Session 2 - Inra

Actes du colloque1

Comité d'organisationEtienne Klein - Directeur de recherche Unité Biostatistique et Processus Spatiaux,AvignonClaire Lavigne Directrice de recherche Unité Plantes et Systèmes de Culture Horticoles,AvignonFrançois Lefèvre - Directeur de recherche Unité Ecologie des Forêts Méditerranéennes,AvignonCindy Morris - Directrice de recherche Unité Pathologie Végétale, AvignonFrédéric Fabre - Chargé de recherche Unité Pathologie Végétale, AvignonPierre Franck - Chargé de recherche Unité Plantes et Systèmes de Culture Horticoles,AvignonBruno Fady - Directeur de recherche Unité Ecologie des Forêts Méditerranéennes,AvignonEric Rigolot - Ingénieur de recherche Unité Ecologie des Forêts Méditerranéennes,AvignonSylvie Muratorio - Chargée de recherche Unité Ecologie des Forêts Méditerranéennes,AvignonThomas Boivin - Chargé de recherche Unité Ecologie des Forêts Méditerranéennes,AvignonJulie Gaüzere- Doctorante Unité Ecologie des Forêts Méditerranéennes, AvignonXavier Fauvergue - Chargé de recherche Institut Sophia-Agrobiotech, Sophia-AntipolisVincent Calcagno Chargé de recherche Institut Sophia-Agrobiotech, Sophia-AntipolisThomas Guillemaud - Directeur de recherche Institut Sophia-Agrobiotech, Sophia-AntipolisMathilde Causse - Directrice de recherche Unité Génétique et Amélioration des Fruits etLégumes, AvignonChristopher Sauvage Chargé de recherche Génétique et Amélioration des Fruits etLégumes, AvignonVirginie Reynaud - Secrétaire de l'Unité Plantes et Systèmes de Culture Horticoles,AvignonSylvie Jouslin - Secrétaire de l'Unité Biostatistique et Processus Spatiaux, AvignonMarie-Claude Bouhedi - Secrétaire de l'Unité Ecologie des Forêts Méditerranéennes,AvignonArmelle Favery - Responsable Communication, SDAR PACA, Sophia-AntipolisSalima Kherchache - Déléguée Communication, SDAR PACA, Avignon4

Programme du Petit Pois Déridé 2012Mardi 28 Août11h00 Accueil/Enregistrement – Université d’Avignon12h00 Buffet d’accueil – Université d’Avignon14h00 Introduction PPD201214h15 Michel Raymond « Biologie évolutive humaine et paradoxes darwiniens »Session 1 «Système de reproduction et traits d'histoire de vie »Modérateur : J-F Arnaud (Université de Lille I)15h00 Pierre-François Pélisson «Stratégies d’acquisition et d’allocation de ressources :quand leur diversification favorise la coexistence d’espèces en compétition »15h15 Jessica Côte «Potentiel adaptatif des populations de saumon atlantique face à unstress hypoxique »15h30 Alexandre Blanckaert «Paysages adaptatifs et évolution du sexe»15h45 Marie Rescan «Evolution des cycles de vie»16h00 Flash poster (sessions 1 et 6)16h15 Pause café16h45 Paul Saunders «Evolution du déterminisme du sexe atypique d'une espèce demammifère : Mus minutoides»17h00 Myriam Valero «Ectocarpus life cycle in the field»17h15 Julie Gaüzère «Variations individuelles du régime de reproduction et voisinageécologique des arbres-mères chez des populations de Hêtre commun»17h30 Eléonore Durand «Rôle des petits ARN non-codants dans les relations dedominance/récessivité entre allèles impliqués dans la spécificité pollen chez uneespèce auto-incompatible»17h45 Paul Bacquet «Evolution des phéromones sexuelles mâles et diversification dans legenre de papillons Bicyclus»18h00 Pot d’accueil – Université d’Avignon5

Mercredi 29 Août08h30 Lounès Chikhi «Very spatial indeed »Session 2 «Structure génétique des populations et phylogénies»Modérateurs : Anne Chenuil (CNRS Marseille) et Jérôme Enjalbert (INRA Moulon)09h15 Maxime Ferval «Populations ou espèces? Le cas d'un taxon très variable, L.montanus»09h30 Marie Leys «Analyse du polymorphisme cyto-nucléaire le long des littoraux Marocainset Européens chez Beta vulgaris ssp. maritima et Beta macrocarpa»09h45 Valérie Ducret «Evolution temporelle de la diversité génétique neutre et adaptativede la population de saumon atlantique de l’Allier»10h00 Stephan Ntie «Tester les hypothèses des refuges du Pléistocène et des barrièresfluviales en utilisant les céphalophes d’Afrique centrale comme modèle (genresCephalophus et Philantomba)»10h15 Flash poster (session 2)10h30 Pause café11h00 Maxime Nardin «Quelle est la différenciation neutre du mélèze le long d'un gradientaltitudinal?»11h15 Jérémy Migliore «Une plante méditerranéenne, témoin des changementsenvironnementaux passés au Sahara»11h30 Timothée Bonnet «Processus neutres et introgression cyto-nucléaire discordante»11h45 Quentin Rougemont «Importance des zones estuariennes pour les populations degrande alose (Alosa alosa) et alose feinte (Alosa fallax) : apport de la génétique despopulations et de la microchimie12h00 Bertrand Mallet «Structure génétique et différenciation des populations de Faham,une orchidée endémique de La Réunion »12h15 Sophie Mallez «Structuration génétique d’une espèce de criquets dans un paysageagricole intensif»12h30 Maxime Pauwels «Détection a posteriori de structure génétique en populationhiérarchisée »12h45 Flash poster (sessions 2 et 7)13h15 RepasAprès-midi récréative : visite d’Avignon, initiation aviron, dégustation de vin19h30 Apéritif, buffet festif et soirée musicale – Club d’aviron (Ile de la Barthelasse)6

Jeudi 30 Août08h45 Dave Bohan « Polyphagous predators and the difficulties of predicting bio-control…»Session 3 «Ecologie et agro-écologie»Modérateur : Manuel Plantegenest (INRA Rennes)09h30 Ronan Marrec «Rôle de l'instabilité environnementale en agroécosystèmes sur lavariation du flux de gènes et de la structuration génétique de populations de Poeciluscupreus»9h45 Claire Dufour «Comment gérer une cohabitation ?»10h00 Chloé Vayssade «Qu'est-ce qu'un effet Allee génétique ?»10h15 Erwan Quéméré «Coping with rapid global change: A DNA metabarcoding study of aprimate diet variability in fragmented landscape»10h30 Pause café11h00 Isabelle Goldringer «Un nouvel indicateur pour mesurer l'évolution de la diversité desblés dans les paysages français au cours du 20eme siècle»11h15 Alexia Marie «Paysage et traits d’histoire de vie chez les coléoptères carabiques»Session 4 « Interactions hôte-parasite »Modérateur : Benoit Moury (INRA Avignon)11h30 Emilie Dumas «Wolbachia diversity in the Culex pipiens mosquito complex»11h45 Julie Quenouille-Lederer «Plus fort, plus loin, plus lent : Comment le fond génétiquede la plante peut augmenter la durabilité d’un gène majeur de résistance »12h00 Hugo Mathé-Hubert «Effets de l'élevage sur un hôte de substitution chez lesparasitoïdes Psyttalia lounsburyi et P. concolor utilisés en lutte biologique : uneapproche de vénomique»12h15 Vincent Bazile «Une plante carnivore nourrie par sa fourmi symbiotique: un casunique de mutualisme de nutrition multifacette»12h30 Flash poster (sessions 3 et 4)13h00 Repas14h00 Session Poster15h30 Pause café16h00 Juan-José Robledo-Arnuncio «Gene flow, local adaptation and climate change: a tree'sperspective»Session 5 «Réponses aux changements globaux»Modératrice : Sylvie Oddou-Muratorio (INRA Avignon)16h45 Katalin Csillery «Inferring the effect of climate on tree mortality from century-longtime series»7

17h00 Annabelle Amm «Module migration: estimer les potentialités de migration des arbresface au changement climatique»17h15 Anne Duputié «Importance de la plasticité phénotypique dans la largeur de niche detrois espèces d'arbres européens »17h30 Concetta Burgarella « Effet des variations climatiques sur la variabilité des gènesdéterminant la date de floraison : une étude chez Medicago truncatula »17h45 Stéphane Dupas « Les modèles de niche : à quelle échelle populationnelle ?»18h00 Prix du meilleur poster – Assemblé Générale8

Vendredi 31 Août08h45 Luis-Miguel Chevin «Plasticité phénotypique, adaptation, et démographie enenvironnement changeant»Session 6 «Adaptation et évolution»Modératrice : Irène Till (CNRS Grenoble)09h30 Pierre de Villemereuil «Modèles et méthodes pour estimer l'héritabilité dans lespopulations naturelles : une étude par simulation»09h45 Pascal Milesi «Rôle des duplications géniques dans l'adaptation aux insecticides chezle moustique Culex pipiens?»10h00 Hadrien Lalagüe « Comparaison de la différentiation nucléotidique pour des gènescandidats le long d'un gradient altitudinal: une approche expérimentale et parsimulation chez Fagus sylvatica»10h15 Antoine Persoons «Evolution du génome de l’agent de la rouille du peuplier,Melampsora larici populina, lors d’un contournement majeur de résistance dupeuplier»10h30 Frédéric Hospital «Détection de traces de sélection à partir de la variation desfréquences de SNP dans les populations expérimentales»10h45 Pause caféSession 7 «Dispersion, épidémiologie et biologie des invasions»Modérateur : Thomas Guillemaud (INRA Sophia)11h15 Floriane Chardonnet «Rôle du gène foraging dans l’acquisition du statut de ravageurchez la sésamie du maïs, Sesamia nonagrioides»11h30 Guillaume Laugier « Changements évolutifs et bioinvasions»11h45 Gérald Bermond «Contacts secondaires, hybridation et estimation de la dispersion aucours de l’invasion de l’Europe par la chrysomèle des racines du maïs, Diabroticavirgifera virgifera»12h00 Constance Xhaard «Inférence des processus épidémiques chez la rouille du peuplierdans la vallée de la Durance»12h15 Charlotte Tollenaere «Epidémiologie moléculaire à différentes échelles chez unchampignon phytopathogène»12h30 Gwendal Restoux « Flux de gènes à l'échelle du paysage : Dispersion du pollen decolza dans un agro-écosystème »12h45 Jérôme Enjalbert « Estimation du taux de clonalité chez des populations à régimemixte (rouille jaune du blé en exemple) »13h15 Repas9

Liste des postersSession 1 «Système de reproduction et traits d'histoire de vie »P01P02P03P04P05P06Date d'éclosion, physiologie et performances : un 'silver spoon effect' chez leMoineau domestique? C. LeloutreRôle de la sélection sexuelle contre les hybrides dans la spéciation. Yasmin LatourComment fait-on du sexe chez Schistosoma mansoni ? Picard MarionPréférence des femelles pour des mâles génétiquement proches ? Etude dans unepopulation insulaire de moineaux domestiques (Passer domesticus). Coraline BichetDiapause prolongée et flux de gènes temporels dans une population d'insectesforestiers méditerranéens. Cindy GidoinLes populations en limite d’aire de répartition font-elles moins de sexe ? Le cas del’algue brune Lessonia nigrescens le long des côtes chiliennes. Julie JaugeonSession 2 «Structure génétique des populations et phylogénies»P07P08P09P10P11P12P13P15P16P17P18P19P20P21Structure génétique du lézard de Bedriaga (Archaeolacerta bedriagae), endémiquedu bloc corso-sarde. Céline SchwartzMolecular Phylogeny of Turkish and Iranian Artemisia with ITS, preliminary results.Sotoodeh ADéveloppement de marqueurs microsatellite spécifiques au nématode du pin,Bursaphelenchus xylophilus, et évaluation de la diversité génétique des populationseuropéennes. Sophie MallezEvolution of plant micro-RNAs. Marion SoucazeEtude de la diversité génétique dans le genre Arundo L. (Poaceae) et implicationstaxonomiques et phylogéographiques. Laurent HardionDevelopment Of Non Invasive Genetic Identification Methods And PolymorphicMicrosatellites For The Pyrenean Desman (Galemys pyrenaicus). François GilletInférence démographique utilisant des ‘skyline plots’ avec le calcul bayésienapproché. Miguel NavascuésPhylogéographie des communautés de gorgonaires méditerranéens : connectivité ethistoire évolutive. Isabelle D. PivottoStratégies d’hivernation et structuration génétique d’une espèce prédatrice depucerons (Episyrphus balteatus, Diptera : Syrphidae) en Europe. Lucie RaymondCaractérisation génétique par PCR-séquençage de populations ouest africaines de labruche Caryedon serratus Ol. (Coleoptera : Bruchinae), ravageur des stocksd’arachide Arachis hypogaea l. Assane NdongDistribution et différenciation des populations laguno-marines d’anchois enMéditerranée. Soumaya OueslatiDiversité des histoires biogéographiques chez la plante endémique restreinteArenaria provincialis Marine PougetCedrus brevifolia, endémisme et spécificité de phénotype : qu’en disent lesmarqueurs géniques ? Marie Joe KaramStatut évolutif de la sous-espèce de sizerin flammé islandaise Carduelis flammeaislandica (Aves: Passeriformes: Fringillidae). Julien Amouret10

P22P23P24Diversité génétique de quelques accessions de maïs (Zea mays L.) collectées dans leSahara algérien. Khelifi LakhdarDiversité et différenciation génétiques d’une espèce endémique en dangerSideroxylon majus : Implications pour la conservation. Stéphanie DafrevileImpact de la fragmentation du paysage sur la génétique de populations sauvages deRhodnius robustus en Amazonie Brésilienne. Marion QuartierSession 3 «Ecologie et agro-écologie»P25P26P27P28P29P30P31P32Diversité des pratiques boulangères et des microorganismes dans des levainstraditionnels français. Charlotte UrienBIODIVMEX: Biodiversity Of The Mediterranean Experiment. Thierry GauquelinISYFLOR. Lucy GonthierSynchronisation phénologique du carpocapse du pommier avec deux de sesparasitoïdes larvaires : Ascogaster quadridentata et Perilampus tristis. MarilineMaaloulyStructure des communautés de pucerons et parasitoïdes associés, dans les milieuxcultivés et non cultivés. Marion MaretEtat des connaissances sur le niveau de variabilité morpho-anatomique et lepotentiel de régénération de quelques essences forestières algériennes etcartographie pied par pied de quelques espèces rares. Fazia KrouchiLes caractéristiques des trous de pic vert et des aires de nourrissage déterminent lechoix du site de reproduction du Rollier d’Europe. Jean-Charles BouvierLa composition du paysage affecte-t-elle l’abondance des ravageurs et leur contrôlepar des ennemis naturels? Une revue. Andrea VeresP32bis Résilience des populations d’orthoptères sur des terres perturbées après la mise enplace de canalisations enterrées sur une steppe méditerranéenne (La Crau, Bouchesdu-Rhône,France). Jean-François DebrasSession 4 « Interactions hôte-parasite »P33P34P35Que révèle l’étude de populations migratrices de printemps sur le sexe et le choix del’hôte chez le puceron du melon ? Sophie ThomasEvaluation du rôle du mycoparasite Ampelomyces dans la dynamique de populationde son hôte au sein de la métapopulation de l'archipel d'Åland. Benoît PernecheleReliability of molecular host-identification methods for ticks. Elsa LegerSession 5 «Réponses aux changements globaux»Pas de poster11

Session 6 «Adaptation et évolution»P36P37P38P39Identification des bases génétiques de l’adaptation à la compétition chez Arabidopsisthaliana. Etienne BaronEtude génétique et génomique des capacités d'osmorégulation chez la truite arc-enciel.Yvan Le BrasDétection et histoire évolutive de régions génomiques associées à la perte de sexechez le puceron du pois. Clément GoubertOrigines multiples de la mutation kdr du canal sodium dans les populations decarpocapses à l’échelle mondiale. Myriam SiegwartSession 7 «Dispersion, épidémiologie et biologie des invasions»P40 Disperser dans le temps ou l’espace pour coexister. Pierre-François PélissonP41 Sélection et invasions biologiques : utilisation de scan AFLP pour rechercher destraces d’évènements de sélection post-introduction chez l’espèce invasive Crepidulafornicata. Florentine RiquetP42 Evolution temporelle des caractéristiques génétiques de l’inoculum aérien de Botrytiscinerea un champignon pathogène extrêmement polyphage. C. LeyronasP43 Evolution des stratégies de vie dans différents types des populations (Native,invasive et lutte biologique) de la coccinelle Harmonia axyridis . Ashraf TayehP44 Partial migration and seascape heterogeneity influence coastal brown troutpopulation connectivity (Salmo trutta). Erwan QuéméréP45 Etude de l’impact d’une maladie infectieuse émergente sur la variabilité adaptativedes gorilles Hélène Rousseau12

Résumés descommunications orales13

VIT (Very Invited and Interesting Talks)Biologie évolutive humaine et paradoxes darwiniensMichel RaymondL'espèce humaine présente de nombreux traits héritables associés à une reproductionou survie plus faible, en fréquence relativement forte. C'est le cas de certainesmaladies mentales, de la préférence homosexuelle, de la ménopause, et de biend'autres... Comment comprendre cette situation paradoxale? Il n'y a pas de raison dene pas pouvoir appliquer les outils et concepts de la biologie évolutive. Après uneintroduction générale sur la Biologie Evolutive Humaine, l'exemple de la préférencehomosexuelle masculine sera abordé.Gene flow, local adaptation and climate change: a tree's perspectiveJuan J. Robledo-ArnuncioDept. Ecología y Genética Forestal, INIA-CIFOR,Ctra. de la Coruña km 7.5, 28040 Madrid, Spain.Trees have endured strong climatic fluctuations throughout the Quaternary, but thereare few documented global extinctions of tree species during this period. Despite thisapparent resilience, the question whether tree species or populations will be able tostand ongoing climate change remains a topic of concern and active research, giventheir dominance in many landscapes and ecosystems. Early attempts to address thequestion focused on the ability of trees for tracking suitable habitat via demographicdiffusion. More recent attention has been placed on potential mechanisms of rapidlocal adaptation, including selection acting on ample standing genetic variation,phenotypic plasticity, and long-distance gene flow. This talk (i) reviews theoretical andexperimental evidence of the extent and adaptive consequences of long-distance geneflow in tree populations subject to environmental change; and (ii) discusses recentdevelopments and remaining needs in methods to estimate contemporary longdistancegene flow and its interaction with local adaptation.14

Very spatial indeedLounes ChikhiUMR 5174 Evolution et Diversité Biologique, Toulouse -- Population and ConservationGenetics group, Instituto Gulbenkian de Ciência, Oeiras, Portugal.Mots-clésMolecular data contain information on the recent evolutionary history ofpopulations and much of the work carried out today owes to the work of thetheoreticians who demonstrated that it was possible to use genetic data to detectdepartures from equilibrium conditions (e.g. panmitic population/mutation-driftequilibrium) and interpret them in terms of deviations from neutrality orstationarity. The detection of population size changes has usually been carried outunder the assumption that samples were obtained from populations that can beapproximated by a Wright-Fisher model (i.e. assuming panmixia, demographicstationarity, etc.). However, natural populations are usually part of spatial networksand are interconnected through gene flow. In the case of endangered species, thesituation is thus particularly complex because tehy are facing at the same time asignificant decrease in population size though habitat loss and an abrupt change inthe patterns of gene flow because of habitat fragmentation.Recent years have seen the development of landscape genetics, wherebyenvironmental variables and landscape features (roads, agricultural land, elevation)can be analysed jointly with population genetics data, to identify potential barriersto gene flow. While such studies are very interesting they tend to ignore thetemporal dimension (i.e. the fact that habitats have significantly changed in the lastmillenia).In the last years our group has been increasingly involved in Madagascar, one of thehottest Biodiversity hotspots and a place undergoing major environmental changes.I will present some research carried out in Madagascar and Borneo and hopefullyshow that both the spatial and temporal scales must be taken into account.population structure, demographic history, Madagascar, climate15

Polyphagous predators and the difficulties of predicting bio-control…David BohanINRA UMR 1347 – Agroécologie Pôle ECOLDUR 17 rue Sully – BP 86510 21065 DIJON cedexDepartment of Computational and Systems Biology, Rothamsted Research, West Common,Harpenden, Herts, AL5 2JQ. UK.Delivering a sustainable intensification of agriculture will require a greaterunderstanding and use of the ecological processes that support ecosystem services,such as natural enemy regulation of pest species (Beddington et al. 2012); in essence,‘biodiversity must work harder’ (Bohan et al. 2011a). Whatever the precise shape ofagriculture in the future, whether there are modifications to current practices or theadoption of novel systems of production, agricultural systems will remain ecosystemscharacterised by high levels of human disturbance (management). The predatorspecies in such systems appear to be dominated by generalist and omnivorouspredators rather than specialists, and these polyphagous species have been argued tobe effective agents of biological control (Symondson et al. 2002). However, theirpolyphagous nature means that studying these species as biocontrol agents is fraughtwith difficulties. At what of level of interaction should they be studied? Studying singlespecies interactions allows simple experimental manipulation and modelling, butpossibly leaves out more complex, confounding trophic relationships, while studyingthe complexity of the whole food web loses the simplicity of established autecologicalapproaches (Bohan et al. 2011b). Could the seeming lack of predictability of manynatural enemy systems be related to switching between unstudied parts of thepredators prey range?In this talk I will discuss these questions using ongoing collaborative research on anomnivorous carabid beetle, Pterostichus melanarius, which is the most abundantinvertebrate predator in arable ecosystems in the UK (Bohan et al. 2011a) and much ofnorthern Europe. I will detail the interactions of this species with invertebrate pestsand with weed plants, and some evolutionary consequences, at field up to nationalscales. I will also outline some new work on the wider agricultural food web in whichthese carabids reside and a possible solution to this apparent conundrum.Références bibliographiquesBeddington, J.R., Asaduzzaman, M., Clark, M.E., Fernández Bremauntz, A., Guillou, M.D., Howlett, D.J.B.,Jahn, M.M., Lin, E., Mamo, T., Negra, C., Nobre, C.A., Scholes, R.J., Van Bo, N. & Wakhungu, J. (2012)What Next for Agriculture After Durban? Science, 335 (6066), 289-290.Bohan, D.A., Boursault, A., Brooks, D.R. & Petit, S. (2011a) National-scale regulation of the weedseedbank by carabid predators. Journal of Applied Ecology, 48, 888–898.Bohan, D.A., Caron-Lormier, G., Muggleton, S., Raybould, A. & Tamaddoni-Nezhad, A. (2011b)Automated discovery of food webs from ecological data using logic-based machine learning. PloS one, 6,e29028.Symondson, W.O.C., Sunderland, K.D. & Greenstone, M.H. (2002) Can generalist predators be effectivebiocontrol agents? Annual Review of Entomology, 47, 561–594.Mots-clésTrophic interactions, food webs, function, biological control, agricultural intensification16

Plasticité phénotypique, adaptation, et démographie en environnement changeantLuis-Miguel ChevinCNRS - Centre d'Ecologie Fonctionnelle et Evolutive1919 route de Mende, 34293 Montpellier Cedex 5L'une des découvertes surprenantes des études récentes d'évolution contemporaineest que les changements phénotypiques observés dans la nature incluent souvent unecomposante importante de plasticité phénotypique, la réponse des phénotypesindividuels à leur environnement de développement ou d'expression. Une meilleurecompréhension et prédiction de l'évolution in natura nécessite donc de prendrepleinement en compte ce mécanisme, longtemps laissé en marge de la synthèseévolutive moderne car perçu comme non darwinien. Or la plasticité phénotypiqueinfluence la force de la sélection opérant sur le phénotype, et elle peut elle-mêmeévoluer génétiquement. De plus, sa contribution significative aux cas documentésd'évolution rapide dans la nature implique aussi qu'elle joue un rôle prépondérantdans les interactions entre démographie et évolution. Je synthétiserai les prédictionsthéoriques récentes sur le rôle de la plasticité phénotypique dans la démographieévolutive et la persistance des populations en environnement changeant, en focalisantsur les caractères continus à variation polygénique. Ces résultats seront discutés auregard de données récentes dans les populations naturelles. Je finirai en soulevantquelques points sur lesquels de nouveaux développements théoriques sont nécessairespour une meilleure analyse et interprétation de l'évolution contemporaine.17

Session 1 «Système de reproduction et traits d'histoire de vie »Stratégies d’acquisition et d’allocation de ressources : quand leur diversification favorise lacoexistence d’espèces en compétition.Pélisson Pierre-François , Bel-Venner Marie-Claude , Menu Frédéric et Venner SamuelL’évolution des stratégies d’acquisition et d’allocation de ressources est souvent considéréecomme étroitement dépendante de la variabilité de l’environnement. Chez les insectesévoluant dans des environnements où la disponibilité en site de ponte est imprévisible, lesfemelles devraient ajuster leur investissement dans leur reproduction à la disponibilité ensites de pontes dans les localités rencontrées. Elles devraient alors être synovogéniques (i.e.émerger sans œufs mâtures) et avoir une dynamique d’acquisition d’énergie et d’allocationdans la reproduction au stade adulte (income breeder). Au contraire, les femelles proovogéniques(i.e. qui présentent déjà tout leur stock d’œufs à l’émergence), qui investissentde l’énergie larvaire dans leur reproduction (capital breeder), devraient être contresélectionnéesen environnement imprévisible mais avantagées lorsque la disponibilité dessites de ponte est prévisible.Dans ce travail, nous avons testé l’hypothèse selon laquelle les femelles de quatre espècesd’insectes phytophages du genre Curculio, en compétition pour leurs sites de ponte dont ladisponibilité est fortement fluctuante dans le temps, seraient toutes synovogéniques etincome breeder. Pour cela nous avons analysé d’une part la dynamique ovarienne desfemelles et d’autre part la dynamique de l’acquisition et de l’allocation d’énergie dans lareproduction au moyen d’analyses biochimiques et isotopiques.Contrairement aux prédictions classiques, les quatre espèces qui sont prochesphylogénétiquement et toutes exposées au même environnement fluctuant, suivent desstratégies énergétiques radicalement différentes, l’une d’entre elle étant même clairementpro-ovogénique et capital breeder. La diversification de ces stratégies pourrait jouer un rôlecentral (mais largement sous-estimé) dans le partitionnement des niches écologiques et lacoexistence d’espèce compétitrices.Mots-clésAllocation d’énergie; income capital breeder; Indexe d’ogénie18

Potentiel adaptatif des populations de saumon atlantique face à un stress hypoxiqueJessica Côte, Jean-Marc Roussel et Guillaume EvannoJessica Côte - INRA Rennes - Laboratoire ESE - 65 route de st- Brieuc - 35000 RENNES / e-mail :jessica.cote@rennes.inra.fr / tel : 02 23 48 55 29Jean-Marc Roussel : INRA Rennes - Laboratoire ESE - 65 route de St-Brieuc - 35000 RENNES / e-mail : jeanmarc.roussel@rennes.inra.fr/ tel : 02 23 48 57 75Guillaume Evanno - INRA Rennes - Laboratoire ESE - 65 route de st-Brieuc - 35000 RENNES / e-mail :guillaume.evanno@rennes.inra.fr / tel : 02 23 48 54 45L’étude du potentiel adaptatif des populations face à des changements environnementauxconstitue un enjeu majeur en biologie de la conservation. Chez le saumon Atlantique(Salmo salar), les embryons peuvent être soumis à un stress en oxygène durant leurdéveloppement dans le gravier des cours d’eau. Ce stress hypoxique peut entraîner uneforte mortalité des embryons (Dumas et al.2007). Il est lié au colmatage du gravier par dessédiments fins issus des bassins versants en lien avec le développement des activitésanthropiques dans ces bassins. Nous avons étudié la réponse au stress hypoxiqued’embryons de quatre populations génétiquement différenciées et évoluant dans desenvironnements contrastés. Le but de cette étude était de : 1) comparer les réponses austress hypoxique des différentes populations, 2) mesurer l’héritabilité de traits de vie enconditions stressantes et non stressantes et 3) tester l’existence d’effets de dépression decroisement ou à l’inverse d’hétérosis lors de croisements inter-populations. Des schémas decroisements factoriels ont permis de produire 16 à 28 familles par population et 48 famillesissues de croisements inter-populations. Les embryons ont ensuite été élevés enlaboratoire en conditions normales et d’hypoxie. Plusieurs traits d’histoire de vie précocesont été mesurés sur plus de 7000 individus : survie, date et taille à l’éclosion, et taille à la findu développement embryonnaire. En conditions de stress hypoxique, les embryonsprésentaient globalement une survie légèrement plus faible, un retard à l’éclosion et uneplus petite taille. Des interactions population x traitement ont été observées pour tous lestraits et nous avons détecté des interactions mâles x traitement suggérant qu’il existe unevariation héritable dans la réponse au stress en oxygène. Dans la plupart des populations,l’héritabilité des traits était inférieure en conditions d’hypoxie. Les croisements interpopulationsont mis en évidence des effets de dépression de croisement et d’hétérosis maisuniquement en conditions stressantes. En conclusion, cette étude a démontré desvariations de potentiel adaptatif au stress hypoxique entre les populations de saumons.L’adaptation des populations pourrait en outre être contrainte par une héritabilité plusfaible en conditions d’hypoxie. Enfin, les flux de gènes entre populations pourraient jouerun rôle important au vu des effets de vigueur hybride observés en conditions stressantespour certains traits.Références bibliographiquesMots-clésDumas, J., Olaïzola, M., Barrière, L. 2007. Survie embryonnaire du saumonAtlantique (Salmo salar) dans un cours d’eau du sud de son aire de répartition, LaNivelle. BFPP/Bull. Fr. Pêche Piscic. 384 : 39-60Adaptation - Hypoxie - Stress - Vigueur Hybride19

Paysages adaptatifs et évolution du sexeAlexandre Blanckaert & Denis RozeUPMC et CNRS, UMR 7144, Adaptation et Diversité en Milieu Marin, 29682 Roscoff, FranceL'évolution de sexe demeure l'une des questions fondamentales en biologie évolutive. Eneffet, le sexe est présent dans la très grande majorité des espèces, alors que des coûtsimportants lui sont associés (coût des mâles, coûts énergétiques, coûts génétiques...).Différents modèles ont décrit les facteurs susceptibles de favoriser le sexe par son effet surla diversité génétique: épistasie entre mutations, effets stochastiques liés à la dérive,environnement fluctuant... Ces dernières années, plusieurs modèles de simulation ontexplorés ces effets lorsque la sélection agit sur un grand nombre de locus, et ont soulignél'importance des effets liés à la dérive. Cependant, ces modèles reposent sur deshypothèses restrictives: effet fixé des mutations, pas d'épistasie ou une épistasie constanteentre paires de mutations. Afin de lever ces hypothèses, nous avons construit unprogramme de simulation basé sur le modèle géométrique de Fisher, correspondant à unmodèle de sélection stabilisante sur différents phénotypes. Ce modèle a l'avantage depermettre l'existence de mutation favorables, défavorables et compensatoires et degénérer de manière naturelle une distribution d'épistasie entre paires de loci. Par ailleurs, ilest possible de jouer sur la forme du pic adaptatif afin de jouer sur le signe moyen del'épistasie entre mutations. Nous avons, dans un premier temps, comparé la valeursélective entre populations sexuées et asexuées sous différentes conditions puis dans unsecond temps, nous avons laissé évoluer le sexe. Lorsque l'environnement est constant, onobserve généralement que le sexe est défavorisé du fait des déséquilibre de liaison généréspar la sélection (sauf dans certains cas lorsque l'épistasie moyenne est négative). Lorsquel'environnement varie, en revanche, des taux de sexe intermédiaires sont favorisés du faitque le sexe augmente la variabilité génétique des descendants.Mots-clésEvolution du sexe, modèle géométrique de Fisher, épistasie, modèle multilocus20

Evolution des cycles de vieMarie Rescan & Denis RozeMarie Rescan, CNRS-Université Paris VI, UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin, équipe BiologieEvolutive et Diversité Marine, Station Biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, 29680 Roscoff. Mail :marie.rescan@agroparistech.fr Tel : 06 48 47 56 99.Denis Roze, CNRS-Université Paris VI, UMR 7144 Adaptation et Diversité en Milieu Marin, équipe BiologieEvolutive et Diversité Marine, Station Biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, 29680 Roscoff. Mail :roze@sb-roscoff.fr Tel : 02 98 29 23 20Les organismes sexués alternent entre une phase haploïde qui suit la méiose et une phasediploïde qui résulte de la syngamie. Entre les cycles haploïdes (ascomycètes) et diploïdes(animaux), on trouve une grande variété de cycle biphasique (algues brunes, bryophytes,angiospermes), en particulier en milieu marin. Des modèles génétiques ont exploré lesavantages des différents types de cycles et montré que la diploïdie présente un bénéficeimmédiat lié au masquage des mutations délétères, qui n’est contrebalancé par unesélection plus efficace chez les haploïdes que si la recombinaison efficace est faible.Les approches génétiques n’ont jusqu’alors pas pris en compte l’effet inégal voireantagoniste que peut avoir la sélection dans les deux phases. De plus, elles ne tiennent pascompte d’une séparation de niche qu’on peut trouver entre gamétophytes et sporophytes.Cette différentiation écologique permet pourtant d’expliquer le maintien de cycle haplodiploïdesstables. Dans cette étude, ces deux facteurs ont été analysés à partir d’un modèleà deux locus : un modificateur affectant la durée relative des phases et un locus de viabilitéaffecté par des mutations sous sélection directe. Les résultats ont ensuite été testés par dessimulations multilocus individus-centrées.Ils montrent que l’effet de masquage est modulé par la force de la sélection dans les deuxphases, et qu’il est perdu lorsque les niches écologiques haploïde et diploïde sont séparées.A sélection égale et en absence de compétition directe, l’haploïdie est alors toujoursavantagée malgré une recombinaison forte. Sans un effet de densité dépendance, cettedifférentiation écologique ne permet pas d’expliquer le maintien de cycles haplo-diploïdes.Les simulations corroborent les extrapolations analytiques et montrent que la répartitionde nombreuses mutations à différentes distances génétiques du modificateur ne peutexpliquer la stabilité de cycles biphasiques.Mots-clésEvolution des cycles de vie, sélection antagoniste, mutations délétères, modèle multilocus21

Evolution du déterminisme du sexe atypique d’une espèce de mammifère : MusminutoidesSaunders Paul, Frédéric Veyrunes Ronce OphélieInstitut des sciences de l’évolution, MontpellierLe déterminisme du sexe est extrêmement conservé chez les mammifères thériens et est liéà la présence des chromosomes sexuels XY chez le mâle et XX chez la femelle, toutedéviation de ce système mène généralement à la stérilité. Un nombre très restreint demammifères échappent cependant à cette règle, dont la souris naine africaine Musminutoides chez qui les mâles sont XY et les femelles XX, XX* ou X*Y (l’astérisque désignantune mutation sur le chromosome X, responsable de la réversion du sexe des femelles X*Y).L’objectif de l’étude est de comprendre comment un tel système de déterminisme a puévoluer à partir d’un système de déterminisme classique XX/XY. En effet, il s'agit d'unvéritable paradoxe darwinien puisque ce système est associé à un très fort coût reproductif(perte d'1/4 des embryons chez les femelles X*Y, i.e. embryons YY). Il existe donc desmécanismes évolutifs favorisant sa diffusion que nous recherchons. Pour cela, nous avonsmenés deux approches complémentaires. D’une part l’analyse de données issues d’unélevage nous a permis de comparer des traits d’histoire de vie et d'estimer la valeursélective des trois types de femelles, mais également d'étudier les sex-ratio (proportion demâles) et d'identifier la présence d’éléments distorteurs de ségrégation, éléments égoïstesdu génome pouvant être impliqués dans l’évolution du déterminisme du sexe. D’autre part,une approche par modélisation est employée pour étudier de manière analytique lesystème, faire des prédictions sur l’équilibre du système et proposer un scénario évolutifdes différentes étapes de mise en place de ce déterminisme du sexe atypique.L’étude empirique montre qu’il existe une différence en terme de valeur sélective entre lestrois types de femelles, les femelles X*Y ayant la meilleure valeur sélective et les femellesXX la moins bonne. Les femelles X*Y commencent à se reproduire plus tôt, ont des portéesplus fréquentes et des tailles de portées plus importantes, et ce, malgré la perte desembryons YY. L’analyse a également mis en évidence la présence de distorteurs deségrégation dans le système favorisant la transmission du Y chez les males appariés à desfemelles XX et XX* et favorisant la transmission du X chez les mâles en couple avec desfemelles X*Y, limitant la production d’embryons YY. Le modèle de génétique despopulations développé permet entre autres d’étudier l’influence des différences de valeursélective et de la distorsion sur le système de manière analytique et d’établir les conditionsd’invasion du X* et la paramétrisation du modèle avec les données de distorsion et lesvaleurs sélectives montre par exemple que la fréquence attendue des femelles XX est trèsfaible (4%), et que le sex-ratio devrait être de 0,41.Mots-clésSouris naine, déterminisme du sexe,femelles XY, distorteur de ségrégation, modélisation22

Ectocarpus life cycle in the fieldMickael Le Gac 1 , Heather Hunsperger 2 , Stéphane Mauger 1 , Christophe Destombe 1 ,SophiaAhmed 3 , Akira F. Peters 4 , Myriam Valero 11 Bedim, UMR7144 CNRS/UPMC, Roscoff, France2 Biology, University of Washington, Seattle, USA3 Génétique des algues, UMR 7139 CNRS/UPMC, France4 Bezhin Rosko, Santec, FranceEctocarpus sp. has become a particularly interesting model for the genetic analysis of thelife cycle in the lab (1, 2), but very little is known about the occurrence of the differentspecies and succession of the developmental stages in the field (3). The aim of this study isto determine how (and if) the various possibilities presented by this complex life cycle areexploited by this organism under field conditions using tools of population genetics. Here,mainly focusing on a site near Roscoff, we investigate the distribution and ecologicalpreferences of the Ectocarpus species sampled on the shore. Three main species wereencountered with E. crouaniorum living in the upper-intertidal, E. siliculosus in the middleintertidal,and E. fasciculatus in the lower-intertidal. Using sex markers and microsatellites,we aim at answering the following questions: Are sporophytes and gametophytes found atthe same place and time or do they occupy different ecological niches? What is the sexratio and to what degree does asexual reproduction occur in a natural population?Concerning E. crouaniorum, sporophytes were found as microscopic thallus on inorganicsubstrate during the winter months, while male and female individuals (gametophytes orparthenosporophytes) were growing as macroscopic thallus on Scytosiphon sp. duringspring and summer. The situation was somewhat different for E. siliculosus, as onlysporophytes were identified both as microscopic thallus during winter and epiphyticmacroscopic thallus on various macro-algal hosts during spring and summer. Populationgenetic analyses are currently performed to gain insights on the natural reproduction ofthese two species in the field. The data from these different analyses will be used toaddress fundamental questions such as the problem of the stability of haploid-diploid lifecycles and the influence of the benefits and costs of sex on the evolution of an organism'slife cycle.Références bibliographiquesMots-clés(1) COCK, J. M., L. STERCK, P. ROUZE, D. SCORNET, A. E. ALLEN et al., 2010 The Ectocarpus genomeand the independent evolution of multicellularity in brown algae. Nature 465: 617-621.(2) COELHO, S. M., A. F. PETERS, B. CHARRIER, D. ROZE, C. DESTOMBE et al., 2007 Complex life cyclesof multicellular eukaryotes: New approaches based on the use of model organisms. Gene 406: 152-170.(3) CHARRIER, B., S. M. COELHO, A. L. BAIL, T. TONON, G. MICHEL et al., 2008 Development andphysiology of the brown alga Ectocarpus siliculosus: two centuries of research. New Phytologist 177:319–332.Evolution of life cycle, haploidy, diploidy, sexual and asexual reproduction23

Variations individuelles du régime de reproduction et voisinage écologique des arbresmèreschez des populations de Hêtre communJulie Gaüzère, Sylvie Oddou-Muratorio, Etienne KleinAppréhender le rôle des facteurs biotiques et abiotiques sur le régime de reproduction desplantes est essentiel afin de comprendre l’évolution des populations et de mettre en œuvredes politiques de gestion et de conservation adéquates. La majorité des étudess’intéressent aux variations du régime de reproduction entre populations au sein desespèces, en particulier afin d’expliquer les mécanismes qui affectent la limitation de leursaires de distribution. Cependant, des résultats récents laissent penser qu’une grandegamme de variation du régime de reproduction peut être observée entre individus au seind’une population. Chez les espèces d’arbres anémophiles notamment, le régime dereproduction peut être affecté par de nombreux facteurs écologiques et spatiaux agissantau voisinage des arbres récepteur de pollen et appelés le « voisinage écologique des arbresmères» (« ecological maternal neighbourhood » en anglais). Notre premier objectif a étéde développer un modèle spatialement explicite qui permette d’estimer des paramètresindividuels du régime de reproduction (taux d’autofécondation et de migration). Ce modèlea ensuite été appliqué à 3 populations de Hêtre commun (Fagus sylvatica) situées le longd’un gradient altitudinal sur le versant nord du Mont Ventoux. Cette espèce monoïque,anémophile et à forte densité, est fortement alloféconde, avec des taux d’autofécondationqui varient généralement entre 1,2% et 13%. Les premiers résultats montrent une variationplus importante du régime de reproduction entre individus au sein d’une populationqu’entre populations, avec des taux d’autofécondation qui varient au sein des populationsde 0 à 50% et des taux de migration qui varient entre 12 et 85%. Nous avons égalementanalysé comment ces paramètres peuvent être affectés par différents facteurs écologiqueset spatiaux, tels que la densité conspécifique, la localisation de l’arbre-mère au sein de lapopulation, la synchronisation de la phénologie de floraison. Nos résultats démontrent quela prise en compte de la variabilité intra-population du régime de reproduction estindispensable pour pouvoir comparer les paramètres du du régime de reproduction entrepopulations.Mots-clésRégime de reproduction ; voisinage écologique ; variation individuelle24

Rôle des petits ARN non-codants dans les relations de dominance-récessivité entre allèlesimpliqués dans la spécificité pollen chez une espèce auto-incompatibleEléonore Durand 1 , Sylvain Billiard 1 , Raphaël Meheust 1 , Jonathan Kitt 1 , Pauline Goubet 1 ,Sophie Gallina 1 , Djamal Achour 1 & Vincent Castric 11 Laboratoire GEPV, CNRS FRE 3268, Univ Lille 1 – Univ Lille Nord de France, Cité Scientifique, 59655Villeneuve d’AscqLa dominance est un mécanisme génétique qui, chez un organisme hétérozygote, aboutitau phénotype lié à l’expression d’un seul des deux allèles d’un locus. Bien qu’il s’agisse del’une des premières observations de la génétique classique, ses bases génétiques et sonévolution restent généralement mal comprises (Billiard & Castric 2011). Une étude récentedu locus d’auto-incompatibilité (ou locus S) a montré que les petits ARN non-codantscontrôlent les relations de dominance/récessivité via la méthylation du promoteur del’allèle récessif (Tarutani et al. 2010). Cette étude a permis de démontrer le mécanismemoléculaire impliqué dans la relation de dominance/récessivité entre 2 haplotypes d’autoincompatibilitéchez Brassica rapa. Les espèces auto-incompatibles ont typiquement untrès grand nombre d’allèles au locus S (>50), entre lesquels peut exister un réseau dedominance complexe. Ce fort multiallélisme pose la question des limites à la généralisationdu modèle fonctionnel simple proposé par Tarutani et al. (2010), ainsi que des processusévolutifs aboutissant à la topologie du réseau de régulation entre allèles.Dans ce contexte, nous étudions spécifiquement les relations de dominance récessivité etles mécanismes moléculaires sous-jacents entre 9 haplotypes choisis à différents niveauxdans la hiérarchie de dominance chez Arabidopsis halleri et A. lyrata. Le séquençage declones BAC contenant le locus S (Goubet et al. 2012) et des petits ARN produits dans lesboutons floraux a été utilisé pour prédire in silico les locus producteurs de petits ARN, ainsique leurs cibles putatives aux alentours du gène contrôlant la spécificité pollen. Cetteapproche nous a permis d’identifier des locus producteurs de petits ARN chez tous leshaplotypes considérés, quel que soit leur niveau de dominance. En revanche les haplotypesrécessifs possèdent un plus grand nombre de cibles candidates comparé aux haplotypesdominants. Les cibles candidates se situent majoritairement dans la région 5’ du gènepollen ou dans l’intron, suggérant une diversité de mécanismes conférant ladominance/récessivité. Afin de valider expérimentalement ces prédictions, nouscomparons les patrons de méthylation dans les cibles candidates chez des haplotypes misen condition de dominance ou de récessivité, et caractérisons les précurseurs de petits ARNproduits par l’haplotype dominant. Les résultats préliminaires ont permis de valider lasynthèse de précurseurs de petits ARN à deux locus.Références bibliographiquesMots-clésBilliard S & Castric V. Evidence for Fisher’s dominance theory: how many ‘special cases’? Trends inGenetics. 2011; 27(11):441-445.Goubet P. et al. Contrasted patterns of molecular evolution in dominant and recessive selfincompatibilityhaplotypes in Arabidopsis. PLoS Genetics. 2012; e1002495.Tarutani Y, et al. Trans-acting small RNA determines dominance relationships in Brassica selfincompatibility.Nature. 2010; 466:983–986.Dominance, Arabidopsis, auto-incompatibilité, petits ARN25

Evolution des phéromones sexuelles mâles et diversification dans le genre de papillonsBicyclus.P. Bacquet *1 , O. Brattström *2 , H.-L. Wang 3 , C. Löfstedt 3 , P. M. Brakefield 2 , C. M.Nieberding 1 ( *co-premiers auteurs)1 Evolutionary Ecology Group, Biodiversity Research Centre, Université Catholique de Louvain, 1348Louvain-la-Neuve, Belgium.2 Department of Zoology, University Museum of Zoology, Cambridge University, Downing Street,Cambridge, CB2 3EJ, UK.3 Chemical Ecology and Ecotoxicology, Department of Ecology, Lund University, Lund, Sweden.L’adaptation à de nouvelles opportunités écologiques est un processus bien connu dediversification des espèces. Cependant, certains groupes présentent peu de différenciationécologique. Au sein de tels groupes, la communication pourrait être l’axe principal dediversification avec l’apparition de nouvelles lignées rendue possible par l’exploitation deniches de communication vacantes [1]. Dans ce contexte, la communication olfactivepourrait être considérée comme une infinité de niches étant donné le nombreapparemment illimité de nouveaux composés chimiques pouvant être produits. De plus lacomposition de la phéromone sexuelle, un signal de cour impliqué dans la reproduction debeaucoup d’espèces, à été démontré comme responsable de l’isolement reproductif chezplusieurs paires d’espèces proches [2]. De tels observations suggèrent un rôle élargi de cemode de communication ubiquiste vers la diversification des espèces.Dans le genre de papillon Bicyclus (Nymphalidae, Satyrinae), riche en espèces, les structuresalaires portées par les mâles (androconies) et produisant la phéromone sexuelle (MSP) sontle caractère discriminant [3]. Il a de plus été démontré que la MSP de l’espèce modèleB. anynana joue un rôle dans le choix de partenaire et est sous sélection sexuelle [4].Dans le cadre d’une analyse comparative à partir de 32 espèces de Bicyclus, nous avonsétudié le mode d’évolution de ce signal olfactif de cour.Ceci a d’abord révélé une absence de contrainte au niveau de la production des MSP dansce groupe puisque différents types de composés sont partagés par des espèces distantesphylogénétiquement. Nous avons aussi montré que ce trait sexuel est à l’origine del’isolement reproductif entre les espèces syntopiques du genre. Cette étude suggère uncontinuum entre choix de partenaire et reconnaissance spécifique et confirme que lacommunication olfactive peut avoir joué un rôle majeur dans la diversification du genreBicyclus.Références bibliographiquesMots-clés[1] Arnegard M. E., P. B. McIntyre, L. J. Harmon, M. L. Zelditch, W. G. R. Crampton, J. K. Davis, J. P.Sullivan, S. Lavoué, et C. D. Hopkins (2010): « Sexual signal evolution outpaces ecological divergenceduring electric fish species radiation », Am. Nat., vol. 176, n o . 3, p. 335-356.[2] Smadja C.et R. K. Butlin (2009): « On the scent of speciation: the chemosensory system and itsrole in premating isolation », Hered., vol. 102, n o . 1, p. 77-97.[3] Condamin M. (1973): « Monographie du genre Bicyclus (Lepidoptera, Satyridae) », Institutfondamental d’Afrique noire, Dakar.[4] Nieberding C. M., K. Fischer, M. Saastamoinen, C. E. Allen, E. A. Wallin, E. Hedenström, et P. M.Brakefield (2012): « Cracking the olfactory code of a butterfly: the scent of ageing », Ecol. Lett., vol.15, n o . 5, p. 415-424.Olfaction, reconnaissance spécifique, spéciation, analyse comparative.26

Session 2 «Structure génétique des populations et phylogénies»Populations ou espèces ? Le cas d’un taxon très variable, L. montanusMaxime Ferval 1 , Kalina Bermudez-Torres 2 , Céline Pélissier 1 , Charles Gers 1 & Luc Legal 11 ECOLAB, UMR 5245 CNRS/Université Paul Sabatier, Bât 4R1, 118 route de Narbonne 31062 Toulousecedex 9, France.2 Instituto Politécnico Nacional-CEPROBI, Apdo postal. 24, 62731 Yautepec, Morelos, México.La région centrale du Mexique, située entre les 19 e et 20 e parallèles, se caractérise par laprésence d’un axe composé de plus d’un millier de volcans (i.e. l’axe néo-volcanique). Lerelief accidenté offre une très grande diversité d’habitats et a pu être un des facteurspermettant la diversification des populations. Le genre Lupinus (Fabaceae) avec plus de 100espèces recensées au Mexique est connu pour être un cas d’étude de la radiation évolutive.Parmi elles, L. montanus est une espèce à large répartition qui couvre tout l’axe néovolcanique; plusieurs différences morphologiques conduisent à penser que les nombreusespopulations constituent en réalité un complexe d’espèces. Nous avons donc testé cettehypothèse par une analyse de la diversité génétique de populations naturelles rencontréessur les six principaux volcans de l’axe, puis nous avons cherché à mettre en relation lespatrons obtenus avec l’histoire géologique des volcans considérés.Pour évaluer la variation et la différenciation génétique de 13 populations naturelles, nousavons testé quatre marqueurs ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) différents. La diversitémoléculaire a été examinée et trois méthodes de classifications ont été employées etcomparées : une méthode classique d’analyse de distances, une carte auto-organisatrice etune approche bayésienne.Les 93 loci sélectionnés ont permis de montrer une très forte différenciation entrepopulations (G ST = 0.51) et une forte diversité génétique (P = 97.9%, He = 0.29, H = 0.44).Seulement 47.7% de la variabilité génétique se concentre entre individus à l’intérieur despopulations. Une corrélation significative a été trouvée entre les distances génétiques et lesdistances géographiques entre populations (R = 0.71, p-value = 0.003). Enfin, les méthodesde classification ont convergé et regroupé les populations d’un même volcan ensemble.Les résultats suggèrent que L. montanus est certainement une plante consanguine. Lesdegrés de différenciation élevés semblent renforcer génétiquement les conclusionsmorphologiques sur le statut de complexe d’espèces pour L. montanus. Cela peut être dû àla combinaison de plusieurs facteurs : (i) l’isolement par la distance, (ii) l’âge des volcans quiest concordant avec le degré de variabilité génétique qu’il existe entre populations dumême site, et (iii) des évènements d’hybridation interspécifique suspectés dans cetteétude. Tous ces éléments contribuent à une différenciation site-dépendante.Mots-clésComplexe dàpèces ; génétique des populations; ISSR ; Lupinus montanus ; Mexique27

Analyse du polymorphisme cyto-nucléaire le long des littoraux Marocains et Européenschez Beta vulgaris ssp. maritima et Beta macrocarpaMarie Leys *, Eric Petit ‡, Yasmina El-Bahloul †, Camille Liso *, Sylvain Fournet & Jean-François Arnaud ** Laboratoire de Génétique et Évolution des Populations Végétales, FRE CNRS 3268, Bâtiment SN2,Université des Sciences et Technologies de Lille – Lille 1, F-59655 Villeneuve d’Ascq cedex, FranceTel. : +33 (0)3 20 33 63 97 Mail : jean-francois.arnaud@univ-lille1.fr† Unité d’Amélioration des Plantes Conservation et Valorisation des Ressources Phytogénétiques, CentreRégional de la Recherche Agronomique de Rabat, B.P 6570 Rabat-Instituts 10101, INRA-MarocTel. : + 212 537 77 41 09 Mail : yas_ba@yahoo.fr Biologie des Organismes et des Populations appliquée à la Protection des Plantes UMR Bio3PINRA/Agrocampus Ouest/Université de Rennes 1 Tel.: + 33(0) 223 48 51 58Mail : sylvain.fournet@rennes.inra.fr‡ UMR CNRS 6553 ECOBIO, Station biologique F-35380 Paimpont, Université de Rennes 1Tel.: +33 (0) 299 61 81 77 Mail : eric.petit@univ-rennes1.frLa connectivité des populations et les patrons phylogéographiques des espèces côtièresrésultent de facteurs complexes tels que la distribution des habitats, l’influence descourants marins ainsi que des événements historiques ayant profondément modifié lesécosystèmes côtiers. Beta vulgaris ssp. maritima (la betterave martitime) et Betamacrocarpa sont des espèces apparentées mais différant dans leur mode de reproduction.Leur distribution géographique est généralement cantonnée au trait de côte et associée à lazone de laisse de mer. Afin d’appréhender l’histoire évolutive de ces deux espèces, nousavons étudié l’organisation spatiale du polymorphisme nucléaire et cytoplasmique de 93populations le long des façades Atlantiques Européennes et Marocaines. Les populations deB. macrocarpa, très différenciées vis-à-vis de celles de B. vulgaris ssp. maritima, présententde très faibles niveaux de diversité génétique ainsi qu’un fort déficit en hétérozygotesrelativement à B. vulgaris ssp. maritima. Cette structure génotypique témoigne d’un régimede reproduction fortement autogame chez B. macrocarpa contrastant avec l’allogamieprédominante chez B. vulgaris ssp. maritima. Chez cette dernière espèce, les testsd’assignations Bayésiens ainsi qu’une ACP sous contrainte spatialisée ont mis en évidence 4groupes géographiques génétiquement très différenciés, relatifs à la courantologierégionale: (i) le golfe de Gascogne; (ii) la façade Atlantique Portugaise; (iii) la région deGibraltar; (iv) la façade Atlantique Marocaine. De plus, la structuration génétique observéesouligne une continuité génétique de part et d’autre du détroit de Gibraltar. Enfin, outre laprésence d’un hot-spot de diversité nucléo-cytoplasmique localisé au Maroc, une pertegraduelle de richesse allélique avec la latitude est également observée. Ceci suggère unerecolonisation progressive de l’Europe depuis une ou des zones refuges Méditerranéennesaprès la dernière période glaciaire.Mots-clésFlux de gènes, structure génétique spatiale, recolonisation post-glaciaire, régime de reproduction28

Evolution temporelle de la diversité génétique neutre et adaptative de la population desaumon atlantique de l’AllierValérie Ducret, Sabrina Le Cam, Maxime Galan, Guillaume EvannoValérie Ducret : 0607328427, valerie.ducret@gmail.com, UMR ESE INRASabrina Le Cam : 02 23 48 55 29, Sabrina.LeCam@rennes.inra.fr, UMR ESE INRAMaxime Galan : 04 99 62 33 29, galan@supagro.inra.fr, CBGP INRAGuillaume Evanno : 02 23 48 54 45, Guillaume.Evanno@rennes.inra.fr, UMR ESE INRAL’étude de la diversité génétique adaptative est essentielle pour comprendre l’évolutiondes populations naturelles dans un contexte de changements globaux. Les gènes ducomplexe majeur d’histocompatibilité (CMH), impliqués dans l’immunité des vertébrés,permettent ainsi d’évaluer le potentiel adaptatif des populations. Néanmoins, les études duCMH en populations naturelles portent généralement sur des variations spatiales et trèspeu d’études ont mesuré l’évolution temporelle de la diversité de ces loci sur un grandnombre de générations (Piertney & Oliver, 2006). La population de saumon atlantique(Salmo salar) de l’Allier est fortement différenciée génétiquement des autres stocksfrançais et elle présente un déclin démographique depuis plusieurs décennies malgrél’interdiction de la pêche au saumon en 1994 dans ce cours d’eau. Nous avons explorél’évolution de la diversité génétique de cette population sur plus de 30 ans (1972 à 2005)afin de déterminer si le déclin démographique s’est accompagné d’une diminution de ladiversité génétique neutre et adaptative. 524 individus issus de 22 cohortes ont étégénotypés à 13 loci microsatellites d’une part et à un gène du CMH (classe II β) parpyroséquençage 454 GS-FLX d’autre part (Galan et al., 2010). La diversité neutre a peuévolué au cours de la période d’étude et aucun événement de bottleneck n’a été décelé. Al’inverse, la diversité au CMH est plus élevée dans les cohortes récentes et on observe unedifférentiation temporelle beaucoup plus élevée pour le CMH (Fst = 0.019) que pour lesmicrosatellites (Fst = 0.007). En outre, des analyses des séquences des allèles du CMHsuggèrent des effets de sélection positive. L’ensemble de ces résultats démontre, pour lapremière fois à cette échelle temporelle, un changement de fréquences alléliques du CMHpotentiellement lié à une évolution des pressions de sélection des pathogènes, alors qu’enparallèle la diversité neutre a peu évolué.Références bibliographiquesMots-clésGalan M., Guivier E., Caraux G., Charbonnel N., Cosson J-F., 2010. A 454 multiplex sequencingmethod for rapid and reliable genotyping of highly polymorphic genes in large-scale studies. BMCGenomics. 11 : 296.Piertney S.B. & Oliver M.K., 2006. The evolutionary ecology of the major histocompatibility complex.Nature. 96 : 7-21.Complexe majeur d’histocompatibilité, microsatellites, sélection, conservation29

Tester les hypothèses des refuges du Pléistocène et des barrières fluviales en utilisant lescéphalophes d’Afrique centrale comme modèle (genres Cephalophus et Philantomba)Stephan Ntie, Patrick Mickala, Anne Johnson, Nicola AnthonyStephan Ntie, Department of Biological Sciences, University of New Orleans, LA 70148, U.S.A. Tel: (1) 504 344 9918,Email: stephanntie@yahoo.frPatrick Mickala, Département de Biologie, Université des Sciences et Techniques de Masuku, B.P. 943, Franceville,Gabon. Email: pmickala@hotmail.comAnne Johnston, Department of Biological Sciences, University of New Orleans, LA 70148, U.S.A. Email:504anne@gmail.comNicola Anthony, Department of Biological Sciences, University of New Orleans, LA 70148, U.S.A. Email:nanthony@uno.eduLes forêts du bassin du Congo constituent le second plus grand ensemble de forêtstropicales du monde après l’Amazonie. Cependant, les nombreuses espèces animales etvégétales que ces forêts abritent et les processus qui ont mené à cette grande diversitébiologique ne sont toujours pas connus. La présente étude a donc pour objectif principald’évaluer les processus écologiques et historiques qui ont mené à la différentiationgénétique de trois espèces de céphalophes (sous famille Cephalophinae) en AfriqueCentrale. Nous avons utilisé les données génétiques obtenues à partir des fèces dont lalocalisation géographique était connue afin de tester deux des principales hypothèses dediversification tropicales : (1) les refuges du Pléistocène (Haffer 1969) et les barrièresfluviales (Wallace 1849). Afin de tester ces deux hypothèses, nous avons collecté les fècesde céphalophes dans plusieurs refuges potentiels (Anthony et al. 2007; Born et al. 2011;Muloko-Ntoutoume et al. 2000) et dans des sites pairs le long de deux des principalesrivières en Afrique centrale (l’Ogooué et la Sanaga) (Anthony et al. 2007; Telfer et al. 2003).Les modèles de structuration génétiques historiques et contemporaines ont été évalué surtrois espèces de céphalophes : le céphalophe à bande dorsale noire (C. dorsalis), lecéphalophe de Peter (C. callipygus), et le céphalophe bleu (P. monticola). Le modèle destructuration génétique historique a été évalué en utilisant 650 paires de base de la régionde contrôle du génome mitochondrial, dont la variabilité génétique pour l’étude despopulations de céphalophes vient d’être récemment démontrée (Ntie et al. 2010a). Nousavons également évalué les modèles contemporains de différentiation génétique enutilisant 12 loci polymorphiques microsatellites assemblés dans trois multiplexes (Ntie et al.2010b).Les données mitochondriales obtenues de C. dorsalis montrent que le site Nkolomaken auCameroun est génétiquement différentié des autres populations. Les résultats pour C.callipygus révèlent quatre sites qui se différencient : la région Sud-ouest du Nigeria et cellevoisine de Takamanda au Cameroun, l’ile de Bioko en Guinée Équatoriale, Salonga en RDC,et Nouabelé Ndoki en République du Congo. Les résultats de P. monticola suggèrent quatresites différenciés : la région Sud-ouest du Nigeria, Edéa au Cameroun, Nouabelé Ndoki enRépublique du Congo, et Monté Mitra et Monté Alen en Guinée Équatoriale. La localisationgéographique de certains des sites cités ci-dessus correspond à des potentiels refugesforestiers (e.g. Monté Mitra et Monté Alen). Cependant, des analyses complémentairessont actuellement en cours pour confirmer ou infirmer ces premiers résultats.Les analyses microsatellites montrent aussi des résultants contrastant selon les espècesétudiées. Les résultats de C. dorsalis montrent que le site Ebo, situé sur la rive nord de larivière Sanaga est différentié, suggérant que ce cours d’eau puisse jouer un rôle de barrière.Les résultats de C. callipygus ne montrent aucune différentiation entre les populationsétudiées, ce qui est certainement dû à un processus de brassage génétique dans la zoned’étude. Les résultats de P monticola montrent que Ngotto, dans le Sud-ouest de la30

Centrafrique, est génétiquement différentié des autres populations. Les analyses en coursvont permettre de vérifier les résultats préliminaires énoncés ci-dessus et de déterminer siles hypothèses testées dans la présente étude ont joué un rôle déterminant dans ladiversification des céphalophes des forêts tropicales d’Afrique centrale.Références bibliographiquesMots-clésAnthony NM, Johnson-Bawe M, Jeffery K, et al. (2007) The role of Pleistocene refugia and rivers in shapinggorilla genetic diversity in central Africa. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United Statesof America 104, 20432-20436.Born C, Alvarez N, McKey D, et al. (2011) Insights into the biogeographical history of the Lower Guinea ForestDomain: evidence for the role of refugia in the intraspecific differentiation of Aucoumea klaineana. MolecularEcology 20, 131-142.Haffer J (1969) Speciation in amazonian forest birds. Science 165, 131-137.Muloko-Ntoutoume N, Petit RJ, White L, Abernethy K (2000) Chloroplast DNA variation in a rainforest tree(Aucoumea klaineana, Burseraceae) in Gabon. Molecular Ecology 9, 359-363.Ntie S, Johnston AR, Mickala P, et al. (2010a) A molecular diagnostic for identifying central African forestartiodactyls from faecal pellets. Animal Conservation 13, 80-93.Ntie S, Soto-Calderón ID, Eaton MJ, Anthony NM (2010b) Cross-species amplification of bovid microsatellites incentral African duikers (genus Cephalophus) and other sympatric artiodactyls. Molecular Ecology Resources 10,1059 - 1065.Telfer PT, Souquiere S, Clifford SL, et al. (2003) Molecular evidence for deep phylogenetic divergence inMandrillus sphinx. Molecular Ecology 12, 2019-2024.Wallace AR (1852) On the monkeys of the Amazon. Proceedings of the Zoological Society of London 20, 107-110.Céphalophes, Biogéographie, Afrique centrale, Fèces31

Quelle est la différenciation neutre du mélèze le long d’un gradient altitudinal ?Maxime Nardin*, Luc Pâques*, Leopoldo Sanchez*, Vanina Guérin*, Philippe Rozenberg**INRA Orléans, 2163 avenue de la pomme de Pin CS 40001 – Ardon 45075 ORLEANS CEDEX 2Chez les arbres forestiers, de nombreuses études ont mis en évidence une variabilitéphénotypique associée à l’altitude (Splechtna et al. 2000, Affolter et al. 2010). L’adaptationbiologique permet aux populations de s’harmoniser avec leur environnement variable. Cemécanisme est souvent proposé pour expliquer la variation de caractères phénotypiquesadaptatifs le long de gradients environnementaux. Toutefois, une partie de cette variabilitéphénotypique peut être due à des phénomènes étrangers à l’adaptation, comme la dérivegénétique. Ce dernier mécanisme influence la variabilité génétique neutre mais peut aussiaffecter la variabilité génétique codant pour des caractères adaptatifs (Young et al. 1996,Jump et al. 2009). Ainsi, interpréter une variabilité phénotypique d’un point de vueadaptatif sans avoir au préalable contrôlé l’intensité d’éventuels évènements de dérivegénétique peut conduire à des interprétations erronées.L’objectif de cette étude est de déterminer si des évènements de dérive génétique ontaffecté par le passé une population de mélèze le long d’un gradient altitudinal.Le dispositif expérimental que nous étudions est constitué de 800 mélèzes d’Europe (Larixdecidua) distribués le long d’un gradient de 1000 mètres à proximité de Briançon (Hautes-Alpes, France). Quatre placettes ont été délimitées au sein d’un mélézin naturel (sansintroduction connue de matériel génétique étranger). Ce gradient altitudinal permet demaximiser la variabilité environnementale puisque l’on observe une amplitude detempérature moyenne annuelle de plus de 6°C entre les deux placettes extrêmes. Cettevariabilité est associée à une variabilité phénotypique pour plusieurs caractères (largeur decerne, densité du bois ou encore phénologie du débourrement foliaire...) le long de ceversant.Nous proposons ici de tester l’existence de phénomènes passés de dérive génétique enobservant la différenciation génétique neutre entre les différents niveaux altitudinaux. 13marqueurs microsatellites nouvellement développés sur Larix decidua (Wagner et al. 2012)nous ont permis de calculer les statistiques Fst deux à deux entre altitudes tandis qu’uneAnalyse MOléculaire de Variance (AMOVA) nous a permis d’estimer le pourcentage devariabilité de la diversité génétique qui va être associée à l’altitude.L’importance de la différenciation génétique neutre entre les différents niveauxaltitudinaux nous permet de statuer sur la présence ou l’absence d’évènements passés dedérive génétique et de déterminer si ces éventuels évènements ont potentiellementinfluencé la variabilité phénotypique observée. Nous utilisons ces résultats pour discuterl’hypothèse que la variabilité phénotypique observée le long du gradient est adaptative.Références bibliographiquesMots-clésAffolter P, Büntgen U, Esper J, et al. (2010). European Journal of Forest Research, 129, 289–298.Jump AS, Marchant R, Peñuelas J (2009) Trends in Plant Science, 14, 51–58.Splechtna BE, Dobrys J, Klinka K (2000) Annals of Forest Science, 57, 89–100.Wagner S, Gerber S, Petit RJ (in press) Molecular Ecology Resources, doi: 10.1111/j.1755-0998.2012.03139.x.Young A, Boyle T, Brown T (1996) Trends in Ecology & Evolution, 11, 413–418.Gradient altitudinal, microsatellites, diversité neutre, mélèze32

Une plante méditerranéenne, témoin des changements environnementaux passés auSaharaJérémy Migliore 1 , Alex Baumel 1 , Marianick Juin 1 , Nathalie Duong 1 , Bruno Fady 2 ,Anne Roig 2 & Frédéric Médail 11Aix-Marseille Université, Institut Méditerranéen de Biodiversité et d’Ecologie marine et continentale(IMBE, UMR CNRS / IRD 7263), Technopôle de l’Environnement Arbois-Méditerranée, 13545 Aix-en-Provence cedex 04, France.2INRA, URFM 629, Ecologie des Forêts Méditerranéennes, Agroparc Domaine Saint Paul, 84914 Avignoncedex 09, France.Mots-clésVaste étendue de sable inhospitalière, dépourvue de vie, voilà comment le désert duSahara est le plus souvent perçu. Pourtant, au sud de l’Algérie et au Tchad existent desmassifs, tels que le Hoggar, la Tassili n’Ajjer, l’Immidir ou le Tibesti, qui ont très vite retenul’attention des botanistes lors des premières explorations sahariennes, il y a plus d’unsiècle. Au-dessus de 1500 mètres d’altitude coexistent des plantes d’originesbiogéographiques diverses, avec en particulier des espèces d’affinité méditerranéenne telsque laurier-rose, olivier, myrte, cyprès, globulaire, lavandes, ce qui a de quoi étonner à plusde mille kilomètres des rivages de la Méditerranée ! Comprendre l’histoire évolutive de cesplantes persistant dans ces montagnes refuges, revient également à analyser l’origine et lamise en place de la flore au sein du carrefour biogéographique qu’est la régionméditerranéenne. Cette situation unique d’espèces d’origine méditerranéenne piégéesdans les montagnes du Sahara central peut fournir également des enseignements précieuxdans la compréhension des capacités de persistance ou d’adaptation des végétaux face auxchangements globaux, notamment climatiques, annoncés.Les relations biogéographiques supposées entre le Sahara et la Méditerranée ont pu êtredécryptées, grâce à une vaste étude réalisée sur le genre Myrtus, seul genre parmi 5600espèces de Myrtaceae à avoir colonisé ces régions. Les approches de phylogéographie et degénétique des populations développées dans cette étude ont été intégratives, encombinant données génétiques (séquences ADN chloroplastique et nucléaire, scansgénomiques AFLP et microsatellites) et données fossiles. Le genre Myrtus constitue ainsiune archive évolutive précieuse pour mieux comprendre le rôle du Sahara, tour à tourbarrière à la migration durant les phases arides, mais aussi territoire d’échanges et decontacts des flores lors des épisodes pluviaux du Pléistocène, à l’époque du fameux Saharavert. Coupler génétique et paléobotanique permet donc de révéler de manière inédite lesévénements de migration du Myrte survenus depuis la Méditerranée vers le Sahara il y a1,4-1,1 Ma. L’étude suggère l’existence de corridors biologiques qui ont facilité cesmultiples dispersions vers le Sud, et analyse les conséquences évolutives de lafragmentation et de l’isolement des populations de Myrte, refugiées dans les massifs duSahara central lors de l’aridification du Grand désert qui a débuté il y a environ 5000 ans.Changements climatiques, génétique des populations, îles-montagnes, Myrtus, phylogéographie33

Processus neutres et introgression cyto-nucléaire discordanteTimothée Bonnet, Raphaël Leblois, François Rousset, Pierre-André CrochetTimothée Bonnet - Institut National de la Recherche Agronomique, UMR CBGP(INRA/IRD/Cirad/Montpellier SupAgro), Campus International de Baillarguet, Montferrier-sur-Lez, FranceRaphaël Leblois - Institut National de la Recherche Agronomique, UMR CBGP (INRA/IRD/Cirad/MontpellierSupAgro), Campus International de Baillarguet, Montferrier-sur-Lez, FranceFrançois Rousset - Institut des Sciences de l’Evolution (UM2-CNRS), Université Montpellier 2, Montpellier,FrancePierre-André Crochet - Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive, Centre National de la RechercheScientifique, Montpellier, FranceL’introgression est une source majeure de discordance cyto-nucléaire (Funk et Omland,2003). Plusieurs études documentent l’existence d’introgressions mitochondriales totalesdans des populations présentant une introgression nucléaire minime, lors de contactssecondaires (e.g. Hedrick, 2010 ; Roca et al 2005). Ce patron, rencontré chez des lézards dugenre Podarcis, pourrait s’expliquer par un avantage sélectif des lignées mitochondrialesintrogressées, mais il est difficile de le prouver avec les données disponibles (Renoult et al2009). Plusieurs hypothèses alternatives, supposant la neutralité sélectives desmitochondries, sont soulevées par la bibliographie, comme une meilleure survie hybridedes femelles, des croisements asymétriques entre espèces ou l’invasion de la répartitiond’une espèce par une autre. Elles ne font cependant pas l’objet de démonstrations. Nousavons testé la faisabilité du patron observé sous un ensemble de scenarii démographiques,par une approche de simulations de données génétiques multi-loci. L’algorithme combine lasimulation d’une généalogie de population prenant en compte des évènements biologiquescomplexes avec la simulation du polymorphisme génétique par coalescence. Lorsd’introgressions mitochondriales totales, l’introgression nucléaire n’est jamais nulle et ilsemble qu’elle soit presque toujours détectable avec une probabilité élevée. Bien quecertaines scenarii soient mal simulés, et que la sensibilité des résultats à certainsparamètres reste à établir, un avantage sélectif des lignées mitochondriales introgresséessemble probable dans le cas Podarcis.Références bibliographiquesFunk DJ, Omland KE (2003) Species-level paraphyly and polyphyly : frequency, causes, andconsequences, with insights from animal mitochondrial DNA. Annual Review of Ecology, Evolution,and Systematics, 34, 397–423.Hedrick PW (2010) Cattle ancestry in bison: explanations for higher mtDNA than autosomal ancestry.Molecular Ecology, 19, 3328–3335.Renoult JP, Geniez P, Bacquet P, Benoit L, Crochet PA (2009) Morphology and nuclear markers revealextensive mitochondrial introgressions in the Iberian Wall Lizard species complex. Molecular ecology,18, 4298–4315.Roca AL, Georgiadis N, O’Brien SJ (2005) Cytonuclear genomic dissociation in African elephantspecies. Nature genetics, 37, 96–100.Mots-clésIntrogression, simulations, coalescence, sélection, Podarcis34

Importance des zones estuariennes pour les populations de grande alose (Alosa alosa) etalose feinte (Alosa fallax) : apport de la génétique des populations et de la microchimieQuentin Rougemond 1, 2 , Elise Sola 1 , Anne-Laure Besnard 2 , Jean-Luc Baglinière 2 , SophieLauney 2 , Réveillac Elodie 21 Muséum National d’Histoire Naturelle, Département Milieux et Peuplements Aquatiques, Station deBiologie Marine USM 404, CRESCO 38 rue du Port Blanc, 35801 Dinard Cedex, France –2 UMR 985 Ecologie et Santé des Ecosystèmes INRA - Agrocampus Ouest, 65 Rue de Saint Brieuc CS 8421535042 Rennes Cedex, FranceA l’heure actuelle, il semble presque impossible de quantifier les effectifs d’amphihalins enmilieu marin. A défaut, il semble pertinent et réaliste de quantifier/qualifier la contributiondes différents bassins versants de naissance dans la production de recrues. Le travail vise àanalyser, par la combinaison de différents outils ((microchimie des otolithes, génétique), lafréquentation et l’utilisation des différentes zones estuariennes par les deux espècesd’aloses, qui ont subi un déclin ces dernières années. Il s’agira aussi de préciser le degré deconnectivité entre les différentes populations reproductrices, pour définir des unités degestion pertinentes.Plus précisément, les objectifs de l’étude sont :1. Etablir une cartographie fine de la structuration génétique des deux espèces d’aloses àl’échelle des bassins versants (BV) français, quantifier les échanges entre les différents BVet définir l’échelle des unités de gestion.2. Caractériser chaque BV étudié à l’aide d’une signature microchimique afin d’y assignerdes individus prélevés en mer, de déterminer le degré de homing chez les deux espècesétudiées et de mieux connaître certains aspects de la fréquentation des habitats (ex : âgeaux transitions marine/estuarienne ; temps de résidence estuarienne, marine et fluviale).3. L’ensemble de ces actions permettra d’identifier l’importance et le degré deconnectivité entre les principaux bassins versants français pour la constitution et lemaintien des stocks de grande alose et d’alose feinte.Un échantillonnage aussi exhaustif que possible des deux espèces dans les rivièresfrançaises et en mer est réalisé. Pour l’objectif 1, les individus seront génotypés à l’aide de15 marqueurs microsatellites et la structure génétique est déterminée notamment parconstruction d’arbre phylogénétique et approche bayésienne. Pour l’objectif 2, lacomposition chimique des otolithes est étudiée par LA-ICP-MS, analyse par Spectrométriede Masse Couplée à un Plasma Inductif avec prélèvements par Ablation Laser. Cesprélèvements sont réalisés le long d’une trajectoire allant du noyau de l’otolithe (naissance)au bord de l’otolithe (mort de l’individu). Les données sont analysées à l’aide de diversesméthodes statistiques, principalement par analyse linéaire discriminante, analysediscriminante quadratique, réseaux de neurones et forêts aléatoires.L’étude s’inscrit dans le cadre d’un projet « programme de connaissances Natura 2000 enmer : poissons amphihalins » commandité par le MEEDDM auprès du Muséum Nationald’Histoire Naturel. Ce projet vise à apporter des éléments permettant de répondre à laréserve scientifique émise par la Commission Européenne concernant certaines espèces depoissons amphihalins inscrites en annexe II de la directive « Habitat », dans le cadre de laprocédure de désignation des sites Natura 2000 en mer.Mots-clésStructuration génétique, microchimie des otolithes, fréquentation des habitats, Alosa sp35

Structure génétique et différenciation des populations de Faham, une orchidée endémiquede La RéunionBertrand Mallet, Thierry Pailler, Laurence HumeauUMR C-53 Peuplement Végétaux et Bioagresseurs en Milieu Tropical, Université de La Réunion, 15 Av. R.Cassin BP7151, 97715 Saint-Denis cedex 9Coordonnées du correspondant:Mél : bertrand.mallet@univ-reunion.frTél : 02 62 93 81 79GSM :06 92 25 81 76La différenciation des populations d’une même espèce joue un rôle majeur dans leprocessus de spéciation car des populations fortement différenciées peuvent être lesprécurseurs de nouvelles espèces. Les îles tropicales océaniques offrent généralement unegrande diversité de niches écologiques propices à la différenciation des populationsoccupant des habitats différents. C’est le cas de l’île de la Réunion, où certaines espècesvégétales révèlent des formes et des stratégies différentes selon le milieu qu’ellesoccupent, notamment selon le gradient altitudinal. Le Faham (Jumellea rossii), orchidéeendémique de la Réunion, occupe une large gamme d’habitats naturels de l’île de 500 à1800 mètres d’altitude. Cette espèce est utilisée par les réunionnais pour ses propriétésaromatiques et médicinales mais ne bénéficie actuellement d’aucun statut de protection.Certaines populations sont donc en forte régression du fait de la cueillette illégale maisaussi à cause de la dégradation rapide des milieux naturels. Les objectifs de notre étudesont donc d’examiner, à l’échelle de la Réunion, (i) le niveau de diversité génétique de J.rossii, (ii) la structuration de la diversité génétique entre les populations et (iii) les processuspotentiels à l’origine de la différenciation entre les populations. De plus, les résultatsobtenus constitueront une base nécessaire à une stratégie de conservation de l’espècenotamment en identifiant des unités de gestion. Un total de 449 individus de J. rossiiprovenant de dix populations représentatives de la distribution de l’espèce est analysé àl’aide de 13 marqueurs microsatellites nucléaires. Plusieurs méthodes d’analyses ont étéconfrontées (bayésiennes vs multivariées) afin de détecter la structure génétique despopulations de Faham. Les résultats indiquent que les populations étudiées ont unediversité génétique relativement élevée (richesse allélique moyenne : Rs=7,6±1,30 ;hétérozygotie attendue : He=0,70±0,12) associée à un excès d’homozygotes(Fis=0,39±0,11). D’autre part, les analyses révèlent un isolement génétique modéré des 10populations et cinq entités génétiques distinctes regroupant les populations issues desmêmes types d’habitats. L’absence de corrélation entre les distances génétiques etgéographiques des populations indiquent qu’il n’y a pas d’isolement par la distance. Lastructure génétique observée semble partiellement s’expliquer par la différence de régimepluviométrique entre les habitats. La pluviométrie étant largement conditionnée par lesalizés d’est à La Réunion, la structure génétique observée serait le résultat de la dispersionanémochore des graines de l’est vers l’ouest de l’île.Mots-clésOrchidée, microsatellites, structure génétique, conservation36

Structuration génétique d’une espèce de criquets dans un paysage agricole intensifSophie Mallez, Sabrina Delauney, Isabelle Badenhausser, Isabelle Litrico-Chiarelli, BertrandGauffreSophie Mallez : 04 92 38 65 66 ; sophie.mallez@sophia.inra.frSabrina Delauney : 05 49 55 61 47 ; sabrina.delaunay@lusignan.inra.frIsabelle Badenhausser : 05 49 09 96 15 ; badenh@cebc.cnrs.frIsabelle Litrico-Chiarelli : 05 49 55 61 48 ; isabelle.litrico@lusignan.inra.frBertrand Gauffre : 05 49 09 35 16 ; gauffre@cebc.cnrs.frEn Europe, au cours des dernières décennies, l’agriculture s’est industrialisée et intensifiée,entraînant une mécanisation des pratiques et une utilisation accrue d’intrants. Au niveaudes paysages agricoles, cette intensification se traduit par une uniformisation des modesd’occupation des sols et la raréfaction des habitats pérennes tels que les prairies (Benton etal., 2003; Krebs et al., 1999; Robinson & Sutherland, 2002). Dans un tel contexte, lemaintien des espèces, particulièrement celles inféodées aux habitats pérennes, ne peutêtre assuré que par un fonctionnement de type métapopulationnel dans lequel ladispersion et la colonisation jouent un rôle crucial en permettant une persistance globaleen dépit d’extinctions locales (Fahrig, 2007; Hanski, 1998; Ronce, 2007). Une disciplinerécente, la génétique paysagère, permet d’appréhender la dispersion de manière indirecteen définissant le nombre d’unités populationnelles en lien avec la composition et lastructure physique du paysage (Manel et al., 2005; Manel et al., 2003; Storfer et al., 2007).Ainsi dans cette étude, nous avons étudié comment une espèce de criquets aptère etinféodée aux milieux prairiaux, Pezotettix giornae (Rossi, 1794), est structuréegénétiquement dans une plaine céréalière intensive de 450 km 2 où la proportion de prairiesa diminué de 50% à 12% au cours des 50 dernières années. Pour cela, nous avons réalisé unéchantillonnage individu centré de 377 criquets dans 190 parcelles. Les données génétiquessont issues de 11 marqueurs microsatellites et les données paysagères, d’une base dedonnées SIG. Nous avons montré que P. giornae présente une structuration génétiquespatiale complexe, avec un flux génique limité en premier lieu par la distance maiségalement par la présence d’un cordon bocager. Des analyses paysagères montrent quel’effet « barrière » du bocage sur la dispersion pourrait être dû à deux causes nonexclusives : la présence d’un réseau dense de haies et/ou une densité de prairies plusimportante que dans le reste de la zone d’étude. Un faible polymorphisme a également étémis en évidence, nécessitant des études plus approfondies pour en déterminer précisémentla cause.Références bibliographiquesBenton TG, Vickery JA, Wilson JD, (2003) Trends in Ecology & Evolution 18, 182-188.Fahrig L, (2007) Functional Ecology 21, 1003-1015.Hanski I, (1998) Metapopulation dynamics. Nature 396, 41-49.Krebs JR, Wilson JD, Bradbury RB, Siriwardena GM, (1999) Nature 400, 611-612.Manel S, Gaggiotti OE, Waples RS, (2005). Trends in Ecology & Evolution 20, 136-142.Manel Sp, Schwartz MK, Luikart G, Taberlet P, (2003). Trends in Ecology & Evolution 18, 189-197.Robinson RA, Sutherland WJ, (2002) Journal of Applied Ecology 39, 157-176.Ronce O, (2007) Annual Review of Ecology, Evolution and Systematics 38, 231 - 253.Storfer A, Murphy MA, Evans JS, Goldberg CS, Robinson S, Spear SF, Dezzani R, Delmelle E, Vierling L, Waits LP,(2007) Heredity 98, 128-142.Mots-clésGénétique paysagère, marqueurs microsatellite, Pezotettix giornae, paysage agricole intensif37

Détection a posteriori de structure génétique en population hiérarchiséeMaxime Pauwels, Adeline Coornaert, Sophie Gallina, Jean-François ArnaudMaxime Pauwels, email: Maxime.Pauwels@univ-lille1.fr, Tel.: +33 3 20 33 62 38Adeline Coornaert, email: adelinecoornaert@yahoo.frSophie Gallina, email: sophie.gallina@univ-lille1.fr , Tel.: +33 3 20 33 62 45Jean-François Arnaud, Email: jean-francois.arnaud@univ-lille1.fr, Tel.: +33 3 20 33 63 97En génétique des populations, on définit théoriquement la population comme un ensembled’individus d’une même espèce biologique, entre lesquels les échanges génétiques sontnon seulement possibles mais effectifs. Dans la pratique, il existe deux grands types deméthodes pour identifier des populations au sein d’une espèce : une méthode plutôtempirique, a priori, qui consiste à délimiter des sous-ensembles géographiques d’individus,et une (diversité) de méthode(s) plutôt analytique(s), a posteriori. Plusieurs outilsinformatiques d’analyse, dits de regroupement, sont aujourd’hui disponibles pour legénéticien des populations qui souhaite identifier a posteriori des groupes génétiques àpartir de données de génotypage moléculaire d’un échantillon d’individus. Ces outils seclassent dans deux grands familles: les analyses de regroupement bayésien et les analysesmutlivariées.Nous avons testé la capacité de ces outils à détecter la structure génétique de populationsdans des situations de structuration hiérarchisée de la diversité génétique, c’est-à-direlorsque les populations sont regroupées en groupes de populations. Pour y parvenir, nousavons simulé des données de génotypage de type microsatellite sous des modèleshiérarchiques en îles et en stepping-stone à deux dimensions, en faisant varier les rapportsentre taux de migration au sein et entre les groupes de populations. Les données simuléesont ensuite été analysées à l’aide de méthodes de regroupement bayésien (STRUCTURE) oumultivariée (adegenet). Pour évaluer les conséquences de l’échantillonnage sur la capacitéà détecter la structure génétique, nous avons réanalysé les jeux de données simulées aprèssous-échantillonnage pour le nombre d’individus par population, le nombre de locus, et lenombre de populations par groupe. Les résultats apportent un regard critique sur lecomportement des outils d’analyse de regroupement et permettent une lecture plus justedes résultats obtenus sur des jeux de données empiriques.Références bibliographiquesMots-clésEvanno G, Regnaut S, Goudet J (2005) Detecting the number of clusters of individuals using thesoftware STRUCTURE: a simulation study. Molecular Ecology 14, 2611-2620.Jombart T, Devillard S, Balloux F (2008) Discriminant analysis of principal components: a new methodfor the analysis of genetically structured populations. BMC Genet 11, 94.Pritchard JK, Stephens M, Donnelly P (2000) Inference of population structure using multilocusgenotype data. Genetics 155, 945-959.Structure génétique des populations, Simulation, Regroupement bayésien, Analyse multivariée38

Session 3 – « Ecologie et agro-écologie »Rôle de l'instabilité environnementale en agroécosystèmes sur la variation du flux degènes et de la structuration génétique de populations de Poecilus cupreusMarrec Ronan (1) , Gauffre Bertrand (1) , Bretagnolle Vincent (1)(1) Centre d'Etudes Biologiques de Chizé - UPR CNRS 1934 - 79360 Villiers-en-BoisMots-clésGene flow in natural populations may be strongly influenced by landscape features. Theintegration of landscape in population genetic studies gave birth to a new field of research,landscape genetics, which is interested in detecting landscape and environmental featuresthat may influence gene flow and shape population genetic structure. In most cases, studiesin landscape genetics focus on populations living in perennial habitats discretely distributedin the landscape matrix, and with the aim of determining which elements in this matrixfavour or limit gene flow. However, some populations are able to live in unstable habitats,experiencing many environmental and/or human-induced disturbances, as inagroecosystems, extreme examples of ecosystems disturbed by anthropogenic activities.These populations are continuously distributed in an unstable matrix, but little is knownabout how agricultural landscape heterogeneity influences these species’ populationgenetic structure, even if experimental studies suggest that spatial and temporal randomenvironmental variations favour the evolution of increasing dispersal propensities. In thisstudy, we investigated the population genetic structure and gene flow pattern for thecarabid beetle Poecilus cupreus (Linnaeus, 1758), in a heterogeneous agricultural landscapeof c. 500-km² characterised by strong spatial and temporal variation. This generalist speciesis present in any type of habitat composing the landscape mosaic. The aim of the study is todetermine (i) if permanent linear landscape features (e.g. motorway, rivers ...) result infurther genetic discontinuities and (ii) if the spatial mosaic and temporal instability ofhabitats composing this agricultural landscape may actually enhance dispersal and lead togenetic homogeneity and flat isolation-by-distance pattern. To this end, we realised anindividual-based sampling of 384 individuals in 134 spatial locations, and used recentlandscape genetic tools based on georeferenced individual microsatellite data.Coléoptère, Carabidae, dispersion, microsatellites, hétérogénéité paysagère, pérennité des habitats39

Comment gérer une cohabitation…Claire Dufour et Ganem GuilaDufour ClaireInstitut des Sciences de l’Evolution de Montpellier UMR 5554 Université de Montpellier II - CC 06534095 MONTPELLIER Cedex 05Téléphone : +33 (0)4 67 14 46 31 e-mail : claire.dufour@univ-montp2.frGanem GuilaInstitut des Sciences de l’Evolution de Montpellier UMR 5554 Université de Montpellier II - CC 06534095 MONTPELLIER Cedex 05Téléphone : +33 (0)4 67 14 46 31 e-mail : guila.ganem@univ-montp2.frCharles Darwin a introduit dans son célèbre ouvrage « L’origine des espèces » la théorie del’évolution dans le monde scientifique en initiant l’idée de spéciation adaptative [1]. Dèslors, la notion d’espèce n’a cessé d’évoluer, impliquant une multiplication des définitions.Dans le cadre de cette étude, l’espèce n’est plus définie par le simple critèremorphologique, mais par un ensemble complexe de dimensions composant sa nicheécologique. La notion de niche, encore très controversée, permettrait d’expliquer unecoexistence entre espèces proches de par une utilisation et/ou une réponse divergented’une ou de plusieurs ressources et/ou conditions de l’environnement. La présente étudecherche à caractériser les niches écologiques de deux espèces sœurs de souris striéesd’Afrique du Sud (Rhabdomys pumilio et Rhabdomys dilectus dilectus (Rodentia, Muridae))afin de comprendre quels sont les mécanismes permettant leur coexistence en sympatrie.Ces espèces considérées jusqu’alors comme morphologiquement semblables ont étéidentifiées à l’aide du marqueur mitochondrial COI. Au niveau de deux zones sympatriques,la niche écologique de chacune des espèces étudiées a été caractérisée par diversesapproches permettant de décrire ici les résultats obtenus concernant les dimensions (i)« habitat », (ii) « morphologie » et (iii) « interactions intra et interspécifiques » de la niche.Les habitats ont été décrits à l’aide d’analyses de la structure et de la composition de lavégétation à différentes échelles spatiales. De plus, l’utilisation de ces habitats a pu êtreévaluée suite à la détermination du domaine vital des individus par la méthode de capturemarquage-recaptureainsi que par radio-tracking. Les mesures morphologiques ont dévoiléune divergence inter-spécifique au niveau de la proportion de la longueur de la queue surcelle du corps. Enfin, les interactions sociales inter et/ou intra-spécifiques ont pu êtrerévélées par le partage et la fidélité aux nids nocturnes (décelés par radio-tracking). Ainsi,cette étude permet, par des approches écologique et comportementale, de décrire lesmécanismes de coexistence d’espèces proches.Références bibliographiquesMots-clés[1] Darwin C, 1859. On the Origin of Species by Means of Natural Selection. J. Murray, Londonniche écologique, sympatrie, habitat, relations inter et intra-specifiques.40

Qu'est-ce qu'un effet Allee génétique?Chloé Vayssade 1 , Gloria Luque 2 , Franck Courchamp 2 , Thomas Guillemaud 1 , Benoît Facon 3 ,Xavier Fauvergue 11 UMR INRA-CNRS-UNSA Institut Sophia Agrobiotech, Sophia-Antipolis2 UMR CNRS-U Paris Sud-AgroParisTech Ecologie, Systématique et Evolution, Orsay3 UMR INRA-CIRAD-IRD-SupAgro Centre de Biologie et de Gestion des Populations, BaillarguetUn effet Allee élémentaire se définit comme la dépression de composantes de la fitnessindividuelle due à une baisse d’effectif de la population. Une conséquence possible est unebaisse du taux d’accroissement. Il s’agît alors d’un effet Allee démographique, pouvantéventuellement conduire à l’extinction. Le terme d’effet Allee génétique est apparusporadiquement dans la littérature, mais il n’a pas été défini aussi clairement que les effetsAllee élémentaires et démographiques. Notre objectif est donc de préciser la définition del’effet Allee génétique, et de synthétiser les publications abordant l’effet Allee génétique demanière explicite ou implicite.L’effet Allee génétique peut se définir en deux étapes. Tout d’abord, une baisse de l’effectifde la population entraîne une modification d’une variable génétique de la population telleque le nombre d’allèles ou l'intensité de la sélection. Deuxièmement, cette modification ades conséquences négatives sur une composante de la fitness individuelle telle que lafécondité ou la probabilité d’accouplement. Si de nombreuses études portent sur l’une oul’autre des deux étapes, celles qui relient les deux sont moins fréquentes.L’effet Allee génétique est donc un concept qui pourrait rapprocher la génétique et ladémographie dans des contextes importants tels que la conservation ou les invasions.Mots-clésPetites populations, extinction, fitness, interaction démographie-génétique41

Coping with rapid global change: A DNA metabarcoding study of a primate diet variabilityin fragmented landscapeQuéméré E 1,2 , Hibert F 3 , Miquel C 4 , Lhuillier E 1 , Rasolondraibe E 5 , Champeau J 1 , Salmona J 3 ,Nusbaumer L 6 , Gauthier L 6 , Crouau-Roy B 1 , Taberlet P 4 , Chikhi L 1,31 UMR5174 CNRS/UPS EDB « Evolution et Diversité Biologique », Bâtiment 4R3 b2, Université Paul Sabatier,118 route de Narbonne, 31062 Toulouse cedex 9, France.2 INRA, UR035 CEFS (Wildlife, Behaviour and Ecology Research Unit), F-31326 Castanet Tolosan cedex,France. Email : erwan.quemere@toulouse.inra.fr . Tel: 05 61 28 51 313 Instituto Gulbenkian de Ciência, Rua da Quinta Grande, nº6, 2780-156 Oeiras, Portugal4 UMR5553 CNRS/UJF «Laboratoire d’Ecologie Alpine», Université Joseph Fourier, BP53, 38041 Grenoblecedex 9, France.5Université de Mahajanga, Faculté des Sciences, Campus Universitaire Ambondrona, Mahajanga,Madagascar6 Conservatoire et Jardin botaniques de la Ville de Genève, Case Postale 60,CH-1292 Chambésy/GE,SwitzerlandIn tropical regions, most primary ecosystems have been replaced by mosaic landscapes inwhich populations and species must cope with a large shift in the distribution of theirhabitat and associated food resources. Primates are particularly vulnerable to habitatmodifications. Most species persist in small fragments surrounded by complex humanmediatedmatrices whose structure and connectivity may strongly influence their dispersaland feeding behavior. Behavioral plasticity appears to be a crucial parameter governing theability of organisms to exploit the resources offered by new matrix habitats and thus topersist in fragmented habitats. In this study, we were interested in the spatial variability ofdiet composition and diversity of the golden-crowned sifaka (Propithecus tattersalli), anendangered species of lemur, found only in the Daraina region in north-easternMadagascar. The range of this species is among the most restricted and fragmented of anylemurs. We used a DNA-based approach combining barcoding and Illumina next-generationsequencing (Taberlet et al. 2012) to i) depict an accurate picture of the species diet and ii)evaluate the influence of social structure and landscape heterogeneity on diet diversity andcomposition. Feces from 96 individuals (61 family groups) were sampled across the entirespecies range and their contents were analyzed using the trnL barcoding approach(Valentini et al. 2009). In parallel, we built a large DNA barcoding reference database basedon a checklist of the plants species of the Daraina region. Our results suggest goldencrownedsifakas exhibit remarkable dietary diversity with of at least 130 plant speciesbelonging to 80 genera and 49 different families. We detected an influence of both habitattype and openness on diet composition (but not on diet diversity) suggesting a highflexibility of foraging strategies. Moreover, we observed the presence of numerouscultivated and naturalized plants in the feces of groups living in forest edge areas. Overall,our findings support our initial expectation that P. tattersalli is able to cope with the currentlevel of alteration of the landscape and confirm our previous results on the distribution andthe dispersal ability of this species (Quéméré et al. 2010a; Quéméré et al. 2010b).Références bibliographiquesQuéméré E, et al. (2010) Spatial variation in density and total size estimates in fragmented primatepopulations: the golden-crowned sifaka (Propithecus tattersalli). Am J Primatol 72(1):72-80.Quéméré E, Crouau-Roy B, Rabarivola C, Louis EE, Jr., & Chikhi L (2010b) Landscape genetics of anendangered lemur (Propithecus tattersalli) within its entire fragmented range. Mol Ecol 19(8):1606-1621Taberlet P, Coissac E, Pompanon F, Brochmann C, & Willerslev E (2012) Towards next-generation42

Mots-clésbiodiversity assessment using DNA metabarcoding. Mol Ecol 21(8):2045-2050.Valentini A, et al. (2009) New perspectives in diet analysis based on DNA barcoding and parallelpyrosequencing: the trnL approach. Molecular Ecology Resources 9(1):51-60.Primate, Régime alimentaire, DNA Metabarcoding, Fragmentation43

Un nouvel indicateur pour mesurer l'évolution de la diversité des blés dans les paysagesfrançais au cours du 20eme siècleIsabelle Goldringer, Christophe Bonneuil, Robin Goffaux, Pierre Montalent, IsabelleBonnin.La prise en compte croissante de la biodiversité par les politiques publiques agricoles et des espacesruraux, tout comme les controverses autour de la gestion de la biodiversité cultivée, appellent ledéveloppement d’indicateurs scientifiquement fondés et simples à manier dans les débats et l’actionpublique. Dans une approche croisant histoire et génétique, nous proposons un indicateurpermettant d’estimer la diversité génétique d’une espèce cultivée à l’échelle d’un territoire. Cetindicateur intégratif intègre des informations relatives aux distances génétiques entre variétés, à ladiversité intra-variétale et à la répartition des variétés dans l’espace agricole (Bonneuil et al. 2012).Sa faisabilité a été éprouvée en suivant la diversité du blé au cours du siècle dernier à l’échelle d’unesoixantaine de départements français concernés par la culture du Blé (Goffaux et al. 2011).Des données ont été systématiquement collectées sur la surface occupée par les différentes variétésde blé tendre dans les départements métropolitains depuis un siècle. Des informations génotypiquespour 35 marqueurs microsatellites ont été mises à disposition par l’INRA de Clermont-ferrand ouobtenues dans le cadre du projet pour 1104 variétés inventoriées. Une base de données a été crééepermettant de calculer, pour chaque année et chaque département suffisamment renseignés, lenouvel indicateur intégratif ainsi qu’une série d’indicateurs utilisés classiquement pour décrire ladiversité cultivée (nombre de variétés, diversité de Nei,…). Cela représente plus de 55000 donnéesunitaires et plus de 1900 répartitions départementales avec au moins 70 % des surfaces renseignéesgénétiquement. Les différences de diversité génétique intra-variétale entre les variétés actuelles(lignées pures), homogènes génétiquement, les variétés issues de sélections plus anciennes moinshomogènes, et surtout les variétés de pays, de type populations, dont la diversité est attendueimportante, ont été prise en compte en pondérant l’indice de diversité par un coefficient moyendépendant du type de variété et de son importance.Le nouvel indicateur intégratif montre une réduction de la diversité du Blé dans les départementsfrançais au cours du 20ème siècle. Alors que de 1912 à 2006 le nombre de variétés cultivéesaugmente de façon quasi-exponentielle, traduisant l’essor de la création variétale, notre indicateurintégratif diminue très nettement, montrant une homogénéisation génétique très importante sur leterritoire français. Cette homogénéisation est principalement due à la baisse de diversité génétiqueà l’intérieur des variétés cultivées en France de 1912 à 1964, avec le remplacement des variétés depays par des lignées anciennes beaucoup plus homogènes, elles-mêmes substituées par des variétésgénétiquement pures. La diversité est minimale dans les années 70s avec quelques variétésrépondant bien à l’intensification agricole, très dominantes dans les paysages, et de plus assezapparentées entre elles. L’indicateur remonte ensuite sensiblement dans les années 80s pourredescendre à un niveau proche du minimum dans les années 2000. Il s’agit là d’unehomogénéisation spatiale avec des départements qui cultivent de plus en plus les mêmes variétés.Une analyse multivariée sur les valeurs prises par l’indicateur sur les différentes années disponiblespermet d’identifier sept groupes de départements présentant des tendances similaires que l’on peutexpliquer par des dynamiques territoriales spécifiques et notamment un rythme de modernisationagricole très différent.Ces résultats montrent l’intérêt de disposer d’un indicateur qui prenne en compte à la fois lesdifférences génétiques entre variétés, leurs répartitions dans les paysages et la diversité intravariétalepour évaluer l’évolution au cours du temps de la biodiversité cultivée dans les territoires.Un tel indicateur pourrait être utilisé dans la Stratégie Nationale pour la Biodiversité et par lesobservatoires de la biodiversité agricole, notamment pour évaluer les risques liés à l’uniformitégénétique dans les paysages (attaque pathogène, etc…), afin d’orienter les choix variétaux desagriculteurs vers plus de durabilité. Il pourrait également constituer un outil pour juger de l’efficacitédes Mesure Agri-Environnementales orientées vers la biodiversité pour restaurer effectivement de ladiversité dans les paysages cultivés.44

Références bibliographiquesMots-clésBonneuil C, Goffaux R, Bonnin I, Montalent P, Hamon C, Balfourier F,& I Goldringer, (2012) A newintegrative indicator to assess crop genetic diversity. Ecological Indicators 23: 280–289Goffaux R, Goldringer I, Bonneuil C, Montalent P & Bonnin I (2011). Quels indicateurs pour suivre ladiversité génétique des plantes cultivées ? Le cas du blé tendre cultivé en France depuis un siècle.Rapport FRB, Série Expertise et synthèse, 2011, 44 pages.Diversité génétique, indicateur de biodiversité cultivée, uniformité génétique, répartition spatiale.45

Paysage et traits d’histoire de vie chez les coléoptères carabiquesMarie A & Plantegenest M1 AGROCAMPUS OUEST, UMR1349 IGEPP, F-35000 Rennes, France2 Université Européenne de Bretagne, Franceplantage@agrocampus-ouest.fr02.23.48.55.67De récents travaux de recherche suggèrent que l’aménagement du paysage a un impactimportant sur la biodiversité et les communautés d’auxiliaires de culture. Une gestionappropriée du territoire pourrait donc permettre un meilleur contrôle biologique desravageurs de culture.L’impact du paysage sur les communautés a été étudié en termes de compositionspécifique et en termes de répartition des Traits d’Histoire de Vie (THV) (Ribera et al, 1999).Cependant les caractéristiques du paysage influencent également l’évolution des espèceset peut sélectionner certains traits particuliers (Thomas et al, 1998). Les traits sélectionnésà l’échelle spécifique et ceux sélectionnés à l’échelle de la communauté pourraient êtresimilaires. Au cours de cette étude, nous nous sommes intéressés au lien entre l’impact dupaysage à l’échelle de la communauté et à celle de l’espèce. Ce travail a porté sur lescoléoptères carabiques considérés comme de bons auxiliaires de culture. Nous nousintéressons au lien entre le paysage et la composition des communautés en termes de THV,puis aux variations morphologiques au sein de quelques espèces présentant une dimorphiealaire, et enfin à la relation entre les traits de la communauté et ceux des espèces.Différents traits d’histoire de vie ont été renseignés pour un ensemble d’espèces, etdes données morphologiques individuelles ont été collectées sur neuf espècesdimorphiques. Une analyse RLQ a été menée pour faire ressortir le lien entre acteurs dupaysage et THV de la communauté présente. Il apparaît que certains traits sont très liés à ladiversité du paysage. L’existence d’une différenciation morphologique entre individusprovenant des différents sites d’étude a été recherchée. Enfin le lien entre variation inter etintra-spécifique, notamment sur la longueur des individus a été étudié. Les analysespréliminaires suggèrent que la morphologie alaire semble plus corrélée à des paramètresintrinsèques à l’espèce comme son abondance qu’aux caractéristiques de la communauté.Références bibliographiquesRibera, I, Foster, GN, Downie, IS, McCracken, DI & Abernethy, VJ ,1999, ‘A comparative study of themorphology and life traits of Scottish ground beetles (Coleoptera, Carabidae)’, Annales ZoologiciFennici, vol. 36, no. 1, pp. 21-37.Thomas, CD, Hill, JK & Lewis, OT 1998, ‘Evolutionary consequences of habitat fragmentation in alocalized butterfly’, Journal of Animal Ecology, vol. 67, no. 3, pp. 485-97.Mots-clés : paysage, traits d’histoire de vie, morphométrie, carabes46

Session 4 – « Interactions hôte-parasite»Wolbachia diversity in the Culex pipiens mosquito complexEmilie Dumas, Célestine Atyame, Mylène Weill and Olivier DuronGenomic of Adaptation, Institut des Sciences de l’Evolution (UMR CNRS 5554), Université Montpellier II. FranceThe α-proteobacteria Wolbachia are among the most common intracellular bacteria and haverecently emerged as important drivers of arthropod biology. Wolbachia act commonly asreproductive parasites in arthropods by inducing cytoplasmic incompatibility (CI), a type ofconditional sterility between hosts harboring incompatible infections.Addressing whether Wolbachia diversity can affect host population structure remains achallenging question. We investigated this issue in the Culex pipiens mosquito complex whichis infected by a monophyletic clade of CI-inducing Wolbachia strains, called wPip. Crossesbetween Cx. pipiens mosquitoes of various origins are well known to exhibit a high frequencyof uni- or bidirectional incompatibilities, contrasting with the low number of CI observed inother insects. Here we first characterized the wPip genetic diversity in 1600 field mosquitoesfrom 90 natural populations collected worldwide. Second, we investigated how wPipinfections structure the diversity of coinherited host mtDNA and how they are distributedamong the Cx. pipiens complex members: Cx. p. quinquefasciatus, Cx. p. pipiens and Cx. p.molestus. We found that five wPip phylogenic groups coexist but that they are far fromrandomly distributed as showed by a remarkable geographic structuration. The spread of thedifferent wPip strains was, however, strongly associated to cytoplasmic introgression,homogenizing mtDNA variations across the different Cx. pipiens taxa. As a result, althoughWolbachia-induced CI may reduce gene flow between populations and has therefore beensuggested as a possible mechanism of reproductive host isolation, there is no clearassociation between wPip diversity and the Cx. pipiens members. We will then discuss of therole of wPip in shaping reproductive isolation within the Cx. pipiens complex.Références bibliographiquesMots-clésPoinsot et al.BioEssays.2003Duron et al. Mol.Ecol.2005Duron et al. Heredity.2011Atyame et al.Mol.Biol.Evol.2011Key words: Wolbachia, Culex pipiens, cytoplasmic introgression, reproductive isolation47

Plus fort, plus loin, plus lent : Comment le fond génétique de la plante peut augmenter ladurabilité d’un gène majeur de résistance.Julie Quenouille 1,2 , Josselin Montarry 3 , Alain Palloix 2 et Benoit Moury 11 INRA Avignon, Unité de pathologie Végétale, UR 407.2 INRA Avignon, Unité de Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), UR 1052.3 INRA Rennes, Institut de Génétique Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), UMR1349.La création et l’utilisation de variétés de plantes hôtes résistantes aux parasites est lemoyen de protection des cultures le plus respectueux des ressources naturelles et del’environnement. Cependant ces résistances perdent parfois leur efficacité du fait del’adaptation des bioagresseurs ciblés. Il a récemment été montré, pour trois pathosystèmesdifférents, que les résistances polygéniques combinant un gène majeur de résistance et unfond génétique partiellement résistant sont plus durables que les résistancesmonogéniques (le même gène majeur dans un fond génétique sensible).En utilisant le pathosystème virus Y de la pomme de terre (PVY)/piment (Capsicumannuum), nous avons analysé trois mécanismes qui pourraient expliquer la meilleuredurabilité des résistances polygéniques : (i) L’effet, sur l’accumulation virale, de larésistance partielle conférée par le fond génétique, (ii) l’augmentation du nombre demutations nécessaire pour contourner la résistance et (iii) le ralentissement de la sélectiondes mutants contournant la résistance. Ces trois mécanismes ont été validésexpérimentalement. Le premier mécanisme explique environ 75% de la variation de lafréquence de contournement du gène de résistance pvr2 3 et est, par conséquent, undéterminant majeur de la durabilité de la résistance. Le fond génétique de la plante aégalement une influence sur le deuxième mécanisme en complexifiant les voiesmutationnelles que le virus peut emprunter pour contourner la résistance et sur letroisième mécanisme en ralentissant la sélection des variants viraux les mieux adaptés.Ces travaux fournissent des connaissances sur les mécanismes biologiques responsables dela meilleure durabilité de la résistance polygénique avec comme objectif de préserver ladurabilité des gènes majeurs de résistance exploités dans les programmes de sélection.Références bibliographiquesMots-clésPalloix, A., Ayme, V. and Moury, B. (2009). Durability of plant major resistance genes to pathogensdepends on the genetic background, experimental evidence and consequences for breedingstrategies. New Phytologist 183, 190-199.Brun, H., Chèvre, A-M., Fitt, B.D., Powers, S., Besnard, A-L., Ermel, M., Huteau, V., Marquer, B.,Eber, F., Renard, M. and Andrivon D. (2010). Quantitative resistance increases the durability ofqualitative resistance to Leptosphaeria maculans in Brassica napus. New Phytologist 185, 285-299.Montarry, J., Doumayrou, J., Simon, V. and Moury, B. (2011). Genetic background matters: a plant–virus gene for gene interaction is strongly influenced by genetic contexts. Molecular Plant Pathology12, 911-920.Ayme, V., Souche, S., Caranta, C., Jacquemond, M., Chadoeuf, J., Palloix, A. and Moury B. (2006).Different Mutations in the Genome-Linked Protein VPg of Potato virus Y Confer Virulence on thepvr2 3 Resistance in Pepper. MPMI 19, 557-563.PVY, durabilité des résistances, adaptation virale, Capsicum annuum48

Effets de l'élevage sur un hôte de substitution chez les parasitoïdes Psyttalia lounsburyi etP. concolor utilisés en lutte biologique : une approche de vénomiqueMathé-Hubert H. 1 , Colinet D. 1 , Belghazi M. 2 , Thaon M. 4 , Gatti J-L. 1 , Ris N. 4 , Malausa T. 3 ,Poirié M. 11 “Evolution et Spécificité des Interactions Multitrophiques” (ESIM)2 “Centre d’Analyse Protéomique de Marseille” (CAPM), Marseille, France3 “Recherche et Développement en Lutte Biologique” (RDLB)4 “Biologie des Populations Introduites” (BPI)UMR 1355 Agrobiotech Institute, INRA-CNRS-Université de Nice Sophia Antipolis, 400 Route des Chappes,06 903 Sophia Antipolis, France.Les endoparasitoïdes pondent à l’intérieur d'un insecte hôte dans lequel ils se développent,entraînant sa mort. Leur succès reproducteur dépend donc de leur capacité à contrôlerl'immunité et la physiologie de l'hôte (Dupas et al. 2003). Les stratégies utilisées fontnotamment appel à l'injection de facteurs de virulence lors de la ponte, la plupart étant desprotéines contenues dans le venin (Pennachio et Strand, 2006) qui peuvent être étudiéespar des approches dites de vénomique.Les parasitoïdes sont souvent utilisés en lutte biologique, mais leur qualité au moment deslâchés sur le terrain, lorsqu'elle est évaluée, est généralement étudiée via des mesures detraits phénotypiques peu pertinents et des outils moléculaires d'estimation de la diversitégénétique, sans lien avec les traits précédents.Par exemple, leur production s'effectue souvent sur un hôte de substitution. L’impact de cechangement d'hôte n'est pas ou peu connu. Il pourrait être une force sélective sur lesstratégies de virulence de l’auxiliaire. Il est donc susceptible d’induire une maladaptation àl’hôte naturel, c'est-à-dire la cible finale de la lutte biologique. Les démonstrationsexpérimentales de tels phénomènes sont très rares.L'étude est menée pour 2 espèces de parasitoïde, Psyttalia lounsburyi et concolor, utiliséspour lutter contre la mouche de l’olive Bactrocera oleae. Les souches parasitoïdes sontélevées au laboratoire sur l'hôte de substitution Ceratitis capitata (mouche des fruits) queseul P. concolor est naturellement capable de parasiter.L'étude consiste à caractériser des protéines du venin et leur variation inter-espèce, intersoucheet inter-individu et ensuite à tester leur évolution en réponse au changementd’hôte.Actuellement, 5 souches sont maintenues au laboratoire sur C. capitata : une souche de P.concolor depuis 13 générations, 2 souches de P. lounsburyi depuis environ 100 générations(une Sud Africaine, une Kényane, initialement fortement différenciées (FST = 0,4). Parailleurs, les populations de P. lounsburyi ont très récemment été ré-échantillonnée sur lessites précédemment échantillonnés il y a 7 ans. Ces souches permettront d'étudierl'évolution du venin et du succès parasitaire dans les conditions d'élevage, suite auchangement d'hôte.Références bibliographiquesDupas, S., Y. Carton and M. Poirié (2003). Heredity 90(1): 84-9.Pennacchio F, Strand MR. (2006) Annu Rev Entomol. 51:233-58.Mots-clésVenin, variabilité, hôte de substitution, sélection49

Une plante carnivore nourrie par sa fourmi symbiotique: un cas unique de mutualisme denutrition multifacetteVincent Bazile, Jonathan A. Moran, Gilles Le Moguédec, David J. Marshall, Laurence GaumeVincent Bazile, Université Montpellier II, UMR AMAP: botAnique et bioinforMatique de l'Architecture desPlantes, France.Jonathan A. Moran, School of Environment and Sustainability, Royal Roads University, Canada.Gilles Le Moguédec, Université Montpellier II et INRA, UMR AMAP: botAnique et bioinforMatique del'Architecture des Plantes, France.David J. Marshall, Biology Department, University of Brunei Darussalam, Brunei Darussalam.Laurence Gaume, Université Montpellier II et CNRS, UMR AMAP: botAnique et bioinforMatique del'Architecture des Plantes, France.Dans les zones souvent inondées des forêts tropicales humides où l’azote est difficilementassimilable par les racines, la nutrition est un véritable défi pour les plantes.Nepenthes bicalcarata est une liane carnivore de la forêt tourbeuse de Bornéo: elle capturedes insectes dans ses feuilles modifiées en urnes. Elle présente aussi la particularitéd’abriter de façon spécifique dans sa vrille la fourmi Camponotus schmitzi qui obtient deson nectar un bénéfice glucidique et de ses proies un bénéfice protéique. En revanche, lebénéfice que retire la plante de ce mutualisme potentiel n’avait pas été clairement élucidé.Une hypothèse soutenue par les travaux récents du laboratoire était que ces fourmis aidentla plante à capturer ses proies en attaquant en embuscade les insectes qui tombent dansl’urne (Bonhomme et al. 2011). Mais comme les fourmis mangent une partie de ces proies,il restait à tester si au final la plante retirait un bénéfice nutritionnel de cette association.Nous avons pu montrer, grâce à l’utilisation des isotopes stables de l’azote, des mesures dela réflectance des feuilles, de l’herbivorie et de la biomasse en proies de la plante, que lesfourmis contribuent à la nutrition de leur plante-hôte dans une relation mutualiste àplusieurs facettes (Bazile et al. 2012). (1) Elles protègent les organes assimilateurs, i.e. lesjeunes urnes en développement et diminuent leur taux d’avortement provoqué en partiepar un charançon spécifique ; (2) elles augmentent le taux de capture par urne et (3) ellesrecyclent à la plante via leurs déchets déversés dans les urnes, une part significative(jusqu’à 75% pour les plantes les plus occupées) de l’azote des insectes qu’elles capturent.Ainsi, les plantes juste adultes occupées par C. schmitzi ont une surface foliaire totale etune teneur en azote trois fois plus importante que leurs homologues inoccupés qui entrentrarement dans leur phase grimpante. Le rôle nutritif de la fourmi est d’autant plus crucialchez Nepenthes bicalcarata que le fluide digestif est particulièrement peu acide, suggérantchez cette espèce une faible activité enzymatique. D’ailleurs, les plantes qui produisent desurnes non habitées par la fourmi présentent un stress nutritif d’après l’indice depigmentation de leurs feuilles. Ces plantes sans leurs fourmis, bien qu’elles puissentcapturer - dans une moindre mesure - des proies, ne seraient pas capables de les digérercorrectement. La fourmi agirait donc comme l’estomac de sa plante-hôte.Références bibliographiquesMots-clésBazile, V., Moran, J.A., Le Moguédec, G., Marshall, D.J. & Gaume, L. (2012) A Carnivorous Plant Fedby Its Ant Symbiont: A Unique Multi-Faceted Nutritional Mutualism, PLoS ONE, 7, e36179.Bonhomme, V., Gounand, I., Alaux, C., Jousselin, E., Barthélémy, D. & Gaume, L. (2011) The plant-antCamponotus schmitzi helps its carnivorous host-plant Nepenthes bicalcarata to catch its prey.Journal of Tropical Ecology, 27, 15-24.Mutualisme plante-fourmi, plante carnivore, myrmécotrophie, azote50

Session 5 – « Réponses aux changements globaux »Inferring the effect of climate on tree mortality from century-long time seriesKatalin Csillery, Georges Kunstler, Maëlle Seignobosc, Anne-Lise Bartalucci, Benoît CourbaudKatalin Csilléry - Post-doctoral fellowIrstea EMGR Écosystèmes montagnards2 rue de la papeterie, 38402 Saint Martin d'Hères, FranceEmail: kati.csillery@gmail.comTel: +33 (0)4 76 76 27 80Web: https://sites.google.com/site/katalincsillery/Recent climate change has been implicated as contributing to elevated tree mortality. In thelack of long term temporal data, mortality rates are often estimated using a so-called ``spacefor time'' substitution. Indeed, most studies that have investigated the effect of climate ontree mortality rely on temperature and precipitation interpolations to predict individual treemortality probability on large spatial scales. Contrary to these approaches, we address thetemporal aspect of the mortality-climate relationship using unprecedented century-longmortality and climate time-series. We used a Bayesian state-space model to reconstruct timeseries of annual tree mortality rates from a largely unexploited data type, forest managementdata in 13 forests from the French Alps. Parallel climate time-series were reconstructed frompublicly available temperature and precipitation data from weather stations, and stormreports from French journals and along with data from the European Forest Institute. We useda Generalised Least Squares approach to detect effect of climate on tree mortality. We foundthat, even if climate effects are heterogeneous across forests, storms are clearly the mostimportant contributions to loss in tree volume; and a clear negative effect of droughts is foundin years with storms. We argue that data sets like ours could be reconstructed in many othercountries and could make in important contribution to understand the so-far neglectedtemporal aspect of climate on tree demography.Références bibliographiques:Hanewinkel M, Breidenbach J, Neeff T, Kublin E (2008) Seventy-seven years of natural disturbances in amountain forest area – the influence of storm, snow, and insect damage analysed with a long-term timeseries. Canadian Journal of Forest Research 38: 2249–2261Peng C, Ma Z, Lei X, Zhu Q, Chen H, Wang W, Liu S, Li W, Fang X, Zhou X (2011) A drought-inducedpervasive increase in tree mortality across canada’s boreal forests. Nature Climate ChangeSchelhaas MJ, Nabuurs GJ, Schuck A (2003) Natural disturbances in the european forests in the 19th and20th centuries. Global Change Biology 9:1620–1633van Mantgem PJ, Stephenson NL, Byrne JC, Daniels LD, Franklin JF, Fulé PZ, Harmon ME, Larson AJ, SmithJM, Taylor AH, Veblen TT (2009) Widespread increase of tree mortality rates in the western unitedstates. Science 323:521–524Mots-clésConifers, Bayesian state-space model, storms, droughts51

Module migration : estimer les potentialités de migration des arbres face au changementclimatiqueAnnabelle Amm 1 , Philippe Dreyfus 2 , Hendrik Davi 2 , Christian Pichot 21 Equipe DFME (Diversité et fonctionnement des molécules aux écosystèmes), IMBE (Institut méditerranéende biodiversité et d'écologie marine et continentale) (annabelle.amm@imbe.fr, +33(0)642407317)2 Ecologie des Forêts Méditerranéennes, UR 629, INRA, F-84914 Avignon France(philippe.dreyfus@avignon.inra.fr, +33(0)432722909; hendrik.davi@avignon.inra.fr, +33(0)432722999 &christian.pichot@avignon.inra.fr, +33(0)432722966)Le changement climatique actuel est très rapide 1 . Les espèces devront donc être capablesde s’adapter à ces nouvelles conditions. Trois voies non exclusives sont possibles (i) laplasticité phénotypique et (ii) l’adaptation génétique de leurs traits d’histoire de vie et (iii)la migration vers des bioclimats qui leur sont favorables ce qui changera leur aire derépartition. Nous nous intéressons ici à l’aptitude à la migration, qui est généralementjugée déterminante, même chez les espèces à long cycle de vie comme les arbres. Lesvitesses de colonisation des arbres forestiers lors de l'holocène ont fortement été revues àla baisse aux cours de la dernière décennie (quelques centaines contre quelques centainesde m/an) 2 .Notre objectif est d'évaluer le rôle de la migration des espèces à long cycle de vie dans laréponse au changement climatique 3 . Nous avons pour cela développé un modèle intégranttous les processus du cycle de vie des arbres : fructification, dispersion, recrutement,croissance et mortalité. Ces processus ont été calibrés pour le sapin pectiné (Abies albaMill.) sur la face nord du Mont Ventoux entre 900 et 1600 m d’altitude. Connaissant legradient thermique sur la face nord du Mont Ventoux en fonction de l’altitude (+0.6°C tousles 100 m), nous avons utilisé l’effet de l’altitude pour paramétrer les effets de la hausse detempérature sur ces processus.Nos premiers résultats montrent que, sur la face nord du Mont Ventoux et pour uneaugmentation de 3.5°C de la température sur 100 ans, les populations de sapin doiventmigrer de 1 km pour suivre leur enveloppe potentielle. Cependant, nos simulationsmontrent que le sapin serait capable de migrer seulement de 100 m sur cette période detemps. Même en augmentant de 5 fois ses capacités de dispersion, sa vitesse de migrationreste inférieure au km. De plus, pour cette même augmentation de température, l’étenduedu sapin sur la face nord du Mont Ventoux diminuerait de 40% à cause de la mortalitémassive du sapin sur le front arrière, le devenir du sapin sur la face nord du Mont Ventouxreste donc incertain. Nos résultats montrent également l’importance de prendre en comptela dispersion dès lors que l’on s’intéresse à la répartition future des arbres forestiers.Références bibliographiques1 IPCC. Climate Change 2007: Impacts, Adaptation and Vulnerability. Contribution of WorkingGroup II to the Fourth Assessment Report of the Intergovernmental Panel on Climate Change.,(University Press, Cambridge, United Kingdom and New York, NY, USA., Cambridge., 2007).2 McLachlan, J. S., Clark, J. S. & Manos, P. S. Molecular indicators of tree migration capacity underrapid climate change. Ecology 86, 2088-2098 (2005).3 Midgley, G. F. et al. BioMove - an integrated platform simulating the dynamic response of speciesto environmental change. Ecography 33, 612-616, doi:10.1111/j.1600-0587.2009.06000.x (2010).Mots-clésDispersion, Migration, Changement climatique, Abies alba52

Importance de la plasticité phénotypique dans la largeur de niche de trois espèces d'arbreseuropéensAnne Duputié, Alexis Rutschmann, Isabelle Chuine - Centre d'Ecologie Fonctionnelle etEvolutive, MontpellierLa compréhension des déterminants des limites des aires de répartition apparaît commeun enjeu majeur dans le contexte des changements globaux. La plasticité phénotypiquepeut permettre d'élargir la gamme des conditions supportables par une espèce, et donc sarépartition géographique, ou encore lui permettre de persister lorsque les conditionsenvironnementales se modifient. Nous avons quantifié l'importance de la plasticité dans lalargeur de la niche de trois espèces d’arbres européens.Pour ce faire, nous avons utilisé un modèle d’aire de répartition fondé sur les processus,PHENOFIT. Ce modèle se fonde sur l'hypothèse que la valeur sélective des espèces d'arbrestempérés est étroitement liée à leur capacité à résister aux stress hydrique et thermique,ainsi qu'au niveau de complétion de leur cycle annuel. En fonction de la réponse desdifférents traits phénologiques et de résistance au stress aux conditionsenvironnementales, et de leur contribution respective à la survie et au succèsreproducteur, le modèle prédit la valeur sélective des arbres en fonction du climat. Nousavons manipulé le niveau de plasticité dans la réponse de la phénologie au climat, avectrois modalités : (1) plasticité observée dans les populations, (2) absence de plasticitéinterannuelle, (3) absence de plasticité interannuelle et intersites.La plasticité permet aux arbres d'agrandir à la fois leur niche potentielle, et leur répartitiongéographique. Même si la réduction de l'aire engendrée par la suppression de la plasticitéest mineure, la plasticité joue un rôle important en bordure d'aire de répartition. Laplasticité n'est pas toujours adaptative sur l'ensemble de la niche, car elle traduit parfoisdes contraintes développementales. Enfin, la plasticité observée dans les populationsnaturelles semble résulter de pressions de sélection s’exerçant sur l’ensemble de l’aire derépartition, plutôt que localement.Ces résultats permettent de mieux comprendre le rôle de la plasticité dans la largeur deniche, et pourront à terme être utilisés pour estimer son importance dans le processusd’adaptation des espèces au changement climatique.Mots-clésChangement climatique – comparaison des aires de répartition – contraintes physiologiques –hétérogénéité environnementale – modèle fondé sur les processus – phénologie – plasticitéphénotypique – taille de niche53

Effet des variations climatiques sur la variabilité des gènes déterminant la date defloraison : une étude chez Medicago truncatula.Concetta Burgarella 1 , Nathalie Chantret 1 , Laurène Gay 1 , Jean Marie Prosperi 1 ,Stephane de Mita 2 , Nevin Young 3 et Joelle Ronfort 11 INRA Montpellier, 34060 France2 INRA Nancy, 54280 Champenoux, France3 University of Minnesota, ST Paul, Minnesota 55108, USALe bassin méditerranéen, aire de distribution naturelle de la Légumineuse modèleMedicago truncatula, constitue un cadre idéal pour étudier l’impact des conditionsclimatiques sur la variation des caractères adaptatifs. La date de floraison est un caractèrepotentiellement impliqué dans la réponse à un ample spectre de pressions sélectives :climat, herbivorie, pathogènes, pollinisateurs, et explique une bonne proportion de lavariation de la distribution géographique des espèces sauvages et cultivées. Dans cetteétude nous examinons la diversité naturelle des gènes impliqués dans la variation de la datede floraison chez M. truncatula (Hecht et al. 2005), espèce annuelle et autogame, pour lamettre en relation avec les variables climatiques et des caractères de floraison .Pour cela, nous utilisons un jeu de données issu du sequençage haut débit de 192 plantesqui représentent la totalité de l’aire de distribution de l’espèce. Une méthode multivariée,l'Analyse Discriminant des Composantes Principales (DaPC ; Jombart et al. 2010), a étéutilisée pour inférer la structure génétique neutre de cet échantillon. L’information de34.550 sites nucléotidiques intergéniques répartis sur l'ensemble du génome montre unepartition majeure en deux groupes géographiques : un groupe occidental regroupant desplantes originaires de la péninsule ibérique et du Maroc et un deuxième groupe plusoriental. La relation entre la variation génotypique et la variation environnementale a étéexaminée à l'aide de méthodes de régression, en tenant compte de la structure génétiqueet de l’apparentement entre individus intra groupe, pour repérer les locus potentiellementimpliqués dans la réponse aux conditions climatiques. Les résultats préliminaires sur unsous-echantillon de 330 locus SNP montrent jusqu'à 30% d'associations significatives. Lavalidation de ces locus potentiellement impliqués dans l'adaptation locale à l'aide dedonnées phénotypiques, par génétique d’association, est en cours.Références bibliographiquesMots-clésHecht V, Foucher F, Ferrándiz C, et al. (2005) Conservation of Arabidopsis flowering genes in modellegumes. Plant Physiology, 137, 1420–1434.Jombart T, Devillard S, Balloux F (2010) Discriminant analysis of principal components: a new methodfor the analysis of genetically structured populations. BMC Genetics, 11, 94.Variation adaptative, floraison, génetique d’association, Medicago truncatula54

Les modèles de niche : à quelle échelle populationnelle ?Stéphane Dupas 1 , Bruno Le Rü 2 , Jean-Francois Silvain 31 IRD, UR 072, Laboratoire Evolution, Génomes et Spéciation, UPR 9034, CNRS, 91198 Gif sur Yvette Cedex,France et Université Paris-Sud 11, 91405 Orsay Cedex, France. Tél. 0169823725. dupas@legs.cnrs-gif.fr.2 ICIPE - African Insect Science for Food and Health, PO Box 30772-00100, Nairobi, Kenya. bleru@icipe.org.3 IRD, UR 072, Laboratoire Evolution, Génomes et Spéciation, UPR 9034, CNRS, 91198 Gif sur Yvette Cedex,France et Université Paris-Sud 11, 91405 Orsay Cedex, France. silvain@legs.cnrs-gif.fr.Les modèles de niche visent à prédire la distribution des espèces et leurs réponses auxchangements environnementaux. Ils ne rendent cependant pas compte de la possibledifférentiation génétique de la niche entre populations sur l’aire de répartition (Peterson etHolt, 2003). Nous proposons une méthode permettant de partitionner les espèces en unitéspopulationnelles de niche homogène. Nous considérons que l’unité idéale de la populationpanmictique comme la meilleure unité de base devant répondre de manière homogène àl’environnement. La méthode couple l’analyse bayesienne de clusters sur le modèle de lapanmixie proposée par le logiciel Geneland et les modèle de niche linéaires généralisées (GLM)ou additifs généralisées (GAM) appliqués aux clusters ou groupe de clusters génétiques.Busseola fusca est un insecte lépidoptère ravageur du maïs et du sorgho en Afriquesubsaharienne qui montre une structuration probablement associée à des adaptationsclimatiques (Sezonlin et al., 2006). Des échantillonnages (788) ont été réalisés sur l’ensemblede n’aire de répartition pour estimer l’abondance par tige de l’espèce. 688 individus ont étégénotypés pour 7 marqueurs microsatellites. L’analyse Geneland sur la base de 7 marqueursmicrosatellites montre l’existence de 6 clusters. Les localités de mesure d’abondance ont doncété séparées entre clusters et les modèles GLM et GAM ont donc été optimisés pour chacund’entre eux. Puis les modèles ont été optimisés pour les groupes de clusters. Enfin toutes lespartitions possibles de cluster au sein de l’espèce ont été constituées à partir de ces sousensembles.Le critère GCV (generalized cross comparison) a été utilisé pour ordonner lespartitions choisir celle qui décrit le mieux l’ensemble la différentiation climatique de l’espèce.La significativité des différence entre partitions a été évaluées à l’aide du critère AIC. Chez B.fusca 5 unités populationnelles de niches homogènes ont été identifiées et l’évolution de ladistribution de l’espèce en réponse aux changements globaux a pu être prédite avec plus deprécision.Mots clésModèle de niche, structure génétique, panmixie, adaptation locale, changements globauxBibliographie :Peterson, a. T., & Holt, R. D. (2003). Niche differentiation in Mexican birds: using point occurrences todetect ecological innovation. Ecology Letters 6, 774-782.Sezonlin M, Dupas S, Le Rü B., Le Gall P, Moyal P, Calatayud P-A, Giffard I, et al. (2006). Phylogeographyand population genetics of the maize stalk borer Busseola fusca (Lepidoptera, Noctuidae) in sub-SaharanAfrica. Molecular ecology, 15, 407-20.55

Session 6 – «Adaptation et évolution»Modèles et méthodes pour estimer l'héritabilité dans les populations naturelles: uneétude par simulationPierre de Villemereuil 1 , Olivier Gimenez 2 et Blandine Doligez 31 École Normale Supérieure de la rue d'Ulm, Paris. Université Claude Bernard - Lyon 1, Laboratoire deBiométrie et Biologie Évolutive, Lyon. Courriel : bonamy@horus.ens.fr2 CNRS, Centre d'Écologie Fonctionnelle et Évolutive, Montpellier. Courriel : olivier.gimenez@cefe.cnrs.fr3CNRS, Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive, Lyon. Courriel : blandine.doligez@univ-lyon1.frL'estimation de l'héritabilité des traits biologiques dans les populations naturelles constitueune étape importante dans la compréhension de leur évolution. Jusqu'à récemment, laplupart des estimations d'héritabilité dans ce cadre ont été obtenues en utilisant larégression parents-jeunes. Cependant, la popularité de l'approche utilisant le modèleanimal est allée croissante depuis quelques années. Le modèle animal est un modèlelinéaire mixte, parfois généralisé, utilisant un pédigrée pour estimer la variance génétiqueadditive des traits étudiés. Il est dit que les modèles animaux font mieux que les régressionsparents-jeunes principalement parce qu'ils utilisent totalement l'informationd'apparentement entre les individus et permettent la modélisation explicite des effetsd'environnement commun aux individus apparentés. Cependant, les différences entre lesdeux approches ne sont pas précisemment connues dans le cadre de l'étude despopulations naturelles. Pour évaluer la précision (precision) et l'exactitude (accuracy) desestimateurs de l'héritabilité obtenus par la régression parents-jeunes ou les modèlesanimaux, en utilisant des méthodes d'estimations fréquentistes (REML, PQL) ouBayésiennes (MCMC), nous avons effectué une étude par simulation.Nous avons étudié l'influence sur l'estimation de l'héritabilité (i) de la présence et du typede l'effet d'environnement commun (transgénérationnel ou non), (ii) de la distributionstatistique du trait considéré (Gaussienne ou binaire) et (iii) de la quantité et de la qualitédes données (taille d'échantillon, connectivité du pédigrée). Ceci pour plusieurs niveauxd'héritabilité réelle. En absence d'effets d'environnement commun, le modèle animalassocié à la méthode REML est apparu comme le meilleur lorsque l'on estime l'héritabilitéd'un trait Gaussien, alors que le modèle animal associé au MCMC donnait de meilleurrésultats pour un trait binaire. Pour des données de faible qualité et en faible quantité etpour un trait binaire, les estimateurs basés sur la régression parents-jeunes avaient uneimprécision très forte.Les estimateurs basés sur la régression parents-jeunes n'étaient pas influencés par un effetd'environnement commun non transgénérationnel, alors que les estimateurs du modèleanimal pour lesquels ces effets étaient ignorés étaient sensibles aux effetstransgénérationnels ou non.Nous discuterons de la pertinence de chaque approche et de chaque méthode d'estimationpour l'estimation de l'héritabilité des traits biologiques en populations naturelles.Notamment, puisque la majeure partie des effets implémentables dans les modèlesanimaux sont en fait non transgénérationnels (ceci incluant les effets maternelsenvironnementaux), nous discuterons aussi de l'importance de bien comprendre les effetssusceptibles d'influer sur la régression parents-jeunes et l'intérêt de la comparaison desrésultats des deux approches.Mots-clésHéritabilité, populations naturelles, méthodes dàtimation56

Rôle des duplications géniques dans l'adaptation aux insecticides chez le moustique CulexpipiensPascal Milesi, Pierrick Labbé et Mylène WeillUne duplication est un réarrangement génomique qui augmente le nombre de copies decertains gènes. Ces duplications ont longtemps été étudiées pour leur rôle dansl'adaptation à long terme. En effet, elles fournissent un substrat génétiquecomplémentaire, libre d'évoluer car redondant avec l'information présente. D'abordconsidérées comme un évènement rare, les études génomiques récentes semblent aucontraire indiquer un fort polymorphisme du nombre de copies de gènes au sein desespèces. Ainsi, il a été proposé que les duplications aient un rôle dans l'adaptation àl'échelle micro-évolutive. Ce rôle reste toutefois peu étudié en raison du manqued'exemple de duplications émergentes contemporaines. L'évolution de la résistance auxinsecticides chez le moustique Culex pipiens est un des rares cas documentés. Le locus ace-1 code pour l'acétylcholinestérase, la cible des insecticides organophosphorés (OP). Unallèle muté permet de survivre aux OP, mais cette résistance réduit fortement l'activité del'enzyme et est associée à de nombreux effets pléiotropes délétères. Plusieurs allèlesdupliqués associant une copie ace-1 sensible et une copie résistante ont été décrits. Afind'étudier ce phénomène plus précisément, nous avons analysé de nouveaux échantillons deTunisie, de Mayotte, de Martinique et du sud de la France. Nos analyses ont montré que 1)la majorité des allèles dupliqués semblent être issus de crossing-over inégaux; 2) on peutestimer un minimum de 6 duplications indépendantes sur 21 allèles identifiés, soit unefréquence de duplication très élevée; 3) ces duplications restaurent l'activité de l'enzyme,permettant la résistance mais réduisant son coût (fixation d'un hétérosis); 4) cetterestauration n'est néanmoins jamais parfaite, les allèles dupliqués étant le plus souventassociés à de forts coûts extrinsèques exprimés à l'état homozygote et empêchant leurfixation. Ainsi, si le phénomène de duplication est fréquent, il n'est que rarement sanseffets secondaires délétères, ce qui peut expliquer que peu de duplications apparaissentfixées dans les génomes. Enfin, bien que les allèles dupliqués du locus ace-1 puissent servirde substrat pour l'évolution de futures adaptations, ils sont d'ors-et-déjà sélectionnés pouraméliorer la résistance aux insecticides, démontrant le rôle des réarrangementsgénomiques complexes dans l'adaptation à court terme.Références bibliographiquesMots-clésLabbé et al., 2007a; Labbé et al., 2007b; Weill et al., 2004; Lenormand et al., 2000;Duplication, évolution de l’adaptation, résistance aux insecticides, coût sélectif, Culex pipiens57

Comparaison de la différentiation nucléotidique pour des gènes candidats le long d'ungradient altitudinal: une approche expérimentale et par simulation chez Fagus sylvatica.Hadrien Lalagüe 1,2 , Pauline Garnier-Géré 3 ,Santiago C. González-Martínez 4 , Bruno Fady 2Giovanni G. Vendramin 1 , and Sylvie Oddou-Muratorio 21 CNR, Institute of Plant Genetics, via Madonna del Piano 10, 50019 Sesto Fiorentino, Italy.2 INRA, Ecology of Mediterranean Forests Unit, Domaine Saint Paul, Site Agroparc 84914 Avignon, France.3 INRA, Biodiversity Genes & Communities, 69 route d_'Arcachon, 33612 Cestas, France.4 CIFOR-INIA, Center of Forest Research, Carretera de La Coruña km 7.5, 28040, Madrid, SpainMots-clésUn enjeu majeur de la génétique évolutive est de comprendre comment l’adaptation localese développe en population naturelle, et comment les différentes forces évolutives ycontribuent. Les études expérimentales d’adaptation locale utilisent couramment lesgradients altitudinaux présentant une variation spatiale marquée des conditionsenvironnementales. Dans ces conditions, on s’attend à ce que la différentiation génétiquepour les caractères (traditionnellement mesurée par Q ST ) et pour les gènes déterminant cescaractères (traditionnellement mesurée par F STq ) le long du gradient soit gouvernée defaçon prédominante par la sélection et les flux de gènes, et peu influencée en revanche parla dérive génétique et la mutation. En particulier, des études théoriques ont montré undécouplage entre Q ST et F ST lorsque que les flux de gènes sont forts et/ou que la sélectionest récente. Dans cette étude, nous avons testé cette hypothèse en combinant uneapproche de génomique expérimentale et des simulations dans des populations naturellesde hêtre commun (F. sylvatica) séparées de ~trois kilomètres et soumis à desenvironnements contrastés.Pour l’approche expérimentale, nous avons échantillonné 4 populations sur deux gradientsaltitudinaux sur le Mont Ventoux (avec une population à haute altitude et une à bassealtitude sur chaque gradient). Cinquante-huit gènes potentiellement impliqués dans laréponse aux stress abiotiques et dans le débourrement ont été séquencés sur un total dequatre-vingt-seize individus, révélant 581 SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms).Différentes approches ont été utilisées pour identifier les SNP outlier, présentant unedifférentiation plus forte qu’attendu sous un modèle neutre sans sélection. Un total de 13SNPs outlier a été identifié; en particulier un gène codant pour une pectin methylesteraseapparaît outlier sur les deux gradients étudiés.Par ailleurs, nous avons utilisé un modèle mécaniste individu-centré pour simuler lespatrons de diversité phénotypique et génétique attendus le long du gradient pour laphénologie du débourrement végétatif, un caractère généralement adaptatif dans laréponse aux variations de température. Les résultats des simulations confirment que ladifférentiation génétique observée pour le caractère (Q ST ) est généralement plus forte quecelle observée au gène (F STq ), et montrent en outre que les patrons de différentiation lelong du gradient sont généralement non monotones.Gènes candidats, hêtre commun, SNPs, démographie, CAPSIS58

Evolution du génome de l’agent de la rouille du peuplier, Melampsora larici-populina, lorsd’un contournement majeur de résistance du peuplier.Antoine Persoons 1 , Sébastien Duplessis 1 , Stéphane De Mita 1 et Fabien Halkett 11UMR 1136 Interactions Arbres-Microorganismes, INRA/Université de Lorraine, NancyL’évolution des interactions plante hôte/pathogène permet de considérer des phénomènes évolutifsrapides et contemporains. Cette étude est centrée sur l’agent de la rouille du peuplier, Melampsoralarici-populina, principal champignon phytopathogène affectant les peupleraies cultivées. Cetteespèce est devenue modèle en phytopathologie depuis son séquençage (Duplessis et al. 2011),permettant d’analyser son évolution génétique à l'échelle du génome. Comme de nombreuxparasites de plantes, M. larici-populina a été fortement affecté par la domestication de sa plantehôte notamment du fait des pressions de sélection exercées par les facteurs de résistance descultivars exploités (Xhaard et al. 2011). En 1994, la résistance 7 (portée par plusieurs cultivars depeuplier plantés en France à très grande échelle) a été contournée, causant une épidémie de grandeampleur.Une étude antérieure a permis de montrer que cet événement avait largement façonné la structuregénétique des populations de ce pathogène, avec une forte différenciation entre des individussauvages avirulents7 (incapables de contourner la résistance 7 et originaires de la zone dedistribution originelle du Peuplier noir) et des individus cultivés virulents 7 (Xhaard et al. 2011).Toutefois, cette étude présentait deux limites : (i) réalisée à partir d’un échantillonnagecontemporain, elle n'a pas permis d'identifier l'origine démographique de la population virulente et(ii) reposant sur 20 marqueurs microsatellites, elle n’a pas permis d'identifier les bases moléculairesdu contournement.Ici nous avons exploité une collection rétrospective d’isolats collectés entre 1985 et 2011 permettantde préciser l’histoire démographique des populations de M. larici-populina lors du contournement àl’aide de marqueurs neutres. Cette approche de génétique des populations a été couplée à uneapproche de génomique des populations visant à détecter les signatures de sélection à l'aide dedonnées de reséquençage du génome de 14 isolats –virulents et avirulents 7– avec pour butd'identifier les gènes recrutés dans le contournement de la résistance 7. Les patrons de diversité ausein des 14 isolats ont été analysés à l'aide de scans génomiques le long de 10 scaffolds.L’analyse de 500 individus de la collection rétrospective à l'aide de 20 marqueurs microsatellites apermis de conforter la structure décrite précédemment (Xhaard et al. 2011) et d’identifier unetroisième population rassemblant les individus pré-contournants sur les sites cultivés. Cettepopulation pré-contournante disparaît au profit des individus virulents 7 après 1994. Le scénario decoalescence le plus vraisemblable (identifié par l'approche ABC, Approximate Bayesian Computation)suggère que la population cultivée virulente 7 descend de la population sauvage et qu'elle a subi ungoulot d’étranglement. Forts de ces résultats de structuration génétique, nous avons identifié parscan génomique (à l'aide des indices Fst et D de Tajima) les régions potentiellement sous sélectionpositive entre populations virulentes et avirulentes. Le résultat de ce scan génomique a étéconfronté à l’étude ciblée de gènes candidats codants des effecteurs fongiques (petites protéinessecrétées), connus comme étant des déterminants de contournements de résistances des plantes.Références bibliographiquesXhaard C. et al. (2011) The genetic structure of the plant pathogenic fungus Melampsora laricipopulinaon its wild host is extensively impacted by host domestication. Molecular Ecology 20, 2739–2755.Duplessis S. et al. (2011) Obligate biotrophy features unraveled by the genomic analysis of rust fungi.P.N.A.S., 108, 9166–9171.Mots-clésChampignons phytopathogènes, coévolution, génétique des populations, scan génomique59

Detection of traces of selection with numerous SNP in small experimental populationsundergoing directional selection.Frédéric Hospital (1) , Bertrand Bed’Hom (1) , Mathieu Gautier (2) , Licia Silveri (1) , Nicolas Bruneau (1) ,Jean-Luc Coville (1) , David Gourichon (3) , Marie-Hélène Pinard-van der Laan (1)(1)INRA UMR 1313 Génétique Animale et Biologie Intégrative, 78352 Jouy en Josas.(2) INRA UMR1062 CBGP Centre de Biologie pour la Gestion des Populations, Campus international de Baillarguet34988 Montferrier-sur-Lez.(3)INRA UE1295 PEAT, Pôle d'Expérimentation Animale de Tours, 37380 Nouzilly.Frédéric Hospital (+33608302104 ; frederic.hospital@jouy.inra.fr)Three lines of chickens have been selected for 12 generations for three different immuneresponse traits: line L1 was selected for high antibody response (ND3), line L2 for cell mediatedactivity (PHA) and line L3 for phagocytic activity (CC). A fourth line L4 was a contemporaryrandom bred Control maintained throughout the selection experiment (Minozzi et al. 2008). Eachgeneration, 200 chicks per line were hatched (800 chicks in total) in a single batch. Selection foreach trait was done by within-family mass selection based on individual phenotype. Heritabilitiesestimated for the three selection criteria ND3, PHA and CC were 0.35, 0.13 and 0.15, respectively,and correlations between the traits were not significant.Individuals from the three selected lines and the control line at generation G9, as well asindividuals from the founding population (G0) were sampled (20 individuals/line) and genotypedwith a 60K SNP chip. We present the use of this dataset to detect traces of selection in the threeselected Chicken lines.An original Bayesian method was designed to detect the possible effects of selection bycomparing the SNP allele frequencies between generations G0 and G9 for each line. The methodwas able to pinpoint a dwarfing gene that is known to have undergone strong selection in theexperiment – hence serving as a validation control. In addition it highlights numerous SNPs thatseem to behave non-neutrally, hence providing candidate regions for future search for selectedgenes.While classical approaches generally focus on ‘historical’ (long term) traces of selection, this workdemonstrates that it is possible to detect short-term selection in experimental population usingSNPs.Références bibliographiquesMinozzi, G, et al., BMC GENETICS, 9:5, 2008.Mots-clésTraces de sélection, SNP, petites populations60

Session 7 – «Dispersion, épidémiologie et biologie des invasions»Rôle du gène foraging dans l’acquisition du statut de ravageur chez la sésamie du maïs,Sesamia nonagrioidesFloriane CHARDONNET 1 , Claire CAPDEVIELLE-DULAC 1 , Bastien CHOUQUET 1 , Nicolas JOLY 1 ,Bruno LE RÜ 1,2 , Jean-François SILVAIN 1 & Laure KAISER 1,3 .1. Laboratoire Evolution, Génomes et Spéciation, CNRS UPR 9034, IRD UR72 et Université Paris-SudOrsay, 1 Avenue de la Terrasse, 91198 Gif-sur-Yvette cedex2. ICIPE - African Insect Science for Food and Health, Duduville Campus, Kasarani, P.O. Box 30772 -00100, Nairobi, Kenya3. Physiologie de l’Insecte, Signalisation et Communication, INRA, Centre de Versailles-Grignon, Route deSt Cyr, 78026 Versailles Cedex.Avec l’accroissement des besoins alimentaires d’une population mondiale en perpétuelledéveloppement, les surfaces dévolues à l’agriculture augmentent et soumettentl’environnement à de fortes pressions anthropiques. En réponse à cette transformation dumilieu naturel, certaines espèces d’insectes phytophages se sont adaptées en exploitant lesplantes cultivées, provoquant ainsi de lourds dommages agro-économiques. Notre équipe ade ce fait entrepris d’étudier les mécanismes permettant aux espèces issues du milieusauvage de s’adapter aux ressources cultivées.Dans notre étude, nous avons développé l’hypothèse qu’une telle évolution des stratégiesalimentaires serait associée au gène foraging (for), un gène candidat impliqué dans lamodulation des comportements de recherches alimentaires. L’espèce Sesamianonagrioides (Lepidoptera : noctuidae), est un ravageur important du maïs en Afrique etdans les pays riverains de la méditerranée. Cette noctuelle est préférentiellement trouvéeparmi les plantes cultivées (telles que le maïs) dans les pays européens, tandis qu’elledemeure inféodée aux herbacées sauvages en Afrique de l’est. Ces préférences écologiquesspécifiques suggèrent l’évolution de stratégies alimentaires distinctes, conférant auxinsectes une fitness spécifique selon la plante-hôte consommée.Par la comparaison de deux populations écologiquement distinctes (l’une échantillonnéesur typha au Kenya, l’autre sur maïs en France), nous évaluons le rôle du gène for dansl’adaptation de S. nonagrioides aux ressources cultivées. Ces deux populations présententune variation allélique non-synonyme et diffèrent dans leur niveau d’expression du gène.Elles expriment également des comportements de recherche alimentaire différents, et lamodulation des niveaux d’activité de la protéine codée par le gène (pharmacologie) apermis d’augmenter l’activité de fourragement. Ces données indiquent un lien causal entreles génotypes et les phénotypes comportementaux identifiés. L’ensemble de ces résultatssuggèrent donc que l’évolution du gène for constituerait un facteur de l’adaptation de S.nonagrioides aux ressources cultivées.Mots-clésLepidoptera, gène foraging, comportements alimentaires, ravageur61

Changements évolutifs et bioinvasionsGuillaume Laugier* 1 , Arnaud Estoup 1 , Gilles Le Moguédec 2 et Benoît Facon 11 Institut National pour la Recherche Agronomique, UMR - Centre de Biologie pour la Gestion desPopulations, Campus International de Baillarguet, CS 30 016, 34988 Montferrier/Lez cedex, France2 Institut National pour la Recherche Agronomique, UMR - Botanique et bioinformatique de l’architecturedes plantes, Montpellier, France* guillaume.laugier@supagro.inra.frLes invasions biologiques sont devenues une problématique incontournable d’un point devue strictement scientifique et en termes de gestion des populations, et leurs aspectsévolutifs reçoivent une attention croissante.Les populations envahissantes sont des exemples bien connus d’évolution contemporainequi mettent à mal la vision classique qui veut que les populations introduites soientgénétiquement appauvries à cause d’événements de fondation.Les populations introduites passent souvent par un goulot d’étranglement, qui peutfavoriser les croisements consanguins et entraîner une forte dérive génétique, mais aussipurger les allèles délétères.D’autre part, les évènements d’introduction mettent parfois en contact des populationsgénétiquement distinctes différentes de l’espèce exotique, permettant des croisementsentre individus génétiquement distants ce qui peut augmenter la diversité génétiquenécessaire à la sélection naturelle.Une hypothèse émergente propose que ces deux mécanismes évolutifs - la purge desallèles délétères et l’admixture entre populations de l’espèce exotique - jouent un tôleimportant dans les premiers stades du processus d’invasion.Ces deux mécanismes peuvent être affectés par le régime de reproduction car unetendance à se reproduire avec des individus génétiquement proches devrait favoriser lapurge au sein de la population, mais pourrait aussi ralentir l’admixture entre différentespopulations.Pour mieux comprendre le rôle de chacun de ces mécanismes évolutifs, nous avons menéune expérience couplant biologie comportementale et génétique pour étudier la distanceoptimale de croisement chez la coccinelle asiatique Harmonia axyridis chez laquelle lapurge et l’admixture ont été mises en évidence.Le choix du partenaire sexuel de H. axyridis a été étudié chez des femelles provenant de 5populations différentes incluant l’aire native et l’aire envahie par l’espèce.Pour cela, quatre mâles ont été mis en compétition pour une femelle avec laquelle étaientplus ou moins apparentés (degrés d’apparentement allant du plein frère à une aired’origine différente).Leur succès reproducteur visible (premier mâle à s’accoupler) et cryptique (pourcentage depaternité) ont été mesurés.Les premiers résultats indiquent une préférence pour des individus apparentés chez lesfemelles natives mais pas chez les femelles envahissantes; ainsi qu’un succès globalementplus important des mâles envahissants.Mots-clésBioinvasions, Changements évolutifs, Distance optimale de croisement, Harmonia axyridis62

Contacts secondaires, hybridation et estimation de la dispersion au cours de l’invasion del’Europe par la chrysomèle des racines du maïs, Diabrotica virgifera virgiferaGérald Bermond, Marc Ciosi, Aurélie Blin, Thomas GuillemaudGérald Bermond : 0492386499, gerald.bermond@sophia.inra.frMarc Ciosi : 00441413305616, marc.ciosi@glasgow.ac.ukAurélie Blin : 0492386424, Aurelie.Blin@sophia.inra.frThomas Guillemaud : 0492386481, guillem@sophia.inra.frLa chrysomèle des racines du maïs, Diabrotica virgifera virgifera (D.virgifera), a étéintroduite en Europe de manière multiple et indépendante à partir d’Amérique du Nordcontribuant ainsi à la formation de plusieurs foyers envahissants (Ciosi et al., 2008; Miller etal., 2005). Actuellement, deux d’entre eux (les foyers d’Italie du Nord et d’Europe Centrale,considérés comme les principaux foyers envahissants en Europe) sont en contact etforment une zone hybride en Italie du Nord dans la région de Vénétie. Nous avons utilisécette zone hybride pour estimer la dispersion de D.virgifera en réalisant une analyse degénétique des populations basée sur la variation spatiale des fréquences alléliques à 13 locimicrosatellites. En absence de sélection et connaissant la date du contact entre les deuxfoyers, la pente des clines observés donne une estimation de la dispersion (carré moyen dela distance parents-enfants) dans la zone hybride (Endler, 1977; Gay et al., 2008). Ledéséquilibre de liaison entre les loci microsatellites donne une autre estimation de ladispersion (Barton, 2000). La pente des clines et le déséquilibre de liaison ont été estiméspar maximum de vraisemblance et les différentes estimations de la dispersion obtenuesgrâce à ces paramètres sont présentées, comparées à d’autres estimations de la dispersionde D.virgifera et discutées dans le contexte de l’invasion de D.virgifera.Références bibliographiquesBarton NH, (2000) Estimating multilocus linkage disequilibria. Heredity 84, 373-389.Ciosi M, Miller NJ, Kim KS, Giordano R, Estoup A, Guillemaud T, (2008) Invasion of Europe by thewestern corn rootworm, Diabrotica virgifera virgifera: multiple transatlantic introductions withvarious reductions of genetic diversity. Molecular Ecology 17, 3614-3627.Endler JA, (1977) Geographic Variation, Speciation, and Clines. In: Monographs in population biology,pp. 30-96. Princeton University Press, New Jersey.Gay L, Crochet PA, Bell DA, Lenormand T, (2008) Comparing Clines on Molecular and PhenotypicTraits in Hybrid Zones: a Window on Tension Zone Models. Evolution 62, 2789-2806.Miller N, Estoup A, Toepfer S, Bourguet D, Lapchin L, Derridj S, Kim KS, Reynaud P, Furlan L,Guillemaud T, (2005) Multiple transatlantic introductions of the western corn rootworm. Science310, 992.Mots-clésinvasion biologique, zone hybride, dispersion, marqueurs microsatellites63

Inférence des processus épidémiques chez la rouille du peuplier dans la vallée de laDuranceC. Xhaard (1,2) , F. Fabre (3) , J. Coville (1) , P. Frey (2) , S. Soubeyrand (1) , F. Halkett (2)(1) INRA, UR546 Biostatistique et Processus Spatiaux, 84914 Avignon, France.(2) INRA, Nancy-Université, UMR1136 Interactions Arbres - Microorganismes, 54280 Champenoux, France.(3) INRA, UR407 Pathologie Végétale, 84140 Montfavet, France.La vallée de la Durance constitue une zone propice à l’étude de la dispersion duchampignon phytopathogène Melampsora larici-populina, l’agent de la rouille du peuplier.En raison du cycle de vie du champignon, ce paysage confine l’initiation des épidémies à lapartie amont de la vallée (zone de présence du mélèze, hôte de la reproduction sexuée duchampignon). La vallée la Durance est bordée de manière quasiment continue d’uneripisylve formée de peupliers noirs, hôtes de la reproduction asexuée et sur lequel sedéroulent les épidémies résultant de la propagation du champignon par multiplicationclonale. Ce système écologique en corridor canalise les épidémies de rouille du peuplierd’amont en aval de la rivière. De juillet à novembre 2008, nous avons réalisé un suivi spatiotemporelde l’incidence de la maladie sur 13 sites situés le long de la vallée de la Duranceau cours de sept campagnes de notation. Ces notations ont permis de confirmer ledéroulement graduel de l’épidémie de l’amont vers l’aval. Les sites sont infectés les unsaprès les autres en fonction de leur position le long de la vallée et l’infection arrive àsaturation dans l’ordre des sites le long de la rivière. Un travail de modélisation duprocessus épidémiologique et d’estimation des paramètres du modèle a été effectué. Nousavons adopté une approche mécanistico-statistique dans laquelle nous avons couplé unmodèle de la dynamique épidémique basé sur une équation intégro-différentielle à unmodèle du processus d’observation basé sur des lois de probabilité de comptages.L’ajustement de ce modèle aux données nous a permis d’estimer les paramètres decroissance démographique et de dispersion du champignon. Cette étude démographique aété couplée à une analyse de génétique du paysage qui a permis de détecter et de tracer ladispersion de plusieurs groupes génétiques chez des individus collectés lors des campagnesde notations. Nous avons ainsi constaté l’existence de deux sources d’inoculum dont lesindividus contribuent à la même vague épidémique mais ne s’hybrident pas entre eux(Xhaard et al. 2012). En conclusion, nous reviendrons sur la complémentarité desapproches de modélisation mécanico-statistique et d’épidémiologie moléculaire pourl’étude de la dispersion des agents pathogènes dans des paysages plus complexes.Références bibliographiquesMots-clésXhaard C., Barrès B., Andrieux A., Bousset L., [Halkett F., Frey P.] 2012. Disentangling the geneticorigins of a plant pathogen during disease spread using an original molecular epidemiologyapproach. Molecular Ecology 21, 2183-2398.Champignon phytopathogène, dispersion, épidémiologie moléculaire, estimation de paramètres64

Epidémiologie moléculaire à différentes échelles chez un champignon phytopathogèneC. Tollenaere*, H. Susi*, C. Lo*, E. Haon-Desportes # , S. Soubeyrand # , A. Tack*, A.-L. Laine** Metapopulation Research Group, Univesrity of Helsinki# INRA-AvignonL´obtention de marqueurs moléculaires chez les pathogènes peut se heurter à desdifficultés propres à ces espèces (petite taille, reproduction souvent clonale, difficulté àséparer ADN du parasite de celui de l´hôte). Cependant, l´utilisation de ces marqueurs, encombinaison avec des données épidémiologiques, peut s´avérer extrêmement utile pourmieux comprendre la circulation des maladies dans les populations naturelles, que ce soitdans un but théorique ou afin de contrôler de potentielles épidémies.L´interaction entre Podosphaera plantaginis et Plantago lanceolata a été étudiée surl´archipel d´Åland (sud-ouest de la Finlande) par des approches expérimentales etépidémiologiques depuis une dizaine d´année, démontrant un fonctionnement enmétapopulation et une co-évolution en cours. Un séquencage de transcriptome par NGS(Next-Generation Sequencing) a été récemment réalisé chez P. plantaginis, permettant lamise au point de marqueurs génétiques de type SNPs (Single-Nucleotide Polymorphisms)qui ouvrent de nouvelles perspectives dans ce système.A l´échelle de l´archipel, on observe une augmentation de la diversité génétique avec l´âgeprésumé de la population locale, comme attendu sous l´hypothèse d´une métapopulation.A l´échelle locale, des données épidémiologiques détaillées, couplées à l´étude de lastructuration génétique locale permettent de montrer l´importance du phénotype dupathogène dans la propagation de la maladie.Mots-clésEpidémiologie moléculaire, métapopulation, Single-Nucleotide Polymorphism, oidium65

Flux de gènes à l'échelle du paysage : Dispersion du pollen de colza dans un agroécosystèmeGwendal RESTOUX(1), Céline DEVAUX(2), Etienne K. Klein(3) et Jane LECOMTE(1)1: ESE, Université Paris-Sud, Orsay2: Université Montpellier II, Montpellier3: BioSP, INRA, AvignonLes plantes cultivées sont caractérisées par une diversité génétique réduite et des phénotypesadaptés aux conditions de culture, qui peuvent donc différer d'un champs à l'autre ou de celles desapparentées sauvages. Cette différentiation est plus marquée dans le cas des organismesgénétiquement modifiés, d'autant plus que l'impact de la fuite de transgènes dans l'environnementreste encore largement méconnu. Il est donc important de comprendre l'impact des flux de gènes ausein des agro-écosystèmes et d'intégrer ce processus à l'échelle du paysage. Nous avons étudié unedes composantes des flux de gènes, la dispersion du pollen car elle permet le transport depropagules sur de grandes distances et pourrait donc être une source importante de fuite detransgènes dans l'environnement. Nous avons choisi d'étudier le colza (Brassica napus) dans unpaysage agricole (10x10km) au sein duquel nous avons géoréférencé exhaustivement la position detous les champs ainsi que la position des populations férales (i.e. populations échappées des champsprésentes le long des routes) pour lesquels nous avons le génotypes de graines (8 marqueursmicrosatellites). Nous avons également positionné des individus mâle-stériles sur l'ensemble dupaysage à différentes distances des champs et des populations férales, dont nous possédons legénotypes de certaines graines. Afin d'estimer les flux de pollen à l'échelle de ce paysage agricolenous avons développé un modèle bayesien qui permet de i) caractériser la composition génétiquedes champs en assignant la distribution des fréquences des variétés au sein de chaque champ ; ainsiil nous est possible de caractériser individuellement les champs de manière génétique et doncd'estimer la diversité génétique finement sur l'ensemble du paysage, que nous pouvonscartographier et ii) d' estimer la dispersion du pollen à partir des génotypes des grains de pollencapturés par les plantes mâle-stériles. Ces grains de pollen sont issus (a) des champs ou despopulations férales du paysage étudié et dispersés selon un noyau de dispersion individuel depuis laplante source ou (b) de l'extérieur de la zone et sont dans ce cas considérés issus d'un nuage depollen commun dont la composition génétique est estimé ainsi que le taux de migration. Les étapes(i) et (ii) sont effectuées de manière simultanée en utilisant un algorithme MCMC. Nos estimationsconsidèrent l'hétérogénéité des sources de pollen ainsi que leurs formes et leurs positions.66

Estimer le taux de clonalité /sexualité chez des microorganismes: exemple de la rouillejauneSajid Ali, Samuel Soubeyrand, Pierre Gladieux, Jérôme Enjalbert et al.Quantifying reproductive and demographic parameters is crucial for understanding the evolutionarypotential of pathogens. Molecular typing techniques can provide useful data to understand thefactors that affect the spatial and temporal dynamics of diseases, but there are multiplemethodological challenges that are involved in inferring the key population genetic parameters.Here, we describe a newmethod for jointly quantifying the relative contribution of sexual and asexualreproduction and the effective population size based on clonal identity within and acrossgenerations. The performance of the method was assessed using simulations, which demonstratedthat reliable estimates could be obtained for a wide range of parameters. The method was thenapplied to the fungal pathogen Puccinia striiformis f.sp. tritici (PST), which causes stripe/yellow rust,a significant wheat disease. We estimated a sexual reproduction rate of 74% (95% confidenceinterval [CI]: 38-95%) using two temporally spaced samples of a Chinese PST population, whichsuggests a high contribution from sexual reproduction in this region where recombination waspreviously described. We estimated an effective population size of 1735 (95% CI: 675-2800), whichfell within the estimates obtained using other methods for estimating the instantaneous populationsize based on the variance in allele frequency (779 to 4748, depending upon the method used). Thenew method presented here can be used to quantify the reproductive and demographic parametersof populations from any organism given clonemate sampling at two different times and willcontribute to better understanding of the population biology of pests and microbes.67

Résumés des posters68

Session 1 «Système de reproduction et traits d'histoire de vie »P01- Date d’éclosion, physiologie et performances : un “silver spoon effect” chez leMoineau domestique?C. Leloutre 1 , A. Gouzerh 1 & F. Angelier 11 Centre d’Etudes Biologiques de Chizé, CNRS, UPR-1934, 79360, Villiers en Bois, FranceLeloutre Charlène : Mail : charlene.leloutre@gmail.com, Tel : 06.88.21.08.59Gouzerh Alice : Mail : gouzerh@supagro.inra.fr,Angelier Frédéric : Mail : angelier@cebc.cnrs.fr, Tel : 05.49.09.96.19Dans un environnement changeant, les organismes doivent ajuster leur morphologie, physiologie etcomportement aux nouvelles conditions environnementales afin de survivre et se reproduire avecsuccès (Ricklefs & Wikelski, 2002 ; Wingfield, 2008). Dans ce contexte, la phase de développementest cruciale car les conditions de développement peuvent avoir des conséquences à long terme sur lephénotype des individus et, par conséquent, affecter leurs performances futures (« silver spooneffect » ; van de Pol et al., 2006 ; Monaghan, 2008). Dans cette étude, nous avons étudié unpotentiel « silver spoon effect » chez une espèce de vertébré sauvage, le Moineau domestique(Passer domesticus) qui présente l’avantage de pondre plusieurs fois par saison de reproduction. Lespoussins issus de différentes couvées éclosent donc à des dates très différentes et, par conséquent,font face à des conditions environnementales contrastées lors de leurs premiers mois de vie (Chastelet al., 2003). Premièrement, nous avons examiné les impacts de la date d’éclosion sur lesperformances futures des individus. Nous avons trouvé que les poussins issus de couvées précocessurvivent mieux durant les semaines suivant leur envol que les individus poussins issus de couvéestardives. Une fois l’âge adulte, la date d’éclosion n’a par contre plus d’effet sur la survie desindividus. Deuxièmement, nous avons étudié les conséquences à court et long terme de la dated’éclosion sur différents indices de condition et sur la physiologie (la réponse au stress) desmoineaux. Nous avons trouvé que les individus issus de couvées précoces sont en meilleurecondition que ceux issus de couvées tardives (au moins pour certains indices de condition).Cependant, à long terme, il n’y a aucune différence entre les individus issus de couvées précoces etceux issus de couvées tardives. Enfin, nous avons examiné le lien qui peut exister entre condition,réponse au stress et survie chez cette espèce. Bien que la condition des individus ne semble pasreliée à leur probabilité de survie, la réponse au stress apparaît comme un bon indice de leur surviefuture. Nos résultats démontrent que les conditions de développement semblent affecter lephénotype et la survie des individus durant leurs premières semaines de vie. Cependant, la dated’éclosion ne semblent pas avoir de conséquences à long terme sur les individus ayant survécu à laphase juvéniles. Notre étude a permis d’identifier les conséquences de la date d’éclosion sur ledevenir des individus, et donc de mieux comprendre si des conditions de développementdéfavorables pourraient être, au moins en partie, impliqués dans le récent déclin des populationsMoineaux domestiques en Europe.Références bibliographiquesMots-clésChastel O., Lacroix A. et Kersten M., 2003. Journal of Avian Biology, 34: 298 – 306Monaghan P., 2008. Philosophical Transactions of the Royal Society, 363: 1635 – 1645Ricklefs R.E. et Wikelski M., 2002. TRENDS in Ecology and Evolution, 17: 462 – 468Van de Pol M., Bruinzeel L.W., Heg D., Van der Jeudg H.P. et Verhulst S., 2006. Journal of AnimalEcology, 75: 616 – 626Wingfield J.C., 2008. Philosophical Transactions of The Royal Society, 363: 425 – 441“silver spoon effect”, condition de développement, survie, stress69

P02- Rôle de la sélection sexuelle contre les hybrides dans la spéciation.Yasmin LATOUR 1 , Guila GANEM 21,2Institut des Sciences de l’Evolution, UMR 5554, Université Montpellier II,C.C. 065 34095 Montpellier cedex 5, France1 yasmin.latour@gmail.com2 guila.ganem@univ-montp2.frLorsque l’hybridation entre populations ayant évolué en allopatrie est maladaptative, ons’attend à ce que les appariement homogames soient favorisés par sélection naturelle. Lasélection sexuelle pourrait contribuer à l’évolution d’un tel isolement reproducteur si elleest dirigée contre les signaux de reconnaissance sexuelle des hybrides. Nous avons testécette hypothèse dans la zone d’hybridation entre deux sous-espèces européennes de lasouris (Mus musculus musculus & M. m. domesticus) où un pattern de renforcement a étémis en évidence. La zone hybride est composée d’individus au génome très recombiné, etpourrait jouer un rôle de barrière ou de pont entre les populations parentales. Des étudesantérieures ont montré que le système de reconnaissance sexuelle des souris était de typeolfactif et que des signaux présents dans l’urine permettaient aux populations des deuxsous espèces de se discriminer. Ici, nous proposons à des individus M. m. musculus un choixentre des signaux urinaires de souris du sexe opposé, soit de leur sous espèce soitd’hybrides provenant de différents points de la zone hybride. Nos résultats montrent unepréférence pour les stimuli musculus quelle que soit la distance géographique ou génétiqueentre les signaux hybrides et les populations musculus en bordure de la zone. Cettepréférence n’est pas mise en évidence chez les souris musculus provenant de populationsallopatriques. Les préférences observées semblent donc avoir évolué en sympatrie, et lefait que même les hybrides génétiquement proches de musculus soient rejetés suggèrefortement que la sélection post-zygotique n’est pas à l’origine de cette discrimination. Cesrésultats appuient l’hypothèse d’un rôle possible de la sélection sexuelle dans le maintientde l’isolement reproducteur entre les deux sous espèces européennes de la sourisdomestique.Mots-clésSpéciation, renforcement, homogamie, signaux olfactifs70

P03- Comment fait-on du sexe chez Schistosoma mansoni?Picard M, Duval D, Cosseau C, Grunau C, Boissier JPicard Marion, doctorante UPVD, marion.picard@univ-perp.fr / 04.68.66.20.50Duval David, maître de conférences UPVD / IUT, david.duval@univ-perp.fr / 04.68.66.17.78Céline Cosseau, maître de conférences UPVD / IUT, celine.cosseau@univ-perp.fr / 04.68.66.20.50Grunau Christoph, maître de conférences UPVD, christoph.grunau@univ-perp.fr / 04.68.66.21.80Boissier Jérôme, maître de conférences UPVD, boissier@univ-perp.fr / 04.30.19.23.12Dans le règne animal, le sexe des individus peut être déterminé par des facteursenvironnementaux, tels que la température, ou par des facteurs génétiques, reposants surl’existence de chromosomes sexuels. Dans ce dernier cas on distingue deux systèmes : lepremier présente une hétérogamétie mâle XY, c’est le cas des trois grands modèles biologiquesque sont la souris, la mouche drosophile et le ver Caenoharbditis elegans. Dans le secondsystème, la femelle est hétérogamétique ZW. C’est le cas des oiseaux, des papillons et du verparasite Schistosoma mansoni. Il a été montré que le déterminisme sexuel chez Gallus gallusreposait sur la présence d’un gène clef du chromosome Z : le DMRT (Double sex and Mab3Related Transcription factor). Plusieurs hétérologues de ce gène sont impliqués soit dans ledéterminisme du sexe, soit dans la différenciation sexuelle, et ce chez des espècesphylogénétiquement très éloignées. Quatre gènes de la famille des DMRT ont récemment étéidentifiés chez S. mansoni, nous amenant à penser qu’ils pourraient être impliqués dans ledéterminisme sexuel chez cette espèce.L’objectif de notre étude est de déterminer si une expression différentielle des DMRT chez lesindividus mâles et femelles serait liée à la détermination et à l’apparition du dimorphismesexuel chez S. mansoni.Dans un premier temps, nous avons développé une méthode de culture in vitro de S. mansoniafin de comparer les développements mâles et femelles, et donc l’apparition du sexephénotypique. Ce modèle offre ici l’avantage d’avoir une phase juvénile, « de l’embryon àl’adulte », accessible ce qui n’est pas le cas dans l’œuf du poulet ou la chrysalide du papillon. Austade larvaire, les individus mâles et femelles ne sont pas différents morphologiquement, alorsqu’ils présenteront deux phénotypes adultes très distincts. Pendant cette phase dedifférenciation, on parlera de schistosomules. La seconde partie de ce travail concerne lescaractéristiques moléculaires de ces schistosomules: nous avons mis en place une approchegène candidat visant à déterminer les profils d’expression, mâles et femelles, des gènes DMRTdurant ce stade. Nous avons réalisé pour cela une série de RT-qPCR.La caractérisation de la culture cellulaire (taux de mortalité, taille, transparence et épaisseur dutégument des individus) nous a permis de conclure quant au bon état physiologique desschistosomes, pré requis indispensable à toute étude moléculaire. La cinétique d’expression desgènes DMRT a montré des différences mâles/femelles, ce qui va dans le sens de notrehypothèse de départ.Références bibliographiquesManolakou P, Lavranos G, Angelopoulou R. Reprod Biol Endocrinol. 2006 Nov 13;4:59.Smith CA, Roeszler KN, Ohnesorg T, Cummins DM, Farlie PG, Doran TJ, Sinclair AH. Nature. 2009 Sep10;461(7261):267-71. Epub 2009 Aug 26.Kopp A. Trends Genet. 2012 Apr;28(4):175-84. Epub 2012 Mar 14.Collins JJ 3rd, King RS, Cogswell A, Williams DL, Newmark PA. PLoS Negl Trop Dis. 2011 Mar8;5(3):e1009.Mots-clésDéterminisme sexuel, Hétérogamétie femelle ZW, Gènes DMRT, Schistosoma mansoni71

P04- Préférence des femelles pour des mâles génétiquement proches ? Etude dans unepopulation insulaire de moineaux domestiques (Passer domesticus)Coraline Bichet 1 , Luc Dunoyer 1 , Yoshan Moodley 2 , Elise Cellier-Holzem 1 , Dustin Penn 2 , andGabriele Sorci 11 Biogéosciences, UMR CNRS 6282, Université de Bourgogne, 6 boulevard Gabriel, 21000 Dijon, France2 Konrad-Lorenz-Institute of Ethology, Department of Integrative Biology and Evolution, University ofVeterinarian Medicine Vienna, Savoyenstr. 1a, A-1160, Vienna, AustriaDe nombreuses études ont déjà montré que les femelles avaient tendance à choisir un partenairedifférent génétiquement, ce qui augmente la diversité génétique des descendants et évite laconsanguinité. Cependant, basées sur des études plus récentes, les hypothèses d’outbreedingavoidance et de kin-selection semblent remettre en cause cette théorie.Dans notre étude, nous avons examiné le comportement de choix de partenaire dans une populationinsulaire de moineau domestique (Passer domesticus). Nous avons utilisé deux types de marqueursgénétiques : 12 loci microsatellites et les gènes CMH de classe I. Nous avons également évalué lespaternités hors couples afin de pouvoir faire la distinction entre choix de partenaire social et choixde partenaire génétique.Nos résultats montrent que les poussins ont une diversité génétique plus faible qu’attendu soushypothèse d’appariement aléatoire. Par ailleurs, la paternité hors couple est étonnement très élevéedans notre population. Nos autres analyses tendent à montrer que les femelles réalisent descopulations hors-couples avec des mâles plus apparentés que leur mâle social, ce qui leur permetnotamment d’augmenter leur succès reproducteur.Mots-clésMate choice, Passer domesticus, Major Histocompatibility Complex, microsatellites, extra-pairpaternity.72

P05- Diapause prolongée et flux de gènes temporels dans une population d’insectesforestiers méditerranéensCindy Gidoin 1 , Marie Suez 2 , François Lefèvre 3 , Jean-Noel Candau 4 , Alain Chalon 5 , MarionSondo 6 & Thomas Boivin 71,2,3,5,6,7UR629 Ecologie des Forêts Méditerranéennes (URFM).1Tel : 04-32-72-29-97 ; email : cindy.gidoin@avignon.inra.fr2 Tel : 04-32-72-29-98 ; email : marie.suez@avignon.inra.fr3Tel : 04-32-72-29-01 ; email : francois.lefevre@avignon.inra.fr4Centre de foresterie des Grands Lacs, Sault Ste. Marie, Ontario, CANADA.Tel : (705) 541-5759 ; email : Jean-Noel.Candau@NRCan-RNCan.gc.ca5 Tel : 04-32-72-29-84 ; email : alain.chalon@avignon.inra.fr6Tel : 04-32-72-29-83 ; email : marion.sondo@avignon.inra.fr7 Tel : 04-32-72-29-44 ; email : thomas.boivin@avignon.inra.frDe nombreuses espèces soumises à des fluctuations imprévisibles de leur environnementprolongent leur diapause, une forme de dormance, sur plus d’un an (Hanski, 1988). Il a étémontré que la diapause prolongée peut constituer un refuge démographique pour despopulations vivant en environnements stochastiques (Menu et al., 2000), mais à ce jour,son degré d’implication dans les flux de gènes temporels au sein de ces populations resteinconnu. Dans ce contexte, nous avons testé si la diapause prolongée est susceptible decontraindre ou de promouvoir les flux de gènes temporels chez Megastigmus schimitscheki,un insecte hyménoptère invasif spécialiste des graines dont la plante-hôte (Cedrus spp.)montre d’importantes fluctuations interannuelles de fructification. Dans un premier temps,nous avons caractérisé le patron de diapause prolongée de M. schimitscheki en suivant, aucours de cinq années consécutives, l’émergence d’adultes issus de 25 cohortes larvairesdiapausantes. Ce patron présente une forme bimodale composée de deux pics majeursd’émergences après deux ans (80% des adultes émergeants) et quatre ans (17%) dediapause. A l’aide de neuf marqueurs microsatellites polymorphes, nous avons caractériséles flux de gènes temporels au sein d’une population naturelle de M. schimitscheki ayantété échantillonnée sur 10 années consécutives (1999-2008). La dynamique temporellebimodale de l’émergence des cohortes ne semble pas constituer une barrière aux flux degènes entre les cohortes produites une année paire et celles produites une année impaire(FST = 0,002). Quatre goulots d’étranglement génétique ont pu être détectés dans l’histoirede cette population (en 1999, 2001, 2003 et 2006), résultant probablement d’annéesrécurrentes de faibles productions de graines par la plante-hôte. Nous montronsnéanmoins comment des individus émergeant de diapause prolongée peuvent contribuer àrestaurer la diversité génétique perdue au cours de tels accidents démographiques. A notreconnaissance, cette étude est la première caractérisation d’un refuge génétique conférépar la diapause prolongée en environnement stochastique.Références bibliographiquesHanski, I. (1988). Four kinds of extra long diapause in insects: a review of theory and observations.Ann. Zool. Fenn., 25, 37-53.Menu, F., Roebuck, J.P. & Viala, M. (2000). Bet-hedging diapause strategies in stochasticenvironments. Am. Nat., 155, 724–734.Mots-clésgoulot d’étranglement, refuge génétique, Megastigmus, microsatellites.73

P06- Les populations en limite d’aire de répartition font-elles moins de sexe ? Le cas de l’alguebrune Lessonia nigrescens le long des côtes chiliennes.Jaugeon Lucie b (lucie.jaugeon@sb-roscoff.fr), Destombe Christophe a (destombe@sbroscoff.fr,Valero Myriam a,b (valero@sb-roscoff.fr), Mauger Stephane a,b(stephane.mauger@sb-roscoff.fr), Faugeron Sylvain c (sfaugeron@bio.puc.cl)a UPMC Université Paris VI, UMR 7144, Equipe Evolution et Génétique des Populations Marines, LIA ‘‘DIAMS”,Station Biologique de Roscoff, B.P. 74, Place Georges Teissier, 29682 Roscoff, Franceb CNRS, UMR 7144, Equipe Evolution et Génétique des Populations Marines, LIA ‘‘DIAMS”, Station Biologique deRoscoff, B.P. 74, Place Georges Teissier, 29682 Roscoff, Francec Departamento de Ecología and Center for Advanced Studies in Ecology and Biodiversity, LIA ‘‘DIAMS”, Facultadde Ciencias Biológicas, Pontificia Universidad Católica de Chile, Casilla 114-D, Santiago, ChileLes changements climatiques peuvent entrainer des modifications d’aire de répartition decertaines espèces (Thomas et al., 2004). Les populations situées en limite d’aire sontgénéralement les plus exposées et leur maintien dépendra essentiellement de leur capacité àse reproduire et/ou à s’adapter aux nouvelles conditions. L’étude des systèmes dereproduction en limite d’aire est donc particulièrement intéressante pour essayer decomprendre l’évolution des populations face à ces changements environnementaux. C’estdans ce contexte que nous avons étudié les capacités de dispersion et la structure génétiquede l’algue brune Lessonia nigrescens le long des côtes chiliennes, en comparant les populationsmarginales et centrales, et en utilisant six marqueurs microsatellites. L’étude des génotypesmultilocus nous a permis de tester l’hypothèse d’un changement de système de reproductiondans les populations marginales (parthénogénèse géographique, voir pour revue Kearney,2005). Les résultats montrent que la dispersion se fait majoritairement sur de courtesdistances, ce qui se traduit par une très forte différenciation entre populations. Cependant,aucune augmentation de la différenciation et aucune diminution de la diversité génétiquen’est observée dans les populations marginales par rapport aux populations centrales,contrairement aux attendus (Hampe and Petit, 2005 ; Eckert et al, 2008). Enfin, nos résultatsrévèlent la présence de génotypes multilocus partagés ainsi que des génotypes homozygotes àtous les locus ce qui suggère fortement l’existence de reproduction asexuée chez cette espècequi n’est cependant pas clairement associé aux populations marginales. Finalement, lastructure génétique suggère que le mode de reproduction chez cette espèce est mixte, alliantreproduction sexuée et asexuée.Références bibliographiquesEckert CG, Samis KE and Lougheed SC (2008) Genetic variation across species’ geographical ranges: thecentral–marginal hypothesis and beyond. Molecular Ecology 17: 1170-1188.Hampe A, Petit RJ (2005) Conserving biodiversity under climate change: the rear edge matters. EcologyLetters 8: 461-467.Kearney M (2005) Hybridization, glaciation and geographical parthenogenesis. Trends in Ecology &Evolution 20: 495-502.Thomas CD, Cameron A, Green RE, Bakkenes M, Beaumont LJ, Collingham YC, Erasmus BFN, Ferreira deSiqueira M, Grainger A, Hannah L, Hughes L, Huntley B, Van Jaarsveld AS, Midgley GF, Miles L, Ortega-Huerta MA, Peterson AT, Phillips OL, Williams SE (2004) Extinction risk from climate change. Nature 427:145-147Mots clefsPopulations marginales et centrales, parthénogénèse géographique, structure génétiquedes populations, algue brune74

Session 2 «Structure génétique des populations et phylogénies»P07- Structure génétique du lézard de Bedriaga (Archaeolacerta bedriagae), endémique dubloc corso-sardeCéline Schwartz, Véronique Arnal, Françoise Poitevin, Marc Cheylan et Claudine MontgelardBiogéographie et Ecologie des Vertébrés (EPHE), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (UMR 5175CNRS), 1919 route de Mende, 34293 Montpellier cedex 5 (France)Le lézard de Bedriaga (Archaeolacerta bedriagae) est une espèce endémique de Corse et deSardaigne. Une étude basée sur 17 locus microsatellites et 77 individus a été menée dans lebut de comprendre la structuration génétique des différentes populations en Corse. Quatrepopulations majeures distinctes et bien structurées ont été mises en évidence. Les résultatsobtenus montrent que ces populations sont génétiquement bien identifiables, avec des Fstsignificatifs, et que les paramètres intra-populations comme le Fis, l’hétérozygotie et larichesse allélique (proportionnellement à la taille des échantillons) sont semblables. Enparticulier, on n’observe pas de variabilité génétique réduite pour une des populations isoléesur le littoral, comparativement aux trois autres populations de montagne. Un des constatsmajeurs de cette étude est la présence d’un fort déficit en hétérozygotes. Les hypothèsesavancées pour expliquer ce phénomène sont soit un effet Wahlund, soit un fort taux deconsanguinité ou d’apparentement entre les individus. Finalement, notre étude ne révèle pasl’existence de deux lignées distinctes comme cela a été montré dans une étude précédentebasée sur des séquences d’ADN mitochondrial.75

P08- Molecular Phylogeny of Turkish and Iranian Artemisia with ITS, preliminary resultsSotoodeh A., K. Aktas, M. Kürsat, C. Pelissier S.Civelek F. Attar & L. CiveyrelKamuran AKTAS, Department of Biology, Faculty of Science and Arts, Celal Bayar University, Manisa –TURKEYFarideh ATTAR Herbarium of Tehran, University of Tehran-IranSemsettin CIVELEK, Department of Biology, Faculty of Science and Arts, Fırat University, Elazıg - TURKEYLaure CIVEYREL, Ecolab, UMR 5245, Université de TOULOUSE 31062 FranceMurat KÜRSAT, Department of Biology, Faculty of Science and Arts, Bitlis Eren University, Bitlis - TURKEYCéline PELISSIER, Ecolab, UMR 5245 ,Université de TOULOUSE 31062 FranceArash SOTOODEH, Ecolab, UMR 5245 ,Université de TOULOUSE 31062 FranceClassification and phylogeny of the genus Artemisia L. is discussed. Artemisia belongs to thelargest family of the Eudicotyledones Asteraceae and is one of its largest genera with about500 taxa. Its centers of diversity lie in the temperate and cold temperate regions of theEurasia, North America and Asia. The genus is divided into five large groups Absinthium DC.,Artemisia L., Dracunculus Besser, Seriphidium Besser and Tridantatae (Rydb.) McArthur. Itsphylogeny was based on the two hypothesized evolutionary trends, loss of fertility in thedisc florets and loss of ray florets. Recently its molecular phylogeny suggested that thegenus Artemisia is monophyletic but the problem of infra-generic classification is notresolved. For this study we have sampled all the taxa of Turkey and Iran and included themin the published phylogeny with ITS. We want to determine whether the morphologicaldifferences which identified by traditional taxonomists, can be supported by geneticallybased DNA variation(or molecular phylogenetic) or not, and therefore it will revealvaluable insights into the speciation processes. This study will contribute to a betterunderstanding of phylogenetic studies of Artemisia.Mots-clésPhylogénie, Asteraceae, Evolution, Artemisia76

P09- Développement de marqueurs microsatellite spécifiques au nématode du pin,Bursaphelenchus xylophilus, et évaluation de la diversité génétique des populationseuropéennes.Mallez S, Castagnone C, Espada M, Mota M, Guillemaud T, Castagnone PSophie Mallez : 04 92 38 65 66 ; sophie.mallez@sophia.inra.frChantal Castagnone : 04 92 38 64 38 ; chantal.castagnone@sophia.inra.frMargarida Espada : mespada@uevora.ptManuel Mota : +351 266 760 800 ; mmota@uevora.ptThomas Guillemaud : 04 92 38 64 81 ; guillem@sophia.inra.frPhilippe Castagnone-Sereno : 04 92 38 64 39 ; pca@sophia.inra.frOriginaire d’Amérique du Nord, le nématode du pin, Bursaphelenchus xylophilus (Steiner &Buhrer, 1934), Nickle (Nematoda: Aphelenchoididae) est responsable de la maladie dudépérissement du pin hors de son aire native (Mamiya, 1976, 1983) et est actuellementconsidéré comme l’un des ravageurs et agents pathogènes les plus importants dans lemonde (Webster & Mota, 2008). Son introduction et son expansion dans des nouveauxécosystèmes forestiers ont des conséquences considérables d’un point de vue économiqueet écologique (Evans et al., 1996; Mamiya, 1988; Suzuki, 2002). Par conséquent, déterminerl’origine des nouvelles émergences, identifier ses routes d’invasion et comprendre leprocessus invasif de cette espèce est essentiel pour prévenir la future dissémination de lamaladie en Europe. Afin de répondre à ces questions en utilisant des approches degénétique des populations, nous avons mis au point un ensemble de marqueursmicrosatellite spécifiques au nématode du pin, utilisables en routine via des multiplex etune méthode d’extraction d’ADN rapide. Les marqueurs microsatellite ont été isolés àpartir d’une banque, obtenue en employant une procédure combinant l’enrichissement del’ADN et le pyroséquençage haut débit comme décrit par Malausa et al. (2011). Desamorces ont été conçues pour 94 marqueurs dont 26 ont été validés expérimentalement àce jour. Parmi eux, 18 marqueurs sont apparus polymorphes après plusieurs séries de tests.Les résultats préliminaires sur un ensemble de 190 nématodes provenant de 13 souchesindiquent un très faible niveau de polymorphisme dans les souches d’origine portugaise etde l’île de Madère, comparativement aux souches de l’aire native nord-américaine. Legénotypage d’une vaste collection d’échantillons provenant de l’Europe, d’Asie etd’Amérique du Nord est actuellement en cours au laboratoire.Références bibliographiquesMots-clésEvans HF, McNamara DG, Braasch H, Chadoeuf J, Magnusson C, (1996) OEPP/EPPO Bulletin 26, 199 -249.Malausa T, Gilles A, Meglecz E, et al., (2011) Molecular Ecology Resources 11, 638-644.Mamiya Y, (1976) Japan Agricultural Research Quarterly 10, 206 - 211.Mamiya Y, (1983) Annual Review of Phytopathology 21, 201-220.Mamiya Y, (1988) Journal of Nematology 20, 219 - 226.Steiner G, Buhrer EM, (1934) Journal of agricultural research 48, 949 - 951.Suzuki K, (2002) Dendrobiology 48, 71 - 74.Webster J, Mota M, (2008) In: Mota M, Vieira P, (Eds). Pine wilt disease: a worldwide threat to forestecosystems. Heidelberg, Germany, Springer, pp. 1-3.Invasion biologique, maladie du dépérissement du pin, espèce invasive, marqueur microsatellite.77

P10- Evolution of plant micro-RNAsSoucaze M & de Meaux JMarion Soucaze- Institute for Evolution and Biodiversity-Westfälische Wilhelms Universität MünsterJuliette de Meaux-Institute for Evolution and Biodiversity-Westfälische Wilhelms Universität MünsteMicro-RNAs are small non-coding RNAs produced from the cleavage of precursor moleculesforming a hairpin. In plant they down-regulate the expression of only one or a few targetgenes. Contrary to the animal precursors which are quite uniform in size and shape, plantprecursor can be very variable and this polymorphism can impact the rate at which maturemicro-RNAs are produced. However, not much is known about the adaptive relevance ofthis variation. Is there selection pressure on precursor structure? Is there a correlationbetween phylogenetic distances and differences in processing rate? Is this variationtemperature sensitive? Does it correlate with climatic variable?To address these questions, we plan to study the polymorphism of each micro-RNA gene inArabidopsis thaliana. We will predict in silico how polymorphisms affect the structure ofthe precursors and whether this structure is sensitive to environmental temperature. Afterthat, we plan to validate experimentally the predictions and determine the processing rateof each allele of interest. Then, we will investigate the evolutionary relevance of thisvariation by analyzing geographical and climatic distribution of the alleles as well as theirpopulation genetics history. Furthermore, we will evaluate whether functional variation inmiRNA precursors is a widespread feature or whether it tends to be lineage specific. Forthis, we will focus on ath-miR824, a precursor showing functional variation in A. thalianaand analyze its orthologs throughout the Brassicaceae. In parallel, we will induce randommutations to identify the subset of positions that have an effect on micro-RNA processing.In this way, neutral and adaptive processes can be disentangled. This study could be firstrealized by prediction in silico. We also plan to validate the results both in vitro using abiochemical assay developed in the lab and in vivo using transgenics.Mots-clésEvolution, microRNAs, polymorphism, precursor structure78

P11- Etude de la diversité génétique dans le genre Arundo L. (Poaceae) et implicationstaxonomiques et phylogéographiquesLaurent Hardion, Régine Verlaque, Alex Baumel, Marianick Juin and Bruno VilaInstitut Méditerranéen de Biodiversité et d’Ecologie (UMR CNRS 7263), Aix-Marseille Université, Campus StCharles, case 4, place Victor Hugo 3, 13331 Marseille, FranceLe genre Arundo L. (Arundinoideae, Poaceae) regroupe plusieurs roseaux méditerranéenset asiatiques caractérisés par de hautes tiges robustes, un parallèle rare avec lesBambusoideae. Si 238 taxons d’Arundo ont été décrits, le genre est actuellement réduit de3 à 5 espèces. De part une forte variation morphologique, leurs délimitations taxonomiquesrestent mal définies et aucune étude sérieuse de biologie moléculaire n’existe sur le sujet.A l’aide de 10 séquences chloroplastiques, 6 couples d’amorces AFLP, des comptageschromosomiques et une analyse morphologique détaillée, nous avons étudié lepolymorphisme de 90 populations du bassin méditerranéen. Nos premiers résultatsdéfinissent cinq taxons dans le genre Arundo, dont l’endémique taïwanaise A. formosanaHack. (2n = 72), la cosmopolite A. donax L. (2n = 108), et trois taxons anciennement inclusdans A. plinii Turra: le circum-méditerranéen A. micrantha Lam. (2n = 72), l’Italo-balkaniqueA. plinii s.s. (2n = 72-76) et le Franco-Ligure A. donaciformis (Loisel.) Hardion et al. (2n =108). Les méthodes d’empruntes génétiques (AFLP) montrent la faible diversité génétiquede ces taxons, à l’exception d’A. plinii s.s., seul taxon fertile présentant une diversitéstructurée géographiquement. Les niveaux de polyploïdie semblent jouent un rôle majeurdans les phénomènes reproduction/multiplication.Références bibliographiquesHardion L., Verlaque, R., Callmander, M.W. and Vila, B., 2012. Arundo micrantha Lam. (Poaceae), thecorrect name for A. mauritanica Desf. and A. mediterranea Danin, in press.Hardion L., Verlaque R., Fridlender A. and Vila B., 2011. In: Marhold K. (ed.), IAPT/IOPB Chromosomedata 11. Taxon 60 (4): 1221.Mots-clésArundo Taxonomie AFLP Polyploïdie79

P12- Development Of Non Invasive Genetic Identification Methods And PolymorphicMicrosatellites For The Pyrenean Desman (Galemys Pyrenaicus)F. Gillet (1)(2)(3)(6), M.T. Cabria Garrido (1), Mélanie Némoz (2), Frédéric Blanc (2), AlainBertrand (2), Benjamin J. Gómez-Moliner 4 , Elena G. González 5 , Rafael Zardoya 5 J.Michaux (1)(3)(1) Laboratoire de biologie évolutive, Institut de Botanique, bât b22, Université de Liège (Sart Tilman), 4000,Liège, Belgium ; (f.gillet@doct.ulg.ac.be); (2) Conservatoire Régional des Espaces Naturels de Midi-Pyrénées(CREN-MP), 75, voie du TOEC, 31076 Toulouse Cedex 03 ; (3) Centre de Biologie et de Gestion desPopulations (CBGP), UMR 1062, Campus International de Baillarguet, CS 30016, 34988, Montferrier / Lez(Montpellier) cedex ; (4) Departamento de Zoología y B.C.A., Facultad de Farmacia, Universidad del PaísVasco UPV-EHU; Paseo de las Universidades, 7,01006 Vitoria-Gasteiz, Spain ; (5) Departamento deBiodiversidad y Biología Evolutiva, Museo Nacional de Ciencias Naturales, CSIC; José Gutiérrez Abascal, 2,28006 Madrid, Spain, (6) I.N.R.A. - C.E.F.S. Chemin de Borde Rouge, Auzeville, BP 52627, 31326 Castanet-Tolosan Cedex, FranceMots-clésThe Pyrenean desman (Galemys pyrenaicus) is probably one of the most threatenedEuropean mammal species. This small insectivorous and semi-aquatic species is endemic tothe Pyrenean Mountains and of the north of the Iberic Peninsula. Many biologic aspects ofthis species are currently suffering from a major lack of information, particularly thoseconcerning its genetics. Therefore the implementation of conservative efforts for thePyrenean Desman remains extremely difficult.In order to improve the knowledge of this vulnerable species and notably, to betterunderstand its distribution area, the first aim of our research was to develop non invasivegenetic identification methods based on faeces. The second aim was the development ofseveral polymorphic microsatellites markers in order to have a first look at the geneticstructure of the Pyrenean Desman in its French distribution area.The identification methods were developed on the basis of the sequencing of a smallmitochondrial DNA (cyt b) fragment as well as a RFLP method. These approaches led to theidentification of the Pyrenean desman and to the differentiation of the latter from twoother species living in the same type of habitat, the white-throated dipper (Cinclus cinclus)and the water shrew (Neomys fodiens).More than fifteen polymorphic microsatellites markers could be found for the PyreneanDesman and their genotyping revealed a low number of alleles per locus (two to five). Theresults of this preliminary work tend to show a low genetic diversity for the PyreneanDesman but this result needs to be confirmed in the future with a more extended andcomplete study.Non-invasive Genetic Conservation Galemys microsatellite80

P13- Inférence démographique utilisant des “skyline plots” avec le calcul bayésienapprochéMiguel NavascuésINRA, UMR1062 CBGP, F-34988 Montferrier-sur-Lez, France. navascues@supagro.inra.frLes “skyline plots” bayésiennes (BSPs ; Ho et Shapiro 2011) sont des représentations de ladensité de probabilité a posteriori de la taille efficace de population en fonction de temps ;c’est à dire, une représentation graphique de la fluctuation de la taille efficace depopulation avec du temps basée sur les évaluations obtenues à partir de l’inférencebayésienne. L’intérêt des BSPs est qu’ils permetre d’inférer des changements graduels de lataille efficace de population sans avoir un a priori sur une fonction mathématiquedéterminant la forme du changement démographique. Par exemple, une populationaugmentant, instantanément, exponentiellement ou logistiquement peut être biencaractérisée par un BSP. Au présent, la seule implementation de cette analyse a été faitedans le cadre d’estimation de la vraisemblance par MCMC et est limitée aux données desequence d’ADN sans recombinaison intra-locus. J’ai exploré comment mettre enapplication les BSP dans le cadre du cacul bayésien approché (ABC ; Csilléry et al. 2010),avec des résultats préliminaires prometteurs. L’intêret d’une implementation dans le cadreABC est l’obtention des BSP a partir de données multilocus de sequence d’ADNrecombinant mais également d’autres marqueurs moléculaires tels que des microsatellites,AFLPs ou SNPs (et tout type de données qui peuvent être simulées).Les “skyline plots” bayésiennes (BSPs ; Ho et Shapiro 2011) sont des représentations de ladensité de probabilité a posteriori de la taille efficace de population en fonction de temps ;c’est à dire, une représentation graphique de la fluctuation de la taille efficace depopulation avec du temps basé sur les évaluations obtenues àpartir de l’inférence bayésienne. L’intérêt des BSPs est qu’ils permetre d’inférer deschangements graduels de la taille efficace de population sans avoir un a priori sur unefonction mathématique déterminant la forme du changement démographique. Parexemple, une population augmentant, instantanément, exponentiellement oulogistiquement peut être bien caractérisée par un BSP. Au présent, la seule implementationde cette analyse a été faite dans le cadre d’estimation de la vraisemblance par MCMC et estlimitée aux données de sequence d’ADN sans recombinaison intra-locus. J’ai explorécomment mettre en application les BSP dans le cadre du calcul bayésien approché (ABC ;Csilléry et al. 2010), avec des résultats préliminaires prometteurs. L’intêret, d’uneimplementation dans le cadre ABC est l’obtention des BSP a partir de données multilocusde sequence d’ADN recombinant mais également d’autres marqueurs moléculaires tels quedes microsatellites, AFLPs ou SNPs (et tout type de données qui peuvent être simulées).Références bibliographiquesMots-clésHo, S.Y.W. & Shapiro, B. 2011. Skyline-plot methods for estimating demographic history fromnucleotide sequences. Molecular Ecology Resources 11: 423–434.Csilléry, K., Blum, M.G.B., Gaggiotti, O.E. & François, O. 2010. Approximate Bayesian Computation(ABC) in practice. Trends in Ecology & Evolution 25: 410–418.Calcul bayésien approché, goulot d’étranglement, expansion, représentation graphique81

P15- Phylogéographie des communautés de gorgonaires méditerranéens : connectivité ethistoire évolutivePivotto D. I., De Clerck N., Aurelle D.Aix Marseille Univ, UMR7263 IMBE, CNRS, Station Marine d’Endoume, Chemin de la Batterie des Lions,13007 Marseilleisabelle.pivotto@imbe.fr, tel : 0491041602didier.aurelle@imbe.fr, tel : 0491041618La phylogéographie vise à étudier les proximités génétiques entre populations d’une espèceen lien avec sa distribution géographique et écologique (Avise et al. 1987; Avise 2000). Lesétudes qui en découlent permettent de tenter de comprendre l’impact des fluctuationspassées sur la structuration génétique actuelle d’une espèce. Ces études sont encorerelativement souvent monospécifiques et basées sur un seul marqueur, généralementmitochondrial. Les progrès dans l’acquisition de données de séquences permettent del’envisager sous un nouveau jour. D’une part des approches multilocus sont de plus en plusutilisées et fournissent une alternative à l’utilisation du seul ADN mitochondrial (Galtier etal. 2009). D’autre part des approches multispécifiques peuvent être mises en œuvre sur ungroupe de marqueurs communs. La phylogéographie comparée fournit ainsi desinformations sur les facteurs environnementaux qui influencent l’évolution descommunautés et des écosystèmes par opposition aux éléments liés à une seule espèce. Parexemple, l’alternance des périodes glaciaires et interglaciaires du Quaternaire, a eu desconséquences communes sur la phylogéographie des espèces continentales avec ladescription de zones refuges partagées (Petit et al. 2005). En milieu marin, relativementpeu d’études se sont intéressées aux conséquences des fluctuations climatiques passées(Maggs et al. 2008; Marko et al. 2010) alors que les variations concomitantes de niveau dela mer peuvent avoir des effets génétiques marqués (Crandall et al. 2012). Le but de cetteétude est de proposer une analyse de phylogéographie comparée des octocoralliaires deMéditerranée. Ces espèces présentent une grande importance écologique et lespopulations situées au dessus de 120 m de profondeur sont toutes issues de recolonisationpost-glaciaire. Il s’agit de tester si les variations climatiques et de niveau de la mer ontaffecté de manière similaire ces espèces, que ce soit au niveau de la connectivité despopulations ou de leur diversité génétique (goulot et expansion démographique parexemple). Trois espèces seront étudiées ici : le corail rouge Corallium rubrum, la gorgonerouge Paramuricea clavata et la gorgone jaune Eunicella cavolinii. Des séquences d’intronsseront utilisées afin de reconstituer leur histoire évolutive en Méditerranée et derechercher d’éventuels patrons communs d’évolution.Références bibliographiquesMots-clésAvise, J.C. (2000). Harvard University Press.Avise, J.C et al. (1987) Annual Review of Ecology and Systematics, 18, 489–522.Crandall, E.D. et al. (2012) Mol Biol Evol, 29, 707–719.Galtier, N., et al.. (2009). Mol. Ecol., 18, 4541–4550.Maggs, C.A., et al. (2008). Ecology, 89, S108–122.Marko, P.B., et al. (2010). Molecular Ecology, 19, 146–169.Petit, R.J., Hampe, A. & Cheddadi, R. (2005). Taxon, 54, 877–885.Phylogéographie comparée, octocoralliaires, expansion, fluctuations climatiques82

P16- Stratégies d’hivernation et structuration génétique d’une espèce prédatrice depucerons (Episyrphus balteatus, Diptera : Syrphidae) en Europe.Lucie RAYMOND 1,2 , Lucie MIEUZET 2 , Aude VIALATTE 1 , Manuel PLANTEGENEST 21 UMR Dynafor (INRA / INP-ENSAT / EI Purpan) - Chemin de Borde Rouge - BP 52627 - 31326 CastanetTolosan Cedex2 UMR IGEPP (INRA / Agrocampus Ouest / Université Rennes1) - DOMAINE de la MOTTE - F-35653 Le RheuCedexLa famille des diptères syrphidés compte plusieurs espèces aphidiphages au stade larvaire,présentant à ce titre un intérêt pour le contrôle biologique des pucerons. Plusieursstratégies d’hivernation ont été mises en évidence chez ces espèces : hivernation locale austade larvaire, hivernation locale au stade adulte, et migration à large échelle. Lacoexistence de ces stratégies a de fortes implications en termes de dynamique despopulations et par conséquent de contrôle biologique. Dans cette étude, nous noussommes intéressés à la structuration génétique des populations d’une espèce aphidiphagemajeure (E.balteatus), à une échelle locale entre populations adoptant des stratégiesd’hivernation différentes, et à une échelle large entre populations d’origines géographiquesdifférentes. Nous avons étudié cette structuration sur 12 locis microsatellites nouvellementdéveloppés. Par l’utilisation de ces 12 marqueurs, nous avons montré une absence destructuration génétique, que ce soit en fonction de la stratégie d’hivernation, ou enfonction de l’origine géographique. Ce résultat est cohérent avec l’existence de largesmouvements migratoires favorisant le brassage entre populations d’origines différentes. Ilmet également en évidence un brassage entre individus issus des différentes stratégiesd’hivernation, ce qui implique une coïncidence spatio-temporelle et une compatibilitésexuelle entre ces individus.Références bibliographiquesAubert J., Jaccard M., 1981. La migration des Syrphides (Diptères) dans le Jura vaudois. Mitteilungender Schweizerischen Entomologischen Gesellschaft, 54, 367-370.Hondelmann P., Poehling H.M., 2007. Diapause and overwintering of the hoverfly Episyrphusbalteatus. Entomologia Experimentalis et Applicata, 124, 189–200.Sarthou J.P., Ouin A., Arrignon F., Barreau G., Bouyjou B., 2005. Landscape parameters explain thedistribution and abundance of Episyrphus balteatus (Diptera: Syrphidae). European Journal ofEntomology, 102, 539-545.Mots-clésEpisyrphus balteatus, hivernation, génétique des populations, contrôle biologique83

P17- Caracterisation genetique par pcr-sequençage de populations ouest africaines de labruche Caryedon serratus ol. (Coleoptera : Bruchinae), ravageur des stocks d’arachideArachis hypogaea l.Assane Ndong1*, Toffène Diome1, Cheikh Thiaw2, Awa Ndiaye1, Khadim Kébé1, AliDouma3, Guillaume Ketoh4, Antoine Sanon5 and Mbacké Sembène11Département de Biologie Animale, Faculté des Sciences et Techniques, B. P. 5005 Dakar, Sénégal.2CERAAS-ISRA, route de Khombole, B. P. 3320, Thiès, Sénégal.3Université Abdou Moumouni Niamey, Faculté des Sciences, P. O. Box 10662, Niamey, Niger.4Laboratoire d’entomologie, Faculté des Sciences, Université de Lomé, B. P. 1515, Lomé, Togo.5Laboratoire d’entomologie, Université de Ouagadougou, Burkina Faso.L’arachide (Arachis hypogaea Linn.) compte parmi les productions végétales qui concourentle plus largement à la couverture des besoins nutritionnels des populations ouestafricaines.Son infestation par Caryedon serratus (Coleoptera, Chrysomelidae, Bruchinae),dont les larves se développent dans les graines en consommant les réserves contenuesdans les cotylédons, inflige de lourdes pertes allant de 70% à 83% entre 4 et 6 mois destockage. Cette étude consiste à identifier les différents haplotypes circulant dans la sousrégionouest africaine et à caractériser la diversité génétique des haplotypes ; les affinitésphylogénétiques entre populations allopatriques de même plante hôte chez l’espèce C.serratus grâce à la technique PCR-Séquençage du gène nucléaire 28S ; afin de préconiserultérieurement des stratégies de lutte en tenant compte des paramètres bio etagroécologiques de ces quatre pays. Les résultats permettent de mettre en évidence 7haplotypes (H) répartis dans 4 haplo-groupes (HG). Les 5 haplotypes individuels sontconstitués de 4 individus provenant du Niger et 1 du Mali. C’est le même biotype dePiliostigma reticulatum adapté à l’arachide qui infeste les cultures dans toute la sousrégion.L’isolement géographique n’est pas déterminant dans la structuration génétiquedes populations de C. serratus d’une même plante hôte donnée.Mots-clésCaryedon serratus, Arachis hypogaea, Gène nucléaire 28S, Haplotype, Haplo-groupe, Ecotype,Afrique de l’Ouest.84

P18- Distribution et différenciation des populations laguno-marines d’anchois enMéditerranéeOUESLATI Soumaya (1,2), AUGE Marie Thérèse (1), KADA Omar (3), JARBOUI Othman (2),FADHLAOUI-ZID Karima (2) & BONHOMME François (1)(1) Station méditerranéenne de l’environnement littoral, 2 rue des chantiers, 34200 Sète, France[soumaya.oueslati@etud.univ-montp2.fr],[françois.bonhomme@univ-montp2.fr](2) Institut national des sciences et technologie de la mer, Port de pêche 2060, la Goulette, Tunisie[karimafadhlaoui@yahoo.fr],[othman.jarboui@instm.rnrt.tn](3) Institut national de recherches halieutiques, Nador, Maroc [inrhomarkada@yahoo.fr]Chez l’anchois de Méditerranée, deux entités génétiques ont été décrites dans le bassinNord-Ouest. Dans cette étude, nous analysons 30 populations d’anchois, réparties entre laTunisie, la France, la Mer Noire et le Maroc. Prélevés dans des milieux lagunaires ainsiqu’en mer ouverte. Deux locus microsatellites parmi les six étudiés révèlent une fortedifférenciation liée à l’habitat lagunaire, confirmant ainsi l’existence d’anchois lagunaires(ou très côtiers) sur la rive sud de la Méditerranée. L’étude conjointe du cytochrome b del’ADN mitochondrial montre la présence de deux clades mitochondriaux trouvés ensympatrie en fréquence variable dans tous les échantillons, indiquant que les deux entitésgénétiques, quoique distinctes, se sont hybridées partiellement. L’analyse combinéemontre l’existence d’un déséquilibre nucléo-cytoplasmique significatif, ce qui estprobablement le reflet d’incompatibilités génétiques partielles entre les deux entités. Lesanchois côtiers du sud et du nord de la Méditerranée, quoique plus semblables entre euxqu’ils ne le sont des anchois de mer ouverte, sont néanmoins assez divergents les uns desautres, ce qui reflète leur isolement relatif probablement lié à leur préférences écologiques.Mots-clésAnchois, cytochrome b, microsatellite, hybridation, clade, sympatrie.85

P19- Diversité des histoires biogéographiques chez la plante endémique restreinteArenaria provincialisMarine Pouget 1 , Alex Baumel 1 , Jérémy Migliore 1 , Sami Youssef 2 , Marianick Juin 1 , FrédéricMédail 11 Aix-Marseille Université, Institut Méditerranéen de Biodiversité et d’Ecologie marine et continentale(IMBE), Bâtiment villemin, europole méditerranéen de l’Arbois, BP80, 13545 Aix-en-Provence.2 General Commission of Biotechnology, Ministry of higher education, Po Box: 48, Achrafiet Sahnaya,Damascus, SyriaComprendre les phénomènes de persistance à long terme des populations et à travers leschangements climatiques est une aspiration majeure de l’écologie visant à conserver lesprocessus à l’origine de la biodiversité. La phylogéographie reconstituant l’histoirebiogéographique au sein des espèces, est l’une des approches permettant de mieuxcomprendre cette persistance. L’objectif de ce travail est d’analyser des hypothèsessur l’histoire biogéographique qui a conduit à la répartition de la diversité génétiqueactuelle d’Arenaria provincialis (Caryophyllaceae), végétal endémique du sud de laProvence. Ce travail comprend deux objectifs : (i) l’étude des liens phylogénétiques dans legenre Arenaria, afin de mieux comprendre l’origine de l’espèce, et (ii) rechercher lespatrons de différenciation de l’ADN chloroplastique (ADNcp) et leur répartitiongéographique. Arenaria provincialis a une origine ancienne que les datations moléculairesestiment à la fin du Tertiaire. L’histoire de l’espèce s’est façonner durant oscillationsclimatiques du Quaternaire, et se caractérise par une longue persistance des populations ausein de son aire de répartition. L’étude phylogénétique révèle également des schémas dediversité génétique étonnants compte tenu du territoire réduit qu’elle occupe. La recherchedes zones ancestrales de diversification a permis de mettre en évidence des histoiresdifférentes selon la localisation des populations. Une zone de diversification ancienne àforte diversité génétique, située au centre de l’aire, représente une formidable« mémoire de l’histoire de l’espèce », ayant joué le rôle de refuge dans le passé. Des zonesde diversification plus récente, en situation de marginalité écologique (massif de la sainteBaume et de Marseilleveyre), sont vraisemblablement le lieu d’une évolution despopulations sous l’effet de pressions de sélection originales. L’étude de la phylogéographied’Arenaria provincialis illustre bien la diversité des histoires biogéographiques, pouvantêtre mis en évidence au sein d’une espèce à distribution restreinte.Mots-clésPhylogéographie, Caryophyllaceae, ADN chloroplastique, datation moléculaire86

P20- Cedrus brevifolia, endémisme et spécificité de phénotype : qu’en disent lesmarqueurs géniques ?Karam MJ, Macary Y, Bou Dagher Kharrat, Lefevre FMarie-Joe KARAM, marie-joe.karam@avignon.inra.fr , 0033-4-32722997 . INRA-URFM-Avignon-FranceYvette MACARY, yvetta_macary@hotmail.com , 00961-70-102686 , USJ-FS-Beyrouth-LibanMagda BOU DAGHER KHARRAT, boudagher@fs.usj.edu.lb , 00961-1421382 , USJ-FS-Beyrouth-LibanFrançois LEFEVRE , francois.lefevre@avignon.inra.fr , 0033-4-32722901 , INRA-URFM-Avignon-FranceCedrus brevifolia est l’espèce de cèdre jouissant de la plus grande tolérance à la sécheressedans son genre. Cette propriété très spécifique se manifestant par une plasticité trèsréduite, la rend facilement distinguable éco-physiologiquement et morphologiquement desautres espèces de cèdre. Des phylogénies issues d’études sur des marqueurs moléculairesnon géniques ont montré paradoxalement un plus grand rapprochement entre C. brevifoliaet C. libani de Turquie par rapport au groupe libanais de la même espèce : C. libani duLiban.En outre, endémique de Chypre, C. brevifolia présente, et contrairement aux attentes, leplus grand taux de polymorphisme dans son genre. Des études sur des marqueursmoléculaires non géniques ont démontré ce fait.Cette contradiction entre spécificité du phénotype et richesse du génotype du cèdreChypriote aussi bien que la proximité avec l’espèce turque a fait l’objet d’étude dansnotre projet.Notre stratégie a consisté à développer des marqueurs moléculaires, pour la première fois,dans des gènes : 9 fragments de gènes supposés être impliqués dans des fonctionsadaptatives. Dans un premier temps, nous avons voulu voir si la diversité calculée sur desSNP de régions géniques confirme celle trouvée dans des régions non géniques. Dans unsecond temps, nous avons voulu construire un arbre phylogénique avec ces fragmentspour tester si cette fois-ci la diversité écophysiologique et la diversité génique seraient enphase : C. libani du Liban et de Turquie plus proches l’une de l’autre que de C. brevifolia.Nos premiers résultats d’étude de diversité sur les 4 espèces de cèdre ont confirmé lagrande diversité génétique de C. brevifolia, comparable avec celles de 2 groupes turque etlibanais de C. libani.Une étude phylogénique sur la population de C. brevifolia, 3 populations libanaises de C.libani et 5 populations turques de C. brevifolia est en cours. Cela permet de repositionnerle cèdre chypriote par rapport aux 2 groupes de C. libani. Cela est couplé à la recherche designatures de sélection dans ces fragments là au sein de Cedrus.Les résultats obtenus dans la littérature aussi bien que nos résultats nous orientent de plusen plus à chercher à identifier les phénomènes derrière la spéciation et l’évolutionadaptative de la population de cèdre Chypriote très riche en diversité génétique mais aussitrès spécifique écophysiologiquement.Mots-clésCedrus brevifolia, Diversité génétique, Spécificité écophysiologique, Gènes87

P21- Statut évolutif de la sous-espèce de sizerin flammé islandaise Carduelis flammeaislandica (Aves: Passeriformes: Fringillidae)Julien Amouret 1 and Snæbjörn Pálsson 2Faculté des Sciences de la Vie et de l’Environnement, Université d’Islande, Reykjavík, Islande1 auteur et conférencier (étudiant en thèse)Háskóli Íslands, University of Iceland, Askja, Sturlugata 7, 101 Reykjavík, IcelandTel. : +354 525 5228, e-mail : jua6@hi.is2 auteur (Associate professor)Háskóli Íslands, University of Iceland, Askja, Sturlugata 7, 101 Reykjavík, IcelandTel. : +354 525 4293, e-mail : snaebj@hi.isLa sous-espèce de sizerin flammé Carduelis flammea islandica rencontrée en Islande faitpartie d’un complexe de trois sous-espèces : Carduelis flammea. Les deux autres sont C. f.rostrata, vivant au Groënlande, et C. f. flammea, largement répandue sous les hauteslattitudes (Amérique du Nord et Eurasie). De récentes études focalisées sur la régioncontrôle de l’ADN mitochondrial et quelques séquences microsatellites n’ont pas révéléclairement de différenciation génétique parmi les sizerins de Scandinavie. Ce même résultatest obtenu par comparaison avec des espèces différentes (C. hornemanni et C. cabaret).L’absence de différenciation pourrait résulter d’une introgression (une hybridation possiblea été également mise en évidence par observations directes) et / ou de l’existence delignées incomplètes à la suite d’une récente diversification. Notre objectif est de replacer lasous-espèce islandaise C. f. islandica et d’en vérifier son statut phylogénétique au sein de cecomplexe d’espèces, ainsi que d’évaluer son isolement reproductif. Cela comprend lacomparaison de deux marqueurs mitochondriaux, la région contrôle et le COI. Les deuxmarqueurs sont très variables. Des différences significatives dans la fréquence deshaplotypes de la région contrôle de l’ADN mitochondrial sont observées entre les sousespècesde l’Islande et les autres, cependant, nous n’avons pas montré l’existence d’unvéritable clade monophylétique pouvant confirmer une réelle isolation historique. Lespremiers résultats avec le COI confèrent un faible support pour le statut de sous-espèce dessizerins flammés d’Islande, mais plus d’échantillons sont nécessaires. Les premiers résultatsde l’intron 7 du gène nucléaire codant pour la fibrinogène (fib7), et d’autres marqueursnucléaires ont montré une forte variation et sont actuellement examinés.Références bibliographiquesMots-clésMarthinsen, G., Wennerberg, L., Lifjeld, J.T., 2008. Low support for separate species within theredpoll complex (Carduelis flammea–hornemanni–cabaret) from analyses of mtDNA andmicrosatellite markers. Molecular Phylogenetics and Evolution 47, Issue 3, 1005-1017Ottvall, R., Bensch, S., Walinder, G., Lifjeld, J.T., 2002. No evidence of genetic differentiation betweenlesser redpolls Carduelis flammea cabaret and common redpolls Carduelis f. flammea. Avian Sci. 2,237–244ADN mitochondrial et marqueurs nucléaires, phylogéographie, complexe de sous-espèces, flux degènes88

P22- Diversité génétique de quelques accessions de maïs (Zea mays L.) collectées dans leSahara algérienAci Myassa Meriem 1 , Belalia Naouel 1 , Boudaoudi Amel 1 , Khelifi-slaoui Majda 1 , DjemelAbderahmane 2 , Revilla Pedro 2 .1 ENSA d’Alger2MBG EspagneLa présente étude est un premier pas vers la valorisation du germplasm local de maïs (Zeamays L.). L’objectif est d’évaluer la diversité génétique des populations traditionnellescollectées dans le Sahara algérien en vue de constituer une « core collection ». Lacaractérisation a porté sur 24 accessions au niveau morphologique (utilisation de 3descripteurs morphologiques qualitatifs) et 15 accessions au niveau moléculaire(utilisation de 18 marqueurs microsatellites).L’évaluation morphologique a permis de constater que 83 % des accessions étudiéespossèdent des grains de type lisses, 75 % d’entre elles ont des épis de forme conique etqu’elles présentent une très grande diversité de couleur du grain (33,3 % jaune, 41,6 %jaune/orange, 25 % en ségrégation et 4,1 % orange). Cependant, les résultats de l’ACP ontmontré que les trois descripteurs n’ont été discriminants que pour 50 % des accessions. Laclassification hiérarchique ascendante des accessions a montré une répartition sur troisprincipaux clusters en fonction de la couleur du grain ou de la forme de l’épi mais aucunerépartition selon l’origine géographique na été enregistrée.L’analyse par les marqueurs microsatellites a révélée une diversité génétique relativementélevée pour les 15 accessions étudiées. Cela se traduit par un total de 91 allèles détectésavec un nombre moyen d’allèles par locus (A) s’élevant à 5,687 et une hétérozygotieespérée (He) de 0,571. Par ailleurs, la majorité des accessions présente un déficit enhétérozygotes, l’hétérozygotie observée (Ho) (0,402). Le taux de polymorphisme s’élève à93% car tous les loci SSR sont polymorphes à l’exception d’un seul, umc1403. Les valeursdes F-statistiques (Fis = 0,0045, Fit = 0,312 et Fst =0,309) ont révélé d’une part, unéloignement de la population totale de l‘équilibre de Hardy–Weinberg et d’autre part, lavaleur élevée de Fst indique que seulement 30,9 % de la diversité totale est expliquée par ladiversité inter-population et que 60,1 % de cette diversité est expliquée par la diversitéintra-population. Les accessions ayant présenté le plus de diversité génétique sont GOL etLOM contrairement à MGH et KST. Contrairement à la caractérisation morphologique, lacaractérisation moléculaire a montré trois principaux clusters en relation avec l’originegéographique des accessions.Mots-clésAlgérie, Zea mays L., caractérisation, Sahara89

P23- Diversité et différenciation génétiques d’une espèce endémique en dangerSideroxylon majus : Implications pour la conservationStéphanie DAFREVILE1 stephanie.dafreville@cirad.fr ; UMR PVBMT CIRAD ; Tel : +262262 49 92 132 payet.guillaumethomas@gmail.com ; UMR PVBMT CIRAD ; Tel : +262262 49 92 133 riviere@cirad.fr ; UMR PVBMT CIRAD ; Tel : +262262 49 92 134 gerard.lebreton@cirad.fr ; UMR PVBMT CIRAD ; Tel : +262262 49 92 135 umrc53@univ-reunion.fr ; UMR PVBMT Université de la Réunion ; Tel : +262692 86 28 376 marie-helene.chevallier@cirad.fr ; UMR PVBMT CIRAD ; Tel : +262262 49 92 52L’île de la Réunion fait partie d’un des trente-quatre hotspots de biodiversité mondiale quicaractérisent des zones présentant un fort endémisme soumises à de fortes pressionsanthropiques (Myers et al. 2000). Des phénomènes de spéciation et de différenciation sesont produits dans cette île et sont à l’origine de la flore endémique de l’île (Bone et al.2012; Le Pechon et al. 2010). En seulement trois siècles de colonisation, cette biodiversiténative a regressé de près de 70% au profit du développement de diverses activitéshumaines (urbanisation, mise en culture des sols, surexploitation des ressourcesnaturelles). Les milieux naturels de basse altitude et les espèces qui y étaient associées ontété les plus touchés. Sideroxylon majus est un bon exemple, il s’agit d’une espèceendémique de la Réunion qui jouait un rôle important dans la structure de ces écosystèmesde basse altitude et qui est aujourd’hui en danger. Plusieurs perturbations ont entrainé sararéfaction à l’échelle de l’île telles que la fragmentation des habitats, l’extinction desespèces animales disséminatrices, l’introduction d’espèces exotiques envahissantes et lasurexploitation pour son bois imputrescible. Des outils moléculaires ont été choisis pourévaluer les niveaux de diversité et de différenciation génétiques chez Sideroxylon majus envue de mettre en place une gestion efficace qui garantira la sauvegarde à long terme decette espèce et de son potentiel adaptatif.Dix marqueurs microsatellites nucléaires ont été analysés sur un total de 166 individusadultes de Sideroxylon majus récoltés dans quatorze localités à la Réunion. Au total, 159allèles ont été recensés sur l’ensemble des dix locus, la richesse allélique pondérée pour uneffectif de trois individus diploïdes varie 3,6 (population de Mafate) à 4,2 (Moka-Fontaine)avec une moyenne de 3,9. La diversité génétique de Sideroxylon majus à l’échelle de laRéunion est de H E =0.780. Parmi les populations étudiées, Salazie est la populationprésentant la diversité génétique la plus faible (H E =0.731) alors que Moka-Fontaine est laplus diversifiée (H E =0.831). Toutes les populations se trouvent à l’équilibre panmictique,elles ne présentent pas de déficit ou d’excès significatif en hétérozygotes. Les niveaux dediversité génétique détectés sont relativement élevés pour une espèce devenue rare. Ladifférenciation génétique entre les populations est faible (F Stmoyen = 0,054) mais significativesauf entre Mare Longue et la Plaine des Grègues. L’analyse de la structure génétiquespatiale a permis de mettre en évidence un isolement par la distance dans la mesure où lecoefficient d’apparentement diminue avec la distance géographique. Ce coefficient est parailleurs significatif dans un rayon de quatre kilomètres. Enfin, des analyses bayésiennesréalisées à l’aide du logiciel Structure a permis de mettre en évidence l’existence de troisentités génétiques différenciées chez Sideroxylon majus : cinq populations sont assignées àplus de 90% à l’entité (1), la plus représentée sur l’île, les deux autres entités sont localiséesdans deux populations, Grand Etang (2) et Petite Plaine (3) enfin sept populations sontcomposés d’individus qui présentent un mélange des trois entités génétiques avec une partde l’entité (1) qui représente plus de 50%. Ces résultats seront présentés et discutés lors ducolloque. Cette étude a permis d’acquérir des informations utiles à l’élaboration de plansde conservation sur mesure favorisant la préservation durable de la diversité génétique et90

des potentiels adaptatif et évolutif d’une espèce emblématique en danger.Références bibliographiquesMots-clésBone RE, Strijk JS, Fritsch PW, et al. (2012) Phylogenetic inference of Badula (Primulaceae), a rareand threatened genus endemic to the Mascarene Archipelago. Botanical Journal of the LinneanSociety.Le Pechon T, Dubuisson JY, Haevermans T, et al. (2010) Multiple colonizations from Madagascar andconverged acquisition of dioecy in the Mascarene Dombeyoideae (Malvaceae) as inferred fromchloroplast and nuclear DNA sequence analyses. Ann Bot 106, 343-357.Myers N, Mittermeier RA, Mittermeier CG, Da Fonseca GAB, Kent J (2000) Biodiversity hotspots forconservation priorities. Nature 403, 853-858.Sideroxylon majus, microsatellites, diversité et structure génétique spatiale, biologie de laconservation91

P24- Impact de la fragmentation du paysage sur la génétique de populations sauvages deRhodnius robustus en Amazonie BrésilienneMarion Quartier 1,5,7 , Eric Delaître 2 , Fernando Braga Stehling Dias 3 , Christine A. Romana 4 , MyriamHarry 6,7 .Marion Quartier, marion.quartier@unine.ch, 0041.79.510.74.711 Laboratoire de Parasitologie Moléculaire, Université de Neuchâtel, Suisse;2 IRD, UMR ESPACE-DEV;3 Laboratório de Triatomíneos e Epidemiologia da Doença de Chagas, Centro de Pesquisas René Rachou-Fiocruz,Belo Horizonte, MG, Brésil; 4 Université Paris Descartes, France. 5 Université Paris 12, Créteil, France, 6 UniversitéParis Sud-11, 91 403 Orsay, France, 7 LEGS, CNRS-IRD, 91198 Gif-sur-Yvette, France.Eric Delaître : eric.delaitre@ird.frFernando Braga Stehling Dias : fbragasdias@gmail.comChristine A. Romana : cris.romana@invivo.eduMyriam Harry : myriam.harry@u-psud.frLes perturbations anthropiques en Amazonie liées au déboisement de la fôret tropicaleconduisent à une mosaïque de paysages constituée principalement de forêts secondaires,palmeraies, jachères et pâturages. Ces modifications favorisent la prolifération de grandspalmiers héliophiles invasifs du genre Attalea, palmiers qui constituent l’écotope principal desespèces de Rhodnius, punaises hématophages vectrices de Trypanosoma cruzi, l’agentétiologique de la maladie de Chagas ou trypanosomiase américaine en Amérique Latine.Cette étude a porté sur différentes unités de paysage de trois communautés rurales du moyenTapajós (Amazonie brésilienne) ayant une époque d’installation différente sur le territoire (25-75 ans). Six unités de paysage ont été définies sur le terrain et appliquées via une classificationsupervisée à une image SPOT 5, afin d’obtenir une cartographie du risque environnementalassocié à la présence de palmiers dans la région.L’analyse phylogénique réalisée à l’aide de séquences de cytochrome b démontre que lesindividus de Rhodnius identifiés dans la région du Tapajos appartiennent au clade II, ce quicorrespond à une extension de l’aire précédemment décrite pour ce clade. L’utilisation dumarqueur mitochondrial cytochrome b a permis de mettre en évidence une structurationphylogénétique (haplogroupes) non retrouvée à l’aide des marqueurs microsatellites. Cerésultat montre que l’histoire des gènes (génome mitochondrial) ne retrace pas l’histoire desindividus (microsatellites, 10 locus). L’analyse de génétique des populations conduite à l’aidedes deux types de marqueurs n’a pas révélé de structuration génétique au sein de la zoned’étude entre les communautés ou les unités de paysage. Ceci met en évidence des fluxgéniques importants peu sensibles à la fragmentation du milieu, la dynamique d’invasion despalmiers assurant aux insectes une connectivité fonctionnelle entre les différentes unités depaysages et les communautés.Mots clefsGénétique du paysage, fragmentation du paysage, Maladie de Chagas, Amazonie.92

Session 3 «Ecologie et agro-écologie»P25- Diversité des pratiques boulangères et des microorganismes dans des levainstraditionnels françaisCharlotte Urien 1 , Emilie Lhomme 2 , Xavier Dousset 1, 3 , Bernard Onno 2 et Delphine Sicard 41INRA, UMR 0320 / UMR 8120 Génétique Végétale, F-91190 Gif-sur-Yvette, France2 ONIRIS, Laboratoire de Microbiologie Alimentaire et Industrielle, rue de la Géraudière, Nantes Cedex 3,France.3 LUNAM Université ONIRIS UMR INRA 1014 Secalim, rue de la Géraudière, BP 88225 Nantes Cédex 3, France4 Univ Paris-Sud, UMR 0320 / UMR 8120 Génétique Végétale, F-91190 Gif-sur-Yvette, FranceMalgré l’intérêt certain de la société pour le pain, la diversité socioculturelle des pratiquesde panification et son impact sur les communautés microbiennes dans les levains sontméconnus. A notre connaissance, aucun programme de conservation de la diversitémicrobienne nécessaire au processus de boulangerie n’est mis en place ni en France, ni auniveau international.Nous avons étudié la diversité des pratiques de panification en France et la dynamique descommunautés microbiennes durant le processus de panification. Cette étude est menée enpartenariat avec un réseau de paysans : le Réseau Semences Paysannes. L’étude de ladiversité des pratiques culturales associées à la panification a été réalisée auprès d’unequinzaine de paysans-boulangers ou boulangers. La diversité microbienne a été analyséechez sept boulangers.La réalisation d’enquêtes semi-dirigées a mis en évidence une grande diversité depratiques: les variétés de blé utilisées en farine, l’origine, la conservation et l’âge du levainchef, les méthodes de rafraichi, la consistance du levain et de la pâte à pain diffèrent d’unboulanger à l’autre. L’analyse de la densité et de la richesse des espèces de levure et debactérie lactique (LAB) a montré des résultats contrastés. Si un nombre restreint d’espècede LAB est trouvé chez l’ensemble des boulangers (une espèce majoritaire), les espèces delevure varient entre les boulangers. La proportion des espèces de levure change au coursdu temps. Chez certains boulangers, on observe une cinétique stable avec une espècemajoritaire (Candida humilis or Torulaspora delbrueckii) et chez d’autres un renversementde l’espèce majoritaire au cours du temps. Au niveau intra-spécifique, la diversité del’espèce de levure Saccharomyces cerevisiae est très élevée. Cette étude est élargie pourcomprendre l’effet des farines et du terroir sur la dynamique des communautés de levure.Le lien entre diversité culturale et diversité microbienne sera discuté.Mots-clésRichesse intra et interspécifique, biodiversité et sociétés, levures, bactéries lactiques, levain93

P26- BIODIVMEX: Biodiversity Of The Mediterranean ExperimentThierry Gauquelin 1 , Annabelle Amm 1 , Bruno Fady 21 Equipe DFME (Diversité et fonctionnement des molécules aux écosystèmes), IMBE (Institut méditerranéende biodiversité et d’écologie marine et continentale) (thierry.gauquelin@imbe.fr, +33(0)413551225 ;annabelle.amm@imbe.fr, +33(0)642407317)2 Ecologie des Forêts Méditerranéennes, UR 629, INRA, F-84914 Avignon France(bruno.fady@avignon.inra.fr, +33(0)432722906)Ce poster a pour but de présenter le programme thématique BioDivMeX (BioDiversity of theMediterranean eXperiment). Ce projet, un des 7 axes du « chantier » MISTRALS rassemblant lesprincipaux organismes de recherche français (http://www.mistrals-home.org/spip/?lang=fr), a pourobjectifs d’identifier et suivre l’évolution et le fonctionnement de la biodiversité en régionMéditerranéenne. La région méditerranéenne (sensu lato) est l’un des 34 hotspots de biodiversitéidentifiés au niveau mondial. Des conditions biogéographiques très particulières, notamment lors del’Holocène ont façonné la biodiversité du bassin Méditerranéen qui présente une forte richessespécifique et un fort taux d’endémisme 1 . A l’heure actuelle, cette biodiversité est particulièrementmenacée par une pression anthropique croissante, notamment les changements d’usage des terreset les changements climatiques.Les trois axes principaux de BioDivMeX visent à :1) Faire un bilan de l’état des recherches conduites sur la biodiversité Méditerranéenne (BDM). Il aété réalisé à travers une analyse bibliométrique 2 . Le moteur de recherche « Web of Science » a étéutilisé pour constituer la base de données bibliographique, avec les mots clés « Mediterraneanbiodiversity ». Les résultats montrent que les publications concernant la BDM ont fortementaugmenté depuis les années 2000. Il existe une forte disparité en termes de production scientifiqueentre les pays de la rive Nord de la Méditerranée (84.4% des publications indexées) et de la rive Sud(8.73%). La conservation tient une place centrale au niveau des recherches conduites sur la BDM. Lesrecherches conduites sur la BDM sont biaisées en faveur des écosystèmes terrestres. Plus de lamoitié des publications s’y réfèrent (58.3%), alors que 31.1% sont consacrées aux écosystèmesmarins et 10.4% aux écosystèmes aquatiques continentaux. De même elles s’intéressent à hauteurde 55% au règne animal, 36% au règne végétal, 5% aux champignons et 4% aux bactéries. En ce quiconcerne le règne animal, les taxons « visibles » tels que les mammifères sont fortement étudiés parrapport aux nombres d’espèces connues, contrairement aux arthropodes sous-représentés dans lalittérature.2) Identifier et délimiter les zones du Bassin Méditerranéen où la congruence de différents niveauxde diversité (taxonomique, évolutive et fonctionnelle) s’exprime fortement.3) Mettre en place des opé-ra-tions pilotes sur les écosys-tèmes clés. Ces opé-ra-tions serontpar-tagées entre des scien-ti-fiques des rives Nord et Sud de la Médi-ter-ranée en se concen-trantpar exemple sur des sites d’expérimentation prio-ri-taires. L’idée récur-rente est que lesscien-ti-fiques du milieu « ter-restre » et du milieu « marin » tra-vaillent ensemble permettantd’optimiser les actions impli-quant plu-sieurs pays des rives Nord et Sud de la Méditerranée.Références bibliographiquesMots-clés1 Thompson, J. D., Lavergne, S., Affre, L., Gaudeul, M. & Debussche, M. Ecologicaldifferentiation of Mediterranean endemic plants. Taxon 54, 967-976 (2005).2 Liu, X. J., Zhang, L. A. & Hong, S. Global biodiversity research during 1900-2009: a bibliometricanalysis. Biodivers. Conserv. 20, 807-826, doi:10.1007/s10531-010-9981-z (2011).Biodiversité, Méditerranée, analyse bibliométrique.94

P27- ISYFLORLucy Gonthier 1 , Sophie Gallina 1 , Benoit Toussaint 2 , Xavier Vekemans 1 , Nina Hautekèete 1 ,Yves Piquot 11 Laboratoire Génétique et Evolution des Populations Végétales, UMR CNRS 8198, Université Lille 1, 59655Villeneuve d’Ascq, France2 Conservatoire Botanique National de Bailleul, Hameau de Haendries, 59270 Bailleul, FranceL’extinction d’une espèce résulte à la fois d’un changement qui s’est opéré dans sonenvironnement et d’une vulnérabilité intrinsèque résultant de traits d’histoire de vieparticuliers. Dans le contexte du changement global, comprendre comment cette« synergie négative » entre changements environnementaux et traits d’histoire de vie peutaboutir à une érosion de la biodiversité apparaît comme une démarche hautementprioritaire. Cependant, la relation existant entre les caractéristiques intrinsèques desespèces végétales et les contraintes anthropiques est une question qui reste souventtraitée au cas par cas en biologie évolutive et en biologie de la conservation. En effet, iln’existe pas de bases de données recensant, à l’échelle d’un territoire, à la fois la diversitédes systèmes de reproduction, les formes et cycles de vie, et les modes de dispersion dupollen et des graines. Au niveau régional, il existe toutefois des bases de donnéesbotaniques offrant des informations précises sur les distributions actuelles et historiquesdes espèces végétales (DIGITALE [1] pour le Nord-Pas-de-Calais, la Picardie et la Haute-Normandie, FLORA [2] pour le Bassin Parisien, SILENE [3] pour le pourtour méditerranéen,etc.).Dans ce contexte, l’enjeu est de réaliser, pour l’ensemble des espèces végétales recenséesdans le Nord-Pas-de-Calais, un inventaire exhaustif des traits d’histoire de vie mis enrelation avec la description fine des systèmes de reproduction via la construction de la basede données ISYFLOR. Cette base, développée en collaboration avec le conservatoirebotanique national de Bailleul, intègre également une grande partie des donnéescontenues dans DIGITALE.Ainsi, en choisissant de se placer à l’échelle régionale, le projet ISYFLOR permettra uneanalyse fine des réponses différentielles des espèces végétales aux modificationsanthropiques du milieu en fonction de leurs caractéristiques biologiques et écologiques.Références bibliographiquesMots-clés[1] http://www.cbnbl.org[2] http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/[3] http://flore.silene.euChangement global, anthropisation, conservation, traits d’histoire de vie, base de données95

P28- Synchronisation phénologique du carpocapse du pommier avec deux de sesparasitoïdes larvaires : Ascogaster quadridentata et Perilampus tristisMariline Maalouly, Claire Lavigne, Jean-Charles Bouvier, Jean-François Toubon, SandrineMaugin, Jérôme Olivares et Pierre Franckmariline.maalouly@avignon.inra.frclaire.lavigne@avignon.inra.frpierre.franck@avignon.inra.frL’estimation de l’impact du changement climatique sur la biodiversité nécessite de mieuxcomprendre l’effet du climat sur la dynamique d’espèces en interaction, en particulier surd’éventuelles asynchronies phénologiques entre des herbivores et leurs plantes, desprédateurs et leurs proies, ou des parasitoïdes et leurs hôtes (Visher & Both 2005). Dans cetravail nous avons comparé les dates d’émergence du carpocapse du pommier (Cydiapomonella) avec celles de ses deux parasitoïdes larvaires, Ascogaster quadridentata etPerilampus tristris. Ascogaster est un parasitoïde spécialiste alors que Perilampus est unhyperparastoïde peu spécialisé. Nous avons échantillonné des larves diapausantes decarpocapse dans 50 vergers commerciaux pendant quatre années consécutives (2007-2010)et des larves issues d’adultes du premier vol du carpocapse dans deux vergers situés dansdes zones climatiques différentes en 2011. Nos résultats préliminaires montrent que lecarpocapse et Ascogaster émergent en même temps chaque année et au cours de lapremière génération annuelle ; par contre Perilampus émerge entre une à deux semainesaprès le carpocapse selon qu’il attaque des larves diapausantes ou de première génération.Ces résultats synthétiques d’émergence sont globalement en accord avec le degré despécialisation des parasitoïdes avec leurs hôtes malgré les différences climatiques entreannées et zones géographiques.Références bibliographiquesMots-clésVisser, M. E. and C. Both (2005). Shifts in phenology due to global climate change: the need for ayardstick. Proceedings of the Royal Society B-Biological Sciences 272(1581): 2561-2569.Phénologie, hôte-parasitoïde, carpocapse du pommier96

P29- Structure des communautés de pucerons et parasitoïdes associés, dans les milieuxcultivés et non cultivés.Marion Maret, Stéphane Derocles, Manuel Plantegenest, Anne Le RalecMarion Maret AGROCAMPUS OUEST, UMR1349 IGEPP, F-35000 Rennes, France, Université Européenne deBretagne, FranceStéphane Derocles INRA, UMR1349 IGEPP, F-35653 Le Rheu, FranceManuel Plantegenest, AGROCAMPUS OUEST, UMR1349 IGEPP, F-35000 Rennes, France, UniversitéEuropéenne de Bretagne, France, Tel. : 33 (0)2.23.48.55.67 plantage@agrocampus-ouest.frAnne Le Ralec, AGROCAMPUS OUEST, UMR1349 IGEPP, F-35000 Rennes, France, Université Européenne deBretagne, France, Tel. : 33 (0)2.23.48.56.74. anne.leralec@agrocampus-ouest.frDans un contexte de forte réduction de l’utilisation des pesticides, la recherche dans ledomaine du contrôle biologique des populations de ravageurs connaît un fortdéveloppement.La présente étude a pour objectif d’analyser la structure des communautés d’insectes(Aphididae) et de leurs parasitoïdes au sein des milieux cultivés et de zones non cultivéesadjacentes pour identifier des situations de compétition apparente, c’est-à-dire observer laprésence d’une même espèce de puceron entre les deux milieux et/ou d’une même espècede parasitoïde sur deux espèces de puceron, chacune vivant dans l’un des deux milieux. Side telles situations existaient, les milieux non cultivés, en permettant la multiplication desparasitoïdes, pourraient agir comme des réservoirs. Nous avons recherché ces situationsdans des cultures céréalières et les bordures de parcelles dans trois régions françaises pourla famille des Aphidiinae (Hyménoptères : Braconidae), ennemis naturels de pucerons etentre autres de Sitobion avenae, Metopolophium dirhodum et Rhopalosiphum padi,ravageurs des cultures céréalières en France. L’identification des espèces de parasitoïde aété effectuée au sein des espèces de pucerons en laboratoire grâce au barcodingmoléculaire (ARNr 16S). Les premiers résultats montrent que les réseaux trophiques entrepucerons et parasitoïdes sont très simples, reflétant une forte simplicité des interactions.Quelques espèces, comme Praon volucre, Aphidius rhopalosiphi, Aphidius avenae etAphidius ervi sont toutefois présentes dans les deux milieux et pourraient potentiellementcréer des situations de compétition apparente entre leurs différentes espèces hôtes.Références bibliographiquesStéphane Derocles, 2012 doi: 10.1111/j.1755-0998.2012.03131.xMots-clésPuceron, aphidiinae, compétition apparente, cultures céréalières97

P30- Etat des connaissances sur le niveau de variabilité morpho-anatomique et le potentielde régénération de quelques essences forestières algériennes et cartographie pied parpied de quelques espèces rares.F. Krouchi, A. Asmani, M. Illoul, D. Abdelli, D. Adjaoud, N. Aidrous, A. Bouahmed, S.Bouadam, H. Hedjam, R. Mehdi, Ch. Hamidouche, R. Mohelleb, F. Harouni, A. Satour, Ch.Hamidouche, D. Ait-Sidhoum Et A. DerridjFaculté des Sciences Biologiques et des Sciences AgronomiquesUniversité Mouloud Mammeri (Tizi-Ouzou, Algérie)E-Mail : krfaz@ yahoo.comLa variabilité de quelques essences forestières algériennes (Cedrus atlantica, Abies numidica,Pinus nigra ssp mauretanica, Pinus pinaster, Pinus halepensis, Quercus ilex, Juniperusoxycedrus et communis, Taxus baccata) a été abordée à travers l’étude des caractèresmorphologiques, anatomiques et/ou physiologiques (i.e. germination et débourrement)biochimiques (métabolites secondaires) des organes végétatifs et/ou reproducteurs.Certaines des essences ont été analysées à l’échelle de quelques stations uniquement, d’autresont été analysées à l’échelle de la totalité de leur aire géographique en Algérie.Le matériel végétal a été récolté soit sous forme de lots par station ou provenance, soit entenant compte de l’entité arbre.L’effet de l’année sur la variabilité de certains paramètres a été analysé chez quelquesessences.Certains des caractères étudiés pour l’analyse de la variabilité intra et inter-populations ontété aussi mis à profit pour l’approche du potentiel de régénération des essences en question. Ils’agit particulièrement du nombre de graines/cône, de la dimension et du poids des graines etde la germination in vitro des graines et du pollen.L’analyse de la variabilité à l’échelle de provenances géographiques suggère une mosaïque devariation plutôt qu’une variation clinale selon des gradients écologiques.L’analyse de la variabilité entre arbres d’une même station a montré, pour certains caractères,des effets individuels significatifs pouvant masquer la variabilité inter-stationnelle.L’interaction arbre x année pour certains caractères est significative mais demeure inférieureà l’effet arbre.L’analyse des corrélations entre certains paramètres morphologiques facilementperceptibles pour le forestier sur le terrain comme la dimension des cônes et d’autrescaractères nécessitant des mesures au laboratoire (nombre, poids et taux degermination des graines) suggère que la qualité de la graine ne peut être prédite sur labase des dimensions des structures de support que sont les cônes.La germination des graines au laboratoire a montré une variabilité interindividuelledans les rythmes de levée, suggérant une stratégie visant à étaler les germinationsdans le temps en prévision des aléas potentiels du milieu (déprédation, conditionsclimatiques défavorables).Un travail d’inventaire et de cartographie pied par pied a été fait sur certains taxons d’intérêtbiogéographique et écologique comme Taxus baccata, Pinus nigra ssp mauretanica etJuniperus sabina dont le nombre limité d’individus rend possible une telle démarche. Il sera98

étendu à des espèces comme les érables et les sorbiers, le grand houx, etc.La connaissance de l’étendue de la variation des essences forestières est un outil d’aide à ladécision pour les gestionnaires du patrimoine forestier.Au-delà de la description du niveau de variation des taxons rares comme de ceux à aire dedistribution large, il y a lieu aussi de se pencher sur leurs comportements vis-à-vis des facteursde perturbations (pollution, pressions anthropiques, interactions biotiques), un travail dans cesens est en cours sur le pin noir. Il y a lieu aussi d’envisager l’inclusion de la totalité desterritoires des espèces rares dans des aires protégées de type parc nationaux, comme il estprioritaire de constituer une banque de germaplasm ou toute forme d’accessions pour desespèces à risque malgré leur protection in situ.Du fait que la variabilité des caractères morphologiques résulte de l’action du génotype eninteraction avec le milieu, il est nécessaire de faire appel à titre complémentaire à desmarqueurs neutres vis- à vis du milieu dans la description de la variabilité des espèces.Les efforts de collaboration pour le transfert du savoir des pays de la rive nord- méditerranéevers ceux de la rive sud seront aussi à encourager dans le cadre de recherches sur les espècesd’intérêt commun.Mots cléVariabilité, inventaire, ressources génétiques forestières, conservation, Algérie.99

P31- Les caractéristiques des trous de pic vert et des aires de nourrissage déterminent lechoix du site de reproduction du Rollier d’Europe.Jean-Charles Bouvier, Isabelle Muller, Michel Génard, Françoise Lescourret, Claire LavigneJean-Charles Bouvier : UR Plantes et Systèmes de culture Horticoles, INRA PACA (Avignon) jeancharles.bouvier@avignon.inra.frIsabelle Muller : IMBE UMR CNRS 7263 / IRD 237, Avignon ; isabellemuller@hotmail.frMichel Génard: UR Plantes et Systèmes de culture Horticoles, INRA PACA (Avignon) ;michel.genard@avignon.inra.frFrançoise Lescourret: UR Plantes et Systèmes de culture Horticoles, INRA PACA (Avignon) ;françoise.lescourret@avignon.inra.frClaire Lavigne: UR Plantes et Systèmes de culture Horticoles, INRA PACA (Avignon) ;claire.lavigne@avignon.inra.frLa compréhension des facteurs qui gouvernent le choix du site de reproduction chez lesoiseaux est important pour la gestion et la conservation des espèces. En ce qui concerne lesoiseaux cavernicoles secondaires, le choix peut reposer sur des critères à trois niveaux: lacavité elle-même, son environnement immédiat et, à plus grande échelle, le territoire denourrissage. Le Rollier d’Europe (Coracias garrulus L.) est une espèce menacée, généralementen déclin sur l’ensemble de son aire de reproduction en Europe excepté en France où il est enexpansion (Fry, 2001). Il estlisté sur l’annexe I de la directive européenne sur la conservationdes oiseaux (http://eur-lex.europa.eu/LexUriServ/site/en/consleg/1979/L/01979L0409-20070101-en.pdf). Dans cette étude nous avons comparé les caractéristiques de nids de picsvertsoccupés ou non par des couples de rolliers d’Europe sur ces trois critères dans unpaysage agricole du sud-est de la France.Nos résultats indiquent que les rolliers nichent préférentiellement dans les trous les plus bas(environ 6m au-dessus du sol) situés dans des arbres morts et lorsqu’il y a d’autres trous àproximité. De plus ces trous sont situés dans des paysages qui ont de plus fortes proportionsde surface en jachères, moins de haies et moins de zones construites que les trous nonoccupés. Ces derniers résultats qui indiquent que les rolliers sont sensibles à la fermeture desmilieux sont cohérents avec ceux déjà obtenus par des études en nichoirs artificiels (Rodriguezet al., 2011). Finalement, nous avons observé que les jachères abritaient plus d’orthoptères,une ressource alimentaire importante pour l’espèce, lorsqu’on les compare à d’autrescatégories d’usage des sols. Nos résultats indiquent donc que l’expansion des populations derolliers dans cette zone agricole intensive pourrait être le résultat d’arrachages récents devergers qui sont remplacés par des céréales, prairies ou jachères. Nos résultats soulignentaussi le rôle important de ces jachères pour la conservation de l’espèce.Références bibliographiquesMots-clésFry, C.H. 2001. Handbook of the birds of the world, vol 6: Mousebirds to Hornbills, family Coraciidae(rollers). Pp. 373 in del Hoyo J, Elliot A, Sargatal J. eds 2001. Barcelona: Lynx Edicions.Rodriguez, J., Avilés, J.M. & Parejo, D. 2011. The value of nestboxes in the conservation of Eurasianrollers Coracias garrulus in southern Spain. Ibis 153: 735-745.Choix du site de reproduction, conservation, paysage, pivert, vergers.100

P32- La composition du paysage affecte-t-elle l’abondance des ravageurs et leur contrôlepar des ennemis naturels? Une revue.Andrea Veres, Sandrine Petit , Cyrille Conord , Claire LavigneAndrea Veres SZIE, Plant protection Institute, Godollo, Hungary. veres.andrea@mkk.szie.huSandrine Petit INRA UMR Agroécologie, F-21000 Dijon, France. sapetit@dijon.inra.frCyrille Conord INRA URFM, Écologie des Forêts Méditerranéennes, F-84000 Avignon,cyrille.conord@avignon.inra.frClaire Lavigne INRA, UR 1115 Plantes et Systèmes de culture Horticoles, F-84000 Avignon,claire.lavigne@avignon.inra.frLa gestion des paysages agricoles pourrait contribuer à un contrôle durable des ravageurs. Lacomposition du paysage, en particulier, peut impacter directement l’abondance d’un ravageuren affectant sa dispersion, sa mortalité ou sa reproduction. Elle peut aussi l’impacterindirectement en affectant ses ennemis naturels. Nous avons mené une analyse de lalittérature scientifique pour savoir si la proportion de différents types de couverts végétaux àl’échelle du paysage (zones cultivées, cultures hôtes du ravageur considéré, espaces seminaturels)était corrélée à l’abondance des ravageurs dans les champs ou à leur bio-contrôle(prédation, parasitisme) par des ennemis naturels. Parmi les 72 cas indépendants répertoriés,45 montraient un effet de la composition du paysage. Les résultats confirment l’effetsuppressif attendu des zones semi-naturelles sur les ravageurs en champs : les paysages avecune plus grande proportion de zones semi-naturelles montrent des abondances de ravageursplus faibles ou des plus forts taux de parasitisme et/ou prédation dans les champs. Aucontraire, il n’y a pas de direction privilégiée lorsque l’on considère le lien entre l’abondancedes ravageurs, leur niveau de bio-contrôle et le paysage lorsque celui-ci est décrit en termesde proportion globale de zone cultivée ou de proportion de culture hôte de l’organisme ciblé.L’analyse des articles originaux utilisés pour cette étude montre que cette absence dedirection privilégiée pourrait être expliquée d’une part, par la diversité de l’intensité despratiques agricoles dans les différents paysages étudiés et, d’autre part, par unecatégorisation trop grossière des différents couverts végétaux. Ceci plaide pour une meilleureconsidération de la fonctionnalité des cultures et de leur mode de gestion.Références bibliographiquesMots-clésVeres, A., Petit, S., Conord, C., Lavigne, C., 2012. Does landscape composition affect pest abundanceand their control by natural enemies? A review. Agriculture, Ecosystems & Environment. En ligne.Auxiliaires des cultures, lutte biologique par conservation, meta-analyse, espace semi-naturels ,paysage.101

P32bis- Résilience des populations d’orthoptères sur des terres perturbées après la miseen place de canalisations enterrées sur une steppe méditerranéenne (La Crau, Bouches-du-Rhône, France)Jean Francois Debras, Jean-François Alignan, Yoan Braud, Sylvain Fadda, Cédric Mroczko,Julien Viglione, Thierry DutoitJean-François Alignan : 0432722608 jeanfrancois.alignan@gmail.com (INRA PSH – UAPV – IMBE)Jean-François Debras : 0432722608 jean-françois.debras@avignon.inra.fr (INRA PSH)Yoan Braud - INSECTASylvain Fadda - NATURALIACédric Mroczko - ECOSPHEREJulien Viglione - ECOMEDThierry Dutoit- UAPV (IMBE) (UMR CNRS/IRD)Mots-clésLa plaine de la Crau a perdu 80% de sa surface originelle suite aux diverses implantationsd’activités anthropiques. En 2006, la mise en place de deux canalisations enterrées (gaz etpétrole) a été réalisée et le chantier s’est étendu sur 23ha dans la zone steppique. Afind’évaluer l’impact de cette installation, des suivis diachroniques ont été réalisés surdifférents compartiments de la biodiversité et notamment sur les Orthoptères (criquets +sauterelles). L’objectif de ces recherches est notamment d’évaluer la capacité de résiliencedes populations d’Orthoptères suite au remaniement des terres. L’échantillonnage desOrthoptères s’est effectué sur deux zones différentes : celle d’enfouissement descanalisations et la steppe non perturbée (écosystème de référence). Pour chacune des deuxzones, 5 sites sont considérés. Pour chaque site, l’échantillonnage des Orthoptères consisteen un comptage à vue le long de transects parallèles de 25m et d’un mètre de large : untransect sur la zone des canalisations enterrées et un transect dans la steppe. Les suivis ontété réalisés au mois de juillet en 2007 ; 2008 et 2009. En trois ans de suivi, nous constatonsque la résilience des Orthoptères est très forte en terme de richesse spécifique mais pas enterme d’abondance. En effet, alors qu’en 2007 (soit un an après les travauxd’enfouissement), la richesse spécifique en Orthoptères était significativement différenteentre la steppe et la zone des canalisations enterrées, nous observons dès 2009 une richessespécifique identique entre les deux zones considérées. L’étude sur les abondances démontreque le nombre d’individus est moindre comparé au nombre capturé dans la steppe pour lesannées 2007 et 2008. Un suivi en 2012, soit sur un pas de temps plus grand, nous permettrade confirmer ou non ces premiers résultats préliminaires.Orthoptères ; Résilience ; Populations102

Session 4 « Interactions hôte-parasite »P33- Que révèle l’étude de populations migratrices de printemps sur le sexe et le choix del’hôte chez le puceron du melon ?Sophie Thomas 1 , Nathalie Boissot 1 , Flavie Vanlerberghe-Masutti 21 INRA, UR1052, Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes, B.P. 94, F-84143 Montfavet cedex2 INRA, UMR1062 CBGP, IRD, CIRAD, Montpellier SupAgro, Campus international de Baillarguet, CS 30016, F-34988 Montferrier-sur-Lez, FranceLe puceron du melon (Aphis gossypii Glover) occasionne des dégâts directs sur les Cucurbitacées etest vecteur de virus. Malgré une reproduction clonale, il présente une variabilité intraspécifique quilui permet de s’adapter sur une famille de plantes hôtes. Les plantes hôtes exercent une pression desélection considérable sur les pucerons car elles constituent leur source de nourriture et leur site dereproduction (Peccoud, 2010). Par conséquent, la spécialisation sur la plante hôte, chez les pucerons,évolue par sélection du comportement et par sélection des mécanismes chimiques de localisation dela plante hôte (Caillaud, 2000 ; Powell, 2006). Comment ces traits adaptatifs évoluent chez lesespèces de puceron dépend de la complexité du cycle de vie annuel de ces espèces.L’objectif de cette étude de terrain a été de déterminer comment les populations migratrices deprintemps (individus ailés) contribuent à l’évolution et au maintien de la spécialisation sur la plantehôte chez A. gossypii par le choix et l’acceptation de la plante.Nous avons mené une étude de génétique des populations afin d’évaluer la diversité génétique et lastructure génétique de populations d’A. gossypii échantillonnés dans quatre régions de productionde melon. Les individus ailés migrateurs de printemps ainsi que leurs descendants aptères ont étééchantillonnés sur des essais de melon mis en place dans ces quatre régions. Les échantillons depucerons ont été caractérisés à l’aide de huit marqueurs microsatellites (Vanlerberghe-Masutti,1999). Nous avons aussi évalué si les génotypes spécialisés sur Curcurbitacées correspondentexclusivement à des lignées anholocycliques quelles que soient les conditions environnementales.Les populations de printemps d’A. gossypii qui atterrissent sur les nouvelles cultures de melonprésentent de manière inattendue un haut niveau de diversité génétique en contradiction avec latrès faible diversité génétique qui caractérise les populations d’A. gossypii spécialisées sur leur hôte(Carletto, 2009). Cette étude illustre in natura la pression de sélection exercée par la plante hôte endémontrant la grande différence de diversité génétique entre les populations migrantes deprintemps (pucerons ailés) et les populations infestant les cultures de melon (descendants aptèresdes pucerons ailés). De plus, une analyse de la composition génétique des populations ailés etaptères dans les quatre régions de production de melon suggère différentes stratégies d’histoire devie, telles que le choix de l’hôte et le mode de reproduction, qui remettent en cause l’allégationcommune attestant que A. gossypii est une espèce anholocyclique au sein de son aire de répartition,l’Europe in compris (Ebert, 1997 ; Blackman, 2007).Nos résultats démontrent que le melon agit comme un filtre sélectif sur la multiplication desindividus non spécialisés. Nous avons démontré que les repères olfactifs ne sont pas décisives innatura pour la reconnaissance de l’hôte par les populations de pucerons migratrices de printempsqui ne sont pas spécialisées sur Cucurbitacées. La structure et l’histoire de l’agrosystème des quatrerégions étudiées pourraient avoir partiellement façonné la structure génétique des populationsmigratrices de printemps d’A. gossypii. Les génotypes spécialisés sur Cucurbitacées correspondentexclusivement à des lignées anholocycliques, quelque soient les conditions environnementales.Cependant, quelques génotypes génétiquement proches de génotypes spécialisés sur leur plantehôte et d’autres probablement originaires de plantes sauvages n’ont jamais étaient échantillonnésauparavant; dans les deux cas il s’agit de lignées holocycliques.Références bibliographiques103

Blackman RL, Eastop VF: Taxonomic Issues. In: Aphids as crop pests. Edited by van Emden HF,Harrigton R. Oxfordshire, UK: CABI; 2007Caillaud MC, Via S: Specialized feeding behavior influences both ecological specialization andassortative mating in sympatric host races of pea aphids. Am Nat 2000, 156(6):606–621.Carletto J, Lombaert E, Chavigny P, Brevault T, Lapchin L, Vanlerberghe-Masutti F: Ecologicalspecialization of the aphid Aphis gossypii Glover on cultivated host plants. Mol Ecol 2009,18(10):2198–2212.Ebert TA, Cartwright B: Biology and ecology of Aphis gossypii Glover (Homoptera: Aphididae).Southwestern Entomologist 1997, 22(1):116–153.Peccoud J, Simon JC, von Dohlen C, Coeur d’Acier A, Plantegenest M, Vanlerberghe- Masutti F,Jousselin E: Evolutionary history of aphid-plant associations and their role in aphid diversification.Comptes Rendus Biologies 2010, 333(6–7):474–487.Powell G, Tosh CR, Hardie J: Host plant selection by aphids: Behavioral, evolutionary, and appliedperspectives. Annu Rev Entomol 2006, 51:309–330.Vanlerberghe-Masutti F, Chavigny P, Fuller SJ: Characterization of microsatellite loci in the aphidspecies Aphis gossypii Glover. Mol Ecol 1999, 8:685–702.Mots-clésAphis gossypii, Cucurbitacées, spécialisation de l’hôte, mode de reproduction104

P34- Evaluation du rôle du mycoparasite Ampelomyces dans la dynamique de populationde son hôte au sein de la métapopulation de l’archipel d’ÅlandBenoît Pernechele, Charlotte Tollenaere, Levente Kiss, Anna-Liisa LaineAmpelomyces est un complexe d’espèces mycoparasites (c’est-à-dire des champignons quiparasitent d’autres champignons) dont l’hôte principal est le groupe générique des oïdiums(Erysiphales). Ce complexe, bien que répandu et connu des mycologues depuis longtemps,reste peu étudié.Le but de ce projet consiste à évaluer le rôle de ce mycoparasite dans la dynamique depopulation de son hôte, Podosphaera plantaginis, au sein de l’archipel d’Åland, (Sud-Ouestde la Finlande).A cette fin, une technique de détection moléculaire spécifique basée sur l’amplification dugène ITS par PCR quantitative a été développée. Ce test permet d´amplifier spécifiquementdifférentes souches d´Ampelomyces, mais pas l´hôte oïdium.Cette technique, appliquée à un échantillonnage réalisé en 2010 et 2011 permet d´évaluerla prévalence du mycoparasite, ainsi que sa distribution spatiale et temporelle. Lacomparaison de ces données avec les données épidémiologiques récoltées chez l´hôtedepuis 10 ans, permettra d´évaluer l´impact du mycoparasite sur le succès du passage del´hiver de l´hôte.Cette étude permettra d´améliorer notre compréhension de l´impact des pathogènes sur ladynamique des populations d´hôtes dans des systèmes naturels.Références bibliographiquesMots-clésAngeli, D., M. Maurhofer, C. Gessler, and I. Pertot. (2012). Existence of different physiological formswithin genetically diverse strains of Ampelomyces quisqualis. Phytoparasitica 40:37-51.Gil-Serna, J., A. Gonzalez-Salgado, M. Teresa Gonzalez-Jaen, C. Vazquez, and B. Patino. (2009). ITSbaseddetection and quantification of Aspergillus ochraceus and Aspergillus westerdijkiae in grapesand green coffee beans by real-time quantitative PCR. International Journal of Food Microbiology131:162-167.Kiss, L. (2008). Chapter 3 Intracellular mycoparasites in action: Interactions between powderymildew fungi and Ampelomyces. Pages 37-52 in M. S. a. P. V. W. Simon V. Avery, editor. BritishMycological Society Symposia Series. Academic Press.Kiss, L. (1999). Natural occurrence of Ampelomyces intracellular mycoparasites in mycelia ofpowdery mildew fungi (vol 140, pg 709, 1998). New Phytologist 142:371-371.Kiss, L., J. C. Russell, O. Szentivanyi, X. Xu, and P. Jeffries. (2004). Biology and biocontrol potential ofAmpelomyces mycoparasites, natural antagonists of powdery mildew fungi. Biocontrol Science andTechnology 14:635-651.Laine, A. L. and I. Hanski. (2006). Large-scale spatial dynamics of a specialist plant pathogen in afragmented landscape. Journal of Ecology 94:217-226.dynamique de population, parasitisme, Ampelomyces, detection moléculaire105

P35- Reliability of molecular host-identification methods for ticksLéger E, Bonnet S, Liu X, Masseglia S, Vourc’h G, Noel V, McCoy KElsa Léger - MIVEGEC (UMR CNRS 5290, IRD 224-UM2-UM1)Sarah Bonnet - USC Bartonella-tiques, ANSES-INRA-ENVAXiangye Liu - USC Bartonella-tiques, ANSES-INRA-ENVASébastien Masseglia - EpiA, INRA Clermont-Ferrand - TheixGwenaël Vourc’h - EpiA, INRA Clermont-Ferrand - TheixValérie Noel - MIVEGEC (UMR CNRS 5290, IRD 224-UM2-UM1)Karen D. McCoy - MIVEGEC (UMR CNRS 5290, IRD 224-UM2-UM1)Many vector-borne zoonoses are maintained in complex transmission cycles that includedistinct vector groups and numerous potential reservoir host species. To understandpathogen transmission ecology and predict disease risk, it is therefore essential to establishthe contribution of each host type to local vector-host-pathogen interaction networks. Thetick Ixodes ricinus exploits a wide range of vertebrates and is implicated in the transmissionof numerous viral, bacterial and parasitic diseases of medical and veterinary importance inEurope, including Lyme borreliosis. Recent work suggests that this tick may specialise ondifferent host species, creating several semi-independent local transmission cycles.However, a major obstacle for tackling the question of host-associations in the I. ricinussystem is determining local host use. New molecular techniques are now available toidentify the last host of unengorged, questing ticks without directly collecting on the host.However, the reliability of inferences based on these methods has not been evaluated todate. In particular, potential biases in host detection could be present and may result in anerroneous perception of local host use and pathogen circulation. In the present study, weconducted an experiment to test for such biases. Ticks from natural populations of I. ricinuswere fed on blood from two different hosts types (birds and mammals) using artificialfeeders with gerbil skin membranes. A real-time TaqMan polymerase chain reaction (qPCR)assay based on the amplification of a partial fragment of the 12S gene was developed forthe identification of the tick blood-meal source. Preliminary results revealed that the hostskin supplied the majority of host DNA and, in our case, could inhibit blood detection. Toovercome this obstacle, we employed blocking primers to enhance PCR amplification of theblood host. We then analysed host detection probabilities, taking into account additionalfactors such as time post-moult and tick life stage. We discuss the significance of our resultsfor the study of vector-borne diseases and risk management practices.Mots-clésEcologie de la transmission, choix d’hôte, Ixodes ricinus, 12S ARNr, qPCR TaqMan, amorcesbloquantes106

Session 6 «Adaptation et évolution»P36- Identification des bases génétiques de l’adaptation à la compétition chez ArabidopsisthalianaBaron E, Richirt J, Amsellem L, Roux FEtienne Baron (Université de Lille 1, etienne.baron@ed.univ-lille1.fr, 0320435957)Julien Richirt (Université de Lille 1, julien.richirt@etudiant.univ-lille1.fr)Laurent Amsellem (Université de Lille 1, laurent.amsellem@univ-lille1.fr, 0320438991)Fabrice Roux (Université de Lille 1, fabrice.roux@univ-lille1.fr, 0320434033)En milieu naturel, une communauté végétale est caractérisée par son habitat qui présenteun rôle de filtre sélectif. Ce filtre est conditionné par des facteurs biotiques et abiotiquesqui interagissent. Il sélectionne les espèces présentant des traits adaptés et une nichepréférentielle compatible à cet habitat. Bien que la compétition soit considérée commel’une des interactions majeures conditionnant l’assemblage des communautés, les basesgénétiques et moléculaires de cette interaction sont encore peu connues. Une expérience aété mise en place pour identifier les bases génétiques de l’adaptation à la compétition chezArabidopsis thaliana, espèce présentant une variation importante de traits phénotypiquesdans des environnements contrastés (Handcock et al. 2011) et à capacité compétitricevariable selon le génotype à l’échelle intraspécifique (Cahill et al. 2005) et interspécifique(Bossdorf et al. 2009). Cinquante et une accessions issues d’une population naturelle deBourgogne à fort polymorphisme, ont été mises en condition de compétitionmonospécifique d’une part, avec quatre compétiteurs interspécifiques trouvés au sein decommunautés végétales naturelles (Poa annua, Stellaria media, Trifolium arvense, etVeronica arvensis) et dans une situation de compétition intraspécifique d’autre part. Untotal de mille deux cent plantes ont été caractérisées selon des traits d’histoire de vie,végétatifs, phénologiques et estimant la fitness. Suite au génotypage des cinquante et uneaccessions avec 214k SNPs, les résultats du GWA mapping indiquent que les régionsgénomiques associées à une réponse à la compétition interspécifique varie selon l’espèce.Cette étude illustre le potentiel des analyses de variation naturelle pour identifier lesrégions génomiques associées aux interactions plantes-plantes et nous amènent à souleverde nouvelles questions : Comment A. thaliana évolue à l’échelle de la communauté, i.e.dans une situation de compétition pluri-spécifique?Références bibliographiquesBossdorf, O., Z. Shuja, and J. A. Banta. 2009. Genotype and maternal environment affectbelowground interactions between Arabidopsis thaliana and its competitors. Oikos. 118:1541-1551.Cahill, J.F., S.W. Kembel, and D.J. Gustafson. 2005. Differential genetic influences on competitiveeffect and response in Arabidopsis thaliana. Journal of Ecology. 93:958–967.Hancock, A. M., B. Brachi, N. Faure, M. H. Horton, L. B. Jarymowycz, F. G. Sperone, C. Toomajian, F.Roux, J. Bergelson. 2011. Adaptation to Climate Across the Arabidopsis thaliana Genome. Science.334: 83-86.Mots-clésArabidopsis thaliana, compétition, bases génétiques, GWA mapping107

P37- Etude génétique et génomique des capacités d’osmorégulation chez la truite arc-encielYvan Le Bras 0 , Olivier Filangi 2,3 , Nicolas Dechamp 4 , Jérôme Montfort 1 , Aurélie Le Cam 1 ,Isabelle Leguen 1 , Francine Krieg 4 , Edwige Quillet 4 , Pascale Le Roy 2,3 , Patrick Prunet 10CNRS UMR 6074 IRISA-INRIA, F-35000 Rennes, France1INRA, UR1037 LPGP, IFR 140, F-35000 Rennes, France2INRA, UMR0598 Génétique Animale, F-35000 Rennes, France3Agrocampus Ouest, UMR0598 Génétique Animale, F-35000 Rennes, France4INRA, UMR1313 Génétique Animale et Biologie Intégrative, F-78350 Jouy-en-Josas, FranceLes téléostéens euryhalins peuvent vivre dans des milieux à salinité très différente. Il s’agitici de décrire les processus d’acclimatation à l’eau de mer chez la truite arc-en-ciel par uneétude couplant approches de génomique fonctionnelle et génétique.A partir d’une première approche cinétique de transcriptomie différentielle menée sur leprincipal organe impliqué dans l’osmorégulation, la branchie, une liste de gènes candidats aété établie et la réponse physiologique des poissons étudiée. Les principaux résultatsrévèlent de bonnes capacités d’euryhalinité et une réponse transcriptomique maximum24h après le transfert en eau de mer. Des processus biologiques impliqués dans lesmécanismes d’acclimatation sont également proposés. Une seconde approche consistait enla caractérisation d’un contrôle génétique des processus liés à l’acclimatation à l’eau demer chez la truite. Utilisant comme caractères, les teneurs plasmatiques en sodium et enchlore mesurées 24h après un transfert d’eau douce en eau salée, ainsi que le poidsbranchial, des analyses univariées et multivariées ont permis de mettre en avant 5 loci. Unedernière étape de détection de QTL d’expression sur ces 5 régions génomiques a alorspermis de proposer des gènes candidats de premier choix.Ces résultats pavent la route pour une investigation précise des bases génétiques liés àl’adaptation à l’euryhalinité chez les salmonidés et plus généralement des processusd’acclimatation à l’eau de mer chez les téléostéens.Mots-clésOsmorégulation, téléostéen, truite, oncorhynchus mykiss, QTL, transcriptomique, puce à ADN108

P38- Détection et histoire évolutive de régions génomiques associées à la perte de sexechez le puceron du poisClément Goubert, Julie Jaquiéry, Solenn Stoeckel, Fabrice Legeai, Chloé Larose, NinaBernard, Lucie Mieuzet, Frédérique Mahéo, Antoine Bonvoisin, Claude Rispe, Denis Tagu& Jean-Christophe SimonINRA, UMR 1349 (INRA/Agrocampus Ouest/Université Rennes 1) Institut de Génétique, Environnement etProtection des Plantes (IGEPP), Domaine de la Motte - 35653 Le Rheu Cedex - FranceLes taxons asexués sont rencontrés dans la plupart des grands groupes d’organismeseucaryotes. Leur position phylogénétique montre qu’ils dérivent de taxons ancestrauxsexués et que leur persistance est généralement très courte comparée aux espècessexuées, compte tenu de leurs moins bonnes capacités évolutives. En revanche, lesmécanismes génétiques impliqués dans ces fréquentes transitions vers l’asexualité sont peuconnus. Les pucerons constituent de bons modèles pour aborder cette question car ilsprésentent souvent, au sein d’une même espèce, des lignées pratiquant la parthénogénèsecyclique (PC), avec une succession de générations clonales suivie d’une phase sexuéeobligatoire, et des lignées se multipliant par parthénogénèse obligatoire (PO), c’est-à-direayant perdu la capacité à se reproduire de manière sexuée. Cette variation du mode dereproduction est maintenue par les conditions climatiques : les lignées PC sont avantagéesdans les régions à hiver rigoureux car elles sont capables de produire des œufs derésistance au froid, alors que les lignées PO, sensibles aux basses températures, sontfavorisées dans les régions où l’hiver est doux car elles s’y multiplient davantage.Afin de rechercher des régions génomiques associées à la perte du sexe chez le puceron dupois Acyrthosiphon pisum, nous avons mesuré la différenciation entre lignées PC et PO à400 marqueurs microsatellites. Cette première étape du travail, réalisée uniquement surdes individus prélevés sur la luzerne cultivée, mais appartenant à des lignées soit PC, soitPO, a révélé un locus s’écartant de la distribution simulée sous hypothèse neutre (outlier)et fortement associé à la variation du mode de reproduction. Cependant, chez A. pisuml’adaptation trophique a engendré une forte différentiation génétique entre les populationsexploitant des espèces de plantes distinctes, ce qui a conduit à la formation de races d’hôteanciennes d’environ 10000 ans. Par ailleurs, des lignées PC et PO existent pour chacune deces races d’hôtes. Ainsi, dans la seconde étape de cette étude, nous avons vérifié quel’outlier détecté pour des individus spécialisés sur la luzerne s’écartait également de ladistribution neutre chez des pucerons spécialisés sur pois et sur trèfle et montré ainsi uneassociation générale de cette région génomique à la perte de reproduction sexuée chez A.pisum. L’arbre construit sur la base de distances génétiques entre populations au locusoutlier tend à regrouper les populations par leur mode de reproduction, ce qui contrastefortement avec l’arbre basé sur des marqueurs neutres, qui sépare les populations d’abordpar la race d’hôte puis par mode de reproduction.L’ensemble de nos résultats, couplés à la forte différentiation génétique entre races d’hôteau locus outlier, suggèrent qu’un polymorphisme génétique ancestral associé à la variationdu mode de reproduction chez A. pisum s’est maintenu au cours de la spécialisationtrophique, aboutissant à la coexistence de lignées PC et PO au sein de chaque race d’hôte.Références bibliographiquesFrantz A., Plantegenest M. and Simon J.-C. 2006. Temporal habitat variability and the maintenance ofsex in host opulations of the pea aphid. Proc. R. Soc. B 273, 2887-2891Peccoud, J., A. Ollivier, Plantegenest M. and Simon J.-C. 2009. A continuum of genetic divergence109

from sympatric host races to species in the pea aphid complex. Proceedings of the National Academyof Sciences 106(18): 7495-7500.Simon J.-C., Stoeckel S. and Tagu D. 2010. Evolutionary and functional insights into reproductivestrategies of aphids. C. R. Biologies 333, 488-496Mots-clésClonalité, perte de sexe, Sélection divergente, genome scan, Acyrthosiphon pisum,110

P39- Origines multiples de la mutation kdr du canal sodium dans les populations decarpocapses à l’échelle mondiale.Myriam SIEGWART, Jérôme OLIVARES, Jean-François TOUBON, Claire LAVIGNE, PierreFRANCKINRA, UR1115 Plantes et Systèmes de culture Horticoles, F-84000 Avignon, FranceLa résistance aux insecticides est un exemple intéressant d’un changement évolutif rapideactuel. Nous avons étudié la variation moléculaire dans le gene canal sodium voltagedépendant (segments trans-membranaires 5 and 6 du domaine II) pour comprendrel’évolution de la résistance aux pyréthrinoïdes dans des populations de carpocapses (Cydiapomonella L., Lépidoptère, Tortricidées), le principal insecte ravageur des vergers de pommierset poiriers à l’échelle mondiale. L’étude de 38 séquences issues d’échantillons provenantd’Europe, d’Afrique, d’Amérique et du Moyen-Orient a révélée une seule mutation kdr(L1014F), connue pour être associée à une résistance aux pyréthrinoïdes (Brun-Barale et al.2005), suggérant que la substitution associée constitue un exemple de convergence évolutive.L’analyse d’échantillons de carpocapses provenant de 52 vergers de pommiers issus de 19 paysà l’aide d’un simple test PCR-RFLP confirme que cette mutation est présente dans le mondeentier. Deux facteurs semblent être impliqués dans la fréquence de la mutation. D’une part, lesfréquences de mutation kdr dans les vergers sont négativement corrélées avec lestempératures annuelles dans les régions échantillonnées, ce qui est cohérent avec le fait quele coût de la mutation soit température dépendant (Foster et al. 2003). D’autre part, lesgénotypes homozygotes kdr dans les vergers français présentent des activités des cytochromesoxydases P450 plus faibles que les autres génotypes, or ces enzymes sont impliquées dans ladétoxification des insecticides en général et des pyréthrinoïdes en particulier (Reyes et al.2007). Pour conclure nos résultats suggèrent que la distribution géographique de la mutationkdr s’explique par des origines multiples indépendantes et une dissémination limitée par lesfaibles températures et une interaction négative avec la présence de mécanismes alternatifsde résistance aux pyréthrinoïdes dans les populations (Franck et al 2012).Références bibliographiquesMots-clésBrun-Barale, A., Bouvier, J.-C., Pauron, D., Bergé, J.-B., Sauphanor, B., (2005). Involvement of asodium channel mutation in pyrethroid resistance in Cydia pomonella L., and development of adiagnostic test. Pest Management Science 61, 549-554.Foster SP, Young S, Williamson MS, Duce I, Denholm I, et al. (2003) Analogous pleiotropic effects ofinsecticide resistance genotypes in peach-potato aphids and houseflies. Heredity 91: 98-106.Franck, P., Siegwart, M., Olivares, J., Toubon, J.-F., Lavigne, C. (2012). Multiple origins of the sodiumchannel kdr mutations in codling moth populations. PloS ONE 7, e43543.Reyes, M., Franck, P., Charlemillot, P.-J., Ioriatti, C., Olivares, J., Pasqualini, E., Sauphanor, B. (2007).Diversity of insecticide resistance mechanisms and spectrum in European populations of thecodling moth, Cydia pomonella. Pest Management Science 63, 890–902.Cydia pomonella, Lepidoptère, résistance aux pyréthrénoides, canal sodium voltage dépendant,mutation kdr.111

Session 7 «Dispersion, épidémiologie et biologie des invasions»P40- Disperser dans le temps ou l’espace pour coexister.Pélisson Pierre-François ; Bel-Venner Marie-Claude ; Bernstein Carlos ; Menu Frédéric etVenner SamuelLes stratégies de dispersion (dispersion spatiale e.g. via le vol- ou temporelle –e.g. via lavariabilité des durées de dormance-) ont souvent été envisagées comme des mécanismesclefs permettant aux organismes de faire face à la variabilité imprévisible del’environnement chez les organismes dont la durée de vie à l’état reproducteur est courte.La diversification de ces stratégies parmi des espèces en compétition pour une ressourcefluctuante devrait jouer un rôle central dans leur coexistence. Les quelques études quitestent cette prédiction et qui sont exclusivement menées sur les communautés de plantesannuelles, ne confortent cependant pas cette prédiction.Dans ce travail nous explorons les capacités de dormance et de dispersion spatiale dequatre espèces d’insectes du genre Curculio proches phylogénétiquement, et qui sont encompétition pour une même ressource variable. Nous avons quantifié d’une part lavariabilité inter-individuelle de la durée de dormance pour estimer la capacité des espècesà disperser dans le temps. D’autre part nous avons estimé les capacités de dispersionspatiale des femelles adultes de chaque espèce grâce à un dispositif de moulin à vol.Deux des quatre espèces présentent des capacités de dispersions spatiale et temporelleopposées ce qui leur permettrait d’étaler les risques de manière différente (Bet-hedgingdiversifié) de telle manière que leur coexistence soit stabilisée. En revanche, les deux autresespèces ne semblent performantes ni pour disperser dans le temps ni pour disperser dansl’espace : leurs stratégies correspondraient alors plutôt à un évitement des risques enenvironnement fluctuant (bet-hedging conservateur), plutôt qu’à une stratégie d’étalementdes risques. Ces résultats soulignent la nécessité de revisiter l’implication des stratégies debet-hedging dans la coexistence d’espèces compétitrices et de considérer l’importance dela compétition interspécifique dans l’évolution divergente de ces stratégies de bet-hedging.Mots-clésDormance; Dispersion; diapause; vol112

P41- Sélection et invasions biologiques : utilisation de scan AFLP pour rechercher destraces d’évènements de sélection post-introduction chez l’espèce invasive Crepidulafornicata.Florentine Riquet 1, 2 – Claire Daguin-Thiébaut 1, 2 – Nicolas Bierne 3, 4 - Frédérique Viard 1, 21 UPMC Université Paris 06, UMR 7144, Equipe Diversité et Connectivité dans le paysage marin côtier,Station Biologique de Roscoff, 29680 Roscoff, France2CNRS, UMR 7144, Lab. Adaptation et et Diversité en Milieu Marin, Station Biologique de Roscoff, 29680Roscoff, Fance3 Université Montpellier 2, Place Eugène Bataillon, 34095 Montpellier, France4 CNRS, Institut des Sciences de l’Evolution, UMMR 5554, Station Méditerranéenne de l’EnvironnementLittoral, 2 rue des Chantiers, 34200 Sète, Montpellier, FranceLes espèces non-indigènes réussissent à s’installer dans un environnement dans lequel elles n’ontjusqu’alors pas évolué. L’hypothèse de processus rapides de sélection dans l’aire d’introduction estune des hypothèses avancées pour expliquer le succès de ces espèces. Cependant, il existe encorepeu de travaux documentant de tels effets. Ces études pourraient être facilitées lorsque lespopulations introduites présentent une grande taille de population et une forte diversité génétique,caractéristiques observées chez de nombreuses espèces marines. Dans cette étude, nous avonsrecherché des effets de sélection post-introduction chez le gastéropode marin Crepidula fornicata.Originaire du nord-est de l’Amérique, ce mollusque a été massivement introduit sur les côteseuropéennes et au nord-ouest des Etats Unis au cours du 20 ème siècle. Des scans génomiquesconduits avec des marqueurs microsatellites et AFLPs (352 locus) ont été effectués sur 683 individuséchantillonnés dans 7 populations de l’aide native et 15 populations introduites.Les résultats ont tout d’abord permis de confirmer la forte diversité génétique des populationsintroduites et d’affiner le scénario d’introduction en Europe. Seule la limite sud de l’aire dedistribution (ouest de la Floride) se différencie des populations introduites et des autres populationsde l’aire de distribution naturelle. Ceci confirme qu’un nombre important d’individus a été introduitavec de multiples sources d’introduction (i.e. forte pression de propagule). Dans un second temps, larecherche de locus « outlier » (i.e. locus sous sélection ou liés à des locus sous sélection) n’a pas misen évidence d’effets sélectifs entre l’aire d’origine et les régions d’introductions. Huit locus outliersont été en revanche détectés entre la population de l’ouest de la Floride et les autres populations del’aire d’origine et des aires d’introduction. Cette singularité pourrait s’expliquer par l’existence d’unebarrière génétique semi-perméable au niveau de la frontière biogéographique, commune à denombreuses espèces marines le long de la Péninsule de la Floride. Cette barrière génétique dansl’aire d’origine est le seul signal efficace pour retracer les processus d’introduction en Europe.Mots-clésCrepidula fornicata, espèce non-indigène, sélection, scan génomique113

P42-Evolution temporelle des caractéristiques génétiques de l’inoculum aérien de Botrytiscinerea un champignon pathogène extrêmement polyphage.C. Leyronas 1 , P.C. Nicot 1 , F. Halkett 21 : INRA, UR407 Pathologie Végétale, F-84140 Montfavet ;2 : INRA, UMR 1136 Interactions Arbres-Microorganismes, F-54280 ChampenouxBotrytis cinerea est un champignon Ascomycète très polyphage, à dissémination aérienne.Il provoque la pourriture grise sur de nombreuses espèces d’intérêt agronomique (vigne,laitue, tomate, etc.). Plusieurs groupes génétiques ont été décrits, adaptés notamment àdifférentes plantes hôtes (Fournier & Giraud, 2008). Dans cette étude nous avons cherché àdécrire exhaustivement la diversité génétique chez cette espèce et prédire l’abondance desgroupes génétiques en fonction des conditions climatiques. Nous avons développé uneméthode de piégeage et de caractérisation moléculaire de l’inoculum de B. cinerea présentdans l’air et nous avons cherché à savoir si la structure génétique évoluait au cours dutemps, en fonction de la saison et/ou de l’origine des masses d’air.Pendant 84 journées réparties sur trois ans, les spores de B. cinerea en suspension dans l’airont été collectées, puis quantifiées, sur le site de l’INRA d’Avignon. Pour 29 dates, desisolats ont été génotypés à l’aide de neuf marqueurs microsatellites (Fournier et al., 2002).Pour chaque date la trajectoire de la masse d’air susceptible d’avoir amené l’inoculum surle site de collecte a été modélisée à l’aide du logiciel Hysplit.Sur les 683 souches génotypées, 67 présentaient un allèle privé sur le microsatellite 6, lesclassant dans l’espèce cryptique B. pseudocinerea (Walker et al., 2011). Le pourcentage desouches de B. pseudocinerea variait selon les dates de 0 à 50% (ces souches ont été excluesdans les analyses ultérieures). Parmi les 616 souches de B. cinerea, 443 haplotypes distinctsont été déterminés. La diversité clonale (R) variait selon les dates de 0,67 à 1. Lastructuration génétique déterminée avec Geneland a fait apparaître huit clusters. Deuxclusters (5 et 6) présentaient une diversité génétique plus faible. La saison ainsi quel’origine des masses d’air semblent avoir un impact sur la structuration de la populationaérienne de B. cinerea. Les différences observées sont principalement dues aux fluctuationsd’abondance du cluster 5 : largement majoritaire en été et en automne contrairement àl’hiver et au printemps (test exact Fischer P=0) ainsi que majoritairement présent quand lesmasses d’air venant du nord et du sud mais pas de l’ouest (test exact Fischer < 0,001).Des analyses complémentaires seront réalisées afin de déterminer quels sont lesparamètres qui ont le plus d’impact sur la structuration génétique en essayant de dissocierparamètres biotiques (plantes hôtes) et abiotiques (climat local, origine des masses d’air).Références bibliographiquesMots-clésFournier E. et al., 2002. Molecular Ecology Notes 2: 253-255Fournier E. & Giraud T. 2008. J. Evol. Biol. 21: 122-132Walker A.S. et al., 2011. Phytopathology 101: 1433-1445champignon phytopathogène, groupe génétique, climat, saison, masse d’air114

P43- Evolution des stratégies de vie dans différents types des populations (Native,invasive et lutte biologique) de la coccinelle Harmonia axyridisAshraf Tayeh, Arnaud Estoup et Benoit FaconDe part leurs impacts écologiques et socio-économiques majeurs, les invasions biologiquessont devenues une problématique incontournable. La prise en compte des processusévolutifs dans l’étude des invasions biologiques est récente. Pourtant les espèces invasivesconstituent un très bon modèle pour étudier des changements évolutifs rapides. Notremodèle est la coccinelle asiatique Harmonia axyridis. Après avoir été longuement utiliséeen lutte biologique en Amérique du Nord depuis 1916, en Europe depuis 1990 et enAmérique du Sud dans les années 1990, elle est désormais considérée comme une espèceinvasive à l’échelle mondiale.Notre travail s’inscrit dans le cadre de l’évolution des traits d’histoire de vie. Nous avonsmesuré en conditions contrôlées différents traits d’histoire de vie liés à la fécondité et lasurvie, chez des individus provenant de populations naturelles (natives et invasives) et depopulations d’élevage utilisées en lutte biologique de la coccinelle Harmonia axyridis.Les populations de lutte biologique se reproduisent plus tôt mais meurent plus vite que lespopulations naturelles (natives et invasives). Au sein des populations naturelles, lespopulations invasives se reproduisent plus tôt et meurent plus tard que les populationsnatives. Les individus des populations invasives sont plus grosses par rapport à ceux despopulations de l’aire native et de lutte biologique. Nous avons également mis en évidenceune différence de dynamique de fécondité au cours du temps en fonction du type depopulations. En effet, les femelles des populations de lutte biologique ont une féconditéprécoce plus élevée que les femelles des populations naturelles. Cependant, la féconditédes femelles des populations de lutte biologique chute plus rapidement que celle desfemelles des populations naturelles. Enfin, en termes de fécondité «totale », les femellesdes populations invasives, natives et de lutte biologiques pondent en moyenne 2687, 2025et 2135 œufs.Nous discuterons de ces résultats en regard des pressions de sélection différentes quipeuvent s’exercer dans les trois types de populations (native, invasive et lutte biologique).Références bibliographiquesMots-clésMots clés : Harmonia axyridis, Invasions biologiques, Evolution, Traits d’histoire de vie, Luttebiologique.115

P45- Etude de l’impact d’une maladie infectieuse émergente sur la variabilité adaptativedes gorillesHélène Rousseau a , Dominique Vallet a , Eric Petit b , Nelly Ménard a , Pascaline Le Gouar aComprendre la variabilité génétique adaptative des populations menacées est un enjeucrucial permettant de prédire leurs réponses aux changements environnementaux. Lecomplexe majeur d’histocompatibilité CMH, complexe de gènes impliqué dans la réponseimmunitaire chez les vertébrés, présente un fort polymorphisme généralement attribués àune sélection balancée induit par la pression des pathogènes présents dansl’environnement. Le CMH est donc un excellent candidat pour étudier les processusadaptatifs, notamment dans le cas de pression de sélection type maladies infectieusesémergentes (O’Brien et al. 1988). L’accroissement récent de l’émergence de maladiesinfectieuses, favorisé par les changements globaux liés aux activités humaines, est reconnupour avoir des répercussions majeures sur les dynamiques évolutives de la biodiversité(Jones et al. 2008).L’étude proposée repose sur l’étude de la dynamique de populations de gorilles des plainesde l’Ouest suivies sur le long terme ayant subi des épidémies du virus Ebola entre 2002 et2004 (Le Gouar et al. 2009). Les données génétiques reposent sur un échantillonnage noninvasif des individus avant et après l’épidémie. Le grand nombre d’échantillons à analyseret la faible qualité de l’ADN extrait nécessite le développement de méthode de typage duCMH via l’amplification de marqueurs microsatellites liés (Doxiadis et al. 2007). Cetteméthode de typage et les premiers résultats d’analyses de variabilité des marqueursmicrosatellites liés au CMH dans les populations de gorilles avant et après Ebola sontprésentés dans ce poster.Références bibliographiquesDoxiadis, G. G. M. et al. A highly divergent microsatellite facilitating fast and accurate DRBhaplotyping in humans and rhesus macaques. Proceedings of the National Academy of Sciences 104,8907-8912 (2007).Jones, K. E. et al. Global trends in emerging infectious diseases. Nature 451, 990-993 (2008).Le Gouar, P. J. et al. How Ebola Impacts Genetics of Western Lowland Gorilla Populations. PLoS ONE4, e8375 (2009).O’Brien, S. J. & Evermann, J. F. Interactive influence of infectious disease and genetic diversity innatural populations. Trends in Ecology & Evolution 3, 254-259 (1988).Mots-clésCMH, potentiel évolutif, conservation, primate117

Merci à…118