semestre - Université Paris Diderot-Paris 7

Master Biogéomédia : production et diffusion des savoirs
scientifiques
Spécialité Biogéo Année M1
TRONC COMMUN : 30 CREDITS
UE « Anglais pour étudiants scientifiques » (3 crédits, 1er
semestre)
Résumé du programme :
1 - Faire un exposé en anglais sur un sujet scientifique;
2 - Rédiger une étude de texte dans un anglais scientifique;
3 - Soutenir une conversation supposant un bon niveau de compréhension orale;
4 - Lire couramment un texte scientifique;
5 - Maîtriser suffisamment la grammaire anglaise pour exprimer clairement ses idées.
Compétences visées : cf. ci-dessus.
Modalités de contrôle des connaissances : Contrôle continu
UE « Concepts et méthodes de la diffusion des savoirs
scientifiques » (3 crédits, 1 er semestre)
Responsable : Baudouin JURDANT
Résumé du programme :
Les savoirs scientifiques donnent lieu à une diffusion publique à travers les médias.
L’enseignement vise à retracer succinctement l’histoire de cette diffusion et à poser les
problèmes épistémologiques, linguistiques et didactiques qu’elle pose aussi bien au niveau de
la production des messages qu’au niveau de leur réception.
Compétences visées :
- Connaissance des principaux thèmes scientifiques portés par l’actualité des médias ainsi que
de leurs enjeux économiques, sociopolitiques et éthiques.
- Connaissance des problèmes qu’ils peuvent susciter au niveau de leur diffusion dans le
grand public.
- Prise de notes, rédaction d’un compte-rendu sous forme d’article.
Modalités de contrôle des connaissances : 50% contrôle continu, 50% examen terminal sur
table
1

UE « Ecologie - Ecosystèmes » (3 crédits, 1 er semestre)
Responsables : Isabelle DAJOZ et Jérôme GAILLARDET
Résumé du programme :
Cours :
- Concept d'écosystème, de niche écologique, structuration des espèces dans les
processus fonctionnels, flux de matière et d’énergie dans les écosystèmes, notion de
cycles des nutriments, de cycles biogéochimiques.
- Evolution des écosystèmes: évolution géologique des écosystèmes, le facteur temps et
les écosystèmes
- Biodiversité et fonctionnement des écosystèmes: pourquoi tant d'espèces, quels rôles
de la diversité dans les processus écosytémiques, propriétés émergentes de la diversité.
TP-TD :
TD: Rôle fonctionnel de la biodiversité.
TP-TD : Successions écologiques ; contraintes agissant sur les flux de matière et d’énergie (1
journée de terrain + séance de préparation + séance de restitution)
Compétences visées : vision synthétique de la structure et du fonctionnement des
écosystèmes, à la fois d'un point de vue biologique que d'un point de vue géochimique
(enseignement réalisé conjointement par des biologistes et des géologues).
Modalités de contrôle des connaissances : 50% séance restitution de la journée de
terrain, 50% examen final.
UE « Génétique et Biologie moléculaire » (6 crédits, 1 er semestre)
Attention ! en 2005-2006, les étudiants ayant déjà fait de la génétique en L3(Licence) sont
dispensés de cette UE. Cette année, cette UE est destinée uniquement aux étudiants de
l’option Média, qui n’ont pas fait de génétique en L3 (Licence).
Responsable : Anne PLESSIS
Résumé du programme :
Cet enseignement a pour objectif de donner aux étudiants de cette filière des bases en
génétique et en biologie moléculaire nécessaires à une meilleure compréhension des enjeux
actuels de la génétique dans notre société. De plus, son contenu recouvre une partie des
programmes actuels de génétique et de biologie moléculaire au CAPES et à l’agrégation
(programme général) de SVT.
Il porte sur l’étude des génomes: leur composition, leur organisation, leur réplication, les
mutations, les mécanismes de la recombinaison homologue et enfin les modalités
d’expression des gènes. Afin de favoriser une approche intégrée, les thèmes abordés vont de
l’ADN aux populations. L’accent sera mis sur la comparaison procaryote-eucaryote ainsi que
sur les aspects évolutifs. En parallèle, un enseignement aura lieu sur différents aspects
méthodologiques qui incluent la présentation des principaux organismes modèles ainsi que le
génie génétique (du clonage moléculaire à ses principales applications). Une large part est
donnée aux travaux pratiques qui permettent à la fois d’ancrer les connaissances dans le
concret et d’initier à des pratiques expérimentales.
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Compétences visées :
Différents M2 du Master "Sciences et Applications », mention « Biosphère, Géosphère et
médiasphère, production et diffusion des savoirs scientifiques »
Modalités de contrôle des connaissances : CC, examen final écrit et oral.
UE « Géologie de l’environnement » (3 crédits, 1er semestre)
Responsable : Magali ADER
Résumé du programme :
Conférences sur des problèmes de sciences de la terre ayant des impacts sociétaux forts en
commun avec la préparation au CAPES de SVT Paris 7:
Risques géologiques (volcaniques, sismiques, hydrologiques)
Evolution du climat, effet de serre
Séquestration du CO2 sur Terre
Evolution de l’Homme
Les crises au cours de l’histoire de la Terre
Les ressources énergétiques sur Terre (pétrole, charbon, uranium...)
Compétences visées : culture générale en sciences de la terre des étudiants de l'option
"MEDIA"; sensibilisation à des problèmes géologiques d'intêret général. Implication des
étudiants dans la préparation de « congrès masteral ».
Modalités de contrôle des connaissances : Examen terminal
UE « Stage » (12 crédits, 2ème semestre)
Responsables : divers responsables de stages
Résumé du programme : Stage en laboratoire, entreprise, collectivité territoriale ou
établissement de l’enseignement secondaire (suivi d’un enseignement de didactique)
Compétences visées : prise de contact avec le futur environnement professionnel de
l’étudiant
Modalités de contrôle des connaissances : rédaction d’un mémoire
Pour les étudiants du parcours « Enseignement secondaire SVT », l’UE Stage est divisée en 2
parties :
- Un mémoire bibliographique (6 ECTS, S2), responsables : Roland Vernet et Magali Ader
- Une UE de Didactique et épistémologie des SVT (6 ECTS, S2), avec un stage en
établissement d’enseignement, responsables : Robin Bosdeveix et Gaston Godard
Des séminaires et un congrès mastéral regrouperont
l’ensemble des étudiants du Master au 2 ème semestre
(dans un cadre informel pour les étudiants de la spécialité Biogéo)
3

UE « Séminaires de biologie et congrès mastéral » (3 crédits, 2 ème
semestre)
Responsable : Robin BOSDEVEIX, Baudouin JURDANT et Thierry
LEFEVBRE
Résumé du programme :
1) Conférences de biologie sur des problèmes de biologie ayant des impacts sociétaux
forts (les OGM, le cerveau, obésité et diabètes, les maladies émergentes (SIDA, prion,
...)en commun avec la préparation au CAPES de SVT Paris 7
2) Congrès masteral organisé par les étudiants : Exposés scientifiques par binôme
encadrés par un tuteur sur des sujets scientifiques au choix. Organisation d’une
journée de séminaire scientifique réalisée par les étudiants et ouverte aux autres cursus
(spécialité BIOGEO, prépa CAPES, autres mentions de masters...)
Compétences visées : culture générale en sciences de la vie et de la terre des étudiants de
l'option "MEDIA"; sensibilisation à des problèmes biologiques géologiques d'intérêt général.
Implication des étudiants dans la préparation de « congrès mastéral ».
Modalités de contrôle des connaissances : Examen terminal et oral (exposé du
congrès masteral)
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SPECIALITE « BIOGEO »
UE OBLIGATOIRES POUR TOUS LES PARCOURS DE LA
SPECIALITE BIOGEO : 9 CREDITS
UE « Stage de terrain de biologie et géologie » (3 crédits, 1 er
semestre)
Responsables : Isabelle ARNULF et Gaston GODARD
Résumé du programme :
• Biologie
Etude de trois faciès de milieux côtiers actuels : faciès sableux (dunes), faciès vaseux (slikke
et schorre), faciès rocheux (falaise et étagement des organismes marins végétaux et animaux
dans un estran rocheux)
• Géologie
* Etude de milieux côtiers fossiles : sédimentation cambrienne à May sur Orne et Carteret,
récifs dévoniens de Baubigny, sédimentation jurassique à Luc sur Mer
* Reconstitution de l’histoire géologique d’une région, à l’interface du Bassin Parisien et du
Massif Armoricain : traces de l’orogénèse Icartienne à Ecalgrain, granodiorite hercynienne de
Flamanville et métamorphisme associé, discordances de la vallée de la Laize
Compétences visées : Renforcement des connaissances en biologie (systématique),
écologie (étude de différents milieux) et sciences de la terre. Acquérir les méthodes de
biologie et géologie de terrain. Acquérir des compétences pour contribuer à l’éducation à
l’environnement des jeunes pour les futurs enseignants (niveau agrégation). Ce stage
permettra aux étudiants visant les métiers de l’environnement de percevoir la dimension de
gestion des milieux naturels côtiers.
Modalités de contrôle des connaissances : compte rendu de stage
UE « Biodiversité et évolution » (6 crédits, 2ème semestre)
Responsables : Laure BONNAUD, Isabelle DAJOZ et Jérôme
GAILLARDET
Résumé du programme :
Cours :
- Histoire de la vie sur terre: l'apparition de la vie, évolution de la biodiversité au cours
des temps géologiques, crises d'extinction, épisodes de spéciation et phénomènes
géologiques associés. Milieux de vie primitifs et métabolismes marginaux. Notion de
fossile.
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- Génétique des populations : notion de polymorphisme et évolution, la sélection
naturelle la théorie de la sélection naturelle, la notion de plasticité, l’évolution des
systèmes de reproduction. Pourquoi et comment les adaptations, le rôle des contraintes
et du hasard.
- Biologie de la conservation, notions de ressources biologiques et gestion de la
biodiversité. Mécanismes d’extinction des populations naturelles.
- Phylogéographie et coévolution.
- Evolution des stratégies et du comportement, éthologie, notion de stratégie
évolutivement stable.
- Stratégies parasitaires animales et végétales
TP-TD:
- TD Génétique des populations
- TD Interactions biologiques ; dimension évolutive et rôle dans le fonctionnement des
écosystèmes.
- TD: Ecoethologie
- TP-TD Floristique, Systématique et Biodiversité (journée de terrain)
Compétences visées : avoir une vision du fonctionnement et de la structure de la
biosphère qui soit placée dans une optique évolutive.
Modalités de contrôle des connaissances : Examen final (70%), examen de TP-TD
(30%).
3 PARCOURS AU CHOIX
Parcours « Enseignement secondaire SVT » :
UE obligatoires :
- Ecophysiologie (3, S2)- Physiologie végétale approfondie (6, S1)
- Réponses adaptatives physiologiques et neurophysiologiques (6, S2)
- Le premier milliard d’années de la Terre (3, S1)
- Didactique et épistémologie des SVT (3, S2)
- Biodiversité et biologie intégrée des Vertébrés (3, S2)
- Attention ! 9 crédits de Sciences de la Terre en 2005-2006 communs avec le L3 « Vie
–Terre » (rattrapage du programme nécessaire pour les concours CAPES-Agrégation
suite aux changements de programme en L3 lors de la mise en place du LMD) : UE de
Paléontologie (3UE, 1 er semestre), Orogènes et bassins (3 UE, 2 ème semestre),
Géodynamique externe (3 UE 2 ème semestre)
- Les notes de ces UE ne seront pas prises en compte dans la validation du M1, mais
l’obtention de ces modules est indispensable pour l’inscription en prépa Capes à
Paris 7
Pas d’UE libres en 2005-2006, 3 en S1 OU S2 ensuite
UE conseillée : Biologie cellulaire et physiologie approfondies (3, S2)
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Parcours « Biogéosciences et Environnement »
UE obligatoires :
- Fondements physiques et biologiques de la géographie des milieux (6, S1)
- Transports sédimentaires et dynamique des paysages (3, S1)
- Biominéraux (3, S2)
- Origine de la vie sur Terre (3, S2)
UE libres : 6 en S2
UE conseillées : Cycles biogéochimiques (3, S2), Géochimie des systèmes aquatiques (3, S2),
Dynamique des milieux : risques et enjeux (6, S2), Etude intégrée d’un milieu (6, S2), Physicochimie
de l’érosion continentale (3, S2), Ecophysiologie (3, S2).
Parcours « Diversité et évolution du vivant »
UE obligatoires :
- Evolution des Embryophytes : contraintes et sélection (3, S1) NON OUVERT EN 2005-
2006
- Origine de la vie sur Terre (3, S2)
- Ecophysiologie (3, S2)
- Comportement animal (3, S1) NON OUVERT EN 2005-2006
- Biodiversité et Biologie intégrée des Vertébrés (3, S2)
UE libres (3 en S2)UE conseillées : Biologie cellulaire et physiologie approfondies (3, S2),
Physiologie végétale approfondie (6, S1), Réponses adaptatives physiologiques et
neurophysiologiques (6, S2).
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UE « Biodiversité et biologie intégrée des Vertébrés » (3 crédits,
2 ème semestre)
Responsables : Gabrielle PINGANAUD et Véronique MONNIER
Résumé du programme :
Le cours portera sur l’étude du plan d’organisation des Cordés. L’accent sera mis sur les
Vertébrés : leur organisation, les modifications liées au développement post-embryonnaire
indirect lors des métamorphoses (exemple des Amphibiens), leur phylogénie, l’évolution des
grandes fonctions (respiration, circulation et excrétion). Il sera complété par des séances de
travaux pratiques.
TP1 : Truitelle (histologie)
TP2 : Grenouille (dissection)
TP3 : De la vie aquatique à la vie terrestre (histologie)
TP4 : circulation chez les Vertébrés : de la simple à la double circulation
TP5 : respiration chez les Vertébrés (tégumentaire, pulmonaire, branchiale)
TP6 : excrétion chez les Vertébrés (pro, méso, métanéphros)
Modalités de contrôle des connaissances : Examen final, examen de TP.
UE « Biologie et physiologie cellulaires approfondies » (3 crédits,
2ème semestre)
Responsable : Franceline MARANO
Résumé du programme :
EC 1 : MICROBIOLOGIE
- Le monde microbien : place dans le règne vivant, impacts des microorganismes sur
la biosphère, méthodes d'étude de la multiplication.
- Paroi - Membrane plasmique – Endospore.
- Le métabolisme énergétique : fermentation, respiration, sources d'énergie
particulières.
- Les virus : cycle de multiplication, pénétration et réplication.
- Exploitation des microorganismes: levures et fermentation alcoolique, bactéries
lactiques, antibiotiques.
EC 2 : BIOLOGIE ET PHYSIOLOGIE CELLULAIRE
1- Le calcium intracellulaire
- Rôles physiologiques du calcium intracellulaire et régulations.
- Protéines effectrices calcium-affines.
- Fluctuations et régulation du calcium intracellulaire.
2- Le cycle cellulaire
- Le cycle cellulaire et sa régulation chez les eucaryotes.
- - Les gènes de prolifération: oncogènes et anti-oncogènes.
- - Sénescence et mort cellulaire
3- La mitochondrie
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- Les mitochondries: étude ultrastructurale et biochimique, biogénèse.
- Rôles des mitochondries dans le métabolisme intermédiaire.
- Production d'énergie par les mitochondries.
4- Le cytosquelette et la matrice extracellulaire
- Le cytosquelette et ses fonctions
- Les microtubules : tubuline et protéines associées, assemblage et désassemblage : la
notion d'instabilité dynamique, fonctions cellulaires des microtubules.
-Les microfilaments : structure, biochimie et assemblage, les protéines associées aux
microfilaments et le cortex cellulaire, l'actine et les mouvements amoeboïdes, les
interactions microfilaments.
- Les filaments de myosine.
- Les filaments intermédiaires.
- La matrice extracellulaire.
Compétences visées : Renforcement des connaissances en biologie et physiologie
cellulaire par rapport à la licence Vie et Terre dans le but de préparer ensuite l’agrégation de
sciences de la vie et de la terre
Modalités de contrôle des connaissances : examen terminal
UE « Certitudes et incertitudes dans l’Univers » (3 crédits, 2 ème
semestre) UE OPTIONELLE DESTINEE PRINCIPALEMENT
AUX ETUDIANTS DU PARCOURS Média
Responsable : André BRAHIC
Résumé du programme :
Notre vision du contenu de l’Univers et la compréhension de son évolution rapide ont
totalement changé avec les observations astronomiques récentes. Dans cette avalanche
d’informations nouvelles, certains faits indiscutables ont été mis en évidence comme la
diversité et l’âge des objets du système solaire, l’évolution des étoiles, la multitude des
galaxies. D’autres faits comme l’expansion et l’âge de l’Univers ou l’existence des trous noirs
sont largement acceptés par les scientifiques dans l’état de nos connaissances en physique.
D’autres éléments reposent sur des théories plus spéculatives comme la nature de la matière
noire, de l’énergie noire ou les scénarios d’évolution des galaxies. Savoir distinguer à chaque
étape le degré de certitude de l’information est une démarche essentielle pour toute
communication scientifique.
Après quelques notions de base sur les différents objets, planètes, étoiles, galaxies qui
animent l’Univers, et des moyens employés pour les observer, le cours développera plusieurs
exemples des certitudes et incertitudes dans notre vision actuelle de l’Univers.
• objets, temps et distances dans l’Univers
• observer à distance: ondes, particules, télescopes au sol ou spatiaux, grands projets
• la gravitation comme ciment de l’Univers (Newton, Kepler, marées, amas d’étoiles et de
galaxies, mirages gravitationnels)
• la gravitation comme moteur de l’Univers (formation des étoiles, les trous noirs et leur
environnement)
• l’âge, l’expansion et la structuration de l’Univers, la formation des galaxies
• planètes telluriques, planètes géantes et planètes errantes
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Compétences visées :
Ces phénomènes illustrent l’enchaînement des observations, des raisonnements et des
déductions qui ont abouti à la description actuelle du monde extrêmement varié qui nous
entoure. Cette unité permet l’apprentissage d’un raisonnement inductif fondé sur un petit
nombre de lois physiques rigoureuses et sur l’observation, mais sans recours à
l’expérimentation directe. Elle permet également une réflexion sur la validité et la vérification
des concepts exprimés.
Modalités de contrôle des connaissances: examen final écrit, recherches
bibliographiques évaluées sous forme de contrôle continu.
UE « Comportement animal - plasticité et évolution» (3 crédits,
2 ème semestre) NON OUVERT EN 2005-2006
Responsables : Gabrille PINGANAUD et Marie-Jeanne CORDIER
Résumé du programme :
Neuroanatomie: Le cours portera sur l’étude comparée des différents types de système
nerveux: diffus, réticulaire, hypo et épineurien, particularités des céphalopodes, - Processus de
céphalisation et cérébralisation - Anatomie comparée des systèmes visuel, statique, acoustique
et latéral.
Il sera complété par 3 séances de travaux pratiques : - Le tissu nerveux - Evolution de
l’encéphale des Vertébrés - Organes sensoriels
Ethologie
- Les groupes sociaux - Hiérarchie - Territoires - L’effet de groupe
- Les migrations animales - Déterminisme - Orientation
- La communication animale - Modalités - Rôles
- Les stratégies reproductrices - La compétition sexuelle
Compétences visées: Compléter les connaissances acquises en licence chez les
métazoaires en établissant une relation entre l’étude des bases neuroanatomiques du système
nerveux central et des organes sensoriels avec le comportement animal et les modalités de la
communication animale.
Modalités de contrôle des connaissances : Examen final.
UE « Cycles géochimiques » (3 crédits, 2ème semestre)
Responsables : Bernard BOURDON et Jérôme GAILLARDET
Résumé du programme :
- Notions de base sur les cycles des éléments
- Modèles de boîtes
- Bilan de masse à l’échelle de la Terre
- Les réservoirs terrestres
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- Temps de réponse des réservoirs géochimiques
- Flux de matière entre réservoirs, exemple des cycles du carbone, strontium, uranium,
etc.
L’objectif de ce cours est de montrer les interactions entre les réservoirs terrestres,
notamment entre la Terre interne et la Terre externe, avec la biologie.
Compétences visées :
Envisager globalement (dans le temps et l’espace) la valse des éléments sur notre planète.
Modélisation.
Modalités de contrôle des connaissances : A déterminer.
UE « Didactique et épistémologie des sciences de la vie et de la
terre » (6 crédits, 2ème semestre)
Responsables : Robin BOSDEVEIX et Gaston GODARD
Résumé du programme :
. EC 1 : Didactique des sciences de la vie et de la terre
- Les caractéristiques des SVT : évolution de la discipline et importance de cette
discipline pour les élèves
- Démarche d’enseignement par résolution de problèmes.
- La démarche scientifique
- Le statut de l’erreur dans l’apprentissage
- Les représentations initiales des élèves.
- Présentation des programmes scolaires.
- Construction d’une séquence d’enseignement par petit groupe. Préparation de
séances en vue du stage en collège –lycée et retour/analyse critique après le
stage
EC 2 : Epistémologie et histoire des sciences de la vie et de la terre
(1) Conférences générales sur l'histoire des sciences naturelles :
Quelques exemples :
- la cosmologie, de Ptolémée aux sondes spatiales;
- la protohistoire de la géologie, de l'Antiquité à Sténon;
- la grande éclosion de la stratigraphie et de la paléontologie, au XIXe siècle;
- le développement de la minéralogie et de la pétrologie, de Werner à nos jours;
- la révolution de la tectonique des plaques;
- la notion de vie ;
- La naissance de la discipline « biologie » ;
- La théorie cellulaire ;
- Les théories de l’évolution ;
- La notion de gène.
(2) Initiation aux méthodes et outils en histoire des sciences naturelles:
- les outils : catalogues papier et en ligne; bases de données bibliographiques; recherche
sur Internet; logiciels d'aide à la bibliographie et à la présentation de conférences.
- les institutions : bibliothèques spécialisées; archives; sociétés savantes et organismes.
- les méthodes : recherche bibliographique; rédaction d'articles de vulgarisation; préparation
de conférences et d'exposition.
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(3) Réalisation d'un projet personnel :
Chaque étudiant devra choisir un sujet sur un thème très ciblé de l'histoire des sciences
naturelles. Il en fera l'étude bibliographique, rédigera un article de quelques pages et
présentera une conférence sur le sujet devant ses camarades.
EC 3 : Stage en établissement secondaire
Séances d’observation et de pratique accompagnée en collège ou en lycée. Après quelques
séances d’observation de séances de cours de SVT, pratique accompagnée par la conduite
d’une séquence de classe.
Compétences visées :
Cette UE vise à construire des compétences en didactique en parallèle de l’acquisition de
connaissances scientifiques en M1. Cette UE permet aux étudiants d’acquérir du recul sur leur
discipline scientifique. Ces compétences sont nécessaire pour les étudiants souhaitant intégrer
un M2 de didactique des sciences expérimentales ou d’épistémologie ou pour ceux qui se
destinent à l’enseignement secondaire. Cette UE a, entre autres objectifs, de permettre une
véritable pré-professionnalisation progressive pendant la formation universitaire.
Modalités de contrôle des connaissances : Examen final et contrôle continu (exposé
d’une séquence à l’oral pour la didactique, rapport de stage avec analyse de la séquence
observée et menée, réalisation d’un projet avec article et conférence en histoire des sciences
naturelles).
UE « Dynamique des milieux – risques et enjeux » (6 crédits, 2 ème
semestre)
Responsables : Frédéric ALEXANDRE et Catherine MERING
Résumé du programme :
2 thèmes imposés parmi 4, selon la spécialité de la mention choisie ; stages de terrain
envisagés.
- Espaces aménagés et leur gestion
- Risques et enjeux
- Perception de la nature, pratiques de gestion et aménagement de l’espace
- Systèmes de production et ressources naturelles
Compétences visées :
Acquisitions de principes et de méthodes d’utilisation courante dans la recherche (en
biogéographie, en écologie, en agronomie …) comme dans les métiers liés à la gestion de
l’environnement.
Modalités de contrôle des connaissances CC + examen final (2/3 ; 1/3)
UE « Ecophysiologie » (3 crédits, 2 ème semestre)
Responsable : Roland VERNET
Résumé du programme :
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- Ecophysiologie: mécanismes adaptatifs aux différents milieux et bases physiologiques
de ces adaptations.
- Aspects pratiques: 1 TP de biologie animale sur la régulation hydrominérale chez une
espèce déserticole et 1 excursion d'une journée sur le terrain pour étudier la relation
des plantes avec la lumière.
Compétences visées : acquisition de notions en écophysiologie dans le cadre des
compétences nécessaires au cursus.
Modalités de contrôle des connaissances : Rapport de stage.
UE « Evolution des Embryophytes – contraintes et sélection » (3
crédits, 2 ème semestre) NON OUVERT EN 2005-2006
Responsable : Sylvie MEYER
Résumé du programme :
•Cours
* Aperçu de l'histoire évolutive des Embryophytes en relation avec la dérive des continents,
l'évolution de l'atmosphère et du climat (description ; méthodes d'étude)
* La sortie des eaux et les contraintes du milieu terrestre. Les deux principales voies
évolutives des Embryophytes.
* Les innovations de la construction et de la reproduction des Embryophytes : homologies et
homoplasies.
* Étude approfondie des innovations des Angiospermes.
* L'apport des phylogénies pour comprendre l'évolution des Angiospermes.
* Les théories sur l'évolution des Embryophytes.
* La place des Embryophytes dans les paléoécosystèmes terrestres au cours des temps
géologiques (assemblage des réseaux trophiques en milieu terrestre ; cycle du Carbone et
paléoatmosphère)
•TD/TP
TD : spéciation, mécanisme d'évolution chez les Embryophytes
TP : paléobotanique et paléoenvironnement : visite du musée de paléobotanique au MNHN.
TP : innovations de l'appareil végétatif.
TP : innovations de la reproduction : gamétophytes et sporophytes.
Compétences visées : familiariser les étudiants aux concepts d'adaptation et de contrainte,
mais aussi à une vision évolutive de la morphologie des êtres vivants. Pouvoir appliquer les
connaissances acquises à l'étude de cas.
Modalités de contrôle des connaissances : Examen final.
UE « Fondements physiques et biologiques de la géographie des
milieux » (6 crédits, 1 er semestre)
Responsables : Frédéric ALEXANDRE et Catherine MERING
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Résumé du programme :
2 enseignements au choix parmi 3; 2 à 3 jours de terrain prévus dans chaque cas
- Fonctionnement de la biosphère
- Fonctionnement et dynamique de l’hydrosphère-atmosphère
- Fonctionnement et dynamique de la surface (lithosphère-pédosphère)
Compétences visées :
Acquisitions de principes et de méthodes d’utilisation courante dans la recherche (en
biogéographie, en écologie, en agronomie …) comme dans les métiers liés à la gestion de
l’environnement.
Modalités de contrôle des connaissances : CC + examen final (2/3 ; 1/3)
UE « Génétique et Biologie moléculaire approfondies » (3 crédits,
2 ème semestre) NON OUVERT EN 2005-2006
Responsable : Myriam BOURGIN
Résumé du programme :
Cet enseignement a pour objectif un approfondissement de l'étude des mécanismes
génétiques. Il s'inscrit à la fois dans une meilleure compréhension des enjeux actuels de ces
disciplines et dans la préparation des concours du CAPES et de l’agrégation (programme
général) de SVT.
Afin de favoriser une approche intégrée, les enseignements de génétique formelle et de
génétique poulationnelle (en insistant sur les aspects évolutifs mis en jeu) sont associés. Une
première partie sur le brassage génétique lié à la sexualité recouvre les approches de
génétique formelle chez les eucaryotes et les bactéries. Une seconde partie sur les relations
entre génotype et phénotype porte sur la complexité des relations entre allèles, entre gènes,
leurs interactions avec l’environnement et enfin l'mportance de ces processus dans l'évolution.
Les bases de la génétique des populations sont abordées en illustrant les hypothèses du
modèle de Hardy-Weinberg.
Cet enseignement repose sur des cours en étroite relations avec des travaux dirigés.
Compétences visées :
Différents M2 du Master "Sciences et Applications », mention « Biosphère, Géosphère et
médiasphère, production et diffusion des savoirs scientifiques »
Modalités de contrôle des connaissances : CC, examen final écrit et oral.
UE « Géochimie des systèmes aquatiques (3 crédits, 2 ème semestre)
Responsable : Jérôme GAILLARDET
Résumé du programme :
- Généralités sur les eaux naturelles
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- Rappels de thermodynamique chimique et de cinétique.
- Réactions acide-base, oxydoréduction et complexation des métaux traces.
- Réactions aux interfaces.
- Chimie des colloides dans le milieu naturel.
- Biominéralisations.
- Cycle du carbone dans les hydrosystèmes.
- Tracages isotopiques et constantes de temps de processus.
Compétences visées :
Faire le lien entre la table pérodique des éléments et le comportement des éléments chimiques
dans le milieu naturel.
Modalités de contrôle des connaissances : A déterminer.
UE « Physico-chimie de l’érosion continentale (3 crédits, 2 ème
semestre)
Responsable : Jérôme GAILLARDET
Résumé du programme :
Ce cours fait le point sur les mécanismes physiques et chimiques qui participent à
l’élaboration des paysages et à leur évolution. Les grandes lois qui régissent l’érosion de la
matière et son exportation dans les systèmes fluviaux seront abordées et les couplages entre
l’activité interne de la Terre et son évolution en surface, particulièrement l’évolution du
climat de la Terre seront mis en évidence. Nous aborderons les processus et bilans de
l’érosion des continents à différentes échelles en maintenant constamment une approche
physique (géomorphologique) et géochimique.
Compétences visées :
Couplage entre les processus géomorphologique et les cycles géochimiques
(biogéochimiques).
Modalités de contrôle des connaissances : A déterminer.
UE « Physiologie végétale approfondie » (6 crédits, 1 er semestre)
Responsable : Jean-Pierre RONA
Résumé du programme :
ECUE 1 (2 ECTS): Approche intégrée du métabolisme des plantes
1. Photosynthèse approfondie.
2. Photoprotection (stress oxydatif).
3. Compétition entre le métabolisme « N » et la photosynthèse
4. Les métabolismes « S » et « P »
5. Les métabolites secondaires.
ECUE 2 (2 ECTS) Plantes et contraintes environnementales
1. Exemple d’interactions bénéfiques : les symbioses (5h)
15

2. Effets pathogènes
3. Contraintes physiques
4. Stress liés à un déficit en eau
TP « Fermeture et ouverture des stomates »
ECUE 3 (2ECTS) Amélioration des Plantes
1. Apport des biotechnologies à la sélection variétale
2. Schémas de sélection détaillés et filières végétales
3. Apport de la transgenèse (agronomie, santé, environnement, industrie)
4. Production de métabolites secondaires
TP « Initiation aux biotechnologies végétales «
TD « Amélioration des Plantes »
Compétences visées : Renforcer les connaissances de biologie et physiologie végétale en
insistant sur les processus complexes ayant lieu au cours du développement et du contrôle de
la morphogénèse des végétaux supérieurs. L’adaptation des plantes au milieu environnant sera
examinée en détail. Les techniques de biotechnologie végétale en amélioration des plantes
seront abordées.
Modalités de contrôle des connaissances : Présentation d’analyses d’articles (C. C.),
examen final de cours et de TP.
UE « Réponses adaptatives physiologiques et
neurophysiologiques » (6 crédits, 2 ème semestre)
Responsables : Bernard PORTHA et Yves GIOANNI
Résumé du programme :
ECUE 1 (4 ECTS) : Réponses adaptatives de l'organisme humain à l'environnement :
L'exemple des régulations métaboliques et nutritionnelles
I – Bioénergétique de l’organisme et régulations
- Régulation de la prise alimentaire
- Régulations des dépenses énergétiques : dépenses liées à la thermorégulation ; dépenses
liées à l’alimentation ; dépenses liées à l’exercice musculaire
II – Des aliments aux macronutriments et micronutriments
- Régulation de la digestion et de l’absorption intestinale
- Métabolisme des Mnutriments, du Ca, du Fer
- Métabolisme des µnutriments : vitamines et AG essentiels
III – Les adaptations aux situations extrêmes
IV – Les pathologies nutritionnelles dites de "civilisation"
- Obésités, diabètes ; Cardiovasculaires ; Ostéoporose ; Cancers
ECUE 2 (2 ECTS) : Neurophysiologie intégrée
I- Le développement du système nerveux central.
- Genèse et survie des cellules nerveuses
- Le guidage des axones vers leur cible
- Formation et régénérescence des synapses
- Rôle de l’expérience sensorielle dans la régulation de l’activité synaptique
II- Apprentissage et mémoire
- Les différents types de mémoire
- Stockage de la mémoire
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- Bases cellulaires de l’apprentissage : Plasticités à court et à long terme
III- La perception de l’environnement
- Extéroception : l’audition ; la somesthésie ; la douleur ; la gustation et l’odorat
- Intéroception : la proprioception ; l’équilibration
- Principes généraux du codage sensoriel
Compétences visées : Familiariser l’étudiant à une approche intégrée des questions
biologiques. Montrer les relations entre les fonctions biologiques et l’environnement.
Modalités de contrôle des connaissances : Contrôle continu avec oral (40%) ;
examen terminal (60%)
UE « Univers et exobiologie » (3 crédits, 2 ème semestre) UE
OPTIONELLE DESTINEE PRINCIPALEMENT AUX
ETUDIANTS DU PARCOURS Média
Responsable : Isabelle GRENIER
Résumé du programme :
L’origine des éléments et de la vie dans l’Univers :
Après une brève introduction sur la nature des différents astres, planètes, étoiles, galaxies, qui peuplent
l’Univers, le cours s’attachera à décrire l’origine des atomes et les grands cycles d’évolution de la
matière dans ces différents environnements. La seconde partie du cours traitera des grands problèmes
actuels d’exobiologie : formation de molécules organiques et pré-biotiques dans les nuages de gaz
interstellaire et les atmosphères de planètes et de satellites, évolution du système solaire, découverte
des planètes extrasolaires et recherche de signatures biologiques. La plupart des concepts présentés
s’appuient sur des découvertes récentes apportées par les grands instruments en service au sol et en
orbite qui permettent d’observer le ciel à de multiples longueurs d’onde.
• astres dans l’Univers : échelles de taille, de temps et de distance
• la lumière comme messager (dualité onde-corpuscule, éléments de photométrie, rayonnement
thermique, émission et absorption de raies, éléments de spectroscopie)
• la synthèse des atomes
• les nuages de gaz interstellaire (nuages atomiques, moléculaires, ionisés, abondances des éléments,
molécules organiques, poussières)
• formation et évolution du système solaire, la recherche de vie dans le système solaire
• les planètes extra-solaires
• la recherche de vie dans l’Univers, conditions extrêmes
Compétences visées :
La richesse des phénomènes observés dans l’Univers illustre la diversité des cycles qui ont abouti à la
formation des briques de la vie, la variété des sites impliqués dans ces processus, la diversité des
environnements susceptibles d’abriter des formes de vie terrestre, et l’évolution des idées sur la
présence de vie extra-terrestre. Ce module permet l’apprentissage d’un raisonnement de nature
inductive, fondé sur la rigueur des lois physiques et l’observation, mais sans recours à
l’expérimentation directe. L’accès à quelques PC sera souhaitable pour proposer 1 ou 2 séances de
TD concrètes, avec manipulation d’images et de spectres réels en radio, IR ou UV)
Modalités de contrôle des connaissances: examen final écrit.
Année 2005-2006
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