Aktuelles Schlagwort “Datenbanken in der Bioinformatik”

wenige (ca. 9% der in [3] untersuchten) Bioinformatik-Datenbanken werden mit einem objekt-orientierten
DBMS verwaltet, obwohl die objekt-orientierte Modellierung von molekularbiologischen Daten
sehr passend ist. Diese Lage ist sicherlich auch auf die rasche Entwicklung der Bioinformatik, auf
das extrem schnelle Wachstum der Bioinformatik-Datenbanken sowie auf den beschränkten Erfolg
der objekt-orientierten DBMS zurückzuführen. Das speziell für die Bioinformatik entwickelte DBMS
ACDB ([3]) wird zur Verwaltung von noch wenigen (ca. 4% der in [3] untersuchten) Bioinformatik-
Datenbanken eingesetzt.
Querverweise. Oft verweisen Datensätze von Bioinformatik-Datenbanken auf Beschreibungen der
Experimente, durch die die Daten gewonnen wurden und/oder auf ähnliche Daten in derselben Datenbank
oder in anderen Bioinformatik-Datenbanken. Meist werden diese Verweise mittels (künstlicher)
Primärschlüssel realisiert und als Hypertext-Links implementiert. Die Hypertext-Verlinkung ist ein
besonders auffälliges Merkmal der Bioinformatik-Datenbanken.
Anfragen und Crawling. Die meisten Bioinformatik-Datenbanken bieten (oft hierarchisch organisierte)
Web-Formulare, womit Anfragen an die Datenbank gestellt werden können. Solche Schnittstellen
sind leicht zu benutzen, aber ermöglichen meist nur begrenzte Anfragen. Anfragesprachen im
herkömmlichen Sinn werden selten zur Verfügung gestellt, u.a. weil ihre Verwendung Fachkenntnisse
erfordern, über die nur wenige Benutzer von Bioinformatik-Datenbanken verfügen. Zusätzlich stellen
fast alle Bioinformatik-Datenbanken ihre Daten in den unterschiedlichsten Formaten als Flat-Files
zum Herunterladen zur Verfügung. Das System SRS zur Integration von Bioinformatik-Datenbanken
bietet eine originelle Anfragesprache. Mit dieser Anfragesprache kann eine Navigation durch Datenbanken
und Datensätzen spezifiziert werden. Auffällig originell sind die Crawling-Konstrukte der
SRS-Anfragesprache zur Verfolgung von Hypertext-Links. Interessanterweise bietet keine Anfragesprache
für XML [4] solche Crawling-Konstrukte.
Datenanalyse und -integration
Auch bei der Datenanalyse gibt es überwiegend Gemeinsamkeiten zwischen den Bioinformatik-
Datenbanken, unabhängig von der Art der gespeicherten Daten. Viele Werkzeuge zur Datenanalyse
sind zwar tendenziell eher einer gewissen Art von Daten zu zuordnen, dennoch werden sie oft auch
für Daten anderer Art angeboten und benutzt.
Datenbanken, Datenanalyse und Data Mining. Die meisten Bioinformatik-Datenbanken stellen
Bioinformatik-Software für die Datenanalyse zur Verfügung. Diese Software sind entweder Implementierungen
von verbreiteten Bioinformatik-Algorithmen (z.B. dem Smith-Watermann-Algorithmus)
oder Werkzeuge (z.B. BLAST), die auf bekannten und/oder weniger bekannten Algorithmen
und Verfahren beruhen. Einige dieser Werkzeuge (z.B. 3Dee) beziehen sich auf Datenbanken, so dass
die Unterscheidung zwischen einer Methode zur Datenanalyse, die eine bestimmte Datenbank verwendet,
und einer Datenbank, die eine bestimmte Methode zur Datenanalyse anbietet, schwierig sein
kann. Viele Bioinformatik-Datenbanken bieten auch elementare Computer-Linguistik-Software zur
Schlagwortsuche und Übersetzungen zwischen den geläufigsten Datenformaten von Bioinformatik-
Datenbanken. [3] gibt einen Überblick über die verbreitesten Methoden und Werkzeuge zur Datenanalyse,
die mit Bioinformatik-Datenbanken verwendet werden. Mit dem raschen und stetigen Wachstum