PROJEKTKATALOG 20100125.pdf - Institut for Matematik og ...

Det Naturvidenskabelige Fakultet 

P r o j e k t k a t a l o g 

N a t u r v i d e n s k a b e l i g t P r o j e k t 2 0 10 

P r ø v a t f o r s k e

N a t u r v i d e n s k a b e l i g t P r o j e k t 2 0 1 0 

Indhold | Projektoplæg Alfabetisk 

Projekt 1: A Metalloenzyme Model ................................................................................................ 3 

Projekt 2: AEP (auditory-evoked potentials) - En metode til undersøgelser af hørelse hos marsvin 

......................................................................................................................................................... 4 

Projekt 3: Artsbestemmelse med proteomics .................................................................................. 5 

Projekt 4: Assessment of cell death during tumour PROGRESSION ............................................. 6 

Projekt 5: ”At finde nye lægemidler med Click Chemistry” ........................................................... 7 

Projekt 6: Brætspillet HEX .............................................................................................................. 8 

Projekt 7: Building Wireless Sensor Network Applications ........................................................... 9 

Projekt 8: Cadmiums optagelse og vandring i marine organismer ................................................ 10 

Projekt 9: Catching the light .......................................................................................................... 11 

Projekt 10: Design og implementation af elevator software ......................................................... 12 

Projekt 11: Diabetes og genregulering .......................................................................................... 13 

Projekt 12: Dyrelyde som metode til at bestemme artdiversitet i naturen ..................................... 14 

Projekt 13: ”Elektronen: Den nyttige elementarpartikel” .............................................................. 15 

Projekt 14: Fremstilling af lysopfangende nanostrukturer (proteceller)........................................ 16 

Projekt 15: Fysiologiske undersøgelser af marsvin ....................................................................... 17 

Projekt 16: Gensekventering og mikrobiel evolution .................................................................... 18 

Projekt 17: Identificere bakterier i naturlige miljøer med molekylær økologiske teknikker. ....... 19 

Projekt 18: Identifikation af proteolytiske enzymer fra kødædende planter ................................. 20 

Projekt 19: Importance of protein tyrosine phosphorylation for in cancer cell signaling. ............ 21 

Projekt 20: Infektionsbiologi: er enterotoksinet vigtigt for patogene colibakteriers infektion i C. 

elegans nematoder? ....................................................................................................................... 22 

Projekt 21: Infektionssygdomme forårsaget af bakterier ............................................................... 23 

Projekt 22: Ion- og vandtransport proteiner i fiskegællen ............................................................. 24 

Projekt 23: Kan fluoxetin og sulpirid anvendes af en ammende kvinde? ..................................... 25 

Projekt 24: Kan ingefær anvendes til at behandle kvalme og opkastning i graviditeten? ............. 26 

Projekt 25: Kan kolesterolsænkende behandling give hukommelsesbesvær? ............................... 27 

Projekt 26: Kaos ............................................................................................................................ 28 

Projekt 27: Konstruktion og anvendelse af en ionkilde til ekstraktiv elektrosprayionisering 

(EESI) ............................................................................................................................................ 29 

Projekt 28: Kosmologi ................................................................................................................... 30 

Projekt 29: Kunstig næse til sporing af sprængstof ....................................................................... 31 

Projekt 30: ”Magnetiske Nanopartikler i molekylær Diagnostik” ................................................ 32 

Projekt 31: Matematikken bag 3D-grafik i computerspil .............................................................. 33 

Projekt 32: ”Microwave-controlled Synthesis of Quantum Dots” ................................................ 34 

Projekt 33: Mindste kvadraters metode ......................................................................................... 35 

Projekt 34: Molekylær Sygdomsgenetik: Hvad er (u)normalt?..................................................... 36 

Projekt 35: Oprensning af miljøskadelige ioner ............................................................................ 37 

Projekt 36: ”Oprensning af svovlkornsproteiner” ......................................................................... 38 

Projekt 37: Organisering af kolloide partikler ............................................................................... 39 

Projekt 38: Overtrækning af tabletter ............................................................................................ 40 

Projekt 39: Plantemedicin mod fedme og kræft? .......................................................................... 41 

Projekt 40: ”Process Engineering in Aquaculture Research” ........................................................ 42 

Projekt 41: Profiling the sperm lipidome ....................................................................................... 43 

Projekt 42: Programmering af Algoritmer i Hardware .................................................................. 44 

Projekt 43: Q.E.D. - Det matematiske bevis .................................................................................. 45 

i


Projekt 44: Resistance to antibiotics by RNA methylation ........................................................... 46 

Projekt 45: Screening for AMPK stimulerende stoffer ................................................................. 47 

Projekt 46: Self-cleaning surfaces – the Lotus effect .................................................................... 48 

Projekt 47: Simulation with Cellular Automata ............................................................................ 49 

Projekt 48: Smart climbing – Gecko have it in their feet .............................................................. 50 

Projekt 49: Udvikling og anvendelse af nanobiosensorer til måling af metabolitter i celler ........ 51 

Projekt 50: Vand: biologiens ideelle opløsningsmiddel ................................................................ 52 

Projekt 51: Watching proteins on the move .................................................................................. 53 

Projekt 52: Øges risikoen for blødning ved samtidig behandling med warfarin og paracetamol? 54 

ii


Projekt 1: A Metalloenzyme Model 

Vejleder: Christine McKenzie chk@ifk.sdu.dk 

Ulla Gro Nielsen ugn@ifk.sdu.dk 

Institut: Institut for Fysik og Kemi (IFK) 

Praktisk del: Institut for Fysik og Kemi (IFK) 

Gruppeplacering: Biblioteket 

Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 5 deltagere. Én gruppe kan arbejde med projektet. 

Kommentarer: Projektet kan tages af studerende på Lægemiddelvidenskab og studerende på 

scienceåret 

Keywords: 

Syntese Kemi, NMR Spektroskopi, Metalloenzymer 

Abstract 

Metalloenzymes are involved in the redox transformations of water and oxygen. These reactions 

are essential for life as part of the processes of photosynthesis, respiration and the biosynthesis of 

proteins, DNA and hormones. Chemists look to the molecular and supramolecular mechanisms 

of metalloenzymes for inspiration for solving many of today‟s environmental and social issues, 

from toxic waste to excess CO 2 emissions. 

Using organic and inorganic synthetic methodologies you will prepare a “biomimetic” compound 

which contains the first row transition metal ion, vanadium. This compound is a functional 

model for the active substrate binding site of vanadium haloperoxidases. You will study the 

reaction of this compound with O 2 , H 2 O 2 and water using NMR spectroscopy. Our aim is that the 

results will help elucidate the mechanism of catalyzed water oxidation and hence provide fundamental 

knowledge for the discovery of water splitting catalysts for use in “artificial photosynthesis” 

devices-a predicted future technology for sunlight-driven renewable hydrogen production. 

The vanadium containing enzyme, haloperoxidase 

is isolated from seaweed. The active 

site (not visible) contains one vanadium 

atom. The active site binds and activates 

water, O 2 and H 2 O 2 and organic substrates. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (Microsoft/LaTeX, Nat) 

Anbefalede: Matematiske metoder for fysikere og kemikere 

Litteraturliste over metode artikler, som udleveres til de studerende 

A. Nielsen og C. J. McKenzie, Vand som brændstof, Aktuel Naturvidenskab, 2006, 5, 11-13. 

U. Gro Nielsen, A. Hazell, J. Skibsted, H. J. Jakobsen and C. J. McKenzie Solid state 51 V NMR 

spectroscopy discriminates crystal phases manuscript submitted to CrystEngComm 

3


Projekt 2: AEP (auditory-evoked potentials) - En 

metode til undersøgelser af hørelse hos marsvin 

Vejleder: Meike Linnenschmidt, meike@biology.sdu.dk 

Magnus Wahlberg, magnus@fjord-baelt.dk 

Institut: Biologisk Institut (BI) 

Praktisk del: Marinbiologisk Forskningscenter, Kerteminde 



Kommentarer: Projektet afholdes i Kerteminde på Marinbiologisk Forskningscenter. 

Undervisningssprog er engelsk (med en dansk-tysk blanding). 

Keywords: 

marsvin, bioakustik, populationsbiologi, 

Abstract 

Marsvinet bruger ekkolokalisering til orientering og fiskefangst under vandet. Ekkolokalisering 

består af to dele; lydproduktion og hørelse. Marsvin og andre tandhvaler producerer lyde af høje 

frekvenser med en slags stemmebånd lige under blæsehullet. De dirigerer lyden ud fra hovedet 

med hjælp af en slags oliekrop som kaldes melonen. Når lyden rammer en fisk og andre ting så 

kommer et ekko tilbage, hvilket marsvin hører og undersøger i sin hjerne til at finde ud hvilken 

slags genstand det drejer sig om. Derfor er hørelsen en meget vigtig sans for marsvinet, og den er 

meget specialiseret hos denne art. Desuden er marsvinene meget afhængige af en rigtig god 

hørelse fordi hvis den ikke fungere eller bliver dårligere (f.eks. når det bliver gammelt eller sygt), 

så kan de ikke orienterer sig eller finde fisk. Men, hvad og hvordan hører marsvinene? 

I gamle dage var det meget tidskrævende at træne dyr til en hørelsestest. Men med de nye 

metoder, som hedder AEP (auditory evoked potentials) er det nemmere og hurtigere at undersøge 

hørelsen fra mange forskellige dyr. Hos marsvinene sætter vi små elektroder i sugekopper på 

ryggen. Med elektroderne kan vi optage signalerne fra marsvins hjerne, ligesom en EKG til 

måling af hjerteaktiviteten hos lægen. Marsvinene er trænet til at dykke ned under vandet med 

sugekopper på kroppen, og de har lært at placere sig ved en lyttestation indtil de er kaldt tilbage. 

Når de står ved lyttestationen spiller vi forskellige type af lydsignaler med forskellig lydstyrker. 

Med hjælp af hjernens aktivitet kan vi nu undersørge hvilke lyde og hvor gode marsvinene er til 

at høre de forskellige signaler. I løbet af projektet lærer de studerende om marsvinenes biologi 

(specielt hørelsessans), træning af dyr, den fysiologiske metode AEP, teknisk udstyr og analyse 

af data med forskellige computer programmer. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (Microsoft, Nat) 

Anbefalede: Signalanalyse ved Fouriertransformation 


Ikke angivet 

4


Projekt 3: Artsbestemmelse med proteomics 

Vejleder: Peter Højrup, php@bmb.sdu.dk 

Institut: Institut for Biokemi og Molekylær Biologi (BMB) 

Praktisk del: PR-gruppens laboratorium ved BMB 



Kommentarer: Vejledning og formidling foregår på dansk eller engelsk. Præsentationer, rapporter, 

osv. fra studerende må foreligge enten på dansk eller på engelsk 

Keywords: 

Experimental project; proteiner; sekvensbestemmelse; bioinformatik; massespektrometri; 

Abstract 

Alt levende er bygget op af lipider, kulhydrater, nukleotider og proteiner. Da lipider og kulhydrater 

syntetiseres af proteiner, kan man ikke være sikker på at de er artsspecifikke, mens proteiner 

som er kodet af DNA vil være det. Den primære struktur af proteiner kan analyseres med en 

række teknikker, men på grund af følsomhed og hastighed, er massespektrometri i dag den langt 

overvejende analysemetode til ikke-specifik analyse af proteiner. Disse teknikker, som generelt 

omtales som proteomics, kan bruges til både at identificere og kvantificere proteiner, selv i meget 

komplekse blandinger. 

Metoden går i korthed ud på at proteiner separeres, gerne ved hjælp af en kromatografisk teknik, 

hvorefter de spaltes med et specifikt enzym, som vil generere en blanding af peptider. Ved hjælp 

af massespektrometri kan den eksakte molekylevægt dernæst bestemmes (med få ppm‟s nøjagtighed) 

og ved databasesøgninger kan man dernæst identificere proteinet, både med hensyn til 

type og art. Hvis det ikke umiddelbart kan lade sig gøre at identificere proteinet, kan mere avancerede 

teknikker som lc-ms/ms anvendes. 

I den senere tid har der været en række opsigtsvækkende 

historier i nyhedsmedierne, 

hvor forretninger har behandlet kødvarer på 

upassende vis. Et af tilfældene var bl.a. at 

lammekød var blandet op med svinekød. Vi 

vil opsætte en protokol til at analysere om 

given art kød er iblandet andet kød og teste 

for følsomheden af metoden. Metoden vil 

tage udgangspunkt i de kendte metoder til 

proteomics, bl.a. massespektrometri, gel 

elektroforese, aminosyreanalyse. Yderligere 

teknikker vil være tilgængelige i laboratoriet. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (Microsoft, 

Nat). 

50 

Intensity 

0 

1101.6 

1365.7 

1511.7 

1877.0 

2767.1 

2033.1 2114.9 

1209.6 

1257.7 

1163.6 1268.6 1718.3 1861.8 1995.9 2332.2 

3435.6 

756.38 864.46 878.49 939.48 994.57 1008.4 1017.5 1058.5 1137.5 1146.5 1176.6 1192.5 1542.7 1552.6 1561.8 1568.8 1577.8 1666.7 1681.8 1756.8 1795.9 1847.8 1934.0 2018.9 2366.12626.1 

2750.1 2783.1 3451.6 

1000 m/z 

3500 

C:\moverz\program\C9_MS_1.massml (19:48 11/29/09) 

Description: Baxter 1 

Massespektrum af en tryptisk fordøjelse af toxinet 

fra Bordetella pertussis, bakterien som 

forårsager stivkrampe. 


Øvelsesvejledning, bogkapitler og enkelte artikler. 

5


Projekt 4: Assessment of cell death during tumour 

PROGRESSION 

Vejleder: Barbara Guerra, bag@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: BMBs øvelseslaboratorium 



Kommentarer: Projektet anbefales til studerende på Lægemiddelvidenskab 

Keywords: 

Cancer, cell death, DNA damage, chemotherapeutic agents 

Abstract 

1. One of the most important tasks in Cell Biology is to understand the molecular mechanisms 

that control normal cell behaviour and how they are disrupted in cancer. The identification of 

alterations that promote cancer progression means to find new opportunities for treating the disease. 

The induction of cell death is one of the most important weapons we have to treat cancer. 

Defects in cell death are, in fact, considered a hallmark of cancer and are known to cooperate 

with other oncogenic lesions during cancer development and progression. A successful response 

to a tumour-specific treatment by chemotherapeutic agents includes the activation of a form of 

cell death known as apoptosis. This tumour-suppressor process is the subject of intensive studies 

for the control of invasive cellular growth that kills an organism. 

2. In the current project, it will be possible to evaluate the impact of various classes of chemotherapeutic 

compounds on cancer cells by a morphological analysis of cells (phase contrast and fluorescence 

microscopy) and the application of various biochemical and biophysical techniques 

(SDS gel-electrophoresis, Western blot, Flow cytometry). A comparative analysis on the kinetic 

of cell death-induction will dictate the outcome of a specific treatment determining its therapeutic 

validity. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projekt arbejde (Microsoft, Nat). 


Johnstone R.W., Ruefli A.A., Scott W.L. Apoptosis: a link between cancer genetics and chemotherapy. 

Cell, 108(2), 153-164, 2002. Additional material will be distributed during the course. 

Cells entering apoptosis 

6


Projekt 5: ”At finde nye lægemidler med Click 

Chemistry” 

Vejleder: Poul Nielsen, pon@ifk.sdu.dk 


Praktisk del: Institut for Fysik og Kemi (IFK) 


Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 5 deltagere. Én gruppe kan arbejde med projektet 


scienceåret 

Keywords: 

Organisk kemi, syntese, lægemidler. 

Abstract 

K. B. Sharpless m. fl. introducerede i 2001 begrebet Click Chemistry – at skabe kemisk diversitet 

med nogle få gode kemiske reaktioner. Dette princip har nu vundet naturligt indpas i medicinalkemien, 

hvor medicinalindustrien typisk ønsker hurtigt at kunne fremstille og teste et stort antal 

stoffer. Især en bestemt reaktionstype, hvor 1,2,3-triazoler dannes ud fra organiske azider og 

terminale alkyner under Cu(I)-katalyse, bliver meget anvendt, idet den er enkelt at udføre, fungerer 

i vandige opløsninger med små mængder af billige katalysatorer og udnytter udgangsstofferne 

fuldt ud uden dannelse af biprodukter. Samtidigt er netop azider og alkyner relativt nemme at 

fremstille, og da metoden er ret tolerant overfor andre funktionelle grupper, kan to forskellige 

enheder let sættes sammen og komplekse molekyler opnås forholdsvist enkelt: 

R 1 N 3 + 

HC 

C R 2 

R 1 R 

N 

2 

N 

N 

Projektet går ud på at designe og fremstille et eller flere molekyler, hvori to separate enheder 

sættes sammen v.h.a. denne reaktion. Hertil anvendes azider og alkyner, der enten findes i forskningsgruppen, 

indkøbes til formålet eller fremstilles i forbindelse med projektet. Samtidigt vurderer 

gruppen det eller de fremstillede molekyler som potentielle lægemidler bl.a. med udgangspunkt 

i Lipinski‟s regelsæt. Med udgangspunkt i kendte stoffer, er det således muligt at fremstille 

helt nye stoffer med f.eks. potentiel aktivitet som antibiotika. 

Minikurser 



K. B. Sharpless, M. G. Finn and H. C. Kolb, Angew. Chem. Ind. Ed. 2001, 40, 2004. 

H. C. Kolb and K. B. Sharpless, Drug Discovery Today 2003, 8, 1128. 

Udvalgte afsnit fra G. L. Patrick, An Introduction to Medicinal Chemistry, 4 th Ed., Oxford, 2009. 

7

Projekt 6: Brætspillet HEX 


Vejleder: Bjarne Toft, btoft@imada.sdu.dk 

Institut: Institut for Matematik og Datalogi (IMADA) 

Praktisk del: Projektet er teoretisk 

Gruppeplacering: IMADA 


Kommentarer: Ingen 

Keywords: 

diskret matematik, spilteori, strategi 

Abstract 

Brætspillet HEX har meget simple spilleregler, men det er kompliceret at spille godt. Derfor har 

det specielt tiltrukket matematikeres interesse. Der er interessante matematiske sætninger forbundet 

med HEX, f.eks. at spillet ikke kan ende uafgjort. Dette udsagn siges at være ækvivalent 

med Brouwer‟s Fixpunkt Sætning. Man kan diskutere hvordan et sådant udsagn begrundes og 

hvilken betydning det har. I forbindelse med spillet er der mange uløste spørgsmål i relation til 

optimal strategi. 

Matematiske metoder fra diskret matematik og spilteori vil blive anvendt i studiet af spillet, men 

projektet vil også have en historisk dimension. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (LaTeX, Nat) 


Martin Gardner, The game of Hex, in The Scientific American Book of Mathematical Puzzles and 

Diversions, Simon and Schuster 1959, p. 73-83. 

David Gale, The game of Hex and the Brouwer Fixed-Point Theorem, American Math. Monthly 

86 (1979), 818-827. 

C. Browne, Hex Strategy: Making the Right Connections, A.K. Peters 2000. 

Anatole Beck, Michael N. Bleicher, Donald W. Crowe, Excursions into Mathematics, The Millenium 

Edition, A.K. Peters 2000. 

Ryan Hayward, Yngvi Björnsson, Michael Johanson, Morgan Kan, Nathan Po, Jack van Rijswijck, 

Solving 7x7 Hex with domination, fill-in, and virtual connections, Theoretical Computer 

Science 349 (2005), 123-139. 

Ryan B. Hayward and Jack van Rijswijck, Hex and combinatorics, Discrete Mathematics 306 

((2006), 2515-2528. 

Jorge Nuno Silva, Mathematics and games, a case study: Hex, NORMAT 55 (2007) p. 16-24. 

8


Projekt 7: Building Wireless Sensor Network 

Applications 

Vejleder: Tao Gu, gu@imada.sdu.dk 






Keywords: 

Wireless sensor network programming and applications 

Abstract 

Wireless sensor network is an emerging area where has many potential applications. The objective 

of this project is to allow students to learn wireless sensor network programming and implement 

simple applications by using available sensors at IMADA. We have three types of sensors 

available: 1) Crossbow iMote2 sensor, IRIS sensor, and MICAz sensor, 2) Porcupine v2.4 

sensor, and 3) Sunspot sensor, shown in the figure below. They have different programming requirements 

(TinyOS, embedded C, and Java). Students in a group will be allowed to choose one 

of the three sensor platforms, and learn to program and build a simple sensor network application. 

Such applications can be environmental monitoring, user behavior monitoring, motion 

analysis, security, home automation, entertainment, etc. Your application can be as simple as 

sensory data collection and performing simple interpretation; transferring sensory data using 

multi-hop, etc. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (LaTex) 


1. http://www.xbow.com/Products/productdetails.aspx?sid=156 

2. http://www.xbow.com/Support/wTechnicalSupport.aspx 

3. http://sites.google.com/a/mis.tu-darmstadt.de/porcupine/projects 

4. http://www.sunspotworld.com/ 

5. http://www.sunspotworld.com/Tutorial/index.html 

6. https://www.sunspotworld.com/forums/ 

7. http://www.tinyos.net/ 

9


Projekt 8: Cadmiums optagelse og vandring i marine 

organismer 

Vejleder: Knud Ladegaard Pedersen, klp@biology.sdu.dk 


Praktisk del: Marinbiologisk Forskningscenter, Kerteminde og Biologisk Institut 




Keywords: 

cadmium, fysiologi, anatomi, biokemi, proteinoprensning, radioaktive isotoper 

Abstract 

Cadmium er i den industrialiserede verden blevet spredt i naturen fra mange kilder som affaldsforbrænding, 

batterier og kunstgødning. Cadmium har svært ved at blive udskilt når det først er 

optaget i kroppen, f.eks. når mennesker som har røget hele livet risikable niveauer i nyrerne omkring 

60-års alderen. Cadmium opkoncentreres ligeledes i visse marine organismers væv, hvorfra 

de som mad bidrager til menneskers belastning med tungmetallet. 

Projektet går ud på at få et indblik i hvordan cadmium bliver optaget, fordelt og oplagret i marine 

organismer. Vi vil integrere zoologi, fysiologi og biokemi for at beskrive hvorledes levende organismer 

har en meget tæt kontrol med metaller. Værktøjet vi vil bruge er en radioaktiv isotop af 

cadmium ( 109 Cd) som vi vil følge ind i organismen, rundt til organerne og ned på det subcellulære 

niveau. Indledende skal det ud fra litteraturstudier bestemmes hvilke repræsentative organismer 

der skal vælges og hvilke organer der skal undersøges. I vil få teoretisk og praktisk indblik i 

hvordan invertebrater og fisk er bygget rent anatomisk og fungerer fysiologisk. Desuden vil vi gå 

i dybden med metallers betydning for vore normale biokemiske processer samt hvilke beskyttelsesmekanismer 

vi har overfor tungmetaller. Herefter vil vi studere de mest almindelige biokemiske 

metoder til proteinoprensning for at kunne følge hvilke subcellulære komponenter cadmium 

bliver bundet til. Vi vil på baggrund af den indsamlede viden designe forsøg med invertebrater 

(og evt. fisk) som vil blive udført på Marinbiologisk Forskningscenter i Kerteminde samt på 

SDU i løbet af en koncentreret uge. 

Minikurser 



Afhænger af valg af organisme 

10

Projekt 9: Catching the light 


Vejleder: Beate Klösgen, kloesgen@ifk.sdu.dk 


Praktisk del: MEMPHYS labs 

Gruppeplacering: IFK, MEMPHYS labs 

Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 3 deltagere. Én 

gruppe kan arbejde med projektet. 

Kommentarer: teaching language will be a mixture of 

English and Danish ; 

reporting / presentation can be chosen to be performed in either language 

Keywords: 

biophysics: plant pigments in photosynthesis; solar energy 

Abstract 

The only true energy input to our global system is by transfer of photonic energy from radiation 

incident from the sun to the surface of our planet. This drives our climate and provides secondary 

energetic input used in wind or tidal power stations. An at least as essential contribution to the 

global energy budget is however the photosynthetic power transfer that resides in a pigment system 

developed by the plants: it is the source of oxygen balancing and of all energy that drives the 

biochemistry of the coexisting species starting from the plants themselves but as well covering 

the needs of all higher organisms via the food chain. 

The project shall provide a starter insight into energy balance and energy throughput focussing 

on the photosynthetic contribution. The conditions of light absorption by plants as due to their 

specialized pigment systems developed during evolution so far will be studied. It will be seen 

how a mix of different pigments serve to cover the energetic input of the visible solar spectrum. 

The coupling of the light absorption to the generation of oxygen will be demonstrated in a small 

self-built bio-reactor. 

The practical part involves: information assembly (spectra, total energy input to the globe surface; 

plant conversion efficiency, …), extracting pigments from different plant leaves (your 

choice of leave !) , identifying the different pigment components by separation, characterizing 

them by the related absorption spectra and the building of a small light dependent bio-reactor. 

The project will start with reading assignments and discussions. Students will learn to assemble 

the information required using the local library and electronic data bases. They will bring their 

own selection of leaves (3-4 types per group) to be analysed, and will learn the experimental details 

to process the material into fragments, and to characterize the component properties. The 

relation between the colour appearance and the absorption measured on the leave extracts will be 

discussed. The mechanism of oxygen production by light absorption will be seen 

Minikurser 



Handout material will be offered from week 1. Additional material will be found during a literature 

search (university library, internet, data bases ). 

11


Projekt 10: Design og implementation af elevator 

software 

Vejleder: Kim Skak Larsen, kslarsen@imada.sdu.dk 


Praktisk del: Programmering 




Keywords: 

Datalogi, simulering, programmering 

Abstract 

Projektet omhandler software for elevatoropførsel i et elevatorsystem med mindst to elevatorer 

og et passende stort antal etager. Når en elevator kaldes til en etage ved et tryk på en knap, har 

man algoritmisk set et valg omkring, hvilken elevator man vil sende afsted. Dette valg vil influere 

muligheden for hurtigt at sende en elevator til næste kaldte etage. Valget kan basere sig på data 

i systemet i øjeblikket, historiske data og statistiske data. Man kan også træffe valget med 

henblik på at undgå visse worst-case opførsler. I dette projekt skal der designes algoritmer til afvikling 

af elevatorerne. 

Der skal ses på forskellige brugerscenarier, hvor de ekstreme er meget travle perioder (morgentrafik), 

samt perioder, hvor man kan forvente kun at servicere een person af gangen (nattrafik). 

Morgentrafik kan analyseres gennem computer-simulering. Dvs. at et brugermønster kan modelleres, 

et simlueringsværktøj kan programmeres, og forskellige algoritmer kan undersøges under 

ens betingelser. Nattrafik kan analyseres på lignende måder, eller man kan overveje mere teoretiske 

vurderinger. Et oplagt mål for optimering af systemet er ventetid. Man skal overveje, hvordan 

det kan defineres præcist, samt gennemtænke andre mål, man kunne opstille for systemets 

opførsel. 

Endelig kan man ud over at designe algoritmer til eksisterende elevatorsystemer overveje også at 

involvere sig i designet af den mekaniske del af elevatorsystemet. Hvilken indflydelse på det 

samlede system vil det for eksempel have, hvis man på enhver etage ikke blot kan trykke på en 

tilkaldeknap (evt. en op/ned knap), men kan angive den etage, man ønsker transport til? 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (LaTeX) 


http://en.wikipedia.org/wiki/Discrete_event_simulation. 

12

Projekt 11: Diabetes og genregulering 


Vejledere: Lars la Cour Poulsen, larscp@bmb.sdu.dk 

Susanne Mandrup, s.mandrup@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: BMB 




Keywords: 

Genregulering, type II diabetes, metabolisme. 

Abstract 

Type II diabetes og andre livsstilsrelaterede sygdomme som hjertekarsygdomme er et stadigt 

voksende problem i den industrialiserede del af verden. Hvis man har type II diabetes, betyder 

det, at kroppen ikke længere er i stand til at reagere på fødeindtagelse ved at udskille insulin fra 

bugspytkirtlen. En væsentlig risikofaktor for udviklingen af type II diabetes er insulinresistens, 

dvs. en situation, hvor kroppens celler har nedsat følsomhed overfor insulin. I denne situation 

bliver bugspytkirtlen presset til at producere meget mere insulin end normalt, for at kroppen kan 

opretholde sin glukosebalance. Den øgede belastning af de insulinproducerende celler i bugspytkirtlen 

kan føre til, at de helt holder op med at fungere. Mange undersøgelser tyder på, at insulinresistens 

bl.a. opstår som følge af svær overvægt. 

For at bremse udviklingen af type II diabetes er det vigtigt at begrænse udviklingen af insulinresistens. 

Man har fundet ud af, at stoffer, der aktiverer transkriptionsfaktoren peroxisom proliferator-aktiveret 

receptor γ (PPARγ), øger insulinfølsomheden. Derfor benyttes sådanne medikamenter 

til at behandle folk, som har vist begyndende tegn på type II diabetes. PPARγ er vigtig 

for regulering af gener, der bl.a. fremmer oplagring af fedt i fedtvævet. 

Målet med projektet er at forstå, hvordan PPARγ regulerer udtrykket af gener, og hvordan man 

igennem genregulering kan hæmme udviklingen af type II diabetes. Vi vil undersøge, hvordan 

forskellige stoffer kan aktivere PPARγ og herigennem aktivere PPARγ-regulerede genpromotere. 

Vi vil dyrke pattedyrsceller og analysere, hvordan PPARγ-aktivatorer påvirker 

transkriptionen af PPARγ-regulerede promoter-konstrukter, der indsættes i cellerne ved hjælp af 

transient transfektion. Derudover vil vi studere teorien bag type II diabetes samt fedtvævets rolle 

i forbindelse hermed. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (Microsoft, Nat). 

Litteraturliste over baggrundsartikler artikler, som udleveres til de studerende 

Adipocyte dysfunctions linking obesity to insulin resistance and type 2 diabetes (2008) 

Adilson Guilherme, Joseph V. Virbasius, Vishwajeet Puri and Michael P. Czech; Nat Rev Mol 

Cell Biol. 9:367-377. 

PPARγ: a nuclear regulator of metabolism, differentiation and cell growth (2001) Rosen ED and 

Spiegelman BM; J Biol Chem. 276:37731-4. 

13


Projekt 12: Dyrelyde som metode til at bestemme 

artdiversitet i naturen 

Vejledere: Annemarie Surlykke, ams@biology.sdu.dk 

John Ratcliffe jmr@biology.sdu.dk 


Praktisk del: Feltstation i Søgård (3-4 dage uge 18) 


Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 5 deltagere. To grupper kan arbejde med projektet. 


Keywords: Lydproduktion, artsbestemmelse, adfærd, habitat, flagermus. 

Abstract 

Lyd er en vigtig del af kommunikationen hos mange dyregrupper, og ofte vil f.eks. fugles sang, 

græshoppers striduleren eller flagermus‟ sonarsignaler afsløre, at de er der, selvom man ikke kan 

få øje på dem. Derfor kan man bruge detektion/optagelse af dyrelyde som en non-intrusiv metode 

til at lave opgørelser over artssammensætningen i et område eller en habitat. I projektet arbejdes 

med flagermus, hvis lyde skal optages og beskrives og karakteriseres tilstrækkeligt godt til at 

de kan bruges til artsbestemmelse. Det gøres ved at optage lydene med kalibreret lydoptageudstyr 

og moderne IT-metoder så man har signalerne lagret på digital form. Efter signalanalyse, 

hvor lydene frekvens/tidsstruktur bestemmes og afbildes som spektrogrammer, kan man 

sammenligne med reference-værker, så arterne kan bestemmes. Der skal ses på hvordan de forskellige 

arter fordeler frekvenserne mellem sig, og hvordan evt. støj påvirker dem, så de ikke laver 

lyd ved frekvenser, hvor der er støj eller mange andre dyr på ”linien”. Alle eksperimenter 

planlægges så man har et passende antal (n) for hvert dyr / habitat. Dvs. metoderne omfatter dataindsamling 

(lydoptagelse og lagring), lydanalyse (signalanalyse), forsøgsplanlægning og statistiske 

analyser. De lyde dyr bruger til kommunikation afhænger af mange forskellige akustiske 

og biologiske betingelser. Lydens frekvens og intensitet bestemmer, hvor langt væk lyden kan 

høres ikke bare af artsfæller, men også evt. fjender. Høretærskler og bevoksningen i habitaten er 

andre faktorer, der påvirker kommunikationafstanden. I projektet skal disse og andre faktorer 

vurderes i forhold til de opnåede resultater. 

Minikurser 


Anbefalet: Signalanalyse ved Fouriertransformation 


Ikke angivet 

14

Projekt 13: ”Elektronen: Den nyttige 

elementarpartikel” 


Vejleder: Per Morgen, per@ifk.sdu.dk 


Praktisk del: IFK 



Kommentarer: Projektet kan tages af studerende på scienceåret (særligt egnet for nanoteknologistuderende). 

Keywords: 

Teori og eksperimenter (diffrakttion, elektronsspektroskopi, elektronmikroskopi) 

Abstract 

Elektronen er en helt ”central” elementarpartikel og er bærer af liv, død, og information. Den er 

lille og optræder og virker derfor både som partikel og som bølge ( ifølge de Broglies hypotese), 

med en bølgelængde, som kan varieres ved at give elektronen mere eller mindre fart på. Elektronen 

kan trækkes ud af et fast stof eller af molekyler, og kan bringes til at bevæge sig frit i rummet 

i et vakuumkammer. Her kan man afbøje den med elektriske og magnetiske felter, og derved 

måle dens hastighed. Dette benyttes i elektronspektroskopi, til, ved hjælp af fotoeffekten, at identificere 

sammensætningen af stoffers overflader. Ved lavenergetisk elektron diffraktion anvendes 

elektronen som en monokromatisk bølge, med en bølgelængde i Ångstrøm området (0,1 nm), 

som diffrakteres på en overflade, hvis atomer sidder ordnet i en regelmæssig struktur. I elektronmikroskopi 

anvendes elektronen som partikel, og udsender derved andre elektroner fra det 

område, af en prøves overflade, som den rammer. Dette kan bruges til optagelse af ”billeder” af 

overfladen, ved at flytte elektronstrålen henover overfladen, og i hvert punkt måle antallet af udsendte 

elektroner, og afsætte disse resultater som et billede på en TV-skærm. 

Eksperimenter 

Der udføres tre eksperimenter: 1. Brugen af et skannende elektronmikroskop til studier af forskellige 

emner (mikro- og nanostrukturer); 2. Brugen af et fotoelektronspektrometer til studier af 

sammensætningen af stoffers overflader. 3. Diffraktionsstudier af siliciumoverfladers geometriske 

struktur ved hjælp af elektroner 

Minikurser 



Der vil blive oprettet et website med litteratur og brugsanvisninger til projektet. 

15


Projekt 14: Fremstilling af lysopfangende 

nanostrukturer (proteceller) 

Vejleder: Pierre-Alain Monnard, monnard@ifk.sdu.dk 

Institut: Institut for Fysik og Kemi 

Praktisk del: FlinT lab 



Kommentarer: Projektet anbefales til studerende med interesse i kemi, biofysik og nanobioscience 

Keywords: 

Abstract 

Self-assembly, protoceller, fedtsyrer, polycykliske aromatiske hydrocarboner 

Tidligt i jordens historie besad de cellulære forstadier, som f.eks. protoceller, sandsynligvis 

membranagtige grænser bestående af spontant dannede amfifile dobbeltlag af fedtstoffer. Disse 

dobbeltlag har så stor lighed med nutidige cellers cellemembraner, at det antages, at de tidlige 

membraner kan have spillet en væsentlig rolle i protocellers funktioner, f.eks. ved at opfange lysenergi 

fra omgivelserne. Energi omdannelser, der frembragte nye kemiske bindinger, har udgjort 

de første afgørende skridt i evolutionen mod en celle, som vi kender den i dag, fordi den 

tillod semi-autonom kontrolleret metabolisme at opstå. 

Projektet går ud på at designe og fremstille strukturer bestående af et dobbeltlag af fedtsyrer omkransende 

en hydrofob kerne. Den hydrofobe kerne indeholder lysabsorberende polycykliske 

aromatiske hydrocarboner (PAHs). Strukturerne fremstilles ved at benytte pH-vesikuleringsmetoder. 

En succesfuld fremstilling vil frembringe nanostrukturer, der er i stand til at omdanne 

lysenergi til en kemisk gradient. Undersøgelser af strukturerne vil foregå via UV, fluorescensspektroskopi 

samt mikroskopi. 

Minikurser 



Monnard PA and Deamer, DW 2003 Methods in Enzymology, 372, 133-151. 

Deamer, D. W., 1992. Adv. Space Res. 12 (4), (4)183-189. 

Lakowicz, J.R., Principles of Fluorescence Spectroscopy, second Edition 1999. 

16


Projekt 15: Fysiologiske undersøgelser af marsvin 

Vejleder: Magnus Wahlberg, magnus@fjord-baelt.dk 


Praktisk del: Marinbiologisk Forskningscenter, Kerteminde 



Kommentarer: Projektet afholdes i Kerteminde på Marinbiologisk Forskningscenter. 

Keywords: 

marsvin, bioakustik, populationsbiologi, 

Abstract 

Marsvinet er den eneste hval, der yngler i de danske farvande. Hvaler er pattedyr, som lever hele 

sit liv i vand. De skal finde sine byttedyr såsom fisk og blæksprutter, parre sig, føde kalve, give 

mælk og sove, alt sammen i vand. Deres kropsfunktioner følger med i årstidernes forandringer, 

og de opbygger et tykt spæklag hver vinter for at isolere sig mod kulden. I dette projekt bruger vi 

de trænede marsvin ved Fjord og Bælt til at forstå, hvordan disse dyre er tilpassede livet under 

vand. Gennem at veje dyrene og måle deres længde, spæktykkelse, hjerterate m.v. og gennem at 

sammenligne med data indsamlet gennem årenes løb lærer vi om deres fysiologi. Derudover studerer 

vi deres evner til at fange fisk gennem så kaldt ekkolokalisering. 

Minikurser 


Anbefalede: Signalanalyse ved Fouriertransformation 

Litteraturliste over metodeartikler, som udleveres til de studerende 

Ikke angivet. 

17


Projekt 16: Gensekventering og mikrobiel evolution 

Vejledere: Raymond P. Cox, r.p.cox@bmb.sdu.dk 

Finn Kirpekar, f.kir@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: Institut for Biokemi og Molekylær Biologi (BMB) 




Keywords: 

Bakterier, DNA, evolution, mikroorganismer, molekylærbiologi 

Abstract 

Mange mikroorganismer ligner hinanden under mikroskopet og kan derfor ikke umiddelbart 

identificeres. Moderne metoder til mikrobiel identifikation er baseret på gensekvenser. Ændringer 

i gensekvenser er et resultat af organismers evolution, og DNA-sekvenser giver således information 

om mikrobens placering på livets træ (dennes "fylogeni"). 

Under projektet vil deltagere isolere DNA fra en selvvalgt mikroorganisme som endnu er ikke 

blevet identificeret med molekylære teknikker, og amplificere et udvalgt gen med hjælp af polymerase 

kædereaktionen (PCR) samt evt. genkloning. Det resulterende DNA sekventeres og resultaterne 

sammenlignes med informationer i databaser, således at man kan bestemme mikroorganismens 

identitet og relationer til andre organismer. Et vellykket resultat vil blive deponeret i 

en database (GenBank), og vil således være en bidrag til vores samlede viden om livets diversitet. 

Der vil blive anvendte standardteknikker til arbejde med DNA, herunder oprensning, PCR og 

gensekventering (evt. kloning), samt arbejde med databaser på internettet og anvendelse af computerprogrammer 

til sekvensanalyse og fremstilling af fylogenetiske træer. 

Minikurser 



Brock Biology of Microorganisms, 12th edition, by M. Madigan, J. M. Martinko, P. V. Dunlap, 

D.P. Clark. Chapter 14, Microbial Evolution and Systematics. 

18


Projekt 17: Identificere bakterier i naturlige miljøer 

med molekylær økologiske teknikker. 

Vejleder: Kirsten Habicht, khabicht@biology.sdu.dk 

Verona Vandieken, verona@biology.sdu.dk 


Praktiske del: Biologisk Institut. Prøveindsamling (1 dag) 




Keywords: 

bakterier, fluorescens mikroskop, FISH teknikker, naturen. 

Abstract 

Bakterier findes over alt. Nogle er skadelige for os mennesker, men de fleste i naturen er livsnødvendige 

for at vi overhoved kan leve på Jorden, da bakterier har stor betydning for at opretholde 

det økologiske stofkredsløb. Der er derfor stor interesse for at finde ud af hvilke bakterier 

som lever i naturen og hvor mange der er af dem. I de seneste år har det været muligt at identificere 

bakterier direkte fra naturen ved at fluorescensfarve bakteriernes DNA eller RNA hvorved 

bakterierne bliver synlige i et fluorescens mikroskop. I dette projekt vil vi bruge nogle af de nye 

molekylærøkologiske teknikker til at identificere og kvantificere bakterie fra forskellige naturlige 

miljøer. For at kvantificere bakterierne kan vi undersøge op til 3 forskellige metoder (DAPI, 

CYBR green og kvantitativ PCR) og undersøge hvilke fordele og ulemper der er ved hver at disse 

metoder. For at identificere bestemte bakterier grupper fra det naturlige miljø vil I lære fordele 

og ulemper ved de kendte Fluorescens In Situ Hybridiserings teknikker (FISH, cardFISH og 

mar-FISH) og anvende den metode som bedst passer til det miljø I ønsker at arbejder med. 

Minikurser 



Bottari, B, Ercolini D., Gatti, M & Neviani E (2006). Application of FISH technology for microbial 

analysis: current state and prospects. Appl. Microbiol. Biotechnol. Vol 73:485-494. 

19


Projekt 18: Identifikation af proteolytiske enzymer fra 

kødædende planter 

Vejleder: Frank Kjeldsen, frankk@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: Protein Research gruppens laboratorium 

Gruppeplacering: Afdeling for protein forskning/Biblioteket 



Keywords: 

Massespektrometri, Analytisk proteinkemi, kromatografi 

Abstract 

Proteaser er fællesbetegnelsen for en lang række enzymer (proteiner) som nedbryder andre proteiner 

via hydrolyse af den primære sekvens (aminosyresekvensen). Proteaser findes naturligt i alle 

organismer og enzymerne er involveret i en lang række fysiologiske reaktioner, fra simpel fordøjelse 

af proteiner til stærkt regulerede kaskader (f. eks blodkoagulation, komplementsystemet, 

apoptose pathways). 

Typisk for planter, så opbygger de proteiner ved hjælp af kulstof indarbejdet fra fotosyntesen og 

kvælstof optaget fra uorganiske mineraler i jorden. Omvendt, så syntetiserer dyr, svampe og 

kødædende planter deres protein - i det mindste delvist - fra materialer, der stammer fra væv i 

andre organismer. 

På trods af at kødædende planter har fascineret mennesket i flere hundrede år så er viden omkring 

de aktive enzymer som disse planter udskiller stadig begrænset. 

I dette projekt vil vi prøve at identificere en eller flere af de proteaser som en kødædende plante 

anvender til at fordøje insekter med. Det vil vi gøre ved at tilføje planten forskellige stimuli for at 

simulere at den har ”fanget” et insekt. Efterfølgende høster vi fordøjelsessekretet og behandler 

prøven ved hjælp af en række simple separationsmetoder (massefiltrering og evt. HPLC) før vi 

analyserer prøven ved massespektrometri. På den måde vil det være muligt at isolere og karakterisere 

den/de protease(r) som planten udskiller. 

Minikurser 



Matusikova, I; Salaj, J.; Moravcikova, L; Mlynarovaet, L, Planta, 2005, 222, 1020-107 

Wisniewski, JR., Mann, M., Nature Methods, 2008, 5, 359–362. 

20


Projekt 19: Importance of protein tyrosine 

phosphorylation for in cancer cell signaling. 

Vejleder: Blagoy Blagoev, bab@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: CEBI 

Gruppeplacering: Bygning 37, Biblioteket 

Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 4 deltagere. Én en gruppe kan arbejde med projektet. 

Kommentarer: The project will be held in English 

Keywords: 

Signaling, phosphorylation, cancer, kinases, phosphatases, inhibitors 

Abstract 

In multicellular organisms the proper function and survival of every cell is dependent on intercellular 

signalling networks that control cells‟ growth, differentiation and metabolism. Deregulation 

of signaling, e.g. loss of growth control, is at the heart of numerous human diseases including 

cancer. Growth factors like the epidermal growth factor (EGF), nerve growth factor (NGF) and 

Insulin among others play a central role in these processes. The most distinguishing feature of 

the cellular signaling initiated by growth factors is the flow of tyrosine phosphorylation events 

occurring in the cells immediately after hormone stimulation. Improper actions of the proteins 

responsible for the reversible tyrosine phosphorylation, namely tyrosine kinases and phosphatases, 

are found in all human cancers and are the main cause for developing and maintaining the 

disease state. Therefore, the development of specific inhibitors to various kinases and phosphatases 

take a central part of the drug-developing industry today. 

Plan for experimental work: In this project we will study protein tyrosine phosphorylation induced 

by growth factors in cancer cell lines using immunoprecipitation and Western blotting. 

This experiment will be repeated using specific inhibitors of tyrosine phosphatases in order to 

compare the cellular effects under these experimental conditions. The project will reveal both the 

global cellular phosphorylation responses as well as some of the key proteins involved in the 

signaling initiated by growth factors. The project provides an opportunity to work with cell culture 

and some of the major molecular biology techniques. 

Minikurser 



Blume-Jensen P, Hunter T. Oncogenic kinase signalling. Nature. 2001, 411(6835):355-65. 

Schlessinger J. Cell signaling by receptor tyrosine kinases. Cell. 2000, 103(2):211-25. 

Hunter T. Signaling--2000 and beyond. Cell. 2000, 100(1):113-27. 

21


Projekt 20: Infektionsbiologi: er enterotoksinet vigtigt 

for patogene colibakteriers infektion i C. elegans 

nematoder? 

Vejleder: Jakob Møller-Jensen, jakobm@bmb.sdu.dk 

Jonas Borch, jonasb@bmb.sdu.dk 

Institut: Institutt for Biokemi og Molekylær Biologi (BMB) 


Gruppeplacering: Institut for Biokemi og Molekylær Biologi/Biblioteket 



Keywords: 

Infektion, patogene mikroorganismer, C. elegans nematoder, toksiner 

Abstract 

En række patogene mikroorganismer, inklusive sygdomsfremkaldende bakterier, udskiller proteinstoffer 

som er giftige for mennesker og dyr. I dette projekt undersøger vi om enterotoksinet fra 

enterotoksigene Escherischia coli spiller en rolle under infektion i en simpel værtsorganisme, 

nematoden Caenorhabditis elegans. 

1. Problemstilling 

Vi ønsker at analysere hvorledes infektion med enterotoksigen E. coli (ETEC) påvirker nematoden 

C. elegans. Specifikt undersøges effekten af det varmelabile enterotoksin ved sammenligning 

af wild-type og mutant ETEC, som ikke producerer toksin. Ved brug af fluorescensmikroskopi 

ønsker vi desuden at undersøge toksinets lokalisering i C. elegans. 

2. Metoder 

I har blandt andet mulighed for at benytte følgende metoder: 

Vokse ETEC kultur samt C. elegans nematoder 

Udføre infektionsforsøg, hvor nematodernes levetid bestemmes. 

Lokalisering af fluorescerende bakterier i nematoderne vha. fluorescensmikroskopi 

Lokalisering af enterotoksin i nematoderne vha. fluorescensmikroskopi 

Undersøge binding af toxin til nematode membraner ved hjælp af den biofysiske 

målemetode overflade plasmon resonans. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (Microsoft/Nat). 


1. Sifri, C. D., J. Begun, and F. M. Ausubel. 2005. The worm has turned - microbial virulence 

modeled in Caenorhabditis elegans. Trends Microbiol. 13:119-127. 

2. Turner, S. M., Scott-Tucker, A., Cooper, L. M., and Henderson, I. R. (2006) Weapons of 

mass destruction: virulence factors of the global killer Enterotoxigenic Escherichia coli, 

Fems Microbiology Letters 263, 10-20. 

22


Projekt 21: Infektionssygdomme forårsaget af 

bakterier 

Vejleder: Birgitte H. Kallipolitis, bhk@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: Instituttets øvelseslaboratorium 




Keywords: 

Infektionssygdomme, patogene bakterier 

Abstract 

Infektionssygdomme udgør på verdensplan en af de hyppigste årsager til dødsfald. Sygdomme så 

som tuberkulose, meningitis, lungebetændelse, kolera, diarré, mavesår samt visse former for 

kræft kan således skyldes patogene bakterier. For en patogen bakterie er evnen til at vokse og 

overleve under stressende omstændigheder af stor betydning for bakteriens sygdomsfremkaldende 

evne. Under en infektion bliver bakterierne udsat for et massivt angreb fra værtsorganismens 

immunsystem samt – hvis infektionen bliver behandlet – antibiotika. I det ydre miljø bliver patogene 

bakterier ligeledes udsat for stress. F.eks. skal bakterier på vores hud kunne modstå udtørring 

og sur pH, og fødevarebårne patogene bakterier skal kunne overleve og vokse omstændigheder, 

som normalt benyttes til at forlænge holdbarheden af vores fødevarer. 

I projektets teoretiske del kan man beskæftige sig med en bakteriel infektionssygdom efter eget 

valg. Sygdommen kan f.eks. være forårsaget af Staphylococcus, Salmonella, Campylobacter, Helicobacter, 

Mycobacterium, Vibrio, Listeria – eller en helt anden bakterie. I projektets praktiske 

del kan man undersøge, hvordan bakterier responderer på forskellige stressomstændigheder, svarende 

til hvad bakterier kan bliver udsat for under en infektion og/eller i miljøet. Det vil f.eks. 

være muligt at undersøge, hvordan bakterier kan overleve kroppens forsvarsmekanismer, antibiotika, 

metoder til fødevarekonservering, eller rengøring af f.eks. hospitalsudstyr. Metoder, som 

kan anvendes i projektet, inkluderer: vækstforsøg, drabsforsøg, DNA- og proteinoprensning, gelelektroforese, 

PCR til identifikation af bakterier, m.fl. Af sikkerhedsgrunde anvendes nonpatogene 

bakterier i de eksperimentelle forsøg. 

Minikurser 



US FDA-CFSAN Bad Bug Book, Introduction to Foodborne Pathogenic Microorganisms and 

Natural Toxins Handbook (www.cfsan.fda.gov/~mow/intro.html). 

23


Projekt 22: Ion- og vandtransport proteiner i 

fiskegællen 

Vejleder: Steffen Søndergaard Madsen, steffen@biology.sdu.dk 


Praktisk del: Biologisk Institut, forskningslaboratorium 




Keywords: 

iontransport, aquaporiner, gællefunktion, hormoner, mRNA ekspression 

Abstract 

Fiskegællen har mange funktioner, bl.a. respiratoriske, syre-base regulatoriske og ionregulerende 

funktioner. Gællen har en kompleks tre-dimensionel struktur, der på trods af dens 

kompakte størrelse giver den et meget stort overfladeareal. Relativt få celletyper indgår i gællens 

opbygning: stukturelle (brusk- og søjleceller) og epithelceller (mukus, flise- og kloridceller). 

Kloridcellerne findes i flere sub-typer (ion-optagende og ion-udskillende), der varierer i antal 

afhængigt af ionindholdet i det omgivende vand. Gællens tynde struktur og høje permeabilitet 

bevirker at ufordelagtige passive fluxer af vand og ioner opstår over gælleepithelet. Disse fluxer 

virker forstyrrende på fiskens vand- og saltbalance og må kompenseres på flere forskellige niveauer 

for ikke at fiskens indre miljø forstyrres. Et af de osmoregulerende organer er netop gællen, 

der både aktivt kan optage og udskille ioner - afhængig af saltholdigheden fisken lever i. Euryhaline 

fisk kan omstille sig mellem forskellige saltholdigheder, bl.a. fordi deres gællefunktion 

kan omstilles fra netto ion-optagelse (i ferskvand) til netto ion-udskillelse (i saltvand). Denne 

omstilling involverer regulering af en række forskellige ion- og vandtransport proteiner der findes 

i gællens forskellige celler. Blandt disse kan nævnes Na + ,K + -pumpen, Na + ,K + , 2Cl - - 

cotransporteren, CFTR Cl - -kanalen og H + -pumpen. Nogle af disse fungerer i både ferskvand og 

saltvand (f.eks. Na + ,K + -pumpen), hvorimod andre fungerer når fisken opholder sig i enten ferskvand 

(H + -pumpen) eller saltvand (Na + ,K + , 2Cl - -cotransporteren, CFTR Cl - -kanalen). Derudover 

skal gællecellernes vand-permeabilitet reguleres for at sikre at cellernes volumen holdes konstant. 

Heri indgår regulering af aquaporiner – molekylære vandkanaler. 

Projektet tager sigte på at karakterisere hvorledes gællefunktionen ændres i forbindelse med omstilling 

mellem saltholdigheder? Mængden og reguleringen af vigtige ion- og vandtransporterende 

proteiner i gællen kan undersøges på mRNA- og protein-niveau ved teknikker som spektrofotometri, 

enzymassays, Western blotting og kvantitativ real-time PCR (QPCR). Forsøg med hormonel 

regulering af ekspressionen kan evt. indgå. Projektet vil give en stor mulighed for fordybelse 

i basale fysiologiske og molekylære tilpasningsstrategier i forbindelse med miljøskift. 

Minikurser 


Litteraturliste over metode artikler, som udleveres til de studerende: 

Hirose, S., Kaneko, T., Naito, N. & Takei, Y. (2003) Molecular biology of major components of 

chloride cells. Comparative Biochemistry and Physiology 136B: 593–620. 

24


Projekt 23: Kan fluoxetin og sulpirid anvendes af en 

ammende kvinde? 

Vejleder: Michael Due Larsen, mdlarsen@health.sdu.dk 

Institut: Institut for Sundhedstjeneste forskning, afd. Klinisk farmakologi 


Gruppeplacering: Sundhedsvidenskabelige Fakultet, Winsløwsparken 19 


Kommentarer: Projektet kan kun tages af studerende på Lægemiddelvidenskab 

Keywords: 

evidensbaseret lægemiddelanvendelse, lægemiddelinformation, amning sulpirid, 

fluoxetin 

Abstract 

Odense Universitetshopsital har (i samarbejde med Syddansk Universitet) en Klinisk Lægemiddelrådgivning. 

Denne rådgivning er målrettet praktiserende- og sygehuslæger, som kan henvende 

sig vedrørende patientspecifikke lægemiddelproblemer. Spørgsmålene er ofte pga. den specifikke 

patientsituation komplicerede, og svaret kan derfor ikke umiddelbart findes i gængse opslagsværker 

og lærebøger. Viden på området er ofte begrænset, og det er nødvendig at gennemgå opdateret 

special litteratur og den nyeste forskning for at give et kvalificeret svar. Alle spørgsmål 

besvares ud fra videnskabelige evidensbaserede principper. Denne case tager dermed udgangspunkt 

i et konkret henvendelse fra en læge på en fødeafdeling: 

En skizofren kvinde på 27 år er i behandling med et antidepressivt middel, fluoxetin og et antipsykotisk 

middel sulpirid. Hun har tidligere været i behandling med andre antipsykotiske midler 

(risperidon, aripiprazol, clozapin og perphenazin) uden god effekt. Hun er i gravid i 36. uge og 

lægen spørger om hun kan forsætte den nuværende behandling samtidig med at hun ammer sit 

barn. 

På baggrund et en udtømmede søgning af tilgængelig videnskabelige litteratur skal projektet forsøge 

at afdække en problemstilling som er på grænsen af den viden som vi har i dag 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (Microsoft, SUND) 

Litteraturliste over metode artikler, som anbefales til de studerende 

Ulla Hedegaard & overlæge Per Damkier. Klinisk farmakologisk rådgivning i Odense 1997- 

2003. Ugeskr Læger 2004;166(45):4030 

Uddrag: Klinisk forsknings metode. Dirksen et al. Munksgård. København 1996 

Uddrag: Den Sundhedsvidenskabelige opgave. Lindahl og Juhl. FADL‟S Forlag 

25


Projekt 24: Kan ingefær anvendes til at behandle 

kvalme og opkastning i graviditeten? 

Vejleder: Troles Bergmann, tbergmann@health.sdu.dk 






Keywords: 

evidensbaseret lægemiddelanvendelse, lægemiddelinformation, ingefær, 

kvalme, graviditet 

Abstract 








i et konkret henvendelse fra en praktiserende læge: 

En 24-årig kvinde er gravid i 7. uge. Hun lider af kvalme og opkastninger og har på nettet læst, 

at ingefær skulle være godt. Hun spørger derfor sin praktiserende læge om hun kan anvende ingefær 

i tabletform mod kvalmen. Lægen spørger om der er videnskabelig dokumentation for 

virkningen af ingefær på graviditetskvalme og om indtagelse af ingefær udgør en risiko for fosteret. 



Minikurser 




2003. Ugeskr Læger 2004;166(45):4030 



26


Projekt 25: Kan kolesterolsænkende behandling give 

hukommelsesbesvær? 

Vejleder: Mette Marie Christensen, mmchristensen@health.sdu.dk 






Keywords: 

evidensbaseret lægemiddelanvendelse, lægemiddelinformation, simvastatin 

statiner, hukommelsesbesvær, kognitive forstyrrelser 

Abstract 

Odense Universitetshopsital har en Klinisk Lægemiddelrådgivning. Denne rådgivning er målrettet praktiserende- 

og sygehuslæger, som kan henvende sig vedrørende patientspecifikke lægemiddelproblemer. 

Spørgsmålene er ofte pga. den specifikke patientsituation komplicerede, og svaret kan derfor ikke umiddelbart 

findes i gængse opslagsværker og lærebøger. Viden på området er ofte begrænset, og det er nødvendig 

at gennemgå opdateret special litteratur og den nyeste forskning for at give et kvalificeret svar. 

Alle spørgsmål besvares ud fra videnskabelige evidensbaserede principper. Denne case tager dermed udgangspunkt 


En 50-årig mand med en velreguleret diabetes har de sidste fem år været i kolesterolsænkende behandling 

med simvastatin med totalkolesterol på omkring 5 mmol/l og LDL kolesterol på omkring 3 mmol/l. I 

det sidste halve år er der forekommet korte øjeblikke med koncentrationsforstyrrelse og hukommelsesbesvær. 

Ved den sidste kolesterolmåling var total kolesterol 3,1mmol/l og LDL kolesterol 1.6 mmol/l. Patienten 

er herudover i behandling med metformin og glimepirid. Lægen spørger om hukommelsesbesvær er 

en kendt bivirkning til statinbehandling. 

På baggrund et en udtømmede søgning af tilgængelig videnskabelige litteratur skal projektet forsøge at 

afdække en problemstilling som er på grænsen af den viden som vi har i dag. 

Minikurser 




2003. Ugeskr Læger 2004;166(45):4030 



27


Projekt 26: Kaos 

Vejleder: Paolo Sibani, paolo.sibani@ifk.sdu.dk 






Keywords: 

Dynamik, kaos, signalanalyse, modellering, uforudsigelighed 

Abstract 

Ofte har man brug for viden om hvordan et dynamisk system, fx et vejrsystem, en fiskebestand 

eller koncentrationerne en kemisk reaktion udvikler sig i tiden. Vor opfattelse af hvor meget man 

kan vide har ændret sig dramatisk i de sidste 100 år. På den ene side har kraftige computere sat 

os i stand til at udføre meget komplekse beregninger på meget kort tid. På den anden side har 

kvantemekanikken, og sidenhen kaosteori sat principielle begrænsninger på hvad i det hele taget 

kan måles, vejes og beregnes: I et kaotisk system vil en vilkårlig lille usikkerhed på begyndelses 

tilstanden eksponentielt hurtigt vokse sig stor og dermed umuliggøre præcise forudsigelser af 

tidsudviklingen over lange tidsintervaller. Kaosprojektet giver indblik i hvorfor og hvordan dette 

sker. Undervejs vil man møde flere nye begreber og teknikker fra fysik, og matematik, samt eksempler 

fra, blandt andet populations biologi, kemi og ingeniørvidenskab. 

Projekter sigter mod at give deltagerne en viden om modellering, dvs. hvordan naturen kan beskrives 

med matematiske modeller, hands-on erfaringer med konkrete dynamiske systemer, herunder 

især kaotiske systemer, og viden om hvordan man formidler sine resultater. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (Latex) 

Anbefalede: Matematiske metoder for Fysikere og Kemikere eller Signalanalyse ved Fouriertransformation 


Noter og opgaver om kaos. 

28


Projekt 27: Konstruktion og anvendelse af en ionkilde 

til ekstraktiv elektrosprayionisering (EESI) 

Vejleder: Thomas J.D. Jørgensen, tjdj@bmb.sdu.dk 






Keywords: 

Massespektrometri 

Abstract 

Ekstraktiv elektrosprayionisering, EESI (engelsk: Extractive Electrospray Ionization) er en ny 

ioniseringsteknik, der har fundet anvendelse til massespektrometrisk analyse af flygtige forbindelse 

i udåndingsluft (bl.a. ”dårligt ånde”) [1], frugtmodning [2], parfumeforfalskninger [3], friske 

og fordærvede fødevarer [4], tilstedeværelse af stimulerende stoffer (nikotin og koffein) i 

kroppen ved hudanalyse (se Fig.1 nedenfor) [4]. Dette projekt går ud på at konstruere en ionkilde 

til ekstraktiv elektrosprayionisering og derefter anvende teknikken til at undersøge en selvvalgt 

prøve. Laboratoriet råder over en almindelig elektrosprayionkilde, der kan bruges som udgangspunkt 

til konstruktionen. 

Fig.1 Skematisk illustration af EESI analyse af hud. Nitrogen gas blæses henover huden og gassen 

føres videre til ionkilden, hvor de forskellige frigjorte stoffer ioniseres og efterfølgende detekteres 

vha. massespektrometri (fra ref. [4]). 

Minikurser 



1. Chen, H., et al. Angew Chem Int Ed Engl, 2007. 46(4): p. 580-3. 

2. Chen, H., et al. Anal Chem, 2007. 79(4): p. 1447-55. 

3. Chingin, K., et al. Rapid Commun Mass Spectrom, 2008. 22(13): p. 2009-14. 

4. Chen, H., et al. Angew Chem Int Ed Engl, 2007. 46(40): p. 7591-4. 

29


Projekt 28: Kosmologi 

Vejleder: Kimmo Tuominen, ktuominen@cp3.sdu.dk 

Niels Kjær Nielsen, nkn@fysik.sdu.dk 



Gruppeplacering: IFK 


Kommentar: Projektvejledning foregår fortrinsvist på engelsk. 

Keywords: 

Kosmologi, numerisk integration 

Abstract 

I projektet opstilles en model for Universets opståen og udvikling udfra en analogi med en tung 

genstand, der kastes lodret opad, påvirket af tyngdekraften. Der tages desuden hensyn til en 

kosmologisk konstant (også kaldet mørk energi) svarende til en frastødende kraft, som vokser 

med afstanden. Den resulterende førsteordens differentialligning løses ved numerisk integration 

for forskellige værdier af Universets massefylde og den kosmologiske konstant. Der bliver forskellige 

muligheder for Universets udvikling, hvor der i nogle, men ikke i alle, forekommer Big 

Bang, disse muligheder katalogiseres. Projektet kan også indeholde en omtale af, hvordan de 

kosmologiske modeller har udviklet sig i de sidste ca. 80 år i takt med, at observationerne er blevet 

mere nøjagtige. 

Minikurser 


Anbefalede: Matematiske Metoder for Fysikere og Kemikere. 

Litteraturliste over metode-artikler, som udleveres til de studerende 

A. Unsöld, B. Baschek, The New cosmos, 4th ed., Springer-Verlag, 1991, siderne 354-359. 

James E. Felten og Richard Isaacman, Scale factors R(t) and critical values of the cosmological 

constant Lambda in Friedmann universes, Reviews of Modern Physics, vol. 58, siderne 689-698 

(1986). 

G. Lemaitre, Un Univers Homogene de masse constant et de rayon croissant..., Annales de la 

Societe Scientifique de Bruxelles, vol. 47 A, siderne 49-59 (1927); engelsk oversættelse 

Universe of constant mass and increasing radius..., Monthly notices of the royal astronomical 

society, vol. 91, siderne 483-490 (1931). 

A. Einstein, W. de Sitter, On the relation between the expansion and the mean density of the Universe, 

Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 18, siderne 213-214 (1932). 

S. Perlmutter et al., Discovery of a supernova at half the age of the Universe and its cosmological 

implications, Nature vol. 391 side 51-... (1998); astro-ph/9712212. 

30


Projekt 29: Kunstig næse til sporing af sprængstof 

Vejleder: Kent A. Nielsen, kan@ifk.sdu.dk 


Praktisk del: Institut 



Kommentarer: Projektet kan tages af studerende på scienceåret, samt studerende på nanobioscience 

og lægemiddelvidenskab. 

Keywords: 

Organisk kemi, sprængstof, landminer, nanoteknologi 

Abstract 

Oprydning af efterladte landminer og ueksploderet ammunition er både bekostelig og meget 

tidskrævende, og er forbundet med stor fare for rydderne. En minerydders arbejdsredskaber er i 

dag primært begrænset til metaldetektorer og simple metalstænger, som forsigtigt stikkes i jorden, 

samt specialtrænede hunde. Der findes i dag således ikke en simpel løsning på ovenstående 

problem, og der er et desperat behov for alternative teknologier til at spore landminer. Nye teknologier 

kunne være baseret på at spore det, som er unik for alle landminer og ueksploderet ammunition 

– nemlig sprængstoffet. 

Jeg har for nyligt designet og udviklet en molekylær sensor (kunstig næse). Det unikke ved denne 

sensor er, at den med et simpelt farveskifte fra gul til grøn signalerer at den genkender (figur) 

sprængstoffet 2,4,6-trinitrotoluen (TNT), som bruges i 80% af alle kommercielle landminer. Da 

dette stof langsomt frigives fra de nedgravede landminer til den omkringliggende jord via lækager 

i landminen, vil det være mulig at spore sprængstoffet fra en jord- eller luftprøve. 

Formålet med projektet er at designe og fremstille en eller flere simple organiske molekyler. Efterfølgende 

undersøges disse for deres egenskaber i nye materialer og sensorer, med det formål 

at detekterer nitroaromatiske molekyler fra det omgivende miljø. Hensigten for de fremstillede 

materialer/sensorer er at de fungerer ved et simpelt farveskifte eller ændring i fluroscence, når de 

detekter et molekyle med en bestemt struktur. 

Minikurser 



Nielsen, K. A., Cho,W-S, Jeppesen, J. O. Lynch, V. M. Becher, J. 

Sessler, J. L. J Am Chem. Soc. 2004, 126, 16296 16297 

31


Projekt 30: ”Magnetiske Nanopartikler i molekylær 

Diagnostik” 

Vejleder: Stefan Vogel, snv@ifk.sdu.dk 






scienceåret 

Keywords: 

nanobioscience, syntese, molekylær diagnostik. 

Abstract 

Projektet omhandler fremstilling af magnetiske nanopartikler (magnetit) til detektion af DNA fra 

patogener uden brug af PCR, som er den gængse metode i dag. Nuværende teknologi til detektion 

af bakterielle patogener forudsætter dyrt udstyr og veludstyrede laboratorier, tidskrævende 

metoder og veluddannet personale. Identificiering af patogener ved hjælp af deres genetiske fingeraftryk 

er enormt vigtigt i såvel kliniske laboratorier som hos praktiserende læger. Det genomiske 

materiale af patogener og deres resistensgener over for antibiotika er kendt og giver dermed 

mulighed for en sikker analyse. Projektet er rettet mod design og fremstilling af særlig effektive 

biodiagnostiske metoder (langt billigere og hurtigere end nuværende teknologi) til detektion 

af bakterielle patogener baseret på nanopartikel-teknologi. Projektet er baseret på DNAkontrolleret 

samling af nanopartikler, og metoden bygger på ændringer af nanopartiklernes fysiske 

egenskaber på grund af den DNA-kontrollerede samlingsprocess. Ved hjælp af metoden er 

man i stand til at detektere forskellen mellem raske og ikke-raske gener med en følsomhed ned til 

én enkelt mismatch (basefejl). 

Projektet går ud på at fremstille og karakterisere magnetiske nanopartikler, hvori en urorganisk 

reaktion er udgangspunktet til fremstilling of magnetiske partikler. Hertil anvendes jernsalte og 

ammoniak. Samtidigt undersøger gruppen størrelsen af de fremstillede nanopartikler med lysspredning 

og en enkelt partikel metode (Nanosight technology) samt deres magnetiske egenskaber. 

De næste trin er omdannelsen af nanopartiklerne til magnetoliposomer med hjælp af lipider 

som sætter sig på overflæden. Senere skal nanopartiklerne anvendes til detektion af DNA. 

Minikurser 



M. DeCuyper, P. Müller, H. Lueken and M. Hodenius, J. Phys.: Condens. Matter 15 (2003) 

S1425–S1436. 

U. Jakobsen, A. C. Simonsen and S. Vogel, J. Am. Chem. Soc. (2008), 10462-10463. 

32


Projekt 31: Matematikken bag 3D-grafik i 

computerspil 

Vejleder: Rune Larsen, rular@imada.sdu.dk 


Praktisk del: IMADA 


Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 5 deltagere. 

To gruppe kan arbejde med projektet. 

Kommentarer: Ingen. 

Keywords: 

3D-grafik, transformationer, homogene 

koordinater, rendering, shading. 

Abstract 

I programmering af computerspil bruges mange metoder og teknikker fra både datalogi og matematik. 

Det mest centrale eksempel herpå er 3D grafik, hvor objekter opbygges af trekanter i et 

tredimensionelt koordinatsystem. For at kunne placere og animere de opbyggede objekter i spillene, 

er det nødvendigt at kunne translatere, rotere og skalere dem. Ydermere skal de projiceres 

perspektivmæssigt korrekt til skærmens to dimensioner. Hertil bruges matriceregning, dvs. metoder 

fra lineær algebra. Mens 3x3 matricer er nok til at implementere rotationer og skaleringer, 

kræver translationer og projicering 4x4 matricer. Matematikken bag de første tre er relativ simpel, 

mens projiceringen er mere involveret. Også i forbindelse med farvelægning (shading) af 

objekternes trekanter optræder der matematisk baserede metoder, primært vektorregning. 

Ideen med projektet er at studere principperne bag 3D spil på computere. Afhængigt af gruppen 

kan fokus i projektet flyttes mellem de datalogiske og matematiske aspekter af emnet. Eksempler 

på indgangsvinkler kan være: 

1. Et simpelt spil implementeres med fokus på et specielt område f.eks. Alternative 

inputmetoder, generering af kort, level of detail, AI etc. 

2. Opbygningen af projektions, skalerings, translations og rotations matricer kan undersøges og 

gennemgås ud fra et matematisk synspunkt. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (LaTeX, Nat) 


Bemærk at den endelig liste afhænger meget af valg af retning på projektet: 

• En guide til programmering af 3D spil: http://nehe.gamedev.net/ 

• Afsnit 3 og Appendix G i "The OpenGL Programming Guide: The Official Guide to 

Learning OpenGL" af Shreiner, Woo, Neider, Davis. Addison-Wesley. En ældre version 

af bogen kan ses online på http://fly.cc.fer.hr/~unreal/theredbook/ 

• Spørg evt. over mail. Projektet kan være inspireret af deltagernes ideer. 

33


Projekt 32: ”Microwave-controlled Synthesis of 

Quantum Dots” 

Vejleder: Stefan Vogel, snv@ifk.sdu.dk 






scienceåret 

Keywords: 

nanobioscience, syntese, nanopartikler. 

Abstract 

Projektet omhandler fremstilling af ”quantum dot” nanopartikler (CdTe) i forskellige størrelser 

(3-5 nm) som molekylær markør. Den nuværende teknologi til fremstilling af ”quantum dots” 

kræver tidskrævende metoder og veluddannet kemiker. Projektet er rettet mod en særlig effektive 

fremstilling af ”quantum dots” i forskellige størrelser ved hjælp af en mikrobølgereaktor (langt 

hurtigere end traditionelle synteseteknologi). Projektet er baseret på mikrobølge-kontrolleret 

dannelse af ”quantum dot” nanopartikler, og metoden bygger på ændringer af nanopartiklernes 

fysiske egenskaber og størrelse afhængig af længden af mikrobølge-indvirkning under krystalvæksten. 

Ved hjælp af denne metode er man i stand til at styre størrelse og dermed optiske egenskaber 

af ”quantum dots” nanopartiklerne. 

Figure 1 ”Quantum dots” har unikke optiske egenskaber som molekylær markør. 

Projektet går ud på at fremstille og karakterisere disse nanopartikler, hvori en uorganisk reaktion 

er udgangspunktet til fremstilling of ”quantum dot” nanopartikler. Samtidigt med fremstilling 

undersøger gruppen størrelsen af de fremstillede nanopartikler med lysspredning og deres optiske 

egenskaber (UV/VIS og fluorescens). 

Minikurser 



Kim E. Sapsford, Thomas Pons, Igor L. Medintz, and Hedi Mattoussi “Biosensing with Luminescent Semiconductor Quantum 

Dots” Sensors, 2006, 6, 925-953. 

Liang Li, Huifeng Qian and Jicun Ren “Rapid synthesis of highly luminescent CdTe nanocrystals in the aqueous 

phase by microwave irradiation with controllable temperature” Chem. Commun., 2005, 528–530. 

34

Projekt 33: Mindste kvadraters metode 


Vejleder: Hans Jørgen Munkholm, hjm@imada.sdu.dk 




Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 4 deltagere. To gruppe kan arbejde med projektet. 


Keywords: 

Bedste rette linje. Bedste eksponentialfunktion. Bedste potensfunktion. Regression. 

Mindste kvadrater. 

Abstract 

Hvorfor taler man om mindste kvadraters metode, når man tilpasser bedste rette linje (eller bedste 

eksponentialfunktion, eller bedste potensfunktion) til et sæt observerede punkter i planen? 

Med andre ord: Hvad er det for kvadrater, der er mindst? 

Kan man tegne dem, og kan man se, når de er mindst? 

I den forbindelse henvises der til 

http://www.imada.sdu.dk/~hjm/SUPPLERING/mindstekvadratsum2.gif 

Er den "bedste eksponentialfunktion" faktisk bedst? 

Eller kalder man den bare "bedst" fordi den har noget med problemet at gøre, og fordi den er 

simpel at regne ud? 

Minikurser 



Adams: Calculus, kapitel 13.4. 

35


Projekt 34: Molekylær Sygdomsgenetik: Hvad er 

(u)normalt? 

Vejleder: Brage Storstein Andresen, bragea@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: BMBs øvelseslaboratorium 




Keywords: 

Medfødte stofskiftesygdomme, nyfødt screening, polymorfi, gentest, mRNA 

splicing, PCR . 

Abstract 

I dag undersøges alle børn der fødes i Danmark for arvelige stofskiftesygdomme ved analyse af 

nogle få dråber blod fra hælen for bestemte metabolitter. Hos de børn der findes positive skal 

diagnosen bekræftes ved en undersøgelse for mutationer i de involverede gener. Menneskets gener 

indeholder dog også normale variationer, der ikke giver sygdom. Det kan derfor ofte være 

svært at afgøre om, der blot er tale om normal variation eller sygdomsfremkaldende mutationer. 

Projektdeltagerne skal med udgangspunkt i mutationer/variationer, der er fundet hos nyfødte, der 

mistænkes for at have en stofskiftesygdom, forsøge at afgøre om det er sygdomsfremkaldende 

mutationer eller blot neutrale variationer. De studerende vil få en indføring i brug af online værktøjer, 

der kan bruges til at afgøre hvor hyppig en sekvensvariation er, hvordan den kan påvirke 

dannelsen af mRNA og hvad den kan betyde for det dannede protein. Der vil blive givet en kort 

introduktion til hvorledes en familie kan udredes genetisk, herunder f.eks. stamtræer. 

Eksperimentelt vil der, afhængig af gruppens interesser, være mulighed for at designe og udføre 

en gentest og med den at følge mutationens nedarvning i en familie, samt ved analyse af normalmateriale 

at afgøre om variationen findes i raske personer uden sygdommen. Alternativt, vil der 

kunne laves en funktionsundersøgelse af mutationens effekt på mRNA niveau f.eks. ved måling 

af mRNA mængde eller undersøgelse af hvorledes mRNA splices. 

Minikurser 



Udvalgte kapitler fra Pediatric Endocrinology and Metabolism. Sarafoglou K. McGraw-Hill. 

Andresen BS and Krainer AR (2009) When the genetic code is not enough – How sequence variations can affect pre-mRNA 

splicing and cause (complex) disease. Chapter 15 in Genetics of Complex Human Diseases. Cold Spring Harbor Laboratory 

Press. Desuden udvælges relevant litteratur på basis af gruppernes valg. 

36


Projekt 35: Oprensning af miljøskadelige ioner 

Vejleder: Ulla Gro Nielsen, ugn@ifk.sdu.dk 


Praktisk del: Laboratorier på Institut for Fysik og Kemi 




Keywords: 

miljøkemi, analytisk kemi, geokemi, spektroskopi 

Abstract 

Forurenet vand er en kompleks blanding af mange kemiske forbindelser. Ofte er det kun enkelte 

af de kemiske forbindelser, der er miljøskadelige. I stedet for at opbevare store mængder spildevand 

ønsker man at isolerer de problematiske ioner ved f.eks. ionbytning eller udfældning. Ved 

at isolerer de uønskede ioner mindsker man affaldsproblemerne betragteligt. Miljøkemisk er 

f.eks. arsenater, selanater, kromater og fosfater skadelige. Også små, organiske anioner fra f.eks. 

lægemiddel kan være problematiske. 

Layered double hydroxides (LDH) er uorganiske, lagdelte materialer inspireret af magnesium 

hydroxid (Mg(OH) 2 ). Ved at erstatte en del af Mg 2+ med trivalente ioner som Al 3+ eller Cr 3+ skabes 

en positiv ladning. Den positive ladning kompenserer ved at indbygge anioner (ofte nitrat) i 

mellemlaget. Nitrat kan ionbyttes med f.eks. fosfat, arsenat og mange andre ioner. LDH‟er er 

nogle af de få kendte materialer, der kan ionbytte negative ioner. 

Projektets eksperimentelle del vil involvere 1) syntese og karakterisering af en LDH 2) Studier af 

LDH‟ens ionbytningsegenskaber, herunder kvantitativ bestemmelse ved hjælp spektrofotometri, 

titrering, NMR eller andre teknikker, som er tilgængelige på IFK. I kan f.eks. undersøge hvordan 

pH, tid, koncentrationen og andet har indflydelse på ionbytningsegenskaberne. Et andet aspekt 

vil være at relatere de eksperimentelle observationer til forskellige modeller for binding af ioner. 

Projektgruppen skal i nogen grad selv definere deres projektet og analysemetoder. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (Microsoft/LaTeX, Nat) 

Anbefalede: Matematiske metoder for Fysikere og Kemikere 


Goh et al. Water Research, 42 (2008) 1343 

Udvalgte afsnit af Langmuir, Aqueous geochemistry, Pearson/Prentice Hall 

37


Projekt 36: ”Oprensning af svovlkornsproteiner” 

Vejleder: Mette Miller, m.miller@bmb.sdu.dk 



Gruppeplacering: BMB/Biblioteket 


Kommentarer: Projektet kan tages af studerende på scienceåret 

Keywords: 

Proteinoprensning, ultracentrifugering, SDS-PAGE 

Abstract 

Svovl er essentiel for alle organismer. Gennem mange år har vi undersøgt grønne fotosyntetiserende 

svovlbakterier som spiller en vigtig rolle i svovlcyklus i iltfrie omgivelser med begrænset 

lys. De grønne svovlbakterier optager sulfid som omdannes til svovl, der udskilles fra cellerne 

som svovlkorn. Når alt sulfid i mediet er opbrugt optager cellerne svovlkornene og bruger disse i 

den videre metabolisme. 

Vores gruppe er for nyligt begyndt at undersøge proteiner associeret med svovlkorn dannet af 

Chlorobaculum tepidum og vi har fundet at svovlkornene er beriget med specielt 3 proteiner (27, 

15 og 12 kDa). Disse proteiner må have meget specielle egenskaber, idet de danner grænsefladen 

mellem det hydrofobe svovl og det hydrofile medium. Foreløbige forsøg har vist, at det er vanskeligt 

mekanisk at adskille svovlkornene fra cellerne således at fraktion af svovlkornsproteinerne 

er ”forurenet” med cellemateriale. 

Det foreslåede projekt går ud på at undersøge, om det er muligt at opdele svovlkornene i forskellige 

fraktioner ved hjælp af ultralydsbehandling efterfulgt af ultracentrifugering. Det er planlagt 

at sammenligne proteinsammensætningen af fraktionerne ved hjælp af SDS-PAGE. 

Minikurser 



Mette Miller, Dorte B. Steensgaard & Raymond P. Cox. (1999) Den alternative fotosyntese. 

Naturens Verden 4, 33-40. 

Reed, Holmes, Weyers & Jones (2007) Principles and practice of electrophoresis, pp 32-327 In: 

Practical Skills in Biomolecular Sciences, Third Edition, Prentice Hall. 

38


Projekt 37: Organisering af kolloide partikler 

Vejleder: Adam Cohen Simonsen (Per Lyngs Hansen), adam@memphys.sdu.dk 

Institut: Institut for Fysik og Kemi (IFK) + MEMPHYS 

Praktisk del: Øvelseslaboratorium (MEMPHYS). 




Keywords: 

Selvsamling, Krystallisering, Kuglepakning, Kræfter, Kolloid Litografi, 

Langmuir Monolag 

Abstract 

Kolloider er partikler med en størrelse på omkring 1 mikrometer i diameter. Deres indbyrdes 

vekselvirkninger er bestemt af partiklernes størrelse, materiale og det medie de er opløst i. Det er 

muligt at indstille disse vekselvirkninger sådan at kolloide plastikkugler krystalliserer. Denne 

krystallisation vil typisk svare til den tættest mulige pakning af kuglerne. 

Dette fænomen er interessant fordi det belyser den måde mange 

metaller krystalliserer på. Desuden kan fænomenet anvendes 

indenfor nanoteknologi som en rationel måde at strukturere materialers 

overflader på (såkaldt ”kolloid litografi”) 

I dette projekt er der mulighed for at studere selvsamlingen af 

kolloide plastickugler. Dette kan observeres under et lysmikroskop 

og de dannede billeder kan undersøges ved digital billedanalyse. 

Desuden er det muligt at undersøge de principper og 

betingelser, der favoriserer krystallisation. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (Microsoft/LaTeX, nat) 

Anbefalede: Matematiske metoder for Fysikere og Kemikere eller Signalanalyse ved Fouriertransformation 


Metodeartikler og teoretisk litteratur udleveres til de studerende. 

39

Projekt 38: Overtrækning af tabletter 


Vejleder: Ellen Hagesæther, ellen@ifk.sdu.dk 



Gruppeplacering: IFK/Bibliotek 


Kommentarer: Projektet anbefales hovedsagelig til studerende på Lægemiddelvidenskab eller 

kemikere og biokemikere med interesse for farmakologi. 

Keywords: 

Lægemidler, lægemiddelformulering og fremstilling 

Abstract 

De fleste har nok indtaget et lægemiddel i form af tabletter, og måske opdaget, at tabletten var 

overtrækket med en tynd film. Det kan være for at opnå et kosmetisk tiltrækkende produkt, for 

eksempel for at give tabletten en farve, dække ubehagelig smag eller lugt eller lette indtagelsen. 

Filmen kan også beskytte lægemiddelstoffet mod nedbrydning (lys-, luft- eller vanddamppåvirkning). 

Overtrækket kan også være direkte relateret til tablettens biologiske virkning i kroppen, 

ved at stofafgiften forlænges, eller ved at lægemiddelstoffet afgives i specielle steder i mavetarm-kanalen, 

som tyndtarmen (mavesaftresistent overtræk) eller for eksempel tyktarmen. 

Projektet går ud på at designe og fremstille et overtræk som ikke afgiver lægemidlet i maven, 

men først i tyndtarmen. Dette vil kunne beskytte lægemidlet mod nedbrydning i mavesaften, og 

også beskytte maven mod potentielt skadelige lægemiddelstoffer (for eksempel naproxen). 

Overtrækket fremstilles som frie filmer ved hjælp af ”casting” metoden (se figur). Egnetheden til 

filmene vurderes ved hjælp af visuel observation, manuel vurdering af hårdhed og elasticitet, 

samt afprøvning af deres evne til at tilbageholde lægemiddelstoffet i mavesaft, men afgive det i 

tarmsaft. 

Minikurser 



John Hogan. Kap 28: Coating of tablets and multiparticulates. s. 441-448. Fra Pharmaceutics The 

Science of Dosage Form Design. M.E. Aulton (Editor). 2 nd Ed., Churchill Livingstone, 2002. 

40


Projekt 39: Plantemedicin mod fedme og kræft? 

Vejleder: Nils Færgeman, nils.f@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: Lipid gruppens laboratorium 




Keywords: 

Fedme, Kræft, Plantemedicin, lægemidler, C. elegans, mikroskopi 

Abstract: 

Fedme er en stadig mere udbredt folkesygdom i næsten alle vestlige lande, og det er vanskeligt at 

tabe sig, hvis man først er blevet svært overvægtig. Der bliver flere og flere overvægtige 

danskere, og de overvægtige bliver federe. Nye opgørelser viser, at omkring 15 procent af alle 

voksne i Danmark er fede med et BMI over 30. Syv procent af unge mænd og kvinder på 16-18 

år betragtes som fede. Ca. 42 procent af danske mænd og 37 procent af danske kvinder er 

moderat overvægtige med BMI mellem 25 og 30. Det betyder, at mere end hver anden i 

Danmark vejer for meget. Ydermere viser nyere forskning, at mange kræftformer har sin 

oprindelse i defekter i fedtmetabolismen. Lægemidler til behandling af fedme kan supplere 

diæter og fremkalde vægttab på flere forskellige måder. I øjeblikket er der tre receptpligtige 

lægemidler på markedet i Danmark, som enten nedsætter optagelsen i blodet af en del af de 

indtagne fedtstoffer, eller hæmmer appetitten ved at påvirke signaler for mæthed og sult direkte i 

hjernen, og samtidig øger kroppens energiforbrug. Interessen for natur- og plantemedicin, som 

kan erstatte de syntetiske lægemidler er stigende. 

I projektet vil vi anvende nematoden C. elegans som modelorganisme til at identificere forbindelser 

fra planter, som virker fedtnedsættende og som kan hæmme bestemte former for overdreven 

cellevækst som i visse kræftformer. De studerende opnår kendskab til dyrkning af C. elegans i 

kultur, og basale mikroskopi teknikker. 

Minikurser 



http://www.wormbase.org/ 

http://www.wormatlas.org/ 

41


Projekt 40: ”Process Engineering in Aquaculture 

Research” 

Vejleder: Daniel Pleissner, danielp@biology.sdu.dk ; Hans Ulrik Riisgård, 

hur@biology.sdu.dk 


Praktisk del: Marine Biological Research Centre (SDU), Kerteminde 



Kommentar: Del af vejledning foregår på engelsk 

Keywords: 

bio-energy, blue mussel (Mytilus edulis), algal production, MarBioShell 

Abstract 

Use of chemostats for continuous production of algal cells in bio-energetic studies of filterfeeding 

mussels 

Studies of bioenergetics and growth of mussels and other filter-feeding bivalves require a supply 

of algal cells with constant biochemical composition during a longer time period. Biochemical 

composition reflects the energy yield of algal cells ingested by the mussels and subsequently 

used for metabolism and growth. A disadvantage of traditional batch 

cultures is that the algal cells change their biochemical composition, 

depending of growth phase and rate, changing nutrient and light concentrations 

etc. A biochemical change could be a lipid or starch accumulation, 

as a result of nitrogen or phosphate limitation. On the other 

hand, cells will degrade storage compounds during a period with carbon 

dioxide or light limitation. These effects result in a change in energy 

yield and this makes it difficult to conduct an accurate investigation 

of the energy demand of mussels for growth. An answer to these 

problems is the production of algal cells in a chemostat. The continuous 

supply of fresh nutrient medium avoids a stagnation of growth and allows stable biochemical 

composition. It should be possible to use the nutrient composition of the growth medium and the 

supply of light to apply a certain degree of regulation on the biochemical composition of the algal 

cells. Another advantage of a chemostat is the continuous harvesting of cells and direct application 

in mussel growth experiments. Together with an automatic measurement system, with the 

option for controlling of algal concentration inside the mussel aquarium, it is possible to investigate 

the growth at a defined algal concentration. 

Minikursus 



Riisgård, H. U. and Randløv A., (1981): Energy budgets, growth and filtration rates in Mytilus 

edulis at different algal concentration. In: Marine Biology 61, pages 227-234. 

Riisgård, H. U., (2001): On measurement of filtration rates in bivalves – the stony road to reliable 

data: review and interpretation. In: Marine Ecology Progress Series, Vol. 211, pages 275- 

291. 

42


Projekt 41: Profiling the sperm lipidome 

Vejleder: Christer Ejsing, cse@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: BMB øvelseslaboratorium 



Kommentarer: Tværfagligt projekt der kræver interesse i analytisk kemi og biokemi 

Keywords: 

Mass spectrometry, lipids, sperm, reproductive health 

Abstract 

The lipidome of eukaryotic cells consists of hundreds to thousands of lipid species that constitute 

membranes, store metabolic energy and function as bioactive molecules. Cellular membranes 

play key roles in cell physiology, from fertilization through almost every cellular function to cell 

division. Recent developments in mass spectrometry have allowed the molecular characterization 

of the compositional and structural complexity of lipids in cellular membranes. With this tool in 

hand, this project aims to investigate the molecular lipid composition of semen and sperm in the 

context of male reproductive health. Male reproductive health has been in focus during recent 

years, with several laboratories having reported deterioration in semen quality. Although endocrine 

factors have been suggested as one of the possible causes, the topic remains controversial 

and the adverse trend is not apparent everywhere. Lipids and regulation of membrane dynamics 

are essential for multiple aspects of sperm physiology ranging from spermatogenesis in the testis 

to the fertilization process where the sperm and egg cell undergo fusion. Thus, a detailed analysis 

of sperm lipids could contribute to a better understanding of membrane function in the context of 

sperm physiology and, moreover, of fertilization. 

In this project the students will get hands-on experience with lipid mass spectrometry. The students 

will initially conduct a literature review on sperm physiology with a focus on lipid function. 

This work will help design experiments, sample preparation routines, and furthermore determine 

what molecular lipid species can potentially be found in semen and sperm prior to the 

analysis. 

Minikurser 



(1) van Meer G (2005) Cellular lipidomics. EMBO J 24:3159–31. 

(2) Ejsing CS et al. (2009) Global analysis of the yeast lipidome by quantitative shotgun mass spectrometry. 

PNAS 106(7):2136-41 

(3) Rabionet M et al. (2008). Male germ cells require polyenoic sphingolipids with complex glycosylation for 

completion of meiosis: a link to ceramide synthase-3. J Biol Chem. 283(19):13357-69. 

43


Projekt 42: Programmering af Algoritmer i Hardware 

Vejleder: Peter Kornerup, kornerup@imada.sdu.dk 



Gruppeplacering: Institut for Matematik og Datalogi 



Keywords: 

VHDL-programmering, FPGA-implementation, modulær multiplikation, 

modulær eksponentiering, RSA kryptering. 

Abstract 

Typisk er det muligt ved udnyttelse af parallelisme at realisere en hardwareløsning af et problem 

som kan køre væsentligt hurtigere end en tilsvarende softwareløsning for en standard processor. 

Dette kan være afgørende for at realisere løsninger til visse tidskritiske problemer, men hardwareløsninger 

kan også i mange tilfælde være økonomisk fordelagtige når der skal produceres 

store styktal. 

Indledningsvis indgår i projektet en kortere introduktion til elementære logiske kredse, for derved 

at være i stand til at designe algoritmer realiserbare i hardware, samt ved programmering i 

sproget VHDL at specificere sådanne løsninger som kredsløb. Et VHDL program kan oversættes 

til et netværk af simple logiske kredse og lagerelementer som kan downloades i en FPGA 

chip (FPGA ~ Field Programmable Gate Array), og bringes til udførelse. Disse kredse fås i dag 

med så mange logikelementer at det er muligt herpå at realisere hele CPU'er, ja endda flere sådanne. 

FPGA kredse anvendes til indbygning på kredsløbskort til løsning af specialopgaver som skal 

produceres i mindre styktal. Der fås også standardkort med FPGA chips som kan tilsluttes en 

standard PC og derved udgøre en co-processor til at understøtte en særlig opgave, endog således 

at den dynamisk kan omprogrammeres til at udføre andre opgaver. Til masseproduktion kan et 

design beskrevet i VHDL endvidere bruges til at fremstille en VLSI kreds, en såkaldt ASIC 

kreds (ASIC ~ Application Specific Integrated Circuit). 

Projektet består i implementation af en ikke-triviel algoritme, bestående af design, programmering, 

simulering, og afsluttende eksekvering af det resulterende kredsløb på instituttets Altera 

FPGA udstyr. Det foreslås at opgaven består i at implementere RSA krypteringsalgoritmen, med 

henblik på anvendelse som en co-procesessor til en PC, men alternative projekter er mulige. 

Minikurser 



P. Kornerup: "A Systolic, Linear-Array Multiplier for a Class of Right-Shift Algorithms", IEEE 

Transactions on Computers, Vol. C-43(8), August 1994. 

Peter J. Ashenden: "The VHDL Cookbook" http://tams-www.informatik.unihamburg.de/vhdl/doc/cookbook/VHDL-Cookbook.pdf 

Michael Vejlegaard Kristensen: ”Hardware programmering” IMADA projektrapport, 2009 

44


Projekt 43: Q.E.D. - Det matematiske bevis 

Vejleder: Jessica Carter, jessica@imada.sdu.dk 





Kommentarer: Ingen. 

Keywords: 

beviser, logik, videnskabsteori 

Abstract 

Matematikken betragtes af mange som idealbilledet for de øvrige videnskaber idet den ved sine 

metoder giver os sikker viden. I matematikken opnår vi viden om sætninger ved at bevise disse. 

Men hvad er et bevis, og hvorfor anses beviser for at give os sikker viden? I den formelle logik 

gives der et svar på hvad et bevis er. Men denne definition synes umiddelbart ikke at passe på de 

beviser som I møder i matematikken. I den matematiske praksis gives ofte forskellige beviser for 

den samme sætning. Hvis bevisets rolle er at vise at en sætning er sand, kan man derfor undre sig 

over hvorfor det er nødvendigt med flere beviser. I forbindelse med udviklingen af computere er 

man i stigende grad begyndt at bruge computere som værktøj i matematikken. Beregninger foretaget 

af computere er endda blevet brugt som dele af beviser. Men det kan diskuteres hvorvidt 

brug af computere (eller lommeregnere) i beviser giver sikker viden. 

I dette projekt er hensigten at du kan arbejde med spørgsmål, som dem der er stillet ovenfor, vedrørende 

beviser i matematikken. Projektet kan overordnet bevæge sig i fire retninger, men det 

behøver ikke at holde sig indenfor en enkelt af disse: 

1. Du kan arbejde med formel logik og se hvordan et bevis defineres her. Der kan 

efterfølgende arbejdes med forskellige resultater indenfor propositions-logik og første 

ordens logik. 

2. Du kan undersøge og diskutere hvorvidt det matematiske bevis er sikkert. 

3. Du kan undersøge hvilke roller beviser spiller, for eksempel ved at undersøge forskellige 

beviser for den samme sætning. 

4. Du kan undersøge om computere er acceptable som værktøj i matematiske beviser, f.eks. 

til at undersøge et antal tilfælde eller til at foretage en udregning, der skal bruges i et 

bevis. 

Minikurser 



Davies and Hersh (1981): The mathematical Experience. Birkhauser, Boston, s. 147-152. 

Hamilton (1978): Logic for Mathematicians. Cambridge University Press, Cambridge. 

45


Projekt 44: Resistance to antibiotics by RNA 

methylation 

Vejleder: Stephen Douthwaite, srd@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: Mikrobiologi laboratoriet ved BMB 



Kommentarer: Al vejledning og formidling foregår på dansk. Præsentationer, rapporter, osv. 

fra studerende må godt foregå enten på dansk eller på engelsk 

Keywords: 

Experimental project; bacteria; antibiotic resistance; ribosomes; RNA; methyltransferases 

Abstract 

Bacterial resistance to antibiotics is a growing worldwide problem that hinders the effective 

treatment of bacterial infections. In many cases, bacteria become resistant to an antibiotic either 

by acquiring an extra gene or as the result of a single mutation in a gene that they already possess. 

Infections with pathogenic bacteria can often be treated with antibiotics belonging to the 

macrolide, lincosamide, streptogramin B (MLS B ) group. Although these three types of antibiotic 

are very different in their chemical structure, they bind to the same region of the large ribosomal 

subunit (see figure). Bacteria become resistant to all the MLS B drugs by acquiring a single extra 

gene (an erm methyltransferase gene) that encodes an enzyme which specifically methylates one 

nucleotide in the bacterial ribosomal RNA. This modification confers resistance by blocking the 

binding of the MLS B drugs to their target site on the ribosome. 

An experimental project will be designed using sensitive laboratory strains of Escherichia coli. 

The student researchers will transform E. coli by enabling the bacteria to take up and express the 

erm gene; they will then investigate whether the bacteria have become resistant to specific types 

of antibiotic. 

Minikurser 



Poehlsgaard, J. and Douthwaite, S. (2005). Antibiotic targets on the bacterial ribosome. 

Nature Reviews Microbiology. 3, 870-881. 

46


Projekt 45: Screening for AMPK stimulerende stoffer 

Vejleder: Olaf-Georg Issinger, ogi@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: BMR gruppens laboratorium 




Keywords: 

AMP protein kinase, luminometerisk ATP måling, stoffbiblioteker 

Abstract 

Fedme og fedmerelaterede sygdomme, f.eks. diabetes 2, forhøjet blodtryk, hjertekarsygdomme 

og nogle kræftformer er øverst på listen af dødeligheden i den vestlige verden, men også i udviklingssamfund. 

Opdagelsen af en sammenhæng mellem hormoner og den centrale energi regulator, 

„adenosine 5‟-monofosfate-aktiverede protein kinase (AMPK) har ført til nye koncepter i det 

udvidende forskningsfelt. 

AMPK aktivering i hypothalamus fører til en forøgelse af appetit, som ikke er særlig ønskelig 

hos mennesker med fedme. AMPK aktivering i det perifere område, kunne være til fordel hos 

mennesker med diabetes 2. 

Projektdeltagerne vil få instruktion i, hvordan man måler kinase aktiviteter under brug af forskellige 

“screening platforme”. Desuden vil deltagerne få et overblik over såkaldte „small chemical 

compound libraries‟ og deres brug for identificeringen af kinase-modulerende virkestoffer. Stofferne 

fås gennem „Developmental Therapeutic Program‟ (National Institute of Health and National 

Cancer Institute, USA). 1. Laboratoriearbejdet omfatter etableringen af 96 brønde plader 

med forskellige stof fortyndinger. 2. Opsætning af en luminometrisk assay platform, for at måle 

AMPK aktiviteten. Testen justeres på en måde således at både forøgelsen og hæmningen af enzymet 

kan måles. 3. Stofferne med en påvirkning på AMPK aktiviteten bliver også testet ved 

brug af et radioaktivt assay. 

Minikurser 



Litteratur uddeles på kurset. 

47


Projekt 46: Self-cleaning surfaces – the Lotus effect 

Vejleder: Beate Klösgen, kloesgen@ifk.sdu.dk; Per Morgen, per@ifk.sdu.dk 


Praktisk del: Memphys labs 

Gruppeplacering: IFK , MEMPHYS labs 


Kommentarer: Teaching language will be a mixture of English and Danish; 


Keywords: 

nanobioscience / physics: Lotus effect / wetting –dewetting / hydrophobic effect 

Abstract 

The Lotus plant is famous not only for its exotic beauty but as well the self-cleaning properties 

of its leaves: rain or water condensed onto the leave surface spontaneously form small droplets 

that might grow until the leave bents under the load to spill them off. On 

their way, the droplets pick up dirt as dust or bacteria thus keeping the 

plants clean, healthy, and well-doing. The origin of the effect – now 

called Lotus-effect – is a combination of two properties: hydrophobic 

material on the leave surface is organized in a minute surface structure 

(“roughness”). This causes excessive water repulsion – the surface is 

“super-hydrophobic”. The effect allows to walk on water – in principle 

at least, as does a pond skater. 

Creating surfaces of designed wetting properties, and especially dewetting 

of water by controlled processes has recently created huge scientific interest because of 

its fundamental relevance in the context of the “hydrophobic effect” and because of its high 

technological impact. 

The practical part involves 

information gathering (contact interfaces, wetting, contact angles; hydrophobic/hydrophilic 

materials; micro-structure triggered super-hydrophobicity; preparation processes), 

collecting examples for hydrophobic surfaces from nature; preparing them for the scanning 

electron microscope (SEM), 

studying selected hydrophobic surfaces using the SEM, 

measuring contact angles, 

if time allows: preparation of artificial hydrophobic, hydrophilic and super-hydrophobic surfaces, 

and characterizing them 

building of your own artificial pond-skater. 


the information required using the local library and electronic data bases. They will prepare their 

own selection of samples (3-4 types per group) and learn to characterize them by water contact 

angles. They will see the SEM, and learn about its function, and how to prepare samples for it. 

Minikurser 




search (university library, internet, data bases ) 

48


Projekt 47: Simulation with Cellular Automata 

Vejleder: Daniel Merkle, daniel@imada.sdu.dk 






Keywords: 

Computer Science, Cellular Automata, Modeling and Simulation, Pattern 

Formation 

Abstract 

In 1952 the English mathematician, logician, 

and computer scientist Alan Turing stated: “It 

is suggested that a system of chemical substances, 

called morphogens, reacting together 

and diffusing through a tissue, is adequate to 

account for the main phenomena of morphogenesis.'' 

With relatively easy mathematical 

formulations and by means of simulations 

with so-called cellular automata (CA), it is 

possible to model and analyze the related problem of pattern formation that occurs on sea shells 

or on animal skins. A CA is a remarkable simple discrete model studied in computability theory 

that consists of a regular grid of cells each in one of a finite number of states, such as “On” and 

“Off”. Each cell has a finite set of neighborhood cells. The current state of a cell itself and the 

current states of the cells in its neighborhood are considered to determine synchronously the new 

state of a cell. 

In a straightforward manner such CA can be used to simulate the mechanism that is supposed to 

be responsible for generating the before mentioned patterns. This mechanism is based on a socalled 

reaction-diffusion system of the morphogen prepatterns. The subsequent differentiation of 

cells to produce melanin (pigments that affect skin color) simply reflects the spatial patterns of 

morphogen concentration. 

An introduction to cellular automata will be included. The project aims at giving the participants 

knowledge on modeling with CA and experience in the implementation of CA-based simulations 

(simulation of animal skin patterns is just one suggestion). 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (LaTeX). 


A. Deutsch, S. Dormann: Cellular Automaton Modeling of Biological Pattern Formation, 

Birkhäuser Boston, 2005. 

L.B. Kier, P.G. Seybold, and C.-K. Cheng: Modeling Chemical Systems Using Cellular Automata, 

Springer Netherlands, pages 9-38, 2005. 

49


Projekt 48: Smart climbing – Gecko have it in their 

feet 

Vejleder: Beate Klösgen, kloesgen@ifk.sdu.dk 

Institut: IFK, Dep. of Physics and Chemistry 

Praktisk del: MEMPHYS labs 

Gruppeplacering: IFK , MEMPHYS labs 


Kommentarer: teaching language will be a mixture of English and Danish ; 


Keywords: 

nanobioscience / bionics / physics: 

Gecko effect / adhesion / van-der-Waals interaction 

Abstract 

All Geckos can, Spiderman can, too, at least if the proper adhesive 

is available! Climbing the wall, just by running it, how can that be 

done? 

The project introduces into the topic of adhesion – the tight interaction 

among two adjacent surfaces. Students will learn about what 

are the interactions that can serve as a glue, and about how must an 

interaction surface be designed for the case of tight adhesion, and 

for the one of reversible adhesion? 

The Gecko foot “knows” to do it in perfection! Again, the trick will 

be seen to consist in a combination of the proper interaction – the 

van-der-Waals interaction – with a nanoscopic structure: tiny protein 

filaments provide van-der-Waals contact sites with the wall and 

at the same time serve to provide a load depending increase of the 

interaction surface. Thus the Gecko can nicely stick to a wall at 

whatsoever height, and still lift its feet and continue to run it sway 

up or down. 

from: Geim et al., Microfabricated 

adhesive mimicking Gecko foot-hair, 

Natuer Materials, 2, 461-463 (2003) 

The practical part involves: information gathering , (contact and adhesion, van-der-Waals interaction; 

change of interaction area by filament bending deformation), preparing Gecko foot skin 

for the scanning electron microscope (SEM), studying the Gecko foot using the SEM, measure 

adhesion forces of “Gecko” tapes, exploit the condition of designing artificial surfaces capable of 

the “Gecko effect” 


the information required using the local library and electronic data bases. They will prepare their 

own sample (3-4 types per group) and learn how to characterize it by SEM and force measurements. 

Minikurser 




search (university library, internet, data bases ) 

50


Projekt 49: Udvikling og anvendelse af 

nanobiosensorer til måling af metabolitter i celler 

Vejledere: Cengiz Özalp, cengiz@bmb.sdu.dk 

Lars Folke Olsen, lfo@bmb.sdu.dk 


Praktisk del: Forskningsgruppen Celcom´s laboratorium på BMB 


Gruppestørrelse: Mindst 3 og max. 5 deltagere. Én gruppe kan arbejde med projektet. 


Keywords: 

Nanopartikler, aptamerer, cellestofskifte 

Abstract 

Real-time målinger af den intracellulære koncentration af metabolitter i intakte celler er essentielle 

for at kunne forstå cellestofskiftet. Sådanne målinger kan anvendes til at afgøre hvordan 

stofskiftet ændrer sig i raske og syge celler, og muligvis også til at klarlægge hvordan en syg celle 

i visse tilfælde vil kunne transformeres til en rask. Der findes få teknikker til at måle ændringer 

i koncentrationer af metabolitter i intakte celler, så der er brug for nye og bedre værktøjer til 

at øge vores viden om cellestofskiftet. Optiske nanobiosensorer er blevet udviklet og brugt til 

intracellulære målinger af glukose, oxygen, hydrogen peroxid og en række ioner ved hjælp af 

fluorescerende farvestoffer, men der er brug for nye sensor-formater til at øge antallet af forskellige 

metabolitter, der kan måles. Et nyt sensor-format kunne baseres på aptamerer. 

Aptarmerer er korte enkeltstrengede DNA eller RNA oligonukleotider, som kan udvikles til at 

binde næsten hvilket som helst target molekyle med høj affinitet. Der er udviklet aptamerer for 

en række targets, fra små molekyler (ATP, ethanolamin, kokain) til proteiner (Thrombin, serum 

albumin, Avidin) og selv hele celler (hvide blodceller). Aptamerer kan sammenlignes med antistoffer 

i deres affinitet og specificitet, men med de fordele at de kan selekteres nemt og ubegrænset. 

De er nemme at modificere, og de kan fremstilles i store mængder ved relativt simpel syntese. 

Aptamerer i forskellige formater bliver i vid udstrækning benyttet i forskning i biosensorer. 

Optiske nanosensorer baseret på aptamerer er specielt interessante, da fluorescerende farvestoffer 

let introduceres i aptamerer under syntesen. Ved hjælp af fluorescerende farvestoffer kan aptamerer 

konverteres til molecular beacons, som kun udsender et fluorescens signal, når en specifik 

ligand er bundet til aptameren. 

Et projekt kunne være at omdanne en kendt aptamer mod en specifik metabolit til et molecular 

beacon og optimere således, at den kan bruges til at måle intracellulære koncentrationer af metabolitten 

i intakte celler i real-time for første gang. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (Microsoft/Nat). 


Oplyses ved kursets start. 

51


Projekt 50: Vand: biologiens ideelle opløsningsmiddel 

Vejleder: Per Lyngs Hansen, lyngs@memphys.sdu.dk 

Ole G. Mouritsen, ogm@memphys.sdu.dk 

Institut: Institut for Fysik og Kemi (IFK) evt. sammen med andre institutter efter aftale 

Gruppeplacering: IFK og MEMPHYS 

Gruppestørrelse: Mindst 3 og max 4 deltagere. Tre grupper kan arbejde med projektet. 

Kommentarer: Projektet kan tages af studerende på Lægemiddelvidenskab 

Keywords: 

Vand i fysik, kemi, biofysik, biologi 

Abstract 

Vand er et helt usædvanligt stof, fordi vandmolekylet har nogle egenskaber, som ingen andre 

molekyler har. Der kan opregnes 63 helt usædvanlige fysisk-kemiske egenskaber, som gør vand 

til noget ganske særligt. Disse særegne egenskaber er grundlag for vands store betydning i biologi, 

hvor det er af betydning hvordan vand blander med helt eller delvist upolære væsker og medier 

(som olie og alkohol); at indlejring af upolære makromolekyler i vandigt miljø reguleres af 

en entropisk effekt, den såkaldte hydrofobe effekt; samt at vand udviser speciel ordning ved biologiske 

grænse- og overflader. Disse egenskaber betinger de effekter, som udgør projektets tema: 

Hvordan selvorganiserer biologiske makromolekyler (proteiner, fedtstoffer, sukkerstoffer) i vand 

Hvad gør vand til det ideelle biologiske `opløsningsmiddel‟? 

Projektet, som i detaljer udformes efter individuel aftale mellem studerende og vejlederne, gennemføres 

af 3-4 studerende per hold . Det er tanken, at projektet skal indeholde relevante eksperimentelle 

undersøgelser, som understøttes af teoretiske overvejelser såvel som studier af litteraturen. 

Der stilles ved den detaljerede udformning af projektindhold betydelige krav til 

gruppens engagement og initiativrigdom. 

Minikurser 

Obligatorisk: Projektarbejde (Microsoft/Latex, Nat). 

Anbefalede: Valgfrie kurser gennemfører efter aftale. 


Life‟s Matrix. A Biography of Water (P. Ball) UC Press, Berkeley (2000) [koster ca. 150kr] 

52


Projekt 51: Watching proteins on the move 

Vejleder: Daniel Wüstner, wuestner@bmb.sdu.dk 



Gruppeplacering: BMB/Biblioteket 



Keywords: 

Green fluorescent protein, fluorescence microscopy, cells, imaging 

Left panel shows the jellyfish 

emitting green light. Right 

panel shows an artistic cartoon 

of the barrel-like structure 

of GFP and of the chromophore 

inside the barrel. 

Abstract 

Proteins never stop moving in a living cell. There is a continuous exchange of proteins between 

various intracellular organelles. This dynamics is very important for the function of cells and 

their ability to adapt to changing environments. The discovery of green fluorescent protein (GFP) 

from the jellyfish Aequorea Victoria has sparked a revolution in cell biology. GFP shines green 

light when illuminated with blue light, and this ability in combination with molecular biological 

techniques allows one to link GFP to almost any protein of interest and to follow transport of this 

fluorescent protein complex in the cell. In fact, this discovery is so important that it won the Nobel 

Prize in Chemistry in 2008 

(see http://nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/2008/index.html). 

In this project, we will transfect mammalian cells with various GFP-tagged proteins. We will 

learn about mammalian cell lines and how to culture them in an incubator. Students will transfect 

the cells transiently and observe the GFP-tagged proteins under a fluorescence microscope. If 

time allows, we will record time-lapse video sequences of protein transport in transfected cells 

either on a wide field or on a confocal microscope. 

Minikurser 



http://nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/2008/chemadv08.pdf 

http://nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/2008/info.pdf 

53


Projekt 52: Øges risikoen for blødning ved samtidig 

behandling med warfarin og paracetamol? 

Vejleder: Ulla Hedegaard, uhedegaard@health.sdu.dk 






Keywords: 

evidensbaseret lægemiddelanvendelse, lægemiddelinformation, warfarin, paracetamol, 

lægemiddelinteraktion 

Abstract 









En 77-årig kvinde er i behandling med et blodfortyndende middel, warfarin fordi hun har atrieflimren 

(en hjertesygdom). Den blodfortyndende behandling kontrolleres jævnligt med en blodprøve 

(INR-bestemmelse) ved den praktiserende læge. Patient klager over, at hun meget let få 

blå mærker. INR har varieret meget og derfor har den praktiserende læge ofte ændret dosis af 

warfarin. Patienten oplyser at hun ind i mellem tager paracetamol pga. slidgigt i knæet. Nogen 

gange mere end andre. Lægen kan i Medicin.dk se, at paracetamol kan øge effekten af warfarin, 

hvis det tager i flere dage. Lægen spørger om effekten både ses ved store og små doser og om 

patienten skal anbefales at stoppe brugen af paracetamol. 



Minikurser 




2003. Ugeskr Læger 2004;166(45):4030 



54

PROJEKTKATALOG 20100125.pdf - Institut for Matematik og ...

Create successful ePaper yourself

Delete template?

Save as template?