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医 学 影 像 与 分 子 影 像 学<br />
田 捷<br />
中 科 院 自 动 化 所 医 学 影 像 研 究 室<br />
http://www.3dmed.net<br />
http://www.mitk.net<br />
Email:tian@doctor.com<br />
2004 年 9 月
第 九 讲 : 功 能 数 据 处 理
fMRI 统 计 应 用 软 件 包 : 对 比 分 析
目 的<br />
• 对 不 同 的 软 件 包 进 行 比 较<br />
• 更 加 有 效 的 利 用 这 些 软 件 包
介 绍<br />
• 现 有 的 软 件 包<br />
• SPM<br />
• AFNI<br />
• Stimulate<br />
• MEDIMAX<br />
• FIT
介 绍<br />
• 现 有 的 软 件 包<br />
• FIASCO<br />
• MEDx<br />
• FSL<br />
• Brain Voyager
介 绍<br />
• 没 有 一 种 是 十 全 十 美 的 !
SPM
SPM<br />
MATLAB<br />
•<br />
Windows<br />
•<br />
UNIX<br />
•<br />
MacOS X<br />
•<br />
比 较 难 掌 握<br />
•
• 免 费 使 用<br />
SPM
AFNI
AFNI<br />
• http://afni.nimh.nih.gov/afni/<br />
• 新 版 AFNI - version 2.56b
AFNI?<br />
• AFNI 是 一 套 集 处 理 、 分 析 和 显 示 功 能 核 磁<br />
共 振 数 据 于 一 体 的 的 C 程 序 集 。 即 一 种 能 够<br />
映 射 人 脑 活 动 的 技 术 。 它 可 以 在<br />
Unix+X11+Motif 系 统 上 运 行 , 其 中 包 括<br />
SGI、Solaris、 Linux 和 Mac OS X。 该 软<br />
件 包 可 以 免 费 应 用 于 科 研 用 途 。
• 免 费 使 用<br />
AFNI
Stimulate : 基 于 功 能 核 磁 共 振 分 析 软<br />
件 包 的 图 形 用 户 界 面
Stimulate<br />
http://www.cmrr.umn.edu/downloads/<br />
•<br />
stimulate/<br />
IRIX<br />
•<br />
Linux<br />
•<br />
SunOS<br />
•
Stimulate<br />
• 新 功 能 扩 展 ( STIMULATE V5.0 )<br />
• 可 以 在 以 下 3 个 操 作 系 统 上 运 行 :<br />
• SunOS<br />
• Solaris<br />
• SGI IRIX<br />
• 添 加 的 命 令 行 模 式 可 以 使 批 处 理 更 加 方<br />
便 。<br />
• 宽 度 可 变 换 的 低 通 滤 波 器 选 择 ( 高 斯 、 正<br />
弦 和 汉 明 )。
Stimulate<br />
• 明 尼 苏 达 大 学 医 学 院 磁 共 振 研 究 中 心<br />
2021 Sixth Street S.E.<br />
Minneapolis, MN 55455, USA
Stimulate<br />
• Stimulate 是 一 种 基 于 fMRI ( 功 能 核 磁 共 振 )<br />
的 GUI ( 图 形 用 户 界 面 ) 。 它 将 一 套 综 合 的<br />
fMRI 分 析 工 具 集 集 成 到 一 个 工 具 包 中 , 使<br />
得 数 据 处 理 更 加 方 便 。 在 友 好 的 人 机 界 面<br />
中 , 用 户 可 以 仅 通 过 点 击 鼠 标 对 数 据 进 行<br />
处 理 和 显 示 。 激 活 映 射 图 可 以 由 功 能 图 像<br />
计 算 而 来 , 然 后 叠 加 到 结 构 图 像 中 以 用 来<br />
显 示 。
MEDIMAX
MEDIMAX<br />
• http://alsace.ustrasbg.fr/ipb/gitim/medimax/index.html<br />
• 表 面 可 视 化 。<br />
• 脑 部 曲 线 重 建 。<br />
• 通 过 鲁 棒 性 测 度 , 实 现 刚 性 配 准 。
MEDIMAX<br />
• 医 学 图 像 的 2D/3D 变 形 匹 配<br />
• 基 于 统 计 图 谱 的 象 素 分 割
MEDIMAX<br />
• 免 费 使 用<br />
• LinUx<br />
• HP-UX
FIT (functional imaging toolkit)<br />
• http://www.concentric.net~arnholt/inidex.ht<br />
ml
FIT<br />
• Windows<br />
• C++<br />
• 没 有 直 角 坐 标 视 图
FIASCO<br />
Functional Imaging Analysis Software-<br />
Computational Olio<br />
• http://www.rsmnq.ca/REPRIC/analysis_sof<br />
tware.htm
MEDx
MEDx<br />
• http://medx.sensor.com/
MEDx
FSL<br />
• http://www.fmrib.ox.ac.uk/
FSL<br />
• 该 软 件 是 集 脑 部 的 功 能 和 结 构 于 一 体 的 图<br />
像 处 理 工 具 。 其 开 发 者 是 牛 津 大 学 的<br />
Image Analysis Group , 该 组 织 由 Dr.<br />
Stephen Smith 领 导 。 结 构 工 具 由 脑 提 取 工<br />
具 (BET), 线 性 配 准 工 具 (FLIRT) 和 基 于<br />
最 小 统 一 分 割 吸 收 核 子 的 降 噪 技 术<br />
(SUSAN)。
BrainVoyager
BrainVoyager<br />
• http://www.brainvoyager.de/<br />
• 该 软 件 是 一 套 开 发 中 的 科 学 软 件 , 其 主 要 应 用 领<br />
域 是 人 和 动 物 脑 部 成 像 , 神 经 网 络 仿 真 和 计 算 机<br />
模 拟 控 制 。 其 目 前 主 要 的 产 品 BrainVoyager<br />
2000, 是 一 套 商 用 的 神 经 成 像 工 具 , 已 有 几 百 家<br />
实 验 室 使 用 这 套 软 件 。 BrainVoyager QX 是 一 套<br />
跨 平 台 的 解 决 方 案 , 它 可 以 在 所 有 主 要 操 作 系 统<br />
上 运 行 , 包 括 Windows, Linux/Unix and Mac OS<br />
X。<br />
• 同 时 提 供 免 费 的 学 习 版 。
BrainVoyager
BrainVoyager
BrainVoyager
BrainVoyager
BrainVoyager
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