labiatae - Fen Bilimleri Enstitüsü - Balıkesir Üniversitesi

BAÜ FBE Dergisi
Cilt:10, Sayı:1, 52-60
Temmuz 2008
Özet
Farklı genomik dna izolasyon yöntemlerinin
satureja (labiatae) türlerinde uygulanması
Serap ÖZ AYDIN, Feray KÖÇKAR
Balıkesir Üniversitesi Necatibey Eğitim Fakültesi Fen Bilgisi Öğrt.ABD, Balıkesir
Balıkesir Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Moleküler Biyoloji ABD, Balıkesir
Bitkilerden genomik DNA izolasyonu için farklı protokoller bulunmaktadır. Ancak
farklı bitkilerin kimyasal içerikleri de farklı olduğundan birbirine yakın türler için bile
özel genomik DNA izolasyon yöntemi gerekli olabilmektedir. Bu çalışmada tıbbi ve
aromatik bitkilerden, uçucu yağ ve fenolik bileşiklerce zengin Satureja (Labiatae) cinsi
kullanılmıştır. Bu çalışmada üç farklı DNA izolasyon yöntemi uygulanmıştır. Bu
yöntemler karşılaştırıldığında bazı değişiklikler yapılarak oluşturulan yöntemin en
uygun yöntem olduğuna karar verilmiştir. Bu yöntemle elde edilen gDNA’ da,
proteinler, RNA, polisakkaritler, uçucu yağlar, fenoller ve diğer kirleticiler minimal
düzeydedir. Bu elde edilen DNA’ların saflığı ve miktarı jel elektroforezi ve UV (A260
/A280 ve A260 / A230) spektroskopik ölçümlerle belirlenmiştir. Ayrıca Rasgele Arttırılmış
Polimorfik DNA (RAPD) tekniğiyle DNA’nın PZR tekniklerine uygunluğu gösterilmiştir.
Anahtar Kelimeler:DNA izolasyonu, Satureja, RAPD-PZR
Abstract
There are several methods available for isolation of genomic DNA for plants. However,
since different plants have different chemical composition, even close species need
specific genomic DNA isolation protocol. In this study, Satureja (Labiatae) genus that is
very rich in essential oils and phenolic compounds and one of the aromatic plants has
been used. Two different DNA isolation procedures have been tried. A modified
procedure was developed after a comparison of two different procedures. Main
contaminants for genomic DNA, RNA, polysaccharides, essential oils, phenolic
compounds were at minimal level in the genomic DNA. The concentration and purity of
the obtained DNA was determined by agarose gel electrophoresis and UV spectroscopy
(A260/A280 and A260/230). In addition, the suitability of genomic DNA obtained from
different procedure were also checked by RAPD-PCR reactions
Key Words: DNA extraction, Satureja, RAPD-PCR
52

1. Giriş
Farklı genomik dna izolasyon yöntemlerinin satureja (labiatae) türlerinde uygulanması
Sekonder metabolitlerce zengin olan bitkiler ilaç, kozmetik, yiyecek ve pestisid
endüstrisinde değeri olan bitkilerdir. Bu aromatik ve tıbbi bitkilerin çoğu pek çok
ülkede ve ülkemizde yetişmekte, ayrıca yıllardır halk ilacı ve çay olarak
kullanılmaktadır (1,2). Labiatae familyasına dahil olan Satureja cinsine ait türler de
zengin karvakrol ve timol içerdiği ile bilinmektedir (3,4). Satureja cinsinin ürettiği bu
önemli kimyasal bileşiklerden dolayı uçucu yağ içerikleri, diğer kimyasal içerikleri,
etnomedikal etkileri üzerine yapılan çalışmalar yanında farmakolojik aktivitelerini ve
antimikrobiyal aktivitelerini belirlemek için yapılan pek çok çalışmalar bulunmaktadır
(5,6).
Satureja cinsinin, bu önemli özelliklerine rağmen halen sistematik problemleri
bulunmaktadır. Özellikle bazı türler deniz seviyesinden 2500 m yüksekliğe ve çok geniş
yayılış alanına sahip olduğundan yüksek bir varyasyon göstermektedir. Ayrıca bazı
hibritler bulunmaktadır. Bu nedenlerle bazı türlerin sınırlarının belirlenmesi oldukça güç
olabilmektedir. Bu sistematik problemler bitkilerin morfolojik karakterlerinin
kullanılmasıyla çözümlenememektedir. Bu sebeple farklı karakterlerle türlerin teşhisinin
yapılmasının gerekliliği ortaya çıkmıştır. Moleküler sistematik yöntemlerin kullanılması
gerekliliği belirmiştir.
Türlerin belirlenmesi için yapılacak DNA temelli bu çalışmalar RAPD (7,8), RFLP (9),
genom haritası, DNA parmakizi çalışmaları gibi moleküler genetik çalışmalarıdır. Bu
teknikler için yüksek saflıkta DNA’ ya ihtiyaç vardır (10). Pek çok bitki türünde
başarıyla uygulanan değişik DNA izolasyon yöntemları mevcuttur (12,13,14,15). Ancak
bitkiler arasında da biyokimyasal açıdan oldukça farklı kompozisyonlar bulunmaktadır.
DNA izolasyonu, yapılarında yüksek oranda fenoller, ketonlar, aldehitler,
polisakkaritler gibi sekonder metabolitleri içeren bitkilerde problemli olabilir. Aynı tür
içerisinde ana bileşik değişebilmektedir. Satureja hortensis ’in kültüre alınmış
formlarında karvakrol, doğal formlarında ise timol ana bileşik olarak belirlenmiştir.
Türkiye’nin doğusunda yetişen bitki örnekleri yağlarında timol’ü ana bileşen olarak
tespit edilmesine karşın batısında yetişenlerde ana bileşiğin karvakrol olduğu
saptanmıştır (16). Değişik türler arasındaki kemotipik heterojenlik, bir izolasyon
protokolünden optimal DNA izolasyonuna izin vermeyebilir ve belki de yakın ilişkili
türler arasında bile farklı izolasyon yöntemları gerekebilir (17).
Bu çalışmada kullanılan Satureja cinsi içerdiği bileşikler sebebiyle tıbbi ve ekonomik
açıdan önemli bir bitki grubudur. Aynı zamanda bu bitki, sistematik açısından oldukça
problemli olduğundan moleküler yöntemler uygulanılması amaçlanmaktadır. Modifiye
ettiğimiz DNA izolasyon yöntemi ile elde edilen gDNA örneklerine RAPD tekniği
uygulanmıştır.
2. Materyal-yöntem
2.1. DNA izolasyonu için bitki örneklerinin toplanması
DNA İzolasyonu için 2000-2002 tarihleri arasında Satureja cinsine ait 7 farklı
lokaliteden farklı vejatasyon dönemlerinde toplanmış türler kullanılmıştır. Bunlar, S.
wiedemanniana (Tokat-Turhal), S. cuneifolia (Denizli-Babadağ), S. pilosa (Balıkesir-
Kazdağ), S. icarica (Çanakkale-Gökçeada), Satureja sp.1 (Bursa-Mezitler), Satureja
sp.2 (Balıkesir-Zeytinli), Satureja sp.3 (Çanakkale-Küçükkuyu).
53

Serap ÖZ AYDIN, Feray KÖÇKAR
Bu bitkilerin araziden toplanan taze yaprakları genomik DNA izolasyonuna kadar –80
°C derin dondurucuda saklanmışlardır.
2.2. Genomik DNA izolasyonu
2XCTAB yöntemi: Satureja bitkilerinden genomik DNA izolasyonu için Saghai-
Maroof ve ark.yönteminden modifiye edilmiş 2XCTAB yöntemi kullanılmıştır (13).
1 g taze yaprak dokusu sıvı azotla toz haline getirilir. Ependorfa 750 µl 2XCTAB
(Sigma) solüsyonu eklenir. Ependorf parafilmle sarılır, 30 dk. 65 °C de su banyosunda
bekletilir ve parafilmi açılır. Ependorfa 750 µl kloroform : izoamilalkol (24:1) (Sigma)
eklenir. Tüp iyice çalkalanır üst fazı ( 650 µl ) 1.5 ml lik tüpe transfer edilir. Eğer faz
temiz değilse 550 µl alınır ve üzerine 300 µl 2XCTAB ve 750 µl kloroform eklenir ve
15000 rpm de 5 dk.santrifüj edilir. Diğer ependorfa 650 µl alıp üzerine absolü
izopropanol (Sigma) eklenir (oda sıcaklığında) 25000 rpm ve 25 °C de 5 dk. santrifüj
edilir. İzopropil alkolü dikkatle dökülür. Kurutma kağıdına kapatılır. 1 ml % 70 etanol
(Sigma) eklenir ve 15000 rpm de 25 °C de 5 dk.santrifüj edilir. Daha sonra etanolü
uzaklaştırılır ve 30 dk. beklenerek kuruması sağlanır. Pellet 500 µl TE pH 8 içinde
çözülür.
2.3. Dellaporta ve ark. yöntemi
Daha sonra Dellaporta ve ark. (14) yöntemi izolasyon işlemi için kullanılmıştır.
1 g taze yaprak dokusu sıvı azot ile ezilir. 15 ml ayrıştırma tamponu (100 mM Tris
(Sigma), 50 mM EDTA (pH: 8, Sigma), 500 mM NaCl (Fluka), 10 mM
mercaptaethanol (Merk) ve distile su ) üzerine ezilmiş bitki dokusu eklenir. Bu tüp içine
1 ml %20 SDS (Sigma) eklenip 1 dk hızlıca çalkalanıp 10 dk 65 °C’ de inkübe edilir.
Daha sonra üzerine 5 ml, 5 M Potasyum asetat (Merk), eklenip tüp yavaşça çalkalanır
ve buzda 20 dk. bekletilir. Tüpler 15000 rpm’ de oda sıcaklığında 20 dk. Santrifüj edilir.
Süpernatant dikkatlice bir eppendorf tüpe aktarılır bunun üzerine soğuk 10 ml
izopropanol eklenir ve daha sonra -20 °C’de 30 dk. bekletilir. -20 °C’den alınan tüp
14000 rpm’ de oda sıcaklığında 5 dk santrifüjlenir. Süpernatant yavaşça dökülür ve
pellet kurutulur. Bunun üzerine 400 TE-I (50 mM Tris, 10 mM EDTA ) eklenir ve 30
dk. çözünmesi için beklenir. Çözündükten sonra 75 µl 3M NaOAc (Merk), ve 500 µl
izopropanol eklenerek 30 sn satrifüjlenir. Süpernatant boşaltılp 1ml % 80 Etanol eklenip
yine 30 saniye santrifüjlendikten sonra ependorf ters çevrilip 1 saat kurumasını beklenir.
Son aşama olarak DNA 500 µl TE-II (10mM Tris, 1mM EDTA) içinde çözülür.
2.4. Modifiye DNA izolasyon yöntemi
Bu yöntemde Dellaporta ve ark.(14) İle Pich. ve ark.(15) yöntemlerine benzer olan bir
yöntem modifiye edilmiş ve Do ve arkadaşlarının(18) kullandığı yöntemdeki gibi 2.5
M NaCl konsantrasyonu ile polisakkaritler uzaklaştırılmıştır. Bu yöntem aşağıdaki
gibidir:
1 gram taze yaprak dokusu havanda sıvı azot yardımıyla toz haline gelinceye kadar
ezilir. 1 ml ekstraksiyon tamponu (100mM Tris-HCl (pH=8.0), 50 mM EDTA
(pH=8.0), 500mM NaCl, 0.007% 2-mercaptoetanol) ve 130 µl %10’luk SDS
mikrosantrifüj tüpüne eklenir ve karıştır. 15 dk. 65 O C ‘de inkübasyona bırakılır. 300 µl
5M potasyum asetat eklenip 30 dk. buzda bekletilir. 15000 rpm 10 dk. Santrifüj edilir.
Süpernatant iki tüpe aktarılır yaklaşık 300 µl kadar. Her bir tüpe 300 µl fenol (pH 8,
54

Farklı genomik dna izolasyon yöntemlerinin satureja (labiatae) türlerinde uygulanması
Sigma) ve 200 µl dH2O eklenir. 15000 rpm de 10 dk. Santrifüj edilir. Supernatantı
alınıp (≅ 800µl) üzerine eşit hacimde kloroform-izoamilalkol eklenir. 10 dk. 15000 rpm
de 4 o C de santrifüj edilir. Süpernatantı yeni bir tüpe aktarılır gerekirse koroformizomilalkol
tekrarlanabilir. 2 hacim absolu etanol eklenip 30 dk. buzda bekletilir. 5 dk.
15000 rpm de sanrifüj edilip süpernatantı dökülür. Pelet 70% lik alkolle yıkanıp TE’ de
çözülür. gDNA ‘dan 5µg alınır bu miktar 500 µl’ ye TE ile tamamlanır. 2,5 M NaCl
eklenir üzerine 2 hacim etanol konduktan sonra 20-30 dk. beklenir. 10 dk. Satrifüjden
sonra etanol dökülüp yerine % 70 ’lik 500 (l etanol eklenir 3 dk spin ettikten sonra TE
içinde çözülür.
3. DNA örneklerinin saflık, miktar tayini ve pzr tekniklerine uygunluğunun
belirlenmesi
Tüm yöntemlerle izole edilen DNA örnekleri jel elektroforezinde yürütülerek kontrol
edilmiştir. Bunun için % 0.7 agaroz (Sigma), jel elektroforezi kullanılmıştır. Genomik
DNA ’nın saflığını daha kesin sayısal ifadelerle belirlemek için spektrofotometre
(Unıcam-Hexios α ) ile absorbans (A260 /A280 ve A260 / A230) değerleri ölçülmüş, saflığı
ve miktarı hesaplanmıştır (19).
4. RAPD-PZR uygulaması:
İzole edilen DNA’nın PZR reaksiyonlarına uygunluğunu göstermek için de elde edilen
genomik DNA RAPD reaksiyonlarında test edilmiştir.
Her bir reaksiyon (25 µl) , 2,5 mM MgCl2 (Fermentas), 0.2 mM dNTP (dATP, dCTP,
dGTP, dTTP), (Fermentas), 1 µM Primer (Sigma ), 1 U Taq Polymerase (Fermentas),
2,5 µl 10XPCR tampon (Fermentas), 10 ng genomik DNA içermektedir. Amplifikasyon
işlemi PZR cihazı (Techne-Progene) ile şu basamaklarda gerçekleşmiştir :1. döngü 94
°C’de 2dk., bunu izleyen 42 döngü, denaturasyon aşaması 94 °C’de 30 s ,primer
bağlanma aşaması 35°C’ de 30 s, uzama aşaması ise 72°C’ de 60 s ve son basamak 1
döngü 72°C’ de 4 dk.’dır (20).
RAPD-PZR sonucu oluşan ürünler 80 V, 1.2% agaroz jelde yürütülmüştür. Daha sonra
UV transilluminator kullanılarak jeller değerlendirilmiştir. Jellerin fotoğrafları polaroid
667 tip film kullanılarak polaroid kamera ile çekilmiştir.
5. Sonuç ve tartışma
Labiatae familyasına ait tıbbi ve aromatik bitkilerin ürettiği sekonder metabolitler ve
uçucu yağlar pek çok alanda bu bitkilerin değerini arttırmaktadır. Ancak bu bitkiler ile
DNA temelli bir çalışma yapılması düşünüldüğünde, DNA izolasyonunda, sekonder
metabolitler, uçucu yağlar, fenolik bileşikler gibi bitki etken maddeleri çeşitli sorunlar
ortaya çıkabilmektedir. DNA’da bu maddelerin varolması DNA temelli çalışmalarda
engelleyici etkiler göstermektedirler. Bu sorunlar, izolasyon yöntemlerinde bazı
değişikliklerin yapılmasıyla ortadan kaldırılabilmektedir.
Satureja cinsindeki akrabalık ilişkilerini belirlemek için yapılacak olan RAPD
çalışmalarında kullanılmak üzere saf DNA gereklidir. Bu amaçla ilk olarak Dellaporta
ve ark.’a (14) göre izolasyon yapılmıştır. Spektro ölçümlerinden A260 /A280 oranı
55

Serap ÖZ AYDIN, Feray KÖÇKAR
ortalama 1.3 değerini geçmemiştir. Bu yöntemle elde edilen gDNA örnekleri % 0.7 ’lik
agaroz jelde yürütülmüştür. Bu jelin fotoğrafı Şekil 1’de verilmiştir.
İlk uygulanan yöntemle izole edilen DNA’nın saflık değeri düşüktür. Bu nedenle farklı
bir yöntem ile (2xCTAB) daha DNA izole edilmiştir (13). Bu örnekler içinde A260 /A280
oranı hesaplanmıştır. Değer ortalama olarak 1.5 civarındadır. Bu yöntemle elde edilen
DNA miktarı Spektro ölçümleriyle belirlenebilmesine karşılık oldukça az olduğundan
agaroz jelde görüntülenmesi mümkün olmamıştır. (Şekil 3 c)
Özellikle Dellaporta ve Ark. yöntemine göre izole edilen gDNA fazla miktarda RNA
kirliliği içermektedir. Şekil-1’ deki jelde de görülen kirliliği ortadan kaldırmak amacıyla
örnekler Ribonükleaz A işlemine tabi tutulmuşlardır. Bu işlemden sonra UV
spektrometrede incelendiğinde düşük yoğunlukta DNA’nın varlığı tespit edilirken jelde
incelendiğinde görüntülememiştir. Bu şekilde RNA kirliliğinden temizlenmiş olan
gDNA örnekleriyle yapılan RAPD reaksiyonlarında bir amplifikasyon oluşmamıştır.
Ayrıca uygulanan fenol kloroform ekstraksiyonu, sonucu değiştirmemiştir. Aynı şekilde
diğer yönteme de aynı işlemler uygulanmış yine RAPD reaksiyonunda sonuç
alınamamıştır.
Bu durumda Satureja cinsine ait bitkilere uygun yeni bir gDNA yönteminin
uygulanmasının gerekliliği ortaya çıkmıştır. Modifiye bu metod iki temel basamaktan
oluşmaktadır. İlk basamakta Dellaporta ve ark. ile Pich ve ark yöntemi modifiye
edilerek mini izolasyon yöntemi oluşturulmuştur. Ancak bu şekliyle tüm DNA örnekleri
RAPD reaksiyonu sonucu tekrarlanabilir net bantlar vermemiştir. İkinci basamakta
PZR’ ı inhibe ettiği tesbit edilen polisakkaritler temizlenmiştir. Bu işlem Do ve
arkadaşlarının [18] uyguladığı gibi yüksek konsantrasyonda NaCl kullanımıyla
çözülmüştür. Modifiye yöntemle elde edilen genomik DNA örneklerinin agaroz jel
görüntüleri ve UV spektrofotometre absorbans değerleri gerekli standartlara uygun
bulunmuştur. Modifiye yöntemle elde edilen örneklerin absorbans değerleri
ölçüldüğünde A260 /A280 oranının (ortalama 1.82) saf DNA değerinde olduğu
hesaplanmıştır. Bu yönteme ait 7 farklı DNA örneğinin agaroz jelde verdikleri görüntü
Şekil 2’de verilmiştir.
56

Farklı genomik dna izolasyon yöntemlerinin satureja (labiatae) türlerinde uygulanması
M A D M K Z Ç G M A D M K Z Ç G M
Şekil-1 Dellaporta et.all.yöntemine göre gDNA
izolasyonu sonucunda elde edilen gDNA’nın
konsantrasyonunu gösterir agaroz jel fotoğrafı
Şekil-2 Modifiye yönteme göre gDNA izolasyonu
sonucunda elde edilen gDNA’nın konsantrasyonunu
gösterir agaroz jel fotoğrafı
(M: Marker DNA, A:Tokat, D:Denizli, M:Mezitler, K:Kazdağ, Z:Zeytinli,
Ç:Küçükkuyu, G:Gökçeada lokalitelerine ait gDNA bantları.)
Şekil 3’te 3 farklı izolasyon yöntemiyle elde edilen gDNA örneklerinin karşılaştırılması
verilmiştir. (d: [14] , c: [13] , m:modifiye yöntem). Jel fotoğrafından da görüleceği gibi ilk
yötemle elde edilen DNA örneği çok fazla kirlilik içermektedir. İkinci uygulanan
yöntemle elde edilen DNA miktarı çok az olmaktadır. Bizim bu bitkiler için
uyguladığımız yöntemle elde edilen DNA ise jelde net bir bant oluşturmaktadır. Bu da
bize DNA’nın oldukça temiz ve miktarının yeterli olduğunu göstermektedir.
Farklı izolasyon yöntemlerinin sonucunda elde edilen farklı genomik DNA örneklerinin
RAPD reaksiyonuna uygunluğu, çok sayıda primer kullanılarak değerlendirilmiştir.
Farklı yöntemlerle elde edilen DNA örnekleriyle RAPD reaksiyonu uygulaması
yapılmıştır. Bu örneklerden sadece modifiye yöntem ile elde edilen DNA örnekleri
PZR’ da çoğaltılabilmiştir. Çok sayıda primer kullanılarak gDNA’ nın kalitesinin
değerlendirildiği bu RAPD-PZR sonuçlarının görüntülerine ait bir örnek agaroz jel
fotoğrafı Şekil 4’te verilmiştir. Tüm primerlerle, tekrarlanabilirliği olan bantların
oluşması bu türler için gerekli DNA izolasyon yönteminin belirlendiğini göstermiştir.
57

Serap ÖZ AYDIN, Feray KÖÇKAR
M d c m
Şekil-3 Üç Farklı gDNA izolasyon sonucunun karşılaştırması (d: [14] , c: [13] , m:modified
method, M: 1 kb DNA Standardı)
bp
1000
1500
500
bp
10000
8000
6000
5000
4000
3500
3000
2500
2000
1500
1000
750
500
250
M 1 2 3 4 5 6 7 8 M
Şekil-4 OPB-08 Primerinin RAPD-PZR sonucu oluşan bantlarını gösterir agaroz jel
fotoğrafı
(M:1 kb DNA Standardı, 1:S.wiedemanniana , 2:S.cuneifolia, 3:S.parnassica
subsp.sipylea, 4:S.icarica, 5:S.pilosa, 6:Satureja sp.1, 7:Satureja sp. 2, 8:Satureja sp.3)
Bu çalışma ile Satureja cinsine ait türlerin DNA izolasyonunda, diğer yöntemlere göre
daha az miktarda kimyasal gerektiren ve kolay uygulanabilen bir genomik DNA
58

Farklı genomik dna izolasyon yöntemlerinin satureja (labiatae) türlerinde uygulanması
izolasyon yöntemi belirlenmiştir. Bu yöntem, ayrıca uçucu yağ ve diğer sekonder
metabolitler açısından zengin diğer Labiatae türlerinin DNA izolasyonu için de
kullanılabilir.
Kaynaklar
1. P.H.Davis, Flora of Turkey and the East Aegean Islands, (1982), Vol.7,p 314,
Üniversity Press, Edinburgh.
2. Başer K.H.C., “Essantial oils from arn,natik plants which are used as herbal teaın
Turkey”, Flavours, Fragrances and Essantial Oils.Proceeding of the 13
thInternational Congress of Flavours, Fragrances and Essantial Oils, İstanbul,
Turkey(1995)
3. Tümen, G., Kırımer, N., Başer, K.H.C., The essential oils of Satureja L.occurring in
Turkey, Proceeding of the 27 th.international symposium on essantial oil, (Franz,
C.H.,Mathe, A. And Buuchbauer,G.,EDS.) Allured Publishing Corporation,
ViennaAustria, pp.250-254(1997).
4. Başer, K.H.C., Tümen, G., Satıl, F., Kırımer, N. “Comparative Morphological and
Chemical Studies on Satureja Species From West Anatolia” Second Balkan
Botanical Congress (SBBC), p. 129-132, Ed. By Neriman Özhatay, İstanbul –
Turkey. 14-18 May (2000)
5. Lamaison, J.L., Petitjean-Freytet, C., Duband, F., Carnat, A.P.,”Rosmarinic Acid
Content and Antioxidant Activity in French”, Fitoterapia, 62, 2:166-171(1991)
farmasotik aktivite)
6. Müller-Riebau F., Beger B. And Yegen o., “Chemical composition and fungitoxic
properties to phytopathogenic fungi of essantial oils selected aromatic plants
growing wild in Turkey”, J. Agric. Food Chem. 43, 2262-2266(1995)(antimkrobial)
7. Williams, J.G.K., A.R. Kubelik, K.J. Livak, J.A. Rafalski & S.V. Tingey, 1990.
DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful genetic markers
Nucl. Acids. Res. 18:6531-6535
8. Welsh J.,Mc Clelland M (1990) Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary
primers.Nucl. Acid Res 19:303-306.
9. Southern EM, “Detectionof specific sequences among DNA fragments separated by
gel electrophoresis”. J.Mol.Biol., 144:395-404(1975).
10. Aljanabi, S.M., Forget, L., Dookun, A., “An Improved and Rapid Protocol for the
Isolation of Polysaccharide and Polyphenol Free Sugarcane DNA” Plant Mol.
Bio.Repor. 17:1-8(1999).
11. Porebski S., Bailey L.G. and Baum B.R.,” Modification of a CTAB DNA extraction
protokol for plants containing high polysaccharide and polyphenol components”
Plant Mol. Biol. Reptr. 15:8-15(1997).
12. Doyle J.J.and Doyle J.L. “A rapid DNA isolation procedure from small quantities of
fresh leaf tissue” Phytochem Bull19:11-15(1987)
13. İncirli, A., Bilgiç, H., Akkaya, M. S., "Assessment of Polymorphic AFLP Markers
in Triticum durum and Aegilop sp. ", Turk J. Biol. 25, 291-299 (2001).
14. Dellaporta, S. L.,Wood, J., Hicks, J.B., “A Plant DNA Mini Preparation Version II”,
Plant Molecular Biology Reporter, Voll 1, (1983) ,.pp:19.
15. Pich, U. And Schubert, I., Minipep Method For İsolation Of DNA From Plants With
A High Contentof Polyfenols ",Nüc. Acid. Res.,21, 3328 (1993).
16. Başer K.H.C., Özek T.,Kırımer N. And Tümen G.,“A Comparative Study of The
Essantial Oils of Wild and Cultivated Satureja hortensis”, J.Essent.Oil Res.(İn press)
59

Serap ÖZ AYDIN, Feray KÖÇKAR
17. Weishing K., Nybom H., Wolf K and Meyer W., “DNA Isolation And Purification.
İn:DNA Fingerprinting İn Plants And Fungi, pp 44-59 CRC Press, Boca Raton,
Florida (1995).
18. Do N. and Adams R.P. “A Simple Technique For Removing Plant Polysaccharide
Contaminants From DNA” BioTechniques 10: 163–166(1991).
19. Sambrook, J. ,Russell, D.W., Maniatis, T, Molecular Cloning A Laboratary Manual.
2ndedition Cold Spring Harbor Laboratory Press Cold Spring Harbor, N. Y. (1989).
20. Öz Aydın S. Bazı Satureja Türlerinin Morfolojik, Moleküler ve Sistematik Yönden
Değerlendirilmesi, Doktora Tezi, Balıkesir Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü,
Biyoloji Eğitimi Anabilim Dalı, Balıkesir, (2004).
60