Introduktion till Medicin och teknik - EIT
Introduktion till Medicin och teknik - EIT
Introduktion till Medicin och teknik - EIT
You also want an ePaper? Increase the reach of your titles
YUMPU automatically turns print PDFs into web optimized ePapers that Google loves.
Övningshäfte<br />
<strong>Introduktion</strong> <strong>till</strong> <strong>Medicin</strong> <strong>och</strong> <strong>teknik</strong><br />
(<strong>EIT</strong>A01)<br />
Mätning, analys <strong>och</strong> modellering, del 2<br />
HT2011
Ö15: Genetik <strong>och</strong> Bioinformatik<br />
Uppgifter: 1,2,3,4,6,7,8<br />
Uppgift 1: Det går att bygga en med alla fyra exonerna, fyra med 3 exoner, 6 med<br />
2 exoner <strong>och</strong> 4 med 1 exon.<br />
Uppgift 2: (+) Effektiv lagring av sekvenser som kan bygga många olika<br />
proteiner. (+) Kan reglera uttrycket av många olika protein med individuell<br />
styrning. (+) Innehåller råmaterial för att kunna forma nya proteiner.<br />
Uppgift 4: Chansen att 20 nukleotider på rad alla stämmer är 0.25^20=9x10^(‐<br />
13). Varje position i det 3.2 miljarder långa genomet skulle kunna vara<br />
startposition för en sådan sekvens. Således förväntas antalet matchningar vara<br />
9x10^(‐13)x3.2x10^9=0.0029. Detta betyder att det är osannolikt att hitta två<br />
likadana 20‐sekvenser. De allra flesta sådana är unika.<br />
Uppgift 5: För varje SSR är alltså sannolikheten för varje allel 0.05. Chansen att<br />
alla 13 ska vara samma är alltså 0.05^13=1.2x10^(‐17). Att två människor<br />
slumpmässigt skulle vara lika är i praktiken omöjligt.<br />
Uppgift 6: Människa, mus <strong>och</strong> chimpans.<br />
Uppgift 7: Kromosomerna X 2R 3R Y MT, 12444 gener, Genom‐längden är<br />
407,600,122.<br />
Uppgift 8: Från Flybase.org, genen finns på kromosom 2L <strong>och</strong> positionerna<br />
14,615,555..14,618,902 vilket betyder cirka 3347 nukleotider.<br />
Ö16: Genetik <strong>och</strong> Bioinformatik<br />
Uppgifter: 9,10,15,16,17,18<br />
Uppgift 9: a) 8 <strong>och</strong> 12, b) 9 <strong>och</strong> 6.<br />
Uppgift 10: Enligt ekvationen mitt på sidan 818 blir det<br />
2^2000/sqrt(2*pi*1000)=(Inf) varianter (alignments) att jämföra. 3.15*10^13<br />
alignments per år hanteras. Det blir över 10^300 år.<br />
Uppgift 15: Nivån för gen2 ligger förvisso högre än den för gen5 men att de rör<br />
sig upp <strong>och</strong> ned i samma mönster betyder att de skulle kunna vara triggade av<br />
samma stimuli.<br />
Uppgift 16: Gen1/Gen2=0.61, Gen1/Gen3=0.74, Gen2/Gen3=0.62. Generna 1<br />
<strong>och</strong> 3 har mest lika uttrycksnivå.<br />
Uppgift 17: Korrelationen blir noll. Gen2 beter sig paraboliskt över Gen1.<br />
Korrelation kan bara mäta linjära samband. Gen2:s relation <strong>till</strong> gen1 kan<br />
beskrivas som y=(x‐20)^2.
Uppgift 18: Enklast är att använda BLAST för att testa sekvensen mot GenBank<br />
<strong>och</strong> sedan titta på vad ”träffarna” har för funktion.
Change language