Hibridação de ácidos nucleicos
Hibridação de ácidos nucleicos
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<strong>Hibridação</strong> <strong>de</strong> <strong>ácidos</strong> <strong>nucleicos</strong><br />
<strong>Hibridação</strong> <strong>de</strong> <strong>ácidos</strong> <strong>nucleicos</strong><br />
DNA <strong>de</strong> vírus da Peste suína africana
Tópicos<br />
• Origem e características das sondas <strong>de</strong> hibridação<br />
• Métodos <strong>de</strong> marcação <strong>de</strong> DNA<br />
• Sondas <strong>de</strong> RNA<br />
• Sondas homólogas, heterólogas e <strong>de</strong>generadas<br />
• Marcação não isotópica <strong>de</strong> DNA<br />
• Sistema <strong>de</strong> <strong>de</strong>tecção <strong>de</strong> hibridação baseado na afinida<strong>de</strong> biotinaestreptavidina<br />
• Temperatura <strong>de</strong> <strong>de</strong>snaturação/temperatura <strong>de</strong> hibridação<br />
• Tipos <strong>de</strong> sondas e condições <strong>de</strong> hibridação<br />
• <strong>Hibridação</strong> ASO
Origem e características das sondas <strong>de</strong> hibridação
Marcação <strong>de</strong> DNA por nick-translation<br />
Digestão parcial<br />
Mg ++<br />
α- 32 P dCTP
Marcação <strong>de</strong> DNA por primers aleatórios<br />
α- 32 P dCTP
Marcação <strong>de</strong> extremida<strong>de</strong>s 5’ do DNA<br />
A marcação é fornecida na forma <strong>de</strong> 32 P na posição γ-fosfato do ATP( [γ- 32 P]ATP).<br />
A cinase <strong>de</strong> polinucleótido catalisa uma reacção <strong>de</strong> troca com os fosfatos 5’<br />
terminais.
Marcação <strong>de</strong> extremida<strong>de</strong>s 3’ do DNA<br />
Preenchimento <strong>de</strong> extremida<strong>de</strong>s 3’ recuadas<br />
α- 32 P dATP
Sondas <strong>de</strong> RNA (ribossondas)<br />
As sondas <strong>de</strong> RNA são produzidas por transcrição run-off <strong>de</strong> insertos clonados em vectores<br />
apropriados e terão <strong>de</strong> ter o sentido inverso ao da transcrição do transcrito em estudo.
Sondas <strong>de</strong>generadas<br />
Sondas homólogas; sondas heterólogas
Estrutura <strong>de</strong> fluoróforos utilizados na marcação directa não isotópica<br />
O grupo <strong>de</strong> fluoresceína do dUTP-fuoresceína está ligado ao átomo <strong>de</strong> carbono 5’ da uridina por um<br />
grupo espaçador, <strong>de</strong> modo que quando o nucleótido modificado é incorporado no DNA o grupo<br />
fluoresceína fica acessível, facilitando a sua <strong>de</strong>tecção.<br />
A coumarina amino metil é<br />
um corante fluorescente azul.<br />
A fluoresceína é um corante<br />
fluorescente ver<strong>de</strong> claro.<br />
A rodamina é um<br />
corante fluorescente<br />
vermelho.<br />
Um fluoróforo é um grupo químico que fluoresce quando exposto a luz <strong>de</strong> um <strong>de</strong>terminado<br />
comprimento <strong>de</strong> onda.
Princípios gerais da marcação indirecta não isotópica
Estrutura <strong>de</strong> um nucleótido modificado com digoxigenina<br />
Os grupos digoxigenina e biotina são grupos repórter: após<br />
incorporação no ácido nucleico são ligados por ligandos específicos<br />
acoplados a um marcador. Os marcadores po<strong>de</strong>m ser fluoróforos ou<br />
enzimas, tais como a fosfatase alcalina e a peroxidase.<br />
O grupo digoxigenina está ligado ao átomo <strong>de</strong> carbono 5’ da uridina do<br />
dUTP por um grupo espaçador <strong>de</strong> 11 átomos <strong>de</strong> carbono.<br />
No sistema digoxigenina, a molécula <strong>de</strong> afinida<strong>de</strong> é um anticorpo<br />
anti-digoxigenina.<br />
A digoxi<strong>de</strong>nina é um esterói<strong>de</strong> natural obtido a partir <strong>de</strong> Digitalis.
Estrutura <strong>de</strong> um nucleótido modificado com biotina<br />
O grupo biotina está ligado ao átomo <strong>de</strong> carbono 5’ da uridina do dUTP<br />
por um grupo espaçador <strong>de</strong> 16 átomos <strong>de</strong> carbono.<br />
No sistema biotina-estreptavidina, a molécula <strong>de</strong> afinida<strong>de</strong> é a<br />
estreptavidina.<br />
A biotina é uma vitamina natural e a estreptavidina é uma proteína bacteriana.
Sistema <strong>de</strong> <strong>de</strong>tecção <strong>de</strong> hibridação baseado na afinida<strong>de</strong> biotinaestreptavidina
Temperatura <strong>de</strong> <strong>de</strong>snaturação (Tm)<br />
As bases dos <strong>ácidos</strong> <strong>nucleicos</strong> absorvem fortemente luz ultravioleta a 260 nm.<br />
A absorção pelo DNA <strong>de</strong> ca<strong>de</strong>ia dupla é consi<strong>de</strong>ravelmente menor do que pelos nucleótidos livres.<br />
OD SS e OD DS indicam a<br />
<strong>de</strong>nsida<strong>de</strong> óptica <strong>de</strong> DNA <strong>de</strong><br />
ca<strong>de</strong>ia simples e <strong>de</strong> ca<strong>de</strong>ia<br />
dupla, respectivamente.<br />
A Tm é uma medida útil da<br />
estabilida<strong>de</strong> <strong>de</strong> um ácido nucleico <strong>de</strong><br />
ca<strong>de</strong>ia dupla.<br />
Correspon<strong>de</strong> ao ponto médio na<br />
transição <strong>de</strong> <strong>de</strong>nsida<strong>de</strong> óptica da forma<br />
<strong>de</strong> ca<strong>de</strong>ia dupla para a forma <strong>de</strong> ca<strong>de</strong>ia<br />
simples.<br />
As condições <strong>de</strong> hibridação são escolhidas <strong>de</strong> modo a promover a formação <strong>de</strong> heterodúplices,<br />
sendo a temperatura <strong>de</strong> hibridação (65 a 68 0 C), em geral 25 0 C abaixo da Tm.
Tipos <strong>de</strong> sondas e condições <strong>de</strong> hibridação<br />
> 100 nts.<br />
15-20 nts.
ASO - Oligonucleótido alelo-específico<br />
<strong>Hibridação</strong> ASO