cellene kalles blastomerer og prosessen<br />
benevnes blastulasjon. Den pågår i ca 5 døgn inntil celletallet er noe over hundre. Da vil fosteret være transportert til uterus og<br />
snart klar for innvekst i endometriet.<br />
Figur 5 - 4<br />
Blastomerene er alle plassert innenfor zona pellucida Denne hinnen har tilnærmet konstant diameter under hele blastulasjonen og<br />
av samme størrelse som før fertilisasjonen. Cellesyklus under blastulasjonen består nesten bare av S-fasen og mitose-fasen idet<br />
blastomerene deler mellom seg eggcellens cytoplasma. Celledelingene er asynkrone slik at man finner fostre med ulike tall celler.<br />
I hvilken grad disse celledelingene også er asymmetriske – på molekyl fordelingsnivå – er ikke klarlagt. Transkripsjon av det nye<br />
individs genom, ”zygote-genomet” starter hos pattedyr på 2-celletrinnet, men med moderat intensitet under mesteparten av<br />
preimplantasjons<strong>utv</strong>iklingen.<br />
Når tallet på celler er blitt 8-16 vil ikke alle blastomerene kunne ha den samme topologiske posisjon i fosteret. Noen blastomerer<br />
plasseres sentralt, bort fra zona pellucida, de resterende befinner seg perifert. Dette sees på som en av de første avgjørende<br />
celledifferensieringene noe som kan skyldes at de to grupper av celler får forskjellige mikromiljøer. De perifert beliggende celler<br />
vil på dette trinn danne mange ”gap-” og ”tight-junctions”, noe som gir en markert celleadhesjon og gjør det vanskelig å observere<br />
de enkelte celler i lysmikroskopet. Prosessen kalles ”compaction”. Fra gammelt av sammenlignes nå fosteret med et morbær.<br />
Dette særtrinn under blastulasjonen benevnes morula-stadiet.
6<br />
Figur 5 - 5<br />
I denne perioden vil et Na + -, K + - ATPase basert Na + transportsystem føre til at Na + og H 2 O forflyttes fra det perifere<br />
blastomerskiktet og samler seg i mellomrom mellom de sentralt beliggende blastomerer. På døgn 4-5 vil disse små væskefylte<br />
hulrom ha konfluert i ett større, kalt blastocoelen (”blastocølen”). De perifere blastomerer benevnes nå trofoblaster og de sentralt<br />
plasserte blastomerer den indre cellemasse (ICM). Fosteret som en helhet kalles en blastocyst. Alle cellene har fått en størrelse på<br />
linje med vanlige ”kroppsceller”, somatiske celler.<br />
Det nye individ vil i sin helhet <strong>utv</strong>ikles fra noen få (3-5 ?) av cellene i ICM. De resterende ICM-celler og alle trofoblastene vil kun<br />
danne fosterhinner, se figur 5 - 6 her:
7<br />
I løpet av døgn 5-6 vil fosteret klekkes, det vil si komme ut av zona pellucida. Enkelte trofoblaster blir i stand til å skille ut et<br />
trypsinlignende enzym som bevirker dannelsen av et lokalt hull i zona. Fosteret ”smyger” seg ut av dette hullet for så (i de<br />
fleste tilfelller) å feste seg midt på bakre uterusvegg. Dette skjer hos mennesket 6-7 døgn etter fertilisasjonen. Neste trinn er selve<br />
implantasjon av fosteret i uterus.<br />
Under hele preimplantasjonsperioden skjer det en global demethylering av DNA med unntak for de pregede (imprinted) gener.<br />
Disse beholder det methyleringsmønster som ble etablert i de siste deler av gametogenesen. Ny global DNA-methylering finner<br />
sted særlig under gastrulasjonsfasen.<br />
For omtale av implantasjonen og <strong>utv</strong>iklingen i uke 2 henvises til kapittel 3 i Langmans bok.<br />
5.3 Gastrulasjonsprosessen. Etablering av de tre kimlag<br />
Gastrulasjonen<br />
De tre kimlag (ektoderm, mesoderm og endoderm) dannes alle fra epiblastskiktet gjennom den prosess som kalles gastrulasjon.<br />
Starten av gastrulasjonsprosessen kan observeres fra begynnelsen av 3. fosteruke (døgn 15-17) som en strekformet fortykning i<br />
midtlinjen i apex-området av det pæreformede epiblast-laget, sett fra ”taket av amnionhulen”, ”ned på epiblastlaget”, ”dorsalt<br />
fra”.<br />
Fortykningen er et resultat av at epiblastceller deler seg og migrerer mot dette området. Den strekformede fortykningen, som<br />
kalles den primitive strek (”primitive streak”) er et resultat av ”kødannelse”, volddannelse, på hver sin side av midtlinjen av slike<br />
migrerende epiblaster som konvergerer mot dette området. Epiblaster i det primitive strek-området vil så form-endre seg og<br />
migrere inn under (ventralt for) epiblastlaget, mellom dette og hypoblastlaget.Prosessen kalles ingresjon. Dette nye skikt benevnes<br />
nå midtlaget (mesoderm), samtidig omdøpes epiblastlaget til ektoderm. Det er noe uklart hvordan det indre kimblad (den<br />
definitive endodermen) dannes hos mennesket, men det vanligste syn nå er at omdannede epiblaster fra den primitive strek<br />
vandrer inn og fortrenger hypoblastcellene for så å etablere endodermskiktet, parallelt med mesoderm-dannelsen.<br />
Etableringen av den primitive strek er også en markering av at fosterets lengdeakse i anterior – posterior, AP- (senere kalt<br />
craniocaudal-) retning nå er bestemt og dermed også venstre – høyre- aksen (left – right, LR). Den dorso-ventrale akse (DVaksen)<br />
er forlengst etablert som angitt foran. Dermed er alle de tre primære kroppsakser fastlagt.<br />
De volder av epiblaster som er nevnt over, er kontinuerlig med hverandre i anterior retning og begrenser her en grop som også er<br />
en avslutning av den renne som man finner mellom de to voldene. Gropen kalles det primitive innsøkk og sammen med volden<br />
akkurat i dette området benevnes hele strukturen den primitive knute (”node”) eller Hensens knute. Den primitive knute er et<br />
overordnet organisasjonssenter under foster<strong>utv</strong>iklingen, og en struktur som tilsvarer det som kalles den dorsale blastoporleppe<br />
ned gjennom chordatrekken .
8<br />
Figur 5 - 7<br />
Den generelle mesoderm kommer til å separere ektoderm og endoderm nesten alle steder, unntatt i det området som kalles oropharyngealmembranen<br />
og cloacalmembranen, se fig. 3-15. Dette betyr at vi også finner mesoderm mellom ektoderm og endoderm<br />
i den mest anteriore del av fosteret, ”foran” oro-pharyngelamembranen. Her anlegges hjertet i slutten av tredje fosteruke.<br />
De epiblastceller (senere ektodermceller) som proliferer i lengdeakseområdet anteriort for den primitive strek, migrerer mot<br />
Hensens knute hvor de ingrerer for så samlet å migrere som en cellulær streng i midtlinjen fra Hensens knute og i anterior retning<br />
mellom ektoderm og endoderm. Den særformen av mesoderm kalles chordamesoderm, men hyppigst brukes betegnelsene chorda<br />
dorsalis eller notochord. Alle dyr som under embryogenesen har en slik ryggstreng, benevnes chordater. Denne gruppen<br />
inkluderer alle vertebrater.<br />
Ryggstrengen strekker seg i anterior retning nesten til oro-pharyngealmembranen, bare skilt fra denne av en spesialstruktur som<br />
kalles prochordalplaten. Denne består av alle tre kimlag. Mesodermen her har spesielle egenskaper (se senere).<br />
Figur 5 - 8<br />
Den generelle mesodermen, som ligger på hver sin side av ryggstrengen, navnsettes i medial – lateral retning ut i fra lokalisasjon i<br />
forhold til denne aksestrukturen. Den del av mesodermen som ligger nærmest ryggstrengen, på hver sin side av denne, benevnes<br />
den paraksimale mesoderm (para-aksiale), den del av den generelle mesoderm som ligger lengst ut til siden i fosteret, kalles<br />
lateralplate mesodermen og mesodermen mellom disse to områder benevnes den mellomliggende mesoderm eller intermediær<br />
mesodermen.
9<br />
5.4 Dannelse av neuralrør og neurallister (neurulasjon)<br />
Figur 5 - 9
10<br />
Figur 5 - 10<br />
Figur<br />
5 - 11
11<br />
Dorso-ventral differensiering av neuralrøret, se figur 5 - 12:<br />
Figur 5 - 12
12<br />
Dannelse av neurallister, se figur 5 - 13<br />
Figur 5 - 13
13<br />
5.5 Regionalisering av mesodermen. Somittdannelse<br />
Figur 5 - 14<br />
Figur 5 - 15
Figur 5 - 16<br />
14
6 Embryo-relaterte teknologier.<br />
Medisinske implikasjoner<br />
Den meget store økningen i vår forståelse av mange basale mekanismer innn molekylær embryologi i de senere år skyldes i høy<br />
grad at <strong>utv</strong>iklings<strong>bio</strong>loger har <strong>utv</strong>iklet en rekke avanserte, embryo-relaterte teknologier. Mange av disse har store medisinske<br />
implikasjoner og har etterhvert fått en rekke praktiske applikasjoner.<br />
Embryo-relaterte teknologier omfatter bl.a.:<br />
(Kloning av dyr (reproduktiv og terapeutisk kloning, samt isolasjon og karakterisering av embryonale og andre former for<br />
<strong>stamceller</strong> vil bli omtalt i kapittel 7. Det samme gjelder eksempler på retningsdirigert differensiering av <strong>stamceller</strong>,<br />
celletransplantasjoner og celleterapi.)<br />
6.1 In vitro fertilisasjon<br />
Figur 6 - 1
2<br />
6.2 Spermie-injeksjon i eggcelle<br />
Figur 6 - 2<br />
6.3 Pre-implantajonsdiagnostikk (fig. 21.10 s. 694<br />
Figur 6 - 3
3<br />
6.4 Fremstilling av chimere mus<br />
Dette er en meget viktig teknikk i molekylær <strong>utv</strong>iklings<strong>bio</strong>logi. Den er en forutsetning for å kunne fremstille såkalte ”knockout /<br />
knockin” - mus etter målrettede gen-modifikasjoner av embryonale <strong>stamceller</strong> (ES-celler, se kap. 7) Kimlinje -transgene, chimere<br />
dyr kan tilbakekrysses til homozygositet.<br />
Figur 6 - 4
4<br />
6.5 Transgene mus inkludert knockout- / knockin- transgene dyr. CreLox-teknologi<br />
For en nærmere omtale av teknologier for fremstilling av transgene dyr, inkludert mus hvis egne gener er blitt modifisert, se<br />
essential cell <strong>bio</strong>logy, fig. 10-38 og tilhørende tekstsider.<br />
Det er verdt å påpeke at ved bruk av transgener designet for homolog rekombinasjon til endogene gener, vil interaskjon med<br />
spesifikt målgen kunne foregå i løpet av minutter og slik at det endogene målgen blir satt ut av funksjon eller endret på annen<br />
måte umiddelbart. Til og med enkeltnucleotid-modifikasjoner kan skje (svarende til å finne én bestemt millimeter innenfor en<br />
strekning på 3000 km).<br />
Her skal kun omtales den såkalte CreLox-teknologi. Kort fortalt gå den ut på å endre - som regel fjerne - DNA-sekvenser i<br />
genomet som er flankert av to nukleotidstrekninger på ca 30 nt. Disse strekningen tjener som sete-spesifikke bindingsomåder for<br />
en bestemt gruppe av rekombinaser, i denne sammenheng den som kalles for Cre (=causes recombination).<br />
CreLox-teknologi bernyttes særlig til to formål:<br />
6.5.1 Til tid- og sted-kontrollert utkutting av endogene gener /-genfragmenter<br />
Når Cre foreligger i kjernen på celler med Lox-flankerte DNA-sekvenser (f.eks. et endogent gen), så vil enzymet kutte ut DNAsekvensen.<br />
I slike tilfeller må aktuell DNA-sekvens på forhånd være blitt flankert med Lox-strekninger, noe som utøres ved<br />
homolog rekombinajons -prosedyrer.<br />
Det avgjørende for tid- og sted-kontroll blir styringen av Cre’s tilstedeværelse. Tradisjonelt har man derfor fremstilt transgene<br />
muselinjer med ønskede Lox-flankerte gen-områder. Slike mus krysses med mus gjort transgene for Cre-genet, styrt av en<br />
vevsspesifikk og / eller induserbar promotor. Der hvor Cre uttrykkes vil Lox-flankert gen-område deleteres. Cre-enzymet kan<br />
også appliseres lokalt ved in vivo elektroporasjon.<br />
Ved konvensjonell knockout-teknologi vil fremgangsmåten føre til at det endogene gen fjernes / inaktiveres i alle celler fra<br />
begynnelsen av foster<strong>utv</strong>iklingen. Dreier det seg om et gen hvis ekspresjon er essensielt på tidlig embryotrinn av, så vil<br />
delesjonen være letal allerede ved starten av foster<strong>utv</strong>iklingen. Dette umuliggjør studier av slike geners betydning på langt senere<br />
trinn i <strong>utv</strong>iklingen som under organdannelse.<br />
6.5.2 Til tid- og sted-kontroll av transgeners ekspresjon<br />
Et vanlig transgen består av en promotor (styringsområdet for ekspresjon) og selve transgenet. Mellom disse to kan man ved<br />
konstruksjonen innsette et Lox-flankert DNA-fragment på ca 1000 nt. Dette DNA-fragment hindrer ekspresjon av transgenet og<br />
kalles ”STOPP”. Nærvær av Cre-enzymet vil kutte ut STOPP og dermed føre til ekspresjon av transgenet i samsvar med<br />
styringsområdets konstruksjon.<br />
6.6 Autofluorescerende proteiner (AFP) som celle- og gen-markører<br />
I eksperimentell molekylær <strong>utv</strong>iklings<strong>bio</strong>logi inngår ofte ulike former for transplantasjoner av celler, vev og organer til ektopiske<br />
lokalisasjoner eller mellom organismer. I tillegg er kombinasjoner mellom vevstyper vanlige, f. eks. epitel- / mesenchymrekombinanter<br />
ved organogenese studier. Det er av uvurderlig betydning å ha genetiske markører som gjør det lett å holde orden<br />
på opprinnelsen til transplantatene. Spesielt viktig er det å ha markører som enkelt muliggjør identifikasjon i levende materiale.<br />
I de senere år har man fra forskjellige marine arter isolert gener som koder for proteiner som fluorescerer hvis de blir utsatt for lys<br />
med egnet bølgelengde. Slike proteiner sies å være autofluorescerende (AF). Det er mulig å transfektere celler og å fremstille<br />
transgene dyr med DNA-konstrukter for slik AF-proteiner. Transkripsjonen av AF-genenene kan reguleres av styringsområder<br />
som gir ekspresjon i alle celler i transgene dyr (global ekspresjon) eller styringsområdene kan være satt opp for vevsspesifikk,<br />
regional ekspresjon. AF-proteinene interferer ikke med normal aktivitet til celler hvor de forekommer.<br />
I dag finnes det en rekke muselinjer som er transgene for slike AF-proteiner, bl.a. AF-proteiner som gir grønn-, gul- og blå<br />
fluorescens ved eksitasjon. Figur 6 - 5 (fra Andras Nagys arbeider) viser to typer av museblastocyster fra muselinjer transgene for<br />
henholdsvis grønt-AF-protein (GFP) og blått- (cyan-) AF-protein (CFP). Figur 6 - 6 viser tilsvarende musefostre i senere<br />
<strong>utv</strong>iklingstrinn:
5<br />
Figur 6 - 5<br />
Figur 6 - 6<br />
Gener for autofluorescerende proteiner kan i DNA-konstrukter koples til aktuelt transgen slik at begge gentyper uttrykkes.<br />
Alternativt kan de to gener koples sammen ved hjelp av IRES-sekvenser (IRES = internal ribosome entry site) slik at det dannes<br />
proteiner fra markør-gen og transgen. Dette gjør det enklere å analysere transgenets ekspresjon og produktlokalisasjon. I mange<br />
tilfeller vil markørproteinets tilstedeværelse ikke interferere med transgen-proteinets aktivitet.<br />
6.7 Tetraploide teknologi (TEC-teknologi)<br />
Hvis de to blastomerer bringes til å fusjonere når et musefoster er på to-celle stadiet, dannes det et foster bestående av én celle<br />
som er tetraploid. Denne vil dele seg i kultur og etter noen dager gi et foster på blastocysttrinnet. Alle blastocystens celler er
6<br />
tetraploide. Det har vist seg at hvis tetraploide blastocyster innføres i vertshunner, så vil implantasjon kun lede til dannelse av<br />
fosterhinner og intet foster. Hvis tetraploide preimplantasjonsfostre aggregeres med diploide blastomerer fra et annet foster eller<br />
med diploide ES-celler, så vil et slikt foster - etter overføring til en vertsmor - <strong>utv</strong>ikle både fosterhinner og selve museembryoet.<br />
Embryoet vil kun bestå av etterkommere av de diploide ES-cellene. Denne prosedyren kalles ”Tetraploid Embryo<br />
Complementation” (TEC) Fremgangsmåten er vist i neste figur hvor det tetraploide foster kommer fra en muselinje med global<br />
ekspresjon av grønt fluorescerende protein (GFP) og de diploide ES-celler er derivert fra en muselinje med global ekspresjon av<br />
cyan fluorescerende protein (CFP).<br />
Figur 6 - 7<br />
ES-celler som benyttes til slike formål kan gen-endres på alle kjente måter, inkludert målrettede ”knockout / knockin”-strategier<br />
av endogene gener. Det er også mulig å sette begge alleler for et aktuelt gen ut av funksjon på ES-celle nivå.<br />
Samlet betyr dette at man ved TEC-teknologien kan få etablert musefostre / mus som er homozygote for en designet delesjon av<br />
begge alleler av et gitt endogent gen i løpet av noen få uker, eventuelt også med integrasjon av ønsket knockin-konstrukt på<br />
allelenes delesjonssteder. Konvensjonell teknologi basert på dannelse av ”vanlige chimerer” og påfølgende tilbakekryssing tar<br />
over ett år.<br />
Prinsippene for TEC-teknologien ble <strong>utv</strong>iklet for mange år siden, men forskjellige vanskeligheter gjorde at få mus som ble<br />
fremstilt på denne måte, ble født. I de siste 2-3 år har man lykkes i å forbedre fremgangsmåten betraktelig, bl.a. hva angår valg av<br />
innavlede musestammer. Nå foreligger det derfor et stort antall viktige muselinjer hvor musene i sin helhet er <strong>utv</strong>iklet ut fra genendrede,<br />
in vitro dyrkede, embryonale <strong>stamceller</strong>.
7<br />
Figur 6 - 8<br />
6.8 RNA interferens - teknologier.<br />
Global og regional knockdown av gen-ekspresjonsprodukter<br />
I avsnitt 3.3 omtalte vi enkelte <strong>bio</strong>logiske effekter av dsRNA-molekyler, dannet ved transkripsjon av en særgruppe gener innen<br />
storgruppen av non-coding RNA-gener eller fra eksterne kilder som visse vira. Slike dsRNA-molekyler blir prosessert<br />
intracellulært på måter angitt i figur 3-13 til såkalte mikroRNAer (miRNAer).<br />
Hvis dsRNA-molekyler på flere hundre np eksperimentelt tilføres celler vil også disse dsRNAer kunne bli prosessert til små<br />
interferende RNA - molekyler på 21-23 np (siRNA). Disse siRNAene vil likesom miRNA-molekyler kunne interagere med RICS<br />
og binde seg sekvensspesifikt til endogene mRNA-molekyler hvis translasjon derved hindres. Følgelig uteblir eller reduseres<br />
dannelsen av kognate proteinmolekyler (se fig 3-13).<br />
Hvis celler eller forsøksdyr tilføres syntetisk fremstilt siRNA med en nukleotidsekvens komplementær til et gitt mål-mRNA, vil<br />
også dette føre til redusert dannelse av kognat protein. Valgt sekvens for tilført siRNA er viktig for å oppnå maksimal effekt. I<br />
forsøk er det derfor vanlig å tilføre siRNA med tre forskjellige sekvensstrekninger for å treffe særlig ”sårbare” områder i målmRNA.<br />
Effekten vil kun vare den tid som eksperimentelt siRNA er tilstede i cellene. Endringer i fenotype vil derfor som regel være<br />
transiente.<br />
Hvis man ønsker å benytte denne RNAi-teknologien for å frembringe en varig ”knockdown” i proteintype fra et gitt<br />
proteinkodende gen, så kan det gjøres ved å konstruere ekspresjonsvektorer for ønsket siRNA (eller forstadier). Slike vektorer må<br />
deretter transfekteres til celler i forsøket eller benyttes som transgener ved fremstilling av gen-modifiserte dyr (særlig transgene<br />
mus).<br />
Nylig (februar 2004) er det beskrevet vektorer som muliggjør både induserbar, reversibel og stabil RNA interferens i<br />
pattedyrceller. På litt sikt vil denne teknologien sikkert også bli koplet til CreLoxP-teknologien ( se punkt 6.5) og med bruk av<br />
vevsspesifikke promotorer for å styre knockdown i transgene mus.
8<br />
De typer av siRNA-forsøk som vi her kort har skissert, berører i hovedsak knockdown at ett eller noen få genprodukter pr.<br />
eksperiment. I så måte har teknologien flere fellestrekk med konvensjonelle antisens RNA - teknikker og på ”knockout”-<br />
teknologier hvor man benytter homolog rekombinasjon i ES-celler med påfølgende fremstilling av chimere mus.<br />
I før-genom tiden var ”forward genetics” hovedmetoden for å analysre gen-funksjoner i stor skala, særlig ved hjelp av kjemisk<br />
fremkalte mutasjoner som ga ”tap av funksjon” i et stort antall gener.<br />
Et stort arbeid er nedlagt i denne type analyser av Drosophila og senere zebrafisk, ikke minst hva angår klarleggingen av<br />
forskjellige <strong>utv</strong>iklingsgeners betydning for frembringelsen av embryonale fenotyper. Nobelprisvinneren C.Nüsslein Volhard store<br />
innsats på dette felt er et godt eksempel. Men denne type forskning er meget tid- og ressurskrevende.<br />
I løpet av de senere år er det komplette genom for en rekke av de mest sentral modellorganismer i molekylær <strong>utv</strong>iklings<strong>bio</strong>logi<br />
blitt sekvensert. Det gjelder bl.a. C. elegans, Drosophila og mus.I tillegg er jo det humane genom sekvensert. De komplette<br />
sekvenser er selvsagt av stor betydning for forståelse av mange <strong>utv</strong>iklings<strong>bio</strong>logiske forhold, men gir ikke noen direkte<br />
informasjon hva angår ”funksjonell genomikk”.<br />
Eksperimentell anvendelse av RNAi-teknologien har i løpet av de aller siste årene revolusjonert dette forholdet. I det siste året har<br />
sentrale forskningsgrupper publisert artikler om stor-skala, systematiske, funksjonsanalyser av store deler av genomet hos<br />
C.elegans (i 2003), Drosophila (i 2003) og mus og menneske (2 artikler i mars 2004).<br />
Alle arbeidene er gjort på celler i kultur fra de forskjellige arter.<br />
Fremgangsmåten til den ene gruppen som har arbeidet med funksjonsanalysene hos mus og menneske, var basert på å produsere<br />
ekspresjonsbibliotek av siRNA og såkalt shRNA (sh = short hairpin) mot ialt 9610 ekspresjonsprodukter fra humane proteinkodende<br />
gener (og 5563 ortologe musegener) For hvert målgen ble det konstruert minst tre typer shRNA, slik at totalen ble ca<br />
28.000 ekspresjonskasetter - som alle ble kontrollsekvensert. og innebygget i multi-funksjonelle vektorer slik at kassettene<br />
relativt enkelt kan overføres til retrovirus former og videre til andre vektorer etter behov. I tillegg ble hver av kassettene utstyrt<br />
med egen spesifikk”gjenkjennings-markører (”bar codes”). De relative mengder av hver type shRNA-kassett koplet til RISCprodukter<br />
kan derved vurderes ved hjelp av micro-array teknologier.<br />
Slike RNAi-bibliotek vil muliggjøre utallige funksjonsanalyser for forskningsgrupper verden rundt både hva angår stor-skala<br />
(”global”) genomikk og for <strong>utv</strong>algte cellulære prosesser som signalsystemer, transkripsjonsregulering, cellesyklus / proliferasjon,<br />
migrasjon, impulsledning osv., osv. I slike sammenhenger kan man nedregulere en rekke kandidatproteiner i antatte<br />
reaksjonskjeder parallelt med fenotypeanlyser. (eks ved automatisert fluorescensmikroskopi).<br />
Hva mere er: Funksjonelle genomikk-analyser basert på RNAi-strategier tar uker, ikke måneder<br />
tradisjonelle gen-endringer basert på indusert mutagenese av DNA.<br />
og mange år slik tilfellet er ved<br />
Et felt hvor man kan vente seg særlig stor fremgang ved bruk av RNAi-basert knockdown-strategier er i embryonale<br />
<strong>stamceller</strong> som ledd i proliferasjonsanalyser og etablering av avanserte regimer for in vitro retningsdirigert<br />
celledifferensiering og organogenese, - ex vivo embryogenese (se også kap. 7).
7 Kloning og <strong>stamceller</strong>. Ex vivo embryogenese<br />
7.1 Reproduktiv kloning og terapeutisk kloning<br />
Det er viktig å skille mellom disse to begrepene:<br />
Med reproduktiv kloning forstår vi forsøk på å fremstille fødte organismer ved at en somatisk cellekjerne overføres (”nuclear<br />
transfer” = nt) til en kjernefri (enucleert) eggcelle som deretter plasseres i livmoren hos en vertsorganisme for videre<strong>utv</strong>ikling<br />
inntil fødsel.<br />
Figur 7 - 1<br />
Ved terapeutisk kloning overføres også en somatisk cellekjerne (nuclear transfer) til en enucleert eggcelle. Denne form for zygote<br />
(rekonstituert celle) dyrkes så i kultur inntil blastocysttrinnet . Hos mus og menneske tar dette 4 - 6 døgn. Deretter isoleres<br />
embryonale <strong>stamceller</strong> (ntES-celler) fra den indre cellemasse i blastocysten. De resterende deler av blastocysten destrueres.<br />
7.1.1 Reproduktiv kloning<br />
Kloningen av sauen ”Dolly” i 1997 og av musen ”Cumulina” i 1998 fikk en enorm innflytelse på moderne <strong>bio</strong>medisin. For første<br />
gang ble det demonstrert at differensierte somatiske celler, også fra pattedyr, kan reprogrammeres til å oppføre seg som genomet<br />
i en zygote bare miljøet endres radikalt nok slik som det er i cytoplasmaet i en kjernefri eggcelle.<br />
Siden 1997 er nå en rekke arter blitt klonet slik som kyr, griser og aper. Hovedstrategien er stort sett den samme:<br />
Enucleeringen (fjerning av eggcellens kjerne) gjøres ved mikrokirurgi ved at en tynn pipette føres inn i eggcellen. Kjernen suges<br />
inn i pipetten og fjernes. Oocytter i forskjellige trinn av meiose II har vært benyttet som recipienter.
2<br />
Donorcellens genom overføres deretter til den enucleerte eggcelle enten ved mikroinjeksjon av donorcellens kjerne eller ved<br />
indusert fusjon mellom donorcelle og eggcellen. Hvis overføringen teknisk sett er vellykket, kan det være aktuelt å ”aktivere” den<br />
kjernetransplanterte eggcellen, bl.a. ved kortvarige endringer i konsentrasjonen av divalente ioner. Deretter holdes cellen i kultur<br />
til furingsdelingene har startet før overføring til eggleder eller uterus i vertsmor.<br />
Hvis kloningen gjennomføres ved fusjon mellom donorcelle og enucleert oocytt, vil det nye individ få en blandet populasjon av<br />
mitochondrier. Tallet på mitochondrier i en eggcelle er imidlertid vesentlig høyere enn i somatiske celler. Det er foreløpig uklart<br />
om mitochondriell heterogeniteter av betydning for de klonede dyr, f. eks. hva angår mitochondrielle sykdommer.<br />
(Hvis kloning skjer mellom to arter, eks. kjerne fra menneske og enucleert eggcelle fra en ku eller kanin (xenocybrider), vil<br />
mitochondrielle arveforhold sannsynligvis bli av betydning. Slike forsøk er nylig utført i USA og Kina- som en kompensasjon for<br />
bruk av humane oocytter- og for å klarlegg basal reprogrammeringsmekanismer.)<br />
I de tidlige kloningsforsøk basert på bruk av donorceller fra voksne organismer, la man stor vekt på det trinn i cellesyklus som<br />
donorcellen befant seg i. Men etterhvert har det vist seg at donorceller i forskjellige syklusstadier kan resultere i vellykket<br />
kloning. I tillegg vet man nå at det er mulig å anvende en rekke forskjellige, differensierte celletyper som kjernedonorer.<br />
Donorcellene fra såvel hannkjønnsindivider som hunner kan benyttes. Donororganismens alder synes også å spille en mindre<br />
rolle. Donorfibroblaster fra øret til en 17 år gammel okse viste seg å resultere i klonede kalver etter fusjon med enuclerte<br />
eggceller (okser blir sjelden mere enn 20 år).<br />
Også differensierte celler som har vært dyrket i kultur, ja endog blitt gen-modifiserte ved transfeksjon, har vist seg egnet som<br />
donorceller.<br />
Celler fra gamle individer og celler som har vært holdt lenge i primærkultur, vil ofte ha en redusert telomerlengde. Dette oppfattes<br />
som et tegn på aldring og at cellene nærmer seg slutten av sin livslengde. Det er oppsiktsvekkende at slike celler i det hele tatt kan<br />
gi grunnlag for vellykkede kloningsforsøk, og det har vært stor spenning knyttet til levealder for individer klonet med et slikt<br />
utgangspunkt<br />
.<br />
Figur 7 - 2. er en bemerkelsesverdig illustrasjon Det spesielle ved dette bildet er at kalvene ble klonet ut fra celler som hadde vært<br />
i kultur så lenge at de normalt snart ville ha gått til grunne, og cellene viste tydelig langtkomne aldersendringer. Slike celler har<br />
korte telomerer, noe som ofte blir tatt som en indikasjon på deres alder. Allikevel kan de brukes til kloning. Innført i kjernefrie<br />
eggceller modifiseres kromosomene slik at telomerene blir vesentlig lengre enn i celler fra unge dyr. Hva mer er: Celler fra<br />
klonede dyr, laget på denne måten, kan i kultur gjennomgå over 90 celledelinger, mens celler fra ikke-klonede kalver bare<br />
gjennomfører ca 60 celledelinger. Man vet foreløpig ikke hva som forårsaker telomerforlengelsen og om de klonede dyrenes<br />
levealder forlenges tilsvarende.<br />
(Fra: Robert P. Lanza og medarbeidere. Science 28. <strong>april</strong> 2000 (288: 665-669). ”Extention of Cell Life-<br />
Span and Telomere Length in Animals Cloned from Senescent Somatic Cells.”)<br />
Figur 7 - 2<br />
At det er mulig gjennom kloning å fremstille celler med sterkt forlenget levealder kan få den største betydning i arbeidet med å<br />
<strong>utv</strong>ikle embryonale og adulte <strong>stamceller</strong> til behandling av mange sykdommer hos mennesket..
3<br />
Det er dog <strong>utv</strong>ilsomt slik at suksessraten ved reproduktiv kloning av dyr hittil har vært lav, og at mange fostre og fødte dyr har<br />
oppvist en rekke defekter. Dette er ikke overraskende når man tenker på at en somatisk kjerne må radikalt omprogrammeres på få<br />
timer til å kunne utgjøre et startgenom for et nytt inivid. Som tidligere nevnt bruker gameter meget lang tid på sin utdannelse før<br />
fertilisasjon, inkludert etablering av en rekke epigenetisk forhold. Det utrolige er jo at reproduktiv kloning av pattedyr virkelig er<br />
mulig i visse tilfeller. Men den enstemmige oppfatning blant alle seriøse forskere i feltet er at reproduktiv kloning av mennesker<br />
er forkastelig både av faglige og andre grunner.<br />
7.2 Generelt om <strong>stamceller</strong><br />
Standard kriterier for å kalle en celle for en stamcelle (The CELL,2002) er at den:<br />
1 ikke selv er terminalt differensiert<br />
2 kan dele seg så lenge organismen lever<br />
3 Når en stamcelle deler seg, så kan en dattercelle fortsette som stamcelle eller slå inn på en<br />
differensieringsbane<br />
Man opererer med forskjellige nivåer av <strong>stamceller</strong> ut fra “klassiske” syn på differensieringspotensialet:<br />
- totipotente eller omnipotente <strong>stamceller</strong><br />
Dette er <strong>stamceller</strong> som kan gi opphav til alle typer celler som en organisme består av inkludert<br />
fosteravledede fosterhinneceller.<br />
Denne gruppen omfatter kun zygoter og tidlige blastomerer.<br />
- pluripotente <strong>stamceller</strong> / multipotent <strong>stamceller</strong><br />
Språkbruken er lite konsistent hva angår disse betegnelser.<br />
Tradisjonelt har uttrykket pluripotent vært anvendt om embryonale <strong>stamceller</strong> (ES-celler)<br />
avledet fra den indre cellemasse på blastocysttrinnet. Enkelte forskere inkluderer også<br />
primordiale kimceller i denne gruppen.<br />
ES-celler kan differensieres til alle typer celler som inngår i organismen, men ikke til<br />
typer av fosterhinneceller<br />
alle<br />
Betgnelsen multipotente <strong>stamceller</strong> benyttes hyppigst om <strong>stamceller</strong> som har et snevere<br />
differensieringspotensiale enn ES-celler<br />
Vi har former for <strong>stamceller</strong> i kroppens ulike organer, sannsynligvis hele livet igjennom (samlenavn<br />
ADULTE <strong>stamceller</strong>). Tallet på adulte <strong>stamceller</strong> i de enkelte organer er lavt. I beinmarg antar man at bare<br />
ca 1 av 10.000 celler kvalifiserer til betegnelsen stamcelle (The CELL. 2002).<br />
Det er en vanlig oppfatning at <strong>stamceller</strong> er lokalisert til nisjer hvor de er omgitt av naboceller som<br />
forsyner dem med signalmolekyler og andre former for kooperasjon. Man legger i dag stor vekt på slike<br />
nisjers innflytelse for de asymmetriske miljøforhold som <strong>stamceller</strong> eksponeres for og som også antas å ha<br />
stor innflytelse på asymmetriforhold under stamcelle-mitoser. Den dominerende oppfatning er at<br />
<strong>stamceller</strong> eller deres etterfølgere (progenitorer) ikke vil endre sin løpebane (transdifferensieres) sålenge de<br />
befinner seg i sin tradisjonelle nisjer. Men nå vet man at hvis miljøet endres radikalt nok, som ved<br />
kloning, kan en omfattende ”reprogrammering” finne sted på alle trinn fra stamcelle til terminalt<br />
differensiert celle.
4<br />
Rekrutteringen til terminalt differensierte celler i mange organer synes å gå gjennom en fase med celler<br />
som på engelsk omtales som ”committed transit amplifying cells” som vist i figur 7-4.<br />
Figur 7 - 3<br />
Figur 7 - 4
5<br />
7.3 Embryonale <strong>stamceller</strong> (ES-celler) fra mus og menneske. Ex vivo<br />
embryogenese. <strong>Mol</strong>ekylær cellemedisin<br />
Embryonale <strong>stamceller</strong> (ES-celler) isoleres fra den indre cellemasse (ICM) når et foster er i<br />
blastocysttrinnet. Hvis embryonale <strong>stamceller</strong> isoleres fra et klonet foster på blastocysttrinnet, kalles<br />
cellene ntES-celler (nt = nuclear transfr). Embryonale kimceller (embryonic germ cells, EG-celler) isoleres<br />
fra gonadeanlegg i tidlig embryotrinn. Adulte <strong>stamceller</strong> (AS-celler) kan isoleres fra en rekke organer hos<br />
fødte individer (som beinmarg, hjerne, muskelvev, epidermis, dermis, tarmslimhinne m.fl.)<br />
Figur 7 - 5<br />
7.3.1 ES-celler isolert fra ikke-klonede (”ordinære”) blastocyster<br />
Embryonale <strong>stamceller</strong> ble for første gang isolert fra museblastocyster i 1981. De kan holdes i kultur i<br />
udifferensiert form i tallrike cellegenerasjoner ved spesielle dyrkningsbetingelser. Tidlig på 1980-tallet ble<br />
det vist at slike ES-celler kunne danne chimere mus etter ES-celle injeksjon i museblastocyster eller ved<br />
aggregasjon med musefostre i morula-trinnet, - for deretter å bli overført til vertsmor.<br />
ES-cellenes store betydning i <strong>bio</strong>medisinsk forskning ble klart dokumentert da man i 1987-88 ble i stand<br />
til å inaktivere <strong>utv</strong>algte endogene gener i slike celler ved innføring av DNA-konstrukter som muliggjorde
6<br />
målrettet integrasjon i musegenomet ut fra prinsipper for homolog rekombinasjon. Deretter ble de genendrede<br />
ES-cellene benyttet til å danne chimere mus som angitt foran. Tilbakekryssingsregimer gjorde det<br />
mulig å produsere homozygote ”knockout”-mus for aktuelt gen. Det er siden det tidspunkt produsert flere<br />
tusen muselinjer hvor ett (eller flere) endogene gener er satt ut av funksjon som basis for fenotypeanalyser<br />
av de fremkalte mutasjoner. I mange år har dette vært en av våre aller fremste strategier for<br />
forskning vedrørende ”funksjonell genomikk”.<br />
Et viktig ledd i denne teknologien var å legge forholdene til rette for at ES-cellene kunne proliferere i<br />
kultur uten å slå inn på differensieringsbaner. Dette klarte man ved å dyrke ES-cellene på cellesyklusinaktiverte<br />
”feeder-celler” som skilte ut stoffer som hindret ES-celle differensiering. Nylig er det <strong>utv</strong>iklet<br />
flere andre regimer for å hindre differensiering av ES-celler og samtidig stimulere deres proliferasjon.<br />
Hvis slike proliferasjonsstimulerende regimer ikke fungerer optimalt, vil ES-celler i kultur ”spontant”<br />
<strong>utv</strong>ikle seg til visse differensierte celleformer, hvorav neuron-lignende celler synes å være en vanlig<br />
”default”-vei..<br />
I mange år klarte man kun å <strong>utv</strong>ikle ES-celler fra mus (mES-celler = murine ES-celler) og ikke fra andre<br />
pattedyr. Det var et stort gjennombrudd da amerikanske forskere i 1998 lykkes i å isolere humane ESceller<br />
(hES-celler) fra blastocyster. Injeksjon av hES-celler i museblastocyster viste at disse cellene i<br />
denne type in vivo system, kunne differensiere seg til tallrike, spesialiserte former for human-celler.<br />
Disse resultatene førte til et enormt oppsving i interessen for in vitro differensiering av ES-celler, både fra<br />
mus og menneske. I løpet av få år er det blitt etablert dyrkningsregimer som gjør det mulig å bevirke<br />
planlagt, retningsdirigert differensiering av begge typer ES-celler til tallrike former for spesialiserte celler<br />
slik man finner dem hos mus og menneske. Differensieringskriteriene er basert på såvel morfologi som<br />
funksjon og med ekpresjonsmønstre, analysert ved in situ hybridisering, immuncytokjemi og micro-array<br />
teknologier, som klart identifiserer de in vitro - frembrakte, spesialiserte celleformer.<br />
Det er meget bemerkelsesverdig at slik in vitro retningsbestemt differensiering av ES-celler i de fleste tilfeller<br />
kan foregå i dyrkningskar med tilsetting av helt definerte medier, det vil si at man kjenner alle<br />
komponentene. Den retningsbestemte differensieringsvei avgjøres først og fremt av hvilke vekstfaktorer og<br />
andre ligander som mediet tilføres. Ofte dreier det seg om bare 3-4 forskjellige stoffer for å oppnå et bestemt<br />
resultat. I en del tilfeller skjer differensieringen via et såkalt ”embryoid body -stadium” (aggregater av ESceller<br />
i suspensjon). Tidsrammen fra differensieringsstart av ES-celler til et ønsket resultat er oppnådd, kan<br />
være ned til 2-3 uker. Hva mere er: visse slike celletypr kan også starte på organdannelse i kulturskålen<br />
(som <strong>utv</strong>ikling av hjerteanlegg fra ES-celle deriverte cardiomyocytter).<br />
De vekstfaktorer man velger for å fremskaffe en gitt celletype, er som regel plukket ut fra lister over hvilke<br />
signalstoffer som styrer in vivo differensieringen.<br />
Her må man huske på at i normal embryogenese inngår det mange kompliserte trinn fra blastocystfasen<br />
til høyt differensierte celleformer foreligger, trinn som implantasjon, gastrulasjon, etablering av de tre<br />
kimblad og regionalisering av disse, dannelse av åresystem og nerver m.m.<br />
At såvel murine som humane ES-celler i kultur kan gå utenom mange av disse ”opplæringstrinn” er<br />
svært forbausende og har lagt grunnlaget for det som man nå kaller ”ex vivo embryogenese”.<br />
7.3.2 Transplantasjon av ES-celler og ”ES-celle-deriverte celler” til<br />
mottaksorganismer<br />
Resultater som nevnt foran brakte naturlig nok straks frem tanken på å transplantere ES-celler og EScelle<br />
deriverte celleformer til forsøksdyr som mus med fremkalte behov for regenerativ celleterapi - og med<br />
tanke på å <strong>utv</strong>ikle modellsystemer som basis for molekylær celleterapi hos mennesker. Forutsetningen for<br />
tankegangen er selvfølgelig at de transplanterte cellene vil finne frem til skadesteder og der interagere med<br />
den lokale cellebefolkning for å oppnå funksjonell rekonstitusjon. I modellsystemer finnes det nå en rekke<br />
eksempler på vellykkede resultater av slike forsøk.
7<br />
Hva angår transplantasjon av udifferensierte, murine ES-celler til mus, så innebærer dette en risiko for at<br />
de overførte ES-cellene kan etablere teratocarsinomer i mottaksorganismen. Dette er selvsagt også et<br />
forhold som gjør at udifferensiert hES-celler ikke bør overføres til mennesker ut fra kunnskapsnivået i<br />
dag.<br />
Humane ES-celler fra ordinære blastocyster vil naturlig nok ha en annen genetisk konstitusjon og dermed<br />
et annet antigen-bilde enn en gitt pasient med behov for celleterapi. Man må derfor vente at slike<br />
transplanterte celler vil bli forkastet av recipientens immunsystem. En løsning på dette problem kunne<br />
være å gen-modulere antigen-bildet på celletransplantatet til bedre å samsvare med mottagerens<br />
immunforhold. Dette er antagelig en komplisert vei å gå.<br />
En annen viktig løsning er blitt åpenbar som følge av resultater av kunnskaper basert på terapeutisk<br />
kloning .<br />
7.3.3 Terapeutisk kloning. ES-celler fra klonede blastocyster (= ntES-celler)<br />
Som vist i figur 7-5, så innebærer terpeutisk kloning at en cellekjerne fra en somatisk celle hos et født<br />
individ bli overført til en eggcelle hvis egen kjerne på forhånd er fjernet. Den rekonstituerte cellen dyrkes i<br />
kultur frem til blastocysttrinnet og ES-celler isoleres fra blastocystens indre cellemasse. De resterende<br />
deler av blastocysten destrueres. Slike ES-celler benevnes ntES-celler (nt= nuclear transfer).<br />
Det foreligger nå en rekke forskningsrsultater som viser at murine ntES-celler har de samme<br />
differensieringspotensialer i kultur som konvensjonelle ES-celler, og at de kan gen-modifiseres på samme<br />
måter. Et eksempel på dette er illustrert i figur 7-6 hvor mus som er defisiente for Rag2 (recombination<br />
activating gene 2) - og følgelig ikke kan produsere funksjonelle B- eller T-celler -blir behandlet med genmodifiserte<br />
ntES-celler<br />
Figur 7 - 6
8<br />
Et slående eksempel på avansert differensiering av murine ES-celler og murine ntES-celler i kultur er vist<br />
i figur 7-8 som er et utdrag av en artikkel i Nature Biotechnology for oktober 2003:<br />
Figur 7 - 7<br />
Nylig ble humane ntES-celler for første gang isolert fra klonede humane blastocyster, frembrakt etter<br />
prinsippene for terapeutisk kloning. Resultatene ble publisert i Science i mars 2004. Slike h-ntES-celler<br />
kunne gjennomgå over 70 passasjer i kultur, hele tiden med bibehold av en normal human karyotype.<br />
Somatiske donor-kjerner kom fra cumulus-celler fra de samme kvinner som donerte eggceller til<br />
forsøkene. (Hos mus er det vist at fibroblaster er egnede som kjernedonorer og er en lett tilgjengelig<br />
celletype). Transplantasjonsforsøk er ennå ikke utført.<br />
Man vil ikke vente at differensierte celler derivert fra slike h-ntES-celler vil gi avstøtningsreaksjoner ved<br />
eventuell transplantasjon til eieren av donorcellene. I de her omtalte forsøk kom også eggcellene fra<br />
kjernedonor, slik at det også forelå mitochondriell DNA-identitet (noe som kanskje ikke er en<br />
nødvendighet).
9<br />
Mangel på humane eggceller vil være et stort problem ved bruk av terapeutisk kloning hos mennesker<br />
RETNINGSDIRIGERT in vitro DIFFERENSIERING AV ES-CELLER TIL GAMETER !:<br />
En mulig løsning på mangelen på humane oocytter kan være at det nå også lar seg gjøre å få ihvertfall<br />
murine ES-celler i kultur til å gjennomgå retningsdirigert differensiering til oogonier via et mellomtrinn<br />
som primordiale kimceller. Disse oogoniene går inn i meiose og rekrutterer naboceller til å danne follikkellignende<br />
strukturer. Disse gjennomgår senere ovulasjonslignende prosesser og frigjør celler som minner<br />
om oocytter omgitt av zona pellucida. Disse cellene synes å kunne bli partenogenetisk aktivert slik at<br />
embryogenese til blastocysttrinnet finner sted, noe den amerikanske forskningsgruppen ogsp<br />
demonstrerte. Det er uklart i hvilken grad normale epigenetiske prosesser, inkludert DNA-methylering,<br />
finner sted under dannelse av denne type blastocyster<br />
May 23, 2003 (300: 1251-1256)<br />
Figur 7 - 8<br />
I januar 2004 publiserte en annen amerikansk gruppe i Nature resultater som viser at murine ES-celler i<br />
kultur, via et ”embroid body” - trinn kan differensiere seg til primordiale kimceller og at disse i kultur kan<br />
gjennomgå spermatogenese til haploide spermatocytter. Hvis slike spermatocytter injiseres i normale<br />
oocytter, vil det resultere i fertilisasjon med etablering av en celle med normalt, diploid kromosomtall og<br />
som <strong>utv</strong>ikler seg i kultur til blastocyster. Lignende funn er også gjort av en annen gruppe.
10<br />
Alle disse tre rapportene er på mange måter sensasjonelle. Flere uklarheter gjenstår og bekreftelser fra<br />
flere andre grupper. Men de åpner for en rekke muligheter til grunnleggende forskning av svært sentrale<br />
problemstillinger, bl.a. de molekylære mekanismer ved gametogenese, ikke minst koplet sammen med<br />
RNAi - teknologi og micro-array-analysr.<br />
Hvis det lar seg gjøre å fremstille et ubegrenset antall humane, oocytt-lignende celler (kanskje også<br />
mitochondrie-optimaliserte) som kan fungere som adekvat mikromiljø for reprogrammering av somatiske<br />
celler fra pasienter for deretter å <strong>utv</strong>ikle seg til blastocyster med påfølgende etablering av h-ntES-celler som<br />
kan gen-modifiseres, vil dette kunne bidra til å revolusjonere behandlingsmulighetene ved bruk av designet<br />
celleterapi for en lang rekke sykdommer.<br />
De to følgende figurer er hentet fra kommentarartikkelen i Nature 8. januar 2004 til de funn som er omtalt<br />
her:<br />
Figur 7 - 9 Figur 7- 10
11<br />
7.4 Adulte <strong>stamceller</strong><br />
Hvis adulte <strong>stamceller</strong> kan repogrammeres eller transdifferensieres til en egnet form for behandlingsceller for pasienter med slike<br />
behov, vil stamvellen kanskje kunne hentes fra den aktuelle pasienten. I så fall vil man ikke forvente forkastelsreaksjoner etter<br />
tyransplantasjon av behandlingsceller med en slik bakgrunn.<br />
I hvertfall foreløpig har det vist seg at adulte <strong>stamceller</strong> har et langt mindre differensieringpotensiale enn embryonal <strong>stamceller</strong>.<br />
Det har også vist seg at en rekke av de arbeider som først kom om adulte <strong>stamceller</strong>s plastisitet, var feilaktige. I mange tilfeller er<br />
det senere dokumentert at antatte redifferensieringsegenskaper hos adulte <strong>stamceller</strong> skyldtes fusjon med andre celler, primært på<br />
skadesteder hos forsøksdyret. Dessuten kommer at det ofte er teknisk vanskelig å isolere adulte <strong>stamceller</strong> og å dyrke dem i<br />
kultur. Men det finnes lovende kandidater, særlig spesialgrupper av beinmargsceller og kanskje også neurale <strong>stamceller</strong>.<br />
Etterhvert som vår viten om differensieringsmekanismer øker ut fra forskning basert på embryonale <strong>stamceller</strong>, så vil det kanskje i<br />
fremtiden bli mulig å <strong>utv</strong>ikle regimer for retningsdirigert spesialisering i kultur også av adulte <strong>stamceller</strong> til ønskede former for<br />
behandlingsceller.
<strong>Sigurd</strong> H. <strong>From</strong><br />
ORDLISTE – DEFINISJONER<br />
UTVIKLINGSBIOLOGI<br />
Ablasjon<br />
Acros<br />
Allos, allantos<br />
Amelus<br />
Aner, andros<br />
Antisense RNA<br />
Blastocoele<br />
Blastocyst<br />
Blastomerer<br />
Blastulasjon<br />
Branchialbue<br />
-cele<br />
Caudal<br />
Cellehukommelse<br />
Cellehybrider<br />
Cephal<br />
Fjerning. ”Utryddelse”<br />
Spiss, ende, topp<br />
Pølse<br />
Misfoster uten lemmer (melos = lem)<br />
Mann<br />
Nucleotider med en sekvens motsatt et gitt mRNA molekyl.<br />
Hybridiserer med dette og hindrer translasjon. Alternativt<br />
utstyres antisensRNA molekylet med et ”flagg”. Derved<br />
kan hybriddannelse sees i celler i et mikroskop (in situ<br />
hybridisering).<br />
Det væskefylte rom i blastocyster<br />
Foster i sent preimplantasjonsstadium. Cellene er delt i to<br />
hovedgrupper, ICM = den indre cellemasse og<br />
trofoblastene. Se også blastocele.<br />
Navn på de enkelte cellene under blastulasjons-prosessen,<br />
fra 2-celletrinnet til og med blastocyststadiet<br />
Betegnelse for foster<strong>utv</strong>iklingen fra 2-celletrinnet til og<br />
med blastocyststadiet. Betyr ”knoppskyting” av blastos<br />
=knopp, kim.<br />
Gjellebue (branchia = gjelle)<br />
oppsvulmning som inneholder væske, sml. cystis =blære.<br />
Eks.: blastocyst med blastocele.<br />
i retning mot halen (cauda=hale)<br />
Ofte kalt somatiske cellehybrider. Eksperimentelt<br />
fremkalles de ved indusert fusjon mellom to celler. Cellene<br />
kan komme fra ett og samme individ, fra forskjellige<br />
individer, fra forskjellige arter (som mus og menneske),<br />
eller man kan fusjonere plante- og dyreceller (også pro- og<br />
eukaryote celler). Hybridene kan få to kjerner eller<br />
kjernene kan gå sammen i ett synkaryon. Transkripsjon kan<br />
skje fra begge genomer. Ofte elimineres kromosomene<br />
sekvensielt fra den ene part. I konstellasjonen musmennesket<br />
reduseres tallet på humane kromosomer.<br />
I retning mot hodet (gr.:cephalon, L. = caput)<br />
Chimer<br />
Chyme<br />
Chorda dorsalis<br />
Fra gresk mytologi: Et individ med en løves hode, en geits<br />
kropp og en slanges hale.Alternativt: Fler-foreldre dyr.<br />
Saft. Eks.: Mesenchyme. ”Midt i saften”<br />
Ryggstreng
Appendix 1. Ordliste. Definisjoner. Utviklings<strong>bio</strong>logi. Januar 2004<br />
II<br />
Co-aktivatorer, corepressorer<br />
Congenital<br />
Cre<br />
CreLoxP-teknologi<br />
Cyclopi<br />
Cyst<br />
Decidua<br />
Dermatom<br />
Determinering<br />
DNA-bindings<br />
”motifs”<br />
Domene<br />
Dominant negative<br />
reseptor mutasjoner<br />
Dorsal<br />
Dys-<br />
Ect- (gr.), Ekt-<br />
Ektoderm<br />
Eksplantasjon<br />
Ektopisk<br />
Em- (=en-)<br />
Embryo<br />
Proteiner som påvirker transkripsjonen fra målgener ved<br />
protein-protein interaksjon med transkripsjonsfaktorer og<br />
mellom TFs og det primære transkripsjonskompleks<br />
Medfødt<br />
Navn på en sete-spesifikk rekombinase (Cre = Cause<br />
recombination).<br />
Teknikk for å styre tidspunkt / sted for ekspresjon av<br />
transgener eller for å besteme tid og sted for eksisjon av<br />
endogene DNA-sekvenser (kondisjonelle knockouts)<br />
Misfoster med et enkelt eller to sammenfallende øyne.<br />
av cystis = blære<br />
”Den ytterste fosterhinnen, dannet fra livmorslimhinnen.”<br />
”Hud-delen” av en somitt<br />
Fra gammelt av benyttet om celler som ikke endrer sin<br />
differensieringsbane selv om de utsettes for et nytt<br />
lokalmiljø eller transplanteres til andre lokalisasjoner. (Men<br />
kfr. DOLLY.)<br />
Spesielt stabile foldingsmønstre innen (del av) domener i<br />
proteiner som kan interagere med DNA.<br />
Viktige eksempler er:<br />
-”helix-turn-helix” (HTF)<br />
-”zink fingers”<br />
-”leucine zipper”<br />
-”helix-loop-helix (HLH)<br />
Individuelt område innenfor en større struktur<br />
Mange proteiner fungerer først når de danner dimerer<br />
(eventuelt multimerer) med like eller forskjellige partnere<br />
(homo- eller heterodimerer). Dette gjelder bl.a. en rekke<br />
plasmamembranreseptorer og kjernereseptorer. Hvis det<br />
dukker opp et ”partnerprotein” med en ikke-nativ<br />
konfigurasjon (som er resultat av gen-mutasjon), så vil<br />
”avvikeren” kanskje kunne danne dimer med den normale<br />
partner, men komplekset blir da ikke-funksjonelt. Dette<br />
kalles en dominant negativ mutasjon.<br />
Eksperimentelt kan man overføre gener som koder for slike<br />
”avvikere” og dermed sette endogene proteiner ut av<br />
funksjon.<br />
I retning mot ryggen (dorsum), ”bakover”<br />
”Vanskelig å gjennomføre”, eks dysgenesi, dysgenese<br />
Ytre. Alternativt: Ex- (l.)<br />
”ytre” kimblad. Av ect (gresk = ytre). Tilsvarende latinske<br />
betegnelse er ex. Derm av derma = hud.<br />
Uttak av et organ eller en region for videreføring i et kultursystem<br />
på ”galt” sted, ikke normal lokalisasjon<br />
I, inne i<br />
”Indre (frukt)”. Bryo = ”Jeg bærer (frukt) inne i meg
Appendix 1. Ordliste. Definisjoner. Utviklings<strong>bio</strong>logi. Januar 2004<br />
III<br />
Embryonal<br />
induksjon<br />
Klassisk: Celler som på en eller annen måte påvirker<br />
naboceller til å endre differensieringsveier.<br />
<strong>Mol</strong>ekylært: Cellers påvirkning av naboceller, først og<br />
fremst ved sekresjon av protein-ligander (særlig kodet for<br />
av gen-superfamilier som TGFβ, FGF, Wnt og Shh). Slike<br />
proteiner kan også ha antagonistiske effekter overfor andre<br />
ekstracellulære signalmolekyler.<br />
I, inne i<br />
Hjerne. Inne i hodet. En = inne i, indre. Cephalon = hode.<br />
Indre kimlag<br />
”kommer fra innsiden”<br />
Livmorslimhinne<br />
Fjerne nucleus<br />
Utenpå<br />
God, riktig,<br />
En- (= em-)<br />
Encephalon<br />
Endoderm<br />
Endogen<br />
Endometrium<br />
Enucleere<br />
Epi-<br />
Eu-<br />
Fertilisasjon Befruktning<br />
FGF Fibroblast Growth Factor –superfamilie. 10-12<br />
medlemmer. Genene koder alle for sekreterte (secernerte!)<br />
proteinligander som påvirker et utall av forhold under<br />
embryogenesen.<br />
Føtus (foetus)<br />
Furingsdelinger<br />
(eng. ”cleavage”)<br />
Gastrulasjon<br />
Gen regulatoriske<br />
sekvenser (GRSs)<br />
Generelle<br />
transkripsjonsfaktorer<br />
(TFs)<br />
Latin for ”avkom”<br />
Cellesyklus består nesten bare av S-fase og mitose.<br />
Blastomerene deler mellom seg zygotens cytoplasma (se<br />
også asymmetriske celledelinger). Fosterets diameter er<br />
relativt konstant gjennom pre-implantasjons fasen.<br />
Betegnelse for den del av foster<strong>utv</strong>iklingen som særlig<br />
omfatter etablering av den primitive fure og primitive knute<br />
(innsøkk) og som leder til dannelsen av det midtre kimblad,<br />
mesodermen, inkludert ryggstrengen. Av gaster som angir<br />
både hulrom (som magesekk) og utbuktning (eks.<br />
muskelbuk)<br />
Nucleotid-(nt)-sekvenser som fungerer som bindingssteder<br />
for gen regulatoriske proteiner (GRPs). Slike<br />
bindingssteder kalles også nucleotid- bindings ”motifs”<br />
Flere enn 220 ulike nt-motifs er hittil identifisert.<br />
Såkalte respons elementer (RE) inngår i denne gruppen,<br />
eks. hormon respons elementer (HRE) og retinoic acid<br />
respons elementer (RARE)<br />
Med relasjon til promotor-områder. Kfr. Spesielle TFs med<br />
relasjon til ”enhancer”-regioner<br />
Gjellebue<br />
Parvise utposninger av ektoderm i den senere ansikt-/hals<br />
regionen. Utposningene fusjonerer med tilsvarende på<br />
motsatt side (kontralateralt). Fylles kontinuerlig med bl.a<br />
migrerende neurallistceller og somitt- (somitomer-)<br />
deriverte celler. Fem definitive gjellebuer anlegges hos<br />
mennesket.
Appendix 1. Ordliste. Definisjoner. Utviklings<strong>bio</strong>logi. Januar 2004<br />
IV<br />
GRPs<br />
Gyneaecos<br />
Gyne<br />
Heterokron<br />
Heterotopisk<br />
Homeoboks gener<br />
Homeodomene<br />
Homeodomene<br />
proteiner<br />
Homeotiske gener<br />
Homeose<br />
Gene Regulatory Proteins (inkluderer bl.a.<br />
transkripsjonsfaktorer, co-aktivatorer og co-repressorer)<br />
Kvinne. Alt. gyne (gr.)<br />
Kvinne. Alt. gynaecos. (gr.)<br />
”Forskjellig tid”<br />
”Forskjellig lokalisasjon”<br />
Defineres som gener som inneholder en homeobokssekvens<br />
(på ca 180 nt). I tillegg inneholder de fleste<br />
homeoboks genene andre domener som er nødvendige for<br />
funksjonene til homeo-domene-proteinene.<br />
Homeoboksgenene er alle <strong>utv</strong>iklingsregulatoriske gener,<br />
men er viktige også i mange andre sammenhenger. Alle<br />
koder for transkripsjonsfaktorer. Flere enn 350 homeoboksgener<br />
er identifisert.. Homeotiske gener (hox-gener) er en<br />
undergruppe av homeoboks gener<br />
DNA-bindings domene i homeodomene-proteiner, kodet<br />
for av homeoboks nucleotid-sekvenser. Det er”Helix-turnhelix”-delene<br />
av homeodomenet som interagerer med<br />
spesifikke DNA-bindingsmotifs. Homeodomener omfatter<br />
60-61 aminosyrer.<br />
Alle er kodet for av homeo-boks gener. Alle er<br />
transkripsjonsfaktorer.<br />
Dette er en undergruppe av homeoboksgenene som<br />
opprindelig ble karakterisert som gener som styrer<br />
identiteten til individuelle kroppsavsnitt (segmenter) hos<br />
Drosophila. Slike gener finnes hos bananflue i to gen-<br />
”clustere” (-klynger), kalt Antennapedia og Bithorax.Hos<br />
vertebrater kalles disse gener for Hox-gener.<br />
Et kroppsavsnitts identitet omgjøres til identiteten til et<br />
annet kroppsavsnitt<br />
Homologe<br />
kromosomer<br />
Hox gener<br />
Hox kode<br />
(kombinatorisk kode<br />
for posisjonserkjennelse)<br />
Tilsvarende maternale og paternale kromosomer.<br />
Dette er homeotiske gener hos vertebrater. De relateres til<br />
Antennapedia- og Bithorax-komplekset hos bananflue. Hos<br />
for eksempel mus og mennesker finnes 38 Hox-gener,<br />
fordelt i ”clustere” - klynger på 4 ulike kromosomer. Hoxgener<br />
inneholder informasjon som i høy grad medvirker til<br />
etablering av kroppsmønstre og celler posisjonserkjennelse,<br />
særlig langs fosterets lengdeakse (paraksialmesodermen,<br />
samt neuralrør (bakhjerne og ryggmarg ) og neurallister.<br />
Hvilke kombinasjoner av Hox-gener som er uttrykt i<br />
forskjellige kroppsavsnitt og som langt på vei spesifiserer<br />
disse.
Appendix 1. Ordliste. Definisjoner. Utviklings<strong>bio</strong>logi. Januar 2004<br />
V<br />
Hyper-<br />
Hypo-<br />
Hystera (gr.)<br />
ICM<br />
Implantasjon<br />
Intermediær<br />
mesoderm<br />
Isokron<br />
Kimblads-derivater<br />
Kjernereseptorer<br />
(en tradisjonell<br />
betegnelse. Inngår i<br />
gruppen<br />
intracellulære<br />
reseptorer)<br />
Over<br />
Under<br />
Livmor (alternativt: uterus, metra)<br />
Indre Celle Masse<br />
Innvekst (i livmor-slimhinnen)<br />
Den del av mesodermen som ligger mellom paraksial<br />
mesodermen og lateral plate mesodermen.<br />
”Samme tid som…”<br />
Hvilke vev/organer som <strong>utv</strong>ikles fra de forskjellige<br />
kimblad.<br />
Stor heterogen gruppe. De fleste tilhører Steroid-, thyroid-,<br />
retinoid-superfamilien. Ligandene er relativt små, lipofile,<br />
hydrofobe molekyler. Ligandbinding kan indusere<br />
translokasjon fra cytoplasma til kjernen og ofte dannelse av<br />
homodimerer eller heterodimerer (som RAR/RXR) med<br />
påfølgende binding til genregulatoriske nucleotidsekvenser<br />
(også kalt respons elementer)<br />
Knockouts<br />
Knockdown<br />
Kognat<br />
Ko-linearitet (av<br />
Hox-gener)<br />
Kombinatorisk<br />
transkripsjonskontroll<br />
Kondisjonell styring<br />
av transgener<br />
Kroppskrumninger<br />
Ved help av transgen teknologi kan man sette endogene<br />
gener ut av funksjon. Ved tradisjonell teknikk skjer dette i<br />
alle dyrets celler. DNA-konstruktet lages slik at det<br />
integreres på ønsket sted i genomet. Spesifisiteten er basert<br />
på homolog rekombinasjon med endogene målsekvenser.<br />
Gjennom dette utskiftes også sekvenser i DNAmålområdet<br />
slik at det endogene gen ikke kan gi noe<br />
normalt ekspresjonsprodukt.. Alternativt brukes i tillegg<br />
teknologi for ”Kondisjonell styring av transgener”,<br />
hyppigst CreLoxP-strategien.<br />
Nedregulering av mengde gen-produkt. Hyppigst benyttet i<br />
forbindelse med fremkalt spaltning av mRNA molekyler av<br />
en gitt type (se RNA interferens, RNAi og siRNA samt<br />
miRNA)<br />
”Tilsvarende”, ”passende”, som regel om reseptorer som er<br />
spesifikke for en gitt ligand<br />
Det er samfall mellom genenes rekkefølge på<br />
kromosomene og deres ekspresjonsgrenser langs fosterets<br />
lengdeakse (anterior-posterior akse)<br />
Ny teknikk (basert på bruk av sete-spesifikke rekombinaser<br />
som CRE) muliggjør tid- og stedkontroll av ekspresjon fra<br />
transgener. En variant av teknologien gir kondisjonell<br />
(betinget) kontroll av endogene genners struktur og<br />
funksjon.<br />
I anterior – posterior retning og i medial – lateral<br />
orientering. Foregår hos mennesket særlig i siste del av
Appendix 1. Ordliste. Definisjoner. Utviklings<strong>bio</strong>logi. Januar 2004<br />
VI<br />
3.fosteruke og utover i 4. fosteruke.<br />
Lateral plate<br />
mesoderm<br />
Ligand<br />
Den del av mesodermen som ligger ”lengst ut til siden” i<br />
fosteret.<br />
Definert substans som kan binde seg (ligere seg) til<br />
spesifikk reseptor<br />
LoxP<br />
Kort DNA-sekvens som er bindingssekvens for den setespesifikke<br />
rekombinasen ”Cre”. Normalt trenger Cre to<br />
LoxP-seter (som flankerer en mellomliggende DNAstrekning)<br />
for syntén aktivitet (eksisjon /inversjon). Cre kan<br />
også fungere selv om LoxP-setene er plassert i forskjellige<br />
kromosomer. I så fall kan resultatet bli ”designede<br />
translokasjoner”.<br />
Mamma (l.) Bryst. Alt. mastos (gr.)<br />
Mastos (gr.) Bryst (alt.mamma)<br />
Melos<br />
lem, ekstremitet<br />
Mensis, men Måned<br />
Mes-<br />
Midtre. Alt. med- (l.)<br />
Mesencephalon ”Midthjerne”<br />
Mesenchym ”midt i saften”. Embryonalt bindevev<br />
Mesoderm<br />
Mes- = midtre (kimlag)<br />
Meta-<br />
Etter, endre. Eks.: metaplasi = omgjøre (fra en celletype til<br />
en annen.) Sml. transdifferensiering.<br />
Metra<br />
Livmor (alt. uterus, hystera)<br />
Migrasjon<br />
Vandring (celle-)<br />
Morfogen<br />
Kjemiske substanser, særlig protein ligander, som lokalt<br />
kan påvirke differensieringen av celler (en form for<br />
parakrin sekresjon).<br />
Morfogenetisk Et gitt morfogen distribueres i avtagende konsentrasjon fra<br />
gradient<br />
produsentcellen. Morfogenet bindes til målceller og vil<br />
kunne utløse forskjellig differensiering av disse.<br />
Differensieringsforskjellene skyldes bl.a. at målcellene<br />
utsettes for ulike mengder av morfogenet (samt at<br />
morfogenet ekstracellulært kan interagere med andre<br />
proteinformer og derved endre ligandegenskaper).<br />
Morfologi<br />
Formlære, strukturobservasjoner med eller uten bruk av<br />
mikroskop<br />
Morula ”Morbær”. Navn på fosteret slik det ser ut i 8-32<br />
cellestadiet.<br />
Motifs<br />
Samme betydning som motiv, men ulik anvendelse. Motifs<br />
brukes særlig om spesielle sekvenser av aminoyrer eller av<br />
nucleotider innen henholdsvis proteiner og nucleinsyrer.<br />
Myotom<br />
Omfatter de celler i somittene som differensieres til<br />
myoblaster<br />
Målceller<br />
Brukes som regel om celler som responderer på<br />
ekstracellulære ligander basert på at de har kognate<br />
receptorer i ytre cellemembran eller intracellulære<br />
receptorer (ofte upresist kalt ”kjernereceptorer”).
Appendix 1. Ordliste. Definisjoner. Utviklings<strong>bio</strong>logi. Januar 2004<br />
VII<br />
Målcellene må følgelig være i en ”påvirkbar” modus (ha en<br />
egnet differensieringsstatus).<br />
Målgener<br />
Neo-<br />
Neoplasi<br />
Neurallist<br />
Neuralrør<br />
Neuropor<br />
Non-Hox<br />
homeoboks gener<br />
Notochord<br />
Oropharyngealmembran<br />
Orthotopisk<br />
Oviduct<br />
Ovulasjon<br />
Para-<br />
Paraksial<br />
(mesoderm)<br />
Paraloge gruppe<br />
Peritoneum<br />
Pharyngealbue<br />
PIFs<br />
Plasma<br />
Placenta<br />
Plasmalem<br />
PLs<br />
Pre-<br />
Primordium<br />
Gener hvis transkripsjonsforhold reguleres av bestemte<br />
begivenheter, f.eks. som følge av at et gitt sett av<br />
proteinligander binder seg til sine spesifikke<br />
plasmamembranreceptorer med påfølgende intracellulær<br />
signalformidling. Videre eksempler er at når Hox-gener<br />
uttrykkes, så vil Hox-proteinene (som er<br />
transkripsjonsfaktorer) påvirke reguleringen av gener som<br />
har kognate bindingsmotifs (GRSs) for Hox-proteinene.<br />
Ny<br />
(se Plasma)<br />
Cellesamlinger som avsnøres fra grensesonen mellom<br />
”vanlig” ektoderm og neuroektoderm. Neurallistceller<br />
vandrer og inngår så i en rekke fosterstrukturer. Omtales<br />
ofte som et fjerde kimblad<br />
Dannes av neuroektodermceller ved en avsnøringsprosess<br />
fra ”vanlig” ektoderm. Blir til store deler av nerve-systemet<br />
Signaler fra ryggstrengen er nødvendig for å indusere<br />
neuralrørsdannelse.<br />
Neuralrørsåpning<br />
Flere enn 300. Alle er transkripsjonsfaktorer. Mange av<br />
stor betydning for kroppsutformingen.<br />
Ryggstreng (også Chorda dorsalis., Chordamesoderm)<br />
Munnhule-svelg membran<br />
”På samme sted som …”<br />
Eggleder<br />
Eggløsning<br />
ved siden av. Eks.: para-aksial = ved siden av aksen<br />
Para-aksial = den del av mesodermen som ligger nærmest<br />
fosterets lengde akse (anterior-posterior akse)<br />
Brukes om tilsvarende Hox gener i de 4 ulike gen-<br />
”clustrene”, slik som Hoxa-1, Hoxb-1 og Hoxd-1.<br />
Hox-genene kan samles i 13 paralog-grupper.<br />
Serøs bukhinne (”noe som er strukket ut”)<br />
Alternativt navn for gjellebue (pharynx = svelg)<br />
Protein Induserende Faktorer, proteiner som binder seg til<br />
plasmamembranreceptorer<br />
Egentlig form. Av gr. plassein = å forme.<br />
Eks: neoplasi =”ny-forming” (svulst)<br />
Morkake (egentlig ”flat kake”)<br />
=Ytre cellemembran<br />
Protein Ligander<br />
Før<br />
Anlegg, ”fosterutgave” av en anatomisk enhet, f.eks. et<br />
organ
Appendix 1. Ordliste. Definisjoner. Utviklings<strong>bio</strong>logi. Januar 2004<br />
VIII<br />
Pro-<br />
Foran eller før. Eks.: prochordal plate. Preproproteiner<br />
Prochordalplate<br />
Plate foran strengen (chorda dorsalis, notochord), mellom<br />
denne og oropharyngealmemmbranen.<br />
Proliferasjon Økning i antall celler<br />
Pronucleus Betegnelse på de haploide kjønnscellers kjerner etter<br />
fertilisasjonen frem til zygoten går i mitose.<br />
Prosencephalon ”Forhjerne”. Blir til Telencephalon og Diencephalon<br />
Proteom<br />
Den samlede proteinpopulasjon i en celle, kvalitativt og<br />
kvantitativt<br />
RA (9-cis)<br />
Variant av Retinoic Acid<br />
RA (all trans-) Retinoic Acid (derivat av retinol = vitamin A). Ligand for<br />
RA-Receptorer<br />
RA-indusert Retinsyre indusert homeose<br />
homeosis<br />
RAR (α,β,γ) RA- (kjerne)receptorer. Tre hovedtyper.<br />
RARE<br />
Responselementer relatert til RA-systemet<br />
RA-responsiv (Hypotetisk) sammensatt genregulatorisk enhet som kan<br />
enhancer<br />
initiere transkripsjon av ett eller flere Hox-gener ved RApåvirkning.<br />
Represjon<br />
Undertrykke, stenge, nedregulere<br />
Reproduktiv kloning Kloning hvor formålet er å <strong>utv</strong>ikle ”voksne” organismer<br />
Rhombencephalon ”Bakhjerne”. Blir til Metencephalon og Myelencephalon<br />
Rostralt<br />
i retning mot snute, nebb, nese (rostrum)<br />
RXR α,β,γ Kjernereceptorer for 9-cis RA<br />
Sclerotom<br />
”Hard del”, Den del av en somitt som bl. a. omfatter celler<br />
som blir til brusk- og beinvevsdannende celler i<br />
akseskjelettet.<br />
Sekretere Fornorkset variant av secernere, skille ut sekret !<br />
Shh<br />
Sonic hedgehog. Tilhører hedgehog-familien av sekreterte<br />
protein-ligander. Viktig ved embryonal induksjon, bl. a.<br />
ved ryggstrengens rolle ved neurulasjonen, differensiering i<br />
dorso-ventral retning innen neuralrøret,<br />
somittdifferensierng, dannelse av lemmer m.m.<br />
Signal-kaskader<br />
Skjebnekart<br />
Somatiske celler<br />
Somitt<br />
Splanchnion<br />
Terapeutisk kloning<br />
Basert på merking av celler på tidlig embryotrinn. Deretter<br />
følge cellene og deres etterkommere gjennom forskjellige<br />
embryotrinn for å se hva som blir deres ”skjebne” – i hvilke<br />
regioner/organer de ender opp. Nå benyttes mer og mer<br />
genetisk merking (som gener for autofluorescerende<br />
proteiner)<br />
”Vanlige kroppsceller”, ikke kjønnsceller.<br />
Ursegment. Parvis symmetriske (metamere)oppdelinger av<br />
paraksial mesodermen.<br />
Innvoll<br />
Kloning hvor formålet er foster<strong>utv</strong>ikling kun frem til<br />
blastocysttrinnet for så å bruke blastocyster til å etablere en
Appendix 1. Ordliste. Definisjoner. Utviklings<strong>bio</strong>logi. Januar 2004<br />
IX<br />
Teratogen<br />
Teratologi<br />
Teratos (teras)<br />
ES-celle linje.<br />
Samlenavn for faktorer (fysiske, kjemiske, <strong>bio</strong>logiske) som<br />
kan fremkalle misdannelser<br />
Læren om misdannelser fremkalt av teratogener<br />
Monster<br />
TGFβ<br />
Topos<br />
Transdifferensiering<br />
Transgen<br />
Transgene dyr<br />
Trophe<br />
Uterus<br />
Ventral<br />
Wnt-s<br />
Zona pellucida<br />
Zygon og<br />
avledninger<br />
Zygote<br />
TGF = Transforming Growth Factor). Superfamilie av<br />
gener for mange typer av sekreterte proteinligander med et<br />
vidt spekter av effekter på foster<strong>utv</strong>iklingen. Over 25<br />
medlemmer.<br />
Plass, sted<br />
Brukes vanligvis om situasjoner hvor man mener at en<br />
differensiert celle ”direkte” går over til en annen differensieret<br />
form<br />
Et DNA-konstrukt som skal overføres til celler eller til<br />
organismer (f.eks. ved injeksjon i en pronucleus i en<br />
zygote). Består ofte av en styringsdel og et ”strukturelt<br />
gen”. Styringsdelen kan være laget for å gi sted -<br />
(celle-/vev-) spesifikk ekspresjon av genet, alternativt være<br />
konstruert for å gi induserbar ekspresjon, f.eks. ved<br />
tilføring av egnet ligand (til kognat ligandbindende faktor).<br />
Transgener av denne type vil integreres på tilfeldig sted i<br />
recipientcellens genom, i ett eller flere kopier i<br />
tandemarrangement. Integrasjonsstedets ”topologi” kan i<br />
betydelig grad påvirke ekspresjonsmulighetene for det<br />
”strukturelle gen” fra ingen uttrykking til høyt nivå.<br />
Dyr som har et ”fremmed DNA-konstrukt” integrert i alle<br />
sine celler, inkludert gameter. Transgene dyr fremstilles<br />
som regel ved injeksjon i en pronucleus på zygotetrinnet<br />
eller ved transfeksjon av ES-celler som så injiseres i<br />
blastocyster. De chimere dyr som derved dannes kan<br />
tilbakekrysses til homozygositet for transgenet (se også<br />
”knockout”-dyr).<br />
Ernæring<br />
Livmor (altwenativt: metra, hystera)<br />
I retning mot buken (venter), ”forover”<br />
Wnt-gener. Flere enn 10 stk, relatert til wingless genet hos<br />
bananflue. Sekreterte proteinligander av stor betydning ved<br />
embryonal induksjon.<br />
Hinne som omgir eggcellers ytre cellemembran, senere<br />
zygoten og fosteret frem til blastocysttrinnet. Zona<br />
pellucida nedbrytes enzymatisk i uterus før implantasjonen<br />
(”klekking”)<br />
forene, trekke sammen. Se zygote.<br />
”Sammensmeltning”
Appendix 1. Ordliste. Definisjoner. Utviklings<strong>bio</strong>logi. Januar 2004<br />
X
Appendix 2<br />
Inndeling av fosterperioden hos mennesket<br />
Hos mennesket er svangerskapsperioden 266 døgn, 38 uker eller 9 kalendermåneder, regnet fra<br />
fertilisasjonstidspunktet. Regnet fra 1. dag i siste menstruasjonssyklus øker verdiene med i snitt<br />
14 døgn.<br />
Den egentlige embryonalperioden går fra 0 – 56 døgn. Deretter følger føtalperioden fra det 57. døgn<br />
til døgn 266, altså 210 døgn. Fosterperioden deles også opp i preimplantasjonsperioden (de første<br />
6-7 døgn) og postimplantasjonsperioden (de resterende ca 260 døgn).<br />
En zygote hos mennesket har en diameter på vel 100 µm. Ved slutten av somittperioden, døgn 32,<br />
har et human foster en hode-hale utstrekning på ca 5 mm. Deretter øker denne lengden med<br />
omkring 1 mm pr. døgn frem til slutten av embryonalperioden. På døgn 56 er følgelig fosteret ca.<br />
28 mm. I føtalperioden tiltar denne lengden med i gjennomsnitt 1.5 mm pr døgn i 210 døgn. Ved<br />
fødselen vil lengden målt på denne måten være i størrelsesorden 34 – 35 cm.
Appendix 3<br />
Litteratur-referanser
Appendix 4<br />
Web-referanser