La Chimie Organique dans la Conception des ... - synthesis
La Chimie Organique dans la Conception des ... - synthesis
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OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
<strong>La</strong> <strong>Chimie</strong> <strong>Organique</strong> <strong>dans</strong><br />
<strong>la</strong> <strong>Conception</strong> <strong>des</strong> Médicaments<br />
et <strong>dans</strong> leurs Mo<strong>des</strong> d’Action<br />
Cours de <strong>la</strong> Licence de <strong>Chimie</strong> Molécu<strong>la</strong>ire du Vivant<br />
Université Bordeaux 1<br />
351 cours de <strong>la</strong> Libération<br />
33405 Talence Cedex<br />
1/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
Textes de Références<br />
apple Silverman, Richard B. The Organic Chemistry of Drug<br />
Design and Drug Action, 1992, Academic Press (ISBN: 0-12-<br />
643730-0)<br />
apple Diederichsen, U.; Lindhorst, T. K.; Westermann, B.;<br />
Wessjohann, L. A. Bioorganic Chemistry, 1999, Wiley-VCH<br />
(ISBN: 3-527-29665-4)<br />
apple Patrick, G. Medicinal Chemistry, 2001, BIOS Scientific<br />
Publishers Ltd (ISBN: 1-85996-207-6)<br />
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OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
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<strong>La</strong> <strong>Chimie</strong> Médicinale<br />
<strong>La</strong> chimie médicinale est <strong>la</strong> sous-discipline <strong>des</strong> sciences<br />
chimiques qui concerne <strong>la</strong> découverte et <strong>la</strong> conception de<br />
composés chimiques exprimant une activité thérapeutique et<br />
leur développement en médicaments utiles.<br />
apple Synthèse de substances naturelles, de leurs analogues et de<br />
nouveaux composés<br />
apple Etude <strong>des</strong> re<strong>la</strong>tions « structure-activité »<br />
apple Elucidation <strong>des</strong> mo<strong>des</strong> d’action<br />
apple Etude de <strong>la</strong> biodisponibilité (absorption, transport et distribution)<br />
apple Etude <strong>des</strong> transformations métaboliques<br />
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CHO<br />
OMe<br />
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Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
1. Ce Qu’il Faut Savoir sur <strong>la</strong> Mise sur le<br />
Marché d’un Médicament<br />
Phase 0: découverte et tests précliniques sur animaux (6 ans et demi)<br />
et <strong>des</strong>cription du protocole d’évaluation chez l’homme.<br />
Phase I: test de toxicité ⇒ administration du médicament à <strong>des</strong><br />
volontaires en bonne santé (de 20 à 80 personnes), détermination de <strong>la</strong><br />
posologie et <strong>des</strong> effets secondaires, étude du métabolisme du<br />
médicament (1 an et demi).<br />
en moyenne 2 molécules sur 5 progressent en phase II<br />
Phase II: test d’efficacité ⇒ administration du médicament à <strong>des</strong><br />
ma<strong>la</strong><strong>des</strong> volontaires (de 100 à 500 personnes, 2 ans).<br />
1 molécule sur 2 progressent en phase III<br />
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CHO<br />
OMe<br />
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Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
2. Ce Qu’il Faut Savoir sur <strong>la</strong> Mise sur le<br />
Marché d’un Médicament<br />
Phase III: administration du médicament à un plus grand nombre de<br />
ma<strong>la</strong><strong>des</strong> volontaires (de 1000 à 5000 personnes, 3 ans et demi)<br />
⇒ dépôt d’un dossier de demande de mise sur le marché incluant le<br />
protocole de préparation du médicament.<br />
1 molécule sur 5 reçoit une autorisation de mise sur le marché<br />
Phase IV: étu<strong>des</strong> <strong>des</strong> effets à long terme et de l’utilisation du<br />
médicaments sur d’autres popu<strong>la</strong>tions de ma<strong>la</strong><strong>des</strong>, exploration de<br />
nouvelles applications.<br />
⇒ 10 à 15 ans de recherche et de développement de <strong>la</strong> découverte<br />
d’une substance active ou tête de série à sa mise sur le marché.<br />
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CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
I. Découverte d’un Médicament<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
Il y a principalement trois façons de découvrir un nouveau<br />
médicament:<br />
1) Crib<strong>la</strong>ge de substances naturelles<br />
2) <strong>Conception</strong> rationnelle<br />
3) Approche combinatoire<br />
⇒ En général, une molécule « tête de série » est d’abord repérée<br />
pour son potentiel thérapeutique, puis optimiser par<br />
modification structurale selon une logique rationnelle et/ou<br />
combinatoire.<br />
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Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
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1. Médicaments sans Tête de Série<br />
apple Le librium (tranquilisant)<br />
Librium<br />
Cl<br />
N<br />
N<br />
NHCH 3<br />
O<br />
7-chloro-2-(methy<strong>la</strong>mino)-<br />
5-phenyl-3H-1,4-<br />
benzodiazepine 4-oxide]<br />
apple Les pénicillines (antibiotiques)<br />
H<br />
N<br />
S<br />
O<br />
Pénicilline V<br />
H<br />
N<br />
O<br />
O<br />
N<br />
S<br />
CO 2 H<br />
Pénicilline G<br />
O<br />
O<br />
N<br />
CO 2 H<br />
NB: les pénicillines<br />
bloquent <strong>la</strong> synthèse de<br />
<strong>la</strong> paroi cellu<strong>la</strong>ire <strong>des</strong><br />
bactéries.<br />
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a) Découverte du Librium<br />
(1955-1957, Roche, Leo Sternbach)<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
N<br />
CH 2 Cl<br />
N<br />
CH 2 NHCH 3<br />
Cl<br />
N<br />
O<br />
CH 3 NH 2<br />
X<br />
Cl<br />
N<br />
O<br />
CH 3 NH 2<br />
H<br />
N<br />
NHCH 3<br />
Cl<br />
N<br />
NHCH 3<br />
Cl<br />
N<br />
NHCH 3<br />
Cl<br />
N<br />
O<br />
- H<br />
Cl<br />
N<br />
O<br />
Cl<br />
N<br />
O<br />
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CHO<br />
OMe<br />
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b) Pénicillines et Morphine<br />
au secours <strong>des</strong> GIs...<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
HO<br />
O<br />
HO<br />
H<br />
N<br />
NMe<br />
H O<br />
Morphine Pénicilline V<br />
O<br />
O<br />
N<br />
S<br />
CO 2 H<br />
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OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
Pénicilline, le vétéran <strong>des</strong> antibiotiques !<br />
apple Alexander Fleming découvre <strong>la</strong><br />
pénicilline en 1928 !<br />
Penicillium notatum<br />
une moisissure<br />
O<br />
H<br />
N<br />
O<br />
O<br />
N<br />
S<br />
Robinson, Folkers (1943)<br />
CO 2 H<br />
Pénicilline V<br />
apple L’effort de <strong>la</strong> seconde guerre mondiale par les alliés conduira<br />
à <strong>la</strong> production industrielle de <strong>la</strong> pénicilline par fermentation à<br />
partir de Penicillium chrysogenum (Merck)<br />
apple Fleming, Florey et Chain (PN Médecine & Physiologie 1945)<br />
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CHO<br />
OMe<br />
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Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
c) <strong>La</strong> Morphine, Analgésique Naturel<br />
apple Les Sumériens utilisaient déjà le pavot en 3400 BC<br />
comme analgésique et drogue euphorisante… « <strong>La</strong> fleur<br />
du Bonheur »<br />
apple Elle contient un substance naturelle de <strong>la</strong> famille <strong>des</strong><br />
opioï<strong>des</strong>, <strong>la</strong> morphine qui fut isolée par Friedrich<br />
Serturner en 1805 à partir d’opium !<br />
Papaver somniferum<br />
HO<br />
Qu’est-ce que l’opium <br />
Morphine<br />
O<br />
H<br />
NMe<br />
HO<br />
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Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
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apple <strong>La</strong> morphine est <strong>la</strong> première substance naturelle commercialisée comme<br />
médicament (E. Merck, 1826)<br />
apple Elle constitue l’un <strong>des</strong> analgésiques les plus pluissants, toujours <strong>la</strong>rgement<br />
utilisé en médecine.<br />
apple Première synthèse par Gates en 1956<br />
apple Il reste le pire...<br />
HO<br />
AcO<br />
O<br />
H<br />
NMe<br />
O<br />
H<br />
NMe<br />
HO<br />
Morphine<br />
AcO<br />
Héroine<br />
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Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
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Un Autre Dérivé de <strong>la</strong> Morphine d’Intérêt<br />
Pharmacologique : <strong>la</strong> Codéine<br />
MeO<br />
O<br />
HO<br />
H<br />
Codéine<br />
NMe<br />
Analgésique ou antalgique stupéfiant<br />
Empirin® (codéine + aspirine)<br />
Tylenol® (codéine + paracetamol)<br />
Utilisé aussi contre <strong>la</strong> toux<br />
Phenergan® (codéine + promethazine)<br />
Robitussin AC (codéine + guaifenesin)<br />
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CHO<br />
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Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
2. Comment identifier une tête de série <br />
⇒ Il faut tout d’abord avoir un moyen d’évaluer, généralement<br />
in vitro, l’activité biologique <strong>des</strong> molécules candidates:<br />
1° Crib<strong>la</strong>ge au hasard, e.g., <strong>la</strong> streptomycine, les tétracyclines<br />
2° Etu<strong>des</strong> du métabolisme <strong>des</strong> drogues, e.g., sulfani<strong>la</strong>mide, un<br />
métabolite du prontosil<br />
3° Observations cliniques, e.g., carbutamide et tolbutamide<br />
4° <strong>Conception</strong> rationnelle, e.g., le contraceptif (+)-norgestrel,<br />
les inhibiteurs de protéases du VIH-1<br />
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OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
A <strong>la</strong> Recherche de Têtes de Série<br />
apple Les pénicillines G/V et le librium sont <strong>des</strong> médicaments qui ont été<br />
découverts sans tête de série, mais ils ont servi de têtes de série pour le<br />
développement de nombreux analogues de <strong>la</strong> famille <strong>des</strong> β-<strong>la</strong>ctames et <strong>des</strong><br />
benzodiazepines.<br />
N<br />
O<br />
R<br />
O<br />
H<br />
N<br />
O<br />
Oxacilline (R = H)<br />
Cloxacilline (R = Cl)<br />
N<br />
S<br />
CO 2 H<br />
Cl<br />
valium<br />
Me<br />
N<br />
N<br />
O<br />
Ampicilline (R = H)<br />
Amoxilline (R = OH)<br />
NH 2<br />
H<br />
N<br />
S<br />
R<br />
O<br />
O<br />
N<br />
CO 2 H<br />
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CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
Selman A. Waksman<br />
PN Medicine 1952<br />
a) Antibiotiques découverts par crib<strong>la</strong>ge<br />
d’échantillons de sols<br />
OH<br />
H<br />
H 2 N<br />
H<br />
O<br />
CHO<br />
Me<br />
OH<br />
H<br />
O<br />
CH 2 OH<br />
H MeHN<br />
OH<br />
NH<br />
H<br />
NH<br />
H<br />
H<br />
O<br />
H<br />
H<br />
OH H H<br />
H OH<br />
OH<br />
O<br />
H<br />
HN<br />
H<br />
NH<br />
Streptomycine (1944)<br />
Premier antibiotique contre <strong>la</strong> tuberculose !<br />
C<br />
C<br />
OH<br />
Cl<br />
NH 2<br />
HO<br />
O OH O O<br />
OH<br />
Me<br />
R<br />
O<br />
H<br />
H<br />
N<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
O<br />
H<br />
N<br />
NMe 2<br />
S<br />
CO 2 H<br />
Cephalosporines (1948)<br />
OH<br />
NH 2<br />
Chlortetracycline<br />
ou Aureomycine (1948)<br />
OAc<br />
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OH<br />
CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
b) Métabolisme <strong>des</strong> Drogues<br />
Les Antibiotiques Sulfa (Bayer, 1930’s)<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
NH 2<br />
H 2 N<br />
N<br />
[Red]<br />
N SO 2 NH 2 H 2 N SO 2 NH 2<br />
Prontosil<br />
Active contre streptococcus in vivo !<br />
Inactive in vitro <br />
Sulfani<strong>la</strong>mide<br />
Active forme in vivo<br />
<strong>La</strong> découverte du prontosil et du sulfani<strong>la</strong>mide marque le début de <strong>la</strong><br />
chimie médicinale moderne. Dans les années 40, <strong>des</strong> milliers de<br />
sulfonami<strong>des</strong> ont été synthétisés et évalués en tant qu’agents<br />
antibactériens.<br />
17/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
b) Métabolisme <strong>des</strong> Drogues<br />
Les Antibiotiques Sulfa (Bayer, 1930’s)<br />
NH 2<br />
H 2 N<br />
N<br />
[Red]<br />
N SO 2 NH 2 H 2 N SO 2 NH 2<br />
Prontosil<br />
Active contre streptococcus in vivo !<br />
Inactive in vitro <br />
Sulfani<strong>la</strong>mide<br />
Active forme in vivo<br />
<strong>La</strong> découverte du prontosil et du sulfani<strong>la</strong>mide marque le début de <strong>la</strong><br />
chimie médicinale moderne. Dans les années 40, <strong>des</strong> milliers de<br />
sulfonami<strong>des</strong> ont été synthétisés et évalués en tant qu’agents<br />
antibactériens.<br />
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OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
c) Observations Cliniques<br />
H 2 N<br />
O<br />
S<br />
O<br />
N<br />
H<br />
O<br />
N<br />
H<br />
Carbutamide, un agent antibactérien<br />
avec un effet<br />
secondaire antidiabétique !<br />
Tolbutamide, médicament<br />
antidiabétique sans activité<br />
antibactérienne<br />
H 3 C<br />
O<br />
S<br />
O<br />
N<br />
H<br />
O<br />
N<br />
H<br />
19/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
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d) <strong>Conception</strong> Rationnelle<br />
« Rational Drug Design »<br />
L’approche rationnelle à <strong>la</strong> conception de nouveaux médicaments<br />
est aujourd’hui <strong>la</strong> voie principale de <strong>la</strong> découverte de nouvelles<br />
têtes de série. Cette approche implique une connaissance préa<strong>la</strong>ble<br />
bien précise du système biologique (i.e., cause molécu<strong>la</strong>ire d’une<br />
ma<strong>la</strong>die) à contrôler et se traduit par <strong>la</strong> recherche spécifique de:<br />
1) Antagonistes ou agonistes de récepteurs<br />
2) Inhibiteurs d’enzymes<br />
3) Bloqueurs de <strong>la</strong> biosynthèse et/ou de <strong>la</strong> fonction de l’ADN<br />
20/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
i) Les Contraceptifs<br />
Progesterone<br />
O<br />
17β-Estradiol<br />
H<br />
H<br />
H<br />
O<br />
H<br />
HO<br />
H<br />
(+)-Norgestrel<br />
H<br />
O<br />
17α-Ethynylestradiol<br />
H<br />
HO<br />
H<br />
H<br />
HO<br />
H<br />
H<br />
H<br />
HO<br />
H<br />
H<br />
HO<br />
H<br />
H<br />
Têtes de série naturelles<br />
e.g., hormones stéroï<strong>des</strong><br />
à faibles effets contraceptifs<br />
Molécules de synthèse à effets<br />
contraceptifs de longue durée<br />
21/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
N<br />
ii) Les Inhibiteurs de Protéases<br />
O<br />
N<br />
H<br />
CONH 2<br />
H<br />
N<br />
O<br />
OH<br />
Saquinavir<br />
(Hoffmann-<strong>La</strong> Roche, 1995)<br />
premier médicament approuvé par <strong>la</strong><br />
FDA pour le traitement du SIDA<br />
O<br />
K i = 0,6 nM<br />
O<br />
O<br />
H<br />
N<br />
OH<br />
N<br />
O<br />
N S<br />
O O<br />
H<br />
H<br />
t-Bu<br />
N<br />
H<br />
N<br />
NH 2<br />
t-Bu<br />
N<br />
N<br />
H<br />
Amprenavir<br />
(Vertex, 1999)<br />
K i = 0,12 nM<br />
K i = 0,56 nM<br />
N<br />
O<br />
OH<br />
O<br />
H<br />
N<br />
Indinavir<br />
(Dupont-Merck, 1996)<br />
OH<br />
22/95
OH<br />
CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
II. Développement d’un Médicament.<br />
Modification d’une Tête de Série<br />
Une fois qu’une tête de série active est identifiée, il n’est pas possible<br />
de prévoir avec précision sa toxicité et ses effets secondaires,<br />
d’anticiper ni sa biodisponibilité, ni son métabolisme in vivo. Sa<br />
structure pourra être modifiée jusqu’à obtenir une molécule<br />
répondant à ces différentes caractéristiques, c’est-à-dire un<br />
médicament efficace !<br />
Comment modifier <strong>la</strong> structure d’une tête de série pour améliorer<br />
ses propriétés pharmacologiques <br />
23/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
1. Identification <strong>des</strong> Pharmacophores<br />
apple Les intéractions molécu<strong>la</strong>ires entre une drogue et son récepteur<br />
biologique sont très spécifiques, et l’activité qui en découle n’est<br />
souvent due qu’à une petite partie de <strong>la</strong> molécule!<br />
apple Il s’agit alors d’identifier ces motifs structuraux ou<br />
pharmacophores essentiels à l’activité d’une tête de série <strong>dans</strong> le but<br />
d’entreprendre les modifications structurales judicieuses à<br />
l’amélioration de l’efficacité, voire à <strong>la</strong> modification de l’activité, de<br />
<strong>la</strong> drogue.<br />
« garder l’essentiel, rajouter le nécessaire et supprimer l’inutile ! »<br />
24/95
OH<br />
OMe<br />
OH<br />
CHO<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
Pharmacophore Commun aux Agents<br />
Stabilisateurs <strong>des</strong> Microtubules<br />
AcO O<br />
O NH O<br />
O<br />
H<br />
OH HO O<br />
Taxol<br />
O<br />
Discodermolide<br />
O O<br />
OH<br />
OH<br />
Ojima et al., PNAS, 1996, 96, 4256<br />
OH<br />
O<br />
O<br />
O<br />
OH O<br />
O<br />
NH 2<br />
S<br />
N<br />
OH<br />
O<br />
HO<br />
AcO<br />
O<br />
MeO<br />
N<br />
N<br />
O<br />
O<br />
O<br />
O<br />
O<br />
O<br />
R<br />
OH<br />
O<br />
Epothilones<br />
OH<br />
Eleutherobin<br />
25/95
OH<br />
OMe<br />
OH<br />
CHO<br />
Polymérisation <strong>des</strong> Tubulines en<br />
Microtubules<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
26/95
OH<br />
CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
Au Cœur de <strong>la</strong> Forêt Californienne...<br />
Un Médicament contre le Cancer !!!<br />
Ph<br />
O<br />
Ph<br />
NH<br />
OH<br />
O<br />
O<br />
AcO<br />
HO<br />
O<br />
O<br />
H<br />
O<br />
Ph<br />
OH<br />
OAc<br />
O<br />
Taxol<br />
Paclitaxel®<br />
(Brystol-Myers Squibb)<br />
Découverte en 1962<br />
Première synthèse en 1994<br />
(Nico<strong>la</strong>ou et Holton)<br />
Taxus brevifolia<br />
Le sacrifice d’un arbre centenaire fournirait 300 mg de<br />
taxol, l ’équivalent d’une seule dose du médicament...<br />
27/95
OH<br />
OMe<br />
OH<br />
Taxol and Analogues<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
AcO<br />
O<br />
OH<br />
O<br />
NH<br />
O<br />
O<br />
AcO<br />
O<br />
OH<br />
OH<br />
O<br />
O<br />
Taxol/Paclitaxel<br />
(BMS)<br />
H<br />
HO O<br />
O<br />
HO<br />
O<br />
O<br />
O<br />
O OH<br />
O<br />
NH<br />
OH<br />
O<br />
O<br />
Nonataxel<br />
(2 à 8 fois plus actif<br />
que le taxol)<br />
HO<br />
O<br />
O<br />
H<br />
O<br />
O<br />
O<br />
O<br />
NH<br />
O<br />
OH<br />
O<br />
HO<br />
O<br />
H<br />
OAc<br />
O<br />
Taxotère (Aventis)<br />
O<br />
Taxus baccata<br />
28/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
a) Simplification du Squelette de Base.<br />
Les Morphinoï<strong>des</strong><br />
Me<br />
N<br />
Me<br />
HO<br />
N<br />
OH<br />
Levorphanol<br />
3 à 4 fois plus analgésique<br />
que <strong>la</strong> morphine, mais conserve<br />
les propriétés narcotiques<br />
O OR 2<br />
OH<br />
OR 1<br />
R 1 = H, R 2 = H ⇒ Morphine<br />
R 1 = Me, R 2 = H ⇒ Codéine<br />
R 1 = Ac, R 2 = Ac ⇒ Héroïne<br />
N<br />
Cyc<strong>la</strong>zocine<br />
analgésique moins narcotique<br />
Me Me<br />
NB: le pharmacophore <strong>des</strong> morphinoï<strong>des</strong> est noirci!<br />
OH<br />
29/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
OH<br />
CHO<br />
Me<br />
Me<br />
N<br />
O<br />
OEt<br />
N<br />
Me<br />
Me<br />
O<br />
O<br />
Meperidine (Demerol®)<br />
analgésique conservant 10-12 % de<br />
l’efficacité de <strong>la</strong> morphine<br />
Dextropropoxyphene (Darvon®)<br />
analgésique conservant 50-66 % de<br />
l’efficacité de <strong>la</strong> codéine<br />
Me<br />
Me<br />
N<br />
Me<br />
O<br />
Methadone<br />
analgésique aussi puissant que <strong>la</strong><br />
morphine, utilisée <strong>dans</strong> le traitement du<br />
syndrome d’abstinence aux opioï<strong>des</strong><br />
chez les toxicomanes.<br />
30/95
OH<br />
CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
b) E<strong>la</strong>boration du Squelette de Base<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
Me<br />
N<br />
HO Me<br />
Pr<br />
O<br />
OMe<br />
OH<br />
Etorphine<br />
1000 fois plus puissant que <strong>la</strong> morphine, utilisée en<br />
médecine vétérinaire pour l’immobilisation <strong>des</strong> gros<br />
animaux.<br />
31/95
OH<br />
CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
2. Modifications de Groupes Fonctionnels<br />
apple Séparation de l’activité antidiabétique de l’activité antibactérienne:<br />
antibiotique<br />
antidiabétique<br />
antidiabétique<br />
H 2 N<br />
O<br />
S<br />
O<br />
N<br />
H<br />
O<br />
N<br />
H<br />
H 3 C<br />
O<br />
S<br />
O<br />
N<br />
H<br />
O<br />
N<br />
H<br />
Carbutamide<br />
Tolbutamide<br />
NB: le remp<strong>la</strong>cement du groupe amino de l’antibiotique carbutamide à effet<br />
secondaire antidiabétique par un groupe méthyle a donné lieu à <strong>la</strong> formation du<br />
tolbutamide, antidiabétique sans effet antibiotique.<br />
32/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
apple Séparation de l’antihypertension de l’effet diurétique:<br />
groupe sulfonamide responsable<br />
de l’effet diurétique<br />
Cl<br />
N<br />
N<br />
H S NH<br />
2 NSO 2<br />
O O<br />
Cl<br />
O<br />
S NH<br />
O<br />
Chlorothiazide, agent<br />
antihypertension avec un fort effet<br />
diurétique (augmentation de<br />
l’excrétion d’urine)<br />
Diazoxide, agent antihypertension<br />
sans effet diurétique<br />
NB: ces observations <strong>des</strong> conséquences de <strong>la</strong> modification de groupes<br />
fonctionnels mettent en évidence <strong>la</strong> re<strong>la</strong>tion qui existe entre <strong>la</strong> structure<br />
molécu<strong>la</strong>ire d’une molécule et son activité! Mais comment savoir quelle(s)<br />
modification(s) réaliser pour améliorer une tête de série <br />
33/95
OH<br />
CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
3. Amélioration de l’Efficacité et de<br />
l’Indice Thérapeutique<br />
apple Des années d’étu<strong>des</strong> <strong>des</strong> re<strong>la</strong>tions structure-activité de série de drogues ont conduit<br />
au développement d’approches systématiques de modifications structurales en vue de<br />
l’augmentation de l’efficacité d’un médicament. Cette efficacité peut se déterminer<br />
par <strong>la</strong> mesure de l’indice thérapeutique, c’est-à-dire du rapport entre les effets<br />
indésirables et désirables de <strong>la</strong> drogue:<br />
e.g., LD 50 /ED 50<br />
LD 50 = dose léthale pour 50% <strong>des</strong> animaux testés<br />
ED 50 = dose d’efficacité maximale pour 50% <strong>des</strong> animaux testés<br />
NB: plus l’indice thérapeutique est grand, plus <strong>la</strong> marge de sécurité du médicament<br />
est grande!<br />
apple Les modifications structurales systématiquement envisagées sont:<br />
a) Homologation<br />
b) Ramification<br />
c) Cyclisation<br />
d) Bioisostérisme<br />
34/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
a) Homologation<br />
apple Une série homologue est un groupe de molécules différentes les unes <strong>des</strong> autres<br />
par un motif commun, généralement un groupe méthylène CH 2 .<br />
Efficacité<br />
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12<br />
Longueur de <strong>la</strong> Chaîne (nbre de carbones)<br />
apple Cet effet général de l’augmentation de <strong>la</strong> longueur d’une chaîne carbonée sur<br />
l’efficacité d’une drogue est liée à l’augmentation du caractère lipophile de <strong>la</strong><br />
molécule et, donc, à sa meilleure pénétration <strong>des</strong> membranes cellu<strong>la</strong>ires jusqu’à ce<br />
que son caractère hydrophobe accru pénalise sa solubilité et, donc, son transport<br />
<strong>dans</strong> les milieux aqueux.<br />
35/95
OH<br />
CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
Activité Antibiotique<br />
<strong>des</strong> 4-n-Alkylrésorcinols<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
OH<br />
R<br />
OH<br />
R<br />
Phenol<br />
Coefficient<br />
R<br />
Phenol<br />
Coefficient<br />
R<br />
Phenol<br />
Coefficient<br />
n-propyl<br />
5<br />
n-heptyl<br />
30<br />
n-undecyl<br />
0<br />
n-butyl<br />
22<br />
n-octyl<br />
0<br />
i-butyl<br />
15.2<br />
n-pentyl<br />
33<br />
n-nonyl<br />
0<br />
i-amyl<br />
23.8<br />
n-hexyl<br />
51<br />
n-decyl<br />
0<br />
i-hexyl<br />
27<br />
36/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
b) Ramification de Chaîne<br />
apple En général, <strong>la</strong> ramification d’une chaîne carbonée occasionne une diminution<br />
de l’efficacité lorsque celle-ci est simplement liée au caractère lipophile de <strong>la</strong><br />
molécule (voir Tableau précédent);<br />
apple <strong>La</strong> ramification perturbe aussi souvent l’interaction entre une drogue et son<br />
récepteur biologique.<br />
apple Les amines primaires sont souvent plus efficaces que les amines secondaires,<br />
elles-mêmes plus efficaces que les amines tertiaires.<br />
apple Une ramification peut engendrer une modification de l’activité:<br />
S<br />
N<br />
R R = CH 2 CH(CH 3 )N(CH 3 ) 2<br />
Promethazine (antispasmodique et antihistaminique)<br />
Promazine (sédatif et tranquilisant)<br />
R = CH 2 CH 2 CH 2 N(CH 3 ) 2<br />
37/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
c) Cyclisation de Chaîne<br />
apple Une autre modification structurale qui peut être envisagée est <strong>la</strong> transformation<br />
d’une chaîne alkyle en son analogue cyclique:<br />
S<br />
S<br />
N<br />
N<br />
N<br />
N<br />
Trimeprazine<br />
Methdi<strong>la</strong>zine<br />
apple Ces deux composés expriment une activité antipruritique simi<strong>la</strong>ire chez l’homme.<br />
NB: prurit = sensation de démangeaison provoquée par une lésion locale ou<br />
symptomatique d’une ma<strong>la</strong>die.<br />
38/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
d) Bioisostérisme<br />
apple Les bioisostères sont <strong>des</strong> substituants ou groupes qui exhibent <strong>des</strong> similitu<strong>des</strong><br />
physico-chimiques et qui expriment <strong>des</strong> propriétés biologiques simi<strong>la</strong>ires. Le<br />
bioisostérisme est une approche à <strong>la</strong> modification structurale d’une tête de série qui a<br />
démontré à maintes reprises son utilité <strong>dans</strong> l’atténuation de <strong>la</strong> toxicité, de <strong>la</strong><br />
modification de l’activité et <strong>dans</strong> l’altération du métabolisme d’une tête de série.<br />
apple Isostères c<strong>la</strong>ssiques = atomes ou groupes d’atomes, ions ou molécules dont <strong>la</strong><br />
couche périphérique d’électrons peut être considérée comme identique (Erlenmeyer,<br />
1948) ⇒ même nombre d’électron de valence, même taille approximative.<br />
apple Bioisostères non c<strong>la</strong>ssiques = leur nombre d’atomes, leur nombre d’électron de<br />
valence et/ou leur demande stérique peuvent être différents, mais ils expriment une<br />
certaine simi<strong>la</strong>rité <strong>dans</strong> leur activité biologique.<br />
Voir Tables 2.2 et 2.3!<br />
39/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
OH<br />
CHO<br />
S<br />
Phenothiazines neuroleptiques<br />
N<br />
R<br />
N<br />
R<br />
Dibenzazépines antidépresseurs<br />
NB: un neuroleptique est un médicament<br />
utilisé <strong>dans</strong> le traitement de psychoses<br />
accompagnées d’excitation et comme<br />
réducteurs <strong>des</strong> mécanismes délirants et<br />
hallucinatoires.<br />
NB: un antidépresseur est un<br />
médicament capable d’améliorer<br />
l’état dépressif d’un sujet.<br />
apple Le succès <strong>des</strong> modifications bioisostériques est remarquable lorsque l’on<br />
considère les nombreux changements de paramètres physico-chimiques qui<br />
peuvent en découler: taille et forme de <strong>la</strong> molécule, répartition électronique,<br />
liposolubilité, hydrosolubilité, pK a , réactivité chimique, liaisons hydrogène.<br />
40/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
apple Si l’unité remp<strong>la</strong>cée par un bioisostère assure <strong>la</strong> distribution géométrique de<br />
groupes fonctionnels importants, les changements de taille, de forme et de liaisons<br />
hydrogènes occasionnés par le bioisostère doivent être considérés avec attention.<br />
apple Si l’unité remp<strong>la</strong>cée par un bioisostère est impliquée <strong>dans</strong> une interaction<br />
spécifique avec un récepteur, <strong>la</strong> taille, <strong>la</strong> forme, <strong>la</strong> répartition électronique, le pK a , <strong>la</strong><br />
réactivité chimique et les liaisons hydrogène sont tous <strong>des</strong> facteurs importants.<br />
apple Si l’unité remp<strong>la</strong>cée par un bioisostère est nécessaire à l’absorption, au transport<br />
et/ou à l’excrétion de <strong>la</strong> molécule, alors les caractères lipophile et hydrophile, le pK a<br />
et les liaisons hydrogène sont les facteurs importants.<br />
apple Si l’unité remp<strong>la</strong>cée par un bioisostère est impliquée <strong>dans</strong> le blocage ou <strong>la</strong><br />
facilitation du métabolisme, alors <strong>la</strong> réactivité chimique est le facteur important .<br />
NB: <strong>la</strong> pharmacocinétique est l’étude de l’absorption, du transport, du<br />
métabolisme et de l’excrétion d’une drogue.<br />
41/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
III. Interactions « Drogue-Récepteur »<br />
apple De façon spécifique, un récepteur est une protéine imbriquée <strong>dans</strong> <strong>la</strong> bicouche<br />
phospholipidique <strong>des</strong> membranes cellu<strong>la</strong>ires dont <strong>la</strong> fonction biologique comprend<br />
une composante de reconnaissance molécu<strong>la</strong>ire et une composante d’amplification<br />
de signal. Ces composantes peuvent correspondre à un même site ou à <strong>des</strong> sites<br />
différents sur <strong>la</strong> structure de <strong>la</strong> protéine:<br />
apple De façon générale, les récepteurs et autres cibles biologiques peuvent être<br />
divisés en deux c<strong>la</strong>sses:<br />
1) Les récepteurs non-catalytiques, e.g., récepteurs membranaires, ADN/ARN<br />
2) Les récepteurs catalytiques, i.e., enzymes<br />
NB: l’étude physico-chimique de l’interaction d’une drogue avec son récepteur<br />
constitue <strong>la</strong> pharmacodynamique.<br />
42/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
1. Constante de Dissociation K D<br />
apple <strong>La</strong> force monitrice d’une interaction « drogue-récepteur » est <strong>la</strong> formation d’un<br />
complexe stable caractérisé par un état de basse énergie:<br />
drogue + récepteur<br />
k on<br />
k off<br />
drogue–récepteur complexe<br />
K D =<br />
[drogue] [récepteur]<br />
[drogue–récepteur complexe]<br />
apple L’activité biologique d’une drogue est corrélée à son affinité pour le récepteur.<br />
Cette affinité est mesurée par <strong>la</strong> constante K D . Il s’agit d’une constante de<br />
« dissociation », donc plus K D est faible, plus <strong>la</strong> concentration en complexe est<br />
grande et, donc, plus l’affinité entre <strong>la</strong> drogue et son récepteur est grande.<br />
43/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
a) Généralités<br />
2. Les Forces Régissant l’Affinité<br />
« Drogue-Récepteur »<br />
apple<br />
apple<br />
Les liaisons assurant l’affinité entre une drogue et son récepteur sont en<br />
générale <strong>des</strong> interactions faibles non-covalentes. L’affinité et les effets qui en<br />
découlent sont donc réversibles, et <strong>la</strong> drogue devient inactive aussitôt que sa<br />
concentration <strong>dans</strong> les flui<strong>des</strong> extracellu<strong>la</strong>ires décroît.<br />
Les interactions faibles non-covalentes ne sont généralement possibles qu’entre<br />
<strong>des</strong> surfaces molécu<strong>la</strong>ires re<strong>la</strong>tivement proches et complémentaires.<br />
L’établissement d’une liaison s’accompagne d’une diminution de l’énergie libre<br />
du système considéré (ΔG < 0), et tout changement de cette énergie libre est lié<br />
à <strong>la</strong> constante d’équilibre de l’affinité drogue-récepteur par l’équation suivante:<br />
ΔG° = – RT ln K eq<br />
NB: à 37°C, une faible diminution de ΔG° de –2.7 kcal/mol change <strong>la</strong> valeur de <strong>la</strong><br />
constante d’équilibre de 1 à 100!<br />
44/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
apple<br />
Il est souvent désirable qu’une drogue n’est qu’un effet temporaire de façon à<br />
pouvoir mettre fin à l’action pharmacologique. Une action prolongée d’un<br />
antidépresseur ou d’un analgésique narcotique peut être dangereux. Par contre,<br />
un agent chimiothérapeutique utilisé contre un pathogène ou une tumeur doit<br />
pouvoir avoir une action prolongée et donc former un complexe irréversible<br />
avec son récepteur. <strong>La</strong> formation de liaisons covalentes peut alors être<br />
recherchée.<br />
b) Types de liaisons<br />
i) Liaisons Covalentes ⇒ ΔG° = –40 à –110 kcal/mol; ce type de liaison forte est<br />
rarement établie entre une drogue et son récepteur, à l’exception <strong>des</strong> enzymes et<br />
de l’ADN.<br />
ii)<br />
Interaction Ioniques (ou Electrostatiques) ⇒ ΔG° = –5 à –10 kcal/mol; ces<br />
liaisons restent efficaces à <strong>des</strong> distances re<strong>la</strong>tivement plus gran<strong>des</strong> que pour les<br />
autres types de liaisons.<br />
45/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
liaison ionique<br />
with acétylcholine<br />
O<br />
O<br />
N<br />
O<br />
O<br />
surface du<br />
récepteur<br />
iii)<br />
Interactions Ion-Dipole et Dipole-Dipole ⇒ ΔG° = –1 à –7 kcal/mol; ce type<br />
d’interaction s’établit lorsque les charges de signes opposés sont adéquatement<br />
alignés. Les charge d’un dipole étant plus faible que celle d’un ion, une<br />
interaction dipole-dipole est plus faible qu’une interaction ion-dipole, ellemême<br />
plus faible qu’une interaction ionique.<br />
ion-dipole<br />
δ<br />
NH 3<br />
δ<br />
O<br />
δ O<br />
OH<br />
δ<br />
N<br />
H<br />
O<br />
δ<br />
δ<br />
dipole-dipole<br />
46/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
OH<br />
CHO<br />
iv)<br />
Liaisons Hydrogène ⇒ ΔG° = –3 à –5 kcal/mol; les liaisons hydrogène sont<br />
<strong>des</strong> cas particuliers d’interactions dipole-dipole entre un atome d’hydrogène<br />
attaché à un atome électronégatif X et un autre atome électronégatif Y pourvu<br />
d’un doublet électronique non-liant.<br />
X H<br />
Y<br />
O<br />
H<br />
O<br />
MeO<br />
OH<br />
OMe<br />
Methyl salicy<strong>la</strong>te, utilisé contre<br />
les douleurs muscu<strong>la</strong>ires, est un<br />
faible agent antibactérien<br />
O<br />
L’isomer para, methyl p-hydroxybenzoate,<br />
dont <strong>la</strong> fonction phénol est libre, est un<br />
antibactérien actif, aussi utilisé comme agent<br />
de conservation alimentaire<br />
47/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
v) Complexation de Transfert de Charges ⇒ ΔG° = –1 à –7 kcal/mol; cette<br />
interaction s’établit lorsqu’une molécule (ou un groupe) électro-donneuse (i.e.,<br />
systèmes électroniques π tels que <strong>des</strong> alcènes, alcynes ou cycles aromatiques<br />
porteurs de substituants électro-donneurs ou <strong>des</strong> groupes constitués d’atomes<br />
avec <strong>des</strong> doublets non-liants tels que l’oxygène, l’azote et le souffre) contacte<br />
une autre molécule électro-acceptrice (i.e., systèmes possédant <strong>des</strong> orbitales π<br />
déficientes en électron tels que <strong>des</strong> alcènes, alcynes ou cycles aromatiques<br />
porteurs de substituants électro-accepteurs ou <strong>des</strong> protons faiblement aci<strong>des</strong>).<br />
Il s’agit en fait d’une interaction dipole-dipole molécu<strong>la</strong>ire.<br />
Cl<br />
N<br />
HN<br />
N<br />
Des interactions de ce type sont<br />
considérées à l’origine de l’interca<strong>la</strong>tion<br />
de certaines drogues antima<strong>la</strong>riques<br />
aromatiques,telles que <strong>la</strong> chloroquine,<br />
<strong>dans</strong> l’ADN parasite<br />
48/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
vi)<br />
Interactions Hydrophobes ⇒ Ces interactions correspondent à <strong>la</strong> diminution<br />
d’energie libre qui résulte du rapprochement de régions non-po<strong>la</strong>ires d’une<br />
drogue et de son récepteur en conséquence de l’augmentation d’entropie <strong>des</strong><br />
molécules d’eau avoisinantes.<br />
vii) Interactions de van der Waals ou Forces de London ⇒ ΔG° = –0.5 kcal/mol;<br />
ces interactions s’établissent lorsque les dipoles temporaires entre atomes d’un<br />
groupe non po<strong>la</strong>ire induisent <strong>des</strong> dipoles opposés au sein du groupe d’une autre<br />
molécule duquel ils se rapprochent. L’attraction qui en résulte peut contribuer<br />
de façon significative à l’affinité entre <strong>la</strong> drogue et son récepteur si <strong>la</strong> surface de<br />
contact entre les atomes <strong>des</strong> deux molécules est grande, c’est-à-dire lorsque <strong>la</strong><br />
complémentarité <strong>des</strong> deux molécules permet <strong>la</strong> combinaison de nombreuses<br />
interactions atomiques contribuant chacune environ –0.5 kcal/mol à l’energie<br />
libre du complexe drogue-récepteur.<br />
49/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
3. Ionisation<br />
apple<br />
L’état d’ionisation d’une drogue est un facteur déterminant non seulement de<br />
son affinité avec son récepteur, mais aussi de sa biodisponibilité.<br />
Ph<br />
Ph<br />
HO N O N<br />
N N<br />
OPh<br />
OPh<br />
O<br />
Ph<br />
N<br />
N<br />
OPh<br />
Phenylbutazone, une drogue<br />
uricosurique est active sous sa forme<br />
anionique que l’on trouve seulement en<br />
faible quantité <strong>dans</strong> l’urine; son pK a est<br />
de 4.5, mais le pH de l’urine est 4.8.<br />
NB: un agent uricosurique augmente <strong>la</strong><br />
sécretion d’acide urique <strong>dans</strong> l’urine.<br />
Ph<br />
S<br />
O<br />
Sulfinpyrazone a un pK a de 2.8. Plus<br />
acide, <strong>la</strong> concentration de sa forme<br />
anionique <strong>dans</strong> l’urine est plus grande,<br />
et son activité est 20 fois supérieure à<br />
celle de <strong>la</strong> phenylbutazone.<br />
50/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
apple<br />
apple<br />
apple<br />
CHO<br />
OH<br />
A pH physiologique (pH 7.4), même les groupes faiblement aci<strong>des</strong> comme les<br />
aci<strong>des</strong> carboxyliques (pK a 4-5) sont sous <strong>la</strong> forme d’anions carboxy<strong>la</strong>tes.<br />
Les phénols (pK a 8-11) peuvent être partiellement ionisés.<br />
Les groupes basiques comme les amines sont partiellement ou totalement<br />
ionisées sous <strong>la</strong> forme de cations.<br />
Groupes aci<strong>des</strong> et basiques <strong>des</strong> récepteurs biologiques:<br />
• groupes anioniques <strong>dans</strong> l’ADN ⇒ aci<strong>des</strong> phosphoriques (pK a 1.5 ou 6.5),<br />
purines et pyrimidines (pK a ~9)<br />
• groupes anioniques <strong>dans</strong> les protéines ⇒ aci<strong>des</strong> carboxyliques (acide<br />
aspartique et glutamique; pK a 3.5-5), phénols (tyrosine; pK a 9.5-11), thiols<br />
(cystéine; pK a 8.5), alcools (sérine et thréonine; pK a 13.5)<br />
• groupes cationiques <strong>dans</strong> l’ADN ⇒ amines (adénine, cytidine; pK a 3.5-4)<br />
• groupes cationiques <strong>dans</strong> les protéines ⇒ imidazole (histidine; pK a 6.5-7),<br />
amino (lysine; pK a ~10), guanido (arginine; pK a ~13)<br />
NB: les valeurs de pK a de nombreux groupes imbriqués <strong>dans</strong> un récepteur peuvent<br />
varier considérablement <strong>dans</strong> certains microenvironnements jusqu’à sortir de leur<br />
gamme habituelle de valeurs.<br />
51/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
OH<br />
CHO<br />
a) Généralités<br />
4. Chiralité de <strong>la</strong> Drogue et<br />
de son Récepteur<br />
apple<br />
apple<br />
apple<br />
Les récepteurs biologiques sont <strong>des</strong> protéines constituées<br />
d’aci<strong>des</strong> aminés chiraux. Les deux complexes qui peuvent se<br />
former entre un récepteur et deux drogues énantiomères sont<br />
<strong>des</strong> diastéréoisomères, caractérisés par <strong>des</strong> énergies et <strong>des</strong><br />
propriétes physico-chimiques différentes! Les constantes de<br />
dissociation <strong>des</strong> deux complexes peuvent donc aussi être<br />
différentes, voire même impliquer<br />
<strong>des</strong> sites d’affinité<br />
Emil Fischer<br />
(PN 1902)<br />
concept<br />
« clé-serrure »<br />
différents !<br />
Une drogue chirale peut être active (eutomère), et son énantiomère inactif<br />
(distomère). Le rapport d’efficacité de deux énantiomères est le rapport<br />
eudismique.<br />
Pour qu’un rapport eudismique important soit observé, il faut bien sûr que le<br />
pharmacophore de <strong>la</strong> drogue soit porteur de <strong>la</strong> chiralité de façon à ce que<br />
l’interaction avec le récepteur puisse être stéréosélective.<br />
52/95
OH<br />
CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
Le Drame <strong>des</strong> Thalidomi<strong>des</strong>...<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
apple<br />
Un distomère est en fait souvent une impurité inutile si <strong>la</strong> drogue est utilisée<br />
sous <strong>la</strong> forme d’un mé<strong>la</strong>nge racémique. Il peut malheureusement aussi être <strong>la</strong><br />
source d’effets secondaires indésirables, voire d’une toxicité.<br />
S<br />
O<br />
N<br />
O<br />
O<br />
H<br />
H acide !<br />
N O<br />
H<br />
O<br />
N<br />
HO<br />
O<br />
N<br />
H<br />
O<br />
R<br />
O<br />
N<br />
O<br />
O<br />
H<br />
N<br />
H<br />
O<br />
apple<br />
apple<br />
Le thalidomide racémique était commercialisée <strong>dans</strong> les années 60 en tant que<br />
sédatif-hypnotisant pour les femmes à grossesse douloureuse. Seul l’énantiomère<br />
S est un sédatif, l’énantiomère R est un tératogène causant <strong>des</strong> malformations<br />
chez le nourisson.<br />
Pas de solution ! Les deux énantiomères s’équilibrent en moins de 10 minutes<br />
<strong>dans</strong> le sang.<br />
53/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
O<br />
Ibuprofène<br />
analgésique non-stupéfiant<br />
antipyrétique<br />
S<br />
OH<br />
Advil®, Motrin®, Nuprin®<br />
antiinf<strong>la</strong>mmatoire non stéroïdien<br />
Inhibition de <strong>la</strong> cyclooxygénase, une enzyme<br />
responsable de <strong>la</strong> conversion de l’acide<br />
arachidonique en prostag<strong>la</strong>ndines ⇒ médiation<br />
<strong>des</strong> réponses inf<strong>la</strong>mmatoires<br />
Actif contre l’arthrite!<br />
NB: Seul l’énantiomère de configuration S de l’ibuprofène est actif et inhibe <strong>la</strong><br />
cyclooxygénase! <strong>La</strong> racémisation s’effectue in vitro!<br />
54/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
OH<br />
apple<br />
CHO<br />
Dans certains cas, les deux énantiomères sont désirables car leurs activités<br />
biologiques se complètent.<br />
Indacrinone, un agent diurétique dont<br />
l’énantiomère-d est responsable de l’activité<br />
diurétique (augmentation de l’excrétion d’eau)<br />
et de <strong>la</strong> rétention d’acide urique. Par contre,<br />
l’énantiomère-l est un agent uricosurique!<br />
Me<br />
O<br />
∗<br />
Cl<br />
Cl<br />
O<br />
CO 2 H<br />
apple<br />
Dans d’autres cas, les deux énantiomères peuvent avoir <strong>des</strong> activités<br />
thérapeutiques différentes, voire opposées!<br />
Me<br />
N<br />
Me<br />
Me *<br />
*<br />
O<br />
O<br />
Darvon®, (2S,3R)-(+)-dextropropoxyphène, est un<br />
analgésique, alors que l’énantiomère-l, Novrad®,<br />
est un agent contre <strong>la</strong> toux !<br />
NB: les noms commerciaux sont énantiomériques !<br />
55/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
b) Reconnaissance Drogue-Récepteur à Trois Points<br />
apple<br />
apple<br />
L’hormone épinéphrine, plus connue sous le nom d’adrénaline, est un<br />
stimu<strong>la</strong>teur cardiaque et augmente <strong>la</strong> tension sanguine en se liant au récepteur<br />
adrénergique α.<br />
Si l’on considère <strong>la</strong> reconnaissance <strong>des</strong> deux énantiomères de l’épinéphrine<br />
avec un récepteur à deux points de liaisons, il devient apparent que cette<br />
reconnaisance ne peut pas être stéréosélective.<br />
HO<br />
H<br />
R<br />
HO<br />
OH<br />
S<br />
HO<br />
HO<br />
NH 2 CH 3<br />
HO<br />
H<br />
NH 2 CH 3<br />
Ar<br />
Ar<br />
56/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
apple<br />
Trois points d’attachement sont nécessaires pour que <strong>la</strong> stéréodifférentiation<br />
soit possible:<br />
HO<br />
H<br />
R<br />
HO<br />
OH<br />
S<br />
HO<br />
HO<br />
NH 2 CH 3<br />
HO<br />
H<br />
NH 2 CH 3<br />
Ar<br />
H<br />
Ar<br />
H<br />
Easson and Stedman, 1933<br />
apple<br />
<strong>La</strong> forme d’une drogue, <strong>la</strong> topologie de ses motifs structuraux, en d’autres<br />
termes sa configuration et sa liberté conformationnelle sont <strong>des</strong> éléments<br />
clés du contrôle de son interaction avec son récepteur et, par conséquent,<br />
<strong>des</strong> réponses biologiques et thérapeutiques qui peuvent en résulter.<br />
57/95
OH<br />
CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
IV. Enzymes, Récepteurs Catalytiques<br />
apple<br />
Les enzymes sont <strong>des</strong> protéines qui catalyzent <strong>des</strong> réactions chimiques <strong>dans</strong><br />
les systèmes biologiques.<br />
a) Mécanismes de <strong>la</strong> catalyse enzymatique<br />
Une fois que le substrat (i.e., <strong>la</strong> drogue) se lie au site actif de l’enzyme (i.e., le<br />
récepteur), il existe différents mécanismes par lesquels l’enzyme catalyse <strong>la</strong><br />
transformation du substrat en produit<br />
i) Approximation ⇒ l’enzyme force les substrats à se disposer <strong>dans</strong> le site<br />
actif de telle façon que les centres réactionnels soient proches les uns <strong>des</strong><br />
autres pour faciliter <strong>la</strong> réaction et donc accroître <strong>la</strong> vitesse de celle-ci. Il s’agit<br />
en quelque sorte d’un blocage <strong>des</strong> substrats <strong>dans</strong> leur conformation réactive<br />
(i.e., état de transition); il y a perte de l’entropie de rotation et de trans<strong>la</strong>tion<br />
<strong>des</strong> substrats, mais les substrats ainsi imbriqués <strong>dans</strong> le site actif de l’enzyme<br />
ne font plus qu’un, et <strong>la</strong> réaction devient cinétiquement du premier ordre<br />
plutôt que du second ordre lorsque les substrats sont libres en solution.<br />
58/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
ii)<br />
Catalyse Covalente ⇒ certaines enzymes utilisent les groupes nucléophiles<br />
de leur chaîne <strong>la</strong>térale de leur site actif pour former <strong>des</strong> liaisons covalentes<br />
avec le substrat. Un second substrat peut alors réagir avec l’intermédiaire<br />
réactionnel formé entre le premier substrat et l’enzyme pour donner le<br />
produit. Il s’agit d’une catalyse nucléophile.<br />
X<br />
R<br />
Y<br />
–Y<br />
X Y<br />
X R<br />
R O Z O<br />
X<br />
R<br />
Z<br />
O<br />
O<br />
NB: sites enzymatiques nucléophiles les plus communs ⇒ le groupe thiol de <strong>la</strong><br />
cystéine, le groupe hydroxyle de <strong>la</strong> sérine, l’imidazole de l’histidine, le groupe<br />
amino de <strong>la</strong> lysine, le groupe carboxy<strong>la</strong>te de l’aspartate ou du glutamate.<br />
59/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
iii)<br />
Catalyse Générale Acide-Base ⇒ <strong>dans</strong> toute réaction chimique au cours de<br />
<strong>la</strong>quelle un transfert de proton se déroule, <strong>la</strong> catalyse générale acide et/ou <strong>la</strong><br />
catalyse générale basique est opérationnelle.<br />
e.g., hydrolyse de l’acétate d’éthyle:<br />
HO<br />
H 3 O<br />
+<br />
O<br />
O<br />
+<br />
O<br />
H<br />
O<br />
+ H 2 O<br />
O<br />
OH<br />
+<br />
O<br />
O<br />
H<br />
O<br />
O<br />
OH<br />
+<br />
H 2 O<br />
HO<br />
O<br />
O<br />
O<br />
+<br />
HO<br />
+<br />
OH<br />
HO<br />
NB: <strong>La</strong> réaction devrait être doublement accélérée si une base et un acide sont<br />
présents! Right<br />
60/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
apple<br />
En fait, une enzyme a <strong>la</strong> capacité de présenter un acide et une base de façon<br />
simultanée !<br />
O<br />
H<br />
B<br />
e.g., cas de l’α-chymotrypsine, une sérine protéase<br />
qui exprime à <strong>la</strong> fois une catalyse covalente et une<br />
catalyse générale acide-base<br />
B<br />
R<br />
Y<br />
H OH<br />
NB: les pK a indiqués correspondent aux<br />
valeurs déterminées en solution. Il est<br />
évident que les pK a <strong>des</strong> mêmes groupes<br />
sont différents au sein du site actif de<br />
l’enzyme!<br />
RHN<br />
R 1<br />
O<br />
N<br />
H<br />
Ser<br />
O H<br />
pK a 14<br />
R 2<br />
O<br />
N<br />
NHR'<br />
N<br />
charge re<strong>la</strong>y<br />
system<br />
pK a 6.1<br />
H<br />
His<br />
pK a 3.9<br />
OOC<br />
Asp<br />
61/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
iv)<br />
Catalyse Electrostatique et Désolvatation ⇒ une enzyme catalyse une<br />
réaction en déstabilisant l’état fondamental <strong>des</strong> substrats et en stabilisant<br />
l’état de transition.<strong>La</strong> déstabilisation de l’état fondamental peut se faire par<br />
<strong>la</strong> désolvatation <strong>des</strong> groupes chargés du site actif lors de l’entrée du substrat<br />
(élimination <strong>des</strong> molécules d’eau avoisinantes), exposant ainsi le substrat à<br />
un microenvironnement de plus basse constante diélectrique, voire<br />
hydrophobe. Ceci aura aussi pour conséquence de déstabiliser le substrat s’il<br />
est lui-même porteur de charges. Cette <strong>des</strong>olvatation a aussi pour<br />
conséquence de favoriser <strong>la</strong> stabilisation d’une charge naissante à l’état de<br />
transition par interactions électrostatiques avec les groupes chargés du site<br />
actif.<br />
RHN<br />
NH 3<br />
O<br />
N<br />
NHR'<br />
RHN<br />
NH 3<br />
O<br />
N<br />
NHR'<br />
R 2<br />
O<br />
R 2<br />
O<br />
R 1<br />
O<br />
R 1<br />
O<br />
62/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
V. Inhibition d’Enzymes<br />
1. Inhibition Réversible<br />
E + I<br />
+S<br />
-S<br />
ES<br />
EP<br />
k off<br />
EIk on<br />
E + P<br />
K i = k off / k on<br />
NB: plus <strong>la</strong> valeur de K i est faible, plus l’inhibiteur<br />
réversible et compétitif est efficace. Un apport continu de<br />
l’inhibiteur réversible est nécessaire pour maintenir <strong>la</strong><br />
compétition, i.e., <strong>la</strong> formation du complexe EI !<br />
63/95
OH<br />
CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
Les Inhibiteurs de Protéases du VIH<br />
N<br />
O<br />
N<br />
H<br />
CONH 2<br />
H<br />
N<br />
O<br />
OH<br />
Saquinavir<br />
(Hoffmann-<strong>La</strong> Roche, 1995)<br />
premier médicament approuvé par <strong>la</strong><br />
FDA pour le traitement du SIDA<br />
O<br />
K i = 0,6 nM<br />
O<br />
O<br />
H<br />
N<br />
OH<br />
N<br />
O<br />
N S<br />
O O<br />
H<br />
H<br />
t-Bu<br />
N<br />
H<br />
N<br />
NH 2<br />
t-Bu<br />
N<br />
N<br />
H<br />
Amprenavir<br />
(Vertex, 1999)<br />
K i = 0,12 nM<br />
K i = 0,56 nM<br />
N<br />
O<br />
OH<br />
O<br />
H<br />
N<br />
Indinavir<br />
(Dupont-Merck, 1996)<br />
OH<br />
64/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
Structure de <strong>la</strong> Protéase du VIH<br />
99 amino aci<strong>des</strong> !<br />
NB: C’est un homodimère présentant un seul site actif de symétrie C 2<br />
65/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
Structure de <strong>la</strong> Protéase du VIH<br />
66/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
Structure de <strong>la</strong> Protéase du VIH<br />
67/95
OH<br />
CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
<strong>Conception</strong> Rationelle à partir du<br />
Mécanisme Enzymatique<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
HO<br />
HO<br />
R<br />
N<br />
N O<br />
H<br />
H<br />
O<br />
O<br />
R<br />
O H H<br />
O<br />
O<br />
ASP 25 '<br />
R<br />
N<br />
H<br />
O<br />
H<br />
N<br />
O<br />
O<br />
R<br />
O H H<br />
O<br />
O<br />
ASP 25 '<br />
ASP 25<br />
ASP 25<br />
68/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
HO<br />
CHO<br />
OH<br />
intermédiaire<br />
HO<br />
HO<br />
tétrahédrique<br />
N<br />
R<br />
R N O<br />
O H<br />
H<br />
H<br />
H R<br />
O<br />
O<br />
O<br />
O ASP 25 '<br />
ASP 25<br />
HO<br />
N<br />
R<br />
N O H<br />
O<br />
H H O<br />
H<br />
O<br />
O<br />
O<br />
ASP 25<br />
ASP 25 '<br />
R<br />
N<br />
H<br />
O<br />
O N<br />
H<br />
O H<br />
H<br />
O<br />
O<br />
O<br />
R<br />
ASP 25 '<br />
R<br />
N<br />
H<br />
O<br />
O<br />
H<br />
O<br />
H<br />
O<br />
N<br />
H<br />
O<br />
O<br />
R<br />
ASP 25 '<br />
ASP 25<br />
ASP 25<br />
69/95
OH<br />
CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
<strong>Conception</strong> d’isostères de l’état de<br />
transition correspondant<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
hydroxyethylene<br />
H<br />
N<br />
P<br />
OH<br />
P<br />
O<br />
H<br />
N<br />
P<br />
O<br />
P NH<br />
O<br />
P<br />
O<br />
phosphonamide<br />
H<br />
N<br />
P<br />
OH<br />
statine<br />
O<br />
H<br />
N<br />
HO OH<br />
N<br />
H<br />
P<br />
P O<br />
intermédiaire tétrahédrique<br />
H<br />
N<br />
HO OH<br />
Si<br />
P<br />
si<strong>la</strong>nediol<br />
P<br />
O<br />
H<br />
N<br />
OH<br />
P<br />
H<br />
N<br />
OH<br />
N<br />
P<br />
dihydroxyethylene<br />
OH<br />
O<br />
P<br />
O<br />
hydroxyethy<strong>la</strong>mine<br />
70/95
OH<br />
CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
L’exemple de <strong>la</strong> <strong>Conception</strong> de Saquinavir<br />
H<br />
N<br />
OH<br />
N<br />
hydroxyethy<strong>la</strong>mine<br />
P<br />
O<br />
N<br />
O<br />
N<br />
H<br />
CONH 2<br />
H<br />
N<br />
O<br />
OH<br />
N<br />
O<br />
H<br />
H<br />
t-Bu<br />
N<br />
H<br />
K i = 0,12 nM<br />
Saquinavir<br />
(Hoffmann-<strong>La</strong> Roche, 1995)<br />
Basé sur un isostère de type hydroxéthy<strong>la</strong>mine de l’état de transition<br />
d’un clivage Phe-Pro !<br />
71/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
apple<br />
apple<br />
apple<br />
CHO<br />
OH<br />
2. Inhibition Irréversible<br />
Un inhibiteur irréversible a une structure simi<strong>la</strong>ire à celle du substrat ou du<br />
produit de l’enzyme ciblée et, généralement, forme une liaison covalente avec<br />
l’un <strong>des</strong> résidus du site actif via un mécanisme d’acy<strong>la</strong>tion ou d’alky<strong>la</strong>tion.<br />
E + I<br />
K I<br />
E.I<br />
k inact<br />
Il n’est pas nécessaire d’assurer un apport continu de l’inhibiteur, puisqu’une<br />
fois qu’il a réagi avec l’enzyme, le complexe covalent formé (EI) ne peut,<br />
généralement, plus se dissocier. Ceci se traduit par l’utilisation moins<br />
fréquente de doses plus petites, mais l’action de <strong>la</strong> drogue n’est pas<br />
permanente, car l’organisme continue d’encoder de nouvelles copies de<br />
l’enzyme ciblée.<br />
L’excellence d’un inhibiteur irréversible dépend de sa faculté à reconnaître de<br />
façon spécifique le site actif de l’enzyme ciblée pour former le complexe E.I,<br />
qui se comporte ensuite comme une molécule unique <strong>dans</strong> une réaction<br />
unimolécu<strong>la</strong>ire rapide (10 8 fois plus rapide qu’une réaction bimolécu<strong>la</strong>ire non<br />
spécifique).<br />
EI<br />
72/95
OH<br />
CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
a) Aspirine, Inhibiteur Irréversible de <strong>la</strong><br />
Prostag<strong>la</strong>ndine Synthase<br />
Salix alba<br />
apple<br />
apple<br />
apple<br />
Il y a plus de 2000 ans, les Sumériens utilisaient <strong>des</strong><br />
feuilles de saule (Salix alba) comme antidouleur<br />
Hippocrate (460-377 BC) préconisait une décoction<br />
d’écorce de saule b<strong>la</strong>nc pour sou<strong>la</strong>ger les douleurs de<br />
l’accouchement et faire baisser <strong>la</strong> fièvre<br />
En 1835, Karl J. Löwig isole et identifie l’acide salicylique<br />
comme principe acif d’une autre p<strong>la</strong>nte antipyrétique, <strong>la</strong><br />
reine <strong>des</strong> prés (Spirea ulmaria)<br />
CO 2 H<br />
OH<br />
Acide salicylique<br />
73/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
apple<br />
apple<br />
apple<br />
apple<br />
apple<br />
apple<br />
L’acide salicylique a <strong>des</strong> effets secondaires trop prononcés<br />
(mauvais goût, irritation de <strong>la</strong> bouche et de l’estomac)<br />
Une réaction chimique permet d’obtenir un dérivé tout aussi<br />
actif, mais moins désagréable; il s’agit de l’acide acétylsalicylique<br />
(Charles Gerhardt, 1853), plus connu sous le<br />
nom d’aspirine (A- pour acétyl et spirine de Spirea ulmaria)<br />
Synthèse mis au point par Hoffmann en 1897 et commercialisation par Bayer<br />
en 1899 comme antipyrétique, anti-inf<strong>la</strong>mmatoire (arthrite) et analgésique.<br />
Premier médicament commercialisé et dérivé d’une substance naturelle.<br />
En 1997, 40 000 tonnes de cet anti-inf<strong>la</strong>mmatoire sont produits <strong>dans</strong> le monde.<br />
C’est aussi un antiagrégant p<strong>la</strong>quettaire préconisé pour le traitement de<br />
l’infarctus du myocarde.<br />
CO 2 H<br />
O<br />
Me<br />
O<br />
74/95
OH<br />
CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
Biosynthèse <strong>des</strong> Prostag<strong>la</strong>ndines<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CO 2 H<br />
PG synthase<br />
(cyclooxygenase)<br />
O 2<br />
O<br />
O<br />
CO 2 H<br />
Acide arachidonique OOH PGG 2<br />
O<br />
CO 2 H<br />
PGE 2<br />
HO<br />
OH<br />
HO<br />
CO 2 H<br />
O<br />
OH PGD 2<br />
EJ Corey (PN 1990)<br />
HO<br />
HO<br />
O<br />
O<br />
OH<br />
OH<br />
PGF 2α<br />
PGH 2<br />
CO 2 H<br />
CO 2<br />
H<br />
75/95
OH<br />
CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
Prostag<strong>la</strong>ndines et Inf<strong>la</strong>mmation<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
apple<br />
apple<br />
apple<br />
Les prostag<strong>la</strong>ndines sont impliquées <strong>dans</strong> <strong>la</strong> pathogenèse de l’inf<strong>la</strong>mmation<br />
et de <strong>la</strong> fièvre et sont secrétées lorsque les cellules sont endommagées.<br />
Une injection de prostag<strong>la</strong>ndines provoquent les effets de l’inf<strong>la</strong>mmation tels<br />
que l’apparition de rougeurs sur <strong>la</strong> peau et l’augmentation local du flux<br />
sanguin.<br />
Les prostag<strong>la</strong>ndines ont un effet vasodi<strong>la</strong>tateur de longue durée, peuvent<br />
provoquer <strong>des</strong> maux de tête, et sont à l’origine de l’élévation de <strong>la</strong><br />
température du corps lors d’une infection.<br />
⇒ L’inhibition de <strong>la</strong> prostag<strong>la</strong>ndine synthase est ainsi apparue comme une<br />
approche appropriée à <strong>la</strong> conception de drogues anti-inf<strong>la</strong>mmatoire,<br />
antipyrétique et analgésique !<br />
76/95
OH<br />
CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
Inhibition de <strong>la</strong> Prostag<strong>la</strong>ndine Synthase<br />
Hème<br />
Acétyl-serine<br />
Salicy<strong>la</strong>te<br />
77/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
Inactivation de <strong>la</strong> PG<br />
Synthase par<br />
Transestérification<br />
avec l’Aspirine<br />
CO 2 H<br />
O CH 3<br />
O<br />
Aspirine<br />
N<br />
H<br />
Ph<br />
H<br />
N<br />
O<br />
+<br />
O<br />
OH<br />
N<br />
H<br />
Ph<br />
H<br />
N<br />
O<br />
+<br />
O<br />
O<br />
CO 2 H<br />
CO 2 H<br />
O<br />
O CH 3<br />
OH<br />
O<br />
78/95
OH<br />
CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
b) Penicillines, Inhibiteurs Irréversible de<br />
<strong>la</strong> Peptidoglycan Transpeptidase<br />
apple Les pénicillines ont un mode d’action particulier: elles bloquent <strong>la</strong> ramification<br />
<strong>des</strong> petites chaînes peptidiques <strong>des</strong> peptidoglycanes <strong>des</strong> parois cellu<strong>la</strong>ires <strong>des</strong><br />
bactéries. Les bactéries sont alors incapables de maintenir une rigidité suffisante <strong>des</strong><br />
parois pour résister à <strong>la</strong> pression osmotique et finissent par se lyser. Les images ci<strong>des</strong>sous<br />
montrent <strong>des</strong> cellules de Bacillus cereus mises en culture en absence de<br />
pénicilline (gauche) ou en présence d’une faible dose d’ampicilline (droite). En<br />
affectant <strong>la</strong> ramification <strong>des</strong> parois cellu<strong>la</strong>ires, l’ampicilline poussent les bactéries à<br />
grossir sans se diviser aussi fréquemment.<br />
79/95
OH<br />
Ser<br />
B<br />
CHO<br />
OMe<br />
H<br />
O<br />
NAG NAM NAG<br />
OH<br />
O<br />
CHCH 3<br />
C O<br />
L-A<strong>la</strong><br />
O<br />
CHCH 3<br />
C<br />
NH<br />
CHCH 3<br />
COO<br />
NAG = β-D-N-acetylglucosamine<br />
NAM = β-D-N-acetylmuramic acid<br />
NAG<br />
NAG NAM NAG<br />
C O<br />
CHCH 3<br />
O<br />
NAM<br />
O<br />
CHCH 3<br />
C O<br />
L-A<strong>la</strong><br />
NAG<br />
NAG<br />
CHCH 3<br />
O<br />
NAM<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
NAG NAM NAG<br />
O<br />
CHCH 3<br />
C O<br />
L-A<strong>la</strong><br />
D-γ-Glu<br />
L- Lys<br />
NH<br />
D-γ-Glu<br />
(Gly) 5 NH 2 L- Lys (Gly) 5 NH 2<br />
transpeptidase<br />
NH<br />
CHCH 3<br />
O C<br />
O D-A<strong>la</strong><br />
D-A<strong>la</strong><br />
Ser D-A<strong>la</strong><br />
D-A<strong>la</strong><br />
L- Lys<br />
D-A<strong>la</strong><br />
D-γ-Glu<br />
L- Lys (Gly) 5 NH 2 L-A<strong>la</strong><br />
D-γ-Glu<br />
C O<br />
L-A<strong>la</strong><br />
D-γ-Glu<br />
L- Lys<br />
NH<br />
(Gly) 5 NH<br />
NAG<br />
CHCH 3<br />
C O<br />
(Gly) 5 NH 2<br />
80/95
OH<br />
CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
c) 5-Fluorouracil, un Inactivateur<br />
Mécanistique de <strong>la</strong> Thymidy<strong>la</strong>te Synthase<br />
81/95
OH<br />
CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
VI. Drogues qui Interagissent avec l’ADN<br />
1. Les Interca<strong>la</strong>nts<br />
2. Les Alky<strong>la</strong>nts<br />
3. Les Coupeurs de Brins<br />
82/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
83/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
H 2 N NH 2<br />
N<br />
Br<br />
1. Les Interca<strong>la</strong>nts<br />
Ethidium bromide est<br />
un pigment fluorescent<br />
apple Les interca<strong>la</strong>nts sont en général<br />
<strong>des</strong> structures aromatiques p<strong>la</strong>nes qui<br />
s’insère en s’empi<strong>la</strong>nt entre les<br />
paires de bases de <strong>la</strong> double hélice<br />
de l’ADN. Il s’agit d’une opération<br />
énergétiquement favorisée par<br />
l’évacuation de <strong>la</strong> drogue du milieu<br />
aqueux et par l’effet hydrophobe de<br />
l’interca<strong>la</strong>tion.<br />
Campthotécine bloque l’activité de<br />
<strong>la</strong> topoisomérase I<br />
N<br />
CH 3 O<br />
O<br />
O<br />
OH<br />
OH<br />
OH<br />
O<br />
O<br />
NH 3<br />
OH<br />
HO<br />
Daunorubicine/daunomycine (X = H) et<br />
doxorubicine/adriamycine (X = OH)<br />
bloquent l’activité de <strong>la</strong> topoisomérase II<br />
O<br />
N<br />
X<br />
O<br />
O<br />
O<br />
84/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
2. Les Alky<strong>la</strong>nts<br />
apple<br />
apple<br />
<strong>La</strong> différence entre les alky<strong>la</strong>nts et les interca<strong>la</strong>nts de l’ADN est analogue à<br />
celle entre les inhibiteurs irréversibles et réversibles d’enzymes. Les<br />
interca<strong>la</strong>nts se lient à l’ADN de manière non-covalente alors que les<br />
alky<strong>la</strong>nts réagissent avec l’ADN pour former <strong>des</strong> liaisons covalentes.<br />
Les premiers pas de <strong>la</strong> chimiothérapie moderne pour <strong>la</strong> lutte contre le cancer<br />
commence <strong>dans</strong> les années 30…(recherche militaire c<strong>la</strong>ssifiée et révélée au<br />
publique américain en 1946)<br />
Cl<br />
S<br />
Cl gaz moutarde !<br />
Cl<br />
R<br />
N<br />
Cl<br />
Cl<br />
R<br />
N<br />
Nu 1<br />
Cl<br />
R<br />
N<br />
Nu 1<br />
analogues azotés<br />
moins réactifs<br />
ions aziridinium<br />
N R Nu 2 N<br />
Nu 1<br />
Nu 2<br />
R<br />
Nu 1<br />
85/95
OH<br />
CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
L’Alky<strong>la</strong>tion Biologique, Application<br />
Simple <strong>des</strong> Réactions de Substitution<br />
Nucléophiles S N 1 et S N 2<br />
apple<br />
L’ordre de réactivité <strong>des</strong> bionucléophiles vis-à-vis <strong>des</strong> réactions de<br />
substitutions S N 2 à pH physiologique (7.4) en solution aqueuse à 37°C<br />
est:<br />
thio<strong>la</strong>te > amino > phosphate > carboxy<strong>la</strong>te<br />
apple<br />
Pour l’ADN, l’ordre de réactivité <strong>des</strong> sites <strong>des</strong> bases <strong>des</strong> nucléosi<strong>des</strong> est:<br />
N-7 guanine > N-3 adénine > N-1 adénine > N-1 cytosine<br />
7<br />
Sucre<br />
N<br />
N<br />
6<br />
O<br />
purines<br />
NH<br />
N NH 2<br />
7<br />
Sucre<br />
N<br />
N<br />
NH 2 NH 2<br />
N<br />
3<br />
N<br />
1<br />
N<br />
N<br />
1<br />
Sucre<br />
guanine adénine cytosine<br />
3<br />
O<br />
pyrimidines<br />
thymine<br />
O<br />
NH<br />
N O<br />
Sucre<br />
86/95
OH<br />
CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
Méchloréthamine et Analogues<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
HN<br />
O<br />
N<br />
N<br />
N<br />
O<br />
NH<br />
Cl<br />
N<br />
Cl<br />
O H 2 N N N<br />
O P O O<br />
O<br />
O<br />
O P O<br />
O<br />
N N<br />
O<br />
O<br />
O P O<br />
O<br />
NH 2<br />
O P<br />
O<br />
O<br />
Méchloréthamine est un prototype d’agents « moutarde » azotés, très réactif,<br />
mais encore utilisé pour le traitement de <strong>la</strong> ma<strong>la</strong>die d’Hodgkin. Cette drogue<br />
peut réagir avec 2 guanines de l’ADN. Cette alky<strong>la</strong>tion produit un ion<br />
ammonium en position N-7 de <strong>la</strong> guanine, rendant celle-ci plus acide et capable<br />
d’adopter sa forme énol pour former une paire de base avec <strong>la</strong> cytosine au lieu de<br />
<strong>la</strong> thymine !<br />
87/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
Cl<br />
CHO<br />
Cl<br />
OH<br />
N<br />
H<br />
Paire de base<br />
GC au lieu de GT<br />
⇒ mauvais codage à <strong>la</strong><br />
réplication !!!<br />
Cl<br />
N<br />
DNA<br />
O<br />
N<br />
O<br />
H<br />
H<br />
N<br />
H<br />
H<br />
N<br />
O<br />
N<br />
Drogue<br />
N<br />
N<br />
DNA<br />
NB: instable en milieu aqueux, <strong>la</strong> méchloréthamine est vendu sous forme d’un<br />
sel à mettre en solution juste avant l’injection<br />
Les analogues moins réactifs…<br />
CO 2 H<br />
CO 2 H<br />
NH 2<br />
CO 2 H<br />
Cl<br />
N<br />
Cl<br />
Cl<br />
N<br />
Cl<br />
Cl<br />
N<br />
Cl<br />
Silverman, p. 249<br />
Chlorambucil<br />
Melpha<strong>la</strong>n<br />
88/95
OH<br />
CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
3. Les Coupeurs de Brin(s)<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
O<br />
OH<br />
NADPH<br />
O<br />
X<br />
OH<br />
1e<br />
NADP<br />
O<br />
.<br />
OH<br />
O<br />
OH<br />
X<br />
CH 3 O<br />
O<br />
OH<br />
O<br />
Sucre<br />
CH 3 O<br />
O<br />
OH<br />
O<br />
Sucre<br />
Daunorubicine (X = H)<br />
Doxorubicine (X = OH)<br />
.<br />
O 2<br />
HO + HO –<br />
O 2<br />
H 2 O 2<br />
2<br />
O 2 + 2 H + H 2 O 2 + O 2<br />
O 2 + H 2 O<br />
. –<br />
2 HO + HO + O 2<br />
89/95
OH<br />
CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
Cission par Réarrangement de Criegee<br />
O<br />
OR<br />
P O<br />
O<br />
OR<br />
Base<br />
O P<br />
O<br />
H-abstraction O<br />
via<br />
H .<br />
O HO<br />
Drogue .<br />
O P O<br />
Drogue–Fe(V) =O<br />
OR'<br />
O<br />
O<br />
.<br />
O<br />
P<br />
O<br />
OR'<br />
O<br />
Base<br />
O 2<br />
O<br />
OR<br />
P<br />
O<br />
O<br />
. O<br />
O<br />
O<br />
Base<br />
O<br />
O<br />
P O<br />
OR'<br />
e _<br />
H +<br />
O<br />
OR<br />
P<br />
O<br />
O<br />
HO<br />
O<br />
O<br />
O<br />
P<br />
O<br />
OR'<br />
O<br />
Base<br />
Criegee<br />
O<br />
OR<br />
P<br />
O<br />
O<br />
O<br />
O<br />
OH<br />
O<br />
P<br />
OR'<br />
O<br />
O<br />
Base<br />
90/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
OH<br />
CHO<br />
O<br />
OR<br />
P<br />
O<br />
O<br />
O<br />
HO<br />
O<br />
O<br />
P<br />
O<br />
O<br />
Base<br />
– R'OPO 3<br />
2–<br />
O<br />
OR<br />
P O<br />
O<br />
O<br />
O<br />
O<br />
H<br />
Base<br />
_<br />
OH<br />
OR'<br />
Base<br />
OR<br />
O<br />
+<br />
O<br />
P<br />
O<br />
O<br />
O<br />
O<br />
91/95
OH<br />
CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
<strong>La</strong> Dynemicine A, un Enediyne<br />
apple<br />
Les enedyines, comme <strong>la</strong> dynemicine A, sont <strong>des</strong> antibiotiques qui ont été<br />
isolés de différents microorganismes <strong>dans</strong> les années 80. Ce sont <strong>des</strong> agents<br />
antitumoraux présentant un motif enediyne macrocyclique et ils ont aussi en<br />
commun deux mo<strong>des</strong> d’action. Dans un premier temps, ces molécules<br />
s’intercallent <strong>dans</strong> le petit sillon de l’ADN, puis, en général via une<br />
activation bioréductrice, un thiol ou NADPH déclenche une réaction qui<br />
permet à <strong>la</strong> cyclisation de Bergman de s’effectuer pour donner lieu à <strong>la</strong><br />
formation d’un biradical phényle, qui clive l’ADN.<br />
3.54 Å<br />
OH<br />
O<br />
HN<br />
O<br />
CO 2 H<br />
OMe<br />
_<br />
2e<br />
2 H +<br />
B<br />
H<br />
OH<br />
O<br />
HN<br />
O<br />
CO 2 H<br />
OMe<br />
OH<br />
O<br />
OH<br />
Dynemicine A<br />
OH<br />
OH<br />
OH<br />
92/95
OH<br />
CHO<br />
OMe<br />
OH<br />
Cyclisation de Bergman<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
OH<br />
O<br />
HN<br />
HO<br />
H +<br />
CO 2 H<br />
OMe<br />
3.17 Å<br />
OH<br />
O<br />
HN<br />
HO<br />
H<br />
CO 2 H<br />
OMe<br />
OH<br />
OH<br />
OH<br />
OH<br />
O<br />
OH<br />
Bergman<br />
OH<br />
O<br />
HN<br />
HO<br />
H<br />
CO 2 H<br />
OMe<br />
Clivage de l'ADN<br />
OH<br />
O<br />
OH<br />
93/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
The End<br />
94/95
OH<br />
OMe<br />
Stéphane Quideau, Ph.D.<br />
CHO<br />
OH<br />
95/95