12/13-2 - Osqledaren

osqledaren.se

12/13-2 - Osqledaren

Human protein atlas

De nya kartograferna

Just nu pågår Sveriges i särklass dyraste

forskningsprojekt någonsin – där man har

spenderat över en miljard kronor hittills.

Vet du vilket projekt det är vi snackar om?

Visste du att projektet drivs på bland annat

KTH campus Valhallavägen? Troligtvis

inte. Human Protein Atlas, HPA, är världens

största kartläggning av människans ca 20

000 proteiner och leds av KTH-forskaren

Mathias Uhlén.

Innan den guidade turen av

proteomikavdelningens labb i AlbaNovas

trånga korridorer inleds

sätter vi oss ned med gruppchefer-

na Holger Berling och Hanna Tegel i ett

tomt lunchrum på avdelningen för att

lära oss mer om det så kallade HPA-projektet.

Båda är utexaminerade civilingenjörer

inom bioteknik från KTH och

hoppade på projektet efter sina studier.

Målet med satsningen är att skapa

en databas i vilken man kan visa och

kartlägga proteinerna på ett bra sätt.

Dels kartlägger man dem i olika typer

av människovävnad, där man har både

frisk vävnad och vävnad från cancersjuka

patienter.

– Poängen är att man ska finna var

proteinerna befinner sig i vävnaden och

hur mycket av dem det finns där. Sedan

har man också celler där man går in och

kikar lite mer på, inte bara på vävnad

TexT//seBAsTiAn Ols

fOTO//niClAs eriCssOn

men ännu mindre nivå. Kikar i celler,

hur ser det ut, vart finns proteinerna

och utifrån det kan man kanske få reda

på mer information om vad de gör eller

åtminstone studera vidare funktionen

för dem, berättar Holger.

Informationen de samlar på sig

publicerar de i en nätbaserad databas

som är gratis att använda och öppen

för allmänheten. Även om gemene man

säkert inte förstår sig på informationen

i databasen så är den mycket användbar

för framförallt forskargrupper runt om

i världen.

– Det här är ett grundforskningsprojekt

och det kanske inte alltid är så att

det är just vi som gör de revolutionerande

upptäckterna utan det kan vara

specialistgrupper på andra universitet

som håller på med de här bitarna och det

är faktiskt de som hittar något då med

hjälp av vår data, förklarar Holger.

Immunohistokemi. Det är metoden

som HPA-projektet främst använder

för att kartlägga proteinerna i vävnad.

Metoden går ut på att antikroppar har

förmågan att funka som målsökande

molekyler och fäster sig till specifika

protein i vävnader. De kan sedan lokaliseras

i vävnaden genom infärgning av de

bundna antikropparna. Målet är att finna

minst en antikropp per protein som

bara binder till det specifika proteinet.

Holger tillägger att det finns en

hel del andra metoder för kartläggning

och att de använder en del av de också.

“Till exempel när vi vill in och se mer

på cellnivå så använder vi immunofluorescens

idag med hjälp av konfokalmikroskop

så att man kan skapa sig en bild

av enskilda celler och titta på enskilda

organeller till och med för att se vart

proteinet finns.” De poängterar också

att de inte är de enda i världen som

kartlägger proteiner och att de andra

satsningarna inte gör på samma sätt och

i samma skala.

I varje cell finns gener som tillverkar

proteiner. Dessa proteiner har många

funktioner i kroppen. Utan dem skulle

inte mycket fungera och när något går

fel är nästan alltid proteinerna inblandade.

Vid Alzheimers, ALS och Parkinsons

har proteiner fått fel form. Vid

blödarsjuka och cystisk fibros finns en

brist på ett protein. Vissa proteiner kan

även fungera som antibiotika. För mycket

av vissa proteiner kan orsaka cancer,

för lite av andra kan hämma immunsystemet

så att cancern tar fäste och sprider

sig.

Olika typer av celler producerar

olika proteiner. Proteinatlasen

vill visa vilka celler

som gör vad och hur sjuka

cellers proteiner skiljer sig från friska.

Det kan leda till nya behandlingar och

nya metoder för diagnos och prognos –

bedömningar av hur en sjukdom kommer

att utvecklas. Det senare är sär-

Holger Berling och Hanna Tegel

36 OSQLEDAREN #2

OSQLEDAREN #2

//fOrsKninG

37

More magazines by this user
Similar magazines