2017-2020 KUTTAM Faaliyet Raporu

Koç Üniversitesi Translasyonel Tıp Araştırma Merkezi

2017-2020 Faaliyet Raporu

DUVARLARI YIKMAK İÇİN

2

KUTTAM FAALİYET RAPORU 2017-2020

İNOVASYONA GİDEN YOLDA

BİLİMİN SINIRLARINI

ZORLUYORUZ

VE DİSİPLİNLERARASI

DUVARLARI

YIKIYORUZ

İÇİNDEKİLER

06 DIREKTÖRÜN MESAJI

08 REKTÖRÜN MESAJI

10 REKTÖR YARDIMCISININ MESAJI

12 KOÇ ÜNİVERSİTESİ HAKKINDA

16 KOÇ ÜNİVERSİTESİ HASTANESİ

HAKKINDA

18 KUTTAM HAKKINDA

19 MİSYON, VİZYON

20 YÖNETİM KURULU

22 BİLİMSEL DANIŞMA KURULU

23 ENDÜSTRİYEL DANIŞMA KURULU

24 AÇILIŞ TÖRENİ

26 BİR BAKIŞTA KUTTAM

28 TEKNİK VE İDARİ KADRO

30 AKADEMİ

29 Öğretim Üyeleri

38 Doktora Sonrası Araştırmacılar

44 ALTYAPI VE SUNULAN HİZMETLER

46 Hücresel ve Moleküler Görüntüleme

Laboratuvarı

52 Nano Ölçekli Teknoloji ve Üç Boyutlu

(3D) Prototip Laboratuvarı

56 Moleküler Tıp Laboratuvarı

62 Omiks Laboratuvarı

66 Hareket Analizi ve Kognisyon

Laboratuvarı

68 Biyomekanik ve Dayanıklılık

Laboratuvarı

70 Biyoistatistik, Biyoinformatik ve Veri

Yönetimi Laboratuvarı

72 Deney Hayvanları ve Zebra Balığı

Laboratuvarı

76 NDAL Laboratuvarı

80 Biyogüvenlik Seviye-3 (BSL-3)

Laboratuvarı

82 Klinik Araştırma Ünitesi

84 İŞ BİRLİĞİ AĞI

86 ARAŞTIRMA PERFORMANSI

96 ÖNE ÇIKAN YAYINLAR

110 FONLANAN PROJELER

111 Koç Üniversitesi Teknoloji

Transfer Ofisi (TTO)

112 Avrupa Araştırma Konseyi

Tarafından Desteklenen Projeler

116 Avrupa Komisyonu Tarafından

Desteklenen Projeler

118 2232 ile Desteklenen Projeler

124 TÜBİTAK 2247-A Ulusal Lider

Araştırmacılar Programı

126 TÜBİTAK STAR Programı

130 ÜNİVERSİTE-SANAYİ İŞ BİRLİĞİ

2


136 PATENTLER

138 ÖDÜLLER

144 LİSANSÜSTÜ EĞİTİM

145 Fen Bilimleri Enstitüsü

146 Sağlık Bilimleri Enstitüsü

147 PhD/MSc Öğrencileri

151 Mezunlar

152 GÖRÜŞLER

152 Dış Kullanıcılar

156 Mezunlar

157 İç Kullanıcılar

160 ETKİNLİKLER

164 KUTTAM’dan Venice VR. Expande

2020’ye destek

165 KOÇ ÜNİVERSİTESİ VE ERGEN RUH

SAĞLIĞI EKİBİ VE KARMA GERÇEKLİK

LABORATUVARI İLE ORTAK ÇALIŞMALAR

166 PANDEMİ VE KUTTAM

168 ARAŞTIRMA GRUPLARI

170 Hakan Ürey ve Ekibi

174 Özlem Yalçın ve Ekibi

178 Tamer Önder ve Ekibi

182 Afsun Şahin ve Ekibi

186 Ceyda Açılan Ayhan ve Ekibi

190 Kemal Baysal ve Ekibi

194 Kerem Pekkan ve Ekibi

198 Mehmet Kaya-Bülent Ahıshalı ve Ekibi

202 Yüksel Peker ve Ekibi

206 Nihal Özcan ve Ekibi

210 Nathan Lack ve Ekibi

214 Seda Kızılel ve Ekibi

218 İsmail Lazoğlu ve Ekibi

222 Tuğba Önder ve Ekibi

226 İhsan Solaroğlu-Mehmet Cengiz Onbaşlı ve Ekibi

230 Özgür Öktem ve Ekibi

234 Serçin Karahüseyinoğlu ve Ekibi

238 Yasemin Gürsoy ve Ekibi

242 Ayşe Nazlı Başak ve Ekibi

246 Fuat Balcı ve Ekibi

250 Hale Yapıcı Eser ve Ekibi

254 Hasan Bayram ve Ekibi

258 Nuray Ulusu ve Ekibi

262 Nurhan Özlü ve Ekibi

266 Atay Vural ve Ekibi

270 Devrim Gözüaçık ve Ekibi

274 Attila Gürsoy-Özlem Keskin ve Ekibi

278 DAHA İLERİSİ İÇİN HERKESİN GÖRÜŞÜ

ÖNEMLİ!

280 DİREKTÖRDEN GELECEĞE DAİR

KUTTAM FAALİYET RAPORU 2017-2020 3

4


“Türk milletinin

yürümekte

olduğu terakki ve

medeniyet yolunda,

elinde ve kafasında

tuttuğu meşale,

müspet ilimdir.”

Mustafa Kemal Atatürk


DİREKTÖRÜN MESAJI

Ülkemizde refah düzeyinin

artması ve ortalama yaşam

süresinin uzamasıyla birlikte yaşlı

nüfusun giderek artması sağlık

hizmetlerine olan talebi sürekli

olarak artırıyor. Sağlık hizmeti

sunumunda ihtiyaç duyulan tıbbi

cihaz ve ilacın büyük oranda

ithal olması, sosyal güvenlik

sistemimizin sürdürülebilirlik

konusunda yaşadığı en büyük

zorluk. Bu noktada Türkiye’nin

yüksek katma değerli ürün

üretebilen, küresel pazarlara ürün

ve hizmet sunabilen ve yurt içi

tıbbi cihaz ihtiyacının daha büyük

bir kısmını karşılayabilen bir

üretim yapısına geçmesi kilit rol

oynuyor. Uzun vadede Türkiye’nin

küresel bir Ar-Ge merkezi olması

ve tıbbi cihaz alanında rekabetçi

bir konuma ulaşması için nitelikli

insan gücü yetiştirmenin de

anahtar olduğunun farkındayız.

Yetenekli gençleri ve değerli

akademisyenleri bir araya getiren

Koç Üniversitesi, yaşam bilimleri,

sosyal bilimler, mühendislik

Prof. Dr. İhsan Solaroğlu

Kurucu Direktör

6


‘En üst seviye teknolojiyle donatılmış

laboratuvarlarımız, nitelikli araştırmacılarımız ve

iyi yetişmiş insan kaynağımızla bilimin sınırlarını

evrensel düzeyde zorlamak arzusundayız.’

ve sağlık bilimleri alanlarında

disiplinler arası araştırmalarda

geldiği önemli konumuyla

bilime evrensel düzeyde katkıda

bulunuyor. Bundan alınan

güçle kurulan Koç Üniversitesi

Translasyonel Tıp Araştırma

Merkezi, kısa adıyla KUTTAM,

sağlık alanında yapılacak

translasyonel araştırmalara altyapı

sağlamak, ilgili araştırmacıları

teşvik etmek ve desteklemek,

bunun ötesinde üniversitesanayi

iş birliğini en üst seviyeye

çıkarmak amacıyla kapılarını

açtı. Hedeflerimize ulaşmadaki

destekleri için Cumhurbaşkanlığı

Strateji ve Bütçe Başkanlığı, Vehbi

Koç Vakfı ve Koç Üniversitesi’ne

şükranlarımızı sunuyoruz.

araştırmacılarımıza ve KUTTAM’ın

yarattığı tamamlayıcı nitelikte

iş birlikleri ortamına dayanıyor.

Hedefimiz, disiplinler arasında

örülmüş yüksek duvarları

yıkmak, araştırma sorularının

etrafında ilgi gruplarının

kendiliğinden şekillendiği bir

“ekosistem” kurmak. Ulusal ve

uluslararası iş birliklerini hayata

geçirmenin yanı sıra, yatırımcıyı,

sanayiciyi de bilim insanlarıyla

buluşturmak. Araştırmacılarımızın

yürüttükleri projelerden elde

edilen olağanüstü bilgiler, yeni

nesil tanı ve tedavi yöntemlerinin

geliştirilmesine, insan sağlığının

ve toplum refahının artırılmasına

imkan sağlıyor.

kadar açık. Özverili çalışmalarıyla

fark yaratan tüm çalışma

arkadaşlarımın mükemmeliyete

giden yolda sizlere ne kadar

büyük destek sağlayacaklarına

bizzat tanıklık etmenizi isterim.

Gelin, geleceğin araştırmalarını

bugünden birlikte gerçekleştirelim.

İnovasyona giden yolda bir

yandan temel bilgi birikimimizi

artırıyor diğer yandan bilgiyi

hızla hasta yatağına ulaştıracak

teknolojilerin geliştirilmesi için

çaba harcıyoruz. İnovasyondaki

gücümüz, farklı uzmanlık

alanlarından gelen nitelikli

En üst seviye teknolojiyle

donatılmış laboratuvarlarımız,

nitelikli araştırmacılarımız ve

iyi yetişmiş insan kaynağımızla

bilimin sınırlarını evrensel

düzeyde zorlamak arzusundayız.

Siz de bu yolda bizimle yürümek

isterseniz kapılarımız 7/24 ardına


EĞİTİM VE BİLİMSEL

ARAŞTIRMADA MÜKEMMELİYETİN

PEŞİNDEN KOŞMAK

28 yıl önce kurucumuz merhum

Vehbi Koç, Koç Üniversitesi’nin

misyonunu “yaratıcı, bağımsız ve

nesnel olarak düşünebilen, yetkin

bireyler yetiştirmek” ve “çalışmalarıyla

bilimi ilerletmek, kurumsal bir

mükemmellik modeli olarak Türkiye’ye

ve insanlığa hizmet etmek” ifadeleriyle

tanımlamıştı. Koç Üniversitesi, bu kısa

sürede ülkemizin ve bulunduğumuz

coğrafyanın en önde gelen araştırma

üniversitelerinden biri oldu. Öyle ki

bugün ülkemizde bilimsel araştırma

ve geliştirme alanlarında, en çekişmeli

ortamlarda Avrupa’dan en çok fon

alan üniversite ve ulusal kaynaklardan

en çok proje desteği alan birkaç

üniversiteden biri haline geldik.

Sunduğumuz dinamik, çevik ve

esnek araştırma ortamında öğretim

üyelerimiz ve öğrencilerimiz,

özgürce merak ve heveslerinin

peşinden giderek hem dünya

çapında yüksek etkisi olan bilimsel

araştırmalar üretebiliyor hem de

ülkemizin gelişimine ve refahına

katkıda bulunabiliyorlar. Üniversite

tarihimizde aldığımız en büyük

dış kaynaklı fonla kurulan Koç

Üniversitesi Translasyonel Tıp

Araştırma Merkezi (KUTTAM) ise

disiplinlerarası bilimsel araştırmalara

Prof. Dr. Umran S. İnan

Rektör

8


‘Koç Üniversitesi olarak çalışmalarımıza Mustafa Kemal

Atatürk’ün bize gösterdiği yolda devam edecek, eğitim ve bilimsel

araştırmada mükemmeliyetin peşinden koşarak halkımızın

yaşam kalitesinin yükselmesine katkıda bulunmak için

elimizden geleni yapacağız.’

bağlılığımız ve odağımızın en

güzel örneği oldu.

Önümüzdeki 10 ila 20 yıl içinde

insanlığı ve toplumları en çok

etkileyecek yeni buluşların

çoğu geleceğin lokomotifi

olarak gördüğüm tıp alanı

ile mühendislik, temel, idari,

sosyal, insani bilimler ve hukuk

alanlarının kesişmelerinde

gerçekleştirilecek. Biz son 10

senedir hep birinci önceliğimizi

Koç Üniversitesi Tıp Fakültesi ve

Koç Üniversitesi Hastanesi ile

üniversitemizin diğer fakültelerinin

entegrasyonu olarak belirledik ve

belirlemeye devam ediyoruz. Bu

bağlamda bayrak gemisi projemiz

olarak öne çıkan Koç Üniversitesi

Translasyonel Tıp Araştırma

Merkezi (KUTTAM) sayesinde

şu anda tüm bu alanlarda en

yeni araştırmaları yapabilecek

konumda ve kapasitedeyiz.

Bilimdeki değişim hızı artık

yüzyıllar veya on yıllarla değil,

yıllar ve aylar bazında ölçülür

oldu. Neredeyse her gün yeni bir

disiplin doğuyor, eski disiplinler

ise beklenmedik iş birlikleriyle

yeniden canlanıyor. Dünyanın

her yerinde yeni entelektüel güç

merkezleri ortaya çıkıyor. Artık bu

konularda ülkeler ve kurumlararası

yarışta gelişmişlik ve zenginlikten

çok girişimcilik kültürüyle

yoğrulmuş, yenilikçi ve en parlak

dimağları en serbest kılan hür

ortamlar ve her ne pahasına

olursa olsun mükemmellikten

taviz vermeyen yaklaşımlar

belirleyici konumda. Koç

Üniversitesi de en parlak

öğretim üyeleri ve öğrencileri

bir araya getirdikten sonra

onların önünü açmayı ve

peşlerinden koşmayı misyon

edinmiş olarak geleceğe doğru

emin adımlarla ilerliyor.

KUTTAM, gerek ana

kampüsümüzde gerekse

hastane kampüsümüzde

devletten alınan kaynaklar ve

üniversitemizin olağanüstü

yatırımlarıyla mümkün olabildi.

Bu tür yatırımlar üniversitemizin

yetiştirdiği dimağlarla bir

araya geldiğinde, 10 ila 20

sene sonra dünyayı sarsacak

bir buluşun sahibi ya da amansız

bir hastalığın çaresini bulan

isimlerin büyük titizlikle seçilmiş

öğretim üyelerimiz, öğrencilerimiz

ve mezunlarımız arasından

çıkabileceğine inanıyorum.

KUTTAM Direktörümüz Prof. Dr.

İhsan Solaroğlu’nu, bilimsel dünyada

çok kısa olarak tanımlanacak dört

sene gibi bir sürede bu araştırma

merkezimizi getirdiği yüksek seviye

için en içten duygularımla tebrik

ediyor; bundan sonra da büyük

bir verimlilikle sürdürecekleri

başarılı çalışmalarının her zaman

destekçisi olacağımı belirtmek

istiyorum. Kendisine KUTTAM’ı

oluşturmak ve bu noktaya

getirmek konusundaki cansiperane

çalışmaları için müteşekkiriz.

KUTTAM’ın kurulmasında Koç

Üniversitesi’ne güvenerek maddi

ve diğer alanlarda önemli destek

veren Cumhurbaşkanlığı Strateji

ve Bütçe Başkanlığı’na da sonsuz

teşekkürlerimizi sunarım.

Koç Üniversitesi olarak bundan

sonra da çalışmalarımıza

Mustafa Kemal Atatürk’ün bize

gösterdiği yolda devam edecek,

eğitim ve bilimsel araştırmada

mükemmeliyetin peşinden koşarak

halkımızın yaşam kalitesinin

yükselmesine katkıda bulunmak

için elimizden geleni yapacağız.


TÜRKİYE İÇİN ÖRNEK

ALINMASI GEREKEN BİR

MERKEZ

Koç Üniversitesi Translasyonel

Tıp Araştırma Merkezi (KUTTAM),

Kalkınma Bakanlığı Üniversite

Altyapılarını Destekleme Projesi

kapsamında 2017 yılında

çalışmalarına başladı ve üç yıl gibi

kısa bir sürede Koç Üniversitesi’nin

örnek gösterilen bir merkezi

haline geldi. KUTTAM, sadece

yetkin akademik ve araştırmacı

kadrosu ve altyapısıyla değil,

fiziksel ve yönetsel yapılanması,

araştırmaya, geliştirmeye getirdiği

güncel yaklaşımıyla da örnek oldu.

Bu yaklaşımı biraz detaylandırmak

ve günümüz “girişimci üniversite”

kurgusuyla bağını vurgulamak,

neden KUTTAM’ın Türkiye için

örnek alınması gereken bir merkez

olduğunu daha net açıklayacaktır.

Tarihsel olarak üniversitelerin

görevi, eldeki bilgilerin bir nesilden

diğerine aktarımı olarak başladı,

19. yüzyıl başlarında Wilhelm

Von Humboldt’un “eğitim ve

araştırmanın birlikteliği” yaklaşımı

ile bu misyona bilgi üretmek

(araştırma) de eklenerek “araştırma

Prof. Dr. İrşadi Aksun

Araştırma ve Geliştirmeden Sorumlu Rektör Yardımcısı

10


‘KUTTAM, sadece yetkin akademik ve araştırmacı

kadrosu ve altyapısıyla değil, fiziksel ve yönetsel

yapılanması, araştırmaya, geliştirmeye getirdiği

güncel yaklaşımıyla da örnek oldu.’

üniversitesi” kavramı doğdu.

Ancak 20. yüzyılda üniversitelerin

ekonomi üzerindeki etkileri fark

edildi ve girişimci üniversite

kavramı yaygınlaşmaya başladı.

KUTTAM, bu yeni üniversite

yaklaşımın en güzel örneği: yetkin

akademik ve araştırmacı kadrosu,

araştırmacıların çalışabilecekleri

üst düzey altyapı ve en önemlisi

temel bilgilerden başlayıp ürüne

uzanan süreçlerin tamamını

kapsayan disiplinlerarası, kişiler

ve konular arasında “duvarların”

olmadığı bir yaklaşımın

benimsenmesi.

KUTTAM’ın kuruluş misyonundaki

önemli ilkelerden birinin “duvarları

yıkmak” olarak belirlenmiş olması,

bu merkezin kuruluşunun Koç

Üniversitesi’nde araştırmaya

yaklaşımda tarihsel bir öneme

sahip olduğunu ve üniversitenin

girişimci üniversite olma yolunda

attığı önemli bir adımı gösteriyor.

Açık laboratuvar yaklaşımı ve

farklı disiplinlerden akademisyen,

araştırmacı ve öğrencilerin

bir arada çalışma kültürünü

yerleştirmek başlangıçta şüpheyle

karşılanmış olsa da çok kısa

zamanda KUTTAM Direktörü Prof.

Dr. İhsan Solaroğlu’nun özverili,

şeffaf ve kucaklayıcı yaklaşımıyla

sadece Koç Üniversitesi için değil,

diğer üniversiteler için de önemli

bir örnek oldu. Doğaldır ki böyle

bir yapılanmada katkı veren

fakültelerin de en üst düzeyde

iş birliği ve desteği gerekiyor.

Bu nedenle merkezin Yönetim

Kurulu; Tıp, Mühendislik ve

Fen Fakültesi Dekanlarından,

İnsani Bilimler ve Edebiyat

Fakültesi Dekan Yardımcısından,

Elektrik-Elektronik Mühendisliği,

Moleküler Biyoloji ve Genetik

Bölümlerinden ve Tıp

Fakültesinden katılan bilim

insanlarından oluşturuldu. Bu

fiziki ve yönetsel yapılanma farklı

disiplinlerden araştırmacıların

harmoni içinde çalışmalarını

destekledi ve üç yıl gibi kısa bir

zamanda, girişimci üniversite

kavramına yakışır kaliteli yayınlar

yapıldı, yurt içinden ve yurt

dışından prestijli projeler alındı,

teknolojik ürünler çıkarıldı.

Koç Üniversitesi için bu

önemli değişimi başlatan

projeyi yazan, hayata geçiren

ve sürdürülmesinde hiçbir

fedakarlıktan kaçınmayan KUTTAM

Direktörümüz Prof. Dr. İhsan

Solaroğlu’na ve birlikte çalıştığı

Yönetim Kurulu ile KUTTAM’ın

tüm çalışanlarına Koç Üniversitesi

Araştırma ve Geliştirmeden

Sorumlu Rektör Yardımcısı

olarak bütün kalbimle teşekkür

ediyor ve KUTTAM’ın hem Koç

Üniversitesi’nin merkezleri hem

de Türkiye için örnek alınmasını

kuvvetle öneriyorum.


12


KOÇ

ÜNİVERSİTESİ

HAKKINDA

Kâr amacı gütmeyen bir araştırma

üniversitesi olan ve Vehbi Koç

Vakfı tarafından sağlanan kaynakla

desteklenen Koç Üniversitesi,

1993 yılında İstinye’deki geçici

kampüsünde eğitime başladı,

2000 yılında Rumeli Feneri’ndeki

daimi kampüsüne taşındı. Koç

Üniversitesi’nin ana misyonu

Türkiye’de uluslararası nitelikte,

yaratıcı, bağımsız ve objektif

düşünebilen, liderlik vasıflarına

sahip en yetkin mezunları

yetiştirmek; bilimin sınırlarını

ilerletmek, örnek bir öğretim

ve araştırma kurumu olarak

Türkiye’ye ve insanlığa hizmet

etmektir. “Mükemmeliyet

Merkezi” olma hedefiyle, üstün

yetenekli gençleri değerli öğretim

görevlileriyle bir araya getiren Koç

Üniversitesi, Türkiye’de ve dünyada

bilime evrensel düzeyde katkıda

bulunmaya devam ediyor.


KOÇ ÜNİVERSİTESİ HAKKINDA

93 ülkedeki 1.500’den fazla üniversiteyi kapsayan

Times Higher Education Dünyanın En İyi

Üniversiteleri 2021 Sıralamasında Araştırma

alanında Türkiye birincisi Koç Üniversitesi’dir.

8.905

öğrenci

16.664

mezun

521

tam zamanlı

öğretim üyesi

384

profesör

7

fakülte

4

enstitü

22

lisans

programı

41 28

yüksek lisans

programı

doktora

programı

%68

burs desteği alan lisans

öğrencilerinin oranı

1.200+

yüksek lisans öğrencisi

(%25 yabancı, 50’den fazla ülkeden)

14


Koç Üniversitesi, QS Dünya Üniversite

Sıralaması 2021 listesinde Türkiye’den ilk

500’e giren tek üniversitedir.

Burs desteği alan yüksek

lisans öğrencilerinin oranı

%93

13,5

Öğrenci/öğretim

üyesi oranı

223

araştırma

laboratuvarı

Değişim programlarında

60’tan fazla ülkede

290’ı aşkın anlaşmalı üniversite

23 araştırma merkezi

5 araştırma ve eğitim forumu

1 destek merkezi

984

187.000 65.000+

dışarıdan fonlanan

araştırma projesi*

elektronik kitap

elektronik dergi

*Ocak 2004-Temmuz 2020


16


KOÇ

ÜNİVERSİTESİ

HASTANESİ

HAKKINDA

Koç Üniversitesi Hastanesi, Eylül

2014’te Koç Üniversitesi’nin

eğitim ve araştırma hastanesi

olarak faaliyete başladı, 2019 yılı

itibarıyla kapasitesini 371 tek kişilik

yatan hasta odasına, 55 yoğun

bakım ünitesine ve toplamda 44

kemoterapi ünitesine yükseltti.

Hastanenin 14 operasyon odasında

13.700’den fazla operasyon

gerçekleştirildi.

Koç Üniversitesi Hastanesi, hizmet

vermeye başladığından bu yana

34.000’e yakını uluslararası hasta

olmak üzere, yaklaşık 14.095 kişiye

yatarak, 235.373 kişiye ayakta

tedavi hizmeti vermiştir. 220.000

metrekarelik bir alanı kapsayan

Sağlık Bilimleri Yerleşkesi; Tıp

Fakültesi, Hemşirelik Fakültesi,

araştırma laboratuvarları ve İleri

Düzey Öğrenme ve Simülasyon

Merkezi’ni kapsamaktadır. Sağlık

Bilimleri Kampüsü, yenilikçi

yaklaşımı ve Kuzey Amerika

standartlarındaki dinamik ekibiyle

sağlık sektöründe nitelikli insan

kaynağının yaratılmasına katkıda

bulunmayı amaçlıyor.


KUTTAM HAKKINDA

Koç Üniversitesi Translasyonel Tıp Araştırma

Merkezi (KUTTAM), biyomedikal cihaz üretimi

konusunda ileri seviyede bilimsel araştırmalar

yapmak ve Türkiye’de katma değeri yüksek,

son teknoloji ürünü tıbbi cihazların ve yenilikçi

ürünlerin üretimi konusunda üniversite-sanayi

iş birliğini en üst düzeye çıkarmak amacıyla

kuruldu. 2017 yılından itibaren Kalkınma Bakanlığı

Üniversite Altyapılarını Destekleme Projesi

çerçevesinde desteklenmeye başlanan KUTTAM,

21 Mart 2017’de kurulum için gerekli Yüksek

Öğretim Kurumu (YÖK) iznini aldıktan sonra 24

Nisan 2017 tarihli, 30047 sayılı “Resmi Gazete”de

yayımlanan yönetmeliğiyle faaliyetlerine başladı.

Kurucu Yönetim Kurulu’nda İhsan Solaroğlu,

Hakan Ürey, Fuat Balcı, G. Evren Keleş, Fikri

Karaesmen, Levent Demirel, Yasemin Gürsoy

Özdemir, Nurhan Özlü ve Hale Yapıcı Eser

görevlendirildi.

KUTTAM’ın kuruluşunun ana sebeplerinden

biri, T.C. Kalkınma Bakanlığı (T.C. Strateji ve

Bütçe Başkanlığı) 10. Kalkınma Planı’nda (2014-

2018) belirtildiği gibi gelecekte tüm dünyadaki

artış beklentisine paralel olarak, Türkiye’de

de sağlık harcamalarının artacağı ve sosyal

güvenlik sistemi ve kamu maliyesi üzerinde

baskı oluşturabileceğinin öngörülmesidir.

Uzun dönemde artması beklenen sağlık

harcamalarının; sağlık teknolojilerinin daha

yoğun kullanımı, ilaç ve tıbbi malzeme üretimine

odaklanılması, sağlık turizminin geliştirilmesi

gibi fırsat alanlarını da beraberinde getireceği

düşünülüyor. 2010 yılı sonu itibarıyla dünyadaki

en büyük 20 pazardan biri konumuna gelerek

1,9 milyar ABD doları tutarına ulaşan Türkiye

tıbbi cihaz pazarı, halen üretimde oldukça kısıtlı

faaliyetler sergiliyor ve pazarda yer alan tıbbi

cihazların tutar olarak yüzde 85’e yakın kısmı ithal

ediliyor. Sağlık Endüstrilerinde Yapısal Dönüşüm

Programı kapsamında; yurt içi tıbbi cihaz ve

tıbbi malzeme ihtiyacının daha fazla oranda yerli

üretimle karşılanması hedefleniyor. Uzun vadede

Türkiye’nin küresel bir Ar-Ge ve üretim merkezi

olması, tıbbi cihaz alanında rekabetçi bir konuma

ulaşması da önem arz ediyor. Bu hedeflere de

hizmet edecek olan KUTTAM, Türkiye’nin yüksek

teknolojik gelişkinliğe sahip tıbbi cihaz üretiminde

uluslararası ölçekte iddia sahibi olması amacıyla

çalışmalarını sürdürüyor.

Temel bilimler ve uygulamalı bilimler alanlarında

dünya çapında yetkinliklerini kanıtlamış; Tıp

Fakültesi, Fen Fakültesi, Mühendislik Fakültesi ve

Sosyal Bilimler alanında çalışan akademisyenler,

KUTTAM çatısı altında birlikte faaliyet gösteriyorlar

ve katma değeri yüksek tıbbi cihazların ve inovatif

ürünlerin geliştirilmesi için çaba harcıyorlar. 2015

yılında faaliyete başlayan Koç Üniversitesi Sağlık

Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi, KUTTAM

tarafından geliştirilen biyomedikal cihazların

klinik araştırmalarının yapılabilmesi, tıbbi cihaz

geliştirmek için gerekli klinik araştırmalarda

üreticiyle birlikte çalışılması, ürün iyileştirmeye

yönelik inovasyon için yerli üreticiye geri bildirim

sağlayan mekanizmaların işletilmesi açısından

büyük ve eşsiz bir fırsat sağlıyor.

18


KUTTAM tanıtım

filmini izlemek için kare

kodu taratabilirsiniz.

VİZYON

İnsan sağlığı ve toplumsal

refahı iyileştirmek için

yürüttüğü interdisipliner

translasyonel tıp

araştırmalarıyla dünyayı

etkileyerek alanında ulusal

lider ve uluslararası kabul

görmüş bir mükemmeliyet

merkezi olmak

MİSYON

• Nitelikli bilim insanlarını bir araya getirmek ve

biyomedikal alandaki karmaşık soruları iş birliği

içinde ele almak için bir ekosistem yaratmak

• Yürütülen nitelikli araştırmalarla ulusal ve

evrensel bilgi birikimine önemli katkılarda

bulunmak

• Biyomedikal alanda katma değeri yüksek, son

teknoloji ürünü tıbbi cihazların ve inovatif

ürünlerin geliştirilmesine altyapı sağlamak

• İnovatif biyomedikal ürünlerin üretimi

konusunda üniversite-sanayi iş birliğini en üst

düzeye çıkarmak, Türkiye sanayisine teknoloji

transferi gerçekleştirmek

• Orta ve uzun vadede uluslararası biyomedikal

ürün piyasasında Türkiye’nin konumunu yukarı

taşımanın yanı sıra, halk sağlığı sorunlarına

yönelik yeni çözümler getirilmesine katkılar

sağlamak

• Çok iyi eğitilmiş lisans, yüksek lisans ve doktora

öğrencileri yetiştirmek suretiyle Türkiye’nin

küresel düzeyde bilgiye dayalı rekabet

gücünün artırılmasına katkıda bulunmak

• Ulusal teknoloji birikimine, ekonomiye ve

sosyal yaşama katkı sağlamak


YÖNETİM

KURULU

20


DİREKTÖR

DİREKTÖR YARDIMCILARI

İhsan Solaroğlu

Tıp Fakültesi Dekan

Yardımcısı

Hakan Ürey

Mühendislik Fakültesi Öğretim

Üyesi

Fuat Balcı

İnsani Bilimler ve Edebiyat

Fakültesi Dekan Yardımcısı

ÜYELER

Levent Demirel

Fen Fakültesi Dekanı

M. Şükrü Dilege

Tıp Fakültesi Dekanı

Nurhan Özlü

Fen Fakültesi Öğretim Üyesi

Yasemin Gürsoy Özdemir

Sağlık Bilimleri Enstitüsü

Direktörü

Özgür Barış Akan

Mühendislik Fakültesi Dekanı

ve Fen Bilimleri Enstitüsü

Direktörü

Hale Yapıcı Eser

Tıp Fakültesi Öğretim Üyesi


BİLİMSEL

DANIŞMA KURULU

Umran İnan

Elektrik Elektronik

Mühendisliği

İrşadi Aksun

Elektrik Elektronik

Mühendisliği

Can Erkey

Kimya ve Biyoloji

Mühendisliği

Metin Sitti

Elektrik Elektronik

Mühendisliği

Bruno Reversade

Tıbbi Genetik

Alphan Sennaroğlu

Fizik ve Elektrik Elektronik

Mühendisliği

Fikri Karaesmen

Endüstri Mühendisliği

Tarık Esen

Tıp Fakültesi

Deniz Yüret

Bilgisayar Mühendisliği

22


ENDÜSTRİYEL

DANIŞMA KURULU

Ayşe İnal

Galata Business Angels (GBA) Genel Sekreteri

Aytek Aytekin

Leica Türkiye ve Güney Doğu Avrupa Genel Müdürü

Başak Canbulat

Dış Ekonomik İlişkiler Kurulu (DEİK) Sağlık İş Konseyi

Koordinatörü

Cem Baytok

Idacapital, Yönetici Ortak

Erdal Aksoy

Başhekim, Koç Üniversitesi Hastanesi

Erkan Duysal

Arçelik İnovasyon Direktörü

Sena Nomak

RS Research Kurucu Ortak & COO


KUTTAM,

12 ŞUBAT

2019’DA RESMİ

BİR TÖRENLE

AÇILDI

2017 yılında faaliyetlerine başlayan

KUTTAM’ın resmi açılış töreni,

altyapı kurulumunun büyük

oranda tamamlanması sonrası, T.C.

Cumhurbaşkanlığı Strateji ve Bütçe

Başkanı Naci Ağbal’ın katılımıyla 12

Şubat 2019’da gerçekleştirildi. Törene

üniversiteler, sanayi kuruluşları,

araştırma merkezleri, teknokentler,

kamu kurum ve kuruluşları, sivil toplum

örgütlerinden, 400’den fazla katılımcı

iştirak etti. Törende ana konuşmacı

olarak yer alan Koç Üniversitesi Rahmi

M. Koç Bilim Madalyası sahibi, Koç

Üniversitesi Mühendislik Fakültesi ve

Tıp Fakültesi Öğretim Üyesi, Max Planck

Enstitüsü Akıllı Sistemler Direktörü Prof.

Dr. Metin Sitti tıbbi teknolojik çözümlere

ilişkin sunum yaptı. Prof. Dr. Metin

Sitti’nin ardından Cumhurbaşkanlığı

Strateji ve Bütçe Başkanı Naci Ağbal,

Koç Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Umran

İnan ve KUTTAM Direktörü Prof. Dr.

İhsan Solaroğlu açıklamalarıyla kürsüde

yer aldılar.

24


‘Bu kurumda çalışan yöneticiler, akademisyenler ve öğrenciler olarak

bize sağlanan destekte her vatandaşımızın alın teri ve hakkının

olduğunun bilincindeyiz. Bize sağlanan olanakların bir kuruşunun

bile israf edilmediğinden ve edilmeyeceğinden emin olunuz.’

Dr. İhsan Solaroğlu


BİR BAKIŞTA KUTTAM

7.472 m 2

FİZİKİ ALAN

3.500 m 2

Koç Üniversitesi

3.972 m 2

Koç Üniversitesi

Hastanesi

10

LABORATUVAR

Moleküler

Tıp

Laboratuvarı

Hücresel ve

Moleküler

Görüntüleme

Laboratuvarı

Omiks

Laboratuvarı

Hareket

Analizi ve

Kognisyon

Laboratuvarı

Deney

Hayvanları

Laboratuvarı

Nörodejenarasyon

Araştırma

Laboratuvarı

(NDAL)

Biyoistatistik,

Biyoinformatik

ve Veri Yönetimi

Laboratuvarı

Biyomekanik

Laboratuvarı

3D Prototip

Laboratuvarı

Biyogüvenlik

Seviye

3 Laboratuvarı

26


1 24

KLİNİK ARAŞTIRMA

ÜNİTESİ

İDARİ/TEKNİK

ÇALIŞAN

782

YAYIN

11 55

PATENT

BAŞVURUSU

AKADEMİSYEN

28

DOKTORA SONRASI

ARAŞTIRMACI

97

DESTEKLENEN

PROJE

80

Ulusal

10

Uluslararası

7

Sanayi

104

LİSANSÜSTÜ

ÖĞRENCİ

79

Doktora

25

Yüksek Lisans

26

ÖDÜL


TEKNİK VE İDARİ KADRO

Ali Cihan Taşkın

Deney Hayvanları

Laboratuvarı

Hayvan Araştırma

Laboratuvarı Sorumlusu

Ahmet Kocabay

Deney Hayvanları

Laboratuvarı

Veteriner Sağlık Yetkilisi

Emine Irmak Şahbaz

NDAL

Laboratuvar Koordinatörü

Ergün Başoğlu

Lojistik Görevlisi

Fatma Şimal Laçin

Laboratuvar Teknisyeni

Furkan Kaysın

Klinik Araştırmalar Ünitesi


Güven Ayvaz

Lojistik Görevlisi

İlknur Yıldız Aydın

NDAL

İdari Asistan

Merve Çiğdem Atsu

İdari Planlama Uzmanı

Muhammed Erdinç

Demirer

Klinik Araştırma Ünitesi

Araştırma Hemşiresi

Muhammed Reşat

Oğuzkan Yaralı

Deney Hayvanları

Laboratuvarı

Hayvan Bakıcısı

Mustafa Demir

Deney Hayvanları

Laboratuvarı

Hayvan Laboratuvarı Teknik

Bakım Teknisyeni

28


Müge Kovancılar Koç

NDAL


Nilay Değirmencioğlu

Klinik Araştırmalar Ünitesi

Kurumsal Anlaşmalar ve Satış

Uzmanı

Nilhan Coşkun

Deney Hayvanları

Laboratuvarı

Hayvan Sağlığı Uzmanı

Nesligül Şentürk

Laboratuvar Uzman

Yardımcısı

Öykü Öztürk



Özgün Gökmen



Rana Cansu Eğitimci


Planlama ve Geliştirme

Uzman Yardımcısı

Selda Dağdeviren Dığın

NDAL

İdari Asistan

Seyit Aydın


Tayfun Barlas


Uğur Çerez


Zeynep Kahya

Laboratuvar Koordinasyon

ve Planlama Sorumlusu


AKADEMİ

30


ÖĞRETİM ÜYELERİ

Afsun Şahin, Ankara Üniversitesi

Tıp Fakültesi’nden mezun olduktan

sonra uzmanlık eğitimini Hacettepe

Üniversitesi Tıp Fakültesi Göz

Hastalıkları Anabilim Dalı’nda

tamamladı. Harvard Medical

School’da kornea ve oküler yüzey

hastalıkları alanında üst ihtisas yaptı.

Alper Kiraz, Koç Üniversitesi’nde

Fizik ve Elektrik-Elektronik

Mühendisliği profesörüdür. Lisans

eğitimini 1998 yılında Elektrik-

Elektronik Mühendisliği üzerine

Bilkent Üniversitesi’nde, yüksek lisans

ve doktora eğitimlerini California

Üniversitesi’nde 2000 ve 2002

yılları arasında sırasıyla Elektrik ve

Bilgisayar Mühendisliği bölümlerinde

tamamladı.

Arzu Baygül, Koç Üniversitesi Tıp

Fakültesi Biyoistatistik Bölümü’nde

öğretim görevlisidir. Yıldız Teknik

Üniversitesi’nde İstatistik lisansının

ardından İstanbul Üniversitesi

Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Biyoistatistik

ve Tıp Bilişimi Anabilim Dalı’nda

yüksek lisans ve doktorasını

tamamladı. Klinik Araştırma Tasarımı

ve İstatistik Analizi konularında

çalışmaları devam ediyor.

Atay Vural, lisans eğitimini

Hacettepe Üniversitesi’nde

aldı, doktora derecesini de

aynı üniversitede MD-PhD

bütünleşik doktora programını

tamamlayarak elde etti. Doktora

çalışmaları sinirbilimleri alanında

olup deney hayvanlarında beyin

mikrodolaşımının intravital olarak

görüntülenmesi üzerinedir.

Attila Gürsoy, Bilgisayar

Mühendisliği Bölümü’nde

profesördür. 1994 yılında

Urbana-Champaign’de Illinois

Üniversitesi’nde Bilgisayar Bilimleri

doktora eğitimini tamamladı.

Beuckmann Enstitüsü UIUC’daki

Teorik ve Hesaplamalı Biyofizik

Grubu’nda doktora sonrası araştırma

görevlisi olarak paralel moleküler

dinamik programının geliştirilmesine

katkıda bulundu.

Ayşe Altıntaş, Ege Üniversitesi’nden

1992 yılında nöroloji uzmanı olarak

mezun oldu. İstanbul Üniversitesi

Cerrahpaşa Tıp Fakültesi’nden 1997

yılında doçent, 2003 yılında ise profesör

unvanlarını aldı. Uzmanlık alanı

nöroimmunolojidir.



Ayşe Nazlı Başak, İstanbul Alman

Lisesi’ni bitirdikten sonra DAAD

bursuyla Göttingen Üniversitesi’nde

biyokimya okudu, yüksek lisans ve

doktora derecelerini Göttingen Max

Planck Institut für experimentelle

Medizin’de Prof. Friedrich Cramer’in

öğrencisi olarak moleküler biyoloji ve

genetik üzerine yaptı.

Cansın Saçkesen, 1994’de

İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp

Fakültesi’nden mezun oldu. Pediatri

uzmanlığını 2000’de Hacettepe

Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk

Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim

Dalı’nda tamamladıktan sonra

Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi

Çocuk Alerji ve Astım Bilim Dalı’nda

çocuk alerji yan dal uzmanlık

eğitimini aldı.

Cem Albayrak, Robert Kolej’i

bitirdikten sonra Massachusetts

Teknoloji Enstitüsü’nde (MIT) biyoloji

ve kimya mühendisliği alanlarında

lisans eğitimi aldı. Yüksek lisans

ve doktora çalışmalarını Stanford

Üniversitesi’nde Kimya Mühendisliği

bölümünde Prof. Jim Swartz’un

laboratuvarında yaptı.

Ceyda Açılan Ayhan, 2001 yılında

Boğaziçi Üniversitesi Moleküler

Biyoloji ve Genetik Bölümü’nü onur

derecesiyle bitirdi. PhD unvanını

2006 yılında Pittsburgh Üniversitesi

Moleküler, Hücresel, Gelişimsel

Biyoloji Bölümü’nden aldı.

Devrim Gözüaçık, Hacettepe Tıp

Fakültesi’nden tıp doktoru derecesiyle

mezun oldu. Biyokimya yüksek lisans

derecesini Ecole Polytechnique’te

ve Paris-Sud Üniversitesi’nde,

Kanser Hücre Biyolojisi konusundaki

doktorasını Paris Pasteur Enstitüsü ve

Necker Çocuk Hastanesi Araştırma

Merkezi’nde tamamladı.

Ece Öztürk, lisans derecesini 2009

yılında Koç Üniversitesi Kimya ve

Biyoloji Mühendisliği Bölümü’nden

aldı. Yüksek lisans (2011) ve doktora

(2017) eğitimlerini ETH Zürih’te

biyomedikal mühendisliği alanında

tamamladı.

32


Elif Nur Fırat Karalar, lisans

derecesini Bilkent Üniversitesi


Bölümü’nde tamamladı. Doktora

çalışmalarını University of

California, Berkeley’de ve doktora

sonrası çalışmalarını Stanford

Üniversitesi’nde tamamladıktan

sonra 2014 yılında Koç Üniversitesi


Bölümü’nde araştırma laboratuvarını

kurdu.

Emel Sokullu, İstanbul Teknik

Üniversitesi Fizik Mühendisliği

Bölümü’nden mezun oldu. Yüksek

lisansını İzmir Yüksek Teknoloji

Enstitüsü Malzeme Bilimi ve

Mühendisliği Bölümü’nden

aldıktan sonra 2010 senesinde

Ege Üniversitesi Biyomühendislik

Bölümü’nden doktora derecesiyle

mezun oldu.

Erdem Alaca, lisans eğitimini

1997 yılında Boğaziçi Üniversitesi

Makine Mühendisliği Bölümü’nde

tamamladı. Yüksek lisans ve doktora

eğitimini sırasıyla 1999 ve 2003

yıllarında Urbana-Champaign Illinois

Üniversitesi Makine Mühendisliği

bölümlerinde yaptı.

Fuat Balcı, yüksek lisansını 2004

yılında Rutgers Üniversitesi (New

Brunswick) Psikoloji Bölümü’nde

tamamladıktan sonra 2007

yılında aynı bölümde doktora

çalışmalarını tamamladı. 2008 yılında

Rutgers Üniversitesi, Bilişsel Bilim

Merkezi’nden lisansüstü bilişsel bilim

sertifikası aldı.

Gözde Korkmaz, İstanbul Teknik

Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve

Genetik bölümünden 2005 yılında

mezun oldu. Yüksek lisans ve doktora

çalışmalarını Sabancı Üniversitesi

Biyolojik Bilimler ve Biyomühendislik

Bölümü’nde tamamladı.

Gülnihal Özcan, 2007 yılında

Hacettepe Üniversitesi Tıp

Fakültesi’nden mezun oldu. Tıpta

uzmanlık eğitimini 2011 yılında

Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi

Tıbbi Farmakoloji Anabilim

Dalı’nda tamamladı ve G-protein

kenetli reseptörlerle sinyal iletim

mekanizmaları konusunda çalışmalar

yaptı.



Hakan S. Örer, 1986 yılında

Hacettepe Üniversitesi Tıp

Fakültesi’nden mezun oldu.

Farmakoloji eğitimini 1989-1992

yıllarında Fransız hükümeti bursuyla

gittiği Paris Pitié-Salpêtrière

Tıp Fakültesi ve Hacettepe

Üniversitesi’nde tamamlayarak bilim

doktoru unvanını aldı.

Hakan Ürey, lisans eğitimini Orta

Doğu Teknik Üniversitesi (ODTÜ)

Elektrik Mühendisliği Bölümü’nde

tamamladı, yüksek lisans ve doktora

derecelerini Georgia Institute of

Technology’de elektrik ve bilgisayar

mühendisliği alanında aldı.

Hale Yapıcı Eser, lisans eğitimini

Hacettepe Üniversitesi’nde, Gazi

Üniversitesi Tıp Fakültesi Psikiyatri

Bölümü’nde ihtisasını tamamladı.

Hacettepe Üniversitesi’nde MD-PhD

programıyla nörobilim yüksek lisans

derecesi aldı.

Hamzah Syed, Koç Üniversitesi’nde

İstatistiksel Genetik ve Biyoinformatik

alanında Okutman olarak

görevlidir. Doktorasını Liverpool

Üniversitesi’nde Biyoistatistik

alanında tamamlamış olan Dr.

Syed’in çalışmaları farmakogenetik

odaklıdır.

Hasan Bayram, tıp eğitimini Erciyes

Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde, göğüs

hastalıkları uzmanlık eğitimini

Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde

tamamladı. Doktora çalışmalarını

astım ve hava kirliliği alanında

İngiltere’de Queen Mary Westfield

College, University of London’da

tamamladı.

Hülya Kayserili, tıp eğitimini

İstanbul Tıp Fakültesi’nde, genetik

doktorasını İstanbul Üniversitesi

Sağlık Bilimleri Enstitüsü’nde

tamamladıktan sonra, 2000 yılında

doçent, 2009 yılında profesör oldu.

Ana ilgi ve deneyimi, klinik genetik

alanında moleküler dismorfoloji/

sendromoloji, nörogenetik ve

prenatal genetiktir.

34


İhsan Solaroğlu, Osmangazi

Üniversitesi Tıp Fakültesi’nden

mezun oldu ve Beyin Cerrahisi

alanında ihtisasını Ankara Numune

Eğitim ve Araştırma Hastanesi’nde

tamamladı. Prof. Dr. John H. Zhang’la

birlikte Loma Linda Üniversitesi

Nörolojik Bilimleri Bölümü’nde

doktora sonrası araştırmacı olarak

çalıştı. Nörovasküler hastalıklar ve

nöroonkoloji alanında ihtisaslaşmıştır.

İrem Durmaz Şahin, lisans

derecesini 2009 yılında İhsan

Doğramacı Bilkent Üniversitesi


Bölümü’nden aldı. Yüksek

lisans (2011) ve doktora (2016)

eğitimlerini İhsan Doğramacı Bilkent

Üniversitesi’nde Moleküler Biyoloji ve

Genetik alanında yaptı.

İsmail Lazoğlu, lisans eğitimini 1989

yılında İstanbul Teknik Üniversitesi


tamamladı. 1992 ve 1997 yıllarında

yüksek lisans ve doktora eğitimlerini

Georgia Institute of Technology


yaptı.

Kemal Baysal, İstanbul Üniversitesi

İstanbul Tıp Fakültesi’nden 1985

yılında mezun oldu. Biyokimya

doktorasını 1993’de Ohio State

Üniversitesi’nde tamamladı.

Amerika Birleşik Devletleri’nde

çeşitli üniversitelerde post-doktoral

çalışmalar yaptı.

Kemal S. Türker, lisans eğitimini

diş hekimliği alanında tamamladı.

Doktora eğitimini İskoçya’da bulunan

Glasgow Üniversitesi Fizyoloji

Bölümü’nde yaptı. 1983 ve 2007

yılları arasında Avustralya’da Adelaide

Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde

araştırmalarını yürüttü.

Kerem Pekkan, doktorasını ODTÜ’de

tamamladıktan sonra Georgia Teknoloji

Enstitüsü’nde Biyomedikal Mühendisliği

Bölümü’nde kalp damar mühendisliği

ve kan akışkanlar mekaniği üzerine

uzun süre araştırmalar yürüttü ve

öğretim üyeliği yaptı. Daha sonra

Carnegie Mellon Üniversitesi’nde

bağımsız araştırma laboratuvarını

kurdu. Çalışmalarına Koç Üniversitesi

Mühendislik Fakültesi’nde devam

ediyor.



Levent Beker, ODTÜ’den lisans

ve yüksek lisans derecelerini

aldıktan sonra, UC Berkeley’de

doktora çalışmalarını, Stanford

Üniversitesi’nde doktora sonrası

çalışmalarını tamamladı.

Mehmet Cengiz Onbaşlı, lisans

eğitimini Bilkent Üniversitesi

Elektrik ve Elektronik Mühendisliği

Bölümü’nde, doktora eğitimini

Massachusetts Institute of

Technology Malzeme Bilimi ve

Mühendisliği Bölümü’nde tamamladı.

Mehmet Kaya, 1989 yılında

İstanbul Üniversitesi Sağlık Bilimleri

Enstitüsü’nden tıbbi fizyoloji alanında

doktora unvanı; 1991 yılında doçent

ve 1998’de de profesör unvanı aldı.

Mert Erkan, tıp ve cerrahi asistanlık

eğitimlerini İstanbul Üniversitesi’nde

tamamladıktan sonra Heidelberg

Üniversitesi’nde doktora sonrası

araştırmacı olarak bulundu.

Metin Sitti, lisans ve yüksek lisans

derecesini Boğaziçi Üniversitesi’nin

Elektrik-Elektronik Mühendisliği

Bölümü’nden ve doktora derecesini

Tokyo Üniversitesi’nin Elektrik

Mühendisliği Bölümü’nden aldı.

Murat Hasanreisoğlu, TED

Ankara Koleji’ni bitirdikten sonra tıp

eğitimini Ankara Üniversitesi Tıp

Fakültesi’nde tamamladı. 2003-2009

yıllarında Rabin Medical Center Göz

Hastalıkları Anabilim Dalı’nda (İsrail)

araştırma görevlisi olarak çalıştı.

36


Müjdat Zeybel, Hacettepe


mezun oldu. İç hastalıkları uzmanlığı

sonrasında gastroenteroloji yan dal

uzmanlığını Türkiye’de tamamladı.

Yan dal uzmanlığının son senesinde

Newcastle Üniversitesi’nde karaciğer

fibrozisi ve yıldızsı hücrelerinin

epigenetik kontrolü üzerine

çalışmaya başladı.

N. Volkan Adsay, 1982’de TED

Ankara Koleji’ni ve 1988’de Hacettepe

Tıp Fakültesi’ni ilk tamamladı.

Amerika Birleşik Devletleri’nde

Patoloji ve Laboratuvar Bilimleri

ihtisasları yaptı ve American Board of

Pathology sertifikası aldı.

Nathan Lack, doktorasını Oxford

Üniversitesi’nin farmakoloji

bölümünde 2009 yılında tamamladı

ve sonrasında Vancouver Prostat

Merkezi’nde Dr. Emma Guns ve Prof.

Dr. Paul Rennie ile doktora sonrası

çalışmalarını yürüttü.

Nuray Ulusu, Tıp Fakültesi’nde

biyokimya profesörü olarak çalışıyor.

Enerji metabolizmasında ve oksidatif

stres, diyabet, Alzheimer hastalığı

ve metabolik sendrom gibi çeşitli

hastalıkların biyokimyasal ve

moleküler temelleriyle ilgileniyor.

Nurhan Özlü, lisans eğitimini 2001

yılında Bilkent Üniversitesi Moleküler

Biyoloji ve Genetik Bölümü’nde aldı.

2005 yılında da Almanya’nın Dresden

kentinde bulunan Max Planck Hücre

Biyolojisi ve Genetiği Enstitüsü’nde

doktorasını tamamladı.

Özgür Barış Akan, lisans ve yüksek

lisans derecelerini Bilkent Üniversitesi

(1999) ve ODTÜ Elektrik-Elektronik

Mühendisliği (2002) Bölümü’nde,

doktora derecesini Georgia Institute

of Technology Elektrik ve Bilgisayar

Mühendisliği’nde (2004) tamamladı.



Özgür Öktem, Erciyes

Üniversitesi’nde lisans eğitimini

tamamladı, ihtisasını Marmara

Üniversitesi kadın hastalıkları ve

doğum alanında yaptı.

Özlem Keskin, 1999 yılında Boğaziçi

Üniversitesi Kimya Mühendisliği

Bölümü’nden mezun oldu. Bilim

Akademisi üyesidir. 1999-2001

yılları arasında ABD Ulusal Kanser

Enstitüsü-Ulusal Sağlık Enstitüleri’nde

doktora sonrası araştırmacı olarak

çalıştı.

Özlem Yalçın, Akdeniz Üniversitesi

Tıp Fakültesi Fizyoloji Anabilim

Dalı’ndan doktorasını aldı. Kaliforniya

Üniversitesi San Diego’da Prof.

Dr. Paul Johnson ve Prof. Dr.

Pedro Cabrales ile doktora sonrası

araştırmacı olarak çalıştı.

Safiye Çavdar, lisans eğitim

hayatına Hacettepe Üniversitesi

Fen Fakültesi’nde devam etti. Daha

sonra Hacettepe Tıp Fakültesi’nde

yüksek lisans ve Cerrahpaşa Tıp

Fakültesi’nde doktora programlarını

tamamladı.

Savaş Taşoğlu, lisans ve yüksek

lisans derecelerini ODTÜ (2006)

ve Koç Üniversitesi (2008), doktora

derecesini UC Berkeley (2011) Makina

Mühendisliği Bölümü’nden aldı.

Seda Kızılel, lisans ve yüksek lisans

eğitimlerini Boğaziçi Üniversitesi

Kimya Mühendisliği Bölümü’nde

tamamladı, doktora derecesini

Illinois Institute of Technology’de

Biyomedikal Mühendisliği alanında

aldı.

38


Serçin Karahüseyinoğlu, Hacettepe


mezun oldu ve uzmanlığını Ankara

Üniversitesi Tıp Fakültesi Histoloji-

Embriyoloji Anabilim Dalı’nda yaptı.

Serkan Kır, doktora eğitimini

2011 yılında Texas Southwestern

Üniversitesi Tıbbi Merkezi’nde

tamamladı. Doktora sonrası eğitim

bursunu Dana-Farber Cancer

Institute/Harvard Tıp Fakültesi’nde

Prof. Dr. Bruce ile tamamladı.

Tamer Önder, lisans eğitimini

Cornell Üniversitesi Moleküler

Biyoloji ve Genetik Bölümü’nde,

doktora tezini Prof. Dr. Robert

Weinberg süpervizörlüğünde

kanser metastazı ve kanserli kök

hücreleri üzerine Whitehead Institute

ve Massachusetts Institute of

Technology’de (MIT) tamamladı.

Tuğba Bağcı-Önder, 2002

yılında Bilkent Üniversitesi

Moleküler Biyoloji ve

Genetik Bölümü’nden

mezun oldu. 2008 yılında

Tufts Üniversitesi Sackler

Biyomedikal Bilimler

Enstitüsü’nde nörobilim

alanında doktorasını

tamamladı.

Yasemin Gürsoy

Özdemir, 1992 yılında

Hacettepe Üniversitesi

Tıp Fakültesi’nden mezun

olduktan sonra, aynı

fakültede nöroloji ihtisasına

devam etti. Nörobilim

alanında doktora eğitimini

de aynı üniversitede

tamamladı.

Yıldız Tütüncü, İstanbul

Üniversitesi Cerrahpaşa

Tıp Fakültesi Tıbbi Biyolojik

Bilimler Bölümü’nden

mezun oldu. Yüksek

lisans ve doktora eğitimini

immünoloji alanında

İstanbul Üniversitesi’nde

tamamladı.

Yüksel Peker, İstanbul

Üniversitesi İstanbul

Tıp Fakültesi’nden 1985

yılında mezun oldu ve

1987’de İsveç’e yerleşerek

iç hastalıkları ve göğüs

hastalıkları alanlarında

ihtisaslarını Skaraborg

Eğitim Araştırma Hastanesi

ile Göteborg Üniversitesi

Tıp Fakültesi Sahlgrenska

Hastanesi’nde tamamladı.


DOKTORA SONRASI ARAŞTIRMACILAR

Ahmet Cingöz, lisans

eğitimini İstanbul

Üniversitesi Biyoloji

Bölümü’nde, yüksek lisans

eğitimini ise Marmara

Üniversitesi Tıp Fakültesi

Tıbbi Biyokimya Anabilim

Dalında tamamladı.

Ardından Koç Üniversitesi

Tıp Fakültesi’nde Hücresel

ve Moleküler Tıp Doktora

Programı’ndan mezun oldu.

Alişan Kayabölen, lisans

eğitimini 2012 yılında

ODTÜ Moleküler Biyoloji

ve Genetik Bölümü’nde

tamamladı. Yüksek lisansını

yine ODTÜ’de Biyomedikal

Mühendisliği Bölümü’nde,

doktorasını ise Koç

Üniversitesi’nde hücresel

ve moleküler tıp alanında

tamamladı.

Ayşe Derya Cavga, lisans

ve yüksek lisans eğitimini

Bilkent Üniversitesi


Genetik Bölümü’nde

tamamladı, doktorasını Koç

Üniversitesi Hesaplamalı

Sistem Biyolojisi (COSBI)

Laboratuvarı’nda tamamladı.

Berna Morova, lisans,

yüksek lisans ve doktora

eğitimlerini İstanbul

Teknik Üniversitesi Fizik

Mühendisliği Bölümü’nde

tamamladı.

Buse Cevatemre, lisans

eğitimini Celal Bayar

Üniversitesi’nde, yüksek

lisans ve doktora eğitimlerini

Uludağ Üniversitesi’nde

tamamladı.

Can Özcan, lisans eğitimini


tamamlayarak veteriner

hekim unvanı aldı.

Doktora çalışmalarını


biyokimya ve kanser hücre

metabolizması alanında

tamamladı.

Ceren Tunca, lisans

derecesini Sabancı

Üniversitesi Biyolojik

Bilimler ve Biyomühendislik

Bölümü’nden, yüksek lisans

ve doktora derecelerini

ise Boğaziçi Üniversitesi


Genetik Bölümü’nden aldı.

Ceren Tunçer, lisans

eğitimini ODTÜ Biyoloji

Bölümü’nde tamamladıktan

sonra İngiltere’de

Birmingham Üniversitesi

Tıp Fakültesi’nde lisansüstü

eğitimini tamamladı.

40


Deniz Uğurlu-Çimen,

moleküler biyoloji ve

genetik alanında lisans

ve yüksek lisans eğitimini

Bilkent Üniversitesi’nde,

doktora eğitimini ise Koç


Ehsan Sarayloo, yüksek

lisansını kimya mühendisliği

alanında İran Bilim ve

Teknoloji Üniversitesi’nde

tamamladı, doktorasını ise

Koç Üniversitesi Kimya

ve Biyoloji Mühendisliği

Bölümü’nde yaptı.

Elanur Yılmaz, lisans

derecesini Hacettepe


Bölümü’nden, yüksek

lisansını Aydın Adnan

Menderes Üniversitesi

Biyoloji Bölümü’nde balık

genetiği üzerine aldı.

Doktora derecesini Akdeniz


Tıbbi Biyoloji Programı’nda

tamamladı.

Elif Uğurel, lisans derecesini

İstanbul Üniversitesi

Cerrahpaşa Tıp Fakültesi

Tıbbi Biyolojik Bilimler

Bölümü’nde aldıktan sonra



Üniversitesi Deneysel Tıp

Araştırma Enstitüsü’nde

tamamladı.

Emine Şekerdağ, hem

lisans hem de yüksek lisans

eğitimini Hollanda’da Leiden

Üniversitesi’nde biyofarmasötik

bilimler alanında

aldı ve ardından Türkiye’de

Koç Üniversitesi’nde

nörobilim dalında doktora

eğitimini tamamladı.

İlknur Sur, lisans eğitimini

Gazi Üniversitesi’nde,

yüksek lisans eğitimini

Yeditepe Üniversitesi’nde,

doktora eğitimini Cologne


Muhammed Yüksel,

Belçika’daki Ghent

Üniversitesi Hastanesi’nde

lisans, yüksek lisans ve

doktora derecelerini

aldı. İmmünolojideki

doktora derecesi için 1,5

yıl Ghent’de, iki yıldan

fazla bir süre de Yale

Üniversitesi’nde (USA)

araştırma yaptı.

Arzu Temizyürek,

Ankara Üniversitesi

Veterinerlik Fakültesi’nden

mezun oldu, akabinde

Boğaziçi Üniversitesi Tıp

Fakültesi’nde nörobilim

doktorasını tamamladı.

2019 yılından itibaren

KUTTAM’da araştırmalarını

sürdürüyor.


DOKTORA SONRASI ARAŞTIRMACILAR

Nazlı Ezgi Özkan-Küçük,

lisans eğitimini İstanbul

Üniversitesi Moleküler

Biyoloji ve Genetik

Bölümü’nde tamamladı,

ardından İstanbul

Üniversitesi Deneysel

Tıp Araştırma Enstitüsü

Moleküler Tıp Anabilim

Dalı’nda yüksek lisans

derecesini aldı. Doktorasını

Koç Üniversitesi’nde

tamamladı.

Nesibe Peker, lisans

eğitimini 2013 yılında




tamamladı. Doktora için

aynı yıl TEV-SINGA bursunu

kazanarak Singapur’daki

Nanyang Technological

University’de eğitimini

tamamladı.

Noushin Zibandeh,

lisans eğitimini Tebriz

Üniversitesi’nde, yüksek

lisans eğitimini Ankara

Üniversitesi’nde, doktora

eğitimini Marmara


Robin Palvadeau,

Rennes 1 Üniversitesi

(Fransa) Biyoloji ve

Fizyoloji Bölümü’nden

mezun olduktan sonra

yüksek lisans derecesini

biyoinformatik alanında

yaptı.

Şükriye Bilir, lisans

derecesini İstanbul Teknik

Üniversitesi Moleküler

Biyoloji ve Genetik

Bölümü’nden aldı.

Yüksek lisans ve doktora

eğitimlerini ise Osaka


Öyküm Kaplan Arabacı,

lisans eğitimini İstanbul

Teknik Üniversitesi Moleküler

Biyoloji ve Genetik

Bölümü’nde, yüksek lisans

eğitimini Boğaziçi Üniversitesi


Bölümü’nde, doktora

çalışmalarını ise Göttingen

Üniversitesi Beynin Moleküler

Fizyolojisi Programı’nda ve

Max Planck Deneysel Tıp

Araştırma Enstitüsü’nde

tamamladı.

Özgecan Kayalar, lisans,




Bölümü’nde ve yan dal

eğitimini aynı üniversitenin



tamamladı.

Özgür Albayrak,

lisans eğitimini Kocaeli

Üniversitesi Kimya

Bölümü’nde tamamladı.

Yüksek lisans derecesini

Yeditepe Üniversitesi’nde

immünoloji üzerine

aldı. Doktorasını ise Koç


Sağlık Bilimleri Enstitüsü

Hücresel ve Moleküler Tıp

Bölümü’nde yaptı.

42


Yashar Esmaeilian, lisans

eğitimini Urmia Üniversitesi

Veterinerlik Fakültesi’nde,


derecesini ise Ankara

Üniversitesi Biyoteknoloji

Enstitüsü Biyoteknoloji

Programı’nda tamamladı.

Yunus Akkoç, İstanbul

Kültür Üniversitesi’nden

lisans derecesine sahiptir.

Doktora derecesini

Dr. Devrim Gözüacık

gözetiminde Moleküler

Biyoloji, Genetik ve

Biyomühendislik

Bölümü’nde Sabancı


Anwaar Nazeer, 2010’da

Pakistan Ulusal Tekstil

Üniversitesi’nde mühendislik

lisansıyla mezun olduktan

sonra 2018’de Koç

Üniversitesi Biyomedikal

Bilimler ve Mühendislik

Enstitüsü’nde doktorasını

tamamladı.

Caroline Pirkevi

Çetinkaya, Fransa’da

Nice-Sophia Antipolis

Üniversitesi’nde, Hücre

Biyolojisi ve Fizyoloji

dalında lisans yaptı. 2002’de

Boğaziçi Üniversitesi’nde

yüksek lisansa başladı,

2005’te doktorayla devam

etti. 2020’den bu yana

KUTTAM çatısı altındaki

Nörodejenerasyon Araştırma

Laboratuvarı’nda (NDAL)

çalışıyor.


ALTYAPI VE

SUNULAN

HİZMETLER

44


KUTTAM, hem temel hem de farklı disiplinlerden

araştırmacıların multidisipliner araştırmaları

için bir araya gelmelerine ortam ve kaynak

sağlıyor. Farklı disiplinlerden akademi ve endüstri

araştırmacılarının ihtiyaçlarına uygun gelişmiş

teknolojik yenilikler ile KUTTAM, altyapısını her

sene zenginleştiriyor ve bünyesinde değer katan

inovasyonları geliştirmeyi hedefliyor. Merkez, artan

araştırmacı sayısı ve kurum dışı hizmet taleplerini

karşılamak için laboratuvar rezervasyon ve

malzeme yönetim sistemi, talep takip sistemiyle

profesyonel bir şekilde laboratuvar yönetim kalitesi

sunuyor. Araştırmacılar, altyapının gelişmiş

donanımlarını nitelikli ve akademik araştırma

temelli teknik cihaz sorumluları eşliğinde

kullanabiliyorlar. Ayrıca farklı disiplinlerden

araştırmacılar, projelerini zenginleştirmek adına

tüm bilgi birikimleri ile tecrübelerini, laboratuvar

teknik ve protokollerini birbirleriyle paylaşıyorlar.


HÜCRESEL VE

MOLEKÜLER

GÖRÜNTÜLEME

LABORATUVARI

Sorumlu

Akademisyenler ve

Teknik Uzmanlar

Serçin Karahüseyinoğlu, MD

skarahuseyinoglu@ku.edu.tr

Alper Kiraz, PhD

akiraz@ku.edu.tr

0212 338 11 61

0212 338 17 01

Bülent Ahıshalı, MD

bahishali@ku.edu.tr

0212 338 11 63

Dilek Ertoy Baydar, MD

dertoy@ku.edu.tr

0850 250 82 50

Berna Morova, PhD

bmorova@ku.edu.tr

0212 338 15 88

Nesligül Şentürk, Laboratuvar Uzman

Yardımcısı

nsenturk@ku.edu.tr

0850 250 82 50

Zeynep Seçil Atakan, Biyolog

zatakan@kuh.ku.edu.tr

0850 250 82 50

Laboratuvar hizmet talepleriniz için:

kuttam@ku.edu.tr

Lokasyon

Koç Üniversitesi Hastanesi

Koç Üniversitesi Rumelifeneri Kampüsü

46


Hücresel ve Moleküler

Görüntüleme Laboratuvarı, tek

bir laboratuvar altyapısı altında

geniş spektrumda sunulan

görüntüleme sistemleri ile

araştırmacıların görüntülemeye

yönelik hedeflerine

ulaşabilmelerine olanak sağlıyor.

KUTTAM Hücresel ve Moleküler Görüntüleme

Laboratuvarı, temel ve klinik alan araştırmacılarına

en kapsamlı görüntüleme teknikleriyle ilgili

kişiselleştirilmiş yardım, eğitim ve destek

sağlayan gelişmiş bir görüntüleme merkezidir.

Laboratuvar, Koç Üniversitesi Hastanesi Sağlık

Bilimleri Kampüsü KUTTAM yerleşkesinde, 4. ve 5.

katlarda 115 m 2 ve Koç Üniversitesi Rumelifeneri

Kampüsü’nde 91 m 2 alan olmak üzere toplam 206

m 2 lik alanda yer alıyor.

Hücrelerin ve dokuların biyolojik, morfolojik,

moleküler ve fizyodinamik özelliklerinin ayrıntılı

bir şekilde ortaya konulmasını sağlayan, hem canlı

ve tespit edilmiş örneklerde hem de biyolojik

olmayan örneklerde yüksek çözünürlükte görüntü

elde edilmesine olanak veren ve Türkiye’de pek

çok merkezde bulunmayan farklı özellikteki

mikroskop sistemleri modern bir teknik altyapıyla

kullanıma sunuluyor.

Mikroskopların kullanımlarına izin verilmeden önce

tüm kullanıcıların temel eğitimi tamamlamaları

gerekiyor. Aynı zamanda yeni kullanıcılara veya

kurum dışı hizmet sağlanan araştırmacılara yüksek

vasıflı teknik personel eşliğinde destek veriliyor.

Mikroskopların kullanımı ve mikroskoplarla ilişkili

teknik prosedürlerin uygulanması konusunda

yardım ve eğitim için randevu alınabiliyor,

programlı eğitimlere katılım sağlanabiliyor.


> İnsan granüloza hücreleri

HÜCRESEL VE MOLEKÜLER GÖRÜNTÜLEME LABORATUVARI

BAŞLICA DONANIMLAR

• Geçirimli Elektron Mikroskobu (TEM) (Hitachi HT7800)

• Multifoton Mikroskop Sistemi (Leica DMi6/ TCS SP8-MP)

• Süperçözünürlüklü Konfokal Mikroskop Sistemi (Leica TCS SP8 STED 3X)

• Dijital Işık Düzlemi Düzenekli ve İnkübatörlü Konfokal Mikroskop Sistemi

(Leica DMi8/TCS SP8/DLS)

• İnkübatörlü Konfokal Mikroskop Sistemi (Leica DMi8/TCS SP8)

• Lazer Mikrodiseksiyon Mikroskobu (Leica DM 3000/LMD7)

• Fluoresan Mikroskop ve Canlı Hücre Görüntüleme Sistemi (Leica DMi8)

• Fluoresan Mikroskop ve Canlı Hücre Görüntüleme Sistemi (Zeiss Axio Observer Z1)

• Fluoresan Mikroskop (Zeiss Axio Imager M1)

• Aydınlık Alan Araştırma Mikroskobu (Zeiss Axio Lab A1)

> Hücresel ve Moleküler Görüntüleme

Laboratuvarı

48


Hücresel ve Moleküler Görüntüleme Laboratuvarı’nda

bulunan mikroskoplar geniş bir spektrumda

mikroskobik görüntüleme yapılmasını sağlıyor.

Geçirimli Elektron Mikroskobu (TEM)

Mikroskopideki gelişmeler hücreleri çok daha

yakından tanımamıza olanak sağlıyor. KUTTAM

altyapısında bulunan geçirimli elektron mikroskobu

ile çok yüksek çözünürlükte görüntüleme yapılarak

hücrenin organelleri, zarları ve iskeleti gibi birçok

yapısal bileşenin ince yapısı detaylı bir şekilde

incelenebiliyor. Klinik uygulamalarda böbrek,

solunum yolları, sindirim sistemi ve deri gibi çeşitli

dokulardan alınan hasta biyopsilerinin, sperm ve

kan gibi çeşitli örneklerin elektron mikroskobik

değerlendirmeleri bazı hastalıkların patolojik

tanısında önemli katkılar sağlıyor. Yüksek çözümleme

gücü sayesinde virüsler de görüntülenebiliyor ve

güncel COVID-19 pandemisinde olduğu gibi yapılan

araştırmalarda değerli bilgiler elde ediliyor. 20kV ile

120kV arasında çalışabilme potansiyeli mikroskobun

malzeme bilimleri için de elverişli şekilde kullanılmasını

mümkün kılıyor.

Multifoton Mikroskop Sistemi

Örnek kalınlığı mikroskopide önemli bir parametredir

ve kalınlık arttıkça görüntü alınabilmesi için ışığın daha

derine girmesi gereklidir. Multifoton mikroskobu kızıl

ötesi eksitasyon lazeri sayesinde kalın örneklerde (beyin

dilimleri, embriyolar, organın tümü) görüntüleme

olanağı sağlıyor. Canlı hayvanlarda fluorokrom işaretli

yapıların gerçek zamanlı olarak görüntülenebilmesi

bu mikroskop sistemini pek çok sistemden farklı ve

özgün kılıyor. Sistem üzerinde bulunan diğer lazerler

ve tarayıcı başlık, düz mikroskop düzeneğinde konfokal

görüntüleme yapılmasına da olanak tanıyor.

Süperçözünürlüklü Konfokal Mikroskop Sistemi

Mikroskopide son yıllarda yer alan en heyecan verici

gelişmelerden biri nanometre ölçeğinde çözünürlük

sağlayan süperçözünürlük mikroskoplarıdır. KUTTAM’da

bulunan süperçözünürlük mikroskobu STED (Stimulated

Emission Depletion) teknolojisini kullanıyor ve 20-40

nanometreye kadar çözünürlüğe ulaşmak mümkün

olabiliyor. Sistem üzerinde bulunan beyaz ışık lazeri, çok

renkli görüntülemeyi mümkün kılıyor ve özellikle ince

örneklerde hücre işlevleri sırasında süper çözünürlükte

görüntüleme yapılmasına olanak veriyor.

> TEM


HÜCRESEL VE MOLEKÜLER GÖRÜNTÜLEME LABORATUVARI

> Multifoton Mikroskobu

> Süperçözünürlük Mikroskobu

> Dijital Işık Düzlemi Mikroskobu

Dijital Işık Düzlemi Düzenekli

ve İnkübatörlü Konfokal

Mikroskop Sistemi

Görüntüleme için ışık gereklidir

ancak çok fazla ışık hücrelere

zarar verebilir. Düşük ışık

aydınlatmasının yüksek hızda

görüntüleme ile birleştirildiği

bu sistem özellikle doku ve

organların oluşumu ve gelişimi

sırasında izlenen hızlı ve

periyodik işlevlerin uzun süreli

üç boyutlu görüntülemesi

için kullanılabiliyor. Canlı veya

hazırlanmış, şeffaf ve kalın

örneklerin görüntülenmesine

olanak sağlayan sistemle birlikte

bulunan konfokal mikroskop,

örneklerde yüksek çözünürlükte

hızlı görüntülemeye olanak

sağlıyor. Sistemde yer alan

inkübasyon kabini, sıcaklık ve

karbondioksit kontrolleri ile canlı

yapıların fluoresan görüntülemesi

kısa ve uzun süreli olarak

gerçekleştirilebiliyor.

İnkübatörlü Konfokal

Mikroskop Sistemi

Konfokal mikroskop sistemi

biyolojik örneklerin yüksek

çözünürlükte arka plan gürültüsü

ya da örneğin başka bölgelerine

ait fluoresan gürültüsü

olmadan görüntülenmesine

imkan tanıyor. Fluorokrom ile

işaretli canlı veya sabitlenmiş

hücreler lazer tarama sistemi

ile x-y eksenlerinde düzlemsel

olarak taranarak örneğin tek

bir düzlemdeki görüntüsü

oluşturuluyor. Bu işlemin

z-eksenindeki diğer düzlemler

için tekrarlanması ile elde

edilen optik kesitler üç boyutlu

görüntülemeye imkan veriyor.

Sistemde yer alan inkübasyon

kabini, sıcaklık ve karbondioksit

kontrolleri ile canlı hücre

görüntülemeleri kısa ve uzun süreli

olarak gerçekleştirilebiliyor.

50


> Canlı Hücre Görüntüleme Sistemi

> İnkübatörlü Konfokal Mikroskop Sistemi

Lazer Mikrodiseksiyon Mikroskobu

Lazer mikrodiseksiyon mikroskop sistemi UV

lazer ile lam veya kültür kabı üzerine alınmış doku

kesitinden direkt olarak kesme yoluyla örnek almak

için tasarlanmıştır. Boyalı veya boyasız, tespit edilmiş

veya canlı doku ve hücrelerden son derece hassas

şekilde alınabilen parçalar RNA izolasyonu, immün

işaretlemeler, genomiks, pretomiks, transkriptomiks

ve metabolomiks gibi amaçlarla kullanılabiliyor.

Sistem üzerinde bulunan lazerle kemik, diş, bitki,

ağaç gibi daha kalın ve sert yapıların kesimi de

sağlanabiliyor.

Fluoresan Mikroskop ve Canlı Hücre

Görüntüleme Sistemleri

Canlı hücrelerin görüntülenmesi hücrenin fizyolojik

işlevlerinin gerçek zamanlı olarak ortaya konulmasını

sağlayan bir yöntemdir. Hücrenin işlevlerini

yerine getirirken izlenebilmesi ve in vitro hücresel

tepkilerin görülmesi, hücre davranışının değişmesini

sağlayacak yaklaşımların oluşturulmasında kritik

rol oynar. Bu sistemler hücrelerin uzun süreli

gözlemlerde dahi sağlıklı ve canlı kalmalarının

sağlanabilmesi için sıcaklık, pH, nem ve ışık

kontrolünün sağlandığı inkübasyon ekipmanı ile

donatılmıştır. Sistemlerde canlı görüntülemede

önemli bir problem olan odak ayarının otomatik

olarak yapılması uzun süreli inkübasyonu

destekliyor. Fluorokromla işaretlenmiş hücrelerin

görüntülenmesinde ters stand, motorize tabla ve

DIC desteğiyle görüntüleme sağlanıyor.

> Fare seminifer tübüllerinde spermatogenetik hücreler

> Bölünmekte olan hücrenin kromozomları


NANO ÖLÇEKLİ

TEKNOLOJİ

VE 3 BOYUTLU

(3D) PROTOTİP

LABORATUVARI

Sorumlu

Akademisyenler ve

Teknik Uzmanlar

Savaş Taşoğlu, PhD

stasoglu@ku.edu.tr

Muzaffer Bütün, Laboratuvar Sorumlusu

mbutun@ku.edu.tr

0212 338 08 69

0212 338 17 50


kuttam@ku.edu.tr / kuttam3Dprototip@ku.edu.tr / 3D@ku.edu.tr

Lokasyon


52


3D Prototip Laboratuvarı,

uygulamalı, temel ve klinik

araştırmacılara, üç boyutlu

prototiplemenin tüm yönleriyle

ilgili eğitim ve destek sağlayan,

ileri düzeyde gelişmiş bir

biyoüretim merkezidir.

KUTTAM’ın 3D Prototip Laboratuvarı, Koç

Üniversitesi Rumelifeneri Kampüsü’ndeki SNA

Binası’nın KUTTAM alanında ortak kullanım

tesisinde 68 m 2 lik alanda yer alıyor. Merkez,

araştırmacılara yalnızca randevuyla açıktır.

Ekipmanları kullanmalarına izin verilmeden

önce tüm kullanıcıların eğitim almaları gerekiyor.

Aletlerin kullanımı ve teknik prosedürlerin

uygulanmasıyla ilgili eğitim ve yardım, randevu

ve programlanmış hizmet içi eğitim oturumlarıyla

sağlanıyor.


NANO ÖLÇEKLİ TEKNOLOJİ VE 3 BOYUTLU (3D) PROTOTİP LABORATUVARI

TEMEL AMAÇLAR

• KUTTAM araştırmacılarına ve dış iştirakçilere minyatürleştirmeden faydalanan ya da

faydalanmayan uygulamaların detaylı araştırmasını yürütmede bilgi sağlamak

• Mikroakışkan çip üretimi ve implant, scaffold gibi çeşitli klinik uygulamalar için prototiplendirme

dahil çeşitli tıbbi kullanımlar için mevcut ve gelişmekte olan 3D baskı teknolojileri konusunda

rehberlik etmek

• 3D baskı teknolojisinin avantajları ve kısıtlamalarıyla ilgili danışmanlık sağlamak

• Platformlarının karakterizasyonu gibi tasarım ve sonradan işleme dahil olmak üzere 3D

prototipleme hizmeti sağlamak

BAŞLICA DONANIMLAR

• EOS M290 Metal 3D Yazıcı Sistemi

• HP Multi Jet Fusion 580 Renkli 3D Hızlı Prototipleme Cihazı

• Kumlama Makinesi

• Fırınlama Makinesi (2.000 °C dereceye kadar)

54


Renkli 3 Boyutlu Yazıcı HP Jet Fusion 580HP

Ar-Ge ve eğitimde uygun maliyet küçük orta

ölçekli ürün geliştirme ekipleri, tasarım firmaları ve

üniversiteler için özel olarak üretilen HP Jet Fusion

580, bu topluluklar için maliyet avantajı sağlıyor. HP

Jet Fusion 580 3D Yazıcı modeli ürün geliştirme,

tasarım odaklı firmalar ve araştırma laboratuvarları

olan üniversiteler için tasarlanan, fiyat performans

açısından en uygun kompakt ve profesyonel üretim

çözümlerinden biridir.

M 290 Metal 3 Boyutlu Yazıcı EOS

Metalik mühendislik parçalarını eklemeli imalatla

oluşturmak için Doğrudan Metal Lazer Sinterleme

(DMLS) teknolojisi kullanan metal üç boyutlu yazıcıdır.

Sağlam sistem tasarımı ve güçlü 400 Watt fiber lazeri,

güvenilir şekilde ve yüksek performansla uzun süre

üretim yapılabilmesini sağlıyor. Lazerin yüksek ışın

kalitesi ve mükemmel ayrıntı çözünürlüğü, parçadan

parçaya, işten işe ve makineden makineye homojen

parça özelliklerinin görülmesini garantiler. Tüm müşteri

gereksinimlerini kapsayan, piyasada bulunan en geniş

onaylanmış malzeme ve süreç yelpazesiyle eklemeli

üretim için ideal bir yazıcıdır. Mevcut toz şeklindeki

malzemelerden bazıları AlSi10Mg, kobalt-krom, yüksek

dayanımlı çelik, nikel alaşımları ve farklı paslanmaz çelik

ve titanyum dereceleridir. Yazıcı sistemiyle kullanılan

CAM aracı EOSPRINT, hızlı ve kolay bir iş akışı yönetimi

sağlayan CAD verilerinin optimizasyonuna olanak

tanıyor. EOS parametre düzenleyici modülü, ürün

geliştiricilere, uygulamaya özel optimizasyon için

büyük bir özgürlük sağlayan geniş ve açık bir araç seti

sunuyor.

üretim teknolojisine uyum sağladıkça, üç boyutlu

basımla üretilen metal parçalar tıp, havacılık ve enerji

uygulamaları için çok sık kullanılmaya başlanacak.

DMLS, daha önce görülmemiş yeteneklere sahip,

hâlâ gelişmekte olan bir teknolojidir. DMLS’den

yapılan parçalar, havacılık endüstrisinde roket motoru

manifoldlarında, enjektörlerde ve yakıcı gömleklerinde

kullanılıyor. Bazı enerji şirketleri rotorlar, statorlar ve

prototip türbinler geliştirmek için DMLS kullanmaya

başlamıştır. Biyouyumlu malzemelerle DMLS parçaları,

diş ve ortodonti cihazları, cerrahi aletler, ortopedik

implantlar ve eğitim modelleri olarak kullanılıyor.

Enjeksiyon Makinesi

Plastik ham maddenin, yüksek sıcaklıkta eritilmesi

ve bir kalıp içine enjekte edilmesiyle gerçekleştirilen

imalat yöntemine plastik enjeksiyon adı veriliyor. Plastik

enjeksiyon ile üretim metodu endüstriyel alanlarda

çokça kullanılıyor; yaşamın içindeki en küçük parçadan

en büyüğüne pek çok apart plastik enjeksiyon metodu

kullanılarak imal ediliyor. Enjeksiyon Makinesi’yle

dünya standartlarında test numuneleri için gerekli

olan parçalar üretiliyor. Ayrıca uygun kalıplarla medikal

teknik analitik parçalar da üretilebiliyor. Enjeksiyon

Makinesi 2021’in ilk aylarında KUTTAM’ın altyapı

teknolojisi arasına eklenecek.

DMLS teknolojisi, önümüzdeki yıllarda ideal metal

üretimi yöntemleri arasına girme vaadi gösteriyor.

Büyüyen bir katmanlı üretim teknolojisi olarak,

DMLS’nin 2023 yılına kadar kullanımının neredeyse iki

katına çıkacağı tahmin ediliyor. Endüstriler eklemeli


MOLEKÜLER TIP

LABORATUVARI

Sorumlu

Akademisyenler ve

Teknik Uzmanlar

Yasemin Gürsoy Özdemir, MD

ygursoy@ku.edu.tr

Tuğba Bağcı-Önder, PhD

tuonder@ku.edu.tr

0850 250 82 50

0212 338 10 77


kuttam@ku.edu.tr

Lokasyon



56


Moleküler Tıp Laboratuvarı’nda

tüm moleküler ve hücresel

araştırma teknolojilerine tek bir

laboratuvarda ulaşılabiliyor.

Moleküler Tıp Laboratuvarı, insan fizyolojisi ve

hastalıklarının moleküler ve hücresel düzeyde anlaşılması

amacıyla pek çok interdisipliner araştırmanın yürütüldüğü

ve tüm modern tekniklerin kullanılmasına imkan sağlayan

geniş altyapıya sahip bir laboratuvardır. Kliniğe translasyon

imkanı sağlayacak pek çok araştırmaya ev sahipliği

yapan Moleküler Tıp Laboratuvarı bünyesinde kanser

biyolojisi, kök hücre biyolojisi, hücre biyokimyası ve

fizyolojisi, immünoloji, histoloji/embriyoloji, nörobiyoloji

ve farmakoloji alanlarında çalışmalar yürütülüyor.

Ortak kullanıma açık altyapısı sayesinde tüm güncel

teknolojiler bir arada bulunuyor, çalışmalar efektif ve

dinamik bir biçimde yapılabiliyor. Laboratuvarın amacı,

ulaşılmak istenen teknolojilere hızlı erişerek translasyonel

araştırmaların verimini artırmak ve ileride kliniğe

uyarlanabilecek yeni teknoloji ve bilginin birikimine katkı

sağlamaktır.

Koç Üniversitesi Hastanesi’nde 425 m 2 ve Rumelifeneri

Kampüsü’nde 570 m 2 alana sahip olan Moleküler Tıp

Laboratuvarı’nın tasarımı, kurum içi ve kurum dışı

araştırmacıların aynı alanda ve bütün cihazlara eşit

erişime sahip şekilde çalışmalarına olanak sağlıyor. Koç

Üniversitesi Hastanesi’nde üç, Rumelifeneri Kampüsü’nde

altı adet özel havalandırma sistemi ve izolasyonu olan,

toplam 29 adet laminar akım sistemi ve çok sayıda

inkübatörün yer aldığı, primer hücre kültürü ve hücre

hatlarının çalışabileceği, gen mühendisliği yaklaşımının

lentiviral/retroviral yöntemlerle uygulanabildiği ayrı

mekanları içeriyor. Ayrıca pek çok son model cihaz ve

teknolojinin bulunduğu bir laboratuvar olup dünyanın

birçok merkezinde yapılan bilimsel çalışmalarla

yarışabilecek altyapı kapasitesine sahiptir.

Moleküler Tıp Laboratuvarı’ndan faydalanarak çalışmalarını

yürüten toplam 25 araştırma grubu bulunuyor. Bu

gruplarda rol alan doktora sonrası araştırmacılar, doktora

ve yüksek lisans öğrencileri ve teknik elemanlar büyük

bir uyum ve disiplin içinde çalışıyor; karşılıklı etkileşimin

yüksek olduğu dinamik bir merkezin kaynağında önemli

rol oynuyor.


MOLEKÜLER TIP LABORATUVARI

UYGULANAN BAŞLICA YÖNTEMLER VE

KULLANILAN BAŞLICA CİHAZLAR

Hücre ve Dokulardan Gen İzolasyonu

Gen İfadelerinin Araştırılması (qRT-PCR)

Protein İfadelerinin Araştırılması (Western

Blot)

Hücresel Canlılık ve Ölüm Ölçümleri

Hücresel Metabolizma Ölçümleri

Hücrelerde Zamana Bağlı Büyüme Ölçümleri

Yüksek Çözünürlüklü ve Verimli İlaç

Taramaları

Hücre Motilitesinin Ölçümü

Moleküler Klonlama Teknikleri

shRNA Kütüphanelerinin Oluşturulması ve

Taramalarda Kullanılması

CRISPR/Cas9 Bazlı Genetik Fonksiyonel

Taramalar

Lentiviral / Retroviral Gen Aktarımı

• Sonikatör, Diagenode Bioruptor

• Sonikatör, Sonica Q700-220

• Real Time PCR, Roche Light Cycler 480 II

• Real Time PCR, Thermo Scientific Piko

• Real Time PCR, Applied Biosystem QuantStudio 7 Flex

• Üç Boyutlu Dijital PCR, Applied Biosystem QuantStudio 3D

• PCR System Thermal Cycler Applied Biosystem Proflex

• Thermal Cycler BioRad T100 model

• Kemilüminesans ve IR Protein Görüntüleme Cihazı, LiCor

Odysses FC Infrared (IR)

• Protein Transfer Sistemi, BioRad Trans Blot Turbo

• Dikey Jel Dökümantasyon Sistemi, BioRad Mini-PROTEAN Tetra

Cell-Trans Blot Cell

• Protean IEF-Stainer- Dodeca 1D Elektroforez

• Protein Görüntüleme Sistemi, BioRad ChemiDoc MP

• Jel ve Floresan Protein Görüntüleme Cihazı, BioRad XR+

• Yatay Jel Dökümantasyon Sistemi, BioRad SubGel GT

• Hücre Analiz Cihazı, Merck Millipore Muse

• Mikroplate Okuyucu, Biotek H1 Synergy MFD

• Mikroplate Yıkayıcı, Biotek

• Promega GloMax® Multi+Detection System/Reader

• Gerçek Zamanlı Hücre Metabolizma Analiz Sistemi, Seahorse XF

• Otomatik Hücre Görüntüleme ve Ölçme Sistemi, Biotek Cytation 5

• Otomatik Multipipetleme Cihazı, Biotek Multiflo FL

• Otomatik İnkübatör, Biotek BioSpa 8

• Hücre Yaşam Analiz Cihazı, Roche- RTCA SP- Xcelligence

• Hücre İnvazyon Analiz Cihazı, Roche-RTCA DP - Xcelligence

• Floresan Mikroskop ve Canlı Hücre Görüntüleme Sistemi, Leica

DMi8

• Floresan Mikroskop ve Canlı Hücre Görüntüleme Sistemi, Zeiss

Axio Observer Z1

• Transfeksiyon Sistemi, Lonza 4D Nucleofector Core and X Unit

• Transfeksiyon Sistemi, İnvitrogen Neon

58


Epigenetik Araştırma Yöntemleri

Kromatin Imunopresipitasyon (ChIP)

Pyrosekanslama

Yeni Nesil Dizileme

Hücre ve Dokularda Protein Görüntülenmesi

İmmünofloresan ve İmmünohistokimya

Yöntemleri

Hücre ve Dokularda Akım Sitometresi ile

Ölçümler

İşaretli Hücre İzolasyonu

Biyokimyasal Ölçümler ve Enzimatik Aktivite

Araştırılması

Moleküler Hematofizyoloji Çalışmaları

Mikromanipülasyon Yöntemleri

• DNA Metilasyon Sekanslaması ,QIAGEN Q96 ID

• Sonikatör, Diagenode Bioruptor

• Sonikatör, Sonica Q700-220

• Tek Hücre Sekanslama Cihazı, 10X Genomiks Chromium

• Yeni Nesil Sekanslama Cihazı, Illumina MiSeq

• DNA Fragment Analiz Cihazı, Advanced Analytical Fragment

Analiz

• Cryostat Cihazı, Leica CM1950 UV

• Ultramikrotom Cihazı, Leica- EM UC7RT

• Mikrotom, Leica EM KRM3

• Akım Sitometri, BD FACS Aria TM III-4L

• Akım Sitometri, BD Accuri C6

• Akım Sitometri, INVITROGEN ATTUNE NXT

• Nanopartikül Ebat ve Konsantrasyon Ölçüm Cihazı, Nanosight

NS300

• Spektrofotmetre, Nanodrop Thermo Scientific ND 2000C

• Analit Ölçüm Cihazı, Merck Millipore Magpix Multiplex

• Spektrofotometre, GE Healthcare 2100 pro

• Hücre Analizörü, LORCA Mechatronics Laser-destekli optikal

rotasyonal

• Hücre Geçiş Analizörü, ABX

• Agregometre Fotometrik eritrosit ve Kapiller (koni-plak) (plakplak)

(Myrenne)

• Viskometre Brookfield Koni-plak rotasyonel ve Rheolog

Scanning-Capillary

• Hemogram Hematology Analyzer ABX

• Veri kayıt sistemi Dataq 16 kanal bilgisayarlı ve National Instruments 8

kanal bilgisayarlı

• Akım indikatörü

• Mikro akım ölçer

• İzole Kan Damarı Perfüzyon Sistemi

• Manipülatörler, Narishige MMO-4/MM94

• Mikroenjektörler, Narishige IM-11-2

• Mikroskop, Zeiss Axiovert

• Piezo Manipulatör Primetech


MOLEKÜLER TIP LABORATUVARI

OTOMATIZE ÇOK AMAÇLI CANLI HÜCRE

GÖRÜNTÜLEME ÜNITESI

Yaşam bilimlerinde acil çözüm bekleyen önemli araştırma soruları biyolojik

sistemlerin sürekli ve kapsamlı bir incelemesini gerektiriyor. Bu incelemelerin

daha hızlı ve güvenilir şekilde gerçekleştirilebilmesi için ileri ve yeni

teknolojilerin araştırma ortamına dahil edilmesi giderek daha önemli hale

geliyor. Otomatize Çok Amaçlı Canlı Hücre Görüntüleme Ünitesi yüksek

teknolojili donanımı sayesinde yaşam bilimlerinde görüntü ve okuma bazlı

geniş bir yelpazedeki essey’lerin çoklu plaka formatında otomatize şekilde

gerçekleştirilmesine olanak sağlıyor. Ünite bünyesindeki Biotek Cytation 5

Hücre Görüntüleyici Çok Amaçlı Okuyucu, çoklu-plaka formatında floresans,

aydınlık alan ve faz kontrast görüntülemenin yanı sıra, floresans, luminesans ve

absorbans ölçüme olanak sağlayan filtre ve monokromatör modülleri içeriyor.

Cytation5’in bütünleşik yazılımı olan Gen5, hücrelerin fenotipik ve niceliksel

analizi için görüntü işlemeye dayalı birçok araç sunuyor. BioSpa 8 Otomatize

İnkübatörün sağladığı oksijen kontrollü inkübasyon ortamı sayesinde aynı

anda sekiz farklı çoklu plakada canlı hücre deneylerinin otomatizasyonu

sağlanabiliyor. MultiFlo FX Otomatize Çok Amaçlı Dispenser ile 6-1534 kuyulu

kültür plakalarına 500 nL kadar küçük hacimlerde pipetleme yapılabiliyor.

Ünite bünyesinde

gerçekleştirilebilecek başlıca

incelemeler

• Otomatize Hücre Sayımı ve

Hücre Canlılığı

• Kültür Ortamında Hücre

Yoğunluğunun Ölçümü

• Hücre Kültürlerinde Büyüme

Kinetiğinin Monitörize Edilmesi

• Üç Boyutlu Yapıların

Görüntülenmesi

• Apoptozis ve Nekrozun Kinetik

Ölçümü

• Hücre Stresi

• Hücre Göçü ve İnvazyon

MAGPIX® MULTIPLEKS CIHAZI

MAGPIX sistemi, MILLIPLEX manyetik boncuk sistemiyle çalışan multi-analit panelleri sayesinde küçük hacimlerde

tek seferde birden fazla analitin hızlı ve doğru çalışmasına olanak sağlıyor. Tek bir reaksiyon hacminde 50’ye kadar

farklı analiti tarayabiliyor ve 60 dakikada 96 kuyucuklu plakayı okuyabiliyor. Kanser, kardiyovasküler hastalıklar,

diyabet, hücre sinyalizasyonu, apoptoz, inflamutuvar hastalıklar, toksisite ve endokrin hastalıklar alanlarında yapılan

çalışmalar için hızlı ve efektif bir biyomarker taranmasını mümkün kılıyor.

60


10X GENOMIKS SINGLE CELL

SEQUENCING CIHAZI

Next GEM teknolojisiyle desteklenen Chromium

platformu tek hücre analizi yapmakta kullanılıyor.

Gen ifadesi, kromatin erişilebilirliği, hücre yüzeyi

proteinleri, bağışıklık klonotipi, antijen özgüllüğü

ve CRISPR düzenlemeleri dahil hücre aktivitesinin

moleküler okumalarını birden çok boyutta

yakalayabiliyor. Bu teknolojinin anahtarı, her biri

aşağı akış analizi için tanımlayıcı barkod içeren

on binlerce tek hücre bölümü oluşturabilmesidir.

Cihaz, gelişmiş mikroakışkanları kullanarak tek hücre

bölümlemesini ve barkodlandırılmasını dakikalar

içinde gerçekleştirebiliyor. Cihazın içinde “GEM”

olarak adlandırılan on binlerce tek hücre emülsiyon

damlacıkları oluşturuluyor. (GEM ismi emülsiyon

içindeki jel boncuğundan geliyor.) Emülsiyon

içindeki jel boncuklarının oluşturulması için cihazın

içinde barkodlanmış jel boncukları hücrelerle veya

çekirdekle, enzimlerle ve bölümlere ayırma yağıyla

karıştırılıyor. Her GEM tek bir reaksiyon damlacığı

olarak işlev görüyor, jel boncukları çözülüyor ve

ilgilenilen moleküller her bir hücreden alınarak

barkodlanıyor. Barkodlamadan sonra, aynı hücredeki

veya çekirdekteki tüm fragmanlar ortak bir 10x barkod

taşıyor.

SEAHORSE HÜCRE

METABOLIT ANALIZ SISTEMI

Rumelifeneri KUTTAM yerleşkesinde bulunan Seahorse Gerçek Zamanlı Hücre metabolizma analiz sistemi birden fazla

analiti (çözünmüş oksijen ve serbest protonlar) mikroplaka formatında gerçek zamanlı olarak ölçebilen tek platformdur.

XFe / XFp analizörleri çeşitli yapışkan ve süspansiyon hücreleri ile birlikte kullanılıyor (sürekli ve birincil hücreler dahil).

Ayrıca izole mitokondriler, izole edilmiş iskelet kası lifleri, adacıklar, sferoidler, memeli ve memeli olmayan sistemler ve

hücrelerle (C.elegans, D. melanogaster, maya ve Zebrabalıkları gibi) kullanılabiliyor. XFe, 3D kültürlerde mitokondriyal

solunumu ve glikolitik aktiviteyi analiz edebilen tek ticari platformdur. XF teknolojisi, tripsinizasyona gerek kalmadan

yapışık hücrelerde oksijen tüketiminin ölçülmesine izin veriyor ve Cell-Tak® veya diğer doku bağlama ortamı veya

teknikleriyle süspansiyon hücreleriyle birlikte kullanılabiliyor. Non-invazif ve tahribatsız ölçüm, boya veya etiket

eklenmesini gerektirmediğinden hücreler canlı kalıyor ve başka bir çalışmada kullanılabiliyor. XFe24 model cihazın

kullanımı için kuyu başına yaklaşık 25.000-40.000 hücre yeterli oluyor.


OMİKS

LABORATUVARI

Sorumlu

Akademisyenler ve

Teknik Uzmanlar

Nurhan Özlü, PhD

nozlu@ku.edu.tr

Seda Kızılel, PhD

skizilel@ku.edu.tr

0212 338 10 71

0212 338 18 36

Nazlı Ezgi Özkan Küçük, PhD

nazozkan@ku.edu.tr

0212 338 10 00

Büşra Akarlar, MSc

Laboratuvar Uzman Yardımcısı

bakarlar@ku.edu.tr

0212 338 17 13


kuttam@ku.edu.tr / kuttamomiks@ku.edu.tr

Lokasyon


62


Omiks Laboratuvarı’nda

elde edilen verilerin

analizi için Thermo

Fisher Scientific

Proteome Discoverer,

Matrix Science Mascot,

Maxquant, Scaffold

ve Protein Pilot gibi

pek çok farklı program

kullanılıyor.

Rumelifeneri Kampüsü’nde 61 m 2 lik alana kurulu

Omiks Laboratuvarı’nda kütle spektrometribazlı

proteomik yöntemlerle doku, hücre ve

vücut sıvılarından elde edilen proteinlerin

geniş ölçekte analizleri yapılıyor. Karşılaştırmalı

proteomik yaklaşımlar kontrol ve hastalıklı koşullar

arasındaki küçük farkları bile tespit edebiliyor.

Kütle spektrometrisi temelli yöntemler kullanılarak

model organizmalardan ya da doğrudan

hastalardan elde edilen hücre, doku ya da vücut

sıvısı kökenli protein örneklerinde geniş ölçekli

protein analizi ve karakterizasyonu yapılıyor. Ayrıca

karşılaştırmalı niteliksel ve niceliksel analizlerle

post-translasyonel modifikasyonlar, protein

kompleksleri ve protein-protein etkileşimleri de

belirlenebiliyor.


OMİKS LABORATUVARI

BAŞLICA DONANIMLAR

• Thermo Scientific Q Exactive HF Hibrid Quadrupole-Orbitrap LC-MS/MS

kütle spektrometresi

• Thermo Scientific Dionex Ultimate 3000 NCS-3500RS nano sıvı

kromatografisi

• Thermo Scientific Easy Nano LC 1200 sıvı kromatografisi

ÇALIŞMALAR

Omiks Laboratuvarı’nda yapılan analizler, kanser

ve diğer patolojik durumların erken tanıda

yüksek öneme sahip biyo-belirteçlerin tespitinde

ya da tedavi sırasında kullanılan ilaçların

hücrelerdeki proteinler üzerindeki etkilerinin

araştırılmasında kullanılıyor. Örneğin normal

ve kanserli böbrek dokularından elde edilen

örnekler, kimyasal işaretleme uygulandıktan

sonra geniş ölçekte niceliksel olarak analiz

ediliyor ve örnekler üzerinden kanser

biyobelirteçleri tespiti yapılıyor.

Bir diğer örnek çalışmada, COVID-19’lu

hastaların plazma proteomları inceleniyor.

COVID-19 hastalarından elde edilen plazma

örnekleri kütle spektrometresi ile analiz ediliyor

ve hastaların plazma protein profillerinin hastalık

patolojisi ve prognozu ile ilişkisi araştırılıyor.

Yüksek ölçekli proteomik analizlere ek olarak

laboratuvarda yer alan Dionex UltiMate 3000

HPLC Sistemi ile analit ölçme ve saflaştırma

çalışmaları da yapılıyor. Yüksek basınçlı sıvı

kromatografisi olarak da bilinen yüksek

performanslı sıvı kromatografisi (HPLC), bir

karışımdaki her bileşeni moleküler yapılarına

64


ve moleküler bileşimlerine göre ayırmak, saptamak ve

ölçmek için kullanılan analitik bir tekniktir. Bu teknik,

kompleks örneklerin kütle spektrometre tabanlı analiz

öncesi farklı fraksiyonlara ayrılması için kullanılabildiği

gibi laboratuvar ortamında sentezlenen peptitlerin

tanımlanması ve saflaştırılmasında da kullanılabiliyor.

Örneğin sentezlenen RGD ve CREKA gibi peptitler,

Dionex UltiMate 3000 HPLC sistemiyle analiz ediliyor.

İlk olarak peptidin piklerini kromatografta tespit edip

ardından fraksiyonel toplayıcı yardımıyla safsızlıkları

gidererek saflaştırılmış numune elde ediliyor.

Laboratuvarda proteinleri farklı polimerlerle

işlevselleştirme çalışmaları da yapılıyor. Örneğin

polietilen glikolün (PEG) bir IL-1 protein reseptörü

ile işlevselleştirilmesine çalışılıyor ve başarılı

işlevselleştirmeyi kontrol etmek için HPLC kullanılıyor.

Ek olarak malzeme karakterizasyonu, tanımlama ve

saflaştırma için HPLC kullanılan farklı projeler üzerinde

çalışılıyor. Halihazırda devam eden projeler arasında

COVID-19 için IL-1Ra sentezi, tip 1 diyabet tedavisi

için proteinlerin PEGilasyonu ve limbal kök hücre

eksikliğinin tedavisi için ligandların sentezi yer alıyor.

Bu çalışmalara ek olarak pek çok farklı grupla iş

birliği çalışmaları da devam ediyor. Son üç yıl içinde,

KUTTAM-Omik Merkezi Laboratuvarı kurularak gerek

kurum dışı, gerekse kurum içinden diğer gruplara

proteomik analiz olanağı sunulması sağlandı.

KUTTAM-Omik Merkezi Laboratuvarı, son teknoloji

kütle spektrometresi ve yüksek performanslı sıvı

kromatografisinin yanı sıra, analitik kolon çekme ve

doldurma sistemiyle donatıldı. Bu sistem sayesinde

hazır analitik kolonların ithalatına bağımlılık azaltıldı.

Son zamanlarda iş birliği yapılan araştırmacıların

bulunduğu kurumlar arasında Koç Üniversitesi

Hastanesi, Koç Üniversitesi Mühendislik Fakültesi,

9 Eylül Üniversitesi ve İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

yer alıyor.


HAREKET

ANALİZİ VE

KOGNİSYON

LABORATUVARI

Sorumlu

Akademisyenler

Hale Yapıcı Eser, MD

hyapici@ku.edu.tr

0850 250 82 50

Atay Vural, MD, PhD

atayvural@ku.edu.tr

0850 250 82 50


kuttam@ku.edu.tr

Lokasyon


66


Hareket Analizi ve Kognisyon Laboratuvarı, insan bilişsel sistem ve hareket

kabiliyetlerini ayrıntılı ve verimli bir şekilde nitelendirilebilecek teknoloji ve

yaklaşımları kullanarak farklı hasta gruplarında etkilendiği bilinen bu işlevlerin

tanımlanabilmesi, incelenebilmesi, izlenebilmesi ve iyileştirilmesini hedefliyor.

Hareket Analizi ve Kognisyon Laboratuvarı, Koç

Üniversitesi Hastanesi’nde 5. katta 84 m 2 lik alanda

bulunuyor.

Kognisyon Laboratuvarı’nda obezite, Parkinson hastalığı,

duygudurum bozuklukları ve somatik belirti bozuklukları

ile stresin etki mekanizmalarının anlaşılması amacıyla

birçok araştırma yürütülüyor. Laboratuvarda Shimmer3

EKG ve IMU sensörleri, ConensysPRO yazılımları

mevcuttur. Merkezde geliştirilen kullanıcı dostu test ve

üstün analitik yöntemlerle dikkat, bellek, karar verme,

öğrenme ve algı gibi kognisyonun temel bileşenlerinin

sağlığı sayısal bir şekilde nitelendirilip izleniyor. Ayrıca

interoseptif farkındalığın mekanizmaları tanımlanmaya

çalışılıyor. Yakın zamanda sanal gerçeklikle akut sosyal

stres oluşturmak için gereken altyapının kurulması

tamamlanacak.

Hareket Analizi Laboratuvarı’nda ataksi, spastisite,

Parkinson hastalığı, multipl skleroz gibi nörolojik

sebeplere bağlı yürüme ve hareket bozuklukları üzerinde

araştırmalar yürütülerek bu hastalıkların tanı ve takibini

kolaylaştırmaya yönelik yeni teknolojiler geliştirmek

üzerine çalışılıyor. Bu hastalıkların dışında ortopedi ve

fizik tedavi alanlarını ilgilendiren yürüme, eklem ve

postür bozuklukları üzerinde de araştırmalar yürütülüyor.

Projeler, multidisipliner bir yaklaşımla hekimler,

fizyoterapistler, orthotistler ve mühendislerden oluşan bir

ekip tarafından yürütülüyor.

Laboratuvarda 16 kablosuz sensör ve EMG

elektrotlarından oluşan Noraxon myoMotion Research

Pro IMU sistemi, iki metrelik Zebris basınç platformu

sistemi ve Q-Motor sistemi bulunuyor. Bu sayede

hastalarda ve gönüllülerde herhangi bir hareket

bozukluğuna yol açmaksızın her türlü üst ve alt uzuv

hareketi, denge ve yürüme verisi kaydedilebiliyor.

Laboratuvardaki çalışmaların bir amacı da genetik temelli

ataksi, spastisite, Parkinsonizm gibi nadir hastalıkların

seyrini daha iyi anlayabilmek ve tedaviye cevabı daha

hassas bir şekilde ölçebilmektir. Laboratuvarın bu

konudaki çalışmaları Avrupa Birliği tarafından fonlanan

European Joint Project Rare Disorders programınca da

destekleniyor.


BİYOMEKANİK ve

DAYANIKLILIK

LABORATUVARI

Sorumlu

Akademisyenler ve

Teknik Uzmanlar

Savaş Taşoğlu, MD

stasoglu@ku.edu.tr

Muzaffer Bütün, Laboratuvar Sorumlusu

mbutun@ku.edu.tr

0212 338 08 69

0212 338 17 50


kuttam@ku.edu.tr / kuttambiyomekanik@ku.edu.tr

Lokasyon


68


Biyomekanik ve Dayanıklılık

Laboratuvarı, mekanik

testlerin ve materyal

karakterizasyonunun

tüm yönleriyle ilgili kişisel

yardım, eğitim ve desteğiyle,

uygulamalı, temel ve klinik

araştırmacılar sağlayan, ileri

mekanik test merkezidir.

Koç Üniversitesi Rumelifeneri Kampüsü’nde

32 m 2 lik alanda konumlanan Biyomekanik

ve Dayanıklılık Laboratuvarı’nın ana hedefi,

KUTTAM araştırmacılarına ve dış iştirakçilere

biyomalzemelerin mekanik dayanımı ve

oluşabilecek problemleri hakkında detaylı

araştırma yürütmek için bilgi sağlamaktır.

Bunun yanında, araştırmacılara ve dış

iştirakçilere, basit bir matris yapısı içinde

minimum adım kullanarak çeşitli dinamik

ve yarı statik test metotları gibi hangi

karakterizasyon deneylerinin yapılacağı

konusunda danışmanlık sağlamaktır.

INSTRON PREMIUM E10000LT

(ÇİFT EKSENLİ) ELEKTRODİNAMİK

TEST SİSTEMİ

• Instron Premium Electropuls E10000LT Test

Sistemi

• ±10000N, ±100 Nm Dinamik Yük Hücresi

• 10kn / 100Nm Mekanik Kama Hareketli Saplar

• 12, 6mm Düz ve 3-18mm Yuvarlak Örnekleri

Kaplamak Için 5 Set Jaw Yüzleri

• Instron 8800MT Kontrolör

• Instron Wavematrix 2 Dinamik Test Yazılımı

• Instron Wavematrix 2 Hesaplama Modülü

• Instron Bluehill Universal Statik Test Yazılımı

• Yüksek Performanslı Bilgisayar

• Sistem Kurulumu, Hizmete Sokma ve Eğitimi

• Yük Hücresi Kalibrasyonu


BİYOİSTATİSTİK,

BİYOİNFORMATİK

ve VERİ YÖNETİMİ

LABORATUVARI

Sorumlu

Akademisyenler ve

Teknik Uzmanlar

Mehmet Gönen, PhD

mehmetgonen@ku.edu.tr

Arzu Baygül, PhD

abaygul@ku.edu.tr

0212 338 18 13

0850 250 82 50

Hamzah Syed, PhD

hsyed@ku.edu.tr

0212 338 10 00


kuttam@ku.edu.tr

Lokasyon



70


Biyoistatistik, Biyoinformatik

ve Veri Yönetimi

Laboratuvarı’nın temel

amacı, çok sayıda hastalık

için multi-omik ve klinik

verileri yönetmek ve

işlemek, veri analitiği ile

içgörü oluşturmaktır.

Biyoistatistik, Biyoinformatik ve Veri Yönetimi Laboratuvarı’nda

araştırmacılar, mevcut analiz tekniklerinin sınırlı olduğu kanıtlanan

sorunları çözmek için yeni metodoloji ve yazılım geliştirmeye

odaklanıyorlar. Laboratuvar, elde edilen verilerin hastalar ve

toplum sağlığı için faydalı olabilecek sonuçlara dönüşmesini

hedefliyor. Mevcut Hizmetler, RNA-Seq / scRNA-seq / WGS /

ATAC-Seq / CRISPR-screen / metabolomik veri QC ve analizini

içeriyor. Laboratuvar ekibi klinik araştırmalara çalışma tasarımı,

veri yönetimi, örnek büyüklüğü/güç hesabı, istatistiksel analiz

planı, biyoistatistiksel analiz ve yorumlama, raporlama, tablolama,

meta analiz gibi konularda biyoistatistiksel danışmanlık da sağlıyor.

Bunun yanı sıra, araştırmacılar için interaktif, bilgisayar tabanlı,

temel ve ileri biyoistatistik kursları düzenleniyor.

Biyoistatistiksel Hizmetler

Biyoistatistik Eğitimleri

2019 Eylül-2020 Aralık tarihleri arasında KUTTAM Biyoistatistik,

Biyoinformatik ve Veri Yönetimi Laboratuvarı bünyesinde 401

danışmanlık seansında yüzlerce projeye çalışma tasarımı,

örneklem büyüklüğü hesabı, veri yönetimi/düzenlenmesi,

biyoistatistiksel analiz ve meta analiz danışmanlık desteği verildi.

2020 yılında yaklaşık 60 hekimin

aktif katılımıyla biri yerinde,

ikisi çevrim içi olmak üzere üç

kez SPSS Uygulamalı Temel

Biyoistatistik Kursu düzenlendi.


DENEY HAYVANLARI

ve ZEBRA BALIĞI

LABORATUVARI

Sorumlu

Akademisyenler ve

Teknik Uzmanlar

Hakan Orer, MD

horer@ku.edu.tr

Elanur Yılmaz, PhD

elanuryilmaz@ku.edu.tr

0212 338 11 64

0212 338 1000

Nihan Coşkun, Veteriner Hekim

ncoskun@ku.edu.tr

0850 250 82 50

Ali Cihan Taşkın, PhD

Laboratuvar Sorumlusu

ataskin@ku.edu.tr

0212 338 11 81


kuttam@ku.edu.tr

Lokasyon



72


Deney Hayvanları ve

Zebra Balığı

Laboratuvarlarının

öncelikli amaçları,

teknoloji

inovasyonu,

altyapısının

geliştirilmesi ve

laboratuvar

yönetim kalitesinin

artırılmasıdır.


DENEY HAYVANLARI VE ZEBRA BALIĞI LABORATUVARI

Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı Koruma Kontrol Genel Müdürlüğü’nden alınan çalışma izniyle faaliyete başlayan

Deney Hayvanları Laboratuvarı, 332 m 2 lik alana yayılan 41 bağımsız bölümden oluşuyor. Deney hayvanları üretimi

ve araştırmasını hedefleyen laboratuvar; iki adet operasyon odası, bir adet hücre kültürü odası, üç adet davranış

odası, in vivo görüntüleme odası, nekropsi odası, muayene odası ve diğer yardımcı odalardan oluşuyor. Laboratuvar

Altyapısı yenilikleri olarak üretim ve bakım kapasitesinin artırılması amacıyla 1 adet 126 fare kafes (Euro tip 2) kapasiteli

Techniplast Green Line IVC sistemi, 1 adet 72 sıçan kafes (Euro tip 3) kapasitesli Techniplast Green Line IVC sistemi ve

kafes sterilizasyonu için 2 adet Hirayama 110L otoklav kurulumu yapıldı. Araştırma kapasitesinin artırılması amacıyla

PhenoMaster CaloSystem DFBW Act.XYZ metabolik kafes sistemi, iki adet RWD marka gaz anestezi cihazı, cerrahi

suitlerde kullanılmak üzere 2 adet Kent Scientific marka PhysioSuite, non invasive CODA tansiyon aleti, 1 adet Leica S6

F12 I model cerrahi mikroskop kurulumları sağlandı. Laboratuvar kalitesinin artırılması amacıyla, The Association for

Assessment and Accreditation of Laboratory Animal Care International (AAALAC) akreditasyon programına başvuru

yapıldı.

Araştırmacı eğitimi amacıyla, üç farklı dönemde (2017, 2018 ve 2019) Deney Hayvanları Kullanım Sertifikası Eğitim

Programı (A Grubu araştırmacılar için) düzenlendi. Ayrıca 2018 yılında, İstanbul Üniversitesi Deneysel Tıp Araştırma

Enstitüsü iş birliğiyle II. Sinir Bilimi Yöntemleri Kursu’nun in vivo deneysel model eğitimi verildi. Yeni araştırmacılar için

çevirim içi oryantasyon programı oluşturuldu. Bilgi Teknolojileri Birimi ile Etik Kurul onaylı proje takip ve hayvan talebi

için Laboratuvar Hayvanları Yönetimi Programı (KULAM) hazırlandı. Embriyoların dondurulmasıyla ırklarının genetik

kaynağını koruma (transgenik gibi) ve kafes bakım maliyetini düşürmek hedefiyle SSV (Solid Slow Vitrification) embriyo

dondurma tekniğiyle embriyo bankası oluşturuldu. Proje kapsamında kurum içi araştırmacılara hayvan üretim, bakım,

eğitim, deneysel destek, yurt dışı hayvan temin organizasyonu ve veterinerlik hizmetleri sunuluyor. Kurum dışı

üniversitelere de hayvan satış ve proje hizmetleri sağlanıyor.

74


ZEBRA BALIĞI LABORATUVARI

16 Nisan 2019’da Tarım ve Orman Bakanlığı’ndan 151 numaralı çalışma izni alınan Zebra Balığı Laboratuvarı, kurum

içi ve kurum dışı araştırmacılara hayvan üretimi, bakımı ve kullanım eğitimi sağlamak amacıyla kuruldu. Laboratuvar

aracılığıyla kurum içi ve kurum dışı deneysel destek, hayvan satışı ve veterinerlik hizmetleri, yurtdışı hayvan temin

organizasyonu sağlanıyor.

Laboratuvarın altyapısında deneysel amaçlarla kullanıma sunulan 1 adet Leica M205 FA stereo mikroskop, 1 adet

Leica DLS numune hazırlama mikroskobu, 1 adet Memmert IN55 inkübatör bulunuyor. Hayvanların bakımı için 1

adet Tecniplast Zebtec CLS medium zebra balığı akvaryum sistemi ve 1 adet karantina koşulları için Techniplast

Zebtec Stand Alone zebra balığı akvaryum sistemi mevcut. Sistemler, balıkların yaşam koşullarına uygun su

değerlerini koruma özelliğine sahiptir. Ayrıca su kalite kontrolleri, analiz için akredite olan firma tarafından düzenli

olarak yapılıyor ve balıkların sağlığını tehdit edebilecek değişimler belirlenip önlem alınıyor. Hayvan sağlığı

kontrolleri ve analizleri düzenli olarak yapılıyor ve hayvanların sağlık bilgileri kayıt altına alınıyor.

Ocak 2020’de ilk yavrular elde edilip koloni kurulmaya başlandı. Böylece balıkların gelişimlerine en uygun

beslenme rutini izleniyor. Yine 2020’nin başında ilk hayvan satışı gerçekleştirildi. Altyapı yeniliği olarak WPI

Manuel Mikromanipülasyon/Mikroenjeksiyon cihazı ve WPI 4 adımlı mikropipet Puller kullanıma sunuldu.

Hayvan talebi takibi amacıyla elektronik form oluşturuldu ve talepler kayıt altına alınmaya başlandı. 2021

yılında deneyleri başlaması planlanan, Etik Kurul onayları alınmış iki adet proje daha bulunuyor.


NÖRODEJENERASYON

ARAŞTIRMA

LABORATUVARI (NDAL)

Sorumlu

Akademisyenler ve

Teknik Uzmanlar

A. Nazlı Başak, PhD

nbasak@ku.edu.tr

İlknur Yıldız Aydın, Yönetici Asistanı

iyildizaydin@ku.edu.tr

0850 250 82 50 / 23811

0850 250 82 50 / 2695

Selda Dağdeviren Dığın,

Bölüm Asistanı

sdagdevirendigin@ku.edu.tr

0850 250 82 50 / 2695

Irmak Şahbaz,

Laboratuvar Koordinatörü

esahbaz@ku.edu.tr

0850 250 82 50 / 2692

Müge Kovancılar Koç,

Laboratuvar Asistanı

mugekoc@ku.edu.tr

0850 250 82 50 / 2692


kuttam@ku.edu.tr / kuttamndal@googlegroups.com

Lokasyon


76


NDAL, güncel teknolojik

altyapısı, güçlü bilgi

birikimi ve donanımlı

ekibiyle Türkiye’de

ve uluslararası

platformlarda nadir

hastalık araştırmasında

mükemmeliyet merkezi

olarak kabul gören özgün

bir laboratuvardır.

2018 yılından bu yana araştırmalarına

KUTTAM’da devam eden NDAL, kuruluşundan

15 yıl sonra bugün, güncel teknolojik altyapısı,

güçlü bilgi birikimi ve donanımlı ekibiyle

Türkiye’de ve uluslararası platformlarda

nadir hastalık araştırmasında mükemmeliyet

merkezi olarak kabul gören özgün bir

laboratuvara evrildi. NDAL, etkin dergilerdeki

bilimsel yayınlarıyla, ulusal ve uluslararası

toplantılara katkılarıyla, birçok uluslararası

konsorsiyumdaki etkin konumuyla ve iki yılda

bir düzenlenen Suna Kıraç Nörodejenerasyon

Konferanslarına yaptığı ev sahipliğiyle dünya

çapında görünürlüğü olan itibarlı bir laboratuvar

konumundadır. KUTTAM’daki lokasyonu NDAL’ı

süreklilik ve kurumsallık arz eden bir yapı haline

getirmiştir.


NÖRODEJENERASYON ARAŞTIRMA LABORATUVARI (NDAL)

BAŞLICA DONANIMLAR

HÜCRE KÜLTÜRÜ

• Leica DM4000B Mikroskop

• Beckman Coulter Allegra X-22 Santrifüj

• Thermo Su Banyosu

• ESCO Class II Kabin

• Arçelik -20 °C/+4 °C Buzdolabı

• Thermo Water Jacketed CO 2

İnkübatör

DNA İZOLASYON

• Magna Pure 24 System

• Magna Pure Compact Instrument 8’li

• GFL Su Banyosu

ARAŞTIRMA LABORATUVARI

• Applied Biosystems Real-time PCR System

• Thermo Nanodrop 2.000 °C

• Biorad T100 PCR

• Techne PCR

• Biorad Elektroforez Tankı

• Biorad Western Blot Tankı

• Biorad Power Supply

• Thermo Elektroforez Tankı

• Thermo Power Supply

• Sartorius Hassas Terazi

• JSR JSI-50T Etüv

• Beckman Coulter Mikrofuge 16 Santrifüj

• Mini Santrifüj

• Sigma Santrifüj

• Eppendorf Thermo Mixer Isıtıcı ve Karıştırıcı

• Eppendorf Thermostat 5320 Isıtıcı ve Karıştırıcı

• Heidolph MR 3001 Isıtıcılı Manyetik Karıştırıcı

• Arçelik Mikrodalga Fırın

• Sigma 2-16K Santrifüj

• Sartorius Pb-11 Ph Metre

• Heidolph Duomax 1030 Shaker

• Heidolph Reax Vorteks

• Weseman Çeker Ocak

• Arçelik -20 °C Mini Buzdolabı

• Arçelik -20 °C/+4 °C Buzdolabı

CIHAZ ODASI

• Memmert Su Banyosu

• Thermo -80 °C Buzdolabı

• Biorad Chemidoc MP Imaging System

• Binder Etüv

• Beckman Coulter Auanti-J/E Santrifüj

• Thermo Forma Orbital Shaker

• Stuart Hybridisation Oven/Shaker S130H

• Techne Hybrigene

• Arçelik +4 °C Buzdolabı

• Arçelik -20 °C Mini Buzdolabı

78


NDAL’IN ORGANİZASYON ŞEMASI

A. Nazlı Başak

(Akademik Direktör)

2 İdari Asistan

MOLEKÜLER

ANALIZ

ARAŞTIRMA

Geleneksel DNA

Yöntemleri

1 Laboratuvar Koordinatörü

1 Laboratuvar Asistanı

Yeni Nesil

Dizileme Analizi

3 Doktora Sonrası Araştırmacı

1 Araştırma Asistanı /Biyoinformatik

6 Doktora Öğrencisi

4 Yüksek Lisans Öğrencisi

2 Stajyer Öğrenci

1 TÜBİTAK Bursiyeri

1 Fullbright Bursiyeri


BİYOGÜVENLİK

SEVİYE-3 (BSL-3)

LABORATUVARI

Sorumlu

Akademisyenler ve

Teknik Uzmanlar

Füsun Can, PhD

fucan@ku.edu.tr

Özlem Doğan, PhD

ozldogan@ku.edu.tr

0212 338 11 62

0212 338 08 35


kuttam@ku.edu.tr

Lokasyon


80


Biyogüvenlik Seviye-3

Laboratuvarı, araştırmacılara

Türkiye’de ve dünyada

tehdit oluşturan yeni

enfeksiyonların etkeni

olan mikroorganizmalarla

hücresel ve moleküler

seviyede ileri düzey

çalışmalar yapabilme imkanı

sunuyor.

Koç Üniversitesi Hastanesi içinde 100

m 2 lik alana kurulu olan Biyogüvenlik

Seviye 3 (BSL-3) Laboratuvarı Avrupa

Birliği standartlarına uygun olarak

tasarlanmış negatif basınçlı, üç

ayrı çalışma ünitesinden oluşuyor.

Laboratuvarda hava akımı, temiz

alandan enfeksiyon ajanlarının üretildiği

ve çalışıldığı iç odalara yöneltiliyor,

böylelikle kirli hava iç odalarda tutulup

ayrı bir havalandırma kanalından

yüksek düzey filtreleme sistemleriyle

hastane dışına veriliyor. Her çalışma

ünitesinin biyogüvenlik kabini, soğutma

ve inkübatör sistemi bulunuyor.

Araştırmacılar, BSL-3 Laboratuvarı’nda

tam korumalı laboratuvar giysileri ve tam

kapalı akülü havalandırma sistemiyle

(PAPR) çalışıyorlar. Kasım 2018’de

uluslararası bağımsız kuruluş tarafından

sertifika almaya hak kazanan laboratuvar,

kuruluş ve uygulama prosedürleri

açısından uluslararası biyogüvenlik

standartlarına bağlıdır. BSL-3 Laboratuvarı

2021 yılında Koç Üniversitesi İş Bankası

Enfeksiyon Hastalıkları Uygulama ve

Araştırma Merkezi’ne devredilmiştir.

Öncelikli çalışma alanları

• Antiviral ilaç dizaynı

• Viral enfeksiyonların tanısında

yeni testlerin geliştirilmesi

• Hızlı tanı testlerinin

validasyonu

• Viral patogenez ve virulans

çalışmaları


KLİNİK ARAŞTIRMA

ÜNİTESİ

Klinik Araştırma Ünitesi’nin kuruluş amacı, yüksek kaliteli klinik ve biyomedikal

cihaz araştırmaları yapmak için araştırma ekosistemi oluşturmaktır.

Sorumlu

Akademisyenler ve

Teknik Uzmanlar

İhsan Solaroğlu, MD

isolaroglu@ku.edu.tr

Rana Cansu Eğitimci,

Klinik Araştırma Ünitesi Planlama ve

Geliştirme Uzman Yardımcısı

regitimci@kuh.ku.edu.tr

0850 250 82 50

0850 250 82 50


ctunit@ku.edu.tr

Lokasyon


82


Yetenekli gençleri ve saygın akademisyenleri bir araya getiren ve

disiplinlerarası araştırmaya katkıda bulunan Klinik Araştırma Ünitesi

(Clinical Trials Unit-CTU) ve Faz 1 Klinik Araştırma Merkezi (Phase 1

Clinical Trial Center- CTC) Koç Üniversitesi Hastanesi bünyesinde yer

alıyor. CTC, Türkiye Tıbbi Cihaz ve İlaç Kurumu tarafından onaylanan,

Türkiye’nin ilk yüksek riskli ilaç araştırma merkezi oldu. CTU, klinik

araştırmaların tasarımından etkin ve zamanında tamamlanmasına kadar

her adımda ihtiyaç duyulan bilimsel ve teknik desteği sağlıyor. Ünite, etik

kurullar tarafından onaylanan hem farmasötik hem de biyomedikal ekipman

alanında çok merkezli randomize kontrollü çalışmaların yönetimi için tasarlandı.

Hem CTU hem de CTC, modern standartlara uygun olarak fiziksel altyapının

ötesinde araştırmacılara her türlü uzmanlık, danışmanlık ve destek sağlıyor.

CTU’da ve CTC’de araştırmacılar, araştırma kuruluşları ve sağlık

endüstrisiyle ortaklık yapılarak aşağıdaki alanlarda hizmet sunuluyor:

• Faz 1 - 4 klinik araştırma

• Araştırmacı tarafından başlatılan ve sektöre bağlı klinik araştırmalar

• Girişimsel ve girişimsel olmayan klinik araştırmalar

• Küçük moleküllü kimyasal ilaçlar, biyofarmasötikler, tıbbi cihazlar ve

teşhis gibi çeşitli tıbbi ürünler üzerine klinik araştırma

• İş ve proje tasarımı (stratejik araştırma

danışmanlığı ve çalışma fizibilite

değerlendirmesi)

• Merkez yönetimi (merkez proje yönetimi,

araştırma etiği, merkez bütçesi ve ödeme

yönetimi, merkez sözleşme yönetimi

ve yasal işler, saha koordinatörü desteği,

biyolojik örnek yönetimi, araştırma ilacı

yönetimi ve arşivleme)

• Faz 1, erken faz ve klinik farmakoloji

deneme yönetimi (gönüllü alınması,

araştırma planlaması, klinik operasyon

planlanması)

• Sözleşmeli araştırma hizmetleri (protokol

geliştirme, proje yönetimi, izleme, veri

yönetimi, istatistik, tıbbi yazım ve yayın)

• Mesleki eğitim (merkezde eğitim, çevrim

içi öğrenme ve sınavlar)


İŞ BİRLİĞİ AĞI

Acıbadem Üniversitesi

Adnan Menderes Üniversitesi

Afyonkarahisar Üniversitesi

Ankara Üniversitesi

Atılım Üniversitesi


Bath Üniversitesi, İngiltere

Brown Üniversitesi, ABD

Boston Üniversitesi, ABD

Charité Üniversitesi, Almanya

Claude Bernard Lyon 1 Üniversitesi, Fransa

Çukurova Üniversitesi

Dalhousie Üniversitesi, Kanada

Denz Medical, Avusturya

Dokuz Eylül Üniversitesi

East Anglia Üniversitesi, Birleşik Krallık

Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü

Gothenburg Üniversitesi, İsveç

Hacettepe Üniversitesi

Heidelberg Üniversite Hastanesi, Almanya

Hong Kong Üniversitesi, Çin

Illinois Üniversitesi, ABD

Lizbon Teknik Üniversitesi, Portekiz

İnventram AŞ

İstanbul Teknik Üniversitesi


İstinye Üniversitesi

Hongik Üniversitesi, Güney Kore

Kaliforniya Üniversitesi, ABD

84


İŞ BİRLİKLERİ

Katip Çelebi Üniversitesi

Kocaeli Üniversitesi

Konya Meram Üniversitesi

Lizbon Üniversitesi, Portekiz

Ludwig-Maximillian Üniversitesi, Almanya

Lund Üniversitesi, İsveç

Tübingen Üniversitesi,

Almanya

Stanford Üniversitesi, ABD

The Open Üniversitesi,

Birleşik Krallık

TÜBİTAK Marmara Araştırma Merkezi

Marmara Pendik Eğitim Araştırma Hastanesi

Medipol Üniversitesi

Max Planck Enstitüsü, Almanya

Monash Üniversitesi, Avustralya

Montreal Üniversitesi, Kanada

Münih Teknik Üniversitesi, Almanya

Nebraska Üniversitesi, ABD

Otago Üniversitesi, Yeni Zelanda

Oxford Üniversitesi,

Birleşik Krallık

Pittsburgh Üniversitesi, ABD

Potsdam Üniversitesi, Almanya

Sağlık Bakanlığı Kartal Eğitim

Araştırma Hastanesi

Uluslararası niteliklere sahip, en yetkin

mezunları yetiştirmek misyonuyla

hareket eden Koç Üniversitesi,

küresel çapta tanınmış, saygın

kurumlarla iş birlikleri gerçekleştiriyor;

akreditasyonlar kazanıyor, stratejik

ortaklıklar kuruyor ve seçkin birliklere

üye oluyor. Sosyal sorumluluk

bilinciyle hareket eden Koç

Üniversitesi, uluslararası sözleşme

ve standartlara bağlılığıyla bir dünya

vatandaşı olduğunu kanıtlıyor.

Koç Üniversitesi, ulusal ve uluslararası

düzeyde kamu kuruluşları ve özel

kurumlarla (üniversiteler, Avrupa

Komisyonu, kamu kurumları,

araştırma ve geliştirme kurumları, iş

dünyası ve sanayi kuruluşları) çeşitli

araştırma projelerinde iş birliği içinde

çalışıyor. Bu vizyona paralel olarak

KUTTAM; bireyler, gruplar, bölümler,

kurumlar, sektörler ve ülkeler de dahil

olmak üzere her düzeyde araştırma

iş birliğine açık ve heveslidir. KUTTAM

potansiyel ortaklarla, tamamlayıcı

bakış açısıyla iş birliği kurmayı

ve verimli sinerjiler geliştirmeyi

hedefliyor.

KUTTAM kısa süre önce Graph

Commons ile iş birliği yaparak

etkileşimli bir iş birliği ağ haritası

yayınladı. Ağ haritası, KUTTAM'ın

her üyesini ve mevcut iş birliklerini

gösteriyor. Bu çalışmayla sadece

KUTTAM'ın hangi alanlarda iş birliğine

girdiğinin yanı sıra, ortaklıkları daha

da genişletmek için yeni bağlantılar

keşfetmek mümkün. Daha iyi

ortaklıklar geliştirmekle birlikte bu

ağla, disiplinlerarası çalışma ortamının

ve bilincinin artırılması amaçlanıyor.

Uppsala Üniversitesi, İsveç

Yeditepe Üniversitesi

İş birliği ağımızı

incelemek için kare



ARAŞTIRMA

PERFORMANSI

KUTTAM’ın öncelikli hedefi inovatif biyomedikal

cihazların geliştirilmesi ve bu süreci besleyecek

temel bilgi birikiminin artırılmasıdır. Araştırmacılar

ilgi alanlarında temel bilim araştırmalarını yürütme

özgürlüğüne sahiptir ve KUTTAM tüm alanlarda

“yüksek etkili araştırmayı” sürekli olarak destekler.

Güçlü araştırma kültürü, disiplinlerarası araştırmaları

mümkün kılan son teknolojiyle donatılmış altyapısı,

öğretim üyelerinin kapasitesi, ulusal ve uluslararası

araştırma fonlarını alma becerisi, organizasyonel gücü

ve sürdürülebilir araştırma desteği KUTTAM’ın itici

gücünü oluşturuyor.

86


SAYILARLA GENEL ARAŞTIRMA ÇIKTISI

KUTTAM’ın hakemli bilimsel dergilerde yayınlanan alanlar bazında makale sayıları ve akademik

çıktının Alan Ağırlıklı Atıf Etkisi (AAAE)* yıllar bazında aşağıda sunuluyor. Bu veriler SciVal’dan

alınmıştır ve zaman içinde değişiklik gösterebilir. KUTTAM’ın akademik çıktısı, araştırmacılarının

SciVal veri tabanında özellikle tıp alanı altında indekslenen makalelerinin taranmasıyla

değerlendiriliyor. Ancak öğretim üyelerinin tıp dışındaki mühendislik, kimya, nörobilim, MBGE,

immünoloji gibi alanlarda da indekslenen çok sayıda makalesi mevcuttur. Bu nedenle, tıp

alanında indekslenen makaleler KUTTAM öğretim üyelerinin akademik çıktısının sadece bir

kısmını temsil eder.

Tüm alanlarda yayınlanan makalalerin dergi gruplarına göre dağılımları

TOPLAM

2017

147

87

20

34

6

2018

152

100

26

21

5

2019

182

116

40

16

10

2020**

249

153

54

22

20

Q1 Q2 Q3 Q4

* Uluslararası arenada bir alanda akademik çıktının yüksek etkisinden söz etmek için AAAE’nin 1,00’in üzerinde olması önemlidir. 1,00’den büyük bir AAAE,

yayınlara benzer yayınlar için dünya ortalamasına göre beklenenden daha fazla atıfta bulunulduğunu gösterir. Örneğin 1,44 puanı, bir makaleye beklenenden

%44 daha fazla atıfta bulunulduğu anlamına gelir. KUTTAM akademik çıktısının AAAE skorunun, Koç Üniversitesi’nin tıp alanındaki tüm makalelerinin ortalama

AAAE’nin üzerinde olması, bir mükemmeliyet merkezi olma yolunda ilerlemesinin önemli bir göstergesidir.

** 2020 yılı geçici verileridir.



Makale-Alt Alan (%)

Farmakoloji, Toksikoloji ve

Farmasötik

İmmünoloji ve

Mikrobiyoloji

2,8

3,3

Multidisipliner

Kimya

Mühendisliği

4,6

2,1

3,7

Kimya

4,8

Bilgisayar Bilimi

6,4

Fizik ve

Astronomi

2,0

Matematik

6,6

Nörobilim

1,7

1,7

3,2

8,0

Psikoloji

Tüm alanlarda

basılan

makalelerin %81,7’si

Q1 ve Q2

dergilerdedir.

Malzeme Bilimi

Tarım ve

Biyolojik Bilimler

Diğer

11,1

22,4

Tıp

Mühendislik

15,6

Biyokimya, Genetik ve

Moleküler Biyoloji

Yıllar Bazında Makale Sayısı

1.500

1.272

1.200

1.013

931

900 758

600

300 167 171 186

258

Veri Seti

Genel Araştırma Performansı "Tüm Alanlar"

Kurum

KUTTAM

Tarih Aralığı 2017 - 2020

Konu Sınıflaması

ASJC

Dahil Edilen Yayın Türleri Tümü

Kendine Atıf (Self-citations) Dahil

Veri Kaynağı

Scopus

2017

2018 2019 2020*

Son Güncelleme Tarihi 02/10/21

Alan Ağırlıklı Atıf Etkisi

Veri Tarihi 02/16/21

1,8

1,42

1,37

2017 2018 2019 2020*

1,34

Uluslararası Kollaborasyon (%) 47,3 62 51,6 52,3

1,2

1,06

1,06

1,26

1,12

1,05

Makale Sayısı 167 171 186 258

Atıflar 1928 1843 963 452

Alan Ağırlıklı Atıf Etkisi 1,06 1,42 1,37 1,12

0,6

2017

2018 2019 2020*

Açık Erişim Makale (%) 51,7

KUTTAM

KOÇ ÜNİVERSİTESİ

* 2020 yılı geçici verileridir.

88


TIP

Makale-Alt Alan (%)

1,9

Endokrinoloji,

Diyabet ve

Metabolizma

2,4

2,4

1,7

Dermatoloji

Onkoloji

Biyokimya (tıbbi)

1,7

2,1

Anatomi

2,6

Kadın Hastalıkları

ve Doğum

Hepatoloji

2,8

Bulaşıcı

Hastalıklar

2,8

18,6

Diğer

Gastroenteroloji

3,4

Tıp (çeşitli)

3,4

Genel Tıp

Tıp alanında

basılan makalelerin

%72,2’si Q1 ve Q2

dergilerdedir.

3,6

Psikiyatri ve Ruh

Sağlığı

3,6

8,6

3,6

Nöroloji (klinik)

4,3

7,3

5,1

4,7

3,9

Oftalmoloji

Genetik (klinik)

Cerrahi

4,5

4,9

İmmünoloji

ve Alerji

Kardiyoloji ve

Kardiyovasküler Tıp

Fizyoloji (tıbbi)

Pediatri, Perinatoloji ve

Çocuk Sağlığı

Akciğer ve

Solunum Tıbbı

Patoloji ve Adli

Tıp


600

555

500

400

320

365

300

268

200

117

100

0

70

62 75

2017 2018 2019 2020*


Veri Seti

Genel Araştırma Performansı "Tıp"

Kurum

KUTTAM


Konu Sınıflaması

ASJC



Veri Kaynağı

Scopus



2

1,5

1

0

1,12

0,77

2017

1,53

1,09

2018

1,79

1,01

2019

0,79

2020*

0,97

2017 2018 2019 2020*

Uluslararası Kollaborasyon (%) 47,1 66,1 56 50,4


Atıflar 859 727 420 133



KUTTAM





MÜHENDISLIK

Makale-Alt Alan (%)

4,5

Genel Mühendislik

3,8

Diğer

5,4

Endüstri ve İmalat

Mühendisliği

5

Kontrol ve Sistem

Mühendisliği

32

Elektrik ve

Elektronik

Mühendisliği

12,2

Malzemelerin

Mekaniği

Mühendislik

alanında basılan

makalelerin

%80,4’ü Q1 ve Q2

dergilerdedir.

16,2

Makine Mühendisliği

19,4 Biyomedikal

Mühendisliği


Veri Seti

Genel Araştırma Performansı “Mühendislik”

200

150

100

50

118

51

168 165

143

39 28

42

Kurum

KUTTAM


Konu Sınıflaması

ASJC



0

2017

2018 2019 2020*

Veri Kaynağı

Scopus




2,5

2

1,5

1

0,5

0,95

0,88

2017

2,15

1,54

1,38

1,17

1,27

1,23

2018 2019 2020*

2017 2018 2019 2020*

Uluslararası Kollaborasyon (%) 37,3 53,8 35,7 50


Atıflar 423 336 161 91



KUTTAM



90


BIYOKIMYA, GENETIK VE MOLEKÜLER BIYOLOJI

Makale-Alt Alan (%)

5,6

4,8

Gelişimsel

Biyoloji

Biyoteknoloji

5,9

Fizyoloji

5,9

3,4

3,4

Klinik

Biyokimya

Kanser

Araştırması

2,5

Moleküler

Tıp

Biyofizik

Biyokimya, Genetik

ve Moleküler

Biyoloji alanında


%74,8’si Q1 ve Q2

dergilerdedir.

2,5

1,9

Yapısal

Biyoloji

Diğer

16,7

12,1

Moleküler

Biyoloji

15,3

Biyokimya

Genetik

9,0

Genel Biyokimya, Genetik

ve Moleküler Biyoloji

10,7

Hücre Biyolojisi


200

164

150

109

100

88

70

84

50

57

42 43

0

2017 2018 2019 2020*


Veri Seti

Kurum

Genel Araştırma Performansı "Biyokimya,

Genetik ve Moleküler Biyoloji"

KUTTAM


Konu Sınıflaması

Dahil Edilen Yayın Türleri

Kendine Atıf (Self-citations)

Veri Kaynağı

ASJC

Tümü

Dahil

Scopus



1,5

1,2

1,25

1,39

1,22

1,26

1,2

2017 2018 2019 2020*

Uluslararası Kollaborasyon (%) 66,7 74,4 66,7 53,6


Atıflar 461 541 344 140

0,9

0,9

2017

1,06 0,93

2018 2019 2020*



KUTTAM





KİMYA MÜHENDİSLİĞİ

Makale-Alt Alan (%)

Kolloid ve Yüzey Kimyası

3,4 3,4

3,4

Kimya Mühendisliği

(çeşitli)

Akışkan Akımı ve

Transfer Süreci

6,8

Kataliz

8,5

Proses Kimyası

ve Teknolojisi

Kimya Mühendisliği

alanında basılan

makalelerin %86,3’ü

Q1 ve Q2 dergilerdedir.

47,5

Biyomühendislik

27,1

Genel Kimya

Mühendisliği


60

51

50

44

40

40

30

29

20

16

10

10

13 14

2017 2018 2019 2020*


Veri Seti

Kurum

Genel Araştırma Performansı "Kimya

Mühendisliği"

KUTTAM


Konu Sınıflaması



Veri Kaynağı

ASJC

Tümü

Dahil

Scopus



2,5

2,33

2,0

1,5

1,0

0,5

1,04

0,8

2017

1,03

0,92 0,97

2018 2019

1,56

1,31

2020*

2017 2018 2019 2020*

Uluslararası Kollaborasyon (%) 70 37,5 46,2 57,1


Atıflar 145 155 85 37



KUTTAM



92


FARMAKOLOJI, TOKSIKOLOJI VE FARMASÖTIK

Makale-Alt Alan (%)

5,1

Genel Farmakoloji, Toksikoloji ve

Farmasötik

12,8

Toksikoloji

30,8

Farmakoloji

25,6

Farmasötik Bilim

Farmakoloji,

Toksikoloji ve

Farmasötik alanında


%90,3’ü Q1 ve Q2

dergilerdedir.

25,6

İlaç Keşfi


25

25

Veri Seti

Kurum

Genel Araştırma Performansı "Farmakoloji,

Toksikoloji ve Farmasötik"

KUTTAM

20

15

10

5

0

13

8

2017

15

12

9

10

4

2018 2019 2020*


Konu Sınıflaması

ASJC



Veri Kaynağı

Scopus




2,0

1,65

1,5

1,23

1,63

1,14

2017 2018 2019 2020*

Uluslararası Kollaborasyon (%) 87,5 75 22,2 20

1,0

0,98

0,66

0,92


Atıflar 116 66 50 19

0,5

0,55


2017

2018 2019 2020*


KUTTAM





MALZEME BILIMI

Makale-Alt Alan (%)

5,4

4,2

Metaller ve

Alaşımlar

Polimerler ve

Plastikler

1,8

0,6

Seramikler ve Kompozitler

Malzeme Bilimi (çeşitli)

10,2

Yüzeyler ve

Kaplamalar

13,2

Materyal

Kimyası

Malzeme Bilimi

alanında basılan

makalelerin

%80’i Q1 ve Q2

dergilerdedir.

28,1

Elektronik,

Optik ve

Manyetik

Materyaller

15,0

Biyomateryaller

21,6

Genel Malzeme Bilimleri


Veri Seti

Genel Araştırma Performansı "Malzeme Bilimi"

150

120

115

122

118

Kurum

KUTTAM


90

76

Konu Sınıflaması

ASJC

60

30

30 27 24

35



Tümü

Dahil

0

2017

2018 2019 2020*

Veri Kaynağı

Scopus



2,5

2,22


2

1,5

1

0,5

1,23

1,1

0,78 1,15 1,13

1,07

0,74

2017 2018 2019 2020*

KUTTAM KOÇ ÜNİVERSİTESİ

2017 2018 2019 2020*

Uluslararası Kollaborasyon (%) 33,3 59,3 33,3 48,6


Atıflar 283 274 153 75




94


NÖROBILIM

Makale-Alt Alan (%)

7,9

Duyu Sistemleri

5,3

Nörobilim (çeşitli)

5,3

Bilişsel Nörobilim

3,5

Biyolojik Psikiyatri

Nörobilim alanında


%61,8’i Q1 ve Q2

dergilerdedir.

3,5

Gelişimsel

Nörobilim

28,9

Genel

Nörobilim

11,4

Davranışsal

Nörobilim

17,5

Nöroloji

16,7

Hücresel ve

Moleküler

Nörobilim


Veri Seti

Genel Araştırma Performansı "Nörobilim"

80

70

60

50

40

30

20

37

21

2017

80

49 48

25 26

24

2018 2019 2020*

Kurum

KUTTAM


Konu Sınıflaması

ASJC



Veri Kaynağı

Scopus




1,0

0,8

0,6

0,91

0,83

0,76

0,67

0,61 0,71

0,7

0,66

2017 2018 2019 2020*

2017 2018 2019 2020*

Uluslararası Kollaborasyon (%) 42,9 64 34,6 58,3


Atıflar 106 188 76 21


Açık Erişim Makale (%) 50

KUTTAM



96ÖNE ÇIKAN YAYINLAR

AN APPROACH TO

MONITORING HOME-

CAGE BEHAVIOR IN MICE

THAT FACILITATES DATA

SHARING

Yazar: Fuat Balcı

İtalyan Teknoloji Enstitüsü’nden Dr. Valter Tucci’nin

araştırma grubu ile ortak olarak gerçekleştirdiği çalışmayla

Dr. Fuat Balcı, merkezi sinir sistemi hastalıklarının fare

modellerinin yüksek verimlilik ve kalitede otomatik bir

şekilde fenotiplemesi için yeni bir sistem geliştirdi. Bu

sistemde model organizma, bakımının yapıldığı kafeste,

günde 24 saat ve birkaç gün boyunca araştırmacının

hiçbir müdahalesine gerek olmadan bir bilgisayar

programı tarafından kontrol edilen üniteler aracılığıyla

test ediliyor. Elde edilen çok boyutlu (örneğin bilişsel

performans, sirkadiyen aktivite) veriler özellikle veri

madenciliği uygulamalarına elverişli olmakla birlikte,

farklı bilişsel fonksiyonların beyin aktivitesine ilişkin

elektrofizyolojik ölçümleri de içerecek şekilde hesaplamalı

yöntemler aracılığıyla daha iyi anlaşılmasına olanak

sağlayacak niteliktedir. Geliştirilen sistem ayrıca

programlama deneyimi olmayan araştırmacıların, deney

tasarımından veri paylaşımına kadar araştırmalarının her

aşamasını yönetebilmek için kolayca kullanabilecekleri

ve açık kaynak olarak sunulan bir analitik platform

içeriyor. Bu teknolojinin özellikle büyük çaplı fenotipleme

çalışmalarının verimini ve kalitesini artıracağı ve bu

alandaki önemli sınırlılıkları ortadan kaldırarak hayvan

çalışmalarından elde edilen verilerin insan sağlığı

çıktılarına dönüştürülmesini kolaylaştıracağı öngörülüyor.

Tam metne ulaşmak için

https://www.nature.com/articles/nprot.2018.031

HUMAN CRY1 VARIANTS

ASSOCIATE WITH

ATTENTION DEFICIT/

HYPERACTIVITY

DISORDER

Yazar: Ayşe Nazlı Başak

Ayşe Nazlı Başak’ın çalışmasında “reverse

phenotyping” yaklaşımını kullanarak ADHD ve

uykusuzluk yakınmaları olan 15 birbirinden bağımsız

çok-nesilli büyük ailede majör sirkadyen ritim

geni olan Cryptochrome1’in kodlayıcı bölgesinde

heterozigot varyantlar tanımlandı. Bu varyantlar

sirkadyen moleküler ritimde işlevsel değişimlere

neden olurken davranışsal semptomlarla da

aralarında mekanistik bir bağlantıya işaret ettiler. Bu

varyantlardan biri, CRY1∆11 c.1657+3A>C, Avrupalıların

yaklaşık yüzde birinde bulunuyor, dolayısıyla tanısal

ve tedavisel bir belirteç olarak öne çıkıyor. Ayrıca

tanımlanan diğer bir varyant, CRY1∆6 c.825+1G>A,

BMAL1/CLOCK’a azalmış bir afinite gösterirken aritmik

bir sirkadyen fenotipe neden oluyor. Genotip-fenotip

korelasyonu bu varyantın etkilenmiş ailede ADHD

ve DSPD (delayed sleep phase disorder) ile birlikte

kalıtıldığını gösterdi. Son olarak 9.438 birbirinden

bağımsız erişkin Avrupalı örneği içeren fenomçapında

bağlantı analizinde CRY1∆11’in majör

depresif bozukluk, insomnia ve anksiyete ile ilişkili

olduğu görüldü. Bu sonuçlar özgün bir sirkadyenpsikiyatrik

fenotip grubuna işaret etmektedir ki,

bunların “circiatric hastalıklar” terminolojisi altında

sınıflandırılması öneriliyor.


https://www.jci.org/articles/view/135500


APPLICATIONS OF

AUGMENTED REALITY IN

OPHTHALMOLOGY

Yazarlar: Hakan Ürey, Afsun Şahin

ENHANCEMENT OF THE LIPID

PRODUCTIVITY AND FATTY ACID

METHYL ESTER PROFILE OF

CHLORELLA VULGARIS BY TWO

ROUNDS OF MUTAGENESIS

Yazarlar: Halil Kavaklı, Can Erkey

Koç Üniversitesi’nde yürütülen öncü artırılmış

gerçeklik çalışmaları ve göz kliniğiyle olan

yakın iş birlikleri dolayısıyla Dr. Hakan Ürey ve

Dr. Afsun Şahin bu alanda derleme makalesi

yazmak üzere “Biomedical Optics Express”

dergisi editörleri tarafından davet edildiler.

Bu çalışma kapsamında İspanya Murcia

Üniversitesi’nden Dr. Pablo Artal’ın da iş

birliğiyle artırılmış gerçeklik teknolojisinin göz

hastalıkları teşhis ve tedavisinde kullanımına

yönelik gelişmeleri inceleyen ekip, başa takılan

ekran teknolojileri, bilgisayar destekli holografi

ve göz hareketi takip sistemlerindeki bilimsel

araştırmaların mevcut durumunu, optik ve

elektronik mühendisliğinin göz hastalıklarındaki

yerini geniş bir spektrumda ele aldı. Bu

kapsamda, presbiyopi, göz tembelliği ve şaşılık

gibi akomodasyon ve derinlik hissi kaybıyla ilgili

hastalıklar; katarakt ve keratokonus gibi lens ve

kornea hastalıkları; sarı nokta, glokom ve renk

körlüğü gibi retina ve optik sinir hastalıklarıyla

ilgili akademik ve endüstriyel çalışmaları

değerlendiren makalede farklı teknolojilerin

kıyaslamalı analizi de bulunuyor.

Dr. Halil Kavaklı ve Dr. Can Erkey biyodizel üretimi için

uygun “Chlorella vulgaris”in lipid üretkenliğini artırmak

amacıyla tür iyileştirme metotları kullanarak yağ içeriği ve

biyokütlesi yüzde 67’den fazla olan bir mutant geliştirdiler.

Gaz kromatografisi-kütle spektrofotometrik analizleri, elde

edilen mutantın metil ester yağ asit içeriğinin yabanıl tip

hücrelere kıyasla 3,9 kat daha yüksek olduğunu gösterdi.

Buna ek olarak, biyodizel için uygun olan doymuş ve tekli

doymamış yağ asitleri miktarlarının da mutant türde daha

yüksek düzeyde üretildiği görüldü. Bu sonuçlar elde edilen

türün gelecekte biyodizel üretimi için oldukça uygun

olduğunu gösteriyor.


https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/

S0960852417321090?via%3Dihub


https://doi.org/10.1364/BOE.405026


ÖNE ÇIKAN YAYINLAR

ANALYSIS OF SINGLE AMINO

ACID VARIATIONS IN SINGLET

HOT SPOTS OF PROTEIN-

PROTEIN INTERFACES

Yazarlar: Attila Gürsoy, Özlem Keskin, Sıla Özdemir

PLASMA CELL-FREE DNA

METHYLATION: A LIQUID

BIOMARKER OF HEPATIC

FIBROSIS

Yazar: Müjdat Zeybel

Attila Gürsoy, Özlem Keskin ve doktora öğrencileri Sıla

Özdemir’in çalışmalarında hastalıklarda kritik rol oynadığı

bilinen tekli amino asit varyasyonları (TAV’lar) irdelendi.

TAV’ların protein ara yüzeylerindeki dağılımı, hastalıklarla

ilintili olabilir. Ara yüzeylerde sıcak noktalar adı verilen amino

asitler proteinlerin bağlanmalarında önemlidirler ve bir

araya kümelenerek sıcak bölgeleri oluştururlar. Tekli sıcak

noktalar, sıcak bölgelerin dışındaki tek başına bulunan sıcak

noktalardır. Bu çalışmada, literatürden toplanan deneysel

termodinamik verilerle TAV’ların istatistiksel ve yapısal

analizleri gerçekleştirildi. Protein etkileşimlerini kararsız

hale getiren TAV’ların sıcak bölgelerden ve enerjik olarak

daha az önemli ara yüzey amino asitlerinden ziyade tekli

sıcak noktalarda bulunma olasılığının daha yüksek olduğu

gösterildi. Şaşırtıcı bir şekilde, tekli sıcak noktaların hastalığa

neden olan TAV’lara tekabül gelme eğilimi yüksekken sıcak

nokta olmayan amino asitler hastalığa sebep vermeyen

TAV’lara denk geliyor. Çalışma, tekli sıcak noktaların ve

TAV’ların protein stabilitesi ve işlevi üzerinde önemli bir

etkiye sahip olduğunu gösteriyor.


https://academic.oup.com/bioinformatics/article/34/17/

i795/5093252?login=true

Kronik karaciğer hastalığının tanı ve

derecelendirilmesinde karaciğer biyopsisi ana

yöntemdir. Özellikle alkol dışı yağlı karaciğer

hastalığının sıklığının önemli ölçüde artması

nedeniyle girişimsel olmayan testlere gereksinim

artmıştır. Dr. Müjdat Zeybel liderliğinde,

İngiltere’den Prof. Dr. Mann ve Almanya’dan Prof.

Dr. Distler’i içeren araştırma grubu, hücresiz ortam

PPAR gamma DNA metilasyonunun değişik

fibroproliferatif hastalıklardaki tanısal potansiyelini

değerlendirdiler. Plazma PPAR gamma DNA

metilasyonu alkol dışı yağlı karaciğer hastalığı,

hepatit B ilişkili karaciğer hastalığı ve hepatosellüler

karsinom varlığında karaciğer fibrozisini

öngörmede etkili bulundu. Bu yöntem risk

gruplarında ve toplumda kronik karaciğer hastalığı

taramasına olanak sağlayabilecek bir keşif olarak

görüldü ve “Gut” dergisinde yayınlandı.


https://gut.bmj.com/content/67/10/1907.abstract

98


INHIBITION OF THE

COACTIVATORS CBP/EP300

FACILITATE CELLULAR

REPROGRAMMING

RSPO2 INHIBITION OF RNF43

AND ZNRF3 GOVERNS LIMB

DEVELOPMENT INDEPENDENTLY

OF LGR4/5/6

Yazar: Tamer Önder Yazarlar: Hülya Kayserili, Bruno Reversade

MAY 2019 VOL 15 NO 5

www.nature.com/naturechemicalbiology

Spotting new antibiotics

FATTY ACIDS

A DREADDed mouse

RNA APTAMERS

Mango-III goes globular

CELL BIOLOGY

Collapsing the bridge

Dr. Tamer Önder ve Grubu, Oxford Üniversitesi’nden

araştırmacılarla yürüttükleri çalışmada 2012 yılında

Nobel Tıp Ödülü almış olan ve hastalara özgü kök hücre

geliştirilmesini sağlayan hücresel yeniden programlama

metodunu daha verimli hale getirecek ve hızlandıracak bir

yöntem geliştirdi. Yenileyici tıp alanında pek çok kullanım

alanı olması beklenen bu tip uyarılmış pluripotent kök

hücrelerin (UPKH) üretimini optimize etmek üzere yapılan

kimyasal taraması sonucunda, 2 epigenetik faktörü hedef

alan inhibitör molekülerinin kök hücre üretimini önemli bir

miktarda artırdığı gösterildi. Böylelikle UPKH teknolojisinin

dejeneratif hastalıkların tedavisinde kullanımlarını

sağlayacak klinik öncesi çalışmalar daha çabuk ve kolay

yapılabilecek.


https://www.nature.com/articles/s41589-019-0264-z

Dr. Hülya Kayserili ve Dr. Bruno Reversade

önderliğinde, uluslararası klinisyenler ve

araştırmacıların da katkısı ile tetra-ameli (kolları ve

bacakları gelişmemiş) sendromlu fetuslarda RSPO2

geninin kol ve bacakların oluşumunda anahtar rolü

olduğu gösterildi. İnsanlar ve hayvanlarda RSPO2

proteini olmadığında kol/bacakların oluşmadığı

gözlenirken RSPO2’nin iki reseptörü RNF43/

ZNRF3’ün işlevi ortadan kaldırıldığında canlılarda

(Xenopus; kurbağa embriyoları) fazla sayıda kol/

bacak oluştuğu gösterildi. Bu çalışma kanserlerin

oluşumunu da daha iyi anlamamızı sağlayacak

öncül bir çalışmadır çünkü aynı genler, RSPO2

ile RNF43/ZNRF3, kolorektal kanserli hastalarda

da mutasyona uğramaktadır. Nature dergisinde

yayınlanan bu çalışma, bazı türlerde örneğin

semenderlerde ampute edilen uzuvların tekrar nasıl

oluştuğunu da anlamamıza yardımcı olabilir.


https://www.nature.com/articles/s41586-018-0118-y


KUTTAM, temel ve uygulamalı bilimler alanlarında dünya çapında yetkinliklerini

kanıtlamış olan Koç Üniversitesi Tıp Fakültesi, Fen Fakültesi, Mühendislik Fakültesi

ve Sosyal Bilimler öğretim üyelerine disiplinlerarası araştırmalar yapabilmelerini

sağlayan eşsiz bir imkan sunuyor. Bu kapsamda araştırma ve araştırmacı çeşitliliğini,

ulusal ve uluslararası iş birliği ağını, araştırma kalitesini ve alan dağılımlarını temsil

edebilecek 150 makale aşağıda listelenmiştir.

MAKALE YAZARLAR YIL DERGİ DOI

Biodegradable Untethered Magnetic

Hydrogel Milli-Grippers

A Review of Bioresorbable Implantable

Medical Devices: Materials, Fabrication,

and Implementation

Zwitterionic 3D-Printed Non-

Immunogenic Stealth Microrobots

Ultra-Efficient and High-Quality

White Light-Emitting Devices using

Fluorescent Proteins in Aqueous

Medium

Microstructure of early embryonic

aortic arch and its reversibility

following mechanically altered

hemodynamic load release

Size-Based Sorting of Emulsion

Droplets in Microfluidic Channels

Patterned with Laser-Ablated Guiding

Tracks

Pseudopterosin and

O-methyltylophorinidine suppress

cell growth in a 3D spheroid coculture

model of pancreatic ductal

adenocarcinoma

Aging impairs perceptual decisionmaking

in mice: integrating

computational and neurobiological

approaches

Frequency and clinicopathologic

associations of DNA mismatch repair

protein deficiency in ampullary

carcinoma: Routine testing is indicated

NLRP7 plays a functional role in

regulating BMP4 signaling during

differentiation of patient-derived

trophoblasts

Androgen Suppresses

Hyperosmolarity-Induced

Inflammatory Mediators in Human

Corneal Epithelial Cells

Revisiting the complex architecture of

ALS in Turkey: Expanding genotypes,

shared phenotypes, molecular

networks, and a public variant

database

Goudu, S.R.| Yasa, I.C.| Hu, X.| Ceylan, H.| Hu,

W.| Sitti, M.

2020

Singh, R.| Bathaei, M.J.| Istif, E.| Beker, L. 2020

Cabanach, P.| Pena-Francesch, A.| Sheehan,

D.| Bozuyuk, U.| Yasa, O.| Borros, S.| Sitti, M.

Sadeghi, S.| Melikov, R.| Conkar, D.| Firat-

Karalar, E.N.| Nizamoglu, S.

Celik, M.| Goktas, S.| Karakaya, C.| Cakiroglu,

A.I.| Karahuseyinoglu, S.| Lashkarinia, S.S.|

Ermek, E.| Pekkan, K.

Rehman, A.U.| Coskun, U.C.| Rashid, Z.|

Morova, B.| Jonáš, A.| Erten, A.| Kiraz, A.

Xie, B.| Hänsel, J.| Mundorf, V.| Betz, J.|

Reimche, I.| Erkan, M.| Büdeyri, I.| Gesell, A.|

Kerr, R.G.| Ariantari, N.P.| Yu, H.| Proksch, P.|

Teusch, N.| Mrsny, R.J.

Gür, E.| Duyan, Y.A.| Türkakın, E.| Arkan, S.|

Karson, A.| Balcı, F.

Xue, Y.| Balci, S.| Aydin Mericoz, C.| Taskin,

O.C.| Jiang, H.| Pehlivanoglu, B.| Muraki, T.|

Memis, B.| Saka, B.| Kim, G.E.| Bandopadhyay,

S.| Knight, J.| El-Rayes, B.F.| Sarmiento, J.|

Reid, M.D.| Erkan, M.| Basturk, O.| Adsay, V.

Alici-Garipcan, A.| Özçimen, B.| Süder, I.|

Ülker, V.| Önder, T.T.| Özören, N.

Zibandeh, N.| Yıldız, E.| Özer, B.| Taş, A.Y.|

Sahin, A.

Tunca, C.| Şeker, T.| Akçimen, F.| Coşkun, C.|

Bayraktar, E.| Palvadeau, R.| Zor, S.| Koçoğlu,

C.| Kartal, E.| Şen, N.E.| Hamzeiy, H.| Özoğuz

Erimiş, A.| Norman, U.| Karakahya, O.|

Olgun, G.| Akgün, T.| Durmuş, H.| Şahin, E.|

Çakar, A.| Başar Gürsoy, E.| Babacan Yıldız,

G.| İşak, B.| Uluç, K.| Hanağası, H.| Bilgiç, B.|

Turgut, N.| Aysal, F.| Ertaş, M.| Boz, C.| Kotan,

D.| İdrisoğlu, H.| Soysal, A.| Uzun Adatepe,

N.| Akalın, M.A.| Koç, F.| Tan, E.| Oflazer, P.|

Deymeer, F.| Taştan, Ö.| Çiçek, A.E.| Kavak, E.|

Parman, Y.| Başak, A.N.

Advanced Functional

Materials

Advanced Healthcare

Materials

10.1002/adfm.202004975

10.1002/

adhm.202000790

2020 Advanced Materials 10.1002/adma.202003013

2020

2020

Advanced Materials

Technologies

American Journal of

Physiology - Heart

and Circulatory

Physiology

2020 Analytical Chemistry

2020 Bioengineering

2020

Brain Structure and

Function

10.1002/admt.202000061

10.1152/

AJPHEART.00495.2019

10.1021/acs.

analchem.9b04308

10.3390/

bioengineering7020057

10.1007/s00429-020-

02101-x

2020 Cancer 10.1002/cncr.33135

2020

Cell Death and

Disease

2020 Cornea

10.1038/s41419-020-

02884-1

10.1097/

ICO.0000000000002291

2020 Human Mutation 10.1002/humu.24055

100



Multifunctional alginate-based

hydrogel with reversible crosslinking

for controlled therapeutics delivery

A loss-of-function NUAK2 mutation in

humans causes anencephaly due to

impaired Hippo-YAP signaling

Oncogenic K-Ras4B Dimerization

Enhances Downstream Mitogenactivated

Protein Kinase Signaling

Proximal Biotinylation-Based

Combinatory Approach for Isolating

Integral Plasma Membrane Proteins

CLIC4 and CLIC1 bridge plasma

membrane and cortical actin network

for a successful cytokinesis

Targeted delivery of lacosamideconjugated

gold nanoparticles into the

brain in temporal lobe epilepsy in rats

3D Printing of Cytocompatible

Gelatin-Cellulose-Alginate Blend

Hydrogels

Androgen receptor-binding sites are

highly mutated in prostate cancer

Biosynthetic self-healing materials for

soft machines

Interval timing deficits and their

neurobiological correlates in aging mice

Loss of PYCR2 Causes

Neurodegeneration by Increasing

Cerebral Glycine Levels via SHMT2

Dihydrotestosterone suppression of

proinflammatory gene expression in

human meibomian gland epithelial cells

Systematic characterization of

chromatin modifying enzymes

identifies KDM3B as a critical regulator

in castration resistant prostate cancer

Beyond the heterodimer model for

mineralocorticoid and glucocorticoid

receptor interactions in nuclei and at DNA

Bioinspired underwater locomotion of

light-driven liquid crystal gels

Acoustically powered surface-slipping

mobile microrobots

Multifunctional surface microrollers

for targeted cargo delivery in

physiological blood flow

Elucidating the interaction dynamics

between microswimmer body and

immune system for medical microrobots

Magnetically Actuated Soft Capsule

Endoscope for Fine-Needle Biopsy

Sensitivity Study for the Key

Parameters in Heterospheroid

Preparation with Insulin-Secreting-

Cells and Mesenchymal Stem Cells

Batool, S.R.| Nazeer, M.A.| Ekinci, D.| Sahin,

A.| Kizilel, S.

Bonnard, C.| Navaratnam, N.| Ghosh, K.|

Chan, P.W.| Tan, T.T.| Pomp, O.| Yu Jin Ng,

A.| Tohari, S.| Changede, R.| Carling, D.|

Venkatesh, B.| Altunoglu, U.| Kayserili, H.|

Reversade, B.

Muratcioglu, S.| Aydin, C.| Odabasi, E.|

Ozdemir, E.S.| Firat-Karalar, E.N.| Jang, H.|

Tsai, C.-J.| Nussinov, R.| Kavakli, I.H.| Gursoy,

A.| Keskin, O.

Akdag, M.| Yunt, Z.S.| Kamacioglu, A.|

Qureshi, M.H.| Akarlar, B.A.| Ozlu, N.

Kagiali, Z.C.U.| Saner, N.| Akdag, M.| Sanal, E.|

Degirmenci, B.S.| Mollaoglu, G.| Ozlu, N.

Ugur Yilmaz, C.| Emik, S.| Orhan, N.|

Temizyurek, A.| Atis, M.| Akcan, U.|

Khodadust, R.| Arican, N.| Kucuk, M.| Gurses,

C.| Ahishali, B.| Kaya, M.

Erkoc, P.| Uvak, I.| Nazeer, M.A.| Batool, S.R.|

Odeh, Y.N.| Akdogan, O.| Kizilel, S.

Morova, T.| McNeill, D.R.| Lallous, N.| Gönen,

M.| Dalal, K.| Wilson, D.M.| Gürsoy, A.| Keskin,

Ö.| Lack, N.A.

Pena-Francesch, A.| Jung, H.| Demirel, M.C.|

Sitti, M.

Gür, E.| Duyan, Y.A.| Arkan, S.| Karson, A.|

Balcı, F.

Escande-Beillard, N.| Loh, A.| Saleem, S.N.|

Kanata, K.| Hashimoto, Y.| Altunoglu, U.|

Metoska, A.| Grandjean, J.| Ng, F.M.| Pomp,

O.| Baburajendran, N.| Wong, J.| Hill, J.|

Beillard, E.| Cozzone, P.| Zaki, M.| Kayserili, H.|

Hamada, H.| Shiratori, H.| Reversade, B.

Sahin, A.| Liu, Y.| Kam, W.R.| Darabad, R.R.|

Sullivan, D.A.

Saraç, H.| Morova, T.| Pires, E.| McCullagh,

J.| Kaplan, A.| Cingöz, A.| Bagci-Onder, T.|

Önder, T.| Kawamura, A.| Lack, N.A.

Pooley, J.R.| Rivers, C.A.| Kilcooley, M.T.| Paul,

S.N.| Cavga, A.D.| Kershaw, Y.M.| Muratcioglu,

S.| Gursoy, A.| Keskin, O.| Lightman, S.L.

Shahsavan, H.| Aghakhani, A.| Zeng, H.| Guo,

Y.| Davidson, Z.S.| Priimagi, A.| Sitti, M.

2020

2020

2020

2020

International

Journal of Biological

Macromolecules

Journal of

Experimental

Medicine

Journal of Molecular

Biology

Journal of Proteome

Research

10.1016/j.

ijbiomac.2020.02.042

10.1084/JEM.20191561

10.1016/j.jmb.2020.01.002

10.1021/acs.

jproteome.0c00113

2020 Life Science Alliance 10.26508/lsa.201900558

2020 Life Sciences 10.1016/j.lfs.2020.118081

2020 Macromolecular

Bioscience

2020 Nature

Communications

2020 Nature Materials

10.1002/mabi.202000106

10.1038/s41467-020-

14644-y

10.1038/s41563-020-

0736-2

2020 Neurobiology of Aging 10.1016/j.

neurobiolaging.2020.02.021

2020 Neuron

10.1016/j.

neuron.2020.03.028

2020 Ocular Surface 10.1016/j.jtos.2020.02.006

2020 Oncogene

2020 PLoS ONE

10.1038/s41388-019-

1116-8

10.1371/journal.

pone.0227520

2020 PNAS 10.1073/pnas.1917952117

Aghakhani, A.| Yasa, O.| Wrede, P.| Sitti, M. 2020 PNAS 10.1073/pnas.1920099117

Alapan, Y.| Bozuyuk, U.| Erkoc, P.| Karacakol,

A.C.| Sitti, M.

Yasa, I.C.| Ceylan, H.| Bozuyuk, U.| Wild, A.-

M.| Sitti, M.

2020 Science Robotics

2020 Science Robotics

10.1126/scirobotics.

aba5726

10.1126/scirobotics.

aaz3867

Son, D.| Gilbert, H.| Sitti, M. 2020 Soft Robotics 10.1089/soro.2018.0171

Bal, T.| Inceoglu, Y.| Karaoz, E.| Kizilel, S. 2019

ACS Biomaterials

Science and

Engineering

10.1021/

acsbiomaterials.9b00570




An Electrochemical Gelation Method

for Patterning Conductive PEDOT:PSS

Hydrogels

Perovskite-Based Optoelectronic

Biointerfaces for Non-Bias-Assisted

Photostimulation of Cells

Programmable Collective Behavior in

Dynamically Self-Assembled Mobile

Microrobotic Swarms

Sex differences in the timing behavior

performance of 3xTg-AD and wild-type

mice in the peak interval procedure

A biallelic mutation links MYORG to

autosomal-recessive primary familial

brain calcification

Effects of methyl-beta-cyclodextrin

on blood-brain barrier permeability in

angiotensin II-induced hypertensive rats

ARv7 Represses Tumor-Suppressor

Genes in Castration-Resistant Prostate

Cancer

Head and neck cancers promote an

inflammatory transcriptome through

coactivation of classic and alternative

NF-B pathways

The fungal metabolite chaetocin is a

sensitizer for pro-apoptotic therapies

in glioblastoma

The pro-apoptotic Bcl-2 family

member Harakiri (HRK) induces cell

death in glioblastoma multiforme

Colloidal Aluminum Antimonide

Quantum Dots

Advances in the epigenetics of

fibroblast biology and fibrotic diseases

Developments in integrative modeling

with dynamical interfaces

Image-Based Flow Cytometry and

Angle-Resolved Light Scattering to

Define the Sickling Process

New ternary iron(iii) aminobisphenolate

hydroxyquinoline complexes as

potential therapeutic agents

Tumor-Derived Ligands Trigger

Tumor Growth and Host Wasting via

Differential MEK Activation

Targeting nNOS ameliorates the severe

neuropathic pain due to chronic

pancreatitis

Feig, V.R.| Tran, H.| Lee, M.| Liu, K.| Huang, Z.|

Beker, L.| Mackanic, D.G.| Bao, Z.

Aria, M.M.| Srivastava, S.B.| Sekerdag, E.|

Dikbas, U.M.| Sadeghi, S.| Pering, S.R.|

Cameron, P.J.| Gursoy-Ozdemir, Y.| Kavakli,

I.H.| Nizamoglu, S.

2019 Advanced Materials 10.1002/adma.201902869

2019

Advanced Materials

Interfaces

10.1002/admi.201900758

Yigit, B.| Alapan, Y.| Sitti, M. 2019 Advanced Science 10.1002/advs.201801837

Gür, E.| Fertan, E.| Kosel, F.| Wong, A.A.| Balcı,

F.| Brown, R.E.

Forouhideh, Y.| Müller, K.| Ruf, W.| Assi, M.|

Şeker, T.| Tunca, C.| Knehr, A.| Strom, T.M.|

Gorges, M.| Schradt, F.| Meitinger, T.| Ludolph,

A.C.| Pinkhardt, E.H.| Başak, A.N.| Kassubek,

J.| Uttner, I.| Weishaupt, J.H.

Atış, M.| Akcan, U.| Uğur Yılmaz, C.| Orhan, N.| Düzgün,

P.| Deniz Ceylan, U.| Arıcan, N.| Karahüseyinoğlu, S.|

Nur Şahin, G.| Ahıshalı, B.| Kaya, M.

Cato, L.| de Tribolet-Hardy, J.| Lee, I.|

Rottenberg, J.T.| Coleman, I.| Melchers, D.|

Houtman, R.| Xiao, T.| Li, W.| Uo, T.| Sun, S.|

Kuznik, N.C.| Göppert, B.| Ozgun, F.| van

Royen, M.E.| Houtsmuller, A.B.| Vadhi, R.|

Rao, P.K.| Li, L.| Balk, S.P.| Den, R.B.| Trock,

B.J.| Karnes, R.J.| Jenkins, R.B.| Klein, E.A.|

Davicioni, E.| Gruhl, F.J.| Long, H.W.| Liu, X.S.|

Cato, A.C.B.| Lack, N.A.| Nelson, P.S.| Plymate,

S.R.| Groner, A.C.| Brown, M.

Yang, X.| Cheng, H.| Chen, J.| Wang, R.| Saleh,

A.| Si, H.| Lee, S.| Guven-Maiorov, E.| Keskin,

O.| Gursoy, A.| Nussinov, R.| Fang, J.| Van

Waes, C.| Chen, Z.

Ozyerli-Goknar, E.| Sur-Erdem, I.| Seker, F.|

Cingöz, A.| Kayabolen, A.| Kahya-Yesil, Z.|

Uyulur, F.| Gezen, M.| Tolay, N.| Erman, B.|

Gönen, M.| Dunford, J.| Oppermann, U.|

Bagci-Onder, T.

Kaya-Aksoy, E.| Cingoz, A.| Senbabaoglu,

F.| Seker, F.| Sur-Erdem, I.| Kayabolen, A.|

Lokumcu, T.| Sahin, G.N.| Karahuseyinoglu,

S.| Bagci-Onder, T.

Bahmani Jalali, H.| Sadeghi, S.| Sahin, M.|

Ozturk, H.| Ow-Yang, C.W.| Nizamoglu, S.

2019

Behavioural Brain

Research

10.1016/j.bbr.2018.11.047

2019 Brain 10.1093/brain/awy343

2019 Brain Research

10.1016/j.

brainres.2019.03.024

2019 Cancer Cell 10.1016/j.ccell.2019.01.008

2019

2019

Ulukan, B.| Sila Ozkaya, Y.| Zeybel, M. 2019

Ozdemir, E.S.| Nussinov, R.| Gursoy, A.|

Keskin, O.

Goktas, P.| Sukharevsky, I.O.| Larkin, S.|

Kuypers, F.A.| Yalcin, O.| Altintas, A.

Matos, C.P.| Yildizhan, Y.| Adiguzel, Z.| Pavan,

F.R.| Campos, D.L.| Pessoa, J.C.| Ferreira, L.P.|

Tomaz, A.I.| Correia, I.| Acilan, C.

Song, W.| Kir, S.| Hong, S.| Hu, Y.| Wang, X.|

Binari, R.| Tang, H.-W.| Chung, V.| Banks, A.S.|

Spiegelman, B.| Perrimon, N.

Demir, I.E.| Heinrich, T.| Carty, D.G.| Saricaoglu,

Ö.C.| Klauss, S.| Teller, S.| Kehl, T.| Mota Reyes, C.|

Tieftrunk, E.| Lazarou, M.| Bahceci, D.H.| Gökcek,

B.| Ucurum, B.E.| Maak, M.| Diakopoulos, K.N.|

Lesina, M.| Schemann, M.| Erkan, M.| Krüger, A.|

Algül, H.| Friess, H.| Ceyhan, G.O.

Cancer Immunology

Research

Cell Death and

Disease

2019 Cell Death Discovery

2019 Chemistry of Materials

2019

Current Opinion in

Pharmacology

Current Opinion in

Structural Biology

10.1158/2326-6066.CIR-

18-0832

10.1038/s41419-019-

2107-y

10.1038/s41420-019-

0144-z

10.1021/acs.

chemmater.9b00905

10.1016/j.coph.2019.10.001

10.1016/j.sbi.2018.10.007

2019 Cytometry Part A 10.1002/cyto.a.23756

2019 Dalton Transactions 10.1039/c9dt01193e

2019 Developmental Cell

2019 EBioMedicine

10.1016/j.

devcel.2018.12.003

10.1016/j.

ebiom.2019.07.055

102



May iron(III) complexes containing

phenanthroline derivatives as ligands

be prospective anticancer agents?

Mechanics of a pressure-controlled

adhesive membrane for soft robotic

gripping on curved surfaces

The glycosylation site of myelin

oligodendrocyte glycoprotein affects

autoantibody recognition in a large

proportion of patients

Cryptochrome deletion in p53 mutant

mice enhances apoptotic and antitumorigenic

responses to UV damage

at the transcriptome level

Luteal granulosa cells from natural

cycles are more capable of maintaining

their viability, steroidogenic activity and

LH receptor expression than those of

stimulated IVF cycles

Channel Sensing in Molecular

Communications with Single Type of

Ligand Receptors

Stimuli-responsive poly(hydroxyethyl

methacrylate) hydrogels from

carboxylic acid-functionalized

crosslinkers

Utility of gonadotropin-releasing

hormone agonists for fertility

preservation: Lack of biologic basis and

the need to prioritize proven methods

A novel homozygous FBXO38 variant

causes an early-onset distal hereditary

motor neuronopathy type IID

Structures and anticancer activity

of chlorido platinum(II) saccharinate

complexes with mono- and

dialkylphenylphosphines

Bypassing pro-survival and resistance

mechanisms of autophagy in EGFRpositive

lung cancer cells by targeted

delivery of 5FU using theranostic Ag2S

quantum dots

MAB21L1 loss of function causes

a syndromic neurodevelopmental

disorder with distinctive c erebellar,

o cular, cranio f acial and g enital

features (COFG syndrome)

Facial muscle activity contaminates

EEG signal at rest: Evidence from

frontalis and temporalis motor units

Interval timing is disrupted in female

5xFAD mice: An indication of altered

memory processes

Inter- and intra-tumoural

heterogeneity in cancer-associated

fibroblasts of human pancreatic ductal

adenocarcinoma

Motor units as tools to evaluate profile

of human Renshaw inhibition

Matos, C.P.| Adiguzel, Z.| Yildizhan, Y.|

Cevatemre, B.| Onder, T.B.| Cevik, O.| Nunes,

P.| Ferreira, L.P.| Carvalho, M.D.| Campos, D.L.|

Pavan, F.R.| Pessoa, J.C.| Garcia, M.H.| Tomaz,

A.I.| Correia, I.| Acilan, C.

Song, S.| Drotlef, D.-M.| Paik, J.| Majidi, C.|

Sitti, M.

Fernandez, I.M.| MacRini, C.| Krumbholz,

M.| Hensbergen, P.J.| Ederveen, A.L.H.|

Winklmeier, S.| Vural, A.| Kurne, A.| Jenne, D.|

Kamp, F.| Gerdes, L.A.| Hohlfeld, R.| Wuhrer,

M.| Kümpfel, T.| Meinl, E.

Cavga, A.D.| Tardu, M.| Korkmaz, T.| Keskin,

O.| Ozturk, N.| Gursoy, A.| Kavakli, I.H.

Bildik, G.| Akin, N.| Seyhan, A.| Esmaeilian, Y.|

Yakin, K.| Keles, I.| Balaban, B.| Ata, B.| Urman,

B.| Oktem, O.

2019

2019

2019

2019

Kuscu, M.| Akan, O.B. 2019

Bingol, H.B.| Agopcan-Cinar, S.| Bal, T.| Oran,

D.C.| Kizilel, S.| Kayaman-Apohan, N.| Avci, D.

Turan, V.| Bedoschi, G.| Rodriguez-Wallberg,

K.| Sonmezer, M.| Silva Pacheco, F.| Oktem,

O.| Taylor, H.| Oktay, K.

Akçimen, F.| Vural, A.| Durmuş, H.| Çakar, A.|

Houlden, H.| Parman, Y.G.| Nazlı Başak, A.

Icsel, C.| Yilmaz, V.T.| Cevatemre, B.| Aygun,

M.| Ulukaya, E.

Duman, F.D.| Akkoc, Y.| Demirci, G.| Bavili, N.|

Kiraz, A.| Gozuacik, D.| Acar, H.Y.

Rad, A.| Altunoglu, U.| Miller, R.| Maroofian,

R.| James, K.N.| Ça Layan, A.O.| Najafi,

M.| Stanley, V.| Boustany, R.-M.| Ye Il, G.|

Sahebzamani, A.| Ercan-Sencicek, G.| Saeidi,

K.| Wu, K.| Bauer, P.| Bakey, Z.| Gleeson, J.G.|

Hauser, N.| Gunel, M.| Kayserili, H.| Schmidts,

M.

Yilmaz, G.| Budan, A.S.| Ungan, P.| Topkara,

B.| Türker, K.S.

Gür, E.| Fertan, E.| Alkins, K.| Wong, A.A.|

Brown, R.E.| Balcı, F.

Neuzillet, C.| Tijeras-Raballand, A.| Ragulan,

C.| Cros, J.| Patil, Y.| Martinet, M.| Erkan, M.|

Kleeff, J.| Wilson, J.| Apte, M.| Tosolini, M.|

Wilson, A.S.| Delvecchio, F.R.| Bousquet, C.|

Paradis, V.| Hammel, P.| Sadanandam, A.|

Kocher, H.M.

Özyurt, M.G.| Piotrkiewicz, M.| Topkara, B.|

Weisskircher, H.-W.| Türker, K.S.

European Journal of

Medicinal Chemistry

Extreme Mechanics

Letters

Frontiers in

Immunology

Functional and

Integrative Genomics

10.1016/j.

ejmech.2019.04.070

10.1016/j.eml.2019.100485

10.3389/

fimmu.2019.01189

10.1007/s10142-019-

00680-5

2019 Human Reproduction 10.1093/humrep/dey353

2019

2019

2019

2019

2019

2019

2019

2019

IEEE Transactions on

Communications

Journal of Biomedical

Materials Research -

Part A

Journal of Clinical

Oncology

Journal of Human

Genetics

Journal of Inorganic

Biochemistry

Journal of Materials

Chemistry B

Journal of Medical

Genetics

Journal of Neural

Engineering

Journal of

Neuroscience

Research

10.1109/

TCOMM.2019.2933202

10.1002/jbm.a.36714

10.1200/JCO.18.00420

10.1038/s10038-019-

0652-y

10.1016/j.

jinorgbio.2019.03.008

10.1039/c9tb01602c

10.1136/

jmedgenet-2018-105623

10.1088/1741-2552/ab3235

10.1002/jnr.24418

2019 Journal of Pathology 10.1002/path.5224

2019 Journal of Physiology 10.1113/JP277129




Determinants of depressive mood in

coronary artery disease patients with

obstructive sleep apnea and response

to continuous positive airway pressure

treatment in non-sleepy and sleepy

phenotypes in the RICCADSA cohort

Stress relaxation and humidity dependence in

sodium alginate-glycerol films

Systems-level Analysis Reveals Multiple

Modulators of Epithelial-mesenchymal

Transition and Identifies DNAJB4 and

CD81 as Novel Metastasis Inducers in

Breast Cancer

Biocompatible Quantum Funnels for

Neural Photostimulation

Mechanical properties of honeycomb

nanoporous silicon: A high strength and

ductile structure

Bromodomain inhibition of the

coactivators CBP/EP300 facilitate

cellular reprogramming

SMCHD1 is involved in de novo

methylation of the DUX4-encoding

D4Z4 macrosatellite

Fabrication and characterization

of large numerical aperture, highresolution

optical fiber bundles based

on high-contrast pairs of soft glasses for

fluorescence imaging

Band Alignment Engineers Faradaic and

Capacitive Photostimulation of Neurons

Without Surface Modification

3D spatial organization and networkguided

comparison of mutation profiles

in Glioblastoma reveals similarities

across patients

Transcranial magnetic stimulation

induced early silent period and rebound

activity reexamined

Transmitter and Receiver Architectures for

Molecular Communications: A Survey on

Physical Design with Modulation, Coding,

and Detection Techniques

A novel method for PEGylation of

chitosan nanoparticles through

photopolymerization

Human genetics and neuropathology

suggest a link between miR-218

and amyotrophic lateral sclerosis

pathophysiology

Balcan, B.| Thunström, E.| Strollo, P.J.| Peker, Y. 2019

Giz, A.S.| Aydelik-Ayazoglu, S.| Catalgil-Giz, H.|

Bayraktar, H.| Alaca, B.E.

Kagiali, Z.C.U.| Sanal, E.| Karayel, Ö.| Polat, A.N.|

Saatci, Ö.| Ersan, P.G.| Trappe, K.| Renard, B.Y.|

Önder, T.T.| Tuncbag, N.| Şahin, Ö.| Ozlu, N.

Bahmani Jalali, H.| Karatum, O.| Melikov, R.|

Dikbas, U.M.| Sadeghi, S.| Yildiz, E.| Dogru, I.B.|

Ozgun Eren, G.| Ergun, C.| Sahin, A.| Kavakli, I.H.|

Nizamoglu, S.

2019

2019

Journal of Sleep

Research

Journal of the

Mechanical Behavior

of Biomedical

Materials

Molecular and

Cellular Proteomics

2019 Nano Letters

10.1111/jsr.12818

10.1016/j.

jmbbm.2019.103374

10.1074/mcp.RA119.001446

10.1021/acs.

nanolett.9b01697

Esfahani, M.N.| Alaca, B.E.| Jabbari, M. 2019 Nanotechnology 10.1088/1361-6528/ab36d6

Ebrahimi, A.| Sevinç, K.| Gürhan Sevinç, G.|

Cribbs, A.P.| Philpott, M.| Uyulur, F.| Morova, T.|

Dunford, J.E.| Göklemez, S.| Arı, Ş.| Oppermann,

U.| Önder, T.T.

Dion, C.| Roche, S.| Laberthonnière, C.| Broucqsault,

N.| Mariot, V.| Xue, S.| Gurzau, A.D.| Nowak, A.|

Gordon, C.T.| Gaillard, M.-C.| El-Yazidi, C.| Thomas,

M.| Schlupp-Robaglia, A.| Missirian, C.| Malan, V.|

Ratbi, L.| Sefiani, A.| Wollnik, B.| Binetruy, B.| Campana,

E.S.| Attarian, S.| Bernard, R.| Nguyen, K.| Amiel, J.|

Dumonceaux, J.| Murphy, J.M.| Déjardin, J.| Blewitt,

M.E.| Reversade, B.| Robin, J.D.| Magdinier, F.

Morova, B.| Bavili, N.| Yaman, O.| Yigit, B.| Zeybel,

M.| Aydin, M.| Dogan, B.| Kasztelanic, R.| Pysz, D.|

Buczynski, R.| Kiraz, A.

Srivastava, S.B.| Melikov, R.| Aria, M.M.| Dikbas,

U.M.| Kavakali, I.H.| Nizamoglu, S.

Dincer, C.| Kaya, T.| Keskin, O.| Gursoy, A.|

Tuncbag, N.

Özyurt, M.G.| Haavik, H.| Nedergaard, R.W.|

Topkara, B.| Şenocak, B.S.| Göztepe, M.B.| Niazi,

I.K.| Türker, K.S.

Kuscu, M.| Dinc, E.| Bilgin, B.A.| Ramezani, H.|

Akan, O.B.

2019

2019

Nature Chemical

Biology

Nucleic Acids

Research

10.1038/s41589-019-

0264-z

10.1093/nar/gkz005

2019 Optics Express 10.1364/OE.27.009502

2019

2019

Physical Review

Applied

PLoS Computational

Biology

2019 PLoS ONE

2019

Proceedings of the

IEEE

10.1103/

PhysRevApplied.11.044012

10.1371/journal.

pcbi.1006789

10.1371/journal.

pone.0225535

10.1109/

JPROC.2019.2916081

Bozuyuk, U.| Gokulu, I.S.| Dogan, N.O.| Kizilel, S. 2019 RSC Advances 10.1039/c9ra00780f

Reichenstein, I.| Eitan, C.| Diaz-Garcia, S.| Haim, G.|

Magen, I.| Siany, A.| Hoye, M.L.| Rivkin, N.| Olender, T.|

Toth, B.| Ravid, R.| Mandelbaum, A.D.| Yanowski, E.|

Liang, J.| Rymer, J.K.| Levy, R.| Beck, G.| Ainbinder, E.|

Farhan, S.M.K.| Lennox, K.A.| Bode, N.M.| Behlke, M.A.|

Möller, T.| Saxena, S.| Moreno, C.A.M.| Costaguta, G.|

van Eijk, K.R.| Phatnani, H.| Al-Chalabi, A.| Başak, A.N.|

van den Berg, L.H.| Hardiman, O.| Landers, J.E.| Mora,

J.S.| Morrison, K.E.| Shaw, P.J.| Veldink, J.H.| Pfaff, S.L.|

Yizhar, O.| Gross, C.| Brown, R.H.| Ravits, J.M.| Harms,

M.B.| Miller, T.M.| Hornstein, E.

2019

Science Translational

Medicine

10.1126/scitranslmed.

aav5264

104



Label-free detection of nanoparticles

using depth scanning correlation

interferometric microscopy

Robust, Long-Term Culture of

Endoderm-Derived Hepatic Organoids

for Disease Modeling

A new substrate for glutathione reductase:

Glutathione coated Ag2S quantum dots

Deep Insight into PEGylation of

Bioadhesive Chitosan Nanoparticles:

Sensitivity Study for the Key

Parameters Through Artificial Neural

Network Model

Silk-Based Aqueous Microcontact

Printing

Biomaterial Disk Lasers by Suppressing

the Coffee Ring Effect

Light-Triggered Drug Release from

3D-Printed Magnetic Chitosan

Microswimmers

Effective neural photostimulation

using indium-based type-II quantum

dots

Energy-efficient modulation and

physical layer design for low terahertz

band communication channel in 5G

femtocell Internet of Things

Spontaneous integration of temporal

information: implications for

representational/computational

capacity of animals

Inadequate brain glycogen or sleep

increases spreading depression

susceptibility

Reversible switching of wetting

properties and erasable patterning

of polymer surfaces using plasma

oxidation and thermal treatment

Analysis of single amino acid

variations in singlet hot spots of

protein-protein interfaces

Enhancement of the lipid productivity

and fatty acid methyl ester profile of

Chlorella vulgaris by two rounds of

mutagenesis

C-Abl is not actıvated in DNA damageinduced

and Tap63-mediated oocyte

apoptosıs in human ovary

Endogenous c-Jun N-terminal kinase

(JNK) activity marks the boundary

between normal and malignant

granulosa cells article

Cell death mechanisms in stroke and

novel molecular and cellular treatment

options

A homozygous loss-of-function

camk2a mutation causes growth

delay, frequent seizures and severe

intellectual disability

Aygun, U.| Urey, H.| Yalcin Ozkumur, A. 2019 Scientific Reports

Akbari, S.| Sevinç, G.G.| Ersoy, N.| Basak, O.|

Kaplan, K.| Sevinç, K.| Ozel, E.| Sengun, B.|

Enustun, E.| Ozcimen, B.| Bagriyanik, A.|

Arslan, N.| Önder, T.T.| Erdal, E.

Aydemir, D.| Hashemkhani, M.| Durmusoglu,

E.G.| Acar, H.Y.| Ulusu, N.N.

Bozuyuk, U.| Dogan, N.O.| Kizilel, S. 2018

Ganesh Kumar, B.| Melikov, R.| Mohammadi

Aria, M.| Ural Yalcin, A.| Begar, E.| Sadeghi, S.|

Guven, K.| Nizamoglu, S.

2019 Stem Cell Reports

2019 Talanta

2018

Bakis Dogru, I.| Melikov, R.| Nizamoglu, S. 2018

Bozuyuk, U.| Yasa, O.| Yasa, I.C.| Ceylan, H.|

Kizilel, S.| Sitti, M.

Bahmani Jalali, H.| Mohammadi Aria, M.|

Dikbas, U.M.| Sadeghi, S.| Ganesh Kumar,

B.| Sahin, M.| Kavakli, I.H.| Ow-Yang, C.W.|

Nizamoglu, S.

ACS Applied Materials

and Interfaces

ACS Biomaterials

Science and

Engineering

ACS Biomaterials

Science and

Engineering

Khalid, N.| Yilmaz, T.| Akan, O.B. 2018 Ad Hoc Networks

10.1038/s41598-019-

45439-x

10.1016/j.

stemcr.2019.08.007

10.1016/j.

talanta.2018.10.049

10.1021/acsami.8b11178

10.1021/


10.1021/


2018 ACS Nano 10.1021/acsnano.8b05997

2018 ACS Nano 10.1021/acsnano.8b02976

10.1016/j.

adhoc.2018.06.009

Gür, E.| Duyan, Y.A.| Balcı, F. 2018 Animal Cognition 10.1007/s10071-017-1137-z

Kilic, K.| Karatas, H.| Dönmez-Demir, B.| Eren-

Kocak, E.| Gursoy-Ozdemir, Y.| Can, A.| Petit,

J.-M.| Magistretti, P.J.| Dalkara, T.

Rashid, Z.| Atay, I.| Soydan, S.| Yagci, M.B.|

Jonáš, A.| Yilgor, E.| Kiraz, A.| Yilgor, I.

2018 Annals of Neurology 10.1002/ana.25122

2018

Applied Surface

Science

Ozdemir, E.S.| Gursoy, A.| Keskin, O. 2018 Bioinformatics

Sarayloo, E.| Simsek, S.| Unlu, Y.S.| Cevahir, G.|

Erkey, C.| Kavakli, I.H.

Bildik, G.| Acılan, C.| Sahin, G.N.|

Karahuseyinoglu, S.| Oktem, O.

Bildik, G.| Akin, N.| Senbabaoglu, F.| Esmalian,

Y.| Sahin, G.N.| Urman, D.| Karahuseyinoglu,

S.| Ince, U.| Palaoglu, E.| Taskiran, C.| Arvas,

M.| Guzel, Y.| Yakin, K.| Oktem, O.

2018

2018

2018

Şekerdağ, E.| Solaroğlu, I.| Gürsoy-özdemir, Y. 2018

Chia, P.H.| Zhong, F.L.| Niwa, S.| Bonnard,

C.| Utami, K.H.| Zeng, R.| Lee, H.| Eskin,

A.| Nelson, S.F.| Xie, W.H.| Al-Tawalbeh, S.|

El-Khateeb, M.| Shboul, M.| Pouladi, M.A.| Al-

Raqad, M.| Reversade, B.

Bioresource

Technology

Cell Death and

Disease

Cell Death and

Disease

Current

Neuropharmacology

10.1016/j.

apsusc.2018.02.089

10.1093/bioinformatics/

bty569

10.1016/j.

biortech.2017.11.105

10.1038/s41419-018-

1026-7

10.1038/s41419-018-

0459-3

10.2174/1570159X1666618

0302115544

2018 eLife 10.7554/eLife.32451




Cholesterol metabolism promotes

B-cell positioning during immune

pathogenesis of chronic obstructive

pulmonary disease

Recontacting or not recontacting? A

survey of current practices in clinical

genetics centres in Europe

Neurotrophin-3 provides neuroprotection

via TrkC receptor dependent pErk5

activation in a rat surgical brain injury model

Extracellular glucose level regulates

dependence on GRP78 for cell

surface localization of multipass

transmembrane proteins in HeLa cells

Differential bilateral primary motor

cortex tDCS fails to modulate choice

bias and readiness in perceptual

decision making

Dynamic landscape of pancreatic

carcinogenesis reveals early molecular

networks of malignancy

Impact of the ST101 clone on fatality

among patients with colistin-resistant

Klebsiella pneumoniae infection

Unraveling the molecular mechanism

of interactions of the Rho GTPases

Cdc42 and Rac1 with the scaffolding

protein IQGAP2

Labeling Carboxyl Groups of Surface-

Exposed Proteins Provides an Orthogonal

Approach for Cell Surface Isolation

Sequential Coating of Insulin Secreting

Beta Cells within Multilayers of

Polysaccharide Nanogels

Surface Stress Effect on Silicon

Nanowire Mechanical Behavior: Size

and Orientation Dependence

Structural control of InP/ZnS core/shell

quantum dots enables high-quality white

LEDs

RSPO2 inhibition of RNF43 and

ZNRF3 governs limb development

independently of LGR4/5/6

Structural basis of RIP2 activation and

signaling

Jia, J.| Conlon, T.M.| Sarker, R.S.J.| Taşdemir,

D.| Smirnova, N.F.| Srivastava, B.| Verleden,

S.E.| Güneş, G.| Wu, X.| Prehn, C.| Gao, J.|

Heinzelmann, K.| Lintelmann, J.| Irmler, M.|

Pfeiffer, S.| Schloter, M.| Zimmermann, R.|

Hrabé de Angelis, M.| Beckers, J.| Adamski,

J.| Bayram, H.| Eickelberg, O.| Yildirim, A.Ö.

Sirchia, F.| Carrieri, D.| Dheensa, S.| Benjamin, C.|

Kayserili, H.| Cordier, C.| Van El, C.G.| Turnpenny,

P.D.| Melegh, B.| Mendes, Á.| Halbersma-Konings,

T.F.| Van Langen, I.M.| Lucassen, A.M.| Clarke, A.J.|

Forzano, F.| Kelly, S.E.

Akyol, O.| Sherchan, P.| Yilmaz, G.| Reis, C.|

Ho, W.M.| Wang, Y.| Huang, L.| Solaroglu, I.|

Zhang, J.H.

Toyoda, Y.| Akarlar, B.| Sarov, M.| Ozlu, N.|

Saitoh, S.

Turkakin, E.| Akbiyik, S.| Akyol, B.| Gürdere, C.|

Çakmak, Y.Ö.| Balci, F.

Kong, B.| Bruns, P.| Behler, N.A.| Chang, L.|

Schlitter, A.M.| Cao, J.| Gewies, A.| Ruland, J.|

Fritzsche, S.| Valkovskaya, N.| Jian, Z.| Regel,

I.| Raulefs, S.| Irmler, M.| Beckers, J.| Friess,

H.| Erkan, M.| Mueller, N.S.| Roth, S.| Hackert,

T.| Esposito, I.| Theis, F.J.| Kleeff, J.| Michalski,

C.W.

Can, F.| Menekse, S.| Ispir, P.| Atac, N.|

Albayrak, O.| Demir, T.| Karaaslan, D.C.|

Karahan, S.N.| Kapmaz, M.| Azap, O.K.|

Timurkaynak, F.| Yavuz, S.S.| Basaran, S.|

Yoruk, F.| Azap, A.| Koculu, S.| Benzonana, N.|

Lack, N.A.| Gönen, M.| Ergonul, O.

Sila Ozdemir, E.| Jang, H.| Gursoy, A.| Keskin,

O.| Li, Z.| Sacks, D.B.| Nussinov, R.

Küçük, N.E.O.| Şanal, E.| Tan, E.| Mitchison, T.|

Özlü, N.

Bal, T.| Oran, D.C.| Sasaki, Y.| Akiyoshi, K.|

Kizilel, S.

2018

2018

2018

EMBO Molecular

Medicine

European Journal of

Human Genetics

Experimental

Neurology

10.15252/

emmm.201708349

10.1038/s41431-018-

0131-5

10.1016/j.

expneurol.2018.06.002

2018 FEBS Letters 10.1002/1873-3468.13232

2018

2018 Gut

2018

2018

2018

2018

Frontiers in

Neuroscience

Journal of

Antimicrobial

Chemotherapy

Journal of Biological

Chemistry

Journal of Proteome

Research

Macromolecular

Bioscience

10.3389/fnins.2018.00410

10.1136/

gutjnl-2015-310913

10.1093/jac/dkx532

10.1074/jbc.RA117.001596

10.1021/acs.

jproteome.7b00825

10.1002/mabi.201800001

Esfahani, M.N.| Alaca, B.E. 2018 Mechanics of Materials 10.1016/j.

mechmat.2018.09.004

Kumar, B.G.| Sadeghi, S.| Melikov, R.| Aria, M.M.|

Jalali, H.B.| Ow-Yang, C.W.| Nizamoglu, S.

Szenker-Ravi, E.| Altunoglu, U.| Leushacke,

M.| Bosso-Lefèvre, C.| Khatoo, M.| Thi Tran,

H.| Naert, T.| Noelanders, R.| Hajamohideen,

A.| Beneteau, C.| De Sousa, S.B.| Karaman,

B.| Latypova, X.| Başaran, S.| Yücel, E.B.| Tan,

T.T.| Vlaminck, L.| Nayak, S.S.| Shukla, A.|

Girisha, K.M.| Le Caignec, C.| Soshnikova,

N.| Uyguner, Z.O.| Vleminckx, K.| Barker, N.|

Kayserili, H.| Reversade, B.

Gong, Q.| Long, Z.| Zhong, F.L.| Teo, D.E.T.|

Jin, Y.| Yin, Z.| Boo, Z.Z.| Zhang, Y.| Zhang, J.|

Yang, R.| Bhushan, S.| Reversade, B.| Li, Z.|

Wu, B.

2018 Nanotechnology

2018 Nature

2018

Nature

Communications

10.1088/1361-6528/

aac8c9

10.1038/s41586-018-

0118-y

10.1038/s41467-018-

07447-9

106



Biallelic loss of human CTNNA2,

encoding N-catenin, leads to ARP2/3

complex overactivity and disordered

cortical neuronal migration

Mutant KRAS-driven cancers depend

on PTPN11/SHP2 phosphatase

An approach to monitoring home-cage

behavior in mice that facilitates data sharing

In vivo confocal microscopy detects

bilateral changes of corneal immune

cells and nerves in unilateral herpes

zoster ophthalmicus

Scanning fiber microdisplay: design,

implementation, and comparison to

MEMS mirror-based scanning displays

Modeling convection-diffusionreaction

systems for microfluidic

molecular communications with

surface-based receivers in Internet of

Bio-Nano Things

Information Theoretical Analysis

of Synaptic Communication for

Nanonetworks

Schaffer, A.E.| Breuss, M.W.| Caglayan,

A.O.| Al-Sanaa, N.| Al-Abdulwahed, H.Y.|

Kaymakçalan, H.| Yılmaz, C.| Zaki, M.S.|

Rosti, R.O.| Copeland, B.| Baek, S.T.| Musaev,

D.| Scott, E.C.| Ben-Omran, T.| Kariminejad,

A.| Kayserili, H.| Mojahedi, F.| Kara, M.| Cai,

N.| Silhavy, J.L.| Elsharif, S.| Fenercioglu, E.|

Barshop, B.A.| Kara, B.| Wang, R.| Stanley,

V.| James, K.N.| Nachnani, R.| Kalur, A.|

Megahed, H.| Incecik, F.| Danda, S.| Alanay, Y.|

Faqeih, E.| Melikishvili, G.| Mansour, L.| Miller,

I.| Sukhudyan, B.| Chelly, J.| Dobyns, W.B.|

Bilguvar, K.| Jamra, R.A.| Gunel, M.| Gleeson,

J.G.

Ruess, D.A.| Heynen, G.J.| Ciecielski, K.J.| Ai,

J.| Berninger, A.| Kabacaoglu, D.| Görgülü,

K.| Dantes, Z.| Wörmann, S.M.| Diakopoulos,

K.N.| Karpathaki, A.F.| Kowalska, M.| Kaya-

Aksoy, E.| Song, L.| Van Der Laan, E.A.Z.|

López-Alberca, M.P.| Nazaré, M.| Reichert,

M.| Saur, D.| Erkan, M.M.| Hopt, U.T.| Sainz,

B.| Birchmeier, W.| Schmid, R.M.| Lesina, M.|

Algül, H.

2018 Nature Genetics

2018 Nature Medicine

10.1038/s41588-018-

0166-0

10.1038/s41591-018-

0024-8

Balzani, E.| Falappa, M.| Balci, F.| Tucci, V. 2018 Nature Protocols 10.1038/nprot.2018.031

Cavalcanti, B.M.| Cruzat, A.| Sahin, A.| Pavan-

Langston, D.| Samayoa, E.| Hamrah, P.

Khayatzadeh, R.| Civitci, F.| Ferhanoglu, O.|

Urey, H.

Kuscu, M.| Akan, O.B. 2018 PLoS ONE

Ramezani, H.| Khan, T.| Akan, O.B. 2018

Numerical error monitoring Duyan, Y.A.| Balcı, F. 2018

P2X7 receptor antagonist delivery

vehicle based on photocrosslinked

amphiphilic hybrid gels

Comparative phosphoproteomic analysis

reveals signaling networks regulating

monopolar and bipolar cytokinesis

Improving microcirculatory reperfusion

reduces parenchymal oxygen radical

formation and provides neuroprotection

Loss-of-Function Mutations in LGI4, a

Secreted Ligand Involved in Schwann

Cell Myelination, Are Responsible for

Arthrogryposis Multiplex Congenita

Environment, global climate change,

and cardiopulmonary health

Single transverse mode protein laser

2018 Ocular Surface 10.1016/j.jtos.2017.09.004

2018 Optics Express 10.1364/OE.26.005576

Proceedings - IEEE

INFOCOM

Psychonomic Bulletin

and Review

10.1371/journal.

pone.0192202

10.1109/

INFOCOM.2018.8486255

10.3758/s13423-018-

1506-x

Aydin, D.| Kizilel, S. 2018 RSC Advances 10.1039/c8ra01460d

Karayel, Ö.| Şanal, E.| Giese, S.H.| Kagiali,

Z.C.Ü.| Polat, A.N.| Hu, C.-K.| Renard, B.Y.|

Tuncbag, N.| Özlü, N.

Taskiran-Sag, A.| Yemisci, M.| Gursoy-

Ozdemir, Y.| Erdener, S.E.| Karatas, H.| Yuce,

D.| Dalkara, T.

Xue, S.| Maluenda, J.| Marguet, F.| Shboul, M.|

Quevarec, L.| Bonnard, C.| Ng, A.Y.J.| Tohari,

S.| Tan, T.T.| Kong, M.K.| Monaghan, K.G.| Cho,

M.T.| Siskind, C.E.| Sampson, J.B.| Rocha, C.T.|

Alkazaleh, F.| Gonzales, M.| Rigonnot, L.| Whalen,

S.| Gut, M.| Gut, I.| Bucourt, M.| Venkatesh, B.|

Laquerrière, A.| Reversade, B.| Melki, J.

Bayram, H.| Bauer, A.K.| Abdalati, W.|

Carlsten, C.| Pinkerton, K.E.| Thurston, G.D.|

Balmes, J.R.| Takaro, T.K.

Dogru, I.B.| Min, K.| Umar, M.| Bahmani Jalali,

H.| Begar, E.| Conkar, D.| Firat Karalar, E.N.|

Kim, S.| Nizamoglu, S.

2018 Scientific Reports

2018 Stroke

2017

2017

American Journal of

Human Genetics

American Journal

of Respiratory and

Critical Care Medicine

10.1038/s41598-018-

20231-5

10.1161/

STROKEAHA.118.020711

10.1016/j.ajhg.2017.02.006

10.1164/rccm.201604-

0687PP

2017 Applied Physics Letters 10.1063/1.5007243




Rapid alleviation of parkinson’s disease

symptoms via electrostimulation of

intrinsic auricular muscle zones

Plasma DNA methylation: A potential

biomarker for stratification of liver

fibrosis in non-alcoholic fatty liver

disease

GLI1 inactivation is associated

with developmental phenotypes

overlapping with Ellis-van Creveld

syndrome

Clinically Distinct Phenotypes of

Canavan Disease Correlate with

Residual Aspartoacylase Enzyme

Activity

FSH Stimulation promotes progesterone

synthesis and output from human

granulosa cells without luteinization

Induced-Pluripotent-Stem-Cell-

Derived Primitive Macrophages

Provide a Platform for Modeling

Tissue-Resident Macrophage

Differentiation and Function

Disrupted latent decision processes in

medication-free pediatric OCD patients

Behçet Disease serum is

immunoreactive to neurofilament

medium which share common epitopes

to bacterial HSP-65, a putative trigger

Coagulation measurement from

whole blood using vibrating optical

fiber in a disposable cartridge

Inhibition of pre–supplementary

motor area by continuous theta burst

stimulation leads to more cautious

decision-making and more efficient

sensory evidence integration

A potential non-invasive glioblastoma

treatment: Nose-to-brain delivery of

farnesylthiosalicylic acid incorporated

hybrid nanoparticles

Are you early or late?: Temporal error

monitoring

Homozygous mutation in NUP107

leads to microcephaly with steroidresistant

nephrotic condition similar to

Galloway-Mowat syndrome

Relation between Protein Intrinsic

Normal Mode Weights and Pre-

Existing Conformer Populations

Cakmak, Y.O.| Apaydin, H.| Kiziltan, G.|

Gündüz, A.| Ozsoy, B.| Olcer, S.| Urey, H.|

Cakmak, O.O.| Ozdemir, Y.G.| Ertan, S.

Hardy, T.| Zeybel, M.| Day, C.P.| Dipper, C.|

Masson, S.| McPherson, S.| Henderson, E.|

Tiniakos, D.| White, S.| French, J.| Mann, D.A.|

Anstee, Q.M.| Mann, J.

Palencia-Campos, A.| Ullah, A.| Nevado, J.|

Yildirim, R.| Unal, E.| Ciorraga, M.| Barruz, P.|

Chico, L.| Piceci-Sparascio, F.| Guida, V.| De

Luca, A.| Kayserili, H.| Ullah, I.| Burmeister,

M.| Lapunzina, P.| Ahmad, W.| Morales, A.V.|

Ruiz-Perez, V.L.

Mendes, M.I.| Smith, D.E.C.| Pop, A.| Lennertz,

P.| Fernandez Ojeda, M.R.| Kanhai, W.A.| van

Dooren, S.J.M.| Anikster, Y.| Barić, I.| Boelen,

C.| Campistol, J.| de Boer, L.| Kariminejad, A.|

Kayserili, H.| Roubertie, A.| Verbruggen, K.T.|

Vianey-Saban, C.| Williams, M.| Salomons, G.S.

Oktem, O.| Akin, N.| Bildik, G.| Yakin, K.| Alper,

E.| Balaban, B.| Urman, B.

Takata, K.| Kozaki, T.| Lee, C.Z.W.| Thion, M.S.|

Otsuka, M.| Lim, S.| Utami, K.H.| Fidan, K.|

Park, D.S.| Malleret, B.| Chakarov, S.| See, P.|

Low, D.| Low, G.| Garcia-Miralles, M.| Zeng,

R.| Zhang, J.| Goh, C.C.| Gul, A.| Hubert, S.|

Lee, B.| Chen, J.| Low, I.| Shadan, N.B.| Lum,

J.| Wei, T.S.| Mok, E.| Kawanishi, S.| Kitamura,

Y.| Larbi, A.| Poidinger, M.| Renia, L.| Ng, L.G.|

Wolf, Y.| Jung, S.| Önder, T.| Newell, E.| Huber,

T.| Ashihara, E.| Garel, S.| Pouladi, M.A.|

Ginhoux, F.

Erhan, C.| Bulut, G.Ç.| Gökçe, S.| Ozbas, D.|

Turkakin, E.| Dursun, O.B.| Yazgan, Y.| Balcı, F.

Lule, S.| Colpak, A.I.| Balci-Peynircioglu, B.|

Gursoy-Ozdemir, Y.| Peker, S.| Kalyoncu, U.|

Can, A.| Tekin, N.| Demiralp, D.| Dalkara, T.

Yaraş, Y.S.| Gündüz, A.B.| Saglam, G.| Ölçer, S.|

Civitçi, F.| Baris, I.| Yaralioglu, G.| Urey, H.

Tosun, T.| Berkay, D.| Sack, A.T.| Çakmak, Y.Ö.|

Balcı, F.

Sekerdag, E.| Lüle, S.| Bozdağ Pehlivan, S.|

Öztürk, N.| Kara, A.| Kaffashi, A.| Vural, I.|

Işıkay, I.| Yavuz, B.| Oguz, K.K.| Söylemezoğlu,

F.| Gürsoy-Özdemir, Y.| Mut, M.

2017

2017 Gut

2017

Frontiers in Human

Neuroscience

Human Molecular

Genetics

10.3389/

fnhum.2017.00338

10.1136/

gutjnl-2016-311526

10.1093/hmg/ddx335

2017 Human Mutation 10.1002/humu.23181

2017 Human Reproduction 10.1093/humrep/dex010

2017 Immunity

2017

2017

2017

2017

2017

Akdoğan, B.| Balci, F. 2017

Rosti, R.O.| Sotak, B.N.| Bielas, S.L.| Bhat,

G.| Silhavy, J.L.| Aslanger, A.D.| Altunoglu,

U.| Bilge, I.| Tasdemir, M.| Yzaguirrem,

A.D.| Musaev, D.| Infante, S.| Thuong, W.|

Marin-Valencia, I.| Nelson, S.F.| Kayserili, H.|

Gleeson, J.G.

Ozgur, B.| Ozdemir, E.S.| Gursoy, A.| Keskin,

O.

2017

2017

Journal of Affective

Disorders

Journal of

Autoimmunity

Journal of Biomedical

Optics

Journal of Cognitive

Neuroscience

Journal of Controlled

Release

Journal of

Experimental

Psychology: General

Journal of Medical

Genetics

Journal of Physical

Chemistry B

10.1016/j.

immuni.2017.06.017

10.1016/j.jad.2016.09.011

10.1016/j.jaut.2017.08.002

10.1117/1.JBO.22.11.117001

10.1162/jocn_a_01134

10.1016/j.

jconrel.2017.06.032

10.1037/xge0000265

10.1136/

jmedgenet-2016-104237

10.1021/acs.jpcb.6b10401

108



Mesenchymal stem cells and ligand

incorporation in biomimetic poly(ethylene

glycol) hydrogels significantly improve

insulin secretion from pancreatic islets

Quinacrine Mediated Sensitization of

Glioblastoma (GBM) Cells to TRAIL through

MMP-Sensitive PEG Hydrogel Carriers

A Proof-of-Concept for Epigenetic

Therapy of Tissue Fibrosis: Inhibition

of Liver Fibrosis Progression by

3-Deazaneplanocin A

Superplastic behavior of silica nanowires

obtained by direct patterning of

silsesquioxane-based precursors

De novo mutations in SMCHD1

cause Bosma arhinia microphthalmia

syndrome and abrogate nasal

development

Biallelic mutations in the 3'

exonuclease TOE1 cause

pontocerebellar hypoplasia and

uncover a role in snRNA processing

Alterations of erythrocyte rheology

and cellular susceptibility in end stage

renal disease: Effects of peritoneal

dialysis

Fundamentals of molecular

information and communication

science

Proteomics in Cell Division

ELABELA deficiency promotes

preeclampsia and cardiovascular

malformations in mice

Epigenetic Reprogramming of

Lineage-Committed Human

Mammary Epithelial Cells Requires

DNMT3A and Loss of DOT1L

Bal, T.| Nazli, C.| Okcu, A.| Duruksu, G.|

Karaöz, E.| Kizilel, S.

2017

Erkoc, P.| Cingöz, A.| Onder, T.B.| Kizilel, S. 2017

Zeybel, M.| Luli, S.| Sabater, L.| Hardy, T.|

Oakley, F.| Leslie, J.| Page, A.| Moran Salvador,

E.| Sharkey, V.| Tsukamoto, H.| Chu, D.C.K.|

Singh, U.S.| Ponzoni, M.| Perri, P.| Di Paolo, D.|

Mendivil, E.J.| Mann, J.| Mann, D.A.

Yilmaz, M.| Wollschläger, N.| Esfahani, M.N.|

Osterle, W.| Leblebici, Y.| Alaca, B.E.

Gordon, C.T.| Xue, S.| Yigit, G.| Filali, H.| Chen, K.|

Rosin, N.| Yoshiura, K.-I.| Oufadem, M.| Beck, T.J.|

McGowan, R.| Magee, A.C.| Altmüller, J.| Dion, C.|

Thiele, H.| Gurzau, A.D.| Nürnberg, P.| Meschede,

D.| Mühlbauer, W.| Okamoto, N.| Varghese, V.|

Irving, R.| Sigaudy, S.| Williams, D.| Ahmed, S.F.|

Bonnard, C.| Kong, M.K.| Ratbi, I.| Fejjal, N.| Fikri,

M.| Elalaoui, S.C.| Reigstad, H.| Bole-Feysot,

C.| Nitschké, P.| Ragge, N.| Lévy, N.| Tunçbilek,

G.| Teo, A.S.M.| Cunningham, M.L.| Sefiani, A.|

Kayserili, H.| Murphy, J.M.| Chatdokmaiprai, C.|

Hillmer, A.M.| Wattanasirichaigoon, D.| Lyonnet,

S.| Magdinier, F.| Javed, A.| Blewitt, M.E.| Amiel, J.|

Wollnik, B.| Reversade, B.

Lardelli, R.M.| Schaffer, A.E.| Eggens, V.R.C.|

Zaki, M.S.| Grainger, S.| Sathe, S.| Van Nostrand,

E.L.| Schlachetzki, Z.| Rosti, B.| Akizu, N.|

Scott, E.| Silhavy, J.L.| Heckman, L.D.| Rosti,

R.O.| Dikoglu, E.| Gregor, A.| Guemez-Gamboa,

A.| Musaev, D.| Mande, R.| Widjaja, A.| Shaw,

T.L.| Markmiller, S.| Marin-Valencia, I.| Davies,

J.H.| De Meirleir, L.| Kayserili, H.| Altunoglu, U.|

Freckmann, M.L.| Warwick, L.| Chitayat, D.| Blaser,

S.| Ça Layan, A.O.| Bilguvar, K.| Per, H.| Fagerberg,

C.| Christesen, H.T.| Kibaek, M.| Aldinger, K.A.|

Manchester, D.| Matsumoto, N.| Muramatsu,

K.| Saitsu, H.| Shiina, M.| Ogata, K.| Foulds, N.|

Dobyns, W.B.| Chi, N.C.| Traver, D.| Spaccini,

L.| Bova, S.M.| Gabriel, S.B.| Gunel, M.| Valente,

E.M.| Nassogne, M.-C.| Bennett, E.J.| Yeo, G.W.|

Baas, F.| Lykke-Andersen, J.| Gleeson, J.G.

Ertan, N.Z.| Bozfakioglu, S.| Ugurel, E.| Sinan,

M.| Yalcin, O.

Akan, O.B.| Ramezani, H.| Khan, T.| Abbasi,

N.A.| Kuscu, M.

Üretmen Kagıalı, Z.C.| Şentürk, A.| Özkan

Küçük, N.E.| Qureshi, M.H.| Özlü, N.

Ho, L.| Van Dijk, M.| Chye, S.T.J.|

Messerschmidt, D.M.| Chng, S.C.| Ong, S.| Yi,

L.K.| Boussata, S.| Goh, G.H.-Y.| Afink, G.B.|

Lim, C.Y.| Dunn, N.R.| Solter, D.| Knowles, B.B.|

Reversade, B.

Breindel, J.L.| Skibinski, A.| Sedic, M.|

Wronski-Campos, A.| Zhou, W.| Keller, P.J.|

Mills, J.| Bradner, J.| Onder, T.| Kuperwasser,

C.

Journal of Tissue

Engineering and

Regenerative Medicine

Macromolecular

Bioscience

2017 Molecular Therapy

2017 Nanotechnology

10.1002/term.1965

10.1002/mabi.201600267

10.1016/j.

ymthe.2016.10.004

10.1088/1361-6528/

aa5b80

2017 Nature Genetics 10.1038/ng.3765

2017 Nature Genetics 10.1038/ng.3762

2017 PLoS ONE

2017

Proceedings of the

IEEE

10.1371/journal.

pone.0171371

10.1109/

JPROC.2016.2537306

2017 Proteomics 10.1002/pmic.201600100

2017 Science 10.1126/science.aam6607

2017 Stem Cell Reports

10.1016/j.

stemcr.2017.06.019


FONLANAN

PROJELER

110



TEKNOLOJİ TRANSFER

OFİSİ (TTO) İLE DAHA

GÜÇLÜYÜZ!

Koç Üniversitesi, Avrupa

Komisyonu'nun EURAXESS

platformu tarafından

verilen Araştırmada İnsan

Kaynakları Mükemmeliyet

Ödülü’nü aldı.

EBRU TAN

EMRAH GÖKER

MELTEM İŞANLAR

OYA GÜL

MUKADDER EZEL YILMAZ

Direktör

Proje Geliştirme Yöneticisi

Proje Yönetimi ve Süreç

Geliştirme Yöneticisi

Proje Uzmanı

Proje Uzmanı

BEGÜM AKTAŞ

BUDAKOĞLU

Proje Uzman Yardımcısı

NAZLI BAŞKAN

ISPARTALI

Proje Sorumlusu

TANSU CEYLA

ERENLER

Proje Uzman Yardımcısı

PELIN GÜNDOĞDU

Teknoloji Transferi Uzmanı

BERKE TURGAY

GEZER

Üniversite-Sanayi İş Birliği

Uzmanı

TTO, üniversite-sanayi iş birliği çerçevesinde KUTTAM’a ve KUTTAM’da araştırmalarını yürüten

akademisyenlere destek vermeye devam ediyor.

• Özellikle, Koç Üniversitesi’nin dış paydaşlar ve sanayi

firmalarıyla gerçekleştirdiği toplantı ve etkinliklerde KUTTAM’ın

tanıtımına da büyük önem verilerek merkez faaliyetleri

hakkında bilgilendirmeler gerçekleştiriliyor. Böylelikle merkezin

iş birliği olanakları sanayi firmalarının ve dış paydaşların ilgisine

sunuluyor.

• Firmalardan gelen araştırma ihtiyaçları ve talepleri

doğrultusunda, ilgili akademisyenlerle irtibata geçilip ortak

projeler geliştirilmesi amacıyla toplantılar organize ediliyor.

• KUTTAM’daki araştırmacılar ile akademisyenlerin ihtiyaçları

ve proje hedefleri doğrultusunda, projelerin dış paydaşlar

ve özellikle firmalar ortaklığında gerçekleştirilmesi için

hem mevcutta iş birliği yapılan hem de daha önce iş birliği

yapılmayan firmalarla temaslar kuruluyor.

• KUTTAM’daki akademisyenler güncel destekler, teşvikler, açık

çağrılar ve firmalardan gelen talepler konusunda sürekli olarak

bilgilendiriliyor ve akademisyenlerin iş birliği çerçevelerinin

genişletilmesine yönelik çalışmalarda bulunuluyor.

• Merkez kapsamında geliştirilen projeler doğrultusunda firmalar

ve KUTTAM akademisyenleriyle yakın temas halinde, projelerin

idari kısmında da destekler veriliyor. (Örneğin Tarabios ve

AstraZeneca ile gerçekleştirilen çalışmalar)

• İnterdisipliner araştırma yaklaşımına katkı sağlanması

amacıyla, Koç Üniversitesi Tıp Fakültesi haricindeki diğer

fakülte ve bölümlerde gerçekleştirilen çalışmalardan, ilgili

olanların KUTTAM ile entegrasyonunun sağlanması için

akademisyenlerin bir araya getirildiği çalışmalar da yürütülüyor.


AVRUPA ARAŞTIRMA KONSEYİ

TARAFINDAN DESTEKLENEN

PROJELER

Avrupa Araştırma Konseyi

(European Research Council/

ERC), öncül (frontier) araştırma

projelerini ve bu projeleri

gerçekleştirecek bilim insanlarını

sadece bilimsel mükemmeliyet

kriterine göre değerlendirerek

fonluyor. ERC’nin amacı ulusal

programlarla fonlanması

genellikle zor olan büyük bütçeli

ve yüksek riskli/yüksek kazanımlı

akademik araştırma projelerine

kaynak sağlamaktır.

112


Mehmet Cengiz Onbaşlı, MD

Manyetik ve optik ince film malzeme ve aygıtlar üstüne teorik

ve deneysel araştırmalar yapıyorum. Manyetik malzemeler

kullanarak çok hızlı, az yer kaplayan, az enerji ve pil tüketen

ve kendi içinde bellek özelliği gösterebilen mikroişlemciler

tasarlamayı hedefliyorum. Bu hedef doğrultusunda yeni

manyetik ve optik yalıtkan malzemeler üreterek geliştiriyor,

yenilikçi aygıt mimarileri modelliyor, üretip test ediyorum.

2020 yılında yeni fonlanan ERC Başlangıç Desteği projemde

termodinamik limitlere yakın ölçüde az enerji tüketebilen

ve çok geniş frekans bantlarında çalışabilecek spintronik

malzeme ve aygıtları gerçekleştireceğim. Proje kapsamında

tek veya birkaç atom kalınlığındaki iki boyutlu malzemeler

kullanarak elektronların spin’lerini işleyebilen aygıt ve katmanlar

geliştiriyorum. Projenin hedeflerine ulaşması sonucunda

mikroişlemci çiplerin ve yapay zeka fonksiyonlarının mobil

cihazlarda günümüzdekinden en az yüz kat daha az enerji

tüketmesi mümkün olabilecek. Ayrıca yepyeni temel fizik ve

kimyasal etkiler bu yeni malzemelerde keşfedilerek yeni Nobel

ödüllerinin konusu olabilecek mekanizmalar detaylı şekilde

anlaşılacak.


AVRUPA ARAŞTIRMA KONSEYİ


PROJELER

Kerem Pekkan, PhD

Araştırma çalışmalarımı kalp-damar yapısal mekaniği ve kan akışkanlar

dinamiği üzerine sürdürüyorum. Tıp doktorlarıyla ortak çalıştığımız klinik

etkisi büyük olan konulara öncelik veriyorum. Kardiyovasküler biyoloji ve

mekaniğin kesişimi bilimsel açıdan birçok bilinmeyenle dolu ve çalışmalarıma

yön veriyor. Türkiye’nin ilk ERC projesini aldım ve bunu Koç Üniversitesi’nde

tamamladım. Bu projede damarların büyümesini bilgisayarda 3 boyutlu

olarak modelleyebildiğimiz bir teknoloji seviyesine ulaştık. Bilgilerimizi

komplike çocuk kalp hastalıklarının tedavilerinde uyguluyoruz. Temel

çalışmalarımız sırasında doğal olarak yeni tıbbi cihaz alternatifleri ortaya

çıkıyor. Bunlardan biri olan iATVA yapay kalp pompamız 2020 yılında ERC’nin

Proof of Concept programıyla fonlandı. Yapay kalp alanında çığır açıcı olan

bu proje dışardan elektrik gerektirmiyor ve hastanın kendi aort akışındaki

enerjiyi kullanıyor. Bu sayede enfeksiyon problemine neden olan kabloları

ve tüpleri kullanmak zorunda kalmıyoruz ve hastaya özel yapay kalpleri 3

boyutlu yazıcılarda üretebiliyoruz. Elektrik motoru kullanmamamız bu yeni

yapay kalp konseptinin maliyetini oldukça azaltıyor.

114


Türkiye’nin ilk ERC projesini Prof. Dr.

Kerem Pekkan aldı, Koç Üniversitesi’nde

yürüttü ve tamamladı. Bu projede

damarların büyümesinin bilgisayarda

3 boyutlu olarak modellenebildiği bir

teknoloji seviyesine ulaşıldı.


AVRUPA KOMİSYONU


PROJELER

İhsan Solaroğlu, MD

Organ Nakli İmmünolojisi Araştırma Mükemmellik Merkezi

(Transplant Immunology Research Centre of Excellence/TIREX)

Koç Üniversitesi, Dr. İhsan Solaroğlu’nun yürütücüsü olduğu

Organ Nakli İmmünolojisi Araştırma Mükemmellik Merkezi (TIREX)

projesiyle, Ufuk 2020 Programı Mükemmeliyetin Yayılımı ve Katılımın

Genişletilmesi Alanı (ERA-Chairs) çağrısında, Avrupa Komisyonu

tarafından 2,5 milyon avro ile desteklenmeye hak kazandı. Söz

konusu Avrupa Birliği fonunu Türkiye’ye kazandıran ilk araştırmacı

olan Dr. Solaroğlu, genç akademisyenlere ve araştırmacılara örnek bir

model ve cesaret kaynağı oldu.

Koç Üniversitesi Tıp Fakültesi bu projeyle organ nakli immünolojisi

araştırmaları için bir mükemmeliyet merkezi kurmayı hedefliyor.

TIREX, organ nakli immünolojisinin araştırma ve klinik alanlarındaki

ulusal ve Avrupa merkezli potansiyelini değerlendirme, bir bilgi

merkezi vazifesi üstlenerek alandaki yerel ve bölgesel araştırma

merkezlerinin Avrupa’daki belli başlı mükemmeliyet merkezleriyle

bağlantısını kurma misyonunu üstlenecek. Bunun yanı sıra, özellikle

116


TIREX, KUTTAM için tamamlayıcı nitelikte bir

araştırma merkezi olarak küresel bir Ar-Ge ve

üretim merkezi olma yolunda ve tıbbi cihaz

alanında rekabetçi bir konuma ulaşmada

Türkiye’ye büyük ivme kazandıracak.

Orta Doğu ve Asya’daki köklü uluslararası

araştırma topluluklarıyla doğrudan bir

ara birim oluşturma ve sürekli bilimsel

ilerlemelerle sağlık, demografik değişim

ve esenlik konusundaki toplumsal, ulusal,

bölgesel ve Avrupa bazındaki sorunların

üzerine etkin biçimde eğilecek. TIREX’in

araştırma konuları arasında organ işlevselliğini

eski haline getirme ve nakil öncesi hücre

ölümü ve bağışıklık sistemi saldırısına karşı

direncini geliştirme amaçlı yeni teknikler ve

tedaviler, nakil sonrası bakım, başarısız nakil

hastalarda sensitizasyonun önlenmesi ve

tedavisi yer alacak. Merkezde ayrıca araştırma

etiği, fikri mülkiyet, ticarileştirme ve girişimcilik

konularını ele alan ticarileştirme beceri eğitimi

verilecek.

ve uluslararası kuruluşlarla daha iyi

entegrasyonunun sağlanabilmesi için bir

Endüstri ve Politika Danışma Kurulu kurmayı

hedefliyor. Bunun da ötesinde ilgili sektör

aktörlerini ortak Ar-Ge girişimleri ve uygulama

odaklı araştırma konularında birlikte çalışmaya

yönlendirecek bir Kurumsal İştirakler Programı

oluşturulması amaçlanıyor. Bu vesileyle

KUTTAM, Türkiye’nin küresel bir Ar-Ge ve

üretim merkezi olması, organ nakli alanında

rekabetçi bir konuma ulaşmasının yanı sıra,

Türkiye’de sağlık endüstrisinin arzulanan

hedeflerine ulaşmasına katkıda bulunacak.

TIREX, finansman olanaklarının yaratılması,

araştırma sonuçlarının Türk endüstrisi

tarafından ticarileştirilmesi, ulusal


2232 İLE DESTEKLENEN PROJELER

Türkiye Bilimsel ve Teknik Araştırma

Kurumu’nun (TÜBİTAK) dünyanın önde gelen

araştırma kurumlarında çalışan bilim insanlarını

Türkiye’ye davet etmek amacıyla 2018’in

sonunda açtığı 2232 kodlu Uluslararası Lider

Araştırmacılar Programı kapsamında yurt

dışından Koç Üniversitesi’ne gelerek üç yıllık

projeler yürütmek amacıyla başvuru yapan 18

bilim insanının 14’ü desteklenmek için seçildi. Bu

büyük başarıya imza atan ve Koç Üniversitesi’ne

yeni öğretim üyeleri olarak katılan 14 öncü bilim

insanının dördü KUTTAM’da TÜBİTAK destekli

çalışmalarını sürdürüyorlar.

Gözde Korkmaz, PhD

Son 12 yıldaki araştırma alanım, düzenleyici DNA ögelerinin

önemini tanımlamak için tarafsız işlevsel genetik tarama

yaklaşımlarının uygulanması ve geliştirilmesi üzerine

yoğunlaşıyor. Bu bakış açısı doğrultusunda ve TÜBİTAK

2232-Uluslararası Lider Araştırmacılar Programı kapsamında

desteklenen araştırmacılardan biri olarak, genomik

dengesizliklere karışan bölgelerde bulunan yeni kanser genlerini

ve düzenleyici DNA ögelerini tespit etmeyi amaçlıyorum.

Meme kanseri gibi katı tümörlerin, tümör ömrü boyunca

optimal olmayan metabolik koşullarla başa çıkmak için

gen kopya sayısı değişikliklerini tercih ettiği biliniyor. Meme

kanserinin başlaması ve ilerlemesi için oldukça önemli olmakla

birlikte, kromozomal kazanç/kayıp sonucu gen ekspresyonunun

deregülasyonu detaylı olarak araştırılmamış. Elde ettiğim

deneyimlerden faydalanarak bir kromozom segmenti CRISPR

ile hedef alınacak ve fonksiyonel genetik taramalar yapılacak.

Böylelikle kanserin ilerlemesinde, metastazda ve muhtemelen

tedaviye dirençte anahtar rol oynayan gen ve düzenleyici DNA

ögelerinin belirlenmesini hedefliyorum. Projenin bir diğer çıktısı

olarak antikanser tedavilerinin daha iyi öngörücü biyolojik

belirteçlerinin tanımlanması mümkün.

118


Ece Öztürk, PhD

TÜBİTAK 2232-Uluslararası Lider Araştırmacılar Programı tarafından desteklenen projemizde, küçük hücreli olmayan akciğer

kanserinde tumorigenez ve patolojik ilerleyiş mekanizmalarını incelemek üzere fizyolojik olarak anlamlı, üç boyutlu tümör

modelleri oluşturmayı hedefliyoruz. Mikroçevrenin tümörijenik hücre sinyalleşmesi üzerindeki öneminin yakın zamanda kabul

edilmesi, doku mühendisliği, moleküler biyoloji ve tıp bilimlerini birleştiren disiplinlerarası yaklaşımlara çok önemli bir ihtiyaç

olduğunu gösteriyor. Yaklaşımımızın kilit noktası, anormal tümör doku yapısını taklit etmek için mekanik özellikler, biyokimyasal

içerik, interstisyel basınç, bozunabilirlik gibi çok sayıda mikroçevresel yönün bağımsız ve esnek modülasyonunu sağlamak ve

bu doku özelliklerinin patolojik olayları nasıl etkilediğine dair kapsamlı bir araştırma yürütmektir. Bu mikroçevresel bakış açısıyla,

akciğer tümör oluşumu, anjiyogenez, metastaz ve ilaç direnci mekanizmalarını inceleyeceğiz. Çalışmalarımız, bu akciğer

tümör modellerindeki tümör hücresi sinyalleşme mekanizmalarının yanı sıra, tümör-stroma ve hücre-matriks etkileşimlerine

de odaklanacaktır. Koç Üniversitesi Göğüs Cerrahisi Anabilim Dalı ile iş birliği içinde, hasta heterojenliğini ve ilaç direnci

mekanizmalarını güvenilir bir şekilde gözlemlemek ve incelemek için hastaya özgü tümör modelleri oluşturmak amacıyla

hastalardan alınmış akciğer tümör hücreleriyle de çalışılacak. Bu modeller hassas tıp yaklaşımı gözetilerek, hasta tümörlerinin

etkin bir şekilde taklit edilmesini, güvenilir bir ilaç test etme platformu olarak kullanılmasını ve gelecekte etkili tedavi rejimlerinin

hastaya özgü şekillerde oluşturulabilmesini hedefleyecektir. Daha sonra mühendislik yaklaşımlarımızı, akciğer kanserinin

farklı alt türlerinin yanı sıra, diğer tümör türlerine (pankreas, beyin, meme, yumurtalık gibi) klinik iş birlikleriyle genişletmeyi

planlıyoruz. Metastaz çalışmamız doğrultusunda, tümörlerin (intravazasyondan ekstravazasyona) çoklu doku kültürü sistemleri

içinde sağlıklı hedef dokularla etkileşimini incelemek için modeller oluşturmayı amaçlıyoruz. Bu yaklaşımlarla, mikroçevrenin

tümör hücrelerinin metastatik hedefleme mekanizmalarındaki etkisini incelemenin yanı sıra, tedavilerin karmaşık ve ilerlemiş

bir hastalık modeli üzerinde test edilebileceği çoklu doku sistemleri oluşturmayı öngörüyoruz. Mikroçevrenin tümörlerin

bağışıklık durumunun (sıcak ve soğuk tümörler) yanı sıra, bağışıklık hücrelerinin tümör hücreleriyle etkileşiminin (bağışıklıktan

kaçış mekanizmaları) belirlenmesindeki rolünü de araştırmayı planlıyoruz. Bu yaklaşımlarla immüno-onkoloji çalışmaları için

temel oluşturacak tümör modelleri oluşturacağız.


2232 İLE DESTEKLENEN PROJELER

Nathalie Escande-Beillard, PhD

“Nadir tanı konulmamış hastalıklar”, dünya çapında multidisipliner araştırmalar için önemli bir odak

noktasıdır. Günümüz dizileme teknolojisinin o kadar gelişmiştir ki artık tarihte daha önce hiç olmadığı kadar

hızlı bir şekilde daha fazla insanda hastalığa neden olan geni keşfedebileceğimiz bir zamandayız. Yine

de birçok çok nadir görülen bozukluğun genetik temeli iyi bir şekilde tanımlanmamıştır. Prenatal genetik,

nadir bozukluklar ve gelişmiş sekanslama teknolojisi üzerine tanınmış klinik deneyimiyle Koç Üniversitesi

Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Bölümü ve KUTTAM hastalığa neden olan mutasyonları hızlı bir şekilde çözmek

için ideal bir ortamdır. Temelde teknik bilgi transferine dayanan bu projenin amacı, Koç Medikal Genetik

Departmanı yeteneklerini aşağıdakiler yoluyla genişletmektir:

1. Mevcut biyobankayı, fonksiyonel doğrulama ve Türkiye’deki akademik araştırmacılar için bir materyal

kaynağı olması için diğer nadir hastaların hücreleriyle (fibroblastlar, keratinositler ve iPSC hücreleri gibi)

büyütmek.

2. Spesifik fenotipi potansiyel olarak hastalığa neden olan bir genle ilişkilendirmek ve yeni bağlanları

bulmak için fonksiyonel çalışmalar yapmak. (Zebra Balığı Laboratuvarı’nda hayvan modellemesi

geliştirilecek, in-vitro tahlil paneli, biyobanktan alınan hasta hücreleriyle gerçekleştirilecek.)

3. Potansiyel ilaç hedeflerinin veya tanısal belirteçlerin tanımlanması için hastalığa neden olan proteinprotein

etkileşimlerinin tanımlanması. (Proteomik haritalama, APEX yakınlık etiketleme tekniği ve kütle

spektrometresi gibi güçlü teknikler kullanılarak yapılacak.)

Bu “yetim hastalıklar” araştırma programı sadece nadir hastalığı olan hastalar ve aileleri için faydalı

olmayacak, aynı zamanda günümüz Türkiye’deki doktora öğrencilerinin yetişmesine de katkı sağlayacak.

Ayrıca insanlarda hastalığa neden olan genlerin tanımlanması ve onaylanmasının, Türkiye’deki ilaç

endüstrisini ve yaygın hastalıklara yönelik potansiyel uygulamalarıyla ilaç keşfi ilgisini artıracağını tahmin

ediyoruz.

120


Savaş Taşoğlu, PhD

Tüm primer beyin tümörlerinin ve merkezi sinir sistemi tümörlerinin yüzde 28’ini, kötü huylu tümörlerin ise yüzde

80’inini beyindeki destek dokulardan kaynaklanan glioma’lar oluşturuyor. Bu kanserleri etkili bir şekilde tedavi etme

becerimiz, hastalık hakkındaki bilgimiz ve yeni tedavileri doğru modeller üzerinde test edebilme becerimizle sınırlıdır.

Mevcut biyolojik araştırma yöntemleri, hayvan testlerine ve iki boyutlu doku kültürlerine dayanıyor ancak insan

dokusunun fizyolojik olarak doğru modellerini sağlamada başarısız oluyor. Bu ise biyomedikal araştırmaları ilerletmek

için uygun ve fizyolojik olarak ilgili doku modellerine zorunlu bir gereksinimin olduğunu gösteriyor. Mikroakışkanlar

ve hidrojeller bünyesinde yapılan hücre kapsülleme uygulamasındaki ilerlemeler, bu ihtiyaçları karşılamaya çalışırken

önemli adımlar attı. Fakat bu teknolojileri fizyolojik olarak ilgili doku modellerinin mühendisliğinde kullanma potansiyeli

ise henüz tam olarak anlaşılamadı. Bu öneride, mikroakışkan kanallardan akışa maruz kalabilen üç boyutlu (3D)

mikro-desenli hücresel yapılara sahip bir mikroakışkan cihaz kullanarak kanser biyolojisi araştırması yer alıyor. Bu

mikrofizyolojik platform; mikroakışkanlardan, 3D yapılar içinde hücre kapsüllemesinden ve farklı hücre türlerinin

mikro-ölçekli modellemesinden faydalanıyor. Bu çalışma, gliomanın fizyolojik koşullarını doğru bir biçimde taklit eden

uzamsal örüntülü bir ortak-kültür mikroçevresi sağlayacak. Geliştirilen modeli kullanarak hücresel gliomagenezi, glioma

hücre göçünü ve anjiyogenezi anlamayı ve önerilen uygunluk düzeyini göstermek için ilaç duyarlılığını test etmeyi

hedefliyoruz.


KUTTAM, yarattığı ekosistemle Koç

Üniversitesi’nde araştırma kültüründe

bir (d)evrime yol açtı.

Dört yıl gibi kısa bir süre içinde çok

aktörlü ve çok disiplinli çalışmaların

başarılı şekilde yürütülebilmesi için

eşsiz bir ortam sağladığını ispat eden

KUTTAM, yarattığı ekosistemle Koç


bir (d)evrime yol açtı. Olağanüstü bir

çaba ile yaratılan bu ekosistem, biyomedikal

alanda temel araştırmalardan

başlayarak interdisipliner yaklaşımın, ortaya

çıkarılacak inovatif ürünlerin gerek

sanayi-üniversite iş birliği temelinde

gerekse devlet kamu kurum kuruluşları

ve yatırımcılar tarafından desteklendiği

bir çevrim sürecini hayata geçirdi.

KUTTAM altyapısı kullanılarak yürütülen

uluslararası ve ulusal kaynaklardan

fonlanmış çok sayıda proje bulunuyor.

KUTTAM ekibinin dört yıl içinde aldığı

araştırma ve altyapı fonlarının toplam

büyüklüğü ise 120 milyon TL’nin

üzerindedir. Proje isimleri ve detayları

gizlilik ilkesi nedeniyle tam liste olarak

paylaşılmamaktadır.

SEED hakkında

Dış kaynaklı fonların yanı sıra, Koç

Üniversitesi Tohumlama Araştırma

Fonu (SEED) kapsamında desteklenen

çok sayıda proje mevcuttur. Bu

fon; yenilikçi, başlangıç aşamasındaki

araştırma fikirlerini desteklemek üzere

tasarlanmış olup tüm disiplinlere açıktır.

Bu program bilimsel gelişim ve yeniliğe

olanak sağlamak için esasen yaratıcılığı,

özgür düşünmeyi ve merak ederek

araştırmayı destekleyen bir programdır.

Program, Araştırma ve Geliştirmeden

Sorumlu Rektör Yardımcılığı Ofisi

tarafından yönetiliyor. Programın temel

hedefi özgür düşünen ve kavramsal

sınırlamaları olmayan projeleri teşvik

etmek; bu sayede evrensel bilime ve

Türkiye’deki bilimsel gelişime katkıda

bulunmaktır.

122


30

70.000.000

61.295.298,13

25

23

24

60.000.000

50.000.000

20

16

40.000.000

15

30.000.000

10

7

9

15.747.326,00

6

8

23.710.888,00

8

6

20.000.000

5

0

1

4.146.623,00

464.035,00

3

3

1.625.052,84

1

1

9.806.037,00

1.477.064,80

10.000.000

0

2017

2018 2019 2020

ULUSLARARASI PROJE SAYISI ULUSAL PROJE SAYISI SEED PROJE SAYISI SANAYI PROJE SAYISI

ULUSAL

SEED

ULUSLARARASI

KUTTAM’da yürütülüp uluslararası ve ulusal kaynaklardan

fonlanan projelerden bazıları

• Diyabet Hastalarına Yönelik Girişimsel Olmayan Sürekli Glikoz

Ölçümü İçin Giyilebilir Sistem Geliştirilmesi

• Yüksek Dereceli Merkezi Sinir Sistemi Tümörü Hastalarında

Tümör Doku Kesitlerinde ve Serumda Meydana Gelen Moleküler

Değişikliklerin SERS (Surface Enhanced Raman Spectroscopy)

ile Belirlenmesi ve Hastalığın Tanısında Kullanılmasının

Gösterilmesi

• Kuantum Nokta Temelli Subretinal Implant ile Retinal Distrofide

Gömme Yetisinin Geri Kazanılması

• Korneal in Vivo Konfokal Mikroskopi Görüntülerinin Analizi İçin

Yapay Zeka Algoritmalarının Geliştirilmesi

• Çocuk ve Yenidoğan Hastalara Özel, Ameliyat Öncesi Bilgisayar

Destekli Kalp Damar Cerrahisi Biyomekanik Planlama ve

Yama Kondüit Tasarım

• Protez için Entegre Elektronik Cilt

• COVID-19 Tanı Kiti Geliştirme Projesi


TÜBİTAK 2247-A

Ulusal Lider Araştırmacılar Programı

TÜBİTAK Bilim İnsanı Destek

Programları Başkanlığı

tarafından yürütülen program

kapsamında bilimin ve

teknolojinin her alanında

Türkiye açısından çığır açıcı

nitelikte gelişmeler sağlamaya

yönelik hedefler içeren,

alanında önemli boşlukları

giderme ve araştırmacılara

yeni bir bakış açısı kazandırma

fırsatı sunan, önemli bir

keşif ve/veya buluş yapma

potansiyeli olan projelere ve

bu projeleri gerçekleştirecek

olan, yurt içindeki bilim

insanlarına destek verilmesi

hedefleniyor.

124


2020 yılında araştırmacılarımızdan Hakan Ürey, Serkan

Kır, Özlem Keskin Özkaya, Elif Nur Fırat Karalar ve Kerem

Pekkan’ın projeleri desteklenmeye layık görüldü.

Hakan Ürey

Serkan Kır

Özlem Keskin Özkaya

Elif Nur Fırat Karalar

Kerem Pekkan


TÜBİTAK STAR PROGRAMI

GELECEĞİN YILDIZLARI KUTTAM’DA!

Lisans öğrencilerinin öğrenimlerinin yanı sıra, bilimsel araştırma projelerinde

görev almaları ve yaratıcılık, mühendislik, problem çözme ve entelektüel

becerilerini geliştirmeleri için TÜBİTAK, STAR Stajyer Araştırmacı Programı’nı

hayata geçirdi. Bilim temelli bilgi ve teknoloji üretimi ile milli teknoloji

hamlesine ve bunun için ihtiyaç duyulan nitelikli insan kaynağının

gelişimi süreçlerine katkı sağlamak amacıyla ilk kez yürütülen bu program,

KUTTAM’ın geleceğin bilim yıldızlarına ev sahipliği yapmasına da fırsat

tanıyor. Program kapsamında desteklenen lisans öğrencilerini gelin daha

yakından tanıyalım.

Ahmet Rasim Emirdağı

Elektrik-Elektronik Mühendisliği Bölümü-

Fizik Bölümü 3. Sınıf Öğrencisi

KUTTAM okulda bulunduğum süre boyunca

sürekli duyduğum, çalışmalarını hayranlıkla

takip ettiğim ve dahil olmak istediğim bir

merkezdi. Bir mühendis olarak KUTTAM’da

beni en çok etkileyen nokta, merkezin

disiplinlerarası araştırma ve çalışma ortamıydı.

Geniş bir çerçevede alanında uzman

akademisyenlerle çalışma ve onlardan bir

şeyler öğrenme fırsatına sahip olabilirdim.

Bu hayalimi KUTTAM bünyesindeki Hareket

Analizi Laboratuvarı’nı keşfettiğimde

gerçekleştirebileceğimi fark ettim. STAR

Programı kapsamında laboratuvarda stajyer

araştırmacı olarak nörodejeneratif hastalıklar

ve bu hastalıkların hareket analizleriyle

takibinin sağlanması üzerine çalışma fırsatı

buldum. Veri analizi, veri görselleştirme gibi

alanlarda kendimi geliştirme fırsatı bulmanın

yanı sıra, iyi bir araştırmacı olmak için

kendime mükemmel bir fırsat oluşturuyorum.

Batu Özlüşen

Tıp Fakültesi 3. Sınıf Öğrencisi

Koç Üniversitesi Tıp Fakültesi’ndeki ilk yılımda Doç. Dr. Tamer

Önder’in KUTTAM’daki Kök Hücre Laboratuvarı’nda lise

yıllarından beri üzerine yoğunlaşmanın hayalini kurduğum

araştırma konularını ve teknikleri gözlemleme şansım

oldu. 1. sınıfın sonunda KUTTAM’da yaptığım iki aylık yaz

stajıyla artık hayalini kurduğum alanlarda deney yapabilir

hale gelmiştim. 2. sınıftan itibaren Doç. Dr. Atay Vural ve

Doç. Dr. Tamer Önder’in “Çocukluk Çağının Amiyotrofik

Lateral Skleroz Hastalığı olan Brown-Vialetto-Van Laere

Sendromunda Hastalık Mekanizmalarının ve Tedavi

Hedeflerinin İncelenmesi” adlı ortak projesinde yer alıyorum.

Nörodejeneratif hastalıkların indüklenmiş pluripotent kök

hücre teknolojisiyle modellenmesi konusunda birçok

yeni teknik ve bilgi edindiğim bu proje kapsamında

STAR Programı’na kabul edildim. Araştırmam esnasında

2020 Nobel Kimya Ödülü’ne layık görülen CRISPR/Cas9

teknolojisini kullanarak gen nakavt deneyleri, hücre kültürü

çalışmaları, gen klonlama ve virüs paketleme gibi önemli

deneyler gerçekleştirdim. İyi bir araştırmacı doktor olma

yolunda kendimi geliştirmeye çalışırken KUTTAM’ın öğrencilere

uluslararası standartlarda olan bir araştırma iklimi sağlamasını

çok önemli bir fırsat olarak değerlendiriyorum.

126


Fadime Tokmak

Bilgisayar Mühendisliği 3. Sınıf Öğrencisi

Bilgisayar Mühendisliği Bölümü’nde eğitim aldığım süreçte edindiğim bilgileri insanlara katkısı

en yüksek şekilde nasıl kullanabileceğimi düşünürken mesleğimin sağlık bilimleri alanındaki

uygulamalarıyla tanıştım ve bu alana yönelmeye karar verdim. Hedefim derin öğrenme

yöntemleriyle fizyolojik sinyallerin işlenmesi ve analizi üzerine kendimi geliştirmek ve bu alanda

akademik çalışmalar yapmak. Şu an KUTTAM’da hareket problemleri olan hastaların teşhis ve tedavi

süreçlerinin güçlendirilmesi için hareket sırasında toplanan sinyalleri analiz etmek üzere çalışıyoruz.

Bu proje ilgi duyduğum, çalışmak istediğim alanla ilgili kendimi geliştirmeme, farklı uygulama alanları

görmeme ve tecrübe kazanmama olanak tanıdı. Bu süreçte STAR Programı’ndan destek almak,

hayallerimin ve çabamın desteklenmeye değer olduğunu hissetmek benim için çok onur verici.

Laşin Özbek

Tıp Fakültesi-Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü 2. Sınıf Öğrencisi

Üniversite tercih döneminde Koç Üniversitesi’nin araştırma olanaklarını ve KUTTAM’ı araştırıp tercihimi

bu doğrultuda yapmıştım. Koç Üniversitesi’ne geldiğim günden beri en çok istediğim şeylerden biri

KUTTAM’daki çalışmaları yakından görmekti. KUTTAM’ı ve araştırma dünyasını tanımaya 1. sınıfta

başladım. İlk yılımda kanser, epigenetik, nöroimmünoloji alanlarında yapılan araştırmaları yakından

tanıma fırsatım oldu. Bunun yanında temel moleküler biyoloji teknikleri, akım sitometri gibi ileri

teknikler ve bu tekniklerin veri analizleri hakkında da fikir sahibi oldum. Daha sonra TÜBİTAK’ın stajyer

araştırmacı destekleme programıyla Dr. Atay Vural’ın yürüttüğü “Otoimmün Nörolojik Hastalıklarda

İmmünopathogenezin ve Klinik Özelliklerle İlişkili İmmünolojik Parametrelerin Araştırılması” adlı

projede çalışmaya STAR Programı kapsamında devam ettim. Bu olanaklar, literatürü daha iyi anlamamı

sağlayarak beni nöroloji ve immünoloji alanlarında daha çok okumaya ve araştırmaya teşvik etti.

Numan Batur

Elektrik-Elektronik Mühendisliği Bölümü-Bilgisayar Mühendisliği Bölümü 3. Sınıf Öğrencisi

Koç Üniversitesi’ne geldiğim günden bu yana en büyük hedefim bu kurumda gerçekleşen akademik

çalışmalara katkı sağlamak ve araştırmacı kimliğimi geliştirmek oldu. Tıp ve mühendislik alanlarının

kesişiminin ve tıptaki mühendislik uygulamalarının büyük bir öneme sahip olduğunu ve çok değerli bir

araştırma alanı yarattığını düşünüyorum. Bu bağlamda KUTTAM bünyesinde gerçekleştirilen çalışmalarda

yer almak benim için hem çok büyük bir fırsat hem de çok önemli bir tecrübe oldu. STAR Programı bana

resmi olarak “araştırmacı” sıfatını sağlayan program olduğundan benim için çok kıymetli. Çalışmalarımın

TÜBİTAK tarafından destekleniyor ve ödüllendiriliyor oluşu bana hem motivasyon hem de gurur veriyor.

Ömer Tarık Esengür

Tıp Fakültesi 4. Sınıf Öğrencisi

Lisans eğitimine başladığım günden bu yana akademik araştırma dünyasının bir parçası olmak için

uğraşıyordum. STAR Programı aracılığıyla artık resmen bu dünyanın içinde olmanın büyük sevincini

yaşıyorum. Yalnızca klinik çalışmalarla yetinmeyip laboratuvarlarda da hünerlerini gösterebilen

hekimlerin dünya üzerindeki etkilerinin ne kadar büyük olabileceğinin farkındayım. Bu yüzden

araştırmacı bir klinisyen olmak şu anki en büyük hedefim. Bu hedefe yaklaşırken okulumdan ve

TÜBİTAK’tan böyle bir destek almış olmaktan gurur duyuyorum. STAR Programı’nın gelecek yıllarda

benim gibi, bilimsel araştırmaya ilgi duyan daha çok öğrenciye destek olmasını ve onlara da bu yolda

kılavuz olmasını diliyorum.


128



ÜNİVERSİTE

SANAYİ

İŞ BİRLİĞİ

130


BEYONDCARE® MOBIL EKG TAKIP SISTEMI

Beyondcare® ile giyilebilir sağlık teknolojileri

ve biyosensörler yardımıyla hastaların günlük

hayatlarında kesintisiz ve uzun süreli takip

edilmeleri sağlanırken elde edilen veriler, bulut

üzerinde makine öğrenmesine dayalı akıllı

algoritmalarla analiz edilir ve anlık olarak sağlık

çalışanının erişimine sunulur. Beyondcare®

içinde bulunan EKG, solunum, sıcaklık ve hareket

sensörleriyle elde edilen verilerden kardiyo, fiziksel

durum ve uyku analizleri yapılır. BeyondCare®,

kablosuz ve suya dayanıklı tasarımıyla hastanın

hayatına konfor katarak hafif ve ergonomik

tasarımıyla kullanım kolaylığı sağlar, uzun süreli

takiple sağlık çalışanının teşhis süreçlerini

kolaylaştırır.

KUTTAM’ın sanayi-üniversite iş birliği niteliğindeki

desteğiyle ürünün geliştirme sürecinde analiz

sonucu elde edilen raporlar, KUTTAM hekimlerinin

görüşleri doğrultusunda ihtiyaca göre şekillendirildi.

Koç Üniversitesi Hastanesi Kardiyoloji Servisi’nde

iki protokollü klinik çalışma yürütüldü. Klinik

çalışmalar sonucu sahadan alınan geri bildirimler,

KUTTAM hekimleriyle değerlendirilerek ürünün

kullanılabilirliğini artırmak üzere ürün geliştirme

sürecinde Arçelik İnovasyon ekipleri tarafından girdi

olarak kullanıldı.

Klinik çalışmaya ait makale*, “Journal of

Electrocardiology” dergisinde yayınlandı. KUTTAM

hekimleri Asia Pacific Heart Rhythm Society’nin

uluslararası bir panelinde çalışmayla ilgili “Clinical

Validation of an ECG Smart Patch” konulu

bir sunum gerçekleştirdiler. Koç Üniversitesi

Hastanesi’nde BeyondCare® Mobil EKG Takip

Sistemi’nin entegrasyonu tamamlanarak ürün

kullanıma hazır hale getirildi.

*“The quality of ECG data acquisition, and diagnostic performance of

a novel adhesive patch for ambulatory cardiac rhythm monitoring in

arrhythmia detection”. Karaoğuz MR, Yurtseven E, Aslan G, Deliormanlı

BG, Adıgüzel Ö, Gönen M, Li KM, Yılmaz EN.J Electrocardiol. 2019 Feb

28;54:28-35.

EARSTIM

Earstim cihazı, kulak üzerine verilen ağrısız elektrik uyarılarıyla

Parkinson hastalığının belirli semptomlarını önemli seviyede

azaltıyor. Geliştirilen platform teknolojisi, iki adet uluslararası

patentle korunuyor. Earstim cihazı, Koç Üniversitesi Tıp

Fakültesi ile Elektrik-Elektronik Mühendisliği Bölümlerinde

multidisipliner geliştirme sürecini takiben, KUTTAM desteğiyle

Türkiye’de üç klinik araştırmada kullanıldı. Koç Üniversitesi

Hastanesi, bu çalışmalardaki merkezlerdendir. Cihazın

ticarileştirilmesi amaçlı, mühendislik geliştirmeleri ve klinik

araştırmaları devam ediyor.


ÜNİVERSİTE SANAYİ İŞ BİRLİĞİ

TARABIOS

Tarabios, bir damla kan örneğiyle

pıhtılaşma süresini (PT/ INR değeri) bir

dakikanın altında bir zamanda ve yüksek

hassasiyetle belirleyebiliyor. Geliştirilen

biyosensör teknolojisi, fiber optiğe dayalı

mekanik bir ölçüm sistemidir ve aynı

zamanda başka kan testlerine de olanak veren

ve üç adet uluslararası patentle korunan bir platform

teknolojisidir. Tarabios platformu, elektronik ve optik

sistemlerin bulunduğu cihaz ve tek kulanımlık kartuştan

oluşuyor.

Projenin yürütüldüğü özel laboratuvar alanının

KUTTAM bünyesinde olması, multidisipliner bir ortamda

çalışma imkanı sunarak gerekli tıbbi, biyoteknolojik,

teknik malzeme, test cihazları, prototipleme ve uzman

desteğine kısa sürede ulaşılabilmesini sağladı. Ayrıca Koç

Üniversitesi bünyesinde Mühendislik

Bilimleri yanında Tıp/Biyoteknoloji

Bölümlerinin olması projenin

yürütülmesini hızlandırıyor. Projenin 200

hastayla gerçekleştirilen ön klinik testleri, Koç

Üniversitesi Hastanesi ve Koşuyolu Hastanesi’nde

başarılı bir şekilde tamamlandı. Ticarileşme faaliyetleri

ise devam ediyor.

2019’da AIFD’nin düzenlediği Bio Start-up yarışmasında

birinci seçilen Tarabios, Amerika Birleşik Devletleri’nde

Bio Convention etkinliğine katılma hakkı kazandı.

Koç Holding firmaları arasında yapılan En Başarılı

Koçlular yarışmasında “Yaratıcı Yenilikçiler”

kategorisinde birincilik ödülüne layık görüldü. Mart

2020’de yapılan Bio Türkiye Uluslararası Kongresi’nde de

Start-up Başarı Ödülü aldı.

CRANIBOT MİKROCERRAHİ PLATFORMU

Craniobot, beyin damar sistemi çalışmalarında hassas bir şekilde kranial

pencere açılmasına izin veren bir mikrocerrahi platformdur. Craniobot’un

öncelikle yüzey yükseklik haritası çıkaran ucuyla istenilen bölgenin kafatası

yükseklik haritası hassas bir şekilde çıkarılır. Daha sonra, oluşturulan

profille Craniobot, altta yatan dokulara zarar vermeden kranial pencerenin

açılmasını sağlar. Craniobot ayrıca kafatası inceltme ve küçükten büyüğe

kraniotomi açmak için de kullanılabilir. Craniobot cihazı serbest erişimli

uluslararası bir çalışmaya paralel olarak Optofil A.Ş. tarafından geliştirildi.

Cihazın KUTTAM bünyesindeki laboratuvar testleri devam ediyor. Cihazın

ticarileştirilmesi amaçlı mühendislik geliştirmeleri Optofil A.Ş., klinik testleri

ve deneyleri ise KUTTAM bünyesinde gerçekleştiriliyor. Cihazın son

kullanıcı bir ürün haline getirilmesi için araştırmalar ve çalışmalar sürüyor.

QUANTACELL

QuantaCell, küçük, hızlı, kullanıcı dostu çözümleri ve kullanıcı dostu arayüzüyle

rahatlıkla kullanılabilen bir otomatik hücre sayım cihazıdır. Özgün optik tasarımı

ve görüntü işleme algoritmasıyla hücre konsantrasyonunu, hücre boyut

dağılımını ve canlılık oranını ölçebiliyor. QuantaCell otomatik hücre sayım cihazı,

Optofil A.Ş. tarafından özgün bir ticari ürün olarak geliştirildi. Cihazın hücre

sayım algoritmalarının geliştirilmesi ve klinik testlerinin tamamlanması KUTTAM

laboratuvarlarında gerçekleştiriliyor. QuantaCell 2020 yılında Optofil A.Ş. tarafından

son kullanıcı ürün haline getirildi ve kullanıma sunuldu.

132


ROBOTIK CERRAHI KOL

Geleneksel yöntemlerin yerini alacak teknolojileri

geliştirmek ve beyin ameliyatlarının hassasiyetini

artırmanın odak noktası haline geldiği günümüzde,

KUTTAM çatısı altında üniversite-sanayi iş birliği

kapsamında yürütülen projelerden biri de Robotik

Cerrahi Kol’dur. Robotik Cerrahi Kol, hayati

önem taşıyan beyin ameliyatlarında beynin

derin bölgelerine erişmeyi ve işlem yapmayı

kolaylaştırmayı hedefliyor. Beyin gibi “kusursuz” bir

organa “mükemmel” şekilde yaklaşmayı amaçlayan

Robotik Cerrahi Kol’un piyasadaki az sayıda rakibine

göre eşsiz özelliklere sahip olması için çalışmalar

devam ediyor. Geliştirilen robotik cerrahi sistem,

kendisine yüklenen radyolojik görüntüleri işleyecek,

sahip olduğu sensör ve optik sistemlerle hedeflenen

noktaya yüksek hassasiyette götürecek, ulaşılan

dokunun patolojik olup olmadığını ayırt etmeyi

sağlayacak ve daha da önemlisi arka planda çalışan

yapay zeka ile cerraha en güvenli giriş noktası ve

ilerleyeceği yolu önerecek.

destekli nöroşirurjinin ilerlemesi için büyük fırsat

yaratıyor. Son yıllarda fonksiyonel nöroşirurji alanında

kullanıma giren az sayıda robotik cerrahi kol, robot

yardımlı cerrahilerin sayısında artışa yol açtı.

Robot destekli bir ameliyatın ilk uygulamasının

beyin ve sinir cerrahisinde olmasına rağmen,

günümüzde robotik sistemler diğer tıp alanlarına

kıyasla daha az kullanılıyor. Görüntüleme teknikleri

ve mühendislikteki gelişmeler bilgisayar ve robotik

ÇOK FONKSİYONLU PORTATİF SOLUNUM DESTEK CİHAZI

CPAP, APAP, BiPaP, ASV

operasyonel modlarında

çalışabilen hafif ve taşınabilir

çok fonksiyonlu solunum

destek cihazıdır. Nebulizer

ve nemlendirici sistemlerle

entegre edilebilir. Hastaya özel

otomatik kalibrasyon sistemine

sahiptir. Akut veya kronik

solunum problemlerinde destek

sağlayabilir. Koç Üniversitesi

Üretim ve Otomasyon Araştırma

Merkezi’nde Başarı Teknoloji

Firması için özel olarak geliştirilen

yeni bir sistemdir.


ÜNİVERSİTE SANAYİ İŞ BİRLİĞİ

ARÇELİK SAĞLIK KİOSKU

Arçelik ve KUTTAM tarafından geliştirilen Self Check

in Health Kiosk Yerinde Göz Hastalıkları Takip

Sistemi’nin klinik aşamalara geçiş sürecinde ihtiyaç

duyulan teknik ve kognitif desteğin yanı sıra, etik kurul

süreçleri hakkında da her türlü akademik destek KUTTAM

ekibi tarafından sunuldu. Health Kiosk sistemi bünyesinde

yer alan Diyabetik Retinopati Teşhisinde Karar Destek

Sistemi modülünün teknik altyapısı Tayvan merkezli ITRI

şirketi tarafından sağlandı. Elde edilen verilerin analizi

ve kullanılacak istatistiksel yöntemlerin seçimi, büyük

verinin işlenmesi tamamen KUTTAM araştırmacıları

tarafından yürütüldü. Bunların yanı sıra;

• Ürün geliştirme sürecinde yapılan analizler

sonucunda elde edilen raporlar, karşılıklı bilgi

alışverişinde bulunarak KUTTAM hekimlerinin

geri bildirimleri doğrultusunda ihtiyaca yönelik

şekillendirildi.

• Koç Üniversitesi Hastanesi Göz Hastalıkları

Kliniği’nde Diyabetik Retinopati Teşhisinde Karar

Destek Sistemi modülünün Mayıs-Eylül 2019

arasında 100 hastayla klinik validasyon çalışması

gerçekleştirildi.

• Klinik çalışmalar sonucu sahadan alınan

geri bildirimler KUTTAM hekimleriyle birlikte

değerlendirilerek ürünün kullanılabilirliğini artırmak

üzere ürün geliştirme sürecinde Ar-Ge ekipleri

tarafından girdi olarak kullanıldı.

• Gerçekleştirilen klinik çalışmanın akademik

makalesi (Validation Results of a Deep Learning

Algorithm for Detection of Diabetic Retinopathy

with Lesion Localization from Retinal Fundus

Photographs) iki tarafın verdiği destekle Eylül

2019’de bitirildi ve uluslararası Association for

Research in Vision and Ophthalmology (ARVO)

cemiyetinin Mayıs 2020’de gerçekleştirilmesi

planlanan yıllık toplantısında sunuldu.

• Koç Üniversitesi Hastanesi’nde Diyabetik Retinopati

Teşhisinde Karar Destek Sistemi’nin Health Kiosk

Göz Hastalıkları Takip Sistemi ile entegrasyonu

tamamlanarak ticari olarak sunum için hazır hale

getirildi.

Arçelik ve KUTTAM arasında yürütülen iş birliğiyle;

• Türkiye’de ilk defa şeker hastalıklarına bağlı göz

sorunlarını yerinde tespit edebilen mobil teletıp

entegre yapay zeka tabanlı self check in sağlık

kiosku üretildi.

• Mobil yapay zeka entegre teletıp teknolojilerinin

hasta takibi, kronik hastalıklar, uzaktan hasta bakımı,

sağlık turizmi, yaşlı bakımı uygulamaları ve sağlıklı

yaşam programlarında kullanılabilme potansiyeli

gösterildi.

• Uzaktan Hasta Takip Sistemleri kapsamında

geliştirilmekte olan cihaz ve sensörlerin teşvikinin

önü açıldı.

• Mühendis-hekim iş birliği sonucu oluşturulan akıllı

algoritmalar sayesinde hekimlere karar destek

sistemi sunan öncü bir teknoloji oluşturuldu,

sağlıkla ilgili makine öğrenmesi destekli yapay zeka

algoritmalarının geliştirilmesinin önü açıldı.

134


YÜKSEK ÇÖZÜNÜRLÜKLÜ MIKROENDOSKOP

Dr. Berna Morova’nın yürütücülüğünde Koç Üniversitesi Fizik Bölümü ve KUTTAM ile ortak yürütülen çalışmalarda

gelişmiş aydınlatma teknikleri kullanılarak yüksek çözünürlüklü floresan mikroendoskop geliştiriliyor. Bu

mikroendoskopta kamera önüne monte edilmiş optik sistem ve gelişmiş fiber demetiyle seçici alan aydınlatması

kullanan taşınabilir, yüksek çözünürlüklü hücresel görüntüleme sistemi üzerine çalışılıyor.

IŞIK TABAKASI FLORESANS MIKROSKOPISI

Doç. Dr. Müjdat Zeybel’in

yürütücülüğünde Koç

Üniversitesi Tıp Fakültesi,

Koç Üniversitesi Fizik

Bölümü ve İstanbul

Teknik Üniversitesi

Elektronik ve Haberleşme

Mühendisliği’nden

araştırmacılar ile

KUTTAM bünyesinde

yürütülen çalışmalarda

bir ışık tabakası floresans

mikroskobu geliştirildi

ve bu cihazla CLARITY

tekniği kullanılarak

saydamlaştırılmış biyopsi

örneklerinin çok renkli

floresans görüntülemesi

çalışmaları yürütülüyor.


PATENTLER

136


PATENT

KONUSU

BAŞVURULAN

PATENT OFİSİ

BAŞVURUNUN

DURUMU

Migren Tedavisi için Poloxamer Kaplı Karbenoksolon

İçeren Nanopartiküller

Türkiye

Değerlendirme aşamasında

A Method and Apparatus for Detecting Nanoparticles

and Biological Molecules

ABD


Hidrojel İçeren Mikrofluidik Çiplerde Hücre

Büyümesi, Anjiyogenez

Türkiye


Tarabios

ABD, Avrupa

Patentlidir. Klinik çalışmaları

KUTTAM'da devam ediyor.

Stoparkinson ABD, Avrupa, Japonya Patentlidir.

Beyondcare

ABD, Avrupa

Patentlidir. Klinik araştırmaları

KUTTAM'da tamamlandı.

Microfluidic Thromboelastometry Instrument (PCT/

TR2018/050405)

Türkiye, Avrupa, ABD


Intensive Care Unit Noise Monitor ABD, Avrupa Değerlendirme aşamasında

Automated Urine Monitor ABD, Avrupa Değerlendirme aşamasında

New Magnetorheological Fluid Damper System for

Increasing Stability of Boring Bars (Sponge-type and

Annular)

Anthracene-Functionalized Dual Cross-Linked

Glycan-Based Hydrogel with Reversible Crosslinking

and a Method for Their Preparation

ABD, Avrupa

ABD, Avrupa



Fluoro/(Trifluoromethoxy)-2-Indolinone Derivatives ABD, Avrupa Değerlendirme aşamasında

Uyarılmış Pluripotent Kök Hücreden Farklılaştırılan

Epcam+ Endodermal Progenitor Hücrelerden,

Uzun Süreli ve İşlevsel Hepatik Organoid (Ehepo)

Kültürünün Oluşturulması

Türkiye



ÖDÜLLER

138


KUTTAM’da araştırmacılar, yürüttükleri

projelerden elde edilen bilgilerle yeni

nesil tanı ve tedavi yöntemlerinin

geliştirilmesine imkan sağlıyorlar.


ÖDÜLLER

AFSUN ŞAHIN

• Avrupa Görme

ve Göz Araştırma

Derneği Genç

Araştırmacı

Ödülü, European

Association for

Vision and Eye

Research, 2019

ATAY VURAL

• Georg Forster

Deneyimli

Araştırmacılar

İçin Araştırma

Bursu, Alexander

von Humboldt

Foundation, 2017-

2018

BUSE CEVATEMRE

• Moleküler Kanser

Araştırmaları

Merkezi (MOKAD)

Genç Temel

Kanserler

Araştırmacısı Ödülü,

7. Multidisipliner

Kanser Araştırmaları

ve 1. Temel Onkoloji

Kongresi, 2018

CEYDA AÇILAN

AYHAN

• Bilim Kadınları

Ödülü, L’Oreal, 2018

ELIF NUR FIRAT

KARALAR

• Bilim Ödülü, İzmir

Biyotıp ve Genom

Merkezi (IBG), 2020

• Yılın Bilim İnsanı

Ödülü, Science

Heroes Association,

2019

FILIZ

ŞENBABAOĞLU

• Avrupa Moleküler

Biyoloji

Organizasyonu

(EMBO) Kısa

Dönemli Bursu*,

2018

FUAT BALCI

• Mustafa Parlar

Ödülü, ODTÜ Parlar

Vakfı, 2019

GÜLNIHAL ÖZCAN

• En İyi Sözel

Sunum Ödülü,

7. Multidisipliner

Kanser Araştırmaları

ve 1. Temel Onkoloji

Kongresi, 2018

* Oxford Üniversitesi’nde Prof. Udo Oppermann’ın laboratuvarında üç ay boyunca Beyin Kanseri ve İlaç Direnci

140


HAKAN ÜREY

HALE YAPICI ESER

HASAN BAYRAM

HÜLYA KAYSERILI

• Sedat Simavi Bilim

Ödülü, Sedat Simavi

Vakfı, 2019

• Genç Bilim İnsanları

Ödülü, BAGEP -

Bilim Akademisi,

2020

• Amerikan Toraks

Derneği (ATS)

Bursu, American

Thoracic Society,

2018

• Üstün Araştırma

Ödülü, Koç

Üniversitesi, 2019

İHSAN

SOLAROĞLU

• Başarı Ödülü,

TÜBİTAK, 2020

• Koç Üniversitesi

Rektörlük Özel

Ödülü, Koç

Üniversitesi, 2019

İREM ŞAHIN

• Women in Science,

L’Oreal, 2020

MEHMET CENGIZ

ONBAŞLI

• GEBİP - Üstün Genç

Bilim İnsanları

Ödülü, TÜBA, 2019

MEHMET GÖNEN

• Aziz Sancar Özel

Teşvik Ödülü,

TÜSEB, 2020


Ödülü, BAGEP -

Bilim Akademisi,

2017


ÖDÜLLER

METIN SITTI

• Yılın Atılım Ödülü,

World Science

Submit, 2020

MURAT

HASANREISOĞLU

• Uluslararası Eğitim

Ödülü, American

Academy of

Ophthalmology,

2020

MÜJDAT ZEYBEL

• Üstün Araştırma

Ödülü, Koç

Üniversitesi, 2019

NATHAN LACK


Ödülü, BAGEP -

Bilim Akademisi,

2020

ÖZGÜR BARIŞ

AKAN

• TÜBİTAK Bilim

Ödülü, TÜBİTAK

2020

• ACM NanoCom

Outstanding

Milestone Award,

Association

for Computing

Machinery, 2019

ÖZGÜR ÖKTEM

• TCG Sedat Simavi

Ödülü, Health

Science Ödülü**,

2018

SAVAŞ TAŞOĞLU


Ödülü, BAGEP - Bilim

Akademisi, 2020

• Sedat Simavi Health

Science Ödülü, Türkiye

Gazeteciler Cemiyeti,

2020


Ödülü, Science Heroes

Association, 2019

SEÇIL VURAL


Ödülü, BAGEP - Bilim

Akademisi, 2020

• 10. Türkan Saylan

Bilim Ödülü,

Association

for Supporting

Contemporary Life,

2020

• Women in Science,

L’Oreal, 2019 ve 2020

** Endojen c-Jun N-Terminal Kinaz (JNK) Aktivitesi, Normal ve Kötü Huylu Granüloza Hücreleri Arasındaki Sınırı Belirler

142


SEDA KIZILEL

• Avrupa Görme

ve Göz Araştırma

Derneği Genç

Araştırmacı

Ödülü, European

Association for

Vision and Eye

Research, 2019

SEDAT

NIZAMOĞLU


Ödülü, Science

Heroes Association,

2019

TAMER ÖNDER

• TÜBİTAK Özel Teşvik Ödülü,

TÜBİTAK 2020

• Sabri Ülker Bilim Ödülü, Sabri Ülker

Vakfı, 2019

• Newton Gelişim Bursu***, Tıp

Bilimleri Akademisi, 2016-2019

TARABIOS - Optik

MEMS Laboratuvarı ve

KUTTAM iş birliği ile

geliştirilen Bir Damla

Kandan Hastalık Test

Cihazı, En Başarılı

Koçlular yarışmasında

“Yaratıcı Yenilikçiler”

kategorisinde birincilik

ödülüne layık görüldü

*** Yeniden Programlama ve Uyarılmış Pluripotent Kök Hücre Üretiminde Yeni Epigenetik Kimyasal Probların Keşfi ve Kullanımı


LİSANSÜSTÜ

EĞİTİM

Sağlık hizmetlerinin geleceği, temel bilginin hasta yatağına hızla

ulaşmasını gerektiriyor. Çok iyi eğitilmiş KUTTAM mezunları Türkiye’nin

küresel düzeyde bilgiye dayalı rekabet gücünün artırılmasına katkıda

bulunuyor ve Türkiye’de sağlık endüstrisinin gelişimine ve sürekliliğinin

sağlanmasına hizmet ediyorlar. Yüksek kalitede eğitim ve araştırma

olanaklarını kullanarak eğitimdeki yenilikler ile toplum ve dünya sağlığının

iyileştirilmesi için geleceğin liderlerini yetiştirmeyi amaçlayan KUTTAM

enstitüleri, sağlık alanındaki araştırmalarıyla dünyayı etkileyerek alanında

ulusal lider olmayı hedefliyor. Koç Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü

ve Fen Bilimleri Enstitüsü’nün disiplinlerarası anlayışla yürüttükleri yüksek

lisans programları, uluslararası arenada tanınmış öğretim üyelerinin

danışmanlığında kendisini sağlık bilimleri alanında geliştirmek isteyen

öğrencilere açıktır. KUTTAM, yüksek eğitim kalitesine sahip yüksek lisans

öğrencilerine çığır açıcı araştırma olanakları sağlayan, her türlü altyapı ve

teknik desteği veren çok önemli bir ekosistemdir.

144


FEN BILIMLERI ENSTITÜSÜ (GSSE)

Koç Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, kuruluşundan bu yana hızlı bir büyüme göstermiş olup alanında dünya

çapında ün yapmış ve ödüllü birçok öğretim görevlisiyle çalışmalarına devam ediyor. Enstitü, Nanomalzeme,

Biyoteknoloji, Biyoenformatik, Sürdürülebilir Enerji, Sistem Mühendisliği ve Sistem Biyolojisi, İlaç Tasarımı,

Sinyal İşleme, Optik, Telekomünikasyon, Elektromanyetik, Nanoteknoloji, Robotik, Mekatronik, Biyomekanik,

Fotonik, Kuantum Fiziği, Kombinatorik ve Çizge Kuramı, Topoloji gibi geniş uygulama alanlarına sahip

konularda araştırmalarına devam ediyor. Fen Bilimleri Enstitüsü, günümüzün teknolojik ve bilimsel ihtiyaçlarını

göz önünde bulundurarak giderek büyüyen akademik yelpazesiyle eğitime hizmet vermeyi hedefliyor. 2001

yılında öğrenci almaya başlayan Koç Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü’nde şu anda 17 yüksek lisans ve 14

doktora olmak üzere 31 program bulunuyor.

Mühendislik Lisansüstü Programları

• Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği

• Biyo-Medikal Bilimler ve Mühendislik

• Elektrik ve Elektronik Mühendisliği

• Endüstri Mühendisliği*

• Endüstri Mühendisliği ve İşletme Yönetimi**

• Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik

• Kimya ve Biyoloji Mühendisliği

• Malzeme Bilimi ve Mühendisliği

• Makine Mühendisliği

• Optoelektronik ve Fotonik Mühendisliği*

Fen Lisansüstü Programları

• Biyo-Medikal Bilimler ve Mühendislik

• Fizik

• Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik

• Malzeme Bilimi ve Mühendisliği

• Matematik

• Moleküler Biyoloji ve Genetik

• Optoelektronik ve Fotonik Mühendisliği*

Daha fazla bilgi için: https://gsse.ku.edu.tr/ gsse@ku.edu.tr

*Sadece yüksek lisans programı bulunmaktadır.

**Sadece doktora programı bulunmaktadır.


LİSANSÜSTÜ EĞİTİM

KOÇ ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ (GSHS)

Koç Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, sağlık bilimleri alanında özgün çalışmalar yapmak isteyen

yüksek lisans ve doktora öğrencilerine ve öğretim üyelerine entegrasyon sağlayan bir platform oluşturur.

Laboratuvarlardan klinik uygulamalara yeni, inovatif teknolojilerin ve bilgilerin transferi sağlık alanında

önemli bir gerekliliktir. Bu amaca ulaşmak için MS ve PhD programları önemli bir başlangıç noktasıdır. Koç

Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 5 doktora ve 9 yüksek lisans programı, yüksek eğitim kalitesi ve son teknoloji

laboratuvarlarıyla translasyonel çalışmalara olanak sağlıyor. Enstitü programları, uluslararası arenada tanınmış

öğretim üyelerinin süpervizyonunda kendini sağlık bilimleri alanında geliştirmek isteyen öğrencilere açıktır.

Enstitüden mezun olan yüksek lisans ve doktora öğrencileri, hem sanayide hem de tanınmış üniversitelerde

akademik kadrolarda yer buluyor.

Yüksek Lisans Programları

• Tıbbi Fizyoloji

• Tıbbi Mikrobiyoloji

• İmmünoloji (Tezli ve Tezsiz)

• Nörobilim

• Hücresel ve Moleküler Tıp

• Üreme Biyolojisi

• Küresel Sağlık (Tezli ve Tezsiz)

• Hemşirelik

• Yoğun Bakım Hemşireliği

Doktora Programları

• Nörobilim

• Hücresel ve Moleküler Tıp

• İmmünoloji

• Üreme Tıbbı

• Hemşirelik

Daha fazla bilgi için: https://gshs.ku.edu.tr/ gshs@ku.edu.tr

146


PhD/MSc ÖĞRENCİLERİ

İsim Soyisim Bölüm Derece

AHMET HOŞER Hücresel ve Moleküler Tıp Yüksek Lisans

ALİ CENK AKSU Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

ALİCAN KUŞOĞLU Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

ALİHAN ERDAĞI Nörobilim Doktora

ANIL ŞAFAK KAÇAR Nörobilim Doktora

ARDA ODABAŞ Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora

ATA BERK DEMİR Nörobilim Doktora

AYÇA ŞAHİN Nörobilim Yüksek Lisans

AYLİN SEREN GÜLLER Üreme Biyolojisi Yüksek Lisans

AYSU BİLGE GÖKYÜZÜ Nörobilim Doktora

AYŞE SERAY GÜZEL Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

AYŞENUR OKAN Nörobilim Yüksek Lisans

BAHAR HASANUSTA Nörobilim Doktora

BARIŞ SERGİ Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

BATUHAN MERT KALKAN Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

BENGÜL ÇETİN Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora

BERFİN IRMAK TORUN Biyomedikal Bilimler ve Mühendislik Yüksek Lisans

BERNA ÖZER Hücresel ve Moleküler Tıp Yüksek Lisans

BETİLAY TOPKARA Nörobilim Doktora

BETÜL ERSOY Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

BRUNILDA MEZANI Üreme Tıbbı Doktora

BUĞRAHAN GÜLTEKİN Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

BUKET YİĞİT Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

BURGE ULUKAN Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

BÜŞRA BAYIRBAŞI Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans

BÜŞRA İZGİ Nörobilim Doktora

BÜŞRA KÖSE Nörobilim Doktora

BÜŞRA YILDIRIM Hücresel ve Moleküler Tıp Yüksek Lisans

CANAN BAYRAKTAR Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

CANDAN YASEMİN EREN Nörobilim Doktora

CANSEL VATANSEVER Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

CANSU EĞİTİMCİ İmmunoloji Tezsiz Yüksek Lisans

CEMRE AKŞAHİN Nörobilim Doktora

CEMRE UÇARYILMAZ Hücresel ve Moleküler Tıp Yüksek Lisans

CEREN SULTAN YILDIZ Üreme Biyolojisi Yüksek Lisans

CEYDA NUR ALTINTIŞIK Nörobilim Yüksek Lisans

CEYDA ÖZLER Nörobilim Yüksek Lisans


PHD/MSC ÖĞRENCİLERİ


DEMET KUL Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

DENİZ ALTUNSU Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

DENİZ MORTAZAVİ Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

DENİZ ÖZEN Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

DEREN DEMİREL Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

DİLA ATAK Nörobilim Doktora

DİLARA AYDEMİR Nörobilim Doktora

DOĞANCAN ÖZTURAN Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora

DUYGU AYDEMİR Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

DUYGU YAZICI Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

EBRU YILMAZ Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

ECE ÇEPNİ Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

ECE İLTÜMÜR Üreme Tıbbı Doktora

ECEM AYVAZ Nörobilim Doktora

EDA KUŞAN Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

ELİF BAYRAKTAR Nörobilim Doktora

ELİF KANSIZ Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

ELİF MERVE AYDIN Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

ELİF YAPICI Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans

ERDOST YILDIZ Nörobilim Doktora

ESRA ÖZKAN Nörobilim Doktora

EVRİM GÖKSEL Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

EZGİ KURT Hücresel ve Moleküler Tıp Yüksek Lisans

EZGİ YAĞMUR KALA Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

FARINAZ NAZMI İmmunoloji Doktora

FATMA ÖZ Biyomedikal Bilimler ve Mühendislik Yüksek Lisans

FERZAN BETÜL BERBER Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans

FRANCESKO HELA Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

FRANCIS K. COOPER Tıbbi Mikrobiyoloji Yüksek Lisans

GAMZE TURAN Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

GENÇER GENÇ Nörobilim Doktora

GHAZAL NARIMANFAR Hücresel ve Moleküler Tıp Yüksek Lisans

GİZEM BABUÇÇU Tıbbi Mikrobiyoloji Yüksek Lisans

GİZEM NUR ŞAHİN Üreme Tıbbı Doktora

GİZEM SÖYLER Üreme Tıbbı Doktora

GÖKÇE GÖKMENOĞLU Nörobilim Yüksek Lisans

GÖKTUĞ AKYOLDAŞ Nörobilim Doktora

GÖKTUĞ KARABIYIK Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

GÜL EYİKUDAMACI İmmunoloji Doktora

GÜLBEN GÜRHAN Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

GÜLİN ÖZCAN Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

148



GÜLSÜM DENİZ Nörobilim Yüksek Lisans

GÜLŞAH ŞİMŞİR Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans

HADI RAJABI Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

HANDE ÖZKAN Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

HANDE SÜER Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

HİLAL DİLŞAD ARABACI Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora

HİLAL TAŞKIRAN Hücresel ve Moleküler Tıp Yüksek Lisans

HÜLYA TORUN Biyomedikal Bilimler ve Mühendislik Yüksek Lisans

HÜMEYRA NUR KALELİ Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

İPEK BULUT Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

İREM AKBULAK Nörobilim Yüksek Lisans

İREM YENİDOĞAN İmmunoloji Tezsiz Yüksek Lisans

JALE BORAL Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

JANEETA RACHEL THOMAS Üreme Tıbbı Doktora

JAWAD BADRAN Tıbbi Mikrobiyoloji Yüksek Lisans

JUDİ KESIBİ Nörobilim Yüksek Lisans

KARDELEN AKAR Nörobilim Yüksek Lisans

KARDELEN YANGIN Biyomedikal Bilimler ve Mühendislik Doktora

KAYHAN YAKIN Üreme Tıbbı Doktora

KENAN SEVİNÇ Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora

MARWAN AHMAD NASHABAT Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

MEHMET YUNUS ÇOMAR Üreme Biyolojisi Yüksek Lisans

MERVE GÖZEL Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

MERVE KAYIŞ Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

MİNA MAMIPOUR Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

MOHAMMAD MOHAMMADI ARIA Biyomedikal Bilimler ve Mühendislik Doktora

MOHAMMADREZA YOUSEFI Nörobilim Doktora

MORTEZA HEIDARZADEH Nörobilim Doktora

MUHAMMET MUSTAFA ÖZTÜRK Nörobilim Yüksek Lisans

NAREG PINARBAŞI Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

NARGES SHOMALIZADEH Nörobilim Doktora

NAZ UZUNALİOĞLU Hücresel ve Moleküler Tıp Yüksek Lisans

NAZAN AKKAYA Nörobilim Doktora

NESLİHAN ÇİLEK Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

NİL KIRIŞÇIOĞLU İmmunoloji Yüksek Lisans

NİLHAN TORLAK Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

NUR KONYALILAR Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

NURİYE SOLCAN Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans

ORHAN AĞCAOĞLU Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

ÖZEN LEYLEK Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

ÖZGÜR CAN EREN İmmunoloji Doktora


PHD/MSC ÖĞRENCİLERİ


ÖZGÜR ÖZTOP ÇAKMAK Nörobilim Doktora

ÖZLEM YEDİER Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora

PELİN KOCDOR Nörobilim Doktora

PIRIL HİLAL SARAÇOĞLU Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

RAMİZ DEMİR Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

ROJBİN EL İmmunoloji Yüksek Lisans

SABA KHOSHBAKHT Hücresel ve Moleküler Tıp Yüksek Lisans

SAHRA ARAS Hücresel ve Moleküler Tıp Yüksek Lisans

SANEM COŞKUN DUMAN Nörobilim Doktora

SEÇİL VURAL İmmunoloji Doktora

SELİN SELVİ Nörobilim Doktora

SEMİH ARBATLI Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

SENA ÖZKAN Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

SERCAN GÜLOĞLU Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

SETENAY GUPSE ÖZCAN Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

SEVAL KÜBRA KORKUNÇ İmmunoloji Yüksek Lisans

SEVGİ ÖZTÜRK Tıbbi Mikrobiyoloji Yüksek Lisans

SEVGİ SARICA Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

SEVGİ YUSUFOĞLU Üreme Tıbbı Doktora

SILA TURGUT Hücresel ve Moleküler Tıp Yüksek Lisans

SINA MOJTAHEDI Biyomedikal Bilimler ve Mühendislik Doktora

SİNEM ERKAN Hücresel ve Moleküler Tıp Yüksek Lisans

SÜMEYRA SAĞLAM Nörobilim Yüksek Lisans

ŞEYMA TEKGÜL Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans

TANSU DORAN Nörobilim Doktora

TEVRİZ DİLAN DEMİR Hücresel ve Moleküler Tıp Doktora

TUĞÇE GÜL Nörobilim Doktora

UFUK CAN SOLMAZ Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans

UĞUR AKCAN Nörobilim Doktora

YAĞMUR ERGÜN Üreme Biyolojisi Yüksek Lisans

YASEMİN KUVVET Nörobilim Yüksek Lisans

YELİZ ÇELİK Nörobilim Doktora

ZAKHIRIDDIN KHOJAKULOV Nörobilim Doktora

ZEYNEP ECE KULOĞLU İmmunoloji Yüksek Lisans

ZEYNEP GÜLÇE TALAY İmmunoloji Doktora

150


MEZUNLAR

İsim Soyisim

Program

Mezuniyet

Yılı

Danışman

Güncel Pozisyonu

GAMZE BİLDİK Üreme Biyolojisi 2016 Özgür Öktem

NİDA KARAHAN Üreme Biyolojisi 2018 Serçin Karahüseyinoğlu

MD Anderson Cancer Center, Doktora

Sonrası Araştırmacı

University of Wisconsin Madison,

Doktora Sonrası Araştırmacı

YAĞMUR ÇETİN TAŞ Nörobilim 2018 Yasemin Gürsoy Özdemir Doktora Sonrası Araştırmacı

KÜBRA SARI Üreme Biyolojisi 2019 Serçin Karahüseyinoğlu

Sağlık Bilimleri Üniversitesi, Histoloji-

Embriyoloji, Doktora Sonrası

Araştırmacı

AHMET CİNGÖZ Hücresel ve Moleküler Tıp 2019 Tuğba Bağcı-Önder KUTTAM, Doktora Sonrası Araştırmacı

EZGİ ÖZYERLİ Hücresel ve Moleküler Tıp 2019 Tuğba Bağcı-Önder KUTTAM, Doktora Sonrası Araştırmacı

MÜGE ATIŞ Hücresel ve Moleküler Tıp 2019 Mehmet Kaya

Montreal Üniversitesi, Doktora Sonrası

Araştırmacı

NAZLI ATAÇ Hücresel ve Moleküler Tıp 2019 Füsun Can KUTTAM, Doktora Sonrası Araştırmacı

FİLİZ ŞENBABAOĞLU Hücresel ve Moleküler Tıp 2019 Tuğba Bağcı-Önder

Oxford Üniversitesi, Doktora Sonrası

Araştırmacı

MERVE ÖZGÜR Nörobilim PHD 2019 Safiye Çavdar İzmir Ekonomi Üniversitesi, Dr. Öğr. Üyesi

EMİNE ŞEKERDAĞ Nörobilim PHD 2019 Yasemin Gürsoy Özdemir KUTTAM, Doktora Sonrası Araştırmacı

FİDAN ŞEKER Hücresel ve Moleküler Tıp 2020 Tuğba Bağcı-Önder KUTTAM, Doktora Sonrası Araştırmacı

ALİŞAN KAYABÖLEN Hücresel ve Moleküler Tıp 2020 Tuğba Bağcı-Önder KUTTAM, Doktora Sonrası Araştırmacı

ÖZGÜR ALBAYRAK Hücresel ve Moleküler Tıp 2020 Füsun Can KUTTAM, Doktora Sonrası Araştırmacı

CEREN ŞEREF Hücresel ve Moleküler Tıp 2020 Nathan Lack Helsinki Ziyaretçi Araştırmacı

YAĞMUR ERGÜN Üreme Biyolojisi 2020 Serçin Karahüseyinoğlu

Yale Üniversitesi, Doktora Sonrası

Araştırmacı


GÖRÜŞLER

DIŞ KULLANICILARDAN

KUTTAM kullanıcı grubu, Koç

Üniversitesi öğretim üyeleri,

lisans ve lisans öğrencileri ve

diğer üniversitelerden, araştırma

merkezlerinden ve şirketlerden

araştırmacılar dahil olmak üzere

geniş bir yelpazeye yayılıyor.

Gelişmiş ekipman kullanımına izin

verilmeden önce tüm kullanıcıların

eğitilmiş olmaları gerekiyor.

Aletlerin kullanımında eğitim,

yardım ve ilgili teknik prosedürler,

randevuyla ve planlanan hizmet içi

eğitim oturumlarında veriliyor. Koç

Üniversitesi kullanıcıları, kullanıcı

bilgileri tanımlandıktan sonra

“labagenda” takvimiyle rezervasyon

yapabiliyorlar.

152


Prof. Dr. Bünyamin Akgül

İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

2019 yılında KUTTAM Omiks Laboratuvarı’ndan aldığımız hizmetlerden çok memnun

olduğumuzu belirtmek isterim. Yaşamış olduğumuz teknik sorunlarla ilgili değişik

platformlardaki yaklaşım, yönlendirme ve bilgilendirmeler oldukça memnuniyet

vericiydi. Bu deneyimler ışığında KUTTAM’la çalışmaya devam etmeyi düşünüyoruz.

Prof. Dr. Şermin Genç

Dokuz Eylül Üniversitesi

Biz periferik serum/plazma örneklerinden elde ettiğimiz ekzozomlardan

immunfiksasyon yöntemi ile nöron derive ekzozomları ayırıyoruz. Koç Üniversitesi’nde

hizmet aldığımız TÜBİTAK projesinde esas amaçlarımızdan biri kontrol ve Alzheimer

hastalarının nöron derive ekzozomlarının proteom profilini karşılaştırmaktı. Protein

miktarı çok az örneklerden proteom analizi yapıp yapamayacağımız konusunda

endişeliydik. Koç Üniversitesi’nde önce sınırlı sayıda örnekle ön deneme yaptık.

Proteom analizinin kantitatif yapılabildiğini ve Alzheimer hastalarının nöron derive

ekzozomlarında protein miktarlarının kantitatif olarak kontrollerden farklı olduğunu

gördük. Proteomik sonuçlarımızı hemoglobin ELISA ile daha geniş bir hasta grubunda

çalıştık. Başvurduğumuz andan itibaren Koç Üniversitesi Proteomik Birimi’nin

çalışmamızı destekleyici yaklaşımı bizi oldukça memnun etti. Çalışma sonuçlarını da

pek çok merkezden daha hızlı elde ettik.

Dr. Öğretim Üyesi Yavuz Oktay

İzmir Biyotıp ve Genom Merkezi

Öncelikle hizmet alımı süreci boyunca gösterilen yakın ilgi için KUTTAM’a çok

teşekkür etmek isterim. Bilimsel danışma aşamasından örneklerin gönderilmesi,

işlenmesi ve sonuçların raporlanması aşamasına kadar her uğrakta sağlanan destek

bizim için oldukça değerliydi. Analizlerin hızlı biçimde tamamlanması ve sonuçların

en kısa sürede elimize ulaştırılması bizi daha da memnun etti.


Asiye Karakullukçu

Aksense Start-up

“Hastane Enfeksiyonları için Erken ve Hızlı Tanı Sistemlerinin Geliştirilmesi” başlıklı projemiz için laboratuvar

altyapısı ve bilimsel destek sunan KUTTAM, gerek altyapı desteğiyle gerekse nitelikli insan kaynağıyla

yenilikçi sağlık çözümleri geliştirmek için Türkiye’nin en ideal araştırma merkezlerinden biridir. Türkiye

Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu (TÜBİTAK) tarafından desteklenen ve TÜBİTAK-1507 KOBİ Ar-

Ge Başlangıç Destek Programı tarafından finanse edilen projemiz için gerekli olan protein saflaştırma ve

karakterizasyon testlerini KUTTAM’ın sağladığı altyapı ve bilimsel destek sayesinde gerçekleştiriyoruz.

Prof. Dr. Alper Okyar


KUTTAM’ın özellikle fiziki koşullarının hayvan refahı açısından

yeterli olduğunu düşünüyorum. En önemli husus bence budur.

Yurt dışından nakavt deney hayvanı getirilmesi, üretimi ve bakımı

hususunda da gerektiği gibi hizmet aldık ve almaya devam ediyoruz.

Yöneticiler ve çalışanlar yetkinliğe sahip. Bunun dışında deney

hayvanı tedariki ve gerçekleştirilen işlemler hakkında da yeterli

ölçüde bilgilendirme yapıldığını belirtmek isterim.

Dr. Canan Uğur Yılmaz

Uppsala Üniversitesi

Deney Hayvanları Laboratuvarı’nda çalıştığım süre boyunca alanında uzman ve pratik

becerileriyle desteklerini esirgemeyen laboratuvar çalışanları ile laboratuvarın sağladığı

altyapı sayesinde araştırmamı en uygun şartlarda sürdürdüm. Hem araştırmacılara

sunduğu olabilecek en üst düzeydeki üretim imkanı hem de bu olanakların

sürdürülebilirliği için oluşturulan düzenle KUTTAM Deney Hayvanları Laboratuvarı

Türkiye için büyük bir kazanım. Güvenlikten temin edilen hizmete dek her aşamanın

son derece profesyonelce yürütüldüğü laboratuvar, in vivo bilimsel araştırmaların

yürütülmesinde son derece kıymetli bir birim.

154


Prof. Dr. Siyami Karahan

Kırıkkale Üniversitesi

Öncelikle KUTTAM’ı yetiştirdiği nude (çıplak) farelerin sağlık, mikrobiyolojik

ve genetik kalitesi için tebrik ediyor ve teşekkürlerimi sunuyorum.

Hayvanların gönderim organizasyonu açısından da hiçbir sıkıntı

yaşanmaması bizi ayrıca memnun etti. Ülkemizde böylesi bir hizmeti

sunabilecek bir kurumun olması oldukça mutluluk verici. Bu tür ikinci bir

alımda ilk tercihimiz KUTTAM olacaktır. Ayrıca bazı teknik sorunlarımıza

getirilen pratik ve akılcı yaklaşımdan dolayı da teşekkür ederiz.

Sena Nomak

RS Research

Türkiye’de geliştirilen bir ilaç adayının insanlar üzerindeki

etkilerinin denenmesi konusunda Sağlık Bakanlığı’ndan

şimdiye kadar verilen ilk onayı alan RS Research, klinik

çalışmalara çok yakında başlamaya hazırlanıyor. Bu

aşamaya kadar ülkemizde getirilmiş bir ilaç adayına dair

yapılan ilk Faz-1 çalışmasını verimli bir şekilde yürütmeye ve

tüm paydaşlarımızın gelecekte yapılacak çalışmalara yönelik

bilgi birikimi kazandığı bir iş birlikteliği modeli yaratmaya

büyük önem veriyoruz. KUTTAM, bu yaklaşımımızda en

büyük destekçimiz ve çözüm ortağımız oldu. Bağlantıların

parçalardan daha büyük önem taşıdığı, aktörleri değişse

de iş birlikteliği modeliyle sürdürülebilir ve her bileşeni için

kazanç sağlayan yol haritalarının çizildiği bir ekosistemi

tasarlarken KUTTAM gibi uyumlu bir ortağı yanımızda

bulmak bize hız kazandırıyor. Güçlü altyapısı, uzman ekibi,

sonuç odaklı ve yenilikçilik anlayışını benimsemiş iş modeli

ile KUTTAM, eminiz ki Türkiye’de daha nice ilklere imza atan

bilim insanlarına destek ve güven sağlayacaktır.


GÖRÜŞLER

MEZUNLARDAN

Yağmur Ergün

Mezun

2018 yılında Koç Üniversitesi Üreme Biyolojisi Yüksek Lisans programına başvururken,

alacağım iyi eğitimin yanında, KUTTAM gibi eşsiz imkanlara sahip bir laboratuvarda

çalışacağımı hiç düşünmemiştim. Laboratuvara girip deney yapmaya başladığım ilk anlardan

itibaren bilimsel araştırmalarımız için sağlanmış olan tüm olanakların fazlalığı karşısında

oldukça şaşırdığımı söylemeliyim. Mezun olup aralarından ayrılmış olsam da KUTTAM’ın bir

parçası olduğum için çok mutluyum.

Filiz Şenbabaoğlu

Mezun

Müge Atış

Mezun

Koç Üniversitesi Hücresel ve Moleküler Tıp doktora programından Doç. Dr.

Tuğba Bağcı-Önder danışmanlığında 2019 yılında mezun oldum. Şu anda

Oxford Üniversitesi’nde kanserde ilaç direnci alanında doktora sonrası araştırmacı

olarak çalışıyorum. Doktora sırasında edindiğim araştırma tecrübelerinin ve

değerli öğretim üyelerinden aldığım danışmanlıkların kariyerimde ilerlememe

yardımcı olduğunu düşünüyorum. Koç Üniversitesi’nde geçirdiğim süre boyunca

çalışmalarımı dünya çapında çeşitli konferanslarda sunma şansı da buldum.

Ayrıca Oxford’a gerçekleştirdiğim üç aylık araştırma ziyaretini EMBO kısa süreli

bursiyeri olarak tamamladım. Oxford’ta doktora sonrası araştırmacı olarak her gün

kullandığım becerileri bana kazandıran KUTTAM’ın seçkin araştırma tesislerine ve

olağanüstü öğretim üyelerine minnettarım.

Doktora sonrası araştırmacı olarak Kuzey Amerika’nın en büyük çocuk hastanesindeki

araştırma merkezinde çalışıyorum. Koç Üniversitesi’nde altı yıl eğitim almış ve

doktora çalışmalarını da KUTTAM’da 3,5 yılda tamamlamış biri olarak KUTTAM’ın

yüksek etki faktörlü yayınları bulunan diğer üniversite ve araştırma merkezleriyle

rahatça yarışabileceğini söyleyebilirim. Bunun en önemli sebepleri en son teknoloji

ürünlerinin KUTTAM’a kazandırılması ve kurumun sahip olduğu sağlam akademik

kadrodur. Diğer yandan doktora ve yüksek lisans öğrencilerine sağlanan maddi ve

sosyal destek KUTTAM’da bilimsel ortamın sağlıklı bir şekilde ilerlemesine büyük katkı

sunuyor. İstanbul gibi kozmopolit bir şehirde biz bilim insanlarına huzurlu, güvenli ve

dünya standartlarında bilimsel bir ortam sağlayan KUTTAM’ın daha nice başarılara imza

atacağına eminim.

156


Nida Karahan

Mezun

Koç Üniversitesi Üreme Biyolojisi yüksek lisans programında geçirdiğim iki yıl, akademik kariyerimin en

önemli dönüm noktalarından biri oldu. Üniversitenin desteğiyle çalışmalarımı uluslararası toplantılarda

sunma şansını elde ederek tecrübe ve vizyon kazandım. Aldığım eğitimin kalitesi uluslararası standartlarda

olduğu için ABD’de kariyerime devam etme fırsatım oldu. Şu anda Wisconsin-Madison Üniversitesi’nde

sinirbilim alanında araştırma uzmanı olarak çalışıyorum. Akademik kariyerime Koç Üniversitesi’nde

başladığım için gurur duyuyorum ve devam eden destekleri için tüm Sağlık Bilimleri Enstitüsü’ne teşekkür

ediyorum.

İÇ KULLANICILARDAN

İrem Yenidoğan

Tıpta Uzmanlık Öğrencisi

Kayhan Yakın

Doktora Öğrencisi

KUTTAM, yaratıcılıkla geleceğin inşa edildiği bir merkez. Rutin tedavileri vermenin

yeterli olmadığının hep daha iyisini yapmanız gerektiğini size hatırlatan, motivasyon

kaybına izin vermeyen bir araştırma merkezi. Koç Üniversitesi Hastanesi’nin ilk asistan

ekibine dahil bir hekim olarak, üniversitenin ayrıcalığını bana hissettiren fiziksel olarak

hastanenin merkezinde, tabiri caizse kalbinde, yer alan dördüncü katı çok seviyorum.

KUTTAM’ı Türkiye’de bilimin merkez üssü olarak tanımlamak isterim. KUTTAM, 46 yaşındayken, uzun ve yoğun

bir kariyer sonrası doktora yapmaya karar veren bir klinisyene, bilim üretmenin hazzını, “clinical scientist”

olmanın keyfini yaşatan, zihninde algılarında yepyeni pencereler açan, “yurt dışında yapılıyor ama Türkiye’de

olmaz, yapılamaz” klişesini yerle bir eden bir merkez. KUTTAM’da çalışma deneyimini yaşadığım için kendimi

çok şanslı görüyorum.

Muhammed Yüksel


KUTTAM, alanında deneyimli ekiplerin yer aldığı, kurulu düzeni ve birinci sınıf

teknolojisiyle bana ve diğer araştırmacılara mevcut, ele alınmamış bilmeceler ile ilgili

çok boyutlu araştırma imkanı sağlıyor. Disiplinlerarası eğitimi teşvik ederek ufkumuzu

daha da genişleten yaklaşımı sayesinde kendimi araştırma alanında daha da güçlenmiş

hissediyorum.


Noushin Zibandeh


Multidisipliner araştırmaların gücüne inandığım için “Temel bilimler ile mühendislik bilimlerini birleştiren

çalışmaları nasıl yaparız?” sorusuna daha çok odaklandım. KUTTAM bana, farklı alanlarda çalışan akıl hocalarım

ve çalışma arkadaşlarımla bilgi alışverişinde bulunabildiğim, demokrat ve özgür bir çalışma ortamı sunuyor.

Ayrıca bünyesindeki üstün teknolojik donanıma sahip ekipmanlar sayesinde özgün çalışma modelleri

oluşturarak projelerimi gerçekleştirebilmemi sağlıyor.

Buse Cevatemre


Doktora sonrası araştırmalarımı devam ettirmek üzere KUTTAM bünyesinde

çalışmayı istememin sebebi, alanında yetkin ve dünya çapında araştırmacıları

bir araya toplayan bir merkez olmasıdır. Etki değeri yüksek araştırmaların,

disiplinlerarası çalışmalar sayesinde gerçekleştiğini benimseyen temel bilim

ve klinik araştırmacılarıyla takım halinde çalışarak kanser tedavisi için yenilikçi

çözümler geliştirmeye çalışmak beni heyecanlandırıyor.

Ahmet Cingöz


Koç Üniversitesi Hücresel ve Moleküler Tıp doktora programından mezun oldum. Doktora

çalışmalarımı KUTTAM laboratuvarlarında yapmak benim için büyük bir şanstı. Geniş cihaz ve

malzeme ağının yanı sıra, KUTTAM’ın sunduğu en önemli avantajlardan biri de bünyesinde

alanlarında deneyimli öğretim üyeleri ve araştırmacıları barındırması. Doktora öğrenimim sırasında

bu tecrübelerden yararlanma olanağı da buldum. Bunlara ilaveten Harvard gibi dünyanın önde

gelen üniversiteleriyle ortak çalışmalar yürütme ve belirli süreler boyunca bu üniversitelerde

bulunma şansını da yakaladım. Çalışmalarımı KUTTAM’da doktora sonrası araştırmacı olarak

sürdürüyorum.

İlknur Sur


Türkiye’de kaliteli bir şekilde çalışmasını yürüten KUTTAM gibi bir merkezin

geçen zaman içinde altyapısını geliştirmeye çalışması çok önemlidir.

Akademik ve bilimsel yolda en güzel şekilde ilerlememiz için bize her daim

ışık olan, en güzel yol haritasını bizlere sunan değerli akademisyenlerin de

KUTTAM’da olması çok kıymetli. Bilim benim için “ateşten denizleri mumdan

kayıklarla geçmek” gibi bir vazgeçilmez bağlılık oldu ise, KUTTAM bu

vazgeçilmezimi devam ettirdiğim yerdir.

158


Elanur Yılmaz


Sahip olduğu altyapısıyla KUTTAM, yıllar önce hayalini kurduğum alanda

hem akademik hem de idari yönden güçlü bir ekibin parçası olarak çağı

takip eden araştırmalar yapabilmeme olanak sağlayan, yeni projeler

üretmemi motive eden ve en önemlisi bilimsel heyecanımı sürekli artıran

yenilikçi ve dinamik bir merkezdir. Bilim, bizimle olsun.

Nazlı Ataç

Doktora Öğrencisi

Yüksek lisans ve doktora derecemi Koç Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü’nden aldıktan

sonra, kimya kökenli lisans eğitimimi sağlık bilimleriyle birleştirebileceğim bir çalışma alanı

yarattığı için Koç Üniversitesi’ne minnettarım. Ekim 2019’dan beri Koç Üniversitesi bünyesinde

Prof. Dr. Füsun Can’ın ekibinde doktor araştırma görevlisi olarak araştırmalarıma devam

ediyorum. İlgi alanım antibiyotik direnci olmakla beraber bursiyer olarak çalıştığım TÜBİTAK

projesi, üriner enfeksiyonların tedavisi için hedefe yönelik taşıyıcı bir ilaç sistemi geliştirmeyi

amaçlıyor. Araştırma imkanlarının ne denli geniş çapta olduğunu ve Koç Üniversitesi’nin dünya

çapındaki bağlantılarını da düşündüğümde Koç Üniversitesi ailesinin bir parçası olmaktan

mutluluk duyuyorum.

Dila Atak

Doktora Öğrencisi

Doktora araştırmalarıma başladığım günden beri KUTTAM’ın

araştırmacılarına sağladığı en gelişmiş teknolojilere sahip laboratuvar

altyapılarını kullanabilmenin ayrıcalığını hissediyorum. Bilimin geleneksel,

düşünsel ve pratik sınırlarını kolaylıkla ve hızla aşmamıza imkan sağlayan

KUTTAM’ın, hastalıkların tanı, izlem ve tedavi süreçlerine katkı sağlayacak

nitelikte bilgiler üretme ve bunları klinik pratiğe aktarma konusunda

gösterdiği başarıyla örnek olduğuna inanıyorum.


ETKİNLİKLER

Uluslararası Beyin

ve Sinir Cerrahisi

Kursu

Güneydoğu Beyin ve Sinir Cerrahisi

Topluluğu’nun (SeENS) dört ayrı

ülkede gerçekleştirmeyi planladığı

“Sinir Cerrahisinin İpek Yolu” başlıklı

uluslararası sinir cerrahisi eğitim

serisinin ilk ayağı Türkiye’de KUTTAM,

Koç Üniversitesi Tıp Fakültesi ve

Türk Nöroşirürji Derneği iş birliğiyle

düzenlendi. 18-20 Ağustos 2017’de

Koç Üniversitesi ve İstanbul Kongre

Merkezi’nde gerçekleştirilen

Uluslararası Beyin ve Sinir Cerrahisi

Kursu’na Prof. Dr. Tarik Tihan ve Prof.

Dr. Kim Burchiel onur konuğu olarak

katılım gösterdi. Dünyanın farklı

bölgelerindeki genç bilim insanlarının

yan yana gelmesini sağlayarak

bilimsel bilgilerin paylaşılacağı ve yeni

ortaklıkların geliştirilebileceği zeminler

yaratmanın amaçlandığı kursa 43

ülkeden 110’u aşkın araştırmacı katıldı.

İlaçta İnovasyon ve

Ar-Ge Etkinliği

Koç Üniversitesi Sağlık Bilimleri

Enstitüsü İnovasyon Toplantıları’nın

ilki “İlaçta İnovasyon ve Ar-Ge:

Ülkemizdeki Durum” başlığıyla 3 Ekim

2017’de Koç Üniversitesi Hastanesi

ArtLab Salonu’nda düzenlendi. Açılış

konuşmasını Prof. Dr. Yasemin Gürsoy

Özdemir’in gerçekleştirdiği etkinliğe

Prof. Dr. Levent Öner “İlaçta Patent

ve İnovasyon İlişkisi: Türkiye’de İlaç

Araştırma ve Geliştirme Çalışmaları”

başlıklı konuşmasıyla, Prof. Dr. Rana

Sanyal ise “Türkiye’de Yeni İlaç Yapılır

mı?” başlıklı konuşmasıyla katıldı.

Etkinlik, Araştırmacı İlaç Firmaları

Derneği’nin araştırmacı ve sanayi iş

birliğine odaklanan konuşmasıyla sona

erdi.

2. Deneysel

Sinirbilim

Yöntemleri

Kursu

İstanbul Üniversitesi Aziz

Sancar Deneysel Tıp Araştırma

Enstitüsü Sinirbilim Anabilim

Dalı tarafından düzenlenen

2. Deneysel Sinirbilim

Yöntemleri Kursu 13 Şubat-16

Mart 2018 tarihlerinde

gerçekleştirildi. KUTTAM’ın

desteğiyle düzenlenen

eğitimin sinirbilimle ilgilenen

araştırmacıların gelişimlerini

desteklemesi amaçlandı.

160


1. Uluslararası

Koç Üniversitesi

Kardiyovasküler

Araştırmalar

Sempozyumu

1. Uluslararası Koç Üniversitesi

Kardiyovasküler Araştırmalar

Sempozyumu “Biodegradable

Materials and Stem Cells in

Cardiac Surgery” başlığıyla 18

Mayıs 2018’de Sevgi Gönül Kültür

Merkezi’nde düzenlendi. KUTTAM,

Koç Üniversitesi Tıp Fakültesi

ve Koç Üniversitesi Mühendislik

Fakültesi ortaklığıyla hayata

geçirilen sempozyumun açılış

konuşmasını Koç Üniversitesi

Rektörü Prof. Dr. Umran S. İnan

gerçekleştirdi.

Frontiers in

Reproduction and

Stem Cells Kursu

Frontiers in Reproduction and

Stem Cells Kursu, Koç Üniversitesi

Tıp Fakültesi, Uluslararası Hücre

Araştırmaları Organizasyonu, Üreme

Sağlığı ve İnfertilite Derneği (TSRM)

ve KUTTAM ortaklığıyla 11-17 Kasım

2018 tarihlerinde düzenlendi. Kursta

genç araştırmacılara reprodüktif biyoloji

alanındaki temel ve ileri seviyedeki

laboratuvar teknikleri aktarıldı. Teorik

sunumlara ilaveten program kapsamında

katılımcılar, eğitimciler tarafından

hazırlanan danışmanlık oturumlarına da

katıldı. Sunumların kamuya açık olarak

gerçekleştirildiği derse 16 araştırmacı kabul

edildi. Koç Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde

gerçekleştirilen dersin direktörlüğünü Prof.

Dr. Barış Ata, Dr. Denny Sakkas, Dr. Gerald

Schatten ve Dr. Emre Seli yaptı.

Kimyasal

Epigenetik Mini

Sempozyumu

Newton Destek Programı Kimyasal

Epigenetik Mini Sempozyumu

28-29 Mart 2019’da KUTTAM’da

gerçekleştirildi. Etkinliğin ilk üç

oturumunda Prof. Udo Opperman,

Doç. Dr. Tamer Önder, Prof. Akane

Kawamura, Doç. Dr. Nathan Lack,

Dr. Adam Cribbs ve Doç. Dr.

Tuğba Bağcı-Önder sunumlarını

gerçekleştirdiler. İki gün süren mini

sempozyumun ikinci bölümünde

Dr. Martin Philpott, Dr. Hilal Saraç,

Kenan Sevinç, Dr. Tom McAllister ve

Filiz Şenbabaoğlu araştırma konuları

hakkında konuşmalar yaptı.


KOÇ ÜNİVERSİTESİ HAYVAN DENEYLERİ YEREL ETİK KURULU

3R İlkesi ve Etik

Son Başvuru Tarihi 20 Ağustos 2019

Sertifika Türü A Kategorisinde araştırmacılar için

fare ve sıçan türlerinde geçerlidir.

Kimler Katılabilir En az lisans öğrencisi seviyesinde

araştırmacılar

Kontenjan

30 kişi

Katılım Ücreti Kurum içi: 900 TL

Kurum dışı: 1100 TL

Kampüste konaklama ayrıca ücrete tabidir.

Ders Saati

Teorik 10 saat (CITI)** ve 30 saat

Uygulama: 35 saat

Toplam: 75 saat

İletişim/Kayıt

Konaklama

Deney Modelleri

HADYEK Sekreteryası

Tel: +90 212 338 1176

E-posta: hadyek@ku.edu.tr

Alternatif Yöntemler

Uygulama Yolları

Hayvan Refahı

*Bu program, T.C. Tarım ve Orman Bakanlığı, Doğa Koruma ve Milli Parklar

Genel Müdürlüğünün, 2019/3 sayılı «Deney Hayvanları Kullanım Sertifikası

Eğitim Programına Dair Genelge» sine uygun olarak hazırlanmıştır.

**Koç Üniversitesi, ABD’de Miami Üniversitesinde yerleşik Uluslararası CITI

(Collaborative Institutional Training Initiative) programına üyedir.

5 th Suna Kıraç Conference on Neurodegeneration - Istanbul

ORGANIZERS: Robert H. Brown Jr, Jeffrey D. Macklis and A. Nazlı Başak

SPEAKERS

William W. Seeley, M.D.

University of California, San Francisco

Junying Yuan, Ph.D.

UCSF Neurodegenerative Disease Brain Bank

Harvard Medical School

UCSF Memory and Aging Center

Department of Cell Biology

Jeemen Sreedharan, M.D., Ph.D.

Michael Coleman, Ph.D.

King's College London

University of Cambridge

Department of Basic and Clinical Neuroscience

Babraham Institute

Özgün Uyan, Ph.D. Student

Aaron DiAntonio, M.D., Ph.D.

UMass Medical School

Washington University, School of Medicine

Department of Neurology

Department of Developmental Biology

Daniel Jarosz, Ph.D.

Lukas J. Neukomm, Ph.D.

Stanford University

University of Lausanne

Stanford Cancer Institute and ChEM-H

Department of Fundamental Neurosciences Chemical and Systems Biology and

Developmental Biology

Alexandra Catherine Byrne, Ph.D.


Daryl A. Bosco, Ph.D.

Department of Neurobiology


Department of Neurology

A. Nazlı Başak, Ph.D.

Koç University, School of Medicine

Christopher Henderson, Ph.D.

Molecular Biology and Genetics

Biogen

Suna and Inan Kıraç Foundation, KUTTAM-NDAL VP, Neuromuscular and Movement Disorders

Research and Early Development

Tayfun Özçelik, M.D., Ph.D.

Bilkent University

Don W. Cleveland, Ph.D.

Department of Molecular Biology and Genetics University of California, San Diego

Head, Laboratory of Cell Biology

Jeffrey D. Macklis, M.D., Ph.D.

Ludwig Institute for Cancer Research

Harvard University Medical School

Department of Cellular and Molecular Biology

Center for Brain Science

Department of Stem Cell and Regenerative Biology Robert H. Brown, Jr., M.D., D.Phil.


Gregory A. Petsko, D. Phil.

Head, Department of Neurology

Harvard University Medical School and

Brigham & Women’s Hospital

Kevin Eggan, Ph.D.

Ann Romney Center for Neurologic Diseases Harvard Medical School

Cornell University

Department of Stem Cell and Regenerative Biology

Adjunct Professor of Biomedical Engineering The Stanley Center for Psychiatric Research

Broad Institute of MIT and Harvard

ETKİNLİKLER

BİLİMSEL ETKİLEŞİMLİ

VII. Deney

Hayvanları Kullanım

Sertifika Programı*

SELECTIVE CELLULAR VULNERABILITIES IN ALS

AND RELEVANT THERAPEUTIC MODIFICATION

OF GENE EXPRESSION

November 7 th - 9 th , 2019, Pera Museum

2-8 Eylül 2019

Koç Üniversitesi

Rumelifeneri Kampüsü

www.skcon.org

Astra-Zeneca

İş Birliği

Konferansı

22 Mayıs 2019’da KUTTAM ve

Koç Üniversitesi ev sahipliğinde

Astra-Zeneca İş Birliği

Konferansı düzenlendi. Etkinliğe

Dr. Hitesh Sanganee ve Dr. Pınar

Akçakaya konuşmacı olarak

katıldı. Astra-Zeneca şirketinin

Gelişmekte Olan Yenilikler,

Bilimsel İş Birlikleri ve Ortaklıklar

Direktörü Dr. Sanganee

“Transforming AstraZeneca’s

R&D Productivity: Truth-seeking

Curiosity and Scientific Rigor”

başlıklı bir sunum gerçekleştirdi.

Astra-Zeneca şirketinde Kıdemli

Araştırmacı Bilim İnsanı olarak

çalışmalarını sürdüren Dr.

Akçakaya ise etkinlikte “Career

Journey that Brings Success in

Science” başlıklı bir konuşma

yaptı.

7. Deney Hayvanları

Kullanım Sertifika

Programı

7. Deney Hayvanları Kullanım

Sertifika Programı, Koç

Üniversitesi Hayvan Deneyleri

Yerel Etik Kurulu’nun (HADYEK)

yürütücülüğünde, KUTTAM ve Koç

Üniversitesi ortaklığıyla 2-8 Eylül

2019 tarihlerinde gerçekleştirildi.

Sertifika programına katılanlar

ilk olarak Koç Üniversitesi’nin

üye olduğu ve Miami Üniversitesi

tarafından koordine edilen CITI

(Collaborative Institutional Training

Initiative) programına katılarak eğitim

aldılar. Ulusal mevzuatın gerektirdiği

ancak CITI programının kapsamadığı

konular ise ayrı bir oturumda işlendi.

Teorik dersleri takiben 35 saatlik

uygulamalı eğitimi de tamamlayan

katılımcılar sertifika almaya hak

kazandı. Hayvan refahı, alternatif

yöntemler ve deney modelleri

başlıklarının ağırlıklı olarak ele alındığı

programa 30 araştırmacı katıldı.

5. Suna Kıraç

Nörodejenerasyon

Konferansı

5. Suna Kıraç Nörodejenerasyon

Konferansı “Selective Cellular

Vulnerabilities in ALS and Relevant

Therapeutic Modification of

Gene Expression” başlığıyla 7-9

Kasım 2019’da Pera Müzesi’nde

gerçekleştirildi. Nörodejenerasyon

Araştırma Laboratuvarı (NDAL),

KUTTAM, Koç Üniversitesi ve Suna

ve İnan Kıraç Vakfı ortaklığıyla;

Robert H. Brown Jr, Jeffrey D.

Macklis ve A. Nazlı Başak’ın

düzenleyiciliğinde gerçekleştirilen

konferansa yurt içi ve yurt dışından

pek çok araştırmacı sunumlarıyla

katkıda bulundu.

162


6. Biyomalzeme

Günleri

KUTTAM tarafından düzenlenen 6.

Biyomalzeme Günleri 9-10 Aralık

2019 tarihlerinde Sevgi Gönül

Oditoryumu’nda gerçekleştirildi.

Bu yılki teması “Sağlık Alanında

Biyomalzemeler ve Translasyonel

Tıp Uygulamaları” olarak belirlenen

etkinlikte iki gün boyunca

biyomalzeme alanındaki son

gelişmelerin tartışıldı. Etkinliğin

“Türkiye’de Biyomalzeme

Alanında Girişimcilik Paneli”

başlıklı son oturumunda ise

faaliyetlerini biyomalzeme alanında

yoğunlaştıran start-up temsilcileri

söz aldı.

3. Ulusal Proteomik

Kongresi

KUTTAM’ın Türk Proteomik

Derneği’yle yaptığı ortak çalışma

neticesinde 3. Ulusal Proteomik

Kongresi, 27-29 Şubat 2020 tarihleri

arasında Koç Üniversitesi’nde

düzenlendi. Kongrede hücre

biyolojisi ve fonksiyonel

proteomik, yapısal proteomik,

multi-omiks yaklaşımlar, posttranslasyonel

modifikasyon analizi,

biyoinformatik, proteogenomik ve

model organizmalarda proteomik

konularında bildiriler sunuldu.

Kongre katılımcılarına 1. Proteomik

Kursu aracılığıyla teorik ve

uygulamalı eğitim fırsatı da verildi.

Proteomik çalışmaların Türkiye’de

yaygınlaşmasına katkı sağlamak

amacıyla 27 Şubat’ta düzenlenen

kurs kapsamında katılımcılara

proteomik araştırmalar hakkında

detaylı teorik eğitimle birlikte temel

LC-MS/MS uygulamaları, örnek

hazırlığı, veri ve biyoinformatik

analizleri de kapsayan uygulamalı

eğitim sunuldu.

KUTTAM Graduate

Research

Conference

KUTTAM tarafından ilki düzenlenen

KUTTAM Graduate Research

Conference, 19 Aralık 2020’de

çevrim içi olarak gerçekleştirildi.

Açılış konuşmasını Prof. Dr. Metin

Sitti ve Prof. Dr. Mazhar Adlı’nın

yaptığı konferans kapsamında dört

oturum düzenlendi. İlk oturum Prof.

Dr Hakan Ürey moderatörlüğünde

“Bioengineering Approaches” başlığı

altında yapıldı. “Cancer Biology”

başlıklı ikinci oturum Doç. Dr. Ceyda

Açılan Ayhan moderatörlüğünde

gerçekleştirildi. Üçüncü oturum Doç.

Dr. Nurhan Özlü moderatörlüğünde

“Molecular and Cellular Biology”

başlığıyla düzenlendi. Son

oturum ise Prof. Dr. Afsun Şahin

moderatörlüğünde “Diseases and

Clinical Applications” başlığı altında

yapıldı. Oturumların sonunda seçilen

sunum sahiplerine ödülleri verildi.


ETKİNLİKLER

KUTTAM’DAN VENICE VR EXPANDED

2020’YE DESTEK

Koç Üniversitesi KARMA Gerçeklik Laboratuvarı ile ortak düzenlenen ve 2-12 Eylül 2020 tarihleri arasında Soho

House’ta gerçekleştirilen Venice VR Expanded 2020, Venedik Uluslararası Film Festivali çerçevesindeki resmi

yaratıcı VR yarışmasıdır. Portland, Amsterdam, Barselona, Berlin, Kopenhag, Cenevre, Hangzhou, Modena,

Montreal, Moskova, Paris, Taipei ve Venedik’le birlikte İstanbul’un da bu yaratıcı ağın bir parçası olduğu bu

etkinlikte 24 ülkeden 44’ün üzerinde sanatçının Sanal Gerçeklik projeleri izleyiciyle buluşturuldu. KUTTAM,

organizasyona sanal gerçeklik gözlüğü, bilgisayar gibi teknik ekipman, öğrenci desteği ve hijyen koşullarının

en iyi şekilde sağlanması konularında destek verdi. Etkinlik her bir kişi arasında en az 2,5 metre mesafe olacak

ve aynı anda mekanda en fazla 18 kişi bulunacak şekilde tasarlandı. Her cihazın uluslararası standartlara uygun

şekilde temizlendiği etkinlik, KUTTAM tarafından sağlanan denetimciler tarafından kontrol edildi.

164


KOÇ ÜNIVERSITESI ÇOCUK VE ERGEN RUH SAĞLIĞI

EKIBI VE KARMA GERÇEKLIK LABORATUVARI ILE

ORTAK ÇALIŞMALAR

Koç Üniversitesi Çocuk ve Ergen Ruh Sağlığı ekibi KUTTAM bünyesinde Koç Üniversitesi KARMA Gerçeklik

Laboratuvarı ile ortak olarak iki yıldan fazla süredir bilimsel araştırmalar yürütüyor. Bu kapsamda sanal

gerçeklik, artırılmış gerçeklik, biyosensörler ve gelişmiş bilişsel bataryalar gibi yeni ve ölçülebilir teknolojiler

yardımıyla çocukluk çağı psikiyatrik hastalıklarının davranışsal, duygusal, sosyal ve bilişsel özelliklerini daha iyi

anlamak, yeni terapi ve tedavi modaliteleri tasarlamak için araştırmalar gerçekleştiriliyor. Kronik hastalık teşhisi

konan çocuklara ve ebeveynlerine yönelik teknoloji destekli psikoterapi müdahaleleri ve destekler üzerine,

ayrıca erken dönem ebeveyn çocuk etkileşimini iyileştirici deneyim odaklı koruyucu ve önleyici müdahaleler

üzerine araştırmalar yapılıyor.

AKTİF OLARAK

DEVAM EDEN

PROJELER

1. SWIMMING WITH THE DOLPHINS

Rahatlatıcı bir sanal gerçeklik deneyimi sırasında hikaye anlatma

tekniğinin etkilerinin değerlendirilmesi

2. MY HOSPITAL BUDDY

Kronik hastalıkları olan çocuklar için tasarlanmış bir artırılmış gerçeklik

uygulaması

3. FIRST ENCOUNTER

İlk Karşılaşma: Ebeveyn-bebek etkileşimini ve bağlanmasını iyileştirmek

için bir sanal gerçeklik deneyimi

4. EBEVEYN- BEBEK ETKİLEŞİMİNDE SENKRONİ

Ebeveyn-bebek etkileşiminde senkroni: bakış, mimik, hareket ve temas


PANDEMİ VE

KUTTAM

KUTTAM, pandemide

bir yandan

çalışanlarının

refahını ve sağlığını

korumaya çalışırken

tüm enerjisini bu

küresel sorunun

ulusal mücadelesine

katkı sunmaya

yoğunlaştırdı.

• Hızlı bir şekilde COVID-19 sürecinde laboratuvar kullanım

ilkeleri el kitapçığını hazırladı ve Koç Üniversitesi için bir

örnek teşkil etti.

• Ulusal bir araştırma merkezi olma bilinciyle derhal

harekete geçti. RT-PCR testlerinde tecrübesi olan

yüksek lisans ve doktora öğrencileri, TÜSEB’in açtığı

tanı laboratuvarlarında gönüllü olarak çalışma isteklerini

ilettiler. KUTTAM’daki mevcut teknolojinin bir kısmı, Sağlık

Bakanlığı’nın tanı laboratuvarlarında kullanılmak üzere

TÜSEB’e verildi.

• Yapılan tanısal testlere altyapı katkısı sunuldu.

• Üniversite kampüsü ve tüm araştırma laboratuvarlarının

kapanmasına rağmen KUTTAM’da COVID-19 özelinde

araştırma yürüten tüm araştırmacıların laboratuvarlara

güvenli bir şekilde ulaşmaları ve çalışmaları sağlandı.

166


• Web tabanlı bir iş birliği haritası yayımlandı.

Bu sayede COVID-19 özelinde hem klinik hem

translasyonel hem de temel araştırmalar yürüten

araştırmacıların birbirlerinin yürüttüğü araştırmalar

hakkında farkındalığının artırılması ve yeni iş birliği

olanakları sağlandı.

• Geniş bir interdisipliner ekiple Prof. Dr. İhsan

Solaroğlu’nun yürütücülüğünde yazılan tanı kiti

projesi TÜSEB tarafından hızla fonlandı. Halen

klinik validasyonu yürütülen yüksek hassasiyet,

hızlı yanıt süresi ve düşük maliyetli tanı kitinin

yakında tanıtılması planlanıyor.

geliştirilmesiyle ilgili projelerin bazıları devam

ediyor, bazıları ise tamamlandı.

• Evde sağlık hizmeti verebilmek için geliştirilen

cihazların COVID-19 özelinde de kullanılma

potansiyeli önem teşkil etti ve konunun önemi bir

kez daha vurgulanmış oldu.

• BSL3 altyapısı büyük bir fırsat yarattı. ODTÜ ve

Sabancı Üniversitesi iş birliğiyle gerçekleştirilen

proje hedefine ulaşırsa gelecekte karşılaşılacak

yeni enfeksiyonlarda da dört hafta içinde tanı

kitleri üretebilecek yetkinliğe sahip olunacak.

• Yapay zekâ temelli tanı, yayılımı önlemeye ve

bulaş profilinin çıkarılmasına yönelik projeler,

yardımcı cihazlar için örneğin; ECMO cihazı

prototip üretimi ve bunların kanüllerinin


168


ARAŞTIRMA

GRUPLARI


BIYOMEDIKAL

UYGULAMALARA

YÖNELIK

ARAŞTIRMALAR

Hakan Ürey ve Biosensör Proje Ekibi

170


Neler yapıyoruz?

Hakan Ürey ve Araştırma Grubu, KUTTAM bünyesinde

biyomedikal uygulamalara yönelik araştırmalar yapıyor. Ekip

tarafından geliştirilen derinlik taramalı korelasyon interferometrik

mikroskobu etiketsiz olarak biyolojik nano-parçacıkları

algılayabiliyor. Holografik Görüş Simülatörü, katarakt ameliyatları

için translasyonel tıp alanında katma değeri yüksek yerli bir ürün

geliştirilmesine olanak sağlayacak. Tarabios hasta başı ölçüm cihazı

ise bir damla kan örneğiyle kan testleri yapma olanağı sunan

özgün kartuş ve cihaz tasarımıyla ticarileşme yolunda ilerliyor.


BİYOMEDİKAL UYGULAMALARA YÖNELİK ARAŞTIRMALAR

Araştırma odağı

Prof. Dr. Hakan Ürey ve Ekibi, mevcut teknolojilerin çözemediği bazı optik

problemleri çözme hedefi taşıyan çeşitli projeler gerçekleştiriyorlar.

ÖDÜLLER

Prof. Dr. Hakan Ürey,

“Artırılmış Gerçeklik İçin

3 Boyutlu Holografik

Gözlük” adlı çalışmasıyla

Fen Bilimleri alanında

Sedat Simavi Ödülü’ne

layık görüldü.

Tarabios’la

• 2019 AIFD-Bio Start-up Yarışması Birinciliği

• ABD’de Bio Convention etkinliğine katılma hakkı

• En Başarılı Koçlular-Yaratıcı Yenilikçiler Kategorisi Birinciliği

• Bio Türkiye Uluslararası Kongresi Start-up Başarı Ödülü

> Optik düzenek-ortak yollu geniş alanlı interferometrik mikroskop.

Örnek LED kullanılarak aydınlatılmıştır. Nanoparçacıklardan

saçılan ışık ile örnek yüzeyinden yansıyan referans ışık toplanarak

CMOS kamera üzerinde görüntü oluşturulmuştur.

> a) Çeşitli boyuttaki nanoparçacıkların DSC interferometrik görüntüleri (solda)

ve yakınlaştırılmış görüntü (sağda).

b) Aynı bölgenin elektron mikroskobuyla alınan görüntüsü (solda) ve tek bir

parçacığın yakınlaştırılmış görüntüsü (sağda). Aynı parçacık yakınlaştırılmış

DSC görüntüsünde (b-sağda) yeşil çerçeveyle gösterilmiştir.

Avrupa’daki en iyi araştırmacıları ve çığır açıcı projeleri destekleyen Avrupa Araştırma Konseyi (European Research Council/ERC),

Koç Üniversitesi Elektrik ve Elektronik Mühendisliği Bölümü öğretim üyesi ve KUTTAM üyesi olan Prof. Dr. Hakan Ürey’in mevcut

teknolojilerin çözemediği bazı optik problemleri çözme hedefi taşıyan projesini farklı uygulama alanlarında ticarileşme çalışmaları

için üçüncü kez destekleme kararı aldı. ERC tarafından yalnızca ileri düzey araştırmacıların desteklendiği projelere verilen 150 bin

avroluk Proof of Concept (PoC) desteği kapsamında giyilebilir holografik teknolojilerin medikal uygulaması üzerine araştırmalarını

sürdürecek olan Ürey’in “Artırılmış Gerçeklik ve 3 Boyutlu Uygulamalar için Yeni Görüntüleme ve İzleme Teknolojileri” adlı projesi,

2,5 milyon avro ile ERC tarafından desteklenen Türkiye’den ilk mühendislik projesi olmuştu. Prof. Dr. Ürey, daha önce ERC Advanced

fonu almış projelerin başvurduğu ve başarı oranının yüzde 25 gibi sınırlı olduğu bu rekabet seviyesi yüksek ortamda bu desteği

üçüncü kez almaya hak kazanan Avrupa’daki ilk araştırmacı olarak çok ciddi bir başarıya imza atmış oldu.

172


YÜRÜYEN ARAŞTIRMALAR

DERİNLİK TARAMALI KORELASYON

İNTERFEROMETRİK MİKROSKOBU

Virüs, vezikül, protein gibi biyolojik parçacıkların tek

parçacık düzeyinde karakterize edilmesi; kanser gibi

hastalıkların tanısı, tedavi süreçlerinin izlenmesi ve yeni

biyoayraçların keşfedilmesi için oldukça önemlidir.

Biyoayraç etiket kullanımına dayalı yöntemlerde örnek

hazırlama prosedürleri karmaşıktır. Optik Mikrosistemler

Laboratuvarı’nda geliştirilen derinlik taramalı korelasyon

interferometrik mikroskobuyla, etiket ve biyo-ayraç

kullanımına gerek olmadan 30 nm çapındaki dielektrik

parçacıkların görüntüleri, 300 μm x 200 μm’lik geniş

bir görüş alanıyla algılanabiliyor. Geliştirilen teknik, farklı

yüksekliklerde alınan (derinlik tarama) görüntülerin,

akıllı algoritmalarla korelasyonunun hesaplanması

prensibine dayanıyor ve nano boyutlu parçacıkların

tespitinin yanında, boyutlarının da hesaplanmasına

olanak veriyor. Bu çalışmada tümör hücrelerinden

ayrıştırılan eksozomların etiketsiz olarak

görüntülenebildiği gösterilmiştir.

HOLOGRAFİK GÖRÜŞ SİMÜLATÖRÜ

Katarakt ameliyatı için Holografik Görüş Simülatörü

başlıklı projede hastaların ameliyat sonrası

görüşünün nasıl olacağını gösteren bir simülatör

gözlük tasarlanıyor. Holografik ekranlar yardımıyla

hastanın gözbebeğindeki belki milimetrik boyutta

olan sağlam alanlar tespit edilip bu alanlardaki göz

kusurları düzeltilerek bir ışık huzmesi gönderiliyor.

Bu cihaz sayesinde hastalar kendisine sunulan

birçok farklı göz içi lensi opsiyonunu önceden

deneyimleme ve doktorla birlikte değerlendirme

şansına sahip olacak. Prof. Dr. Hakan Ürey’in

laboratuvarında geliştirilen cihazın göz takip

sistemi, yazılım sistemi gibi teknolojik kısımları

tamamlandıktan sonra Koç Üniversitesi Tıp Fakültesi

Göz Hastalıkları Ana Bilim Dalı öğretim üyesi ve

KUTTAM üyesi Prof. Dr. Afsun Şahin ile birlikte klinik

çalışmaları yapılacak. Dünyada en yaygın yapılan

operasyon olan katarakt ameliyatında gerek hasta

gerekse doktor için büyük kolaylık sağlayacak bu

proje, translasyonel tıp alanında katma değeri yüksek

yerli bir ürün geliştirilmesine de olanak sağlayacak.

TARABIOS HASTA BAŞI ÖLÇÜM CİHAZI

Tarabios, Koç Üniversitesi Optik Mikrosistemler

Laboratuvarı’nda Prof. Dr. Hakan Ürey öncülüğünde,

İnventram ve KUTTAM destekleriyle geliştirilen

pıhtılaşma zamanını ölçen hasta başı ölçüm (POC)

cihazıdır. Cihaz bir damla kan örneğiyle pıhtılaşma

süresini (PT/İNR değeri) bir dakikanın altında bir

zamanda ve yüksek hassasiyetle belirleyebiliyor.

Tarabios platformu, elektronik ve optik sistemlerin

bulunduğu cihaz ve tek kullanımlık kartuştan oluşur

ve birçok uluslararası patentle korunmaktadır. Projenin

yürütüldüğü özel laboratuvar alanının KUTTAM

bünyesinde olması nedeniyle multidisipliner bir

ortamda çalışma imkanı elde edilerek gerekli tıbbi,

biyoteknolojik ve teknik malzemeye, test cihazlarına,

prototipleme ve uzman desteğine kısa sürede

ulaşılabiliyor. 200 hastayla ön klinik testleri Koç

Üniversitesi Hastanesi ve Koşuyolu Hastanesi’nde

başarılı bir şekilde tamamlanan projenin ticarileşme

faaliyetleri devam ediyor.


KAN HASTALIKLARIN

TANISINDA TEK DAMLA

KAN FAZLASIYLA YETER

Özlem Yalçın ve Ekibi

174


Neler yapıyoruz?

Bir damla kan bir kişinin sağlığı hakkında çok şey söyleyebilir.

Kalp hastalığı, diyabet, anemi ve pıhtılaşma bozuklukları gibi

birçok hastalığa sadece bir damla kan kullanılarak tanı konulabilir.

Özlem Yalçın ve Araştırma Grubu daha doğru, daha ucuz, sağlık

sorunlarının erken teşhisine imkan veren, insanları tedavi etme

ve hastalıkları önleme konusunda devrim yaratacak projeler

üzerinde çalışıyor. Ayrıca laboratuvarda akıllı telefonlarla çekilen

el resimlerinden derin öğrenme ve makine öğrenme araçlarıyla

anemi teşhisi koyabilen teknolojiler geliştiriliyor.


KAN HASTALIKLARIN TANISINDA TEK DAMLA KAN FAZLASIYLA YETER

Araştırma odağı

Özlem Yalçın ve Araştırma Grubu’nun temel odak alanları arasında hematolojik

tanıda derin öğrenme tekniklerinin uygulanması, hemostatik fonksiyonu hızla

değerlendiren mikroakışkan tabanlı testlerin geliştirilmesi, damar sisteminde

akışkanlar mekaniği, dokularda kan akımının yerel düzenlenmesiyle ilgili

mekanizmalar ve elektriksel olarak uyarılabilir kanser hücrelerinin foto-aktif

polimerler aracılı uzaktan öldürülmesi bulunuyor.

ÖDÜLLER VE FONLAR

Bilim Akademisi

Genç Bilim

İnsanları Ödülü

TÜBİTAK BIDEB

2232 Doktora

Sonrası Yurda

Dönüş Bursu

TÜBİTAK

Araştırma Fonları

(1003, 1001, 3501)

Koç Üniversitesi

Tohumlama Fonu

TÜBİTAK

1512 BIGG

Teknogirişim

Sermayesi

Desteği

İTÜ Arı

Teknokent

Kuluçka ve

Magnet Ödülü

İstanbul Sanayi

Odası Geleceğin

Sanayicisi Büyük

Ödülü

Türkiye Teknoloji

Geliştirme

Vakfı 250K Sağlık

Teknolojilerinde

Müşteri ve İş

Geliştirme Programı

Üstün Başarı Ödülü

Royal Academy

of Engineering

Leaders in

Innovation

Fellowship Birincilik

Ödülü

SON 5 YILDA DESTEKLENEN ARAŞTIRMA PROJELERİ

2015-2018 TÜBİTAK 3501, The role of shear

forces and effective factors in the regulation

of red blood cell deformability

2015-2017 TÜBİTAK 1003, Development of

a portable thromboelastometry device for

evaluating the coagulation pathway

2017-2019 TÜBİTAK 3501, Detection of

diagnostic and prognostic markers in

patients with immune thrombocytopenic

purpura (ITP)

2019-2021 TÜBİTAK 1001, Identification

of diagnostic and prognostic indicators

of hypercoagulability in patients with

pseudoexfoliation syndrome

2019-2020 TÜBİTAK 1512 BIGG (Individual

Young Enterprise) Program, Microtem Global

Coagulation Cascade Analyzer

2019-2023 EU Fast Track Innovation, Smart

POC/ Self-care Blood Type Measurement

Device

2019-2021 EU Cooperation in Science and

Technology-COST action, Network for

Research in Vascular Ageing (VascAgeNet)

CA18216

2020-2023 TÜBİTAK 1001, Photoelectrical

stimulation of voltage-gated ion channels

in cancer cells enables a novel approach in

cancer therapy

2020-2021 TÜBİTAK BIDEB 2209 Research

Project Support Program for Undergraduate

Students, evaluation of sub-hemolytic blood

damage in dialysis patients subjected to

mechanical shear force

2020-2021 TÜBİTAK 1512 BIGG (Individual

Young Enterprise) Program, Development

of disposable cartridges to be designed as

disposable with a portable reading unit for

ABO blood group measurement

176


YÜRÜYEN PROJELER

RBCDEFSS: ERİTROSİT DEFORMABİLİTESİNİN DÜZENLENMESİ

Özlem Yalçın ve ekibi, kanın reolojik özelliklerinin dolaşım sistemi üzerine etkilerini detaylı olarak araştırıyor.

Bu çalışmalarda anemi, polisitemi gibi fizyopatolojik durumların dolaşım sistemi üzerindeki etkileri inceleniyor.

Ekibin uzun vadeli hedefi, dolaşımın yerel düzenlenmesinde etkili olan eritrosit faktörlerinin ve bu faktörlerin yer

aldığı fizyopatolojik tablonun ayrıntılarıyla incelenmesidir. Bu sayede koroner arter hastalığı, damar sertliği, orak

hücre anemisi, inflamatuar bağırsak hastalığı, kardiyak sendrom X, iskemik şok ve doğumsal kalp hastalığı gibi

durumlarda eritrosit kaynaklı sorunların mekanizmaları ortaya konulacak.

MICROTEM: MİKROFLUİDİK TROMBOELASTOMETRE CİHAZI

Bu cihaz aktif kanaması ve kanama bozukluğu olan hastaların üçte birinin hayatta kalma şansını yüzde 100’e

kadar artırabilecek bir teknolojiye sahiptir. Cihaz mikroakışkan tabanlı olup pıhtılaşma yolaklarını çok hızlı bir

şekilde analiz edebiliyor. Bu sayede kanamalı ve kanama bozuklukları olan hastalarda pıhtılaşma yolaklarının

ayrıntılı şekilde değerlendirilmesi ve kanama kaynağının hızla belirlenmesi mümkün olur. Cihazın yaygın kullanımı

kanama ve transfüzyonla ilişkili komplikasyonları en aza indirecek.

E-DEEPSMARTANEMİA: MOBİL ANEMİ TARAMA

Bu projede hedef, hastalara invazif işlem uygulamadan yalnızca akıllı telefonlarda çekilen bir fotoğrafla anemi

risklerini belirlemektir. Projede farklı hasta gruplarından alınan fotoğraf örnekleri geliştirilen algoritmayla analiz

edilebiliyor.

İCTEP: İNOVATİF KANSER TERAPİ STRATEJİLERİ

Kanser tedavisi, ekibin bir başka araştırma konusudur. Bu alanda iki farklı çalışma yürütülüyor: Birinci projede

elektriksel olarak uyarılabilen kanser hücrelerinde hücre ölümünü sağlamak için voltaj kapılı iyon kanallarının

foto-elektriksel stimülasyonu amaçlanıyor. Bu özgün teknoloji, invazifliğinin az olması ve kablosuz uzaktan

tedavi edebilme imkanları olan fotodinamik terapi ve radyoterapinin tüm avantajlarına sahiptir, aynı zamanda

hücre stimülasyonu ve hücre ölüm mekanizmalarının uyarılması için daha az ışık gücüne ihtiyacı vardır. Hücre

ölümünün tetiklenme mekanizması, hücre membranında ışık uyarımı yoluyla elektriksel yüklerin oluşturulmasına

dayanır ve fototermal terapi ya da radyoterapideki gibi kimyasal/enzimatik reaksiyonların veya oksijenin varlığını

gerektirmez.

Hayatımızın her alanına girmiş olan nano teknoloji, kanser tedavisinde hücrelerin kemoterapiye yanıtını artırmak

için de kullanılıyor. Ekip, kemoterapi ajanlarına karşı direnç geliştiren kanser hücrelerinde, nano-taşıyıcı platformlar

üreterek kanser hücrelerinin kemoterapiye cevap vermesini hedefliyor. Bu çalışmada kemoterapi verimliliğini

artırmak için ilaç direncine neden olan hedef proteinlerin belirlenmesi amaçlanıyor.


BIREYSELLEŞTIRILMIŞ TIP:

KIŞI VE HASTALIKLARA ÖZGÜ

PLURIPOTENT KÖK HÜCRE

ÜRETIMI

Tamer Önder ve Ekibi

178


Neler yapıyoruz?

Tamer Önder ve Araştırma Grubu, hücreleri yeniden

programlamanın moleküler mekanizmalarını ortaya

çıkarmak ve uyarılmış pluripotent kök hücre (UPKH)

oluşumunda rol oynayan genleri keşfetmek üzerine

yoğunlaşıyor.

> Kişiye özel

geliştirilmiş

bir uyarılmış

pluripotent kök

hücre kolonisi


BIREYSELLEŞTIRILMIŞ TIP: KIŞI VE HASTALIKLARA ÖZGÜ PLURIPOTENT KÖK HÜCRE ÜRETIMI

Araştırma odağı

Tamer Önder ve Ekibi hücreleri yeniden programlamanın moleküler

mekanizmalarını araştırmaya odaklanıyor. Aynı zamanda genetik hastalıkların

kök hücre temelli modellerini oluşturarak yeni tedavi yöntemleri geliştirmeyi

amaçlıyor.

ÖNEMLİ BAŞARILAR

Kan ve periferik kan

hücrelerinde kişi ve

hastalık-özgü insan

uyarılmış pluripotent

kök hücrelerin üretimine

yönelik bir protokol

geliştirilmesi 1

Genetik bir

oto-inflammatuar hastalık

olan Ailevi Akdeniz Ateşi’nin

ilk kök hücre temelli

modelinin oluşturulması

ve bu modelin immunoloji

çalışmalarında

kullanılması 2,3

UPKH verimini

artıran yeni

kimyasalların

keşfedilmesi 4

Genetik karaciğer

hastalıklarında kişiye

özgü ve kök hücre temelli

organoid modellerinin

geliştirilmesi 5

1. Fidan K et al. (2016) Transgene-Free Disease-Specific iPSC Generation from Fibroblasts and Peripheral Blood

Mononuclear Cells. Methods Mol Biol. 1353:215-31.

2. Fidan K et al. (2015) Generation of integration-free induced pluripotent stem cells from a patient with Familial

Mediterranean Fever (FMF). Stem Cell Research. Volume 15, Issue 3: 694-696.

3. Takata K et al. (2017) Induced-Pluripotent-Stem-Cell-Derived Primitive Macrophages Provide a Platform for

Modeling Tissue-Resident Macrophage Differentiation and Function. Immunity. 47(1):183-198.

4. Ebrahimi A*, Sevinç K* et al. (2019) Bromodomain inhibition of the coactivators CBP/EP300 facilitate cellular

reprogramming. Nature Chemical Biology. 15(5):519-528.

5. Akbari S*, Sevinç GG* et al. (2019) Robust, Long-Term Culture of Endoderm-Derived Hepatic Organoids for

Disease Modeling. Stem Cell Reports. 13(4):627-641.

İlgili makaleleri

okumak için kare


ÖDÜLLER

TÜBİTAK Teşvik Ödülü - 2020

İzmir Biyotıp ve Genom Merkezi (İBG) Bilim Madalyası - 2019

Sabri Ülker Uluslararası Bilim Ödülü - 2019

TÜSEB Aziz Sancar Teşvik Ödülü - 2018

TÜBA-GEBİP Ödülü - 2015

180


YÜRÜYEN PROJELER

Deri hücresi gibi farklılaşmış vücut hücrelerinin UPKH’lere dönüştürülmesi, kök hücre ve rejeneratif (yenileyici)

tıp alanlarında bir devrim niteliğindedir. UPKH tabanlı hücresel tedaviler günümüzde kesin bir tedavisi

bulunmayan pek çok genetik, kompleks ve dejeneratif hastalık için önemli bir tedavi potansiyeline sahiptirler.

Ancak bu hücrelerin üretimi ve güvenli bir şekilde uygulanabilmeleri önünde birtakım engeller bulunuyor. Bu

engeller ancak yeniden programlama mekanizmalarının detaylı bir şekilde ortaya çıkarılmasıyla aşılabilecektir.

Bu nedenle;

• KUTTAM Kök Hücre Laboratuvarı’nın araştırmaları

bu mekanizmaları ortaya çıkarmak ve UPKH

oluşumunda rol oynayan genleri keşfetmek üzerine

yoğunlaşıyor.

• Ekip, araştırmalarında özellikle CRISPR gibi

yeni nesil genomik metotlar ve kimyasal

kütüphanelerinin taranması yoluyla kromatin

düzenleyici genlerin hücresel yeniden

programlamadaki rolünü ortaya çıkarıyor.

• Bunlara ilaveten nadir genetik hastalıklara özgü

UPKH’ler geliştirerek bu hastalıkların tedavisinde yol

gösterici olabilecek in vitro modellerini oluşturuyor.


GÖZ, BEYNE

AÇILAN BİR

PENCEREDİR

Afsun Şahin ve Ekibi

182


Neler yapıyoruz?

Birçok sistemik ve nörolojik hastalığa göz

muayenesiyle tanı konulabilir. Afsun Şahin

ve Araştırma Grubu, kornea ve oküler yüzey

hastalıkları, retina bozuklukları ve üveit

gibi önemli halk sağlığı sorunlarında yeni

tanı, tedavi ve rehabilitasyon yöntemleri

geliştirmek için çalışıyor.


GÖZ BEYNE AÇILAN BİR PENCEREDİR

Araştırma odağı

Görme Araştırmaları Grubu, göz hastalıkları alanında disiplinlerarası araştırmalara

odaklanıyor. Yenilikçi biyomateryal ve moleküller ile klinik arasında bir köprü görevi

gören araştırma grubu, dünyada translasyonel oftalmoloji üzerine çalışan sayılı

laboratuvarlardandır.

Metabolik

ve nörolojik

hastalıklarda kornea

ve retina yapısını

inceleyerek yeni

tanı yöntemleri

geliştiriliyor.

Yenilikçi nanoteknoloji

ve biyomateryal

temelli yaklaşımlarla

hedefli ilaç taşıyıcı

sistemler geliştiriliyor.

Yenilikçi görüntüleme

yöntemleri ile

derin öğrenmeyi

birleştirerek göz

hastalıklarında tanı

ve takip için yeni

bir klinik yaklaşım

geliştiriliyor.

Kök hücre ve eksozom

temelli tedavilerini

yenilikçi biyomateryal

teknolojileriyle

birleştirerek tedavi

edilemeyen kornea ve

retina hastalıklarında

yeni tedavi yöntemleri

geliştiriliyor.

184


YÜRÜYEN PROJELER

Afsun Şahin ve Grubu, Koç Üniversitesi Mühendislik Fakültesi’nin farklı araştırma gruplarıyla iş birliği yaparak

Optik-MEMS uygulamalarından kök hücre tedavilerine, nano-elektronik malzemelerden yenilikçi genetik

manipülasyon tekniklerine, birçok farklı alanda translasyonel çalışmalar yürütüyor. Bu kapsamda yapılan

çalışmalar şöyle:

• Koç Üniversitesi Optik-MEMS Laboratuvarı

Direktörü Prof. Dr. Hakan Ürey’in geliştirdiği

holografi teknolojisi kullanılarak katarakt hastaları

için görsel bir simülatör üzerinde çalışılıyor. ERC

Proof of Concept desteği alan proje kapsamında

geliştirilen prototip Koç Üniversitesi Hastanesi’nde

hastalar üzerinde denenmeye başlandı.

• Koç Üniversitesi Kimya ve Biyoloji Mühendisliği

Bölümü’yle yapılan ortak çalışmalarda korneanın

limbal kök hücre yetmezliği ve keratokonus

hastalıklarına yenilikçi tedavi yöntemleri geliştiriyor.

Doç. Dr. Seda Kızılel’in araştırma grubuyla

yürütülen çalışmalarda keratokonus hastalığında

görünür ışıkla korneal çapraz bağlama yöntemi

geliştirildi ve çalışma patentlendi. Laboratuvardan

elde edilen korneal limbal kök hücreleri ve onlardan

elde edilen eksozomlar farklı yapay ekstraselüler

iskeletlere yüklenerek başta kök hücre yetmezliği

olmak üzere birçok oküler yüzey hastalığının

tedavisinde kullanılabilecek kişisellleştirilmiş

nanomateryaller tasarlanıyor.

• Koç Üniversitesi’nin Elektrik ve Elektronik

Mühendisliği Bölümü’yle ortak yürütülen

çalışmalarda yenilikçi foto-elektrik yüzeylerin retinal

dejenerasyondan kaynaklanan görme kayıplarının

tedavisinde kullanımı araştırılıyor. Doç. Dr. Sedat

Nizamoğlu ve ekibiyle birlikte, özellikle kuantum

nokta temelli nano-elektronik devrelerle retina ve

görme korteksinin uyarımı hem hücre düzeyinde

hem de canlı düzeyinde çalışılıyor.


BAZEN GÜÇLÜ YÖNÜMÜZ

ASLINDA ZAAFIMIZDIR:

KANSER HÜCRELERINI

KENDI SILAHIYLA

VURMAK

Ceyda Açılan Ayhan ve Ekibi

186


Neler yapıyoruz?

Laboratuvar Grubu, kanser

hücrelerini seçici olarak

öldürmek amacıyla onlara

özgü anormallikleri ayırt edici

unsur olarak kullanıp stratejiler

geliştirerek değişik tedavi

yaklaşımları test ediyor.

Plk4 proteiniyle

tetiklenmiş rozet şekilli

sentrozomların konfokal

mikroskobuyla 3 boyutlu

rekonstrüksiyonu


BAZEN GÜÇLÜ YÖNÜMÜZ ASLINDA ZAAFIMIZDIR: KANSER HÜCRELERINI KENDI SILAHIYLA VURMAK

Araştırma odağı

Laboratuvarda kanser hücrelerinin bölünmesi sırasında sıklıkla görülen

kromozomal ayrılma kusurlarının altında yatan moleküler sebepleri anlamaya

ve hedefli anti-kanser ilaç moleküllerinin ilaçların karakterizasyonu ile

moleküler etki mekanizmalarının araştırılmasına odaklanılıyor.

ÖDÜLLER

2017

Türkiye Bilimler

Akademisi

Üstün Başarılı Genç

Bilim İnsanı Ödülü

2018

L’Oréal UNESCO

Bilim Kadını Ödülü

2018

Türkiye Bilim

Akademisi

Genç Bilim İnsanları

Ödülü

2019

Moleküler Kanser

Araştırma Derneği

Yılın Temel Kanser

Araştırmacısı Ödülü

2019

Bahçeşehir

Üniversitesi 7. İlaç

Tasarımı Kongresi

Poster Birincilik Ödülü

2019

Dr. Nejat F.

Eczacıbaşı Tıp

Ödülleri

Bilimsel Araştırma

Ödülü

2020

bioRender

Bilimsel Görsel Özet

Grafik Ödülü

188


YÜRÜYEN PROJELER

Moleküler açıdan bakıldığında hiçbir kanser birbirinin aynısı değildir. Her biri, kanserleşme yolunda farklı

bir mutasyon ve anormallik setiyle donatılmıştır. Bu anormallikler, kanser hücrelerine hayatta kalmak için

gerekli avantajları sağlarken aynı zamanda onları normal hücrelerden farklı kıldıkları için ilaç hedefi olarak

da hizmet eder. Günümüzde kullanılan kemoterapötik ilaçlar çoğunlukla tümöre özgü yaklaşımlardan uzak

olup sağlıklı dokularda da yıkıcı yan etkilere sahiptir. Laboratuvarda iki konuya odaklanılıyor:

• Birincisi, kanser hücrelerinin bölünmesi sırasında

sıklıkla görülen kromozomal ayrılma kusurlarının

altında yatan moleküler sebepleri anlamaktır.

Normal hücrelerin aksine, tümör hücrelerinde

sıklıkla çok kutuplu hücre bölünmelerine

sebep olan ekstra sentrozomlar bulunur. Çok

kutuplu bölünme, bir hücrenin ikiden fazla

hücreye bölünmesi olarak açıklanabilir. Tahmin

edilebileceği üzere çok kutuplu bölünme

sonucu bir hücrenin genomik materyalinin eşit

miktarda dağılması neredeyse imkansızdır ve

daha az kromozomu miras alan hücrelerde ölüm

tetiklenir. Bu sebeple, fazla sentrozomu olan

kanser hücreleri, sentrozomlarını kümeleyerek

iki kutuplu bölünme yolları geliştirmiştir ve bu

şekilde ölümden kaçabilir. Ekip daha önceki

çalışmalarında sentrozom kümelenmesi

için Nek2A kinazın rolünü araştırdı ve fazla

anlatımının bu kümeleri dağıtarak ÇKB’ye yol

açtığını gösterdi. Bu projede, kanser hücrelerinde

sentrozom kümelenmesinin engellenmesi

için Nek2A kinazın etki mekanizmasının

aydınlatılması amaçlandı. Bu şekilde, ekstra

sentrozomlara sahip olan kanser hücrelerinin

hedefli olarak öldürülebilmesini sağlayacak yeni

terapötik yaklaşımların bulunması hedefleniyor.

• İkincisi, hedefli anti-kanser ilaç moleküllerinin

ilaçların karakterizasyonu ve moleküler etki

mekanizmalarının araştırılmasıdır. Epigenetik

yolaklardaki kusurlar, artmış anlatım seviyeleri

veya anormal aktivite paternleri kanserlerde hücre

proliferasyonunun temel sürücüleri olabilir. Bu

duruma örneklerin başında belki de karma soylu

lösemilerdeki (MLL) MLL-AF9 füzyon geni yer alır.

MLL geninin normal fonksiyonu gelişimsel genlerin

anlatımını regüle ederken kimerik MLL anormal aktivite

gösterir ve malignant transformasyon sürecinde

önemli rol oynar. Laboratuvar grubunun bu projedeki

amacı, MLL-AF9 füzyon proteinini taşıyan hastalarda

bu transformasyonu geri çevirecek epigenetik süreçleri

hedefleyerek lösemi tedavisi için kişiselleştirilmiş bir

ilaç yaklaşımı geliştirmektir. Epigenetik yolaklardaki

fonksiyonel değişiklikler sadece karsinogenez

sırasında değil, aynı zamanda kanser hücrelerinde

ilaç direncinin gelişimi sırasında da ortaya çıkar. Bu

nedenle laboratuvarda, klinikte kullanılan terapötik

ilaçları kullanarak taksan dirençli prostat kanseri

hücre modelleri oluşturuldu ve taksan direncini geri

çevirebilecek epigenetik faktörleri hedefleyen ilaç

molekülleri belirlendi. Bu moleküllerin nasıl çalıştığını

anlamak amacıyla moleküler etki mekanizmalarına

dair araştırmalara devam ediliyor.


KALP VE DAMAR

HASTALIKLARININ

OLUŞUM

MEKANIZMALARI

Kemal Baysal ve Ekibi

190


Neler yapıyoruz?

Kemal Baysal ve Ekibi, aterosklerozun gelişim

mekanizmasını açıklamaya yönelik yeni yaklaşımlara

odaklanıyor. Bu kapsamda damarı oluşturan hücrelerin

arasındaki ekzozom alışverişinin karakterizasyonu

üzerine çalışılıyor.


KALP VE DAMAR HASTALIKLARININ OLUŞUM MEKANİZMALARI

Araştırma odağı

Kalp damar hastalıkları dünyada ölüme yol açan hastalıkların başında geliyor. Bu

hastalıkların oluşum mekanizmalarının ortaya konması, yeni tanı ve tedavilerin

geliştirilmesi translasyonel araştırmaların öncelikli hedefleri arasındadır.

TÜBİTAK 1001 Projesi

Tümör Anjiyogenezinin

Mikrofluidik

Çipler Üzerinde

Görüntülenmesi

192


YÜRÜYEN PROJELER

• Bir TÜBİTAK 1001 projesi olan Tümör Anjiyogenezinin

Mikrofluidik Çipler Üzerinde Görüntülenmesi, Koç

Üniversitesi, Fizik ve Elektrik-Elektronik Mühendisliği

Bölümleri Öğretim Üyesi Prof. Dr. Alper Kiraz’ın

grubuyla ve İTÜ Elektrik-Elektronik Fakültesi,

Elektronik ve Haberleşme Bölümü Öğretim

Üyesi Dr. Ahmet Erten’in gruplarıyla ortak olarak

KUTTAM’da yürütülüyor. Proje kapsamında endotel

hücreler, kolajen hidrojellerde üç boyutlu ortamda

kültüre ediliyor ve tümörlerden salınan anjiyogenik

faktörlerin ya da eklenen antianjiogenik moleküllerin

bu hücrelerin anjiyogenik yanıtına etkileri konfokal

mikroskopi yöntemleriyle inceleniyor.

• PCSK9, bir proprotein konvertaz enzimdir. Hepatik

hücre membranlarındaki LDL reseptörleriyle

etkileşir ve bunların internalizasyonu sonrasında

lizozomlara taşınarak degrade olmalarını sağlar,

böylelikle dolaşımdaki LDL düzeyinin artmasına

yol açar. Araştırmalar, PCSK9’un aterosklerozun

her aşamasında önemli rolleri olduğuna işaret

ediyor. PCSK9’un Aterosklerozdaki Rolü projesinde,

Koç Üniversitesi Tıp Fakültesi Kardiyoloji Anabilim

Dalı Başkanı Prof. Dr. Dilek Ural’ın grubuyla iş birliği

yapılarak PCSK9’un vasküler düz kas hücreleri üzerindeki

etkilerinin moleküler düzeyde ortaya konulması

hedefleniyor. Projeyle ilgili deneyler, KUTTAM Topkapı

yerleşkesinde yürütülüyor. Bu projede Kraliyet

Teknoloji Enstitüsü’ne (İsveç) bağlı bir araştırma

merkezi olan Science for Life Lab’de görev yapan

Prof. Dr. Adil Mardinoğlu ve Prof. Dr. Jan Boren’le

ortaklık devam ediyor.

• Ekzozomlar, protein, lipid ve nükleik asit içeren,

membranla çevrili nano boyutlu (40-120 nm)

yapılardır. Damar dokusunda oluşan ekzozomların

aterosklerozun gelişiminde önemli rol oynadıkları

raporlanmıştır. İçerdikleri mikro RNA’lar başka

hücrelere aktarılmakta ve alıcı hücrelerde gen

ekspresyonunu regüle edebilmektedir. TÜBİTAK

1001 projesi olarak desteklenen bu çalışmada,

endotel ve vasküler düz kas hücrelerinin birlikte

kültür edildikleri koşullarda oluşan ekzozomların,

bu hücrelerin arasında parakrin ve endokrin

iletişimdeki rollerinin ortaya çıkarılması

amaçlanıyor.


KALBİN

BİLİMSEL

SIRLARININ

İZİNDE

Kerem Pekkan ve Ekibi

194


Neler yapıyoruz?

Kerem Pekkan ve Ekibi, biyomedikal mühendisliği

uzmanlığı doğrultusunda embriyonik dönemde

çocuk kalp hastalıklarının oluşumunu anlamaya

yönelik temel çalışmalar yapıyor. Ayrıca çocuk kalp

cerrahisi ve invazif tedavi yöntemleriyle kan akışının

önemli olduğu tıbbi cihazları geliştirmeyi amaçlıyor.


KALBİN BİLİMSEL SIRLARININ İZİNDE

Araştırma odağı

Biyolojik akışkanlar mekaniği, kan dolaşımı ve kalp-damar biyomekaniği

konuları Kerem Pekkan ve ekibinin ilgilendiği alanlardır.

ÖDÜLLER

Prof. Helmut Reul

Young Investigators

Award 2005

National Science

Foundation (NSF)

CAREER Award

2010

Mimics İnovasyon

Ödülleri Birinciliği

2010

Türkiye’nin İlk ERC

Ödülü

2013

European Molecular

Biology Organization

(EMBO) Young

Investigator Program

Faculty

2016

En İyi Moderatörlü

Poster Ödülü

7 th EuroELSO

Congress on

ECMO-ECLS

2018

ODTÜ Parlar Vakfı

Bilim Ödülü

2020

TÜBİTAK Ulusal Lider

Araştırmacı

2021

> Akciğer hava akışı > Beyin ven kan damar akışı > Aorta

196


> Embryonik kalp

> Embryonik hipoplastik sol kalp modeli

YÜRÜYEN PROJELER

• Araştırma Grubu, şu an iki TÜBİTAK 1003 öncelikli

alan projesini yürütüyor. Bunlardan ilki kapsamında

geliştirilen, rekonstruktif çocuk kalp cerrahisinde

kullanılan yamaların bilgisayar destekli ameliyat

öncesi tasarımlarının yapılabildiği yazılım

tamamlanmak üzeredir. Bu yazılım damarın

zaman içinde büyümesini ve kan basıncından

dolayı oluşan kuvvetlerin etkisini göz önüne

alıyor. Çıktıları arasında dört uluslararası yayın ve

iki uluslararası patent olan bu proje önemli bir

ticarileştırme projesi olan ERC-PoC programıyla da

desteklendi. Çocuk kalp hastalarında kan akışlarının

modellendiği çalışmalar devam ediyor. Diğer 1003

projesi ise Türkiye’de önemli bir ihtiyaç olan kan

oksijenatörlerinin tasarımlarını ve prototip üretimlerini

hedefliyor.

• Ekibin uluslararası TÜBİTAK projesi, EKMO

sistemlerinde kullanılan çift cidarlı kanullerin

geliştirilmesine odaklanıyor. Bu projedeki çıktılar

beş uluslararası yayın aracılığıyla bilim dünyasıyla

paylaşıldı.

• Ekip, kardiyovasküler biyoloji ve mekanik alanda

hemen hemen tüm deneyleri yapabilecek altyapıya

sahiptir. Biyolojik deneylerin yanı sıra, in-vitro cihaz

testleri ve doku mühendisliğine yönelik çalışmalar da

devam ediyor.


KAN-BEYİN BARİYERİNİ

ÇÖZÜMLEYEREK BEYNE

ETKİN DOZDA İLAÇ TAŞIMA

Mehmet Kaya-Bülent Ahıshalı ve Ekibi

198


Neler yapıyoruz?

Kan-Beyin Bariyeri (KBB) Araştırma Grubu; in vitro ve in

vivo koşullarda bariyer tipteki beyin kan damarlarının

fonksiyonlarını açıklamaya çalışıyor.


KAN-BEYİN BARİYERİNİ ÇÖZÜMLEYEREK BEYNE ETKİN DOZDA İLAÇ TAŞIMA

Araştırma odağı

Laboratuvarda, ilaçları etkin dozlarda beyne taşımak için özellikle Kan Beyin

Bariyeri’ndeki hem transsellüler hem de parasellüler geçiş yolaklarının işlevsel ve

yapısal özelliklerinin anlaşılmasına odaklanılıyor. Ayrıca deneysel hayvan modelleri

kullanılarak nanotaşıyıcılar aracılığıyla hem organik hem de kimyasal ilaçları etkin

dozda beyne aktarma yolları üzerine araştırmalar yapılıyor.

ÖDÜLLER

Türk Epilepsi

ile Savaş

Derneği 2018

Yayınlanmış

En İyi Makale

Ödülü

Türkiye Ulusal

Fizyoloji

Konferansı 2019

En İyi Deneysel

Çalışma 2.lik

Ödülü

Türk Epilepsi

ile Savaş

Derneği 2018

En İyi Deneysel

Araştırma

Ödülü

İŞ BİRLİKLERİ

• Araştırma grubunun TÜBİTAK destekli tamamlanmış ve devam eden 1001, 1002, 2515 COST Programı, 2522 İkili

İş Birliği ve 2535 İkili İş Birliği projeleri bulunuyor.

• Bu projelerin bir kısmı The Open University (İngiltere), Uppsala University (İsveç), Montreal University (Kanada),

University of Nebraska (ABD), Szeged University (Macaristan) ve Tehran University (İran) ile iş birliği altında

başvuruları yapılmış veya ortak olarak yürütülüyor.

• Araştırma Grubu bu etkinlikleriyle bilimsel kongre ve sempozyumlarda en iyi araştırma, yayın ve bildiri

başlıklarında birçok ödül kazandı.

200


YÜRÜYEN PROJELER

• Beyindeki kan damarlarını döşeyen endotel

hücrelerinin yapılandırdığı KBB, kanda bulunan birçok

maddeye karşı beyni korumak için kan dokusu

ile beyin yapıları arasında bir bariyer oluşturur. Bu

sayede nöronların normal fonksiyonlarını yerine

getirmeleri için optimal bir mikroçevre sağlanır.

Ancak birçok patolojik koşulda KBB bütünlüğü

bozulduğu için beyni koruma görevini yerine

getiremez. Diğer yandan büyük molekül ağırlıklı

ilaçların yaklaşık yüzde 100’ü, küçük molekül

ağırlıklı ilaçların da yaklaşık yüzde 98’i KBB

varlığından dolayı etkili olmaları için gereken

dozlarda beyne ulaşamazlar. Bu durumda

ilaçların çok yüksek dozlarda kullanılması gerekir

ve kaçınılmaz periferik yan etkilerle karşılaşılır.

Laboratuvarda, ilaçları etkin dozlarda beyne

aktarmak için KBB’deki hem transsellüler hem de

parasellüler geçiş yolaklarının işlevsel ve yapısal

özelliklerinin anlaşılması için çalışılıyor.

• Ekibin güncel araştırma projelerinde, nanotaşıyıcılar

aracılığıyla hem organik hem de kimyasal ilaçları

etkin dozda beyne aktarma yolları üzerine

araştırmalar yapılıyor. Bu amaçla, antiepileptik

ilaç tedavilerine karşı yaklaşık yüzde 30 oranında

dirençli temporal lob epilepsisi vakalarında yeni

tedavi protokolleri geliştirmek üzere deneysel

hayvan modelleri ile hücre ve doku kültürü teknikleri

kullanılıyor. Nörodejeneratif hastalıklarda bu gibi

yenilikçi tedavi yaklaşımları klinik açıdan büyük

önem taşıyor. Bu amaçla KBB tarafından beyne geçişi

büyük oranda engellenen bir antiepileptik ajan olan

lacosamidin, glukoz ligandı eklenmiş altın yapısındaki

nanoparçacıklara bağlanarak beyne hedefli olarak

taşınmasını sağlamak üzere deneysel hayvan modeli

üzerinde araştırmalara devam ediliyor. Ekibin bu

çalışmalardaki temel yaklaşımı, nörodejeneratif

hastalıkların tedavisinde kullanılan ilaçların dozlarını

miligram düzeylerinden nanotaşıyıcı kullanarak

mikrogram düzeylerine indirmek ve bu sayede

hem etkin bir tedavi sağlamaya hem de yüksek ilaç

dozlarının beraberinde getirdiği periferik yan etkileri

ortadan kaldırmaya çalışmaktır.


SAĞLIKLI UYKU,

EMNİYETLİ SÜRÜŞ,

KALİTELİ YAŞAM

Yüksel Peker ve Ekibi

202


Neler yapıyoruz?

Yüksel Peker ve Araştırma Grubu, sürücülerde

simülatör ortamında uykululuk hali tespiti

çalışmalarının yanı sıra, uyku apnesinin tanı ve

tedavisinde yeni metotlar üzerine çalışıyor ve yeni

moleküler biyolojik araştırmalar yapıyor.


UYKU TIBBI ARAŞTIRMALARI LABORATUVARI

Araştırma odağı

Uyku Tıbbı Araştırmaları Ekibi, multidisipliner yaklaşımla Uyku Apne Sendromu

başta olmak üzere, Uyku Tıbbı’nın diğer alanlarında araştırmalar yapıyor.

ÖDÜLLER

American

Thoracic Society

Fellowship

(Yüksel Peker)

2020

European Sleep

Research Society

Young Scientist

Abstract Award

(Yeliz Çelik)

2020

Türk Toraks Derneği

Uyku Bozuklukları

Çalışma Grubu

En İyi Sözlü Bildiri

(Yeliz Çelik)

2020

204


YÜRÜYEN PROJELER

• İlk etapta Koç Üniversitesi Hastanesi Uyku

Laboratuvarı içinde, ağır vasıta sürücülerinde

simülatör destekli uykululuk hali tespiti için bir

simulatör modülü geliştirildi. TÜBİTAK-TEYDEB

destekli devam eden bu projede sürüş simülatörü,

göz ve EEG analizleriyle çalışmalar devam ediyor.

• Uyku Apne tanı ve tedavisinde, metabolik,

kardiyovasküler, serebrovasküler, oftalmolojik

ve gestasyonel ilişkiler konusunda ortak klinik

çalışmalar planlanıyor. Tanısal çalışmalar bağlamında

mühendislik fakülteleriyle de ortak projeler

düşünülüyor.

• Rumelifeneri Kampüsü Deney Hayvanları

Laboratuvarı’nda kurulması planlanan intermittent

hipoksi modülünde de yukarıda bahsedilen

alanlarda moleküler biyolojik araştırmalar yapılacak.

• Yüksel Peker’in İsveç’te Göteborg ve Lund

Üniversiteleri ve Amerika Birleşik Devletleri’nde

Harvard, Pittsburg ve Yale Üniversiteleri bağlantıları

ile uluslararası ortak çalışmalar için de bir altyapı

oluşturuluyor.


SISTEM FARMAKOLOJISI

ILE MIDE KANSERINDE

KEMOTERAPI DIRENCINI

AŞMAK

Gülnihal Özcan ve Ekibi

206


Neler yapıyoruz?

Araştırma Grubu, kanserden ölümlerin

üçüncü en sık nedeni olan mide kanserinde

kemoterapi direncinden sorumlu sinyal

ağlarının dinamiğini sistem yaklaşımı ile

inceleyerek, kemoterapi direncini aşacak ilaç

hedeflerinin tanımlanması ve kombinasyon

kemoterapisinde sinerjizmi arttıracak yeni

stratejiler geliştirilmesi için çalışıyor.


SİSTEM FARMAKOLOJISI ILE MIDE KANSERINDE KEMOTERAPI DIRENCINI AŞMAK

Araştırma odağı

Kanser, genetik instabilite, epigenetik değişiklikler ve mikroçevrenin etkisi

altında sürekli yeniden şekillenen dinamik bir hastalıktır. Kanserin bu faktörlerle

evrimi, tümör kitlesi içinde muazzam bir uzamsal ve zamansal heterojeniteye

neden olur. Kanserin dinamik ve heterojen doğası, kanser tedavisindeki

önemli soruları yanıtlamak için molekül, hücre ve hücre popülasyonu

düzeyinde bütüncül ve dinamik incelemeyi zorunlu kılar. Ekip bu nedenle

araştırmalarında kanser hücrelerinin bütüncül bir yaklaşımla ve zaman bağımlı

olarak sürekli incelenmesine olanak sağlayan araçlar kullanıyor.

ÖDÜLLER

Antalya

Onkolojide İz

Bırakanlar Zirvesi

Gastrointestinal

Kanserler Sözlü

Bildiri Ödülü

Moleküler Kanser


1. Uluslararası

Multidisipliner Kanser

Araştırma Kongresi

Sözlü Bildiri

Üçüncülük Ödülü

Moleküler Kanser


7. Multidisipliner Kanser

Araştırma ve 1. Temel

Onkoloji Kongresi

Sözlü Bildiri Birincilik

Ödülü

PROJE DESTEKLERİ

• TÜBİTAK 3501 Kariyer Geliştirme Programı

• TÜBİTAK 3001 Başlangıç Ar&Ge Projeleri Destekleme Programı

208



KOMBINASYON KEMOTERAPISINDE SINERJIZM

Kemoterapötikler ve moleküler hedefe yönelik ajanlar, kanserde tedavi etkinliğini artırmak, advers ilaç reaksiyonlarını

azaltmak ve kemoterapi direncindeki hücresel heterojeniteyi hedeflemek için kombine edilir. Bu hedeflere

ulaşılabilmesi için esas kriter ise sinerjizmdir. Sinerjizmin derecesi, ilaçların akılcıl seçilmesinin yanı sıra, doğru bir

uygulama sırası ve şemasına bağlıdır. Ekip, araştırmalarında geniş bir yelpazedeki kemoterapötikler ve moleküler

hedefe yönelik ajanlarla kombinasyon çalışmaları yürüterek sinerjizmin moleküler belirteçlerini tanımlamayı ve

kombinasyon tedavisinde sinerjizmi artıracak stratejiler geliştirmeyi hedefliyor.

KEMOTERAPI DIRENCININ EVRIMSEL DINAMIĞI

1950’li yıllardan bu yana, etkili kemoterapötikler ve moleküler hedefe yönelik ajanların geliştirilmesi konusunda

önemli ilerlemeler kaydedilmiştir. Birincil tedavide bu ajanlar tümör büyüklüğünde önemli bir azalma sağlasa

da hastaların çoğunda sağ kalan kanser hücreleri kemoterapiye adapte olarak kemoterapiye dirençli klonların

oluşmasına ve en sonunda tümör kitlesinin yeniden büyümesine neden olmaktadır. Bu nedenle kemoterapi direnci

kanser tedavisinde en büyük zorluklardan biridir. Kemoterapötiklerin seçici baskısı altında dirençli hücreler, bir

rezervuar gibi davranmakta ve tümör kitlesindeki kemoterapi direnç haritasının sürekli evrilmesine yol açmaktadır.

Bu evrim hem tek hücre düzeyinde sinyal ağındaki değişiklikleri, hem de hücre popülasyonunun direnç haritasındaki

topolojik değişiklikleri içermektedir. Ekibin çalışmaları kanser hücresi sinyal ağının ve hücre popülasyonu topolojisinin,

kemoterapötiklerin etkisi altında nasıl evrildiğini ve kemoterapi direncine neden olduğunu incelemeyi hedefliyor.

DEV KANSER HÜCRELERİ

Dev kanser hücreleri, kanser hücre popülasyonunda gözlenen dev tek-çekirdekli ya da çok-çekirdekli, poliploid (bir

çift kromozom setinden daha fazla sayıda kromozom içeren) hücrelerdir. Uzun yıllardır ileri evre ya da kemoterapi

sonrası incelenen tümör kesitlerinde sıklıkla gözlenmektedirler. Mitotik yetmezlik sonucu geliştiği ve sessiz olduğu

düşülen bu hücreler, kanser progresyonunda rolü olmayan hücreler olarak kabul edilmiş ve yalnızca histopatolojik

tanıda yardımcı araçlar olarak ele alınmışlardır. İlaç geliştirme çalışmaları da bu hücrelerden ziyade hızlı çoğalabilen ve

koloni oluşturabilen kanser hücrelerine odaklanmıştır. Ancak son 10 yıldaki çalışmalar, poliploid dev kanser hücrelerinin

kemoterapötiklerin seçici baskısından kurtulabildiğini ve bir rezervuar gibi davranarak amitotik bölünme yoluyla birincil

hücre popülasyonundan çok daha dirençli ve heterojen yeni bir hücre popülasyonu oluşturabildiğini gösteriyor. Bu

gözlemler poliploid dev kanser hücrelerinin, kanser tedavisindeki başarısızlığın temel nedenlerinden biri olabileceğine

işaret ediyor ve Araştırma Grubu’nun mide kanseri hücre modellerindeki çalışmaları da bunu doğruluyor. Mide kanserinde

kemoterapi direncini aşabilmek için dev kanser hücresi oluşumundan sorumlu süreçlerin genomik, proteomik ve

metabolomik düzeyde incelenmesi ve bu hücreleri devre dışı bırakacak ilaç hedeflerinin belirlenmesi amaçlanıyor.


PROSTAT KANSERİNİ

DAHA İYİ TEDAVİ

EDEBİLMEK İÇİN TEMEL

BİYOLOJİYİ ANLAMAK

Nathan Lack ve Ekibi

210


Neler yapıyoruz?

Prostat kanseri, her yedi erkekten birini etkileyen

oldukça yaygın bir hastalıktır. Araştırma Grubu, prostat

kanserinin moleküler dayanaklarını ortaya çıkararak

bu yaygın hastalığı daha iyi tedavi edebilmek için

çalışmalar sürdürüyor.


PROSTAT KANSERİNİ DAHA İYİ TEDAVİ EDEBİLMEK İÇİN TEMEL BİYOLOJİYİ ANLAMAK

Araştırma odağı

Ekibin ana hedefi androjen reseptörünün (AR) mekanizmasını daha iyi anlayarak,

AR varyantlarını karakterize ederek ve epigenetik belirleyicilerin karakterizasyonu

ile prostat kanseri tedavileri için yeni terapi teknikleri geliştirmektir.

ANA ODAK NOKTALARI

AR’nin gen

ekspresyonunu

nasıl

etkilediğinin

anlanması

Daima aktif olan

AR varyantlarının

karakterizasyonu

AR bağlanma

bölgelerindeki

kodlama yapmayan

mutasyonların

karakterizasyonu

İleri safha prostat kanserine etkin bir

tedavi yöntemi geliştirebilmek için

potent küçük molekül inhibitörlerinin

saptanması

AR çalışmaları için

yeni fonksiyonel

genomik

tekniklerinin

geliştirilmesi

Özgün AR

antagonistlerinin

saptanması

Prostat

kanserinde Lizin

Demetillerinin

karakterizasyonu

212


.0

E

E

B

Constitutive

C

Constitutive AInducible

5.0 2.5 0 2.5 5.0

YÜRÜYEN 30 PROJELER

# co-accessible ARBS per CRE

Peak Height

EtOH

DHT

UMAP 2

UMAP 1

10

Figure 5

ConstitutiveD Inducible Inactive E

Random

F

Inactive

Inducible

EtOH

DHT

1

-2 -1 0 1 2 -1 0 2

-2 0 2

2 -2 0 4

Inactive

*** *** ***

Impact on network complexity (w)

Promoter

Pe

Random

BMPR1B

ns

Peak Height

B

A

EtOH DHT EtOH DHT EtOH DHT EtOH DHT

Inducible Constitutive Inactive Non-clinical

EtOH

DHT

UMAP 2

BMPR1B

Constitutive

D

EtOH

DHT


Inducible

1.25

1.00

0.75

0.50

0.25

UMAP 1

Inactive

10

Figure 5

Random

-2 -1 0 1 2 -1 0 1 2

BMPR1B Random

ns


0


***

E

ns

***

Promoter

ns

B

C

Peak Height

Constitutive Inducible Inactive

20

EtOH DHT

• Prostat kanseri tedavileri arasında en etkili

geliştirilmesi ve spesifik Inactive AR bağlanma bölgelerinin

yöntemlerden 10 birisi AR-aracılı transkripsiyonun

rollerinin karakterize edilmesi ekibin hedefleri

inhibe edilmesidir. Bu yöntem ilk evrede hastalığı

Inducible

arasında yer alıyor. Bu yaklaşımların yanında, açık

-2 0 2

-2 0 2 4

etkili bir şekilde yavaşlatsa da nihayetinde hastalık

tüm genom dizileme verilerin karakterize edilerek


Constitutive

yinelenir. Kastrasyon (kısırlaştırma) sonrasında dahi

spesifik hızlandırıcıların C

gen transkripsiyonu


5.0 2.5 0 2.5 5.0

AR sinyalizasyonun prostat kanseri büyümesinde

üzerindeki 30 etkisinin *** de daha

# co-accessible

belirgin *** ARBS

olarak

per CRE *** ortaya

etkili olduğuna dair geniş çaplı kanıtlar bulunuyor.

konulması da amaçlanıyor.

20

AR sinyalizasyonunun androjen yokluğunda Fnasıl

Promoter devam Inducible ettiğine Constitutive dair çalışmalar, Inactive Non-clinical daima EtOH aktif olarak

• Ekip, hesapsal tarama ve yüksek çıktılı testler ile,

10

ekspresyonu EtOHdevam eden AR varyantları DHT DHT (ARV) da dahil transkripsiyonel aktivasyon için gerekli olan kritik

olmak üzere birçok mekanizmanın devreye girdiğini UMAP 1 *** yardımcı *** aktivatörleri hedefleyen AR için özgün

1.25

gösteriyor. Bu splays (splice) varyantları sinyalizasyonun inhibitörlerin geliştirilmesi üzerine çalışmaya

başlaması için androjen varlığına

1.00

D

ihtiyaç duymadıkları da devam ediyor. Hem prostat kanseri hücre

E F

için doğası itibarıyla bütün FDA onaylı olan ve AR’ı

hatlarında hem hayvan modellerinde yüksek etki

0.75

Promoter Constitutive

hedefleyen terapi yöntemlerine dirençlidirler. Daima

gösteren birçok potent Inactive bileşik Non-clinical saptayan araştırma

EtOH

DHT

EtOH DHT

aktif olan AR varyantları kastrasyon durumunda prostat grubu, diğer hastalık bulgularına benzer şekilde,

1.25

0.50

***

kanserinin büyümesine neden Inactive olduğu gibi oldukça

AR’ı hedefleyen çoklu ilaç tedavisinin direnç

1.00

yüksek seviyede AR-aracılı transkripsiyonu da indükler. 0.25

geliştirme mekanizmasını oldukça yavaşlattığına

0.75

Araştırma Grubu, tıpkı vücutta normalden daha çok

inanıyor. Ayrıca, bu bileşikler güçlü bir kimyasal

Inducible

0

BMPR1B bulunan androjen konstantrasyonunun BMPR1B etkilediği gibi prob sağlayarak AR aktivasyonu mekanizmasının

0.50


ARV’lerin de hücresel senesansı indüklediğini ve kalıcı anlaşılmasını sağlıyor.

0.25

Constitutive

bir şekilde prostat kanserinde hücre proliferasyonunu

• Histonların post-translasyonel modifikasyonu 0 gen

inhibe ettiğini gözlemlemiştir. Kanserin BMPR1B

BMPR1B

5.0

ARV’lerden

2.5 0 2.5 5.0

transkripsiyonunu ve hücresel fonksiyonu büyük

faydalanmadan önce varyantlar tarafından # co-accessible indüklenen

ARBS per CRE

senesansa direnç geliştirmesi gerektiğini ispat etti.

Nathan Lack ve Ekibi, halen bu direncin nasıl ortaya

çıktığına dair araştırmalara devam ediyorlar.

• Aktivasyonu takiben, AR sitoplazmadan

nükleusa taşınır ve burada yüz binlerce farklı

kromozomal bölgeye bağlanır. Bu bölgelerin

büyük çoğunluğu, cis-düzenleyici hızlandırıcı

gibi davranır ve kromatin döngüleme aracılığıyla

spesifik distal promotörler ile etkileşime girerek

gen transkripsiyonunu indükler. Bu basit bir işlem

değildir ve birçok hızlandırıcı aynı promotör ile

etkileşime aynı anda girebilir.Bu kompleks yapı

sebebiyle tek bir AR bağlanma bölgesinin spesifik

bir gen ekspresyonu üzerindeki etkisini anlamak

oldukça zordur. Bu nedenle CRISPR/Cas9 sistemini

kullanarak özgün fonksiyonel genomik teknikler

oranda etkiliyor. Bu nedenle bu modifikasyonları

“yazan”, “okuyan” ya da “silen” proteinlerin, hücrenin

temel doğasını belirlediği düşünülüyor. Bu

epigenetik modifikasyonları yapan enzimlerdeki

disregülasyonun, prostat kanserinin hem gelişme

hem de devam eden hücre proliferasyonu

mekanizmalarına dahil olduğuna dair çoğalan

kanıtlar elde ediliyor. Prostat kanseri için kritik olan

enzimlerin daha iyi anlaşılabilmesi adına ekip,

hem baskılayıcı hem aktive edici metil işaretlerini

kaldırabilen bir enzim ailesi olan lizin demetilleri

(KDM) üzerine çalışmalar yürütüyor. Prostat

kanserinde hücre proliferasyonu için gerekli olan

birçok KDM enzimi saptamış olmakla birlikte bu

enzimlerin aksiyon mekanizmasını anlamak ve

farmakolojik bir hedef olarak yararlanmak adına

Nathan Lack ve Ekibi tarafından yapılan çalışmalar

devam ediyor.

30

20

Inducible

***


Constitutive

EtOH

-2 -1 0 1 2

Constitutive

***

EtOH

Constitutive

DHT

In


BIYOMEDIKAL

SORUNLARA

ÇÖZÜM BULMAK

Seda Kızılel ve Ekibi

214


Neler yapıyoruz?

Seda Kızılel ve Araştırma Grubu multidisipliner bir

yaklaşım kullanarak malzeme bilimi ve mühendislik

arasında biyomedikal sorunlara çözüm bulmak

hedefiyle çalışmalarını sürdürüyor.


BİYOMEDİKAL SORUNLARA ÇÖZÜM BULMAK

Araştırma odağı

Ekibin en büyük tutkusu, mikroçevrelerine cevap verebilen ve işlevi yerine

getirirken görünmez kalabilen küçük ölçekli implante edilebilir dağıtım araçları

oluşturmaktır.

EKİPTEN ÖNEMLI ATILIMLAR

Max Planck Institute ile iş birliği neticesinde

yeni bir makale, Ağustos 2018’de “ACS Nano”

(Etki değeri: 14.588) dergisinde yayınlandı.

Kitozan nanoparçacıkların sentezi, PEGilasyonu

ve Yapay Nöral Network (ANN) ile matematiksel

modellenmesi konusundaki makale, Eylül

2018’de “ACS Applied Materials & Interfaces”

(Etki değeri: 8.758) dergisinde yayınlandı.

Rubab’in ilk yazar olduğu, tersine çapraz

bağlı aljinat hidrojeller konusundaki makale,

Şubat 2020’de “International Journal of

Biological Macromolecules” (Etki değeri:

5.162) dergisinde yayınlandı.

Max Planck Institute ile iş birliği neticesinde

yeni bir makale, Mayıs 2020’de “Advanced

Science” (Etki değeri: 15.804) dergisinde

yayınlandı.

ONUR ÖDÜLLERİ

Prof. Dr. Seda Kızılel, Kasım 2018’de Koç Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Umran İnan tarafından Üstün Fakülte Ödülü’nü (Mühendislik

Fakültesi) aldı.

Grubun üyelerinden Uğur Bozüyük, Haziran 2018’de; Nihal Olcay Doğan, Haziran 2019’da Koç Üniversitesi Akademik

Mükemmellik Ödülü’ne layık görüldüler. Grubun üyeleri son üç yıldır bu ödülü alıyorlar.

216


YÜRÜYEN PROJELER

• Biyomalzemeler ve Doku Mühendisliği Araştırma

Grubu, insülin salgılayan adacıkların kapsüllenmesi

için benzersiz, fonksiyonel hidrojellerin tasarlanması

ve ayrıca duyarlı mikro / nanojellerden moleküllerin

iletimini kontrol etmek için araçlar tasarlanmasıyla

biliniyor.

• Özellikle hücre nakli teknolojisinin sınırlarını

zorlamak için insülin salgılayan adacıkların kapsül

içine alınmasında immüno-izolasyon bariyerleri

olarak hidrojeller kullanılıyor. Ayrıca tümör

tedavisiyle ilgili beyin tümör hücrelerinde/kanser

hücrelerinde apoptozu indüklemek için benzersiz

ve hedefli araç tasarımıyla moleküllerin veya

ilaçların ekibin tercih ettiği zamanda bir uyarana

duyarlı olarak salınması üzerine tasarımlar yapılıyor.

• Grup ayrıca nanoparçacıkları plazmid DNA ile

çapraz bağlayabiliyor, kanser hücresi ölümünü

indüklemek için genetik olarak modifiye edilmiş

hücrelerden bir apoptotik proteinin salgılanmasını

sağlayabiliyor veya kornea rejenerasyonu için

limbal kök hücreler ile küresel organoid modelleri

geliştirebiliyor.

Biyomalzemeler ve Doku Mühendisliği Araştırma Grubu’nun çalışmalarının kliniğe dönüştürülebilmesi konusunda

yüksek potansiyeli bulunuyor. KUTTAM, Koç Üniversitesi Tıp Fakültesi ile Fen ve Mühendislik Fakülteleri arasındaki

altyapı ve iş birliği ortamını sağlayarak ekibin araştırmalarını klinik ihtiyaçlarla birleştirme konusunda çok önemli

rol oynuyor.


KOÇ ÜNIVERSITESI

ÜRETIM VE

OTOMASYON

ARAŞTIRMA MERKEZI

İsmail Lazoğlu ve Ekibi

218


Neler yapıyoruz?

İsmail Lazoğlu ve Ekibi, yeni ileri üretim

teknolojilerini ve mekatronik, otomasyon, robotik

sistemlerini geliştiriyor. Ayrıca yenilikçi medikal

sistemler, cihazlar ve yapay organlar tasarlıyor ve

üretiyor.

> Koç Üniversitesi Üretim ve Otomasyon Araştırma Merkezi’nde

geliştirilen ve canlıya implante edilen Türkiye’nin ilk yerli yapay kalp

pompası (Istanbul Heart VAD)


KOÇ ÜNIVERSITESI ÜRETIM VE OTOMASYON ARAŞTIRMA MERKEZI

Araştırma odağı

Üretim ve Otomasyon Araştırma Merkezi’nde yenilikçi medikal sistemlerin,

cihazların ve yapay organların tasarımına ve üretimine odaklanılıyor.

ÖDÜLLER

2016

International

Federation

of Inventor

Assocıation

En İyi Akademik

Patent Ödülü

2016

World Intellectual

Property

Organization

Altın Madalya

2018

Doctorclub

Istanbul Heart VAD

için Yılın Medikal

Endüstri ARGE

İnovasyon Ödülü

2020

Koç Üniversitesi

Outstanding Faculty

Award

220


YÜRÜYEN PROJELER

Kuruculuğunu ve direktörlüğünü Prof. Dr. İsmail Lazoğlu’nun yaptığı Koç Üniversitesi Üretim ve Otomasyon Araştırma

Merkezi’nde disiplinlerarası bir çalışma ortamında makine, elektronik, bilgisayar, mekatronik, uzay ve havacılık mühendisliğinin

yanı sıra, malzeme bilimi, fizik ve tıp alanlarından uzman yaklaşık 40 araştırmacıyla geniş bir spektrumda çok sayıda bilimsel

araştırma yürütülüyor. Medikal alanda gerçekleştirilen projelerden bazıları şunlardır:

• Yetişkinler için vücut içine yerleştirilebilen yerli kalp

pompası ve destek sisteminin geliştirilmesi (Istanbul

Heart VAD)

• Bebekler ve çocuklar için yerli kalp pompası

sisteminin geliştirilmesi

• Ameliyatlar için özel robotik sistem geliştirilmesi

• Metal implant üretimi için yerli 3D Metal Printer

sisteminin geliştirilmesi

• Solunum sorunu yaşayan hastalar için yenilikçi çok

fonksiyonlu ve portatif solunum destek sisteminin

tasarımı ve üretimi

• Kalça implantlarının ömür ve aşınma analizleri

• Beyin zarının mekanik analizleri

• Damarların mekanik analizleri

• Kemik kırıklarına yönelik yenilikçi dinamik kemik

implant sisteminin geliştirilmesi

• Akıllı kemik implantlarının geliştirilmesi

• Femur başı kırıklarında floroskopik görüntülemedeki

risklerin tespiti için matematiksel modelleme ve

yazılım geliştirilmesi

• Göğüs kemiğinin birleştirilmesi için Süperelastik

Nitonol malzemenin analizi

• Biyonik el geliştirilmesi

• Biyonik ayak geliştirilmesi

• Burun kıkırdaklarının mekanik analizi

• Yenilikçi omurga implantlarının tasarımı ve üretimi

• Kanser ilaçları için yüksek hassasiyetli otomatik ilaç

infüzyon sisteminin geliştirilmesi


BEYIN KANSERINDE YENI

NESIL TEDAVI HEDEFLERI:

EPIGENETIK FAKTÖRLER

Tuğba Bağcı-Önder ve Ekibi

222


Neler yapıyoruz?

Tuğba Bağcı-Önder ve Araştırma Grubu

yetişkinlerde sık görülen glioblastoma multiforme

(GBM) ve çocuklarda sık görülen medulloblastoma

(MB) üzerinde çalışıyor. Kromatin düzenleyicilerin,

ilaç yanıtında, radyasyon tedavisi cevabında ve

kanser yayılımında oynadığı rolleri farklı moleküler

yöntemlerle araştırıyor.


BEYİN KANSERİ ARAŞTIRMA VE TEDAVİ LABORATUVARI

Araştırma odağı

Laboratuvarda, beyin kanserlerinin moleküler biyolojisi üzerine çalışılıyor,

epigenetik değişimlerin, kanser hücrelerinin terapi cevabını nasıl etkilediğine

odaklanılıyor.

FONLAR ve ÖDÜLLER

TÜBİTAK

araştırma fonları

(1003, 1001, 3501,

1002)

Royal Society

Newton Fonu

Koç Üniversitesi

Tohumlama Fonu

Marie Curie

Entegrasyon

Bursu

L’Oréal

UNESCO Bilim

Kadınları

Ödülü

Bilim Akademisi

Genç Bilim

İnsanları Ödülü

2012’de kurulan Beyin Kanseri Araştırma ve Tedavi Laboratuvarı (TBO Lab), Türkiye’de tamamen beyin tümörü

araştırmalarına odaklanmış birkaç laboratuvardan biri, belki de tek laboratuvardır. Çalışmalarını, 2016’daki kuruluşundan

itibaren, en üst seviye olanaklarıyla yüksek kalitede kanser araştırmasına imkan sağlayan KUTTAM bünyesindeki

disiplinlerarası ağda sürdürüyor. Kuruluşundan itibaren pek çok mezun (5 yüksek lisans ve 7 doktora öğrencisi) veren

laboratuvarın halihazırda uyum içinde çalışan beş doktora sonrası araştırmacısı ve 5 doktora öğrencisi bulunuyor. TBO

Lab, KUTTAM’daki çalışma ortaklarının yanı sıra, Harvard Üniversitesi, Oxford Üniversitesi, Massachusetts Teknoloji

Enstitüsü (MIT) gibi prestijli üniversiteler ve Yapısal Genom Konsorsiyumu (SGC) gibi organizasyonlarla ortak çalışmalar

yürütüyor.

224


> İnsan beyin tümörü

hücrelerinin SCID

farelerde tümör

oluşturmasının

görüntülenmesi.

Tümör hücreleri fluc

geniyle işaretlenerek

fare beynine implant

edilmiştir. Tümör

büyümesi farklı

zaman aralıklarında

IVIS cihazıyla

görüntülenmiştir.

YÜRÜYEN PROJELER

• Laboratuvar Grubu’nun yaptığı araştırmalar, GBM

ve MB gibi beyin tümörlerinin ardında yatan

biyolojiyi daha iyi anlama fırsatı sunuyor. Hem

pediatrik hem de yetişkin beyin tümörlerinde ortak

problem tedaviye dirençli kanser hücrelerinin

gelişmesi ve bunun sonucunda kaçınılmaz kanser

nüksü olarak biliniyor. Bu nedenle tedavi direncinin

ardında yatan biyolojik mekanizmaların daha iyi

anlaşılması ve daha etkili tedavi yaklaşımlarının

geliştirilmesi büyük önem taşıyor.

• Kanserlerin tedaviye neden ve nasıl direnç

geliştirdiği büyük ölçüde bilinmiyor. Aslında,

kanserlerin tedaviye nasıl uyum sağladıkları ve

daha agresif bir seviyeye ilerledikleri hâlâ gizemini

koruyor. Tümör tipine ve kullanılan ilaç tedavisine

bağlı olarak bu durum bazen genetik mutasyonlarla

veya ilaç metabolizması, taşınması veya alternatif

hayatta kalım yolaklarına adaptasyon gibi ilaç

direnci sağlayan ikincil olaylarla açıklanabiliyor. Bu

ikincil olayların altında yatan mekanizmalar, direnç

fenotipi için gerekli “altyapıyı” sağlayan epigenetik

mekanizmalar aracılığıyla, gen ifadeleri açısından

yarı-kararlı hücre popülasyonlarının seçilimini

içeriyor.

• Laboratuvarda CRISPR/Cas9 temelli fonksiyonel

taramalar, kimyasal biyoloji, genomiks, hesaplamalı

biyoloji ve beyin tümörü hayvan modelleri birlikte

kullanılarak tedavi direncine yol açan epigenetik

mekanizmaları deşifre etmek amaçlanıyor. Bu

amaç doğrultusunda in vitro tedavi direnci

modelleri geliştiriliyor ve bu modellerde

epigenetik değişimler inceleniyor. Bunların

sonucunda nihai olarak direnci kırabilecek, yeni

epigenetik tedaviler geliştirilmesi hedefleniyor.


YENILIKÇI TANI VE

GÖRÜNTÜLEME

YÖNTEMLERI GELIŞTIRMEK

İhsan Solaroğlu-M. Cengiz Onbaşlı ve Ekibi

226


Neler yapıyoruz?

Araştırma grubu, klinikte karşılaşılan sorunları

mühendislik teknikleriyle çözmeyi hedefliyor. Klinikte

ihtiyaç duyulan özel patoloji slaytları, patolojik tanı

destek yazılımları, yapay zeka modelleri, tanı kitleri ve

ameliyat mikroskobu gibi yenilikçi tanı ve görüntüleme

yöntemleri ve teknolojilerini geliştiriyor ve klinik

testlerini tamamlıyor.


YENILIKÇI TANI VE GÖRÜNTÜLEME YÖNTEMLERI GELIŞTIRMEK

Araştırma odağı

Laboratuvarın araştırma odağı, beyin tümörlerinin tanı ve

görüntülemesine olanak sağlayacak Raman Spektroskopisi

ve Yüzey Güçlendirilmiş Raman Spektroskopisi (SERS) temelli

yöntem ve teknolojiler geliştirmektir.

ANA ODAK NOKTALARI

Beyin tümörlerinin cerrahide Raman

spektroskopisiyle gerçek zamanlı tanısı,

haritalandırılması ve doğru sınırlardan çıkarılması

için özel mikroskop geliştirilmesi

Beyin tümörlerinin

yüzey güçlendirilmiş

Raman spektroskopisi

(SERS) çipiyle yüksek

hassasiyette moleküler

patolojik analizi

Beyin tümörlerinin

yüksek doğrulukta

teşhisi için patolojik

tanı destek yazılımı

ve yapay zeka

modelleri

Virüs ve biyolojik

savaş ajanlarının

tespiti için aptamer

ve SERS temelli

mikroakışkan tanı kit

platformu

Geliştirilen bütün

yöntem ve teknolojilerin

gerçek hasta

örnekleriyle klinik

validasyonu

228


YÜRÜYEN PROJELER

• Beyin tümörlerinin optik teknolojilerle tespiti: Prof.

Dr. İhsan Solaroğlu ve Dr. Öğr. Üyesi Mehmet Cengiz

Onbaşlı’nın araştırma ekipleri, Koç Üniversitesi Hastanesi

Patoloji Departmanıyla iş birliği yaparak en ölümcül

kanser olan glioblastomanın Raman spektroskopisiyle

patoloji kesitlerinde ve açık beyin ameliyatlarında analizi

ve tümör sınıflamasını sağlayacak projeler yürütüyor.

Bu projelerde bir Raman spektroskopik ameliyat

mikroskobu, yapay zeka modeli ve özel bir patoloji slayt

tasarımı geliştiriliyor ve klinik validasyonu tamamlanıyor.

Çalışmalar, TÜBİTAK 1001 ve TÜSEB projeleriyle

fonlanıyor.

• Patolojideki beyin tümör kesitlerinin başarıyla analizi

ve sınıflanması: Patoloji arşivlerindeki parafine gömülü

beyin tümör dokusu kesitlerinin Raman spektroskopisiyle

analizi için parafini çözebilecek bir örnek hazırlama

protokolü geliştirildi. Bu protokolle hazırlanan tümör

kesiti örneklerinden ölçülen ve optimize edilen Raman

spektrumları sayesinde örneklerin glioblastoma ve beyaz

maddeden kaynaklanan sinyalleri tespit edildi. Raman

spektrum ölçüm protokolleri optimize edilerek tümör

ve beyaz madde ayrımı yapılabilir hale getirildi. Yapay

zeka modelleri geliştirilerek çok sayıda hastadan alınan

beyin tümörü ve ilişkili doku türleri yüksek doğrulukta

tespit edilmeye başlandı. Sonuçlar, dünyaca ünlü SPIE

konferanslarında bilim kamuoyuyla paylaşıldı.

• Beyin tümörlerinin yapay zeka modelleri ve özel slayt

tasarımlarıyla patolojide daha yüksek doğrulukta

teşhis edilmesi: Raman spektroskopisi moleküllere

özel sinyaller verse de düşük kontrast nedeniyle hassas

teşhis yapılmasına olanak tanımıyor. Bu nedenle Raman

ölçümlerinin kontrastının özel slayt tasarımlarıyla

artırılmasına ihtiyaç duyuluyor. Bu çalışmada, Raman

sinyalini güçlendirmek amacıyla cam yüzeyler

nanometrik altın desenlerle kaplanıyor ve bu desenler

yapay zeka modelleriyle optimize ediliyor. Böylece

yüksek sinyal kontrastı elde edilmeye başlandı ve

patolojik tanı için Raman ölçüm hassasiyeti artırıldı.

• Beyin tümörlerinin Raman spektroskopik ameliyat

mikroskobuyla yüksek çözünürlüklü tespiti ve

doğru sınırlardan çıkarılması: Beyin tümörleri

günümüzde manyetik rezonans görüntüleme tekniğiyle

görüntüleniyor ve açık beyin ameliyatlarında doğru

sınırlardan tümörün çıkarılması için yeterli çözünürlük

sunamıyor. Bu çalışmada Raman spektroskopisi

kullanılarak tümörün teşhisi ve sınırlarının gerçek zamanlı

belirlenmesi için yüksek çözünürlüklü bir mikroskop

geliştiriliyor. Böylece cerrahi müdahale sırasında tümör

kalıntısının beyinde kalması ve neticesindeki nüks

olasılığı azaltılıyor. Gereğinden büyük bir alanın beyinden

çıkarılması engellenerek hastanın yaşamsal fonksiyonları

ve hayat kalitesinin korunması sağlanabilecek.


ÜREME TIBBI VE

JİNEKOLOJİK

KANSER

Özgür Öktem ve Ekibi

230


Neler yapıyoruz?

Jinekolojik kanserlerle ilgili olarak sık (yüzey epitel)

ve nadir (granüloza hücreli tümör) görülen over

(yumurtalık) kanserlerinde anormal çalışan sinyal

yolakları konularının yanı sıra, üreme tıbbıyla ilgili

olarak over biyolojisi/folikülogenez, korpus luteum

biyolojisi, endometriozis, yardımcı üreme teknikleri ile

kanser tedavilerinin yumurta hücresi üzerine olumsuz

etkileri ve korunma yolları konularında araştırmalar

yapılıyor.


ÜREME TIBBI VE JİNEKOLOJİK KANSER

Araştırma odağı

Jinekolojik kanserlerde yüzey epitel kanserler ve granuloza hücreli yumurtalık kanser

hücrelerinde çalışan anormal sinyal yolaklar ve tümör baskılayıcı mekanizmaların

aberasyonları ve bunların genetik/farmakolojik yolla düzeltilmesi konuları ağırlıkla

çalışılıyor. Üreme fonksiyonuyla ilgili olarak over biyolojisi/folikülogenez, korpus

luteum biyolojisi, seks steroidlerin sentez mekanizmaları, endometriozis, yardımcı

üreme teknikleri yanında kanser tedavilerinin yumurta hücresi üzerine olan olumsuz

etkileri ve korunma yolları konularında araştırmalar yapılıyor.

ÖDÜLLER

2018

Sedat Simavi

Sağlık Bilimleri

Ödülü

232


YÜRÜYEN PROJELER

• JNK isimli mitojen ile aktive olan protein enzimin

endojen kinaz aktivitesinin GCT (granülosa hücre

tümörü) numunelerinde ve hücre hatlarında

belirgin bir şekilde arttığı keşfedildi. Buna

karşın mitotik malign olmayan insan granüloza

hücrelerinde kinaz aktivitesi çok azdı. GCT hücre

dizilerinde JNK yolunun iki farklı farmakolojik inhibitör

(SP600125 ve AS601245) veya siRNA ile inhibisyonu;

in vitro hücre büyümesinde doza bağlı bir azalma,

artan apoptoz ve azalan östradiol ve AMH üretimleriyle

sonuçlandı. JNK inhibisyonu aynı zamanda asenkron

hücrelerde mitoz belirteci fosfo-histon H3Ser 10 için

pozitif hücre sayısında bir azalmayla, S fazı sırasında

EdU alımının azalması ve senkronize edilmiş hücrelerde

G2 / M-fazı geçişinde hücre döngüsünü durdurdu.

Hastalardan elde edilen GCT örneklerinin 24 saat

boyunca JNK inhibitörleriyle ex vivo tedavisi, in vitro

büyümeleriyle östradiol ve AMH üretimlerini önemli

ölçüde azalttı. Ayrıca insan GCT ksenograft modelinde,

JNK inhibitörleri ve siRNA’nın uygulanmasından sonra

SCID farelerinde in vivo tümör büyümesi ve plazma

AMH seviyeleri önemli ölçüde azaldı. Bu bulgular,

JNK yolunu hedeflemenin şu anda cerrahiden

öte küratif bir tedavisi bulunmayan granüloza

hücreli tümörlerin tedavisinde terapötik fayda

sağlayabileceğini düşündürüyor.

• Dr. Öktem ve ekibi ayrıca farklı kemoterapi ilaçlarına

maruz kaldıktan sonra insan yumurtalığında oosit

hasarı ve apoptozun moleküler mekanizmalarını

araştırıyor. Literatürde kemoterapi maruziyeti

sonrası TAp63 aktive olarak oosit ölümüne yol

açtığı, onkojenik BCR-ABL ve c-kit inhibitörü

imatinib isimli ilacın c-abl i inhibe ederek hayvan

modellerinde kemoterapi hasarından oosit ve over

dokusunu koruduğu iddia edilirken Dr. Öktem

ve Ekibi bunun insan over dokusunda koruyucu

olmadığı gibi tam tersi toksik etkiler gösterdiğini

ortaya koydu. “Nature Group Cell Death and

Disease” dergisinde yayınlanan bu çalışmadan

sonra bu ilacın koruyucu olmadığı yönünde başka

gruplar da yayınlar yaptılar.

• Stimüle IVF sikluslarında serum progesteron

düzeyi ovulasyondan önce yükselebilir ve gebelik

başarı oranını düşürebilir. Bu fenomenin nasıl

oluştuğu yıllarca ortaya konulamadı. Araştırma

Grubu’nun yaptığı bu çalışmada FSH hormonunun

direkt progesteron yapımını artıran 3B-HSD isimli

hormonu uyararak üretimini artırdığı ve klasik iki

hücre iki gonadotropin teorisine göre androjenik

ara ürünleri estrojen yapımı için beklerken

progestesterona dönüşüp kana geçtiği tespit edildi.

Bu çalışmasıyla Dr. Öktem Amerikan Üreme Sağlığı

Derneği (ASRM) tarafından ödüllendirildi ve bu

çalışması üreme konusunda en prestijli dergi olan

“Human Reproduction”da yayınlandı.

• Ovulasyon yani yumurtalama sonrası salınan

progesterone hormonu gebeliğin oluşumu ve

devamı için zorunludur. Bu hormonun yumurtalıkta

salınmasını sağlayan hücre içi sinyal yolaklarının keşfi

ve moleküler karekterizasyonunu yaptığı iki çalışması

yakın zamanda üreme tıbbının en prestijli temel bilim

dergisi “Biology of Reproduction” ve “Nature Group

Cell Death and Discovery”de yayınlandı.

• Dr. Öktem halihazırda üreme hormonlarının

sentezinde rol alan yeni moleküler mekanizmalar,

eluteal faz ve defekti, ndometriozis, over

kanseri, polikistik over sendromu konularında

araştırmalarına devam ediyor.


İNTRAUTERİN YAŞAMI

NASIL BAŞLAR VE

DEVAM EDER?

Serçin Karahüseyinoğlu ve Ekibi

234


Neler yapıyoruz?

Serçin Karahüseyinoğlu ve Araştırma Grubu in vitro ve in vivo modellerde üreme hücre ve

organlarının gelişimi, döllenme, embriyo oluşumu, implantasyon ve fetüs gelişimi sırasında süregelen

biyolojik süreçleri araştırıyor, farklı kaynaklardan elde edilen kök hücrelerin üreme alanında kullanılma

potansiyeli üzerinde çalışmalar yapıyor. Geniş bir spektrumda sürdürülen bu araştırmalarda CRISPR

gibi genom düzenleme teknolojileri kullanılarak üreme alanında moleküler modifikasyonların

etkilerinin ortaya konulmasının yanı sıra, polimerik malzemelerin bu alanda olası kullanımının

araştırılması hedefleniyor. İnsan ve hayvanlardan elde edilen hücre dizilerinin yanı sıra, fare ve zebra

balığı gibi organizmalardan elde edilen gamet, embriyo ve somatik hücrelerin biyolojik davranışlarının

mikro ve nano ölçekte gerçek zamanlı olarak konfokal, süperçözünürlük, düzlem ışık ve multifoton

mikroskopisi gibi ileri seviye mikroskopi yöntemleriyle gösterilmesi amaçlanıyor.


İNTRAUTERİN YAŞAM NASIL BAŞLAR VE DEVAM EDER?

Araştırma odağı

Laboratuvarda yapılan araştırmalar özellikle memelilerde üreme alanındaki zorlukların

ortaya konulması ve bu zorlukların aşılması için gerekli bilimsel yaklaşımların oluşturulup

deneysel olarak uygulanmasına odaklanıyor. Bu amaçla oluşturulan üç boyutlu in vitro

ve in vivo modellerde kök hücreler, polimerik taşıyıcılar, genom edisyonu yapılmış fare

gametleri, embriyoları ve somatik hücreleri kullanılıyor.

DEVAM EDEN ÇALIŞMALAR

Gametogenez, fertilizasyon, implantasyon ve üremeyle

ilgili diğer biyolojik süreçlerde bilinmeyenlerin

ortaya çıkarılması amacıyla in vivo ve in vitro hayvan

modellerinin oluşturulması ve genom edisyon

teknolojilerinin bu alanda kullanılması

İnsan göbek kordonu, plasenta ve kan dokularından

elde edilen mezenkimal kök hücrelerin farklılaştırma

ve gelişimsel süreçler gibi çeşitli biyolojik olaylardaki

davranışlarının incelenmesi

> Doğum sonrasında kullanılmayan

bir yapı olan insan göbek kordonu

mezenkimal kök hücrelerin

izolasyonu ve incelenmesi için

oldukça elverişlidir.

> İnsan göbek kordonundan

elde edilen mezenkimal kök

hücreleri. Hücrelerin çekirdekleri

(kırmızı) hücre iskeletiyle (yeşil)

çevreleniyor.

236


YÜRÜYEN PROJELER

• Üremeye yardımcı tedavilerdeki gelişmelere karşın

infertilite, sağlıklı çocuk sahibi olmak isteyen

çok sayıda çift için sorun teşkil etmeye devam

ediyor. Gametlerin sayı ve kalitesindeki sorunların

yanı sıra, tekrarlayan implantasyon başarısızlığı

infertiliteye yol açan önemli sebepler arasında

bulunuyor. Üreme ve Gelişim Biyolojisi Araştırma

Laboratuvarı’nda yapılan araştırmalar kapsamında

fare embriyosunun implantasyonuyla ilgili biyolojik

süreçler, hücre dışı matriksle kaplanarak kullanılan

köpük ve film gibi polimerik malzemelerle oluşturulan

in vitro üç boyutlu modellerde çalışılıyor. Fare

embriyosunun daha sonra in vitro fertilizasyon

(IVF) laboratuvarlarında embriyo transferi sırasında

kullanılabilir şekilde dizayn edilebilme ihtimali

olan polimerik taşıyıcılar üzerinde gösterdiği

implantasyon kabiliyeti araştırılıyor.

• İmplantasyon sırasındaki biyolojik sürecin detaylı

olarak incelenmesinin yanı sıra, CRISPR/Cas 9

genom edisyonu ile implantasyonla ilgili genleri

düzenlenmiş fare embriyolarının implantasyon

kapasitesinin modifikasyonu ve fare gametlerinin

fertilizasyon kabiliyetinin CRISPR/dCas 9 ile

değiştirilmesi de ekibin çalışma konuları arasında

bulunuyor.

• Yeni çalışılmaya başlanan organizmalardan biri

olan zebra balığında da gametler ve gonadların

özellikleri ve üreme çalışmaları için kullanılma

potansiyelleri inceleniyor.

• Mezenkimal kök hücrelerin indükte edilme

ve üreme alanında kullanılma potansiyelleri

araştırılıyor.

> Fare endometriyumunda

bulunan glandüler yapılar

(sarı) implantasyon sırasında

önemli rol oynar.

• Yaşamın en az üç boyutlu olması nedeniyle

laboratuvardaki araştırmaların bir kısmı biyolojik

süreçlerin x, y ve z eksenlerinde makrodan

nano ölçeğe kadar düzlem ışık, multifoton

ve süperçözünürlük mikroskoplarıyla

görüntülenmesine odaklanıyor. Bu bağlamda,

canlı veya tespit edilmiş şeffaf, şeffaflandırılmış

veya transgenik doku, organ ve küçük

organizmalarda özel görüntüleme yöntemlerinin

kullanılabilmesi için örnek hazırlama teknikleri

üzerinde çalışmak da ekibin araştırmalarının

önemli bir odak noktasıdır. Altyapı, ekipman ve

laboratuvar malzemeleri açısından tam teşekküllü

olarak hazırlanan KUTTAM laboratuvarları sayesinde

bu çalışmalar bilimsel çalışmanın gerektirdiği

yüksek standartlarda multidisipliner olarak

ilerletilebiliyor.


NÖROLOJİK HASTALIKLARDA

BEYİN MİKROSİRKÜLASYONU,

KAN BEYİN BARİYERİ VE

HEDEFLENDİRİLMİŞ İLAÇ

TAŞIMA SİSTEMLERİ

Yasemin Özdemir ve Ekibi

238


Neler yapıyoruz?

Ekip, nörolojik ve sistemik hastalıklarda beyin

mikrosirkülasyonunda, kan beyin bariyerinde ve

ekstrasellüler matriks elemanlarında meydana

gelen değişiklikleri hem hücresel düzeyde in-vitro

hem de in-vivo deneysel modellerde inceliyor. Elde

edilen veriler ışığında kliniğe geçebilecek yeni tedavi

hedefleri geliştirmek de ekibin öncelikli çalıştığı

alandır.


NÖROLOJİK HASTALIKLARDA BEYİN MİKROSİRKÜLASYONU, KAN BEYİN BARİYERİ VE HEDEFLENDİRİLMİŞ İLAÇ TAŞIMA SİSTEMLERİ

Araştırma odağı

Laboratuvarda yapılan araştırmalarla sistemik ve nörolojik hastalıkların beyin

mikrosirkülasyonu üzerindeki etkilerinin özellikle kan beyin bariyeri bileşenleri üzerinde

anlaşılması amaçlanıyor. Multipl sklerozda mikrosirkülasyon değişiklikleri ve perisitlerin

rolü, diyabet ve hipertansiyon gibi sistemik hastalıkların beyin mikrosirkülasyonu ve

bilişsel beceriler üzerindeki etkileri, kan beyin bariyerini geçmek için nanopartikül bazlı

ilaç taşıma sistemleri gelişimi için stratejiler üzerine odaklanılıyor.

ÖDÜLLER VE BURSLAR

2001 IBRO

Doktora Sonrası

Çalışma için

Burs

2005 TÜBA

GEBİP Ödülü

2006 Eczacıbaşı

Bilim Teşvik

Ödülü

2007 Bilim

Teşvik Ödülü,

Hacettepe

Üniversitesi

2007 Güven

Hastanesi I.

Aysun Temizel

Genç Bilim

İnsanı Ödülü

2008 TÜBİTAK

Bilim Teşvik

Ödülü

2019 Türkiye

Gazeteciler

Cemiyeti Sedat

Simavi Vakfı

Ödülü

YÜRÜTÜLEN VE TAMAMLANAN PROJELER

• Multiple Skleroz Patofizyolojisinde Perisitlerin Rolü TÜBİTAK/2017-2019 (Tamamlandı)

• Multiple Skleroz Hastalığında Perisitlerin Rolünün Hastalık Alt Tiplerinde Araştırılarak Klinik

Tarama Sistemi Geliştirilmesi TÜBİTAK/2018-2021 (Devam ediyor)

• Hipertansiyon ve Diyabet gibi Sistemik Hastalıklarda Kanbeyin Bariyeri ve Perisitlerin

İncelenmesi Koç Üniversitesi Tohumlama Fonu/2018-2020 (Sonuçlandı)

240


> ASMA ve Kollajen

> ASMA ve Kollajen

> İsolectin ve DAPİ

YÜRÜYEN PROJELER

• Kan beyin bariyeri; endotel hücreleri, astrosit son ayakları, perisitler ve bazal laminadan oluşur. Perisitler bu

yapıda önemli bir rol oynar. Yasemin Özdemir ve Ekibi’nin ana araştırma odağı, hastalık patofizyolojisinde

perisitlerin rolüdür. Laboratuvar Grubu özellikle nörodejenerasyonla seyreden hastalıklar ve sistemik hastalıkların

patofizyolojisinde kan beyin bariyerinin etkilerini anlamak için iDisco ve Clarity gibi beyin şeffaflaştırma protokollerini

kullanıyor. Bu yaklaşımlarla yapılan çalışmalarda, beyin mikrosirkülasyonunda önemli değişiklikler tespit edildi. Ekip

bunun yanı sıra, perisit ablasyonu için transgenik fareler ile perisitleri genetik olarak floresan etiketli fareler kullanarak

ileri görüntülemeler yapıyor.

• Ekip aynı zamanda, in vitro ortamda 3D primer nöron kültürü oluşturuyor. Matrigel hücre dışı matriks yüzeylerde

ekilen primer nöronların fonksiyonel ve morfolojik olarak in vivo ortamlara daha yakın bir davranış sergilediği tespit

edildi.

• Ayrıca Hacettepe Üniversitesi Eczacılık Fakültesi İlaç Teknolojisi Bölümü ile iş birliği içinde yeni tedavi yaklaşımlarında

kullanılabilecek nanopartikül bazlı ilaç taşıyıcı sistemleri geliştiriliyor. Buna bir örnek olarak anti-tümör ilaç içeren

nanopartikül bazlı taşıma sisteminin burundan beyne geçişte etkin olduğu ve beyin tümörlerinin tedavisinde

kullanılabileceği gösterildi.


NÖRODEJENERATİF

HASTALIKLARIN

TEMELİNDEKİ

MEKANİZMALARI

EVRENSEL BOYUTTA

ARAŞTIRMAK

Ayşe Nazlı Başak ve Ekibi

242


Neler yapıyoruz?

Nörodejenerasyon Araştırma

Laboratuvarı’nın (NDAL) araştırmaları,

ilerleyici ve dejeneratif beyin

hastalıklarındaki moleküler süreçleri

incelemeyi ve nörodejenerasyona

neden olan mekanizmaları anlamayı

amaçlar. Henüz tedavisi olmayan bu

hastalıklar için ancak mekanizma

ve yolakları anlayarak tedaviler

geliştirilebilir. NDAL’ın ana hedefi

nörodejeneratif süreçleri araştırarak

sağaltım çalışmalarını hızlandırmaktır.


NÖRODEJENERATİF HASTALIKLARIN TEMELİNDEKİ MEKANİZMALARI EVRENSEL BOYUTTA ARAŞTIRMAK

Araştırma odağı

NDAL, kompleks nörolojik hastalıklarda patolojik mekanizmaları araştıran ve

tam kapsamlı moleküler analiz yapabilen Türkiye’deki tek araştırma merkezidir.

NDAL’IN 2020 PROGRAMI VE ÖTESİ

2019 2020

Project MinE:

Sporadik

ALS’de Yeni

Gen Keşfi

PREPARE:

Uluslararası

Resesif Ataksi

Konsorsiyumu

ROPAD:

Uluslararası

Parkinson

Hastalığı

Araştırması

Türkiye’nin

Hassas

Genetik

Haritası

SOLVE-RD: Nadir

Hastalıklarda Yeni

Gen Araştırması

LIPAD

LRRK2-PD

EJP/ATX

PROSPAX: Spastik

Ataksiler: Avrupa

Araştırma Projesi

GENESIS Veri

Bankası

C9ORF72

Modifiye Edici

Genler

GeNDAL:

NDAL Varyant

Tarayıcısı

CANVAS

ATX

ALS2-Temelli

MNH

SOD1-Temelli

ALS için İlaç

Geliştirme

ASAP-GP2

2020 2021

SEÇİLMİŞ YAYINLAR (2019-2021)

• Palvadeu et al., 2019, Neurogenetics.

• Reichenstein et al., 2019, Science Translational Medicine.

• Tazelaar et al., 2020, Brain Communications.

• Dick Schijven, PhD et al., 2020, Neurobiology of Aging.

• Traschütz et al., 2020, Annals of Neurology 2020.

• Tunca et al., 2020, Human Mutation.

• Yetim et al., 2020, European Journal of Neurology.

• Johnathan Cooper- Knock et al., 2020, Cell reports.

• Onat et al., 2020, Journal of Clinical Investigation.

• Andreas Traschütz, Andrea Cortese et al., 2020, Neurology.

• Zhongbo, Maarofian, Başak et al., 2020, European Journal of Neurology.

• Stephanie R Shepheard PhD1, 2020, JAMA Neurology.

• Sanderson et al., 2021, BRAIN.

• Matthieu Moisse et al., 2021, Annals of Neurology.

• Vural, Şimşir, Tekgül et al., 2021, Movement Disorders.

244


YÜRÜYEN PROJELER

• Suna ve İnan Kıraç Vakfı’nın çok değerli ve mutlak

desteğiyle kısa sürede özgün bilgi birikimi ve teknolojik

altyapısını oluşturan NDAL, nörodejeneratif hastalık

araştırmalarının Türkiye’deki öncüsü ve referans merkezi

haline gelmiştir. Bu başarılı süreç NDAL’ı dünyanın önde

gelen araştırma merkezleriyle rekabet edecek düzeye

taşımış, 2007 yılından beri yapılan İstanbul Suna Kıraç

Nörodejenerasyon Konferansları dizisi de laboratuvarın

uluslararası görünürlüğünü artırmak konusunda oldukça

önemli bir rol oynamıştır. Bugün uluslararası iş birlikleri ve

büyük konsorsiyum projeleriyle, yüksek sayıda hastalık

örneği ve hasta verisinin yanında, kendini araştırmaya

adamış, donanımlı ekibiyle NDAL, KUTTAM ile

mükemmel bir uyum içinde çalışmalarına devam ediyor.

Koç Üniversitesi gibi prestijli bir araştırma kurumunun

en güncel teknolojiyle donatılmış, multidisipliner

Tıp Fakültesi’nin bünyesinde olmak NDAL’a geniş

iş birliği, yoğun araştırma ve akademik açıdan etkin

olma olanakları sağladığı gibi NDAL da karşılığında

öğrencilerine akademik açıdan güçlü, tam donanımlı,

nitelikli bir eğitim ve evrensel ölçekte araştırmaya

hazırlayan bir çalışma ve laboratuvar ortamı sağlıyor.

Nörolojik hastalıklar genetik bilimine meydan okuyan

en önemli hastalık grubu olmakla beraber, genetik

için en iyi modelleri oluştururlar. Nörobilim adı verilen

genç ve hızla gelişmekte olan kompleks disiplin;

genetik, nöroloji ve translasyonel araştırmanın kesişim

noktasındadır. Bu noktada, temel bilimcilerle klinisyenler

arasındaki etkileşimin gerekliliği ön plana çıkıyor.

• Farklı medeniyetleri buluşturan özgün coğrafi konumu ve

tarihiyle Anadolu, etnik heterojenite açısından çok zengindir,

bir yandan da yakın akraba evlilikleri dolayısıyla makro ölçekte

ne kadar karışıksa mikro ölçekte de o denli benzerdir. Bu

özellikler Türk toplumunu genetik çalışma açısından son

derece özgün ve ilgi çekici kılıyor. GeNDAL (NDAL Varyant

Tarayıcısı) Türk toplumunun henüz detaylı incelenmemiş

ve tanımlanmamış olan genom/varyant dizileme

verisini bilim camiasıyla paylaşan açık erişimli ve

anonim bir kaynaktır.


KARAR VERME VE

ZAMAN ALGISININ

ALTINDA YATAN

MEKANIZMALAR

Fuat Balcı ve Ekibi

246


Neler yapıyoruz?

Laboratuvarda; karar verme, zaman algısı

ve hata izleme fonksiyonlarının altında

yatan bilişsel ve nöral mekanizmaların yanı

sıra, bu fonksiyonların farklı merkezi sinir

sistemi hastalıkları ile yaşlanmada nasıl

etkilendiği insanlarda ve hayvan modellerinde

araştırılıyor.


KARAR VERME VE ZAMAN ALGISININ ALTINDA YATAN MEKANIZMALAR

Araştırma odağı

Karar verme, zaman algısı ve hata izleme fonksiyonlarının farklı merkezi sinir

sistemi hastalıkları ile yaşlanmada nasıl etkilendiğine odaklanılıyor. Tranlasyonel

yaklaşımda ve beyin ile davranış arasındaki ilişkinin anlaşılmasında hesaplamalı

modeller ortak analitik arayüzler olarak kullanılıyor.

ÖDÜLLER

TÜBİTAK

1001 Proje

Performans

Ödülü

ODTÜ

Prof. Mustafa

Parlar Eğitim ve

Araştırma Vakfı

Araştırma Teşvik

Ödülü

248



• Karar verme, zamanlama ve hata izleme adaptif

işlevler ve bireylerin refahı için büyük önem taşıyan

bilişsel fonksiyonlardır. Örneğin, karar vermenin

önemli özelliklerinden biri, kararlardaki hız-doğruluk

ödünleşimidir (HDÖ) ve ödülü maksimize eden

kararlar bu ödünleşimin optimizasyonunu gerektirir.

Laboratuvarda yakın zamanda transkraniyal

manyetik uyarım kullanarak hız-doğruluk

ödünleşiminin altında yatan nöral mekanizmalar

insanlarda araştırıldı. Elde edilen sonuçlar,

pre-süplemanter motor alanın hız-doğruluk

ödünleşimindeki nedensel rolünü ortaya koydu.

Bu beyin bölgesinin aktivitesinin uyarılması

daha az temkinli, aynı bölgenin aktivitesinin

baskılanması daha temkinli kararlara neden oldu.

Bu etkiler, hesaplamalı modelleme sonucunda

saklı karar süreçleri seviyesinde keşfedilebildi.

Karar vermenin bir başka önemli ögesi duysal

bilgilerin zamana bağlı olarak bütünleştirilmesidir.

Örneğin, pediatrik obsesif-kompulsif

bozuklukta karar vermeden önce duysal

bilgilerin bütünleştirme verimliliğinin düştüğü

gözlemlendi. Çok benzer bir bilişsel bozulma fare

yaşlılık modelinde de gözlemlenip karar vermede

yaşa bağlı olarak gözlenen bu bozuklukla ilişkili

nörobiyolojik unsurlar araştırıldı. Bu çalışmalar,

dopamin fonksiyonundaki bozulmanın (örneğin

ventral tegmental alandaki dopamin nöron

sayısının ve dorsomedial striatumdaki dopamin

akson terminal yoğunluğunun azalması) yaşa

bağlı olarak azalan duysal bilgilerin bütünleştirme

verimliliğindeki potansiyel rolüne işaret ediyor.

• Ekip ayrıca zaman algısının yaşlanmaya bağlı

nasıl değiştiğini inceliyor. Örneğin, yaşlı farelerin

ödül beklentilerinin yönlendirdiği zamanlama

davranışını beklenen ödül verilmediğinde dahi

sonlandıramadığı bulundu. Aynı çalışmada

yaşlı farelerin zamanlama davranışını daha

yavaş öğrendiği gözlemlendi. Laboratuvar

grubunun çalışmaları, zamanlama davranışını

sonlandıramamanın ventral tegmental alandaki

dopamin nöron sayısıyla, zamanlama davranışının

geç öğrenilmesininse medial septum/diagonal

banttaki kolinerjik nöron sayısıyla ilişkili olduğunu

ortaya koydu. Aynı zamanda, Alzheimer hastalığında

zaman algısının bozulduğu ve bu bozulmanın

zaman belleğinin konsolidasyonundaki bozulmayla

açıklanabileceği gösterildi. Zaman algısının

altında yatan nöral mekanizmaların araştırılması

hesaplamalı modeller ışığında sürdürülüyor. Bu

çalışmalardan elde edilecek bilgilerin, beyindeki

kronometrenin keşfedilmesinin yanında,

zamanlama bozukluklarının gözlemlendiği

hastalıkların (örn. DEHB, Parkinson hastalığı,

Alzheimer hastalığı) daha iyi anlaşılmasına ışık

tutacağı öngörülüyor.

• Son olarak yakın zamanda insanların zamansal,

sayısal ve uzamsal hatalarının yönünü ve miktarını

herhangi bir geribildirim almadan izleyebildikleri

keşfedildi. Bu bilişsel yeti için “metrik hata izleme”

terimi alana kazandırıldı. Bu keşif, beynin hata

sinyallerini düzeltme davranışına nasıl çevirdiğinin

daha iyi anlaşılmasına ek olarak bilişsel ve

davranışsal rijitlik ile ilişkilendirilen hastalıkların

daha iyi anlaşılmasını sağlayacak. Bu yönde

yaptıkları çalışmayla ekip, otizm spektrum hastalığı

olan bireylerin zamansal hatalarını izlemekte

zorlandıklarını buldu. Şu anda bu bilişsel yetinin

Parkinson hastalığında nasıl etkilendiği inceleniyor.

Ekibin sürdürmekte olduğu çalışmalarda karar

vermenin ve zaman algısının altında yatan nöral

mekanizmalar optogenetik ve elektrofizyoloji

yöntemlerini de içeren birçok güncel ve etkili

yöntemle araştırılıyor.


STRES BEYNI

NASIL ETKILER?

Hale Yapıcı Eser ve Ekibi

250


Neler yapıyoruz?

Hale Yapıcı Eser ve Araştırma Grubu erişkin bilişsel

bozuklukları, ödül sistemi bozuklukları ile psikiyatrik

bozuklukların diğer bedensel hastalıklarla ilişkilerinin

mekanizmalarını araştırıyor. Bu araştırmaların

arkasındaki mantık, psikiyatrik tanı ve semptomların

beyinde sunulduğu, psikiyatrik bozuklukların ortak

nörobiyolojik temelleri olabileceği ve stresin, beyni daha

fazla psikiyatrik semptom için indükleyen ve değiştiren

önemli bir faktör olduğu bilgisidir.


STRES BEYNI NASIL ETKILER?

Araştırma odağı

Erişkin bilişsel bozuklukların, ödül sistemi bozukluklarının, psikiyatrik

bozuklukların diğer bedensel hastalıklarla ilişkilerinin mekanizmaları için daha

iyi psikiyatrik tanımlamaların yapılabilmesine odaklanılıyor.

ÖDÜLLER VE DESTEKLER

BAGEP

ÖDÜLÜ

2020

TÜBİTAK 3501 - Obezitede Görülebilen Duygusal

Düzenleme, Bilişsel Değişiklikler, Dürtü Kontrol Sorunları,

Ödül Sistemindeki Bozuklukların Bariyatrik-Metabolik Cerrahi

Öncesinde ve Sonrasında Değerlendirilmesi, İzlenmesi ve

İlişkili Biyopsikososyal Risk Faktörlerinin Belirlenmesi

2020

TÜBİTAK 1001

Stres, Yapısal Kromozom

Anormalliğine Sahip

Hastaların Klinik

Fenotiplerini Nasıl

Etkiler?

2020

KU SEED FUND

A New Virtual

Reality Application

for Social Defeat

Stress Induction in

Behavioral Research

2019

KU SEED FUND

The Role of

Chronic Stress on

Mitochondria Related

Neurodegeneration in

Parkinson’s Disease

2017

252



Psikiyatrik bozukluklar arasında yüksek eş tanı alma ihtimali mevcuttur. Ayrıca psikiyatrik bozukluklar, sıklıkla

diabet, kanser, immunolojik hastalıklar gibi diğer bedensel hastalıklarla da birlikte görülebilmektedir. Laboratuvarın

mevcut araştırmaları bünyesinde hem deney hayvanı modelleri hem de insanlar üzerinde beyindeki ödül

yanıtlarını belirleyen mekanizmalar, nörodejenerasyon ve stresin nörobiyolojik etkilerine translasyonel olarak

tanımlama ve psikolojik strese karşı hem ruhsal hem de fiziksel dayanıklılık geliştirme için moleküler, hücresel ve

bağlantısal hedefler bulunmaya çalışılıyor.

• Ekibin Koç Üniversitesi Hastanesi’ndeki

laboratuvarında, insanda sosyal yenilgi stresi yaratan

ekolojik bir model oluşturuldu ve bu modelle

uygulanan akut stresin hem kalp atış hızını, kan

basıncını, tükürük kortizol düzeylerini ve PANAS

ölçeğiyle değerlendirilen olumsuz duygu bildirimini

artırdığı hem de sol ön insula dinlenme durumu

fonksiyonel bağlantısallığını belirti değişikliklerini

açıklayacak şekilde değiştirdiği gösterildi. Bu tasarım

ve yaklaşım kullanılarak sosyal yenilgi stresinden

etkilenen nöroanatomik korelasyonlar bulunması,

farmakolojik manipülasyonlar eklenerek ve farklı

hasta grupları kullanılarak laboratuvar ortamında

tekrarlanabilecek bir sosyal yenilgi paradigması

üretilmesi konusunda çalışmalara devam ediliyor.

Bu amaçla Koç Üniversitesi KARMA Laboratuvarı

iş birliğiyle, alınan Koç Üniversitesi Tohumlama

Fonu sayesinde bir akut sosyal stres sanal gerçeklik

uygulamasının geliştirilmesi üzerine çalışılıyor. Ayrıca

insanda ve hayvan modelinde kronik stresli yaşam

olaylarının Parkinson hastalığı nörodejerasyonu

üzerine olan etkisi ve olumsuz yaşam olaylarının

otobiyografik bellek üzerine etkileri araştırılıyor.

• Obezite ve psikiyatrik bozukluklar arasındaki ilişki

de ekibin çalışma alanlarından biridir. Metabolik

hastalıklar ile beyin hastalıkları birçok sebeple

benzerlikler gösterir ve birbirlerinin oluşumuna

yol açabilir. Laboratuvarda yürütülen bir sistematik

derleme çalışmasında, aslında gastrointestinal bir

peptid olarak bilinen ve yeme kontrolünde rolü

olan GLP-1 molekülünün beyinde de birçok alanda

reseptörleri olduğu, bu reseptörler üzerinden

ikincil mesajcıları kullanarak hücre fonksiyonlarını

etkilediği ve hem apoptozu önleyerek hem

de nörotrofik etki göstererek ve inflamasyonu

azaltarak Parkinson, Alzheimer hastalığı ile

diğer nöral hasarla giden hastalıklarda nöron

hücrelerini koruyucu etki gösterebildiği özetlendi.

Bir diğer araştırmada da GLP-1 agonistlerini

kullanmanın diabetik hastalarda bilişsel

fonksiyonlar ve ödül yanıtlarını regüle ettiği ve

bu hastaların daha fazla kognitif hata bildirdiği

saptandı. Ayrıca yurt dışı iş birlikleriyle yürütülen

ve yakın zamanda yayınlanmış olan bir araştırmada

GLP-1 genine ait polimorfizmlerin insanda anhedoni

ve ödül yanıtlarıyla ilişkili olduğu gösterildi. Bu sürede

ayrıca, beyin ödül yanıtlarını daha iyi incelemeye

yönelik yöntemler geliştirmeye odaklı olarak Snaith-

Hamilton Keyif Alma Ölçeği’nin Türkçe geçerliliği de

sağlandı.

• Günümüzde obezitenin önemli tedavi

yöntemlerinden biri olan ve gün geçtikçe daha

çok hastaya uygulanmaya başlayan bariatrik

cerrahi, obez hastalarda hızlı fiziksel değişim

sağlıyor ancak bu değişimin psikiyatrik bileşenleri

ve beyinde oluşturduğu değişiklikler net olarak

bilinmiyor. Ekip yürüttükleri araştırmayla bu konuda

da yön gösterici bulgulara erişmeyi umuyor. Bu

laboratuvarda bariatrik cerrahi öncesi ve sonrasında

hem bilişsel hem de afektif özellikler açısından

prospektif izlem sağlanıyor ve değişimlerin

nörobiyolojik temelleri açıklanmaya çalışılıyor.


AKCİĞER

HASTALIKLARININ

AYDINLATILMASI

Hasan Bayram ve Ekibi

254


Neler yapıyoruz?

Kronik Akciğer Hastalıkları Araştırma Grubu, Hasan Bayram’ın danışmanlığında

kronik obstrüktif akciğer hastalığının (KOAH) patogenezinde sirkadyen ritmin

rolü, sağlıklı ve KOAH’lı hasta donörlerden alınan cerrahi akciğer dokusundan

nazal ve bronş organoidi oluşturma ve üç boyutlu organoid modelleri

kullanılarak akciğer hastalıklarında epitel hücrelerinin rolü üzerine projeler

yürütüyor. Son zamanlarda, koronavirüs hastalığının (COVID 19) ortaya

çıkmasıyla hastalığın gelişiminde hava yolu epitel hücrelerinin rolü, ilişkili

risk faktörleri ve SARS-CoV-2 virüsünün havada taşınmasıyla ilgili çalışmalar

gerçekleştiriliyor.


AKCİĞER HASTALIKLARININ AYDINLATILMASI

Araştırma odağı

Araştırma Grubu, kronik obstrüktif akciğer hastalığı (KOAH), astım, bronşektazi, akciğer

kanseri, primer siliyer diskinezi (PCD) ve idiyopatik pulmoner fibrozis (IPF) gibi kronik

akciğer hastalıklarına odaklanıyor. Ekibin araştırmalarının ana odaklarından biri de

solunum sistemi hastalıklarının gelişiminde önemli bir risk oluşturan insan yapımı

nanopartiküller, hava kirleticilerinin ve solunum virüslerinin (SARS-CoV-2 gibi) solunum

sistemi hastalıklarının gelişimindeki rollerini belirlemeye yöneliktir.

HEDEFLER

Akciğer

hastalıklarının

(KOAH, astım, PCD,

IPF gibi) moleküler

patogenezinin

aydınlatılması

Kronik akciğer

hastalıklarının

tedavisine yönelik

hedef moleküllerin

belirlenmesi

Çeşitli solunum virüslerinin (SARS-CoV-2 gibi)

akciğer biyolojisine (oksidatif stres, inflamasyon,

hücre ölümü gibi) etkilerinin araştırılması ve

virüsün havada taşınması ve yayılmasıyla ilgili

mekanizmaların aydınlatılması

Akciğer kanserinde

tanısal ve prognostik

belirteçlerin

bulunması, hastalığın

tedavisine yönelik ilaç

adayı moleküllerin

geliştirilmesi

İŞ BİRLİKLERİ

• Grup, Institute of Lung Biology and Disease, Helmholt Zentrum Munchen, Imperial College of London, University California Davis, Old

Dominon University, Isfahan University of Medical Sciences gibi yurt dışı üniversite ve kurumlar ile, yurt içinden İstanbul, Cerrahpaşa, Yıldız

Teknik, Acıbadem, Marmara, Medeniyet, Çukurova, Gaziantep ve Eskişehir Teknik üniversiteleri ile Koç Üniversitesi bünyesindeki, Tıp, Fen ve

Mühendislk fakültelerindeki çeşitli bölümler ile iş birliği yapıyor.

• Araştırma Grubu, TÜBİTAK ve ulusal fonlar ve yurt dışı ikili iş birliği destekleri ile çalışmalarını sürdürüyor. Yakın zamanda TÜBİTAK ve Çin

Ulusal Bilim Fonu’ndan aldıkları fon ile Shenzen University, Hubei University ve Wuhan Institute of Virology ile COVID-19 araştırmaları

üzerinden iş birliği yapılmaya başlandı.

256


YÜRÜYEN PROJELER

• KOAH, önemli bir halk sağlığı sorununu oluşturuyor;

hastalığın prevalansı, morbidite ve mortalitesi gittikçe

artıyor. Hastalık, dünya genelinde üçüncü ölüm nedenini

oluşturuyor. Toksik gaz, irritan ve sıklıkla sigara dumanına

maruziyet, hava yolları ve akciğer parankiminde

inflamasyon, fibrozis ve yeniden yapılanmaya yol açarak

hava yollarında obstrüksiyon ve solunum fonksiyon

kaybına neden oluyor. Ne yazık ki hastalığı tedavi

eden, progresyonunu durduran etkili bir tedavi henüz

bulunmuyor. Hasan Bayram ve Ekibi’nin KOAH’a yönelik

araştırmalarında, hastalığın gelişiminde sirkadyen ritmin rolü

ve hastalıkta progenitör/kök hücrelerin rolünü araştırmaya

yönelik çalışmalar devam ediyor. Hastalığın patofizyojisinin

anlaşılması ve farklı terapötik yaklaşımların ortaya çıkarılması

amaçlanıyor. Ekibin obstrüktif akciğer hastalıklarıyla ilgili

diğer çalışmaları hava yolu epitel hücrelerinin siliyer

aktivitesinin KOAH, bronşektazi ve PCD gelişimindeki rolünü

araştırmaya yöneliktir.

• Akciğer kanseri halen dünyada kansere bağlı ölümlerde

başı çekiyor. Hastalığın erken tanısı, progresyonu

ve metastazıyla ilgili birçok bilinmeyen bulunuyor.

Mevcut ilaçlarla kemoterapi bütün olgularda başarılı

olmayabiliyor ve ilerleyen aşamalarda tedavi direnci

ortaya çıkabiliyor. Ekibin kanser alanındaki araştırmaları

hastalardaki kanser dokusu, kan ve vücut sıvılarından

yararlanarak erken tanı ve prognozu gösterecek

belirteçler bulmayı amaçlıyor. Laboratuvar Grubu,

halihazırda bulunan ilaçların terapötik potansiyellerini

araştırmanın yanında, kanserogenezde önemli olan

spesifik yolak ve proteinleri hedefleyen yeni bileşiklerin

geliştirilmesini hedefliyor.

• Ekip önceki çalışmalarında ozon, nitrojen oksitleri ve

dizel egzoz partikülleri (DEP) gibi hava kirleticilerinin

hava yolu epitel hücrelerinde inflamatuar değişikliklere,

hücrenin fonksiyonunda, proliferasyon ve ölümünde

bozukluklara yol açtığını gösterdi. Hava kirleticilerin

hücrelerde oluşturdukları olumsuz etkinin altında yatan

mekanizmalar üzerine araştırmalar devam ediyor.

• COVID-19 pandemisi 2019’un sonlarında başlayarak

bütün dünyada yaygın hastalık ve ölümlere yol açıyor.

Ekip aynı zamanda çeşitli akciğer hastalıklarına sahip

bireylerin, başta SARS-CoV-2 olmak üzere solunum

virüslerine duyarlılığının ve hastalığın şiddetindeki

değişimlerin altında yatan moleküler ve immun

mekanizmaların aydınlatılmasının yanında iki boyutlu

primer epitel kültürlerinde ve üç boyutlu organoid

modellerinde hava kirleticilerinin ve solunum virüslerinin

hava yolu epiteline etki mekanzimalarının araştırıldığı

çalışmalar yürütüyor.


ENZIMLERIN YENI

YÖNLERININ NANOBOYUTTAN

HÜCREYE UZANAN KEŞFI

Nuray Ulusu ve Ekibi

258


Neler yapıyoruz?

Ekip, Alzheimer, ALS, kanser, diyabet ve SMA gibi çeşitli hastalıklarda oksidatif stres

metabolizmasının rolünü mitokondriyel ve sitozolik temelde araştırıyor. Nanopartikül ve

nanoçiçeklerin ilaç taşıyıcı, görüntüleyici, hedef veya kişiselleştirilmiş ilaç alanlarında

kullanılmaları için polimer kaplamaları ve enzim immobilizasyonu gibi çeşitli modifikasyonlarını

inceliyor. Kardiyovasküler ve ortopedik hastalıklarda hasta örneklerinin ve kullanılan

biyomalzemelerin biyomekanik özelliklerini araştırıyor, yeni biyomalzemelerin daha işlevli hale

gelmesi için cerrahlarla koordinasyonlu çalışmalara devam ediyor. Yeni sentezlenmiş ve klinik

araştırma fazında olan veya geçecek olan karbonik anhidrazların biyouyumluluk testleri ve

apoptoza etkileri farklı kanser türleri üzerinde inceleniyor. Ayrıca endüstriyel Ar-Ge firmalarıyla

çeşitli biyopolimerlerin biyomalzeme ve yara iyileşmesinde kullanımları araştırılıyor.

> Yeni nesil biyomalzemelerin hücre

üzerinde biyokimyasal ve biyomekanik

rollerinin incelenmesi


ENZIMLERIN YENI YÖNLERININ NANO BOYUTTAN HÜCREYE UZANAN KEŞFI

Araştırma odağı

Kuantum dot, kitosan, nanoflowerler ve yeni nanopartiküller ile çeşitli

nanomalzemelerin farmasötik ve biyomedikal uygulamaları Nuray Ulusu ve

Ekibi’nin çalışmalarının odak noktasıdır.

ANA ODAK NOKTALARI

Biyokimyasal Biyomekanik Moleküler

Biyoloji

> Enzimlerin aktivite ve stabilizasyonunun yeni immobilizasyon tekniklerinden nanoflower yapıları içinde incelenmesi

260


>

Yeni nesil

biyomalzemelerin

hücre üzerinde

biyokimyasal

ve biyomekanik

rollerinin

incelenmesi

YÜRÜYEN PROJELER

Ekip; ilaçlar, oksidatif stres, diyabet, Alzheimer hastalığı (AD), spinal müsküler atrofi (SMA), metabolik sendrom,

insanlarda amyotrofik lateral skleroz (ALS) ve transgenik sıçanlar dahil olmak üzere çeşitli hastalıklarda hücresel,

fizyolojik ve biyokimyasal değişiklikleri açıklamak için deneylerinde biyokimyasal, biyomekanik ve moleküler

biyoloji tekniklerini kullanıyor. Laboratuvarın temel araştırma amacı; yaşlanmada, endokrin bozucular, ilaçlar,

oksidatif stres, transgenik hayvan modellerinde, diyabette, Alzheimer hastalığında, metabolik sendromda,

amyotrofik lateral skleroz gibi çeşitli hastalıklarda biyokimyasal mekanizmaların nasıl değiştiğini anlamaktır.

• Nuray Ulusu ve Araştırma Grubu halen biyomedikal

uygulamalar için kullanılabilen biyomalzemeler

üzerinde çalışıyor.

• Laboratuvarın ayrıca enzim eksiklikleri, enzim

saflaştırma ve karakterizasyonu, enzim kinetikleri

konusunda deneyimi bulunuyor. Bu nano

bileşiklerin metabolik yollardaki temel enzimler

üzerindeki etkilerini inceleyebilmek için uygun

hücre hatlarında in vitro, sonra uygun hayvan

modellerinde in vivo koşullarda eser element

ve mineral metabolizması, sitotoksitite ve

biyouyumluluk deneyleri yapılıyor.

• Laboratuvar, SOD1 mutant amyotrofik lateral

skleroz modeli transgenik sıçanların sitosolik ve

mitokondriyal metabolik düzenlemeleri üzerinde

çalışıyor.


PROTEOMIK UYGULAMALARLA

KANSER OLUŞUM

MEKANIZMALARININ

ARAŞTIRILMASI

Nurhan Özlü ve Ekibi

262


Neler yapıyoruz?

Araştırma grubu, hücre biyolojisi

tekniklerini ve son teknoloji

proteomik yöntemlerini kullanarak kanser

oluşum mekanizmalarını, özellikle

hücre bölünmesi ve metastaz

mekanizmalarını araştırıyor.


PROTEOMİK UYGULAMALARLA KANSER OLUŞUM MEKANİZMALARININ ARAŞTIRILMASI

Araştırma odağı

Ekip, proteomik çalışmalarıyla hücrelerde meydana gelen biyokimyasal

değişiklerin araştırılabilmesi için güçlü araçlar ortaya koymayı hedefliyor.

ÖDÜLLER

L’Oréal Genç

Bilim Kadını

Ödülü

2012

Türkiye Bilimler

Akademisi Genç

Bilim İnsanları

(TÜBA GEBIP)

Ödülü

2013

X. EuPa

(Avrupa Proteomik Derneği)

Yıllık Kongresi, En İyi Poster Ödülü

2016

Newton

Uluslararası Bursu

Royal Society

2017

Türkiye Bilimler

Akademisi Genç

Bilim İnsanları

(TÜBA GEBIP)

Ödülü

2017

ERA-Net E-rare

Nadir Hastalıklar

Araştırma

Projesi

2018

TÜBİTAK

Teşvik Ödülü

2019

264


YÜRÜYEN PROJELER

Hücre bölünmesi ve hücre göçü, kanser gelişimi sırasında etkilenen süreçlerdir. Bu nedenle bu süreçlerin ardındaki

biyokimyasal değişikliklerin tespiti kanser hücrelerini hedefleyebilmek açısından büyük önem taşıyor. Proteomik çalışmalar,

hücrelerde meydana gelen biyokimyasal değişikliklerin araştırılabilmesi için oldukça güçlü araçlar ortaya koyuyor.

• Ekibin araştırma odaklarından birinde, kanserli

hücrelerinin farklı bölünme evrelerindeki (interfaz,

mitoz, sitokinez) fosfoproteomları niceliksel

proteomik yöntemler kullanarak kıyaslandı. Bu

çalışmayla birlikte sitokinez sırasında düzenlenen

fosforilasyon hedeflerinin ayrıntılı bir listesi

ortaya çıktı. Ayrıca hücre iskeleti, hücre zarı ve

hücre döngüsü mekanizması arasında bağlantılı

bir şebeke ortaya koyuldu. (Sci Rep. 2018 Feb

2;8(1):2269 ve JPR 2015 Dec Sep 4;14(9):4087-98.)

• Protein modifikasyonlarında meydana gelen

değişimlerin yanı sıra, hücre yüzey proteomunda

meydana gelen değişimler de ekibin araştırma

alanları arasında yer alıyor. Hücre yüzey proteinleri,

ilaç hedefi olarak kullanılabilme potansiyeline sahip

oldukları için aday hücre yüzey biyobelirteçlerinin

tanımlanması yüksek önem arz ediyor. Bu

nedenle Laboratuvar Grubu’nun çalışmaları, hücre

yüzey proteinlerinin analizi için yeni yaklaşımlar

geliştirilmesi üzerine de yoğunlaşıyor. (J Proteome

Res. 2018 May 4;17(5):1784-1793.)

• Bölünen kanserli hücrelerin proteomlarının

niceliksel proteomik yaklaşımlarla karşılaştırıldığı

çalışma sonucunda hücre bölünmesi sırasında

yüzey yerleşimi artan ve bu nedenle potansiyel

ilaç hedefi olarak değerlendirilebilecek bir grup

proteinin belirlenmesi sağlandı. (EMBO J 2015

Jan 13;34(2):251-65.) Takip eden çalışmalarda, bu

adaylar arasından iki protein karakterize edildi.

Yine proteomik yaklaşımlar kullanılarak etkileşim

partnerleri belirlendi ve sitokinez sırasındaki rolleri

açığa çıkarıldı. (Life Sci Alliance. 2019 Dec 26;3(2).)

• Nurhan Özlü ve Ekibi’nin bir diğer çalışmasında

niceliksel proteomik yaklaşımlar kullanılarak insan

epitel hücrelerinin (HMLE) mezenkimal hücrelere

dönüşümünü tetikleyen translasyon sonrası

protein modifikasyonların sistemik analizi yapıldı.

Bu çalışmayla belirlenen iki yeni metastaz

tetikleyici protein, metastazı önleyebilmek

adına ilaç hedefi olarak değerlendirilebilme

potansiyeline sahiptir. (Mol Cell Proteomics. 2019

Sep;18(9):1756-1771.)

Grubun araştırma odaklarının yanı sıra, pek çok farklı grupla iş birliği çalışmaları da devam ediyor. Son üç yılda

KUTTAM-Omik Merkezi Laboratuvarı kurularak gerek kurum dışı, gerekse kurum içinden diğer gruplara proteomik

analiz olanağı sunulması sağlandı. KUTTAM-Omik Merkezi Laboratuvarı, son teknoloji kütle spektrometresi ve

yüksek performanslı sıvı kromatografisinin yanı sıra, analitik kolon çekme ve doldurma sistemiyle donatıldı. Bu

sistemler sayesinde proteomik analizlerde dışarıya bağımlıklık azaltıldı.


OTOİMMÜN NÖROLOJİK

HASTALIKLARIN MEKANİZMASINI

ANLAMAK: LABORATUVARDAN

KLİNİĞE

Atay Vural ve Ekibi

266


Neler yapıyoruz?

Araştırma Grubu, multipl skleroz ve benzeri

hastalıkların mekanizmalarını araştırmanın

yanında, tanı ve tedavide kullanılabilecek

yeni yöntemler geliştirmeyi hedefliyor.


OTOİMMÜN NÖROLOJİK HASTALIKLARIN MEKANİZMASINI ANLAMAK: LABORATUVARDAN KLİNİĞE

Araştırma odağı

MS ve diğer demiyelinizan hastalıklar yaklaşık her 1.000 kişiden birinde

görülen ve ciddi sonuçları olabilen hastalıklardır. Araştırma Grubu hem hasta

numuneleri hem de deney modellerini kullanarak bu hastalıkların tanı ve

tedavisini kolaylaştıracak yöntemler geliştirmeye çalışıyor.

FONLAR

TÜBİTAK

3501

TÜBİTAK

2226 - H2020/

MSCA Cofund

TÜBİTAK

1001

Alexander von

Humboldt Return

Fellowship

ERA-NET Rare

Disorders

PROJE DESTEKLERİ

• TÜBİTAK 3501 destekli projede multipl skleroz veya

MOG antikor hastalığı şüphesi olan hastaların kan

ve beyin omurilik sıvısı örnekleri ileri akım sitometri

teknikleri ve canlı hücre testleriyle inceleniyor.

• TÜBİTAK 2236 - H2020/MSCA Cofund destekli

projede multipl skleroz hastalığının mekanizmaları

deneysel modeller kullanılarak aydınlatılmaya

çalışılıyor.

• TÜBİTAK 1001 destekli projede nadir bir hastalık

olan çocukluk çağının ALS hastalığının moleküler

genetik temelleri, hasta deri hücreleri motor

nörona dönüştürülerek inceleniyor.

• Alexander von Humboldt Return Fellowship

desteğiyle multipl skleroz hastalığının gidişatını

etkileyebilen özel bir hücre tipinin özellikleri

inceleniyor.

• ERA-NET Rare Disorders Programı kapsamında

katılımcısı olunan PROSPAX çok uluslu ve çok

disiplinli projede nadir hastalıklar olan spastik

ataksi tanısı almış hastaların hastalıklarının seyirleri

sensörlü hareket analizi ve gelişmiş MR teknikleriyle

yıllık takipler halinde inceleniyor.

268


YÜRÜYEN PROJELER

• Laboratuvarın temel araştırma konularından biri,

yeni tanı MS hastalarının kan ve beyin omurilik

sıvılarındaki bağışıklık hücrelerinin tiplerini ve

patolojik özelliklerini incelemek. Bu sayede hastalığı

daha ağır seyredecek olan kişilerin erkenden tespit

edilmesi ve yeni tedavi hedeflerinin saptanması

amaçlanıyor. (TÜBİTAK 3501)

• Grup ayrıca nörolojik hastalık tanısı almış bireylerin

serumlarında hastalık ilişkili otoantikorları

saptayabilen tanısal testler geliştirme üzerine

çalışıyor. Laboratuvar bu amaç için 30’dan fazla

klinikle iş birliği yapıyor. (TÜBİTAK 3501)

• Ekip çalışmalarında deneysel otoimmün

ensefalomiyelit modellerini de kullanıyor. Canlı

2-foton mikroskopi, floresan aktif hücre sıralama

ve transkriptomik yöntemlerle nöroinflamasyon

mekanizmaları inceleniyor. (TÜBİTAK 2236)

• Araştırma Grubu, Mühendislik Fakültesi’yle iş birliği

içinde yeni in vivo görüntüleme ve üç boyutlu

görüntü analizi yöntemleri üzerine de araştırmalar

yürütüyor.

• Ekip ayrıca çocukluk çağı başlangıçlı motor nöron

hastalığında yeni bir hastalık geni tanımlama

üzerine de çalışmalar yürütüyor. Bunun için

NDAL ve Stem Cell Lab ile iş birliği içinde tüm

ekzom dizileme, uyarılmış pluripotent kök hücre

ve CRISPR/Cas9 yöntemleri kullanılıyor. (TÜBİTAK

1001)


SAĞLIK VE HASTALIKTA

HÜCRESEL STRES

YANITLARI VE OTOFAJİ

Devrim Gözüaçık ve Ekibi

270


Neler yapıyoruz?

Devrim Gözüaçık ve Araştırma Grubu, hücresel

stres ve otofaji yanıtlarında rol oynayan

yeni bileşenler ve moleküler mekanizmalar

keşfediyorlar. Bu düzeneklerdeki bozuklukların

hastalık oluşum ve gelişimi üzerine etkilerini

ortaya çıkarıyorlar. Ekibin özgün buluşları,

yeni tanı ve takip yöntemleri yanında yüksek

teknolojili ilaçlar geliştirmeyi sağlıyor.


SAĞLIK VE HASTALIKTA HÜCRESEL STRES YANITLARI VE OTOFAJİ

Araştırma odağı

Laboratuvarda yapılan araştırmalar hücresel stres yanıtları ve otofajiyi düzenleyen

yeni RNA’lar, proteinler ve metabolizma ürünleri keşfetmeyi sağlıyor. Ekibin

bulduğu özgün moleküllerin ve sinyal yolaklarının nasıl çalıştıkları ortaya

konuluyor. Devrim Gözüaçık ve Araştırma Grubu’nun buluşları, kanser ve

dejeneratif hastalıkların oluşum ve gelişimlerini daha iyi anlamalarını, hastalık tanı,

takip ve tedavisi için yeni yaklaşımlar geliştirmelerini sağlıyor.

ANA ODAK NOKTALARI

Hücresel stres ve

otofaji yolaklarını

düzenleyen yeni

moleküllerin ve

sinyal yolaklarının

keşfi

Otofaji ile kanser

uyku hali arasındaki

bağlantıların

araştırılması, metastatik

kansere karşı yeni tanı

ve tedavi yöntemleri

geliştirilmesi

Küçük RNA’ların

kanser ve otofajideki

rollerinin araştırılması,

kansere karşı RNA

temelli yeni tanı ve

tedavi yöntemleri

geliştirilmesi

Özgün buluşlar

ışığında, biyoçip

temelli yeni

hastalık tanı ve

takip yöntemleri

geliştirilmesi

Otofajinin kanser

kök hücrelerindeki

ve kanser-stroma

ilişkisindeki rolünün

ortaya çıkarılması,

buluşların tanı

ve tedavi amaçlı

kullanımı

Otofajinin tümöre

karşı bağışıklık

yanıtlarındaki

rolünün

araştırılması, yeni

immün tedaviler

geliştirilmesi

Kanser ve

nörodejeneratif

hastalıklara karşı

özgün ve hedefli küçük

molekül, antikor ve

nano teknolojik ilaçlar

geliştirilmesi.

272



• Hücreler, stres koşulları altında hayatta kalmak için çeşitli

stres yanıtları geliştirmişlerdir. Önemli stres yanıtlardan

birisi otofajidir. Araştırma Grubu, (Y2H, siRNA, miRNA,

Cripr/Cas9 taramaları gibi) işlevsel genetik taramalar,

(transkriptomik, proteomik, metabolomik analizler

gibi) omik analizler, biyokimyasal, moleküler, hücresel

yöntemler ve deney hayvanları kullanarak otofaji stres

yanıtını düzenleyen yeni RNA, protein ve metabolizma

ürünleri keşfediyor. Ekip, özgün moleküllerin otofaji sinyal

yolakları içindeki görevlerini ortaya koyuyor, yeni bağlantı

ve yolaklar keşfetmek üzere çalışıyor.

• Otofaji alanındaki yeni buluşların hastalıklarla ve özellikle

kanser oluşum, gelişim, metastaz ve tekrarı (relaps)

ile bağlantısını ortaya çıkarmak için 2 ve 3 boyutlu

hücre kültür sistemleri, deney hayvanlarına kanser nakil

modelleri, transgenik ve nakavt fareler geliştiriliyor.

Ekibin çalışmalarında moleküler biyoloji, genetik, genetik

mühendisliği ve biyokimya teknikleri yanında, floresan

ve lusiferaz teknikler, konfokal mikroskopi, elektron

mikroskopisi ve MRI gibi en ileri hücresel ve tüm hayvan

görüntüleme yaklaşımları ile ileri histopatoloji yöntemleri

kullanılıyor. Klinisyen doktorlar ve adli tıp uzmanlarıyla

yapılan iş birlikleri sayesinde araştırma takımının

buluşlarının insan sağlığı için önemi hasta doku örnekleri

ve primer hücreler kullanılarak teyit ediliyor.

• Otofaji ve mitofaji bozukluklarının nörodejenerasyon,

özellikle Parkinson hastalığı ve iskemik beyin hastalığı

oluşumundaki rolü inceleniyor.

• Laboratuvar Grubu, buluşlarının kliniğe translasyonu

amacıyla nano teknoloji ve biyoçip temelli tanı sistemleri

geliştiriyor. Küçük molekül, antikor ve nano teknoloji

temelli yeni ilaçlar keşfediyor.

• Laboratuvar, ABD’deki NIH destekli AIM Otofaji

Mükemmeliyet Merkezi, Uluslararası Otofaji Ağı,

Uluslararası Hücre Ölümü Araştırmaları Derneği (ICDS),

Avrupa Birliği Otofaji ve Protein Yıkım Mekanizmaları

Ağları, EMBO, ECDO, EACR dahil birçok kurum ve kuruluş

ile iş birlikleri yürütüyor.


SİSTEM BİYOLOJİSİ

MOLEKÜLER SEVİYEDE

HASTALIK MEKANİZMALARINI

ANLAMAK

Attila Gürsoy-Özlem Keskin ve Ekibi

274


Neler yapıyoruz?

Attila Gürsoy-Özlem Keskin ve Ekibi, büyük ölçekli yapısal

protein etkileşimlerinin tahmini ve sinyal yolaklarının

modellenmesi için algoritmaların ve yazılımların

geliştirilmesi üzerine çalışıyor. Ayrıca kanser başta olmak

üzere karmaşık genetik hastalıklarda, moleküler seviyede

mutasyonların sinyal yolaklarına olan etkisinin ve fenotipik

özelliklerle olan ilişkilerinin bulunması için çalışmalarını

sürdürüyor.


SİSTEM BİYOLOJİSİMOLEKÜLER SEVİYEDE HASTALIK MEKANİZMALARINI ANLAMAK

Araştırma odağı

Attila Gürsoy-Özlem Keskin ve Ekibi, sistem biyolojisiyle ilintili metotlar

geliştirip hastalıkların mekanizmasını anlamayı hedefliyor. Moleküler dinamik,

derin öğrenme ve yapısal hizalama algoritmaları ve omiks verilerini kullanarak

proteinlerin atomik seviyedeki etkileşimlerini ve dinamiklerinin tahmini, mutasyonyapı-dinamik-fonksiyon

arasındaki ilişkilerin çıkarılması konusunda araştırmalar

yapıyor. Özellikle kanser yolaklarını anlamaya odaklanan ekip, kanserde sıklıkla

mutasyona uğradığı bilinen Ras proteinlerini çalışıyor. Ras proteinleri bütün

kanserlerde yüzde 35, pankreas kanserlerinde yüzde 95 mutasyona uğrayan, ilaç

tasarımı için önemli bir hedef proteindir. Grup, geliştirdiği metotları kullanarak Ras

sinyal yolaklarının araştırılmasına odaklanıyor.

YÜRÜYEN PROJE DESTEKLERİ

ERA-CVD: Nöronal

Fonksiyon

Üzerindeki

Kardiyovasküler

Stres Etkileri:

Bilişsel Bozukluğa

Hücre İçi Yollar

(Cardiostressci)

TÜSEB: 2019-TA-02 Hesaplamalı Yapısal

Biyoloji Stratejik Ar-Ge Proje Çağrısı

kapsamında desteklenen “Yapısal benzerlik

kullanarak ilaçların yeniden konumlandırması

ve yeni hedef proteinlerin bulunması”

TÜBİTAK 2247:

2247-A Ulusal Lider

Araştırmacılar Programı,

İNSAN İNTERAKTOM

PROJESİ: Genom

ölçeğinde yapısal

protein-protein

etkileşim veri

kaynağı

ÖDÜLLER

• Bilim Akademisi Üyesi

• TÜBİTAK Bilim Ödülü

• Koç Üniversitesi Outstanding Faculty Award

• TWAS (The Academy of Sciences for the

Developing World) Teşvik Ödülü

• Türkiye Bilimler Akademisi Genç Bilim İnsanı

(TÜBA GEBİP) Ödülü, 2006

• UNESCO-L’Oréal Co-Sponsored Fellowship

for Young Women in Life Sciences, Fellow of

Europe and North America, 2005

276


YÜRÜYEN PROJELER

• ERA-CVD Projesi: Vasküler bilişsel bozukluğun

(Vascular cognitive impairement, CI) kardiyovasküler

hastalıkla (CVD) sıkı bir şekilde bağlantılı olduğu

bilinmektedir. CardioStressCI projesinin temel

amacı, her iki koşulu birbirine bağlayan nedensel

mekanizmaları tanımlamak ve doğrulamaktır.

• TÜBİTAK-Ulusal Lider Projesi: Deneysel çalışmalar

insan interaktomun yüzde 1-10‘luk kısmını kapsadığı

için güvenilir hesaplamalı metotlarla interaktom

bulunması son derece önemlidir. Ekibin interaktomu

bulmak istemesinin asıl amacı hücredeki biyolojik

süreçleri, hastalıkların sebeplerini derinlemesine

anlamak ve hastalıkların tedavisinde akılcı çözümler

bulabilmektir.

• NIH ile ortak proje: Ras proteinleri hücre dışından

bir sinyal geldiğinde aktif hale geliyor, daha sonra

da alt efektörlerini aktif hale getirerek sinyalin adım

adım iletilmesini sağlıyor. Bu proteini hedef alan

terapötik stratejilerin geliştirilebilmesinde önemlidir

ve bu yönde Ras sinyal yolaklarının genom ölçeğinde

interaktomunun çıkarılması hedefleniyor.


DAHA İLERİSİ İÇİN

HERKESİN

GÖRÜŞÜ

ÖNEMLİ!

278


Çıkardığımız Dersler

Koç Topluluğu genelinde uygulanan Çalışan Bağlılığı ve Memnuniyeti Araştırması 2020 yılında KUTTAM’da da

gerçekleştirildi. KUTTAM çalışanları ankete çevrim içi ortamdan katılım sağladılar. Anket, bağımsız bir kuruluş

olan Kincentric & IDE Consulting tarafından uluslararası gizlilik standartlarıyla yürütüldü. Kişisel cevaplar

hakkında Koç Üniversitesi dahil hiç kimseye bilgi verilmedi ve genel bir raporlama yapıldı. Değerlendirmeler,

Çalışan Bağlılığı ve Memnuniyeti Araştırması vasıtasıyla KUTTAM’a ve merkezin tüm yönetim kademesine

ulaştırılarak bundan sonraki iyileştirme çalışmalarına temel teşkil etti.

KUTTAM özelinde Çalışan Bağlılığı ve Memnuniyeti Araştırması sonuçları aşağıdaki gibidir. Oranlar, Koç

Üniversitesi’nde yapılan Çalışan Bağlılığı ve Memnuniyeti Araştırması anket sonuçlarıyla (genel skorlar,

bağlılık kategorilerine ait ayrıntılı skorlar) karşılaştırılmalı olarak sunuluyor. Bağlılık kategorilerine ait skorlar

incelendiğinde KUTTAM’ın “Ödüllendirme ve Takdir” alt başlığı dışında tüm kategorilerde Koç Üniversitesi

genelinden daha yüksek skorlar aldığı dikkat çekiyor. Özellikle “Marka, Altyapı Olanakları, Karar Alma,

Performans Yönetimi, İş Birliği, Yetenek ve Kadro” kategorilerinde KUTTAM oldukça yüksek skorlara sahiptir.

Bu anketten çıkarılan ders, KUTTAM Yönetim Kurulu’na merkezin çalışanları için daha etkin “ödüllendirme ve

takdir” mekanizmalarının hayata geçirilmesi konusunda harekete geçilmesini teklif etmek, alınacak aksiyonların

takibini yapmak ve etkisini gözlemlemek olacaktır.

Çalışan Bağlılığı ve Memnuniyeti Araştırması Sonuçları

100%

Bağlılık

Marka

Üst Yönetim

İlk Yönetici

Kariyer &

Gelişim

Karar Alma

Performans

Yönetimi

Ödüllendirme

& Takdir

İşbirliği

Yetkilendirme/

Otonomi

İş Aktiviteleri

Altyapı

Olanakları

Çeşitlilik &

Kapsama

Yetenek &

Kadro

İş/ Özel Yaşam

Dengesi

80%

60%

40%

20%

0%

83%

85%

55%

70%

60%

71%

59%

40%

73%

56%

74%

74%

71%

56%

71%

VPRD-KUTTAM - 2020 83% 85% 55% 70% 60% 71% 59% 40% 73% 56% 74% 74% 71% 56% 71%

Koç Üniversitesi - 2020 70% 76% 53% 67% 55% 56% 44% 45% 66% 55% 74% 61% 69% 42% 59%

Fark

(VPRD-KUTTAM - KU Genel)

13 9 1 3 5 15 15 -5 7 1 1 13 2 13 12


DİREKTÖRDEN

GELECEĞE

DAİR

KUTTAM’ın kuruluşunun Koç


bir (d)evrime yol açtığı açık. Bu altyapı

ve işletim modeli Türkiye’nin ihtiyaç

duyduğu inovatif biyomedikal ürün

geliştirme ekosisteminin iyi bir örneği

olacak. 2021’de KUTTAM’ın 6550

kapsamında değerlendirilmesi için

başvuru yapılması planlanıyor.

280


KUTTAM tanıtım

filmini izlemek için kare


Prof. Dr. İhsan Solaroğlu

Kurucu Direktör

Araştırma altyapılarının yaşam döngüsü içinde

bulunan aşamalar göz önünde bulundurulduğunda

KUTTAM’ın kurulum ve gelişme evresini

tamamladığı, olgunlaşma sürecinde ve ulusal

yeterlik aşamalarına doğru ilerlediği dikkat

çekiyor. Bu süreçte diğer tüm merkezler için

de geçerli olan bazı zorlukların olduğu göz ardı

edilmemelidir. KUTTAM için karşılaşabileceği

potansiyel başlıca zorluklar şöyle özetlenebilir:

Sürdürülebilirlik

Üniversite bünyesindeki araştırma merkezleri,

endüstriyle yakın iş birliği içinde çalışmalı,

araştırmacılara sürekli hizmet verebilmeli ve

etkili bir yönetime sahip sürdürülebilir yapıya

dönüştürülmelidir. KUTTAM için üniversitenin

amaç ve hedeflerini karşıladığı sürece bir

finansman planının da hazırlanması hayati önem

taşıyor. Elbette istikrar için ihtiyaçlar sadece

bütçeyle sınırlı değil.

Araştırma Kalitesini En Üst

Düzeye Çıkarmak

Daha fazla sayıda doktoralı araştırmacının

KUTTAM ekibine katılması ve KUTTAM çatısı

altında tam/yarı zamanlı çalışan öğretim üyesi

sayısının artırılmasıyla merkezdeki bilimsel

çıktının artacağı açıktır. Bununla birlikte

araştırmanın niteliğini artırmak için öğrencilerle

farklı kariyerlere sahip öğretim üyeleri arasındaki

etkileşim şansı artırılmalıdır. Mükemmeliyet için

sadece yöneticilerin değil, tüm paydaşların gayret

göstermesi gerekiyor.

Araştırma Kültürünü Değiştirmek

Koç Üniversitesi’nde 19 araştırma merkezi

bulunmasına karşın, KUTTAM’ın farklı bir idari yapısı,

vizyonu ve misyonu vardır. Laboratuvar altyapısı,

kişilere adanmış laboratuvarlar yerine merkezi ortak

kullanımlı laboratuvarlar olarak yapılandırıldı. En

azından ilk yılları boyunca üniversite çapında tüm

öğretim üyeleri, lisansüstü öğrencilerini KUTTAM’da

çalışmaya teşvik etmeli ve disiplinlerarası

araştırmanın faydaları konusunda ikna etmelidir.

Aktivistler bu konuda ödüllendirilmelidir.

Yönetim

Üniversite yönetimi KUTTAM’ın bir sonraki liderini

şimdiden hazırlamalıdır. Zamanını ekip ruhu

oluşturmak, ortak bir vizyon yaratmak için bir araya

getirmeye adayacak yöneticilere ihtiyaç vardır.

KUTTAM ayrıca taleplere, sorunlara ve fırsatlara hızlı

tepki verebilmek için belirli bir hareket özgürlüğüne

sahip olmalıdır. Bir üniversitenin stratejisine karar

verecek en doğru kişiler üniversitenin başarılarından

doğrudan sorumlu kişilerdir. Ortaklıkların başarısını

veya başarısızlığını insanlar belirler. İş birliği yalnızca

sınırları kolayca aşan ve köprü kurmaları gereken

iki kültürü derin bir anlayışa sahip kişiler tarafından

yönetildiğinde iyi çalışır.

Başarı için Koç Üniversitesi

Desteği

İnovasyonda sürdürülebilir başarı için KUTTAM,

endüstri ve akademi arasında samimi, uzun

vadeli, stratejik ortaklıklar geliştirmelidir. Koç

Üniversitesi’nin rolü bu doğal eğilimi bundan sonra

da kolaylaştırmak olmalıdır.


282



KOÇ ÜNIVERSITESI TRANSLASYONEL

TIP ARAŞTIRMA MERKEZI

2017-2020

284



Rumelifeneri-KUTTAM

Koç Üniversitesi, Rumelifeneri Yolu

34450 Sarıyer İstanbul

T: 0212 338 11 54

Koç Üniversitesi Hastanesi-KUTTAM

Davutpaşa Cad. No: 4

34010 Topkapı İstanbul

T: 0850 250 82 50

kuttam.ku.edu.tr

2017-2020 KUTTAM Faaliyet Raporu

Create successful ePaper yourself

Delete template?

Save as template?