12/13-2 - Osqledaren

osqledaren.se

12/13-2 - Osqledaren

fOrsKninG

skilt viktigt.

– Att vi faktiskt kan hitta biomarkörer

skulle ju vara oerhört mycket värt. Kan

man få in någonting i cancerdiagnostiken

eller kanske i cancerprognostiken

så är det väldigt mycket värt, förklarar

Holger.

År 2001 färdigställdes en annan

databas, nämligen Human Genome projektets

databas. Det projektet, som mestadels

bedrevs i USA, hade som mål att

kartlägga hela mänskliga genomet. Det

vill säga de ca 20 000 till 25 000 gener

som utgör den männskliga arvsmassan.

Idag så använder sig HPA-projektet av

denna data för att ha minst ett representativt

protein per gen.

– Nu vet man på vilka kromosomer

vilka gener finns och då vill vi ta länken

vilka protein kodar de här generna för

och var i människokroppen finns de,

berättar Hanna.

Hanna fortsätter och förklarar att

“om man tänker mer som flödestänket

i projektet. Då utgår vi ifrån genen och

så designar vi vårt fragment av hela proteinet,

som vi sedan kommer att klona.

Vi klipper och klistrar i DNA:t och så har

vi E. Coli-bakterier som hjälper oss att

producera de här proteinerna. Det är de

proteinerna som vi sedan immuniserar i

kaniner. Det är då i kaninerna som man

får antikroppssvaret så man får antikroppen.

Då får man ju då en antikropp

som är specifik mot just det protein vi

skickade in i just den kaninen.”

Djurprov är vanligt i

medicinsk forskning och då

var ju självklart följdfrågan

ifall dessa kaniner skadas på

något vis av proverna. Tyvärr, förklarar

Hanna, så måste “man göra en ‘final

bleed’ som det så fint heter”, vilket innebär

att man tömmer kaninerna på blod

för att få ut tillräckligt med serum innehållande

antikroppar. Varje kanin ger

också bara en enskild antikropp till projektet.

Matten gjordes snabbt och faktumet

att minst 20 000 kaniner mister sitt

liv för forskningen slog hårt i hjärtat på

reportrarna. Hanna förtydligade då att

de kaniner som används bor i Kina och

Korea och att de har det väldigt bra där.

“Vi åker ner och har kontroller härifrån

för att verkligen se till att de har det så

bra man kan om man nu är labbkanin.”

Human Protein Atlas­projektet

grundades av Mathias Uhlén år 2003

som ett samarbete mellan forskare på

KTH och Uppsala Universitet och har

sedan dess vuxit och omfattar idag över

100 personer på fem olika platser.

– På AlbaNova så tar vi fram antikropparna.

Vårt mål är att ha en färdigrenad

antikropp härifrån. Sedan är det Uppsala

som har immunohistokemin och

det är där patologikunskapen finns. På

SciLifeLab sitter konfokalgruppen som

håller på med immunofluorescens, så

där har vi en av valideringsgrupprna kan

vi säga. Sedan finns det ett gäng nere i

Malmö som arbetar mer kliniskt och

försöker samla ihop det vi kommer fram

till för prognoser och leta biomarkörer.

Sedan har vi även en site i Mumbai, Indien,

där patologerna som utvärderar alla

vävnader sitter, berättar Hanna.

Projektet är i princip helt finansierat

av Knut och Alice Wallenbergs

Stiftelse där notan redan ligger på över

en miljard kronor. Därmed klassas projektet

som Sveriges genom tidernas dyraste

akademiska projekt som bedrivs på

svenska universitet.

När projektet grundades så behövde

personalen göra varje prov för

hand. Idag så finns ett antal maskiner

och robotar som hjälper till att automa-

tisera arbetet och öka skalan på projektet.

Båda uppmärksammar att det

största problemet de har mött har varit

att få till en sådan stor skala på det hela.

Hanna tillägger att det också har varit

viktigt “att hålla en god kvalitet. För det

är ju inte bara att vi ska odla potentiellt

288 kulturer i veckan utan vi ska ha bra

‘success rate’ också.”

Projektet jobbade initialt

med att få upp tillverkning

och analysskalan. Hanna

förklarar att utmaningen idag

skiljer sig från tidigare då de nu har

“gjort alla enkla [protein] så nu börjar

vi komma till utmaningen att vi istället

måste sätta oss ett och ett med proteinerna

för att få dem att funka så att de

blir rena och vi får tillräckligt mycket.

Det svänger verkligen i början var det att

bygga upp någonting och få det storskaligt,

och sedan var det att hålla samma

tempo och bra kvalitet. Nu är det kanske

snarare att få ner tempot och fokusera

på specifika proteiner eller kloner.”

År 2015 hoppas de vara klara med ett

första utkast av proteinatlasdatabasen,

och vad det innebär i praktiken är inte

riktigt klart ännu.

– Vi pratar då om att den absolut största

delen av alla proteiner ska vara kartlagda,

förklarar Holger.

Hanna förklarar vidare att målet

för oss är ju då att 2015 ha en antikropp

för alla gener – minst en.

– Mer långsiktigt så vill vi gärna ha

två antikroppar för att validera att de

säger samma sak. Men det är framtiden

– först är målet att vi ska ha en,

avslutar Hanna.

Fredrik Wikingsson ser inte fram

emot julen, blev nyss golvad av

Örebro och önskar att han hade fått

se Lincoln skjutas. Han älskar mörkt

och starkt te, ljuger för sina barn fem gånger

om dagen – mest om glass – och är antagligen

smartare än vad du är. För det var inte

alla av oss som lyckades sätta alla MVG då

vi gick naturvetenskapliga linjen på gymnasiet.

Just nu är han tillsammans med Filip

Hammar aktuell i den interaktiva föreställningen

Jakten på den Försvunna Staden.

ERICA: Med sådana fina resultat i

naturvetenskap, funderade du aldrig

på att läsa på KTH?

FREDRIK: Jo det gjorde jag. Jag tyckte

framför allt att fysik och matte var kul.

Biologi var inte kul alls – där fick jag

kämpa mig till bra betyg. Jo men jag

hade viss fallenhet för det och tyckte

att det var jävligt kul också - med fysik

och matte. Men sen gjorde jag lumpen,

som fortfarande fanns på riktigt på

den tiden. Då hade jag mycket dötid

och började läsa mycket tidningar, och

kände att det där verkade jävligt mäktigt

att skriva – så där slank jag bort ur

det nätet.

MATILDA: Vad har du för bild av KTH?

F: Jag var där, faktiskt. De som var bäst

i Sverige på kemi fick åka och träffas

på någon slags konferens. Och så har

jag åkt förbi KTH väldigt mycket på

min väg till jobbet. Då har man ju sett

mycket människor. Alla människor

som är med i nollning och Quarnevalen

och liknande dras ju in i en slags fålla.

Ju mer stavade saker med q, desto

jobbigare blir det på något sätt. Imagerehab

skulle kanske behövas. Gick inte

lasermannen där också? Det är också en

stark del av KTH-bilden. Han sov ju på

KTH, han var där jämt.

M: Tror att han sov vid Q. (ännu ett

Q – qul)

F: Jag får en positiv känsla i kroppen

när jag åker förbi KTH, jag gillar ju

platser där det finns smarta människor.

Och det finns en liten sån där what

if-känsla – vad som hade hänt med livet

om jag gått där istället?

E: Upplever du att det är mycket

ryggsäckar?

M: Det är väl mindre av en upplevelse

och mer av ett faktum?

F: Jo men det är det väl. Men det tycker

jag bara är härligt. Jag hade en kompis

som hade en ryggsäck, en amerikan.

Alltså det häpnadsväckande var inte

att han hade en ryggsäck utan vad han

gjorde med den. Han stoppade ner

böcker i väskan, skönlitteratur- han

pluggade inte. Han blev irriterad på sig

själv för att han läste så lite. Så han bar

runt på den här tills han hade läst alla

böckerna. Det fungerade.

E: Hur många decimaler kan du på pi?

F: Oj. Soran Ismail kan typ tusen.

Nä men jag kan 3, 1415927 där 7 är

avrundat.

E: Ni ska göra en fortsättning på Jakten

på den Försvunna Staden. Kan du

berätta lite om den.?

F: Föreställningen kommer dels ur

att jag och Filip aldrig gjort något på

scenen innan, vi tyckte det vore jävligt

spännande. Men också från när vi åkte

så intensivt genom Sverige som vi

gjorde under «Vill ni följa med» – det

blev väldigt tydligt att svenska städer

har blivit mer och mer lika varandra.

Det blev liksom «Fan var är vi nu? Är vi i

Karlstad, det ser precis ut som Sundsvall!».

I alla städer finns liksom ett mikrobryggeri

utanför staden, det finns

38 OSQLEDAREN #2

OSQLEDAREN #2

//inTervju

OL häNGEr mEd:

fredriK WiKingssOn

TexT//eriCA edfeldT, mATildA KABA-liljeBerG

illusTrATiOn//GABriellA sAnChez KArlssOn

fOTO//sArAh freiliCh

39

More magazines by this user
Similar magazines