08.06.2013 Views

Salgının Laboratuvar Boyutu - Klimik

Salgının Laboratuvar Boyutu - Klimik

Salgının Laboratuvar Boyutu - Klimik

SHOW MORE
SHOW LESS

Create successful ePaper yourself

Turn your PDF publications into a flip-book with our unique Google optimized e-Paper software.

<strong>Salgının</strong><br />

<strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> y<br />

Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

GATA Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı


Salgın?<br />

Bir enfeksiyonun, ..................beklenenden daha fazla görülmesi<br />

Nadir görülen bir enfeksiyonun olgu sayısının artması<br />

Beklenen Olgu Sayısı<br />

Nasıl s belirlenebilir?<br />

Sürveyans Verileri<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

2


Mik Mikrobiyoloji bi l ji <strong>Laboratuvar</strong>ı<br />

L b t<br />

Sürveyanstaki Rolü<br />

Epidemiler belirlemek ve doğrulamak<br />

Endemik hastalıklar sürveyans<br />

Enfeksiyon eliminasyon ve eradikasyon<br />

Antimik Antimikrobiyal obi al direnç di enç sü sürveyans e ans<br />

Spesifik etkenler sürveyans<br />

Yeni enfeksiyon etkenleri saptamak<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

3


SSalgın l şüphesi ü h i<br />

Sağlık ğ sisteminin önemli ve öncelikli konulardan birisidir<br />

Salgın ile etkin mücadele için etkenin tanınması gerekir<br />

Mikrobiyoloji <strong>Laboratuvar</strong>ı sorumlu<br />

Salgın araştırma ekibinin vazgeçilmez üyesidir<br />

Salgın etken(ler)inin doğru tanımlanmasını sağlamalıdır<br />

SSalgın l etken(ler)inin tk (l )i i antimikrobiyal ti ik bi l duyarlılıklarını d l l kl belirlemelidir<br />

b li l lidi<br />

Salgın ile ilgili laboratuvar verilerini zamanında bildirmelidir<br />

İzolatları ve verileri arşivlemeli<br />

İİzolatlar l tl arasındaki d ki ilişkiyi ili ki i belirlemeli b li l li (tiplendirme)<br />

(ti l di )<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

4


Benzer klinik tablo gösteren olguların ihbarı<br />

Epidemiyolojik saha araştırması<br />

İl Sağlık Md., Md.,TemelSağ. Temel Sağ. Hiz,Gn.Md.,Refik Hiz, Gn. Md., Refik Sayd. Hıfzıssıhha Mrk. Bşk.lığı<br />

<strong>Laboratuvar</strong>ların uyarılması***<br />

Pozitif sonuçların ç alınması, , Verilerin Toplanması p<br />

Olası olgu tanımı<br />

Salgına hazırlık<br />

İdari kurumlar, görevli bütün birimlerin işbirliği<br />

<strong>Laboratuvar</strong> kapasitesi, kaynakların gözden geçirilmesi<br />

Personel desteği sağlanması<br />

<strong>Salgının</strong> araştırılması<br />

Kesin Olgu tanımı (laboratuvar bulguları) ***<br />

OOrganizmaların i l ti tiplendirilmesi,<br />

l di il i<br />

Türlerin tanımlanması<br />

Biyotiplendirme<br />

Direnç durumları<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

5


Olguların saptanması ***<br />

<strong>Salgının</strong> doğrulanması<br />

Dosya ve verilerin incelenmesi, Epidemiyolojik özelliklerin tanımlanması<br />

Moleküler çalışmalar ***<br />

Hipotez oluşturma<br />

Hipotezin p test edilmesi<br />

<strong>Laboratuvar</strong> bulguları desteklemeli ***<br />

Verilerin analizi<br />

Sonuçların paylaşılması<br />

Sonuçların yorumlanması<br />

İlişki var mı? ***<br />

Kontrol önlemlerinin alınması ***<br />

Kontrol önlemleri uygun / yeterli mi? Spesifik etken, kaynak / rezervuara yönelik<br />

Kontrol önlemleri salgını durdurdu mu? Bulaşma yolu ortadan kaldırılmalı<br />

Son Sonuçların çla n rapor apo edilmesi<br />

İlgili meslek gruplarının bilgilendirilmesi<br />

Toplantılar ile açık olarak gelişmeler anlatılmalı<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

6


Mikrobiyoloji <strong>Laboratuvar</strong>ının<br />

Primer Görevleri<br />

A. Enfeksiyon etkenlerinin doğru tanımlanması<br />

1. ÖÖrneğin<br />

kalitesi,<br />

2. Tanımlama için yeterli ve uygun tekniklerin kullanılması<br />

a) Selektif kültür yöntemlerinin kullanılması<br />

b) b) Özel Özel mikrobiyolojik mikrobiyolojik tekniklerin tekniklerin kullanılması<br />

kullanılması<br />

B. Mikroorganizmaların tür düzeyinde tanımlanması<br />

C. Antimikrobiyal duyarlılık testlerinin yapılması<br />

D. Sonuçların ç zamanında ve uygun yg raporlanması, p , verilerin saklanması<br />

F. Kalite kontrol çalışmaları yapılması<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

7


Örneğin kalitesi<br />

<br />

laboratuvar işlemleri<br />

örneğin kalitesi<br />

<br />

Etken Araştırma<br />

izolasyon & doğru tanımlama<br />

<br />

yeterince, t i doğru d ğ yerden, d uygun tteknikle k ikl örnekleme<br />

ö kl<br />

uygunsuz örnekleme<br />

zaman kkaybı b<br />

ekonomik kayıplar<br />

hatalı sonuç<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

8


Güncel kılavuzlar ışığında;<br />

Mikrobiyoloji Uzmanı<br />

Uygun örnek alınması ve gönderilmesini sağlamalı<br />

<strong>Laboratuvar</strong>a gelen g örneğin ğ kalitesini denetlemeli<br />

Örnek kabul kriterleri koymalı ve tavizsiz uyulmasını sağlamalı<br />

UUgunsuz örneği ö ği reddederek dd d k uygun alınmasını l sağlamalı ğl l<br />

“yeterli/kaliteli/uygun örnek alımı” konusunda eğitim vermeli<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

9


<strong>Laboratuvar</strong> klinisyenden;<br />

Klinisyen;<br />

en anlamlı testi talep etmesini<br />

en doğru örnek türünü seçmesini<br />

örneği en uygun şekilde almasını<br />

örneği en enuygunşartlarda uygun şartlarda ulaştırmasını bekler<br />

Yüksek riskli (F.tularensis)<br />

çoklu ilaca dirençli (M.tuberculosis)<br />

benzeri etken şüphesinde mutlaka laboratuvarı uyarmalı<br />

(inkübasyon süresi<br />

duyarlılık test panelindeki farklılık<br />

öncelikle uygulanması gereken test belirlenir)<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

10


! ÖÖrneğin ği Kalitesini K lit i i Arttırmak A tt k<br />

AAntibiyoterapiden tibi t id önce ö alınmalı l l<br />

Kontaminasyonu engellenmeli (flora ve çevre)<br />

Yeterli hacim / miktarda olmalı (yalancı negatif sonuçlar )<br />

Direkt test / kültüre edilen vücut sıvıları (BOS, plevra sıvısı) sıklıkla yetersiz<br />

Enfeksiyon odağından alınmalı<br />

pnömoni tanısında balgam yerine tükürük, sinüzit tanısında nazal sekresyon<br />

gönderilmez<br />

Alınacağı vücut bölgesi ve enfeksiyon evresi bilinmeli<br />

enterik ateşte 1. hafta kan, 2. hafta idrar, 3. hafta dışkı alınması anlamlı<br />

Gerekirse örnekleme mikrobiyolog tarafından yapılmalı<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

11


Örneğin Alınması &Taşınması & Taşınması ?<br />

BBoğaz, ğ dderi, i mukoz k membran b > > > > Ekü Eküvyon il ile sürüntü ü ü tü<br />

İdrar, balgam, dışkı > > > > Steril, sızıntı yapmayan burgu kapaklı kap<br />

Vücut sıvıları, apse vb. > > > > Steril enjektör/ponksiyon iğnesi<br />

Anaerop kültür örnekleri > > > > Anaerop taşıma besiyerleri<br />

Serolojik tanı için kan > > > > Temiz tüplere (hemolizsiz 5-10 ml)<br />

Örnek alındığı bölgedeki olası patojene uygun taşıma by.ne by ne aktarılmalı<br />

Örnek en kısa zamanda laboratuvara ulaştırılmalı (+4C’de saklanmalı)<br />

Geç aktarım, inkübasyon süresinin kısaltır/uzun zaman alan testlerin ertelenmesine neden olur<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

12


Eğitim zorunluluktur ?!<br />

Örnek alımı nasıl yapılmalı?<br />

Kjfytfrııoğpıuyğpo<br />

uyre*yrere0*646<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

13


Örneklerle İlgili <strong>Laboratuvar</strong>a Verilecek<br />

Önemli Bilgiler<br />

Detaylı -doğru olarak hasta ve gönderen kişi / klinik bilgileri<br />

Örnek çeşidi ve ayrıntılı bilgileri<br />

Örneğe uygulanmış testler ve sonuçları<br />

Örnekleme yönteminin uygulanmasındaki hata sonucunda;<br />

İd İdrar kültü kültüründe ü d 3f 3 farklı kl mo üremesi ü i<br />

Kan kültüründe deri florasının üremesi<br />

Balgamın Gram boyalı yaymasında,<br />

x100 büyütmede >10 epitel hücresi,


Doğru Tanımlama<br />

Yeterli ve Uygun Teknikler Kullanılmalıdır<br />

<br />

Etken çeşitliliği<br />

<br />

tanı selektif kültür ve teknikler<br />

<br />

E.coli 0157:H7 sorbitollü Mac Conkey besiyeri<br />

VRE vankomisinli Brain-Heart infüzyon agar<br />

Hızlı tanımlama / duyarlılığı belirleme özel teknikler<br />

199 199..... Tbc olguları <br />

yeni izolasyon - duyarlılık test tekniklerine geçilmiştir<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

15


Tür Düzeyinde Tanımlama<br />

Aynı cins mikroorganizmalar,<br />

epidemiyolojik farklılık gösterebildiklerinden<br />

tü tür dü düzeyinde i d ttanımlanmaları l l bü büyük ük öönem ttaşır<br />

Etken mikroorganizma;<br />

tür düzeyinde<br />

hızlı & güvenilir standartlarda<br />

otomatik ik / yarıotomatik ik cihaz ih - ki kit ile il tanımlanabilir l bili<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

16


Antimikrobiyal Duyarlılıkların<br />

Belirlenmesi ve Bildirilmesi<br />

Salgında etkenin tanımı kadar duyarlılık paneli de önemli<br />

Salg <strong>Salgının</strong> n n kont kontrolü olü için antimik antimikrobiyal obi al test sonuçları son çla bilinmeli<br />

Uluslararası standartlarda (CLSI) test antibiyotikleri seçilmeli<br />

Güncel direnç durumuna göre paneldeki antibiyotikler düzenlenmeli<br />

Antimikrobiyal duyarlılık test sonuçları kısıtlı bildirilmeli<br />

Rapordaki ilk grup antibiyotiklere direnç varsa ikinci grup bildirilmeli<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

17


Sonuçların Zamanında Uygun Şekilde<br />

Bildirilmesi<br />

Kültür / duyarlılık sonuçları sürveyansa önemli bir veri kaynağıdır<br />

Veriler günlük g olarak toparlanıp p p düzenlenmeli<br />

<strong>Laboratuvar</strong>, test sonuçları ilgili birimlere hemen bildirmeli<br />

Patojen şüphesinde kesin sonuç beklenmeden ön bildirim yapılmalı<br />

Veriler düzeltilebilir ve analiz edilebilir olmalı<br />

Salgın ekibi - mikrobiyolog arası süreklibilgialışverişi sürekli bilgi alışverişi olmalı<br />

Hasta / çevre örnekleri referans laboratuvarlarda refere edilmeli<br />

Yerel-ulusal-uluslar arası iyi bir haberleşme ağı ğ kurulmuş olmalı<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

18


Bölge Hastane Lab.<br />

Merkez Hastane Lab.<br />

Ulusal Referans Lab.<br />

Uluslararası Referans Lab.<br />

<strong>Laboratuvar</strong> Zinciri<br />

Örnek alımı<br />

Hızlı - basit testler<br />

Ön işlem + transport<br />

Örnek alımı<br />

Ön işlem+transport<br />

Sonuç raporu<br />

Araştırma çalışmaları<br />

SSpesifik ifik test t t yöntemleri ö t l i<br />

Uluslararası referans lab. gönderim<br />

Sonuç raporu<br />

AAraştırma t çalışmaları l l<br />

Eğitim<br />

İleri testler<br />

Sonuç raporu<br />

Araştırma çalışmaları<br />

Eğitim<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

19


Ulusal Referans <strong>Laboratuvar</strong>ı<br />

REFİK SAYDAM HIFZISSIHHA MERKEZ BAŞKANLIĞI<br />

Salgın Hastalıklar Araştırma Müdürlüğü<br />

Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji<br />

Epidemiyoloji Ünitesi (2000)<br />

1 Mik. ve Kl. Mik. Uzmanı<br />

2 Halk Sağlığı Uzmanı<br />

1 Bilgisayar operatörü<br />

Görevleri<br />

<strong>Laboratuvar</strong> hizmetlerinin planlanması<br />

Merkez ve il düzeyinde laboratuvar kapasitelerinin geliştirilmesi<br />

Uluslararası referans laboratuvarlarla iletişimin sağlanması<br />

<strong>Laboratuvar</strong> rehberlerinin hazırlanması<br />

Bili Bilimsel l araştırmalara t l destek d t k sağlanması ğl<br />

TEMEL SAĞ. HİZ. GN. MD. düzenlediği saha çalışmalarına katkı sağlanması<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

20


İzolatların ve Verilerin Saklanması<br />

Salgın ekibinin alacağı kararlar doğrultusunda izolatlar saklanmalı<br />

<strong>Laboratuvar</strong>lar;<br />

mo saklayabilecek uygun koşullara sahip olmalı<br />

gerektiğinde izolatları canlandırabilmeli<br />

salgın etkeni izolatların bilgilerini arşivlemeli<br />

salgın hakkındaki bütün verileri tekrar ulaşılabilir şekilde saklamalı<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

21


KKalite lit Kontrol K t l<br />

Mikrobiyoloji laboratuvarının doğru & güvenilir sonuç vermesi için<br />

uluslar l l arası kkabul b l görmüş ö ü standartlarda d l d çalışıyor l<br />

sonuçlarının ç ggüvenilirliği ğ test ediliyor y<br />

iç ve dış kalite kontrol çalışmaları yapılıyor olmalı<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

22


Mikrobiyoloji Uzmanının<br />

Salgın Ekibindeki Görevi<br />

Salgın Ekibinin Diğer Üyelerini, laboratuvar çalışma ve uygulamaları<br />

(örnek alma, kültür yöntemleri, duyarlılık testleri, serolojik ve<br />

moleküler testler vb.) vb ) konusunda bilgilendirmeli<br />

bilgilendirmeli,<br />

Temel epidemiyolojik kavramlar konusunda bilgi alışverişinde bulunmalı,<br />

Bütün sürveyans incelemelerinde;<br />

benzer enfeksiyonlu hasta<br />

llaboratuvarda b t d herhangi h h i /nadir / di görülen ö ül bir bi mikroorganizma<br />

ik i<br />

sayısında artış görülmesi halinde<br />

Klinisyenlerin ve ilgili bütün birim ve kuruluşların dikkatini çekerek<br />

ŞÜPHELİ patojenin KAYNAĞINI & GEÇİŞ YOLUNU araştırmak üzere<br />

HIZLA HAREKETE GEÇMELİDİR<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

23


Mikroorganizma(lar)ın<br />

Epidemiyolojik Özelliklerinin Araştırılması<br />

(Tiplendirme)<br />

Salgın etkeni etkenimo.nın mo.nın köken benzerliği / /kaynağı kaynağı araştırılmalıdır<br />

Epidemik, endemik, sporadik izolatların ayrımında gereklidir<br />

Temel olarak iki grupta incelenir Fenotipik (geleneksel) Tiplendirme<br />

Genotipik (moleküler) Tiplendirme<br />

İzolat ilişkilerinin araştırılacağı “tiplendirme” yönteminin seçimi çok önemli<br />

<strong>Laboratuvar</strong> ve personelin yeterlilik derecesi de göz önüne alınarak<br />

HIZLI, , GÜVENİLİR, , PRATİK, , UCUZ bir yöntem y seçilmelidir ç<br />

Yapılan çalışmalarda henüz altın standart bir yöntem tanımlanmamıştır<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

24


Fenotipik (Geleneksel / Konvansiyonel)<br />

Tiplendirme Yöntemleri<br />

Mo Mo.ların; ların;<br />

metabolik aktivitelerini ortaya koyan biyotipik profilleri<br />

antibiyotik duyarlılıkları<br />

Dezavantajı;<br />

duyarlı oldukları faj tipleri<br />

protein içerikleri<br />

gibi özelliklerine dayalı fenotipik yöntemler vardır<br />

mo. fenotipleri değişebilir (tahmin edilemez / çevre koşulları etken)<br />

S Sero / ffaj j ti tiplendirmede l di d öözgül ül reaktifler ktifl gerekir ki<br />

Çok işlem gerektirir, salgın araştırmalarında yavaş kalır<br />

Tek nükleotiddeki nokta mutasyonu;<br />

fenotipten sorumlu gen fonksiyonunu / regülasyonunu bozabilir<br />

fenotipi p farklı, ,g genotipi p ayırt y edilemez /aynı / y izolatlar görülebilir<br />

g<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

25


Bi Biyokimyasal ki l özellikler ö llikl<br />

Koloni morfolojisi<br />

Biyotiplendirme<br />

Çevre Ç koşullarına ş tolerans (bazı ( by, y, ekstrem pH p ve ısıda üreme vb.) )<br />

gibi özgül metabolik aktivite paterni ortaya konur<br />

Klasik Sınıflandırma (taksonomi) & Rutin Tür İdentifikasyonu<br />

Güvenilir, otomatize / modüler paneller (ticari)<br />

Bazı mo.ların ayrımında biyokimyasal özellikler yetersiz kalır<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

26


Antimikrobiyal Duyarlılık Testleri<br />

YYeni i / alışılmadık l l d k atb. tb direnç di paterni t i salgının l ilk göstergesi ö t i olabilir l bili<br />

Birçok bakteri izolatına rutin olarak;<br />

konvansiyonel / otomatize antibiyogram uygulanır<br />

Bu testler kalite kontrolü zor, uygulaması kolay, göreceli daha ucuzdur<br />

Di Direnç ffenotip ti değişkenliği d ği k liği antibiyotiplendirmenin tibi ti l di i epidem. id değerini d ğ i i sınırlar l<br />

Farklı izolatlar aynı, bir izolat (plazmid / transpozon) çoklu direnç gösterebilir<br />

Kalitatif Atb. (duyarlı/dirençli) ile sınıflama ilişkisiz izolatlar ayırt edilemez<br />

Kantitatif sonuçlar (zon çapı) ile sınıflama Atb.ın tiplendirme gücünü arttırır<br />

AAntibiyotipleme tibi ti l tek t k başına b kkullanılamaz ll l<br />

Endemik / epidemik bir klonun tanımında yararlı bir tarama yöntemidir<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

27


FFaj j Tiplendirme<br />

Ti l di<br />

BBakteriyofajlar, kt i f jl bakteri b kt i hücresini hü i i enfekte f kt edip di eriten it virüslerdir i ü l di<br />

Epidemiyolojik p y j çalışmalarda ç ş bakteriler; ;<br />

değişik bakteriyofajlara duyarlılık/dirençliliklerine göre tiplendirilir<br />

Yöntemin dezavantajları;<br />

stok fajlar, kontrol suşlarının ancak referans lab. bulunur<br />

tekrarlanabilirliği zayıf<br />

ayrım gücü ü ü zayıff<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

28


Genotipik (Moleküler)<br />

Tiplendirme Yöntemleri<br />

Fenotipik y. dezavantajları nedeniyle kullanıma girmiş<br />

Epidemiyolojik ilişkisiz izolatların genetik farklılıklarını gösterir<br />

KKromozomal l / ekstrakromozomal k t k l genetik tik element l t faklılığını f kl l ğ temel t l alır l<br />

DNA restriksiyon endonükleaz ile kesilir / nükleik asit amplifikasyonu (çoğaltma)<br />

Bakteri, fungus, virus ve protozoonların tiplendirilmesinde kullanılabilir<br />

Uygulama kolaylığı, çoğu fenotipik yöntemden daha yaygın kullanımını sağlamış<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

29


DNA’ya DNA ya Bağlı Yöntemler<br />

Plazmid profil analizi (PPA) DNA hibridizasyonu<br />

Restriksiyon endonükleaz analizi (REA)<br />

Southern hibridizasyon analizi (SHA)<br />

Pulsed field gel elektroforez (PFGE)<br />

En iyi sonuç, DNA’ya bağlı yöntemlerle alınır<br />

rRNA (Ribotyping)<br />

Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR)<br />

Arbitrarily primed PCR (AP PCR)<br />

Aynı suşların aynı, farklı olanların farklı DNA profili gösterilebilir<br />

Yapılması basit ve hızlı,<br />

Yüksek tekrarlanabilirlik oranına sahip,<br />

Zamana bağlı ğ olarak sabit kalabilen,<br />

Çok çeşitli patojenlerin identifikasyonunu sağlayabilen,<br />

Çok sayıda polimorfizmi tanıma yeteneğine sahip olan, olan<br />

İzolatlar arasındaki farkı tespit edebilen<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

30


DNA’ya DNA ya Bağlı Testlerin Avantajları<br />

Kolonizasyon / enfeksiyon farkını çok iyi ortaya koyabilir<br />

EEnfeksiyöz f k i ö / kkontaminasyon t i suşlarını l birbirinden bi bi i d ayırabilir bili<br />

Çapraz enfeksiyonu ortaya koyabilir<br />

TTedavi d i alan l hhastalarda t l d enfeksiyon f k i relapsını l ortaya t çıkarabilir k bili<br />

DNA’ya Bağlı Testlerin Dezavantajları<br />

Jel elektroforez şartları şartları, DNA ekstraksiyon sorunları sonuçları değişken yapar<br />

Kompleks DNA paternlerinin analizlerinde sorunlarla karşılaşılabilir<br />

Referans suşlara oranla standardizasyon eksikliği söz konusudur<br />

Bu tür sınırlamalar yorumlarda zorluklara yol açabilmektedir<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

31


Tüm Hücre Protein Elektroforezi<br />

DDeğişik ği ik yöntemlerle ö t l l serbestleştirilmiş b tl ti il i bbakteri kt i proteinleri t i l i<br />

poliakrilamid jel elektroforezi (PAGE) ile ayrıştırılır<br />

Çok sayıda band oluşmasına rağmen ilişkisiz izolatların patern farkı azdır<br />

(ayrım gücü zayıf)<br />

Elektroforez koşullarındaki ufak değişikliklerden etkilenir<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

32


İİmmunoblot bl t Yöntemi Yö t i (Immunoblotting)<br />

(I bl tti )<br />

Elektroforez sonrası bakteriyel proteinlerin nitrosellüloz membrana aktarımı<br />

MMembranın b spesifik ifik Ab.lar Ab l içeren i tavşan t /i / insan serumuyla l karşılaştırılması<br />

k l t l<br />

Membrandaki proteine bağlanmış spesifik Ab.lar enzimle işaretli anti-Ig ‘ler ile saptanır<br />

Elektroforez koşullarından daha az etkilenir, band sayısı daha az, yorumu kolay<br />

C.difficile, S.aureus, A.fumigatus suşlarının tanımında başarılı<br />

Yaygın kullanılmaz. Çünkü;<br />

Teknik e olarak o a a yoğun yoğu çaba gerektirir ge e t<br />

Ekstraksiyon yöntemi ve spesifik Ab kaynağının etkileri tanımlanmamıştır<br />

Üreme koşullarından (translasyon, ısı, besiyeri bileşimi, pH) etkilenebilir<br />

Band paternleri kompleks, küçük farklılıkları belirlemek / yorumlamak zor<br />

DNA’ya y bağlı ğ yöntemler y daha üstün ayrım y sağlar, ğ daha fazla standardizedir<br />

Poliakrilamid Jel Elektroforezi (PAGE)<br />

Protein profillerinin ortaya çıkarılması esasına dayanır<br />

S.aureus,S.epidermidis,C.difficile,C.albicans,A.fumigatus vb suşlar için kullanılabilir<br />

Bant patern görünümleri suşları ortaya koymada yetersiz kaldığı için önerilmez<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

33


Multilokus Enzim Elektroforezi (MEE)<br />

Epidemiyolojik tiplendirmelerde başarı ile uygulanmaktadır<br />

İzolatların ayrımında yüksek performans, epidemiyolojik ilişkilileri doğru sınıflayabilir<br />

Her mo. mo genetik kontrollü hücresel enzimlerinin (izoenzim) elektroforetik olarak<br />

ortaya konması esastır. Enzimlerin “elektromorf” denilen elektroforetik<br />

hareketlilik değişiklikleri, enzimleri kodlayan kromozomal genlerdeki allelik<br />

değişikliklerden kaynaklanır ve yöntem bu farklılığın analizine dayanır<br />

Böylece farklı elektromorfların oluşturduğu “elektroforetik tipler” ortaya çıkar<br />

L.pneumophila, S.marcescens, Candida türlerinin tanımlanmasında mükemmel<br />

Uygulaması kolay, ayıraçları bulunabilir, enzim profilleri stabildir<br />

Paterni göreceli olarak kolay elde edilse de<br />

okunması / yorumlanması / kıyaslanması zor<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

34


MEE’ MEE’nin i varyasyonudur d<br />

Zimotiplendirme (Zymotyping)<br />

Bakteriyel elastaz enziminin elektroforetik özelliklerinin farklılığına dayanır<br />

Enzimlerin elektroforezdeki hareketliliklerinde oluşan farklılıklara bakılarak<br />

izolatların ayrımı yapılır<br />

Bütü Bütün izolatlar i l tl tiplendirilebilir, ti l di il bili paternler t l stabil t bil ve tekrarlanabilirdir<br />

t k l bili di<br />

Ayrım gücü;<br />

kapsüler apsü e tiplendirmeden t p e d ede iyi y<br />

faj tiplendirme / pulsed field gel electrophoresis (PFGE)’den kötü<br />

Aynı zimotip içinde birkaç genotip olabileceği saptanmıştır<br />

SSonuçlarıyla l l antibiyotik tibi tik duyarlılık d l l k paternleri t l i arasında d uyum yoktur kt<br />

Ayrım gücü mo.ların tiplendirilmesi için yetersizdir<br />

Prosedürü tarama testi olarak kullanılamayacak y<br />

kadar uzundur<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

35


Moleküler Yöntemler;<br />

Spesifik suşların tanımlanabilmesi<br />

salgının önlenmesi / kontrolünde önemli gelişmedir<br />

Dezavantajları olmasına rağmen<br />

fenotipik p yyöntemlere ggöre<br />

daha ileri ve hızlıdırlar<br />

Sınırlı sayıda rutin laboratuvarda kullanılabilir olmaları sorundur<br />

Diğer yöntemlerin ise araştırma laboratuvarlarında kullanılması<br />

önerilmektedir<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

36


Bulaşıcı Hastalıklarla Mücadele Genelgesi (17.02.2006 / 23)<br />

Hastalık çıkmadan önce<br />

İl Merkez İzleme ve Denetim Ekibi<br />

Salgında erken uyarı sistemi kurulmalı<br />

Muhtemel salgınlar için hareket planları hazırlanmalı<br />

Mevcut kaynak (personel, malzeme, araç) kayıtların tutulmalı<br />

Salgın konusunda personelin eğitimi sağlanmalı<br />

Salgın durumunda koordinasyon sağlanmalı<br />

Hastalık çıktıktan sonra veya salgın sırasında<br />

Salgın tanımlanmalı ve özellikleri belirlenmeli<br />

Risk altındaki nüfus belirlenmeli<br />

Hastalık kaynağı, bulaşma yolu belirlenmeli<br />

Koruma ve kontrol önlemleri belirlenmeli<br />

Halka ve personele sağlık eğitimi verilmeli<br />

Rapor hazırlanmalı<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

37


Mikrobiyoloji <strong>Laboratuvar</strong>ı Salgında Kilit Rol Oynar<br />

Salgın g / enfeksiyon y sayısı y arttığında ğ etken hızla tanımlanmalı<br />

<strong>Laboratuvar</strong>-Salgın Ekibi koordinesi ile personel, malzeme ihtiyacı karşılanmalı<br />

Olası salgın maliyeti, önceden belirlenerek, harcamaların laboratuvar / salgınla<br />

ilgili bölümdeki diğer hastalara yüklenmesi önlenmeli<br />

Salgında kaynak ve geçiş yolu dikkate alınarak hasta, hasta ile teması olanlar ve<br />

gerekiyorsa çevreden çok sayıda örnek alınmalı<br />

Örnekler, şüpheli patojeni izole, diğerlerini inhibe eden selektif besiyerine ekilmeli<br />

Koloni yapısına göre izolasyon sağlayan ayırt edici besiyerine de kültüre edilmeli<br />

Farklı hastalarda aynı patojen belirlenmesi kaynağın aynı olduğunu gösterir<br />

Köken belirlemek için, uygun koşullarda saklanan izolatlara çalışma planlanmalı<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

38


Sonuç olarak;<br />

Mikrobiyoloji laboratuvarı salgın kontrolünde çok önemli role sahip<br />

Artan patojen çeşitliliği, hızla yeni teknolojilere yönelme laboratuvar ile<br />

salgın araştırma ekibinin mutlak sıkı işbirliğini gerektirir<br />

İzolasyon, identifikasyon, tiplendirmenin yeni yöntemlerle yapılması<br />

salgın g kontrolü çabalarının ç etkinliğini ğ sağlayacaktır<br />

ğ y<br />

Mikrobiyoloji laboratuvarı hızlı tanı & duyarlılık testleri yapabilmeli<br />

EEpidemiyolojik id i l jik tiplendirme ti l di veriler il ışığında ğ d ddeğerlendirilmesi ğ l di il i gereken k<br />

yardımcı araçlardır<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

39


<strong>Salgının</strong> önlenmesi ve kontrolünde;<br />

Epidemiyolog<br />

Enfeksiyon Hastalıkları Uzmanı<br />

Mikrobiyoloji Uzmanı<br />

arasında işbirlikçi bir ekip çalışmasına ihtiyaç vardır<br />

Ayrıca;<br />

Ulusal Referans <strong>Laboratuvar</strong>ı<br />

Diğer laboratuvarlar (bölge, üniversite, özel.....)<br />

Ulusal kurumların işbirliği ve bilgi paylaşımı<br />

Ulusal /uluslararası Kurumların işbirliği ve bilgi paylaşımı<br />

Epidemiyolojik analiz çalışmaları ve bildirimi yapılmalı<br />

Salgın ekibinin başarısında laboratuvar her aşamada aktif rol oynamalı<br />

İşbirliği ile laboratuvar düzenli, düzenli yararlı olacak ve böylece enfeksiyon<br />

kontrol ve önleme aktivitelerinin sistematik olarak yürütülmesi<br />

sağlanarak sorunlar daha kolay aşılacaktır<br />

24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

40


24 Ocak 2007 <strong>Salgının</strong> <strong>Laboratuvar</strong> <strong>Boyutu</strong> Yrd. Doç. Dr. Zeynep ŞENSES<br />

41

Hooray! Your file is uploaded and ready to be published.

Saved successfully!

Ooh no, something went wrong!