PASW/SPSS-Projekt - ett delmoment i kursen Vetenskaplig metodik ...

climi.umu.se

PASW/SPSS-Projekt - ett delmoment i kursen Vetenskaplig metodik ...

PASW/SPSS-Projekt

- ett delmoment i kursen

Vetenskaplig metodik, 2011

BMA 08

MOMENTETS SYFTE

Momentets syfte är att du ska få inblick i hur man kan analysera forskningsresultat statistiskt, träna på

att presentera resultat samt diskutera olika sätt att presentera och illustrera resultaten.

UPPGIFT OCH REDOVISNING

Arbetet utförs i grupper där rådata analyseras och bearbetas i PASW/SPSS. De data ni kommer att

jobba med finns beskrivna nedan. Analysera era data på olika sätt dvs gör grupperingar av kontinuerliga

variabler och använd olika statistiska test för att studera ev. signifikans. Analysera era data både

som kontinuerliga och grupperade variabler. Då ni i gruppen är överens om vad resultaten visar och

innebörden av dem ska ni skriva en resultatdel som om ni skulle göra en vetenskaplig artikel/

examensarbete. Ni ska alltså skriva löptext med underrubriker till rubriken Resultat samt hänvisa till

era illustrationer i form av tabeller och/eller figurer.

Fredagen den 21/1 ska ni ladda upp ert arbete på Cambro - forum. Ni kommer att opponera på

varandras arbeten under måndagen den 24/1, se schema. Den grupp som ni kommer att opponera på

har en annan frågeställning än ni själva. Efter opponeringen, där ni både opponerar på ett arbete

responderar på ert eget, ska ni justera era arbeten utifrån oppositionen. Vid seminariet den 25/1 ska

ni presentera er frågeställning och hur ni har gått till väga för att besvara frågeställningen. Redogör för

de resultat ni erhöll samt vilka synpunkter ni fick vid opponeringen. Visa även vilka ändringar ni gjorde

utifrån oppositionen. Reflektera över vad ni har lärt er av uppgiften. Beräknad tid per redovisning är ca

20 minuter + 10 minuter för frågor. Vid frågestund ska den opponerande gruppen vara aktiv.

MENTORSTID

Jag kommer att finnas i datasalarna för konsultation följande tider;

* onsdag 19/1 kl 14:00-15:00

* torsdag 20/1 kl 10:30-11:30

LITTERATUR

Som hjälp för att lösa uppgiften hänvisas du till SPSS-materialet på Cambro – Vetenskaplig metodik

modul 2.

PROJEKTBESKRIVNING

Ni kommer att ha något skilda material i de olika grupperna och därmed varierar era frågeställningar.

Flertalet av parametrarna är dock gemensamma. Alla grupper kommer att jobba med resultat som har

erhållits vid studier på ett njurcancermaterial. I materialet ingår patienter med konventionella och

papillära tumörer, använd funktionen select cases i SPSS för att studera en tumörtyp i taget.


KORT PRESENTATION AV DE OLIKA PROJEKTEN, INKL. FRÅGESTÄLLLNING

Grupp 1

Ni har analyserat njurtumörer med western blot och kvantifierat den relativa koncentrationen av

cyklin D1. Besvara följande frågeställningar;

Hur mycket cyklin D1 finns det i proverna, redovisa med beskrivande statistik.

Skiljer sig den relativa koncentrationen av cyklin D1 i konventionella och papillära tumörer?

Finns någon association mellan nivåerna av cyklin D1 och patienternas ålder, kön, överlevnad

samt tumörernas diameter och DNA-innehåll. Kom ihåg att skilja på de två tumörtyperna.

Har ni kommit på ytterligare frågeställningar och fått resultat som ni vill presentera så ska ni

givetvis göra det.

Grupp 2

Ni har samlat ihop ett material med njurtumörer och undersökt dess växtsätt för att finna ev.

tumörväxt i små vener, v. cava eller v. renalis. Utgå från dessa frågeställningar;

Finns det tumörväxt i venerna? Vilka vener är drabbade? Beskriv hur resultaten ser ut.

Skiljer sig frekvensen av tumörväxt i venerna mellan konventionella och papillära tumörer?

Finns det någon association mellan tumörväxt i venerna och patienternas kön, ålder, överlevnad,

nukleär grad samt tumörernas storlek. Kom ihåg att skilja på de två tumörtyperna.

Har ni kommit på ytterligare frågeställningar och fått resultat som ni vill presentera så ska ni

givetvis göra det.

Grupp 3

Ni har arbetet med formalinfixerade och paraffininbäddade njurtumörer. Dessa har ni snittat och

därefter detekterat p27 med immunohistokemi. Ni har därefter bedömt alla prover i mikroskop och

räknat hur stor andel av tumörcellerna det är som är positiv för p27. Utgå från dessa frågeställningar;

Hur mycket p27 finns det i proverna, redovisa med beskrivande statistik.

Skiljer sig andelen p27 positiva tumörceller i de konventionella tumörerna från andelen i de

papillära tumörerna?

Finns det någon association mellan nivåerna av p27 och patienternas ålder, kön, överlevnad

samt tumörernas diameter och DNA-innehåll. Kom ihåg att skilja på de två tumörtyperna.

Har ni kommit på ytterligare frågeställningar och fått resultat som ni vill presentera så ska ni

givetvis göra det.

Grupp 4

Ni har grupperat ett material med njurtumörer utifrån deras nukleära grad. Redogör för dessa

frågeställningar;

Hur ser fördelning ut mellan de olika nukleära graderna? Beskriv frekvensen tumörer med de

olika graderna.

Finns det någon skillnad i nukleär grad mellan tumörtyperna?

Finns det någon association mellan nukleär grad och patienternas kön, ålder, överlevnad samt

tumörernas storlek och förekomst av tumörväxt i venerna. Kom ihåg att skilja på de två

tumörtyperna.

Har ni kommit på ytterligare frågeställningar och fått resultat som ni vill presentera så ska ni

givetvis göra det.

Grupp 5

Ni har detekterat två protein som är involverade i cellcykeln, cyklin D1 och p27. Ni har den relativa

koncentrationen cyklin D1 uppmätt med western blot samt andelen p27 positiva tumörceller,

detekterat med immunhistokemi.

Använd beskrivande statistik för att redogöra för hur mycket cyklin D1 resp. p27 det finns i

tumörerna.

Finns det något samband i uttrycket av dessa proteiner? Studera både konventionella och

papillära tumörer.

Finns det något samband mellan cyklin D1 samt p27 uttryck och TNM, nukleär grad,

tumörinväxt i vener eller tumörstorlek?

Har ni kommit på ytterligare frågeställningar och fått resultat som ni vill presentera så ska ni

givetvis göra det.


Grupp 6

Ni har klassificerat ett material med njurtumörer enligt TNM-systemet. Redogör för dessa

frågeställningar;

Redogör för frekvensen tumörer med respektive TNM-gradering.

Finns det någon skillnad i fördelningen mellan olika TNM-stadier mellan tumörtyperna?

Finns det någon association mellan TNM-grad och tumörväxt i venerna, patienternas kön,

ålder, överlevnad samt tumörernas storlek. Kom ihåg att skilja på de två tumörtyperna.

Har ni kommit på ytterligare frågeställningar och fått resultat som ni vill presentera så ska ni

givetvis göra det.

VARIABELBESKRIVNING

Gemensamma variabler

Notera att ni alla utgår från samma PASW/SPSS fil. Ni kommer alltså inte att jobba med alla variabler

som finns i filen. De variabler ni har fått är finns beskrivna nedan, samt förslag på grupperingar.

idnr Patienternas identitet är avkodad och ersatt med ett idnr, detta anges i första

kolumnen.

Kön Patientens kön är angivet.

Ålder Patientens ålder vid diagnos är angivet. Lämplig gruppindelning: median, kvartiler.

Tumörtyp Filen innehåller patienter med konventionella och papillära tumörer. Tänk på att

dessa tumörformer är väldigt olika vilket gör att de inte ska analyseras som en grupp

utan som två olika grupper. Använd ”select cases” för att välja en tumörtyp.

Survivalstatus Anger om patienterna ”lever” eller har dött i RCC.

Survivaltid Anger antalet år som patienten har levt efter diagnos.

tumördiameter Anger diametern på tumören, enheten är cm. Lämplig gruppindelning: median,

kvartiler.

DNAinnehåll3gr DNA innehållet angivet som diploid (46 kromosomer) eller tetraploid (92

kromosomer) eller aneuploida (dvs onormalt antal kromosomer, dock ej tetraploid).

Denna variabel kan grupperas om så att de aneuploida och tetraploida (dvs de med

onormalt DNA-innehåll) hamnar i samma grupp.

Cyclin D1 Anger den relativa koncentrationen av cyklin D1. Tidigare analyser av normal

njurvävnad har gett referensvärdet 0,12, dvs över 0,12 är en förhöjt värde jämfört

med normal njurvävnad. Andra tänkbara grupperingar är givetvis median och/eller

kvartiler.

p27 Anger andelen p27 positiva tumörceller. Normal njurvävnad har >60% positiva celler.

De fall med onormalt låga nivåer kan ytterliggare en gruppering göras, då används

gränsen 15% för att skilja de med lågt p27 från de med mellannivåer av p27.

Veninväxt Anger om förekomst av tumörväxt i vener förekommer. De vener som är undersökta

är dels mindre vener runt njuren, v. cava och v. renalis.

Nukleär grad Gradering av utseendet av tumörcellernas kärnor, 4-gradig skala. Ofta är antalet fall i

grupp 1 ganska få, det kan då vara lämpligt att slå samman grupp 1 och 2. Vill man ha

bara två grupper så kan man även slå ihop grupp 3 och 4 så att man kan jämföra

grupp 1+2 mot grupp 3+4.

TNM Gradering enligt TNM-systemet. Gruppen TNM I är liten, därför har grupp I och II

slagits samman till TNM I+II. Ange grupperna som TNM I+II, TNM III samt TNM

IV. Ni behöver inte har med definitionerna och bedömningsunderlaget som också är

inlagt i variabeln, t.ex N0-1 samt M0 som gäller för TNM III.

Lycka till! / Ylva

More magazines by this user
Similar magazines