УДК 575.86 М.Г. Куцев1 MG Kutsev А.В. Каракулов2 AV Karakulov ...

ssbg.asu.ru
  • No tags were found...

УДК 575.86 М.Г. Куцев1 MG Kutsev А.В. Каракулов2 AV Karakulov ...

60Куцев М.Г., Каракулов А.В. Реконструкция филогении рода Rhododendron L. флоры Россиина основе последовательностей спейсеров ITS1-ITS2Lejeune, 1996). Для реакции амплификации использованаПЦР-смесь следующего состава: 31,5мкл Н 2О; 2 мкл ДНК; 5 мкл 10Х буфера; 5 мкл25 мМ MgCl 2; по 2 мкл 10 мМ каждого праймера;2 мкл 20 мМ dNTPs (по 5 мМ каждого). Taqполимеразув объеме 0,2 мкл (5 ед./мкл) вносилипосле первого цикла прогрева непосредственнов ПЦР-смесь (так называемый «горячий старт»),что позволило повысить выход продукта амплификации,избавиться от неспецифичного отжигапраймеров и образования димеров праймеров(ПЦР “в реальном времени”, 2009).Амплификация проводилась по следующейпрограмме: 1 цикл: 95ºС – 120 сек; 35 циклов:95ºС – 20 сек, 56 ºС – 30 сек, 72 ºС – 80 сек;завершающая стадия: 72 ºС – 10 мин, охлаждениепри 4ºС.Очистку амлификата перед секвенированиемпроводили с побощью набора NucleoSpin ®Extract II Kit (Macherey-Nagel) по протоколуфир мы-изготовителя.Секвенирование проведено на автоматическомсеквенаторе ABI Prism 3130xl. Впервые данныйучасток расшифрован для Calluna vulga ris L.,Rh. adamsii Rehd., Rh. dauri cum L., Rh. caucasicumPall., Rh. fauriei Franch., Rh. japonicum (A. Gray) Suring.,Rh. ledebourii Pojark., Rh. parvifolium Adams,Rh. sichotense Pojark., Rh. smirnowii Trautv. Остальныеиспользованные в анализе последовательностивзяты из GenBank NCBI (таб лица 1).Результаты и обсуждениеДля изученных нами представителей вы явленаневысокая степень вариабельности участкаITS1-ITS2. Проведен кластерный анализ нуклеотидныхпоследовательностей с помощью методаME (minimum evolution) в программе MEGA 4.1(Kumar et al., 2008) и построено дерево бутстрепконсенсуса.Выравнивание нуклеотидных последовательностейпроведено комбинированнымспо собом – автоматическое с помощью ClustalWс дополнительной корректировкой «вручную».Общая длина выравнивания составила 638 парнуклеотидов. Бутстреп-тест проведен в 10000репликаций. В качестве out-group взята Callunavulgaris L. – вид, показавший наибольшее родствок видам рода Rhododendron L. на основеанализа нуклеотидных последовательностей с помощьюBLAST NCBI. На основе данного анализаполучена реконструкция филогении ITS1-ITS2региона, отображающая эволюционные связимежду видами рода Rhododendron (рис. 1). Следуетотметить, что кладограммы, построенные сРис. 1. МЕ-кладограмма представителей рода Rhododendron L. на основе последовательностей ITS1-5.8S-ITS2.


Turczaninowia 2010, 13(3) : 59–62Проанализированные последовательности ITS1-ITS261Таблица 1Название видаНомер последовательностивGenBankДата опубликованияпоследовательностив GenBankАвторыCalluna vulgaris L. HM854157 01-OCT-2010Rh. adamsii Rehd. HM854164 01-OCT-2010Rh. adamsii Rehd. (from Touva) HM854162 01-OCT-2010Kutsev M.G., Karakulov A.V.,Uvarova O.V.Kutsev M.G., Karakulov A.V.,Uvarova O.V.Kutsev M.G., Karakulov A.V.,Uvarova O.V.Rh. aureum Georgi AF393409 31-OCT-2002 Gao L.M., Li D.L., Yang J.B.Rh. camtschaticum Pall. X97426 07-MAY-1996Rh. caucasicum Pall. HM854165 01-OCT-2010Rh. dauricum L. HM854158 01-OCT-2010Rh. fauriei Franch. HM854166 01-OCT-2010Rh. japonicum (A. Gray) Suring. HM854167 01-OCT-2010Rh. ledebourii Pojark. HM854159 01-OCT-2010Rh. luteum Sweet X96814 21-JUL-1998Aert R., Hyam R.,Chamberlain D.,Karp A., Volckaert G.Kutsev M.G., Karakulov A.V.,Uvarova O.V.Kutsev M.G., Karakulov A.V.,Uvarova O.V.Kutsev M.G., Karakulov A.V.,Uvarova O.V.Kutsev M.G., Karakulov A.V.,Uvarova O.V.Kutsev M.G., Karakulov A.V.,Uvarova O.V.Scheiber S.M., Jarret R.L.,Robacker C.D.Rh. mucronulatum Turcz. AF393412 31-OCT-2002 Gao L.M., Li D.L., Yang J.B.Rh. palustre var. palustre(Rh. tomentosum (Stokes)Harmaja)AF393413 31-OCT-2002 Gao L.M., Li D.L., Yang J.B.Rh. parvifolium Adams HM854160 01-OCT-2010Kutsev M.G., Karakulov A.V.,Uvarova O.V.Rh. ponticum L. X97415 07-MAY-1996Aert R., Hyam R.,Chamberlain D.,Karp A., Volckaert G.Rh. redowskianum Maxim. AF393418 31-OCT-2002 Gao L.M., Li D.L., Yang J.B.Rh. schlippenbachii Maxim. AF404816 31-OCT-2002Rh. sichotense Pojark. HM854163 01-OCT-2010Rh. smirnowii Trautv. HM854161 01-OCT-2010Rh. tschonoskii Maxim. X96806 11-APR-1996Gao L., Li D., Yang J.,Zhang C.Kutsev M.G., Karakulov A.V.,Uvarova O.V.Kutsev M.G., Karakulov A.V.,Uvarova O.V.Aert R., Hyam R.,Chamberlain D.,Karp A., Volckaert G.

More magazines by this user
Similar magazines