ã‚¹ãƒ‘ã‚³ãƒ³åˆ©ç”¨è€ èª¬æ˜Žä¼š -基本的な使用方法- - DDBJ

2012/5/10
スパコン 利 用 者 説 明 会
- 基 本 的 な 使 用 方 法 -

スパコン 使 用 方 法 (イメージ)
1ゲートウェイノード(gw.ddbj.nig.ac.jp)にログインする
2qloginを 実 行 しインタラクティブノードにログインする
3qloginしたホストからジョブをUGEに 投 入 する
4UGEは 負 荷 の 低 いノードでジョブを 実 行 する
5ジョブ 実 行 結 果 をlustreのホームディレクトリに 出 力 する
6ジョブ 実 行 結 果 を 確 認 する
1
Job
Job
Job
gateway
1 台 (active-stanby)
外 部 との 通 信 専 用
2
業 務 用 8 台 、 研 究 用 8 台
インタラクティブ 専 用
3
4
業 務 用 81 台 、 研 究 用 208 台
バッチ 専 用
6
Result
Result
Result
Result
Result
5
1

スパコンへのログイン1
• ログインするにはユーザ 名 とパスワード
が 必 要 である。
• ログインにはssh 接 続 が 可 能 なターミナル
エミュレータを 使 用 する。
• ターミナルエミュレータはputtyや
TeraTermなど 様 々なフリーソフトが 存
在 する。(Macは 標 準 添 付 )
• Windowsの 例 としてTeraTermを 紹 介 す
る。
2

スパコンへのログイン2
• Windowsからログインする
Tera Termを 使 用 する
→ P4
• Macからログインする
ターミナルを 使 用 する
→ P8
3

スパコンへのログイン3
• Tera Termを 使 用 する
1Tera Termを 実 行 し、ホスト 欄 にgw.ddbj.nig.ac.jpを 入 力 する。
サービスはSSHを 選 択 する。 選 択 後 OKボタンを 押 下 する。
4

スパコンへのログイン3
• Tera Termを 使 用 する
2ユーザ 名 とパスワードを 入 力 し、OKボタンを 押 下 する。
セキュリティのため
チェックを 入 れない
5

スパコンへのログイン3
• Tera Termを 使 用 する
3ログイン 完 了
6

スパコンへのログイン3
• Tera Termを 使 用 する
4 画 面 転 送 を 可 能 にするため、 設 定 →SSH 転 送 を 選 択 し、
「リモートの(X)アプリケーションをローカルのXサーバに 表 示
する」にチェックを 入 れる。
7

スパコンへのログイン4
• ターミナルを 使 用 する
1ターミナルを 開 きssh (ユーザ 名 )@gw.ddbj.nig.ac.jpと 入 力 し、
Enterボタンを 押 下 する。
8

スパコンへのログイン4
• ターミナルを 使 用 する
2パスワードを 入 力 し、Enterボタンを 押 下 する。
9

スパコンへのログイン4
• ターミナルを 使 用 する
3ログイン 完 了
10

画 面 転 送 について
• スパコン 上 の 画 面 を 閲 覧 するにはトンネ
リングする 必 要 がある。
• WindowsではXmingというフリーソフトを
使 用 することで 可 能 である
• Macではログインの 際 にssh –Xとオプショ
ン 指 定 することで 可 能 である( 別 途 インス
トールが 必 要 になる 場 合 もある)
11

ログイン 時 の 注 意
• パスワードを4 回 間 違 えるとアカウントが
ロックされログインできなくなります。
• ロックされた 場 合 は 最 終 ページに 記 載 の
スパコンSE 問 い 合 わせ 先 にご 連 絡 下 さい。
12

ユーザのホームディレクトリ
• ログイン 完 了 後 は、ユーザのホームディレクトリがカレントディ
レクトリとなる。
< 確 認 例 >
[lect01@gw ~]$ pwd
/home/lect01
• ホームディレクトリはlustreに 作 成 され、 全 ホストで 共 有 されて
いるため、 基 本 的 にはどのホストからでもアクセス 可 能 である。
• 自 分 が 使 用 しているlustreを 確 認 するにはlsコマンドにオプショ
ン-lを 使 用 する。
< 確 認 例 >
[lect01@gw ~]$ ls –l /home/lect01
lrwxrwxrwx 1 root root 22 2 月 16 16:10 2012
/home/lect01 -> /lustre1/home/lect01
使 用 しているlustreが 表 示 される
lect01はlustre1を 使 用 している
13

パスワード 変 更 方 法
使 用 コマンド: passwd
• 初 回 ログイン 後 はすぐにパスワードを 変 更 する。 変 更 するには
passwdコマンドを 使 用 する。
< 実 行 例 >
[lect01@gw ~]$ passwd
Changing password for user lect01.
Current Password:
← 現 在 のパスワードを 入 力
New password:
← 新 しく 設 定 したいパスワードを 入 力
• 強 度 の 弱 いパスワードは 使 用 できません。
設 定 できるパスワードの 主 な 条 件 として、 全 体 で8 文 字 以 上 かつ 小 文 字 1
文 字 以 上 、 大 文 字 1 文 字 以 上 、 数 字 2 文 字 以 上 を 含 む 必 要 がある
< 良 い 例 > 7Udk9dfG JdslP3dL
< 悪 い 例 > 20120221 ( 数 字 のみ) taro0221 ( 大 文 字 が 無 い、 想 像 しやすい)
14

スパコンへのデータ 転 送 1
• データ 転 送 にはSCPやSFTPを 利 用 する 方 法 とAsperaを
利 用 する 方 法 がある。(FTPは 利 用 できない)
1SCP、SFTPの 特 徴
・セキュアなデータ 転 送 が 可 能 である。
・WindowsではWinSCP 等 のフリーソフトを 利 用 する。
・Macでは 標 準 搭 載 機 能 である。
2Asperaの 特 徴
・データ 転 送 がSFTPと 比 べて 高 速 である。
・Aspera Connect( 無 償 )をインストールして 使 用 する。
15

スパコンへのデータ 転 送 2
• Windowsからのデータ 転 送
1SFTPを 利 用 する
WinSCPを 使 用 する
→ P18
2Asperaを 利 用 する
AsperaConnectを 使 用 する
Web UIを 使 用 する→ P20
コマンドプロンプトを 使 用 する→ P23
16

スパコンへのデータ 転 送 3
• Macからのデータ 転 送
1SCPを 利 用 する
ターミナルから 転 送 する
→ P26
2Asperaを 利 用 する
AsperaConnectを 使 用 する
Web UIを 使 用 する→ P20
ターミナルを 使 用 する→ P24
17

スパコンへのデータ 転 送 4
• WinSCPを 使 用 する
1WinSCPを 実 行 し、セッションを 選 択 する。ホスト 名 欄 に
gw.ddbj.nig.ac.jpを 入 力 する。ユーザ 名 およびパスワードを 記
入 する。プロトコルはSFTPを 選 択 し、ログインボタンを 押 下
する。
18

スパコンへのデータ 転 送 4
• WinSCPを 使 用 する
2 左 に 自 分 のシステム、 右 にスパコンのホームディレクトリが
表 示 される。 転 送 したいデータをドラッグ&ドロップすること
で 転 送 される。
19

スパコンへのデータ 転 送 5
• Aspera Connectを 使 用 する(Web UI)
1 ブラウザを 開 き、https://ascp.ddbj.nig.ac.jp/aspera/user
にアクセスする。ユーザ 名 とパスワードを 入 力 し、OKボタン
を 押 下 する。
20

スパコンへのデータ 転 送 5
• Aspera Connectを 使 用 する(Web UI)
2ログイン 後 、スパコンのホームディレクトリが 表 示 される。
初 回 接 続 時 はInstall Nowボタンを 押 下 しAspera Connectを
インストールする。
21

スパコンへのデータ 転 送 5
• Aspera Connectを 使 用 する(Web UI)
3 Aspera Connectインストール 後 、 Upload Fileボタンを 押
下 し、 転 送 したいファイルを 選 択 するとスパコンへデータが 転
送 される。
22

スパコンへのデータ 転 送 6
• Aspera Connectを 使 用 する(コマンドプロンプト)
1Web UIと 同 様 の 手 順 でAspera Connectをインストールする。
コマンドプロンプトを 開 き、
“(Aspera Connectのインストールパス)¥bin¥ascp.exe”-P 33001
( 転 送 するデータのパス) (ユーザ 名 )@ascp.ddbj.nig.ac.jp:(ホームディレク
トリ 以 下 の 転 送 先 のパス)
と 入 力 する。パスワードを 入 力 すると 転 送 が 開 始 される。
< 実 行 例 > (コマンドプロンプト) ※Windows7の 場 合
C:¥Users¥lect01>“C:¥Users¥lect01¥AppData¥Roaming¥Aspera¥Aspera
Connect¥bin¥ascp.exe” -P 33001 C:¥Users¥lect01¥Desktop¥test.txt
lect01@ascp.ddbj.nig.ac.jp:test.txt /home/lect01/test.txtにデータ 転 送
lect01@ascp.ddbj.nig.ac.jp's password:
test.txt 100% 0 00:00
23

スパコンへのデータ 転 送 7
• Aspera Connectを 使 用 する(ターミナル)
1Web UIと 同 様 の 手 順 でAspera Connectをインストールする。
ターミナルを 開 き、
“(Aspera Connectのインストールパス)/Resources/ascp”
-P 33001 ( 転 送 するデータパス) (ユーザ 名 )@ascp.ddbj.nig.ac.jp:
ホームディレクトリ 以 下 の 転 送 先 のパス)
と 入 力 する。パスワードを 入 力 すると 転 送 が 開 始 される。
< 実 行 例 > (ターミナル)
lect% ./Library/Application¥ Support/Aspera¥ Connect.app/Contents/Resour
ces/ascp -P 33001 ./test.txt ¥
lect01@ascp.ddbj.nig.ac.jp:test.txt
lect01@ascp.ddbj.nig.ac.jp's password:
test.txt 100% 0 00:00
/home/lect01/test.txtにデータ 転 送
24

スパコンへのデータ 転 送
• Aspera Connectのオプション
以 下 にAspera 転 送 のオプションを 示 す。WebUI 使 用 時 はAspera Connect
のPreferencesから 設 定 可 能 である。
-T
データの 暗 号 化 を 行 わない。 転 送 速 度 は 向 上 するが、セキュリティは 低
下 する。
-l < 転 送 速 度 上 限 >
データ 転 送 速 度 の 上 限 を 設 定 する。デフォルトは10M(b/s)となっている。
回 線 速 度 を 上 回 る 転 送 速 度 を 設 定 した 場 合 、パケットロスが 大 量 に 発 生
し、 転 送 効 率 が 大 幅 に 低 下 するため 適 切 な 転 送 速 度 を 設 定 する 必 要 があ
る。 上 限 は1G(b/s)。
< 例 >
ascp -l 100M -P 33001 [ユーザ 名 ]@ascp.ddbj.nig.ac.jp:[ 転 送 先 パス] [ 転 送 する
データ]
25

スパコンへのデータ 転 送 8
• ターミナルを 使 用 する
1ターミナルを 実 行 し、
scp ( 転 送 するデータのパス) (ユーザ 名 )@gw.ddbj.nig.ac.jp:
(データを 置 くパス) と 入 力 する。パスワードを 入 力 するとデー
タが 指 定 したパスに 転 送 される。
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クオータ 状 況 確 認 方 法
使 用 コマンド: lfs quota –u (ユーザ 名 ) /( 使 用 しているlustre)
• ユーザの 使 用 できるディスク 容 量 は 制 限 されている
(クオータ)。
• 自 分 のクオータ 情 報 はquotaコマンドで 確 認 できる。
• 一 般 研 究 用 ユーザは1TBまで 使 用 可 能 。 大 規 模 利 用
申 請 により1TB 以 上 の 使 用 が 可 能 となる。
• 業 務 用 ユーザは 制 限 無 く 利 用 可 能 である。
< 実 行 例 >
[lect01@gw ~]$ lfs quota -u lect01 /lustre1
Disk quotas for user lect01 (uid 654):
Filesystem kbytes quota limit grace files quota limit grace
/lustre1 58832 0 1000000000 - 20386 0 0 -
現 在 の 使 用 量 (kbytes) 使 用 できる 最 大 量 (kbytes)
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バックアップ
• /home/(ユーザ 名 )/backup/ 以 下 のみが 差 分 バックアッ
プされる。
• 現 在 は 毎 日 バックアップされるが、 今 後 ユーザ 数 が 増 え
た 際 にはバックアップ 頻 度 が 変 更 となる 可 能 性 がある。
• バックアップは 利 便 性 向 上 のためのサービスであり、
データ 保 護 を 保 障 するものではありません。データを
失 っても 責 任 は 負 いかねます。
• 重 要 なデータは 自 分 のパソコン 等 、スパコン 外 への 定 期
的 なバックアップをお 願 いします。
28

リストア 手 順
• バックアップからリストアする 方 法 を 示 す。
1スパコンにログインする。
2qloginと 入 力 してEnterを 押 下 する。
3rdiff-backup –l /backup/(ユーザ 名 )/と 入 力 してEnterを 押 下 する。
バックアップの 取 得 状 況 を 確 認 する。
4リストアを 実 施 する 場 合 は、rdiff-backup -restore-as-of (バック
アップの 日 付 ) /backup/(ユーザ 名 )/ ./restore/と 入 力 してEnterを
押 下 する。
< 実 行 例 >
[lect01@gw ~]$ qlogin
-bash-4.1$ rdiff-backup -l /backup/lect01/
Found 0 increments:
Current mirror: Mon Mar 12 08:15:05 2012 W3C 日 付 形 式 に 変 換
-bash-4.1$ rdiff-backup --restore-as-of 2012-03-12T08:15:05
/backup/lect01/ ./restore/
-bash-4.1$
29

ユーザへのお 願 い 事 項
• パスワードの 管 理 を 厳 重 にお 願 いします。
• 自 分 のアカウントを 他 人 に 貸 し 出 さないで 下 さい。
• パスワード 漏 えいの 疑 いがある 場 合 は、 早 急 に 最 終
ページ 記 載 のスパコンSE 問 い 合 わせ 先 までご 連 絡 下
さい。
30

問 い 合 わせ 先
• 不 明 点 またはご 意 見 等 があれば 下 記 にお 問 い 合 わせ
下 さい。
遺 伝 研 スパコンSEチーム
Mail:sc-info@nig.ac.jp
居 室 :w202
内 線 :9461
http://www.ddbj.nig.ac.jp/system/supercom/s
upercom-intro.html
31

変 更 履 歴
変 更 日 付
変 更 内 容
2012/03/21 新 規 作 成
2012/05/10 Aspera 転 送 のオプション 追 加 、フリーソフトのインストール 削 除
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