Gene set enrichment

More documents

Recommendations

Info

Gene OntologyKonsorcjum ontologii genów ma na celu ujednolicenie i uspójnienieinformacji z różnych baz danych o genach.Rozpoczęto od współpracy pomiędzy bazami 3 organizmów:Drosophila (FlyBase), Saccharomyces Genome Database (SGD) iMouse Genome Database (MGD) w 1998.cellularcomponentŚrodowiskokomórkowe lubzewnątrzkomórkowemolecularfunctionPodstawowe czynnościproduktów genowych napoziomie cząsteczkowymtakim jak kataliza, czywiązaniebiologicalprocessOperacje albo zbioryzdarzeń ze zdefiniowanympoczątkiem i końcemdotyczący funkcjonowaniażyjących jednostek:komórek, tkanek, organów iorganizmów
Jak ocenić związek pomiędzy grupami genów?• Zwiększona ekspresja genów w pewnej grupie w porównaniu dogenów w innej grupiePrzykład: Czy geny , które odpowiadają za cyklinę D1 pokazująniezwykły wzorzec ekspresji dla ludzkich komórek rakowych?• Różnicowa ekspresja genów nie dla pojedynczego genu, ale dlaspecyficznej grupy genówPrzykład: Czy ścieżka cyklu komórkowego zawiera (wiele) genówulegających zróżnicowanej ekspresji dla komórek rakowych typu A iB ?• Dwie podstawowe strategie do analizy:Gene set enrichment (wzbogacenie grupy genów) i podejścieholistyczne (całościowe)
Page 1 and 2: GENE SET ENRICHMENT
Page 3 and 4: Grupy genów po klastrowaniuCo zrob
Page 5 and 6: KEGG - Kyoto Encyclopedia of Genes
Page 7: KEGG - fragment general pathway
Page 11 and 12: Test hipergeometryczny, czyli test
Page 17 and 18: Gene Set Enrichment Analysis GSEA
Page 19 and 20: GSEA - test permutacjiPermutacja ge
Page 21: Cytoscape i Bingo - prezentacja
Page 27 and 28: Dostępne bazy danych do adnotacji
Page 30: PrzykładNameInterleukin 13Gene Sym
Page 34: PrzykładNameInterleukin 13Gene Sym
Page 38: PrzykładNameInterleukin 13GenBanka
Page 42: PrzykładNameInterleukin 13GenBanka
Page 47: MIAMEMinimum Information About a Mi

Gene set enrichment

Create successful ePaper yourself

Delete template?

Save as template?