Osa 2. Suomenajokoirien BLUP-indeksit

SuomenajokoirienBLUP-indeksitMMT Anna-Elisa LiinamoKotieläintieteen laitos,Helsingin yliopisto

Asiaa Osa 1: Indeksilaskennan yleiset perusteet Mikä on indeksi ja mikä on BLUP Miksi niitä lasketaan Miten niitä lasketaan Miten niitä käytetään Osa 2: Suomenajokoirien BLUP-indeksit

Osa 1. Mitä (BLUP-)indeksit ovat?Näetkö, tuolla siallaon tosi kovat geenit!Aika karju!BLUP

Indeksi Kielitoimiston sanakirja: ”(Tilastollista) muutosta ilmaiseva suhdeluku” Indeksejä on monenlaisia: Kuluttajahintaindeksi Dow Jones –indeksi UV-indeksi Jalostusindeksi

Jalostusindeksi Lukuarvo, jonka on tarkoitus kuvata eläimen arvoa jalostukseen Ei mitään yleistä laskentamenetelmää Koirilla käytetty monenlaisia laskentakaavoja Yksinkertaisimmillaan esim. koiran jälkeläisten koetulosten keskiarvo Suomenpystykorvien epi-lukuepio* 1+epiv*0,5+epiiv*0,25+epiiiv*0,125+epiiiiv*0,0625

BLUP-indeksi Best Linear Unbiased Prediction = ”Nasevin Arvio Sonnin Todellisesta Arvosta” Tilastollinen laskentamalli eläinten (ei vain sonnien!) jalostusarvolle,joka korjaa tuloksiin vaikuttavia ympäristötekijöitä hyödyntää eläimen kaikkien sukulaisten tulokset systemaattisesti BLUP on paras saatavilla oleva menetelmä eläinten jalostusarvojenarviointiin

Miksi indeksejä lasketaan?Ostaisitkotästä hyvänsiansäkissä?(Tästä eteenpäinindeksi = BLUP!)

Miksi indeksit? Koira periyttää vain geeninsä jälkeläisilleen, ei omaa ilmiasuaan Jos ympäristö vaikuttaa ominaisuuteen, koiran ilmiasu ≠ koirangeneettinen taso BLUP-indeksi on ennuste koiran geneettisestä tasosta =jalostusarvosta

Mille ominaisuuksille? Ominaisuuteen vaikuttaa monta geeniä = kvantitatiivinen/polygeeninen Vaikea kehittää geenitestiä Ympäristön muokkaava vaikutus suuri Oma ilmiasu ei kerro geneettisestä tasosta Käytännössä: Aineistoa kerätään rutiininomaisesti Aineiston perusteella löytyy riittävästi perinnöllisiä eroja koirien välillä

Toistaiseksi Suomessa Suomenajokoirien ajokoetulokset Lonkka- ja kyynärdysplasia eri roduilla Tulossa lähiaikoina: Hirvikoirien hirvikoetulokset; suomenajokoirien näyttelytulokset,säkäkorkeus ja luonne Mahdollisesti: Luonnetesti, kanakoirien koetulokset, noutajienmetsästyskoetulokset, suomenpystykorvien epilepsia Muita???

Mitä hyötyä? Koiran perinnöllinen taso paremmin esiin: Ympäristön vaikutus korjataan Parituskumppanin taso korjataan Jalostusvalinnan vaikutus korjataan Jalostusvalinta koiran perinnöllisen tason perusteella =luotettavampaa Nuoret koirat!

Miten indeksejä lasketaan?

Mitä tarvitaan? Tietoa Sukulaisuudet Kiinnostavat ominaisuudet Taitoa Tutkija – alkuvaiheen kehitystyöhön Tilastollisia ohjelmia Tietokone

Miten lasketaan? Ensimmäinen vaihe Mitkä (ympäristö)tekijät vaikuttavat ominaisuuteen? Toinen vaihe Kuinka paljon ominaisuudessa on perinnöllistä vaihtelua? Kolmas vaihe Edellisten perusteella indeksilaskentamallin kehittäminen japäivitysrutiinin luonti

”Laskentakaava” eli sekamalliyhtälöryhmä⎡⎢⎣XZ''XXZ'ZX'+ZαA−1⎤⎡⎥⎢⎦⎣ba⎤⎥⎦=⎡⎢⎣XZ''yy⎤⎥⎦a = eläinten jalostusarvot sisältävä vektorib = ominaisuuteen vaikuttavat ympäristötekijät sis. vektoriy = fenotyyppiset havainnot ominaisuudesta sis. vektoriX, Z = kerroinmatriiseja, jotka yhdistävät fenotyyppiset havainnot oikeisiinympäristötekijöihin ja jalostusarvoihinA -1 = eläinten väliset sukulaisuussuhteet sis. matriisiα = kuinka suuri osa eläinten välisistä eroista on perinnöllisiä

Indeksin tietolähteetEmän sukulaistentuloksetIsän sukulaistentuloksetEmäntuloksetIsäntuloksetPuolisisarustentuloksetTäyssisarustentuloksetOmattuloksetPuolisisarustentuloksetJälkeläistentuloksetOmien jälkeläistentuloksetParituskumppanintuloksetJälkeläistentulokset

YmpäristövaikutuksetTuloksista korjataan ei-perinnöllisten, mutta tuloksiin vaikuttavientekijöiden vaikutus: Lonkat: sukupuoli, syntymävuosi, kuvausikä, kasvattaja, pentue, kuvaavaeläinlääkäri, arvostelija… Koetulokset: sukupuoli, keli, ikä, koekuukausi, koevuosi, koepaikka, tuomari… Vaikuttavat tekijät riippuvat ominaisuudesta, rodusta, populaatiosta jne. = valitaansopivimmat laskentaanEhto: oltava tallennettua tietoa! Esim. ei löydy toistaiseksi tarkkaa paikkatietoa, useita olosuhdetietoja,kasvuaikaista ruokintaa jne.

Indeksien standardointi Kunkin rodun keskiarvo on 100 Indeksit eivät vertailukelpoisia eri rotujen välillä! Mitä suurempi indeksi, sitä korkeampi jalostusarvo = koirangeneettinen taso 70% koirista välillä 90-110 Alle 80 ja yli 120 enää noin 5% koirista

Miten indeksejä käytetään?Luulet vain…Löysin sen,täydellisenjalostuselikon!

Perussääntö Nartun ja uroksen indeksien keskiarvo yli 100 = tulevan pentueen odotusarvo = tuleva pentue rodun keskiarvoa parempi huom. geneettinen taso, ei välttämättä ilmiasu! Esimerkiksi: Narttu 105 uros > 96 (mieluiten >> 100!) Narttu 80 uros > 121 (mieluiten toinen narttu!)

Indeksin saavat koirat Laskennassa: Kaikki koirat, joilla oma tulos Kennelliiton/rotujärjestön tietokannassa Lisäksi näiden koirien kaikki sukulaiset suoraan ylenevässä polvessa Julkaistut indeksit: Rotuyhdistys saa päättää mitkä lasketuista indekseistä myösjulkaistaan- Yleensä kaikki- Mahdollista myös rajoittaa esim. arvosteluvarmuuden suhteen

Mitä tarkoittaa ”100”? Koira on oikeasti rodun keskiarvoa Keskiarvo voi vastata erilaista ilmiasua eri roduissa! Esim. lonkissa collie 100~A, bernhard 100~D Tai: koirasta ei löydy (vielä) paljon tietoja Lähtöoletus: koira on keskitasoa Indeksin ”turvamekanismi” sallii suuret poikkeamat vasta kun koirastariittävästi tietoa

Parituskumppani Indeksilaskenta ottaa huomioon myös parituskumppanin tason Huono narttu ei heikonna hyvän uroksen indeksiä ja päinvastoin Toisaalta huonon nartun indeksiä ei voi nostaa ”keinotekoisesti”huippu-uroksella ja päinvastoin!

Vertailukelpoisuus Indeksit ovat täysin vertailukelpoisia saman rodun sisällä Voi verrata suoraan eri sukupuolia, eri ikäisinä kuvattuja/kilpailleitakoiria, eri sukupolviin kuuluvia koiria jne. Indeksejä ei voi vertailla eri rotujen välillä Laskenta aina rodun sisällä roduilla eri keskiarvot, korjaavat tekijätjne.

Arvostelun luotettavuus BLUP-indeksi on aina luotettavin mahdollinen ennuste koiranjalostusarvosta Vähintään yhtä hyvä kuin oma ilmiasu Sukulaistietojen käyttö, ympäristökorjaukset jne. yleensä paljonluotettavampi Silti arvosteluvarmuus ei indekseilläkään ole (yleensä) 100% Riippuu ominaisuuden periytyvyydestä Riippuu käytettävissä olevien tietojen määrästä Arvosteluvarmuus vaihtelee välillä 0-1 (eli 0 – 100%) 0 = ei mitään tietoa koiran jalostusarvosta 1 = täydellisen luotettava tieto koiran jalostusarvosta

Arvosteluvarmuusilmiasun perusteella(BLUPilla siis korkeampia kuin nämä)Tulokseth 2 = 0,10h 2 = 0,25h 2 = 0,50isä tai emä0,160,250,35isä+emä0,230,350,501 oma+1 jälk.0,350,530,731 oma+i+e0,380,570,761 oma+5 jälk.0,440,630,791 oma+40 jälk.0,730,870,93metsästyskoetulokset näyttelytulokset lonkat

”Pimitetyt” tiedot Indeksin luotettavuus perustuu täysin aineiston luotettavuuteen Mukana oltava tuloksia mahdollisimman kattavasti kokopopulaatiosta Mukana oltava sekä hyvät että huonot tulokset! Mukana oltava mahdollisimman systemaattisesti tietoa myöstärkeimmistä vaikuttavista ei-perinnöllisistä tekijöistä Sukupuun kautta lisätietoa vähentää ”pimityksen” tehoa Tuloksen puuttuminenkin voi olla tulos!

Lisää tietoa: Koiramme 1/2006 (peruslehti) s. 69-74 Katariina Mäki: Indeksien käyttö koiranjalostuksen apuna laajenee www.koiranjalostus.fi/blupit.html Kotieläinjalostus - Gummerus Kirjapaino Oy/SKJO, 1999. Esa Mäntysaari: Jalostusarvojen ennustaminen (kappale 5. s. 164-208)

Osa 1: Kysymyksiä??”Anteeksi, saanko poistua luokasta? Aivoni ovat jo ihan täynnä.”

Osa 2. Suomenajokoirien BLUP-indeksit Mille ominaisuuksille Mitä korjataan Mikä on perinnöllisyys Mikä on arvosteluvarmuus Ongelmat ja tulevaisuuden tuotekehitys

Metsästysominaisuudet Hakupisteet Ajopisteet ja ajotaito Haukkupisteet Hakulöysyys ja herättely: on/ei (Ajolöysyys??) Metsästysinto Kokeisiintulo Kokeisiintuloikä

Muut ominaisuudet Näyttelyn laatuarvostelu Säkäkorkeus Luonnearvostelu (Lonkat) Laskenta kuten ennen, Katariina Mäen kehittämällä indeksillä

Mitä korjataan? Metsästysominaisuudet yksittäisistä kokeista: Sukupuoli Koekausi ja koekuukausi Keli (paljas/lumi) Ikä (vuosina) Olosuhteet: paras vaihtoehto vielä työn alla- Ennen: Alue (Suomi 5 luokassa)- Nyt: Kennelpiiri tai paikkakunta tai kokeen järjestysnumero taikokeen palkitsemisprosentti- Maasto- Muut olosuhteet: lämpötila, lumen paksuus jne.??

Mitä korjataan? Metsästysominaisuudet kausiyhteenvetoina: Sukupuoli Syntymäkuukausi Syntymävuosi

Mitä korjataan? Muut ominaisuudet: Sukupuoli Kilpailuluokka (juniori, nuoret, avo/valio, käyttö, veteraani) Tuomari

Ominaisuuksien periytyvyydet (1)OminaisuusHakupisteetAjopisteetAjotaitoHaukkupisteetMetsästysintopisteetHakulöysyys ja herättelyKokeisiintuloKokeisiintuloikäPeriytymisaste %71310136121429Toistuvuus %101916321625----

Ominaisuuksien periytyvyydet(2)OminaisuusPeriytymisaste %Toistuvuus %Laatuarvostelu2151Säkäkorkeus5677Luonne1358

Arvosteluvarmuus Jokaisen koiran jokaiselle erilliselle indeksille julkaistaan myös senarvosteluvarmuus Eli kuinka luotettavasti indeksi kuvaa koiran jalostusarvoa Riippuu ominaisuuden periytymisasteesta eli jalostusarvon arvioinnin”helppoudesta” sekä koirasta löytyvän tiedon määrästä- Omat tulokset: useampi tulos parantaa arvostelua jonkin verran- Sukulaisten tulokset: erityisen tärkeä alhaisen periytymisasteenominaisuuksissa Vaihtelee välillä 0-1 eli 0 – 100 % 100 % = tiedämme täysin varmasti koiran jalostusarvon indeksinperusteella 0 % = indeksi on täysi arvaus koiran jalostusarvosta- Lähinnä (vanhat) koirat joilla ei omia tuloksia ja hyvin vähänsukulaisten tuloksia

Esimerkki indekseistä: näyttelyn laatuarvosteluNimiIndeksiArvosteluvarmuusOmia tuloksiaJälk. tuloksiaHallakorvenJili1480,80573AmpujantienSani1400,781145HallakorvenTaru1400,76914Ajoilon Nitti1390,72464Lola1380,687-HallakorvenRemu1380,761516HallakorvenRaiku1380,714-

Aikataulu Nyt työn alla: indeksilaskennan viimeistely (metsästys ja ”näyttely”) Mallitus: olosuhteet Laskettujen indeksien tarkistukset Laskentarutiinien hiominen käytäntöön Tulevaisuus: Metsästys- ja ”näyttely”indeksit syksyn aikana rutiinilaskentaan SAJ:lle kevään 2006 tulokset sis. indeksit käytössä jalostusneuvontaan Jatkossa indeksien päivitys 2-3 krt/vuosi (vuodenvaihteessa, kaudenpäätteessä, mahd. syksyllä erit. näyttelytuloksille) Lonkkaindeksin päivitys jossain vaiheessa: arvosteluvarmuus Tarpeen mukaan laskentarutiinin seuranta ja päivitys Uusien sääntöjen aineisto: luotettavampi kun kertyy lisää Erityisesti intoindeksit tulevat tarkentumaan tulevaisuudessa!

Osa 2: Kysymyksiä??Tää luento onnys si loppu!Hyvä..En kyllä olisjaksanu enääyhtään enempää..!