laboratoire de biologie des protistes umr cnrs 6023 - Jacquet Stephan

LABORATOIRE DE BIOLOGIEDES PROTISTESUMR CNRS 6023PrésentationduLaboratoireUniversité Blaise Pascal Clermont-Fd

UMR CNRS-UBP 6023 – LBP‘Biologie des Protistes’I - Problématique généraleEtude des Microorganismes (Protistes enparticulier) comme :a) Modèle biologique d'intérêt général(morphogenèse)b) Acteurs essentiels du fonctionnement desécosystèmes aquatiques et terrestresc) Modèle d'étude des relations hôte-parasite auniveau génomique et post-génomiqueUMR CNRS 6023 - Biologie des Protistes

Cadre scientifique généralII - Démarche scientifiqueAssocier compétences et approches au niveau :1- de la biologie des populationset des éco-systèmes et de l'écologie2- de la génomique et post-génomique⇒ Approches à divers niveaux d’intégration biologique(molécule -> écosystème) et à échelles totalementdifférentes=> Spécificité laboratoire : études à différents niveauxd’intégration sur un modèle biologique communUMR CNRS 6023 - Biologie des Protistes

Organigramme 2004 - 2007Directeur : C. Amblard - Directeur - Adjoint : C. VivaresBiodiversitémicrobienne etfonctionnementdes écosystèmesaquatiquesG. FontyEcotoxicologiemicrobienneJ. BohatierGénomiqueintégrée desInteractionsmicrobiennesP. PeyretCytosquelette etMorphogenèsedes ProtistesB. ViguesParasitologiemoléculaire etcellulaireC. VivaresAmblard C. DRBourdier G. PRCarrias J.F. MCCharpin M. MCDebroas D. PRDesvilettes C. MCDévaux J. PrBatisson I. MCBohatier J. PrFajon C. MCLafosse J. MCMallet C. MCBonnet M. MCDossat V. MCGagne G. MCGonçalves O. MCPeyret P. PrPeyretaillade E. MCVeissiere P. MCBouchard P. MCBricheux G. CRBrugerolle G. DRCoffe G. CRHenou C. MCRavet V. MCViguès B. CRBata J. MCCornillot E. PrDelbac F. MCDenise H. MCMetenier G. MCPrensier G. PrTexier C. MCFonty G. DRVivares C. PrSean K. MCSime-Ngando T. CR- Enseignants - chercheurs : 30- Chercheurs CNRS : 7-ITA-IATOS : 13,6- DEA, Doctorants : 16- Post-doctorants : 4,5UMR CNRS 6023 - Biologie des Protistes

Equipe « Parasitologie moléculaire et cellulaire »- GENOMIQUE COMPARATIVEStructures génomique et génique des eucaryotesparasites intracellulaires obligatoires(cartographie physique, séquençage à grande échelle)- DYNAMIQUE DES GENOMES° Polymorphisme antigénique° Etude des éléments mobiles- Organismes modèles :° Microsporidies (Mammifères : homme, bétail ; Poissons ; Insectes)° Myxosporidies (Poissons),° Apicomplexa (Toxoplasme), Flagellés (Histomonas)UMR CNRS 6023 - Biologie des Protistes

Equipe « Cytosquelette et Morphogenèse des Protistes »Modèle flagellé Trichomonas vaginalisForme nageuse(+ Paramecium)Forme amiboïdePerception dusignalTransductionRéorganisationcytosquelettiqueEtude de la réorganisation du cytosquelette actine au cours del ’adhésion du parasite aux cellules épithélialesUMR CNRS 6023 - Biologie des Protistes

Equipe « Génomique intégrée des interactions microbiennes »--------------------------------------------------------------------------------------------------Objectifs scientifiques :• Conception de puces dédiéesau suivi de communautésmicrobiennes complexesDosage polluantsSuivi de ladépollution16 S /18S 23 S/28SITSSondes familles ou groupes spécifique• Evaluation de la biodiversitémicrobienne• Identification de souchesd’intérêt• Caractérisation des enzymesclefs• Caractérisation des mécanismesd’adaptation des communautésmicrobiennes (Bioremédiation)SOL CONTAMINE : METAUX,HAP, POC, SOLVANTS...BIOREMEDIATION :DIAGNOSTIC ET SUIVIDE LA DEPOLLUTIONSOL SAINsuivi qualitatif et semi-quantitatifdes populations microbiennesUMR CNRS 6023 - Biologie des Protistes

Equipe « Ecotoxicologie microbienne »Impact de xénobiotiques sur les communautés microbiennes aquatiquesDevenir des polluantsxénobiotiquesEvaluation de la toxicité :microbiotestseauCommunautésmicrobiennesaffectées pardes polluantssédimentAXE 3Appréhension des impacts au niveau systémiqueModifications fonctionnelles Modifications structuralesAXE 2Adaptation d ’espèces bactériennes aux xénobiotiquesUMR CNRS 6023 - Biologie des Protistes

Equipe « Biodiversité et Fonctionnement des Ecosystèmes Aquatiques »-> Étude des principaux facteurs de régulationde biodiversité microbienne :- ressources,- prédation,- lyse virale,-> Signification fonctionnelle de la biodiversitémicrobienne : => Relation diversité – fonctionnementdes écosystèmes° Approche écosystémique et expérimentale (réseau + modélisation)° Suivi de biomarqueurs et de composés essentiels dans les réseaux trophiques° Développement Ecologie moléculaire (virus, bactéries, protistes)UMR CNRS 6023 - Biologie des Protistes

CADRE SCIENTIFIQUEPROCESSUS ETUDIESNUTRIMENTSMINERAUX"Réseaux trophiques microbiens en milieu pélagique lacustre"MATIERE ORGANIQUEALLOCHTONE"Facteurs de régulationascendants et descendantsdes microorganismes de laboucle microbienne"PRODUCTEURSPRIMAIRESMicroalguesCyanobactériesMATIEREORGANIQUEAUTOCHTONEMATIEREORGANIQUEDISSOUTEPARTICULAIRE-Abondance ?-Rôles ?ORIGINE, QUALITÉ,TRANSFORMATIONde la MATIÈREORGANIQUEDISSOUTEMETAZOAIRESZOOPLANCTON- Microrustacés-RotifèresPREDATEURSPOISSONSAMIBES NUESVIRUSBACTERIES HETEROTROPHES+ PICOALGUES+ PICOCYANOBACTERIESBOUCLEMICROBIENNEPROTISTESFLAGELLESPROTISTESCILIESECOLOGIE MICROBIENNE DES ZONES ANOXIQUES-Abondance ?-Rôles ?INTERACTIONSTROPHIQUES ausein de laBOUCLEMICROBIENNEPROTOZOAIRES=SOURCES DECOMPOSÉSESSENTIELS pourZOOPLANCTONMÉTAZOAIRE

RECHERCHES EN COURSStructures et activités des communautés picoplanctoniques lacustres(Didier Debroas, Delphine Bouchet, Cécile Lepère)Approche de la diversité des protistes flagellés hétérotrophes lacustres àl’aide de sondes oligonucléiques(J-François Carrias, Christian Amblard, Emilie Lefèvre)Impact des virus sur la diversité bactérienne lacustre(Télesphore Sime-Ngando, Pradeep Ram)Relations Calanoïdes-microorganismes dans les lacs d’altitude: approche par lesbiomarqueurs(Christian Desvilettes, Gilles Bourdier, Aurélie Véra)Structures et métabolismes des bactéries anaérobies du lac Pavin(Gérard Fonty, Catherine Lehours)