Partie V- Microbiologie des denrées alimentaires - Etat de Genève

REPUBLIQUE ET CANTON DE GENEVE
Département des affaires régionales, de l'économie et de la santé
Service de la consommation et des affaires vétérinaires
V – QUALITE MICROBIOLOGIQUE
DES DENREES ALIMENTAIRES
En 2011, le secteur microbiologie, tout en atteignant ses objectifs, a connu beaucoup de
changements : arrivée d’une nouvelle responsable, réorganisation des locaux, achat de
nouveaux matériels et diversification des activités du laboratoire.
INTRODUCTION
Ce secteur s'occupe principalement des analyses microbiologiques des denrées alimentaires
et plus particulièrement des recherches de bactéries qui restent le problème le plus sensible
en terme de sécurité alimentaire.
Ainsi, des contrôles bactériologiques réguliers des denrées alimentaires à risque vendues
dans le commerce ou prélevées dans les restaurants, boulangeries, traiteurs et autres
entreprises produisant des denrées alimentaires sont effectués.
Ces analyses concernent les bactéries indicatrices d'un non-respect des bonnes pratiques de
fabrication et des bactéries pathogènes (donc dangereuses pour l'homme) : Listéria,
Salmonella et Campylobacter, par exemple.
Selon le même principe, lors d’analyses microbiologiques de l'eau sont recherchés des
germes dits indicateurs (germes aérobies mésophiles, entérobactériacées, E. Coli) et des
germes pathogènes spécifiques tels que les Pseudomonas aéruginosa et Légionelles.
Cette année, le secteur a diversifié son champ d’activité en intégrant de la parasitologie avec
la recherche de trichines dans les diaphragmes de sangliers via la méthode dite "par
digestion". Auparavant, cette recherche était effectuée selon la technique de trichinoscopie
par les vétérinaires officiels du SCAV responsables de l'hygiène des viandes d'abattage, cette
méthode non homologuée a donc été abandonnée.
RESUME
Sur l’année 2011, le secteur microbiologie a analysé, dans le cadre de la surveillance
microbiologique des denrées alimentaires et de l’eau, 2’255 échantillons dont 681 avérés en
infraction à la législation soit un pourcentage de non-conformité de 30.2 %. La majorité de ces
échantillons ne répond pas aux critères dits indicateurs d’hygiène avec soit :
• un taux élevé des germes aérobies mésophiles, 23 % des cas en 2011, qui reflète très
souvent lié à une rupture de la chaîne du froid ou une mauvaise gestion des températures;
• un dépassement en Entérobactéries mise en évidence en 2011 dans 34 % des cas qui
est significatif d’une mauvaise application des règles d'hygiène de base;
• la présence de la bactérie E. coli dite "la maladie des mains sales" qui est révélatrice d’une
mauvaise hygiène des mains (3 % des cas en 2011).
SCAV • Quai Ernest-Ansermet 22 • 1205 Genève
Tél. +41 (22) 546 56 00 • Fax +41 (22) 546 56 96 • E-mail scav@etat.ge.ch • www.ge.ch/consommation

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Sur l’ensemble des échantillons traités en 2011, la répartition du nombre et du type de
bactéries pathogènes retrouvées est la suivante :
• 13 Bacillus cereus
• 1 Clostridium perfringens
• 2 Listeria monocytogenes
• 27 Pseudomonas aeruginosa
• 10 Staphylocoque à coagulase positive
En plus de la notion de germes pathogènes, il est aussi très important de signaler que plus de
5 % des denrées alimentaires analysées ont été qualifiées comme impropres à la
consommation c'est-à-dire qu’elles contenaient plus de 100'000’000 de germes par gramme
d’aliment.
Enfin, en ce qui concerne la parasitologie, 230 recherches de trichines ont été effectuées
dans les diaphragmes de sangliers abattus par les gardes faunes dans le canton de Genève.
Toutes les recherches ont été négatives. Ceci répond à une exigence légale dans un but de
sécurité alimentaire avant la libération des lots. La viande de ces animaux est ensuite
commercialisée.
Trichinella spiralis
La trichine (Trichinella spp) est un ver parasite très petit (0,8 à 1 mm) dont les larves
s’enkystent dans les muscles de certains animaux (porc, cheval, renard, sanglier). Il est
invisible à l’œil nu et ne provoque aucun symptôme chez cet animal. La seule façon de révéler
sa présence avec certitude est l’analyse effectuée dans un laboratoire agréé.
La trichinellose est une zoonose (maladie animale transmissible à l'homme) provoquée par la
consommation de viande contaminée, insuffisamment cuite. Les symptômes correspondent à
une grande et longue fatigue, de l’œdème et des douleurs musculaires parfois intenses.
Les pays européens ont des prévalences très contrastées en fonction des espèces
susceptibles d'être contaminées par la trichine. Les 2 cas les plus récents ont été découverts
en France sur des sangliers fin 2007 et début 2008.

BILAN 2011
Evolution de la qualité des prélèvements
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Les paramètres bactériologiques à rechercher sont déterminés selon le type de denrées par
l’ordonnance sur l’Hygiène (OHyg) dans laquelle sont également fixées les valeurs de
tolérance ou les valeurs limites. Comme le montre le tableau ci-dessous, le taux de nonconformité
semble se maintenir aux alentours de 30 % depuis deux années ce qui reste
considérable.
Evolution des prélèvements sur trois ans
2009 2010 2011
Nombre de prélèvements 2'440 2069 2'255
Nombre d’échantillons non conformes 617 645 681
Taux de non-conformité 25.3 % 31.2 % 30.2 %
Répartition par catégorie décrites dans la législation
Les catégories d’aliment dont dépendent les critères bactériologiques à rechercher sont
décrites dans l’annexe 2 de l’Ordonnance sur l’Hygiène (OHyg). Le tableau suivant montre le
nombre de prélèvements effectués par types de catégorie ainsi que le taux de non-conformité
révélé.
Répartition des résultats en fonction des catégories de l’annexe de 2 de l’OHyg
Type de catégorie
Nombre de
prélèvements
Nombre
d’échantillons
non conformes
Taux de nonconformité
A1 Crème fouettée 14 2 14.3 %
A2 Article de pâtisserie 133 23 17.3 %
A3 Boisson prête à consommer,
provenant d’un distributeur
automatique
A4 Denrées alimentaire (DA) prêtes
à consommer à l’état naturel et DA
crues préparées pour la
consommation.
A5 (DA) traitées par la chaleur
prêtes à consommer, froides ou
chaudes
A6 (DA) prêtes à consommer
excepté les produits affinés par
moisissures
*2 fois un dépassement de E. coli dans des carottes râpées
50 8 16 %
125 2* 1.6 %
1'309 540 41.3 %
318 47 14.8 %

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Au vu des très nombreuses non-conformités observées, il est très pertinent de prélever
majoritairement des denrées alimentaires de la catégorie A5 soit traitées par la chaleur prêtes
à consommer, froides ou chaudes. En effet, si cette catégorie semble moins sensible de par
son traitement thermique, cela reste néanmoins des produits nécessitant passablement de
manipulations et une gestion rigoureuse des températures.
En revanche, le taux de non-conformité constaté en 2011 concernant la catégorie A2, soit les
articles de pâtisserie, de 17.3 %, bien en dessous du taux moyen de 30.2 %; est à souligner. Il
semblerait que le fait de traiter des denrées connues comme très sensibles, conduit à ce que
les règles d’hygiène soient mieux appliquées.
Répartition par type d’aliment
Comme l’indique le graphique ci-dessous, en 2011, le type de denrées alimentaires le plus
contaminé reste logiquement les produits sensibles à base de protéine c'est-à-dire les
charcuteries et salaisons. Cependant, dans le palmarès des produits les plus contaminés sont
aussi présents des types de denrées qui ne semblent pas les plus sensibles tels que les
légumes cuits, pâtes et riz.
Taux de non-conformité par type de denrées alimentaires
Charcuteries & salaisons (57%)
Légumes et champignons cuits (49%)
Pâtes cuites (49%)
Produits de la pêche cuits (46%)
Œufs durs (45%)
Riz cuit (45%)
Autres féculents et légumineuses (40%)
Viande et volaille cuite (34%)
Produits de la pêche crus & fumés, sushis (23%)
Salades composées (22%)
Sauces chaudes (21%)
Glaces (18%)
12
44
34
44
42
Viande et volaille crue (14%) 12 2
Crèmes (14%) 12 2
Boissons de distributeurs (14%)
Pâtisseries, desserts, canapés, sandw iches (12%)
Mayonnaises, sauces froides (11%)
Produits farcis cuits (8%)
Légumes crus (2%)
50
58
48
72
67
10
65
77
94
110
10
104
93
12
9
4
8
156
7
37
22
2
44
14
0 50 100 150 200 250
65
94
89
91
conformes
80
non conformes

ZOOM 2011 : LES FECULENTS
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Pour les aliments appartenant à la catégorie A5 (les denrées alimentaires traitées par la
chaleur prêtes à consommer, froides ou chaudes) sont dénombrés les germes aérobies
mésophiles et les Entérobactéries pour les indicateurs, quant aux germes pathogènes, le
Staphylocoque à coagulase positive et le Bacillus cereus sont systématiquement recherchés.
Le tableau ci-dessous montre le taux de non-conformité obtenu par type de germes.
Groupe
En 2010
Échantillons
% échantillons non conformes par germes
recherchés
analysés 1 (GAM) 2 (Entero.) 3 (Bacillus) 4 (Staph.)
Pâtes 212 25.9 44.5 0.9 0
Riz 215 28.4 39.3 0.9 0
Autres féculents 48 18.8 27.1 4.3 0
Groupe
Échantillons
analysés
En 2011
Taux IC*
% échantillons non conformes par germes
recherchés
(%) 1 (GAM) 2 (Entero.) 3 (Bacillus) 4 (Staph.)
Pâtes 183 10.4 30.6 43.2 1.1 0
Riz 201 10.5 29.9 37.3 2 1.4
Autres féculents 109 7.4 25.7 22.9 12.9 0
1 = Germes aérobies mésophiles
2 = Enterobacteriaceae
3 = Bacillus cereus
4 = Staphylocoque coagulase positive
Entre 2010 et 2011, les tendances restent les mêmes excepté le taux de Bacillus dans les
autres féculents, notamment les pommes de terre cuites.
Le taux de féculents impropres à la consommation, qui se situe aux alentours de 5 %, est
nettement supérieur à celui relevé pour l’ensemble des denrées alimentaires.

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Les résultats obtenus sont potentiellement dus à une mauvaise gestion des températures
(refroidissement à température ambiante, stockage prolongé).
De plus, la présence du Bacillus s'explique par le fait que ce germe soit sporulant; il est par
essence moins sensible aux hautes températures. C’est la raison pour laquelle, ce germe
peut se retrouver dans la majorité des produits cuits.
Colonies de Bacillus ssp.
Les Bacillus présents dans le riz, les pâtes, les plats de viandes, les plats de légumes, les
soupes variées, le pudding et les sauces peuvent entraîner des intoxications alimentaires, car
ils produisent des toxines qui sont de plus résistantes à la chaleur. Par conséquent, le
réchauffage de ces denrées permettra éventuellement de détruire la bactérie, mais n'aura
aucun effet sur les toxines.
Ce germe peut plus précisément entraîner deux types d’affections dues à deux toxines
différentes :
• le “syndrome diarrhéique” avec différents aliments
• le “syndrome émétique” principalement avec le riz cuit.
Sur la base de ces constatations, nous allons, à moyen terme, intensifier et aprofondir les
recherches de germes et de toxines de Bacillus sur l’ensemble des denrées alimentaires
cuites.
LES MANIFESTATIONS PUBLIQUES
Pour faire suite au paragraphe du chapitre inspectorat dédié à ces contrôles, nous
développons ci-après le bilan sanitaire des prélèvements effectués lors des manifestions
publiques contrôlées sur le canton de Genève en 2011, soit pour rappel :
• la Ville est à vous
• la Fête de la musique
• les Fêtes de Genève.

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Un échantillonage représentatif de 200 prélèvements, pour l’ensemble des trois campagnes, a
été analysé relevant un taux de non-conformité de 24 % s'avérant plus bas que taux de nonconformité
moyen observé en 2011 qui s’élève à 30.2 %. Ceci s'explique par le fait que lors
de manifestations, les denrées alimentaires ont un fort taux de rotation.
Ce fort tournus de marchandise est aussi la raison pour laquelle les taux de non-conformité
des germes indicateurs sont significativement plus bas lors des manifestations publiques :
• pour les germes aérobies mésophiles 15.4% contre un taux moyen de 23%
• pour les Entérobactéries 19.5% contre 34 %.
En revanche, il est aussi très important de noter que les germes pathogènes sont
nettement plus présents lors des manifestations publiques, ce qui met en évidence que les
conditions d'hygiène ne sont pas optimales.
LES CAMPAGNES 2011
Campagne des fontaines branchées sur le réseau
Pour information, il s'agit de systèmes branchés sur le réseau d'eau potable mettant à
disposition des utilisateurs de l'eau refroidie ou pas, voire même gazéifiée. L'eau n'est donc
pas transportée au moyen de bonbonnes.
De plus en plus de ces installations sont mises à disposition dans les entreprises. Sur la base
des informations collectées par l'inspectorat, plusieurs centaines de ce type de fontaines
seraient actuellement en service sur le canton de Genève.

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Sur les 83 eaux de fontaines branchées sur réseau et collectées par l'inspectorat, 25 d'entre
elles étaient non conformes, soit un taux de non-conformité de 30,1 %.
Groupe
Eau de fontaines
branchées sur le réseau
1 = Germes aérobies mésophiles
2 = Esherichia Coli
3 = Pseudomonas aeruginosa
Nombre
Echantillons
analysés
% d’échantillons non-conformes par
germes recherchés
1 (GAM) 2 (E.coli) 3 (Pseudo.)
83 0 0 30,1
Comme mis en évidence dans le tableau ci-dessous, un tiers des échantillons d'eau contenait
des germes de Pseudomonas aeruginosa.
Le Pseudomonas aeruginosa est un germe hydrophile, très mobile grâce à des flagelles
polaires (déplacement en ligne droite), aérobie strict. C’est un agent pathogène opportuniste :
il est peu virulent pour les sujets en bonne santé mais très pathogène pour les sujets
immunodéprimés. La pathologie engendrée par une contamination de contact de cette
bactérie est très polymorphe (infections locales de l’œil ou de l’oreille, infections des plaies et
des brûlures, infections urinaires, infections pulmonaires, septicémies). Très résistante, elle
est de plus en plus souvent responsable d'infections nosocomiales.
Pseudomonas aeruginosa
Enfin, par voie orale ou après absorption d'eaux contaminées, ce germe peut, dans de rares
cas, entraîner des entérites aiguës notamment après un usage prolongé d'antibiotiques.
Ainsi, l’eau potable dans les fontaines à eau, branchées ou non sur réseau, ne doit pas en
contenir. Leur présence dans celles-ci est très révélatrice quant à l’insuffisance de débit et/ou
d'une fréquence non adaptée du nettoyage.

Les distributeurs de boissons
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Depuis plusieurs années, la campagne des boissons délivrées en libre-service par des
distributeurs comme des cafés, thés, chocolats et bouillons est reconduite afin de suivre
l’évolution des résultats.
Selon les exigences légales, seuls les germes aérobies mésophiles sont recherchés dans ce
type de prélèvements.
Evolution des prélèvements sur trois ans
2009 2010 2011
Nombre de prélèvements 100 50 50
Nombre d’échantillons non conformes 28 6 8
Taux de non-conformité 28 % 12 % 16 %
Les résultats non conformes sont imputés au non-respect des directives de nettoyage, voire
aux fréquences de contrôle insuffisantes.
L'amélioration notée en 2010 est confirmée en 2011, cependant il reste des efforts à fournir
car le taux de non-conformité de 16 % est néanmoins trop élevé. Un meilleur entretien de ce
type de machines doit donc être réalisé par leur propriétaire.
En 2012, la campagne va être reconduite en doublant le nombre d'échantillons prélevés.

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ETUDES DE REFERENCE POUR ETABLIR LA PREVALENCE DE CAMPYLOBACTER
DANS LES VOLAILLES
La campylobactériose est une maladie infectieuse bactérienne à l'origine de nombreux cas de
gastro-entérite causée par des bactéries du genre Campylobacter.
La contamination se fait majoritairement par le contact avec des animaux porteurs de la
bactérie (animaux de compagnie, de la ferme) ou par la consommation d'aliments contaminés
tels que les viandes pas assez cuites, l'eau ou le lait cru contaminés.
Une contamination croisée entre des mets cuits et des aliments crus contaminés, par exemple
lors de la préparation des repas ou le stockage des denrées alimentaires, est fréquente. La
transmission interhumaine est possible même si plus rare.
Les infections à Campylobacter sont considérées comme l'une des causes bactériennes les
plus fréquentes de gastro-entérite dans le monde entier et provoque plus d’intoxications
alimentaires que les Salmonelles. La campylobactériose fait partie des maladies à déclaration
obligatoire, ainsi le tableau ci-dessous recense les cas de Campylobacter avérés dans les
laboratoires en Suisse depuis 2009.
Evolution des déclarations de campylobactérioses sur trois ans*
Nombre de cas de
campylobactérioses déclarées
2009 2010 2011
7'752 6'644 7'915
*Source site de l'office fédéral de la santé publique (OFSP) : http://www.bag.admin.ch
Vu l'augmentation significative de cas de campylobactérioses humaines déclarés chaque
année, en collaboration avec 15 laboratoires cantonaux et le Centre des zoonoses, des
maladies animales d'origine bactérienne et de l'antibiorésistance (ZOBA), l'OFSP a mené des
études de référence d'avril 2009 à mars 2010. Le nombre total d'échantillons souhaité est de
1'440 afin d'évaluer la situation sur le front de vente.
Dans le cadre de cette étude nationale, les prélèvements effectués sur le canton de Genève
se répartissent ainsi :
• En 2009, sur 72 échantillons 36 souches de Campylobacter ont été mises en évidence et
transmises au ZOBA pour tester leur antibiorésistance. La prévalence est donc de 50 %
selon la répartition par souche suivante :
o 21 fois Campylobacter jejuni, 14 fois Campylobacter coli et 1 fois Campylobacter
cryoaerophila.
• En 2010, sur 94 échantillons 41 souches de Campylobacter ont été mises en évidence et
transmises au ZOBA pour tester leur antibiorésistance et évaluer si elles correspondent
aux souches cultivées à partir des selles de patients atteint de campylobactériose. La
prévalence de 43,6 % est plus basse que celle constatée l’année précédente. Les souches
décelées sont les suivantes :
o 25 fois Campylobacter jejuni, 15 fois Campylobacter coli et 1 fois Campylobacter
cryoaerophila.

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Dans le tableau ci-dessous, l'échantillonnage est réparti d'après le type de produit, la
provenance et la forme de conservation, sur base des résultats obtenus lors des deux
campagnes.
Groupe Echantillons
analysés
2009 2010
% positifs
Echantillons
analysés
% positifs
Poulet avec peau 24 63 % 32 53 %
Poulet sans peau 26 58 % 35 49 %
Préparation de poulet 22 27 % 27 26 %
Poulet congelé 35 34 % 46 28 %
Poulet frais 37 65 % 48 58 %
Poulet suisse 33 39 % 44 32 %
Poulet étranger 39 59 % 50 54 %
Il est intéressant de relever que sur les deux années les tendances restent les mêmes et que
la prévalence est significativement :
• plus élevée sur des poulets frais que sur des poulets congelés
• plus basse sur des poulets d’origine Suisse.
Il est également important de noter que depuis plusieurs années, les recherches de
Campylobacter dans des denrées prêtes à la consommation (et donc pas de volaille crue) se
sont avérées systématiquement négatives.
Si des contaminations croisées entre de la volaille crue avec de la volaille cuite ou autres
denrées prêtes à la consommation sont fortement suspectées aucun résultat n’a pu étayer ce
postulat.
Cependant, étant donné que les jeunes gens (16-30 ans) semblent particulièrement touchés
par la campylobactériose, une hypothèse a été formulée débouchant sur le prolongement de
la campagne inter cantonale, mené au printemps 2011 et ciblé sur les aliments de fast Food
(sandwichs chauds et froids, plats et salades prêts à l'emporter) volontiers consommés par
cette tranche de consommateurs.

Recherche de Campylobacter dans des aliments de Fast-Food en 2011
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Cette surveillance microbiologique de ce type d’aliment a porté sur 82 prélèvements à Genève
dont l’ensemble des recherches de Campylobacter se sont avérées négatives.
En 2012, nous allons élargir les recherches à l’ensemble des plats prêts à consommer dans le
cadre d’une campagne cantonale et effectuer, si possible, des tests sur des milieux
potentiellement plus spécifiques et/ou performants.
CONCLUSION
Pour le secteur microbiologie, l'année 2011 a permis de mettre en exergue des axes
d'amélioration de suivi de la qualité des denrées alimentaires qui seront approfondis en 2012.
Afin de répondre au mieux au besoin de l'inspectorat et d'augmenter l'efficience du laboratoire
des nouvelles techniques d'analyses et de nouveaux axes de recherches vont être
développés.