Christophe Depuydt - Labo Lokeren Campus RIATOL
Christophe Depuydt - Labo Lokeren Campus RIATOL
Christophe Depuydt - Labo Lokeren Campus RIATOL
- No tags were found...
You also want an ePaper? Increase the reach of your titles
YUMPU automatically turns print PDFs into web optimized ePapers that Google loves.
Efficiënter screenen naar baarmoederhalskanker<br />
door geautomatiseerde<br />
dunne laag cervixcytologie screening<br />
met voorkennis van HPV type en lading<br />
<strong>Christophe</strong> <strong>Depuydt</strong><br />
AML - <strong>Labo</strong> <strong>Lokeren</strong> <strong>Campus</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
LABORATORY FOR CLINICAL PATHOLOGY<br />
Amerikalei 62-64 - 2000 Antwerpen / tel: 03 259 03 00 – fax: 03 238 77 70<br />
e-mail: <strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@Riatol.be<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
Chronologie<br />
1980 Annie Vereecken sticht <strong>Labo</strong> Riatol als speciaallabo voor gynaecologen<br />
1989<br />
<br />
Geert Salembier sticht Medpath als routinelabo<br />
1994<br />
<br />
<strong>Labo</strong> Riatol fusioneert met Medpath<br />
2001<br />
2004<br />
<br />
Overname van A.M.L. Algemeen Medisch <strong>Labo</strong>ratorium<br />
Reorganisatie van de groepsstructuur, vanaf 2002:<br />
<br />
<br />
<br />
(a) Medvet – Diergeneeskunde; (b) <strong>Labo</strong> Riatol – klinische pathologie ; (c) AML – klinische<br />
biologie en speciaallab<br />
Overname van <strong>Labo</strong> <strong>Lokeren</strong><br />
30% ziekenhuis en 70% ambulante activiteiten<br />
2007<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
Fusie tussen <strong>Labo</strong> Riatol en <strong>Labo</strong> <strong>Lokeren</strong><br />
September: Joint-venture met Waterland<br />
Oktober: Overname van Medisch <strong>Labo</strong> D. van Waes (Brugge)<br />
December: Overname van Clinilabo (Brussel, Antwerpen, Geel)<br />
2008<br />
2010<br />
<br />
<br />
Overname van Klinisch <strong>Labo</strong> Rigo (Genk)<br />
Integratie in Sonic Healthcare (Aus)<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
AML filosofie<br />
“Quality is a science…<br />
…Service an art”<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
AML filosofie (2)<br />
• AML is een vooraanstaand medisch<br />
laboratorium dat kwalitatief en<br />
wetenschappelijk hoogstaande diagnostiek<br />
wil bieden aan haar patiënten, artsen,<br />
onderzoekscentra, doorsturende labo’s en<br />
ziekenhuizen<br />
• AML is actief in alle subdomeinen en biedt<br />
haar diensten aan aan haar klantenbasis die<br />
verspreid is over geheel België en Nederland<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
AML filosofie (3)<br />
• AML is actief in de algemene klinische biologie met<br />
– Analyses voor huisartsen<br />
– Analyses voor dierenartsen<br />
• Daarnaast in een aantal specifieke domeinen een<br />
niche focus ontwikkeld:<br />
– Arbeidsgeneeskunde & Toxicologie<br />
– Microbiologie<br />
– Isotopen<br />
– Anatoom pathologie<br />
– Moleculaire Biologie<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
ISO 15189 -accreditatie<br />
• ISO-kwaliteits-accrediatie<br />
sinds 1994 door Ministerie<br />
Economische Zaken<br />
• Zeer brede scope van<br />
analyses<br />
• Jaarlijkse audit<br />
• Evolutie naar nieuwe norm<br />
NBN-EN-ISO-15189<br />
• Sinds 2008 BELAC certificaat<br />
nr. 352-MED ISO15189<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
Competitief Landschap:<br />
minder met minder maar groter<br />
Aantal Klinische laboratoria in België<br />
800<br />
700<br />
600<br />
500<br />
400<br />
300<br />
200<br />
100<br />
0<br />
748 725 680 630 585<br />
530<br />
500 480<br />
441<br />
359 320 278 258 235 214 193 171 150 100<br />
1990<br />
1991<br />
1992<br />
1993<br />
1994<br />
1995<br />
1996<br />
1997<br />
1998<br />
1999<br />
2000<br />
2001<br />
2002<br />
2003<br />
2004<br />
2005<br />
2006<br />
2007<br />
2008<br />
<strong>Labo</strong>'s<br />
Lineair (<strong>Labo</strong>'s)<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
Groei: aanvragen<br />
2008:<br />
Acq. <strong>Labo</strong> Rigo<br />
2007:<br />
JV Waterland PE<br />
Acq. <strong>Labo</strong> Van Waes<br />
Acq. Clinilabo<br />
1.431.008<br />
1.488.248<br />
1994<br />
30<br />
<strong>Labo</strong> Riatol<br />
2001: Fusie AML<br />
- <strong>Labo</strong> Riatol<br />
556.309<br />
652.887<br />
679.290<br />
2004: Acq. <strong>Labo</strong><br />
<strong>Lokeren</strong> (AZL)<br />
716.731<br />
2004: Acq. <strong>Labo</strong><br />
<strong>Lokeren</strong> (AZL)<br />
782.090 805.590<br />
1.252.213<br />
87.991<br />
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009<br />
Omzet<br />
Aantal aanvragen/jaar<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
Ligging van de verschillende sites<br />
Antwerp<br />
Geel<br />
Bruges<br />
<strong>Lokeren</strong><br />
Genk<br />
Brussels<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
Wat is screening <br />
• Screening is via eenvoudige technieken een groep van<br />
patiënten identificeren, die in aanmerking komen voor verder<br />
gericht onderzoek<br />
SCREENING<br />
≠<br />
DIAGNOSE<br />
Cervixcytologie met kwantificering<br />
van oncogene HPV types<br />
Biopsie<br />
Geen of weinig risico<br />
Verhoogd risico<br />
Normaal screeningspatroon<br />
Follow up of doelgerichte onderzoeken<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
Hoe screenen naar BMHK<br />
• Cervixcytologie: opsporen van (pre)maligne<br />
letsels<br />
→ Behandeling vooraleer een invasief<br />
carcinoom ontstaat<br />
• Premaligne letsels hebben een<br />
onvoorspelbaar verloop, dat afhankelijk is<br />
v/h aanwezige humaan Papillomavirus type<br />
• HPV detectie: opsporen van oncogene HPV<br />
types<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM<br />
-
Waarom is HPV belangrijk in de<br />
screening van cervixcarcinoom <br />
• HPV infectie is oorzakelijk gerelateerd met<br />
cervixcarcinoom<br />
• HPV prevalentie in cervixcarcinoom is<br />
wereldwijd 99,7%<br />
• HPV infectie is noodzakelijk voor het<br />
persisteren en de progressie van CIN<br />
letsels<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM<br />
-
HPV DNA tumor virus<br />
HPV 18 PCR<br />
± 104 bp<br />
HPV18.1 (696)<br />
HPV18.2 (799)<br />
E7<br />
E6<br />
LCR<br />
1/7857<br />
1000 7000<br />
MY09 (7035)<br />
Consensus<br />
PCR<br />
± 450 bp<br />
MY11 (6584)<br />
E1<br />
2000<br />
HPV 18<br />
6000<br />
L1<br />
3000<br />
5000<br />
4000<br />
E2<br />
E4<br />
E5<br />
L2<br />
5’ - G A T C C G G C A T G - 3’<br />
3’ - C T A G G C C G T A C - 5’<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
Humaan Papillomavirus (HPV)<br />
• 30 van de meer dan 100 gekende HPV-types<br />
kunnen de cervix besmetten<br />
– Hoog-risico types:<br />
16,18,31,33,35,39,45,51,52,53,56,58,59,66,67 en<br />
68<br />
vooral bij CIN 2-CIN 3 en invasieve carcinomen<br />
– Laag-risico types:<br />
6,11,40,42,43,44,53,72,…<br />
wratten en condylomen<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM<br />
-
Dunne laag<br />
cytologie<br />
• Vanaf 1999 werd in Europa dunne<br />
laag cytologie geïntroduceerd<br />
• “Betere” kwaliteit<br />
– Minder bloed en uitdroging<br />
– Minder SBLB<br />
• Te automatiseren<br />
• HPV detectie mogelijk<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
Verdeling dunne laag cytologie<br />
52.4<br />
LBP per jaar<br />
10.0<br />
België<br />
ANTWERPEN<br />
VL-BRABANT<br />
LIMBURG<br />
OOST-VLAANDEREN<br />
WEST-VLAANDEREN<br />
BRUSSEL<br />
WALLONIE<br />
19.7<br />
7.3<br />
10.6<br />
2000<br />
2001<br />
2002<br />
2003<br />
2004<br />
2005<br />
2006<br />
2007<br />
2008<br />
2009<br />
2010<br />
Totaal<br />
68000<br />
76000<br />
93000<br />
94000<br />
96000<br />
97000<br />
101000<br />
105000<br />
115000<br />
105000<br />
70000<br />
1020000<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
Primaire screening methodes<br />
(Baarmoederhalskanker)<br />
1. CYTOLOGIE (FocalPoint ® prescreening met geassisteerde screening)<br />
Sensitiviteit<br />
Specificiteit<br />
72,73%<br />
90,70%<br />
NPV 99,66%<br />
PPV 8,08%<br />
FN Ratio<br />
FP Ratio<br />
27,27%<br />
9,30%<br />
2. Oncogene HPV detectie (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 68)<br />
Sensitiviteit<br />
Specificiteit<br />
100,0%<br />
76,48%<br />
NPV 100,0%<br />
PPV 4,56%<br />
FN Ratio<br />
FP Ratio<br />
0%<br />
23,52%<br />
3. Gecombineerde screening: virale lading oncogene HPV > 2 copies / cel<br />
Sensitiviteit<br />
Specificiteit<br />
100,0%<br />
95,09 %<br />
NPV 100,0%<br />
PPV 18,64%<br />
FN Ratio<br />
FP Ratio<br />
0%<br />
4,91%<br />
n = 3126, colposcopisch gecontroleerd, CIN 2+ eindpunt<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
Baarmoederhalskanker screening<br />
(2000-2005)<br />
VOOR AUTOMATISATIE<br />
Afname cervicale cellen<br />
(BD SurePath ® )<br />
Abnormale uitstrijk<br />
ASC-US, L-SIL, H-SIL<br />
DNA extractie uit cervicale afname<br />
MANUEEL<br />
MANUEEL<br />
MANUEEL<br />
HPV detectie met Real-time PCR<br />
gecombineerd advies<br />
MANUEEL<br />
MANUEEL<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
MANUEEL<br />
GEAUTOMATISEERD<br />
Baarmoederhalskanker screening<br />
(Vanaf 1 juni 2006)<br />
Uitstrijk<br />
Voorscreening FocalPoint TM<br />
(1000 beelden)<br />
NA AUTOMATISATIE<br />
Gefixeerde cervicale<br />
cellen (BD SurePath ® )<br />
+<br />
GEAUTOMATISEERD<br />
Pellet meeting<br />
DNA extractie<br />
Master Mix pipettering<br />
HPV detectie<br />
met Real time<br />
PCR<br />
GEAUTOMATISEERD<br />
Efficiënte screening<br />
gecombineerd advies<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
SEMI MANUEEL<br />
Overzicht Baarmoederhalskanker<br />
screening<br />
GEAUTOMATISEERD<br />
Restmateriaal<br />
dunne laag<br />
cytologie = 800 µl<br />
JANUS TM<br />
DNA in 96 deep well<br />
LIMS<br />
JANUS TM<br />
Mmix 2 x 384 well plaat<br />
LC 480<br />
HPV resultaten<br />
Roche remote<br />
Cytologie / PAP<br />
FocalPoint TM<br />
prescreening<br />
SlideWizard TM<br />
Screening met HPV<br />
voorkennis<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
Dunne laag cytologie<br />
SEMI MANUEEL<br />
Restmateriaal<br />
dunne laag<br />
cytologie = 800 µl<br />
Cytologie / PAP<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
Dunne laag preparatie -<br />
Kleuring<br />
Prepmate<br />
PrepStain<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM<br />
22
Overzicht Baarmoederhalskanker<br />
screening<br />
SEMI MANUEEL<br />
GEAUTOMATISEERD<br />
Restmateriaal<br />
dunne laag<br />
cytologie = 800 µl<br />
JANUS TM<br />
DNA in 96 deep well<br />
LIMS<br />
JANUS TM<br />
Mmix 2 x 384 well plaat<br />
LC 480<br />
HPV resultaten<br />
Roche remote<br />
Cytologie / PAP<br />
FocalPoint TM<br />
prescreening<br />
SlideWizard TM<br />
Screening met HPV<br />
voorkennis<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
Pre-screeening dunne laag cytologie<br />
FoCalPoint TM<br />
• Pre-screening van<br />
alle preparaten<br />
• Aanmaak van 15<br />
PAPmaps voor<br />
geassisteerde lezing<br />
met SlideWizards TM<br />
•Transfer data naar<br />
LIMS<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
LIMS – DNA extractie (JANUS TM )<br />
SEMI MANUEEL<br />
GEAUTOMATISEERD<br />
Restmateriaal<br />
dunne laag<br />
cytologie = 800 µl<br />
JANUS TM<br />
DNA in 96 deep well<br />
LIMS<br />
JANUS TM<br />
Mmix 2 x 384 well plaat<br />
LC 480<br />
HPV resultaten<br />
Roche remote<br />
Cytologie / PAP<br />
FocalPoint TM<br />
prescreening<br />
SlideWizard TM<br />
Screening met HPV<br />
voorkennis<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
Pellet meting & DNA extractie vanuit<br />
dunne laag restcytologie<br />
LIMS<br />
JANUS TM<br />
• Monster ID<br />
• HPV testen<br />
Positie<br />
Concentratie<br />
• Monster controle (barcode)<br />
• Normalisatie (Victor)<br />
door OD meting<br />
• Monster transfer<br />
15 ml tubes -> 96 deep well<br />
formaat<br />
• DNA extractie<br />
off board incubatie 56°C<br />
• Monster positie in deep well<br />
• DNA concentratie<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
JANUS TM<br />
• Monster controle<br />
• Pellet meting<br />
(Victor)<br />
• 15ml -> 96 deep well<br />
• DNA extractie<br />
(96 deep well formaat)<br />
Pellet meting & DNA extractie vanuit<br />
dunne laag restcytologie<br />
• Positie transfer<br />
• DNA concentratie<br />
transfer<br />
Capaciteit 728 monsters / dag<br />
Loopduur: 2hr 15 min / 182 monsters<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
SEMI MANUEEL<br />
LIMS – PCR voorbereiding<br />
(JANUS TM )<br />
GEAUTOMATISEERD<br />
Restmateriaal<br />
dunne laag<br />
cytologie = 800 µl<br />
JANUS TM<br />
DNA in 96 deep well<br />
LIMS<br />
JANUS TM<br />
Mmix 2 x 384 well plaat<br />
LC 480<br />
HPV resultaten<br />
Roche remote<br />
Cytologie / PAP<br />
FocalPoint TM<br />
prescreening<br />
SlideWizard TM<br />
Screening met HPV<br />
voorkennis<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
JANUS TM : PCR setup<br />
JANUS TM<br />
• Monster controle<br />
• 4 µl Master mix<br />
zonder wegwerp tips<br />
• 96 deep well DNA<br />
transfer naar 384 well<br />
plaat (1 µl monster)<br />
• “Integrated plate sealer”<br />
zonder centrifugatie<br />
• Werk lijst transfer en<br />
gesealde 384 well plaat<br />
naar Roche<br />
LightCycler 480<br />
Capaciteit 910 monsters / dag<br />
Looptijd: 1hr 20 min / 182 samples<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
JANUS TM : PCR setup<br />
• 1 µl DNA + 4 µl master mix zonder wegwerp<br />
tips, zonder centrifugatie, geïntegreerde<br />
sealing<br />
• PCR setup Macro 1 : 4 triplex PCR’s<br />
Pipetteer duur 60 min<br />
• PCR setup Macro 2 : 4 duplex PCR’s<br />
Pipetteer duur 35 min<br />
• Within-run variatie (3 µl pipettering)<br />
Minder dan 2,15 % per tip / naald<br />
• Between-run tip / naald variatie = 3,83 %<br />
• Accuraatheid = 98,7 %<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
Real time quantitative HPV PCR<br />
on liquid based cytology<br />
• TaqMan TM based assays<br />
Typing and quantification of HPV types:<br />
6E6,11E6,16E7,18E7,31E6,33E7/L1,35E4/E6,39E7,45E7,51E7,<br />
52E7/L1,53E6,56E7,58E7/L1,59E7,66E6,67L1 and 68E7<br />
β-Globin control PCR:<br />
For each sample a control PCR’s is performed<br />
• Viral load was expressed as HPV copies / cell<br />
=> 20 real time PCR’s / sample<br />
Moberg et al 2003; J Clin Microbiol: 41(7):3221-3228<br />
Flores-Mungia et al 2004; J Mol Diagn; 6(2): 115-124<br />
<strong>Depuydt</strong> et al 2006; Cytopathology 17: 1-8<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
HPV Virale lading<br />
HPV copies / cel<br />
40 HPV copies (HPV PCR)<br />
Σ = 20 cells (β-globin PCR)<br />
Virale lading = 40 HPV copies / 20 cellen<br />
= 2 HPV copies/cel<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
Roche LightCycler 480<br />
LightCycler 480<br />
• kwantitatieve PCR analyse<br />
in 384 well formaat<br />
• Snelle cycling (65 min)<br />
• 5 µl reactie volume<br />
• Triplex PCR’s<br />
zonder afdraaien<br />
• Resultaten transfer via<br />
LIMS module en<br />
Roche remote<br />
Capaciteit 9000 PCR’s / dag<br />
doorlooptijd: 65 min / run<br />
27000 resultaten / dag<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
Interface JANUS – Roche LC<br />
480 (Roche remote)<br />
Roche remote<br />
• Staal input (werk lijst)<br />
in de LC 480<br />
• Resultaten transfer<br />
naar LIMS (27000 / dag)<br />
Cp, copies, lading<br />
• Start / stopt LC 480<br />
• Automatisch nieuwe<br />
384 well plaat aanmaak<br />
Get Sample ID<br />
from File/LIMS<br />
LIMS<br />
Get Sample Bloc<br />
Scan Barcode<br />
Get first PCR<br />
plate<br />
Scan Barcode<br />
NO<br />
Input From User :<br />
Amount of Sample blocs to do<br />
Check :<br />
Finish LightCycler<br />
Run OK<br />
NO<br />
Check :<br />
Start LightCycler<br />
Run OK<br />
NO<br />
Check<br />
Do Second PCR<br />
Plate OK<br />
YES<br />
YES<br />
YES<br />
Input For recovery :<br />
How many PCR plates in input<br />
stacker<br />
Which PCR plate (first/second)<br />
to do<br />
Redefine previous sample bloc<br />
setting<br />
Finish Run<br />
Start Run<br />
Get second PCR<br />
plate<br />
Scan Barcode<br />
Put Results<br />
back to LIMS<br />
Put sample ID<br />
from Janus into<br />
LightCycler<br />
Pipet Samples/<br />
Controls/<br />
Mastermix<br />
Put Sample ID<br />
ready for<br />
import to<br />
LightCycler<br />
Pipet Samples/<br />
Controls/<br />
Mastermix<br />
Seal<br />
Put Plate in Input<br />
Stacker<br />
Yes<br />
Check if second PCR<br />
plate is Done<br />
No<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
Roche LightCycler 480<br />
LC 480<br />
• 2 macro’s<br />
20 real time PCR’s<br />
per monster (4 triplex<br />
en 4 duplex PCR’s)<br />
• 65 min / run<br />
• standard curve voor<br />
elk HPV type<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
HPV PCR QC data (LIMS)<br />
HPV 16 E7 23,06<br />
HPV 18 E7 26,64<br />
HPV 31 E6 23,98<br />
HPV 33 E6 25,43<br />
HPV 33,52,58,67 L130,20<br />
HPV 35 E6<br />
HPV 39 E7<br />
HPV 45 E7<br />
HPV 51 E7<br />
HPV 52 E7<br />
HPV 53 E6<br />
HPV 56 E7<br />
HPV 58 E7<br />
HPV 59 E7<br />
HPV 66 E6<br />
HPV 68 E7<br />
HPV 6 E6<br />
h b-globin<br />
Mean Cp<br />
30,10<br />
25,55<br />
28,94<br />
25,58<br />
27,24<br />
24,18<br />
25,44<br />
27,81<br />
25,82<br />
25,01<br />
26,96<br />
25,69<br />
20,90<br />
SD<br />
0,39<br />
0,55<br />
0,72<br />
0,94<br />
0,87<br />
1,29<br />
0,24<br />
0,62<br />
0,22<br />
0,44<br />
0,17<br />
0,3<br />
0,93<br />
0,28<br />
0,37<br />
0,93<br />
0,45<br />
1,24<br />
CV (%)<br />
1,7<br />
2,1<br />
3,0<br />
3,7<br />
2,9<br />
4,3<br />
0,9<br />
2,1<br />
0,9<br />
1,6<br />
0,7<br />
1,2<br />
3,3<br />
1,1<br />
1,5<br />
3,4<br />
1,8<br />
4,9<br />
n<br />
514<br />
510<br />
494<br />
419<br />
514<br />
510<br />
494<br />
419<br />
514<br />
510<br />
494<br />
419<br />
514<br />
510<br />
494<br />
419<br />
514<br />
499<br />
HPV 16<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
Overzicht Baarmoederhalskanker<br />
SEMI MANUEEL<br />
screening<br />
GEAUTOMATISEERD<br />
Restmateriaal<br />
dunne laag<br />
cytologie = 800 µl<br />
JANUS TM<br />
DNA in 96 deep well<br />
LIMS<br />
JANUS TM<br />
Mmix 2 x 384 well plaat<br />
LC 480<br />
HPV resultaten<br />
Roche remote<br />
Cytologie / PAP<br />
FocalPoint TM<br />
prescreening<br />
SlideWizard TM<br />
Screening met HPV<br />
voorkennis<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
Computergestuurde screening met<br />
voorkennis van HPV status<br />
SlideWizard TM<br />
• combinatie van computer<br />
gestuurde screening met<br />
SlideWizards en HPV<br />
resultaat met virale lading<br />
van 16 oncogenic HPV types<br />
• 60 -> 150 preparaten per<br />
screenster per dag<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
Totaal aantal HPV (PCR) testen per maand<br />
2005 vs 2006<br />
Juni 2006 start nieuwe geautomatiseerde screening<br />
12.000<br />
10.000<br />
1.132.092 PCR tests<br />
Aantal monsters<br />
8.000<br />
6.000<br />
4.000<br />
193.698 PCR tests<br />
2.000<br />
0<br />
556<br />
747<br />
850<br />
1.022<br />
860<br />
1.084<br />
660<br />
989<br />
1.351<br />
1.065<br />
815<br />
762<br />
756<br />
785<br />
947<br />
753<br />
971<br />
10.098<br />
7.166<br />
8.073<br />
9.139<br />
8.725<br />
8.058<br />
7.390<br />
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12<br />
2005<br />
Monsters n = 10761<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM<br />
2006<br />
Monsters n = 62894
20<br />
Respons tijd gecombineerd protocol<br />
Gemiddeld 14 dagen<br />
2005<br />
(cytology + HPV)<br />
Aantal dagen<br />
18<br />
16<br />
14<br />
12<br />
10<br />
8<br />
6<br />
9,6<br />
10,6<br />
12,4<br />
12,6<br />
15,7<br />
18,4<br />
15,9<br />
14,3<br />
14,1<br />
16,4<br />
14,9<br />
16,2<br />
10,5<br />
12,6<br />
11,5<br />
11,3<br />
Gemiddeld 7 dagen<br />
2006<br />
12,2<br />
11,1<br />
9,9<br />
10,7<br />
8,0<br />
9,4<br />
7,2<br />
7,2<br />
4<br />
2<br />
0<br />
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12<br />
2005 2006<br />
Delta gecombineerd advies, cytologie + HPV resultaat<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
Cytologie en HPV 2006-2010<br />
• Aantal baarmoederhalsuitstrijkjes met cyto en<br />
HPV : 394 269<br />
• # niet interpreteerbare cyto’s: 0.14%<br />
• # geen amplificeerbaar DNA: 0.08%<br />
• Leeftijds distributie:<br />
Age distribution pap samples 2006-2010<br />
n um ber of sam p les<br />
60000<br />
50000<br />
40000<br />
30000<br />
20000<br />
10000<br />
0<br />
≤20 20-25 26-30 31-35 36-40 41-45 46-50 51-55 56-60 61-65 >65<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM<br />
age
HPV positivity in screening paps<br />
Screening population: 14,16 % HPV positive<br />
(12.39% hrHPV+ en 1,77% lrHPV+)<br />
100<br />
90<br />
80<br />
70<br />
60<br />
%<br />
50<br />
40<br />
30<br />
20<br />
10<br />
0<br />
Age and HPV<br />
≤20 20-25 26-30 31-35 36-40 41-45 46-50 51-55 56-60 61-65 >65<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
age<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM<br />
%hrHPV %LRHPV % HPV neg
Sensitivity / specificity for CIN2+ detection<br />
Screening without<br />
prior knowledge of<br />
HPV<br />
Screening with prior<br />
knowledge of HPV<br />
Primary HPV<br />
Screening<br />
Primary HPV<br />
Screening with viral<br />
load > 0.2 c/c<br />
Primary HPV<br />
Screening with viral<br />
load > 2.8 c/c<br />
Sens<br />
58.14%<br />
74.42%<br />
95.35%<br />
95.35%<br />
88.37%<br />
Spec<br />
94.35%<br />
93.48%<br />
84.93%<br />
90.27%<br />
93.16%<br />
NPV<br />
99.34%<br />
99.59%<br />
99.92%<br />
99.92%<br />
99.81%<br />
PPV<br />
13.37%<br />
14.61%<br />
8.67%<br />
12.81%<br />
16.24%<br />
FPR<br />
5.65%<br />
6.52%<br />
15.07%<br />
9.73%<br />
11.63%<br />
FNR<br />
41.86%<br />
25.58%<br />
4.65%<br />
4.65%<br />
6.84%<br />
CURRENT ALGORITHM<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
Conclusie automatisatie<br />
• Minder manuele stappen (fouten)<br />
Alle stappen zijn gebarcodeerd en traceerbaar<br />
• Geautomatiseerde normalisatie (Victor)<br />
• Geautomatiseerde DNA extractie (JANUS TM )<br />
1 wegwerp tip per monster<br />
• Geautomatiseerde PCR setup<br />
(25 µl -> 5µl / 384 well) zonder wegwerp tips<br />
5 x minder kosten (JANUS) !!!<br />
• Geautomatiseerde PCR run en resultaten transfer<br />
(Roche LC 480 – JANUS – LIMS)<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
Conclusie Baarmoederhalskanker screening<br />
• Juistere resultaten<br />
HPV detectie bij alle monsters alvorens 2e lezing<br />
• Vermindering van # vals positieve / negatieve cytologie<br />
• Efficiëntere follow-up (individuele patiënten)<br />
• 75-85% van de uitstrijkjes zijn HPV negatief<br />
Verlenging van het screenings interval (1 -> 5 jr)<br />
• Efficiëntere screening<br />
15.000 -> 30.000 preparaten / screener / jaar<br />
• 50 % reductie in omloopduur gecombineerd protocol<br />
(14 dagen -> 7 dagen)<br />
=> Globale reductie in kost<br />
=> Verbeterde kwaliteit<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
Acknowledgments<br />
Pathology<br />
Prof. Dr. JP. Bogers<br />
Dr. S. Shahebali<br />
R. Baveco<br />
A. Creemers<br />
K. De Preter<br />
H. Hellemans<br />
I. Goegebeur<br />
M. Vervoort<br />
M. Wouters<br />
Cytology<br />
N. Deckers<br />
L. De Krijger<br />
C. De Maesschalck<br />
K. Van Belle<br />
S. Van Belle<br />
Apr. A. Vereecken<br />
Apr. G. Salembier<br />
<strong>Labo</strong> <strong>Lokeren</strong>, campus <strong>RIATOL</strong><br />
Emiel Vloorsstraat 9<br />
B-2020 Antwerp<br />
BELGIUM<br />
Molecular Biology<br />
Dr. C. <strong>Depuydt</strong><br />
Dr. Apr. I. Benoy<br />
L. Boels<br />
B. Gabriels<br />
K. Ielegems<br />
S. Dierickx<br />
K. Van Beek<br />
L. Van Meir<br />
Administration<br />
K. Callaerts<br />
F. De Keersmaecker<br />
L. De Lepeleire<br />
K. De Schrijver<br />
H. Dierckx<br />
S. Marinozzi<br />
C. Van Heurck<br />
W. Van Hoegaerden<br />
<strong>Christophe</strong>.<strong>Depuydt</strong>@riatol.be<br />
<strong>Labo</strong> <strong>RIATOL</strong><br />
SONIC HEALTHCARE<br />
Antwerp - BELGIUM
Change language