Create successful ePaper yourself
Turn your PDF publications into a flip-book with our unique Google optimized e-Paper software.
PROTEİNLERİN<br />
3 BOYUTLU YAPILARININ<br />
BELİRLENMESİ<br />
Proteinlerin yapısının belirlenmesinde<br />
kullanılan birkaç yöntem bulunmaktadır.<br />
Bunlar X-ışını kristalografisi, NMR<br />
spektroskopisi ve elektron mikroskopisidir.<br />
Her metotun avantaj ve dezavantajları vardır.<br />
Bu yöntemlerin her birinde, bilim adamları son<br />
yapıyı oluşturmak için birçok bilgi kullanıyorlar.<br />
X-ışını kristalografisi için bu X-ışınları kırınım<br />
modelidir. NMR spektroskopisi için bu bilgi lokal<br />
konformasyunu ve yakın olan diğer atomlar<br />
arasındaki mesafedir. Elektron mikroskobu için ise<br />
molekülün tüm şeklini görüntülemektir.<br />
Çoğu durumda, bu deneysel bilgi sıfırdan bir<br />
model çizmek için yeterli değildir. Molekülün yapısı<br />
hakkında ek bilgi eklenmelidir. Örneğin, bir protein<br />
aminoasit dizisinin sırası, proteindeki atomların<br />
geometrileridir. Bu bilgi bilim insanlarına hem<br />
deneysel verilerin hem de molekülün beklenen<br />
konformasyonları ve geometrileri ile tutarlı bir yapı<br />
oluşturmasına olanak sağlar.<br />
1. X-ışını Kristalografisi<br />
PDB’ de yer alan yapıların çoğu X-ışınları<br />
kristalografisi ile belirlenmiştir. Bu yöntem için,<br />
protein saflaştırılır, kristalleştirilir ve daha sonra<br />
yoğun bir şekilde X-ışınlarına maruz bırakılır.<br />
Elde edilen elektron yoğunluğunun haritası daha<br />
sonra her bir atomun konumunu belirlemek için<br />
31
Change language