La méthode de Maximum Likelihood
La méthode de Maximum Likelihood
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Introduction au programme PhyML<br />
PhyML (Guindon et Gascuel, 2003)<br />
Programme basé sur la métho<strong>de</strong> <strong>de</strong> ML qui a été proposé<br />
récemment pour estimer <strong>de</strong>s gran<strong>de</strong>s phylogénies.<br />
L’algorithme utilise un arbre <strong>de</strong> départ (obtenu par<br />
BioNJ ou fourni par l’utilisateur) pour estimer les<br />
paramètres du modèle. Cet arbre est ensuite modifié<br />
pour augmenter sa vraisemblance. Les paramètres sont<br />
réestimés après chaque amélioration <strong>de</strong> la topologie.<br />
L’optimisation simultanée <strong>de</strong>s paramètres, <strong>de</strong> la topologie<br />
et <strong>de</strong>s longueurs <strong>de</strong>s branches permet d’atteindre plus<br />
rapi<strong>de</strong>ment la vraisemblance optimale.<br />
PhyML est accessible sur<br />
http://atgc.lirmm.fr/phyml/
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