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Il genoma dei fitoplasmi è instabile a causa di integrazione di fagi, eventi di ricombinazione e presenza di plasmidi mobili, ma anche per la presenza di PMU
Il genoma dei fitoplasmi è andato incontro ad una progressiva riduzione delle sue dimensioni. Le sequenze dei quattro genomi di fitoplasmi disponibili indicano che la riduzione è avvenuta a carico di categorie diverse di geni INRIM - Gli incontri del giovedì Kube et al., 2012
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