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1<br />
!!! Zum Start des <strong>Versuche</strong>s 1 benötigt jede Gruppe bereits am 21. Oktober 2013 folgende<br />
Ausgangsmaterialien:<br />
________________________________________________________________________________<br />
1.1. LACTOBACILLEN<br />
Joghurt, Quark, Sauerkraut, Silage, saure Bohnen, Sauerteig, usw.<br />
1.2. SCHWEFELBAKTERIEN (Thiobacillus)<br />
anaerobe (nach H 2<br />
S stinkende) Sedimente aus Pfützen, Tümpeln..., Erdproben aus<br />
Mülldeponien, Klärschlamm, abgestandenes (stinkendes) Wasser aus Blumenvasen...<br />
1.3. ACTINOMYCETEN<br />
fein gesiebte Gartenerde, Komposterde<br />
1.4. MYXOBACTERIEN<br />
faulendes Pflanzenmaterial, Kot pflanzenfressender Tiere, Baumrinde...<br />
1.5. RHODOSPIRILLEN<br />
Wasserproben aus verschlammten Gräben oder Teichen<br />
1.6. FLOURESZIERENDE PSEUDOMONADEN<br />
Erde; Teich- oder Flußwasser<br />
1.7. RHIZOBIEN<br />
Wurzeln mit Wurzelknöllchen von Alfalfa, Lupinen, rotem Klee oder anderen Leguminosen<br />
1.8. HALOBAKTERIEN<br />
gesalzener Fisch; Meersalz ...<br />
1.9. BDELLOVIBRIO<br />
(bakteriell) verschmutztes Teich- oder Flußwasser; Erdproben
WS 13/14<br />
AUFBAUPRAKTIKUM<br />
VERTIEFUNGSPRAKTIKUM MIKROBIOLOGIE I [MBI]<br />
Bernhard Henrich<br />
__________________________________________________________________________________<br />
2<br />
Inhalt<br />
1. Anreicherung von Bakterien<br />
1.1. Lactobacillen<br />
1.2. Schwefelbakterien<br />
1.3. Actinomyceten<br />
1.4. Myxobacterien<br />
1.5. Rhodospirillen<br />
1.6. Fluoreszierende Pseudomonaden<br />
1.7. Rhizobien<br />
1.8. Halobacterien<br />
1.9. Bdellovibrio<br />
2. Wachstum von Bakterien<br />
2.1. Wachstumskurve<br />
2.2. Wachstum in Abhängigkeit von der C-Quelle<br />
2.3. Vitaminbestimmung mittels Bakterienwachstum<br />
3. Abtötung von Bakterien<br />
3.1. I naktivierung durch Hitze<br />
3.2. In aktivierung durch UV-Licht<br />
4. Resistzenz gegen Antibiotika<br />
4.1. Resistenz einer Subpopulation<br />
4.2. Resistenz von E. coli aus menschlicher Stuhlprobe<br />
5. Charakterisierung von Bakterien<br />
5.1. Artbestimmung von Lactobacillen<br />
5.1.1. Morphologie<br />
5.1.2. Temperaturoptimum<br />
5.1.3. Fermentationstyp<br />
5.1.4. Vergärung von Zuckern<br />
5.1.5. Verschiedene Stoffwechselleistungen<br />
5.1.6. Bestimmung der Milchsäure-Konfiguration<br />
5.2. Identifizierung von Enterobacteriaceae<br />
5.3. Mikrobiologische Trinkwasseruntersuchung<br />
5.3.1. Gesamtkeimzahl<br />
5.3.2. E. coli und coliforme Keime<br />
5.3.3. Sulfitreduzierende sporenbildende Anaerobier<br />
5.3.4. Pseudomonas aeruginosa<br />
5.3.5. Enterokokken<br />
6. Genübertragung bei Bakterien<br />
6.1. Transformation bei Streptococcus pneumoniae<br />
6.2. Konjugation bei E. coli<br />
7. Bakteriophagen<br />
7.1. Isolierung von Coliphagen aus Abwasser<br />
7.2. Herstellung von Lysaten<br />
7.3. Phagen-Wirtsspezifität (Lysotypie)<br />
7.4. Isolierung Phagen-resistenter Mutanten<br />
7.5. Bestimmung der "burst size"
1. ANREICHERUNG VON BAKTERIEN<br />
__________________________________________________________________________________<br />
Ziel: Bakterien unterschiedlicher taxonomischer Gruppen sollen durch Anwendung gezielter<br />
Strategien aus Nahrungsmitteln und natürlichen Ausgangsmaterialien angereichert und<br />
beschrieben werden.<br />
3<br />
1.1. LACTOBACILLEN<br />
Material: Joghurt, Quark, Sauerkraut, Silage, saure Bohnen, Sauerteig, usw.<br />
Medium : Rogosa-Acetat-Agar:<br />
MRS-Bouillon, (MRS-Agar):<br />
Pepton aus Casein 10 g<br />
Hefeextrakt 5 g Pepton 1 g<br />
D(+)Glucose 20 g Fleischextrakt 5 g<br />
KH 2 PO 4 6 g Hefeextrakt 5 g<br />
NH 4 Citrat 2 g D(+) Glucose 20 g<br />
Tween 80 1 g K 2 HPO 4 2 g<br />
Na Acetat 15 g Tween 80 1 g<br />
MgSO 4 0.575 g (NH 4 ) 2 H Citrat 2 g<br />
FeSO 4 0.034 g Na Acetat 5 g<br />
MnSO 4 0.12 g MgSO 4 0.1 g<br />
Agar 15 g MnSO 4 0.05 g<br />
H 2 O ad 1 l (Agar 12 g)<br />
pH 5.5 mit Essigsäure einst. pH 6.5<br />
NICHT autoklavieren!!<br />
autoklavieren<br />
A. Zutaten (außer Agar!) in 700 ml H 2 O lösen, pH einstellen,-> 60°C-Bad;<br />
B. Agar in 300 ml H 2 O schmelzen (100°C), auf 60°C abkühlen; -> A + B<br />
0.9 % NaCl (in 4.5 ml Portionen)<br />
Durchführung:<br />
1. Verdünnungsreihe des Ausgangsmaterials in 0.9% NaCl (10-er Stufen: jeweils 4.5 ml NaCl-Lösung<br />
+ 0.5 ml Probe) anlegen (bis 10 -6 ).<br />
2. Von den Verdünnungsstufen 10 -4 , 10 -5 und 10 -6 jeweils 0.1 ml in zwei parallelen Ansätzen auf<br />
Rogosa-Acetat-Agar ausspateln; im Anaerobentopf bebrüten; Inkubation bei 30°C (ca. 5<br />
Tage) bzw. 37°C (ca. 3 Tage), je nachdem, ob Strepto- oder Thermobakterien erwartet werden.<br />
3. Kolonien auf den Platten der verschiedenen Verdünnungsstufen zählen! Etwa 10, möglichst<br />
verschiedenartig aussehende Kolonien phasenkontrastmikroskopisch untersuchen: Kolonien mit<br />
der Impföse abheben und in je 0.1 ml steriler 0.9% NaCl-Lösung verreiben; ein kleiner Tropfen<br />
der Suspension wird mikroskopiert.<br />
4. Suspensionen, deren Zellen stäbchenförmige Morphologie zeigen, werden mit je 5 ml MRS-<br />
Bouillon vermischt und bei 30 bzw. 37°C bebrütet.<br />
5. Bakterien in den Kulturen erneut mikroskopisch auf Stäbchenform kontrollieren. Von 3 Proben<br />
Verdünnungsreihen anlegen (bis 10 -7 ); je 0.1 ml der 10 -5 , 10 -6 und 10 -7 Verdünnungen auf<br />
MRS-Agar ausspateln und entsprechend bebrüten.
6. Von jeder Probe je 2 Einzelkolonien in je 5 ml MRS-Bouillon impfen und bebrüten; Einheitlichkeit<br />
der Kulturen mikroskopisch kontrollieren. (DIESE KULTUREN WERDEN AUCH IN DEN<br />
VERSUCHEN 5.1.2. - 5.1.5. GEBRAUCHT!)<br />
7. Stichkulturen in MRS-Agar anlegen, bebrüten, bei 4°C aufbewahren.<br />
Auswertung:<br />
1. Anreicherungsstrategie erklären;<br />
2. Gesamt-Keimzahl/ml ermitteln;<br />
3. Beschreibung der 3 konservierten Isolate: Ausgangsmaterial; Bebrütungstemperatur;<br />
Koloniemorphologie; Zellform.<br />
Die isolierten Lactobacillen sollen in Abschnitt 5. näher charakterisiert werden.<br />
4<br />
1.2. SCHWEFELBAKTERIEN (Thiobacillus)<br />
Material: anaerobe (nach H 2 S stinkende) Sedimente aus Pfützen, Tümpeln..., Erdproben aus<br />
Mülldeponien, Klärschlamm, abgestandenes (stinkendes) Wasser aus Blumenvasen...<br />
Medium: Thio-Medium<br />
Metall-Lösung<br />
Na 2 S 2 0 3 x 5H 2 O 10.0 g EDTA 50.0 g<br />
KH 2 PO 4 4.0 g ZnSO 4 x 7H 2 O 22.0 g<br />
K 2 HPO 4 4.0 g CaCl 2 5.54 g<br />
MgSO 4 x 7H 2 O 0.8 g MnCl 2 x 4H 2 O 5.06 g<br />
NH 4 Cl 0.4 g FeSO 4 x 7H 2 O 4.99 g<br />
Metall-Lösung 10.0 ml (NH 4 ) 6 Mo 7 O 24 x 4H 2 0 1.10 g<br />
H 2 O ad 1 l CuSO 4 x 5H 2 O 1.57 g<br />
15 min bei 121°C autoklav. CoCl 2 x 6H 2 O 1.61 g<br />
pH 3.8 mit H 2 SO 4 einst. H 2 O ad 1 l<br />
ACHTUNG! alles getrennt (in kleinen Reagenzgläsern)<br />
abwiegen und in kleinen Volumina H 2 O lösen (EDTA zum<br />
Lösen mit NaOH konz. bis ca. pH 8.0 titrieren). Erst dann:<br />
alles zusammenkippen, mit H 2 O auf ca. 800 ml auffüllen, pH<br />
6.0 mit KOH einstellen.<br />
Thio-Agar: Thio-Medium mit 15g Agar/l; pH 3.8 nach dem Autoklavieren und Abkühlen auf<br />
45...50°C mit H 2 SO 4 einstellen (ACHTUNG! der pH-Wert muß unbedingt stimmen!).<br />
Durchführung:<br />
1. 20 ml Medium (in einem 100 ml Kolben) mit ca. 1 g Probenmaterial versetzen.<br />
2. Über einen Zeitraum von 1 bis 2 Wochen in Abständen von 1 bis 2 Tagen Proben (2 ml)<br />
entnehmen, a) pH-Wert messen<br />
b) Bakterien im Mikroskop (Phako) anschauen<br />
3. Bei deutlicher pH-Absenkung und Trübung: Verdünnungsaustriche auf Thio-Agarplatten.<br />
Bei Raumtemperatur bebrüten.<br />
Auswertung:
5<br />
1. Anreicherungsstrategie erklären;<br />
2. graphische Darstellung des pH-Wertes (und ev. der Trübung der Kultur in Abhängigkeit von<br />
der Inkubationszeit;<br />
3. Beschreibung der Zellmorphologie;<br />
1.3. ACTINOMYCETEN<br />
Material: fein gesiebte Gartenerde, Komposterde<br />
Medien: Jensen Agar: Soja Nährboden:<br />
Glucose 2 g Pepton aus<br />
Caseinpepton 0.2 g Sojamehl 20 g<br />
KH 2 PO 4 0.5 g Mannit 20 g<br />
MgSO 4 x 7 H 2 O 0.2 g Agar 18 g<br />
Spurenelementlsg. 5 ml Leitungswasser ad 1 l<br />
Agar 15 g<br />
H 2 O ad 1 l pH 6.8, autoklavieren<br />
pH 6.5 - 6.8, autoklavieren<br />
Nach dem Abkühlen auf ca.50°C<br />
Nystatin (= "Moronal", Fungistaticum) zugeben (300 E/ml) und sofort Platten gießen.<br />
Spurenelementlösung: 5 g möglichst stark mineralisierte Erde in 100 ml H 2 O kochen;<br />
zentrifugieren (5 min, 10 rpm); filtrieren; autoklavieren<br />
Ziel: Isolierung aerober Streptomyceten. Da Streptomyceten keine Einzelzellen bilden, werden<br />
Reinkulturen durch Vereinzelung und Auskeimen von Sporen angelegt.<br />
Durchführung:<br />
1. 10 g Probenmaterial in 100 ml Leitungswasser aufschwemmen; in Erlenmeyerkolben ca. 45 min<br />
schütteln; ein Teil der Suspension 1:10 mit H 2 O verdünnen.<br />
2. Je 2 Tropfen der unverdünnten und der 1:10 verdünnten Suspensionen mit je 10 ml Phenollösung (1<br />
g Phenol / 140 ml H 2 O) vermischen; 15 min stehen lassen.<br />
3. Je 2 Tropfen der phenolbehandelten Suspensionen in 2 Petrischalen geben; je 20 ml geschmolzenen<br />
und auf 47°C abgekühlten Jensen Agar (mit Nystatin) zugeben; gut vermischen durch<br />
kreisende Bewegungen der Petrischalen (Das Benetzen von Schalenrand und Schalendeckel mit<br />
Agar ist zu vermeiden!); bei 28°C inkubieren;<br />
4. Etwa zwischen dem 7. und dem 15. Tag nach Ausplattierung Sporen aus dem Luftmycel von<br />
mindestens 4 möglichst unterschiedlich aussehenden Kolonien vorsichtig mit der sterilen<br />
Impföse abtupfen; in Sektoren von Soja-Nährbodenplatten ausstreichen; bei Raumtemperatur<br />
inkubieren.<br />
Auswertung:<br />
1. Anreicherungsstrategie erklären;<br />
2. Entwicklung und Aussehen der Kolonien und des Mycels während der Inkubationszeit in<br />
Abständen von 2 bis 3 Tagen beobachten und dokumentieren.
6<br />
1.4. MYXOBACTERIEN<br />
Material: faulendes Pflanzenmaterial, Kot pflanzenfressender Tiere, Baumrinde;<br />
Medien:<br />
Wasseragar: 20 g Agar / l H 2 O; pH 7.0 einstellen; autoklavieren;<br />
+ Nystatin (30µg/ml) (Nystatin erst nach Erkalten des Agars auf 50...60°C<br />
zugeben!)<br />
Futterbakterien: 24-stündige Kulturen von E. coli auf LB-Agarplatten<br />
E. coli-Agar: gefriergetrocknete E. coli Zellen 1 g<br />
MgSO 4 x 7H 2 O<br />
0.5 g<br />
CaCl 2 x 2H 2 O<br />
0.5 g<br />
Agar<br />
15.0 g<br />
H 2 0 ad 1 l<br />
Durchführung:<br />
1. Auf 4 Wasseragarplatten jeweils einen DICKEN (!) Schmier ( ca. 1 x 4 cm) aus Futterbakterien<br />
aufbringen. Darauf KLEINE (!) Krümel aus Erde oder Baumrinde legen.<br />
2. Platten bei 27°C in einer "feuchten Kammer" inkubieren; nach 3...4 Tagen sollten schwärmende<br />
Zellen (Mikroskop), später (1...3 Wochen) Fruchtkörper sichtbar sein.<br />
3. schwärmende Zellen oder Fruchtkörper baldmöglichst und möglichst weit vom Bakterienschmier<br />
entfernt abimpfen (z.B. mit ausgezogener Kapillare) und auf E. coli-Agar ausstreichen; Platten<br />
bei Raumtemperatur inkubieren.<br />
4. Mikroskopische Untersuchung der Myxobakterien.<br />
Auswertung:<br />
1. Anreicherungsstrategie erklären;<br />
2. Morphologische Beschreibung der isolierten Myxobacterien;<br />
1.5. RHODOSPIRILLEN<br />
Material: Wasserproben aus verschlammten Gräben oder Teichen<br />
Medium: Rhodospirillen-Nährlösung:<br />
LÖSUNG A: LÖSUNG B:<br />
DL-Äpfelsäure 3.75 g K 2 HPO 4 1.35 g<br />
NH 4 Cl 1.8 g KH 2 PO 4 0.9 g<br />
MgSO 4 x 7H 2 O 0.3 g H 2 O ad 0.15 l<br />
CaCl 2 0.105 g autoklavieren<br />
Hefeextrakt<br />
0.75 g<br />
1/25 Spurenelemente 12.0 ml Spurenelemente (vor Gebrauch 1:25 verdünnen!!)<br />
H 2 O ad 1350 ml Borsäure 2.86 g<br />
pH 6.8 mit 20% NaOH; ZnSO 4 0.22 g<br />
autoklavieren MnCl 2 1.81 g<br />
CuSO 4<br />
0.08 g<br />
Na 2 MoO 4 x 2H 2 O 0.04 g<br />
CoCl 2<br />
0.024 g
7<br />
H 2 O ad 1 l<br />
Nach dem Autoklavieren Lösungen A und B zusammengeben und in sterile<br />
Schraubdeckelflaschen abfüllen<br />
Nähr-Agar:<br />
Agar 17 g ; H 2 O ad 500 ml autoklavieren; noch heißen Agar zu 500 ml steriler, warmer, doppelt<br />
konzentrierter Nährlösung I (s.o.) geben; gut mischen; vor dem Gießen auf 50°C abkühlen;<br />
Durchführung:<br />
1. 100 ml Schraubdeckelflaschen mit 90 ml Rhodospirillen-Nährlösung füllen, 5 ml einer<br />
Wasserprobe zugeben und gut mischen; Flaschen mit Nährlösung bis zum Rand füllen und<br />
Deckel luftblasenfrei aufsetzen; Flaschen 2 bis 3 Wochen im Dauerlicht bei ca. 30°C bebrüten.<br />
2. Von gut bewachsenen Kulturen Verdünnungsreihen mit steriler 0.9%iger NaCl-Lösung herstellen<br />
(bis 10 -4 ); von den Verdünnungsstufen 10 -2 , 10 -3 und 10 -4 je 0.1 ml auf Nähragarplatten<br />
ausspateln; im Anaerobiertopf bei 30°C im Dauerlicht inkubieren.<br />
Auswertung:<br />
1. Anreicherungsstrategie erklären;<br />
2. Titerbestimmung der Photosynthetiker und Nicht-Photosynthetiker in der Flüssigkultur;<br />
3. Beschreibung der Kolonieform und Farbe und der Zellmorphologie der isolierten photosynthetischen<br />
Bakterien;<br />
1.6. FLOURESZIERENDE PSEUDOMONADEN<br />
Material: Erde; Teich- oder Flußwasser<br />
Medien: Succinate-Salts Medium<br />
Succinate-Salts Platten<br />
KNO 3 0.5 g Succinate-Salts Medium<br />
K 2 HPO 4 0.5 g + 15 g/l Agar<br />
MgSO 4 x 7 H 2 O 0.2 g<br />
CaCl 2 x 2 H 2 O 0.1 g<br />
FeSO 4 x 7 H 2 O 0.2 g<br />
Na-Succinat 4.0 g<br />
H 2 O ad 1 l pH 7.0; autoklavieren<br />
(Im Medium bildet sich ein leichter Niederschlag, der aber nicht stört)<br />
Durchführung:<br />
1. 3 ml Succinate-Salts Medium mit 0.1 g Erde bzw. 0.1 ml Wasserprobe beimpfen; bei 30°C<br />
schütteln<br />
2. 0.1 ml der bewachsenen Kultur in 3 ml frisches Succinate-Salts Medium überimpfen; bei 30°C<br />
schütteln<br />
3. Verdünnungsausstrich auf Succinate-Salts Platten; bei 30°C inkubieren<br />
Auswertung:<br />
1. Anreicherungsstrategie erklären;
8<br />
2. Beschreibung der Kolonie- und Zellmorphologie.<br />
1.7. RHIZOBIEN<br />
Material: Wurzeln mit Wurzelknöllchen von Alfalfa, Lupinen, rotem Klee oder anderen<br />
Leguminosen<br />
Medium: Hefeextrakt-Mannitol-Agar<br />
Spurenelementlösung<br />
Hefeextrakt 1.5 g trockene Erde 160.0 g<br />
Mannitol 15.0 g Na 2 CO 3 0.4 g<br />
Agar 22.5 g H 2 0 400.0 ml<br />
Spurenelementlösung 300.0 ml<br />
autoklavieren (1h), zentr. (5 min 10 Krpm),<br />
H 2 O ad 1.5 l filtrieren; pH 7.2 einstellen.<br />
pH 7.0 einstellen; autoklavieren.<br />
Durchführung:<br />
1. Kurzes Wurzelstück mit einem Wurzelknöllchen ausschneiden; unter fließendem Wasser mit<br />
Bürste sorgfältig waschen; 3 min in eine sauere HgCl 2 -Lösung (0.1% HgCl 2 , O.2% HCl) legen<br />
und leicht bewegen (sterile Pinzette!); 5 min in 75% EtOH baden; mindestens fünfmal in<br />
sterilem H 2 O waschen.<br />
2. Sechs sterile Petrischalen mit jeweils 1 ml sterilem H 2 O vorbereiten; Wurzelknöllchen in die erste<br />
Schale legen und mit steriler Pinzette aufbrechen; Inhalt mit dem H 2 O vermischen; 50 µl der<br />
Suspension zu dem sterilen H 2 O in der 2. Petrischale geben (automatische Pipette); mischen;<br />
Suspension kontinuierlich in den verbleibenden 4 Petrischalen weiterverdünnen.<br />
3. Zu jeder der 6 Verdünnungen ca. 20 ml geschmolzenen und auf 45°C abgekühlten Hefeextrakt-<br />
Mannitol-Agar zugeben; mischen; bei Zimmertemperatur inkubieren;<br />
4. Von Einzelkolonien Verdünnungsausstriche auf Hefeextrakt-Mannitol-Agar anlegen;<br />
bei Zimmertemperatur bebrüten.<br />
Auswertung:<br />
1. Anreicherungsstrategie erklären;<br />
2. Abschätzung der Gesamtbakterienzahl in einem Wurzelknöllchen;<br />
3. Beschreibung der Zell- und Koloniemorphologie der isolierten Rhizobien.<br />
1.8. HALOBAKTERIEN<br />
Material: gesalzener Fisch; Meersalz ...<br />
Medium: Halobacterien-Medium<br />
Halophilen-Agar<br />
Caseinhydrolysat 7.5 g Halophilen-Medium<br />
Hefeextrakt 10.0 g + 20 g/l Agar;<br />
Tri-Natriumcitrat 3.0 g erhitzen bis Agar geschmolzen<br />
Kcl 2.0 g<br />
MgSO 4 x 7H 2 O 20.0 g (VORSICHT, kocht schnell über !!)<br />
FeSO 4 x 7H 2 O 0.05 g<br />
MnSO 4 x H 2 O 0.2 mg
9<br />
NaCl<br />
250.0 g<br />
H 2 O ad 1 l<br />
pH 7.4 mit conc. NaOH einstellen; NICHT autoklavieren!!!<br />
Durchführung:<br />
1. 5 ml Halophilen-Medium mit Probenmaterial infizieren; bei 37°C schütteln;<br />
2. Verdünnungsausstrich auf Halophilen-Agar; 3 bis 4 Tage bei 37°C bebrüten (Platten in Plastiksäcke<br />
einpacken, um Austrocknung zu verhindern)<br />
Auswertung:<br />
1. Anreicherunsstrategie erklären;<br />
2. Beschreibung der Kolonie- und Zellmorphologie isolierter Halobakterien<br />
1.9. BDELLOVIBRIO<br />
Material: (bakteriell) verschmutztes Teich- oder Flußwasser; Erdproben<br />
Medien: CaCO 3 -Platten:<br />
Hefeextrakt 10.0 g<br />
Glucose 20.0 g<br />
CaCO 3 20.0 g<br />
Agar<br />
15.0 g<br />
H 2 O ad 1 l<br />
Tris-YP-Medium:<br />
Hefextrakt<br />
3.0 g<br />
Pepton<br />
0.6 g<br />
50 mM Tris-HCl, pH 7.5 ad 1 l<br />
Tris-YP-Weichagar:<br />
Tris-YP-Agar:<br />
Tris-YP-Medium + 0.6% Agar<br />
Tris-YP-Medium + 1.2% Agar<br />
Futterbakterien: Bakterienrasen von Pseudomonas putida auf CaCO 3 -Platten,<br />
abgeschwemmt in je 5 ml Tris-YP-Medium.<br />
Durchführung:<br />
für Wasserproben:<br />
1. 0.1 ml und 1.0 ml Probe *) mit je 5 ml geschmolzenem und auf ca. 45°C abgekühltem Tris-YP-<br />
Weichagar und je 0.5 ml Futterbakterien (Pseudomonas) vermischen; auf Tris-YP-Agarplatten<br />
(möglichst auf 37°C vorgewärmt) auskippen.<br />
für Bodenproben:<br />
1. 1.0 g Erde mit 10 ml Leitungswasser 20 min schütteln; Suspension 1:10 mit Wasser verdünnen *) ;<br />
davon 1 ml mit 5 ml geschmolzenem und auf ca. 45°C abgekühltem Tris-YP-Weichagar und 0.5<br />
ml Futterbakterien (Pseudomonas) vermischen; auf Tris-YP-Agarplatten (möglichst auf 37°C<br />
vorgewärmt) auskippen.<br />
max. 6 Tage bei 30°C inkubieren.
_____________________________<br />
*) Um Kontaminationen durch andere Bakterien und Pilze zu vermeiden, können die Proben durch<br />
0.45 µm-Filter filtriert werden.<br />
2. Plaques, die innerhalb der ersten 24 h sichtbar werden, rühren mit großer Wahrscheinlichkeit von<br />
Bakteriophagen; sie werden markiert, um eine Verwechslung mit Bdellovibrio-Plaques, die<br />
frühestens nach 2 Tagen zu sehen sind, zu vermeiden. (Im Gegensatz zu Phagen-Plaques nehmen<br />
Bdellovibrio-Plaques außerdem bei fortdauernder Inkubation stetig an Größe zu.)<br />
3. Bdellovibrio mit der Impföse vom Rand der Plaques entnehmen (ausstechen) und in je 0.7 ml Tris-<br />
YP-Medium suspendieren (ca. 2 h schütteln); 10 -1 und 10 -2 -Verdünnungen in Tris-YP-Medium<br />
herstellen; je 0,1 ml der unverdünnten Suspension und derVerdünnungen mit je 0.5 ml<br />
ausplattieren (s. Punkt 1.); bebrüten.<br />
Zusätzlich: 0.5 ml Futterbakterien mit 5 ml geschmolzenem (auf ca. 45°C abgekühltem) Tris-<br />
YP-Weichagar auf einer Tris-YP-Platte ausplattieren; nach Erkalten des Weichagars 15 µl der<br />
unverdünnten Bdellovibrio-Suspension auftropfen; eintrocknen lassen; bebrüten.<br />
4. Einzelplaques in Tris-YP-Medium verreiben und phasenkontrastmikroskopisch auf die Gegenwart<br />
von dünnen, hochbeweglichen Vibrios untersuchen.<br />
Auswertung:<br />
1. Anreicherungsstrategie erklären;<br />
2. Bestimmung der Zahl der Bdellovibrio-Zellen in einem Plaque<br />
3. Beschreibung der Zellmorphologie der isolierten Vibrios<br />
10<br />
2. WACHSTUM VON BAKTERIEN<br />
________________________________________________________________________________<br />
2.1. WACHSTUMSKURVE<br />
Ziel: Das Wachstum von Bakterien soll mittels verschiedener Methoden verfolgt werden.<br />
Stämme: Escherichia coli K-12 wt<br />
Escherichia coli B<br />
Escherichia coli JM109<br />
Escherichia coli CSR603<br />
Bacillus subtilis<br />
Medien: LB-Vollmedium:<br />
Pepton aus Fleisch 10.0 g<br />
Hefeextrakt<br />
5.0 g<br />
NaCl<br />
5.0 g<br />
(Agar 15.0 g)<br />
H 2 O ad 1 l autoklavieren<br />
0.9% NaCl (in 4.5 ml Portionen ) zum Verdünnen<br />
Durchführung
1. 5 ml Vorkultur des zu verwendenden Bakterienstamms in LB Medium anlegen; über Nacht bei<br />
37°C schütteln.<br />
2. 100 ml frisches, auf 37°C vorgewärmtes LB Medium in 1l Erlenmeyerkolben mit 1 ml (CSR603<br />
3.3 ml!) der Übernachtkultur beimpfen; gut durchmischen; bei 37°C schütteln;<br />
3. Zu den Zeiten t = 0, 30, 60, 90, 120, ... min nach Beimpfung je 2 ml der Kultur STERIL entnehmen<br />
und SOFORT auf Eis stellen; (Messung bis die stationäre Phase erreicht ist oder mindestens 6<br />
h)<br />
4. In den entnommenen Proben<br />
a) O.D.600 durch Trübungsmessung,<br />
b) Geamtzellzahl mit Hilfe der Thoma-Kammer sowie<br />
c) Lebendkeimzahl durch Ausplattieren geeigneter Verdünnungen *)<br />
(0.1 ml) auf LB-Platten bestimmen.<br />
*) Die geeignete Verdünnungsstufe läßt sich abschätzen aus der Gesamtzellenzahl<br />
(Thoma-Kammer) mit dem Erfahrungswert, daß 50-300 Kolonien pro Platte gut<br />
auswertbar sind.<br />
Auswertung:<br />
1. Wachstumskurven (mit Bezeichnung der einzelnen Wachstumsphasen) durch Auftragen der<br />
O.D.600-Werte (a), der Gesamtzellenzahl (b) und der Lebendkeimzahlen (c) gegen die Zeit<br />
erstellen. (Bei der Auftragung soll auf der X-Achse der Maßstab 30 min = 1cm gewählt werden.)<br />
2. Bestimmung der Generatiomszeit g aus der Steigung µ der linearen Kurvenabschnitte der O.D.-<br />
Kurve; µ = lnX - lnX 0 /t - t 0 ; g = ln2/µ;<br />
3. Graphische Darstellung der Beziehung zwischen O.D.600 und Lebendkeimzahl;<br />
11<br />
2.2. WACHSTUM IN ABHÄNGIGKEIT VON DER C-QUELLE<br />
Ziel: Die Verwertung verschiedener Zucker als Kohlenstoff-Quelle soll untersucht werden.<br />
Stämme:<br />
E. coli K-12 Wildtyp (Lac + und Sorb + Marker überprüfen!!)<br />
Medien: E-Minimalmedium:<br />
K 2 HPO 4<br />
5.25 g<br />
KH 2 PO 4 2.2 g<br />
(NH 4 ) 2 SO 4 4.0 g<br />
MgSO 4 x 7H 2 O 0.2 g<br />
FeCl 3 x 6H 2 O 2.7 mg<br />
H 2 O<br />
ad 980.0 ml<br />
nach dem Autoklavieren: + 20 ml 40% Glucose (steril!)<br />
E-Minimalmedium OHNE Glucose<br />
Zuckerlösungen: Glucose, 0.02 g/ml<br />
Lactose, 0.1 g/ml<br />
Sorbit, 0.1 g/ml autoklavieren!<br />
Durchführung:
12<br />
1. 30 ml Vorkultur des zu verwendenden Bakterienstammes in E-Minimalmedium + 0.8% Glucose<br />
anlegen; über Nacht bei 37°C schütteln; Bakterien einmal mit 40 ml E-Minimal-medium OHNE<br />
Glucose waschen (Ja20 -Zenrifugenröhrchen); in 30 ml E-Minimalmedium OHNE Glucose<br />
resuspendieren (alle Gruppen gemeinsam).<br />
2. 90 ml frisches, auf 37°C vorgewärmtes E-Minimalmedium OHNE Glucose (in 300 ml<br />
Erlenmeyerkolben) mit Zuckerlösungen (Glucose + Lactose bzw. Glucose + Sorbit) *) versetzen<br />
und mit 3 ml der gewaschenen Bakteriensuspension beimpfen; gut durchmischen, bei 37°C<br />
schütteln;<br />
3. nach der Beimpfung in Intervallen von (höchstens) 20 min Proben (ca. 1 ml) entnehmen und<br />
O.D.600 messen (Kürzere Meßintervalle ergeben genauere Kurven). Entnahmezeiten und O.D.-<br />
Werte notieren. Messungen so lange fortsetzten, bis die zweite stationäre Phase erreicht ist!<br />
*)<br />
Gruppe 1 2 3 4 5 6<br />
________________________________________________<br />
Glucose 0.9 0.9 1.8 0.9 0.9 1.8 ml<br />
(20 mg/ml)<br />
Lactose 1.8 0.9 0.9 - - - ml<br />
(100 mg/ml)<br />
Sorbit - - - 1.8 0.9 0.9 ml<br />
(100 mg/ml)<br />
Auswertung: Halblogarithmische Darstellung der Wachstumskurven und Interpretation. (Bei der<br />
Auftragung soll auf der X-Achse der Maßstab 20 min = 1 cm gewählt werden.)<br />
2.3. VITAMINBESTIMMUNG MITTELS BAKTERIENWACHSTUM<br />
Ziel: Bestimmung des Nicotinsäure-Gehaltes in Bier durch Messung des Wachstums und der<br />
Milchsäure-Produktion von Lactobacillus.<br />
Stamm: Lactobacillus plantarum<br />
Material: 1:50 - 1:200 verdünntes Bier (Bischoff Pils); (Bier vor dem Verdünnen entgasen!)<br />
Medien: Niacin-assay-medium (Difco)<br />
Nicotinsäure-Stammlösung: 10 µg/ml<br />
Nicotinsäure-Standard: Stammlösung 1:100 verdünnen (Endkonz. 0.1 µg/ml)<br />
Salzlösung:<br />
NaCl<br />
5.0 g<br />
MgSO 4 x 7 H 2 O 0.12 g<br />
H 2 O ad 1 l autoklavieren<br />
Bromthymolblau:<br />
0.1 g in 250 ml EtOH<br />
Durchführung:
1. Lactobacillus plantarum in 5 ml Niacin-Assaymedium (in kleinen Reagenzgläsern), supplementiert<br />
mit 50 µl Nicotinsäure-Stammlösung (Endkonz. 0.1 µg/ml), 24h bei 37°C anziehen<br />
2. Zellen abzentrifugieren (Ja21-Röhrchen, 5 min, 8000 Upm); 2 x in je 5 ml Salzlösung waschen; in<br />
5 ml Salzlösung suspendieren; 1:1000 verdünnen (d.h. 0.1 ml Zellsuspension + 100 ml<br />
Salzlösung);<br />
3. Folgende Testreihen in doppelter Ausführung ansetzen (Angaben in ml):<br />
I-------------------Eichkurve--------------------I I -----------Analyse----------I<br />
Röhrchen Nr. 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12<br />
__________________________________________________________________________<br />
Niacin-assaymedium<br />
2,5 2,5 2,5 2,5 2,5 2,5 2,5 2,5 2,5 2,5 2,5 2,5 2,5<br />
Nicotinsäure-<br />
Standard - - 0.15 0.3 0.5 0.75 1.0 1.25 - - - - -<br />
H 2 O (ml) 2,5 2,5 2,35 2,2 2,0 1,75 1,5 1,25 2,25 2,0 1,5 1,0 -<br />
Probelösung<br />
(ml) - - - - - - - - 0,25 0,5 1,0 1,5 2,5<br />
___________________________________________________________________________<br />
Röhrchen autoklavieren (nur 10 min!);<br />
13<br />
4. Jedes Röhrchen außer Nr.0 mit 0,1 ml der verdünnten Bakteriensuspension (s. 2.) beimpfen; 18-24<br />
h bei 37°C inkubieren;<br />
5. Trübung bei 600 nm gegen Röhrchen Nr.0 (Nullwert) messen;<br />
6. Weitere 3 Tage bei 30°C bebrüten;<br />
7. Menge der gebildeten Milchsäure mit 0.1 N NaOH gegen Bromthymolblau (0.1 ml Bromthymolblau-Lösung<br />
zu 2.5 ml Kultur) bis zum Umschlag von gelb nach grün titrieren.<br />
Auswertung:<br />
1. Erstellung zweier Eichkurven durch Auftragung der O.D.600-Werte bzw. der verbrauchten NaOH<br />
in ml gegen die eingesetzten Nicotinsäurekonzentrationen.<br />
2. Bestimmung der Nicotinsäurekonzentration in der zu analysierenden Probe anhand der Eichkurven.<br />
Es sollten alle Werte, die sich aus der Auswertung der Röhrchen Nr.8 bis 12 ergeben, angegeben<br />
werden, sofern sie innerhalb der linearen Bereiche der Eichkurven liegen.<br />
3. ABTÖTUNG VON BAKTERIEN<br />
__________________________________________________________________________________<br />
Ziel:<br />
Erstellung der Abtötungskinetiken von Bakterien bei Einwirkung von Hitze oder UV-<br />
Licht.<br />
3.1. INAKTIVIERUNG DURCH HITZE
14<br />
Stämme: Bacillus subtilis, Escherichia coli<br />
Medien: LB-Medium, LB-Agar (s.2.1.)<br />
neutrale Kochsalzlösung: 0.9% NaCl<br />
Durchführung:<br />
1. Übernachtkultur des zu testenden Stammes in 10 ml LB-Medium (2 Röhrchen à 5 ml) anlegen;<br />
2. O.D.600 messen; Zelldichte (Zellen/ml) (a) anhand der in Versuch 2.1. erstellten Kurven und (b)<br />
mit Hilfe der Zählkammer ermitteln. Zellen abzentrifugieren (Ja20-Röhrchen, 5 min, 8000<br />
Upm), 1x mit 10 ml 0.9% NaCl-Lösung waschen; in 0.9% NaCl-Lösung zu einer Zelldichte von<br />
~ 1 x 10 9 (für E. coli) bzw. ~1 x 10 8 (für B. subtilis) suspendieren.<br />
3. Titer der Zellsuspensionen durch Ausplattieren geeigneter Verdünnungen auf LB Agar überprüfen.<br />
4. Jeweils 3 Reagenzgläser mit je 9 ml Kochsalzlösung beschicken; 3 Wasserbäder auf 48, 54 bzw.<br />
57°C vorheizen.<br />
5. Ein Glas mit Kochsalzlösung 5 min im 48°C Bad vorwärmen; mit 1 ml der gewaschenen<br />
Bakterienkultur beimpfen; nach 2, 5, 10, 20, 40 min Proben von jeweils 1 ml entnehmen, in<br />
Zehnerschritten mit 0.9% NaCl verdünnen (s. untenstehendes Schema) und Keimzahl der<br />
Überlebenden durch Ausplattieren auf LB-Agarplatten bestimmen.<br />
6. Entsprechend (wie unter 5. beschrieben) wird bei 54 und 57°C verfahren.<br />
_____________________________________<br />
jeweils 0.1 ml der folgenden Verdünnungen ausplattieren:<br />
E.coli in 0.9% NaCl<br />
Temp. 48° 54° 57°<br />
Zeit<br />
_________________________________________________<br />
2 min 10 -4,-5,-6 10 -2,-3,-4 10 -1,-2,-3<br />
5 min 10 -4,-5,-6 10 -2,-3,-4 10 -1,-2,-3<br />
10 min 10 -3,-4,-5 10 -1,-2,-3 10 -1,-2,-3<br />
20 min 10 -3,-4,-5 10 -1,-2,-3 10 -1,-2,-3<br />
40 min 10 -2,-3,-4 10 -1,-2 10 -0,-1,-2<br />
_________________________________________________<br />
B. subtilis in 0.9% NaCl<br />
Temp. 48° 54° 57°<br />
Zeit<br />
_________________________________________________<br />
2 min 10 -4,-5,-6 10 -1,-2,-3 10 -1,-2,-3<br />
5 min 10 -4,-5,-6 10 -1,-2,-3 10 -1,-2,-3<br />
10 min 10 -3,-4,-5 10 -1,-2,-3 10 -1,-2,-3<br />
20 min 10-3,-4,-5 10-0,-1,-2 10-0,-1,-2<br />
40 min 10 -2,-3,-4 10 -0,-1,-2 10 -0,-1,-2<br />
_________________________________________________
15<br />
Auswertung:<br />
1. Bestimmung des tatsächlichen Titers der verwendeten Zellsuspensionen;<br />
2. Keimzahlen der Überlebenden für jede Temperatur und jeden Stamm logarithmisch über die Zeit<br />
auftragen; Inaktivierungsraten bestimmen;<br />
3.2. INAKTIVIERUNG DURCH UV-LICHT<br />
Stämme: 1. E. coli K-12 wt<br />
2. E. coli JM109 (recA)<br />
3. E. coli CSR603 (uvrA, recA)<br />
(200-ml Übernachtkulturen in 1l-Kolben)<br />
Medien: LB-Agarplatten 0.9 % NaCl-Lösung<br />
sterile Ja20- und Ja21-Becher (zum eventuellen Konzentrieren der Kulturen)<br />
Durchführung:<br />
1. O.D.600 der ausgegebenen Übernachtkulturen (je 200 ml in 1l- Kolben) messen. Anhand der in<br />
Versuch 2.1. erstellten Kurven die Lebendkeimzahlen ermitteln.<br />
2. Titer der Kulturen durch Ausplattieren geeigneter Verdünnungen auf LB-Agar überprüfen. (Jede<br />
Gruppe titriert jeden der drei Stämme!)<br />
3. Von den Kulturen werden Verdünnungen in 0.9% NaCl hergestellt, die es erlauben, in je 0.1 ml die<br />
in der Tabelle angegebenen Zellzahlen auf eine LB-Agarplatte zu bringen. (ACHTUNG:<br />
Verdünnungen auf EIS herstellen!). Falls die Zelldichten in den ausgegebenen Übernachtkulturen<br />
zu niedrig sind, werden die gewünschten Zellkonzentrationen (s. Tabelle) durch<br />
Abzentrifugieren größerer Kulturvolumina und Resuspension der Bakterien in sterilem LB<br />
Medium eingestellt.<br />
4. Entsprechende Verdünnungnen (0.1 ml) jeweils in doppelter Ausführung auf LB-Platten ausspateln;<br />
Platten 5 min trocknen lassen (vor der anschließenden Bestrahlung dürfen die Bakterien nicht<br />
wachsen. Platten, die nicht sofort bestrahlt werden können, sollten daher im Kühlschrank<br />
aufbewahrt werden).<br />
5. Platten für die in der Tabelle angegebenen Zeiten aus den angegebenen Abständen bei 254 nm<br />
bestrahlen; bei 37°C über Nacht IM DUNKELN bebrüten;<br />
6. Kolonien auszählen.<br />
Verdünnungen, Bestrahlungszeiten und Abstände:<br />
Bestrahlungszeit 30'' 90'' 180'' 300''<br />
_________________________________________________________________________<br />
Stamm: E.coli K-12<br />
Abstand: 41 cm<br />
Bakterienzahl / Platte 2x10 2 5x10 2 1x10 3 1x10 5<br />
Stamm: E.coli JM109<br />
Abstand: 82 cm<br />
Bakterienzahl / Platte 1x10 3 2x10 3 3x10 4 1x10 5<br />
_________________________________________________________________________
16<br />
Bestrahlungszeit 7'' 15'' 30'' 60''<br />
________________________________________________________________________<br />
Stamm: E.coli CSR603<br />
Abstand: 164 cm<br />
Bakterienzahl / Platte 5x10 2 1x10 3 3x10 3 5x10 4<br />
________________________________________________________________________<br />
Auswertung:<br />
1. Bestimmung des tatsächlichen Titers der verwendeten Kulturen;<br />
2. Prozentsatz der überlebenden Zellen (= N t x 100/N o ) halblogarithmisch gegen die<br />
Bestrahlungsdauer auftragen;<br />
3. Wie lange müßten die einzelnen Stämme bestrahlt werden, um die Lebendkeimzahl um den<br />
Faktor 10 6 zu reduzieren (d.h. N t /N o = 10 -6 )?<br />
4. RESISTENZ GEGEN ANTIBIOTIKA<br />
________________________________________________________________________________<br />
4.1. RESISTENZ EINER SUBPOPULATION<br />
Ziel: Ermittlung des Anteils der Streptomycin-resistenten Subpopulation in einer Bakterienkultur.<br />
Stämme: Übernachtkulturen Streptomycin-sensitiver Stämme von Escherichia coli und<br />
Staphylococcus aureus<br />
Medien: LB-Agar; LB-Medium<br />
Streptomycin-Stammlösungen: 2 mg/ml in H 2 O<br />
0,6 mg/ml in H 2 O<br />
Durchführung:<br />
Prinzip: Streptomycin wird in 5 Konzentrationen getestet; eine Kontrolle ohne Antibiotikum wird<br />
mitgeführt. Verschiedene Bakterienverdünnungen werden in Gegenwart der einzelnen Streptomycin-<br />
Konzentrationen ausplattiert.<br />
1. Herstellung der Streptomycin-Verdünnungen: Ausgehend von der Streptomycin-Stammlösung mit<br />
sterilem H 2 O folgende Verdünnungen herstellen (es werden jeweils 2.5 ml der einzelnen<br />
Konzentrationen gebraucht):<br />
Konz. Nr. I II III IV V VI<br />
_____________________________________________________________________<br />
für E. coli 0.6 0.3 0.15 0.075 0.0375 0.0 mg/ml<br />
für S. aureus: 2.0 1.0 0.5 0.25 0.125 0.0 mg/ml<br />
2. Agar-Platten mit unterschiedlichen Streptomycin-Konzentrationen nach folgendem Verfahren<br />
gießen: Je 2 ml der einzelnen Streptomycin-Verdünnungen zu je 100 ml geschmolzenem und auf<br />
45-50°C abgekühltem LB-Agar geben, mischen, und jeweils 5 Platten gießen. Außerdem werden<br />
5 Platten OHNE Streptomycin gegossen. Platten trocknen.<br />
3. Übernachtkultur des Teststammes mit 0.9% NaCl in 10-er Schritten bis 10 -8 verdünnen.
17<br />
4. Jeweils 0.1 ml der Bakterien-Verdünnungen nach folgendem Schema auf den Streptomycinhaltigen<br />
Platten ausspateln:<br />
Strep.Konz<br />
Nr. I II III IV V VI<br />
___________________________________________________<br />
Bakterien<br />
verd.<br />
unverd. x x - - - -<br />
10-1 x x - - - -<br />
10-2 x x x - - -<br />
10-3 x x x x - -<br />
10-4 - x x x x -<br />
10-5 - - x x x x<br />
10-6 - - x x x x<br />
10-7 - - - x x x<br />
10-8 - - - - x x<br />
___________________________________________________<br />
5. Platten 1 bis 3 Tage bei 37°C bebrüten; Kolonien auszählen.<br />
Auswertung:<br />
1. Bestimmung des Bakterientiters in den verwendeten Übernachtkultur durch Auszählen der<br />
Streptomycin-freien Platten (Verdünnungen berücksichtigen!);<br />
2. Berechnung der tatsächlichen Antibiotika-Konzentrationen in den Platten;<br />
3. Für jede Streptomycinkonzentration soll die Anzahl der resistenten Bakterien a) absolut (d.h. in<br />
Zellen/ml der Übernachtkultur) und b) als Prozentsatz der Gesamtpopulation ermittelt werden<br />
(graphische Darstellung!).<br />
4.2. RESISTENZ VON E. COLI AUS MENSCHLICHER STUHLPROBE<br />
Ziel: Untersuchung der Resistenz von E. coli aus eigener Stuhlprobe gegen gängige Antibiotika.<br />
Bakterien: aus eigener Stuhlprobe<br />
Kontrolle: E. coli K12-wt<br />
Medien: Endo-Agar: Pepton aus Fleisch 10.0 g<br />
K 2 HPO 4<br />
3.5 g<br />
Lactose<br />
10.0 g<br />
Na-Sulfit<br />
2.5 g<br />
Fuchsin<br />
0.4 g<br />
Agar<br />
12.5 g<br />
H 2 O ad 1 l<br />
LB-Agar, LB-Medium, LB-Weichagar, 0.9% NaCl-Lösung<br />
Antibiotika: Ampicillin (µg/ml): 100, 200 Kanamycin (µg/ml): 50, 100<br />
Streptomycin (µg/ml): 100, 200 Tetrazyklin (µg/ml): 200, 400<br />
Durchführung:
1. Ausstrich einer eigenen Stuhlprobe mit abgebranntem Streichholz auf einer Endo-Agarplatte; 2-3<br />
Tage bei 37°C bebrüten. (Als Kontrolle wird in jeder Gruppe mindestens einmal auch E. coli<br />
K-12 ausgestrichen und wie die Stuhlproben weiterbehandelt!)<br />
2. 20-25 kräftig rote, metallisch glänzende Kolonien (E. coli) mit der Impföse abkratzen und in 3 ml<br />
LB-Medium vereinigen; gut suspendieren (Vortex); 5 h bei 37°C schütteln;<br />
3. Kultur 1:50 mit 0.9% NaCl verdünnen; je 0.1 ml der unverdünnten Suspension und der<br />
Verdünnung mit 4 ml geschmolzenem und auf 45°C abgekühltem LB-Weichagar vermi-schen<br />
und auf zwei LB-Platten ausgießen.<br />
4. Nach Erkalten des Agars je 2 Verdünnungen der zu testenten Antibiotika auf jede der beiden<br />
Platten auftropfen (ca.5 µl, automatische Pipette, sterile Spitzen); vorher Auftropf-Punkte<br />
markieren und beschriften!). Platten ca. 30 min stehen lassen bis die Antibiotikatropfen<br />
eingetrocknet sind; bei 37°C inkubieren.<br />
Auswertung:<br />
Tabellarische Darstellung der Ergebnisse aller Praktikumsteilnehmer<br />
18<br />
5. CHARAKTERISIERUNG VON BAKTERIEN<br />
_________________________________________________________________________________<br />
5.1. ARTBESTIMMUNG VON LACTOBACILLEN<br />
Stämme: Jede Gruppe charakterisiert zwei Lactobacillus-Stämme, die in Versuch 1.1. isoliert<br />
wurden.<br />
Medium: MRS-Medium (s.1.1.)<br />
5.1.1. Morphologie<br />
Es werden die Flüssigkulturen aus Versuch 1.1., Punkt 6. verwendet.<br />
Phasenkontrastmikroskopie; Gramfärbung von Ausstrichpräparaten (bei der Gramfärbung sollten<br />
Kontrollorganismen, z.B. E. coli, gramnegativ, bzw. Bacillus, grampositiv, mitgefärbt werden!)<br />
Auswertung:<br />
Zellmorphologie und Färbeverhalten dokumentieren<br />
5.1.2. Temperaturoptimum<br />
1. Zwei Serien von 7 Röhrchen mit jeweils 5 ml MRS Medium mit jedem der beiden Stämme<br />
(Kulturen aus Versuch 1.1., Punkt 6.) beimpfen (0.05 ml); in Brutschränken bzw. Wasserbädern<br />
bei 15, 20, 30, 37, 45, 50 bzw. 55°C maximal 15 h bebrüten;<br />
2. Nach 15 h O.D.600 der Kulturen gegen MRS-Medium als Nullwert messen.<br />
3. 15°C- und 45°C-Röhrchen noch weitere 24 h bei den entsprechenden Temperaturen bebrüten; dann<br />
erneut O.D.600-Messung<br />
Auswertung:
1. Trübungswerte in Abhängigkeit von der Inkubationstemperatur graphisch auftragen; Bestimmung<br />
des Wachstumsoptimums; Korrelation zur Fermentationstemperatur des Ausgangsmaterials.<br />
2. Handelt es sich bei den Isolaten um Strepto- oder Thermobakterien?<br />
19<br />
5.1.3. Fermentationstyp<br />
Kulturen: Kulturen aus Versuch 1.1, Punkt 6.<br />
Medium : "Zuckermedium": MRS-Medium (s.1.1.) ohne Fleischextrakt und ohne Glucose<br />
+ 0.004% Chlorphenolrot (ACHTUNG: pH in MRS erst NACH Zugabe von<br />
Chlorphenolrot einstellen !<br />
+ Durham-Gärröhrchen<br />
-> in 5 ml-Portionen autoklavieren<br />
+ 1 ml der zu testenden Zucker (5%ige Lösungen, autoklavieren)<br />
Durchführung:<br />
Zwei Röhrchen mit Zuckermedium inkl. Glucose mit je 0.05 ml der Kulturen aus 1.1. (Punkt 6.)<br />
beimpfen; 48 h bei 37°C bebrüten.<br />
Auswertung:<br />
Analyse der Diagnoseröhrchen: Trübung, Farbe, Gasbildung; Interpretation<br />
5.1.4. Vergärung von Zuckern<br />
Medium: "Zuckermedium" (s.5.1.3.)<br />
Zuckerlösungen (je 5%ig):<br />
Durchführung:<br />
Ausgehend von den beiden Lactobacillus-Kulturen aus Versuch 1.1. (Punkt 6.) jeweils eine Serie von<br />
Zuckermedien, die die zu testenden Zucker enthalten, beimpfen (je 0.05 ml); 48 h bei<br />
"optimaler" Temperatur (s.5.1.2.) bebrüten.<br />
Auswertung:<br />
Tabellarische Übersicht über die Zuckerspektren der beiden Iso-late. (Als positiv gelten nur eindeutig<br />
nach gelb umgeschlagene Kulturen. Im Zweifelsfall länger bebrüten oder Versuch wiederholen!)<br />
5.1.5. Verschiedene Stoffwechselleistungen<br />
5.1.5.1. Katalase Medien, Reagenzien und Durchführung<br />
> s. Methodenbuch Teil I, S. 46 u. 61<br />
5.1.5.2. Nitratreduktion (Kulturen aus Versuch 1.1., Punkt 6. verwenden)<br />
mit je 0.05 ml beimpfen<br />
5.1.5.3. Arginin-Spaltung<br />
Kulturen: Vorkulturen aus 5.1.4.
20<br />
Medium :<br />
Argininmedium:<br />
Durchführung:<br />
Pepton 5 g<br />
Hefeextrakt 10 g<br />
K 2 HPO 4 2 g<br />
Glucose 0.5 g<br />
L-Arginin 3 g pH 7.0<br />
H 2 O ad 1 l autoklavieren<br />
1. Je 5 ml Argininmedium mit den beiden Isolaten ( aus 1.1., Punkt 6.) beimpfen (0.1 ml) und 48 h bei<br />
30°C bebrüten;<br />
2. 0.5 ml Kultur mit 0.5 ml Neßlers Reagenz (s. Methodenbuch, Teil I) vermischen;<br />
KONTROLLE: UNbeimpftes Argininmedium + Neßlers Reagenz<br />
(Gelbfärbung, aber Kein Niederschlag, da kein NH 3 !)<br />
Auswertung:<br />
Positive Reaktionen (d.h. Spaltung von Arginin zu Citrullin und NH 3 ) liegt bei Bildung eines<br />
kräftigen gelben Niederschlages vor.<br />
5.1.6. Bestimmung der Milchsäure-Konfiguration<br />
5.1.6.1. Zusammenhang zwischen pH-Wert und Milchsäuregehalt der Kulturlösung<br />
20 ml unbewachsenes MRS-Medium in einem kleinen Becherglas am pH-Meter mit 10%iger<br />
Milchsäure bis zu einer Endkonzentration von 2% titrieren (d.h. es werden insgesamt 5 ml 10%ige<br />
Milchsäure zugegeben). Bei einer pH-Abnahme um 0.1 Einheiten wird jeweils der Verbrauch an<br />
Milchsäure protokolliert.<br />
Auswertung:<br />
Graphische Darstellung des pH-Wertes als Funktion der Milchsäurekonzentration (g/l).<br />
5.1.6.2. Optischer Milchsäuretest<br />
Prinzip: (a) Lactat + NAD + LDH Pyruvat + NADH + H +<br />
(b) Pyruvat + L-Glutamat GPT L-Alanin + -Ketoglutarat<br />
[Lactat] ~ [NADH]<br />
Reagenzien:<br />
Kommerzieller<br />
„UV-Test zur Bestimmung von D- und L- Milchsäure …“<br />
(Boehringer Best-Nr 11 112 821 035)<br />
SÄMTLICHE LÖSUNGEN BEI 4°C AUFBEWAHREN!<br />
Bestimmungsansatz:<br />
Wellenlänge: 340 nm<br />
Glasküvette: 1 cm Schichtdicke<br />
Temperatur : 20-25°C<br />
Testvolumen: für D-Milchsäure 2.24 ml für L-Milchsäure 2.26 ml
21<br />
Messung gegen Leerwert<br />
Milchsäuregehalt der Probelösung: 30 bis 350 µg/ml<br />
Durchführung:<br />
1. 5 ml-Kulturen der zu testenden Lactobacillus-Stämme in MRS-Medium anlegen; 24 h bei optimaler<br />
Temperatur bebrüten;<br />
2. Zellen abzentrifugieren (10 min, 8000 rpm, Beckmann, Ja20);<br />
3. Überstand abnehmen; pH messen; ungefähre Milchsäurekonzentration anhand der in 5.1.6.1.<br />
erstellten Eichkurve bestimmen;<br />
4. Gleiches Volumen eiskaler 1 N Perchlorsäure zusetzen; mischen; 10 min bei 5000 rpm<br />
zentrifugieren;<br />
5. Überstand abnehmen; mit 2 N KOH neutralisieren; 20 min im Eisbad aufbewahren;<br />
6. Ausgefallenes Kaliumperchlorat abzentrifugieren (10 min, 5000 rpm); der Überstand stellt die<br />
"Probe" für den optischen Test dar und muß ggf. durch Verdünnen mit H 2 O auf eine<br />
Milchsäurekonzentration von 20 bis 200 µg/ml eingestellt werden;<br />
7. Es empfiehlt sich, zur Überprüfung der Arbeitstechnik zunächst Vorversuche mit den D- bzw. L-<br />
Lactat-Standards durchzuführen!<br />
8. Optische Tests:<br />
… Anleitung wird ausgegeben<br />
Auswertung:<br />
Ermittlung der Konzentrationen an D- bzw. L-Milchsäure in den untersuchten Kulturlösungen:<br />
Nach der allgemeinen Berechnungsformel für die Bestimmung der Konzentrationen gilt:<br />
V 1 . MG<br />
c =<br />
. E [g/l]<br />
. d . V 2<br />
. 1000<br />
V 1 = Testvolumen [ml]<br />
V 2 = Probevolumen [ml]<br />
MG = Molekulargewicht der zu bestimmenden Substanz<br />
d<br />
<br />
= Schichtdicke [cm]<br />
= Extinktionskoeffizient von NADH bei<br />
340 nm = 6.3 [l . mmol -1 . cm -1 ]<br />
Hg 365 nm = 3.4 [l . mmol -1 . cm -1 ]<br />
Hg 334 nm = 6.18 [l . mmol -1 . cm -1 ]<br />
Hieraus ergibt sich für D-Milchsäure:<br />
2.24 . 90.1 E<br />
c = . E = 2.018 . [g D-Milchsäure/l Probelösung]<br />
. 1 . 0.1 . 1000<br />
<br />
L-Milchsäure:<br />
2.26 . 90.1 E<br />
c = . E = 2.036 . [g L-Milchsäure/l Probelösung]<br />
. 1 . 0.1 . 1000
22<br />
Ist bei der Probenvorbereitung eine Verdünnung vorgenommen worden, muß das Ergebnis noch mit<br />
dem Verdünnungsfaktor F multipliziert werden (beachte: Im Schritt 4. wurde die Probe mit<br />
Perchlorsäure vermischt!).<br />
Gesamtauswertung: Tabellarische Zusammenstellung aller über die Lactobacillen gesammelten<br />
Daten; Versuch der Bestimmung der beiden charakterisierten Stämme anhand der Tab. 1, 2 und 3.<br />
5.2. IDENTIFIZIERUNG VON ENTEROBACTERIACEAE<br />
Ziel: Zwei Gemische aus je zwei Enterobacteriaceen-Gattungen sollen getrennt und die<br />
Gattungen bestimmt werden.<br />
Stämme: Flüssigkulturen in LB-Medium, die Mischungen aus je zwei Gattungen der<br />
Enterobacteriaceae enthalten.<br />
Medien: Brolacin-Agar (Merck Fertigmedium):<br />
Pepton aus Casein 4.0 g<br />
Universalpepton 4.0 g<br />
Fleischextrakt 3.0 g<br />
L-Cystein 0.128 g<br />
Lactose 10.0 g<br />
Bromthymolblau 0.02 g<br />
Agar 12.0 g<br />
33 g/Liter H 2 O lösen, autoklavieren, Platten gießen.<br />
Auf Brolacin-Agar können Säurebildner und Nicht-Säurebildner differenziert werden:<br />
Aussehen der Kolonien Mikroorganismen<br />
_____________________________________________________<br />
groß, goldgeb, umgebendes E. coli, Lactose-positive<br />
Medium gelb<br />
Citrobacter u.a.<br />
groß, goldgelb, meist schleimig,<br />
umgebendes Medium gelb<br />
Enterobacter, Klebsiella, u.a.<br />
groß, farblos, umgebendes Proteus, Serratia, u.a.<br />
Medium blau<br />
_____________________________________________________<br />
Testmedien zur Bestimmung biochemischer und physiologischer Merkmale (genaue<br />
Zusammensetzung, Anwendung und Wirkungsweise der Medien s. Methodenbuch, Teil I)<br />
Das Wirkprinzip der gebräuchlichsten Testmedien ist in Tabelle 4 dargestellt.<br />
Endo-Agar (s. 4.2.)<br />
Durchführung:<br />
1. Verdünnungsausstrich des Bakteriengemisches auf Brolacin-Agar; 24 h bei 37°C bebrüten;<br />
2a. Falls das Wachstum auf Brolacin-Agar eine Differenzierung der beiden zu bestimmenden<br />
Gattungen erlaubt, können entsprechende Einzelkolonien zur Durchführung weiterer<br />
Tests abgeimpft werden;<br />
2b. Falls Brolacin-Agar die beiden Gattungen nicht differenziert, muß eine genügend große Zahl (etwa<br />
10) Einzelkolonien abgeimpft und einem (oder mehreren) physiologischen Tests unterzogen<br />
werden.
3. Als biochemische Raktionen, die oft am schnellsten zur Identifizierung von Enterobakterien führen,<br />
sind vor allem Indol-Bildung, H 2 S-Bildung, Methylrotprobe, Voges-Proskauer-Reaktion,<br />
Phenylalanin-Desaminierung, Malonat-Abbau und Harnstoffspaltung zu empfehlen.<br />
Auswertung:<br />
1. Tabellarische Zusammenfassung der Testergebnisse;<br />
2. Bestimmung der beiden Enterobacteriaceae-Gattungen anhand der untenstehenden<br />
Differenzierungstabelle 5 (Tab. 5);<br />
23<br />
5.3. MIKROBIOLOGISCHE TRINKWASSERUNTERSUCHUNG<br />
Ziel: Verschiedene Wasserproben sollen gemäß der gesetzlichen Trinkwasserverordnung<br />
bakteriologisch untersucht werden.<br />
Material: Wasser aus Teichen, Flüssen, Bächen... oder aus dem Ablauf von Kläranlagen.<br />
5.3.1. Gesamtkeimzahl<br />
Medium: Nähragar:<br />
Fleischextrakt 1 g<br />
Hefeextrakt 2 g<br />
Pepton 5 g<br />
NaCl<br />
5 g<br />
Agar<br />
15 g<br />
H 2 O ad 1 l pH 7.4, autoklavieren<br />
Durchführung:<br />
1. Wasserproben mit sterilem H 2 O oder 0.9% NaCl in 10er Schritten bis 10 -4 verdünnen;<br />
2. Von den unverdünnten Proben und den Verdünnungen jeweils 1 ml in sterile Petrischalen<br />
pipettieren;<br />
3. ca. 10-15 ml geschmolzenen und auf 55°C abgekühlten Nähragar pro Schale zugeben; zur<br />
Durchmischung Platten in Form einer 8 bewegen;<br />
4. Platten 24 h bei 27°C bebrüten.<br />
Auswertung:<br />
Kolonien auszählen (Lupe!); Keimzahl pro ml untersuchten Wassers berechnen;<br />
5.3.2. E. coli und coliforme Keime<br />
Bei der Trinkwasseruntersuchung auf E. coli und coliforme Keime empfiehlt sich ein Vortest,<br />
da bei negativem Ausgang dieses einfachen Testes die aufwendige Hauptuntersuchung entfallen kann.<br />
5.3.2.1. Vortest<br />
Medium: Lactose-Bouillon:
24<br />
Pepton aus Fleisch 20 g<br />
NaCl 10 g<br />
Fleischextrakt 6 g<br />
Lactose 20 g<br />
Bromkresolpurpur 0.04 g<br />
H 2 O ad 1 l<br />
Durchführung:<br />
1. Je 100 ml Lactose-Bouillon in sterilem Kolben mit je 100 ml der Wasserproben vermischen; bei<br />
37°C bebrüten; nicht schütteln!<br />
2. Kulturen nach ca. 20 und 44 h auf Trübung, und Umschlag der Farbe von purpur nach gelb prüfen.<br />
3. Bei Trübung der Kulturen (nach ca. 20 h) Subkulturen in 5 ml Lactose-Bouillon (+ Durham<br />
Röhrchen) anlegen; bei 37°C bebrüten; auf Gasbildung prüfen;<br />
Auswertung:<br />
Zeigt die Kultur keine Lactosespaltung (kein Indikatorumschlag), so bedeutet das, daß sich in 100 ml<br />
des untersuchten Wassers weder E. coli noch coliforme Bakterien befinden: Das Wasser entspricht den<br />
gesetzlichen Anforderungen.<br />
5.3.2.2. Hauptuntersuchung<br />
Material: bewachsene Lactose-Bouillon aus dem Vortest (5.3.2.1.)<br />
Medium : Endo-Agarplatten (s. 4.2.)<br />
Durchführung:<br />
1. Verdünnungen der Kultur in Lactose-Bouillon (bzw. Verdünnungsausstrich) auf Endo-Agar<br />
ausplattieren; ca. 20 h bei 37°C inkubieren;<br />
2. Feuchte rote oder metallisch rot glänzende Kolonien durch Verwendung geeigneter Testmedien zur<br />
Bestimmung biochemischer und physiologischer Merkmale (s. Methodenbuch, Teil I und<br />
Abschnitt 5.2.) in E. coli, Coliforme und Nicht-Coliforme differenzieren.<br />
Die relevanten Tests sind untenstehenden Tabellen zu entnehmen.<br />
Auswertung:<br />
(a) Test E. coli und Coliforme Nicht-Coliforme<br />
___________________________________________________________<br />
Endo-Agar feuchte rote oder metal- andere Kolonien<br />
lisch glänzende Kolonien<br />
Cytochromoxidase - +<br />
Lactose-Verwertung Gas- und Säurebildung keine Säurebildung<br />
(b) Test E. coli Coliforme<br />
______________________________________________________________<br />
Indolbildung + -<br />
Glucose-Verwertung Gas-und Säurebildung keine Säurebildung<br />
Citrat-Verwertung - +
25<br />
5.3.2.3. Colititer<br />
Medien:<br />
Röhrchen mit je 10 ml Lactose-Bouillon (s. 5.3.2.1.) und<br />
Durhamröhrchen 0.9% NaCl-Lösung<br />
Durchführung:<br />
1. Wasserproben mit 0.9% NaCl-Lösung in 10er Schritten bis 10 -4 verdünnen (s. 5.3.1.); aus jeder<br />
Verdünnungsstufe und der unverdünnten Probe jeweils 3 Röhrchen mit Lactose-Bouillon<br />
beimpfen (je 1 ml Inokulat); 48h bei 37°C bebrüten; nicht schütteln!<br />
2. Jedes Röhrchen auf Trübung, Gasbildung und Farbumschlag prüfen;<br />
Auswertung:<br />
Die Röhrchen mit der stärksten Verdünnung (d.h. mit dem kleinsten Animpfvolumen), welche noch<br />
positive Reaktionen (Trübung, Gasbil-dung, Farbumschlag) zeigen, erlauben die Angabe des Colititers<br />
in Zellen/ml.<br />
5.3.3. Sulfitreduzierende sporenbildende Anaerobier (Clostridium perfringens)<br />
Medien: Sulfit-Glucose-Eisen-Agar:<br />
Fleischextrakt 3 g<br />
Pepton 10 g<br />
NaCl<br />
5 g<br />
Glucose 20 g<br />
Agar 15 g in 18 ml-Portionen<br />
H 2 O ad 1 l autoklavieren<br />
10% Na 2 SO 3 -Lösung (steril)<br />
8% FeSO 4 -Lösung (steril)<br />
Durchführung:<br />
1. Je 100 ml der Wasserproben 20 min bei 70 bis 75°C inkubieren; schnell unter kaltem Wasser<br />
abkühlen;<br />
2. Proben durch bakteriendichte Membranfilter (Porengröße 0.45 µm) filtrieren;<br />
3. Filter STERIL, mit der Bakterienseite nach OBEN, in die DECKEL von Petrischalen legen<br />
(ACHTUNG: zwischen Filter und Deckel dürfen sich keine Luftblasen bilden!)<br />
4. Zu jeweils 18 ml geschmolzenem Sulfit-Glucose-Eisen-Agar 1 ml Na 2 SO 3 - und 0.25 ml FeSO 4 -<br />
Lösung geben; Gemisch auf 55°C abkühlen und LANGSAM und VORSICHTIG über die<br />
Membranfilter gießen. (ACHTUNG: Filter dürfen dabei nicht von der Stelle bewegt werden!);<br />
5. Unmittelbar danach den Boden der Petrischale so auf die Agarschicht legen, daß sich keine<br />
Luftschicht zwischen Agar und Petrischalenboden bilden kann; bei 37°C bebrüten.<br />
Auswertung:<br />
Nach ca. 20 und 44 h Zahl der schwarzen Kolonien bestimmen; Angabe des Titers (Zellzahl/ml) der<br />
sulfitreduzierenden, sporenbildenden Anaerobier in den einzelnen Wasserproben.
26<br />
5.3.4. Pseudomonas aeruginosa<br />
Medien: Malachitgrün-Agar: King-P-Platten:<br />
Fleischextrakt 3 g Pepton 20 g<br />
Pepton 10 g Glycerin 10 ml<br />
NaCl 5 g K 2 SO 4 10 g<br />
Malachitgrün 0.975 g MgSO 4 x 7 H 2 O 1.4 g<br />
Agar 15 g Agar 15 g<br />
H 2 O ad 1 l H 2 O ad 1 l<br />
Durchführung:<br />
King-F-Platten:<br />
Pepton 20 g<br />
Glycerin 10 ml<br />
K 2 HPO 4<br />
1.5 g<br />
MgSO 4 x 7 H 2 O 1.5 g<br />
Hefeextrakt 10 g<br />
D-Saccharose 25 g<br />
Agar 15 g<br />
H 2 O ad 1 l<br />
Endo-Agar (s. 4.2.)<br />
1. Je 100 ml der Wasserproben durch 0.45 µm-Filter filtrieren<br />
2. Filter STERIL, mit der Bakterienseite nach OBEN, auf die Oberfläche von Malachitgrün-<br />
Agarplatten legen; 24 h bei 27°C bebrüten;<br />
3. Von jeder gewachsenen Kolonie Verdünnungsausstrich auf Endo-Agar anlegen, 24 h bei 37°C<br />
bebrüten;<br />
4. feuchte, farblose bis leicht gelblich gefärbte Kolonien markieren; solche Kolonien mit<br />
Cytochromoxidase-Teststäbchen (s.Methodenbuch,Teil I) betupfen auftropfen: im Falle<br />
Cytochromoxidase-positiver Kolonien färben sich die Stäbchen blauviolett bis schwarz;<br />
5. Alle "positiven" Kolonien auf King-F- und King-P-Schrägagar ausstreichen; bei 37°C 24 h<br />
bebrüten.<br />
__________________________<br />
Anm.: auch 'fluoreszierende Pseudomonaden' aus Versuch 1.6. können hier überprüft werden.<br />
Auswertung:<br />
Pseudomonas aeruginosa bildet auf King-F bzw. King-P Agar oder auf beiden Medien meist<br />
Farbstoffe: Pyocyanin färbt den Nährboden blaugrün<br />
Pyorubin färbt den Nährboden rot bis dunkelbraun.<br />
Außerdem wird Fluorescein gebildet, das sich nach Anregen mit UV-Licht (256 nm) nachweisen läßt:<br />
Schrägagar in Petrischale überführen; von OBEN mit UV-Lampe bstrahlen.<br />
Ist Fluorescein auf keinem der beiden King-Nährböden nachweisbar, handelt es sich mit Sicherheit<br />
NICHT um P. aeruginosa.<br />
Läßt sich Fluorescein nur auf einem Nährboden nachweisen, müssen in der Praxis noch weitere Tests<br />
durchgeführt werden. Angabe des P. aeruginosa Titers (Zellzahl/ml) in den Wasserproben.<br />
5.3.5. Enterokokken<br />
Medium: Enterokokken-Agar:
27<br />
Trypton 20 g<br />
Hefeextrakt 5 g<br />
Glucose 2 g<br />
Na 2 HPO 4 x 2 H 2 O 4 g<br />
Na-Azid<br />
0.4 g<br />
Triphenyltetrazoliumchlorid 0.1 g<br />
Agar 10 g<br />
H 2 O ad 1 l<br />
autoklavieren<br />
Durchführung:<br />
1. Je 100 ml der Wasserproben durch 0.45 µm Filter filtrieren<br />
2. Filter STERIL, mit der Bakterienseite nach OBEN, auf die Oberfläche von Enterokokken-<br />
Agarplatten legen; 4 h bei 37°C, dann 44 h bei 44°C bebrüten;<br />
Auswertung:<br />
Filter bei gutem Licht ggf. mit Lupe betrachten: alle roten oder braunroten Kolonien werden als<br />
darmbewohnende Streptokokken gezählt.<br />
Angabe des Enterokokken-Titers (Zellzahl/ml) in den Wasserproben.<br />
Übersicht: tabellarische Zusammenfassung der über die einzelnen Wasserproben gesammelten Daten.<br />
6. GENÜBERTRAGUNG BEI BAKTERIEN<br />
________________________________________________________________________________<br />
6.1. TRANSFORMATION BEI STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE<br />
Ziel: Der Streptomycinresistenz-Marker von Streptococcus pneumoniae soll mittels Transformation<br />
von einem Donor in einen Rezipienten übertragen werden.<br />
Stämme: S. pneumoniae AmiA9 Str R (Donor)<br />
S. pneumoniae R6 Str S (Rezipient)<br />
Medien, Lösungen:<br />
C-Medium PreC (NaAc, Casaminosäuren, Trp, Cys)<br />
Supplement (MgCl 2 , CaCl 2 , MnSO 4 , Glucose, Saccharose, Adenosin, Uridin)<br />
Glutamin 1 mg/ml<br />
AdamsIII (Biotin, Nicotinsäure, Pyridoxin, Pantothenat, Thiamin, Riboflavin /<br />
400 ml<br />
13 ml<br />
10 ml<br />
FeSO 4 , CuSO 4 , ZnSO 4 , MnCl 2 / Cholin, CaCl 2 )<br />
10 ml<br />
Pyruvat 2 %<br />
5 ml<br />
Phosphatpuffer pH8.0<br />
15 ml<br />
Hefeextrakt 5 %<br />
9 ml<br />
Medium wird aus vorgefertigten, sterilen Komponenten erst kurz vor der Verwendung STERIL<br />
zusammenpipettiert.<br />
GM17-Medium Casein, tryptisch verdaut 5 g<br />
Pepton aus Soja 5 g
28<br />
Fleischextrakt 5 g<br />
Hefeextrakt 2.5 g<br />
Ascorbinsäure<br />
0.5 g<br />
MgSO 4<br />
0.25 g<br />
Na-β-Glycerophosphat 19 g<br />
H 2 O ad 975 ml lösen (pH 6.9), autoklavieren<br />
+ 20 % Glucose (getrennt autoklaviert) 25 ml<br />
THB-Medium Rinderherz 3.1 g<br />
Pepton<br />
20 g<br />
Glucose 2 g<br />
NaCl 2 g<br />
Natriumcarbonat 2.5 g<br />
Dinatriumphosphat 0.4 g<br />
H 2 O ad 1 l<br />
EDTA-DOC-SDS EDTA 0.1 M, pH 8.0 50 ml<br />
Na-Desoxycholat 0.25 % 2 ml<br />
SDS 0.5 % 2 ml<br />
TE-Puffer Tris-HCl 1 M, pH 8.0 1 ml<br />
EDTA 0.1 M, pH 8.0 1 ml<br />
H 2 O<br />
98 ml<br />
D-Agar-Blut-Streptomycin Glucose 1 g<br />
Bactopepton 10 g<br />
Neopepton 5 g<br />
Hefeextrakt 1.25 g<br />
NaCl 5 g<br />
Tris<br />
1.25 g<br />
H 2 O ad 1 l lösen<br />
+ 16,7 g Agar/l -> autoklavieren -> abkühlen lassen auf ca. 60 °C<br />
+ Schafsblut, steril 3 ml/100 ml Agar (-> 3 %)<br />
+ Streptomycin (20 mg/ml), steril 1 ml/100 ml Agar (-> 200 µg/ml)<br />
ETOH p.a., 0 °C<br />
Proteinase K 200 mg/ml in H 2 O<br />
Phenol, wassergesättigt (Phenol ist in der Unterphase!)<br />
CHCl 3 :Isoamylalkohol (24:1), wassergesättigt<br />
Glycerin 0.1 ml-Portionen in sterilen Eppendorfgefäßen<br />
BSA<br />
8%ig<br />
RNase 10 mg/ml<br />
Durchführung:<br />
I. ISOLIERUNG VON DNA AUS DEM DONORSTAMM<br />
1. 5 ml GM17-Medium mit S. pneumoniae AmiA9 aus Glycerinkultur beimpfen; ca. 4...5 h "über<br />
Nacht" bei 37°C bebrüten, sodaß sich die Kultur morgens in der exponentiellen Wachstumsphase<br />
befindet (Trick: Kultur abends in ein mit Eis gefülltes Wasserbad stellen; Wasserbad um ca. 4<br />
Uhr nachts mit Hilfe einer Zeitschaltuhr einschalten) = Vorkultur.
2. 30 ml GM17-Medium + 0.3 ml Streptomycinlösung (20 mg/ml) auf 37°C vorwärmen; mit 1.5 ml<br />
der Vorkultur beimpfen; bei 37°C inkubieren und OD600 verfolgen; bei OD600 ca. 1.2, Zellen<br />
abzentrifugieren (Ja20, 5 min 10 Krpm, Raumtemp.); Überstand abnehmen.<br />
3. Sediment in 1 ml EDTA-DOC-SDS suspendieren; in 2.2-ml Eppendorfgefäß überführen; 3-5 min<br />
bei 37°C inkubieren (nicht schütteln! Lyse ist am Aufklaren der Suspension zu erkennen).<br />
4. + 1 Vol. eiskaltes ETOH (0 °C!!); DNA um einen Glasstab (= Pasteurpipette, über Bunsenbrenner<br />
zugeschmolzen) wickeln; DNA mit Glasstab in großes Eppendorfgefäß mit 0.8 ml TE-Puffer +<br />
16 µl RNase (10 mg/ml) überführen.<br />
5. + 64 µl Proteinase K (200mg/ml), mischen; ca. 1h bei 55 °C inkubieren, Röhrchen langsam<br />
bewegen (nicht vortexen !); über Nacht bei RT (oder 0 °C) stehen lassen (solange, bis die Lösung<br />
klar ist !).<br />
6. + 1 ml Phenol (VORSICHT GIFT! -> Handschuhe, Abzug); gut mischen, aber nicht schütteln (> 5<br />
min); 10 min in der Eppendorfzentrifuge zentrifugieren.<br />
7. Obere, wäßrige Phase VORSICHTIG abheben (z.B mit einer abgeschnittenen blauen<br />
Eppendorfspitze);<br />
-> Schritte 6. und 7. mit 1 ml CHCl 3 :Isoamylalkohol (24:1) wiederholen.<br />
8. Maximal 0,6 ml der wäßrigen Phase abheben; + 2 Vol. EtOH (0°C); mischen; 30 min –70 °C.<br />
9. 10 min in der Eppendorfzentrifuge zentrifugieren; Überstand abnehmen; Sediment mit 2 ml 80 %<br />
EtOH waschen; zentr.; Überstand möglichst vollständig abnehmen (ev. nochmals kurz<br />
zentrifugieren); Sediment ca. 30 min an der Luft trocknen.<br />
10. DNA in 0.1 ml TE-Puffer lösen (24 h, 4°C). Reinheit durch Absorptionsmessungen bei 260 und<br />
280 nm (Quarzküvetten!) einer 1:50 Verdünnung (5 µl DNA + 245 µl TE) abschätzen. DNA-<br />
Konzentration aus A260 und durch Elekrophorese von Aliquots in einem 0.7 %igen Agarosegel<br />
bestimmen. DNA Lösung im Kühlschrank aufbewahren.<br />
29<br />
II. PRÄPARATION KOMPETENTER ZELLEN<br />
1. 5 ml THB-Medium mit S. pneumoniae R6 aus Glycerinkultur beimpfen; ca. 4...5 h "über Nacht" bei<br />
37°C bebrüten, sodaß sich die Kultur morgens in der exponentiellen Wachstumsphase befindet<br />
(s.o. I.1.) = Vorkultur.<br />
2. 0.5 ml Vorkultur zu 10 ml vorgewärmtem (37°C) C-Medium + 90 µl 8 % BSA; Trübung<br />
(Nephelometer !) verfolgen.<br />
3. Bei N = 10, N = 30, N = 60 und N = 100 (Gruppe 1, 4)<br />
N = 30 (Gruppen 2, 3, 5, 6)<br />
jeweils 2 x 0.5 ml Kultur entnehmen und zu 2 x 0.1 ml Glycerin (in sterilen Röhrchen) geben;<br />
sofort auf dem Vortex mischen und in flüssigen Stickstoff werfen; bei –80 °C aufbewahren.<br />
III. TRANSFORMATION<br />
Gruppen 1, 4: Abhängigkeit von der Wachstumsphase<br />
1. Kompetente Zellen (jeweils ein Röhrchen von N = 10, N = 30, N = 60 und N = 100) im Eisbad<br />
auftauen; 1:10 mit C-Medium+BSA verdünnen (0.2 ml Zellsuspension + 1.8 ml Medium); davon<br />
jeweils zwei Portionen à 0.2 ml in sterile Eppendorgefäße verteilen (Eis !) (Glycerinkulturen<br />
SOFORT wieder in flüssigem Stickstoff einfrieren !)<br />
2. 2µl der unverdünnten Donor-DNA (s. I.) (bzw. 2 µl TE-Puffer für die Kontrollen) mit je 0.2 ml der<br />
verdünnten kompetenten Zellen mischen; 30 min bei 30 °C inkubieren; dann 2 h bei 37 °C<br />
inkubieren.<br />
3. Ansätze entsprechend der untenstehenden Tabelle mit 0.9 % NaCl verdünnen; je 0.1 ml der<br />
Verdünnungen in leere Petrischalen geben; + je 15 ml D-Agar-Blut-Streptomycin; vorsichtig<br />
mischen; über Nacht bei 37 °C inkubieren.<br />
Gruppen 2, 5: Abhängigkeit von der DNA-Konzentration
30<br />
1. Verdünnungen der Donor-DNA (günstige Ausgangskonzentration: ca. 1 mg/ml) mit TE-Puffer in<br />
10-er Schritten herstellen: 10 -1 , 10 -2 , 10 -3 , (jeweis 10 µl + 90 µl). DNA-Konzentrationen der<br />
Verdünnungen mit Hilfe des in I.10. ermittelten Wertes kalkulieren.<br />
2. Ein Röhrchen kompetente Zellen (N = 30) im Eisbad auftauen; 1:10 mit C-Medium+BSA<br />
verdünnen (0.2 ml Zellsuspension + 1.8 ml Medium); davon 5 Portionen à 0.2 ml in sterile<br />
Eppendorgefäße verteilen (Eis !) (Glycerinkulturen SOFORT wieder in flüssigem Stickstoff<br />
einfrieren !)<br />
3. 2µl-Portionen der unverdünnten DNA und der drei DNA-Verdünnungen (bzw. 2 µl TE-Puffer für<br />
eine Kontrolle) mit je 0.2 ml der verdünnten kompetenten Zellen mischen; 30 min bei 30 °C<br />
inkubieren; dann 2 h bei 37 °C inkubieren.<br />
4. Ansätze entsprechend der untenstehenden Tabelle mit 0.9 % NaCl verdünnen; je 0.1 ml der<br />
Verdünnungen in leere Petrischalen geben; + je 15 ml D-Agar-Blut-Streptomycin; vorsichtig<br />
mischen; über Nacht bei 37 °C inkubieren.<br />
Gruppen 3, 6: Abhängigkeit von der Zell-Konzentration<br />
1. Ein Röhrchen kompetente Zellen (N = 30) im Eisbad auftauen; in 10-er Schritten mit C-<br />
Medium+BSA verdünnen: 10 -1 , 10 -2 , 10 -3 , 10 -4 (jeweis 0.2 ml + 1.8 ml). Von der 10 -1 -<br />
Verdünnung 2 Portionen à 0.2 ml in 2 sterile Eppendorgefäße überführen, von den übrigen<br />
Verdünnungen jeweils eine Portion à 0.2 ml (Eis !) (Glycerinkulturen SOFORT wieder in<br />
flüssigem Stickstoff einfrieren !)<br />
2. 2µl der unverdünnten Donor-DNA (s. I.) mit je 0.2 ml der Zell-Verdünnungen mischen (bzw. 2 µl<br />
TE-Puffer für eine Kontrolle mit der 10 -1 -Verdünnung); 30 min bei 30 °C inkubieren; dann 2 h<br />
bei 37 °C inkubieren.<br />
3. Ansätze entsprechend der untenstehenden Tabelle mit 0.9 % NaCl verdünnen; je 0.05 ml der<br />
unverdünnten Ansätze, bzw. 0.1 ml der Verdünnungen in leere Petrischalen geben; + je 15 ml D-<br />
Agar-Blut-Streptomycin; vorsichtig mischen; über Nacht bei 37 °C inkubieren.<br />
Kontrollen ohne DNA<br />
Ansätze mit DNA<br />
Verdünnungen unverd. 10 -4 10 -5 10 -6 unverd. 10 -2 10 -4<br />
Platten Strep + - - - + + +<br />
Auswertung:<br />
Spontan-<br />
Resistente<br />
Gesamtkeimzahl des<br />
Rezipienten<br />
Tranformanten<br />
(+ Spontan-Resistente)<br />
1. Gesamt-Titer (Zellen/ml) der kompetenten Zellen durch Auszählen der Kolonien auf Platten OHNE<br />
Strep bestimmen;<br />
2. Titer (Zellen/ml) der Transformanten (= Strep-Resistenten) für die verschiedenen kompetenten<br />
Zellen (Gruppen 1, 4), die einzelnen DNA-Konzentrationen (Gruppen 2, 5) und die<br />
verschiedenen Zellkonzentrationen (Gruppen 3, 6) bestimmen;<br />
3. Gruppen 1, 4: Kombinierte Darstellung des Wachstums der kompetenten Zellen und der<br />
Transformationshäufigkeit (in %) als Funktion der Zeit.<br />
4. Gruppen 2, 5: Graphische Darstellung der Transformationshäufigkeit (in %) in Abhängigkeit von<br />
der eingesetzten DNA-Konzentration;<br />
Transformanten/ml<br />
% transformierte Zellen = x 100<br />
Gesamtzellenzahl/ml
5. Gruppen 3, 6: Graphische Darstellung der absoluten Transformantenzahlen in Abhängigkeit von der<br />
Konzentration der kompetenten Zellen.<br />
31<br />
6.2. KONJUGATION BEI E. COLI<br />
Ziel: Der lac-Marker von E. coli soll mittels Konjugation übertragen werden.<br />
Stämme: Donor: E. coli CSH23 F'lac + , str s<br />
Akzeptor: E. coli CSH50 F - (lac-pro), str r<br />
Medien: LB-Medium (s.2.1.)<br />
LB PLatten<br />
IPTG-Xgal-Str-Platten: LB-Platten mit 0.2 mM IPTG, 40 µg/ml Xgal, 100 µg/ml Streptomycin<br />
0.9% NaCl-Lösung<br />
Durchführung:<br />
1. Übernachtkulturen des Donor- und des Akzeptorstammes in LB-Medium anlegen; bei 37°C<br />
schütteln;<br />
2. mit je 0.3 ml der Übernachtkulturen je 15 ml LB-Medium (in 100-ml Kolben) beimpfen; im 37°C-<br />
Bad schütteln bis O.D.600 = 0.25-0.3 (ca. 2 x 10 8 Zellen/ml).<br />
3a. Bestimmung der tatsächlichen Titer in den Subkuklturen von Donor und Akzeptor durch<br />
Ausplattieren geeigneter Verdünnungen auf LB-Agarplatten mit und ohne Streptomycin.<br />
3b. Donor-Kultur (D) und Akzeptor-Kultur (A) gemäß nachfolgender Tabelle in einem Reagenzglas<br />
mischen:<br />
Mischung Donor Akzeptor Donor/Akzeptor<br />
------------------------------------------------------------<br />
1 1.0 ml 1.0 ml 1.0<br />
2 1.2 ml 0.8 ml 1.5<br />
3 1.4 ml 0.6 ml 2.3<br />
4 1.6 ml 0.4 ml 4.0<br />
5 1.8 ml 0.2 ml 9.0<br />
Mischungen im 37°C-Bad ohne Schütteln und ohne Belüftung inkubieren;<br />
4. Zu dem Zeiten 0, 30, 90 min jeweils · 0.1 ml aus dem Gemisch entnehmen; auf Eis stellen und<br />
SOFORT mit KALTER 0.9% NaCl-Lösung 10 -2 , 10 -3, 10 -4 , 10 -5 verdünnen;<br />
5. je 0.1 ml der Verdünnungen auf IPTG-Xgal-Str-Platten ausspateln; bei 37°C bebrüten;<br />
Auswertung:<br />
IPTG-Xgal-Str-Agar differenziert zwischen unveränderten Akzeptorzellen (str r , lac - -> farblos) und<br />
Transkonjuganten (str r , lac + -> blau).<br />
1. Bestimmung des Gesamt-Titers (Zellen/ml) Streptomycin-resistenter (strl r ), Zellen zu den Zeiten 0,<br />
30, 90 min durch Auszählen der Summe aus weißen und blauen Kolonien;<br />
2. Bestimmung des Titers (Zellen/ml) Streptomycin-resistenter (str r ), Lactose-verwertender (lac + )<br />
Zellen zu den Zeiten 0, 30, 90 min durch Auszählen der blauen Kolonien;<br />
3. Tabellarische Zusammenfassung der Auswertungen 1. und 2. aller fünf Gruppen;
4. graphische Darstellung des Anteiles (%) der lac + gewordenen Akzeptorzellen in Abhängigkeit von<br />
der Konjugationszeit (5 Kurven für die 5 Mischungsverhältnisse von Donor und Akzeptor);<br />
5. graphische Darstellung des Anteiles (%) der lac + gewordenen Akzeptorzellen in Abhängigkeit vom<br />
Mischungsverhältnis Donor:Akzeptor (2 Kurven für die Inkubationszeiten 30 und 90 min).<br />
32<br />
7. BAKTERIOPHAGEN<br />
________________________________________________________________________________<br />
7.1. ISOLIERUNG VON COLIPHAGEN AUS ABWASSER<br />
Ziel: Nachweis, Vermehrung und Beschreibung von Bakteriophagen aus Abwasser.<br />
Material:<br />
Abwasser aus dem Zulauf der städtischen Kläranlage<br />
Medien : LB-CM-Medium:<br />
LB-Medium (s.2.1.) + 5 mM CaCl 2 + 10 mM MgSO 4 (CaCl 2 und MgSO 4 nach dem<br />
Autoklavieren aus hochkonzentrierten sterilen Stammlösungen zugeben.<br />
LB-Agar (1,5% Agar); LB-Weichagar (0,7% Agar)<br />
0.9% NaCl<br />
Indikatorbakterien: Übernachtkultur von E. coli B<br />
ACHTUNG! Alle Glaswaren, die mit Abwasser in Berührung gekommen sind, werden in 1 %<br />
Hyamin-x-10 Lösung gelegt und darin mindestens 4 Stunden aufbewahrt. Nach Versuchsabschluß die<br />
Phagenplatten in speziellen Abfallsäcken entsorgen, und die Phagenröhrchen autoklavieren!<br />
Durchführung:<br />
1. 45 ml Abwasser 15 min bei 5000 g zentrifugieren; Überstand durch ein bakteriendichtes Filter (0.45<br />
µm) filtrieren; Filtrat im Kühlschrank aufbewahren;<br />
ACHTUNG: Bei der Handhabung des Abwassers stets Handschuhe tragen!<br />
Nicht mit dem Mund pipettieren!<br />
2. filtriertes Abwassers mit steriler 0.9% NaCl-Lösung 10 -1 und 10 -2 verdünnen. Je 0.2 ml des<br />
unverdünnten Filtrates und der beiden Verdünnungen mit je 0.2 ml Indikatorbakterien mischen<br />
und zusammen mit je 4 ml geschmolzenem und auf 45°C abgekühltem LB-Weichagar (+ 0.1 ml<br />
0.4 M MgSo 4 + 0.1 ml 0.2 M CaCl 2 ) auf LB-Agarplatten ausplattieren; es werden jeweils 2<br />
parallele Ansätze (also insgesamt 6 Platten) angelegt; Platten bei 37°C über Nacht bebrüten;<br />
3. falls nach Bebrütung keine Plaques sichtbar sind, müssen die Phagen aus dem Abwasser wie folgt<br />
angereichert werden:<br />
a) 10 ml doppelt konzentriertes LB-CM-Medium in 100 ml Erlenmeyerkolben mit 0.2 ml<br />
einer Übernachtkultur von E. coli B beimpfen; bei 37°C schütteln bis O.D.600 = 0.6<br />
bis 0.8;<br />
b) 10 ml des auf 37°C vorgewärmten Abwasserfiltrates zusetzen; 4 h bei 37°C<br />
weiterschütteln;<br />
c) Kultur steril zentrifugieren (5 min, 8000 rpm, Ja20); Überstand wie unter Punkt 2.<br />
beschrieben für den Nachweis von Phagen einsetzen;<br />
4. Mindestens 3 klare, möglichst unterschiedlich aussehende Plaques mit sterilen Pasteurpipetten oder<br />
Pipettenspitzen ausstechen; in Röhrchen mit je 1 ml LB-Medium überführen und gut
33<br />
verreiben; Röhrchen über Nacht bei Zimmertemp. stehen lassen (Phagen diffundieren aus dem<br />
Agar); dann in den Kühlschrank!<br />
Die Phagenisolate werden in Versuch 7.2. gebraucht.<br />
Auswertung:<br />
1. Bestimmung des Phagentiters (plaque forming units/ml) im Abwasser (s. Punkt 2.) bzw. in der<br />
Anreicherungskultur (s. Punkt 3.);<br />
2. Morphologie (Durchmesser, Klarheit, Rand, Hof) der 3 isolierten Plaques protokollieren.<br />
7.2. HERSTELLUNG VON LYSATEN<br />
Phagen: a) P1 vir<br />
b) M13<br />
c) mindestens 1 Eigenisolat aus Abwasser (s. 7.1.)<br />
Medien: s. 7.1.<br />
0.9 % NaCl-Lösung<br />
Indikatorbakterien: Übernachtkulturen von<br />
a) E. coli K12 für P1 vir<br />
b) E. coli JM109 für M13<br />
c) E. coli B für Eigenisolate<br />
Durchführung:<br />
1. Je 30 ml LB-CM-Medium in 100 ml-Kölbchen mit je 0.5 ml der drei Übernachtkulturen a), b), c)<br />
beimpfen (t = 0); Wachstum der Kulturen durch O.D.600-Messung von Proben in Abständen von<br />
20 min verfolgen; 2. bei O.D.600 = 0.1 bis 0.15 Kulturen mit je 0.5 ml der Phagensuspensionen<br />
a), b) bzw. c) infizieren (ACHTUNG! Phagensuspension vor Gebrauch ~ 1 min in der<br />
Eppendorf-Zentrifuge in sterilen Gefäßen zentrifugieren; klare Überstände verwenden!); heftig<br />
bei 37°C weiterschütteln; O.D.600 in den Kulturen a) und c) weiterhin in 20 min-Abständen, in<br />
Kultur b) in 40 min-Abständen messen;<br />
3. Kulturen a) und c), nachdem die O.D.600 ein Minimum durchlaufen hat und wieder anzusteigen<br />
beginnt, Kultur b) ca. 4 h nach Infektion abzentrifugieren (15 min, 15000 rpm, Ja20);<br />
4. Phagen-haltige Überstände (= Lysate) abnehmen; steril filtrieren; bei 4°C aufbewahren<br />
5. Titerbestimmung in den Lysaten:<br />
a) Die Lysate in 100er Schritten mit steriler 0.9% NaCl-Lösung bis 10 -10 verdünnen; je 0.1 ml<br />
der 10 -4 , 10 -6 , 10 -8 und 10 -10 -Verdünnungen zusammen mit je 0.2 ml der entsprechenden<br />
Indikatorbakterien und je 4 ml geschmolzenem und auf 45°C abgekühltem LB-CM-Weichagar<br />
auf LB-Platten ausplattieren; über Nacht bei 37°C bebrüten;<br />
b) Plaques zählen. Platten nicht wegwerfen, sondern bei 4°C aufbewahren; sie werden in Versuch 7.4.<br />
gebraucht!<br />
Die Lysate werden im Versuch 7.3. zur Wirtskreis-Bestimmung und in Versuch 7.4. zur Isolierung<br />
Phagen-resistenter Mutanten benötigt. (Bei 4°C aufbewahren.)<br />
Auswertung:
34<br />
1. Beschreibung der Plaque-Morphologien;<br />
2. Bestimmung der Phagentiter (pfu/ml) in den 3 Lysaten<br />
7.3. PHAGEN-WIRTSSPEZIFITÄT (LYSOTYPIE)<br />
Bakteriophagen: Lysate von a) P1 vir , b) M13, c) Eigenisolaten aus Abwasser (s.7.2.);<br />
(steril filtriert, s. 7.2. Punkt 4.)<br />
Bakterienstämme: 1) E. coli K-12, 2) E. coli JM109, 3) E. coli CM17, 4) E. coli C,<br />
5) E. coli B (Übernachtkulturen)<br />
Medien: s. 7.1.<br />
Durchführung:<br />
I. PHAGEN-TROPFENTEST<br />
1. Je 0.1 ml der Bakterienkulturen 1 bis 5 mit je 4 ml geschmolzenem und auf 45°C abgekühltem LB-<br />
CM-Weichagar vermischen und auf LB-Platten ausgießen;<br />
2. Nach Erstarren des Weichagars 5 µl der zu testenden Phagenlysate (an vorher auf den Plattenböden<br />
markierten Stellen) auf jede Platte auftropfen; bei 37°C über Nacht inkubieren;<br />
II. BAKTERIEN-TROPFENTEST<br />
1. Je 0.1 ml der Phagenlysate a), b), c) mit je 4 ml geschmolzenem und auf 45°C abgekühltem LB-<br />
CM-Weichagar vermischen und auf LB-Platten ausgießen;<br />
2. Nach dem Erstarren des Weichagars 5 µl der zu testenden Bakterienstämme (z.B. über einem auf<br />
Papier aufgezeichneten Raster) auf jede Platte auftropfen; bei 37°C über Nacht inkubieren.<br />
Auswertung:<br />
Tabellarische Darstellung und Interpretation der Ergebnisse.<br />
7.4. ISOLIERUNG PHAGEN-RESISTENTER MUTANTEN<br />
Bakteriophagen: Platten mit Plaques von<br />
a) P1 vir auf E. coli K-12<br />
b) einem Eigenisolat aus Abwasser auf E. coli B (aus Versuch 7.2.)<br />
Lysate der Phagen a) und b) aus Versuch 7.2., (steril filtriert!)<br />
Bakterienstämme: Übernachtkulturen von a) E. coli K-12<br />
b) E. coli B<br />
Medien: s. 7.1.<br />
LB-Flüssigmedium<br />
Durchführung:<br />
1. Mit steriler Impföse je 2 Plaques a) P1 vir -, bzw. b) dem Eigenisolat, die 'Resistenz-verdächtige'<br />
Bakterienkolonien enthalten, abimpfen und auf LB-Platten ausstreichen; über Nacht bei 37°C<br />
bebrüten;<br />
2. Von jeder Platte mit der Impföse eine Einzelkolonie abimpfen und erneut auf eine LB-Platte<br />
ausstreichen (Verdünnungsausstrich); über Nacht bei 37°C bebrüten;
3. Von jeder Platte eine Einzelkolonie in je 2.5 ml LB-Medium überimpfen; 4 bis 6 h bei 37°C<br />
schütteln;<br />
4. Überprüfung auf Resistenz:<br />
A) je 1 ml der Kulturen 2 min zentrifugieren (Eppendorf-Zentr.); je 0.1 ml der klaren<br />
Überstände zusammen mit je 0.2 ml der zugehörigen Indikatorbakterien in je 4 ml LB-CM-<br />
Weichagar (45°C) auf LB-Platten ausplattieren; bei 37°C bebrüten;<br />
B) Verdünnungen der Phagen-Lysate a) und b) mit einem Titer von ca. 10 5 pfu/ml herstellen; je<br />
0.1 ml der Verdünnungen zusammen mit je 0.2 ml der zugehörigen "resistenten"<br />
Indikatorbakterien (s. Punkt 3.) in je 4 ml LB-CM-Weichagar (45°C) auf LB-Platten ausplattieren;<br />
bei 37°C bebrüten;<br />
C) Je 0.2 ml der Kulturen (s. Punkt 3.) in LB-CM-Weichagar auf LB-Platten plattieren; Phagen-<br />
Tropfentest (s. 7.3.) mit BEIDEN verwendeten Phagen;<br />
Auswertung:<br />
1. Sind die Kulturen der isolierten Mutanten frei von Phagen?<br />
2. Um welchen Faktor vermehren sich die Phagen auf den Mutanten schlechter als auf den<br />
Ausgangsstämmen? (Grad der Resistenz: Phagentiter auf Resistenten<br />
Phagentiter auf Sensitiven (aus 7.2.)<br />
3. Zeigen Mutanten, die gegen den Phagen a) resistent sind, auch Resistenz gegen b)?<br />
35<br />
7.5. BESTIMMUNG DER "BURST SIZE"<br />
Ziel: Bestimmung der mittleren Wurfgröße des Phagen P1 vir . oder eines im Praktkum isolierten<br />
Abwasser-Phagen. D.h. Wieviele infektöse Partikel werden im Mittel in einer mit Phagen<br />
infizierten Zelle produziert?<br />
Phagen: P1 vir -Lysat mit bekanntem Titer (z.B. aus Versuch 7.2.)<br />
(ACHTUNG! Titer muß kurz vor Versuchsbeginn unbedingt FRISCH bestimmt werden!)<br />
Bakterien: Übernachtkultur von E. coli K-12 (für P1 vir )<br />
Medien: S. 7.1.<br />
0.9 % NaCl-Lösung<br />
Durchführung:<br />
1. Alle Gruppen gemeinsam:<br />
80 ml LB-CM-Medium (in 300 ml-Kolben) mit 0.6 ml E. coli K-12-Übernachtkultur beimpfen;<br />
bei 37°C schütteln; O.D. 600 der Kultur verfolgen und O.D.600-Werte mit Hilfe der in Versuch<br />
2.1. erstellten Eichkurve und parallelle Zellzählungen in der Zählkammer in Zellzahl/ml<br />
übersetzen (ACHTUNG! die exakte Bestimmung der Zelldichte ist unbedingt erforderlich!);<br />
2. Jede Gruppe für sich:<br />
bei einer Zelldichte von 5 x 10 7 Zellen/ml *) (OD600 ~ 0.14) 1ml der Kultur in ein Reagenz-glas<br />
überführen und mit Phagen zu einer MOI (multiplicity of infection) von 10 infizieren (d.h. 5 x<br />
10 7 x 10 = 5 x 10 8 Phagen einsetzen. Dazu den Titer der zu verwendenden Phagensuspension<br />
auf 5 x 10 8 /ml einstellen, 1 ml davon verwenden); gut mischen; 5 min bei 37°C inkubieren<br />
(Absorption);
*) Als Kontrolle wird die tatsächliche Zelldichte der Kultur zum Zeitpunkt der Infektion durch<br />
Ausplattieren geeigneter Verdünnungen (hergestellt in EISKALTER 0.9 % NaCl-Lösung) auf<br />
LB-Platten und Inkubation bei 37°C bestimmt .<br />
3. Infizierte Kultur mit LB-CM-Medium um den Faktor 10 6 verdünnen; von der 1 : 10 6 -Verdünnung<br />
je 0.1 ml (darin sollten sich im statistischen Mittel je · 2 infizierte Bakterien befinden!) in 20<br />
sterile Reagenzgläser umfüllen; Gläser 1 h, 45 min bei 37°C ohne Schütteln inkubieren;<br />
4. Den Inhalt von jedem der 20 Reagenzgläser mit je 0.2 ml E. coli K-12-Übernachtkultur und 4 ml<br />
geschmolzenem LB-CM-Weichagar (45°C) mischen und auf 20 LB-Platten ausplattieren; über<br />
Nacht bei 37°C inkubieren;<br />
5. Plaques auszählen.<br />
Auswertung:<br />
1. Tatsächlichen Titer der Bakterien zum Zeitpunkt der Infektion angeben.<br />
2. Ergebnisse ALLER Gruppen sammeln; Plaque-Zahlen auf volle 5 Plaques auf- bzw. abrunden;<br />
3. Graphische Darstellung der Zahl der Platten gegen die Zahl der Plaques; aus der Graphik die<br />
mittlere burst size (= Wurfgröße) von P1 vir ermitteln;<br />
4. Berechnung der Wahrscheinlichkeiten (p), mit denen auf einer Platte Phagen aus n infizierten<br />
Bakterien zu finden sind für n = 1; n = 2 und n = 3;<br />
Poisson'sche Verteilungsformel p(n) = e -m m n / n!<br />
(m = mittlere Anzahl infizierter Bakterien pro Röhrchen = 2)<br />
5. Vergleich der theoretischen Werte (Punkt 3.) mit den im Versuch tatsächlich ermittelten Werten<br />
(Punkt 2.); Interpretation.<br />
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