Projekt 4. - Institut for Matematik og Datalogi - Syddansk Universitet

Det Naturvidenskabelige Fakultet 

P r o j e k t k a t a l o g 

F o r å r 2 0 1 1 

N a t u r v i d e n s k a b e l i g t P r o j e k t / 

F a r m a c e u t : V a l g f r i t P r o j e k t 

O p l e v v i d e n s k a b

N a t u r v i d e n s k a b e l i g t P r o j e k t / F a r m a c e u t : V a l g f r i t P r o j e k t 

Indhold | Projektoplæg Alfabetisk 

Projekt 1. Aksiomssystemer i matematik ........................................................................................3 

Projekt 2. Artsbestemmelse med proteomics ..................................................................................4 

Projekt 3. Assessment of cell death during tumour PROGRESSION .............................................5 

Projekt 4. "At finde nye lægemidler med Click Chemistry" ............................................................6 

Projekt 5. Bakterier laver strøm .......................................................................................................7 

Projekt 6. Betydningen af lipidbindende proteiner for fedtmetabolismen i fedtvæv ......................8 

Projekt 7. Catching the light ............................................................................................................9 

Projekt 8. Den Ungarske Metode ..................................................................................................10 

Projekt 9. Design og implementation af elevator software ...........................................................11 

Projekt 10. Development of a protein based method for screening of meat quality .....................12 

Projekt 11. Dyrelyde som metode til at bestemme artsdiversitet i naturen ...................................13 

Projekt 12. Effects of pharmaceuticals to aquatic organisms ........................................................14 

Projekt 13. Ekspeditionsdugelig hudcreme ...................................................................................15 

Projekt 14. Er det tungt for en bakterie at bære rundt på resistensgener? .....................................16 

Projekt 15. Facilitetsplacering .......................................................................................................17 

Projekt 16. "Fra cannabis til lægemiddel" .....................................................................................18 

Projekt 17. Fremstilling af lysopfangende nanostrukturer (proteceller)........................................19 

Projekt 18. Fremstilling af undervisningsmaterialer til gymnasieskolen ......................................20 

Projekt 19. Fysiologiske undersøgelser af marsvin .......................................................................21 

Projekt 20. Får jeg rigtig mængde af mit lægemiddel? .................................................................22 

Projekt 21. Har brugere af bisfosfonater en øget forekomst af esophaguscancer? ........................23 

Projekt 22. Havets biologiske filtre ...............................................................................................24 

Projekt 23. HIV lægemidler ...........................................................................................................25 

Projekt 24. Høretest af marsvin .....................................................................................................26 

Projekt 25. Identificerer bakterier og deres funktion i naturlige miljøer med nye 

molekylærøkologiske teknikker. ...................................................................................................27 

Projekt 26. Identificering af podocyt-spefikke peptider ved phage display ..................................28 

Projekt 27. Identifikation og differentiering af patogene bakterier med forskellige serotyper fra 

kliniske prøver ...............................................................................................................................29 

Projekt 28. Iltdynamik i marine sedimenter ..................................................................................30 

Projekt 29. Importance of protein tyrosine phosphorylation for normal and cancer cell signaling. 

.......................................................................................................................................................31 

Projekt 30. Indkapsling af hydrofile molekyler i nanocontainere .................................................32 

Projekt 31. Infektionsbiologi: hvordan invaderer bakterier vores celler? .....................................33 

Projekt 32. Interview vedrørende lægemidler: Hvor meget ved den almindelige borger om 

lægemidler? Et brugbart socialt studie ..........................................................................................34 

Projekt 33. Invasive marine arter – truer de havmiljøet? ..............................................................35 

Projekt 34. Investigation of glycosylated proteins in wine – towards making allergy friendly 

wine ...............................................................................................................................................36 

Projekt 35. Ion- og vandtransport proteiner i fiskegællen .............................................................37 

Projekt 36. Kan osteoporosemedicin anvendes til en teenager? ....................................................38 

Projekt 37. Kaos ............................................................................................................................39 

Projekt 38. Kemisk sørestaurering .................................................................................................40 

Projekt 39. Kilder til kontaminering i rene rum ............................................................................41 

Projekt 40. Kloning af nye antibiotikaresistensgener fra miljøet ..................................................42 

Projekt 41. Lægemidler, gifte og NMR .........................................................................................43 

i


Projekt 42. Lægemidlers biofysiske kemi: barrier, carrier, target ...............................................44 

Projekt 43. Medicinalkemi: Design og syntese af nye stoffer for behandling af type 2 diabetes .45 

Projekt 44. Molekylære computere og supramolekylær kemi .......................................................46 

Projekt 45. Molekylær Sygdomsgenetik: Hvad er (u)normalt? .....................................................47 

Projekt 46. Måling af størrelsen af nanopartikler ..........................................................................48 

Projekt 47. Nanopartikler i kampen mod kræft .............................................................................49 

Projekt 48. Nitrat og metan – to vigtige brikker i den globale opvarming ....................................50 

Projekt 49. Numerical and statistical aspects of nonlinear regression ..........................................51 

Projekt 50. Online Job Assignment ...............................................................................................52 

Projekt 51. Online Stock-trading Game ........................................................................................53 

Projekt 52. Plantemedicin mod fedme? .........................................................................................54 

Projekt 53. Polymorphism in crystalline aspirin: new tricks with mankind‟s oldest drug ............55 

Projekt 54. Programmering af Algoritmer i Hardware ..................................................................56 

Projekt 55. Psykofarmaka mod antibiotika-resistente Stafylokokker? ..........................................57 

Projekt 56. ”RNAi-Lægemidler og UNA” ....................................................................................58 

Projekt 57. Simulation af Polymerer, DNA og surfaktanter ..........................................................59 

Projekt 58. Simulation with Cellular Automata ............................................................................60 

Projekt 59. Skader det antipsykotisk middel olanzapin fosteret, hvis det anvendes under 

graviditet? ......................................................................................................................................61 

Projekt 60. Smart climbing – Geckos have it in their feet .............................................................62 

Projekt 61. Smågnavere i Svanninge Bjerge .................................................................................63 

Projekt 62. Struktur af G-quadrupleksen i de humane telomerer ..................................................64 

Projekt 63. Vand - biologiens ideelle opløsningsmiddel ...............................................................65 

Projekt 64. Vej dine egne molekyler .............................................................................................66 

Projekt 65. Vitamins and Minerals ................................................................................................67 

Projekt 66. Watching proteins on the move ..................................................................................68 

Projekt 67. Ændret genekspression under udvikling af åreforkalkning ........................................69 

ii


Projekt 1. Aksiomssystemer i matematik 

Vejleder: Matthias Kriesell, kriesell@imada.sdu.dk 

Institut: Institut for Matematik og Datalogi (IMADA) 

Praktisk del: Projektet er teoretisk 

Gruppeplacering: Biblioteket 

Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 5 deltagere. Én gruppe kan arbejde med projektemnet. 

Kommentarer: Ingen 

Keywords: 

Matematik, aksiom, bevis, calculus, tal, mængdelære, determinant, gruppe, 

topologi 

Abstract 

Det aksiomatiske metode blev et hjørne 

sten af matematik i det 20. århundrede, 

men var allerede kendt som tilgang fra 

Euklids elementer. Den grundlæggende 

idé er at man definerer et matematisk område, 

eller objekt, ved at stille nogle egenskaber, op som tages at være sande. Disse kaldes postulater 

eller aksiomer. Derefter bygger man sætninger og andre resultater op kun ved hjælp af 

disse aksiomer og deduktionsregler fra logik. 

Det er vigtigt at der ikke er noget modstrid mellem de forskellige aksiomer, men der skal være 

aksiomer nok så at man kan bevise noget nyttigt. I opstillingen er det er ofte et mål at der ikke 

skal være flere aksiomer end nødvendigt, men det balanceres med at aksiomerne skal være enkle. 

Metoden kan anvendes på mange forskellige måde, og det er ideen med projektet at gruppen finde 

nogle emner der interessere dem og se hvordan de er relateret til aksiomssystemer. 

Over tiden er der opstået nogle aksiomer som er lidt kontroversielle. Et eksempel er udvalgsaksiomet 

fra mængdelære som siger at givet vilkårlige mange kasser man kan altid udvælge element 

fra hver af kasserne. Som sådan er aksiomet ret naturligt, og er stort set blevet 

en del af standard matematik, men det har nogle mærkelige konsekvenser. 

Mulige undersøgelsesområde i projektet inkludere: 

- opbygning af tal systemer 

- mængdelære 

- determinantfunktioner for matricer 

- gruppeteori og symmetri 

- udvalgsaksiomen og dens omformuleringer 

- matroids 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (LaTeX). 

Anbefalede: Maple 

Litteraturliste over metode artikler, som udleveres til de studerende 

afhænger meget af gruppens interesse. En bog der dækker nogle af emnerne ovenfor er 

H. B. Enderton, Èlements of Set Theory', Academic Press 1977, ISBN 0-12-238440-7 

3


Projekt 2. Artsbestemmelse med proteomics 

Vejleder: Peter Højrup, php@bmb.sdu.dk 

Institut: Institut for Biokemi og Molekylær Biologi 

Praktiske del: PR-gruppens laboratorie ved BMB 

Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 4 deltagere. Én gruppe kan arbejde med projektet. 

Kommentarer: Vejledning og formidling foregår på dansk eller engelsk. Præsentationer, rapporter, 

osv. fra studerende må foreligge enten på dansk eller på engelsk. 

Keywords: 

Experimentelt projekt; proteiner; sekvensbestemmelse; bioinformatik; massespektrometri; 

Abstract 

Alt levende er bygget op af lipider, kulhydrater, nukleotider og proteiner. Da lipider og kulhydrater 

syntetiseres af proteiner, kan man ikke være sikker på at de er artsspecifikke, mens proteiner 

som er kodet af DNA vil være det. Den primære struktur af proteiner kan analyseres med en 

række teknikker, men på grund af følsomhed og hastighed, er massespektrometri i dag den langt 

overvejende analysemetode til ikke-specifik analyse af proteiner. Disse teknikker, som generelt 

omtales som proteomics, kan bruges til både at identificere og kvantificere proteiner, selv i meget 

komplekse blandinger. 

Metoden går i korthed ud på at proteiner separeres, gerne ved hjælp af en kromatografisk teknik, 

hvorefter de spaltes med et specifikt enzym, som vil generere en blanding af peptider. Ved hjælp 

af massespektrometri kan den eksakte molekylevægt dernæst bestemmes (med få ppm‟s nøjagtighed) 

og ved databasesøgninger kan man dernæst identificere proteinet, både med hensyn til 

type og art. Hvis det ikke umiddelbart kan lade sig gøre at identificere proteinet, kan mere avancerede 

teknikker som lc-ms/ms anvendes 

1877.0 

50 

1511.7 

Intensity 

0 

1101.6 

1365.7 

2767.1 

2033.1 2114.9 

1209.6 

1257.7 

1163.6 1268.6 1718.3 1861.8 1995.9 2332.2 

3435.6 

756.38 864.46 878.49 939.48 994.57 1008.4 1017.5 1058.5 1137.5 1146.5 1176.6 1192.5 1542.7 1552.6 1561.8 1568.8 1577.8 1666.7 1681.8 1756.8 1795.9 1847.8 1934.0 2018.9 2366.12626.1 

2750.1 2783.1 3451.6 

1000 m/z 

3500 

C:\moverz\program\C9_MS_1.massml (19:48 11/29/09) 

Description: Baxter 1 

I den senere tid har der været en række opsigtsvækkende historier i nyhedsmedierne, hvor forretninger 

har behandlet kødvarer på upassende vis. Et af tilfældene var bl.a. at lammekød var blandet 

op med svinekød. Vi vil opsætte en protokol til at analysere om en given arts kød er iblandet 

andet kød og teste for følsomheden af metoden. 

Metoden vil tage udganspunkt i de kendte metoder til proteomics, bl.a. massespektrometri, gel 

elektroforese, aminosyreanalyse. Yderligere teknikker vil være tilgængelige i laboratoriet. 

Minikurser 

Obligatoriske: Projektarbejde (Microsoft, NAT) 

Anbefalede: Ingen 


Øvelsesvejledning, bogkapitler og enkelte artikler. 

4 

Massespektrum af en tryptisk 

fordøjelse af toxinet fra Bordetella 

pertussis, bakterien som 

forårsager stivkrampe.


Projekt 3. Assessment of cell death during tumour 

PROGRESSION 

Vejleder: Barbara Guerra, bag@bmb.sdu.dk 

Birgitte B. Olsen, bbo@bmb.sdu.dk 

Institut: Biokemi og Molekylær Biologi 

Praktisk del: BMBs øvelseslaboratorium 




Keywords: 

Cancer, cell death, DNA damage, chemotherapeutic agents 

Abstract 

1. One of the most important tasks in Cell Biology is to understand the molecular mechanisms 

that control normal cell behaviour and how they are disrupted in cancer. The identification of 

alterations that promote cancer progression means to find new opportunities for treating the disease. 

The induction of cell death is one of the most important weapons we have to treat cancer. 

Defects in cell death are, in fact, considered a hallmark of cancer and are known to cooperate 

with other oncogenic lesions during cancer development and progression. A successful response 

to a tumour-specific treatment by chemotherapeutic agents includes the activation of a form of 

cell death known as apoptosis. This tumour-suppressor process is the subject of intensive studies 

for the control of invasive cellular growth that kills an organism. 

2. In the current project, it will be possible to evaluate the impact of various classes of chemotherapeutic 

compounds on cancer cells by a morphological analysis of cells (phase contrast and fluorescence 

microscopy) and the application of various biochemical and biophysical techniques 

(SDS gel-electrophoresis, Western blot, Flow cytometry). A comparative analysis on the kinetic 

of cell death-induction will dictate the outcome of a specific treatment determining its therapeutic 

validity. 

Minikurser 

Obligatoriske: Projekt arbejde (Microsoft, Nat) 



Johnstone R.W., Ruefli A.A., Scott W.L. 

Apoptosis: a link between cancer genetics and chemotherapy. 

Cell, 108(2), 153-164, 2002. 

Additional material will be distributed during the course. 

Cells entering apoptosis 

5


Projekt 5. Bakterier laver strøm 

Vejleder: Bo Thamdrup, bot@biology.sdu.dk 

Institut: Biologisk Institut 

Praktisk del: Ja 




Keywords: 

mikrobiologi, energi, redox-processer, nanowires, elektricitet 

Abstract 

Bakterier kan producere elektrisk strøm og danne mikroskopiske ledninger kaldet nanowires. 

Disse to opdagelser, som er opdaget indenfor de seneste fem år, har lagt grundlaget for et helt nyt 

forskningsfelt på grænsen mellem biologi, molekylærbiologi, fysik og kemi. Strømproduktionen 

sker i forbindelse med bakteriernes forbrænding af organisk materiale (”mad”). I stedet for at 

bruge ilt, som vi gør det, kan bakterierne overføre elektroner til en elektrode og derved drive et 

elektrisk kredsløb. Man kan f.eks. udnytte denne evne ved at placere en elektrode i et iltfrit miljø, 

hvor bakterier er aktive i nedbrydning af organisk materiale, f.eks. i havbundens mudder eller i 

spildevandsslam. Elektroden forbindes til en anden elektrode placeret i det overliggende iltholdige 

vand, og man har nu et ”bakterielt batteri”, der kan drive små elektriske apparater. Overførslen 

af strøm fra bakteriecellen til elektroden kan ske gennem de bakterielle nanowires, der også 

kan fungere som elektrisk forbindelse imellem bakterier, eller mellem bakterier og mineralkorn, 

der fungerer som halvledere. På den måde kan der dannes elektriske netværk, med transport af 

elektroner over flere cm. Den bakterielle produktion og transport af strøm åbner 

Projektet går ud på at konstruere bakterielle batterier og undersøge potentialet for strømproduktion. 

Ved at sammenligne forskellige typer substrat (som f.eks. havbundsmudder eller slam) og 

lave manipulationer som tilsætning af ekstra føde til bakterierne eller ændring af temperaturen, 

kan man undersøge hvilke faktorer, der regulerer effektiviteten. Ved hjælp af mikrosensorer kan 

man desuden undersøge strømtransporten i batteriet og belyse effektiviteten i overførselen af 

strøm til elektroden – batteriets indre modstand. På dette grundlag kan man vurdere mulighederne 

for at udvikle batterier, der kan bruges i praksis, og måske komme med ideer til andre anvendelser 

af bakteriernes evner. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (Microsoft, Nat). 



M. Buckley, J. Wall: Microbial Energy Conversion. ASM Colloquium Report, 2006 

D.R. Lovley: Bug juice: harvesting electricity with microorganisms. Nature Reviews Microbiology, 

4: 497-508, 2006. 

www-ressourcer: 

www.geobacter.org/research/microbial/ 

www.geobacter.org/research/nanowires/ 

www.microbialfuelcell.org/ 

7


Projekt 6. Betydningen af lipidbindende proteiner for 

fedtmetabolismen i fedtvæv 

Vejleder: Ann-Britt Marcher (abm@bmb.sdu.dk) 

Susanne Mandrup (s.mandrup@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: Institut for Biokemi og Molekylær Biologi 


Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 4 deltagere. Én gruppe kan arbejde med projektet 


Keywords: 

Lipidmetabolisme, Knockout mus, Acyl-CoA bindende protein 

Abstract 

Fedme og livsstilsrelaterede sygdomme som hjertekar-sygdomme og type II diabetes er et stadigt 

voksende problem i den industrialiserede del af verden. For at forstå hvorfor disse sygdomme 

opstår, og forstå de cellulære mekanismer bag sygdomsudviklingen, er man nødt til at vide, 

hvordan metabolismen i forskellige væv og på cellulært niveau er reguleret. Alle vores organer 

består af én eller flere slags celler, som alle er afgørende for organets funktion. Fedtvævet består 

af adipocyter, hvis primære funktion er at oplagre overskydende fedt fra blodet, så dette ikke har 

toksisk effekt på andre organer. Derudover er det også fedtvævets funktion at nedbryde oplagret 

fedt (lipolyse) og udskille fedtsyrer til blodet. Dette er nødvendigt i en fastetilstand, hvor vi har 

behov for at tære på vores fedtdepoter for at lave energi til opretholdelse af alle kroppens processer. 

De udskilte fedtsyrer optages af de andre væv i kroppen, som nedbryder fedtsyrerne for at 

danne energi i form at ATP. 

For at forstå, hvordan metabolismen er reguleret, er man nødt til at zoome ind på individuelle 

gener og proteiner og undersøge, hvilke funktioner de har i kroppen. For at undersøge specifikke 

proteiners funktion, kan man fjerne det gen, som koder for proteinet. Derved bliver proteinet ikke 

udtrykt i cellerne, og de ændringer, der sker som følge her af, kan hjælpe en til at forstå, hvilke 

processer i cellen proteinet regulerer, eller er nødvendig for. Denne metode har vi anvendt og 

genereret mus der mangler acyl-CoA-bindende protein (ACBP) i alle deres væv (ACBP -/- mus). 

ACBP er et lille intracellulært protein som binder fedtsyrer og transporterer dem rundt mellem 

forskellige enzymsystemer involveret i lipidmetabolismen. Vi har valgt at undersøge ACBPs 

funktion ved hjælp af dyreforsøg, for at sætte proteinets funktion i en fysiologisk sammenhæng, 

hvor hver celletype samarbejder for at opretholde metabolisk homeostasis. 

Projektets formål vil være at undersøge, hvordan det påvirker lipidmetabolismen i fedtvævet, når 

man fjerner et lille fedtsyrebindende protein, i dette tilfælde ACBP. For at undersøge dette vil vi 

udtage små stykker fedtvæv (explants) fra vildtype og ACBP -/- mus og dyrke vævet i petriskåle i 

vores celledyrkningslaboratorium. Her vil vi give vævet forskellige behandlinger for at undersøge 

aktiviteten af lipidsyntesen (lipogenesen) og lipolysen, og se hvordan disse processer er påvirket 

når ACBP ikke er udtrykt i vævet. 

Minikurser 




Advances in adipose tissue metabolism, M Lafontan, International Journal of Obesity (2008) 

8


Projekt 7. Catching the light 

Vejleder: Beate Klösgen, kloesgen@ifk.sdu.dk 

Institut: IFK, Dep. of Physics and Chemistry 

Gruppeplacering: IFK, MEMPHYS labs 

Gruppestørrelse: 3 participants per group, 2 groups 

Kommentarer: teaching language will be a mixture of English 

and Danish ; reporting / presentation can 

be chosen to be performed in either language 

Keywords: 

biophysics: plant pigments in photosynthesis; solar energy 

Abstract 

The only true energy input to our global system is by transfer of photonic energy from radiation 

incident from the sun to the surface of our planet. This drives our climate and provides secondary 

energetic input used in wind or tidal power stations. An at least as essential contribution to the 

global energy budget is however the photosynthetic power transfer that resides in a pigment system 

developed by the plants: it is the source of oxygen balancing and of all energy that drives the 

biochemistry of the coexisting species starting from the plants themselves but as well covering 

the needs of all higher organisms via the food chain. 

The project shall provide a starter insight into energy balance and energy throughput focussing 

on the photosynthetic contribution. The conditions of light absorption by plants as due to their 

specialized pigment systems developed during evolution so far will be studied. It will be seen 

how a mix of different pigments serve to cover the energetic input of the visible solar spectrum. 

The coupling of the light absorption to the generation of oxygen will be demonstrated in a small 

self-built bio-reactor. 

The practical part involves 

information assembly 

(spectra, total energy input to the globe surface; plant conversion efficiency, …), 

extracting pigments from different plant leaves (your choice of leave !) , 

identifying the different pigment components by separation, 

characterizing them by the related absorption spectra 

and the building of a small light dependent bio-reactor. 

The project will start with reading assignments and discussions. Students will learn to assemble 

the information required using the local library and electronic data bases. They will bring their 

own selection of leaves (3-4 types per group) to be analysed, and will learn the experimental details 

to process the material into fragments, and to characterize the component properties. The 

relation between the colour appearance and the absorption measured on the leave extracts will be 

discussed. The mechanism of oxygen production by light absorption will be seen. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (Microsoft, Nat) 



Handout material will be offered from week 1. Additional material will be found during a literature 

search (university library, internet, data bases ). 

9


Projekt 8. Den Ungarske Metode 

Vejleder: Bjarne Toft, btoft@imada.sdu.dk 


Praktisk del: Teoretisk arbejde 

Gruppeplacering: IMADA eller Bibliotek 



Keywords: 

Hungarian method, combinatorial optimization 

Abstract 

I en tabel med n gange n tal arrangeret i n rækker og n søjler skal man vælge ét tal fra hver række 

og søjle, (dvs n tal ialt) sådan at summen af de n valgte tal bliver mindst (eller størst) mulig. Antal 

muligheder for at vælge de n tal er eksplosiv stort (nemlig n!), men der findes alligevel en 

meget effektiv metode til at løse problemet. Matematikere i Ungarn havde allerede i 1930'erne 

fundet en god matematisk sætning, som karakteriserede løsningen, men det var amerikaneren 

Harold W. Kuhn som i 1955 udviklede en praktisk effektiv metode til at finde løsningen. Der er 

tale om en god historie, som understøtter formodningen om at de problemer som matematikere 

kan finde gode løsninger til er de samme problemer som dem dataloger kan finde effektive algoritmer 

for. 

Minikurser 




Se artiklen http://www.cs.elte.hu/egres/tr/egres-04-14.pdf 

10


Projekt 9. Design og implementation af elevator 

software 

Vejleder: Kim Skak Larsen, kslarsen@imada.sdu.dk 

Institut: Institut for Matematik og Datalogi 

Praktisk del: Programmering 



Kommentarer: Projektet er sœrligt velegnet til studieordning i datalogi 

Keywords: 

Datalogi, simulering, programmering 

Abstract 

Projektet omhandler software for elevatoropførsel i et elevatorsystem med mindst to elevatorer 

og et passende stort antal etager. Når en elevator kaldes til en etage ved et tryk på en knap, har 

man algoritmisk set et valg omkring, hvilken elevator man vil sende afsted. Dette valg vil influere 

muligheden for hurtigt at sende en elevator til næste kaldte etage. Valget kan basere sig på data 

i systemet i øjeblikket, historiske data og statistiske data. Man kan også træffe valget med 

henblik på at undgå visse worst-case opførsler. I dette projekt skal der designes algoritmer til afvikling 

af elevatorerne. 

Der skal ses på forskellige brugerscenarier, hvor de ekstreme er meget travle perioder (morgentrafik), 

samt perioder, hvor man kan forvente kun at servicere een person af gangen (nattrafik). 

Morgentrafik kan analyseres gennem computer-simulering. Dvs. at et brugermønster kan modelleres, 

et simuleringsværktøj kan programmeres, og forskellige algoritmer kan undersøges under 

ens betingelser. Nattrafik kan analyseres på lignende måder, eller man kan overveje mere teoretiske 

vurderinger. Et oplagt mål for optimering af systemet er ventetid. Man skal overveje, hvordan 

det kan defineres præcist, samt gennemtænke andre mål, man kunne opstille for systemets 

opførsel. 

Endelig kan man ud over at designe algoritmer til eksisterende elevatorsystemer overveje også at 

involvere sig i designet af den mekaniske del af elevatorsystemet. Hvilken indflydelse på det 

samlede system vil det for eksempel have, hvis man på enhver etage ikke blot kan trykke på en 

tilkaldeknap (evt. en op/ned knap), men kan angive den etage, man ønsker transport til? 

Minikurser 


Anbefalede: Ingen. 


http://en.wikipedia.org/wiki/Discrete_event_simulation 

11


Projekt 10. Development of a protein based method 

for screening of meat quality 

Vejleder: Martin Røssel Larsen, mrl@bmb.sdu.dk, Sara Eun Lendal saral@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: Protein Research Group – Larsen Group at BMB 

Gruppeplacering: Library 

Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 4 deltagere. One group can work on the project. 

Kommentarer: Supervision and presentations will be in Danish or English 

Keywords: 

Meat quality, protein chemistry, mass spectrometry, Selected Reaction Monitoring 

Abstract 

During the last couple of years there has been a significant increase in the number of incidents in 

the Danish supermarkets where the quality of the meat, especially minced meat from lam, have 

been compromised due to contamination with meats from other species, such as pork. This of 

cause presents a significant problem as some religious believes is not allowed to consume meat 

from certain animals, such as pork. Presently, the test of meat quality is based on antibody recognition 

such as ELISA and the polymerase chain reaction (PCR) tests which are time consuming 

and in many cases not informative enough. 

An alternative way to distinguish between meat from various species is based on highly homologous 

proteins i.e., proteins which are very similar in amino acid sequence. Many house-keeping 

proteins are very similar and have only small changes in the amino acid sequence. If these 

changes in amino acids can be identified one can set up a simple test using modern mass spectrometry 

for testing the presence of contaminating meat in minced meat. 

In this project we will explore the use of modern proteomics technologies including mass spectrometry 

for testing the contamination of minced meat with meat from other species. Specifically 

we want to find specific proteins that are highly homologous between lam and pork that are specific 

for the two species, respectively. These proteins are found from raw meat bought in a supermarket. 

Once such proteins are found, specific fragments from those proteins will be used to 

set up a quantitative test for meat contamination using a new mass spectrometric technology 

termed selected reaction monitoring (SRM). If successful, the method will be used to screen 

minced lam meat from various supermarkets. 

Minikurser 




Øvelsvejledning, bogkapitler og udvalgte artikler 

12


Projekt 11. Dyrelyde som metode til at bestemme 

artsdiversitet i naturen 

Vejleder: Annemarie Surlykke, ams@biology.sdu.dk 


Praktisk del: Feltstation i Søgård (3-4 dage) 

Gruppeplacering: Bibliotek 

Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 5. To grupper kan arbejde med projektet. 


Keywords: 

Lydproduktion, artsbestemmelse, adfærd, støj 

Abstract 

Lyd er en vigtig del af kommunikationen hos mange dyregrupper, og ofte vil f.eks. fugles sang, 

græshoppers striduleren eller flagermus‟ sonarsignaler afsløre, at de er der, selvom man ikke kan 

få øje på dem. Derfor kan man bruge detektion/optagelse af dyrelyde som en non-intrusiv metode 

til at lave opgørelser over artssammensætningen i et område eller en habitat. 

I projektet arbejdes med flagermus, hvis lyde skal optages og beskrives og karakteriseres tilstrækkeligt 

godt til at de kan bruges til artsbestemmelser. Det gøres ved at optage lydene med 

kalibreret lyd-optageudstyr og moderne IT-metoder så man har digitale signaler, der skal analyseres 

for at lave spektrogrammer der kan sammenlignes med reference-værker, så arterne kan 

gættes/bestemmes. Der skal ses på hvordan de forskellige dyr fordeler frekvenserne mellem sig, 

og hvordan evt. støj påvirker dem, så de ikke laver lyd, der hvor der er støj eller mange andre dyr 

på ”linien”. Alle eksperimenter planlægges så man har et passende antal (n) for hvert dyr / habitat. 

Dvs. metoderne omfatter dataindsamling (lydoptagelse og lagring), lydanalyse, forsøgsplanlægning 

og statistiske analyser. Der er mange forskellige akustiske og biologiske betingelser, der 

er bestemmende for hvilke lyde dyr bruger til kommunikation. Lydens frekvens og intensitet influerer 

på hvor langt væk lyden kan høres ikke bare af artsfæller, men også evt. fjender. Høretærskler 

og bevoksningen i habitatens er andre faktorer der påvirker kommunikationafstanden. I 

projektet skal disse og andre faktorer vurderes i forhold til de opnåede resultater. 

Minikurser 


Anbefalet: Signalanalyse 


Ikke angivet 

13


Projekt 12. Effects of pharmaceuticals to aquatic 

organisms 

Vejleder: 

Institut: 

Praktisk del: Biologisk Institut, Week 19 


Claudia Wiegand, wiegand@biology.sdu.dk 

Biologisk Institut 


Kommentarer: Teaching will be in English 

Keywords: 

pharmaceutical residues in the environment, effects on non-target organisms, 

toxicity testing, concentration-response relation, Daphnia magna, 

Abstract 

Pharmaceutical residues of human or veterinary applied medicines have been detected in various 

parts of the environment, for example in effluents of sewage treatment plants (STP), rivers, seawaters, 

groundwater and even some drinking waters. 

Pharmaceutical drugs, used for treatment of human or animal diseases, are designed for a specific 

effect at low doses. They may be partially metabolized in the organism or excreted unmodified. 

In sewage treatment plants many pharmaceutical drugs are insufficiently degraded and consequently 

enter the aquatic environment still exhibiting biological activity, as so called pharmaceutically 

active compounds (PhACs). Veterinary applied drugs often reach the environment via 

application of manure on the fields. From there they can be flushed into aquatic ecosystems during 

strong rain events. Due to that, the aquatic flora and fauna after sewage treatment plants or in 

vicinity of agricultural areas may be continuously exposed to mixtures of PhACs. 

Consequently, investigation of biological effects of PhACs on aquatic organism is a rising field 

of scientific interest. 

This project will therefore address the question: 

What acute and chronic ecotoxicological effects may be elicited by pharmaceuticals? 

This can be investigated in experimental setups in the laboratory. Daphnia magna is a frequently 

used model organism for toxicity testing, and parameters such as survival and fecundity or enzymatic 

reactions can be determined. 

Minikurser 




acute and chronic toxicity testing with Daphnia: OECD guideline 202 

Karl Fent, Anna A. Weston, Daniel Caminada: Ecotoxicology of human pharmaceuticals 

Aquatic Toxicology 76 (2006) 122–159 

B. Halling-Sorensen j , S. Nors Nielsen, P. F. Lanzky, F. Ingerslev, 

H.C. Holten Liitzhofl and S.E. Jorgensen: Occurrence, Fate and Effects of Pharmaceutical Substances 

in the Environment- A Review 

Chemosphere, Vol. 36, No.2, pp. 357-393, 1998 

14


Projekt 13. Ekspeditionsdugelig hudcreme 

Vejledere: Annette Bauer-Brandl, annette@ifk.sdu.dk 

Beate Klösgen, kloesgen@ifk.sdu.dk 

Institut: Institutter: Institut for Fysik og Kemi (IFK) 

Praktisk del: framstilling af hudkrem, stabilitetstesting; undervisningslab (IFK), Lab 7 

(IFK) 



Kommentarer: Projektet er primært dog ikke udelukkendes tænkt til farmaceutstuderende 

Keywords: 

creme, emulsjon, grænseflade, overfladeaktiv stoff, faseinversion 

Abstrakt 

Huden er krops største organ, og den er ansvarlig for mange vigtige funktioner som grænseformering. 

Sund hud er meget elastisk og holder specielle transportegenskaber som søges at udnytte 

til anvendelse af medikamenter. I ekstrem kulde er det vigtigt at beskyde huden mod frost, og i 

ekstrem varme er det vigtigt at holde huden fugtigt, men ofte er huden forsvedt og creme kan ikke 

bruges. Temperatur, så vel højt som lavt, og salt / sved kan føre til at brugsegenskaberne til 

hudcreme forandrer sig sådan at cremen bliver uanvendelig. 

Creme er en emulsion. Ved høg temperatur så vel som i kontakt med salt kan olje- eller vanddråberne 

flyde sammen for at reducere grænsefladeenergi og cremen bliver flydendes og ubrugelig. 

Grænseflade stabilitet mellem olje- og vanddråberne understoettes i cremer og emulsioner med 

overfladeaktive stoffer (tensider). 

Egenskaberne af creme hænger selfølgelig først og fremst sammen med sammensætningen. Den 

er deklareret (kvalitativt) på kosmetiske produkter, samt at der findes opslagsværk med standardopskrifter. 

Men metode at fremstille cremer på er også vigtigt for egenskaberne. I projektet 

skal der vælges nogle cremeopskrifter og undersøges hvordan forskjellige maskiner / metoder 

påvirker creme-egenskaberne, fx. stabilitet og brugbarhed af disse produkter ved forskjellige miljøindflytelser. 

Sammenlignes med industriprodukt. 

Målet for projektet er at forstår forskel mellem løsninger, dispersioner, og emulsioner, og deres 

egenskaber til brug i farmaceutisk omrade. Endelig skal eksperimenteres og findes ud om det er 

muligt på laboratoriet at lave en god creme i små skala som er stabil mod inflydelser (f.x. temperautr, 

saltvand etc), dvs. som kan konkurrere med industriprodukter. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (Farma, Nat) 


Litteraturliste over metode artikler, som udleveres til de studerende. 

15


Projekt 14. Er det tungt for en bakterie at bære rundt 

på resistensgener? 

Vejleder: Birte Vester, b.vester@bmb.sdu.dk 

Institut: Institut for Biokemi og Molekylær Biologi (BMB) 

Praktisk del: BMB´s øvelseslaboratorium 




Keywords: 

bakterier, antibiotika resistens 

Abstract 

Det er efterhånden velkendt at vi er ved at få et meget stort problem med resistente bakterier, der 

ikke hæmmes af de antibiotika vi bruger i sygdomsbekæmpelse af bakterieinfektioner. Vi kan 

ikke udrydde antibiotikaresistens, så vi må lære at leve med den. Det kræver at vi får meget mere 

viden om, hvordan resistens opstår og spredes og hvordan vi kan begrænse den. Resistens kan 

skyldes vidt forskellige ting og nogle slags opstår hele tiden som følge af små mutationer mens 

andre slags skyldes overførsel af gener. I forskningen bruger vi også antibiotikaresistens som 

markører for at kunne ”finde/gro” de bakterier, hvori vi har indført et bestemt plasmid med en 

egenskab vi vil undersøge. Når plasmiderne også bærer et resistensgen vil selektion med det tilhørende 

antibiotika bevirke at kun de bakterier der har plasmidet vil kunne vokse. 

Udenfor laboratoriet må bakterier kæmpe for overlevelse, både m.h.t. miljøbetingelser og føde 

og konkurrence med andre bakterier. Dem der vokser hurtigst vil ”overgro” de andre hvis de skal 

leve at det samme. Så hvad koster det at blive/forblive resistent? Hvad koster forskellige slags 

resistens? Kan bakterierne slippe af med resistensen igen? Hvor mange slags resistens har man 

råd til at bære rundt på? O.s.v. 

Projektdeltagere vil få mulighed for at undersøge resistensmekanismer i E. coli. Forskellige 

stammer og forskellige plasmider med resistensgener vil være til rådighed. Der vil være adgang 

til at vokse bakterierne i tilstedværelse af forskellige antibiotika og enten måle vækst i medie eller 

antal af bakterier på agarplader. Afhængigt af gruppens interesse kan der evt. også klones resistensgener. 

Minikurser 




Antibiotic Resistance: An Ecological Perspective on an Old Problem. Hentes fra: 

http://academy.asm.org/index.php?option=com_content&view=article&id=232:antibioticresistance-an-ecological-perspective-on-an-old-problem-september-2009-&catid=40:browseall&Itemid=79 

Antibiotic Resistance Mechanisms, with an Emphasis on Those Related to the Ribosome Katherine 

S. Long and Birte Vester. Chapter 2.5.7,. In A. Böck, R. Curtiss III, J. B. Kaper, P. D. Karp, 

F. C. Neidhardt, T. Nyström, J. M. Slauch, and C. L. Squires (ed.), EcoSal—Escherichia coli and 

Salmonella: cellular and molecular biology. http://www.ecosal.org. ASM Press, Washington, 

D.C. 

16


Projekt 15. Facilitetsplacering 

Vejleder: Mette Gamst, gamst@imada.sdu.dk 

Institut: Institut for Matematik og Datalogi 



Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 5 deltagere. To grupper kan arbejde med projektet. 

Kommentarer: Projektet er sœrligt velegnet til studieordning i datalogi. 

Keywords: 

Datalogi, kombinatorisk optimering, programmering, facility location 

Abstract 

Projektet handler om at bestemme hvor en virksomhed skal åbne sine fabrikker i forhold til kunders 

placering. Givet er et antal fabrikker og et antal kunder. Hver kunde har en efterspørgsel og 

hver fabrik har en øvre kapacitet for hvor meget efterspørgsel, den kan opfylde. En fabrik skal 

være åben for at kunne betjene kunder. Der er en omkostning tilknyttet at åbne fabrikken og der 

er en omkostning tilknyttet at lade en fabrik betjene en kunde. Facilitetsplaceringsproblemet går 

ud på at betjene alle kunder, så kunders efterspørgsel bliver opfyldt og så fabrikkers kapacitet ikke 

overskrides. Målet er at løse problemet med lavest mulige samlede omkostninger. 

Projektet skal indholde en analyse af facilitetsplaceringsproblemet, en præsentation af en matematisk 

formulering og nogle overvejelser om hvor svært problemet er at løse. En løsningsalgoritme 

skal foreslås og implementeres. Algoritmens ydeevne måles på værdien af de samlede 

omkostninger i forhold til dens tidsforbrug. 

Minikurser 




Korte and Vygen: Combinatorial Optimization, Theory and Algorithms. Springer, 2008, Kap. 22 

17


Projekt 16. "Fra cannabis til lægemiddel" 

Vejleder: Sarah Fischer, smf@ifk.sdu.dk 

Institut: Institut for Fysik og Kemi (IFK) 

Praktisk del: Institut 



Kommentarer: Projektet kan kun tages af farmaceutstuderende. 

Keywords: 

lægemidler med udgangspunkt i planter, farmaceutisk historie 

Abstract 

I adskillige år er bearbejdning af cannabis (Cannabis sativa L.) blevet brugt som behandling mod 

talrige sygdomme. 

Hvordan er det gået til at en plante, der åbenlyst bliver brugt til mange forskellige formål, lige 

pludseligt har fået ny interesse. De studerende skal ved hjælp af litteraturen undersøge cannabis‟ 

lægemiddelvidenskabelige historie og dennes medicinske formål i dag. Hvilke tekniske forarbejdninger 

er involveret i transformationen så man ender på med en veldefineret aktiv pharmaceutisk 

ingrediens (API). 

De studerende skal derefter udvælge en almindelig og lettilgængelig plante eller en te, der anvendes 

til farmaceutiske formål, og derudfra isolere en defineret masse. Isolationsprocesserne 

såvel som de analytiske metoder fastsættes. Er indholdet af API i forskellige portioner reproducerbare? 

Rund af med en evaluering af den farmaceutiske anvendelse af en isoleret API vs. hele planten/dele 

af planten. 

Minikurser 




www.cannabis-med.org 

Natural Products Isolation; Methods in Biotechnology, 2005, Volume 20, 1-25 

18


Projekt 17. Fremstilling af lysopfangende 

nanostrukturer (proteceller). 

Vejleder: Pierre-Alain Monnard, monnard@ifk.sdu.dk 

Institut: Institut for Fysik og Kemi 

Praktisk del: FLinT lab 



Kommentarer: Projektet anbefales til studerende med interesse i kemi, biofysik og nanobioscience 

Keywords: 

Abstract 

Self-assembly, protoceller, fedtsyrer, polycykliske aromatiske hydrocarboner 

Tidligt i jordens historie besad de cellulære forstadier, som f.eks. protoceller, sandsynligvis 

membranagtige grænser bestående af spontant dannede amfifile dobbeltlag af fedtstoffer. Disse 

dobbeltlag har så stor lighed med nutidige cellers cellemembraner, at det antages, at de tidlige 

membraner kan have spillet en væsentlig rolle i protocellers funktioner, f.eks. ved at opfange lysenergi 

fra omgivelserne. Energi omdannelser, der frembragte nye kemiske bindinger, har udgjort 

de første afgørende skridt i evolutionen mod en celle, som vi kender den i dag, fordi den 

tillod semi-autonom kontrolleret metabolisme at opstå. 

Projektet går ud på at designe og fremstille strukturer bestående af et dobbeltlag af fedtsyrer omkransende 

en hydrofob kerne. Den hydrofobe kerne indeholder lysabsorberende polycykliske 

aromatiske hydrocarboner (PAHs). Strukturerne fremstilles ved at benytte pH-vesikuleringsmetoder. 

En succesfuld fremstilling vil frembringe nanostrukturer, der er i stand til at omdanne 

lysenergi til en kemisk gradient. Undersøgelser af strukturerne vil foregå via UV, fluorescensspektroskopi 

samt mikroskopi. 

Minikurser 




Monnard PA and Deamer, DW 2003 Methods in Enzymology, 372, 133-151. 

Deamer, D. W., 1992. Adv. Space Res. 12 (4), (4)183-189. 

Lakowicz, J.R., Principles of Fluorescence Spectroscopy, second Edition 1999. 

19


Projekt 18. Fremstilling af undervisningsmaterialer til 

gymnasieskolen 

Vejleder: Claus Michelsen, cmich@imada.sdu.dk og Linda Ahrenkiel, linda@imada.sdu.dk 

Institut: Center for Naturvidenskabernes og Matematikkens Didaktik 

Praktisk del: Evt. Laboratoriearbejde på SDU 




Keywords: 

Didaktik, undervisning, formidling 

Abstract 

I enhver formidlingssituation gør man sig tanker om hvorledes man fanger og fastholder tilhørernes 

interesse. Men hvad skal der til for, at tilhørerne bliver interesserede? Og hvordan kan underviseren 

være med til at sætte gang i denne proces? Projektet vil tage udgangspunkt i disse 

spørgsmål. 

Der findes en række fagdidaktiske værktøjer, fx. Teorien om Didaktiske Situationer (TDS) og 

Problembaseret læring (PBL), som beskriver, hvorledes en undervisningssituation kan planlægges. 

Planlægning af et undervisningsforløb kræver overordnet set tre overvejelser 

1) Hvad skal der konkret undervises i? 

2) Hvordan skal undervisningen foregå 

3) Hvad skal eleverne have ud af undervisningen? 

Med udgangspunkt i et af de fagdidaktiske værktøjer og ovenstående overvejelser omkring planlægningen 

af undevisningen og interessebegrebet skal I udvikle et tværfaglig undervisningsmateriale 

til brug i gymnasieskolen. Fagene eller temaet vælges således de afspejler jeres egne faglige 

interesser. Jeres valg i undervisningsforløbet skal begrundes didaktisk med udgangspunkt i de 

læste tekster og STX- eller HTX-bekendtgørelser for de involverede fag. 

Projekt henvender sig til dig, som har planer om at blive gymnasielærer eller på anden måde arbejde 

med formidling. I projektet skal I med fokus på bl.a jeres faglige interesser udvikle undervisningsmateriale(r), 

til brug i gymnasieskolen. Materialet kan evt. testes empirisk via spørgeskemaer 

til gymnasielærere eller ved at lade gynasieelever afprøve materialet. 

Minikurser 




Anbefalede literatur: Carl Windsløw: Didaktiske elementer 

STX eller HTX bekendtgørelsen for de involverede fag 

Winsløw, C. (2006): Teorien om didaktiske situationer. I Didaktiske Elementer. Forlaget Biofolia. 

s. 133-153. 

20


Projekt 19. Fysiologiske undersøgelser af marsvin 

Vejleder: Magnus Wahlberg, magnus@fjord-baelt.dk 


Praktisk del: Marinbiologisk Forskningscenter, Kerteminde 




Keywords: 

marsvin, bioakustik, populationsbiologi, 

Abstract 

Marsvinet er den eneste hval, der yngler i de danske farvande. Hvaler er pattedyr, som lever hele 

sit liv i vand. De skal finde byttedyr, såsom fisk og blæksprutter, parre sig, føde kalve, give mælk 

og sove, alt sammen i vand. Deres kropsfunktioner følger med i årstidernes forandringer, så at de 

opbygger et meget tykt spæklag hver vinter for at isolere sig mod kulden. I dette projekt bruger 

vi de trænede marsvin ved Fjord og Bælt centret i Kerteminde til at forstå, hvordan disse dyre er 

tilpassede livet under vand. Gennem at veje dyrene og måle deres længde, spæktykkelse, hjerterate 

m.v. og gennem at sammenligne med data indsamlet gennem de seneste år lærer vi deres fysiologi. 

Derudover studerer vi deres evner til at fange fisk gennem så kaldt ekkolokalisering. 

Minikurser 


Anbefalede: Signalanalyse 


21


Projekt 20. Får jeg rigtig mængde af mit lægemiddel? 

Vejledere: Annette Bauer-Brandl, annette@ifk.sdu.dk og Kerstin Frank, 

kfrank@ifk.sdu.dk 

Institutter: Institut for Fysik og Kemi (IFK) 

Praktisk del: fremstilling undervisningslab (IFK), Lab 7 (IFK) 



Kommentarer: Projektet er primært dog ikke udelukkendes tænkt til farmaceutstuderende. 

Keywords: 

dosering af lægemidler, dråber, tabletter 

Abstract 

I tilfælde der patienten skal dosere et lægemiddel selv (f.x. løsninger og dråber) er det vigtigt at 

den får nøjagtigt mængden som en skal ha. Tænker vi på børn, så virker det svært vigtigt. Samme 

problemstilling gælder også tabletter, når de deles i brøkdele, for eksempel I to. Der kan tænkes 

flere eksempler på andre lægemiddelformer. 

Der findes internationale regler, hvor akkurat mængden lægemiddelstoff skal stemme I hele tabletter, 

og hvor akkurat indholdet af løsninger og dråber skal være. 

Vi tager udgangspunkt I lægemidler, der tages oralt, dvs. de som synkes. For løsninger findes det 

forskellige udformninger af medicinmål. Nogle løsninger doseres som dråber. Det kan det tænkes 

at dråbestørrelse ikke altid er ligt, f.x. afhængig hvordan flasken holdes, om den ristes før 

brug etc.. Videre kan det tænkes at dråbestørrelsen afhænger af fysisk-kemiske egenskaber til 

væsken, og nogle egenskaber til dryppeflasken. 

For tabletter er der andre faktorer der bestemmer hvor vidt man får lige brøkdele. 

For andere former for lægemidler end dråber eller tabletter er der endnu andre faktorer som er 

vigtige. 

Målet for projektet er at finde ud, hvor nøjagtigt lægemidler doseres og hvilke egenskaber til lægemidlet 

og omgivelsen virker ind på dette. Er dette af praktisk betydning for doseringen af lægemidler? 

Minikurser 



Litteraturliste over metode artikler, som udleveres til de studerende. 

Pharmacopoia Europaeia 6.5: Monografi ”Uniformity of dosage units” 

www.medicin.dk – generelt om medicin – egenskaber ved lægemidler 

Teng Jaja; Song Clara K; Williams Roger L; Polli James E: Lack of medication dose uniformity 

in commonly split tablets. Journal of the American Pharmaceutical Association 

(2002), 42(2), 195-9 

Brown D; Ford J L; Nunn A J; Rowe P H: An assessment of dose-uniformity of samples delivered 

from paediatric oral droppers. Journal of clinical pharmacy and therapeutics (2004), 

29(6), 521-9. 

22


Projekt 21. Har brugere af 

bisfosfonater en øget 

forekomst af 

esophaguscancer? 

Vejleder: Michael Due Larsen, mdlarsen@health.sdu.dk 

Institut: Institut for Sundhedstjeneste 

forskning, afd. Klinisk Farmakologi 

Gruppeplacering: Sundhedsvidenskabelige Fakultet, Winsløwsparken 19 


Kommentarer: Projekt kan kun tages af studerende på farmaceutuddannelsen. 

http://site.pinkyshear.com/blog/2010/09/30/skin-skin-skin/ 

Keywords: 

evidensbaseret lægemiddelanvendelse, lægemiddelinformation, bisfosfonater, 

cancer, farmakologi 

Abstract 

Ved godkendelses af nye lægemidler skal sikkerheden i form af bivirkninger dokumenteres ud 

fra toksikologiske, pre-kliniske og kliniske undersøgelser. Dette foregår bl.a. i obligatoriske kliniske 

studier inden markedsføringen. Dette rummer dog sjælden mulighed for at langtidseffekten 

af kan undersøges. Spontane indberetninger af bivirkninger og kasuistikker fra klinisk praksis 

kan skabe grundlang for at detektere bivirkninger ved langtidseksponering af nye lægemiddelstoffer. 

Af praktiske og etiske grunde kan dette ofte kun undersøges videnskabeligt i epidemiologiske 

undersøgelser og som reviews eksisterende videnskabelig undersøgelser. 

Bisfosfonater som anvendes mod knogleskørhed har nu været på markedet i over ti år. Der er 

opstået mistanke om at bisforfonater kan være årsag til kræft i spiserøret. På baggrund af en systematisk 

litteratursøgning af tilgængelig videnskabelige litteratur skal projektet forsøge at afdække 

denne problemstilling. Er der en risiko? Er det noget som skal overvejes i den fremtidige 

behandling af knogleskørhed? 

Minikurser 

Obligatoriske: Projektarbejde (Microsoft, SUND), heri indgår Sundhedsvidenskabelig litteratur 

søgning, Sundhedsvidenskabelig metode og videnskabsteori, Lægemiddelinformation. 


Litteraturliste over metode artikler, som anbefales til de studerende 

Medicinsk SOP. Lægemiddelinformationen, Afd. for Klinisk Biokemi og Farmakologi. Odense 

Universitetshospital 2010. 

Uddrag: Klinisk forskningsmetode. Dirksen et al. Munksgård. København 1996 

Uddrag: Den Sundhedsvidenskabelige opgave. Lindahl og Juhl. FADL‟S Forlag 2007 

23


Projekt 22. Havets biologiske filtre 

Vejleder: Daniel Pleissner, danielp@biology.sdu.dk 

Hans Ulrik Riisgård, hur@biology.sdu.dk 


Praktisk del: Marinbiologisk Forskningscenter (SDU), Kerteminde 


Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 5 deltager. Én gruppe kan arbejde med projektet. 

Kommentarer: Projektet afholdes på Marinbiologisk Forskningscenter (SDU), Kerteminde. 

Undervisningssprog er engelsk 

Keywords: 

Bioenergetik, filter-feeding, marine invertebrater, blåmusling (Mytilus edulis), 

MarBioShell-projekt 

Abstract 

Suspensionsernæring - om filtrerende dyrs liv i en tynd algesuppe 

Havet er en tynd suppe af mikroskopiske planktonalger. Mange filtrerende dyr har specialiseret 

sig i at leve af disse suspenderede partikler. De kaldes suspensionsædere; 

men denne levevis stiller store krav til dyrenes pumpe- og filtersystemer. For 

at dække fødebehovet skal der pumpes store mængder vand samtidig med at 

de små planktonalger effektivt tilbageholdes. 

a 

De studerende får en introduktion til fagområdet suspensionsernærende dyr, 

som vil inkludere de mange forskellige partikelfangst-mekanismer de forskellige 

arter benytter samt principperne for bioenergetik og fastlæggelse af 

energibudgetter. Hovedfokus vil være på blåmuslingen, Mytilus edulis. Der 

vil blive udført forsøg i laboratoriet, hvor de studerende eksempelvis kan undersøge, 

hvilken effekt fytoplanktonkoncentration i vandet har på filtrationsraten 

hos muslinger, og på baggrund af data fra forsøgene vil de studerende beregne energibudgetter 

for vækst hos muslinger. 

Minikursus 


Anbefalede: Suspension-feeding animals in the sea, with special emphasis on blue mussel (Mytilus 

edulis). Afholdes af underviser. 

Litteraturliste 

Riisgård, H. U. and Larsen P. S., (2010): Particle capture mechanism in suspension-feeding invertebrates. 

In: Marine Ecology Progress Series, Vol. 418, pages 255-293. 

Riisgård, H. U., (2001): On measurement of filtration rates in bivalves – the stony road to reliable 

data: review and interpretation. In: Marine Ecology Progress Series, Vol. 211, pages 275- 

291. 

Riisgård, H. U. and Randløv A., (1981): Energy budgets, growth and filtration rates in Mytilus 

edulis at different algal concentration. In: Marine Biology 61, pages 227-234. 

24


Projekt 23. HIV lægemidler 

Vejleder: Erik Bjerregaard Pedersen, ebp@ifk.sdu.dk 


Praktisk del: Laboratoriearbejde med syntese i de midterste projektuger 



Kommentarer: Projektet anbefales til studerende på farmaceutuddannelsen 

Keywords: 

HIV, AIDS, medicinalkemi, kemisk litteratursøgning, organisk kemi, syntese 

Abstract 

De første patenter på lægemidler mod HIV er allerede udløbet. Der er derfor gode muligheder for 

at markedsføre konkurrencedygtige produkter, som vil gøre AIDS medicin billigere. I projektet 

skal du komme med dit forslag til hvilken syntesevej, der kan vælges. Dette gøres på grundlag af 

litteraturstudier, hvor du får overblik over godkendte HIV lægemidler og deres virkningsmekanisme. 

For det valgte lægemiddel laves der en oversigt over mulige syntesemetoder, der er beskrevet 

i litteraturen. Der udarbejdes et program for, hvordan et enkelt eller flere trin i syntesemetoden 

kan gennemføres. Dette efterprøves i laboratoriet på et passende modelsystem, eller evt. 

på selve drugsyntesen. Den praktiske del af projektet udføres i et øvelseslaboratorium ved Institut 

for Fysik og Kemi, hvor den praktiske del har følgende indhold: 

• Litteratursøgning efter egnede syntesemetoder 

• Laboratoriesynteser 

• Verifikation vha. spektroskopi 

Minikurser 


Der udleveres tutorials til SciFinder til oplæring i kemisk litteratursøgning. 


De Clercq, Erik, New Approaches toward Anti-HIV Chemotherapy, Journal of Medicinal Chemistry 

(2005), 48(5), 1297-1313. 

25


Projekt 24. Høretest af marsvin 

Vejleder: Meike Linnenschmidt, meike@biology.sdu.dk og Magnus Wahlberg 


Praktisk del: Marinbiologisk Forskningscenter og Fjord & Bælt, Kerteminde 



Kommentarer: Undervisningssprog skal være engelsk (med en dansk-tysk blanding) 

Keywords: 

Ekkolokalisering, Neurofysiologi, Høresans 

Abstract 

Marsvinet bruger ekkolokalisering til orientering og fiskefangst under vandet. Ekkolokalisering 

består af to dele: lydproduktion og hørelse. Marsvin og andre tandhvaler producerer lyde af høje 

frekvenser med en slags stemmebånd lige under blæsehullet. De dirigerer lyden ud fra hovedet 

med hjælp af en slags oliekrop som kaldes melonen. Når lyden rammer en fisk og andre ting så 

kommer et ekko tilbage, hvilket marsvin hører og undersøger i sin hjerne til at finde ud hvilken 

slags genstand det drejer sig om. Derfor er hørelsen en meget vigtig sans for marsvinet, og den er 

meget specialiseret hos denne art. Desuden er marsvinene meget afhængige af en rigtig god hørelse 

fordi hvis den ikke fungere eller bliver dårligere (f.eks. når det bliver gammelt eller sygt), 

så kan de ikke orienterer sig eller finde fisk. 

Men, hvad og hvordan hører marsvinene? 

I de gamle dage var det meget tidskrævende at træne 

dyr til en høretest. Men med den ny metode, som hedder 

ABR (Auditory Brainstem Response) er det nemmere 

og hurtigere at undersøge hørelsen fra mange 

forskellige dyr. Hos marsvinene sætter vi små elektroder 

i sugekopper på ryggen. Med elektroderne kan vi 

optage signalerne fra marsvins hjerne, lige som en EKG hos lægen med hjerte aktiviteten. Marsvinene 

er trænet til at dykke ned under vandet med sugekopper på kroppen, og de har lært at 

placere sig ved en lyttestation indtil de er kaldt tilbage. Når de står ved lyttestationen spiller vi 

forskellige type af lydsignaler med forskellige lydstyrker. Med hjælp af hjernens aktivitet kan vi 

nu undersørge hvilken lyde og hvor gode marsvin kan høre de forskellige signaler. 

I løbet af projektet lærer de studerende om marsvinenes biologi (specielt hørelse sans), dyr træning, 

den fysiologiske metode ABR, teknisk udstyr og analyse af data med forskellige computer 

programmer. 

Minikurser 


Anbefalede: Signalanalyse 


Au WWL, Popper AN and Fay RR (2000), Hearing by Whales and Dolphins, Springer New 

York 

Au WWL and Hastings MC (2008), Principles of Marine Bioacoustics, Springer New York 

Supin AY, Popov VV and Mass AM (2001), The Sensory Physiology of Aquatic Mammals, 

Kluwer Academic Publishers Boston 

26


Projekt 25. Identificerer bakterier og deres funktion i 

naturlige miljøer med nye molekylærøkologiske 

teknikker. 

Vejleder: Kirsten Habicht, khabicht@biology.sdu.dk 

Institut: Biologi (BI) 

Praktiske del: Biologisk Institut. Prøveindsamling (1 dag) 



Kommentarer: Ingen. 

Keywords: 

bakterier, mikrobiologi, fluorescens mikroskop, DNA og protein koncentration. 

Abstract 

Bakterier findes over alt. Nogle er skadelige for os mennesker, men de fleste i naturen er livsnødvendige 

for at vi overhoved kan leve på Jorden, da bakterier har stor betydning for at opretholde 

det økologiske stofkredsløb. Der er derfor stor interesse at finde ud af hvilke bakterier som 

lever i naturen, hvor mange der er af dem og hvad de laver. I de seneste år har det været muligt at 

identificere bakterier direkte fra naturen ved at fluorescensfarve bakteriernes DNA eller RNA 

hvorved bakterierne bliver synlige i et fluorescens mikroskop. Endvidere kan bakteriernes gen og 

protein materiale fortælle hvilken funktion de potentielt kan udføre. I dette projekt vil vi bruge 

nogle af de nye molekylærøkologiske teknikker til at kvantificere og identificere bakterie fra forskellige 

naturlige miljøer. For at kvantificere bakterierne kan vi undersøge 2 forskellige metoder 

(DAPI og CYBR green) og undersøge hvilke fordele og ulemper der er ved hver at disse metoder. 

For at identificere bestemte bakterier grupper fra det naturlige miljø vil I lære fordele og 

ulemper ved de kendte fluorescens in-situ hybridiserings teknikker (FISH, cardFISH og mar- 

FISH) og anvende den metode som bedst passer til det miljø I ønsker at arbejder med. Endvidere 

kan vi måle hvor meget protein eller DNA vi kan ekstrahere fra et naturligt miljø og kvantificere 

hvor meget materiale vi skal bruge til en genom eller proteom analyse. 

Minikurser 




Bottari, B, Ercolini D., Gatti, M & Neviani E (2006). Application of FISH technology for microbial 

analysis: current state and prospects. Appl. Microbiol. Biotechnol. Vol 73:485-494. 

Keller, M and Hettich R. (2009); Environmental Proteomics: a Paradigm shift in characterizing 

microbial activities at the molecular level. Microbiology and Molecular Biology Reviews, Vol. 

73: 62-70. 

27


Projekt 26. Identificering af podocyt-spefikke peptider 

ved phage display 

Vejleder: Per Svenningsen; psvenningsen@health.sdu.dk 

Institut: Institut for Molekylær Medicin 

Praktisk del: Institut for Molekylær Medicin 

Gruppeplacering: Kardiovaskulær og Renal Forskning 


Kommentarer: Projektet kan kun tages at studerende på farmaceutuddannelsen. 

Keywords: 

Drug targeting, nyre, podocytter 

Abstract 

Podocytter er epitelceller, som udfører essentielle funktioner i opretholdelsen af nyrens filtrationsbarrier. 

Beskadeligelser af podocytterne ses i en række sygdomme og dette medfører ofte en 

øget udskillelse af plasma proteiner til urinen samt forstyrrelser i kroppen vand- og saltbalance. 

Der findes ingen kendt selektivt behandling af podocyt-skader. Formålet med dette projekt er at 

identificere peptider, som binder til podocytter, og som vil kunne bruges til at målrette lægemidler/DNA 

til podocytterne. I projektet vil de indgå arbejde med cellekulturer, bakterier, PCR og 

fluorescence mikroskopi. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (Farma, Sund). 



Vil blive angivet senere 

28


Projekt 27. Identifikation og differentiering af 

patogene bakterier med forskellige serotyper fra 

kliniske prøver 

Vejleder: Frank Kjeldsen, frankk@bmb.sdu.dk 

Institut: Biokemi og Molekylærbiologi, SDU 

Praktisk del: Afdeling for Protein Forskning 



Kommentarer: Projektet udføres i samarbejde med Klinisk Mikrobiologisk Afdeling, OUH 

Keywords: 

Massespektrometri, proteom analyse 

Abstract 

Patogene (sygdomsfremkaldende) bakterier er bakterier som forårsager en sygdomstilstand hos 

andre organismer. Et stigende problem i klinisk mikrobiologi er at skelne serotyper af patogene 

bakterier fundet hos mennesker og dyr. Bakterielle serotyper opstår ved små mutationer hos bakteriestammen. 

Den relative lille ændring i en bakteries DNA kan i visse tilfælde føre til resistens 

imod almindelig antibiotika. At opsamle information, der kan lede til differentiering af forskellige 

serotyper er derfor af stor betydning. Klinisk set kan det understøtte det korrekte valg af antibiotika 

og forholdsregler i forbindelse med behandling af infektioner. Informationen er også afgørende 

i forbindelse med opklaring af smittekilde/område, idet patienter med samme serotype 

af en patogen bakterie kan anvendes til ”back-tracking”. 

I dette projekt vil vi forsøge at udvikle en massespektrometrisk (MS) metode til at differentiere 

imellem patogene bakterier som kun afviger ganske lidt fra hinanden genetisk. I samarbejde med 

OUH vil vi lære at bearbejde bakterier så de kan analyseres v.hj.a. massespektrometri. Data vil 

blive analyseret manuelt og ved brug af en database søgning. Det er opgaven, at identificere specifikke 

biomarkører for de enkelte bakterier og efterfølgende udføre en mere dybdegående karakterisering 

af disse molekyler ved massespektrometri. 

Minikurser 




Fagerquist, C. K.; Brandon, R. G.; Miller, W. G. et al. Anal. Chem., 2010, 7, 2717-2725. 

Fagerquist, C. K.; Bates, A. H.; Heath, S. et al. J. Prot. Res., 2006, 5, 2527-2538. 

29


Projekt 28. Iltdynamik i marine sedimenter 

Vejleder: Ronnie N Glud, rnglud@biology.sdu.dk 






Keywords: 

Fotosyntese, respiration, fauna, mikrosensorer 

Abstract 

Produktionen og nedbrydningen af organisk materiale i havbunden spiller en afgørende rolle for 

de biologiske og kemiske forhold i kystnære områder. Eksempelvis spiller balancen mellem bentiske 

mikroalgers fotosyntese og bakteriers (samt faunaens) respiration en stor rolle for ilttilgængeligheden 

ved havbunden. Denne balance styres af mange fysiske og kemiske forhold 

så som: temperatur, lys, hydrodynamik, salinitet, næringssalts koncentration, fauna aktivitet og 

sedimentation. 

Ved hjælp af mikrosensorer og forskellige inkubations kan vi undersøge hvorledes iltforholdene i 

havbunden varierer og hvordan forskellige faktorer regulerer iltsvindsdynamikken langs de danske 

kyster. Det er dog også muligt at se på andre beslægtede problemstillinger - eksempelvis betydningen 

af fauna for ventilationen af havbunden eller betydningen af bentiske mikroalger for 

the overordnede primær produktion eller nærringssalt dynamik i kystnære farvande. 

Minikurser 




Tema-raport fra DMU 42/2002 ”Stofomsætning i havbunden” 

Glud og Kühl (2006) kap 2” Havbundens stofomsætning ” i Naturen i Danmark: Havet 

(Eds:T Fenchel & K Sand Jensen),. Gyldendal 

Glud (2008) Oxygen dynamics of marine sediments. Mar Biol Res 4:243-289 

30


Projekt 29. Importance of protein tyrosine 

phosphorylation for normal and cancer cell signaling. 

Vejleder: Blagoy Blagoev, bab@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: CEBI 



Kommentarer: The project will be held in English, including the report and examination 

Keywords: 

signaling, phosphorylation, cancer, kinases, phosphatases, inhibitors 

Abstract 

In multicellular organisms the proper function and survival of every cell is dependent on intercellular 

signalling networks that control cells‟ growth, differentiation and metabolism. Deregulation 

of signaling, e.g. loss of growth control, is at the heart of numerous human diseases including 

cancer. Growth factors like the epidermal growth factor (EGF), nerve growth factor (NGF) and 

Insulin among others play a central role in these processes. The most distinguishing feature of 

the cellular signaling initiated by growth factors is the flow of tyrosine phosphorylation events 

occurring in the cells immediately after hormone stimulation. Improper actions of the proteins 

responsible for the reversible tyrosine phosphorylation, namely tyrosine kinases and phosphatases, 

are found in all human cancers and are the main cause for developing and maintaining the 

disease state. Therefore, the development of specific inhibitors to various kinases and phosphatases 

take a central part of the drug-developing industry today. 

Plan for experimental work: In this project we will study protein tyrosine phosphorylation induced 

by growth factors in cancer cell lines using immunoprecipitation and Western blotting. 

This experiment will be repeated using specific inhibitors of tyrosine phosphatases in order to 

compare the cellular effects under these experimental conditions. The project will reveal both the 

global cellular phosphorylation responses as well as some of the key proteins involved in the 

signaling initiated by growth factors. The project provides an opportunity to work with cell culture 

and some of the major molecular biology techniques. 

Minikurser 




Blume-Jensen P, Hunter T. Oncogenic kinase signalling. Nature. 2001, 411(6835):355-65. 

Schlessinger J. Cell signaling by receptor tyrosine kinases. Cell. 2000, 103(2):211-25. 

Hunter T. Signaling--2000 and beyond. Cell. 2000, 100(1):113-27. 

31


Projekt 30. Indkapsling af hydrofile molekyler i 

nanocontainere 

Vejleder: Pierre-Alain Monnard, monnard@ifk.sdu.dk 


Praktisk del: FlinT lab 

Gruppeplacering: Bibiotek 


Kommentarer: Projektet anbefales til studerende med interesse in kemi og biofysik. 

Keywords: 

Abstract 

Indkapsling, Enkelt kæde amphiphiler, Vesikler, pH effekt, Ladede molekyler, 

protoceller 

Det er essentielt at forstå de processer der fører til indkapsling og tilbageholdelse af hydrofile 

molekyler i nanocontainere, som f.eks. fedtsyre vesikler. Disse kan anvendes i forbindelse med 

udviklingen af nye leveringssystemer til lægemidler, til udviklingen af kemiske og biokemiske 

fabrikker på nanoskala såvel som til udvikling af protoceller. 

Figur. Projekt skema. (1)-(5) Her 

ses de fem forskellige enkelt kæde 

amphiphile blandinger. Hvis R er 

C 17 H 35 (en dobbletbinding mellem 

C 9 og C 10 ) (1) oliesyre, en 

fedtsyrer (2) oliesyre og dens 

alkohol (3) oliesyre og glycerol 

monooleate, (4) oliesyre og oleyl 

amine (5) oliesyre og oleyltrimethyl-ammonium. 

Nedenfor ses en skematisk repræsentation 

af projektets mål. 

I dette projekt skal de studerende fremstille vesikler ud fra blandinger af amphiphile molekyler, 

der så skal indkapsle hydrofile molekyler. Derefter skal de studerende sammenligne indkapslings 

egenskaber ved forskellige pH. Variationen i pH vil have indflydelse på ladningstætheden på 

overfladen af visiklerne ved at ændre protoneringen af fedtsyreren (alle systemer) og alkylaminen 

(system 4). Dette kunne føre til frigivelsen af vesiklernes indhold. Indkapslingen/tilbageholdelsen 

overvåges vha. en fluorescerende markør eller et kromofort reporter molekyle. 

Minikurser 




Monnard PA and Deamer, DW 2003 Methods in Enzymology, 372, 133-151. 

Maurer et al., 2009 Astrobiology, 9, 979-987 

Lakowicz, J.R., Principles of Fluorescence Spectroscopy, second Edition 1999. 

32


Projekt 31. Infektionsbiologi: hvordan invaderer 

bakterier vores celler? 

Vejledere: Jakob Møller-Jensen jakobm@bmb.sdu.dk; Jonas Borch-Jensen jonasb@bmb.sdu.dk; 

Surabhi Kandige sukh@bmb.sdu.dk 





Kommentarer: Dele af kursusforløbet vil foregå på engelsk. 

Keywords: 

Infektion, patogene mikroorganismer, cellekultur, protein- og lipidanalyser 

Abstract 

En række patogene mikroorganismer er i stand til at invadere celler i vores krop i forbindelse 

med infektion. Ved celleinvasion kan bakterierne opnå beskyttelse imod såvel kroppens immunforsvar 

som antimikrobielle medikamenter. 

Nyere forskning har vist at invasionsprocessen kan indledes med at bakterierne binder til særlige 

cholesterol-rige domæner i værtscellens membran, de såkaldte lipid rafts. Vi ønsker i dette projekt 

at undersøge den bakterielle celleinvasion ved brug af både cellebiologiske og biokemiske 

analyser. 

Følgende metoder vil anvendes i projektet: 

Dyrkning af human cellekultur 

Dyrkning af bakteriekultur 

Infektionsforsøg til undersøgelse af lipid rafts‟ betydning for bakteriel invasion 

Fremstilling af kunstige membranvesikler med defineret lipidkomposition 

Undersøgelse af bakteriernes binding til specifikke lipider ved vesikel-pull-down 

eksperimenter og fluorescensmikroskopi 

Identifikation af lipid-interagerende bakterielle proteiner vha. massespektrometri. 

Det forventes at disse forsøg vil føre til ny viden omkring molekylære interaktioner, der er afgørende 

for det tidlige stadie af bakteriel infektion. 

Minikurser 

Obligatoriske: Projektarbejde (Microsoft, Nat) 



1. van der Goot, F. G., van Nhieu, G. T., Allaoui, A., Sansonetti, P., and Lafont, F. (2004) 

Rafts can trigger contact-mediated secretion of bacterial effectors via a lipid-based mechanism, 

Journal of Biological Chemistry 279, 47792-47798. 

2. Mañes S, del Real G, Martínez-A C. Pathogens: raft hijackers. Nat Rev Immunol. 

2003 Jul;3(7):557-68. 

3. Pizarro-Cerdá J, Cossart P. Bacterial adhesion and entry into host cells. 

Cell. 2006 Feb 24;124(4):715-27. 

33


Projekt 32. Interview vedrørende lægemidler: Hvor 

meget ved den almindelige borger om lægemidler? Et 

brugbart socialt studie 

Vejleder: Massimiliano di Cagno: mdc@ifk.sdu.dk 


Praktisk del: Forskellige steder udvalgt af de studerende 



Kommentarer: Projektet kan kun tages af farmaceutstuderende. 

Keywords: 

Interview, statistik, lægemiddelbrug, håndkøbsmedicin. 

Abstract 

I de senere år er der sket en stor stigning i håndkøbsmedicin også kaldet OTC (on the counter). 

Denne stigning har medført en øget selvmedicinering, der nutildags er blevet almen praksis for 

store dele af befolkningen. Reklamer for lægemidler samt manglende viden bidrager til en opfattelse 

af, at lægemidler generelt er sikre. I dette studie vil vi fokusere på at alle lægemiddelformuleringer, 

der indeholder et lægemiddelstof har en potentiel toxicitet. Dette gælder også naturlægemidler 

og lægemidler der bliver solgt uden recept. 

Som studerende skal I vælge 20 af de mest solgte OTC formuleringer på det danske marked, som 

hver indeholder en eller flere aktive ingredienser (f. eks non steroide anti-inflammatoriske lægemidler). 

I skal omhyggeligt undersøge alle skadelige virkninger af det/de aktive stoffer og evt. mulige 

interaktion med andre stoffer og forberede en liste for hver af de farmaceutiske formuleringer 

(Liste A). 

For det andet skal I forberede en række spørgsmål til identifikation af det sociale niveau som den 

adspurgte tilhører (f. eks alder, uddannelse baggrund, arbejde, bolig ex.) (Liste B). Hver uge skal 

I vælge 3 placeringer i Odense (f. eks udgangen fra et supermarked) (skiftende placering hver 

uge fra centrum gradvist til forstæderne) og udføre tilfældige interviews med så mange Odense 

borgere som muligt. 

De spørgsmål, I stiller skal først og fremmest bruges til at forstå det kulturelle og sociale niveau 

hos den adspurgte (liste B). De næste spørgsmål I stiller skal bruges til at identificere, om den 

adspurgte udfører selvmedicinering, og i hvilket omfang den adspurgte er bevidst om potentielle 

bivirkninger samt interaktioner ved brugen (Liste A). 

Den endelige opgave er at bruge den grundlæggende statistiske viden I har tilegnet Jer til at udarbejde 

en social undersøgelse af, hvor meget de adspurgte Odense borgere ved om brugen af 

lægemidler. 

Minikurser 




34


Projekt 33. Invasive marine arter – truer de 

havmiljøet? 

Vejleder: Erik Kristensen, ebk@biology.sdu.dk 


Praktisk del: Biologisk Institut 




Keywords: 

Nye arter, biodiversitet, økosystem, konkurrence 

Abstract 

Invasive arter er arter, der ikke er naturligt hjemmehørende i Danmark, men som ved menneskets 

hjælp er introduceret til landet. Ordet invasiv er i sit udgangspunkt aggressivt og indikerer en invandring 

som går ud over nogen. I nogle tilfælde er dette rigtigt, men i andre er det tale om en 

mere gradvis og i nogle tilfælde naturlig udveksling af arter (husk der er også nogle arter som 

forsvinder!), som endda kan vise sig at være gavnlig. Tilfældige og midlertidige gæster forekommer 

desuden ofte. De skadelige invasive arter klarer sig imidlertid så godt i den danske natur, 

at de fortrænger den naturlige danske flora og fauna. Disse arter er i stand til at udkonkurrere 

de specialiserede og lokalt tilpassede arter, og på længere sigt kan de således føre til en markant 

ændring i naturtyper og økosystemer og være med til at mindske biodiversiteten i naturen. 

Der er ikke overblik over antallet af invasive marine arter i Danmark, men der er helt sikkert tale 

om mange. Blandt planter, alger og invertebrater er der tale om mindst 50 arter. Blandt de mest 

kendte kan nævnes dræbergoplen (Mnemiopsis leidyi), stillehavsøsters (Crassostrea gigas) og 

vadegræs (Spartina anglica). Disse tre arter har skabt problemer ved henholdsvis at æde fiskeæg, 

udkonkurrere muslinger og dække havbunden så fugle og fisk ikke kan få plads. 

Hvor aggressive er så de enkelte arter? Det er ikke altid sikkert at en invasiv art udgør et problem 

eller en trussel. Det er derfor vigtigt at have viden om hvor en art kommer fra, dens udbredelsespotentiale, 

dens effekt på andre arter og dens økologiske effekter (ændringer i fødekædestruktur, 

næringsstofkredsløb osv). 

Emnet kan belyses ved indsamlinger af udvalgte invasive arter på forskellige lokaliteter omkring 

Fyn. Dette skal kombineres med litteratursøgning om disse arter. 

Minikurser 



Litteraturliste over metodeartikler, som udleveres til de studerende 

www.nobanis.org (en hjemmeside om invasive arter i Europa) 

www.skovognatur.dk/DyrOgPlanter/invasivearter (Skov- og Naturstyrelsens hjemmeside om invasive 

arter) 

Craig, M. T. (2010). Pattern versus process: broadening the view of marine invasive species. 

Mar. Biol. 157: 2127–2128 

Nyberg, C. D., Thomsen, M. S., Wallentinus, I. (2009). Flora and fauna associated with the introduced 

red alga Gracilaria vermiculophylla. Eur. J. Phycol. 44: 395–403 

35


Projekt 34. Investigation of glycosylated proteins in 

wine – towards making allergy friendly wine 

Vejleder: Martin Røssel Larsen, mrl@bmb.sdu.dk, Arkadiusz Nawrocki, 

arn@bmb.sdu.dk, and Katarzyna Kulej, kkulej@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: Protein Research Group – Larsen Group at BMB 



Kommentarer: Supervision and presentations will be in Danish or English 

Keywords: 

Wine quality, protein chemistry, glycosylated proteins, mass spectrometry. 

Abstract 

Advances in genomic and proteomic methodologies have allowed an extensive characterization 

of wine proteins, to elucidate the origin, structure and function of them. Several analytical strategies 

have been designed to study wine proteins. Previously, only a very few studies on the characterization 

of glycosylated proteins in wine has been reported, mainly targeting individual proteins 

with very little attention to glycosylated proteins originating from the grape itself. However, 

given the implication of glycosylated proteins into different organoleptic characteristics such 

as sensorial quality, foamability, protein stability, and development of allergenic reactions 

against wine, a thorough study of the glycosylated protein content in wine could improve our 

knowledge of the molecular composition of wine and possibly discover new targets for the investigation 

of processes important for wine making and quality control of wine. 

Recently, we have published a study of the glycosylated protein profile in a Chardonnay white 

wine (Palmisano et al., Journal of Proteome Research 2010). In this study we have identified 28 

glycosylated proteins of yeast and grape origin. Many of the glycosylated proteins originating 

from grapes were found to be homologous to known allergens (proteins causing allergy) from 

various plants and fruits. The findings in this study have been cited in the society by several 

preeminent newspapers such as Time Magazine, The Independent, The Economist and more. 

The 1 st year project described here will target the identification of glycosylated proteins in different 

red wines, bought in the supermarket. Four different red wines obtained by the same grape 

variety but in different countries of the world or by different grape varieties will be investigated. 

In particular an optimized protocol will be used to isolate the proteins, digest them into peptides 

and enrich selectively the glycosylated peptides. The glycosylated peptides will be identified by 

mass spectrometry and the results will be critically interpreted by the students. 

Minikurser 




Øvelsvejledning, bogkapitler og udvalgte artikler (Palmisano G, Antonacci D, Larsen MR. Glycoproteomic 

profile in wine: a 'sweet' molecular renaissance. J Proteome Res. 2010, 9(12), 6148- 

59). 

36


Projekt 35. Ion- og vandtransport proteiner i 

fiskegællen 

Vejleder: Steffen Søndergaard Madsen, steffen@biology.sdu.dk 


Praktisk del: Biologisk Institut, forskningslaboratorium 




Keywords: 

iontransport, NaK-pumpen, aquaporiner, gællefunktion, hormoner, mRNA og 

protein ekspression 

Abstract 

Fiskegællen har mange funktioner, bl.a. respiratoriske, syre-base regulatoriske og ionregulerende 

funktioner. Gællen har en kompleks tre-dimensionel struktur, der på trods af dens 

kompakte størrelse giver den et meget stort overfladeareal. Relativt få celletyper indgår i gællens 

opbygning: stukturelle (brusk- og søjleceller) og epithelceller (mukus, flise- og kloridceller). 

Kloridcellerne findes i flere sub-typer (ion-optagende og ion-udskillende), der varierer i antal 

afhængigt af ionindholdet i det omgivende vand. Gællens tynde struktur og høje permeabilitet 

bevirker at ufordelagtige passive fluxer af vand og ioner opstår over gælleepithelet. Disse fluxer 

virker forstyrrende på fiskens vand- og saltbalance og må kompenseres på flere forskellige niveauer 

for ikke at fiskens indre miljø forstyrres. Et af de osmoregulerende organer er netop gællen, 

der både aktivt kan optage og udskille ioner - afhængig af saltholdigheden fisken lever i. Euryhaline 

fisk kan omstille sig mellem forskellige saltholdigheder, bl.a. fordi deres gællefunktion 

kan omstilles fra netto ion-optagelse (i ferskvand) til netto ion-udskillelse (i saltvand). Denne 

omstilling involverer regulering af en række forskellige ion- og vandtransport proteiner der findes 

i gællens forskellige celler. Blandt disse kan nævnes Na + ,K + -pumpen, Na + ,K + , 2Cl - - 

cotransporteren, CFTR Cl - -kanalen og H + -pumpen. Nogle af disse fungerer i både ferskvand og 

saltvand (f.eks. Na + ,K + -pumpen), hvorimod andre fungerer når fisken opholder sig i enten ferskvand 

(H + -pumpen) eller saltvand (Na + ,K + , 2Cl - -cotransporteren, CFTR Cl - -kanalen). Derudover 

skal gællecellernes vand-permeabilitet reguleres for at sikre at cellernes volumen holdes konstant. 

Heri indgår regulering af aquaporiner – molekylære vandkanaler. 

Projektet tager sigte på at karakterisere hvorledes gællefunktionen ændres i forbindelse med omstilling 

mellem saltholdigheder? Mængden og reguleringen af vigtige ion- og vandtransporterende 

proteiner i gællen kan undersøges på mRNA- og protein-niveau ved teknikker som spektrofotometri, 

enzymassays, Western blotting og kvantitativ real-time PCR (QPCR). Forsøg med hormonel 

regulering af ekspressionen kan evt. indgå. Projektet vil give en stor mulighed for fordybelse 

i basale fysiologiske og molekylære tilpasningsstrategier i forbindelse med miljøskift. 

Minikurser 



Litteraturliste over metode artikler, som udleveres til de studerende: 

Hirose, S., Kaneko, T., Naito, N. & Takei, Y. (2003) Molecular biology of major components of 

chloride cells. Comparative Biochemistry and Physiology 136B: 593–620. 

37


Projekt 36. Kan osteoporosemedicin anvendes til en 

teenager? 

Vejleder: Ulla Hedegård, uhedegaard@health.sdu.dk 

Institut: Institut for Sundhedstjeneste forskning, afd. Klinisk farmakologi 




Keywords: 

evidensbaseret lægemiddelanvendelse, lægemiddelinformation, farmakologi 

terapivalg, knoglesygdom, osteoporose, bisfosfonater, parathyroideahormon, 

Abstract 

Odense Universitetshopsital har (i samarbejde med Syddansk Universitet) en Klinisk Lægemiddelrådgivning. 

Denne rådgivning er målrettet praktiserende- og sygehuslæger, som kan henvende 

sig vedrørende patientspecifikke lægemiddelproblemer. Spørgsmålene er ofte pga. den specifikke 

patientsituation komplicerede, og svaret kan derfor ikke umiddelbart findes i gængse opslagsværker 

og lærebøger. Viden på området er ofte begrænset, og det er nødvendig at gennemgå opdateret 

special litteratur og den nyeste forskning for at give et kvalificeret svar. Alle spørgsmål 

besvares ud fra videnskabelige evidensbaserede principper. Denne case tager dermed udgangspunkt 

i et konkret henvendelse fra en praktiserende læge: 

En 16-årig dreng har en sjælden medfødt knoglesygdom (osteoporose pseudoglion syndrom) som 

resulterer i alvorlig knogleskørhed i en tidlig alder og medfødt blindhed. Hospitalslægen som 

behandler drengen spørger om der er vist effekt af behandling af børn og unge med bisfosfonater 

og parathyroidaehormon som er osteoporosemedicinm man normalt anvender til voksne. Han er 

særligt interesseret i viden om bisfosfonaterne som indgives som injektion. 

På baggrund af en en systematisk litteratursøgning af tilgængelig videnskabelige litteratur skal 

projektet forsøge at afdække en problemstilling som er på grænsen af den viden som vi har i dag. 

Minikurser 

Obligatoriske: Projektarbejde (Microsoft, Sund), heri indgår Sundhedsvidenskabelig litteratur 

søgning, Sundhedsvidenskabelig metode og videnskabsteori, Lægemiddelinformation 







38


Projekt 37. Kaos 

Vejleder: Paolo Sibani, kontakt paolo.sibani@ifk.sdu.dk 


Praktisk del: Institut for Fysik og Kemi 

Gruppeplacering: Institut for Fysik og Kemi 



Keywords: 

Dynamik, kaos, signalanalyse, modellering, uforudsigelighed 

Abstract 

Ofte har man brug for viden om hvordan et dynamisk system, fx et vejret, en fiskebestand eller 

koncentrationerne i en kemisk reaktion udvikler sig i tiden. Vor opfattelse af hvor meget man 

kan vide har ændret sig dramatisk i de sidste 100 år. På den ene side har kraftige computere sat 

os i stand til at udføre meget komplekse beregninger på meget kort tid. På den anden side har 

kvantemekanikken, og sidenhen kaosteori sat principielle begrænsninger på hvad i det hele taget 

kan måles, vejes og beregnes: I et kaotisk system vil en vilkårlig lille usikkerhed på begyndelses 

tilstanden hurtigt vokse sig stor og dermed umuliggøre præcise forudsigelser af tidsudviklingen 

over lange tidsintervaller. Kaosprojektet giver indblik i hvorfor og hvordan dette sker. 

Undervejs vil man møde flere nye begreber og teknikker fra fysik og matematik, samt eksempler 

fra, blandt andet populations biologi, kemi og ingeniørvidenskab. 

Projekter sigter mod at give deltagerne en viden om 1) modellering, dvs. hvordan naturen kan 

beskrives med matematiske modeller, 2) hands-on erfaringer med konkrete dynamiske systemer, 

herunder især kaotiske systemer, og 3) viden om hvordan man formidler sine resultater. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (LaTeX) 

Anbefalede: Matematiske metoder for fysikere og kemikere og Signalanalyse 


Noter og opgaver om kaos. 

39


Projekt 38. Kemisk sørestaurering 

Vejleder: Ulla Gro Nielsen, ugn@ifk.sdu.dk og Kasper Reitzel, reitzel@biology.sdu.dk 

Institut: Institut for Fysik og Kemi & Biologisk Institut 

Praktisk del: Institut for Fysik og Kemi & Biologisk Institut 




Keywords: 

Sørestaurering, forurening, fosfor, analytisk kemi, uorganisk kemi, biologi 

Abstract 

Tilledninger af fosfat (P) til vandmiljøet er et stort problem i Danmark, da for høje koncentrationer 

af dette plantenæringsstof fører til algeopblomstring og dermed nedsat vandkvalitet. I Danmark 

bruges primært aluminium (Al) til at fjerne P i søer, ved dannelse af tungtopløselige Al-P 

forbindelser med fosfat. Al har sine begrænsninger bl.a. pga. stor pH afhængighed, hvorfor der 

forskes intenst i at udvikle teknikker og produkter til at binde P under de naturlige forhold i søerne. 

En potentiel fremtidig metoder til P fjernelse er lagdelte dobbelthydroxider (LDH‟er), der 

kemisk ligner magnesium hydroxid, og under laboratorium-forhold binder P meget effektivt. Det 

er derfor interessant at undersøge, hvordan nuværende og potentielle metoder til P fjernelse virker 

under forskellige forhold i søvandet. 

Projektets formål er at undersøger, hvordan metoder til fjernelse af P virker i jeres eget (model)økosystem 

over et længere tidsrum ved at kombinere biologiske og kemiske metoder. I vil få 

mulighed for at syntetisere jeres egne LDHér, og teste og sammenligne deres fosfatbindende 

egenskab med Al. Der vil derfor indgå både felttur til sø og laboratorieforsøg på både biologi og 

kemi. I projektet vil følgende spørgsmål forsøgt belyst: 

1) Kan LDH‟er binde P i søvand? 

2) Hvor og hvordan bindes P til LDH og Aluminium? 

3) Hvad er effekten af global opvarmning og/eller syreregn? 

4) Kan vi med simple kemiske modeller modellerer og forstå P fjernelse i vandmiljøet? 

Minikurser 


Anbefalede: Matematiske metoder for fysikere og kemikere 


Diverse artikler vedrørende kemisk sørestaurering 

Artikler om LDH‟er og udvalgte afsnit af Langmuir Aqueous Chemistry 

40


Projekt 39. Kilder til kontaminering i rene rum 

Vejleder: Martin Brandl, mmb@ifk.sdu.dk 

Kirsten Habicht, khabicht@biology.sdu.dk 

Alexander Treusch, atreusch@biology.sdu.dk 

Ulla Trettenes, trettenes@ifk.sdu.dk 

Institutter: Institut for Fysik og Kemi (IFK), Biologisk Institut (BI) 

Praktisk del: Opsamling af prøver fra steril laboratorium, IFK; U19, Biologisk Institut 


Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 5 deltagere. Tre grupper kan arbejde med projektet. 

Kommentarer: Projektet er primært, dog ikke udelukkendes tænkt til farmaceutstuderende 

Keywords: 

Bakterier, mikrobiologi, rene rum, hygiejne 

Abstract 

Rene rum (clean rooms) er lokaler med kontrollerede niveauer med hensyn til mulige forureningskilder 

såsom partikelindholdet i luft. Disse rum bruges til forskning og produktion af fx. 

lægemidler eller computer mikroprocessorer, og ligeledes som monteringsfaciliteter til rumfartøjer. 

Man anvender rene rum til at holde potentiel kontaminering med partikler så lav som muligt. 

Dette for at undgå forurening af de produkter der håndteres. Forureningen kan være alt fra støv 

til mikroorganismer. Forskellige renhedsniveauer er defineret som officielle myndighedskrav. 

Til fremstilling af sterile lægemidler, specificerer Annex 1 i EC Guide to Good Manufacturing 

Practice (GMP) standarden. Rene rum kan aldrig være helt fri for partikler eller sterile. Normerne 

sætter grænserne for både den partikulære og mikrobielle forurening der er acceptabel i de 

forskellige renhedsniveauer, der er beregnet til forskellige sterile fremstillingsprocesser. De rene 

rum overvåges regelmæssigt ved hjælp af forskellige teknikker: partikel tælling i luften i rummet 

og vand brugt til fremstilling, mikrobiel vækst vha. agar plader, ”wipe tests” af overflader og 

molekylærbiologiske metoder. 

Formålet med dette projekt er at måle og fastsætte udgangspunktet for forureningsniveauet i det 

nye farmaceutiske rene rum på IFK og/eller andre rene rum. Samt at forsøge at differentiere om 

de observerede partikler er af mikrobiel oprindelse eller er inerte. 

Eksperimentelle forsøg kunne inkludere (men er ikke begrænset til): sammenligning mellem forskellige 

ren-rums klassifikationer, lokalet i hvile og i brug samt i forbindelse med forskellige 

omklædnings rutiner der udføres af personalet, der arbejder i lokalet. 

Metoder der kan bruges er: in situ partikel tælling, mikrobiel opsamling og optælling samt mikroskopi. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (Farma, Nat). 



EU GMP Annex 1: http://ec.europa.eu/health/files/eudralex/vol-4/pdfsen/2008_02_12_gmp_annex1_en.pdf 

La Duc MT et al. (2007) Isolation and characterization of bacteria capable of tolerating the extreme 

conditions of clean room environments. Appl Environ Microbiol. 73 (8): 2600-11. 

La Duc MT et al. (2009) Comprehensive census of bacteria in clean rooms by using DNA 

microarray and cloning methods. Appl Environ Microbiol. 75(20): 6559-67. 

41


Projekt 40. Kloning af nye antibiotikaresistensgener 

fra miljøet 

Vejledere: Finn Kirpekar (f.kir@bmb.sdu.dk), Jakob Møller-Jensen 

(jakobm@bmb.sdu.dk) 




Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 4 deltagere. To grupper kan arbejde med projekt. 


Keywords: 

antibiotikaresistens, bakterier, rekombinant DNA, kloning 

Abstract 

Bakteriel antibiotikaresistens er et stigende sundhedsproblem. Allerede nu findes der eksempler 

på uhelbredelige bakterieinfektioner og mennesker risikerer i fremtiden at dø af infektioner, som 

vi har kunnet helbrede i årtier. Vi ønsker i dette projekt at undersøge forekomsten af bakterielle 

antibiotika-resistensgener i miljøet. En række spørgsmål kunne søges besvaret: 

Kan vi isolere antibiotikaresistente bakterier fra forskellige kilder? Og kan vi artsbestemme 

disse bakterier. 

Kan vi isolere gener, som giver antibiotika-resistens, fra forskellige bakterier og udtrykke disse 

gener i Escherichia coli? 

Er der sammenhæng mellem forbruget/udledningen af antibiotika og forekomsten af bakterielle 

resistensgener? 

Findes der forskellige typer af resistensgener for et givent antibiotika? 

Metoder: I har blandt andet mulighed for at afprøve følgende metoder: 

Isolere antibiotika-resistente bakterier fra forskellige kilder 

Identificere bakterier med molekylære metoder 

Isolering af DNA fra prøver, hvis oprindelse I selv bestemmer. 

Kloning af oprenset DNA i plasmid vektor. 

Selektion af resistensgener på forskellige kilder med antibiotika. 

Amplifikation af klonet DNA vha. PCR 

Identifikation af klonet DNA ved sekventering og databasesøgninger. 

Resultater (hvis alt går godt): 

Identifikation af nye resistensgener 

Identifikation af nye bakterier med antibiotika-resistens 

Erfaring med forskningsbaserede metoder i molekylær biologi 

Deponering af nye sekvenser i en database, og hermed bidrage til den samlede viden om livets 

diversitet. 

Minikurser 




Payne DJ. Microbiology. Desperately seeking new antibiotics. Science. 2008 321:1644-5. 

Riesenfeld CS, Goodman RM, Handelsman J. Uncultured soil bacteria are a reservoir of new antibiotic 

resistance genes. Environ Microbiol. 2004 6:981-9. 

42


Projekt 41. Lægemidler, gifte og NMR 

Vejleder: Paul C. Stein pcs@ifk.sdu.dk 

Institut: IFK 




Kommentarer: Projektet kan tages af farmaceutstuderende og studerende på Scienceåret. 

Keywords: 

Lægemidler, lokalisered NMR spektroskopi, MRI, fordelingscoefficienter 

Abstract 

Lægemidler skal på deres vej til målet passere gennem et eller flere membraner. ”Gode” lægemidler 

skal derfor være både fedt- og vandopløslig. Den vand/octanol fordelingscoefficient er 

ofte brugt for at estimere de hydrofile/lipofile egenskaber af stofferne. 

Vi skal anvende diverse forme af et-dimensional MRI (kernspin resonans imaging) til at undersøge 

egenskaberne af forskellige stoffer (f.eks. lægemidler eller gifte, eller ….). Det vil især være 

interessant at undersøge indflydelsen af forskellige formuleringer. 

Minikurser 




Wikipedia 

Lægemiddelkataloget (medicin.dk) 

43


Projekt 42. Lægemidlers biofysiske kemi: barrier, 

carrier, target 

Vejleder: Ole G. Mouritsen (ogm@memphys.sdu.dk) og relevante medarbejdere ved 

MEMPHYS 

Institut: Institut for Fysik og Kemi evt. sammen med andre institutter efter aftale 

Praktisk del: MEMPHYS 

Gruppeplacering: IFK og MEMPHYS 

Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 5 deltagere. To gruppe kan arbejde med projektet. 

Kommentarer: Projektet er også velegnet til studerende på Farmaci, Nanobioscience og 

Biomedicin. Projektet henvender sig til studerende som med stor selvstændighed 

og engagement aktivt ønsker at præge arbejdet hermed. 

Keywords: 

Lægemidler, membraner, drug delivery 

Abstract 

Design, formulering og fremføring af lægemidler er kritisk afhængig af den biofysiske kemi af 

lægemiddelstoffet og dets vekselvirkning med bærermedium og det biologiske miljø, hvori lægemidlet 

skal udføre sine funktioner. Centralt i denne forbindelse står kroppens barrierer, der i 

vid udstrækning er bestemt af lipider og lipidmembraners egenskaber. Ud over at udgøre en barrier 

for lægemidlers transport i kroppen er membranerne ofte et taget for lægemidlernes virkning 

på biologiske membraner, og desuden kan de udnyttes som carrier ved fremføring af lægemidlerne 

til bestemte steder i kroppen. Et vigtigt eksempel er liposomer, hvis egenskaber er inspireret 

af cellens egen membraner. 

I projektet identificeres et eller flere typiske lægemidler, og deres vekselvirkning med lipider 

studeres, for eksempel ved kalorimetriske eller spektroskopiske teknikker. Lægemidlerne kan fx 

indkapsles i liposomer, og betingelserne for deres frigivelse kan undersøges som funktion af forskellige 

parametre. 

Der foreligger muligheden for formulering af et antal forskellige varianter af projektet inden for 

den generelle ramme af lægemidlers biofysiske kemi. 

De aktuelle projekter, som udformes efter individuel aftale med de studerende og vejlederne, kan 

omfatte både teoretiske og eksperimentelle undersøgelser såvel som studier af litteraturen. 

Minikurser 


Anbefalede: Efter aftale med vejleder. 


Life – As a Matter of fat (O. G. Mouritsen) Springer, 2005. 

Relevante specialartikler efter aftale med vejlederen. 

44


Projekt 43. Medicinalkemi: Design og syntese af nye 

stoffer for behandling af type 2 diabetes 

Vejledere: Maria Due-Hansen, duehansen@ifk.sdu.dk og Trond Ulven, ulven@ifk.sdu.dk 





Kommentarer: Projektet er relevant for farmaceutstuderende. 

Keywords: 

Medicinalkemi, syntese, drug discovery, type 2 diabetes, fedtsyrereceptorer. 

Abstract 

Insulin udskilles fra β-cellerne i bugspytkirtlen og regulerer derved metabolismen af kulhydrater 

og fedtstoffer. En utilstrækkelig insulinsekretion, kendt som type 2 diabetes, medfører forstyrrelser 

i metabolismen og er en af hovedårsagerne til sygdom og død i den vestlige verden. Fornyeligt 

blev fedtsyrereceptoren FFA1 opdaget. Den er selektivt udtrykt i β-cellerne i bugspytkirtlen, 

stimuleres af langkædede frie fedtsyrer og øger den glukose-stimulerede insulinudskillelse, hvilket 

gør receptoren interessant i forhold til behandling af diabetes [1]. Selektive agonister og antagonister 

til FFA1 er et værdifuldt redskab til afdækning af receptorens fulde funktion og som 

mulige nye antidiabetiske lægemidler. 

Formålet med projektet vil være at designe og syntetisere potentielle agonistiske stoffer med udgangspunkt 

i den kendte agonist TUG-20 [2]. Projektet vil således omfatte eksplorativ medicinalkemi 

med vægt på syntese. Stofferne kan karakteriseres ved analyse (NMR, MS, HPLC og 

smeltepunkt) inden de sendes til biologisk testning. Endvidere vil projektet inkludere litteraturstudier 

der afdækker receptorens funktion samt en strukturel sammenligning af udvalgte kendte 

agonistiske stoffer. Det vil være op til gruppen at definere og afgrænse opgaven, så den kan udføres 

indenfor den afsatte tid. 

Minikurser 


Anbefalet: Ingen 


[1] a) Itoh, Y., et al. Nature 2003, 422, 173-176. b) Briscoe, C. P., et al. J. Biol. Chem. 2003, 

278, 11303-11311. c) Kotarsky, K., et al. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2003, 301, 

406-410. 

[2] Christiansen, E., et al. ACS Med. Chem. Lett. 2010, 1, 345-349. 

45


Projekt 44. Molekylære computere og supramolekylær 

kemi 

Vejleder: Jan O. Jeppesen, joj@ifk.sdu.dk 


Praktisk del: Laboratoriearbejde (spektroskopi) 




Keywords: 

supramolekylær kemi, spektroskopi, litteratursøgning 

Abstract 

Forestil jer mobiltelefoner der kan indeholde milliarder af musiknumre, digitale kameraer der 

kan indeholde milliarder af billeder, eller at metrologerne kan lave holdbare vejudsigter et halvt 

år ud i fremtiden. Hvis disse herligheder skal blive virkelige, kræver det, at en ny computerteknologi 

bliver udviklet, fordi den teknologi, vi bruger i dag, ikke er god nok til at opbevare og behandle 

så megen information. I mange forskningslaboratorier arbejdes der på, at fremstille en 

molekylær computer, der er så lille, at hundrede af den type computere, vi bruger i dag, i teorien 

kan være på et areal, der svarer til størrelsen af ét enkelt sandkorn. 

Et første års projekt kunne være, at undersøge den supramolekylære kemi der finder sted mellem 

nogle af de organiske komponenter der indgår i forskningen omkring molekylære computere. 

Projektet foreslås opbygget af følgende elementer: 

 

 

 

 

 

Indledende studier/orientering om emnet 

Endelig projektformulering – herunder bestemme hvilke komponenter der skal undersøges 

Eksperimentelt arbejde (bestemmelse af bindingskonstanter (K a ) ved hjælp af absorption 

spektroskopi) 

Udfærdigelse af projektrapport 

Verifikation vha. spektroskopi 

Minikurser 




Henvendelse til Jan O. Jeppesen (joj@ifk.sdu.dk) 

46


Projekt 45. Molekylær Sygdomsgenetik: Hvad er 

(u)normalt? 

Vejleder: Brage Storstein Andresen, bragea@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: BMBs øvelseslaboratorium 




Keywords: 

Medfødte stofskiftesygdomme, nyfødt screening, polymorfi, gentest, mRNA 

splicing, PCR . 

Abstract 

I dag undersøges alle børn der fødes i Danmark for arvelige stofskiftesygdomme ved analyse af 

nogle få dråber blod fra hælen for bestemte metabolitter. Hos de børn der findes positive skal 

diagnosen bekræftes ved en undersøgelse for mutationer i de involverede gener. Menneskets gener 

indeholder dog også normale variationer, der ikke giver sygdom. Det kan derfor ofte være 

svært at afgøre om, der blot er tale om normal variation eller sygdomsfremkaldende mutationer. 

Projektdeltagerne skal med udgangspunkt i mutationer/variationer, der er fundet hos nyfødte, der 

mistænkes for at have en stofskiftesygdom, forsøge at afgøre om det er sygdomsfremkaldende 

mutationer eller blot neutrale variationer. De studerende vil få en indføring i brug af online værktøjer, 

der kan bruges til at afgøre hvor hyppig en sekvensvariation er, hvordan den kan påvirke 

dannelsen af mRNA og hvad den kan betyde for det dannede protein. Der vil blive givet en kort 

introduktion til hvorledes en familie kan udredes genetisk, herunder f.eks. stamtræer. 

Eksperimentelt vil der, afhængig af gruppens interesser, være mulighed for at designe og udføre 

en gentest og med den at følge mutationens nedarvning i en familie, samt ved analyse af normalmateriale 

at afgøre om variationen findes i raske personer uden sygdommen. Alternativt, vil der 

kunne laves en funktionsundersøgelse af mutationens effekt på mRNA niveau f.eks. ved måling 

af mRNA mængde eller undersøgelse af hvorledes mRNA splices. 

Minikurser 


Anbefalet: Ingen 


Udvalgte kapitler fra Pediatric Endocrinology and Metabolism. Sarafoglou K. McGraw-Hill. 

Andresen BS and Krainer AR (2009) When the genetic code is not enough – How sequence variations can affect 

pre-mRNA splicing and cause (complex) disease. Chapter 15 in Genetics of Complex Human Diseases. Cold Spring 

Harbor Laboratory Press. Desuden udvælges relevant litteratur på basis af gruppernes valg. 

47


Projekt 46. Måling af størrelsen af nanopartikler 

Vejleder: Brian Bak Jensen bbje@bmb.sdu.dk og Lars Folke Olsen lfo@bmb.sdu.dk 



Gruppeplacering: Bibiliotek 


Kommentarer: Projektet kan tages af alle studerende på scienceåret. 

Keywords: 

Nanopartikler, dynamisk lysspredning 

Abstract 

Nano- og mikropartikler får stadig større teknologisk betydning indenfor områder som medicin, 

fødevarer, overfladebehandling, katalyse og nye avancerede materialer. (1 000 nanometer = 1 

mikrometer = 0,001 mm). Internationalt er der mange aktiviteter omkring nanopartikler særligt i 

USA og Japan. Frie nano- og mikropartikler kan imidlertid også skade både kroppen og miljøet 

og manglende viden kan føre til forbrugerangst og kraftige restriktioner på innovative og ellers 

værdifulde anvendelser. Der er i befolkningen stærkt stigende krav vedrørende dokumentation af 

partiklers størrelse, antal samt forståelse af partiklers funktion og særligt partiklers egenskaber af 

betydning for sundheds- og miljøvurdering. Der er især problemer med at måle størrelsen af nanopartikler 

i væsker. 

Projektet går ud på at teste en metode til at måle størrelsen af forskellige typer af nanopartikler i 

væske. Metoden der kaldes Dynamisk Lysspredning og vi forventer at den kan anvendes til at 

måle størrelsen af partikler med en størrelse fra 1 nm til ca 1000 nm. Eksempler på partikler hvis 

størrelse det kan være relevant at måle er: (i) Nanopartikler indeholdende medicin til behandling 

af kræftsygdomme, (ii) nanopartikler indeholdende biosensorer til indsættelse i celler og måling 

af intracellulære komponenter, (iii) proteiner, (iv) vira. 

Minikurser 




Udvalgte afsnit fra Charles S. Johnson, Jr. and Don A. Gabriel, Laser Light Scattering, Dover, 

(1994). 

48


Projekt 47. Nanopartikler i kampen mod kræft 

Vejleder: Tine Daa Schrøder, tids@bmb.sdu.dk ; Lars Folke Olsen, lfo@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: Celcoms laboratorium 




Keywords: 

Nanopartikler, drug delivery, den magiske kugle. 

Abstract 

Nanoteknologi er et bredt spændende felt, der går ind i mange forskellige forskningsområder. 

Generelt kan det beskrives som værende forskning omkring strukturer, som måler fra 1 til100nm 

(1 nm =0,0000001 mm). Dette involverer udvikling og karakterisering af materialer og strukturer 

i nano størrelse. 

Medicin er et af de forskningsområder, hvor nanoteknologi har fundet anvendelse både indenfor 

behandling og diagnostik. Indenfor behandling har det ført til udviklingen af konceptet ‟den magiske 

kugle‟, som beskriver målrettede nanopartikler, der fungere som drug carriers. 

Kræftforskere arbejder med at udvikle ‟magiske kugler‟, der kan optimere den nuværende kemoterapi 

ved at målrette leveringen af de cytostatika (cellegifte), der anvendes i kemoterapi. Desuden 

muliggør brugen af nanopartikler, som drug carriers, anvendelsen af nye stoffer, der førhen 

ikke var i stand til at nå deres mål. 

De studerende får mulighed for at udvikle 

nanopartikler til brug i forskning eller behandling 

af kræft. F.eks. kan der udvikles 

nanopartikler, som kan bruges til målrettet 

levering af cytostatika eller stoffer der interferer 

med kræftcellers evne til at vokse 

og dele sig. 

De studerende vil få mulighed for at arbejde 

med biokemi under fremstillingen af 

nanopartiklerne, samt dynamisk lysspredning 

i forbindelse med karakteriseringen 

af de fremstillede nanopartikler. 

Desuden vil der være mulighed for at arbejde 

med fluorescens spektroskopi. 

Minikurser 




DAVIS, M. E., CHEN, Z. & SHIN, D. M. 2008. Nanoparticle therapeutics: an emerging treatment 

modality for cancer. Nat. Rev. Drug Discovery, 7, 771-782. 

49


Projekt 48. Nitrat og metan – to vigtige brikker i den 

globale opvarming 

Vejleder: Katrin á Norði, katrin@biology.sdu.dk[ 


Praktisk del: NordCee´s labaratorium, feltarbejde 

Gruppeplacering: Biologi 



Keywords: 

Mikrobiel økologi, anaerob oxidation af metan, nitrat reduktion 

Abstract 

Klimaændringerne som vi oplever i disse år, antages af de fleste, at skyldes den øgede mængde 

af drivhusgasser, der bliver udledt til atmosfæren. To af disse syndere er metan og nitrat. Et sted 

hvor der typisk er høje koncentrationer af disse gasser, er i vådområder og søer. Som følge af 

udledning fra landbruget modtager søer ofte høje koncentrationer af kvælstof i form af nitrat. 

Dette medfører at ferskvandssediment ofte har en høj nedadgående flux af nitrat, imens der er en 

opadgående flux af metan, som stammer fra anaerob nedbrydning, længere nede i sedimentet. 

Teoretisk skulle det være muligt for metan at blive oxideret via mange forskellige processer. 

Men indtil for nylig var anaerob metan oxidation koblet til sulfat reduktion den eneste kendte 

proces. I 2006 påviste Raghoebarsing et al. at metan også kunne oxideres koblet til nitrat reduktion. 

Denne viden åbner op for en ny måde at udregne kvælstof og metan budgetter på, men indtil 

videre vides det ikke hvor udbredt denne proces er ude i naturen. 

Projektets formål er at undersøge anaerob oxidation af metan, koblet til nitrat reduktion. Der vil 

blive indsamlet sediment kerner fra en sø indeholdende høje koncentrationer af nitrat og lave 

koncentrationer af sulfat. Disse kerner vil blive brugt til forskellige inkubationsforsøg (slurry incubations), 

med henblik på at påvise hvilken oxidations proces står bag den anaerobe oxidation 

af metan i søen. 

Minikurser 




Raghoebarsing et al. (2006). A microbial consortium couples anaerobic methane oxidation to 

denitrification. Nature 440 (13) p. 918-921 

Modin et al. (2007). Denitrification with methane as external carbon source. Water Research 41 

p. 2726-2738. 

50


Projekt 49. Numerical and statistical aspects of 

nonlinear regression 

Vejleder: Achim Schroll (achim@imada.sdu.dk) and Yuri Goegebeur 

(yuri.goegebeur@stat.sdu.dk ) 

Institut: IMADA 

Praktisk del: The project is theoretical 

Gruppeplacering: IMADA 

Gruppestørrelse: Min 3 and max 5 participants. Two groups can work on the project. 


Keywords: 

Nonlinear regression models, least squares, maximum likelihood, model validation 

and inference, growth models, Taylor‟s theorem, Gauss-Newton method, 

steepest descent method, Quasi-Newton algorithms. 

Abstract 

A large part of the regression analysis literature deals with linear regression models, that is models 

linear in the model parameters. However, in many areas of the physical, chemical, engineering, 

and biological sciences, knowledge about the experimental situation suggests the use of a 

less empirical, more theoretically based, nonlinear model. It is the objective of the project to 

study both the numerical and the statistical issues involved in the fitting of such nonlinear models. 

A possible application is for example the global positioning system (GPS). 

Software: Maple, Matlab or R: available for IMADA students in the terminalroom. 

Minikurser 




Sauer, T., 2006. Numerical Analysis, Chapter 4, especially 4.4., Pearson Education. 

1. Kutner, M.H., Nachtsheim, C.J., Neter, J., Li, W., 2005. Applied Linear Statistical Models 

(Fifth Edition). McGraw-Hill International Edition. 

• Myers, R.H., 1990. Classical and Modern Regression with Applications (second edition). PWS 

Kent. 

Sen, A., Srivastava, M., 1990. Regression Analysis - Theory, Methods, and Applications. Springer-Verlag. 

51


Projekt 50. Online Job Assignment 

Vejleder: Sushmita Gupta, sgupta@imada.sdu.dk 

Institut: Department of Mathematics and Computer Science (IMADA) 

Praktisk del: IMADA 

Gruppeplacering: IMADA Library 

Gruppestørrelse: minimum 3 and maximum 5 participants. One group can work on this project 

Kommentarer: Projektet er sœrligt velegnet til studieordning i datalogi / The project is specially 

suitable for students with curriculum in computer 

Keywords: 

Matching, bipartite graph, online algorithm, offline algorithm 

Abstract 

Consider a job assignment office, JAO, which matches job applicants with available positions 

depending on suitability and availability. Each applicant has a set of skills which makes him/her 

suitable for certain types of jobs. 

These assignments happen in a rolling basis, i.e, as jobs become available and interested candidates 

sign-up, the JAO makes a job-assignment (if it can) from the pool of unassigned candidates. 

If there are none available, then it searches the list of currently assigned candidates 

for someone who could potentially be assigned to a job which is unsuitable for any of the unattached 

candidates. An important condition for a job switch is that a previously assigned job 

cannot be halted because its worker has been assigned to something else. Therefore the JAO 

has a policy to make a switch only if there is an unassigned candidate who can take up that 

job. 

Too many job switches is perhaps not beneficial for the candidates, so a priori the JAO decides 

to limit the possible number of reassignments any candidate has to undergo to be no 

more than a small constant k, such as 2 or 3. The main goal is to maximize the number of job 

assignments. 

Situations of this nature are commonly encountered in problems related to ¨bipartite matching¨, 

both önline¨ as well as öffline¨. The goal of this project is to study and implement 

strategies which lead to optimal or at least close to optimal solutions. 

There is a lot of literature on this topic, both introductory and advanced. We will refer to 

some of them as a starting point and then try to glean ideas to develop our own strategies to 

make switches or to deduce examples when switching leads to no extra benefit. 

Minikurser 




Possible example- Chapter 3 : „‟Introduction to Graph Theory‟‟ by Douglas West. 

52


Projekt 51. Online Stock-trading Game 

Vejleder: Abyayananda Maiti, abyaym@imada.sdu.dk 


Praktisk del: Projektet er teoretisk datalogi 

Gruppeplacering: IMADA 


Kommentarer: Projektet er særligt velegnet til studieordning i datalogi / The project is specially 


Keywords: 

Online algorithm, Stock market, One-way trading, Two- way trading, Game 

theory 

Abstract 

In computer science, an online algorithm is one that can process its input piece-by-piece in a serial 

fashion, i.e., in the order that the input is fed to the algorithm, without having the entire input 

available from the start. In contrast, an offline algorithm is given the whole problem data from 

the beginning and is required to output an answer which solves the problem at hand. (For example, 

selection sort requires that the entire list be given before it can sort it, while insertion sort 

doesn't.) 

Financial problems are typically online in nature because its information about the future is often 

scarce and/or unreliable. Specifically, stock trading is a very important financial process and also 

very well known to general people who may not have any proper knowledge of financial theories. 

From the online algorithm perspective, there are two types of trading: One-way trading and 

Two-way trading. 

Here we will develop a stock-trading game where players have to place their moves in online 

fashion and virtual adversary (e.g. computer) may take different strategies to manipulate the upcoming 

stock-prices. Initially player would be given a fixed amount of money using which 

he/she has to trade in the stock market. For one way trading, trader only can buy and in two-way 

trading, trader can do any combinations of buy and sell. At each time step adversary will quote 

prices for each stock. The goal would be to maximize the profit. We will also figure out different 

bounds on profits in different scenarios (mainly different types of adversary). 

The basic version of game will deals with only one stock. We can extend it to general case where 

traders can buy and sell multiple stocks. 

Minikurser 




1. Borodin, A.; El-Yaniv, R. (1998). Online Computation and Competitive Analysis. Cambridge 

University Press. ISBN 0-521-56392-5 (Chapter 14). 

2. R. El-Yaniv, A. Fiat, R.M. Karp, and G. Turpin (2001). Optimal Search and One-Way Trading 

Online Algorithms, Algorithmica, 30, 101-139. 

3. cogprints.org/6216/2/SSRN-id1270025.doc 

53


Projekt 52. Plantemedicin mod fedme? 

Vejleder: Nils Færgeman, nils.f@bmb.sdu.dk 


Praktiske del: Lipid gruppens laboratorium 




Keywords: 

Fedme, Plantemedicin, lægemidler, C. elegans, fluorescens mikroskopi 

Abstract 

Fedme er en stadig mere udbredt folkesygdom i næsten alle vestlige lande, og det er vanskeligt at 

tabe sig, hvis man først er blevet svært overvægtig. Der bliver flere og flere 

overvægtige danskere, og de overvægtige bliver federe. Nye opgørelser 

viser, at omkring 15 procent af alle voksne i Danmark er fede med et BMI 

over 30. Syv procent af unge mænd og kvinder på 16-18 år betragtes som 

fede. Ca. 42 procent af danske mænd og 37 procent af danske kvinder er 

moderat overvægtige med BMI mellem 25 og 30. Det betyder, at mere end 

hver anden i Danmark vejer for meget. Lægemidler til behandling af fedme kan 

supplere diæter og fremkalde vægttab på flere forskellige måder. I øjeblikket er der tre 

receptpligtige lægemidler på markedet i Danmark, som enten nedsætter optagelsen i blodet af en 

del af de indtagne fedtstoffer, eller hæmmer appetitten ved at påvirke signaler for mæthed og sult 

direkte i hjernen, og samtidig øger kroppens energiforbrug. Interessen for natur- og 

plantemedicin, som kan erstatte de syntetiske lægemidler er stigende. 

I projektet vil vi anvende nematoden C. elegans som modelorganisme til at identificere potentielt 

nye forbindelser fra urte-ekstrakter som virker fedtnedsættende. De studerende opnår kendskab til 

dyrkning af C. elegans i kultur, basal og fluorescens mikroskopi teknikker. 

Minikurser: 



Litteraturliste: 

http://www.wormbase.org/ 

http://www.wormatlas.org/ 

54


Projekt 53. Polymorphism in crystalline aspirin: new 

tricks with mankind’s oldest drug 

Vejleder: Andrew Bond, adb@ifk.sdu.dk 


Praktisk del: Institute 


Gruppestørrelse: Minimum 3 and maximum 4 students. One group can work on the project. 

Kommentarer: The project is especially targeted at Pharmacy students, but it can be taken by 

any student on the Science Year. The project is undertaken in English. 

Keywords: 

Crystallisation, drugs, X-ray diffraction. 

Abstract 

Crystalline forms of drugs are of paramount importance in the pharmaceutical industry for two 

main reasons: (i) the majority of drugs are administered as crystalline solids; (ii) the crystalline 

form of a drug can influence pharmaceutically relevant properties such as solubility, bioavailability 

and processing ability (for example, tablet formation). The term polymorphism refers to the 

ability of a particular molecule to adopt more than one crystalline form. This project considers 

polymorphism in mankind‟s oldest drug, aspirin. 

Since the first determination of the aspirin crystal structure in 1967, there have been many claims 

in the literature for discovery of new aspirin polymorphs, but none could ever be conclusively 

proven. The puzzle was finally solved in 2007 through work performed at SDU. This project 

studies aspirin polymorphism, and includes the following activities: 

(i) Survey of the literature concerning aspirin polymorphism. 

(ii) Synthesis and crystallisation of aspirin polymorphs. 

(iii) Characterisation of aspirin polymorphs using X-ray diffraction. 

(iv) Visualisation and understanding of the aspirin crystal structures. 

The project will provide an overview of crystalline solid forms of pharmaceutical molecules, and 

give some experience in techniques for crystallisation and characterisation of crystalline solids. 

Minikurser 


Anbefalede: Ingen. 


A. D. Bond, R. Boese and G. R. Desiraju, American Pharmaceutical Review, May/June 2007. 

Selected sections from J. Bernstein, Polymorphism in Molecular Crystals, Oxford University 

Press, 2002. 

Selected sections from R. Hilfiker (ed.), Polymorphism in the Pharmaceutical Industry, Wiley- 

VCH, 2006. 

55


Projekt 54. Programmering af Algoritmer i Hardware 

Vejleder: Peter Kornerup, kornerup@imada.sdu.dk 

Institut: Matematik og Datalogi 


Gruppeplacering: Matematik og Datalogi 


Kommentarer: Projektet er særligt velegnet til studieordning i datalogi / The project is specially 


Keywords: 

VHDL-programmering, FPGA-implementation, modulær multiplikation, 

modulær eksponentiering, RSA kryptering. 

Abstract 

Typisk er det muligt ved udnyttelse af parallelisme at realisere en hardwareløsning af et problem 

som kan køre væsentligt hurtigere end en tilsvarende softwareløsning for en standard processor. 

Dette kan være afgørende for at realisere løsninger til visse tidskritiske problemer, men hardwareløsninger 

kan også i mange tilfælde være økonomisk fordelagtige når der skal produceres 

store styktal. 

Indledningsvis indgår i projektet en kortere introduktion til elementære logiske kredse, for derved 

at være i stand til at designe algoritmer realiserbare i hardware, samt ved programmering i 

sproget VHDL at specificere sådanne løsninger som kredsløb. Et VHDL program kan oversættes 

til et netværk af simple logiske kredse og lagerelementer som kan downloades i en FPGA 

chip (FPGA ~ Field Programmable Gate Array), og bringes til udførelse. Disse kredse fås i dag 

med så mange logikelementer at det er muligt herpå at realisere hele CPU'er, ja endda flere sådanne. 

FPGA kredse anvendes til indbygning på kredsløbskort til løsning af specialopgaver som skal 

produceres i mindre styktal. Der fås også standardkort med FPGA chips som kan tilsluttes en 

standard PC og derved udgøre en co-processor til at understøtte en særlig opgave, endog således 

at den dynamisk kan omprogrammeres til at udføre andre opgaver. Til masseproduktion kan et 

design beskrevet i VHDL endvidere bruges til at fremstille en VLSI kreds, en såkaldt ASIC 

kreds (ASIC ~ Application Specific Integrated Circuit). 

Projektet består i implementation af en ikke-triviel algoritme, bestående af design, programmering, 

simulering, og afsluttende eksekvering af det resulterende kredsløb på instituttets Altera 

FPGA udstyr. Det foreslås at opgaven består i at implementere RSA krypteringsalgoritmen, med 

henblik på anvendelse som en co-procesessor til en PC, men alternative projekter er mulige. 

Minikurser 




P. Kornerup: "A Systolic, Linear-Array Multiplier for a Class of Right-Shift Algorithms", IEEE 

Transactions on Computers, Vol. C-43(8), August 1994. 

Peter J. Ashenden: "The VHDL Cookbook" http://tams-www.informatik.unihamburg.de/vhdl/doc/cookbook/VHDL-Cookbook.pdf 

Michael Vejlegaard Kristensen: ”Hardware programmering” IMADA projektrapport, 2009 

56


Projekt 55. Psykofarmaka mod antibiotika-resistente 

Stafylokokker? 

Vejleder: Birgitte H. Kallipolitis, bhk@bmb.sdu.dk 

Institut: Institut for Biokemi og Molekylær Biologi (BMB). 

Praktisk del: Mikrobiologi-gruppens laboratorium samt BMB´s øvelseslaboratorium. 




Keywords: 

Staphylococcus aureus, MRSA, mikrobiologi 

Abstract 

Infektioner forårsaget af antibiotika-resistente bakterier udgør et stigende behandlingsproblem 

overalt i verden. Manglen på effektive antibiotika sætter fokus på nødvendigheden af at der udvikles 

nye strategier til bekæmpelse af infektionssygdomme forårsaget af antibiotika-resistente 

bakterier. Methicillin-resistente Staphylococcus aureus (MRSA) forårsager alvorlige og livstruende 

infektioner og er resistente overfor en lang række antibiotika, herunder penicilliner. En ny 

strategi til bekæmpelse af MRSA bygger på anvendelsen af såkaldte ”resistens-reverserende stoffer” 

som kan genskabe bakteriernes følsomhed overfor oprindeligt effektive antibiotika. 

Et psykofarmakon, Thioridazine, har vist sig at kunne gøre MRSA sensitive overfor penicillinlignende 

stoffer, når Thioridazine anvendes i lave koncentrationer, sammen med penicillinerne. 

Disse observationer åbner op for nye muligheder i forhold til udviklingen af alternative behandlingsstrategier 

til patienter inficeret med MRSA. I dette projekt vil studerende få mulighed for at 

undersøge Thioridazine´s effekt på MRSA ved brug af en række mikrobiologiske og molekylær 

biologiske teknikker, som for eksempel vækstforsøg, mikroskopi, PCR, qRT-PCR og western 

blot. 

Minikurser 



Scanning elektron mikroskopi af Staphylococcus aureus. 


Thanacoody, H. K. R. (2007). Thioridazine: resurrection as an antimicrobial agent? British Journal 

of Clinical Pharmacology, 64: 566-574. 

Klitgaard, J. K., Skov, M. N., Kallipolitis, B. H., Kolmos, H. J. (2008). Reversal of methicillin 

resistance in Staphylococcus aureus by Thioridazine. J. Antimicrob. Chemother. 62:1215-1221. 

57


Projekt 56. ”RNAi-Lægemidler og UNA” 

Vejleder: Jesper Wengel, jwe@ifk.sdu.dk 





Kommentarer: Projektet kan tages af studerende på farmaceutuddannelsen og studerende på 

scienceåret. 

Keywords: 

Organisk kemi, syntese, RNA, lægemidler. 

Abstract 

Såkaldte RNAi-lægemidler virker ved at angribe RNA molekyler, der koder for sygdomsrelaterede 

proteiner. Siden opdagelsen af RNAi (”RNA-interference”) for ca. 10 år siden har en række 

forskere og medicinalfirmaer aktivt forsket i disse RNAi-lægemidler, fordi de giver mulighed for 

at kombinere effektiv behandling med få bivirkninger. De aktive lægemiddelkandidater er RNAduplexer, 

der består af to 21 nukleotider lange RNA strenge. For at sikre biostabilitet og stor effekt, 

skal nogle af nukelotiderne være kemisk modificeret – dvs. at de skal have en anden kemisk 

struktur end de naturlige RNA strenge. UNA (”Unlocked Nucleic Aicd”; struktur nedenfor) er et 

eksempel på et kemisk modificeret nukleotid. Ved NAC (Nucleic Acid Center) har vi fundet ud 

af, at UNA er meget lovende for anvendelse i RNAi-lægemidler. 

Den praktiske del af projektet går ud på, at syntetisere de byggesten, som man skal bruge, når 

man fremstiller UNA-indeholdende RNAi-lægemidler. Mere præcist skal UNA-U og UNA-A 

byggestenene fremstilles ved fire-trins synteser ud fra de tilsvarende RNA nukleotider. Teorien 

ifm. de gennemførte synteser skal gennemgås, og den teoretiske del af projektet skal desuden 

omfatte en redegørelse for RNAi-lægemidler samt en vurdering af, hvorfor UNA nukelotider er 

interessante i denne sammenhæng. 

Minikurser 




O. Dahl, ”Kemisk DNA-syntese”, Dansk Kemi, 1987. 

J. Wengel, ”Syntetisk DNA”, Aktuel Naturvidenskab, 2000. 

J. K. Watts, G. F. Deleavey, M. J. Damha, Drug Discovery Today 2008, 13, 842. 

58


Projekt 57. Simulation af Polymerer, DNA og 

surfaktanter 

Vejleder: Carsten Svaneborg, svaneborg@ifk.sdu.dk 

Institut: Institut for Fysik og Kemi / Center for Fundamental Levende Teknologi 

Praktisk del: Center for Fundamental Levende Teknologi 



Kommentarer: ingen 

Keywords: 

Fysik, kemi, computer simulation, kemisk fysik af molekyler 

Abstract 

Naturvidenskab har historisk set bestået af samspillet mellem teori og eksperiment, men med 

computeren er der opstået en tredje mulighed - computer simulation. Vi kan på computeren simulerer 

modeller af komplekse molekyler. Det giver direkte indsigt i deres dynamik, som kan 

være svær at opnå med eksperimenter. Der er tre projekt muligheder, der tager udgangspunkt i 

polymere i opløsning, mekaniske egenskaber af DNA, samt selv-samlede surfaktant aggregater. 

Projekt 1: Polymerer er lange fleksible trådformede molekyler. Projektet går ud på at simulere en 

polymer opløsning. Hvad for egenskaber har molekylernes fraktale konfigurationer? 

Projekt 2: DNA er stive trådformede molekyler. Projektet går ud på at simulere af et DNA molekyle, 

der bliver trukket i begge ender. Hvad er relationen mellem kraft og afstanden mellem molekylets 

ender? 

Projekt 3: Surfaktanter (f.eks. sæbe) er molekyler, der består både af en vand elskende og vand 

hadende del. Når vi tvinger dem til at være opløst i vand danner de aggregater fordi den vand 

hadende del finder sammen. Projektet går ud på at simulere forskellige surfaktant molekyler og 

karakterisere aggregaterne de danner. 

I projekterne anvendes en særlig simulationsteknik kaldt Dissipative Particle Dynamics og simulationsprogrammet 

Lammps (http://lammps.sandia.gov) samt input data som jeg udleverer. Resultatet 

af simulationerne er billeder af molekylerne samt tidsudviklingen af molekylernes koordinater. 

Disse data skal analyseres og fortolkes både kvalitativt og kvantitativt. 

Minikurser 




Relevante afsnit fra ”Understanding Molecular Simulations: From Algorithms to Applications' 

D. Frenkel and B. Smit. 

59


Projekt 58. Simulation with Cellular Automata 

Vejleder: Daniel Merkle, daniel@imada.sdu.dk 





Kommentarer: Projektet er sœrligt velegnet til studieordning i datalogi / The project is specially 

suitable for students with curriculum in computer science 

Keywords: 

Computer Science, Cellular Automata, Modeling and Simulation, Pattern 

Formation 

Abstract 

In 1952 the English mathematician, logician, 

and computer scientist Alan Turing stated: “It 

is suggested that a system of chemical substances, 

called morphogens, reacting together 

and diffusing through a tissue, is adequate to 

account for the main phenomena of morphogenesis.'' 

With relatively easy mathematical 

formulations and by means of simulations 

with so-called cellular automata (CA), it is 

possible to model and analyze the related problem of pattern formation that occurs on sea shells 

or on animal skins. A CA is a remarkable simple discrete model studied in computability theory 

that consists of a regular grid of cells each in one of a finite number of states, such as “On” and 

“Off”. Each cell has a finite set of neighborhood cells. The current state of a cell itself and the 

current states of the cells in its neighborhood are considered to determine synchronously the new 

state of a cell. 

In a straightforward manner such CA can be used to simulate the mechanism that is supposed to 

be responsible for generating the before mentioned patterns. This mechanism is based on a socalled 

reaction-diffusion system of the morphogen prepatterns. The subsequent differentiation of 

cells to produce melanin (pigments that affect skin color) simply reflects the spatial patterns of 

morphogen concentration. 

An introduction to cellular automata will be included. The project aims at giving the participants 

knowledge on modeling with CA and experience in the implementation of CA-based simulations 

(simulation of animal skin patterns is just one suggestion). 

Minikurser 




A. Deutsch, S. Dormann: Cellular Automaton Modeling of Biological Pattern Formation, 

Birkhäuser Boston, 2005. 

L.B. Kier, P.G. Seybold, and C.-K. Cheng: Modeling Chemical Systems Using Cellular Automata, 

Springer Netherlands, pages 9-38, 2005. 

60


Projekt 59. Skader det antipsykotisk middel olanzapin 

fosteret, hvis det anvendes under graviditet? 

Vejleder: Per Damkier, dmakier@health.sdu.dk 

Institut: Institut for Sundhedstjeneste forskning, afd. Klinisk farmakologi 




Keywords: 

evidensbaseret lægemiddelanvendelse, lægemiddelinformation, farmakologi 

antipsykotika, olanzapin, graviditet, fosterskade 

Abstract 

Odense Universitetshopsital har (i samarbejde med Syddansk Universitet) en Klinisk Lægemiddelrådgivning. 

Denne rådgivning er målrettet praktiserende- og sygehuslæger, som kan henvende 

sig vedrørende patientspecifikke lægemiddelproblemer. Spørgsmålene er ofte pga. den specifikke 

patientsituation komplicerede, og svaret kan derfor ikke umiddelbart findes i gængse opslagsværker 

og lærebøger. Viden på området er ofte begrænset, og det er nødvendig at gennemgå opdateret 

special litteratur og den nyeste forskning for at give et kvalificeret svar. Alle spørgsmål 

besvares ud fra videnskabelige evidensbaserede principper. Denne case tager dermed udgangspunkt 

i et konkret henvendelse fra en praktiserende læge: 

En 32-årig kvinde har i ti år lidt af skizofreni hvor hun har været i behandling med olanzapin 5 

mg daglig. På den behandling har hun kunnet leve et normalt liv og vil nu gerne være gravid. I 

samarbejde med lægen har de både forsøgt at stoppe behandlingen helt og at skifte til et andet 

antipsykotika, perphenazin, som vides at være rimeligt sikkert at anvende i graviditet, men i begge 

tilfælde blev patienten psykotisk. Lægen spørger nu om hvilken risiko der er ved at behandle 

patienten med olanzapin under hele graviditeten. 

På baggrund af en en systematisk litteratursøgning af tilgængelig videnskabelige litteratur skal 

projektet forsøge at afdække en problemstilling som er på grænsen af den viden som vi har i dag. 

Minikurser 

Obligatoriske: Projektarbejde (Microsoft, Sund), heri indgår Sundhedsvidenskabelig litteratur 

søgning, Sundhedsvidenskabelig metode og videnskabsteori, Lægemiddelinformation. 







61


Projekt 60. Smart climbing – Geckos have it in their 

feet 

Vejleder: Beate Klösgen, kloesgen@ifk.sdu.dk*;Per Morgen 

Institut: IFK, Dep. of Physics and Chemistry 

Gruppeplacering: IFK , MEMPHYS labs 

Gruppestørrelse: 3-4 participants per group, 1 group 

Kommentarer: teaching language will be a mixture of English and Danish ; 

reporting / presentation can be chosen to be performed in either language 

Keywords: 

nanobioscience / bionics / physics: 

Gecko effect / adhesion / van-der-Waals interaction 

Abstract 

All Geckos can, Spiderman can, too, at least if the proper adhesive 

is available! Climbing the wall, just by running it, how can that be 

done? 

The project introduces into the topic of adhesion – the tight interaction 

among two adjacent surfaces. Students will learn about what 

are the interactions that can serve as a glue, and about how must an 

interaction surface be designed for the case of tight adhesion, still 

allowing to detach? 

The Gecko foot “knows” to do it in perfection! The trick will be 

seen to consist in a combination of the proper interaction – the vander-Waals 

interaction – with a nanoscopic structure: tiny protein 

filaments provide van-der-Waals contact sites with the wall. Thus 

the Gecko can nicely stick to a wall at whatsoever height, and still 

lift its feet and continue to run its way up or down. 

The practical part involves 

information gathering (contact and adhesion, van-der-Waals interaction; change of interaction 

area by filament bending deformation), 

preparing Gecko foot skin for the scanning electron microscope (SEM), 

studying the Gecko foot using the SEM, 

exploit the conditions of designing artificial surfaces capable of the “Gecko effect” 

The project will start with reading assignments and discussions. Students will learn to assemble 

the information required using the local library and electronic data bases. They will prepare their 

own samples and learn how to characterize them by SEM (and possibly by force measurements). 

Minikurser 



from: Geim et al., Microfabricated 

adhesive mimicking Gecko foot-hair, 

Natuer Materials, 2, 461-463 (2003) 


Handout material will be offered from week 1. Additional material will be found during a literature 

search (university library, internet, data bases ) 

62


Projekt 61. Smågnavere i Svanninge Bjerge 

Vejleder: Thomas Bjørne Berg, tbb@naturma.dk 

Institut: Biologisk Institut SDU, Naturama Svendborg 

Praktisk del: Svanninge Bjerge 

Gruppeplacering: Biologisk Institut/Naturama Svendborg 

Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 5 deltagere. To grupper kan arbejde med projektet 

Kommentarer: Ingen mulighed for vejledning i uge 15 og 16 

Keywords: 

Smågnavere, artskendskab, fangst-genfangst 

Abstract 

Smågnavere kan inddeles i studsmus og ægte mus. Til studsmusene hører bl.a. markmus, rødmus 

og mosegris mens fx halsbåndmus og skovmus hører til de ægtemus. De to grupper har vidt forskellige 

levevis og tilpasninger til føde. Smågnavere spiller en helt central rolle i økosystemet, og 

betegnes i visse sammenhænge som nøglearter. Deres antal og bestandsfluktuationer har dermed 

stor indflydelse på andre trofiske niveauer i økosystemet. Kendskab til populationsstørrelser og 

trofiske interaktioner omkring en given art, samt klimaets indvirkning herpå, er grundlaget for 

udarbejdelse af matematiske modeller der kan anskueliggøre hvilke parametre der bedst forklare 

de variationer man registrere i naturen. 

Projektet vil give artskendskab til danske smågnavere, samt indblik i fangst-genfangst metoder 

og den dertil hørende databehandling til at beregne et mindre områdes bestandsstørrelse. Projektet 

vil med baggrund i litteraturen give eksempler på, hvorledes kendskab til et økosystems bestandsstørrelser 

samt disses variation over tid kan bruges 

til at udvikle modeller. 

Minikurser 



Litteraturliste over metode artikler, som udleveres 

til de studerende 

Sinclair Anthony. R.E., John M. Fryxell., and Graeme 

Caughley 2006. Chapter 13. Counting animals In: Wildlife Ecology, Conservation, and Management 

(Second edition), Blackwell Publishing. Pp. 217-244 

Jensen, T. S., 1982 Seed Production and Outbreaks of Non-Cyclic Rodent Populations in Deciduous 

Forests. Oecologia (Berl) 54: 184-192. 

Schmidt, N.M., Thomas B. Berg, Mads C. Forchhammer, Ditte K. Hendriksen, Line A. Kyhn, 

Hans Meltofte and Toke T. Høye 2008. Vertebrate Predator-Prey interactions in a seasonal environment. 

In: High-Arctic ecosystem dynamics in a changing climate. Advances in Ecological 

Research Vol. 40: 345-370. 

63


Projekt 62. Struktur af G-quadrupleksen i de humane 

telomerer 

Vejleder: Michael Petersen, mip@ifk.sdu.dk 


Praktisk del: Udføres på Institut for Fysik og Kemi 



Kommentarer: Projektet er et teoretisk projekt 

Keywords: 

telomer, G-quadrupleks, beregningskemi, molekyldynamik, struktur 

Abstract 

Den genetiske kode findes som en DNA dobbelthelix i chromosomerne. I enderne af chromosomerne 

sidder der nogle DNA sekvenser, der ikke koder for proteiner. Disse DNA sekvenser 

kaldes for telomerer. Hver gang en celle deles, og chromosomerne kopieres, bliver telomererne 

afkortet en lille smule. Dette skyldes, at chromosomerne ikke kan kopieres fuldstændigt af DNA 

polymerasen. Udover at beskytte kopieringen af genomet spiller telomererne også en vigtig rolle 

i at kontrollere cellernes levetid: For hver celledeling forkortes telomererne en smule, og når telomerene 

bliver for korte, vil cellen dø. Telomererne består dels af et stykke dobbeltstrenget 

DNA og et enkeltstrenget stykke. Det er det enkeltstrengede stykke, der er basis for dette projekt. 

DNA sekvensen af denne er bygget op af hundredevis af gentagelser af sekvensen TTAGGG. 

Sådan en DNA sekvens, der indeholder mange guaniner, G-baser, kan danne en struktur, der kaldes 

en G-quadrupleks (Figur 1), hvor fire DNA strenge binder til hinanden via en G-tetrade (Figur 

1). 

Det er stadigvæk et åbent spørgsmål, hvordan den præcise struktur af den humane telomer er i 

celler, da forskellige eksperimentelle teknikker giver forskellige strukturer af modelsystemer. I 

dette projekt vil vi undersøge de forskellige strukturer ved brug af beregningskemi. Mere specifikt 

vil projektet starte med en introduktion til forskellige beregningskemiske teknikker bl.a. molekyldynamik. 

Disse teknikker er I også til en hvis grad stødt på i den teoretiske øvelse i KE501. 

Dernæst skal forskellige mulige G-quadrupleks strukturer, opbygget af korte DNA strenge, studeres 

med molekyldynamik, og deres indbyrdes stabilitet kan vurderes. Afsluttende kan man 

tænke sig, at der bygges modeller af, hvordan strukturen af et længere stykke telomer kunne se 

ud. 

Figur 1. En G-tetrade opbygget af fire 

guaninbaser og et eksempel på en foldet 

G-quadrupleks. 

Minikurser 




Relevant litteratur udleveres og diskuteres med de studerende 

64


Projekt 63. Vand - biologiens ideelle opløsningsmiddel 

Vejleder: Per Lyngs Hansen (lyngs@memphys.sdu.dk) og relevante medarbejdere fra 

forskningsgruppen MEMPHYS 

Institut: Institut for Fysik og Kemi evt. sammen med andre institutter efter aftale 

Gruppeplacering: IFK og MEMPHYS 


Kommentarer: Projektet kan tages af studerende på farmaceutuddannelsen. 

Keywords: 

Vand i fysik, kemi, biofysik, biologi 

Abstract 

Vand er et helt usædvanligt stof, fordi vandmolekylet har nogle egenskaber, som ingen andre 

molekyler har. Der kan opregnes mange fysisk-kemiske egenskaber, som gør vand til noget ganske 

særligt. Disse særegne egenskaber er grundlag for vands store betydning i biologi, hvor det 

er af betydning hvordan vand blander med helt eller delvist upolære væsker og medier (som olie 

og alkohol); at indlejring af upolære makromolekyler i vandigt miljø reguleres af en entropisk 

effekt, den såkaldte hydrofobe effekt; samt at vand udviser speciel ordning ved biologiske grænse- 

og overflader. Disse egenskaber betinger de effekter, som udgør projektets tema: 

Hvordan selvorganiserer biologisk relevante makromolekyler (f.eks. proteiner eller lægemidler) i vand? 

Hvad gør vand til et ideelt biologisk òpløsningsmiddel’? 

Projektet, som i detaljer udformes efter individuel aftale mellem studerende og vejlederne, gennemføres 

af 3-5 studerende. Det er tanken, at projektet skal indeholde relevante eksperimentelle 

undersøgelser, som understøttes af teoretiske overvejelser såvel som studier af litteraturen. Der 

stilles ved den detaljerede udformning af projektindhold betydelige krav til 

gruppens engagement og initiativrigdom. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (Microsoft, Nat/ eller Latex) 

Anbefalede: efter aftale. 


Life’s Matrix. A Biography of Water (P. Ball) UC Press, Berkeley (2000) 

65


Projekt 64. Vej dine egne molekyler 

Vejleder: Thomas J.D. Jørgensen, tjdj@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: Institut for Biokemi og Molekylær Biologi (BMB) 




Keywords: 

Massespektrometri 

Abstract 

Ekstraktiv elektrosprayionisering, EESI (engelsk: Extractive Electrospray Ionization) er en ny 

ioniseringsteknik, der har fundet anvendelse til massespektrometrisk analyse af flygtige forbindelse 

i udåndingsluft (bl.a. ”dårligt ånde”) [1], frugtmodning [2], parfumeforfalskninger [3], friske 

og fordærvede fødevarer [4], tilstedeværelse af stimulerende stoffer (nikotin og koffein) i 

kroppen ved hudanalyse (se Fig.1 nedenfor) [4]. Dette projekt går ud på at konstruere en ionkilde 

til ekstraktiv elektrosprayionisering og derefter anvende teknikken til at undersøge en selvvalgt 

prøve. Laboratoriet råder over en almindelig elektrosprayionkilde, der kan bruges som udgangspunkt 

til konstruktionen. 

Fig.1 Skematisk illustration af EESI analyse af hud. Nitrogen gas blæses henover huden og gassen 

føres videre til ionkilden, hvor de forskellige frigjorte stoffer ioniseres og efterfølgende detekteres 

vha. massespektrometri (fra ref. [4]). 

Minikurser 




1. Chen, H., et al. Angew Chem Int Ed Engl, 2007. 46(4): p. 580-3. 

2. Chen, H., et al. Anal Chem, 2007. 79(4): p. 1447-55. 

3. Chingin, K., et al. Rapid Commun Mass Spectrom, 2008. 22(13): p. 2009-14. 

4. Chen, H., et al. Angew Chem Int Ed Engl, 2007. 46(40): p. 7591-4. 

66


Projekt 65. Vitamins and Minerals 

Vejleder: Christine McKenzie, chk@ifk.sdu.dk 





Kommentarer: Projektet kan tages af studerende på Kemi, Nanobioscience, Farmaci og studerende 

på scienceåret 

Keywords: syntetisk Kemi, spektroskopi, nutrition, lægemidler, vitamin B 12 

Abstract 

Vitamins and minerals are essential dietary components since we are unable to biosynthesize 

them in our bodies. Deficiency or overexposure can lead to a myriad of diseases and death. Vitamin 

B 12 (cyanocobalamine) is an example of an essential vitamin and we need about 1 g per 

day. In nature it is produced by microorganisms, and we consume it in eggs, dairy products, meat 

and fish. Thus vegans need to be particularly aware of deficiency symptoms. Coenzyme B 12 has 

a central role in the biosynthesis of hemoglobin and the 

essential amino acid, methionine. Supplements are given 

to sufferers of pernicious anemia by injection. Vitamin 

B 12 , depicted on the left, contains the first row transition 

element cobalt which is trapped inside a “macrocyclic” 

ring called a corrin (blue). In situ it is a co-factor used 

by enzymes usually linked to them via a histidineN-Co 

bond. One ligand on the cobalt atom (R) is the carbon 

atom of various molecules and substrates. Vitamin B 12 is 

an example of an “organometallic” compound – it contains 

a metal-carbon bond. This is an important class of 

compounds in biological and industrial catalysis. Three 

Nobel prizes in chemistry, and one in medicine, have 

been awarded for Vitamin B 12 research and many more 

in organometallic chemistry. 

The original “total synthesis” of Vitamin B 12 took over a decade and involved more than 90 separate 

reactions performed by over 100 people. You don‟t the time for that! Rather you will synthesize 

and characterize a simpler analogue and carry out a literature search on the biochemistry 

of co-enzyme and Vitamin B 12 . 

Minikurser 




Synthesis instructions will be provided. 

http://en.wikipedia.org/wiki/Vitamin_B12 

67


Projekt 66. Watching proteins on the move 

Vejleder: Daniel Wüstner, wuestner@bmb.sdu.dk 




Gruppestørelse: Mindst 3 og max 6 deltagere. Én gruppe kan arbejde med projektet. 


Keywords: 

green fluorescent protein, fluorescence microscopy, cells, imaging 

Left panel shows the jellyfish 

emitting green light. Right 

panel shows an artistic cartoon 

of the barrel-like structure 

of GFP and of the chromophore 

inside the barrel. 

Abstract 

Proteins never stop moving in a living cell. There is a continuous exchange of proteins between 

various intracellular organelles. This dynamics is very important for the function of cells and 

their ability to adapt to changing environments. The discovery of green fluorescent protein (GFP) 

from the jellyfish Aequorea Victoria has sparked a revolution in cell biology. GFP shines green 

light when illuminated with blue light, and this ability in combination with molecular biological 

techniques allows one to link GFP to almost any protein of interest and to follow transport of this 

fluorescent protein complex in the cell. In fact, this discovery is so important that it won the Nobelprize 

in Chemistry in 2008 (see 

http://nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/2008/index.html). 

In this project, we will transfect mammalian cells with various GFP-tagged proteins. We will 

learn about mammalian cell lines and how to culture them in an incubator. Students will transfect 

the cells transiently and observe the GFP-tagged proteins under a fluorescence microscope. If 

time allows, we will record time-lapse video sequences of protein transport in transfected cells 

either on a wide field or on a confocal microscope. 

Minikurser: 

Obligatoriske: Projektarbejde (Microsoft, Nat) 



Aftales med vejleder 

68


Projekt 67. Ændret genekspression under udvikling af 

åreforkalkning 

Vejleder: Jane Stubbe, jstubbe@health.sdu.dk 

Institut: Institut for Molekylær Medicin 

Praktisk del: Institut for Molekylær Medicin 

Gruppeplacering: Kardiovaskulær og Renal Forskning 


Kommentarer: Projektet kan kun tages at studerende på farmaceutuddannelsen. 

Keywords: 

Åreforkalkning, inflammation, gen ekspression 

Abstract 

Åreforkalkning er et stigende sundhedsmæssigt problem i den vestlige verden. Den vestlige livsstil 

med at vi dyrker for lidt motion og spiser for fed kost er blandt risikofaktorerne for at udvikle 

åreforkalkning. Åreforkalkning er en kronisk betændelses tilstand i karvæggen hvor infiltrerende 

immunceller, såsom makrofager frigiver parakrine substanser som fører til en omstrukturering af 

karvæggens sammensætning og bidrager til fedtaflejringer i karvæggen. Cholesterolen fra den 

fede kost vil blive optaget af de infiltrerede makrofager som følge heraf omdannes disse til 

”skum celler”. En for høj cholesterol koncentration inde i cellerne er toksisk for cellerne og de 

vil derfor dø og dermed bidrage til dannelse af en kerne af døde og døende celler inde i karvæggen. 

Denne voksende kerne indeholder en masse inflammatoriske og oxiderede komponenter 

samt fedt, som i de tidlige stadier af åreforkalkning er omgrænset af et beskyttende lag af glatte 

muskel celler. Med tiden vil dette beskyttende lag udtyndes og der er en risiko for at åreforkalkningslæsionen 

brister og dermed frigives alle disse inflammatoriske komponenter til cirkulationen 

hvor de blandt andet kan forårsage blodprop i hjerte eller hjerne. 

I dette projekt vil det være muligt at undersøge ændringer i udvalgte gener som menes at have 

betydning for udviklingen af åreforkalkning. I vil med brug af kvantitativ PCR bestemme ændringer 

i mRNA niveauer i aorta fra hyperlipidemiske mus med forskellige stadier af åreforkalkning. 

De opnåede fund kan derefter blive bekræftet på protein niveau med western blots og immunhistokemi. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (Farma, Sund). 



Vil blive angivet senere 

69

Projekt 4. - Institut for Matematik og Datalogi - Syddansk Universitet

Create successful ePaper yourself

Delete template?

Save as template?