Service de PCR Quantitative par Bariza Blanquier

Plate-forme PCR en temps réel de l ’ IFR 128ENSIBCPCERVIOpticon 2MJ ResearchOptical System iCyclerBioRadSDS 7000Applied BiosystemsGenevieve FourelFrédéric Mallein-GerinBariza Blanquier gfourel@ens-lyon.frlyon.frf.mallein-gerin@ibcp.frblanquier@cervi@cervi-lyon.inserm.fr

Organisation de la plate-forme QPCR• Mise en place d ’un « circuit » indispensablepour la PCR en temps réel• Optimisation des protocoles (ARN, ADNc, QPCR)Disponibles pour l’ensemble des utilisateurs de l’ IRF 128• Essais comparatifs de kitsNégocier les prix auprès des revendeurs• Design et validation de couples d ’amorces

Le circuit PCR QuantitativeEviter toutes les sources de contaminationARN-RT RT PCRManipulation ADNcPar EquipeRNasesPar UnitéADN(thermocycleurOu incubateur dédié)PCR MIXOligos /plaques 96IFR 128Congel-centriHotte PCR -UVPipettesPetite centriIFR 128ADNRun PCR - Analyse résultatsHotte PCR - UVPipettesPetite centriFrigo-congel?IFR 128Plaques scellées uniquementCentri plaques 96 puits

Projet de la plate-formeScreening en Sybergreend ’une famille de gènes en plaque 96 puitsEn collaboration avec l ’unité U343 de Nice (Alain Bernard)1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12A E2A HES-1 LKLF STAT1 IRF-1 NFATc1 JUN D SRF KIP 1 Cyclin A1 Bim RARalpB TAL-1 Lef-1 NFKB p105STAT2 IRF-4 NFATc2 FRA 1 FKHR1 APC Cyclin B1 BCL2 RARgamC c-MYC Tcf-1 NFKB p65STAT3 Ets-1 NFATc3 FRA 2 FKHR2 RB1 Cyclin D1BCLX (BCL2L) RXRalpD Max Sox-4 STAT4 Ets-2 AML1 FOS B Deltex 1 p53 Cyclin D2 Bax BActinE Mad GATA 1 RelB STAT5 PU.1 Bcl-6 c FOS IEX-1 p73 Cyclin E1 FLIP GAPDHF Id1 GATA c-REL STAT6 Spi-B c-Maf EGR 1 blimp-1 ATM cdk2 FADD HPRTG Id2 GATA 3 B-MYB MEF2b PAX5/BSAPc JUN EGR 2 E2F1 Chk2 cdk4 PPAR alphaUbiquitH Id3 T-BET c-MYB Ikaros EBF JUN B EGR 3 INK4TRANSCRIPTION FACTORS/GROWTH/Apolo-likekinasecdk6PPAR gamma0Développement d ’une banque d ’oligosEn cours de validation pour l’ IFR : Les TLR