La gÃ©nomique des petits ARN rÃ©gulateurs chez les Animaux - Inra

La génomique des 

petits ARN 

régulateurs chez 

les Animaux 

La génomique des petits ARN régulateurs 

chez les Animaux 

Hervé Seitz 

LBME du CNRS, Toulouse 

15 avril 2009 

Introduction 

Une troisième 

classe d’ARN 

régulateurs 

siRNA endogènes 

Précision des 

extrémités des 

miRNA 

Évolution des 




Conclusion

siRNA (small interfering RNAs) 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion

microARN (miRNAs) 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion 

Retour 

Retour

Des siRNA endogènes ? 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion






Introduction 

hoppel 



régulateurs 

Su(Ste) 

siRNA ? 




miRNA 





Détection de petits ARN homologues à Su(Ste) (≈ 25 nt), 

appelés ✭ rasiRNA ✮ (repeat-associated siRNAs) (Aravin et 

al., 2001). 

Conclusion






Introduction 

hoppel 



régulateurs 

Su(Ste) 

siRNA ? 




miRNA 





Détection de petits ARN homologues à Su(Ste) (≈ 25 nt), 

appelés ✭ rasiRNA ✮ (repeat-associated siRNAs) (Aravin et 

al., 2001). 

Conclusion 

Mais ...

Les rasiRNA sont-ils des siRNA ? 





exon 3 de white (sens) 

exon 3 de white (antisens) 

Transcription 

Dicer 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion 

RNAi 

ARNm de white






Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion 

Pavage par microarray






Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion






Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion






Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion

Les rasiRNA sont ... des ✭ rapiRNAs ✮ 





◮ Les rasiRNA ne sont pas générés par Dicer-1, ni par 

Dicer-2 (V. Vagin) 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion








◮ ils immunoprécipitent avec les protéines Piwi, plutôt 

que les protéines Ago (C. Li) 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion










Simultanément, d’autres équipes ont aussi découvert des 

ARN associés aux Piwi (chez les Mammifères : Girard et al., 

2006, Aravin et al., 2006, Grivna et al., 2006, et Lau et al., 

2006 ; chez la Drosophile : Saito et al., 2006). 

−→ la classe des ’piRNA’ (Piwi-interacting RNA) 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion










Simultanément, d’autres équipes ont aussi découvert des 

ARN associés aux Piwi (chez les Mammifères : Girard et al., 

2006, Aravin et al., 2006, Grivna et al., 2006, et Lau et al., 

2006 ; chez la Drosophile : Saito et al., 2006). 

−→ la classe des ’piRNA’ (Piwi-interacting RNA) 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion 

Seule fonction connue : répression des séquences répétées 

dans la lignée germinale.

Séquençage à haut débit chez la Drosophile 





Principe 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion






Principe 

−→ séquençage d’ARN de têtes de drosophiles et de cellules 

Schneider-2 (S2) en culture. 

(Megha Ghildiyal) 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion






Principe 




Pour éviter les piRNA : échantillons somatiques. 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion






Principe 




Pour éviter les piRNA : échantillons somatiques ; pour éviter 

les miRNA : exclus informatiquement. 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion

siRNA endogènes chez la Drosophile 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion






Introduction 



régulateurs 




miRNA 

Nécessitent Dcr-2 





Conclusion






Introduction 



régulateurs 




miRNA 

Nécessitent Dcr-2 





Conclusion






Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion

Les endo-siRNA répriment les transposons 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion

(Michael Horwich) 


In vivo : 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion

(Michael Horwich) 


In vivo : 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 

Ex vivo : 





Conclusion

Hétérogénéité des extrémités des miRNA 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion

Hétérogénéité des extrémités des miRNA 





Percentage of reads with alternative end 

0 10 20 30 40 50 60 

MiRNA cleavage inaccuracies in fly heads 

5´ end 3´ end 

Percentage of reads with alternative end 

0 10 20 30 40 50 60 

MiRNA cleavage inaccuracies in S2 cells 

5´ end 3´ end 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion

Drosha et Dicer ont la même fidélité 





Biogenèse 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion 

cellules S2






Biogenèse 

Introduction 

5´−originating miRs, 

fly heads 


fly heads 



régulateurs 

Mean shift relative to most abundant end 

0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0 1.2 


0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0 1.2 




miRNA 





Conclusion 

miR 5´ end 

miR 3´ end 

miR 5´ end 

miR 3´ end 


L’hypothèse du chargement sélectif 





Drosha 

Dicer 

Precise Drosha and 

Dicer cleavages 

5´...CUUAAUUG GCU 

A UG-CGC 

UU UGGCAGUG 

U GG 

U UAG 

C UGGUUGUG--UAGCCAAU U A 

||| || ||| |||||||| || ||| |||||||| | |||| U 

3´...AACGAAAU CGA-AC A GCG CC GCCGUCAC U UC U AUC-ACCGACAC UUAA C A GUUG G U 

Imprecise Drosha and 

Dicer cleavages 

Introduction 



régulateurs 


5´ 

UGGCAGUG U GG U UAG C UGGUUGUG 

•••••••• •• ••• •••••• 

3´ CC GCCGUCAC U UC U AUC-ACCGAC 

5´ 


•••••••• •• ••• •••••• 


5´ 


•••••••• •• ••• •••••• 


5´ U U U C UGGCAGUG GG UAG UGGUUGUG 

•••••••• •• ••• •••••• 


5´ 


•••••••• •• ••• •••••• 


5´ 

GGCAGUG U GG U UAG C UGGUUGUG 

••••••• •• ••• •••••• 




miRNA 





Conclusion 

Ago2 loading, 2´-O-methylation 

Ago2 loading, 2´-O-methylation 

5´ UGGCAGUG 

U GG 

U UAG 

C UGGUUGUG-OCH3 

5´ UGGCAGUG 

U GG 

U UAG 

C UGGUUGUG-OCH3 

Ago2 

Ago2

Les ARN chargés sur Ago2 ont des 5´ homogènes 





Every heterogeneous miRNA and miRNA* in fly heads; 

p−value = 0.018 

Every heterogeneous miRNA and miRNA* in fly heads; 

p−value = 0.15 

Introduction 



régulateurs 

mean 5´ heterogeneity 

0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 


0.0 0.5 1.0 1.5 2.0 




miRNA 





Conclusion 

total 

loaded 

total 

loaded 


Les siRNA et les piRNA sont-ils redondants ? 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion






◮ Fonction connue des piRNA : la répression des 

séquences répétées dans la lignée germinale. 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion








◮ Les siRNA répriment les séquences répétées (entre 

autres) dans la lignée germinale et le soma. 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion








◮ Les siRNA répriment les séquences répétées (entre 

autres) dans la lignée germinale et le soma. 

Les siRNA pourraient-ils remplacer les piRNA ? Ou les 

piRNA ont-ils des fonctions supplémentaires inconnues ? 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion

Petits ARN dans le règne animal 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion

Petits ARN dans le règne animal 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion

Protéines associées aux petits ARN chez 

Nematostella 

Protéine Nombre chez Fonction 

Nematostella 

AGO 2 Fixent miRNA et siRNA 

Piwi 3 Fixent les piRNAs 

Dicer 2 Dernière étape de la biogenèse 

des miRNA ; biogenèse des siRNA 

Drosha 1 Première étape de la biogenèse 

des miRNA 

Hen1 1 Méthylation des piRNAs et 

siRNA (quelques miRNAs) 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion

Cycle de Nematostella 





Introduction 

Unfertilized egg 

Female 



régulateurs 


Fertilization 

Blastula 

Gastrula 

Metamorphosis 

Planula 

(early) (late) 

Primary polyp 

Male 

Adult 



miRNA 





Sperm 

Conclusion

Séquençage de petits ARN de Nematostella 





◮ Neuf stades développementaux ; 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion







◮ avec l’aide de Liang Meng Wee ; 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion








◮ chaque échantillon : oxydé, et non traité ; 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion









Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion 

2´-OMe : protégé −→ séquencé dans les deux banques 

2´-OH : sensible −→ séquencé dans la banque non 

traitée uniquement









◮ traitement informatique : sélection des séquences qui 

matchent parfaitement sur le génome, mais pas sur les 

ARN abondants (ARNr, ARNt, snRNA et snoRNA) ; 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion









◮ traitement informatique : sélection des séquences qui 

matchent parfaitement sur le génome, mais pas sur les 

ARN abondants (ARNr, ARNt, snRNA et snoRNA) ; 

◮ de 2,1 à 4,6 millions de séquences qui matchent sur le 

génome, et pas sur les ARN abondants, dans chaque 

banque. 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion


Oeuf 

Blastula 

Number of reads per million Number of reads per million 

Non traité 

Oxydé 

500000 

400000 

300000 

200000 

100000 

0 

18 20 22 24 26 28 30 

Size (nt) 

500000 

400000 

300000 

200000 

100000 

0 

18 20 22 24 26 28 30 

Size (nt) 

Number of reads per million Number of reads per million 

500000 

400000 

300000 

200000 

100000 

0 

18 20 22 24 26 28 30 

Size (nt) 

500000 

400000 

300000 

200000 

100000 

0 

18 20 22 24 26 28 30 

Size (nt) 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion 

Gastrula 

Number of reads per million 

500000 

400000 

300000 

200000 

100000 

0 

18 20 22 24 26 28 30 

Size (nt) 


500000 

400000 

300000 

200000 

100000 

0 

18 20 22 24 26 28 30 

Size (nt)


Planula 

précoce 

Planula 

tardive 



500000 

400000 

300000 

200000 

100000 

0 

500000 

400000 

300000 

200000 

100000 

0 

Non traité 

18 20 22 24 26 28 30 

Size (nt) 

18 20 22 24 26 28 30 

Size (nt) 



500000 

400000 

300000 

200000 

100000 

0 

500000 

400000 

300000 

200000 

100000 

0 

Oxydé 

18 20 22 24 26 28 30 

Size (nt) 

18 20 22 24 26 28 30 

Size (nt) 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion 

Métamorphose 


500000 

400000 

300000 

200000 

100000 

0 

18 20 22 24 26 28 30 

Size (nt) 


500000 

400000 

300000 

200000 

100000 

0 

18 20 22 24 26 28 30 

Size (nt)


Polype 

primaire 

Mâle 

adulte 



500000 

400000 

300000 

200000 

100000 

0 

500000 

400000 

300000 

200000 

100000 

0 

Non traité 

18 20 22 24 26 28 30 

Size (nt) 

18 20 22 24 26 28 30 

Size (nt) 



500000 

400000 

300000 

200000 

100000 

0 

500000 

400000 

300000 

200000 

100000 

0 

Oxydé 

18 20 22 24 26 28 30 

Size (nt) 

18 20 22 24 26 28 30 

Size (nt) 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion 

Femelle 

adulte 


500000 

400000 

300000 

200000 

100000 

0 

18 20 22 24 26 28 30 

Size (nt) 


500000 

400000 

300000 

200000 

100000 

0 

18 20 22 24 26 28 30 

Size (nt)

Identification des miRNA 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion






biogenèse des miRNA 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion







Stabilité des tiges-boucles des pre-miRNA ? 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion







Stabilité des tiges-boucles des pre-miRNA ? 

Deux paramètres : la longueur de la séquence repliée, et le 

seuil de stabilité. 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion


Pre-miRNAs : 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion


Pre-miRNAs : Contrôles négatifs : 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion


Pre-miRNAs : Contrôles négatifs : 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 

Différence : 





Conclusion






Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion 

AGGCUUGCUUGUUGGUAAUUUUGCAUCUGUUGCACAUGCGAUUUUACCAAAAUGCAAUUCU 

((..((((...(((((((..((((((.((...)).))))))..)))))))...))))..))






Grimson et al. (2008) : ont identifié 40 miRNAs chez 

N. vectensis. 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion







N. vectensis. 

En réalité beaucoup plus (≈ 250). 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion







N. vectensis. 


Davantage que chez certains Vertébrés. 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion







N. vectensis. 


Davantage que chez certains Vertébrés : si le répertoire de 

miRNA corrèle avec la complexité, alors Nematostella est 

complexe. 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion







N. vectensis. 


Davantage que chez certains Vertébrés : si le répertoire de 

miRNA corrèle avec la complexité, alors Nematostella est 

complexe (mais cette question a-t-elle un sens ?). 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion

16000 

14000 

siRNA endogènes chez Nematostella 

Expression de 5´-AAAGAAGUACAAGUGGUAGGG-3´ : 

untreated 

oxidized 





Introduction 



régulateurs 



12000 

10000 

8000 

6000 

4000 



miRNA 





Conclusion 

2000 

0 

unfertilized 

egg 

blastula gastrula early 

planula 

late 

planula 

metamorphosing 

primary 

polyp 

adult 

male 

adult 

female 

Developmental stage 

Contexte génomique


16000 

14000 

12000 

10000 

8000 

6000 

4000 

2000 

0 

unfertilized 

egg 


Expression de 5´-AAAGAAGUACAAGUGGUAGGG-3´ : 

blastula gastrula early 

planula 

late 

planula 

Developmental stage 

metamorphosing 

primary 

polyp 

untreated 

oxidized 

adult 

male 

adult 

female 

A 

G G 

A C G 

C 

U 

CA A 

A 

A 

G 

U 

A 

G 

CGAGAAGAG 

U 

G 

U G 

C 

G U 

G 

A U 

C G 

A U 

U G 

A U 

C G 

C G 

U G 

G 

U A A 

G 

U G G 

C G 

U A 

G U 

C G 

C G 

A U 

C G 

C 

U A A 

G C 

U A 

A U 

U G 

U A 

U A 

C G 

U A 

A 

U A A 

C G 

A 

C G AU G 

U C A 

U 

G AU 

C 

A 

U A C G A UAU 

U A 

A U A G 

U 

A 

A C 

G G U A 

G 

G 

G 

A U 

U 

A A AGG U 

G 

A 

A 

U C G A C CA 

AGC 

C 

C U 

A G A A 

G CA 

U 

G 

G 

G 

C 

C 

GCUUAU 

G 

C 

G 

G 

C A AU 

A 

U 

G 

C 

A 

A 

A 

G 

A 

A 

C 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion 

Contexte génomique

Les piRNA chez Nematostella 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion 


Femelles adules, après oxydation : 

23-mères : 24-mères : 25-mères : 

0 

1 

2 

bits 

5′ 

1 

C 

GAU 

2 

C 

U 

A 

G 

3 

G 

U 

A 

4 

U 

G 

A 

5 

6 

C 

G 

U 

A 

7 

G 

C 

UA 

8 

9 

10 

C 

G 

UA 

11 

G 

C 

A 

U 

12 

U 

G 

13 

G 

U 

A 

14 

15 

A 

G 

CU 

16 

C 

A 

G 

U 

17 

A 

18 

19 

C 

G 

A 

U 

20 

U 

G 

21 

G 

22 

U 

G 

A 

23 

U 

G 

A 

24 

A 

C 

UG 

25 

C 

3′ 


0 

1 

2 

bits 

5′ 

1 

C 

GAU 

2 

A 

G 

3 

A 

4 

A 

U 

G 

5 

U 

A 

6 

U 

A 

7 

A 

8 

9 

10 

U 

A 

11 

12 

13 

14 

15 

U 

16 

17 

18 

19 

20 

21 

22 

23 

24 

G 

25 

A 

U 

C 

G 

26 

3′ 

0 

1 

2 

bits 

5′ 

1 

C 

GAU 

2 

A 

G 

3 

4 

A 

U 

G 

5 

U 

A 

6 

7 

U 

A 

8 

9 

10 

U 

A 

11 

12 

U 

13 

14 

15 

U 

16 

17 

18 

19 

20 

21 

A 

G 

U 

22 

23 

24 

25 

26 

U 

G 

27 

3′ 

0 

1 

2 

bits 

5′ 

1 

C 

G 

AU 

2 

3 

A 

4 

A 

U 

G 

5 

U 

A 

6 

U 

A 

7 

A 

8 

9 

10 

A 

U 

11 

12 

U 

13 

14 

15 

16 

U 

17 

18 

19 

20 

21 

22 

U 

23 

24 

25 

26 

27 

C 

U 

G 

28 

3′ 

29-mères : 30-mères : 

0 

1 

2 

bits 

5′ 

1 

GAU 

2 

A 

G 

3 

A 

4 

G 

U 

5 

U 

A 

6 

U 

A 

7 

U 

A 

8 

9 

10 

U 

A 

11 

U 

12 

13 

U 

A 

14 

15 

U 

16 

A 

U 

17 

18 

19 

U 

20 

21 

22 

23 

24 

25 

26 

27 

U 

28 

A 

C 

U G 

29 

3′ 

0 

1 

2 

bits 

5′ 

1 

C 

AU 

2 

A 

G 

3 

4 

U 

G 

A 

5 

6 

A 

7 

A 

8 

9 

10 

11 

A 

U 

12 

13 

U 

A 

14 

A 

U 

15 

A 

U 

16 

U 

17 

18 

19 

U 

20 

21 

22 

23 

24 

25 

26 

C 

U 

A 

27 

28 

G 

U 

A 

29 

U 

G 

30 

C 

U 

3′





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion 




0 

1 

2 

bits 

5′ 

1 

C 

GA 

U 

2 

G 

A 

3 

4 

U 

5 

A 

U 

6 

A 

U 

7 

A 

8 

9 

10 

G 

C 

UA 

11 

12 

13 

14 

15 

16 

17 

18 

19 

20 

21 

A 

G 

22 

U 

G 

23 

A 

3′ 

0 

1 

2 

bits 

5′ 

1 

G 

CAU 

2 

G 

A 

3 

A 

4 

5 

U 

A 

6 

G 

A 

U 

7 

A 

8 

9 

10 

C 

G 

UA 

11 

12 

13 

A 

14 

15 

U 

16 

17 

18 

19 

20 

21 

22 

U 

A 

G 

23 

G 

24 

3′ 

0 

1 

2 

bits 

5′ 

1 

C 

GAU 

2 

C 

U 

A 

G 

3 

G 

U 

A 

4 

U 

G 

A 

5 

6 

C 

G 

U 

A 

7 

G 

C 

UA 

8 

9 

10 

C 

G 

UA 

11 

G 

C 

A 

U 

12 

U 

G 

13 

G 

U 

A 

14 

15 

A 

G 

CU 

16 

C 

A 

G 

U 

17 

A 

18 

19 

C 

G 

A 

U 

20 

U 

G 

21 

G 

22 

U 

G 

A 

23 

U 

G 

A 

24 

A 

C 

UG 

25 

C 

3′ 


0 

1 

2 

bits 

5′ 

1 

C 

GAU 

2 

A 

G 

3 

A 

4 

A 

U 

G 

5 

U 

A 

6 

U 

A 

7 

A 

8 

9 

10 

U 

A 

11 

12 

13 

14 

15 

U 

16 

17 

18 

19 

20 

21 

22 

23 

24 

G 

25 

A 

U 

C 

G 

26 

3′ 

0 

1 

2 

bits 

5′ 

1 

C 

GAU 

2 

A 

G 

3 

4 

A 

U 

G 

5 

U 

A 

6 

7 

U 

A 

8 

9 

10 

U 

A 

11 

12 

U 

13 

14 

15 

U 

16 

17 

18 

19 

20 

21 

A 

G 

U 

22 

23 

24 

25 

26 

U 

G 

27 

3′ 

0 

1 

2 

bits 

5′ 

1 

C 

G 

AU 

2 

3 

A 

4 

A 

U 

G 

5 

U 

A 

6 

U 

A 

7 

A 

8 

9 

10 

A 

U 

11 

12 

U 

13 

14 

15 

16 

U 

17 

18 

19 

20 

21 

22 

U 

23 

24 

25 

26 

27 

C 

U 

G 

28 

3′ 


0 

1 

2 

bits 

5′ 

1 

GAU 

2 

A 

G 

3 

A 

4 

G 

U 

5 

U 

A 

6 

U 

A 

7 

U 

A 

8 

9 

10 

U 

A 

11 

U 

12 

13 

U 

A 

14 

15 

U 

16 

A 

U 

17 

18 

19 

U 

20 

21 

22 

23 

24 

25 

26 

27 

U 

28 

A 

C 

U G 

29 

3′ 

0 

1 

2 

bits 

5′ 

1 

C 

AU 

2 

A 

G 

3 

4 

U 

G 

A 

5 

6 

A 

7 

A 

8 

9 

10 

11 

A 

U 

12 

13 

U 

A 

14 

A 

U 

15 

A 

U 

16 

U 

17 

18 

19 

U 

20 

21 

22 

23 

24 

25 

26 

C 

U 

A 

27 

28 

G 

U 

A 

29 

U 

G 

30 

C 

U 

3′






piRNAs per 5 kb 

120 

100 

80 

60 

40 

20 

0 

20 

40 

60 

80 



+ strand 

- strand 

0 50 100 150 200 

Position in scaffold 328 (kb) 

piRNAs per 5 kb 

7000 

6000 

5000 

4000 

3000 

2000 

1000 

0 

+ strand 

- strand 

1000 

0 50 100 150 200 

Position in scaffold 328 (kb) 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion

Conclusion 





La génomique des petits ARN : 

◮ faible contenu informatif dans la molécule mature 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion

Conclusion 







(modules fonctionnels et régulateurs dans le reste du 

précurseur) 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion

Conclusion 








précurseur) 

◮ siRNA et piRNA proviennent souvent de séquences 

répétées 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion

Conclusion 








précurseur) 


répétées (analyse probabiliste des patrons de hits 

génomiques) 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion

Conclusion 








précurseur) 



génomiques) 

◮ malgré un intérêt croissant de la communauté, plusieurs 

mystères demeurent 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion

Conclusion 








précurseur) 



génomiques) 

◮ malgré un intérêt croissant de la communauté, plusieurs 

mystères demeurent (combien de cibles par miRNA ? 

fonction biologique des piRNA ? déterminants de la 

production de piRNA ou de siRNA ? ...) 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion 

piRNA et reproduction

Remerciements 

Phil Zamore Megha Ghildiyal Liang Meng Wee 

Jennifer Broderick Gwen Farley Stefan Ameres 

Fabian Flores Ira Pekker Chengjian Li 

Jogender Singh Elif Sarinay 

(University of Massachusetts Medical School) 

Ellen Kittler and Maria Zapp (deep seq. facility, UMMS) 

Fabian Rentzsch (Sars Center, Bergen, Norvège) 

Rhys Probyn and Ed Enos (Woods Hole MBL, États-Unis) 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion

Pavage par microarray 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion 

Retour

Séquençage à haut débit 

Ligation d’adaptateurs 5´ et 3´ sur l’échantillon d’ARN 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion

Séquençage à haut débit 

Ligation d’adaptateurs 5´ et 3´ sur l’échantillon d’ARN 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion 

Retour







0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0 


S2 cells 


0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0 


S2 cells 

Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion 

miR 5´ end 

miR 3´ end 

miR 5´ end 

miR 3´ end 

Retour

Les ARN chargés sur Ago2 ont des 5´ homogènes 





Every heterogeneous miRNA and miRNA* in S2 cells; 

p−value = 2.9e−05 

Every heterogeneous miRNA and miRNA* in S2 cells; 

p−value = 0.058 

Introduction 



régulateurs 


0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0 


0.0 0.5 1.0 1.5 2.0 




miRNA 





Conclusion 

total 

loaded 

total 

loaded 

Retour

U C 

A A A C U G U C U U U U A U U A A A C G G G C A A G G A G A A A G G 

C G U 

A U U G G U U G U G U G CG G A 

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G G G U G G 

U 

A A G 

G C G A C C A G C 

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A 

A 

A CG A 

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C G A 

U 

A C 

A AU GG A G 

U 

A G CA 

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C A 

U 

G 

A G U 

G U A A 

GA G 

C 

G A 

A 

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U 

A C 

U 

U 

U A A 

U 

G 

A U A 

A A A G C 

U 

C 

A 

A 

U A 

A CUG U A 

C U G 

C A 

A 

G 

U 

A A 

GG 

G U 

G 

G 

CA 

C 

A G 

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G U U AG 

A 

GGC 

U 

G 

C 

A 

U G 

U 

G 

CA 

C 

C 

A 

UA 

C 

G 

A 

C 

GG 

AA 

U CC 

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U G 

C 

AC C 

A A 

A U A 

C 

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U U 

U 

C 

G 

A 

A 

C 

U U 

C 

CU 

C 

G 

G 

A 

U 

G G 

U 

G 

U 

A 

A 

CUG 

C 

G 

C 

A 

GA 

U 

U 

U 

U 

CC U 

G 

C 

A 

C G 

U 

A 

C 

C 

G 

C 

A 

A A A C U 

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G U U G U 

C 

A 

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A 

C 

U 

C 

A 

G 

G 

GAU 

U 

U 

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G 

C U 

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A 

U 

U AG 

G 

U A G A A U A A G 

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G A 

U 

A U 

GU 

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C A G A G A A AC 

U 

G 

A 

C 

A 

C 

U 

U 

CUG 

A 

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C 

A 

C 

A 

A 

U 

C 

G 

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A 

A C 

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U U 

CUU 

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G 

C 

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U 

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A 

A 

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G C 

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A 

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A 

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A 

C 

C 

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A 

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G C 

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A 

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G G 

G 

U 

U 

G U G 

CCA 

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U 

G 

A G A U A C 

C A A 

U C U U 

A G A A U G C 

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G 

A 

G G 

C G 

A 

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G 

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A 

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U 

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A 

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A 

A 

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C 

U 

A 

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U 

C 

U 

C 

C 

C 

C 

C 

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A 

C C 

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C 

C C C 

C CC 

C 

C 

C 

A 

A 

A 

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C U 

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C G A G G 

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C 

U 

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G A 

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C 

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G U 

U A A A 

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C 

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A 

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A 

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U U 

C 

G 

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A 

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C 

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C 

A C A G A G A 

A 

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G 

A C 

UA 

G U C U C U G U 

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A G 

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U C 

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C GCGUU 

U 

G U G 






Introduction 

AC A U 

A CACUA 

AAA 

GG 

AUU 

A 

G 

UA 

AGUUGC 

CC 

UUUGUAAUAUUUGCUA 

GAGGCAAGC 

AU 

GCUACACCCUGAGA 

GCGUGUU 

CAUAAACUUCGCGGUGUGA 

AG 

U 

U 

A 

UC 

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C 

U 

G U C U 

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A 

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G 

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G 

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UU U 

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UA 

C CCA G A G G G A A G G U G G G G U UA A G C 

A GGG A G G GU G U U G A UA C C U G G A U 

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G U AA 

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C G A 

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G U 

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U GU 

G CC A 

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U 

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U C A 

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U A C 

C U C U A G UCC C A A A G A U AGUU G U U G U U C U U CUA 

UU A U C 

A ACU 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion 

Retour

Conclusion 

: reported colony of N. vectensis 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion

Conclusion 

: females only : males only : both sexes 





Introduction 



régulateurs 




miRNA 





Conclusion 

Retour

La gÃ©nomique des petits ARN rÃ©gulateurs chez les Animaux - Inra

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