Classificazione I complessi - Myco09

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poB • Gene lungo 3.500 pb codificante per una (la ß) ) delle 5 subunità subunit della RNA polimerasi, il principale enzima del processo di trascrizione • Altamente conservato ma più pi variabile del 16S rDNA • Presente in singola copia • Un tratto ipervariabile di 300 pb, include l’hot l hot spot in cui si concentrano le mutazioni associate alla resistenza alla rifampicina • Un secondo tratto ipervariabile di 720 pb è particolarmente idoneo ala differenziazione delle specie micobatteriche a crescita rapida • Ceppi con divergenza >3%: specie differenti • Ceppi con divergenza
Discrepanze emergenti dall’analisi filogenetica di regioni diverse • Correlazioni in base al 16S rDNA • Complesso M. fortuitum, M. peregrinum • Complesso M. chelonae, chelonae, M. abscessus • Complesso M. smegmatis • Correlazioni in base al rpoB • Complesso M. fortuitum, M. peregrinum • Complesso M. chelonae, chelonae, M. abscessus • Complesso M. mucogenicum • Complesso M. mageritense • Complesso M. smegmatis • Complesso M. wolinskyi Evoluzione dei micobatteri a crescita lenta a crescita lenta, correlati a M. terrae a crescita lenta, correlati a M. simiae a crescita rapida, termotolleranti a crescita rapida Principali caratteri tassonomici • Ruolo centrale del genotipo (sequenziamento e/o omologia DNA- DNA DNA) • Criteri fenotipici di esclusione • Velocità Velocit di crescita • Pigmento • Temperature di crescita • Composizione lipidica della parete • Caratteri fenotipici ausiliari Una proposta interessante • L’analisi analisi filogenetica di vari geni combinati in un’unica un unica sequenza ne aumenta il potere discriminatorio • Geni sparsi qua e là l nel genoma forniscono un’immagine un immagine più pi fedele dell’evoluzione dell evoluzione dell’intero dell intero cromosoma • PROBLEMA: non esiste un database I caratteri fenotipici • Caratteri biochimici • Caratteri colturali • Velocità Velocit di crescita • Pigmento • Temperature di crescita • Analisi dei lipidi di parete • Sensibilità Sensibilit agli antibiotici Gennaio 2009: il genere Mycobacterium • 133 specie ufficialmente riconosciute • 7 specie, ben caratterizzate, ma non ufficialmente riconosciute • Specie a crescita rapida 53% • Specie a crescita lenta 47% • Specie non cromogene 51% • Specie scotocromogene 46% • Specie fotocromogene 3% • Specie patogene 61% • Specie isolate esclusivamente dall’ambiente dall ambiente 17% • Specie isolate dall’uomo dall uomo ma non patogene 16% • Specie isolate esclusivamente da animali 6% 5
Page 1 and 2: Tassonomia del genere Mycobacterium
Page 3: L’elica 10 del 16S rRNA M. tuberc

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