s_ancient
s_ancient
s_ancient
You also want an ePaper? Increase the reach of your titles
YUMPU automatically turns print PDFs into web optimized ePapers that Google loves.
GET ncm/justsay cust-rec rate-item communit<br />
tg/stores/d -favorite-lis true just-say-no
ESKİ TARİHLERE AİT A ÖRNEKLER<br />
ÜZERİNDE YAPILAN DNA<br />
ANALİZLER<br />
ZLERİ<br />
Hazırlayan: Aslı Hikmet SARIKÖSE<br />
SE
İlk<br />
Çalışmalar;<br />
İlk<br />
<strong>ancient</strong> DNA (aDNA(<br />
aDNA)<br />
çalışması, , 1984 yılında y<br />
at/zebra ailesinin bir<br />
üyesi ve nesli tükenmit<br />
kenmiş<br />
bir hayvan olan “ quagga<br />
“ üzerinde yapıld<br />
ldı.<br />
İnsanlar<br />
üzerinde ise ilk aDNA çalışması 1985 yılında y<br />
yapılm<br />
lmıştır.<br />
En iyi şartlar altında dahi DNA’nın n 130.000 yıldan y<br />
daha fazla<br />
varlığı<br />
ığını koruyamayacağı<br />
ğını unutmamak gerekir.
aDNA analizleri ile;<br />
• Antropoloji alanında,<br />
nda, aDNA tekniklerinin uygulanması ile,<br />
insanlığı<br />
ığın n kökeni k keni ve davranış<br />
ışları hakkında bilgi edinmek,<br />
• Populasyonlar arasındaki ata-torun torun ilişkisini ayrınt<br />
ntılı bir<br />
şekilde incelemek;<br />
• İnsan/primat evrimini ve hikayesini anlamak;<br />
• Eski tarihlerde yaşam<br />
amış<br />
insanlara ait kalınt<br />
ntılardan elde<br />
edilen moleküler ler bilgi ile sosyal yapı modeline açıkla<br />
klık<br />
getirmek;<br />
• Cinsiyet belirlemek;<br />
• Bu bilgilerden yola çıkarak, sosyal konumlar, evlilik<br />
modelleri, cenaze törenleri, t<br />
farklı hastalıklar ve cinsiyete<br />
bağlı ölümler<br />
üzerine<br />
ışık k tutmak mümkm<br />
mkün n olmaktadır.
aDNA çalışmalarında yararlanılan<br />
iki temel DNA kaynağı<br />
vardır:<br />
r:<br />
• Nukleus<br />
içinde: genomik<br />
DNA’nın n büyük b çoğunluğu<br />
hücrede<br />
çekirdek içinde i inde bulunur.<br />
• Organeller içinde: : hücre h<br />
başı<br />
şına düşen d<br />
toplam genomik<br />
DNA’nın çok az bir kısmk<br />
smı da mitokondri ve kloroplast<br />
içindedir. indedir. Bir hücrede h<br />
her bir organelden<br />
yüzlerce<br />
bulunmaktadır r ve her biri de DNA’nın n birçok kopyasını<br />
içerir. Sonuç olarak hücre h<br />
başı<br />
şına total mitokondri ve<br />
kloroplasttan kaynaklanan binlerce DNA kopyası düşer.<br />
Bu yüksek y<br />
miktardaki kopya sayısı organellerden DNA’nın<br />
intakt segmentlerini elde etmemizi sağlar.<br />
*Nukleus<br />
DNA’sı ile<br />
karşı<br />
şılaştırılacak<br />
lacak olursa aDNA<br />
çalışmalarında<br />
organel DNA’sı tercih edilir.
*mtDNA<br />
yalnız z anneden kalıtlan<br />
tlanır ve replikasyona uğramaz!<br />
Fakat mtDNA ile çalışmak birtakım m sorunları<br />
da beraberinde getirir:<br />
• Nükleer DNA ‘daki<br />
çoklu genlerle karşı<br />
şılaştırılınca tek bir<br />
genle kalıtlanmas<br />
tlanması dezavantaj sağlamaktad<br />
lamaktadır çünk<br />
nkü; ; tek<br />
bir lokus rastgele oluşan genetik düzensizliklerden d<br />
daha<br />
çok etkilenir.<br />
• Farklı gruplardan kadın n ve erkeklerin evlenmesi de söz s<br />
konusu olabildiğinden<br />
inden mtDNA çalışmalarından elde edilen<br />
sonuçlar nükleer n<br />
DNA analizi sonuçlar<br />
larına uymayabilir.<br />
İnsan dışıd<br />
ışındaki hayvan türlerinin t<br />
analizinde de mtDNA ve<br />
nukleus DNA’sı benzer şekilde kullanılabilir. labilir. Bu noktada,<br />
antropoloji alanında, nda, insan dışıd<br />
ışındaki organizmalara ait<br />
aDNA, , daha çok tür/cins t<br />
belirlemek için i in veya filogenetik<br />
analizler yapabilmek için i in kullanılmaktad<br />
lmaktadır.
• insan kaynakları<br />
• bireysel seviyede<br />
• ailesel seviyede<br />
• lokal seviyede<br />
• Populasyon seviyesinde<br />
• tür r seviyesinde<br />
Uygulamalar<br />
• insan dışıd<br />
ışındaki kaynaklar: çevresel<br />
• Kültür r kaynakları<br />
• mevsimsel populasyon göçleri<br />
• beslenme<br />
• diğer biyolojik kalınt<br />
ntılar<br />
• primatlar<br />
• enfeksiyonel hastalıklar<br />
• hayvanlar
insan kaynakları<br />
bireysel seviyede aDNA çalışmaları;<br />
• X ve Y kromozomları<br />
üzerindeki<br />
markerları<br />
kullanarak kişinin inin cinsiyetini belirlememizi ve kim<br />
olduğunu unu tespit etmemizi sağlar. Bu, kişinin<br />
inin<br />
varsayılan torunlarının n DNA’lar<br />
ları ile karşı<br />
şılaştırma<br />
yapılarak bulunur.<br />
• Morfolojik nitelikler bir kişinin inin genetik veya<br />
enfeksiyonel<br />
bir hastalık k taşı<br />
şımışış<br />
olabileceğini<br />
ini<br />
gösteriyorsa,<br />
aDNA, , enfeksiyon ajanının n veya<br />
hastalık k yapan allelin varlığı<br />
ığını doğrulamak için i in<br />
kullanılır.
Bu konuyla ilgili ilginç bir örnek;<br />
Ashkelon’da yapılan kazılarda, 4-6. y.y arasında genelev<br />
olarak işletilen bir Roma hamamının altındaki kanalizasyonda<br />
yaklaşık olarak 100 bebek kalıntısı ortaya çıkarılmıştır. İlgili<br />
kişiler bu durumun yeni doğan çocukları öldürmelerinden<br />
kaynaklandığı tahmin ettiler. 43 sol femur kullanılarak yapılan<br />
genetik cinsiyet analizleri 19 bireyin 14’ünün erkek ve 5’inin<br />
kız olduğunu ortaya çıkardı. Erkek çocukların %74 gibi yüksek<br />
bir oranda ölü olması ya da öldürülmesi şaşırtıcıydı çünkü<br />
toplum genelinde kız çocuklarının daha az olduğu biliniyordu.<br />
Bundan dolayı bebek kalıntılarının fahişelerin çocuklarına ait<br />
olduğu fikri ileri sürüldü. Ortada bir tercih söz konusuydu ve<br />
kadınlar bilinçli olarak erkek çocukları öldürüp kız çocukları<br />
yetiştiriyorlardı.<br />
Kalıntıların cinsiyetinin belirlenmesi farklı mortalite<br />
oranlarının test edilmesi bakımından bize yardımcı olur.<br />
Böylece durumun doğal olarak mı yoksa insan faaliyeti ile mi<br />
gerçekleştiği hakkında fikir sahibi oluruz.
Otozomal kromozomlar üzerindeki<br />
bireysel varyasyonlar da değişik amaçlar için<br />
kullanılabilir. Bir kişide, bir genetik hastalığın<br />
varlığına dair morfolojik veya tarihe dayalı<br />
delillerin bulunduğu durumlarda, hastalığa<br />
neden olan gen bölgesi aDNA’dan amplifiye<br />
edilebilir ve bu hastalıkla ilgili mutasyonlar<br />
ortaya çıkartılabilir.<br />
Örneğin; Abraham Lincoln’un büyükbüyük-büyük<br />
babasının (Mordecai Lincoln)<br />
torunlarında genetik bir hastalık olan ve 15.<br />
kromozomda lokalize olan fibrilin genindeki<br />
bir mutasyondan kaynaklanan Marfan<br />
sendromu tanısı konmuştur. Kendisinde de<br />
bu hastalığın semptomlarına rastlanmıştır.<br />
Eğer gerçekten bu hastalık zamanında<br />
Abraham Lincoln’de vardı ise bugün dahi<br />
ortaya çıkartılabilir.
Eğer, bireyin çocukları<br />
belirlenebilirse, Brezilya’da<br />
yapılan bazı kazılardan ortaya<br />
çıkan kalınt<br />
ntıların Josef<br />
Mengele’e ait olduğunu unu anlamak<br />
için in kullanıld<br />
ldığı<br />
gibi mikrosatellit<br />
markerlardan faydalanılarak<br />
larak<br />
“ters” annelik-babal<br />
babalık k testleri<br />
yapılabilir.
Eğer, direkt anne veya<br />
baba tarafından akrabalar<br />
belirlenebilirse<br />
mtDNA<br />
veya Y kromozom<br />
haplotipleri bireyin<br />
kim<br />
olduğunun<br />
unun ortaya<br />
çıkarılmasında kullanılabilir.<br />
labilir.<br />
Romanov ailesi bu tip<br />
çalışmalarla belirlenmiştir.
Ve yine benzer<br />
şekilde XVII. Louis’in,<br />
in,<br />
XVI. Louis’in in ve<br />
Marie Antoinette’nin<br />
nin<br />
oğlu olmadığı<br />
gösterilmiştir.<br />
tir.
Ailesel seviyede<br />
Pedigri analizleri antropoloji alanında<br />
nda çok uzun süredir s<br />
kullanılmaktad<br />
lmaktadır r ve bugün aDNA analizleri bu uygulamaları geçmi<br />
mişe<br />
uzatmamıza olanak sağlar. Basit düzeyde, d<br />
anasal ve babasal soylar<br />
mtDNA ve Y kromozomu kullanılarak larak ortaya çıkarılabilmektedir. Eğer E<br />
uzun ve birbirinden çok farklı DNA bölgeleri b<br />
dikkatle gözden g<br />
geçirilecek<br />
irilecek<br />
olursa bireylerden aynı nadir mutasyonları taşı<br />
şıyanların n birbirlerine<br />
yakın n akraba oldukları görülür r ama bu metod annelik veya babalık<br />
durumunun açığa<br />
ığa çıkartılmasında<br />
çok da güvenilir g<br />
değildir.<br />
• Mayotik bir mutasyon olmadığı<br />
taktirde, bir birey aynı mtDNA<br />
mutasyonunu annesiyle, teyze ve dayısıyla, yla, anne tarafından<br />
kuzenleriyle paylaşı<br />
şır.<br />
• Erkekler de yine benzer şekilde,<br />
mayotik bir mutasyon olmadığı<br />
sürece<br />
aynı Y kromozom mutasyonunu babası, , amcası, , erkek kardeşleri ve<br />
baba tarafından kuzenleriyle paylaşı<br />
şır r .
St. Margareth kilisesinde yapılan kazılar sonucu açığa<br />
ığa çıkan gerçekler<br />
ekler<br />
oldukça a ilginçtir. Kilisedeki mezar taşlar<br />
ları üzerindeki yazıtlar<br />
Königsfeld<br />
ailesinin 8 erkek üyesinin ( 7 jenerasyondan ) 1546-1749 1749 yıllary<br />
lları arasında<br />
oraya gömüldg<br />
ldüğünü işaret eder. Fakat 8. iskelet, mezarlık k hırsh<br />
rsızları<br />
tarafından yerinden kaldırılm<br />
lmıştır. Bu 7 birey üzerinde yapılan genetik<br />
testlerin sonuçlar<br />
ları ile tarih kaynakları arasında uyuşmayan bazı noktalar<br />
vardır. r. Erkek olduğu u düşünülen d<br />
bu 7 bireyin 2 sinin bayan olduğu u ortaya<br />
çıkarılmıştır. Ayrıca<br />
otozomal ve Y kromozomu mikrosatellit analizleri bazı<br />
başka anomalileri ortaya çıkardı. Markerlar, , yaşça a büyük b k ve en kıdemli k<br />
iki<br />
kontun( Hanns Christoph ve Hans Sigmund ) iskeletlerinin muhtemelen<br />
kazılar sırass<br />
rasında yer değiştirildi<br />
tirildiğini ini ve Georg Josef’in<br />
önceki kontun ( Josef<br />
Wilhelm ) biyolojik oğlu o<br />
olamayacağı<br />
ğını gösterdi. Bu nedenle, bu kişi, i, ya<br />
Königsfeld<br />
ailesinin bir üyesi değildi ya da babası bu aileden değildi.<br />
Bayan bireylerden birinin otozomal haplotipi bu kişinin<br />
inin Georg Josef’in<br />
kızı ve Karl Albrecht’in<br />
kız z kardeşi i olduğunu unu ortaya çıkardı oysa tarihsel<br />
delillere göre g<br />
bu kişinin<br />
inin Karl Albrecht’in<br />
kendisi olduğu u sanılıyordu. Diğer<br />
bayanın otozomal haplotipi ise o kişinin<br />
inin Maria Ann’in<br />
annesi olduğunu<br />
unu<br />
doğrulad<br />
ruladı.
Tür r seviyesinde<br />
Modern insan ve diğer<br />
hominidler arasındaki akrabalık<br />
ilişkilerinin aydınlat<br />
nlatılmasında<br />
aDNA araştırmalar<br />
rmaları oldukça<br />
verimli sonuçlar sunmaktadır.<br />
r.Neandertallerin<br />
moder<br />
insanlara benzedikleri fakat aynı olmadıklar<br />
kları kabul<br />
edilmekle beraber evrimsel hikayemizdeki yerleri hala<br />
önemli bir tartış<br />
ışma konusunun başlığı<br />
ığıdır.<br />
İlk kez bir Neandertalin DNA sekansının n ortaya<br />
çıkarılmasından sonra bundan başka iki Neandertal<br />
bireyin mtDNA sekansları da ortaya çıkarıldı ve<br />
Neandertale ait mtDNA sekansının n modern insanınkinden<br />
nkinden<br />
çok farklı olduğu u gözlendi. g
Enfeksiyonel hastalıklar<br />
Tarih öncesi hastalıklara ait sorulara cevap bulabilmek<br />
için in de yine aDNA teknikleri kullanılır;<br />
• Tuberkuloza<br />
neden olan mikroorganizma yani Mycobacterium<br />
tuberculosis 1000 yılly<br />
llık k bir mumyadan başar<br />
arılı bir şekilde<br />
amplifiye<br />
edilmiştir. Amerika yerlilerinden elde edilen Mycobacterium<br />
tuberculosis’in<br />
in amplifikasyonu bu hastalığı<br />
ığın n Yeni DünyaD<br />
nya’da Avrupalı<br />
koloniler tarafından yayılmad<br />
lmadığını kanıtlad<br />
tladı. . Ayrıca 1400 yılly<br />
llık k bir<br />
Byzantine fragmentinde ( kireçlenme olan akciğer dokusundan )<br />
teşhis edilmiş olup Avrupalılar<br />
ların n Yeni Dünya D nya ile ilişkilerinden<br />
önce<br />
Eski DünyaD<br />
nya’da da bu hastalığı<br />
ığın n varlığı<br />
doğrulanm<br />
rulanmış<br />
oldu.
1918 yılında y<br />
dünyada d<br />
20<br />
milyon insanın ölmesine<br />
yol açan a an influenza<br />
salgını sırasında pek çok<br />
patoloji örneği i toplandı.<br />
Virüs s RNA’sı ekstrakte<br />
edildi ve RT PCR<br />
kullanılarak larak ( reverse<br />
transkriptaz; ; RNA DNA )<br />
amplifiye edildi, sonuç<br />
olarak influenza genine<br />
ait 9 fragmentin sekansı<br />
yapıld<br />
ldı. . Sekansı yapılan<br />
genler bilinen domuz<br />
nezlesi hastalığı<br />
ığındakilere<br />
en yakın n olanlardı.
Kara ölüm adı da verilen veba hastalığı<br />
1590<br />
ve 1722 yıllary<br />
llarında Avrupa’da salgın n oldu ve<br />
vebadan ölen insanların n diş örneklerinden<br />
Yersinia pestis’ e ait DNA bulundu.( Drancourt<br />
and Raoult,2002 )
İnsan dışıd<br />
primatlar<br />
Nesli tükenen Malagazi lemurlarının<br />
filogenetik akrabalık ilişkilerini çalışmak<br />
üzere yine aDNA teknikleri<br />
kullanılmıştır. Madagaskar bölgesindeki<br />
lemurların 500 yıl öncesine kadar<br />
varoldukları bilinmektedir. Fakat<br />
morfolojik karakterlerindeki yüksek<br />
seviyedeki homoplaziye bağlı olarak<br />
filogenetik akrabalıkları tam olarak<br />
açıklanamamıştır.<br />
Aynı zamanda, aDNA analizlerinde kullanılan teknikler yaşayan<br />
primatlara da uygulanabilir.
aDNA ve zarar verici analizler<br />
Minimum hasarla uzun kemiklerden DNA ekstrakte etmek ve dişin<br />
in<br />
dentin tabakasından DNA’yı ekstrakte ettikten sonra dişleri yeniden<br />
yapış<br />
ıştırmak (yerine koymak) mümkm<br />
mkün n olmasına rağmen, genelde,<br />
aDNA<br />
metodları eldeki materyale zarar verir. Bunlar yeri<br />
değiştirilemez<br />
kaynaklardır r ve analizler ancak ya önemli bir<br />
soruşturma için i in ya da ilginç<br />
bir hipotezi test etmek için i in bilgi<br />
gerektiğinde inde ve başka araştırmalar<br />
rmaları tehlikeye atmayacak şekilde<br />
mümkün n olabilir.<br />
Diğer bir önemli kaygı<br />
da sorulara cevap olabilecek örneklerde<br />
DNA’nın n iyi bir şekilde korunuyor, saklanıyor olmasıdır. Sonuç<br />
alınamayacak<br />
olursa sarfedilen<br />
örneğin yeri hiçbir<br />
bir şekilde<br />
doldurulamaz.<br />
Ayrıca bazı örnekler gelecekte yapılacak muhtemel araştırmalar rmalar için i in<br />
saklanmalıdır.<br />
Çünk<br />
nkü o an için i in teknik yeteri kadar gelişmemi<br />
memiş olabilir.
aDNA çalışmalarının n etik yönüy<br />
İnsanlarla yapılan her türlt<br />
rlü çalışmada, işin i in etik, sosyal<br />
ve yasal taraflarını göz önünde nde bulundurmak çok<br />
önemlidir.<br />
• Araştırma<br />
rma sonuçlar<br />
larından etkilenebilecek gruplara ve<br />
konunun merkezindeki insanlara danış<br />
ışmak<br />
• mümkün n olduğunca unca onları tehlikeden uzak tutmak<br />
• çalışmanın n federal ve kurumsal birtakım m düzenlemelere<br />
d<br />
uygun olması gerekir<br />
• eğer er insan ölmüşse<br />
• ölmüş olsa da bazı hakları var<br />
aDNA çalışmaları yaşayan ayan ve ölü bireyler arasındaki<br />
biyolojik bağlar<br />
ların n kanıtlanmas<br />
tlanmasını sağlar. Böyle B<br />
kanıtlar<br />
mesela toprak üzerine hak iddia etmek için i in kullanılabilir.<br />
labilir.
Potansiyel kaynaklar:<br />
• aDNA çeşitli organik kalınt<br />
ntılarda bulunabilir. Bunlar, daha çok,<br />
yumuşak dokular, dişler ve kemiktir. Bu kaynaklar çeştili<br />
yerlerde<br />
bulunabilir ve bulundukları ortamın n koşullar<br />
ullarına göre g<br />
kuru, nemli veya<br />
donmuş halde olabilirler.<br />
• Bununla beraber ilgili organik materyaller müzelerde, medikal ve<br />
özel<br />
koleksiyonlar ile sanat müzelerindem<br />
de bulunabilir.<br />
• Bir hayvan ya da bitkiden örnekleme yapmak daha kolaydır r ama<br />
yine de bu, kaynağı<br />
ğın n genetik özelliklerine bağlıdır. ( modern insan<br />
DNA’sı tarafından<br />
çok fazla miktarda kontamine olmuş olabilir veya<br />
PCR için i in inhibe edici özellikte olabilir)<br />
• Bakteriler ve virüsler
Çalışacak mı?<br />
• aDNA’nin<br />
ekstraksiyonu işleminin başar<br />
arılı olması örneğin yaşı<br />
şına ve<br />
daha da önemlisi<br />
ölümünden itibaren maruz kaldığı<br />
çevreye<br />
bağlıdır.<br />
• Depürinasyon<br />
rinasyon, aDNA yapısının n bozulmasına yola açan a an en önemli<br />
faktörd<br />
rdür; r; yapıda kırılmalar k<br />
ve riboz halkasının n zarar görmesi g<br />
söz s<br />
konusudur.<br />
• DNA degradasyonunun oranı:<br />
- Ortamın n sıcakls<br />
caklığına<br />
- Nisbi neme<br />
- Ve eğer e er örnek gömülüg<br />
ise toprağı<br />
ğın pH’ına<br />
bağlıdır.<br />
• DNA ekstraksiyon işlemi, DNA ile birlikte, PCR reaksiyonunu inhibe<br />
edecek bazı<br />
kimyasalları<br />
da ekstrakte<br />
eder. Tüm T m bu faktörlerin<br />
birleşimi imi kalınt<br />
ntıların n kaba morfolojileri üzerine etkilidir.<br />
• Eğer iskelet ve diş kalınt<br />
ntıları hafif basınç altında parçalan<br />
alanıyorsa, bu<br />
kaynaklardan amplifiye edilebilir yani intakt haldeki DNA’yı elde etmek<br />
zor veya olanaksızd<br />
zdır.<br />
Örnek (diş, , kemik gibi), mineralize olması<br />
dışındaki durumlarda, ne kadar sertse analizler için i in intakt haldeki<br />
DNA’nın n bulunma ve elde edilme olasılığı<br />
ığı o kadar yüksektir. y
• Aminoasitlerin sağ el konformayonu/sol el konformasyonu, örnek<br />
içinde inde DNA’nın n olma olasılığı<br />
ığını gösterir.<br />
Şöyle ki;<br />
- Bu oran yüksek y<br />
ise intakt haldeki DNA miktarı az demektir.<br />
- Oran nispeten düşük d k ise intakt haldeki DNA’nın n bulunma<br />
olasılığı<br />
ığı kesin olamamakla birlikte önceki duruma göre g<br />
daha<br />
yüksektir.<br />
• Kemiğin<br />
in kollojen içeriği de örneğin ne durumda olduğunu unu anlamamız<br />
için in bir işarettir. i<br />
• Bir bölgede b<br />
bulunan insan kalınt<br />
ntılarına ait DNA için i in başka bir test<br />
yöntemi de aynı bölgedeki<br />
hayvan kalınt<br />
ntıları üzerinde<br />
çalışmaktır. Bu,<br />
o bölge b<br />
koşullar<br />
ulları altında<br />
aDNA’nın ne kadar korunduğuna una dair hedef<br />
DNA’ya zarar vermeden fikir sahibi olmamızı sağlar.
Örneğe e yapılan<br />
ön n muameleler:<br />
Kontaminasyon:<br />
• Plastik malzemeler ve DNA’nın ekstraksiyonu işleminde<br />
kullanılan<br />
lan çözeltilerden,<br />
• İskelet kalınt<br />
ntıları ile çalışılırken kullanılan lan bazı standart<br />
işlemlerden (jelatin içeren i<br />
tutkalla stabilize işlemi i<br />
gibi)<br />
• Modern insan DNA’sından<br />
• Başka organizmalara ait DNA’lardan kaynaklanabilir.
Kontaminasyona karşı<br />
şı;<br />
• Örnek yüzeyinin y<br />
zımpara z<br />
ile uzaklaştırılmas<br />
lması<br />
• Kısa dalga boylu UV ışığı (254 nm)<br />
• Çamaşır r suyu<br />
• Asit ile muamele etmek<br />
• aDNA<br />
analizlerinin yapıld<br />
ldığı<br />
laboratuarlar moleküler ler analizlerinin<br />
yürütüldüğü diğer laboratuarlardan ayrı tutulmalı<br />
• Korumalı giysiler (özel(<br />
başlıklar, galoşlar, lar, eldivenler ve yüz y z maskeleri<br />
gibi) kullanılmal<br />
lmalı<br />
• Laboratuar yüzeyleri y<br />
sterilize edilmelidir.
DNA Ekstraksiyonu:<br />
Bu işlemle i<br />
DNA, hücrelerden h<br />
veya hücre h<br />
kalınt<br />
ntılarından<br />
çözelti içine i ine alınır.<br />
Tipik bir ekstraksiyon tamponu:<br />
• TrisHCl<br />
• EDTA : Kalsiyum iyonlarını bağlayarak hücre h<br />
duvarını yıkar.<br />
• Bir sodyum ya da potasyum tuzu: : Serbest nükleik<br />
asitlerin<br />
kararlılığı<br />
ığı için in izotonik bir ortam oluşturur.<br />
• Proteinaz K : Proteinleri parçalar<br />
alar<br />
• İyonik olmayan bir deterjan : Tamponun ve DNA’nin<br />
kararlılığı<br />
ığı<br />
için. in.
DNA İzolasyonu:<br />
Hücre yığıy<br />
ığınından ndan DNA izole edebilmek için, i in,<br />
genellikle fenol-kloroform<br />
ekstraksiyonu kullanılır.<br />
Şu u noktalara çok dikkat edilmelidir;<br />
• Fenolün çok az miktarları bile Taq polimeraz’ın<br />
tümünü inhibe edebilir.<br />
• Organik fazdan, sıvı s (akış<br />
ışkan) fazı ayırırken<br />
rken<br />
geride az miktarda sıvıs<br />
faz bırakmak b<br />
tavsiye<br />
edilir.
DNA Konsantrayonu:<br />
DNA’nın n konsantre edilmesi ve saflaştırılmas<br />
lması<br />
etanol çökt<br />
ktürmesi<br />
veya etanol ile yıkamay<br />
ile<br />
yapılır.<br />
• 2/3 = Etanol/ DNA solüsyonu syonu oranı çökt<br />
ktürme<br />
için in uygundur ve iyi sonuç verir.<br />
• Sıvı faz içinde i inde DNA’yı santrfüj kullanarak<br />
mekanik olarak çökt<br />
ktürmek
İlave Saflaştırma<br />
İşlemleri:<br />
• Silika-guanidinum<br />
thiocyanate: DNA’nın,<br />
n, GuSCN baskısı<br />
altında<br />
matrikse (silika jel) seçici olarak bağlanmas<br />
lanması ile<br />
gerçekle<br />
ekleşir.<br />
• Elektroforez: DNA ile birlikte izole edilmiş bileşiklerden<br />
iklerden<br />
DNA’nın n ayrımı sağlanabilir. Tuzlar ve topraktan<br />
kaynaklanan maddeler veya başka asit içeren i<br />
kaynaklar<br />
agaroz jelde etidyum-brom<br />
bromür r varlığı<br />
ığında yeşil<br />
il-mavi<br />
floresans verir. DNA ise portakal rengi florosans verir ve<br />
kolaylıkla kla ayırt edilir. Bu bölge b<br />
(portakal renkli bölge) b lge)<br />
kesilir, eritilir ve yeniden ekstrakte edilir.
PCR İnhibisyonu:<br />
• Fenol-kloroform yerine silika-GuSCN<br />
GuSCN’ın<br />
kullanılmas<br />
lması<br />
• İnhibitörlerin bağland<br />
landığı<br />
BSA’nın (Bovine<br />
Serum<br />
Albümin) ilave edilmesi<br />
• Örnekleri<br />
proteinaz K veya kollojenaz ile<br />
muamele etmek veya NaOH ilavesi bu problemi<br />
ortadan kaldırır r veya minimize eder.
Önemli<br />
Markerlar:<br />
• hem Y ve hem de X kromozomunda bulunan fakat çok<br />
farklı sekanslar içeren i<br />
Amelogenin geni<br />
1. fragment boyutuna<br />
2. sekans farklılıklar<br />
kları<br />
• mikrosatellitler, , sadece X’te<br />
veya sadece Y’de<br />
bulunan<br />
bölgelerdir.<br />
• mtDNA üzerindeki<br />
cyt b geni tür r tayini için i in kullanılabilir.<br />
labilir.
Kadınlar erkeklerden bir adım önde!<br />
• Günümüzde yaşayan<br />
ayan<br />
kadınlarla<br />
aynı temel<br />
genetik özelliklere sahip<br />
olan maternal atalarımızın<br />
evrim sürecinde s<br />
karşı<br />
karşı<br />
şıya geldikleri erkekler<br />
ilkel bir Y kromozomuna<br />
sahipti.<br />
• En yakın paternal<br />
atalarımızın n günümüzden<br />
g<br />
59.000 yıl y önce, fakat<br />
maternal<br />
atalarımızdan<br />
84.000 bin yıl y l sonra<br />
görüldükleri bulundu.
Neandertaller ve modern insanlar<br />
Yeni deliller Neandertaller ile<br />
modern<br />
insanların,<br />
n,önceden nceden<br />
düşünüldüğü gibi farklı türler<br />
olmadığı<br />
ığını, , birlikte<br />
evrimleştiklerini ve hatta<br />
üreyebildiklerini<br />
göstermektedir. Dr. Andrew<br />
Kramer, , bu iki grubun<br />
bireylerine ait kafatasları<br />
üzerinde<br />
ölçümler ve analizler<br />
yaptı.<br />
Sonuçlar, bu iki populasyonun<br />
Akdeniz’in<br />
in doğusunda<br />
birbirleriyle<br />
karış<br />
ıştıklarını<br />
ve<br />
aslında tek bir türün t n bireyleri<br />
olduklarını gösterdi.
Yakın n bir zamanda modern insan<br />
ve Neandertal<br />
özelliklerine sahip<br />
olan genç bir erkeğin iskeleti<br />
bulundu. İskelet yaklaşı<br />
şık k olarak<br />
25.000 yılly<br />
llıktı. . Yüz Y özellikleri<br />
Homo<br />
sapiens<br />
’te<br />
olduğu u gibiydi fakat<br />
güçlü kol ve bacaklara ve<br />
neandertal gövdesine sahipti.<br />
Bu ayını zamanda<br />
modern<br />
insanların<br />
n ve neandertallerin<br />
üreyebildiklerini de gösteriyordu.<br />
g
Bulunabilmiş En Eski DNA<br />
Bu konuda rekor kıran k<br />
örnekler<br />
400.000 yıl y önce<br />
Sibirya’da var olan<br />
bitkilerden elde edildi.<br />
Analizler sonucu, en az 19<br />
bitki familyasına ve tabii<br />
ki mamut, bizon ve at gibi<br />
herbivor hayvanlara ait<br />
DNA sekansı yapıld<br />
ldı.
60 bin yıl y önce<br />
öldüğü<br />
tahmin edilen, modern<br />
anatomik özelliklere sahip<br />
ve şu u anda olmayan bir<br />
genetik soydan gelen<br />
Mungo Man Avustralya’da,<br />
şu u anda kuru olan, Mungo<br />
gölü civarında bulundu.<br />
ANU’dan<br />
evrimsel genetikçi<br />
Simon<br />
Eastial<br />
Mungo<br />
Man’in<br />
DNA’sını 45 yaşayan<br />
ayan<br />
aborjin,<br />
, dünyand<br />
nyanın n birçok<br />
yerinden 3453 insan, 2<br />
Avrupalı<br />
Neandertal,<br />
şempanzeler,<br />
bonobolar ve<br />
cüce ce şempanzelerin<br />
DNA’sıyla karşı<br />
şılaştırdı.<br />
MUNGO MAN
Croatia’da<br />
bulunan ve<br />
bir zamanlar<br />
Neandertallerin<br />
yaşad<br />
adığı<br />
bir<br />
mağaradan aradan elde edilen<br />
bu ayı kafatasından<br />
nukleer DNA elde<br />
edilmiş ve sekansı<br />
yapılm<br />
lmıştır.<br />
Nendertal<br />
DNA’sına ait sekanların<br />
da yapılmas<br />
lması umut<br />
edilmektedir.
Almanya’nın ünlü<br />
Feldhofer<br />
Neandertaline ait<br />
bacak kemiği i ile<br />
yapılan<br />
çalışmalar<br />
sonucu mtDNA<br />
sekanslarının<br />
modern<br />
insanınkinden<br />
nkinden çok<br />
farklı olduğu<br />
bulundu.
1991 yılının y n Eylül l ayında, Alp’lerin<br />
lerin Oetzal bölgesinde,<br />
eriyen buz içinde, i inde, donmuş bir beden bulundu. Yapılan<br />
radyokarbon<br />
analizleri sonucu bu kişinin<br />
inin ölümünün<br />
üzerinden 5300 yıl y l geçti<br />
tiği i açığa<br />
ığa çıktı.
Change language