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Enzymes de restriction - Promega

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Décembre 2011<br />

Faites 45% d’économies dans la<br />

quantification <strong>de</strong> vos ADNdb<br />

avec une nouvelle alternative<br />

au PicoGreen®<br />

Clonage PCR<br />

Astuces techniques<br />

Des solutions intégrées<br />

automatisées pour réussir<br />

vos analyses<br />

Gagnez du temps<br />

<strong>Enzymes</strong> <strong>de</strong> <strong>restriction</strong><br />

1


2<br />

Sommaire<br />

APPLICATION & ASTUCE TECHNIQUE<br />

▶ Gagnez du temps dans vos<br />

digestions<br />

QUANTIFIER VOS ADNdb<br />

▶ Une alternative à PicoGreen®<br />

Faites 45% d’économies<br />

ACTUALITÉS SCIENTIFIQUES<br />

▶ Actualisez vos connaissances<br />

Articles techniques, vidéos et<br />

bien plus encore<br />

FOCUS TECHNIQUE<br />

▶ Clonage PCR : astuces<br />

techniques<br />

Améliorez l'efficacité <strong>de</strong> vos<br />

clonages !<br />

SOLUTIONS INTÉGRÉES<br />

▶ Des solutions clées<br />

L’analyse cellulaire com<br />

l’ingénierie <strong>de</strong> détectio<br />

JEU CONCOURS MENSUE<br />

▶ Gagnez un Ipod shuffl<br />

ETES-VOUS EN POSSESSIO<br />

ANCIEN LUMINOMÈTRE D<br />

▶ Le gagnant est ...<br />

Retrouvez la liste <strong>de</strong>s plu<br />

luminomètres<br />

RAPPEL INNOVATIONS 20<br />

▶ Produits phares 201<br />

Les produits <strong>Promega</strong><br />

populaires <strong>de</strong> l’année<br />

RNasin et HaloTag sont <strong>de</strong>s marques déposées <strong>de</strong> <strong>Promega</strong> Corporation. FuGENE est une marque déposée <strong>de</strong> Fugen<br />

iPad est une marque déposée <strong>de</strong> Apple, Inc.


en main<br />

binée à<br />

n<br />

L<br />

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’EUROPE?<br />

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…avant le 31 décembre<br />

2011.<br />

3


4<br />

Réduire<br />

la durée<br />

du clonage<br />

<strong>Enzymes</strong> <strong>de</strong> <strong>restriction</strong><br />

<strong>Promega</strong> est historiquement connu et reconnu<br />

comme producteur d’enzymes <strong>de</strong>puis plus <strong>de</strong><br />

30 ans. <strong>Promega</strong> continue à innover dans ce<br />

domaine et à i<strong>de</strong>ntifier <strong>de</strong>s propriétés enzyma-<br />

tiques permettant <strong>de</strong> réduire le temps passé à<br />

faire du clonage. Utilisez notre gui<strong>de</strong> «<strong>Enzymes</strong><br />

<strong>de</strong> <strong>restriction</strong>» pour sélectionner rapi<strong>de</strong>ment la<br />

ou les meilleures enzymes <strong>de</strong> <strong>restriction</strong> pour<br />

vos travaux et vos applications. Voici quelques<br />

unes <strong>de</strong>s caractéristiques que nous avons<br />

testées pour vous ai<strong>de</strong>r à gagner du temps.<br />

*Isopropyl-β-d-thiogalactopyranosi<strong>de</strong> (IPTG) est un inducteur du promoteur lac, et le 5-bromo-4-chloro-3-indolyl-β-d-galactosid<br />

Flexi, GoTaq et HaloTag sont <strong>de</strong>s marques déposées et Helix est une marque <strong>de</strong> <strong>Promega</strong> Corporation.


Qualifié pour le clonage bleu/blanc<br />

Pour aller au-<strong>de</strong>là <strong>de</strong> la pureté et <strong>de</strong><br />

l'activité spécifique, nous avons testé<br />

nos enzymes <strong>de</strong> <strong>restriction</strong> dans <strong>de</strong>s réactions<br />

<strong>de</strong> sous-clonage afin <strong>de</strong> nous assurer<br />

qu'il n'y avait aucune interférence. Le test<br />

<strong>de</strong> clonage bleu/blanc réduit au minimum<br />

l'inci<strong>de</strong>nce <strong>de</strong>s faux positifs dans les expériences<br />

<strong>de</strong> clonage. Ce test mime une expérience<br />

<strong>de</strong> clonage et permet <strong>de</strong> détecter la<br />

perte d'un seul nucléoti<strong>de</strong> à l'extrémité d'un<br />

plasmi<strong>de</strong> linéarisé. Des bactéries transformées<br />

avec succès donneront <strong>de</strong>s colonies<br />

blanches sur <strong>de</strong>s plaques indicatrices<br />

X-Gal + IPTG, alors que les bactéries<br />

transformées avec un plasmi<strong>de</strong><br />

recircularisé, dépourvue d’inserts,<br />

donneront <strong>de</strong>s colonies<br />

bleues.<br />

Conçues pour une<br />

digestion rapi<strong>de</strong><br />

Les réactions <strong>de</strong><br />

digestion par<br />

<strong>de</strong>s enzymes<br />

Enzyme <strong>de</strong><br />

<strong>restriction</strong><br />

<strong>de</strong> <strong>restriction</strong> à haute efficacité nécessitent<br />

typiquement 1 µl d'enzyme pour digérer 1<br />

µg d'ADN en 1-3 heures. Avec <strong>de</strong>s enzymes<br />

<strong>de</strong> <strong>restriction</strong>, cette durée d'incubation peut<br />

être réduite à 5-15 minutes, permettant le<br />

criblage rapi<strong>de</strong> <strong>de</strong> clones ou l'obtention<br />

rapi<strong>de</strong> <strong>de</strong> produits <strong>de</strong> digestion d'ADN pour<br />

<strong>de</strong>s applications ultérieures. Il existe 27<br />

enzymes <strong>de</strong> <strong>restriction</strong> populaires assurant<br />

une digestion rapi<strong>de</strong> qui vous permettront<br />

<strong>de</strong> réduire vos durées <strong>de</strong> clonage.<br />

Compatible avec le tampon GoTaq®<br />

Passez directement d'une réaction d'amplification<br />

GoTaq® à la digestion par <strong>de</strong>s<br />

enzymes <strong>de</strong> <strong>restriction</strong> qui ont une activité<br />

efficace dans les tampons GoTaq® Green et<br />

PCR Master Mix. Préparez <strong>de</strong>s fragments<br />

<strong>de</strong> PCR qui sont prêts à être insérés dans<br />

les vecteurs Flexi®, les vecteurs HaloTag®<br />

Flexi ou dans tout autre vecteur non-T.<br />

Augmentez encore la polyvalence <strong>de</strong> votre<br />

clonage en choisissant la ou les enzymes <strong>de</strong><br />

<strong>restriction</strong> qui correspon<strong>de</strong>nt à vos besoins<br />

en matière <strong>de</strong> vecteur.<br />

Aptitu<strong>de</strong> à<br />

la digestion<br />

rapi<strong>de</strong><br />

Compatible<br />

avec le tampon<br />

GoTaq®<br />

Recevez le<br />

Gui<strong>de</strong> complet<br />

e (X-Gal) est un agent qui produit une coloration bleue lorsqu'il est hydrolysé par la β-galactosidase.<br />

Qualifié pour le<br />

clonage bleu/<br />

blanc<br />

AATII + +<br />

ACC65I +<br />

Exemple tiré du gui<strong>de</strong> <strong>de</strong>s enzymes <strong>de</strong> <strong>restriction</strong>, caractéristiques<br />

visibles au premier coup d'oeil<br />

5


6<br />

QUANTIFIER VOS ADNdb<br />

Economisez 45%<br />

avec une nouvelle alternative au Pi<br />

Le nouveau système QuantiFluor pour ADN double brin offre à<br />

votre labo une sensibilité équivalente au PicoGreen® avec en prime<br />

<strong>de</strong> grosses économies sur la quantification <strong>de</strong> l'ADNdb :<br />

Economique : 45% d’économie par rapport à PicoGreen®.<br />

Sensible : Même sensibilité que PicoGreen® ; sensibilité accrue<br />

sur l'absorbance (par ex., métho<strong>de</strong> NanoDrop®).<br />

Polyvalent : S'utilise sur n'importe quel instrument à microplaques<br />

ou à tubes séparés.<br />

Fluorescence (UFR)<br />

200,000<br />

180,000<br />

160,000<br />

140,000<br />

120,000<br />

100,000<br />

80,000<br />

60,000<br />

40,000<br />

20,000<br />

0<br />

0<br />

31,937<br />

Colorant QuantiFluor dsDNA<br />

Colorant PicoGreen ®<br />

34,488<br />

159,771<br />

130,949<br />

200 400 600 800 1,000 1,200<br />

Concentration d'ADN Lambda (ng/ml)<br />

Comparaison <strong>de</strong>s métho<strong>de</strong>s colorimétriques <strong>de</strong> quantification <strong>de</strong><br />

l'ADNdb<br />

Les <strong>de</strong>ux colorants pour ADNdb ont <strong>de</strong>s gammes dynamiques comparables<br />

et saturent vers 1000 ng/ml dans le volume <strong>de</strong> 200 μl, au format 96 puits.<br />

9437MB


coGreen®<br />

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8<br />

8<br />

Actualités<br />

scientifiques<br />

NOUVEAU PROTOCOLE EN VIDÉO<br />

Aperçu <strong>de</strong>s kits simplyRNA pour l'instrument Maxwell® 16


ARTICLES TECHNIQUES DU PUBHUB<br />

PubHub<br />

PubHub<br />

Bioluminescent assays for <strong>de</strong>tection of lysine<br />

<strong>de</strong>acetylase activities<br />

Comparison of luciferases as ATP sensors in the<br />

presence of inhibitors: CellTiter-Glo® Assay shows<br />

less compound interference than the PerkinElmer<br />

ATPlite 1Step assay<br />

PROFILS ADN<br />

Forensic DNA profiles crossing bor<strong>de</strong>rs in Europe<br />

(implementation of the Treaty of Prüm)<br />

BLOG PROMEGA<br />

Screening for drug-drug interactions with PXR and<br />

CYP3A4 activation<br />

Sequencing the black <strong>de</strong>ath is a window to the past<br />

ATPlite est une marque <strong>de</strong> PerkinElmer, Inc. CellTiter-Glo et Maxwell sont <strong>de</strong>s marques déposées <strong>de</strong> <strong>Promega</strong> Corporation.<br />

9<br />

9


10<br />

jeu<br />

concours<br />

Gagnez un<br />

Ipod Schuffle !<br />

Pour participer, répon<strong>de</strong>z aux questions ci-<strong>de</strong>ssous. Vous trouverez les<br />

réponses en parcourant ce numéro.<br />

1. Avant <strong>Promega</strong>, quelle était la société qui<br />

commercialisait le Fugene®?<br />

2. Quel luminomètre (la marque) a été sélectionné<br />

comme étant «le plus vieux luminomètre<br />

d’Europe»?<br />

Conditions<br />

Soumettez<br />

vos réponses


Avez-vous le plus vieux<br />

Luminométre d’Europe?<br />

<strong>Promega</strong> vous remercie pour votre participation.<br />

UN gagnant a été sélectionné grâce à son<br />

luminomètre : LKB Wallac datant <strong>de</strong> 1975 !<br />

Vous pouvez à tout moment consulter le panel<br />

<strong>de</strong>s plus vieux luminomètres d›Europe qui ont<br />

été proposés :<br />

Gallerie photos <strong>de</strong>s plus vieux luminomètres<br />

Notre Gagnant :<br />

Université <strong>de</strong> Milan (Italie)<br />

Avec un LKB Wallac 1975<br />

Glomax® 96 microplate, une solution clé en mains pour mo<strong>de</strong>rniser<br />

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• Très Sensible (jusqu’à 3 x 10-21 moles luciferase)<br />

• Plage dynamique : > 9 <strong>de</strong>ca<strong>de</strong>s<br />

• Idéal pour les “cell-based assays” en “Flash” ou en “Glow”<br />

• Minimise les “cross-talk” entre échantillons<br />

• Modulable<br />

• Traitement <strong>de</strong>s données avec un fichier Excel<br />

• 96 échantillons par run !<br />

• Economie <strong>de</strong> réactifs (comparé aux techniques en tube)<br />

• Support technique performant<br />

• Plus <strong>de</strong> 50 tests luminescents intégrés !<br />

11


FOCUS TECHNIQUE<br />

12<br />

Améliorez le ren<strong>de</strong>ment <strong>de</strong> vos clonages<br />

Astuces pour le clonage PCR<br />

Les systèmes <strong>de</strong> vecteur pGEM®-T et pGEM®-T Easy autorisent le<br />

clonage direct <strong>de</strong>s produits <strong>de</strong> PCR dans <strong>de</strong>s vecteurs linéaires, munis<br />

d’extrémités cohésives <strong>de</strong> thymidine (T) en 3', correspondant aux<br />

résidus adénine (A) en 5' <strong>de</strong> l'amplicon. Rien n'est plus simple que<br />

d'i<strong>de</strong>ntifier les recombinants : il suffit <strong>de</strong> reprendre les colonies<br />

blanches parmi les colonies bleues <strong>de</strong> la plaque <strong>de</strong> référence. Améliorez<br />

votre taux <strong>de</strong> succès avec ces quelques astuces utiles.<br />

pGEM et GoTaq sont <strong>de</strong>s marques déposées <strong>de</strong> <strong>Promega</strong> Corporation.


• Evitez d'introduire <strong>de</strong>s nucléases qui sont<br />

susceptibles <strong>de</strong> dégra<strong>de</strong>r les bouts collants<br />

T <strong>de</strong> votre vecteur. Utilisez <strong>de</strong> l'eau<br />

stérile, dépourvue <strong>de</strong> nucléases, dans<br />

vos réactions <strong>de</strong> ligation.<br />

• Utilisez une ADN polymérase qui ne soit<br />

pas <strong>de</strong> haute fidélité uniquement durant<br />

la PCR afin <strong>de</strong> garantir la présence d'une<br />

extrémité cohésive A sur votre fragment<br />

<strong>de</strong> PCR.<br />

• Si vous utilisez une ADN polymérase <strong>de</strong><br />

haute fidélité, ajoutez une extrémité<br />

cohésive. Purifiez le fragment <strong>de</strong> PCR et<br />

préparez une réaction d’adénylation (voir<br />

"Clonage <strong>de</strong>s produits <strong>de</strong> PCR ou A tailing<br />

à bouts francs" dans le manuel technique<br />

<strong>de</strong>s vecteurs pGEM®-T).<br />

• Optimisez le rapport insert/vecteur. La<br />

ligature <strong>de</strong> l'insert d'ADN témoin peut<br />

s'effectuer avec un rapport 1/1, alors<br />

qu'un autre insert peut s’insérer plus<br />

efficacement avec un rapport 3/1.<br />

• Utilisez <strong>de</strong>s cellules dont le ren<strong>de</strong>ment<br />

<strong>de</strong> transformation est d'au moins 1 ×<br />

10 8 cfu/μg d'ADN afin d'obtenir un<br />

nombre suffisant <strong>de</strong> colonies, car la ligation<br />

<strong>de</strong> fragments dont les extrémités<br />

cohésives ne comprennent qu'une seule<br />

base peut s'avérer inefficace.<br />

• Eviter d'exposer les produits <strong>de</strong> PCR à un<br />

rayonnement UV <strong>de</strong> courte longueur<br />

d'on<strong>de</strong>, lequel génère <strong>de</strong>s dimères <strong>de</strong><br />

pyrimidines. Placez une plaque en verre<br />

entre le gel et la source d'UV. Idéalement,<br />

le produit <strong>de</strong> PCR sera observé sous une<br />

lumière UV <strong>de</strong> gran<strong>de</strong> longueur d'on<strong>de</strong>.<br />

• Purifiez le fragment <strong>de</strong> PCR sur gel<br />

<strong>de</strong> façon à minimiser les inserts<br />

concurrents et éliminer les inhibiteurs<br />

éventuels <strong>de</strong> la réaction <strong>de</strong> ligation.<br />

• Evitez les températures élevées (>28°C)<br />

durant la ligation, et laissez la réaction<br />

se dérouler pendant la nuit <strong>de</strong> manière<br />

à améliorer le ren<strong>de</strong>ment <strong>de</strong> la transformation.<br />

Pour plus d’ai<strong>de</strong>, consultez le gui<strong>de</strong><br />

<strong>de</strong> résolution <strong>de</strong>s problèmes techniques<br />

pGEM-T et pGEM-T easy.<br />

Regar<strong>de</strong>z la vidéo<br />

13


TECHNIQUES DE DÉTECTION<br />

14<br />

Apprenez comment les Solutions Intégrées <strong>Promega</strong><br />

avec <strong>de</strong>s instruments, <strong>de</strong>s réactifs, <strong>de</strong>s logiciels et un<br />

conditions réelles.<br />

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Instrument +<br />

Réactifs optimisés +<br />

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<strong>de</strong> détection ingénieux, l’analyse cellulaire<br />

combinée à l’ingénierie <strong>de</strong> détection<br />

a amené à la création <strong>de</strong>s instruments<br />

les plus sensibles : <strong>de</strong>s fluorimètres<br />

Glomax® et Quantifluor aux luminomètres<br />

Glomax® et Glomax® multimo<strong>de</strong>.<br />

Réactifs : Des tests qualité <strong>de</strong> nos essais<br />

cellulaires luminescents, fluorescents et<br />

multiplexes vous donnent <strong>de</strong>s résultats<br />

rapi<strong>de</strong>s et sensibles sans gaspiller une<br />

goutte <strong>de</strong> vos précieux échantillons.<br />

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is a registered tra<strong>de</strong>mark of Fugent, LLC. All other<br />

tra<strong>de</strong>marks belong to <strong>Promega</strong> Corporation.

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