ChemBioDraw Ultra

ChemBioDraw V12
機能と使用方法
2010年7月12日計算化学セミナー
富士通株式会社
計算科学ソリューション統括部
有田 正博
ChemBioDrawシリーズ製品(1)
二次元作画機能のみの製品
ChemDraw Std V12
マニュアル:Chem & Bio Drawのみ
ChemDraw基本機能だけを使用する場合
ChemDraw Pro V12
マニュアル:Chem & Bio Draw、Chem & Bio Office Enterprise
ISISなど他アプリケーションとの互換性が必要な場合
(機能:薄層クロマト作画ツール、ペンツール、Mass Fragmentationツール、反応作画ツール,
化学量論計算、物性計算、化学構造の整形、ニックネームの定義、注釈の入力、
ポリマー表現、独自のTemplateや Style Sheet作成、反応の原子対応指定、
マーカシュ構造の展開、代替基、可変代替基、構造Query指定、三次元検索設定、
置換基の結合位置指定、Link Node指定、Paste SMILES,SLNの作成, 立体異性の表示,
対応ファイル形式:Connection Table ,Chemical Markup Language ,
ISIS (SKC, TGF, RXN) , JCAMP (JDX, DX) , MDL MolFile (MOL) , MDL RGFile (RGF) ,
Structure-Data file (SD) , Galactic Industries (SPC) )
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1

ChemBioDrawシリーズ製品(2)
二次元作画中心、三次元モデリング、化学データ
ベース機能を含む高機能製品
ChemDraw Ultra V12
マニュアル:すべて添付
2次元分子作画中心で自動命名機能など高度な機能も欲しい場合
(ClogP, 化学構造式から化学名を生成,名前から構造式を生成、構造式からスペクト
ルを予測/表示)
ChemBioDraw Ultra V12
マニュアル:すべて添付
ChemDraw Ultra+バイオ関係ツール+E-Notebook
ChemBioOfficeシリーズ製品
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ChemOffice Pro 2010
マニュアル:すべて添付
(ChemBioDraw Ultra,ChemBio3D Ultra,ChemFinder Pro,E-Notebook Ultra)
ChemOffice Ultra 2010
マニュアル:すべて添付、ClogPの計算や分子モデリング、データベースが使用可能
(ChemOffice ProのChemFinder ProをUltra(BioViz)に変更し,
Jaguar,Gaussianインターフェース,GAMESSを追加)
ChemBioOffice Ultra 2010
マニュアル:すべて添付、すべての機能が必要な場合
(ChemOffice UltraにInventory,BioAssay,ChemACXを追加)
ChemBio3D Ultra V12
マニュアル:Chem & Bio Office Desktop 、 Chem & Bio Office Enterprise
分子モデリング中心
別売のMOPAC2009,Gaussian03との連携可能
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2

その他製品
Inventory Ultra V12
マニュアル:Chem & Bio Office Enterprise
E-Notebbok Ultra V12
マニュアル:Chem & Bio Office Desktop 、 Chem & Bio Office Enterprise
BioDraw Ultra V12
マニュアル:Chem & Bio Draw
MOPAC2009 for ChemBio3D Ultra V12
納品物
教育機関は、無償なのでCSのホームページからひとつひとつ入手する必要が
あります。
http://scistore.cambridgesoft.com/ScistoreProductPage.aspx?ItemID=5701
MOPAC2009は、Windows7未対応です。
� 媒体 すべて DVD
� マニュアル
富士通監修による日本語ユーザーズガイドを添付
1. Chem & Bio Draw 12.0 Windows/Macintosh版 204ﾍﾟｰｼﾞ
2. Chem & Bio Bio Office Desktop 2010 Windows版 478ﾍﾟｰｼﾞ
3. Chem & Bio Office Enterprize 2010 Windows版 282ﾍﾟｰｼﾞ
希望によりPDF版もご提供
日本語:ChemBioDraw2010_J.pdf、ChemBioOffice2010_Desktop_J.pdf、
ChemBioOffice2010_Enterprise_J.pdf
英語 :Chem & Bio Draw.pdf、 Chem & Bio Office Desktop 2010.pdf 、
Chem & Bio Office 2010_Ent.pdf
� 富士通作成添付品
標準ChemBioOffice2010インストール説明書
ChemACX Ultra使用説明書
Merck_INDEX14thインストール説明書
オーバーライドツール導入作業説明書2010
オ-バ-ライドツ-ル解説
ダウンロード契約サイトライセンス利用説明書
ChemBioOffice 2010機能紹介
※製品によって添付されるマニュアル、書類が変わります。
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導入時の注意事項
Excelアドインツール ChemDraw for Excelについて
ChemDraw for Excelを含む製品をインストールすると自動的に
アドインにChemDraw for Excelが追加されます。Microsoftの仕様によりこの追加を
一時的に外すことはできません。
富士通から登録削除ツールを提供しますのでご利用ください。削除後は、再び同様の
ツールによる登録作業が必要になります。
提供モジュール
DisableCDXL.reg:アドイン削除用モジュール
EnableCDXL.reg :アドイン登録用モジュール
動作環境
OS:Windows2000 SP4(E-Notebookは不可),XP SP2/3,
Vista Business/ Ultimate (32-bitのみ),Windows7
MS Office2000(ChemDraw for Excel,Combi for Excel add-ins,
E-Noteは不可), 2003,XP,2007
IE 6.0,7.0,Netscape 8.0,Firefox 1.5
Macintosh(ChemBioDraw,ChemDrawのみ) OS X 10.4,10.5
Snow Leopard
Windows版、Mac版機能比較(ChemDraw Ultra以上)
命名機能 両方可能
NMR予測機能 両方可能
ChemProp 両方可能
ClogP 両方可能
ChemDraw Plugin 両方可能
ChemDraw for Excel Windows版のみ
ChemFinder for Word Windows版のみ
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New
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ライセンス管理について
Activation Codeについて
Activation Codeとは、プログラム起動に必要なCambridgeSoft社から
提供される利用コ-ドです.
Activation Codeが無いとインスト-ルを完了できません.
取得方法
-インスト-ル時にインターネットを通じて自動取得(Activation over Internet)
-FaxやE-mailを利用して取得
(とりあえず,Activation laterでインスト-ルだけしておき,後から
Activation を行うこともできます.)
注意事項
● Activation Code取得は,標準値として,3回が設定されています.
(同じ端末に再度インストールする場合には、回数はカウントされません。)
● 一度取得されるとレジストリに書き込まれますので,起動時には取得の
必要はありません.Activation時にだけインターネット環境が必要です
● 端末の更新などで不足したというメッセ-ジが表示された場合は,連絡
頂ければ追加します.
● 20台以上導入する場合は,簡易な方法もご提供します.
ライセンス管理について
同じシリアル番号を複数台で同時に使用すると以下のような
メッセージが表示されます。
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ChemBioDraw Ultraの内容
� 含まれるアプリケーション
� ChemBioDraw Ultra 12.0(二次元構造作画)
� ChemBio3D Pro 12.0(三次元モデリング)
� ChemBioFinder Ultra 12.0(化学構造データベース)
� E-Notebook 12.0(電子ノートブック)
� ChemDraw ActiveX/Plugin 12.0、Chem3D ActiveX
12.0
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ChemBioDraw Ultra
世界で最も広く使用されている化学構造式作画ソフトのスタンダードです。
世界で最も広く使用されている化学構造式作画ソフトのスタンダードです。
日本語入力機能を大幅に強化していますので、様々な日本語フォントに対応しており、日本
日本語入力機能を大幅に強化していますので、様々な日本語フォントに対応しており、日本
語を含むレポートが容易に作成可能です。また各種の構造解析機能も充実しています。
語を含むレポートが容易に作成可能です。また各種の構造解析機能も充実しています。
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画面構成
メインツールバー
� 自由形状で選択
� 3次元回転
� 結合を描く
� 多重結合を描く
� 立体的に下向きの
結合を描く
� 立体的に下向きの
結合を描く
� 立体的に下向きの
結合を描く
� 立体的に上向きの
結合を描く
� 立体的に上向きの
結合を描く
� 立体的に上向きの
結合を描く
� 立体的に不明な結
合を描く
� アミノ酸を作成す
る
� 側鎖を描く
� シクロプロパン
� シクロペンタン
� シクロヘプタン
� いす型シクロヘキ
サン
� シクロペンタジエ
ン
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� 四角形で選択
� MASS Fragmentを指定
� 消しゴム
� テキスト(原子と文章)
� 曲線を描く
� 矢印を描く
� 軌道を描く
� その他記号を描く
� 括弧を描く
� 化学記号を描く(ラジカルや
電荷)
� 化学検索記号を描く
� R-Groupを描く
� TLCプレートを描く
� いろいろなテンプレート集
� シクロブタン
� シクロヘキサン
� シクロオクタン
� いす型シクロヘキサン
� ベンゼン
CDS
CDS
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基本機能
� 単結合、二重結合、多重結合、立体結合作画
� 原子ラベル、置換基ラベル
� 日本語入力
� テンプレートによる作画
� 反応、矢印作画、触媒の表記
� アミノ酸の作画
� カーボンナノチューブ作画
� 軌道、括弧、円、球作画
� オブジェクトの反転、整列、色塗り機能
扱えるファイルの種類
開く(Open) 保存(Save as)
※ ChemDraw Stdでは、保存ファイル種類に制限あり。
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CDS
CDP
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豊富なテンプレート
様々なテンプレートが提供されています。画面上に自由に配置できます。
ユーザ独自のテンプレートも作成できます。(ChemDraw Pro以上)
特殊文字入力(Characters Map)
特殊文字を選択するだけで簡単に入力できます。
View>Show Character Map Window
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CDS
CDS
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周期表の利用(PeriodicTable)
原子ラベル入力で周律表を利用できます。
View>Show Periodic Table Window
並べ替え、調整(Distribute,Align)
対象物の位置を調整
周期表は、運用に合わせて修正できます。
Object>Distribute(左寄せ、縦方向へ中心あわせ,右寄せ、上寄せ、水平方向
に中心あわせ、下寄せ)
Object>Align(水平方向へ均等配置、垂直方向へ均等配置)
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CDS
CDS
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対象物を囲む図形を作画
対象物を囲む図形を作画
Object>Add Frame(括弧で囲む、四角で囲むなど)
化合物の選択(ISIS互換)
投げ縄形、四角形選択ツールに調整ハンドルを追加
+ハンドルは、選択用の四角形の中心に表示されます。
このハンドル上にカーソルを移動させるとアイコンが手の記号に変わり、
その場所が、ドラッグできることを示します。
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CDS
New
回転、サイズ変更の記号が表示した場所でダブルクリックするとメニューを表示
CDS
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平面構造を三次元回転
平面構造を傾斜、回転する機能です。
メインツールバーの を使用します。
※本機能は、軌道ツールには未対応です。
ホットキー(Hotkey)
ワンタッチで構造を描ける便利な機能です。
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CDS
ラベルを追加したい位置にマウスカーソルを置いてキーを押します。
設定は、以下の場所にあります。
C:¥Documents and Settings¥All Users¥Application Data¥CambridgeSoft
¥ChemOffice2010¥ChemDraw¥ChemDraw Items
設定されている主なホットキー
"A" のキーを押すと"Ac" がラベルとして描かれます。
"e" のキーを押すと"Et" がラベルとして描かれます。
"E" のキーを押すと"COOCH3" がラベルとして描かれます。
"t" のキーを押すと"TMS" がラベルとして描かれます。
"T" のキーを押すと"OTs" がラベルとして描かれます。
"1" のキーを押すと"n-Bu" がラベルとして描かれます。
"2" のキーを押すと"s-Bu" がラベルとして描かれます。
"3" のキーを押すと"t-Bu" がラベルとして描かれます。
"4" のキーを押すと"Ph" がラベルとして描かれます。
"5" のキーを押すと"Ac" がラベルとして描かれます。
"6" のキーを押すと"CH2OH" がラベルとして描かれます。 CDS
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ラベルの展開(Expand Label)
省略形(Et,Me,COOHなど)の原子ラベルを
通常の構造に展開する機能です。
ホットキー、ニックネームなどと組み合わせると便利です。
SMILES,InChI表記文字列の作成
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文字列による構造式の表記方法の例
(Text Line Notation)
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CDS
CDP
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構造式の整形
構造式をバランスよく整えます。部分的な整形も可能。
整形したい部分を選択後、
StructureメニューからClean Up Structure
反応式の解釈
実行前 実行後
反応物(原料)、生成物、触媒、注釈を識別します。
1. View>Show Reaction Interpretation.
2. 反応式の矢印上にマウスカーソルをあわせます。
以下のように識別されます。
赤:反応物
マゼンダ:生成物
シアン:反応式の矢印の上部にあるもの
青:反応式の矢印下部にあるもの
反応認識のための参考事項
反応物と生成物は、少なくとも1つ必要です。.
反応物と生成物は、各々ひとつのラベルでなければいけません。
複数の反応物や原料には、 “+”で結んでいなければなりません。
Reaction conditions must reside completely within the left and right boundaries of the reaction arrow.
反応式には、カーブした矢印を含んではいけません。
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CDP
CDP
New
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ポリマー表現
1.View>Other Toolbars>Brackets
(Main ToolbarからBracket tools)
2.Structure>Bracket Properties
ポリマー表現の設定
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CDP
CDP
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マーカッシュ構造の展開
マーカッシュ構造(代表構造)
構造の展開:Structure>Expand Generic Structure
ペンツール
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CDP
ペンツール(Pen Tools)は、自由に曲線や形を描けます。
Main toolbar からDraw Curve(View>Other Toolbars>Pen Tools)
色を指定し、以下のような効果も指定できます。
A) 曲線 B) 閉曲面 C) 塗りつぶし D) 影 E) 薄い色
CDP
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構造のQuery指定
化学構造式による検索のために様々な指定が可能です。
原子に関する指定 結合に関する指定
リンクノード(Link Node)
リンクノードを使用することで可変長の鎖状構造や
繰り返し回数を指定できます。
原子ラベルテキストボックスで括弧[]を用います。
例:
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CDP
CDP
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立体異性の表示
立体異性の表示設定:File>Document Settings
Show Stereochemistry
R,S,r,s,E,Zがあります。
化学量論計算機能
• 化学量論計算機能
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原子に対する設定
分子に対する設定
(反応を描いてStructure,Analyze Stoichiometry)
CDP
CDP
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薄層クロマト作画ツール
TLC Tool(薄層クロマト作画ツール)
(Set Custom Spotで独自のSpot図形を作成できます)
Massフラグメントツール(1)
• 分子の特定の結合を切ります。
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同時に複数の場所を指定するには、Altキーを押しながら行います。
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CDP
CDP
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Massフラグメントツール(2)
• Dissociation tool.(分離) 親分子の分離したい結合を指定する。
Massフラグメントツール(3)
• Retrosynthesis tool. (逆合成) 親分子の分離したい結合を指定する。
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同時に複数の場所を指定するには、Altキーを押しながら行います。
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CDP
CDP
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表作成ツール(Table Tool)
Mass フラグメントツールと同じ場所に
表作成ツールがあります。
物性予測(ChemProp)
構造式を変化させると予測結果も連動します。
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CDP
100原子(水素を含む)までの分子を計算できます。
CDP
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LogP予測機能(CLogP)
構造式を変化させると予測結果も連動します。
(100原子(水素を含む)までの分子を計算)
予測に使用しているClogPのバージョン
5.01 ClogP algorithm version (released 1 May 2005)
24 Fragment database version (released 1 May 2005)
Copyright Biobyte Corp. 1994-2005
化合物名称命名機能
構造式を変化させると命名結果も連動します。
Structure,Convert Structure to Name
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CDU
CDU
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化合物名から構造式を生成
化学名から構造式を生成できます。(Name=Struct)
Structure,Convert Name to Structure
HNMRシフト予測
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CDU
CDU
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CNMRシフト予測
三次元モデルの取得(Get3D Model)
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ChemDrawで描いた構造をすぐに3次元モデルに変換できます。
構造を選択してEdit,Get3D Model(ChemBio3Dが必要)
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CDU
CDU
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インターネット検索(ChemBioFinder HotLink)
ChemDrawで描いた構造をインターネット経由で検索することが
できます。
BioDrawツール
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CDU
CBDU
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豊富なテンプレート(バイオ関係)
豊富なテンプレート(バイオ関係)
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New
CBDU
New
CBDU
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豊富なテンプレート(その他)
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MS Office連携製品
Shape
Excel上で化学構造式の表示、検索、命名、物性予測を行うためのAdd-inツールです。
Excel上で化学構造式の表示、検索、命名、物性予測を行うためのAdd-inツールです。
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New
CBDU
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Excel連携機能概要
Excel上で化学構造式の作画、検索、物性計算が可能
�SDFile Import/Export
�ChemFinderで構築したDBのImport
�ChemFinderの検索リストのインポート
�ChemProp連携
�各種物性値計算機能(ChemSAR)
�化学名命名機能
�構造検索機能
�Excel Functionality
�コンビケムライブラリ作成
(CS CombiChem Tool)
Excel 2007に対応しました。
ChemOffice for Excel
� データの読み込み(Import Table)
� ChemFinder DB、検索結果、SDFileから可能
� SDFileへの書き出しも可能
� 構造式の表示(ChemOffice,Picture,Show)
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New
CDU
CDU
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ChemOffice for Excel
� 組み込まれている関数(ChemDraw Excel Functions)
ChemBioFinder for Office
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� いろいろなファイル(Word,PowerPoint,Excel)に含まれる構造式を
検索し、集めることができます。
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CDU
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ChemBioFinder Ultra
ChemBioFinderは簡単操作で化学構造情報や反応式情報をデータベース化できる化学
ChemBioFinderは簡単操作で化学構造情報や反応式情報をデータベース化できる化学
情報管理システムです。 情報管理システムです。 迅速かつ効率的に化学構造式、反応式、物性、文献情報等を管
迅速かつ効率的に化学構造式、反応式、物性、文献情報等を管
理・検索することが可能です。
理・検索することが可能です。
主な機能
化合物情報・反応情報DB作成
�SDFile/RDFileのImport/Export機能
�ChemFinder DB自動生成
�ChemDraw連携
�化学構造登録
�化学構造クエリー作成
�構造検索機能
�部分構造検索機能
�完全一致検索機能
�Similarity検索機能
�3次元検索機能
(ChemFinder Pro/Ultraのみ)
�データベースセキュリティ機能
�DB全体に対するパスワードの設定
�各種機能制限の設定
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ChemFinder画面出力例
CDU C3DU
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組成式検索
C6H6 :6個の炭素と6個の水素を含む化合物
=C6H6 :6個の炭素と6個の水素の化合物
C6N0 :6個の炭素と0個の窒素を含む化合物
C6N1-3 :6個の炭素と1から6個の窒素を含む化合物
特殊原子の指定
A(水素以外のすべての原子)
Q(すべてのヘテロ原子(水素、炭素以外))
X(すべてのハロゲン原子(F,Cl,Br,I,At)
M(すべての金属原子(Li,Be,Na,Mg,Al,K,Ca,..Rg,Ce,..Es)
例:AX3、A4の場合BiCl3がヒット
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ChemBio3D Pro
ChemBio3D ChemBio3D Proは、使いやすい3次元モデリングソフトウェアです。OpenGLによる
Proは、使いやすい3次元モデリングソフトウェアです。OpenGLによる
美しい3次元モデルをすばやく作成でき、MM2などで安定構造を求め、さらに詳細な
美しい3次元モデルをすばやく作成でき、MM2などで安定構造を求め、さらに詳細な
解析を行うことができます。また、蛋白質などの大きな分子も表示可能です。
解析を行うことができます。また、蛋白質などの大きな分子も表示可能です。
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New
CBOU COU COP C3DU
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基本機能
� 三次元分子の作画、回転、拡大、縮小
� 座標表示(直交座標、Zマトリックス、内部座標)
� 原子属性、結合属性の設定、表示
� 測定(原子間距離、角度、2面角)
� 計算(拡張ヒュッケル、MM2)
� 分子表面の計算、表示
� 分子軌道の表示
� プレゼンテーション用効果設定(背景、強調)
扱えるファイルの種類
開く(Open) 保存(Save as)
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C3P
C3P
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基本画面
� 3D Model,Output,ChemDraw Panel,
� Model Explorer,Structure Browser
三次元モデルの修正
元の三次元モデル 炭素原子の追加
テキストツールを利用して
HをOに変更
HをOに変更
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単結合ツールを利用して
Cを追加
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自動的にHが追加
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ChemDraw 連携
ChemDraw Panelの表示 ChemDrawによる二次元モデルの作成 MM2による構造最適化を指定
MM2による構造最適化実行
拡張Huckelによる分子軌道表示
三次元モデルの組み立て
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実行結果
拡張Huckel計算の実行
分子軌道表示の選択 分子軌道表示(表示軌道も選択可能)
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分子軌道表示例
EthyleneのHOMO(solid)
応用編セミナー項目
応用編
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ButadieneのHOMO(wire mesh)
① 動作環境の変更、構造作画設定の変更
② ニックネームの定義と利用、代替基の定義
③ 独自のテンプテートの作成
④ 独自のスタイルシートの作成
⑤ ペンツールの使用方法
⑥ 原子ラベルの編集と配置
⑦ タブキーを使用した表の作成
⑧ 特殊な結合表現(多中心、可変結合:マーカッシュ表現)
⑨ TLCプレートの作画(今回は、解説)
⑩ 化学量論計算(今回は、解説)
⑪ 検索構造における詳細設定
⑫ 反応における手動マッピング方法
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導入・サポート体制
デスクトップ導入･サポートにつきましては、弊社ならびに
デスクトップ導入･サポートにつきましては、弊社ならびにCambridgeSoft
CambridgeSoft社がタイトに
社がタイトに
連携し、研究業務フロー効率化を実現すべく万全のサポート体制でご対応させて頂きます。
お 客 様
富士通株式会社
テクニカルコンピューティング・ソリューション
事業本部
CambridgeSoft Corporation
中国 大連
CambridgeSoft Corporation
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Copyright 2010 FUJITSU LIMITED
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