V1-CAP 01

DOMÍNIO BACTERIA
REINO MONERA
REINO MONERA
Bactérias
(Germes e Micróbios)
Número de espécies
No mundo: cerca de 4.200
No Brasil: ?
Conhecidas no estado de São Paulo: ?
Estimadas no estado de São Paulo: ?
Microbispora sp.*
Foto: Elisa Espósito
actérias são organismos relativamente simples, microscópicos, cujo
material genético não está envolvido por uma membrana nuclear (células
procarióticas) Possuem importância indiscutível na sustentabilidade da
biosfera e têm um papel preponderante nos ciclos biogeoquímicos. As
espécies bacterianas são definidas filogeneticamente, empregando-se para tal a relação
evolutiva entre seqüências de genes conservados, notadamente o RNA ribossômico 16S
(rRNA 16S), e o grau de similaridade entre os genomas dos organismos (homologia
DNA:DNA). A incrível versatilidade metabólica das bactérias justifica a sua ocorrência em
diferentes ambientes e condições de sobrevivência. O número de espécies descritas na
literatura, cerca de 4.200, a maioria representada por organismos cultivados, está muito
aquém do estimado, representando menos de 1% do total de espécies existentes na natureza.
Os estudos de levantamentos ecológicos e os registros sobre a diversidade de bactérias no
estado de São Paulo são escassos, requerendo, portanto, um estímulo à execução de projetos
temáticos e catalogação sistemática da diversidade de bactérias, complementada com esforços
de análise e síntese do papel destes microrganismos no funcionamento de ecossistemas.
* Micrografia eletrônica de varredura de actinomiceto em solo.

DIVERSIDADE NO DOMÍNIO BACTERIA
VANDERLEI PEREZ CANHOS 1 , GILSON PAULO MANFIO 2 ,
ROSANA FILOMENA VAZOLLER 2,3 & VIVIAN HELENA PELLIZARI 4
1 Faculdade de Engenharia de Alimentos, Universidade Estadual de Campinas,
Rua Professor Zeferino Vaz, s/nº, 13081-970 Campinas, SP, e-mail: vcanhos@bdt.org.br
2 Coleção de Culturas Tropical, Fundação André Tosello,
Rua Latino Coelho, 1301, 13087-010 Campinas, SP, e-mail: gilson@bdt.org.br
3 Escola de Engenharia de São Carlos, Universidade de São Paulo
Av. Dr. Carlos Botelho, 1465, 13560-970 São Carlos, SP, e-mail: vazoller@uol.com.br
4 Instituto de Ciências Biomédicas II, Universidade de São Paulo,
Cidade Universitária, 05508-900 São Paulo, SP, e-mail: vivianp@usp.br
1. Introdução
1
Bactérias constituem um grupo de microrganismos de ocorrência cosmopolita nos mais diversos hábitats.
Apresentam uma enorme diversidade de vias metabólicas, reunindo organismos especializados na utilização de
compostos orgânicos (heterotróficos e organotróficos) ou inorgânicos como fonte de energia (quimiorganotróficos
e litotróficos), e aqueles capazes utilizar luz como fonte de energia no metabolismo (fototróficos).
Estudos baseados na análise direta da diversidade bacteriana em amostras ambientais através de métodos
moleculares, sem a etapa de isolamento e cultivo, têm revelado um novo cenário sobre a distribuição de
microrganismos no meio ambiente. Os resultados indicam que alguns grupos do Domínio Bacteria apresentam
distribuição cosmopolita, ao passo que outros parecem estar restritos a ambientes particulares (Schlegel &
Jannasch, 1992). Alguns dos grupos filogenéticos de distribuição cosmopolita são bem conhecidos a partir de
estudos de isolamento e cultivo, ao passo que outros são ainda pouco conhecidos/estudados ou não foram ainda
detectados através de cultivo. Os representantes de Proteobacteria (bactérias púrpura fotossintéticas), Cytophagales
(grupo dos Bacteroides/Cytophaga/Flexibacter) e as duas divisões de organismos Gram-positivos (Actinobacteria e
Gram-positivos de baixo conteúdo de G+C), de distribuição cosmopolita, são exemplos de organismos bem
conhecidos através de representantes cultivados. Em contraste, organismos das Divisões Acidobacterium, bactérias
verdes não-sulfurosas e Verrucomicrobia, que também apresentam distribuição cosmopolita, evidenciada por estudos
de seqüências de rRNA 16S clonadas do meio ambiente, são pouco representados por organismos cultivados e,
conseqüentemente, pouco se sabe sobre a sua biologia e propriedades em geral (Hugenholtz et al., 1998a).
Organismos litotróficos e as comunidades que eles suportam contribuem significativamente para a química
da biosfera, atuando nos ciclos biogeoquímicos e processos de lixiviação de rochas e formação de solos. O
metabolismo litotrófico, com produção de energia a partir de compostos inorgânicos, tais como hidrogênio e
compostos reduzidos de ferro e enxofre, é mais amplamente distribuído entre os grupos filogenéticos de
Bacteria e Archaea que as formas de metabolismo fototrófico e organotrófico (Kandler, 1994; Pace, 1997).
Ambientes que permitem a ocorrência de organismos litotróficos, tais como habitats abaixo da superfície terrestre
e os habitats geotermais, são mais prevalentes na Terra que ambientes ricos em matéria orgânica. Considerando a
importância do metabolismo litotrófico nos processos ambientais, é notável a relativa falta de informação sobre
a diversidade e biologia destes organismos e sobre as comunidades que eles suportam. Fatores que contribuem
para a falta de conhecimento são as limitações para o isolamento e cultivo destes em laboratório. De modo geral,
a descrição de comunidades microbianas requer o emprego de técnicas que não envolvam o cultivo em laboratório,
uma vez que apenas uma pequena fração (

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V.P. Canhos et al.
além das 12 divisões descritas por Woese (1987), baseadas principalmente em seqüências de rRNA 16S de
organismos cultivados, 12 novas divisões putativas, descritas em estudo recente envolvendo a análise de seqüências
de rDNA 16S isoladas diretamente do meio ambiente (Hugenholtz et al., 1998a), e 12 linhas de descendência
descritas em outros estudos (Maidak et al., 1997). O termo “divisão” é definido como um grupo filogenético
contendo duas ou mais seqüências de rDNA 16S reprodutivelmente monofiléticas e não afiliadas com os outro
grupos filogenéticos que integram o Domínio Bacteria (Hugenholtz et al., 1998a,b).
Durante a última década, a taxonomia de bactérias sofreu grandes mudanças. Novas categorias de informações
de valor taxonômico potencial se tornaram disponíveis (e.g., quimiotaxonomia, composição de bases de DNA,
hibridização DNA-DNA, ribotipagem etc.) e possibilitaram a diferenciação de organismos antes alocadas em
grupos heterogêneos, assim como a revelação de dissimilaridades antes não detectadas. Outro fator importante
foram os avanços recentes em técnicas de análises filogenéticas. Filogenia é atualmente uma base importante na
classificação de bactérias. O uso integrado de características fenotípicas e genotípicas, denominado taxonomia
polifásica, está tornando possíveis grandes avanços na classificação de bactérias.
A nomenclatura de bactérias é controlada pelo “Código de Nomenclatura de Bactérias” (Lapage et al.,
1975), sendo o nome do táxon bacteriano baseado na prioridade de publicação válida, legítima e efetiva. Desde
01 de janeiro de 1980, a prioridade de designar nomes a novas espécies de bactérias é baseada na “Approved List
of Bacterial Names”, que compilou os nomes válidos até aquela data, e nas “Validation Lists”, publicadas
trimestralmente no International Journal of Systematic Bacteriology (IJSB), que compilam os novos nomes
descritos em trabalhos científicos publicados no próprio IJSB e em outros periódicos científicos.
Nos quatro volumes do Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology (Krieg & Holt, 1984; Sneath & Holt, 1986;
Staley & Holt, 1989; Williams et al., 1989), são descritos 33 agrupamentos ou seções de microrganismos que
compreendem os representantes dos Domínios Bacteria e Archaea, sendo uma seção dedicada exclusivamente
às Archaea (Staley & Holt, 1989). Nos manuais de Bergey é descrito um total de 384 gêneros de bactérias nas
outras 32 seções. Atualmente (dados de outubro/98), bactérias e archaeas compreendem um total de 4.167
espécies com descrição taxonômica válida, distribuídas em 791 gêneros (http://www.dsmz.de/bactnom/
bactname.htm). A classificação hierárquica dos táxons no Domínio Bacteria pode ser encontrada no site do NCBI
Taxonomy Homepage (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/tax.html).
2. Diversidade bacteriana
A Figura 1 mostra as divisões alocadas no Domínio Bacteria, de acordo com a classificação filogenética
construída com base na comparação de seqüências do rRNA 16S (Madigan et al., 1997), apresentando o estado da
arte em 1987, em contraste com a classificação recentemente compilada por Hugenholtz et al. (1998a). Os
estudos filogenéticos, até o momento, não foram capazes de resolver a ordem das ramificações das divisões no
Domínio Bacteria. A diversidade bacteriana é vista como uma radiação “em leque” de diferentes grupos
filogenéticos, representados pelas divisões; à exceção da divisão Aquificales, que ramifica-se mais profundamente
nas árvores filogenéticas da maioria dos estudos (Hugenholtz et al., 1998a,b). Algumas das principais divisões do
Domínio Bacteria, segundo uma compilação de vários autores (Woese, 1987; Logan, 1994; Madigan et al., 1997;
Hugenholtz et al., 1998a; Tortora et al. 1998a, b), são descritas a seguir.
Aquificales: Compreende a divisão com radiação mais profunda no Domínio Bacteria, cujos organismos
são comumente associados a ambientes geotermais. Todas as seqüências de Aquificales recuperadas diretamente
de amostras ambientais são provenientes de habitats com temperaturas elevadas. Os organismos isolados e
cultivados em laboratório são termófilos e quimiotróficos, metabolizando hidrogênio.
Thermotogales: Compreendem bacilos hipertermófilos anaeróbios, cuja temperatura ótima de crescimento
é 80ºC. Uma espécie cultivada caracteriza esse grupo, Thermotoga maritima, cuja célula apresenta morfologia
bastante peculiar, destacando-se a presença de um envoltório, além da parede celular.
Thermus/Deinococcus: Os representantes desta Divisão são encontrados no solo e no ar. São organismos
Gram-positivos, porém filogeneticamente distantes do grupo das bactérias Gram-positivas. Espécies de Deinococcus
são altamente resistentes a radiação ionizante (até 30.000 Gy). Linhagens de Thermus spp. são termófilas extremas.

Bacteria
Figura 1. Representação radial dos grupos filogenéticos de Bacteria conhecidos em 1987 (figura menor, baseada em
Woese, 1987) e em 1997 (baseado em Hugenholtz et al., 1998a). Os setores em cunha indicam a ocorrência de duas ou
mais seqüências representativas naquele nível de radiação. Doze novas divisões, indicadas como OP1 a OP12, são propostas
com base em dados de estudos recentes (Hugenholtz et al., 1998a). Figura reproduzida com permissão da American
Society for Microbiology.
Espiroquetas: Em geral, são organismos de vida livre, encontrados em ambientes aquáticos, com
metabolismo anaeróbio e aeróbio facultativo. O formato das células é típico, revelando uma estrutura delgada,
flexível e helicoidal. São classificados em 6 gêneros, com base em seu habitat, patogenicidade e características
morfo-fisiológicas, a saber: Borrelia, Cristispira, Leptonema, Leptospira, Spirochaeta e Treponema. Alguns organismos
deste grupo são agentes de enfermidades graves, como, por exemplo, o Treponema pallidum, causador da sífilis.
Bactérias verdes sulfurosas (green sulfur bacteria): A morfologia dessas bactérias é bastante diversa,
incluindo bacilos sem motilidade, espirilos e cocos. São encontradas em sistemas aquáticos e locais que contêm
enxofre elementar, como águas termais ou sedimentos de lagos e rios. São organismos estritamente anaeróbios e
fototróficos obrigatórios. Os compostos reduzidos de enxofre sustentam o metabolismo energético nos organismos
das espécies do gênero Chlorobium e Pelodictyon.
Cytophagales: Grupo fisiologicamente diverso, incluindo bactérias anaeróbias estritas do gênero Bacteroides,
aeróbias estritas do gênero Sporocytophaga, e uma grande variedade de bacilos com movimento deslizante, como
as espécies do gênero Cytophaga. Compreende organismos quimiorganotróficos, encontrados na água e no solo,
sendo algumas espécies celulolíticas. Organismos do gênero Flavobacterium são bastante conhecidos pela atividade
de deterioração de alimentos.
Planctomycetes: São bactérias aeróbias, encontradas em ambientes aquáticos, alocadas nos gêneros Pirella
e Planctomyces. Estes organismos não apresentam peptidioglicano na parede celular. As células encontram-se,
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V.P. Canhos et al.
muitas vezes, aderidas à superfície de substratos pelo auxílio de estruturas celulares externas características, tais
como hastes, hifas ou apêndices citoplasmáticos. Alguns organismos podem apresentar reprodução por brotamento.
Chlamydia: São bactérias parasitas obrigatórias, patógenos de animais e humanos, alocados em três espécies:
Chlamydia pneumoniae, C. psittaci e C. trachomatis. A morfologia celular é esférica regular, com cerca de 1 µm de
diâmetro, e os organismos apresentam, sob condições ideais, um ciclo de vida de 48 h.
Bactérias Gram-positivas com Baixo Teor de G+C: As bactérias Gram-positivas são separadas em dois
grandes grupos, filogeneticamente distintos, cujos organismos podem ser, de maneira geral, discriminados de
acordo com o teor de guanina e citosina (G+C) no DNA.
O grupo dos organismos com baixo teor de G+C é bastante heterogêneo e compreende bacilos, cocos e
organismos pleomórficos com reação de coloração celular Gram-positiva, com exceção das espécies de Mycoplasma,
organismos que não apresentam parede celular. Congrega os organismos do gênero Clostridium, as bactérias
formadoras de ácido lático (Lactobacillus spp., Lactococcus spp.) e vários cocos (Ruminococcus spp., Peptococcus spp.,
Peptostreptococcus spp., Sarcina spp. e Staphylococcus spp.). O metabolismo inclui homo- e hetero-fermentação e
respiração, sendo alguns organismos micro-aerófilos, anaeróbios facultativos ou anaeróbios estritos. Os Grampositivos
formadores de esporos podem ser exemplificados pelos gêneros Bacillus, Clostridium e Sporosarcina.
Bactérias Gram-positivas com Alto Teor de G+C ou Actinobacteria: A Divisão Actinobacteria
(Stackebrandt et al., 1997) compreende o grupo dos organismos com alto teor de G+C da família Actinomycetales
e gêneros relacionados.
Sem dúvida, os actinomicetos possuem aspectos morfológicos e de ciclo celular diferenciados dos demais
organismos Gram-positivos. Em geral, são aeróbios, não são móteis na fase vegetativa e apresentam pleomorfismo
em alguma fase do ciclo celular, podendo formar filamentos. São divididos em 8 grupos. Exemplos comuns são
os organismos do gêneros Arthrobacter, Corynebacterium, Nocardia, Rhodococcus, Streptomyces e Mycobacterium. Os
actinomicetos incluem ainda os organismos microaerófilos/anaeróbios obrigatórios e formadores de ácido
propiônico, alocados nos gêneros Actinomyces, Bifidobacterium e Butyrivibrio.
Cyanobacteria (blue green algae): As cianobactérias são organismos fototróficos oxigênicos
compreendendo várias espécies formadoras de filamentos. São organizadas em 5 subdivisões, que compreendem
gêneros como Anabaena, Dermocarpa e Oscillatoria, encontradas em ambientes aquáticos e terrestres. Algumas
espécies são fixadoras de nitrogênio. Um exemplo é o gênero Prochloron, um simbionte marinho.
Proteobacteria (bactérias púrpuras): Constituem o maior e mais diverso grupo de bactérias cultivadas,
alocadas em 5 subdivisões: alfa (a), beta (b), gama (g), delta (d) e epsilon (e). Os organismos alocados nesses
grupos apresentam coloração Gram-negativa e uma enorme diversidade de morfologia e metabolismo, mesmo
dentro de uma mesma radiação filogenética.
O grupo alfa compreende a maioria das bactérias púrpura não-sulfurosas e organismos não-fotossintéticos
com metabolismo diverso. As radiações dentro da subdivisão alfa são geralmente correlacionadas com propriedades
fenotípicas, destacando-se os grupos das nitrificantes (Nitrobacter spp.) e denitrificantes (Rhodopseudomonas spp.),
organismos com capacidade de fixação de nitrogênio (gêneros Bradyrhizobium, Rhizobium e outros), parasitas
intracelulares de células eucarióticas (gêneros Bartonella e Rochalimaea). Organismos formadores de prosteca,
como Caulobacter e Prosthecomicrobium, também são alocados nesta subdivisão.
No grupo beta estão alocadas as espécies de Rhodocyclus, Spirillum, Thiobacillus e Zymomonas, entre outros 12
gêneros definidos.
O grupo gama compreende os gêneros Chromatium, Escherichia e outras bactérias entéricas, além de Legionella,
Vibrio e outros 9 gêneros.
O grupo delta reúne os gêneros Bdellovibrio, Myxococcus e bactérias redutoras do íon sulfato (sulphate-reducing
bacteria).
No grupo epsilon estão alocados os gêneros Campylobacter, Helicobacter, Thiovulum e Wolinella.
As proteobactérias apresentam grande diversidade de morfologia celular e fisiologia. As estratégias para
obtenção de energia são várias, incluindo organismos com metabolismo quimiolitotrófico, quimiorganotróficos e
fototrófico, além de outras vias metabólicas especializadas em organismos adaptados a nichos ecológicos diversos
(e.g., Thiobacillus spp.).

Bacteria
Divisões Bacterianas Abundantes, Porém Pouco Conhecidas
Acidobacterium: Divisão recentemente reconhecida, compreendendo três espécies de bactérias cultivadas:
Acidobacterium capsulatum (Hiraishi et al., 1995), um organismo heterotrófico aeróbio moderadamente acidófilo,
Holophaga foetida (Liesack et al., 1994), um aneróbio estrito fermentador de compostos aromáticos; e Geothrix
fermentans (Lonergan et al., 1996), um anaeróbio estrito fermentador de acetato, além de diversas seqüências
ambientais isoladas de aqüíferos contaminados, água do mar profunda, lago de água doce, mangue e, principalmente,
de solos (Kuske et al., 1997; Ludwig et al., 1997). A ocorrência de seqüências de organismos da Divisão Acidobacterium
em diversos estudos ambientais sugere que estes microrganismos são componentes ecológicos significativos em
diversos ecossistemas, particularmente em comunidades de solo (Hugenholtz et al., 1998a).
Bactérias Verdes Não-Sulfurosas: Grupo constituído por organismos com amplo espectro fenotípico,
incluindo representantes cultivados com metabolismo fototrófico anóxico (Chloroflexus spp.) e organotrófico
termófilo (Herpetosiphon aurantiacus, Sphaerobacter thermophilus e Thermomicrobium roseum). Espécies de Chloroflexus
são metabolicamente versáteis, pois podem também se desenvolver no escuro, como organismos
quimiorganotróficos, sob condições aeróbias. A diversidade metabólica destes organismos e a ocorrência de
organismos não-cultivados em diversos habitats, incluindo aqüíferos, ambientes geotermais e marinhos, sedimentos
e solo, sugerem que estes organismos possam ter um papel ecológico importante nestes ambientes.
Verrucomicrobia: Divisão recentemente proposta (Hedlund et al., 1997), com alguns gêneros de organismos
cultivados, incluindo Verrucomicrobium spinosum, Prosthecobacter spp., isolados de água doce, e linhagens de
ultramicrobactérias (organismos com aproximadamente 0.1 µm 3 em volume), isoladas de solo (Janssen et al., 1997).
Estudos de seqüências ambientais indicam que Verrucomicrobia, assim como os organismos da Divisão Acidobacterium,
são abundantes e amplamente distribuídos na natureza, particularmente em solos. Estimativas para alguns
representantes deste grupo (linhagem EA25 da subdivisão 2 de Verrucomicrobia), através de PCR, são da ordem de
10 7 a 10 8 células por grama de solo, aproximadamente 1 a 10% da contagem microbiana total (Lee et al., 1996).
Divisão OP11: A Divisão OP11 representa um grupo candidato de microrganismos recentemente proposta
(Hugenholtz et al., 1997, 1998a,b), para a qual não existem ainda linhagens cultivadas. Seqüências de OP11 foram
detectadas em vários estudos independentes conduzidos em habitats diversos, tais como diferentes tipos de
solo, sedimentos de água doce, subsolo profundo e fontes termais, sugerindo que estes organismos possam
desempenhar papéis ecológicos importantes (Hugenholtz et al., 1998a).
3. Estado do conhecimento
O desenvolvimento de novas técnicas de detecção e caracterização de microrganismos a partir do emprego
da metodologia de PCR (polymerase chain reaction) - incluindo a detecção e classificação de microrganismos a partir
de seqüências de rRNA 16S amplificadas a partir de DNA/RNA extraído de comunidades microbianas, e do
emprego de técnicas de hibridização com sondas grupo-específicas diretamente em amostras de DNA/RNA
das mesmas comunidades - permitiu grandes avanços na detecção e caracterização taxonômica dos
microorganismos em ambientes naturais.
Os avanços na utilização de técnicas moleculares para o estudo in situ estão abrindo novas fronteiras no
estudo da ecologia microbiana (Amann et al., 1995). A primeira tentativa de caracterização da diversidade microbiana
presente em uma amostra ambiental, através da análise do rRNA, ocorreu aproximadamente há uma década atrás.
Nestes estudos, o rRNA 5S de amostras provenientes de ambientes diferenciados, como bactérias simbiontes de
invertebrados quimioautotróficos e bactérias de uma fonte termal a 95 ºC, foi extraído e analisado por eletroforese.
Mais tarde, moléculas de rRNA 16S e 23S passaram a ser empregadas, uma vez que oferecem maior informação,
uma vez que as sequências têm aproximadamente 1.500 e 3.000 nucleotídeos, respectivamente, com grau de
conservação suficiente para permitir a análise filogenética da informação molecular. Após o advento da metodologia
de PCR, fragmentos de rRNA 16S passaram a ser amplificados seletivamente, a partir de amostras de DNA total
extraído da amostra de interesse (Amann et al., 1995).
O DNA e o RNA podem ser extraídos diretamente das populações microbianas e analisados através de
diferentes técnicas moleculares para determinação da complexidade da comunidade e a identificação dos seus
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V.P. Canhos et al.
membros. Diferentes estratégias podem ser empregadas para a análise da diversidade genética microbiana em
uma amostra ambiental, tais como a clonagem e o seqüenciamento de fragmentos de rDNA 16S amplificados por
PCR (Amann et al., 1995; Pace et al., 1985), ou através da análise direta da diversidade de seqüências no pool de
fragmentos, através de métodos eletroforéticos de alta resolução. Esta última abordagem representa uma nova
estratégia para a análise da diversidade microbiana, baseada na eletroforese de fragmentos relativamente pequenos
de rDNA 16S (~500 pares de bases), amplificados por PCR, e analisados em gel de poliacrilamida contendo um
gradiente linear de agentes desnaturantes. Na análise de “DGGE” (denaturing gradient gel electrophoresis), o pool de
produtos de PCR amplificados a partir de uma amostra ambiental, contendo fragmentos de rDNA 16S de mesmo
comprimento, mas com seqüências de bases diferentes, pode ser separado de acordo com o comportamento de
desnaturação particular de cada fragmento, relacionado ao conteúdo total de G+C e à distribuição destas ao
longo do fragmento. O resultado final é um padrão de bandas de DNA, distribuído ao longo do gradiente de
desnaturação do gel, de acordo com os respectivos pontos de desnaturação específicos de cada fragmento.
A análise de DGGE tem sido usada no estudo da diversidade bacteriana em diferentes ambientes, tais como
biorreatores experimentais, água e sedimentos de fontes termais e outros ambientes extremos, assim como nos
estudos de estrutura e dinâmica de comunidades microbianas aquáticas, como bacterioplancton de água doce. A
metodologia de DGGE proporciona ainda a possibilidade de isolamento e seqüenciamento de bandas distintas,
permitindo a análise filogenética dos membros da comunidade (Muyzer et al., 1996; van Elsas et al., 1998).
No Brasil, Rosado et al. (1998) empregaram a técnica de DGGE para estudar a diversidade do gene nifH de
linhagens isoladas de Paenibacillus spp. e organismos presentes em amostras de solo. Amostras de rizosfera de
solos de várzea e cerrado brasileiro de Minas Gerais foram estudadas, demonstrando a diversidade dos genes
nifH nas diferentes populações de P. azotofixans. A diversidade de P. azotofixans associados a diferentes partes de
plantas de milho cultivadas em solos brasileiros também foi caracterizada através de métodos de tipagem molecular
(Seldin et al., 1998).
Estudos envolvendo amplificação, clonagem e seqüenciamento de rRNA 16S, realizados em amostras de
solos amazônicos, revelaram a ocorrência de microrganismos pouco comuns em amostras ambientais e
demonstraram também o impacto do desmatamento sobre a diversidade microbiana. Os resultados demonstraram
o predomínio de organismos do Domínio Bacteria (98) em relação a Archaea (2), sendo que algumas seqüências
sugerem a existência de um novo grupo de Proteobacteria (Bornema & Triplett, 1997).
Algumas propriedades de organismos ainda não-cultivados e/ou desconhecidos podem ser inferidas com
base nas propriedades de organismos cultivados filogeneticamente relacionados. As seqüências de rRNA 16S
podem também servir como modelo para o desenho de sondas moleculares para a detecção e estudo destes
organismos na natureza. A aplicação de métodos moleculares na caracterização de comunidades microbianas na
natureza vem permitindo uma expansão significativa da extensão do conhecimento sobre diversidade microbiana.
Seqüências isoladas do meio ambiente são raramente idênticas a seqüências de organismos isolados e cultivados,
sugerindo que o nosso conhecimento da estrutura filogenética da biosfera microbiana com base em estudos de
isolamento e cultivo é seriamente limitado.
A enorme diversidade e riqueza de organismos do Domínio Bacteria é amplamente reconhecida, porém o
inventário é pobre. Como anteriormente observado, menos de 1% do total de espécies existentes é conhecido.
Isto torna a diversidade dessas espécies um enigma a ser desvendado
De acordo com Tiedje (1994), as seguintes questões devem ser consideradas nos estudos sobre diversidade
microbiana:
· O que avaliar nos estudos sobre diversidade de microrganismos?
· Qual a extensão (ordem de grandeza) dessa diversidade em nosso planeta?
· Qual a distribuição espacial de microrganismos? Uma amostra de solo no Brasil possui a mesma diversidade
de organismos que uma amostra de solo da Austrália, por exemplo?
· Qual o impacto destas diferenças sobre a sustentabilidade da biosfera e potencial de novas descobertas
em biotecnologia?
· Quais os métodos mais apropriados para desvendar a diversidade bacteriana?

Bacteria
Frente a estas questões e suas implicações, é muito importante, sobretudo, a definição de “espécie” bacteriana,
pois o termo é menos preciso para organismos procariontes do que para eucariontes. Para responder estas
questões tornam-se necessários inventários em diferentes níveis de resolução taxonômica, abrangendo desde o
nível macro-evolutivos (e.g., Divisões e Famílias) até a caracterização da diversidade infra-específica de populações
(subespécies e genótipos).
Outras questões a serem abordadas:
· É possível isolar e/ou cultivar os organismos estudados nos diferentes ambientes? Qual a importância
de associações interespecíficas?
· Qual a importância ecológica de organismos “raros” em diferentes comunidades bacterianas?
· Existe especialização em organismos simbiontes associados a animais e plantas?
Maiores esforços para ampliar o conhecimento sobre a diversidade microbiana e filogenia de bactérias são
fundamentais para a exploração de novos isolados de interesse ambiental e industrial (Istock et al 1996). É
preciso também evidenciar a importância da taxonomia em estudos sobre a evolução das espécies. Segundo estes
autores, há mais de três séculos os naturalistas procuram descrever as formas divergentes de vida na Terra para
explicar a evolução, mas a descrição das células procarióticas, que parece primordial para os estudos evolutivos,
está apenas iniciando.
A ênfase dada à sistemática molecular microbiana nos últimos anos parece ser uma resposta mais rápida ao
entendimento da diversidade bacteriana, somando-se, sem dúvida, às práticas tradicionais para a compreensão da
estrutura e função fisiológica das células procarióticas. A taxonomia tradicional não deve prevalecer, pois a
identificação de espécies não é meramente uma questão de denominar uma espécie bacteriana, mas de situá-la,
sobretudo, em seu contexto ecológico. Análises fenotípicas e genotípicas combinadas (taxonomia polifásica), são
fundamentais no esclarecimento da diversidade bacteriana.
No estado de São Paulo, tomando-se como exemplo os estudos desenvolvidos em ecologia microbiana
que resultaram no isolamento e taxonomia polifásica de bactérias, observa-se uma predominância de estudos de
bactérias patogênicas presentes em sistemas aquáticos. São relatados estudos sobre víbrios patogênicos em
amostras de Crassostrea gigas e mexilhões (Perna perna) do litoral de São Paulo (Matté, 1993), com a identificação de
linhagens de Vibrio alginolyticus, V. cholerae não-O:1, V. fluvialis (somente detectado em ostras), V. furnissii, V.
mimicus, V. parahemolyticus e V. vulnificus; detecção de V. cholerae O:1 e não-O:1 em amostras de diferentes localidades
do estado de São Paulo, através da amplificação de genes codificadores para toxinas específicas por PCR (Rivera
et al. 1995); detecção de Salmonella e Vibrio cholerae O:1 em análises de avaliação sanitária de águas em diversas
localidades de São Paulo (Rivera & Martins, 1996); e o isolamento e identificação de Aeromonas spp. (A. caviae, A.
hydrophila, A. jandaei e A. sobria) em amostras de água e sedimento da Represa de Guarapiranga (Matté, 1995).
A Companhia de Tecnologia de Saneamento do Estado de São Paulo (CETESB) se destaca na condução de
trabalhos para identificação de microrganismos de importância ambiental e sanitária, particularmente na avaliação
de bactérias patogênicas em águas continentais e costeiras (Sanchez, 1986) e bactérias anaeróbias estritas (Desulfovibrio
sp. e Desulfotomaculum sp.; Vazoller et al., 1988).
Alguns grupos de pesquisas no estado de São Paulo vêm desenvolvendo estudos de microbiologia aplicada
voltada para a ecologia microbiana e a exploração tecnológica da diversidade de microrganismos, incluindo a
aplicação de bactérias em biorremediação ambiental de áreas poluídas (Pellizari et al, 1996) e resíduos de pesticidas
(Esposito et al., 1998), biodigestão de compostos recalcitrantes em efluentes industriais (Souza et al., 1991;
Vazoller, 1995, 1997), biotransformação (Cagnon et al., 1998), estudo sistemático de fitopatógenos de importância
agrícola (Robbs, 1981; Jabuonsky et al., 1986; Malavolta-Júnior, 1996; Beretta et al., 1997; Machado et al., 1997;
Rosato et al., 1998), e bactérias ambientais contaminantes de importantes processos de produção industrial
(Pinhati et al., 1997).
Dentre os grupos de pesquisa inter-institucionais no estado de São Paulo atuantes em sistemática molecular
bacteriana com aplicações ambientais, destacam-se:
· CCT/Fundação André Tosello e FEA/UNICAMP: Diversidade, bioprospecção, taxonomia polifásica e
preservação de microrganismos de importância ambiental e agro-industrial (C. Y. Umino, S. Y. Eguchi, G.
P. Manfio e V. P. Canhos);
9

10
V.P. Canhos et al.
· CETESB, CBMEG/UNICAMP e CCT/Fundação André Tosello: Diversidade molecular de tiobacilos
em ambientes antrópicos (L. M. M. Ottoboni, M. I. Z. Sato, G. S. Valent, N. C. Stoppe, C. M. Rech, C. A.
Coimbrão e G. P. Manfio);
· IBSBF, CBMEG/UNICAMP e CCT/Fundação André Tosello: Diversidade de bactérias fitopatogênicas
(J. R. Neto, S. A. L. Destéfano, L. O. S. Beriam, V. A. Malavolta Júnior, I. Gatti de Almeida, Y. B. Rosato,
F. Fantinatti e G P. Manfio);
· ICB/USP e CCT/Fundação André Tosello: Caracterização de bactérias endofíticas fixadoras de nitrogênio
e bactérias associadas a húmus (C. A. Moreira-Filho, C. Pavan e M.-A. van Sluys, H. R. Barbosa e G. P.
Manfio);
· ICB/USP e Escola de Engenharia São Carlos/USP: Diversidade de bactérias associadas à degradação de
compostos recalcitrantes (V. H. Pellizari, R. Vazoller, E. Esposito, R. Montone, M. Bicego, I. N. G.
Rivera e E. Foresti).
4. Conservação ex-situ
A caracterização taxonômica polifásica de bactérias, é fundamental para a identificação dos principais
componentes do microbiota envolvido em processos ambientais e para o estudo da diversidade biológica (fenotípica
e genômica) e funcional dos mesmos. O depósito destes recursos genéticos em coleções ex-situ, possibilita a
realização de estudos complementares posteriores e o acúmulo de conhecimento científico sobre a diversidade
bacteriana do estado de São Paulo e a potencial exploração tecnológica destes organismos em aplicações
biotecnológicas e agro-industriais.
Via de regra, o acesso à informações integradas sobre acervos/publicações científicas é difícil e boa parte
dos microrganismos estudados em projetos desenvolvidos com recursos públicos são perdidos, devido ao
emprego de métodos de preservação inadequados e à falta de política institucional de apoio à manutenção de
acervos científicos. Salvo raras exceções, microrganismos isolados de ecossistemas do estado de São Paulo não
estão disponíveis para estudos comparativos e aplicações biotecnológicas.
Merecem destaque especial a Coleção de Culturas Tropical (CCT), da Fundação André Tosello, e a Coleção
de Bactérias Fitopatogênicas do Instituto Biológico (IBSBF), da Seção de Bacteriologia Fitopatológica, Instituto
Biológico, Campinas.
A Coleção de Culturas Tropical (CCT) conta com infra-estrutura física adequada para a realização de
trabalhos de taxonomia polifásica e preservação de microrganismos. Esta capacitação permite a realização de
trabalhos de caracterização convencional (micromorfologia e caracterização bioquímica), quimiotaxonômica (análise
de componentes de parece celular) e molecular (RAPD, ribotipagem, ARDRA e seqüenciamento de rDNA 16S),
assim como a preservação de microrganismos por liofilização e criogenia. A CCT está ampliando as instalações
para atuar como um centro depositário de material biológico associado a processos de patentes, sob credenciamento
do Instituto Nacional de Propriedade Industrial (INPI), e também como centro de deposito de acervos
especializados de diversidade microbiana de biomas brasileiros, visando a atender aos requerimentos da nova Lei
de Acesso a Recursos Genéticos (em tramitação no Congresso Nacional) e aos compromissos assumidos na
implementação da Convenção sobre a Diversidade Biológica (CDB). A CCT possui um acervo com mais de
6.500 linhagens de interesse industrial e ambiental de microrganismos não-patogênicos ao homem (bactérias,
fungos e leveduras; nível de contenção P2). O acervo CCT inclui linhagens-tipo relevantes para estudos
taxonômicos, assim como linhagens-referência para testes de desinfecção, esterilização e testes de desafio ao
ataque por microrganismos associados à biodeterioração e biocorrosão. Ao longo da última década, fruto do
trabalho de pesquisa associado ao desenvolvimento de teses de Pós-graduação e pesquisas aplicadas, a CCT
estruturou várias coleções especializadas de microrganismos associados a ecossistemas paulistas, incluindo um
relevante acervo de microrganismos coletados na Reserva Ecológica Juréia-Itatins e um acervo de organismos
associados à produção agrícola e processamento industrial da cana-de-açúcar no estado de São Paulo. Mais
recentemente, a equipe da CCT, em colaboração com a Faculdade de Engenharia de Alimentos/Unicamp, vem
realizando estudos ecológicos do microbiota associado a doenças de plantas cítricas e processos industriais de

Bacteria
produção de sucos concentrado de laranja. As informações disponíveis sobre as linhagens depositadas na CCT
estão estruturadas no sistema SDMS (Strain Database Management System), um sistema de banco de dados interativo
que permite a realização de buscas sobre nomes, códigos da linhagem em outras coleções de cultura, origem,
taxonomia, ecologia, propriedades e aplicações das linhagens do acervo, inclusive as referências bibliográficas.
O sistema SDMS está disponível para consulta on-line na Internet no endereço http://www.bdt.org.br/cct/.
A Coleção de Bactérias Fitopatogênicas do Instituto Biológico (IBSBF), da Seção de Bacteriologia
Fitopatológica, Instituto Biológico, possui infra-estrutura para a caracterização convencional e preservação de
bactérias associadas a doenças de cultivares de planta de interesse agrícola. A Seção atende a solicitações de
interessados e processa cerca de 200 amostras por mês. Os dados do acervo IBSBF estão informatizados e
disponíveis on-line em parceria estabelecida com a Base de Dados Tropical (BDT), no endereço http://
www.bdt.org.br/bdt/ibsbf/. Ao longo dos últimos 20 anos, a coleção do IBSBF construiu o melhor arquivo de
bactérias fitopatogênicas do país e hoje a coleção conta com mais de 1.000 linhagens identificadas e preservadas
por liofilização. É um acervo único, de grande relevância para o mapeamento de patógenos de plantas e agrobiodiversidade.
Os acervos da CCT e IBSBF encontram-se também listados no Catálogo Nacional de Linhagens
– Bactérias (Canhos et al., 1989).
5. Recomendações
Visando o fortalecimento de grupos atuantes em taxonomia polifásica de bactérias no estado de São Paulo,
recomenda-se:
· Estruturação de uma rede cooperativa de laboratórios e especialistas em microbiologia sistemática e
taxonomia polifásica de bactérias, voltada principalmente para a caracterização e identificação de isolados
de importância ambiental, agrícola e industrial;
· Estruturação de acervos representativos da diversidade microbiana associada aos ecossistemas do estado
de São Paulo;
· Estabelecimento de um programa de treinamento, com cursos de curta e média duração, destinados à
formação de pessoal em nível técnico e/ou universitário, com foco em taxonomia polifásica, ecologia
microbiana e exploração tecnológica da diversidade microbiana;
· Disponibilização através da Internet de métodos e protocolos em taxonomia polifásica, bases de dados
com características taxonômicas e tecnológicas de linhagens de interesse industrial e ambiental; e
· Realização de estudos e publicação de resultados de trabalhos científicos nas áreas específicas de atuação
dos participantes do projeto, enfocando o aspecto de aplicação prática dos conhecimentos gerados na
exploração tecnológica da diversidade microbiana do estado de São Paulo.
6. Bibliografia
Amann, R.I.; Ludwig, W. & Schleifer, K.H. 1995. Phylogenetic identification and in situ detection of individual
microbial cells without cultivation. Microbiological Reviews, 59: 143-169.
Berreta, M.J.G.; Barthe, G.A.; Ceccardi, T.L.; Lee, R.F. & Derrick, K.S. 1997. A survey for strains of
Xylella fastidiosa in Citrus affected by citrus variegated chlorosis and Citrus blight in Brazil. Plant Disease,
81: 1196-1198.
Bornema, J. & Triplett, E.W. 1997. Molecular microbial diversity in soils from eastern Amazonia: evidence
for unususal microorganisms and microbial population shifts associated with deforastation. Applied and
Environmental Microbiology, 63: 2647-2653.
Cagnon, J.R.; Porto, A.L.M.; Manfio, G.P.; Eguchi, S.Y. & Marsaioli, A.J. 1998. First evaluation of the
Brazilian microorganisms biocatalytic potential. Tetrahedron: Asymmetry (in press).
11

12
V.P. Canhos et al.
Canhos, V.P.; Souza, S. & Canhos, D.A.L. (eds.). 1989. Catálogo nacional de linhagens, vol. I - Bactérias.
Campinas: Fundação Tropical de Pesquisas e Tecnologia “André Tosello”.
van Elsas, J.D.; Duarte, G.F.; Rosado, A.S. & Smalla, K. 1998. Microbiological and molecular biological
methods for monitoring microbial inoculants and their effect in the soil environment Journal of
Microbiological Methods, 32: 133-54.
Esposito, E.; Paulillo, S.M. & Manfio, G.P. 1998. Biodegradation of the herbicide diuron in soil by indigenous
actinomycetes. Chemosphere, 37: 541-548.
Hedlund, B.P.; Gosink, J.J. & Staley, J.T. 1997. Verrucomicrobia div. nov., a new division of the Bacteria
containing three new species of Prosthecobacter. Antonie van Leeuwenhoek, 72: 29-38.
Hiraishi, A.; Kishimoto, N.; Kosako, Y.; Wakao, N. & Tano, T. 1995. Phylogenetic position of the
menaquinone-containing acidophilic chemoorganotroph Acidobacterium capsulatum. FEMS Microbiology Letters,
132: 91-94
Hugenholtz, P.; Goebel, B.M. & Pace, N.R. 1998a. Impact of culture-independent studies on the emerging
phylogenetic view of bacterial diversity. Journal of Bacteriology, 180: 4765-4774.
Hugenholtz, P.; Pitulle, K.L. & Pace, N.R. 1998b. Novel division level bacterial diversity in a Yellowstone
hot spring. Journal of Bacteriology, 180: 366-376.
Istock, C.A.; Bell, J.A.; Fergusson, N. & Istock, N.L. 1996. Bacterial species and evolution: theoretical and
practical perspectives. Journal of Industrial Microbiology, 17: 137-150.
Jabuonsky, R.E.; Takatsu, A. & Retfschneider, F.J.B. 1986. Levantamento e identificação de espécies de
Erwinia de diferentes plantas hospedeiras e regiões do Brasil. Fitopatologia Brasileira, 11: 185-195.
Janssen, P.H.; Schuhmann, A.; Morschel, E. & Rainey, F.A. 1997. Novel anaerobic ultramicrobacteria
belonging to the Verrucomicrobiales lineage of bacterial descent isolated by dilution culture from anoxic rice
paddy soil. Applied and Environmental Microbiology, 63: 1382-1388.
Kandler, O. 1994. The early diversification of life. Nobel Symposia, 84: 152-160.
Krieg, N.R. & Holt, J.G. (eds.). 1984. Bergey’s manual of systematic bacteriology. Volume 1: Gram-negatives
of general, medical, or industrial importance. Baltimore: Williams & Wilkins, Co.
Kuske, C.R.; Barns, S.M. & Busch, J.D. 1997. Diverse uncultivated bacterial groups from soils of the arid
southwestern United States that are present in many geographic regions. Applied and Environmental
Microbiology, 63: 3614-362.
Lapage, S.P.; Sneath, P.H.A.; Lessel, E.F.; Skerman, V.B.D.; Seeliger, H.P.R. & Clark, W.A. 1975.
International code of nomenclature of bacteria. Revision 1975. Washington, D.C.: American Society for
Microbiology.
Lee, S.-Y.; Bollinger, J.; Bezdicek, D. & Ogram, A. 1996. Estimation of the abundance of an uncultured soil
bacterial strain by a competitive quantitative PCR method. Applied and Environmental Microbiology, 62:
3787-3793.
Liesack, W., F. Bak, J.U. Kreft, and E. Stackebrandt. 1994. Holophaga foetida gen. nov., sp. nov., a new
homoacetogenic bacterium degrading methoxylated aromatic compounds. Archives of Microbiology, 162:
85-90.
Logan, N.A. 1994. Bacterial systematics. Oxford: Backwell Scientific Publications.
Lonergan, D.J.; Jenter, H.L.; Coates, J.D.; Phillips, E.J.P.; Schmidt, T. & Lovely, D.R. 1996. Phylogenetic
analysis of dissimilatory Fe(III)-reducing bacteria. Journal of Bacteriology, 178: 2402-2408.
Ludwig, W.; Bauer, S.H.; Bauer, M.; Held, I.; Kirchhof, G.; Schulze, R.; Huber, I.; Spring, S.; Hartmann,
A. & Schleifer. K.-H. 1997. Detection and in situ identification of representatives of a widely distributed
new bacterial phylum. FEMS Microbiology Letters, 153: 181-190.

Bacteria
Machado, M.A.; Targon, M.L.P.N.; Beretta, M.J.G.; Laranjeira, F.F. & Carvalho, A.S. 1997. Detecção de
Xylella fastidiosa em espécies e variedades de citros sobre-enxertadas em laranja Pera com clorose variegada
dos citros (CVC). Fitopatologia Brasileira, 22: 30-33.
Madigan, M.T.; Martinko, J.M. & Parker, J. 1997. Brock biology of microorgansims. 8 a
Ed. Caps. 15, 16 e
17. New Jersey: Prentice-Hall. p. 606-768.
Maidak, B.L.; Olsen, G.J.; Larsen, N.; Overbeek, R.; McCaughey, M.J. & Woese, C.R. 1997. The RDP
(Ribosomal Database Project). Nucleic Acids Res., 25: 109-110.
Malavolta-Júnior, V.A. 1996. Contribuição ao conhecimento de bactérias do gênero Xanthomonas patogênicas a
cereais de inverno. Tese de Doutorado. Piracicaba: Escola Superior de Agricultura “Luiz de Queiroz”
(USP).
Matté, G.R. 1993. Isolamento de víbrios potencialmente patogênicos em moluscos bivalves. Tese de Doutorado.
São Paulo: Universidade de São Paulo (USP).
Matté, M.H. 1995. Pesquisa de Aeromonas spp. potencialmente patogênicas em alguns pontos da Represa de
Guarapiranga destinados à recreação e captação para abastecimento público. Dissertação de Mestrado. São
Paulo: Universidade de São Paulo (USP).
Muyzer G.; Hottentrager, S.; Teske, T. & Wawer C. 1996. Denaturing gradient gel electrophoresis of PCRamplified
16S rDNA – a new molecular approach to analyse the genetic diversity of mixed microbial
communities. In: Molecular methods ecology manual. Cap. 3.4.4. p 1-23.
Pace, N.R. 1997. A molecular view of microbial diversity and the biosphere. Science, 276: 734-740.
Pace, N.R.; Stahl, D.A.; Lane, D.J. & Olsen, G.J. 1985. Analyzing natural microbial populations by rRNA
sequences. ASM News, 51: 4-12.
Pellizari, V.H.; Bezborodnikov, S.; Quensen, J.F. 3rd & Tiedje, J.M. 1996. Evaluation of strains isolated by
growth on naphthalene and biphenyl for hybridization of genes to dioxygenase probes and polychlorinated
biphenyl-degrading ability. Applied and Environmental Microbiology, 62: 2053-2058.
Pinhati, M.E.M.C.; Variane, S.; Eguchi, S.Y. & Manfio, G.P. 1997. Detection of acidothermophilic bacilli
in industrialized fruit juices. Fruit Processing, 7: 350-353.
Rivera, I.G. & Martins, M.T. 1996. Bactérias enteropatogênicas no ambiente aquático. Revista de Ciências
Farmacêuticas, 17: 115-136.
Rivera, I.G.; Chowdhury, M.A.R.; Sanchez, P.S.; Dato, M.I.; Huq, A.; Colwell, R.R. & Martins, M.T.
1995. Detection of cholera (ctx) and zonula occludens (zot) toxin genes in Vibrio cholerae O1, O139 and non-
O1 strains. World Journal of Microbiology and Biotechnology, 11: 572-577.
Robbs, C.F. 1981. Taxonomia e bioecologia e principais representantes do gênero Erwinia no Brasil. Fitopatologia
Brasileira, 6: 304-309.
Rosado, A.S.; Duarte G.F.; Seldin, L. & van Elsas, J.D. 1998. Genetic diversity of nih genes sequences in
Paenibacillus azotofixans strains and soil samples analysed by denaturing gradient gel electrophoresis of
PCR-amplified gene fragments. Applied and Environmental Microbiology, 64: 2770-2779.
Rosato, Y.B.; Neto, J.R.; Miranda, V.S.; Carlos, E.F. & Manfio, G.P. 1998. Diversity of a Xylella fastidiosa
population isolated from Citrus sinensis affected by Citrus variegated chlorosis in Brazil. Systematic and
Applied Microbiology, 21: 593-598.
Sanchez, P. 1986. Evaluation of the sanitary quality of marine recreational waters and sands from beaches of
the São Paulo State, Brazil. Water Science and Technology, 18: 61-72.
Schlegel, H.G. & Jannasch, H.W. 1992. Prokaryotes and their habitats. In: Ballows, A., Truper, H.G.;
Dworkin, M.; Harder, W. & Schleifer, K.-H. (eds.). The prokaryotes. Vol. I. New York: Springer
Verlag. p. 75-125.
13

14
V.P. Canhos et al.
Seldin, L.; Rosado, A.S.; William da Cruz, D.; Nobrega, A.; van Elsas, J.D. & Paiva, E. 1998. Comparison
of Paenibacillus azotofixans strains isolated from rhizoplane, rhizosphere, and non-root-associated soil from
maize planted in two different Brazilian soils. Applied and Environmental Microbiology, 64: 3860-3868.
Sneath, P.H.A. & Holt, J.G. (eds.). 1986. Bergey’s manual of systematic bacteriology. Volume 2: Gram
positives other than Actinomycetes. Baltimore: Williams & Wilkins, Co.
Souza, M.E.; Fuzaro, G. & Polegato, A.R. 1991. Thermophilic anaerobic digestion of vinasse in pilot plant
UASB reactor. In: Proceedings of Sixth International Symposium on Anaerobic Digestion, São Paulo,
Brazil. p. 191-200.
Stackebrandt, E.; Rainey, F.A. & Ward-Rainey, N.L. 1997. Proposal for a new hierarchic classification
system, Actinobacteria classis nov. International Journal of Systematic Bacteriology, 47: 479-491.
Staley, J.T. & Holt, J.G. (eds.). 1989. Bergey’s manual of systematic bacteriology. Volume 3: Archaeobacteria,
Cyanobacteria, and the remaining Gram-negatives. Baltimore: Williams & Wilkins, Co.
Tiedje, J.M. 1994. Microbial Diversity: of value to whom? ASM News, 60: 524-525.
Tortora, G.J.; Funke, B.R. & Case, C.L. 1998a. The microbial world. Cap. 1. In: Microbiology – an introduction.
Tortora, G.J.; Funke, B.R. & Case, C.L. 6 Ed. The Benjamim Cummings Publishing Company.
Tortora, G.J.; Funke, B.R. & Case, C.L. 1998b. Bacteria. Cap. 11. In: Microbiology – an introduction. Tortora,
G.J.; Funke, B.R. & Case, C.L. 6 Ed. The Benjamim Cummings Publishing Company, Inc.
Vazoller, R.F. 1995. Avaliação do ecossistema microbiano de um biodigestor anaeróbio de fluxo ascendente e
manta de lodo, operado com vinhaça sob condições termofílicas. Tese de Doutorado. São Carlos: Escola
de Engenharia de São Carlos/USP.
Vazoller, R.F. 1997. Microbial aspects of thermophilic anaerobic biodigestion of vinasse. In: Proceedings of
ISME 7 – Progress in Microbial Ecology. Santos. p. 527-532.
Vazoller, R.F.; Rech, C.M.; Figueiredo, M.G. & Giaj-Levra, L.A. 1988. Bacterial identification of granular
sludge from domestic sewage UASB-reactor. In: Proceedings of the 5th International Symposium on
Anaerobic Digestion, Bologna, Itália. p. 61-64.
Williams, S.T.; Sharpe, M.E. & Holt, J.G. (eds.). 1989. Bergey’s manual of systematic bacteriology. Volume
4: Actinomycetes. Baltimore: Williams & Wilkins, Co.
Woese, C.R. 1987. Bacterial evolution. Microbiological Reviews, 51: 221-271.