BCDS - Seminar - BioPhysika
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PyMol
• Die Oberfläche<br />
• Das Menü<br />
• Die Kommandozeile
Log<br />
Moleküle<br />
Kommandozeile<br />
Graphikanzeige<br />
Mausoptionen
• Open<br />
• Öffnet eine .pdb Dateien<br />
• Save molecule<br />
• Speichert die Auswahl<br />
• Save image<br />
• Speichert den Bildausschnitt<br />
• Save movie<br />
• Speichert nummerierte Bilder mit angegebenen<br />
Optionen (siehe make a movie)<br />
• Append<br />
• Fügt ein Molekül zur Anzeige hinzu
• Fragment<br />
• Platziert das ausgewählte molekül (Atom in<br />
räumlicher nähe muss ausgewählt sein)<br />
• Residue<br />
• Platziert eine Aminosäure<br />
• Sculpting<br />
• Sculpting aktivieren, Strg + rechte MT lässt um<br />
Bindung rotieren (im Editing Modus)
• Sequence<br />
• Zeigt leiste mit Primärstruktur<br />
• Alternativ über den Button „S“ im Fenster unten rechts<br />
• Sequence mode<br />
• Ändert die Anzeige der Sequenz (single letter/ 3 letter code)<br />
• Zoom<br />
• Zoomt in Bildausschnitt<br />
• Clip<br />
• Zoomt durch Ebenen<br />
• Background<br />
• Ändert die Hintergrundfarbe<br />
• Colorspace<br />
• Ändert die Farbqualität/-sättigung<br />
• quality<br />
• Ändert die Bildqualität zu Gunsten von Leistung
• Edit all<br />
• Verschiedene Einstellungsmöglichkeiten<br />
• Color<br />
• Ändert Farben<br />
• Cartoon<br />
• Ändert Darstellung der Cartoon Visualisierung<br />
• Transparency<br />
• Stellt die Durchsichtigkeit der Moleküle ein<br />
• Show/hide/overlay Text<br />
• Zeigt das Log im Graphik Fenster an
• Speichert die momentane Anzeige zum<br />
späteren Abruf<br />
• Strg + Bild runter<br />
• Anzeige wird gespeichert<br />
• Mit Bild hoch/runter kann zwischen Anzeigen<br />
gespeichert werden (PyMol interpoliert<br />
zwischen einzelnen Bildern)<br />
• Mit AxPyMol können Videos gemacht werden
• Einstellung der Mauseigenschaften<br />
• Anzahl der Maustasten:<br />
1-buttun-mouse<br />
2-button-mouse<br />
3-button-mouse<br />
• Wahl der Funktion<br />
Editing<br />
Viewing<br />
• Auswahlmodus:<br />
Atom<br />
Residue<br />
chains<br />
Segments<br />
Molecule<br />
C-alpha
• help<br />
• Gibt Hilfe aus<br />
• quit<br />
• Beendet das Programm
• show<br />
• cartoon<br />
• lines<br />
• sticks<br />
• surface<br />
• hide<br />
• cartoon<br />
• lines<br />
• sticks<br />
• surface<br />
• zoom (oder rechte Maustaste)<br />
• set transparency, 0.5
• Translation<br />
• translate [x,y,z], Auswahl<br />
Bsp: translate [-10,20,30], object=object<br />
• Rotation<br />
• rotate Achse, Grad, Auswahl<br />
Bsp: rotate x, 45, object=object
• Bilder:<br />
• ray [width, height [, renderer [, angle [, shift]]]<br />
Width – Bildbreite (Pixel)<br />
Height – Bildhöne (Pixel)<br />
Renderer – Renderer Option (-1/0/1)<br />
Angle/ Shift – „can be used to generate matched stereo<br />
pairs”
• Videos<br />
• mset state[, frame]<br />
Bsp: mset 1 -30: 30 Bilder von Zustand 1 bis 30<br />
mset 1 x180: Zustand 1 mit 180 Bilder<br />
• util.mroll startframe, endframe, loop-flag<br />
Bsp: 1, 180, 1 – eine volle Umdrehung in 180 Bildern<br />
• util.mrock start, end, angle<br />
• mplay – spielt Video ab<br />
• mstop – stoppt Video<br />
• mclear – löscht Video cache<br />
• Video speichern:<br />
set ray_trace_frames=1<br />
set cache_frames=0
• Videos (2)<br />
• mdo frame : Aktion<br />
mdo 1 : turn x, 45<br />
Dreht das Molekül um 45° an der x-Achse in Bild 1
• http://www2.inf.fh-bonn-rhein-<br />
sieg.de/mi/lv/pbmi/ss07/stud/PyMol-<br />
Doku.pdf<br />
• Pymol Documentation:<br />
http://pymol.sourceforge.net/newman/user/<br />
toc.html<br />
• http://www.pymolwiki.org/index.php/Practi<br />
cal_Pymol_for_Beginners
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